lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333 11 11111111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 222222222222222222 33333333333 111 666666666
lowQualScore : 6 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 33 2 2 4 0000000000 2 33 2 3 44 22222222 5555 00000 444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 333 444444444444444 88 111111111111111111 55 55555555555 333 333333333 6 6
lowQualScore : . .. ........................................................................................................... .... .. . . . .......... . .. . . .. ........ .... ..... ... ................................................................................. . ... ............... .. .................. .. ........... ... ......... . .
lowQualScore : 2 88 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 22 4 4 7 6666666666 5 44 4 9 66 00000000 3333 77777 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 888 666666666666666 66 666666666666666666 77 00000000000 999 222222222 0 0
consensus : NACAGCCNGGGTCAT-A-TTGG-GCGG----GACNT--GGGAT-GAAAATGAG---AAAA-AA----TG--ACA--AT-----A-----A------T------GAA------GAT------GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTGAAT-TCAAA-ATCCCAATCCAAAA-------TTGAAT----C----CAA---GA----C-------A------T----------GACA---------------TG-GTAT--CG--------GAC---GTCC---ATACCTCATTTACA-C-AAAANATA----TG--GCGCACG--GAT-----GN----GGTA-ATTTTATNCCACGT-CCT-CCNANTCTGAGG--AATCTT-CCNCCTNTGCATGGGAAGA
Reference ( gi|4 ) : TACAGCCAGGATCATTA-TTGG-TTAGT---GACAG--AGGAA-GACAATGAG--TAAAA-GA----TG--ACA--CT-----A-----A------T------GAA------GAC------GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTGAAT-TCAAA-ATCCCAATCCAAAA-------CTGAAT----C----AAA---GA----C-------A------T----------GGTA---------------TG-GTAT--CA--------GAC---GTCT---ATACCTCATTTACA-C-AATATATA----TG--ATGCATG--GAT-----GG----GGTA-GTTTTATGCCACAT-TAT-CCAACACTGAGG--GATCTTGGCAAC-ATGCATAGGAGGA
gi|1 : ACAACCAGGA-CA------GG-GCAG----GACAT--GGGAT-GCCAATTA---TAACA-AA----TG--GCA--AT-----A-----ACGAGTAT------GAG------GAA------GATA----T--CT-G-AT-A----T---G-AAA-TT--CCTAAAT-TC-AA-ATCACAACCCAAAC-------TTGAAA----C----CAA---AACCTCC-------ATATTC-T----------GACA---------------AG-GTTT--TGC-------GAT---GTTC---ATACATCATTTACA-CAAATAAATA----TG---CGCATG--ATT-----GA----TATA-AGATTATATCATGT-CCT-CTTAT-CTGAGA--AATCTTTCCCCC-CTGCATGGGAAGA
gi|22 : agttaACAACCCGGGTTATAA-TTAG-ACGG----GACCT--GGGAT-AAAAATGAG---AAAA-AC----TA--ACAA-TT-----ATAAACA------T------AAA------AAT------GATG----T--CA-G-AT-A----T---G-AAA-GT--CCTGAAT-TT-AA-ATCTCAATCCAAAA-------tatat
gi|21 : atatatcaACAGCCTGTGTCAT-A-TCGA-GTCGG---GAATG--TGGAT-GAAAATA----TGAAC-AA----TG--ACA--AT-----A-----A------T------GAATATTGAAAT------GCTG----T--AA-G-AT-A----T---G-AAA-GT--CCAGAAT-TC-AT-ATTCCAATTCGAAA-------TTGAAt
gi|7 : tacatgtaAGCCTAAGTCAT-A-CTGAATTAG----GACAT--TGGAT-GATAATGAA--AAAAATAA----TA--ACA--AA-----A-----A------T------GAACATAAAGAT------GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-AT--ATTGAAT-CCAAG-ACCTCCAT
gi|8 : aatgaatgaatgaatagggtagtacgacccatcagtCCAGGGTCATCACTTGG-TAAGT----AC-T--ATGAA---CA-TGAG--AAAAA-AA----TG--ACAATTT-----A-----A------T------GAA------AAT------GATAATAAT--TA-G-AT-AGGAAT--T---AA-GT--CCTGCAT-TCAAA--TCTCAACCTAAAA-------TTGAAC----C----AAA---GA----C-------gtcttgacacccatacctcatatacacaaaaaatagcccctgtaatttgtaattttattatacatcctcc
gi|2 : ctttatgtgcacacatcataattgaatgaccgttaacaaccaggacA-TTGG-GTTGTTGAGACTG--GGGAT-GA-AA--AA--TAGAATAA----TG--A-A--CA-----A-----A--------------AA------GAT------GATA----T--CA-GTAT-A----T--T--AAA-GA--CCTGAAT-TCAAA--TCCCAATCCAAAA-------TTCAAT----C----AAG---TACCT-C-------AATACCCT----------GACA---------------TG-GTAT--AA--------CA----ATC----ATACTTTATTTACA-C-AAAAATTA----TC--AT-TATG--GAT-----GT----GTTA-ATTTTAATACACAT-TGT-CCCAGTCTGAGG--AActccatagcttgacataatattgcagcatcc
gi|3 : ataaataaacaaatgtggttttacaacctgctaacagacatggcaga---GACAACTAGAAT-GAAAGTTAG---AAAA-GG----TG--ACA--AT-----A-----A------T------AAACATAAAGAT------GATAA---T--TATG-AT-G----A--TA-ATA-AT--CCT-AAC-CCAGA-ATACAAAT-----A--------TGAAT----C----CAA---GG----C-------A------TCCATTATCTTGACC---------------TG-GTACTGCA---------AG---GTTC---ATGTCTCATTTACAGA-AAAAAATA----TGCCATG--TG--GATCTTCAGGTTGTGGTT-ATTTCATAGCACAT-CCTCCCAAAACTGAGT--AATC
gi|23 : GGAT-GAAACTGAG----AAA-AA----TG--ACA--ATCATGAAC----A------T------GAA------GAT------GATA----T--CA-G-AA-A----TCATG-AAA-GT--CTAGAAA-TCAAA-TTGCTAATCCAATA-------TTGAAT----C----AAA---GA----C-------ataccccaatgtgtgtggaagggtgtactg
gi|5 : gactagGGAATAAAAATGA----AAAATAA----TG--ATA--CC-----A-----AACA---TA-----GAAATG---GATT-----GGTA----T--TC-G-AC-A----T--T--AAA-GT--CCTGAATAT--AA-GTCCCAACCCAAAA-------TTGAAT----CCACGAAACTCGATGT-C-------T------T----------GATATATATATATACCCATTG-GCAT--GG--------TACTGTGTCTCAAATACCTCATTTACA-C-AAAAC-TA----TG--GCGCATG--GActctacatcttgac
gi|14 : aattaacgacccactattagccttggttatattgagtcgaaactgGAT-GAAAGTGAG--AAAAA-TA----TT--ATA--AT-----A-----A------C------GAA------CAT------GATA----C--CA-------------------A-GT--TCTGAAT-TCAAA--TCCAAATCCAAAA-------TTGAAT----C----
gi|6 : aaattaattgggttttataactcattagaagccatggtttgaacttgaAATGAG---AAAA-AC----TG--ACA--AT-----A-----A------T------AAA------CACAAAAATGATA----T--CA-G-TC-A----T---A-AAA-GT--CC--ATT-TCAAA-A-CTGAATTAAATA-------C---AT----C----CAA---AG----C-------T------T----------GACA---------------TG-GTAT--AATTGT----GAC---TTCC---ATGCCTCAATTACA-C-AAAATATA----TG--GCACGTG--GGT-----GG----GGCA-cattatctggataattatcatgaaatggtattgcaatg
gi|26 : aatgaataaatgaatatggttttacagctccttaacaagcaagggtcaaactgagtcaagcttgtggattgaAATGAG--AAAAA-AAAACATG--ACA--AT-----A-----A------T------GAACATGAAGAT------GATA----T--CA-G-AT-A----
gi|13 : gaaataaatgaatgaatttttacgatctatcaagtctgagtcataccgactttgATGGGGATAAAA-AA----TGGGACA--AT-----A-----A------TCAACATAAA------GAT------GATA----T--TA-G-ATCA----T--TATAAATGT--CCTGAAT-TTAAA--TCCCAATCCAAAA-------TTGAAT----C----CAA---CA----C-------aga
gi|24 : atgaataaatgaaagaagttttatgacctatgattagaggt-----A------T------GGA------GAT------AATA----TATCA-G-ATGA--------G-AAA-GT--CCTGAAT-TTAAA--TTCCAATCCAAAA-------TTGAAT----C----CAA---GA----ctccatatcttgatgaggtatagcaatgtccata
gi|9 : gataaacgaat------T------GAA------GATACAT--GAAA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-GTAATCTAAAT-TC-AA-ATCACAATCCAATA-------TTGTAT----C----CTC---CA----T-------ATCT---T----------GGCA---------------TT-GT--------------GAC---ACCC---ATACATCATTTATA-C-AAAATATA----T----TGCACAT-GAT-----GT----GATA-ATTacttcgacttcatatcgcgacaattgtattgcgacgtccata
gi|16 : ggac------T------GAA------GAT------GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-CT--CCTGAAT-TGAGATATCCCAAT-CAAAAGTTTATTCTTAGTTCTCC----ATA---G-----C-------T------T----------GATA---------------AG-GTGT--TACATATTACGAT---GTCC---GTA-CTCATTAACA-C-AA-ACATG----TA--GCGCACG--Ggataaacaattgtgataacatacctctacacacggaggcatgtatacatgtaaagttgtggata
gi|17 : tagcagatataaagaaatcgt----T--TA-G-AT-A----T---G-AAA-GC--ACTAAAT-TCAAA--TCCCAATCT----------------T---------------GA----C-------A------T----------GATA---------------TT-GCAA--CA--------A-------CC---ATACCTCATTTACA-----TATAAAAACCTG--GTGCATG--GAT-----GC----CGTA-ATTTTATGCTACAT-TCTCCCAAC-CTGTGGAAAATCT----ATCTATGCATGGG
gi|10 : AAT-TCAAA--TCCTAACCCAAAA-------TTGAAT----C----CAA---GA----CCTCCATAACT----T----------GATA---------------AG-GCAT--CGC-------AACAAGGCCC---ATACCTCCTTTACA-C-AA
gi|11 : gataactggatggacagttgttgggatttaaaacccgtaaccagccagggtgatagtgagtcaggactttggatgaaaaatgaaaaaaaatgacaaaaacA-ATCCCAGTCCTTAA-------CCTAAT----C----AAA---GACCTCC-------ATATCT-T----------GACA---------------TG-GTAT--TGT-------GGC---ATCC---ATACCTCATATACA-C-AA-AAATA----TG----GCGCG--AAT------G----TGTATACTTTATTCCACGT-CCT-CCCAATCTGGGG--AATaaagatat
gi|15 : c-------CTGAAT----C----CAA---GA----C-------C------TCCTT------GGTA---------------TGTGGGT--TA----------T---GTTT---GTG--TCATTTACA-C-AA-AT------------TGCATAACGAT-----GA----GTTA------ATGCCACGTCCGC-CCAAT-CTGAGG--AATCTCGactacccctctgcatgggatggtatactagtatacagtagtgggaatgttctaag
gi|18 : ---GA----C-------A------T----------GGTT---------------TT-GCGT--TA---------------TTA---ATAACTCATTAGCA-A-AA-ACATA----TG--GCAAATG--GAG-----GT----GGTA-AATTTATATCACGT-CTT-CCCAATCTGAGG--AATGTTttcttccccctccccctatgcatcgaagagcaaattatagcagtgggaatacattcttagc
gi|7 : tt--------GAC---ACCC---ATACCTCATATACA-C-AAAAAATA----accctataaatgtgagtgtatatctggcaaagtgaatattctag
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATTTCAGTTTAATGTTGATCCAATAACTACGTATTTGACATGTTATTGCGACGGCCAAACTTCATTAACACATATTAAGCAATGGCGCCCGAATGTGGTAATCTTATTCCACGCCTTCTCAATCTGGGGGGAATCCTGCCCCTACACACGTAAGGGTATAAATACCAGTCGGTATATTTTAA
Unaligned ( gi|19 ): ACGATCCGTTACAGTCACTGGTCATATATAGTCGGGACTGGGAATGAAAATGAGAAAAAAAGACAATACTGAATATGAAGAATATGGTACATGGATGTAGTCCCTCCCAATTTGAACAAAATTAACC
Unaligned ( gi|20 ): ACTTAAGGTTATATTAAGTCAGGGCTGGGGATAAAAATGAGAAAAGGGACAATTATGAATATGAAGATGATAACAGATATGGAAGTTGAAAATTGACACTTAAATCCAAAGAGTTCCATATTTTGA
Unaligned ( gi|25 ): GAATGAATGAAGAAATTGGGGTTAATGACCCATCAAGCCAATGTCATACAAACTCAGAGACGGTGGGGGGAAAAAATGACAATAATGGACATGAAGATGATATCTGATACAGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TAATCAAATCAGAGACCTCCATATATCTGGACATGTTATTCGACAGCCATATCTCATTAAGACAAA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGCTATAAATGCGATGTACGTAGATATTATTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111 333333333333333333333333333333333333 2222222222 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 333333333333333333
lowQualScore : 1 3 6 555 1 1111111 2 2 6666 4 2 2 2222 333 2 555555555555555555555555555555555555 6666 2 4444 22 1 1 3 7777777777 2 333 22 2 8888888 22 0 1 77777 4444 77777777 666666 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 777 2 33 2 2 8888 2 3 7777 222222222 1 1 3 11 4 1 5 66 66 999999999999999999 1 5
lowQualScore : . . . ... . ....... . . .... . . . .... ... . .................................... .... . .... .. . . . .......... . ... .. . ....... .. . . ..... .... ........ ...... . ................................................................................. . ... . .. . . .... . . .... ......... . . . .. . . . .. .. .................. . .
lowQualScore : 0 3 2 555 2 2222222 7 7 7777 7 2 1 1111 777 1 777777777777777777777777777777777777 0000 0 0000 66 9 9 8 0000000000 1 888 99 1 2222222 33 4 9 00000 2222 66666666 111111 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 888 2 22 7 7 3333 7 6 3333 333333333 0 0 3 77 0 0 3 11 11 444444444444444444 0 0
consensus : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTTG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GAT-A----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A----------T-----GAC---A---------------T--GGTAT---TGC-------G---A-C---GTC-CA--TACCTCATTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCT-CCCAATCT--GAGG--AATCT------------T--NCCCCTATGCATG-GGAAGA
Reference ( family-2765 ) : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACNTG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GAT-A----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A----------T-----GAC---A---------------T--GGTAT---CG--------G---A-C---GTC-CA--TACCTCATTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CACGGA---------TGNGGTA-ATTTTATNCCACGTCCT-CCNANTCT--GAGG--AATCT------------T--CCNCCTNTGCATG-GGAAGA
gi|1 : ACAACCAG-GA-CA-------GGG-C----AG-G-ACATG-GGATGCCAA-TTAT-AACA-A--A-TGG---CAA-T-----A------ACGAGTAT-GA------G------GAA----GAT-A----T--CT-G-AT-A----T---G-AAA-TT--CCTA--AAT-T--CA---AA--TCACAACCCAAACT-TGA-----A----AC--------CA------A-AA----------CCTCCATA----------TTCT--GAC---A---------------A--GGTTT---TGC-------G---A-T---GTT-CA--TACATCATTTACA-C-A----AATAAATATG-CG-CATGAT---------TGATATA-AGATTATATCATGTCCT-CTTA-TCT--GAGA--AATCT------------T--TCCCCCCTGCATG-GGAAGA
gi|10 : agttaCAGCCAG-GGTGAT-A-G-TGAGTC----AG-G-ACTTT-GGATGAAAAATGAA-AAAA-A----------------------------------------------------AT----GAC-A--------------------------AAA-AC--------AAT-T--CA---AA--TCCTAACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GACCTC------C------A----------T-----AACTTGA---------------TAAGGCAT---CGC-------A---A-CAAGGCC-CA--TACCTCCTTTACA-CAA----AA-AGATATtatat
gi|11 : gataactggatggacagttgttgggatttaaaacccgtaacA-ATCCCAGTCCTTAAC-CTA-----A----TC--------AA------A-GA----------CCTCCATA----------TCTT--GAC---A---------------T--GGTAT---TGT-------G---G-C---ATC-CA--TACCTCATATACA-C-A----AA-A-ATATGGCG-C--GAA---------TGTG-TATACTTTATTCCACGTCCT-CCCAATCT--GGGG--AATAC------------T--ACCCCTCTGCATG-GGA
gi|12 : cA-ATTTCAGTTTAATGT-TGA----------TC--------CA------ATAA----------CTACGT-A----------TTT---GAC---A---------------T--GTTAT---TGC-------G---A-C---GGC-CA--AACTTCATTAACA-C-ATATTAA-GCA-ATGGCG-CCCGAA---------TGTGGTA-ATCTTATTCCACGCCTT-CTCAATCTGGGGGG--AATCC------------T--GCCCCTACACACG-tggtatactagtatacagtagtgggaatgttctaag
gi|13 : G-GGATAAAAAATGGG-ACAATA--A-T-----CAA-C-----A-------------T-AA------A------GAT----GAT-A----T--TA-G-ATCA----T--TATAAATGT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-CACCTC------C------ATATCT-----T-----GAT---G---------------A--GGTAT---AGC-------A---A-T---GTC-CA--TAtaagggtataaataccagtcggtatattttaa
gi|14 : atgaataaatgaaagaagttttatgacctatgattagaggtatgG-A-ACTTG-AGATGAAAG-TGAG-AAAA-AT-A-TTA---TAA-T-----A------A------C-GA------A------CAT----GAT-A----C--CA-------------------A-GT--TCTG--AAT-T--CA---AA--TCCAAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CATTATCTG-GATAATTAT---C------A----------T-----GAA---A---------------T--GGTAT---TG--------
gi|15 : aaattaattgggttttataactcattagaagccatggttt-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C----------T-----C-C---T---------------T--GGTATG--TG--------GGTTA-T---GTT-TG--TG--TCATTTACA-C-A----AA-TTGCATAACG------A---------TGAGTTA-AT-----GCCACGTCCG-CCCAATCT--GAGG--AATCTCGTTCTTCCCCCT--CCCCCTATGCAT--CGAAGAcaatg
gi|16 : c------T-GA------A------GAT----GAT-A----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-CT--CCTG--AAT-T--GA---GATATCCCAATCAAAAGT-TTATTCTTAGTTCTC--------CA------T-AG----------C------T----------T-----GAT---A---------------A--GGTGT---TACATATTACG---A-T---GTC-CG--TA-CTCATTAACA-C------AA-ACATGTAGCG-CACGGgcaaattatagcagtgggaatacattcttagc
gi|17 : tagcagatataaagaaatcgt----T--TA-G-AT-A----T---G-AAA-GC--ACTA--AAT-T--C----AA-ATCCCAATC-----T-T--------------------------------GA----------C------A----------T-----GAT---A---------------T--TGCA------------------A-C---AAC-CA--TACCTCATTTACA-T-AT---AA-AAACCTGGTG-CATGGA---------TGCCGTA-ATTTTATGCTACATTCT-CCCAACCT--GTGGAAAATCT-----------------ATCTATGCATG-GG
gi|18 : ----------T-----GAC---A---------------T--GGTTT---TGC-------G---T-T---ATT-AA--TAACTCATTAGCA---A----AA-ACATATGGCA-AATGGA---------GGTGGTA-AATTTATATCACGTCTT-CCCAATCT--GAGG--AATGT------------T--AC-CCTATAAATG-TGA
gi|19 : tACAGTCACTGGTCAT-A-TATAGT-C----GG-G-ACTGG-GAATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-AGA---CAA-T-----A------C------T-GA------A------TAT----GAgtgtatatctggcaaagtgaatattctag
gi|2 : acgatccgtt-A-T-TGGG-TTGTTGA-G-ACTGG-GGATGAAAA-ATAG-AATA-A----TGA-----A-C-----A------A--------AA------A------GAT----GAT-A----T--CA-GTAT-A----T--T--AAA-GA--CCTG--AAT-T--CA---AA--TCCCAATCCAAAAT-TCA-----A----TCAAGTACCTCA------A-TAC---------C------C----------T-----GAC---A---------------T--GGTAT-------------A---A-C---AAT-CA--TACTTTATTTACA-C-A----AA-AATTAT--CATTATGGA---------TGTGTTA-ATTTTAATACACATTGT-CCCAGTCT--GAGG--AAagaatatggtacatggatgtagtccctcccaatttgaacaaaattaacc
gi|20 : ataaataaacaaatgtggttttacaacctgctaacagacatggcaga-GGTTAT-A-T-TAAGTC----AG-G-GCTGG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-G--G--GA---CAA-TTATGAAT-----A------T-GA------A------GAT----GAT-A----A--CA-G-AT-A-------TG-GAA-GT----TGAAAAT-TGACACTTAA-ATCCAAA
gi|21 : acttaaACAGCCTG-TGTCAT-A-T-CGAGTC----GG-G-A-ATGTGGATGAAAA-T-AT-GAAC-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAATATTGA------AAT----GCT-G----T--AA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCAG--AAT-T--C----AT-ATTCCAATTCGAAAT-TGA-----A----gagttccatattttga
gi|22 : tacatgtaACAACCCG-GGTTAT-AAT-TAGA-C----GG-G-ACCTG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-A--C-TAA---CAATT-----ATAAAC-A------T-AA------A------AAT----GAT-G----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--T----AA-ATCTCAATCCAAAAT-
gi|23 : atatatca-G-ACTAG-GGATGAAAC-TGAG-AAAA-A----TGA---CAA-TCATGAAC-----A------T-GA------A------GAT----GAT-A----T--CA-G-AA-A----TCATG-AAA-GT--CTAG--AAA-T--CA---AA-TTGCTAATCCAATAT-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------
gi|24 : A-A--A-CGA-----A-T-----A-------------T-GG------A------GAT----AAT-A----TATCA-G-ATGA--------G-AAA-GT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TTCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GAACTTCGACTTC------A----------TATCGCGACA--A---------------T--TGTAT---TGC-------G---A-C---GTC-CA--TActctacatcttgac
gi|25 : gatGGG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----AATGGACA------T-GA------A------GAT----GAT-A----T--CT-G-AT-A----C--AG-AA
gi|26 : gaatgaatgaagaaattggggttaatgacccatcaagccaatgtcatacaaactcagagacggtgggAGTCTG-AGTCAT-A-C-CG-------------ACTTT-GAATGAGAA---AA-AAAA-AC-A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAACATGAA------GAT----GAT-A----T--CA-G-AT-A----g
gi|3 : gaaataaatgaatgaatttttacgatctatcaTA-GAATGAAAG-TTAG-AAAA-G--G-TGA---CAA-T-----AATAAACA------T-AA------A------GAT----GATAA----T--TATG-AT-G----A--TA-ATA-AT--CCT---AAC-C--CA---GA-ATAC-------AAATATGA-----A----TC--------CA------A-GG----------C------ATCCATTATCTT-----GAC---C---------------T--GGTAC---TGC-------A---A-G---GTT-CA--TGTCTCATTTACAGA-A----AA-AAATATGCCA-TGTGGATCTTCAGGTTGTGGTT-ATTTCATAGCACATCCTCCCAAAACT--GAGT--AATCA------------T--ACCCCAATGTGTGTGGAAGaga
gi|4 : gacaacACAGCCAG-GATCATTA-T-TGGT-T----AGTG-ACAGA-GGAAGACAA-TGAGTAAAA-G--A-TGA---CAC-T-----A------A------T-GA------A------GAC----GAT-A----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAC-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------A----------T-----GGT---A---------------T--GGTAT---CA--------G---A-C---GTC-TA--TACCTCATTTACA-C-A----AT-ATATATGATG-CATGGA---------TGGGGTA-GTTTTATGCCACATTAT-CCAACACT--GAGG--GATCT------------TGGCAAC--ATGCATA-GGAGGAggtgtactg
gi|5 : tAGCCTT-GGTTAT-A-T-TGAGTC----GA-A-ACTGG-GAATAAAAA-TGAA-AAAT-A--A-TGATACCAA-A-----C------A------TAGA------AATG---GATT---GGT-A----T--TC-G-AC-A----T--T--AAA-GT--CCTG--AATAT-------AA-GTCCCAACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------C-GA----------A------ACTCGATGTCTT-----GAT---ATATATATATACCCATT--GGCAT---GG--------T---A-CTGTGTCTCAAATACCTCATTTACA-C-A----AA-AC-TATGGCG-CATGGA---------
gi|6 : aattaacgacccactattAGCAAG-GGTCAA-A-C-TGAG-T----CA-A-GCTTGTGGATTGAAA-TGAG-AAAA-A--C-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACACAAAAAT----GAT-A----T--CA-G-TC-A----T---A-AAA-GT--CC----ATT-T--CA---AA-A-CTGAATT--AAAT---AC----A----TC--------CA------A-AG----------C------T----------T-----GAC---A---------------T--GGTATAATTGT-------G---A-C---TTC-CA--TGCCTCAATTACA-C-A----AA-ATATATGGCA-CGTGGG---------TGGGGCA-
gi|7 : aatgaataaatgaatatggttttacagctccttaacaAGCCTA-AGTCAT-A-C-TGAA-TT---AG-G-ACATT-GGATGATAA-TGAA-AAAA-ATAA-TAA---CAA-A-----A------A------T-GA------ACATAAAGAT----GAT-A----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-AT------------------------------------AT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C----------T------CC---A---------------T---GTCT---T---------G---A-C---ACC-CA--TACCTCATATACA-C-A----AA-AAATA--GCC-CCTGTA---------ATTTGTA-ATTTTATTATACATCCT-CC
gi|8 : aatgaatgaatgaatagggtagtacgacccatcagtCCAG-GGTCATCA-C-TTGG-T----AA-GTACT-----ATGAACA-TGAG-AAAA-A--AATGA---CAA-TTT---A------A------T-GA------A------AAT----GAT-AATAAT--TA-G-AT-AGGAAT--T---AA-GT--CCTG--CAT-T--CA---AA--TCTCAACCTAAAAT-TGA-----A----CC--------AA------A-GACCTC------C------ATAGCT-----T-----GAC---A---------------T--AATAT---TG--------C---AGC---ATC-C
gi|9 : ctttatgtgcacacatcataattgaatgaccgttaacaaccaggac------T-GA------A------GATACATGAA-A----T--CA-G-AT-A----T---G-AAA-GTAATCTA--AAT-T--C----AA-ATCACAATCCAATAT-TGT-----A----TC--------C---------TC----------C------A----------T-----ATC---T---------------T--GGCAT---TGT-------G---A-C---ACC-CA--TACATCATTTATA-C-A----AA-ATATATTGCA-CAT-GA---------TGTGATA-ATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TAATCAAATCAGAGACCTCCATATATCTGGACATGTTATTCGACAGCCATATCTCATTAAGACAAA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGCTATAAATGCGATGTACGTAGATATTATTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 33333333333333333333333333333333333333 2222222222 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 1 3 6 555 1 1111111 2 2 666 4 2 2 77 2 333 22222222222222222222222222222222222222 6666 6666 22 1 1 3 4444444444 2 22 333 2 11111111111 1 77777 4444 77777777 11111111111111111111111111111111111111111111 555 22 6666666 2222222 55555 22 333 4444 0 000000000 2 2 8888 2 3 3 2 1 222222222 0 1 3 11 4 66 66 666666666666666 5
lowQualScore : . . . ... . ....... . . ... . . . .. . ... ...................................... .... .... .. . . . .......... . .. ... . ........... . ..... .... ........ ............................................ ... .. ....... ....... ..... .. ... .... . ......... . . .... . . . . . ......... . . . .. . .. .. ............... .
lowQualScore : 0 3 2 555 2 2222222 7 7 333 7 2 1 11 1 777 66666666666666666666666666666666666666 0000 0000 66 9 9 8 6666666666 1 99 333 1 66666666666 9 00000 2222 66666666 55555555555555555555555555555555555555555555 888 99 8888888 6666666 33333 99 777 7777 5 777777777 7 7 3333 7 6 0 9 8 333333333 6 0 3 77 4 11 11 555555555555555 0
consensus : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A-----T----------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
Reference ( family-2765 ) : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTTG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A-----T----------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
gi|1 : ACAACCAG-GA-CA-------GGG-C----AG-G-ACATG-GGATGCCAA-TTAT-AACA-A--A-TGG---CAA-T-----A------ACGAGTAT-GA------G------GAA----GATA----T--CT-G-AT-A----T---G-AAA-TT--CCTA--AAT-T--CA---AA--TCACAACCCAAACT-TGA-----A----AC--------CA------A-AA----------CCTCCATA-----TTCT-------GAC---AA--GG-------TTT-------TGC-----G--AT---GT----TCATACATCA---------TTTACA-C-A----AATAAATAT-GCG-CATGAT---------TGATATA-AGATTATATCATGTCCTCTT--ATCT--GAGA--AATCT------------TTCCCCCCTGCATG-GGAAGA
gi|10 : agttaCAGCCAG-GGTGAT-A-G-TGAGTC----AG-G-ACTTT-GGATGAAAAATGAA-AAAA-A--A-TGA---CAA-A-----A------A-----------------------------------------CA------A----T--TC-AAA--T--CCT-----------------------AACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GACCTC------C------A-----T----------AACTTGATAAGG-------CAT-------CGC-----A--ACAAGGC----CCATACCTCC---------TTTACA-CAA----AA-AGATATtatat
gi|11 : gataactggatggacagttgttgggatttaaaacccgtaacA-ATCCCAGTCCTTAAC-CTA-----A----TC--------AA------A-GA----------CCTCCATA-----TCTT-------GAC---AT--GG-------TAT-------TGT-----G--GC---AT----CCATACCTCA---------TATACA-C-A----AA-A-ATATGGCG-C--GAA---------TGTG-TATACTTTATTCCACGTCCTCCC-AATCT--GGGG--AATAC------------TACCCCTCTGCATG-GGA
gi|12 : cA-ATTTCAGTTTAATGT-TGA----------TC--------CA------ATAA----------CTACGT-A-----TTT--------GAC---AT--GT-------TAT-------TGC-----G--AC---GG----CCAAACTTCA---------TTAACA-C-ATATTAA-GCA-ATGGCG-CCCGAA---------TGTGGTA-ATCTTATTCCACGCCTTCTC-AATCTGGGGGG--AATCC------------TGCCCCTACACACG-tggtatactagtatacagtagtgggaatgttctaag
gi|13 : G-GGATAAAAAATGGG-ACAATA--A-T-----CAA-C-----A-------------T-AA------A------GAT----GATA----T--TA-G-ATCA----T--TATAAATGT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-CACCTC------C------ATATCTT----------GAT---GA--GG-------TAT-------AGC-----A--AT---GT----CCATAtaagggtataaataccagtcggtatattttaa
gi|14 : atgaataaatgaaagaagttttatgacctatgattagaggtatgG-A-ACTTG-AGATGAAAG-TGAG-AAAA-AT-A-TTA---TAA-T-----A------A------C-GA------A------CAT----GATA----C--CA-------------------A-GT--TCTG--AAT-T--CA---AA--TCCAAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CATTATCTG-GATAATTAT---C------A-----T----------GAA---AT--GG-------TAT-------TGC-----A--AT---G
gi|15 : aaattaattgggttttataactcattagaagccatggttt-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C-----T----------C-C---TT--GG-------TATG------TGG-----GTTAT---GT----TTGTG--TCA---------TTTACA-C-A----AA-TTGCATAACG------A---------TGAGTTA-AT-----GCCACGTCCGCCC-AATCT--GAGG--AATCTCGTTCTTCCCCCTCCCCCTATGCAT--CGAAGA
gi|16 : c------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-CT--CCTG--AAT-T--GA---GATATCCCAATCAAAAGT-TTATTCTTAGTTCTC--------CA------T-AG----------C------T-----T----------GAT---AA--GGTGTTACATAT-------TAC-----G--AT---GT----CCGTA-CTCA---------TTAACA-C------AA-ACATGTAGCG-CACGGgcaaattatagcagtgggaatacattcttagc
gi|17 : tagcagatataaagaaatcgt----T--TA-G-AT-A----T---G-AAA-GC--ACTA--AAT-T--C----AA-ATCCCAATCT----------------------------------------------------------------T----------GAC---AT--GA-------TAT-------TGC-----A--AC---AA----CCATACCTCA---------TTTACA-T-AT---AA-AAACCTGGTG-CATGGA---------TGCCGTA-ATTTTATGCTACATTCTCCC-AACCT--GTGGAAAATCT------------AT---CTATGCATG-GG
gi|18 : -----T----------GAC---AT--GG-------TTT-------TGC-----G--TT---AT----TAATAACTCA---------TTAGCA---A----AA-ACATATGGCA-AATGGA---------GGTGGTA-AATTTATATCACGTCTTCCC-AATCT--GAGG--AATGT------------TA-CCCTATAAATG-TGA
gi|19 : tACAGTCACTGGTCAT-A-TATAGT-C----GG-G-ACTGG-GAATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-AGA---CAA-T-----A------C------T-GA------A------TAT----GAgtgtatatctggcaaagtgaatattctag
gi|2 : acgatccgtt-A-T-TGGG-TTGTTGA-G-ACTGG-GGATGAAAA-ATAG--AAT-A--A-TG-----AA-C-----A------A--------AA------A------GAT----GATA----T--CA-GTAT-A----T--T--AAA-GA--CCTG--AAT-T--C----AA-ATCCCAATCCAAAAT-TCA-----A----TCAAGTACCTCA------A-TAC---------C------C-----T----------GAC---AT--GG-------TAT---------------A--AC---AA----TCATACTTTA---------TTTACA-C-A----AA-AATTAT--CATTATGGA---------TGTGTTA-ATTTTAATACACATTGTCCC-AGTCT--GAGG--AAagaatatggtacatggatgtagtccctcccaatttgaacaaaattaacc
gi|20 : ataaataaacaaatgtggttttacaacctgctaacagacatggcaga-GGTTAT-A-T-TAAGTC----AG-G-GCTGG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-G--G--GA---CAATT-----ATGAAT-A------T-GA------A------GAT----GATA----A--CA-G-AT-A-------TG-GAA-GT----TGAAAAT-TGACACTTAA-ATCCAAA
gi|21 : acttaaACAGCCTG-TGTCAT-A-T-CGAGTC----GG-G-AATGT-GGATGAAAA-T-AT-GAAC-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAATATTGA------AAT----GCTG----T--AA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCAG--AAT-T--C----AT-ATTCCAATTCGAAAT-TGA-----A----gagttccatattttga
gi|22 : tacatgtaACAACCCG-GGTTAT-AAT-TAGA-C----GG-G-ACCTG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-A--C-TAA---CAATT-----ATAAAC-A------T-AA------A------AAT----GATG----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--T----AA-ATCTCAATCCAAAAT-
gi|23 : atatatca-G-ACTAG-GGATGAAAC-TGAG-AAAA-A----TGA---CAA-TCATGAAC-----A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AA-A----TCATG-AAA-GT--CTAG--AAA-T--CA---AA-TTGCTAATCCAATAT-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------
gi|24 : A-A--A-CGA-----A-T-----A-------------T-GG------A------GAT----AATA----TATCA-G-ATGA--------G-AAA-GT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TTCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GAACTTCGACTTC------A-----TATCGC-----GACA--AT--TG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATActctacatcttgac
gi|25 : gatGGG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----AATGGACA------T-GA------A------GAT----GATA----T--CT-G-AT-A----C--AG-AA
gi|26 : gaatgaatgaagaaattggggttaatgacccatcaagccaatgtcatacaaactcagagacggtgggAGTCTG-AGTCAT-A-C-CG-------------ACTTT-GAATGAGAA---AA-AAAA-AC-A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAACATGAA------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----g
gi|3 : gaaataaatgaatgaatttttacgatctatcaTA-GAATGAAAG-TTAG-AAAA-G--G-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACATAAAGAT----GATAA---T--TATG-AT-G----A--TA-ATA-AT--CCT---AAC-C--CA---GA-ATAC-------AAATATGA-----A----TC--------CA------A-GG----------C------A-----TCCATTATCTTGAC---CT--GG-------TAC-------TGC-----A--AG---GT----TCATGTCTCA---------TTTACAGA-A----AA-AAATATGCCA-TGTGGATCTTCAGGTTGTGGTT-ATTTCATAGCACATCCTCCCAAAACT--GAGT--AATCA------------TACCCCAATGTGTGTGGAAGaga
gi|4 : gacaacACAGCCAG-GATCATTA-T-TGGT-T----AGTG-ACAGA-GGAAGACAA-TGAGTAAAA-G--A-TGA---CAC-T-----A------A------T-GA------A------GAC----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAC-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------A-----T----------GGT---AT--GG-------TAT-------CA------G--AC---GT----CTATACCTCA---------TTTACA-C-A----AT-ATATATGATG-CATGGA---------TGGGGTA-GTTTTATGCCACATTATCCA-ACACT--GAGG--GATCT------------TGGCAACATGCATA-GGAGGAggtgtactg
gi|5 : tAGCCTT-GGTTAT-A-T-TGAGTC----GA-A-ACTGG-GAATAAAAA-TGAA-AAAT-A--A-TGATACCAA-A-----C------A------TAGA------AATG---GATT---GGTA----T--TC-G-AC-A----T--T--AAA-GT--CCTG--AATAT-------AA-GTCCCAACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CACG----A-AA----------CTCG---A-----T----------GTC---TT--GA-------TATATATATATACCCATTG--GC---ATGGTACTGTGTCTCAAATACCTCATTTACA-C-A----AA-AC-TATGGCG-CATGGA---------
gi|6 : aattaacgacccactattAGCAAG-GGTCAA-A-C-TGAG-T----CA-A-GCTTGTGGATTGAAA-TGAG-AAAA-A--C-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACACAAAAAT----GATA----T--CA-G-TC-A----T---A-AAA-GT--CC----ATT-T--CA---AA-A-CTGAATT--AAAT---AC----A----TC--------CA------A-AG----------C------T-----T----------GAC---AT--GG-------TATAAT----TGT-----G--AC---TT----CCATGCCTCA---------ATTACA-C-A----AA-ATATATGGCA-CGTGGG---------TGGGGCA-
gi|7 : aatgaataaatgaatatggttttacagctccttaacaAGCCTA-AGTCAT-A-C-TGAA-TT---AG-G-ACATT-GGATGATAA-TGAA-AAAA-ATAA-TAA---CAA-A-----A------A------T-GA------ACATAAAGAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-AT------------------------------------AT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C-----T-----------CC---AT---G-------TCT-------T-------G--AC---AC----CCATACCTCA---------TATACA-C-A----AA-AAATA--GCC-CCTGTA---------ATTTGTA-ATTTTATTATACATCCTCC
gi|8 : aatgaatgaatgaatagggtagtacgacccatcagtCCAG-GGTCATCA-C-TTGG-T----AA-GTACT-----ATGAACA-TGAG-AAAA-A--AATGA---CAA-TTT---A------A------T-GA------A------AAT----GATAATAAT--TA-G-AT-AGGAAT--T---AA-GT--CCTG--CAT-T--CA---AA--TCTCAACCTAAAAT-TGA-----A----CC--------AA------A-GACCTC------C------ATAGCTT----------GAC---AT--AA-------TAT-------TGC-----A--GC---AT----CC
gi|9 : ctttatgtgcacacatcataattgaatgaccgttaacaaccaggac------T-GA------A------GATACATGAAA----T--CA-G-AT-A----T---G-AAA-GTAATCTA--AAT-T--CA---AA--TCACAATCCAATAT-TGT-----A----TC--------C---------TC----------C------A-----T----------ATC---TT--GG-------CAT-------TGT-----G--AC---AC----CCATACATCA---------TTTATA-C-A----AA-ATATATTGCA-CAT-GA---------TGTGATA-ATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TAATCAAATCAGAGACCTCCATATATCTGGACATGTTATTCGACAGCCATATCTCATTAAGACAAA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGCTATAAATGCGATGTACGTAGATATTATTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 33333333333333333333333333333333333333 2222222222 11 77777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 1 3 6 555 1 1111111 2 2 333 4 2 2 9999 333 33333333333333333333333333333333333333 6666 6666 22 1 1 3 7777777777 2 333 22 2 8888888 22 1 77777 4444 77777777 11111111111111111111111111111111111111111111 555 22 6666666 2222222 55555 22 333 4444 0 000000000 2 2 8888 2 3 3 2 1 222222222 0 1 3 11 4 66 66 666666666666666 5
lowQualScore : . . . ... . ....... . . ... . . . .... ... ...................................... .... .... .. . . . .......... . ... .. . ....... .. . ..... .... ........ ............................................ ... .. ....... ....... ..... .. ... .... . ......... . . .... . . . . . ......... . . . .. . .. .. ............... .
lowQualScore : 0 3 2 555 2 2222222 7 5 999 7 2 1 5555 777 88888888888888888888888888888888888888 0000 0000 66 9 9 8 0000000000 1 888 99 1 2222222 33 9 00000 2222 66666666 55555555555555555555555555555555555555555555 888 99 8888888 6666666 33333 99 777 7777 5 777777777 7 7 3333 7 6 0 9 8 333333333 6 0 3 77 4 11 11 555555555555555 0
consensus : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A-----T----------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
Reference ( family-2765 ) : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A-----T----------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
gi|1 : ACAACCAG-GA-CA-------GGG-C----AG-G-ACATG-GGATGCCAA-TTAT-AACA-A--A-TGG---CAA-T-----A------ACGAGTAT-GA------G------GAA----GATA----T--CT-G-AT-A----T---G-AAA-TT--CCTA--AAT-T--CA---AA--TCACAACCCAAACT-TGA-----A----AC--------CA------A-AA----------CCTCCATA-----TTCT-------GAC---AA--GG-------TTT-------TGC-----G--AT---GT----TCATACATCA---------TTTACA-C-A----AATAAATAT-GCG-CATGAT---------TGATATA-AGATTATATCATGTCCTCTT--ATCT--GAGA--AATCT------------TTCCCCCCTGCATG-GGAAGA
gi|10 : agttaCAGCCAG-GGTGAT-A-G-TGAGTC----AG-G-ACTTT-GGATGAAAAATGAA-AAAA-A----------------------------------------------------AT----GACA--------------------------AAA-AC--------AAT-T--CA---AA--TCCTAACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GACCTC------C------A-----T----------AACTTGATAAGG-------CAT-------CGC-----A--ACAAGGC----CCATACCTCC---------TTTACA-CAA----AA-AGATATtatat
gi|11 : gataactggatggacagttgttgggatttaaaacccgtaacA-ATCCCAGTCCTTAAC-CTA-----A----TC--------AA------A-GA----------CCTCCATA-----TCTT-------GAC---AT--GG-------TAT-------TGT-----G--GC---AT----CCATACCTCA---------TATACA-C-A----AA-A-ATATGGCG-C--GAA---------TGTG-TATACTTTATTCCACGTCCTCCC-AATCT--GGGG--AATAC------------TACCCCTCTGCATG-GGA
gi|12 : cA-ATTTCAGTTTAATGT-TGA----------TC--------CA------ATAA----------CTACGT-A-----TTT--------GAC---AT--GT-------TAT-------TGC-----G--AC---GG----CCAAACTTCA---------TTAACA-C-ATATTAA-GCA-ATGGCG-CCCGAA---------TGTGGTA-ATCTTATTCCACGCCTTCTC-AATCTGGGGGG--AATCC------------TGCCCCTACACACG-tggtatactagtatacagtagtgggaatgttctaag
gi|13 : TGG-GGATAAAAAATGGG-ACAATA--A-T-----CAA-C-----A-------------T-AA------A------GAT----GATA----T--TA-G-ATCA----T--TATAAATGT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-CACCTC------C------ATATCTT----------GAT---GA--GG-------TAT-------AGC-----A--AT---GT----CCATAtaagggtataaataccagtcggtatattttaa
gi|14 : atgaataaatgaaagaagttttatgacctatgattagaggtaG-A-ACTTG-AGATGAAAG-TGAG-AAAA-AT-A-TTA---TAA-T-----A------A------C-GA------A------CAT----GATA----C--CA-------------------A-GT--TCTG--AAT-T--CA---AA--TCCAAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CATTATCTG-GATAATTAT---C------A-----T----------GAA---AT--GG-------TAT-------TGC-----A--AT---G
gi|15 : aaattaattgggttttataactcattagaagccatggttt-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C-----T----------C-C---TT--GG-------TATG------TGG-----GTTAT---GT----TTGTG--TCA---------TTTACA-C-A----AA-TTGCATAACG------A---------TGAGTTA-AT-----GCCACGTCCGCCC-AATCT--GAGG--AATCTCGTTCTTCCCCCTCCCCCTATGCAT--CGAAGA
gi|16 : c------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-CT--CCTG--AAT-T--GA---GATATCCCAATCAAAAGT-TTATTCTTAGTTCTC--------CA------T-AG----------C------T-----T----------GAT---AA--GGTGTTACATAT-------TAC-----G--AT---GT----CCGTA-CTCA---------TTAACA-C------AA-ACATGTAGCG-CACGGgcaaattatagcagtgggaatacattcttagc
gi|17 : tagcagatataaagaaatcgt----T--TA-G-AT-A----T---G-AAA-GC--ACTA--AAT-T--C----AA-ATCCCAATCT----------------------------------------------------------------T----------GAC---AT--GA-------TAT-------TGC-----A--AC---AA----CCATACCTCA---------TTTACA-T-AT---AA-AAACCTGGTG-CATGGA---------TGCCGTA-ATTTTATGCTACATTCTCCC-AACCT--GTGGAAAATCT------------AT---CTATGCATG-GG
gi|18 : -----T----------GAC---AT--GG-------TTT-------TGC-----G--TT---AT----TAATAACTCA---------TTAGCA---A----AA-ACATATGGCA-AATGGA---------GGTGGTA-AATTTATATCACGTCTTCCC-AATCT--GAGG--AATGT------------TA-CCCTATAAATG-TGA
gi|19 : tACAGTCACTGGTCAT-A-TATAGT-C----GG-G-ACTGG-GAATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-AGA---CAA-T-----A------C------T-GA------A------TAT----GAgtgtatatctggcaaagtgaatattctag
gi|2 : acgatccgtt-A-T-TGGG-TTGTTGA-G-ACTGG-GGATGAAAA-ATAG--AAT-A--A-TG-----AA-C-----A------A--------AA------A------GAT----GATA----T--CA-GTAT-A----T--T--AAA-GA--CCTG--AAT-T--C----AA-ATCCCAATCCAAAAT-TCA-----A----TCAAGTACCTCA------A-TAC---------C------C-----T----------GAC---AT--GG-------TAT---------------A--AC---AA----TCATACTTTA---------TTTACA-C-A----AA-AATTAT--CATTATGGA---------TGTGTTA-ATTTTAATACACATTGTCCC-AGTCT--GAGG--AAagaatatggtacatggatgtagtccctcccaatttgaacaaaattaacc
gi|20 : ataaataaacaaatgtggttttacaacctgctaacagacatggcaga-GGTTAT-A-T-TAAGTC----AG-G-GCTGG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-G--G--GA---CAATT-----ATGAAT-A------T-GA------A------GAT----GATA----A--CA-G-AT-A-------TG-GAA-GT----TGAAAAT-TGACACTTAA-ATCCAAA
gi|21 : acttaaACAGCCTG-TGTCAT-A-T-CGAGTC----GG-G-AATGT-GGATGAAAA-T-AT-GAAC-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAATATTGA------AAT----GCTG----T--AA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCAG--AAT-T--C----AT-ATTCCAATTCGAAAT-TGA-----A----gagttccatattttga
gi|22 : tacatgtaACAACCCG-GGTTAT-AAT-TAGA-C----GG-G-ACCTG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-A--C-TAA---CAATT-----ATAAAC-A------T-AA------A------AAT----GATG----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--T----AA-ATCTCAATCCAAAAT-
gi|23 : atatatca-G-ACTAG-GGATGAAAC-TGAG-AAAA-A----TGA---CAA-TCATGAAC-----A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AA-A----TCATG-AAA-GT--CTAG--AAA-T--CA---AA-TTGCTAATCCAATAT-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------
gi|24 : A-A--A-CGA-----A-T-----A-------------T-GG------A------GAT----AATA----TATCA-G-ATGA--------G-AAA-GT--CCTG--AAT-T--TA---AA--TTCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GAACTTCGACTTC------A-----TATCGC-----GACA--AT--TG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATActctacatcttgac
gi|25 : gatGGG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----AATGGACA------T-GA------A------GAT----GATA----T--CT-G-AT-A----C--AG-AA
gi|26 : gaatgaatgaagaaattggggttaatgacccatcaagccaatgtcatacaaactcagagacggtgggAGTCTG-AGTCAT-A-C-CG-------------ACTTT-GAATGAGAA---AA-AAAA-AC-A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAACATGAA------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----g
gi|3 : gaaataaatgaatgaatttttacgatctatca-ACTAG-A-ATGAAAG-TTAG-AAAA-G--G-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACATAAAGAT----GATAA---T--TATG-AT-G----A--TA-ATA-AT--CCT---AAC-C--CA---GA-ATAC-------AAATATGA-----A----TC--------CA------A-GG----------C------A-----TCCATTATCTTGAC---CT--GG-------TAC-------TGC-----A--AG---GT----TCATGTCTCA---------TTTACAGA-A----AA-AAATATGCCA-TGTGGATCTTCAGGTTGTGGTT-ATTTCATAGCACATCCTCCCAAAACT--GAGT--AATCA------------TACCCCAATGTGTGTGGAAGaga
gi|4 : gacaACAGCCAG-GATCATTA-T-TGGT-T----AGTG-ACAGA-GGAAGACAA-TGAGTAAAA-G--A-TGA---CAC-T-----A------A------T-GA------A------GAC----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAC-TGA-----A----TC--------AA------A-GA----------C------A-----T----------GGT---AT--GG-------TAT-------CA------G--AC---GT----CTATACCTCA---------TTTACA-C-A----AT-ATATATGATG-CATGGA---------TGGGGTA-GTTTTATGCCACATTATCCA-ACACT--GAGG--GATCT------------TGGCAACATGCATA-GGAGGAggtgtactg
gi|5 : tAGCCTT-GGTTAT-A-T-TGAGTC----GA-A-ACTGG-GAATAAAAA-TGAA-AAAT-A--A-TGATACCAA-A-----C------A------TAGA------AATG---GATT---GGTA----T--TC-G-AC-A----T--T--AAA-GT--CCTG--AATAT-------AA-GTCCCAACCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CACG----A-AA----------CTCG---A-----T----------GTC---TT--GA-------TATATATATATACCCATTG--GC---ATGGTACTGTGTCTCAAATACCTCATTTACA-C-A----AA-AC-TATGGCG-CATGGA---------
gi|6 : aattaacgacccactattAGCAAG-GGTCAA-A-C-TGAG-T----CA-A-GCTTGTGGATTGAAA-TGAG-AAAA-A--C-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACACAAAAAT----GATA----T--CA-G-TC-A----T---A-AAA-GT--CC----ATT-T--CA---AA-A-CTGAATT--AAAT---AC----A----TC--------CA------A-AG----------C------T-----T----------GAC---AT--GG-------TATAAT----TGT-----G--AC---TT----CCATGCCTCA---------ATTACA-C-A----AA-ATATATGGCA-CGTGGG---------TGGGGCA-
gi|7 : aatgaataaatgaatatggttttacagctccttaacaAGCCTA-AGTCAT-A-C-TGAA-TT---AG-G-ACATT-GGATGATAA-TGAA-AAAA-ATAA-TAA---CAA-A-----A------A------T-GA------ACATAAAGAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-AT------------------------------------AT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------C-----T-----------CC---AT---G-------TCT-------T-------G--AC---AC----CCATACCTCA---------TATACA-C-A----AA-AAATA--GCC-CCTGTA---------ATTTGTA-ATTTTATTATACATCCTCC
gi|8 : aatgaatgaatgaatagggtagtacgacccatcagtCCAG-GGTCATCA-C-TTGG-T----AA-GTACT-----ATGAACA-TGAG-AAAA-A--AATGA---CAA-TTT---A------A------T-GA------A------AAT----GATAATAAT--TA-G-AT-AGGAAT--T---AA-GT--CCTG--CAT-T--CA---AA--TCTCAACCTAAAAT-TGA-----A----CC--------AA------A-GACCTC------C------ATAGCTT----------GAC---AT--AA-------TAT-------TGC-----A--GC---AT----CC
gi|9 : ctttatgtgcacacatcataattgaatgaccgttaacaaccaggac------T-GA------A------GATACATGAAA----T--CA-G-AT-A----T---G-AAA-GTAATCTA--AAT-T--CA---AA--TCACAATCCAATAT-TGT-----A----TC--------C---------TC----------C------A-----T----------ATC---TT--GG-------CAT-------TGT-----G--AC---AC----CCATACATCA---------TTTATA-C-A----AA-ATATATTGCA-CAT-GA---------TGTGATA-ATT
blockSeqs : A T T TA A TTGTTG T T TGT A T T TAA TAC TTATGAATATGAA ACAT ATAA AT T T C GGAATT T AAT AA A GACACTT TA A TTCTT GTTC AAGTACCT AGAACTTCGACTTCATATCGC TTG AA TGTTACA ATATATA CCATT TT AAG GGTA AATACCTCA G A TATT . G G T C TCTTCAGGT G T TC A GG AA CGTTCTTCCCCCTCC T
blockSeqs : A . C AT G TCA . . TT A . . TA . TAATGAATATTGA T A . . . G TCATG . C . . CA A . C . . TTATCTGGATAATTATCAT A . . AAT . . . . . . . T . C G . A . T . TC . . . TAC .
blockSeqs : T . . G G TCA . . GG . . . CA . TTATAAACATAAA . . . . . . TTAT . T . . TA A . . . . AGGCATCCATTATCTT . . . G . . . . . . . . . T A . A . G . GC . . . TGC .
blockSeqs : C . . T A TCG . . TG . . . AA . TCATGAACATGAA . . . . . . CAG . C . . CA A . . . . AGACCTCCATATCTT . . . . . . . . . . . . . C A . A . G . GC . . . TAC .
blockSeqs : T . . T A TCG . . GG . . . A . TAATGGACATGAA . . . . . . ATA . A . . GA A . . . . ACACCTCCATATCTT . . . . . . . . . . . . . A G . A . T . AT . . . TGG .
blockSeqs : A . . T G TTA . . GG . . . A . TAATGAACATGAA . . . . . . TTG . C . . CA A . . . . AGACCTCCATAGCTT . . . . . . . . . . . . . C G . G . G . TA . . . AT .
blockSeqs : T . . C G CG . . GG . . . A . TAATAAACATAAA . . . . . . TG . C . . TA A . . . . ATAACTACGTATTT . . . . . . . . . . . . . A G . A . G . AG . . . TA .
blockSeqs : A . . T A CG . . GT . . . G . TAATAAACACAAA . . . . . . TG . C . . CA A . . . . CGAAACTCGAT . . . . . . . . . . . . . A G . A . G . GC . . .
blockSeqs : T . . T A TA . . TG . . . A . AAATGAACATAAA . . . . . . TT . C . . CA T . . . . AGACCTCCAT . . . . . . . . . . . . . T G . G . G . TA
blockSeqs : A . . C A TC . . AG . . . C . ACATAGAAATG . . . . . . TG . C . . CA A . . . . ATACCCT . . . . . . . . . . . . . C G . C . A .
blockSeqs : . . C G TA . . TT . . . A . TTTAATGAA . . . . . . TG . C . . CA A . . . . AGACCT . . . . . . . . . . . . . T T . A . . .
blockSeqs : . C . . . . AG . . . A . TAACGAA . . . . . . TG . C . . CA G . . . . TAGCTT . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . GA . . . G . TACTGAA . . . . . . TT . C . . C A . . . . AGACAT . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . GG . . . A . TAATGAA . . . . . . TA . C . . C . . . . . AAGCTT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT . . . A . CATAAA . . . . . . TG . C . . C . . . . . AGACCT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . CAAAAA . . . . . . TG . . . . T . . . . . TCCAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TATGGA . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : C** A* AGACCTCCATACTT******************************
originalCons : NACAGCCNG-GGTCAT-A-T-TGGG-C----GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AA-ATCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CA------A-GA----------C------A-----T----------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
finalCons : NACAGCCNG-GGTCAT-AC--TGGG-C----GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTG--AAT-T--CA---AAA-TCCCAATCCAAAAT-TGA-----A----TC--------CAAGACCTCCATACTT------------------------------GAC---AT--GG-------TAT-------TGC-----G--AC---GT----CCATACCTCA---------TTTACA-C-A----AA-ANATATGGCG-CATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TAATCAAATCAGAGACCTCCATATATCTGGACATGTTATTCGACAGCCATATCTCATTAAGACAAA
Unaligned ( gi|28 ): CCAGCTATAAATGCGATGTACGTAGATATTATTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 33333333333333333333333333333333333333 2222222222 11 222222222222222222222222222222222222 111111111 222222222222222
lowQualScore : 1 3 6 666 666666 2 2 333 4 2 2 2222 333 33333333333333333333333333333333333333 6666 6666 22 1 1 3 7777777777 2 333 2 11 88 1 33 5 44444 555555555555555555555555555555555555 1 2 6666666 333 5555 2 2 2 7777 2 3 3 44 222222222 0 1 3 11 4 66 66 666666666666666 5
lowQualScore : . . . ... ...... . . ... . . . .... ... ...................................... .... .... .. . . . .......... . ... . .. .. . .. . ..... .................................... . . ....... ... .... . . . .... . . . .. ......... . . . .. . .. .. ............... .
lowQualScore : 0 3 7 777 111111 7 5 999 7 2 1 1111 777 88888888888888888888888888888888888888 0000 0000 66 9 9 8 0000000000 1 888 1 66 11 7 44 7 88888 111111111111111111111111111111111111 9 0 5555555 555 8888 1 5 5 8888 5 6 0 66 333333333 6 0 3 77 4 11 11 555555555555555 0
consensus : NACAGCCNG-GGTCAT-A-C-TGGG-C-GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTGAAT-TCAAA-ATCCCAATCCAAAAT-TGAATCC-AAG-AC-----CTC------------------CAT-A---C---T-----TGAC-ATG-G-------TAT---TGCGAC---GTC-CATACCTCATTTACA-C-A----AA-ANATATGGCGC-ATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
Reference ( family-2765 ) : NACAGCCNG-GGTCAT-A-C-TGGG-C-GG-G-ACTNG-GGATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTGAAT-TCAAA-ATCCCAATCCAAAAT-TGAATCC-AAG-AC-----CTC------------------CAT-A---C---T-----TGAC-ATG-G-------TAT---TGCGAC---GTC-CATACCTCATTTACA-C-A----AA-ANATATGGCGC-ATGGA---------TGTGGTA-ATTTTATNCCACGTCCTCCC-AATCT--GAGG--AATCT------------TNCCCCTATGCATG-GGAAGA
gi|1 : ACAACCAG-G------A-C-AGGG-C-AG-G-ACATG-GGATGCCAA-TTAT-AACA-A--A-TGG---CAA-T-----A------ACGAGTAT-GA------G------GAA----GATA----T--CT-G-AT-A----T---G-AAA-TT--CCTAAAT-TCAAA--TCACAACCCAAACT-TGAAACC-AAA-AC-----CTC------------------CAT-A---T---TC----TGAC-AAG-G-------TTT---TGCGAT---GTT-CATACATCATTTACA-C-A----AATAAATAT-GCGC-ATGAT---------TGATATA-AGATTATATCATGTCCTCTT--ATCT--GAGA--AATCT------------TTCCCCCCTGCATG-GGAAGA
gi|10 : agttaCAGCCAG-GGTGAT-A-G-TGAGTC-AG-G-ACTTT-GGATGAAAAATGAA-AAAA-A----------------------------------------------------AT----GACA--------------------------AAA-AC------AAT-TCAAA--TCCTAACCCAAAAT-TGAATCC-AAG-AC-----CTC------------------CATAA---C---T-----TGAT-AAG-G-------CAT---CGCAACAAGGCC-CATACCTCCTTTACA-CAA----AA-AGATATtatat
gi|11 : gataactggatggacagttgttgggatttaaaacccgtaacA-ATCCCAGTCCTTAAC-CTAATCA-AAG-AC-----CTC------------------CAT-AT--C---T-----TGAC-ATG-G-------TAT---TGTGGC---ATC-CATACCTCATATACA-C-A----AA-A-ATATGGCGC---GAA---------TGTG-TATACTTTATTCCACGTCCTCCC-AATCT--GGGG--AATAC------------TACCCCTCTGCATG-GGA
gi|12 : cA-ATTTCAGTTTAATGT-TGA-TCC-AAT-AA-----CTA------------------CGT-A---T---T-----TGAC-ATG-T-------TAT---TGCGAC---GGC-CAAACTTCATTAACA-C-ATATTAA-GCA-ATGGCGC-CCGAA---------TGTGGTA-ATCTTATTCCACGCCTTCTC-AATCTGGGGGG--AATCC------------TGCCCCTACACACG-tggtatactagtatacagtagtgggaatgttctaag
gi|13 : TGG-GGATAAAAAATGGG-ACAATA--A-T-----CAA-C-----A-------------T-AA------A------GAT----GATA----T--TA-G-ATCA----T--TATAAATGT--CCTGAAT-TTAAA--TCCCAATCCAAAAT-TGAATCC-AAC-AC-----CTC------------------CAT-AT--C---T-----TGAT-GAG-G-------TAT---AGCAAT---GTC-CATAtaagggtataaataccagtcggtatattttaa
gi|14 : atgaataaatgaaagaagttttatgacctatgattagaggtaG-A-ACTTG-AGATGAAAG-TGAG-AAAA-AT-A-TTA---TAA-T-----A------A------C-GA------A------CAT----GATA----C--CA-------------------A-GT--TCTGAAT-TCAAA--TCCAAATCCAAAAT-TGAATCC-ATT-AT-----CTG------------------GAT-A---A---TTATCATGAA-ATG-G-------TAT---TGCAAT---G
gi|15 : aaattaattgggttttataactcattagaagccatggttt-TGAATCC-AAG-AC-----CTC------------------C-----------T-----TGGT-ATGTG-------GGT---T---AT---GTT-TGTG--TCATTTACA-C-A----AA-TTGCATAACG------A---------TGAGTTA-AT-----GCCACGTCCGCCC-AATCT--GAGG--AATCTCGTTCTTCCCCCTCCCCCTATGCAT--CGAAGA
gi|16 : c------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-CT--CCTGAAT-TGAGATATCCCAATCAAAAGT-TTATTCT-TAG-TT-----CTC------------------CAT-AG--C---T-----TGAT-AAG-GTGTTACATAT---TACGAT---GTC-CGTA-CTCATTAACA-C------AA-ACATGTAGCGC-ACGGgcaaattatagcagtgggaatacattcttagc
gi|17 : tagcagatataaagaaatcgt----T--TA-G-AT-A----T---G-AAA-GC--ACTAAAT-TCAAA--TCCCAATC-----------------------------------------------------------T-----TGAC-ATG-A-------TAT---TGCAAC---AAC-CATACCTCATTTACA-T-AT---AA-AAACCTGGTGC-ATGGA---------TGCCGTA-ATTTTATGCTACATTCTCCC-AACCT--GTGGAAAATCT------------AT---CTATGCATG-GG
gi|18 : ---T-----TGAC-ATG-G-------TTT---TGCGTT---ATT-AATAACTCATTAGCA---A----AA-ACATATGGCAA-ATGGA---------GGTGGTA-AATTTATATCACGTCTTCCC-AATCT--GAGG--AATGT------------TA-CCCTATAAATG-TGA
gi|19 : ACAGTCACTGGTCAT-A-TATAGT-C-GG-G-ACTGG-GAATGAAAA-TGAG-AAAA-A--A-AGA---CAA-T-----A------C------T-GA------A------TAT----GAgtgtatatctggcaaagtgaatattctag
gi|2 : acgatccgtt-GA-G-ACTGG-GGATGAAAA-ATAG-AATA-A----TGA-----A-C-----A------A--------AA------A------GAT----GATA----T--CA-GTAT-A----T--T--AAA-GA--CCTGAAT-TCAAA--TCCCAATCCAAAAT-TCAATC--AAGTAC-----CTC------------------AAT-A---C---CC----TGAC-ATG-G-------TAT---AACAAT-------CATACTTTATTTACA-C-A----AA-AATTAT--CATTATGGA---------TGTGTTA-ATTTTAATACACATTGTCCC-AGTCT--GAGG--AAagaatatggtacatggatgtagtccctcccaatttgaacaaaattaacc
gi|20 : ataaataaacaaatgtggttttacaacctgctaacagacatggcagaattgggttgtt-GGTTAT-A-T-TAAGTC-AG-G-GCTGG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-G--G--GA---CAATT-----ATGAAT-A------T-GA------A------GAT----GATA----A--CA-G-AT-A-------TG-GAA-GT----TGAA-------------AATTGACACT-TAAATCCAAAG-AG-----TTC------------------CAT-A---T---T-----T
gi|21 : acttaaACAGCCTG-TGTCAT-A-T-CGAGTC-GG-G-AATGT-GGATGAAAA-T-AT-GAAC-A--A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GA------ATATTGAAAT----GCTG----T--AA-G-AT-A----T---G-AAA-GT--CCAGAAT-TC-AT-ATTCCAATTCGAAAT-TGAAtga
gi|22 : tacatgtaACAACCCG-GGTTAT-AAT-TAGA-C-GG-G-ACCTG-GGATAAAAA-TGAG-AAAA-A--C-TAA---CAATT-----ATAAAC-A------T-AA------A------AAT----GATG----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-GT--CCTGAAT-TT-AA-ATCTCAATCCAAAAT-
gi|23 : atatatca-G-ACTAG-GGATGAAAC-TGAG-AAAA-A----TGA---CAA-TCATGAAC-----A------T-GA------A------GAT----GATA----T--CA-G-AA-A----TCATG-AAA-GT--CTAGAAA-TCAAA-TTGCTAATCCAATAT-TGAATCA-AAG-AC-----CTC------------------TAC-AT--C---T-----TGAC-
gi|24 : A-A--A-CGA-----A-T-----A-------------T-GG------A------GAT----AATA----TATCA-G-ATGA--------G-AAA-GT--CCTGAAT-TTAAA--TTCCAATCCAAAAT-TGAATCC-AAGAACTTCGACTT------------------CAT-AT--C---G-----CGACAATT-G-------TAT---TGCGAC---GTC-CATA
gi|25 : gatGGG-AAAA-A--A-TGA---CAA-T-----AATGGACA------T-GA------A------GAT----GATA----T--CT-G-AT-A----C--AG-AA
gi|26 : gaatgaatgaagaaattggggttaatgacccatcaagccaatgtcatacaaactcagagacggtgggAGTCTG-AGTCAT-A-C-CG----------ACTTT-GAATGAGAA---AA-AAAA-AC-A-TGA---CAA-T-----A------A------T-GAACATGAA------GAT----GATA----T--CA-G-AT-A----g
gi|27 : gaaataaatgaatgaatttttacgatctatcaAAT-CAAATCA-GAG-AC-----CTC------------------CAT-ATATC---T-----GGAC-ATG-T-------TAT---T-CGAC---AGC-CATATCTCATTAAGA-C-A----AA-aga
gi|3 : t-ACTAG-A-ATGAAAG-TTAG-AAAA-G--G-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACATAAAGAT----GATAA---T--TATG-AT-G----A--TA-ATA-AT--CCT-AAC-CCAGA-ATAC-------AAATATGAATCC-AAG-GC-----ATC------------------CATTAT--C---T-----TGAC-CTG-G-------TAC---TGCAAG---GTT-CATGTCTCATTTACAGA-A----AA-AAATATGCCAT-GTGGATCTTCAGGTTGTGGTT-ATTTCATAGCACATCCTCCCAAAACT--GAGT--AATCA------------TACCCCAATGTGTGTGGAAG
gi|4 : gacaACAGCCAG-GATCATTA-T-TGGT-T-AGTG-ACAGA-GGAAGACAA-TGAGTAAAA-G--A-TGA---CAC-T-----A------A------T-GA------A------GAC----GATA----T--CA-G-AT-A----T--TG-AAA-GT--CCTGAAT-TCAAA-ATCCCAATCCAAAAC-TGAATCA-AAG-A---------------------------CA----------------TGGT-ATG-G-------TAT---CA-GAC---GTC-TATACCTCATTTACA-C-A----AT-ATATATGATGC-ATGGA---------TGGGGTA-GTTTTATGCCACATTATCCA-ACACT--GAGG--GATCT------------TGGCAACATGCATA-GGAGGAggtgtactg
gi|5 : tAGCCTT-GGTTAT-A-T-TGAGTC-GA-A-ACTGG-GAATAAAAA-TGAA-AAAT-A--A-TGATACCAA-A-----C------A------TAGA------AATG---GATT---GGTA----T--TC-G-AC-A----T--T--AAA-GT--CCTGAATAT--AA-GTCCCAACCCAAAAT-TGAATCC-ACGAAA-----CTCGATGTCTTGATATATATATAT-A---CCCAT-----TGGC-ATG-G-------TAC---TGTGTC----TCAAATACCTCATTTACA-C-A----AA-AC-TATGGCGC-ATGGA---------
gi|6 : aattaacgacccactattAGCAAG-GGTCAA-A-C-TGAG-T-CA-A-GCTTGTGGATTGAAA-TGAG-AAAA-A--C-TGA---CAA-T-----A------A------T-AA------ACACAAAAAT----GATA----T--CA-G-TC-A----T---A-AAA-GT--CC------------AT-----TTCAAAAC-TGAATTA-AAT-AC-----ATC------------------CAA-AG--C---T-----TGAC-ATG-G-------TATAATTGTGAC---TTC-CATGCCTCAATTACA-C-A----AA-ATATATGGCAC-GTGGG---------TGGGGCA-
gi|7 : aatgaataaatgaatatggttttacagctccttaacaAGCCTA-AGTCAT-A-C-TGAA-TTAG-G-ACATT-GGATGATAA-TGAA-AAAA-ATAA-TAA---CAA-A-----A------A------T-GA------ACATAAAGAT----GATA----T--CA-G-AT-A-------TG-AAA-AT-----------------------------AT-TGAATCC-AAG-AC-----CTC------------------CAT-GT--C---T-----TGAC-A---------------------------CC-CATACCTCATATACA-C-A----AA-AAATA--GCCC-CTGTA---------ATTTGTA-ATTTTATTATACATCCTCC
gi|8 : aatgaatgaatgaatagggtagtacgacccatcagtCCAG-GGTCATCA-C-TTGG-T-AA-GTACT-----ATGAACA-TGAG-AAAA-A--AATGA---CAA-TTT---A------A------T-GA------A------AAT----GATAATAAT--TA-G-AT-AGGAAT--T---AA-GT--CCTGCAT-TCAAA--TCTCAACCTAAAAT-TGAACCA-AAG-AC-----CTC------------------CAT-AG--C---T-----TGAC-ATA-A-------TAT---TGCAGC---ATC-C
gi|9 : ctttatgtgcacacatcataattgaatgaccgttaacaaccaggac------T-GA------A------GATACATGAAA----T--CA-G-AT-A----T---G-AAA-GTAATCTAAAT-TCAAA--TCACAATCCAATAT-TGTATCC-------------TC------------------CAT-A---T---C-----T-----TG-G-------CAT---TGTGAC---ACC-CATACATCATTTATA-C-A----AA-ATATATTGCAC-AT-GA---------TGTGATA-ATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCAGCTATAAATGCGATGTACGTAGATATTATTAT