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lowQualScore : . . . . . . . .... . ....... . . .... . .. ... ............. . . . ...... ........ . .. . ...... ............... ....... . . . ...... . ..... ............. . ... . . . ........ .... .. . . ........ . . . . .. . ... ....................... ..... ..... . . . ... ..... . .. . . . .. . ... . ...... .. .. . . ... ...... ... .................. .
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Reference ( gi|4 ) : TCAAATATCGAATTATTGCAGGATACAATTTAA-GTAGTTTATGTTTTGCGAATTAT-TATGCTCAAC--GACTTATAATTGAATGATGTTTAAATT---CTGTCC-AT---ATCTAAT-------------GTCCACAT-TATGTTTCAATA-ACGTATACATAT---TTTCTCTA-------AT-AAAGGGAGGTAATGTTTGATGGGTTCTTCCTCTATG-----AATT---------------AGCT----A--GACAGTGTGTTTGAAAATATAATTTGAAAACACTTGAAATGGTAGATTGGTAATTTGGTAGTAATTATTGTCAATAATA-----CAGAT---------ATTTGGATAACATCT---TATTTGAAATTATCGAATAGGATCTATTAAGTTTAATAACAAGTA-T--------TAACACTGTGCAA-ATATATAACCACACTAATGATA-ATCTTTTAATCAAAGTTTCAATCAACAACACTGGCCTGTGTTAAGCACATCAGGAGGTT--TTCGAT---A-------CGAAGC------T---AGCATAATTT-----ATCTAA---TTT-ATAATAAACAATTGTTTCATCA---ATATTTTAGCTCTCCTCATATGATTCTATTTATTCTCCAAGTAATTTCAATTCCTTCCGGTA-TCAGTTTT-TTTAACATTGACTTAACCT-TTCTC---ATGTCTGATTTACAAAACTAGCTTTGTTATGTC-CATTTTGGATAGGAATCATCAAT----GT---TATTGT-T-TTA---TTGGAGT--TTGTTGTTGTTGATGATA
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gi|1 : ttttcattcataaaatcaaagtactcaaatactgatggtgggattgctattagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-GCAATTTGTGTT--GTGAAATATCTATGCGCA-------------TGGAATGATGTCTAAGTTATAATGTCCAATTGAGTTTTAT-------------GGTTATATATATATATATATACATGTATA-ATATTGGTTTCTCTACCAGGCTATGAAAGAGAGAAAATGGCCAATGGTTGATTCCCCACTG-----ACTTTTAAAAACGCTTTAAAGTC----AGGGACAGTTTTTTTCAAAATATGATAGGAAAA
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gi|7 : aggctacagttaaagtGAATGATGTCTGAATT---ATATCC-AT---ATAAAAT-------------GTCCATAT-TATGTTTCAATA-ACGTATATATAT---TT-CTCTA-------GT-AAAGGGAGGTAAAGTCCAATGGGTTCTTCCTCTGTATTTTAAATT---------------AGCT----A--GACAGTTTTTTTGAAAATATAACTGGAAAACAATTTAAATGGTAGATCGGTA--------GTGATTCTTGACAATAAAA-----CAGATGGCAGGATAATT---ATAACATCT---AATTTGAAATTATCGAATATGATCTATTTAGTTTAATAACAAGTA-T--------AAACTCTGTGCAA-ATACATAACCACTCTAAAGATA-ATCTTTCAATCAAAGTTTCAATCATGTACACTGGTCGGTGCAAAGTATATCAGGAGGTT--TTCGAT---A-------CCAAGT------T---TGCATAATCT--------------TTC-AT--------ATTGTTTCATCATTTATATGTTCTCTCTCCTCATATGATTTGATTTCTTCTccacattatgtttcaataaagtatacacatttctctagtaaagggaggtaaagtctgatgggttcttcctctgtaaataagctagacagtgtttttgaaaatataatttcaaaacaatttaaattgtagattttttttttggtagtagtaattgacaataatacagatattagaataacatctctatattatcgattatgatctattaagtttaataacaaatatttacactgtgcaaatatataatcacactaaagataatcattcagtcaaagtttcaatcaacaacgctggcctgtgttaagcacaccaggaagttttcgataccatactagcataatttatctaatttatattaaacaattatttcatcaatatgttcgctctccttatatgttttgatttcttcaagtaatttcaattccttccggtatcaatttttaatgttgacttaaactttttcatgtctgattcgcaaaaatagttttgttgtgtcccttttggataggaatcatcaatgctgttgttgttacttttggagtttgttgttgttgttga
gi|3 : AT-------------GTCCACAT-TATGTTTCAATA-AAGTATACACAT---TT-CTCTA-------GT-AAAGGGAGGTAAAGTCTGATGGGTTCTTCCTCTGTA-----AATA---------------AGCT----A--GACAGTGTTTTTGAAAATATAATTTCAAAACAATTTAAATTGTAGATTTTTTTTTTGGTAGTAGTAATTGACAATAATA-----CAGAT---------ATTAGAATAACATCTC--TAT-----ATTATCGATTATGATCTATTAAGTTTAATAACAAATA-T--------TTACACTGTGCAA-ATATATAATCACACTAAAGATA-ATCATTCAGTCAAAGTTTCAATCAACAACGCTGGCCTGTGTTAAGCACACCAGGAAGTT--TTCGAT---A-------CCATAC------T---AGCATAATTT-----ATCTAA---TTT-ATATTAAACAATTATTTCATCA---ATATGTTCGCTCTCCTTATATGTTTTGAT---TTCTTCAAGTAATTTCAATTCCTTCCGGTA-TCAA--TT-TTTAATGTTGACTTAAACT-TTTTC---ATGTCTGATTCGCAAAAATAGTTTTGTTGTGTC-CCTTTTGGATAGGAATCATCAAT----GC---TGTTGT-TGTTACTTTTGGAGT--TTGTTGTTGTTGTTGA
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gi|9 : TT-TTTAACATTGACTAAACCC-TT-TT---ATGTATGATTCGTAAAACT---TTTTTTTTGTCGCACTTacccttttccaagcaaaaatgtcatttgttgttacaacggaatcatgatttgcagtcattcttgttattgttgacgatgatgctggtagttgtgacggttgttgtgatgttattatatcatcatcattaagttgatgtttcataagtgacctagtttcttcactctcaatctaactgtaaattgcttggtttatccaagatatat
gi|16 : attggtagtaacatttggcgacaagaataagataatcgagtatgatctatagagtttattaataagtattaacgctgtgttaatgaaactttcaatcaccagtaatggcctgtgcttagtaattcagggttttttagataccaatttcaaaacaaactttggcacaatctacctctttaatatatgatatatatatgttctctctcctcataagattttcT-TTTTA---ATGTCTGATTCGCAAA-CTAATTTTGATATGTC-GCTTTTGGATA-----TATCGTT----GT---TGTTGacttcttgaatgg
gi|1 : atTTTGGACAGCACACATCATTTCCAGTAAATATTGT-TGTTG---TTA------TTGTTTTTGTTGATGAT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-292 ) : TCAAATATCGAATCAATNCAGGATACCATT-AAAGTAGTTTGTGTTGTGCGAATTAT-TATGCCCATCGACTCATAATTGAATGATGTCTAAATTATATCTATATC-------------TAAT---GTCCACATTATGTTTCAATA-----ACGTATACAT-----------ATTT-CTCTA----GT----AAAGGGAGGTAATGTCCGATGGGTTCTTCCT--CTG-----TA-----AA-----TT---AGCT----A--GACAGTGTTTTTGAAAATATAATTTGAAAACAATTTAAATGGTAGA--TTGGTA--TTGGTAGTAATTATTGACAATAATA-----CAGGTATTAGA------ATAACATCT---TATTTGAAATTATCGAATATGATCTATTAAGTTTAATAACAAGTA-T--------TAACACTGTGCAA-ATATATAACCACACTAAAGATA-ATC-TTC-AATCAAAGTTTCAATCACCAACACTGGCCTGTGTAAAGTACATCAGGAGGTT--TTCGAT---ACCAA-------------GTT---AGCATAATCT-----ACCTAA---TTT----ATAATATACAATTGTTT-CATCA---ATATGTTCTCTCTCC---TCATATGATTTGATTTCTTCTC-CAAGTAATTTCAATTCCTTCCGGCA-TCA-TTTT--TTTAACATTGACTNAACCT-TTTTC---ATGTCTGATTCGCAAAACTAGTTTTGTTATGTCCCTTTTGGATAGGAATCATCANTGTTGTTGTTGTTATT----G-AGTTTGTTGTTGTTGNTGAT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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