lowQualScore : 1 111111111 111111 11111111111 2222222222 11111111111 1111 11111
lowQualScore : 1 1 99999999 333333333 444 33 1 4 8888888 777777 444 5555 2 8888888 2 2 111111 6 55555 55555555555 55555 5555555555 66666666666 1111 33 2 55555 888888888 444444 44444 2 333 33
lowQualScore : . . ........ ......... ... .. . . ....... ...... ... .... . ....... . . ...... . ..... ........... ..... .......... ........... .... .. . ..... ......... ...... ..... . ... ..
lowQualScore : 7 0 77777777 333333333 444 44 6 9 7777777 777777 777 7777 7 1111111 2 2 999999 7 33333 33333333333 66666 6666666666 99999999999 7777 11 2 66666 999999999 222222 22222 2 999 11
consensus : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
Reference ( gi|5 ) : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---GT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|7 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TTG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|3 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGAATATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|4 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTAAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAA-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|2 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TTG---------ACCAATCTCGATTTATTAAT---T--AAATGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|10 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCACTGCGTTTTAA-------AGAC------C---GACACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGTGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGA
gi|6 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TTG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACATAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|9 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGAAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATCTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GG-ACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGAGTAACT------TT-AAC-----CATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|1 : ACAATGCCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTTAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAC-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------AT-AAC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----TGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|14 : aACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAAGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------
gi|11 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACCATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTA-----TAAGT-----------------------TCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACAGGCTATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGACTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|23 : ACAATGTTACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAAT
gi|8 : CAATGTCACAGATAGTACATATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAAC--------TCG---------ACCAATATCGATTTATTAAT---T--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------TA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|12 : TTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCAAGGCAGGGCAATAAAAC--------TTG---------GCCAATATCGATTTATTAAT---T--AACTTGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------TGAC------C---GATACT-TAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT------TT-AAC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTA---AT--TT-T-----T---------GA---T--TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|15 : aattcCCCCAAAGCGATGTAATAAAACCAGAGAAATCAT--------ATCAATATCGG-TTATTA-----T--AACAGACAATAT
gi|13 : gcaaacaagtgttcccaatctgtttgCCCCAGACGGAGTAATAAAAT--------CTGTGAAATCTTATCAATATCGATTTTTT--T---TACAACTGACAATATTTGTTGCATGGCTG-GTTTTATAGTCTAAAGACAGATAAC---GAGAGCAAAC----GAT-TGCC-----------CTTGATTCCAACA-AA-GGTGTGTAACTGTGTAGTT--AC-----AATATACCT-ATGTTCCA-----TAA----------TTG-----------AATTGTGTCCCTTG---AT--TT-T-----T---------AA------TA-----ATT-A---CA--GAAgaaaagacagctaacgagagcaaaatatcgcttggattacaacaaagacgtgcaacattgtaaatacgatacatatgtggcattgtttttataattacagactgaaggctctgaaagttg
gi|17 : ctagtgttttctaatatgtgtgtGGTAATAAAAC--------TTG---------AGCAATGT-----TAT----------------CAATATTTCACGCATGGC--AGTTTTAT-------A-----------------------------T-TATCC--------CTTTGAGTTCCAAGA-AA-GGCGTGTAACTGTGTA-TT-TAC-----AATAAA----T------ATGTCCCATAA--------TTG-----------AATTGTTTCCCCTGT--TT--TT-T-----T---------GA------TA-----ATT-A---CA--GAATGTTtattcagaaaattgggc
gi|16 : tcccagtctatgtgccctcagtcTATCGATTT-TTGGTCAAT--AACCGACCA-GAA--ACGCATAACTGTGCTTAAT-------AG-C------CTCTGGTAAGAAAACGAAAATATATCATTGTCCTAGATAGA--TATAAAC-AAAGGAGTGTAGCT------TTGAACTAAGAGAAACATGTCA------C-----CAT----------TTG-----------AATTATGCCCTCTG---ATAATTAT-----A---------GA---T--T-------GT-T---CT--GAAAGTTGGGCActgaaagt
gi|20 : aacTCA-------ACA-GGGATTTCAACA-AA-GGAGAGTAACT------TT-GAA-----GATACA----AT-----A-----TAT----------ATGTTCCTT-----AATTGTGTCCCCTG---AC--TT-T-----TTTTCTTATAAA---T--TATA---GATGA---CTCAGAAAGTTGGACAT
gi|18 : caatacttcaggtaaacttagtcGATAACAAGA-AG-AGTGTGTAACT------TTGAAC------ATACA----A------A-----AAC----------TCGTACCTTAATCAAATTATGTCCCTTAACTGT--TT-A-----T---------AA---CCATA-----GGT-GATTCT--GAAAGTTGGGCAg
gi|19 : cattttcttgtgcaaattgatgtttacatatattacccaTACAAATTAA-GGAGTGTGACT------TTGAAC---------TA----A------A------------------TTA-----------AATTGTGTCCC-TG---AT--TT-TCTATAT---------AG---T--TATGAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGGCATcgagtctttggaagcacacaacataagcatatctatca
gi|21 : aaatatcaaatttcacaataactgacctaaatgcatacttgcttttgatggcctctagacagacaacgagagcaccttattgcccttaaAC-----AATACAT---ATGTC--A-----CATAA--------TTG-----------TATTGTGTCCCCTG---AT--TT-T-----T---------GATAGT--TATAAATGGT-T---CT--GAAAGTTGG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AACAATATATCCCGTAATTGAATTGTGTCCCCTGATATTGTATATATAATTATAGAGAGTTCTGAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GATATACTCTACAAACATAGTATGACCATACATATCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 2222222222 11111111111 11111
lowQualScore : 0 000000000 444 33 8888888 777777 444 5555 2 7777777 2 2 55555 6 55555 55555 44444444444 55555 4444444444 66666666666 2 22 2 55555 888888888 333 55555 33333 2 333 22
lowQualScore : . ......... ... .. ....... ...... ... .... . ....... . . ..... . ..... ..... ........... ..... .......... ........... . .. . ..... ......... ... ..... ..... . ... ..
lowQualScore : 8 777777777 444 44 1111111 222222 444 3333 5 6666666 1 1 33333 3 00000 00000 00000000000 33333 2222222222 11111111111 1 99 1 33333 444444444 777 33333 44444 1 777 99
consensus : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
Reference ( family-2697 ) : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|1 : ACAATGCCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTTAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAC-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----AT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----TGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|10 : aACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCACTGCGTTTTAA-------AGAC------C---GACACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGTGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGA
gi|11 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACCATGTTGAATAGAAAATTGATTATG------------------TTA---TA-AGT------TCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCTATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGACTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|12 : TTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCAAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------GCCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTTGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------TGAC------C---GATACT-TAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTA-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|13 : aattcCCCCAGACGGAGTAATAAAATCTGTGAAATCTTATCAATATCGATTT---TTT--TTACAACTGACAATATTTGTTGCATGGCTG-GTTTTATAGTCTAAAGACAGATAAC---GAGAGCAAAC----GAT-TGCC-----------CTTGATTCCAACA-AA-GGTGTGTAACT-----GT-GTAGTTAC-----AATATACCT-ATGTTCCA-----TAA----------TTG-----------AATTGTGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------AA---------TA-----ATT-A---CA--GAA
gi|14 : ctagtgttttctaatatgtgtgtACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAAGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------tattcagaaaattgggc
gi|16 : TATCGATTTTTGGTCAAT---AACCGACCA-GAA--ACGCATAACTGTGCTTAAT-------AG-C------CTCTGGTAAGAAAACGAAAATATATCATTGTCCTAGATAGA--TATAAAC-AAAGGAGTGTAGCT-----TTGA-----ACTAAGAGAAACATGTCA------C-----CAT----------TTG-----------AATTATGCCCTCTG-ATAATTAT-----A---------GA---T-----T-------GT-T---CT--GAAAGTTGGGCA
gi|17 : aacGGTAATAAAACTTG---------AGCAATGT-----T---AT-------------CAATATTTCACGCATGGC--AGTTTTAT-------A-----------------------------T-TATCC--------CTTTGAGTTCCAAGA-AA-GGCGTGTAACTGTGTATT-T-----AC-----AATAAA----T------ATGTCCCATAA--------TTG-----------AATTGTTTCCCCTGTTT--TT-T-----T---------GA---------TA-----ATT-A---CA--GAATGTT
gi|18 : tcccagtctatgtgccctcagtcGATAACAAGA-AG-AGTGTGTAACT-----TTGA-----AC------ATACA----A------A-----AAC----------TCGTACCTTAATCAAATTATGTCCCTTA-AC--TG-T-----T---------TA---TAACCATA-----GGT-GATTCT--GAAAGTTGGGCActgaaagt
gi|19 : cattttcttgtgcaaattgatgtttacatatattacccaTACAAATTAA-GGAGTGTGACT-----TTGA-----AC---------TA----A------A------------------TTA-----------AATTGTGTCCC-TG-AT--TT-TCTATAT---------AG---T-----TATGAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGGCATcgagtctttggaagcacacaacataagcatatctatca
gi|2 : aaatatcaaatttcacaataactgacctaaatgcatacttgcttttgatggcctctagacagacaacgagagcaccttattgcccttaaACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATCTCGATTT---ATTAATT--AAATGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|20 : TCA-------ACA-GGGATTTCAACA-AA-GGAGAGTAACT-----TT-G-----AA-----GATACA----AT-----A-----TAT----------ATGTTCCTT-----AATTGTGTCCCCTG-AC--TT-T-----TTTTCTTATAAA---T-----TATA---GATGA---CTCAGAAAGTTGGACAT
gi|21 : caatacttcaggtaaacttagtc-----AC-----AATACAT---ATGTC--A-----CATAA--------TTG-----------TATTGTGTCCCCTG-AT--TT-T-----T---------GATAGT-----TATAAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGg
gi|23 : ACAATGTTACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAAT
gi|3 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGAATATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|4 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTAAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAA-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|5 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-GT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|6 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACATAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|7 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|8 : CAATGTCACAGATAGTACATATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------TA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|9 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGAAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATCTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GG-ACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGAGTAACT-----TT-A-----AC-----CATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAACAAGTGTTCCCAATCTGTTTGCCCCAAAGCGATGTAATAAAACCAGAGAAATCATATCAATATCGGTTATTATAACAGACAATATGAAAAGACAGCTAACGAGAGCAAAATATCGCTTGGATTACAACAAAGACGTGCAACATTGTAAATACGATACATATGTGGCATTGTTTTTATAATTACAGACTGAAGGCTCTGAAAGTTG
Unaligned ( gi|22 ): AACAATATATCCCGTAATTGAATTGTGTCCCCTGATATTGTATATATAATTATAGAGAGTTCTGAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GATATACTCTACAAACATAGTATGACCATACATATCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 2222222222 11111111111 11111
lowQualScore : 0 000000000 444 33 8888888 777777 444 5555 2 7777777 2 2 55555 6 55555 55555 44444444444 55555 4444444444 66666666666 2 22 2 55555 888888888 333 55555 33333 2 333 22
lowQualScore : . ......... ... .. ....... ...... ... .... . ....... . . ..... . ..... ..... ........... ..... .......... ........... . .. . ..... ......... ... ..... ..... . ... ..
lowQualScore : 8 777777777 444 44 1111111 222222 444 3333 5 6666666 1 1 33333 3 00000 00000 00000000000 33333 2222222222 11111111111 1 99 1 33333 444444444 777 33333 44444 1 777 99
consensus : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
Reference ( family-2697 ) : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|1 : ACAATGCCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTTAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAC-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----AT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----TGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|10 : aACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCACTGCGTTTTAA-------AGAC------C---GACACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGTGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGA
gi|11 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACCATGTTGAATAGAAAATTGATTATG------------------TTA---TA-AGT------TCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCTATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGACTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|12 : TTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCAAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------GCCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTTGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------TGAC------C---GATACT-TAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTA-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|13 : aattcCCCCAGACGGAGTAATAAAATCTGTGAAATCTTATCAATATCGATTT---TTT--TTACAACTGACAATATTTGTTGCATGGCTG-GTTTTATAGTCTAAAGACAGATAAC---GAGAGCAAAC----GAT-TGCC-----------CTTGATTCCAACA-AA-GGTGTGTAACT-----GT-GTAGTTAC-----AATATACCT-ATGTTCCA-----TAA----------TTG-----------AATTGTGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------AA---------TA-----ATT-A---CA--GAA
gi|14 : ctagtgttttctaatatgtgtgtACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAAGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------tattcagaaaattgggc
gi|16 : TATCGATTTTTGGTCAAT---AACCGACCA-GAA--ACGCATAACTGTGCTTAAT-------AG-C------CTCTGGTAAGAAAACGAAAATATATCATTGTCCTAGATAGA--TATAAAC-AAAGGAGTGTAGCT-----TTGA-----ACTAAGAGAAACATGTCA------C-----CAT----------TTG-----------AATTATGCCCTCTG-ATAATTAT-----A---------GA---T-----T-------GT-T---CT--GAAAGTTGGGCA
gi|17 : aacGGTAATAAAACTTG---------AGCAATGT-----T---AT-------------CAATATTTCACGCATGGC--AGTTTTAT-------A-----------------------------T-TATCC--------CTTTGAGTTCCAAGA-AA-GGCGTGTAACTGTGTATT-T-----AC-----AATAAA----T------ATGTCCCATAA--------TTG-----------AATTGTTTCCCCTGTTT--TT-T-----T---------GA---------TA-----ATT-A---CA--GAATGTT
gi|18 : tcccagtctatgtgccctcagtcGATAACAAGA-AG-AGTGTGTAACT-----TTGA-----AC------ATACA----A------A-----AAC----------TCGTACCTTAATCAAATTATGTCCCTTA-AC--TG-T-----T---------TA---TAACCATA-----GGT-GATTCT--GAAAGTTGGGCActgaaagt
gi|19 : cattttcttgtgcaaattgatgtttacatatattacccaTACAAATTAA-GGAGTGTGACT-----TTGA-----AC---------TA----A------A------------------TTA-----------AATTGTGTCCC-TG-AT--TT-TCTATAT---------AG---T-----TATGAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGGCATcgagtctttggaagcacacaacataagcatatctatca
gi|2 : aaatatcaaatttcacaataactgacctaaatgcatacttgcttttgatggcctctagacagacaacgagagcaccttattgcccttaaACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATCTCGATTT---ATTAATT--AAATGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|20 : TCA-------ACA-GGGATTTCAACA-AA-GGAGAGTAACT-----TT-G-----AA-----GATACA----AT-----A-----TAT----------ATGTTCCTT-----AATTGTGTCCCCTG-AC--TT-T-----TTTTCTTATAAA---T-----TATA---GATGA---CTCAGAAAGTTGGACAT
gi|21 : caatacttcaggtaaacttagtc-----AC-----AATACAT---ATGTC--A-----CATAA--------TTG-----------TATTGTGTCCCCTG-AT--TT-T-----T---------GATAGT-----TATAAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGg
gi|23 : ACAATGTTACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAAT
gi|3 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGAATATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|4 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTAAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAA-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|5 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-GT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|6 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACATAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|7 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|8 : CAATGTCACAGATAGTACATATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------TA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|9 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGAAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATCTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GG-ACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGAGTAACT-----TT-A-----AC-----CATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
blockSeqs : TGAAATCTT TTG AC AGTCTAA AGATAA TCT CGAA A TTGTCCT T A GTGTA G TAGTT TAAGA CCTATGTTCC TGTCC TTGCTCTTAA TACCTTAATCA T AA A CTATA TTTCTTATA TAG AACCA TGAAT G ATT CA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . TATGTC . AA TTCCTT . . . . . . . TAAAT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . TGTCA . AA . . . . . . . . TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A
blockSeqCons : **********
originalCons : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
finalCons : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAACAAGTGTTCCCAATCTGTTTGCCCCAAAGCGATGTAATAAAACCAGAGAAATCATATCAATATCGGTTATTATAACAGACAATATGAAAAGACAGCTAACGAGAGCAAAATATCGCTTGGATTACAACAAAGACGTGCAACATTGTAAATACGATACATATGTGGCATTGTTTTTATAATTACAGACTGAAGGCTCTGAAAGTTG
Unaligned ( gi|22 ): AACAATATATCCCGTAATTGAATTGTGTCCCCTGATATTGTATATATAATTATAGAGAGTTCTGAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GATATACTCTACAAACATAGTATGACCATACATATCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 2222222222 11111111111 11111
lowQualScore : 0 000000000 444 33 8888888 777777 444 5555 2 7777777 2 2 55555 6 55555 55555 44444444444 55555 4444444444 66666666666 2 22 2 55555 888888888 333 55555 33333 2 333 22
lowQualScore : . ......... ... .. ....... ...... ... .... . ....... . . ..... . ..... ..... ........... ..... .......... ........... . .. . ..... ......... ... ..... ..... . ... ..
lowQualScore : 8 777777777 444 44 1111111 222222 444 3333 5 6666666 1 1 33333 3 00000 00000 00000000000 33333 2222222222 11111111111 1 99 1 33333 444444444 777 33333 44444 1 777 99
consensus : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
Reference ( family-2697 ) : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|1 : ACAATGCCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTTAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAC-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----AT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----TGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|10 : aACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCACTGCGTTTTAA-------AGAC------C---GACACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGTGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGA
gi|11 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACCATGTTGAATAGAAAATTGATTATG------------------TTA---TA-AGT------TCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCTATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGACTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|12 : TTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCAAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------GCCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTTGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------TGAC------C---GATACT-TAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CATTTGCTCTTAATTG-----------AATTATGTCCCTTA-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|13 : aattcCCCCAGACGGAGTAATAAAATCTGTGAAATCTTATCAATATCGATTT---TTT--TTACAACTGACAATATTTGTTGCATGGCTG-GTTTTATAGTCTAAAGACAGATAAC---GAGAGCAAAC----GAT-TGCC-----------CTTGATTCCAACA-AA-GGTGTGTAACT-----GT-GTAGTTAC-----AATATACCT-ATGTTCCA-----TAA----------TTG-----------AATTGTGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------AA---------TA-----ATT-A---CA--GAA
gi|14 : ctagtgttttctaatatgtgtgtACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAAGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------tattcagaaaattgggc
gi|16 : TATCGATTTTTGGTCAAT---AACCGACCA-GAA--ACGCATAACTGTGCTTAAT-------AG-C------CTCTGGTAAGAAAACGAAAATATATCATTGTCCTAGATAGA--TATAAAC-AAAGGAGTGTAGCT-----TTGA-----ACTAAGAGAAACATGTCA------C-----CAT----------TTG-----------AATTATGCCCTCTG-ATAATTAT-----A---------GA---T-----T-------GT-T---CT--GAAAGTTGGGCA
gi|17 : aacGGTAATAAAACTTG---------AGCAATGT-----T---AT-------------CAATATTTCACGCATGGC--AGTTTTAT-------A-----------------------------T-TATCC--------CTTTGAGTTCCAAGA-AA-GGCGTGTAACTGTGTATT-T-----AC-----AATAAA----T------ATGTCCCATAA--------TTG-----------AATTGTTTCCCCTGTTT--TT-T-----T---------GA---------TA-----ATT-A---CA--GAATGTT
gi|18 : tcccagtctatgtgccctcagtcGATAACAAGA-AG-AGTGTGTAACT-----TTGA-----AC------ATACA----A------A-----AAC----------TCGTACCTTAATCAAATTATGTCCCTTA-AC--TG-T-----T---------TA---TAACCATA-----GGT-GATTCT--GAAAGTTGGGCActgaaagt
gi|19 : cattttcttgtgcaaattgatgtttacatatattacccaTACAAATTAA-GGAGTGTGACT-----TTGA-----AC---------TA----A------A------------------TTA-----------AATTGTGTCCC-TG-AT--TT-TCTATAT---------AG---T-----TATGAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGGCATcgagtctttggaagcacacaacataagcatatctatca
gi|2 : aaatatcaaatttcacaataactgacctaaatgcatacttgcttttgatggcctctagacagacaacgagagcaccttattgcccttaaACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATCTCGATTT---ATTAATT--AAATGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|20 : TCA-------ACA-GGGATTTCAACA-AA-GGAGAGTAACT-----TT-G-----AA-----GATACA----AT-----A-----TAT----------ATGTTCCTT-----AATTGTGTCCCCTG-AC--TT-T-----TTTTCTTATAAA---T-----TATA---GATGA---CTCAGAAAGTTGGACAT
gi|21 : caatacttcaggtaaacttagtc-----AC-----AATACAT---ATGTC--A-----CATAA--------TTG-----------TATTGTGTCCCCTG-AT--TT-T-----T---------GATAGT-----TATAAATGGT-T---CT--GAAAGTTGGg
gi|23 : ACAATGTTACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAAT
gi|3 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGAATATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|4 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTAAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAA-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|5 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTAAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTCTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-GT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|6 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCTTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACATAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|7 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTTG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATTTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAATT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
gi|8 : CAATGTCACAGATAGTACATATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATAAGTTCAGCAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATTTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACAGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GGCACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGCGTAACT-----TT-A-----AC-----GATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------TA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACAT
gi|9 : ACAATGTCACAGATAGTACGTATAAACTATGTTGAATAGAAAATTGATTATGTTATTAGTTCAGAAAAACTTAAACTAGAGTAATTCCTCTAATCTAAAATACCCCCGAGGCAGGGCAATAAAACTCG---------ACCAATATCGATTT---ATTAATT--AACTGGCAATGTATCACGCATCGCTGCGTTTTAT-------AGAC------C---GG-ACTAAAA----GAT-TATCA-------ACACAGGATTACAAAT-AA-GGAGAGTAACT-----TT-A-----AC-----CATACA----A------A-----CAT----------TTG-----------AATTATGTCCCTTG-AT--TT-T-----T---------GA---T-----TA-----GGT-A---CC--GAAAGTTGGACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAACAAGTGTTCCCAATCTGTTTGCCCCAAAGCGATGTAATAAAACCAGAGAAATCATATCAATATCGGTTATTATAACAGACAATATGAAAAGACAGCTAACGAGAGCAAAATATCGCTTGGATTACAACAAAGACGTGCAACATTGTAAATACGATACATATGTGGCATTGTTTTTATAATTACAGACTGAAGGCTCTGAAAGTTG
Unaligned ( gi|22 ): AACAATATATCCCGTAATTGAATTGTGTCCCCTGATATTGTATATATAATTATAGAGAGTTCTGAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GATATACTCTACAAACATAGTATGACCATACATATCAAT