lowQualScore : 1 777 1 1 1 1 333 22 3333333333333333333 1 11111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1 1 22222 11111 1 1 888888888 11 1 1111111 1 111 11111 11111 555555555555 22222 1 1
lowQualScore : 5 6 000 7 6 7 6 6 6 7 2 3 4 5 555 2 77 5555555555555555555 888 2 1 3 77777 88 88 888888 44444444 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 8888888 77777 2 2 7 4 5 88888 44444 1 0 1 3 1 3 999999999 1 66 1 7777777 3 2 5 99 3 111 66666 66666 333333333333 3 1 66666 2 3 0 6 6 6 0
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . . . . ... . .. ................... ... . . . ..... .. .. ...... ........ .............................................. . ....... ..... . . . . . ..... ..... . . . . . . ......... . .. . ....... . . . .. . ... ..... ..... ............ . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 000 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 000 5 55 3333333333333333333 888 2 0 7 77777 55 55 999999 00000000 4444444444444444444444444444444444444444444444 9 6666666 11111 9 9 3 1 1 66666 33333 7 9 4 9 6 9 333333333 8 88 0 0000000 3 7 0 22 5 777 77777 77777 333333333333 3 0 55555 3 5 8 0 7 7 7
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGGNAANTGGNAAATATGTCTAAGATTGNCTATTATTAA----TTTA--TTCCGTAT-TGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCCTTTTTTTCTGGAAAATTAAAAAAAAAAANGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACGTTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAAA-----TAT-----CAATAC------------GATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACCG-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAAACAATG
Reference ( gi|2 ) : CACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACGTTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAAA-----TAT-----CAATAT------------GATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAAATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACGTTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAAA-----TAT-----CAATAT------------GATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAAATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|3 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACCTATTTTTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCGAAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAAA-----TAT-----CAACAC------------GATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATCA-----TTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATG
gi|12 : TAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C----------------CCT--CCTTATTAATTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|22 : A---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACTcttataaa
gi|18 : t---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--CCAC--T---CT--A-----ATA
gi|23 : acagtcaccaaactt---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAAcccccccccccccccccacctatttttctggaaaatcaaaaaataaaac
gi|21 : ---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAt
gi|13 : catTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|19 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACGCC
gi|20 : ttgaattacTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAAcaccacctacttttctggaaaattagaaaa
gi|6 : atcatatACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCC--CCCCTCCCTTTTTTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAAC-TTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGT---------tc
gi|14 : TATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACatatttaaatggccaac
gi|8 : gCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAGTTCGA-GAGCCGACTTTCGC
gi|7 : aaaaaataaaacgtaCCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTCTCATCAC------TGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGT---------
gi|17 : cccccacccccttttttccgaataattaaaaaataaaacataTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACAatatttaaatg
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccataTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|15 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|4 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATGTTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAAA-----TAT-----CAATAC------------GATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT-----ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTC-TATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACGTTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAAA-----TAT-----CAATAC------------GATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT-----ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|10 : AAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATAC-----CGATATAAACAC------GATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACCGTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATGg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAAA-----CACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACCGTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 333 55555 222 33 2222 11 2 1111111111111111 1111111111111 1111111 22222 11111 222222 111 5555555555555 1111 333333
lowQualScore : 3 555 4 4 00000 4 0 11 1 1 6 0 999 11 00 8888 88 6 0 777 77777 77 33 3333333333333333 555555 6666666666666 0 7 1 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 555555 6 1 5 666 77 1 000 8888888888888 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . .. . . . . ... .. .. .... .. . . ... ..... .. .. ................ ...... ............. . . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ............. .... ...... . .
lowQualScore : 0 000 0 0 00000 0 7 77 0 0 7 7 333 77 77 3333 33 7 0 888 11111 99 99 4444444444444444 777777 1111111111111 3 4 0 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 555555 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTA--ATTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCC-----T-NTTTTTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAA-----AAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGGNAANTGGNAAATATGTCTAAGATTGNCTATTATTAA----TTTA--TTCCGTAT-TGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCC-----T-TTTTTTCTGGAAAATTAAAAAAAAAAANGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT---ATTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCG--ATATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG------NNNNNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tT-TGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C----------------CCT--CCTTATTA-----A-TTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : taattttatTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNN--NNNNNNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--N--NNNNNNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCC--CCCCCCCCCCACCT-ATTTTTCTGGAAAATCAAAAAATAAAA
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACGCCC--ACC--ACC-----T-ACTTTTCTGGAAAATTAGAAAAc
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCC--AT-TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----T-ATTTTTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-------------ATATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-------------ATATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCC--CCCC-TCC-----C-TTTTTTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : C--CCCCACCC-----CCTTTTTTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAAACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111111111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 3333333333333333 555555 2222222222 1 55 0 3 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ ...... .......... . .. . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 4444444444444444 777777 3333333333 0 00 8 6 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCC-----TATTT--TTCCGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCC-----TNTTT--TTCCGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG------NNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C----------------CCT--CCTTAT-------TAATTAATTCTGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNN--NNNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--N--NNNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCC--CCCCCCCCCCACCTATTT--TTCTGGAA-AATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACGCCC--ACC--ACC-----TACTT--TTCTGGAA-AATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATTT--TTCTTGAA-AATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCC--CCCC-TCC-----CTTTT--TTCCGGAT-AATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : C--CCCCACCC-----CCTTT--TTTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111111111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 3333333333333333 555555 0000000000 2 55 0 3 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ ...... .......... . .. . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 4444444444444444 777777 2222222222 2 00 8 6 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCNCCC-----TATTT--TTCCGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCC--CCCCANCC-----TATTT--TTCCGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG------NNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C----------------CCT--CCTTAT-------TAATTAATTCTGGAA-AATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNN--NNNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--N--NNNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCC--CCCCCCCCCCACCTATTT--TTCTGGAA-AATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACGCCC--ACC--ACC-----TACTT--TTCTGGAA-AATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCA--CGNNNNNN-----NNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATTT--TTCTTGAA-AATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCC--CCCCTCCC-----T-TTT--TTCCGGAT-AATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : C--CCCCACCC-----CCTTT--TTTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 4444444444444444 33 2 55 99999 4 666666 0 0 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ .. . .. ..... . ...... . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 0000000000000000 33 3 00 11111 5 999999 8 3 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT--T---TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCNC--CC-----TATT--T---TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG----NNNNN--NN-----NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----C------------------------------CCCTCCCTC--CT-----TATTAATTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNNNNNNNN--NN-----NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--NNNNNNN--NN-----NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCCCCCCCC--CCCCACCTATT--T---TTCTGGAAAATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACGCCCACC--A--CC-----TACT--T---TTCTGGAAAATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATT--T---TTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCCCCCCTC--CC-----T-TT--T---TTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : CCCCCACCC--CC-----T-TT--T---TTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 3333333333333333 1111 55 99999 4 666666 0 0 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ .... .. ..... . ...... . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 4444444444444444 3333 00 11111 5 999999 8 3 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG----NNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C---------------------CCTC--CT-----TATTAATTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNNNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--NNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCCCCCCCC--CCCCACCTATT---T--TTCTGGAAAATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACG--CCCACCA--CC-----TACT---T--TTCTGGAAAATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATT---T--TTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCCCCCCTC--CC-----T-TT---T--TTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : CCCCCACCC--CC-----T-TT---T--TTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 3333333333333333 1111 55 99999 4 666666 0 0 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ .... .. ..... . ...... . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 4444444444444444 3333 00 11111 5 999999 8 3 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG----NNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C---------------------CCTC--CT-----TATTAATTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNNNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--NNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCCCCCCCC--CCCCACCTATT---T--TTCTGGAAAATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACG--CCCACCA--CC-----TACT---T--TTCTGGAAAATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATT---T--TTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCCCCCCTC--CC-----T-TT---T--TTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : CCCCCACCC--CC-----T-TT---T--TTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG
blockSeqs : G TTA A A . T G AAGA TT AACA ACC ATT TTT CCCCA AC CA CCCACTCTT GNNN AA CCACC N AATTAA A TACCGGG ACCGG A A GTACG CGTTA TCA TCACTT T C T AAG AA G CTG ACACGATGCCAATA GGTA ACCGT A G
blockSeqs : . A . . A ATA . . AT . CACTCTA CCCC . . A N . TACCGGG . . . GTACG . TTG TCACTT . G T AAG . A . ACACGATACCGA . ACCAA . G
blockSeqs : . . . . . . . ACTCTA ACCA . . N N . . . . . . . TCA TCGCTC . C T AAG . A . A . ACCGT . G
blockSeqs : . . . . ACTCCA CCCC . . N N . . . . . . . TCG TAGTT . C T . . A . A . ATC . G
blockSeqs : . . . . ACCCAA CCCC . . A T . . . . . . . TCG . . T . . . A . A . . . .
blockSeqs : . . . . TCTA GN . . A T . . . . . . . . T . . . G . A . . . .
blockSeqs : . . . . TCTT GC . . N N . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTTA G . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . CCTA . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . TCTT . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . CCC . . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TCGCTT AAG
originalCons : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
finalCons : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Alignments
lowQualScore : 222 22222 3333 11 2222 111 1111111111111111 1111 1111111 22222 11111 222222 111 4444444444444444444444444 1111 333333
lowQualScore : 1 111 1 1 77777 1 0 6 3333 88 1111 777 0 333 777 77777 77 33 3333333333333333 1111 55 99999 4 666666 0 0 2 7777777 66666 2 2 55555 22222 333 000000 6 1 5 666 77 1 000 9999999999999999999999999 2222 333333 5 4
lowQualScore : . ... . . ..... . . . .... .. .... ... . ... ... ..... .. .. ................ .... .. ..... . ...... . . . ....... ..... . . ..... ..... ... ...... . . . ... .. . ... ......................... .... ...... . .
lowQualScore : 0 555 0 0 55555 0 7 7 0000 33 2222 000 2 888 888 11111 99 99 4444444444444444 3333 00 11111 5 999999 8 3 7 3333333 77777 7 7 00000 55555 888 777777 7 7 0 999 99 4 000 6666666666666666666666666 1111 333333 7 3
consensus : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
Reference ( family-2922 ) : CACTACTAGTATGTTTTTNAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTNAAACGTAATTTACANTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAANTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATACGGACAATTGGAAAATATGTTTAA--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACGCCCCCCCCC--CC-----TATT---T--TTCCGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTTCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGGTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCGAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCATACC-G-ATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATG
gi|1 : CACTACTAGTATGTTTTTTAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATGTA---AGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTTAAACATAATTTACATTTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGGAAACAGTCTTAATCTTTTTTTTTCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|1 : aAAAAAAAAAAAAAAATTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTTA---TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCTACG-TTCACAAGGTCAGGTAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCAAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaaaaaaaattctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagcctacgttcacaaggtcaggtagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcaaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcagaagttaaccatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|10 : acactactagtatgttttttaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatgtaagatcaatgttcttcccttattataatttatgtttaaacataatttacatttcccatagatatttctgccttagttggggaaacagtcttaatctttttttttcagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCACGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGACGTAATAATGGTCGGCAAACATC--AAAGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCA---AGAAACACGATACCGA-------------TATA----AACACGATACCGTAATTGATATAAAGCGGGCTCTAGCATACC-GTATAATTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCTTGAGAATTGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAAAAACAATG
gi|11 : ---ATACCGTATATTCCCTTATTAACACCCCCACC--C--C--T---CT--A-----ATAAACG----NNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGAA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTTAACATACATTTTAGTTCTATACACT
gi|12 : tTAA----TTT--------TATTTGTA---ATACCATATATTCCTTTATTAATGC-----CC--C--C--T---C---------------------CCTC--CT-----TATTAATTAATTCTGGAAAATTAAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCATATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-ATAATACCAATTAAACACTCAACATA
gi|13 : TACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CCACC--C--T---CT--T-----ATAAACGNNNNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATA
gi|14 : GTATATCCCCTTATTAACAC-----TCATC--C--T---TT--A-----ATAAACG--NNNNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTA-------T-----CT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATAC
gi|15 : TTGAATCCTGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAAT-----------------GT-TA-GTAATACCAATTAAATACTAAACATACATTTTAGATCTATAC
gi|16 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcaagatctggggaaccatgTTTAATCCAGATATTTAAAAAGCACAAA-CTCACATTAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTACACTCTTAACATAC
gi|17 : gggattttcaagacggggatcaaattcaacagtttttcaagatctgtgctaactatgTTTAATCCAGATACCTAAAAAGCACAAAACTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACA
gi|18 : agggtttttcaagatgggcatcaaattcaagggtttttcatgatctgtgcaaaccata---ATACCGTATATTTCCTTATAAACGC-----CC--C--CACT---CT--A-----ATACCCCCCCCCCCCC--CCCCACCTATT---T--TTCTGGAAAATCAAAAAATAAAAC
gi|19 : acagtcaccaaacttTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CG--C--C--C---CC--ACTCTTATAAACG--CCCACCA--CC-----TACT---T--TTCTGGAAAATTAGAAAA
gi|2 : ttgaattacCACTACTAGTATGTTTTTGAAATGAACAAAAGCAGAACATTGAATTTGGTACAAAAATACACTTTATAATTTATATATTAAGATCAATGTTCTTCCCTTATTATAATTTATGTTAAAACGTAATTTACAATTCCCATAGATATTTCTGCCTTAGTTGGGAAAACAGTCTCAATCTTTTTTTTCCAGAAATACCGAGCAGATTGTCCAATTCACGATTCCACGTCGTAGCTACATGCCCTTGATTGGAACTTCAAGTGTGAAAGACAAATCAGTAGATACTCAAGTGATGGTACATCCATTGTATGAGAATGTAAGTATAGTTGACACATATTG
gi|2 : AAAA-----AAAAATTTCTGGGAATTACAGCAAAACTTTTGTTCTTTTATTGTGAAAGGTCTATAATTGTGATCTCACATATGGACAATTGGAAAATATGTTT-A--TTGCTTA--ATTAA----TTTA--TTCCGTATATGAA---ATACCATATATTCCCTTATAAATGC-----CC--C--C--C---CT--A-----ATAAACACCACGNNNN--NN-----NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACTAATTAAACACTAAACATACTTTTTAGTTATATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCATCTCATCATCGTCAGTGTTTATTTCATCAGCAGATTATTCATTCAAAACGAGT---------GAGCCGACG-TTCACAAGGTCAGATAGACATGATAAGCAGGTTTTAAGAAATGTTAATGACGTAATAGTGGTTGGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAACTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATATGATACCGCAATTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATACCAA-ATATTTGTTTTTAACATGTTTTGAAAAAAGGGTGAGAATCGGAAGTTAACTATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaaatttctgggaattacagcaaaacttttgttcttttattgtgaaaggtctataattgtgatctcacatatggacaattggaaaatatgtttattgcttaattaatttattccgtatatgaaataccatatattcccttataaatgccccccctaataaacaccacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctttctaaatgaaaattcctttaatccagatacttaaaaagcacaaactcacataaaaatcgtatgttagtaatactaattaaacactaaacatactttttagttatatacactgttgtcaaagtataagaatcaatgtccaggactgtcataattcatctcatcatcgtcagtgtttatttcatcagcagattattcattcaaaacgagtgagccgacgttcacaaggtcagatagacatgataagcaggttttaagaaatgttaatgacgtaatagtggttggcaaacaccaaaggtgtcaaagctgccaactgcgaaatttcaagagcaagaaatatcaatatgataccgcaattgatgtaaagtgggctctagcataccaaatatttgtttttaacatgttttgaaaaaagggtgagaatcggaagttaactatttataaaaatgagggaaaaaaacaatg
gi|20 : cactactagtatgtttttgaaatgaacaaaagcagaacattgaatttggtacaaaaatacactttataatttatatattaagatcaatgttcttcccttattataatttatgttaaaacgtaatttacaattcccatagatatttctgccttagttgggaaaacagtctcaatcttttttttccagaaataccgagcagattgtccaattcacgattccacgtcgtagctacatgcccttgattggaacttcaagtgtgaaagacaaatcagtagatactcaagtgatggtacatccattgtatgagaatgtaagtatagttgacacatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CT--T--C--CACTCT--A-----ATAA
gi|21 : atcatat---ATACCGTATATTCCTTTATTAACGC-----CT--C--C--A---CTCCA-----ATAAAtc
gi|22 : catA---GTACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--T--C---CT--
gi|23 : ---ACACCATATATTCCCTTATTAACGC-----CC--CCAC--T---CT--T-----ATAAActtataaa
gi|3 : ATACGAGAAAGTGGTAAATAT-TCTAAGATTGACTATTATTAAAACATTCACCTTCCAT---TTAATTTATACCGTATATTCCCTTATTAACGC-----CC--C--C--C---CC-------------CCCCCTCCCCCAACC-----TATT---T--TTCTTGAAAATTAAAAAAAACAATGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCATATACTTAAAAAGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCAACTTGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATACACTCAAAATGAGTTCACTTCGAGAGCCAACGTTTCG-AAGGTCACGTAGGCATGATCAGCAGGTTTTAAGGAATATTTATGACGTAATAGTGGTCAGCAAACACC--AAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AACACGATACCGTAGTTGATGTAAAGTGGGCTCTAGCATATC------ATTGTTTTTAACATGTTTCTAAAAAAGCATGAGAATCGGAAGTTAACCATTTATAAAAAATTAGGAAAAAAACCAATGt
gi|4 : TTAAAAAGCACAAA-CTGACATAAAAATCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGTTCTATACACTGTTGTCAAA-----GCA-----TAAGGATCAATGTCCAGGACTGTCATAATTCGTCTCATTATCGTCACTGTTCATTTCATCAGCATATGATTCACTCAAAACAAGTTCACTTCGAGAGCCGATG-TTCACAAGGTCACGTAGGCATGATCAGTAGTTTTTAAGAAATATTTATGACGTAATAGTGGTCGGCAAACACCAAAAAGGTGTCAAAGCTGCCAGCTGCGAAATTTCAAGATCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAATTGTTCTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAAAATCTGAAGTAAAGCATTTAT-AAAAATGAGGAAAAAAATCAATG
gi|5 : GCACAAA-CTCACATAAAAACCGTA-------T-----GT-TA-GTAATACCAATTAAACACTAAACATACATTTTAGT-CTATACACTGTTGTCAAA-----GTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTAATAATTCGTCTCGTCATCATCACTGTTCATTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTCGCTCCGAGAGCCGACG-TTCGCAAGGTCATGTAGACATGATCAGCAGGTTTT---AAATATTTATGACATAATAGC-------------------GGTGTCAAAGCTGCTAGCTGCGAAATTTCAAGAGCA---AGAA-----------A-------------TATC----AATACGATACCGTAATTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCAT------ATAACTGTTTTTAACATGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCAGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGAGGGAAAAAAAAAATG
gi|6 : ACCGTATATTCCCTAATAAACGC-----CC--C--CACC---CA--A-----ATACCCCCCCCCCCTC--CC-----T-TT---T--TTCCGGATAATTAAAAAATAAAACGTAACTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCAAGATACTTAAAACGCACAAA-CTCACATAAAAATCGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATACTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCCGTC------TCGTCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTg
gi|7 : CCCCCACCC--CC-----T-TT---T--TTCCGAATAATTAAAAAATAAAACATACCTTTCTAAAGGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTAAAATGCACAAA-CTCACATAAAAATTGTATACCGGGT-----AT-TA-GTAATACATATTGAACACTAAACATAAATTTTAGTTCTGTACACTGTTGTCAAAGTACGGTA-----TAAGAATCAATGTCCAGGACTGTCATAATCTGTC------TCATCACTGTTCACTTCATCAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTatatttaaatggccaac
gi|8 : AAAAAATAAAACGTACCTTTCTAAATGAAAATTCCTTTAATCCAGATACTTTAAACGCATAAA-CTCACATAAAAATCGTA-------TACCGGGTATAAGAAATACAAATTGAACACTTAACATAAATTTTAGTTCTGTACATTGTTGTCAAA-----GTACGTTATAAGAACCAATGTCAAGGACTGTCATAATCCGTCTCGTCATCGTCACTGTTCACTTCATTAGCAGATGATTCACTCAAAACGAGTTAG-TTCGAGAGCCGACT-TTCGCatatttaaatg
gi|9 : AGGTCATGTAGACATGATCAGCAGG-------AAATATTTATGATGTAATAGTGGTCGGCAAACATC--AATGGTGTCAAAACTGCCAGCTGCAAAATGTCGAGAGCACTGAGAA-----------ACACGATGCCAATATACCGGTAAACACGATACCATAACTGATGTAAAGCGGGCTCTAGCGTACC-GTATAATTGCTTTTAACTTGTTTCGAAAAAAGCGTGAGAATCGGAAGTTAACCATTTAT-AAAAATGA-GAAAAGAAACAATG