lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 555555555555555555555555555 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 11 111 11 1 111 33333333 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5555555555
lowQualScore : 5 777777777777777777777777777 99999 55 55 0 888888888888 999 4 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777777 5 555 444444 66 3 0 55 222 4 55 5 99 4 444 2 66666666 8 0 6 7 1 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 6666666666 6 2
lowQualScore : . ........................... ..... .. .. . ............ ... . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... . ... ...... .. . . .. ... . .. . .. . ... . ........ . . . . . . .............................................................. . . .......... . .
lowQualScore : 7 999999999999999999999999999 88888 00 00 5 000000000000 999 3 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 0 555 444444 99 4 4 88 000 0 22 0 22 2 000 2 88888888 0 8 0 0 2 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 2222222222 0 2
consensus : ACAACAACAA-CAACA--A-AG---T---------T-------TATTNA---CCA--TCT--CAGGTAA-C--ACATGTT-ACAACATG--AGAGAATGATA---------------CA-----AA-ATCA----T--------N--AAGAA---A---TA-TGC-------T-T---A--CA--TATA-----------T----A----C-T---T--NAGACA-AA------GG-G-CATN--TATAGTT---AC--TA-TTTAGTAA-AG---AAA-TA-CAACTT----GAGTGG--G-GGGT--GA---------GAG-CAGTCAAAACATAATCGAATGTAGCT------ATATACAGGCATGTTTCGTGTCAGACAATGT-AA-T---TA--AC-A-NNTTA-ATAC-----T-TG-TATGCAATA--T--A-------A------TAAT-------A--AGATANATAT---TT---------G--T---A-C-AG--TTTT------GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGTAGGTTT--TA--GTANAN-ACAT--ATNTAGAAAT---GCCTTGTGN--TT--TA-GCGGTTATATTTTAACATAGATTTCC--------AACATATCAATACATGNAAGTCGAATATATTTACTCCATGCATTA-T------TGNA-TATTA--------C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( gi|4 ) : ACAACAACAA-CAACA--A-AG---T---------G-------TATTAA---CCA--TCT--CAGGTAA-C--GCATGAT-ACAACATA--AAAGAATGATA---------------CA-----AACGTCA----T--------T--AACAA---A---TA-TGT-------T-T---A--CA--TACA-----------T----A----C-T---T--CAGATA-AA------GG-A-TACT--TATCGTT---TC--TT-TTCAGTAA-AG---AAA-TG-CAGCTT----GAATGG-CG-GGGT--GA---------GAG-CAGTTGGAACATAATCGAATGTAGCT------ATATACATCCATATTTTGCGTCAGACAATGT-AA-T---TA--AC-A-TGTTA-ATAC-----TCTG-TATGCAATA--C--A-------A------CAA--------A--AAACAGATAT---TT---------A--T---AGC-AG-GTTTT------GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGTAGGTTT--TA--ATATAT-ATAT--ATATAGAAAT---GTCTTGTGG--TG--TA-GTGGTTATATTCTATCATAGATTTCT--------AACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------A-T------TGCA-TATTA--------C-AAATATAAAAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAACA--A-AG---T------------------ATTTA---CCA--TCT--TCGGTAA-C--ACATGTTTACTACTTT--GTAGAATGAAA---------------CA-----AATATAA----A--------G--AAAAC---A---TA-CTC-------T-T---A--CAGATACA-----------T----T----C-CA--T--TAGACATAA------GGTG-TGTT--CA--GTA---AC--TA-TTTAGTAA-AG---ATG-TA-CAACTT----GAGTGG--G-AGAT--AA---------AAA--------AACA--ATCGAATGTAGCT------GTA--CAGC--TATTT---------CAGTGT-CA-T-------AC-A-AAATA-A-----------G-TA-ACAATT--T--A-------A------TA-------------------TAT---T------------------GT-AG--TTTT------GCT-GGAA----C------AG--AACA-----GTTTA-TA--GTAGAT-ACAT--ATTTAGAAATCCTGTCATGTTA--TT--TA-GCAATTATATTTTAATACAAATTCCC--------AAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTA-T------TGAA-TATTAC-------C-GAATGTAAGAGTCA
gi|6 : aacaacaACACCAACAAACAACA--A-AGACTT---------T-------TATTTA---CTA--TTTAACATGTTA-C----ATGTT-ACAACAGA--GGAGAATGATA---------------CA-----A---TCA----CAAAAAAAAT--AAAAA---A---TAGTGTTACATAAT-T---A--TA--TAGA-----------T----A----C-T---T--GAGACA-AA------GG----ACTTGTATAGTTAGAAC--TT-TTTAATAA-AG---AAG-GG-----------GA--GG-CA-AGAC---A---------AAG-CA-TCAACATATAATCGAATATAGC--------CATACAGGCATGTTTTATGTAAAAC-ACGT-AACT---TA--AC-------A-ATA---------G-TAT---ATA--T--A-------C------TAAT-------A--AGAT-GATAT---TT---------G--TTGCAAC-AG---TTT------ACT-AG----TTC------AA--AATAAATAgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|5 : atACAACAATAA-CAACA--ACAG---TCCTGTTATTG-------TCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA---------AC-ACGACACG--AGAGAATGGTA---------------AA-----AA--TCA----C--------T--AA------G---CA-TTT-------T-T---ATGCT--CACA-----------T----A----TGT---T--AATATA-A-----------------------------C--TA-TTTAGTAA-AGCATAAA-TG-AA--TT----AAGTGG-TG-GCA---AA---------GA------T--AACATAATCAAATATAGC--------TATACAAGCATGTTTCGTGTCAAACAATGC-A----------------GTTA-AT-------TTTG-TATATAATATGC--A-------ATCT---CAATGTTTGGTT--AAATAAAT-T---CC---------G--T----------GTTTT------GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGTAGGTCG--TA--ATACACGACAT--GTGTAtctagacgtgaatgcagaattgcaacatgtgcacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|14 : ACAAAAACAA-CATTA--C-CT---T---------T-------TCTTTA---CCA--TTT--TAGTTAA-C--ACATGTT-ACAACATT--AGAGAATTATA---------------GAATGATAAGATCA----T--------C--AAGAAAGCA---TA-TAT-------T-TGAGA--CA--TGTA-----------T----A----T-T---T----AATT-AA------GG-AGTACcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|2 : aCAACAACAA-AAACA--A-A----------------------CACAAA---CT---TTT--TAT-TAATC--ACATGTT-ACAACATG--AACGAATGATAAAAGCATGAAGAAAACA-----AAC-TCG----T------------ACAA---A---TA-TAC-------TAT---A--TAC-TATAGTAGT------T----A----C-T---T--GAGATA-TGCATGCCGG-A-CATG--TATAACTACGTA--TT-TTAAGTAC-AG---AAG-TA-CTGTTT----GCGT---------T--CA---------GGG-CTGTCAAAACATAATCGAATGTAGCT------ATAGAGG--CATGTTTCGTGTCTGACAATGG-AA-T---TA--AC-AATTTTA-A-AC-----ACTG-TATGCAATA--TA-A-------A------CAAT-------G--AGATGCGTATCTCTT---------C--T---AGTAAG-GTTTT------aacttgagtggaggacagccaatcgtcaaaacat
gi|8 : agAACAGCAA-CAACATTA-AC---T---------GAACCTTTTATTTA---CTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTAACAACAACAAA--AACGATTGATG---------------CA-----A---TCG----T--------T--AAGAA---AACGTA-TGC-------T-T---T--CT--TATA-----------T----AGTAGC-T---T--GAGACA-TA------CG-G-CAAC--TA---------------TTTAATAA-AG---AAA-TA-TAACTC----GAGTTG--G-GGCT--AA---------GGA-CAatagtagatacatagttatattttaacaaagctttccaacatatctatgcatgcaagtcgaatatattaactctattcattattgaatattacaaaatgtaaaagtcagccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|11 : ACAA-CAATA--A-CT---T---------T-------TATTTT---TCA--TCT--CAGGTAA--------------AACATATCGGAGAATGAAA---------------CA-----ATAATCA----A--------G--AAAAA---A---T--TCT-------T-T------CA--TATAATACGTAAAGTT----A----C-T---T--GAGACA-TA------GG-G-CATG--TATAGTT---ACAATTATTTAGTAA-AG---AAG-TGACAAATT----GAATGGTTG-GGGTTGGG---------GTG-CAGTCAAATTATAATGGAATGTAGCTTTTAAAAT-TATAT--AAATTTTGTGTactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|13 : G---T---------T-------TATTAA---TTA--TCT--CAGGTAA-G--ACATGTT-GCAACATT--AGATAATGA------------------A-----AAAATCATTTTT--------T--AAGAAAACA---TA-TGC-------T-T---A--CAT-TATAAAGT-------T----A----C-TTGAT--CAGAAC-AA------GC-A-TAGT--TACAA------C--AA-TTTAGTAA-AA---AAAGTA-CAACTT---------------AGT--GA---------GAGACAG-TAAAACATGATCGAAT
gi|3 : ac-------TATTCG---TCA--TCT--CGGGTAA-C--ATATG----TCATATG--AGAGAATGAAA---------------CA-----AGAATTA----T--------G--GAAAC---A---TA-TGC-------T-T---A--CG--TATA-----------TTGTTA----C-T---TGACACATA-GA------AA-A--ATG--TATAATT---AC--AA-CTAAGTGATAA---AAA-----AGATG----AAATTG-AG-GAG--------------GAG---------ACATAATCGAAT------------ATAAAAGT--ATGTTTTGTGTCAAACACTGT-AA-T---TA----------------C-----TGTG-TATGCAATA--T--A-------G-------AATTT-----A--TAGCAAATAT---TC---------A--T---A-------TTTTA-----GCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGTAGGTTT--TATAGTAGAT-ACAT--AT-TAGAAAT---GACTTGTGC--TT--TA-GCGGT-ATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATAC--------ATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTA-T------TGCA-TATTA--------CTAAATGTAAGaca
gi|9 : gt-------TATTAA---CCA--TTT--CAGGTTA-C--ACGTGTT-ATGATATG--AGAGAATGATA---------------CA-----A---TAA----T--------C--AAGAAAACA---CA-TGC-------T-T---A--tgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|16 : -------TATTGA---TCA--TCT--CAGCTAA-C--ACATGTT-ACAGCATG--AGACAATGATA---------------CA-----ACCATCA----A--------GAAAACAA---A---TG-TGT-------G-T---A--C---TAC------------T----A----C-TG--T--CATATA-AA------gctaacaaaggctcttgagacgcaggacttgtatagttacaactattcagtttaatagtacaacacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg
gi|8 : ataacattgatagcaaacactttC--TA-TTTAGTTA-AG---AAA-TA-CAACTTTAGAGAGGGG-TG-GGTT--GAGGGTGGGGGGAG-CAATCAAAGCATAATCGGATATAACT------ATACAGA--CATGTTTCGTGTAAAACAAT------T---TT--AT-A-TATT--GTAC-----ACAA-TATAAAATT--TTGA-------A------TAG--------A--AGA---ATAT---TT---------G--T---A-------TTTTAAATTCGCT-GGAATTTTC------AA--AAC
gi|10 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaataaagaaatataactcgagttggggctaaggacaa-TTTAGTAA-AG---TAA-TA-CA--TT----GA---G-CGTGGGT--G-------------------------TACTCGTTTGTAGCT------ACA--CAGGCATGTTTCATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAA-A-TGTGT-ATA--------TGATATGCAATC--T--T-------A------AAA--------ATTAAATCAATATCAATT---------AATT---GTC-TA-TTTTT------GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAATAGGCTC--CA--ATACATGAGAT--AT
gi|7 : ataggtcatgcatagataAATATAATCGAATGTAGCT------ATACA------------G-GTCAGACAATGT-AA-T---TA--ACCA-TTTTATATAT-----T--G-TTTGCAATA--T--ATTTTTTTA------AAA--------A--AAA-AGATAT---TTGTATTTGATA--T---ATC-TGTATTTT------CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAATGGGTTT--TA--TAATAG-ATAA--AAATAGAAAT---GCCTTGTGC--TT--TA-GCGATTATATTTTAATATAGGTTTCC--------AACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATA---------------AGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|15 : aatcaaAAGATAATCGAATGCATCC------ATA--CAGGCATGTTTCGTGTCAGACAATGT-AA-A---TA--TC-A-ATTTT-ATAC-----TATG-TATGCAATA--T--A-------A------ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|9 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaaaTATACAGGCCTGTTTCGTGTCAGACAATGTAAA-TTAATA--AC-A-AGTTT-ATACATTATTTTG-TATGATATA--T--A-------AACTTTTTAA--------A--ATATATATAT---AT---------A--T---ATT-AA-TATTT------GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGTATATTTTGTA--GTATAA-ACATGCATTTAGAAAT---GCCTTGTAGAATGTTTA-CTGGTTacttcagataaaga
gi|2 : tattaaccatttcaggttacacgtgttatgatatgagagaatgatacaataatcaagaaaacacatgcttagctaacaaaggctcttgagacgcaggacttgtatagttacaactattcagtttaatagtacaacacatTAGTAAG---GTTTTATAG--TAGATACATAGTTATATTTTAACAAAGCTTTCC--------AACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTA-T------TGAA-TATTA--------CAAAATGTAAAAGTCAg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTATATACCGTCTCGGGTACCGCACTTTACATCATCATAGAACAATACACACGACGTAACCATCCAGAAAACATATGCTTGCACATTTAGTTGTTTGAGACATAGGACATGTGTAGTTACAACTATTTAGTCACTTGGGTGAGGGAGGTCGTGAGGCAGTTTATAGCTATACAGGCATGTTTCGTTAATACTTTGTATATAGT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 555555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 11111 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 4 44 44 3 3 4 555 5555555555555555555555 3 6666 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 77777 555 2 2 3 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 0 0 3 0 3 77777 444444444444444444444444 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 00000 1 11 1 7 1 1 222 1 222
lowQualScore : . ... .. ....................... . .. .. . . . ... ...................... . .... . .................................................................................................................. .. ..... ... . . . .. ................................................... . .. . . . . . ..... ........................ . . .............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... ..... . .. . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 0 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 1111 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 88888 000 9 9 6 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 44 6 4 3 4 6 77777 666666666666666666666666 6 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 44444 4 22 4 5 0 4 888 0 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-T-----ACA-TATA-----------T----A----CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT----AAAG---AAA-T-ACAACT--T-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAAC-AATTT--A-ATAC------T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTG----CTTTAGCGGTTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTNACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATGAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-T-----ACA-TATA-----------T----A----CT---TNAGACAAA------GGGCA-TNTATAGTT---A---C---TATTT--AGT----AAAG---AAA-T-ACAACT--T-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAAC-ANNTT--A-ATAC------T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTG----NTTTAGCGGTTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATATTTACTCCATGCATTATTGNATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-T-----ACA-GATA-----------C----A----TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGTA---A---C---TATTT--AGT----AAAG---ATG-T-ACAACT--T-------GAGTGG--G----AG-----AT---AAAA---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAAC-AATTT------------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------G-T----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTT----ATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaA------GGTCA-TGCATAG-----A-------TATTT--AGT----AAAG---TAA-T-ACA--T--T-------GAGCGT--G----GG------T---G-----------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATC-AAATG--T-GTAT------A-TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----T-T----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : atAATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATG----CTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-T-----TCA-TATAATACGTAAAGTT----A----CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTT---A---CAATTATTT--AGT----AAAG---AAG-TGACAAAT--T-------GAATGGTTG----GG-----GTTG-GGGT----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-T-----GCA-CATT-----------T----AGTTGTT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACAA---C---TATTT--AGT------------------C-ACT--T-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT---GAG-----G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-T-----ACATTATAAAGT-------T----A----CT---TGAT-C--A------GAACA-AGCATAGTTACAA---C---AATTT--AGT----AAAA---AAAGT-ACAACT--T---------------------A-----GT---GAGA----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC-------------ATA-----------T----A----TT---TGAGA-------------CA-TGTA----------------TATTT--AAT----TAAG---GAG-T-ACAACT--T-------GAGTGG--A----G-----------GACA----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATC-AATTT--T-ATAC------TATG-TATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT-TT----A--T--------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTAT-----ATACTATAGTAGT------T----A----CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT---A---CG--TATTTTAAGT----ACAG---AAG-T-ACTGTT--T-------GCGT-----------------T---CAGG----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAAC-AATTTTAA-ACAC--------TG-TATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C--------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATA----TTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-T-----ACG-TATA-----------TTGTTA----CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT---A---C---AACTA--AGTGATAAAAA---AGA-T-GAAA-T--T-------GAG------------------------GA----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA---------------C------TGTG-TATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A------------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTG----CTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-T-----ACA-TACA-----------T----A----CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT---T---C---TTTTC--AGT----AAAG---AAA-T-GCAGCT--T-------GAATGGC-G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAAC-ATGTT--A-ATAC------TCTG-TATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CA-----GGT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTG----GTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-C-----ACA-TATG-----------T--------------TAA--------------------TATA------A---C---TATTT--AGT----AAAGCATAAA-T-G-AA-T--T-------AAGTGG--T----GG-----CA---AAGA------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---TA---ATTTT--GTATA-------T-AA-TATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------G-T----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTA----CTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-T-----ATA-TAGA-----------T----A----CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT---AGAAC---TTTTT--AAT----AAAG---AAG-----------------------GG--G----AG-----GC---AAGACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGC--CATACAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAAC--------A-ATA----------G-TAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G------TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTG----
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTTT--ATATA-------T-TG-TTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTA-T----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTG----CTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAcacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-T-----TCT-TATA-----------T----AGTAGCT---TGAGACATA------CGGCA-------------A---C---TATTT--AAT----AAAG---AAA-T-ATAACT--C-------GAGTTG--G----GG-----CT---AAGG----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : A----TAAAGAA-------A---------------T---ATA---------AC----TC-----------G----A----GT---TGGGGCTAA------GGACA-------------A---C---TATTT--AGT----TAAG---AAA-T-ACAACT--TTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GTGGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGTAAAACAAT-----------------TTT--ATATA-------T-TG-TACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----A-A----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGCTAACA-AAGG-----------C----T----CT---TGAGACGCA------GG--A-CTTGTA------------------T--AGT---------------T-ACAACTATT-------CAGTT----------------T---AATA----G-TA-----CAACACAT---------------TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAAC-AAGTT--T-ATACATTATTT-TG-TATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----T-TAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTAGAATGTTTACTGGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 44 44 3 3 1 555 5555555555555555555555 3 6666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 0 888888 55 22222222222222 33 66666 555 2 2 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 0 0 3 0 3 77777 2 666 2222222222222222 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 44 1 7 1 1 000 0 222
lowQualScore : . ... .. ....................... .. .. . . . ... ...................... . .... . ................................................................. ... . ...... .. .............. .. ..... ... . . . ................................................... .. . . . . . ..... . ... ................ . . .............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... .. . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 1111 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 4 222222 55 99999999999999 99 11111 000 9 9 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 6 4 3 4 6 77777 4 333 1111111111111111 6 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 11 4 5 0 4 444 6 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT----AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTT--N-ATAC------T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT----AAAG---AAA-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTT--A-ATAC------T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGGTTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-TACA-GATA-----------C----A------TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGTA---A---C---TATTT--AGT----AAAG---ATG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----AG-----AT---AAAA---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAACAATTT------------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------G-T----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTTATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaATA------GGTCA-TGCATAG-----A-------TATTT--AGT----AAAG---TAA-T-ACA--TT-------GAGCGT--G----GG------T---G-----------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAAATG--T-GTAT------A-TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----T-T----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : AATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATGCTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-TTCA-TATAATACGTAAAGTT----A------CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTT---A---CAATTATTT--AGT----AAAG---AAG-TGACAAATT-------GAATGGTTG----GG-----GTTG-GGGT----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-TGCA-CATT-----------T----AGTTG--TT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACAA---C---TATTT--AGT------------------C-ACTT-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT---GAG-----G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-TACATTATAAAGT-------T----A------CT---TGAT---CA------GAACA-AGCATAGTTACAA---C---AATTT--AGT----AAAA---AAAGT-ACAACTT---------------------A-----GT---GAGA----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC--------ATA-----------T----A------TT---TGA-------------GACA-TGTA----------------TATTT--AAT----TAAG---GAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--A----G-----------GACA----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATCAATTT--T-ATAC------TATG-TATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT--TTAT-------------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTATATACTATAGTAGT------T----A------CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT---A---CG--TATTTTAAGT----ACAG---AAG-T-ACTGTTT-------GCGT-----------------T---CAGG----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAACAATTTTAA-ACAC--------TG-TATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C--------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATATTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-TACG-TATA-----------TTGTTA------CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT---A---C---AACTA--AGTGATAAAAA---AGA-T-GAAA-TT-------GAG------------------------GA----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA--------------C------TGTG-TATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A------------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTGCTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-TACA-TACA-----------T----A------CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT---T---C---TTTTC--AGT----AAAG---AAA-T-GCAGCTT-------GAATGGC-G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAACATGTT--A-ATAC------TCTG-TATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CA-----GGT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTGGTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-CACA-TATG-----------T-----------------------TA------A-------TATA------A---C---TATTT--AGT----AAAGCATAAA-T-G-AA-TT-------AAGTGG--T----GG-----CA---AAGA------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---TAAT--TTT--GTATA-------T-AA-TATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------G-T----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTACTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-TATA-TAGA-----------T----A------CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT---AGAAC---TTTTT--AAT----AAAG---AAG---------------------GG--G----AG-----GC---AAGACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGC--CATACAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAACAA--T--A--------------G-TAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G------TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTGC
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTT--T-ATATA-----T-TG-TTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTA-T----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-TTCT-TATA-----------T----AGTAG--CT---TGAGACATA------CGGCA-------------A---C---TATTT--AAT----AAAG---AAA-T-ATAACTC-------GAGTTG--G----GG-----CT---AAGG----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : A----TAAAGAA-------A---------------T---ATA----AC----TC-----------G----A------GT---TGGGGCTAA------GGACA-------------A---C---TATTT--AGT----TAAG---AAA-T-ACAACTTTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GTGGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGTAAAACAAT----------------TTT--ATATA-------T-TG-TACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----A-A----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGC-TA-A-----------C----AAAGGCTCT---TGAGACGCA------GGACT-TGTATAGTTACAA---C---TATTC--AGT----TTAA---TAG-T-ACAAC
gi|9 : TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAACAAGTT--T-ATACATTATTT-TG-TATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----T-TAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 4444444444444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 44 44 3 3 1 555 5555555555555555555555 3 6666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 0 888888 55 22222222222222 33 7777 555 2 2 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 0 0 3 1 3 77777 2 0000000000000 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 1 1 7 1 1 000 0 222
lowQualScore : . ... .. ....................... .. .. . . . ... ...................... . .... . ................................................................. ... . ...... .. .............. .. .... ... . . . ..................................................... .. . . . . . ..... . ............. . . .............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... . . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 1111 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 4 222222 55 99999999999999 99 9999 000 9 9 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 6 4 3 2 6 77777 4 3333333333333 6 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 4 4 5 0 4 444 6 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTNATAC------T-TG-TATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-TACA-GATA-----------C----A------TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGTA---A---C---TATTT--AGT---AAAG---ATG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----AG-----AT--AAA---A---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAACAATTT---------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------G-T----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTTATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaATA------GGTCA-TGCATAG-----A-------TATTT--AGT---AAAG---TAA-T-ACA--TT-------GAGCGT--G----GG------T--G--------------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAAATGTGTAT------A-TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----T-T----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : AATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATGCTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-TTCA-TATAATACGTAAAGTT----A------CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTT---A---CAATTATTT--AGT---AAAG---AAG-TGACAAATT-------GAATGGTTG----GG-----GTTGGGG---T----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-TGCA-CATT-----------T----AGTTG--TT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACAA---C---TATTT--AGT-----------------C-ACTT-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT--GAG--------G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-TACATTATAAAGT-------T----A------CT---TGAT---CA------GAACA-AGCATAGTTACAA---C---AATTT--AGTA--AAAA---AAG-T-ACAACTT---------------------A-----GT--GAG---A----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC--------ATA-----------T----A------TT---TGA-------------GACA-TGTA----------------TATTT--AAT---TAAG---GAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--A----G----------GAC---A----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATCAATTTTATAC------TATG-TATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT--TTAT-------------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTATATACTATAGTAGT------T----A------CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT---A---CG--TATTTTAAGT---ACAG---AAG-T-ACTGTTT-------GCGT-----------------T--CAG---G----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAACAATTTTAAACA-----C-TG-TATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C--------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATATTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-TACG-TATA-----------TTGTTA------CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT---A---C---AACTA--AGTGATAAAA---AAGAT-GAAA-TT-------GAG-----------------------G---A----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA-----------C------TGTG-TATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A------------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTGCTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-TACA-TACA-----------T----A------CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT---T---C---TTTTC--AGT---AAAG---AAA-T-GCAGCTT-------GAATGGC-G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAACATGTTAATAC------TCTG-TATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CA-----GGT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTGGTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-CACA-TATG-----------T-----------------------TA------A-------TATA------A---C---TATTT--AGT---AAAGCATAAA-T-G-AA-TT-------AAGTGG--T----GG-----CA--AAG---A------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---T---AATTTTGTATA-----T-AA-TATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------G-T----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTACTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-TATA-TAGA-----------T----A------CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT---AGAAC---TTTTT--AAT---AAAG---AAG---------------------GG--G----AG-----GC--AAG---ACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGC--CATACAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAACAAT---A------------G-TAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G------TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTGC
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTTTATATA-----T-TG-TTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTA-T----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-TTCT-TATA-----------T----AGTAG--CT---TGAGACATA------CGGCA-------------A---C---TATTT--AAT---AAAG---AAA-T-ATAACTC-------GAGTTG--G----GG-----CT--AAG---G----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : A----TAAAGAA-------A---------------T---ATA----AC----TC-----------G----A------GT---TGGGGCTAA------GGACA-------------A---C---TATTT--AGT---TAAG---AAA-T-ACAACTTTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GT--GGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGT-----AA------------AACAATTTTATATA-----T-TG-TACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----A-A----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGC-TA-A-----------C----AAAGGCTCT---TGAGACGCA------GGACT-TGTATAGTTACAA---C---TATTC--AGT---TTAA---TAG-T-ACAAC
gi|9 : TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAACAAGTTTATACATTATTT-TG-TATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----T-TAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 44 44 3 3 1 555 5555555555555555555555 3 6666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 0 888888 55 22222222222222 33 7777 555 2 2 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 666 3 1 3 77777 2 4 2 44444444 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 1 1 7 1 1 000 0 222
lowQualScore : . ... .. ....................... .. .. . . . ... ...................... . .... . ................................................................. ... . ...... .. .............. .. .... ... . . . ..................................................... . ... . . . ..... . . . ........ . .............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... . . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 1111 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 4 222222 55 99999999999999 99 9999 000 9 9 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 111 3 2 6 77777 4 4 2 55555555 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 4 4 5 0 4 444 6 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-TACA-GATA-----------C----A------TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGTA---A---C---TATTT--AGT---AAAG---ATG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----AG-----AT--AAA---A---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAACAATTT-------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------G-T----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTTATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaATA------GGTCA-TGCATAG-----A-------TATTT--AGT---AAAG---TAA-T-ACA--TT-------GAGCGT--G----GG------T--G--------------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAAATGTGTATA-----TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----T-T----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : AATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATGCTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-TTCA-TATAATACGTAAAGTT----A------CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTT---A---CAATTATTT--AGT---AAAG---AAG-TGACAAATT-------GAATGGTTG----GG-----GTTGGGG---T----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-TGCA-CATT-----------T----AGTTG--TT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACAA---C---TATTT--AGT-----------------C-ACTT-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT--GAG--------G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-TACATTATAAAGT-------T----A------CT---TGAT---CA------GAACA-AGCATAGTTACAA---C---AATTT--AGTA--AAAA---AAG-T-ACAACTT---------------------A-----GT--GAG---A----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC--------ATA-----------T----A------TT---TGA-------------GACA-TGTA----------------TATTT--AAT---TAAG---GAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--A----G----------GAC---A----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATCAATTTTATACT-----ATGTATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT--TTAT-------------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTATATACTATAGTAGT------T----A------CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT---A---CG--TATTTTAAGT---ACAG---AAG-T-ACTGTTT-------GCGT-----------------T--CAG---G----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAACAATTTTAAACA-----CTGTATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C--------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATATTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-TACG-TATA-----------TTGTTA------CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT---A---C---AACTA--AGTGATAAAA---AAGAT-GAAA-TT-------GAG-----------------------G---A----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA-----------CT-----GTGTATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A------------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTGCTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-TACA-TACA-----------T----A------CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT---T---C---TTTTC--AGT---AAAG---AAA-T-GCAGCTT-------GAATGGC-G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAACATGTTAATACT-----CTGTATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CA-----GGT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTGGTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-CACA-TATG-----------T-----------------------TA------A-------TATA------A---C---TATTT--AGT---AAAGCATAAA-T-G-AA-TT-------AAGTGG--T----GG-----CA--AAG---A------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---T---AATTTTGTATA-----TAATATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------G-T----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTACTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-TATA-TAGA-----------T----A------CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT---AGAAC---TTTTT--AAT---AAAG---AAG---------------------GG--G----AG-----GC--AAG---ACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGCCATA--CAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAACAA---TA-----------GTAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G------TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTGC
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTTTATATA-----TTGTTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTA-T----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-TTCT-TATA-----------T----AGTAG--CT---TGAGACATA------CGGCA-------------A---C---TATTT--AAT---AAAG---AAA-T-ATAACTC-------GAGTTG--G----GG-----CT--AAG---G----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : A----TAAAGAA-------A---------------T---ATA----AC----TC-----------G----A------GT---TGGGGCTAA------GGACA-------------A---C---TATTT--AGT---TAAG---AAA-T-ACAACTTTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GT--GGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGT-----AA------------AACAATTTTATATA-----TTGTACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----A-A----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGC-TA-A-----------C----AAAGGCTCT---TGAGACGCA------GGACT-TGTATAGTTACAA---C---TATTC--AGT---TTAA---TAG-T-ACAAC
gi|9 : TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAACAAGTTTATACATTATTTTGTATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----T-TAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 44 44 3 3 1 555 5555555555555555555555 3 6666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 0 888888 55 22222222222222 33 7777 555 2 2 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 666 3 1 3 77777 2 4 2 44444444 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 1 1 7 1 1 000 0 222
lowQualScore : . ... .. ....................... .. .. . . . ... ...................... . .... . ................................................................. ... . ...... .. .............. .. .... ... . . . ..................................................... . ... . . . ..... . . . ........ . .............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... . . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 1111 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 4 222222 55 99999999999999 99 9999 000 9 9 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 111 3 2 6 77777 4 4 2 55555555 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 4 4 5 0 4 444 6 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-TACA-GATA-----------C----A------TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGTA---A---C---TATTT--AGT---AAAG---ATG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----AG-----AT--AAA---A---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAACAATTT-------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------G-T----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTTATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaATA------GGTCA-TGCATAG-----A-------TATTT--AGT---AAAG---TAA-T-ACA--TT-------GAGCGT--G----GG------T--G--------------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAAATGTGTATA-----TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----T-T----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : AATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATGCTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-TTCA-TATAATACGTAAAGTT----A------CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTT---A---CAATTATTT--AGT---AAAG---AAG-TGACAAATT-------GAATGGTTG----GG-----GTTGGGG---T----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-TGCA-CATT-----------T----AGTTG--TT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACAA---C---TATTT--AGT-----------------C-ACTT-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT--GAG--------G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-TACATTATAAAGT-------T----A------CT---TGAT---CA------GAACA-AGCATAGTTACAA---C---AATTT--AGTA--AAAA---AAG-T-ACAACTT---------------------A-----GT--GAG---A----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC--------ATA-----------T----A------TT---TGA-------------GACA-TGTA----------------TATTT--AAT---TAAG---GAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--A----G----------GAC---A----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATCAATTTTATACT-----ATGTATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT--TTAT-------------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTATATACTATAGTAGT------T----A------CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT---A---CG--TATTTTAAGT---ACAG---AAG-T-ACTGTTT-------GCGT-----------------T--CAG---G----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAACAATTTTAAACA-----CTGTATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C--------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATATTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-TACG-TATA-----------TTGTTA------CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT---A---C---AACTA--AGTGATAAAA---AAGAT-GAAA-TT-------GAG-----------------------G---A----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA-----------CT-----GTGTATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A------------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTGCTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-TACA-TACA-----------T----A------CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT---T---C---TTTTC--AGT---AAAG---AAA-T-GCAGCTT-------GAATGGC-G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAACATGTTAATACT-----CTGTATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CA-----GGT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTGGTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-CACA-TATG-----------T-----------------------TA------A-------TATA------A---C---TATTT--AGT---AAAGCATAAA-T-G-AA-TT-------AAGTGG--T----GG-----CA--AAG---A------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---T---AATTTTGTATA-----TAATATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------G-T----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTACTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-TATA-TAGA-----------T----A------CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT---AGAAC---TTTTT--AAT---AAAG---AAG---------------------GG--G----AG-----GC--AAG---ACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGCCATA--CAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAACAA---TA-----------GTAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G------TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTGC
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTTTATATA-----TTGTTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTA-T----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-TTCT-TATA-----------T----AGTAG--CT---TGAGACATA------CGGCA-------------A---C---TATTT--AAT---AAAG---AAA-T-ATAACTC-------GAGTTG--G----GG-----CT--AAG---G----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : A----TAAAGAA-------A---------------T---ATA----AC----TC-----------G----A------GT---TGGGGCTAA------GGACA-------------A---C---TATTT--AGT---TAAG---AAA-T-ACAACTTTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GT--GGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGT-----AA------------AACAATTTTATATA-----TTGTACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----A-A----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGC-TA-A-----------C----AAAGGCTCT---TGAGACGCA------GGACT-TGTATAGTTACAA---C---TATTC--AGT---TTAA---TAG-T-ACAAC
gi|9 : TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAACAAGTTTATACATTATTTTGTATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----T-TAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg
blockSeqs : A ACA TT CAGTCCTGTTATTGTC CT AA T . C AAC TACACACGACGT C TTTT G AACAAACTCGTACAAATATACTATATACTATAGTAGTTA . CATGCC AT GTTACAAT TA GATA CAT A G A TAGAGAGGGGTGGGTTGAGGGTGGGGGGAGCAATCA T TAC . C A TTAA T A T CATTATTT T ATTTTTTTAAAAAAAAAGATATTTGTATTTGATATATCTGTAT A C AAT TAAAAA CG T A G TA C TG GA T AA . T A T C G TTA CA
blockSeqs : . . . ACTGAACCTT . . . . C . TACAATCACAAA . . C ATTCTTTCATATAATACGTAAAGTTA . . T GTTACAAC . AA . . . C GAATGGTTGGGGTTGGGGTGCAGTCA T TAA . G . CT T T T TAT . ATAAACTTTTTAAAATATATATATATATATTAATA . . AAT . . C . G TA G CG GC A . . T A A T A ATT CT
blockSeqs : . . . ACACTT . . . . T . TAGAATGATAA . . T AACATATGCTTACATTATAAAGTTA . . T GTTACAAC . A . . . C GGGTGAGGGAGGTCGTGAGGCAGTT C TAC . G . T A T A CTA . AAAATTTTGAATAGAAGAATATTTGTATTTTAAA . . AAT . . A . G TG G C . G . . T A A G T AGT TC
blockSeqs : . . . AGACTT . . . . T . AACAAT . . C AACATATGCTTGCACATTTAGTTG . . T GTTAGAAC . A . . . C GAGTGGAGGACAGCCAATCGTCA T TAC . A . A A G T CAC . AAAAATTAAATCAATATCAATTAATTGTCTATT . . AGT . . T . G . G T . T . . T A . G G . C
blockSeqs : . . . CTT . . . . G . AACAAG . . C TAGTGTTACATAATTATATAGATA . . A GTTACAAC . T . . . T GAATGGCGGGGTGAGAGCAGTTG T TAC . G . T A T T CTG . ACTAATAAGATGATATTTGTTGCAACAG . . AAT . . C . G . T T . G . . . . .
blockSeqs : . . . CTT . . . . G . TACAAT . . G AACGTATGCTTTCTTATATAGTAG . . T ACTACG . A . . . C GGGAGGCAAGACAAAGCATCA T GA . A . T A T T CTC . AACAAAAAACAGATATTTATAGCAGGT . . TAT . . C . G . C T . A . . . .
blockSeqs : . . . ACT . . . . G . TACAA . . G ACATGCTTAGCTAACAAAGGCT . . T ATTAC . A . . . C GCGTTCAGGGCTGTCA C C . A . T A T T TAT . CAATGTTTGGTTAAATAAATTCCGTGT . . A . . C . T . T G . T . .
blockSeqs : . . . AGT . . . . A . TGCAA . . T ATATGCTTACGTATATTGTTA . . C GTTTC . A . . . C AAGTGGTGGCAAAGAT T C . G . T A G T TAT . AGAATTTATAGCAAATATTCATAT . . . . . . . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . . G . TAAA . . T TTTTTATGCTCACATATGT . . T GA . A . . . C AGTGAGAGACAGTA . C . G . T . . . TAT . AAACAATGAGATGCGTATCTCT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . AAA . . A ATATGTTTACATACATA . . T AC . A . . . . GAGCGTGGGTG . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . TAC . . T ATATAACTCGA . . . AC . T . . . . GAGGAGGAG . C .
blockSeqs : . . . . G . TAA . . A AGCATATA . . . AC . T . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . .
blockSeqCons : TACAA***************** *** GTTAAC******** TAC CAT***** AAT ** ****
originalCons : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT---A---C---TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
finalCons : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGATACAA-----------------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTTAAC--------TATTT--AGT---AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT--GAG---A----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACAT-----TGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----G-T----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333 2222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 22 11 11 111 222
lowQualScore : 4 777 66 88888888888888888888888 44 44 3 3 1 555 5555555555555555555555 3 6666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 0 888888 3 0 99999 33 2 555 2 2 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 666 3 1 3 77777 2 4 2 44444444 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 666 111111 55 3 4 1 22 2 00 00 6 66 9999 1 1 7 1 1 000 0 222
lowQualScore : . ... .. ....................... .. .. . . . ... ...................... . .... . ................................................................. ... . ...... . . ..... .. . ... . . . ................................................... . ... . . . ..... . . . ........ . ............................................................................. . . ... ...... .. . . . .. . .. .. . .. .... . . . . . ... . ...
lowQualScore : 4 888 11 44444444444444444444444 22 22 1 1 0 444 2222222222222222222222 1 5555 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 888888 1 2 99999 99 9 000 9 9 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 111 3 2 6 77777 4 4 2 55555555 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222 555555 55 2 4 1 88 4 44 00 3 11 4444 4 4 5 0 4 444 6 000
consensus : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT--A--ACTATTT--AGT-AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----GT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
Reference ( family-2925 ) : ACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------TTATTTACCA--TCT--CAGGTAA-CACATGTT-ACAACATNAGA---GAATGAT------ACA----A-------A-ATCA----TNAAGAA-------A---------------T---ATGCT-TACA-TATA-----------T----A------CT---TGAGACATA------GGACA-TGTATAGTT--A--ACTATTT--AGT-AAAG---AAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATATACAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-T---TAACAATTTTATACA-----TTGTATGCAATA-T-AAT---------AA------T----A--AGATAN--ATA---T-------TTG-T----A---CA-----GT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAGTANA-NACAT--ATNTAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAACATAGATTTCCAACATATCAATACATGNAAGTCGAATATANTTACTCCATGCATTATTGAATATTA-C-AAATGTAAGAGTCA
gi|1 : ACAACAAAAA-AAA---CA--A-A--G-----T--------------ATTTACCA--TCT--TCGGTAA-CACATGTTTACTACTTTGTA---GAATGAA------ACA----A-------A---TA----TAAAGAA-------AACA------------T---ACTCT-TACA-GATA-----------C----A------TTCCATTAGACATA------AGGTG-TGTTCAGT---A--ACTATTT--AGT-AAAG---ATG-T-ACAACTT-------GAGTGG--G----AG-----AT---AAAA---------------AAACA--ATCGAATGTAGCTGTACA---GC-TATTTCAGTGTCATACAAAAT-AA-G---TAACAATTT-------------------AATA-T-A-------------------------------------------------TTG-T----A----------GT----TTT-GCT-GGAA----C------AG--AACA------GTTTA-TAGTAGA-TACAT--ATTTAGAAAT-C--CTGTCATGTTATTTAGCAATTATATTTTAATACAAATTCCCAAAATATCAATACATAAATGTCAAATATATTTACTCCATGCATTATTGAATATTACC-GAATGTAAGAGTCA
gi|10 : aacaacaATA------GGTCA-TGCATAG-------A-TATTT--AGT-AAAG---TAA-T-ACA--TT-------GAGCGT--G----GG------T---G-----------------------TACTCGTTTGTAGCTACA--CAGGCATGTTTC-ATGTCACCCAATGC-AT-T---TATCAAATGTGTATA-----TGATATGCAATCTT-AAA---------AA------T----T--AAATCA--ATA---TCAATTAATTG-T----C---TA-----TT----TTT-GCT-GGA--TTTC-------A--AATAAAT-AGGCTC--CAATACATGAGAT--ATgccttagataaagtgaagggcaatatgttggttattttatttactaaaccatgataatgaaatagagtatcaaaagttcgtc
gi|10 : AATGGA-CACAC--ATTTAGAAATGT--AT-----ATGCTTTAGCGATT----TTTAACATAGATTTCCAACGTATC-ATACAtaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaaatggacacacatttagaaatgtatatgctttagcgatttttaacatagatttccaacgtatcataca
gi|11 : ataggtcatgcatagatatttagtaaagtaatacattgagcgtgggtgtactcgtttgtagctacacaggcatgtttcatgtcacccaatgcatttatcaaatgtgtatatgatatgcaatcttaaaaattaaatcaatatcaattaattgtctatttttgctggatttcaaataaataggctccaatacatgagatattaacacattgcacatatacgcatacctatgttcatgaaACAA-CAA---TA--A-C--T-----T------------TTATTTTTCA--TCT--CAGGTAA-AACAT---------ATCGGA---GAATGAA------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAA-------A---------------T----T-CT-TTCA-TATAATACGTAAAGTT----A------CT---TGAGACATA------GGGCA-TGTATAGTTACA--ATTATTT--AGT-AAAG---AAG-TGACAAATT-------GAATGGTTG----GG-----GTTG-GGGT----G-CA---GTCAAATTATAATGGAATGTAGCT
gi|12 : ------------TTATATACCG--TCT--CGGGTAC-CGCACTTT-ACATCATCATA---GAACAAT------ACACACGACGT----A-ACCA----TCCAGAA-------AACA------------T---ATGCT-TGCA-CATT-----------T----AGTTG--TT---TGAGACATA------GGACA-TGTGTAGTTACA--ACTATTT--AGT---------------C-ACTT-------GGGTGA--G----GGAGGTCGT---GAG-----G-CA---GTT--------------TATAGC--TATACAGGCATGTTTC-GTtttaaaattatataaattttgtgt
gi|13 : --G-----T------------TTATTAATTA--TCT--CAGGTAA-GACATGTT-GCAACATTAGA---TAATGA-------A-A----A-------A-ATCATTTTTTAAGAAAAC----A---------------T---ATGCT-TACATTATAAAGT-------T----A------CT---TGAT---CA------GAACA-AGCATAGTTACA--ACAATTT--AGTAAAAA---AAG-T-ACAACTT---------------------A-----GT---GAGA----GACA---GT-AAAACATGATCGAATtaatactttgtatatagt
gi|14 : acACAAAAACAA-CAT---TA--C-C--T-----T------------TTCTTTACCA--TTT--TAGTTAA-CACATGTT-ACAACATTAGA---GAATTATAGAATGATA----A-------G-ATCA----TCAAGAA-------A---------------------GC--------ATA-----------T----A------TT---TGA-------------GACA-TGTATATTT--A--ATT-----------AAG---GAG-T-ACAACTT-------GAGTGG--A----G-----------GACA----GCCAATCGTCAAAACATaca
gi|15 : aAAAAGATAATCGAATGCATCCATA--CAGGCATGTTTC-GTGTCAGACAATGT-AA-A---TATCAATTTTATACT-----ATGTATGCAATA-T-AA
gi|16 : tacttacatatattacttagaatactacaaaggaaaaaaaattatcagccatcaaATAACATTGA-TAG---CA--A-A--CACT--T------------TTATTGATCA--TCT--CAGCTAA-CACATGTT-ACAGCATGAGA---CAATGAT------AC-------------A-ACCA----TCAAGAA-------A---------------acttcagataaaga
gi|2 : ACAACAAAAA-CAAACACA--A-A--C-----T------------TT--TTAT-------------TAATCACATGTT-ACAACATGAAC---GAATGAT------A------A-------A-AGCA----TGAAGAA-------AACAAACTCGTACAAAT---ATACTATATACTATAGTAGT------T----A------CT---TGAGATATGCATGCCGGACA-TGTATAACT--A--CGTATTTTAAGT-ACAG---AAG-T-ACTGTTT-------GCGT-----------------T---CAGG----G-CT---GTCAAAACATAATCGAATGTAGCTATAGA--GGCATGTTTC-GTGTCTGACAATGG-AA-T---TAACAATTTTAAACA-----CTGTATGCAATA-TAAAC---------AA------T----G--AGATGC--GTA---T-------CT-----------C-------T----TCT----------------------------AGTAAGGTTTTATAGTAGA-TACA------TAG---------T----TATATTTTA--------------ACAAAGCTTTCCAACATATCTATGCATGCAAGTCGAATATATTAACTCTATTCATTATTGAATATTA-CAAAATGTAAAAGTCAacaaatgtgtgtactactactgtcatataaa
gi|3 : agca------------TTATTCGTCA--TCT--CGGGTAA-CATATGTC-ATA---TGAGA---GAATGAA------ACA----AG------A-ATTA----TGGAAAC-------A---------------T---ATGCT-TACG-TATA-----------TTGTTA------CT---TGACACATA------GAAAAATGTATAATT--ACAACTAAGT--GAT-AAAA---AAGAT-GAAA-TT-------GAG------------------------GA----G-GA---G-----ACATAATCGAAT--------ATAAAAGTATGTTTT-GTGTCAAACACTGT-AA-T---TA-----------CT-----GTGTATGCAATA-T-AG----------AA------TTT--A--TAGCAA--ATA---T-------TCA-T----A-----------T----TTTAGCT-GGAATTTTC------AACGGA-AAGT-AGGTTTTATAGTAGA-TACAT--AT-TAGAAATGA--CT----TGTGCTTTAGCGG-TATATTTTAACATAGATTTCTTATATATCAATACATGTAAGTCAGTTACAATTACTCCATGCACTATTGCATATTA-CTAAATGTAAGAgccttaatttaagagaattttagatcaagataat
gi|4 : gACAACAACAA-CAA---CA--A-A--G-----T------------GTATTAACCA--TCT--CAGGTAA-CGCATGAT-ACAACATAAAA---GAATGAT------ACA----A-------ACGTCA----TTAACAA-------A---------------T---ATGTT-TACA-TACA-----------T----A------CT---TCAGATAAA------GGATA-CTTATCGTT--T---CTTTTC--AGT-AAAG---AAA-T-GCAGCTT-------GAATGGC-G----GG-----GT---GAGA----G-CA---GTTGGAACATAATCGAATGTAGCTATATACATCCATATTTT-GCGTCAGACAATGT-AA-T---TAACATGTTAATACT-----CTGTATGCAATA-C-AAC---------AA-----------A--AAACAG--ATA---T-------TTA-T----AG--CAG----GT----TTT-GCT-GGAATTTTC------AA--AACAAGT-AGGTTT--TAATATA-TATAT--ATATAGAAATGT--CT----TGTGGTGTAGTGGTTATATTCTATCATAGATTTCTAACAT--------ATGGAAGTCTGATATA---------------ATTGCATATTA-C-AAATATAAAAGTCAtgagagttaacgttaactcacgagaattcattcttgttgttcttatt
gi|5 : ACAACAATAA-CAA---CA--ACA--G-----TCCTGTTATTGTCTTATTTTCCACTTCT--CAGGTAA--ACACG------ACACGAGA---GAATGGT------A-A----A-------A-ATCA----CTAAGCA-------T---------------TTTTATGCT-CACA-TATG-----------T-----------------------TA---------------ATA--T--A--ACTATTT--AGT-AAAGCATAAA-T-G-AA-TT-------AAGTGG--T----GG-----CA---AAGA------------T---AACATAATCAAATATAGCTATA--CAAGCATGTTTC-GTGTCAAACAATGC-AG-T---T---AATTTTGTATA-----TAATATGCAATC-TCAAT---------GT------T----T--GGTTAA--ATAAATT-------CCG-T---------------GT----TTT-GCT-GAAATCATC------AA--AAAAAGT-AGGTCG--TAATACACGACAT--GTGTA
gi|5 : T--ATTTAGAAATGC--TT----TGTACTCTAACGATTACATTTTAACGTAcacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagtatttagaaatgctttgtactctaacgattacattttaacgta
gi|6 : acaacaataacaacaacagtcctgttattgtcttattttccacttctcaggtaaacacgacacgagagaatggtaaaaatcactaagcatttttatgctcacatatgttaatataactatttagtaaagcataaatgaattaagtggtggcaaagataacataatcaaatatagctatacaagcatgtttcgtgtcaaacaatgcagttaattttgtatataatatgcaatctcaatgtttggttaaataaattccgtgttttgctgaaatcatcaaaaaaagtaggtcgtaatacacgacatgtgtacacgtagtacataatacatatgtatatgaaaacgataagACACCAACAAACAA---CA--A-A--GACT--T------------TTATTTACTA--TTTAACATGT---TACATGTT-ACAACAGAGGA---GAATGAT------ACA----ATCACAAAA-AAAA----TAAAAAATAGTGTTA---------------C---ATAAT-TATA-TAGA-----------T----A------CT---TGAGACAAA------GGACT-TGTATAGTT--AGAACTTTTT--AAT-AAAG---AAG---------------------GG--G----AG-----GC---AAGACAAAG-CA----TCAACATATAATCGAATATAGCCATA--CAGGCATGTTTT-ATGTAAAAC-ACGT-AACT---TAACAA---TA-----------GTAT---ATA-T-ACT---------AA------T----A--AGAT-G--ATA---T-------TTG-TTGCAA---CA-----G-----TTT-ACT-AG----TTC------AA--AATAAAT-A---TC--TAG------ACGTGAATGCAGAATTGCAACA----TGTGC
gi|7 : atA---ATCAAAATATAATCGAATGTAGCTATA--CAGG------------TCAGACAATGT-AA-T---TAACCATTTTATATA-----TTGTTTGCAATA-T-ATTTTTTTAAAAAA------A----A--AGATATTTGTA---T-------TTGAT----A---TATCTGTAT----TTT-CCTCGGAGTTTTC------AA--ATCAAAT-GGGTTT--TATAATA-GATAA--AAATAGAAATGC--CT----TGTGCTTTAGCGATTATATTTTAATATAGGTTTCCAACATATCAAAACATGGAAGTCGAATATAAGTAGTCCATGCATTATTGACTGTTGTC-AAATGGAAGAGTCAacgtcattttgataagtcaatctaaatttcttattcagatataaatg
gi|8 : AACAGCAA-CAA---CATTA-ACTGAACCTT------------TTATTTACTA--TCT--CAGATAA-CTTGTGTA-ACAACAACAAAAACGATTGAT------GCA----A----------TCG----TTAAGAA-------AACG------------T---ATGCT-TTCT-TATA-----------T----AGTAG--CT---TGAGACATA------CGGCA---------------ACTATTT--AAT-AAAG---AAA-T-ATAACTC-------GAGTTG--G----GG-----CT---AAGG----A-CA---ttcttaactaacgagaagatcaacatattggtttttcttatttacgagttccactatacaaaatatgtattaaaacgtc
gi|8 : --A--ACTATTT--AGT-TAAG---AAA-T-ACAACTTTAGAGAGGGGTGG--GTTGAGG-----GTGGGGGGA----G-CA---ATCAAAGCATAATCGGATATAAC--TATACAGACATGTTTC-GTGT-----AA------------AACAATTTTATATA-----TTGTACACAATA-T-AA----------AA------TTTTGAATAGAAGA--ATA---T-------TTG-T----ATTTTA-----AA----TTC-GCT-GGAATTTTC------AA--AACactatttagttaagaaatacaactttagagaggggtgggttgagggtggggggagcaatcaaagcataatcggatataactatacagacatgtttcgtgtaaaacaattttatatattgtacacaatataaaattttgaatagaagaatatttgtattttaaattcgctggaattttcaaaac
gi|9 : aacagcaacaacattaactgaaccttttatttactatctcagataacttgtgtaacaacaacaaaaacgattgatgcaatcgttaagaaaacgtatgctttcttatatagtagcttgagacatacggcaactatttaataaagaaatataactcgagttggggctaaggacTATTAACCA--TTT--CAGGTTA-CACGTGTT-ATGATATGAGA---GAATGAT------ACA----AT------A-ATCA----AGAAAAC-------A---------------C---ATGCT-TAGC-TA-A-----------C----AAAGGCTCT---TGAGACGCA------GGACT-TGTATAGTTACA--ACTATTC--AGT-TTAA---TAG-T-ACAAC
gi|9 : TATACAGGCCTGTTTC-GTGTCAGACAATGTAAA-TTAATAACAAGTTTATACATTATTTTGTATG--ATA-T--AT---------AAACTTTTT----A--AAATAT--ATA---T-------ATA-T----A---TA-----TTAATATTT-GCT-GGTATTTTTTAAAAAAA--AACAAGT-ATATTTTGTAGTATA-AACATGCATTTAGAAATGC--CT----TGTacattatacaggcctgtttcgtgtcagacaatgtaaattaataacaagtttatacattattttgtatgatatataaactttttaaaatatatatatatatattaatatttgctggtattttttaaaaaaaaacaagtatattttgtagtataaacatgcatttagaaatgccttgtagaatgtttactggttg