lowQualScore : 222 222 11 666666666666666666666 33333333333 2 555555555555555 222 22 22222222 111 1 111 33333333333333333333333333 111111 22 1111111 444444444444444444444444 111 55 11 4444
lowQualScore : 333 0 333 1 1 88 7 1 999999999999999999999 3 6 11 88888888888 0 3 0 000000000000000 0 0 222 999 2 77 22 7 22222222 555 666 4 5 111 8 4 44444444444444444444444444 222222 88 66 4 4444444 5 888888888888888888888888 111 00 11 1 3333
lowQualScore : ... . ... . . .. . . ..................... . . .. ........... . . . ............... . . ... ... . .. .. . ........ ... ... . . ... . . .......................... ...... .. .. . ....... . ........................ ... .. .. . ....
lowQualScore : 333 7 333 0 0 00 3 0 777777777777777777777 2 0 55 88888888888 2 5 3 000000000000000 8 7 000 111 0 99 66 0 77777777 333 777 4 0 666 9 4 22222222222222222222222222 888888 88 99 4 4444444 0 111111111111111111111111 666 00 00 4 5555
consensus : NNNNNCTAACAAG---TTATTATT---TGGGAACG-NAAATCTAAATGAAGAAGAAAAC-----GGNC-GTAT---ATTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATT-AAAAA---CTCAAAACGNTTCAGTCAAAA-TAGTTTCAAA---------------TATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----T-ACC-T-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATAT--GTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAA-ATAT-------TTACTGCTTTTTC-TTTG------------------------CATGCGTGCGTGTGCGTG--TGTG--TGCGTGCGAGCGAGTGCAAGTGAG
Reference ( gi|2 ) : ATGATCTAACAAG---TTGTTATT---TGGAAATA-AAAATCTAAATGAAAAAGAAAAC-----TGCG-ATAT---GTT-TTAGAAGTACAGAAGTTTATT-AAAA----CTCAAAACGTTTCAGTCAAAACTAGTTTCAAA---------------TATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATTGGGGAGTGTTA--TCCTTTCAGGGGGTGCAGACAATAATAACCCTTC-----T-TCC-T-TTTTT---AT-ATTTTCATTTTC--T-TT-TAACTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAAGTT--GTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAA-ATAT-------TTACTGCTTTTTC-TTTG------------------------CACGCGTGTGTGTGCATGATTGTG--TGCGTGCGAGGGAATGCAAGTGAG
gi|1 : CTAACAAG---TTGTTGTT---TTGGAATGTAAAATCGAAATGAAAAAGAAAAC-----GGTC-ATATTATGTTCTTAAAAGTACAAATATTTATT-AAAAA---CTCAAAACGTTCCAGTCAAAAATAGTTTCAAACAATCATTAGCATTATACTTCATGTCCCTAGATGTAAATATGAGACTGGGGCGTAATTA-TAAGGTGTGT
gi|7 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgCTAGCAAG---TTATTATT---TGGGAACA-TAAATCTAAATGAAGAAGAAAGC-----GGGC-ATAT---ATTCTTAGGAGTACAAAGGTTCATTAAAAA----GTTAAAACGATTCAATTAAAG-TAGTTTCTAA---------------CAggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgttgttgttgttttagggggcagacaataataactcttgtatcctttttttacaattgtcattatttattaatattttttatagtataataata
gi|17 : tacgcacatatgtgaaacaattgcagcaatttaactgcatacctaaatgataaccacttacgagacaatacttattgtagcatgttataaatgcccaacattatttatttcaatgcaagctatatgatagtcaatgacttcagctgtttaacaaaactagaaaatgacaccctgaataAACAAGAAACTATTATTCCTTGGAAACA-GAAGCCTAA-TGAAGAATAAAACGCCCATACATGTAT---ATTCTTAAAAGCTCAAAATATTATT-AGAAACTCCTCAAAACGGTTCAGTCatcgttaacattatatttc
gi|6 : ttcaaaggcttgagttgttcagtaaT-TT-GAAGTACAAAAGTTTAT---------------AACGTTTCAGTCATAATTAATTTCAAA---------------TATGTCATGTCCCTAGATGTTGATATGGGACTCGGGCGGAATCA-TAGGGAG-G-TA--TCCTTTTTGAGGGTGCAGACAATAATAACTATTC-----T-ACC---TTTTT---AT-ATTGTCATTTTT--TATT-TATTTA-TATATT-----T--------TT------CTATAGTTTATCAATAT--TTTTATATACCTTGTTTGTCTTTAAAACATTATTATAATTCCTAAAATTGAAGTAAG-ATAT-------TAACTGCGTTTTC-GTTG------------------------CATGTGTGTGTATGTGTGCGTGCG--TGCGTGCGTGCGAGTGCACGT
gi|9 : AAA---------------TTGTTCATGTCCCTAGATGTTTATAGGAGGCTCGGGCGGAATCATGGGGGGATGTTA--CCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAGCTCTTC-----T-ACC-T-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTT---T-TT-TAATTC-T---TTCTTTTT--------TT------CGATAGTTTATTAATAT--GTTTATGTACCTTGTTTTTCTTTAAAACACTATTATAATCACTAAAATTCAAGTAAA-ATGT-------TTACTGCTTTTTC-TTTG------------------------CATGTGTGCTTGTATGTG--TGTG--TGCTTGCGAG
gi|5 : AAA---------------CATTTCATGTCCCTGGATGTTAACATGAGACTCGGGCGGAATCAT--GGGGGTGTTA--TCCTTTT-TGGGGTGCAGACAATACTAATTCTTC-----T-ACC-T-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTA--T-TT-T-ATTC-T---TTTA---T--------TT------CTATAGTTTATCAATAT--GTTTATATTCCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGTTAA-ATAT-------TTACTGCTTTTTC-TTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGAGCGCACG--TATG--TGCGTGTGTGCGAGTGCAAGTGAcgtgcgtgcg
gi|8 : ATGTCTCTAGATGTTAATATAAGACTCAGGCGGAATCATGGGGGA-TGTTA--TCCTTTTTAGGGGTGCAGACAATAACAACTCTTC-----T-ACC-T-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTTT--T-TT-TCATTT-T---TT-----TCTTTTTTTTT------CTACAGTTTATT---TTATGTTTATATACCTTATTTTACTTTAAAACATTATTATAATTACTAAAATTCAAGTAGA-ATATTAAAATATTACTACTTTTTC-TTTA------------------------CAacgtgcttgtatgcgtgtagaagtgagt
gi|11 : GATGTTAATATGAGACTAGGGCGGAATCATGGGGG-----TA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGGCAGTAATAACTCTTT-----T-ACC-T-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-T----T-T---TT-----T--------TT------CTGTAGTTTATTAATAT--GTTAATATACTTTGTTTTTCTTTAAA-CATTATTACAATCACTAAAATTCAAGCAAA-ATAT-------TTACTGCTTTTTC-ATTG------------------------CATGTGTGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgagcgtg
gi|13 : TTGATATGAGAATGGGGCAGAATCAT--GGGAGTGCCGGGTCCTTTTTGGGGTTGCAGACAAC-----CTCTTCCTTGTT-TCT-TGTTTTT---AT-ATTGACATTTTTATT-TT-TAACT-----------------------T------CTTTAGTATATTAATAT--GTCTA----CTTTGTTTTTCTTTAACTCATTGTCATAATCACAAAAAATCAAGCAGA-ATAA-------TTAC
gi|1 : TGTTG--TTGTTTTAGGGGG--CAGACAATAATAACTCTTG-----TATCCTT-TTTTT---ACAATTGTCATTATT--T-AT-TAA----T---AT-----T--------TT------TTATAGTATAATAA
gi|10 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgctaacaagttgttgttttggaatgtaaaatcgaaatgaaaaagaaaacggtcatattatgttcttaaaagtacaaatatttattaaaaactcaaaacgttccagtcaaaaatagtttcaaacaatcattagcattatacttcatgtccctagatgtaaatatgagactggggcgtaattataaggtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgtCCTTTTTGGGAGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----T-ACC-T-TTTTTTTTAT-ATTGTCATTTTC--TATT-TAATTC-T---TT-----T--------TTTCTTTTCTATAGTTTATGAATAT--GTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTATATTCAAGCAAG-ATAT-------TTACTGTTTTTTC-TTTG------------------------CA----TGTGTGTGTATG--TGTGCATGCGTGCTAG----TGTAATTGAGta
gi|14 : ACAATAATAACACGTCTAT--T-TAT-T-TCTTT---AT-A--GTCA---AC--T-TTGTAATTCTT---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTGATAT--GTTTATTTACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATGATACTCACTAAAATTCAAGCAGA-ATAT-------ATATTACTTTTTC-TTTG------------------------CAAACGTGTGcgtgcttgt
gi|18 : agcTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTAAATTCAAGCAAACGTGT-------GGTGTGCATATGCGTGTG------------------------TGTGTGTGTGTGTGCATG--TGTG--CGTGTGCGAG----TGCAAGTGAG
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTCCACTTTTAGTAAATGGCTCAATTCTATACTTGAGAAAGAGTAATGACCTTTAAACACTTTACCCGCAAATGGAAGTTTATTCTCCCTCTGCAAACAAACTTTGGAATGATCTGGAGTCCGTATCAATTCCTATTTTCAAAAGGAATATTAAAGAATTGTTTACACCTCTGGTAGCCCAAAATGTTTCATAATTGGTGACAGAAATTTGTCCATGCTTCTTCACGCATGTATGCAAAACAATTGCAGCAATTTAAATGAGAGCAATATAATAACCACCCCTGTGACAATACTTCTTTACATGGTAGAAAATACTGAACTTTTTTTTTTGTTCAATGCAAGCATTTTAGTCAGAGGCTAGAGCTGTTTAACAAAACT
Unaligned ( gi|4 ): AATAGAAAAAAACTTCAATATGGGACTAGTAGAATTTTCACTGATTTAACCCGTTCGGTTTCAATTGAAAATCTTCTAAAAGAAATTGGCTGGGTTTCGTTAACAGATCGCAGGAAAATCCAGAAATTAATTATTATATACATTTATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTAAATGATCTATTTCTGCTTACAATAAATGAAACGAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATGATATTTTGACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCATGCTCTGTCATAACCTCTGCAATTAAACTTTGGAATAATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTGTTTTTATTTGTAAAAGGAAAATT
Unaligned ( gi|12 ): ATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTCAACGATATATTTCCACTTACAATACATAAAACTTGAAAAATAGAAATGATATTTTAACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATATATTTCTATTT
Unaligned ( gi|15 ): AAATTCCAGAAACTAATTCTTATGTACAATCATATTCATGGAAATCTATCTTCTTATTTAAATCATCTATTTCCATTTACAATAGATGAATCAAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATCATATTTTGACGAACGGAAATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACGCTTTCTAGAGGAAAGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTATTTGTATTTTTTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATTTAAACC
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAAAACATAAGTAGATCTAGTTGTGTGTCGTTGTGGGTGGGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGTGGG
Unaligned ( gi|20 ): TGAAATTGATTTTCGAGAGTCTGTATCTATTTCTATTATTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATCTAAACCG
Unaligned ( gi|21 ): GTATGTATGTGTATGTGTGCGTGCAAGCGTGCGTAAATGACACGTG
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 3333333 111 111 1 11 444444444444444 111 11111 111 22222222222222 111111 1111111 444444444444444444444444 1111
lowQualScore : 777 777 33 0 3 1 0000000 777 2 66 444 1 8 0 11 111111111111111 666 66 00000 55 8 555 4 999 8 4 33 4 777 11111111111111 111111 3333333 222222222222222222222222 66 3 66 1 77 2222 77 5
lowQualScore : ... ... .. . . . ....... ... . .. ... . . . .. ............... ... .. ..... .. . ... . ... . . .. . ... .............. ...... ....... ........................ .. . .. . .. .... .. .
lowQualScore : 555 555 00 0 2 0 8888888 555 5 44 000 0 0 0 22 777777777777777 000 99 00000 55 0 000 0 444 0 0 22 0 000 00000000000000 555555 0000000 888888888888888888888888 11 4 11 4 99 1111 99 9
consensus : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCC------ATAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
Reference ( family-2678 ) : NNNNNCTAACAAG---TTATTATT---TGGGAACGNAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGNC------GTAT---ATTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGNTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGCG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GAGCGAGTGCAAGTGAG
gi|1 : CTAACAAG---TTGTTGTT---TTGGAATGTAAAATCGAAATGAAAAAGAAAACGGTC------ATATTATGTTCTTAAAAGTACAAATATTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTCCAGTCAA-AAA-TAGTTTCAAACAATCATTAGCATTATACTTCATGTCCCTAGATGTAAATATGAGACTGGGGCGTAATTATAAGG
gi|1 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgTGTTG--TTGTTTTAGGGGG--CAGACAATAATAACTCTTG-----TATCCTT-TTTTT---ACAATTGTCATTATT--T-AT-TAA----T---AT-----T--------TT------TTATAGTATAATAATAtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgttgttgttgttttagggggcagacaataataactcttgtatcctttttttacaattgtcattatttattaatattttttatagtataataata
gi|10 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgctaacaagttgttgttttggaatgtaaaatcgaaatgaaaaagaaaacggtcatattatgttcttaaaagtacaaatatttattaaaaactcaaaacgttccagtcaaaaatagtttcaaacaatcattagcattatacttcatgtccctagatgtaaatatgagactggggcgtaattataaggtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgtCCTTTTTGGGAGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTTTTAT-ATTGTCATTTTC--TATT-TAATTC-T---TT-----T--------TTTCTTTTCTATAGTTTATGAATATGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTATATTCAAGCAAGATAT-------TTACTGTTTTTTCTTTG------------------------C--AT------G--TGTGTGTA--TGTGTGC----ATGC--GTGCTAGTGTAATTGAG
gi|11 : GATGTTAATATGAGACTAGGGCGGAATCATGGGGG-----TA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGGCAGTAATAACTCTTT-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-T-----TTT-T---TT-----T--------TT------CTGTAGTTTATTAATATGTTAATATACTTTGTTTTTCTTT-AAACATTATTACAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCATTG------------------------C--ATGTGTGTG--cgtgcttgt
gi|13 : TTGATATGAGAATGGGGCAGAATCATGGG--AGTGCCGGGTCCTTTTTGGGGTTGCAGACAAC-----CTCTTCCTTGTTT--CTTGTTTTT---AT-ATTGACATTTTTATT-TT-TAA--C-T---TC-----T--------TT----------AGTATATTAATATGTCTA----CTTTGTTTTTCTTTAACTCATTGTCATAATCACAAAAAATCAAGCAGAATAA-------TTAC
gi|14 : ACAATAATAACACGTC-----TA--TTTATTTCT---TT-ATAGTCA---AC--T-TTGTAATTCTT---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTGATATGTTTATTTACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATGATACTCACTAAAATTCAAGCAGAATAT-------ATATTACTTTTTCTTTG------------------------C--AAACGTGTG--
gi|17 : agcAACAAGAAACTATTATTCCTTGGAAACAGAAG-CCTAA-TGAAGAATAAAACGCCCATACATGTAT---ATTCTTAAAAGCTCAAAATATTATTAGAAACTCCTCAAAACGGTTCAGTC-
gi|18 : ttcaaaggcttgagttgttcagtaaTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTAAATTCAAGC-AAACGT-------GTGGTG---------TG------------------------CATATGCGTGTG--TGTGTGTG--TGTGTGCATGTGTGCGTGTGCGAGTGCAAGTGAG
gi|2 : CTAACAAG---TTGTTATT---TGGAAATAAAAA-TCTAAATGAAAAAGAAAACTGCG------ATAT---GTT-TTAGAAGTACAGAAGTTTATT-AAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAACTAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATTGGGGAGTGTTA--TCCTTTCAGGGGGTGCAGACAATAATAACCCTTC-----TT--CCT-TTTTT---AT-ATTTTCATTTTC--T-TT-TAACTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAAGTTGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ACGCGTGTG--TGTGCATGATTGTGTGC----GTGC--GAGGGAATGCAAGTGAGcctgcttgtatgcatgtagaagtgagtg
gi|21 : atgatGTATG--TATGTGTA--TGTGTGC----GTGC--AAGCGTGCGTAAATGA
gi|5 : AA---------------ACATTTCATGTCCCTGGATGTTAACATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGG--TGTTA--TCCTTTTTGGGG-TGCAGACAATACTAATTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTA--T-TT-TA-TTC-T---TT-----TAT------TT------CTATAGTTTATCAATATGTTTATATTCCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGTTAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNCGTGCG--AGCGCACG--TATGTGC----GTGT--GTGCGAGTGCAAGTGAcacgtg
gi|6 : TTTGAAGTACAAAAGTTTAT--------------AACGTTTCAGTC-ATAAT-TAATTTCAA---------------ATATGTCATGTCCCTAGATGTTGATATGGGACTCGGGCGGAATCATAGGGAGG---TA--TCCTTTTTGAGGGTGCAGACAATAATAACTATTC-----TA--CC--TTTTT---AT-ATTGTCATTTTT--TATT-TATTTA-TATATT-----T--------TT------CTATAGTTTATCAATATTTTTATATACCTTGTTTGTCTTTAAAACATTATTATAATTCCTAAAATTGAAGTAAGATAT-------TAACTGCGTTTTCGTTG------------------------C--ATGTGTGTGTATGTGTGCG--TGCGTGC----GTGC--GTGCGAGTGCACGTacgtgcttgtatgcgtgtagaagtgagt
gi|7 : CTAGCAAG---TTATTATT---TGGGAACATAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAGCGGGC------ATAT---ATTCTTAGGAGTACAAAGGTTCATTAAAAA---GTTAAAACGATTCAATT-A-AAG-TAGTTTCTA---------------ACA
gi|8 : tacgcacatatgtgaaacaattgcagcaatttaactgcatacctaaatgataaccacttacgagacaatacttattgtagcatgttataaatgcccaacattatttatttcaatgcaagctatatgatagtcaatgacttcagctgtttaacaaaactagaaaatgacaccctgaataATGTCTCTAGATGTTAATATAAGACTCAGGCGGAATCATGGGGGA-TGTTA--TCCTTTTTAGGGGTGCAGACAATAACAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTTT--T-TT-TCATTT-T---TT-----TCTTTTTTTTT------CTACAGTTTATTT-TATGTTTATATACCTTATTTTACTTTAAAACATTATTATAATTACTAAAATTCAAGTAGAATATTAAAATATTACTACTTTTTCTTTA------------------------C--Aatcgttaacattatatttc
gi|9 : AA---------------ATTGTTCATGTCCCTAGATGTTTATAGGAGGCTCGGGCGGAATCATGGGGGGATGTTA--CCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAGCTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTT---T-TT-TAATTC-T---TTCTTTTT--------TT------CGATAGTTTATTAATATGTTTATGTACCTTGTTTTTCTTTAAAACACTATTATAATCACTAAAATTCAAGTAAAATGT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGTGTGCT--TGTATGTG--TGTGTGC----TTGC--GAGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgagcgtg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTCCACTTTTAGTAAATGGCTCAATTCTATACTTGAGAAAGAGTAATGACCTTTAAACACTTTACCCGCAAATGGAAGTTTATTCTCCCTCTGCAAACAAACTTTGGAATGATCTGGAGTCCGTATCAATTCCTATTTTCAAAAGGAATATTAAAGAATTGTTTACACCTCTGGTAGCCCAAAATGTTTCATAATTGGTGACAGAAATTTGTCCATGCTTCTTCACGCATGTATGCAAAACAATTGCAGCAATTTAAATGAGAGCAATATAATAACCACCCCTGTGACAATACTTCTTTACATGGTAGAAAATACTGAACTTTTTTTTTTGTTCAATGCAAGCATTTTAGTCAGAGGCTAGAGCTGTTTAACAAAACT
Unaligned ( gi|4 ): AATAGAAAAAAACTTCAATATGGGACTAGTAGAATTTTCACTGATTTAACCCGTTCGGTTTCAATTGAAAATCTTCTAAAAGAAATTGGCTGGGTTTCGTTAACAGATCGCAGGAAAATCCAGAAATTAATTATTATATACATTTATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTAAATGATCTATTTCTGCTTACAATAAATGAAACGAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATGATATTTTGACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCATGCTCTGTCATAACCTCTGCAATTAAACTTTGGAATAATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTGTTTTTATTTGTAAAAGGAAAATT
Unaligned ( gi|12 ): ATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTCAACGATATATTTCCACTTACAATACATAAAACTTGAAAAATAGAAATGATATTTTAACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATATATTTCTATTT
Unaligned ( gi|15 ): AAATTCCAGAAACTAATTCTTATGTACAATCATATTCATGGAAATCTATCTTCTTATTTAAATCATCTATTTCCATTTACAATAGATGAATCAAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATCATATTTTGACGAACGGAAATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACGCTTTCTAGAGGAAAGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTATTTGTATTTTTTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATTTAAACC
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAAAACATAAGTAGATCTAGTTGTGTGTCGTTGTGGGTGGGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGTGGG
Unaligned ( gi|20 ): TGAAATTGATTTTCGAGAGTCTGTATCTATTTCTATTATTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATCTAAACCG
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 222222 111 111 1 11 444444444444444 111 11111 111 22222222222222 111111 1111111 444444444444444444444444 1111
lowQualScore : 777 777 1 0 3 0 888888 777 2 66 444 1 8 0 11 111111111111111 666 66 00000 55 8 555 4 999 8 4 66666 777 11111111111111 111111 3333333 222222222222222222222222 66 3 66 1 77 2222 77 1
lowQualScore : ... ... . . . . ...... ... . .. ... . . . .. ............... ... .. ..... .. . ... . ... . . ..... ... .............. ...... ....... ........................ .. . .. . .. .... .. .
lowQualScore : 555 555 0 0 2 2 888888 555 5 44 000 0 0 0 22 777777777777777 000 99 00000 55 0 000 0 444 0 0 00000 000 00000000000000 555555 0000000 888888888888888888888888 11 5 11 4 99 1111 99 0
consensus : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
Reference ( family-2678 ) : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
gi|1 : CTAACAAG---TTGTTGTT---TTGGAATGTAAAATCGAAATGAAAAAGAAAACGGTCA------TATTATGTTCTTAAAAGTACAAATATTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTCCAGTCAA-AAA-TAGTTTCAAACAATCATTAGCATTATACTTCATGTCCCTAGATGTAAATATGAGACTGGGGCGTAATTATAAGG
gi|1 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgTGTTG--TTGTTTTAGGGGG--CAGACAATAATAACTCTTG-----TATCCTT-TTTTT---ACAATTGTCATTATT--T-AT-TAA----T---AT-----T--------TT------TTATAGTATAATAATAtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgttgttgttgttttagggggcagacaataataactcttgtatcctttttttacaattgtcattatttattaatattttttatagtataataata
gi|10 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgctaacaagttgttgttttggaatgtaaaatcgaaatgaaaaagaaaacggtcatattatgttcttaaaagtacaaatatttattaaaaactcaaaacgttccagtcaaaaatagtttcaaacaatcattagcattatacttcatgtccctagatgtaaatatgagactggggcgtaattataaggtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgtCCTTTTTGGGAGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTTTTAT-ATTGTCATTTTC--TATT-TAATTC-T---TT-----T--------TTTCTTTTCTATAGTTTATGAATATGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTATATTCAAGCAAGATAT-------TTACTGTTTTTTCTTTG------------------------C--A------TG--TGTGTGTA--TGTGTGC----ATGC--GTGCTAGTGTAATTGAG
gi|11 : GATGTTAATATGAGACTAGGGCGGAATCATGGGGG-----TA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGGCAGTAATAACTCTTT-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-T----T-T---TT-----T--------TT------CTGTAGTTTATTAATATGTTAATATACTTTGTTTTTCTTTAAA-CATTATTACAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCATTG------------------------C--ATGTGTGTG--cgtgcttgt
gi|13 : TTGATATGAGAATGGGGCAGAATCATGGG--AGTGCCGGGTCCTTTTTGGGGTTGCAGACAAC-----CTCTTCCTTGTTT--CTTGTTTTT---AT-ATTGACATTTTTATT-TT-TAA--C-T---TC-----T--------TT----------AGTATATTAATATGTCTA----CTTTGTTTTTCTTTAACTCATTGTCATAATCACAAAAAATCAAGCAGAATAA-------TTAC
gi|14 : ACAATAATAACACGTC-----TA--TTTATTTCT---TT-ATAGTCA---AC--T-TTGTAATTCTT---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTGATATGTTTATTTACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATGATACTCACTAAAATTCAAGCAGAATAT-------ATATTACTTTTTCTTTG------------------------C--AAACGTGTG--
gi|17 : agcAACAAGAAACTATTATTCCTTGGAAACAGAAG-CCTAA-TGAAGAATAAAACGCCCATACATGTAT---ATTCTTAAAAGCTCAAAATATTATTAGAAACTCCTCAAAACGGTTCAGTC-
gi|18 : ttcaaaggcttgagttgttcagtaaTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTAAATTCAAGC-AAACGT-------GTGGTG---------TG------------------------CATATGCGTGTG--TGTGTGTG--TGTGTGCATGTGTGCGTGTGCGAGTGCAAGTGAG
gi|2 : CTAACAAG---TTGTTATT---TGGAAATAAAAA-TCTAAATGAAAAAGAAAACTGCGA------TAT---GTT-TTAGAAGTACAGAAGTTTATT-AAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAACTAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATTGGGGAGTGTTA--TCCTTTCAGGGGGTGCAGACAATAATAACCCTTC-----TT--CCT-TTTTT---AT-ATTTTCATTTTC--T-TT-TAACTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAAGTTGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ACGCGTGTG--TGTGCATGATTGTGTGC----GTGC--GAGGGAATGCAAGTGAGcctgcttgtatgcatgtagaagtgagtg
gi|21 : atgatGTATG--TATGTGTA--TGTGTGC----GTGC--AAGCGTGCGTAAATGA
gi|5 : AA---------------ACATTTCATGTCCCTGGATGTTAACATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGG--TGTTA--TCCTTTTTGGGG-TGCAGACAATACTAATTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTA--T-TT-TA-TTC-T---TT-----TAT------TT------CTATAGTTTATCAATATGTTTATATTCCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGTTAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNCGTGCG--AGCGCACG--TATGTGC----GTGT--GTGCGAGTGCAAGTGAcacgtg
gi|6 : TTTGAAGTACAAAAGTTTAT--------------AACGTTTCAGTC-ATAAT-TAATTTCAA---------------ATATGTCATGTCCCTAGATGTTGATATGGGACTCGGGCGGAATCATAGGGAGG---TA--TCCTTTTTGAGGGTGCAGACAATAATAACTATTC-----TA--CC--TTTTT---AT-ATTGTCATTTTT--TATT-TATTTA-TATATT-----T--------TT------CTATAGTTTATCAATATTTTTATATACCTTGTTTGTCTTTAAAACATTATTATAATTCCTAAAATTGAAGTAAGATAT-------TAACTGCGTTTTCGTTG------------------------C--ATGTGTGTGTATGTGTGCG--TGCGTGC----GTGC--GTGCGAGTGCACGTacgtgcttgtatgcgtgtagaagtgagt
gi|7 : CTAGCAAG---TTATTATT---TGGGAACATAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAGCGGGCA------TAT---ATTCTTAGGAGTACAAAGGTTCATTAAAAA---GTTAAAACGATTCAATT-A-AAG-TAGTTTCTA---------------ACA
gi|8 : tacgcacatatgtgaaacaattgcagcaatttaactgcatacctaaatgataaccacttacgagacaatacttattgtagcatgttataaatgcccaacattatttatttcaatgcaagctatatgatagtcaatgacttcagctgtttaacaaaactagaaaatgacaccctgaataATGTCTCTAGATGTTAATATAAGACTCAGGCGGAATCATGGGGGA-TGTTA--TCCTTTTTAGGGGTGCAGACAATAACAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTTT--T-TT-TCATTT-T---TT-----TCTTTTTTTTT------CTACAGTTTATTT-TATGTTTATATACCTTATTTTACTTTAAAACATTATTATAATTACTAAAATTCAAGTAGAATATTAAAATATTACTACTTTTTCTTTA------------------------C--Aatcgttaacattatatttc
gi|9 : AA---------------ATTGTTCATGTCCCTAGATGTTTATAGGAGGCTCGGGCGGAATCATGGGGGGATGTTA--CCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAGCTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTT---T-TT-TAATTC-T---TTCTTTTT--------TT------CGATAGTTTATTAATATGTTTATGTACCTTGTTTTTCTTTAAAACACTATTATAATCACTAAAATTCAAGTAAAATGT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGTGTGCT--TGTATGTG--TGTGTGC----TTGC--GAGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgagcgtg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTCCACTTTTAGTAAATGGCTCAATTCTATACTTGAGAAAGAGTAATGACCTTTAAACACTTTACCCGCAAATGGAAGTTTATTCTCCCTCTGCAAACAAACTTTGGAATGATCTGGAGTCCGTATCAATTCCTATTTTCAAAAGGAATATTAAAGAATTGTTTACACCTCTGGTAGCCCAAAATGTTTCATAATTGGTGACAGAAATTTGTCCATGCTTCTTCACGCATGTATGCAAAACAATTGCAGCAATTTAAATGAGAGCAATATAATAACCACCCCTGTGACAATACTTCTTTACATGGTAGAAAATACTGAACTTTTTTTTTTGTTCAATGCAAGCATTTTAGTCAGAGGCTAGAGCTGTTTAACAAAACT
Unaligned ( gi|4 ): AATAGAAAAAAACTTCAATATGGGACTAGTAGAATTTTCACTGATTTAACCCGTTCGGTTTCAATTGAAAATCTTCTAAAAGAAATTGGCTGGGTTTCGTTAACAGATCGCAGGAAAATCCAGAAATTAATTATTATATACATTTATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTAAATGATCTATTTCTGCTTACAATAAATGAAACGAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATGATATTTTGACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCATGCTCTGTCATAACCTCTGCAATTAAACTTTGGAATAATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTGTTTTTATTTGTAAAAGGAAAATT
Unaligned ( gi|12 ): ATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTCAACGATATATTTCCACTTACAATACATAAAACTTGAAAAATAGAAATGATATTTTAACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATATATTTCTATTT
Unaligned ( gi|15 ): AAATTCCAGAAACTAATTCTTATGTACAATCATATTCATGGAAATCTATCTTCTTATTTAAATCATCTATTTCCATTTACAATAGATGAATCAAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATCATATTTTGACGAACGGAAATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACGCTTTCTAGAGGAAAGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTATTTGTATTTTTTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATTTAAACC
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAAAACATAAGTAGATCTAGTTGTGTGTCGTTGTGGGTGGGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGTGGG
Unaligned ( gi|20 ): TGAAATTGATTTTCGAGAGTCTGTATCTATTTCTATTATTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATCTAAACCG
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 222222 111 111 1 11 444444444444444 111 11111 111 22222222222222 111111 1111111 444444444444444444444444 1111
lowQualScore : 777 777 1 0 3 0 888888 777 2 66 444 1 8 0 11 111111111111111 666 66 00000 55 8 555 4 999 8 4 66666 777 11111111111111 111111 3333333 222222222222222222222222 66 3 66 1 77 2222 77 1
lowQualScore : ... ... . . . . ...... ... . .. ... . . . .. ............... ... .. ..... .. . ... . ... . . ..... ... .............. ...... ....... ........................ .. . .. . .. .... .. .
lowQualScore : 555 555 0 0 2 2 888888 555 5 44 000 0 0 0 22 777777777777777 000 99 00000 55 0 000 0 444 0 0 00000 000 00000000000000 555555 0000000 888888888888888888888888 11 5 11 4 99 1111 99 0
consensus : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
Reference ( family-2678 ) : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
gi|1 : CTAACAAG---TTGTTGTT---TTGGAATGTAAAATCGAAATGAAAAAGAAAACGGTCA------TATTATGTTCTTAAAAGTACAAATATTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTCCAGTCAA-AAA-TAGTTTCAAACAATCATTAGCATTATACTTCATGTCCCTAGATGTAAATATGAGACTGGGGCGTAATTATAAGG
gi|1 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgTGTTG--TTGTTTTAGGGGG--CAGACAATAATAACTCTTG-----TATCCTT-TTTTT---ACAATTGTCATTATT--T-AT-TAA----T---AT-----T--------TT------TTATAGTATAATAATAtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgttgttgttgttttagggggcagacaataataactcttgtatcctttttttacaattgtcattatttattaatattttttatagtataataata
gi|10 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgctaacaagttgttgttttggaatgtaaaatcgaaatgaaaaagaaaacggtcatattatgttcttaaaagtacaaatatttattaaaaactcaaaacgttccagtcaaaaatagtttcaaacaatcattagcattatacttcatgtccctagatgtaaatatgagactggggcgtaattataaggtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgtCCTTTTTGGGAGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTTTTAT-ATTGTCATTTTC--TATT-TAATTC-T---TT-----T--------TTTCTTTTCTATAGTTTATGAATATGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTATATTCAAGCAAGATAT-------TTACTGTTTTTTCTTTG------------------------C--A------TG--TGTGTGTA--TGTGTGC----ATGC--GTGCTAGTGTAATTGAG
gi|11 : GATGTTAATATGAGACTAGGGCGGAATCATGGGGG-----TA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGGCAGTAATAACTCTTT-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-T----T-T---TT-----T--------TT------CTGTAGTTTATTAATATGTTAATATACTTTGTTTTTCTTTAAA-CATTATTACAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCATTG------------------------C--ATGTGTGTG--cgtgcttgt
gi|13 : TTGATATGAGAATGGGGCAGAATCATGGG--AGTGCCGGGTCCTTTTTGGGGTTGCAGACAAC-----CTCTTCCTTGTTT--CTTGTTTTT---AT-ATTGACATTTTTATT-TT-TAA--C-T---TC-----T--------TT----------AGTATATTAATATGTCTA----CTTTGTTTTTCTTTAACTCATTGTCATAATCACAAAAAATCAAGCAGAATAA-------TTAC
gi|14 : ACAATAATAACACGTC-----TA--TTTATTTCT---TT-ATAGTCA---AC--T-TTGTAATTCTT---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTGATATGTTTATTTACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATGATACTCACTAAAATTCAAGCAGAATAT-------ATATTACTTTTTCTTTG------------------------C--AAACGTGTG--
gi|17 : agcAACAAGAAACTATTATTCCTTGGAAACAGAAG-CCTAA-TGAAGAATAAAACGCCCATACATGTAT---ATTCTTAAAAGCTCAAAATATTATTAGAAACTCCTCAAAACGGTTCAGTC-
gi|18 : ttcaaaggcttgagttgttcagtaaTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTAAATTCAAGC-AAACGT-------GTGGTG---------TG------------------------CATATGCGTGTG--TGTGTGTG--TGTGTGCATGTGTGCGTGTGCGAGTGCAAGTGAG
gi|2 : CTAACAAG---TTGTTATT---TGGAAATAAAAA-TCTAAATGAAAAAGAAAACTGCGA------TAT---GTT-TTAGAAGTACAGAAGTTTATT-AAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAACTAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATTGGGGAGTGTTA--TCCTTTCAGGGGGTGCAGACAATAATAACCCTTC-----TT--CCT-TTTTT---AT-ATTTTCATTTTC--T-TT-TAACTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAAGTTGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ACGCGTGTG--TGTGCATGATTGTGTGC----GTGC--GAGGGAATGCAAGTGAGcctgcttgtatgcatgtagaagtgagtg
gi|21 : atgatGTATG--TATGTGTA--TGTGTGC----GTGC--AAGCGTGCGTAAATGA
gi|5 : AA---------------ACATTTCATGTCCCTGGATGTTAACATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGG--TGTTA--TCCTTTTTGGGG-TGCAGACAATACTAATTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTA--T-TT-TA-TTC-T---TT-----TAT------TT------CTATAGTTTATCAATATGTTTATATTCCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGTTAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNCGTGCG--AGCGCACG--TATGTGC----GTGT--GTGCGAGTGCAAGTGAcacgtg
gi|6 : TTTGAAGTACAAAAGTTTAT--------------AACGTTTCAGTC-ATAAT-TAATTTCAA---------------ATATGTCATGTCCCTAGATGTTGATATGGGACTCGGGCGGAATCATAGGGAGG---TA--TCCTTTTTGAGGGTGCAGACAATAATAACTATTC-----TA--CC--TTTTT---AT-ATTGTCATTTTT--TATT-TATTTA-TATATT-----T--------TT------CTATAGTTTATCAATATTTTTATATACCTTGTTTGTCTTTAAAACATTATTATAATTCCTAAAATTGAAGTAAGATAT-------TAACTGCGTTTTCGTTG------------------------C--ATGTGTGTGTATGTGTGCG--TGCGTGC----GTGC--GTGCGAGTGCACGTacgtgcttgtatgcgtgtagaagtgagt
gi|7 : CTAGCAAG---TTATTATT---TGGGAACATAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAGCGGGCA------TAT---ATTCTTAGGAGTACAAAGGTTCATTAAAAA---GTTAAAACGATTCAATT-A-AAG-TAGTTTCTA---------------ACA
gi|8 : tacgcacatatgtgaaacaattgcagcaatttaactgcatacctaaatgataaccacttacgagacaatacttattgtagcatgttataaatgcccaacattatttatttcaatgcaagctatatgatagtcaatgacttcagctgtttaacaaaactagaaaatgacaccctgaataATGTCTCTAGATGTTAATATAAGACTCAGGCGGAATCATGGGGGA-TGTTA--TCCTTTTTAGGGGTGCAGACAATAACAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTTT--T-TT-TCATTT-T---TT-----TCTTTTTTTTT------CTACAGTTTATTT-TATGTTTATATACCTTATTTTACTTTAAAACATTATTATAATTACTAAAATTCAAGTAGAATATTAAAATATTACTACTTTTTCTTTA------------------------C--Aatcgttaacattatatttc
gi|9 : AA---------------ATTGTTCATGTCCCTAGATGTTTATAGGAGGCTCGGGCGGAATCATGGGGGGATGTTA--CCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAGCTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTT---T-TT-TAATTC-T---TTCTTTTT--------TT------CGATAGTTTATTAATATGTTTATGTACCTTGTTTTTCTTTAAAACACTATTATAATCACTAAAATTCAAGTAAAATGT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGTGTGCT--TGTATGTG--TGTGTGC----TTGC--GAGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgagcgtg
blockSeqs : AAA CCT G . A TACATG . C TA CTC G . T AC . AGT GG CTTGT . G TTT . TAT A G ATTCT ATA TCTTTTTTT TCTTTT TAAAATA GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AT T TA T AT ATGT GT T
blockSeqs : . . A . A . . C TA . T . . T . AGT . . . A T . C A . ATTC . CTTTTT . . . . A . C . . . A
blockSeqs : . . T . . . . . T . T . . G . GAT . . . . T . C . . ACTC . TAT . . . . T . T . . . A
blockSeqs : . . A . . GG . . . . . . C . . TTTA . T . . . . C . C . . . T
blockSeqs : . AT . . . . . . C . . ATTT . T . . . . N . T . . . T
blockSeqs : T . . . . . . A . . ATTC . T . . . . T . T . . . A
blockSeqs : . . . . . . T . . TTC . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . . T . . AC . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . .
blockSeqCons : *************** GGT ** ATTC*
originalCons : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGAGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
finalCons : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGGGGGTGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTCCACTTTTAGTAAATGGCTCAATTCTATACTTGAGAAAGAGTAATGACCTTTAAACACTTTACCCGCAAATGGAAGTTTATTCTCCCTCTGCAAACAAACTTTGGAATGATCTGGAGTCCGTATCAATTCCTATTTTCAAAAGGAATATTAAAGAATTGTTTACACCTCTGGTAGCCCAAAATGTTTCATAATTGGTGACAGAAATTTGTCCATGCTTCTTCACGCATGTATGCAAAACAATTGCAGCAATTTAAATGAGAGCAATATAATAACCACCCCTGTGACAATACTTCTTTACATGGTAGAAAATACTGAACTTTTTTTTTTGTTCAATGCAAGCATTTTAGTCAGAGGCTAGAGCTGTTTAACAAAACT
Unaligned ( gi|4 ): AATAGAAAAAAACTTCAATATGGGACTAGTAGAATTTTCACTGATTTAACCCGTTCGGTTTCAATTGAAAATCTTCTAAAAGAAATTGGCTGGGTTTCGTTAACAGATCGCAGGAAAATCCAGAAATTAATTATTATATACATTTATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTAAATGATCTATTTCTGCTTACAATAAATGAAACGAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATGATATTTTGACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCATGCTCTGTCATAACCTCTGCAATTAAACTTTGGAATAATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTGTTTTTATTTGTAAAAGGAAAATT
Unaligned ( gi|12 ): ATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTCAACGATATATTTCCACTTACAATACATAAAACTTGAAAAATAGAAATGATATTTTAACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATATATTTCTATTT
Unaligned ( gi|15 ): AAATTCCAGAAACTAATTCTTATGTACAATCATATTCATGGAAATCTATCTTCTTATTTAAATCATCTATTTCCATTTACAATAGATGAATCAAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATCATATTTTGACGAACGGAAATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACGCTTTCTAGAGGAAAGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTATTTGTATTTTTTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATTTAAACC
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAAAACATAAGTAGATCTAGTTGTGTGTCGTTGTGGGTGGGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGTGGG
Unaligned ( gi|20 ): TGAAATTGATTTTCGAGAGTCTGTATCTATTTCTATTATTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATCTAAACCG
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 222222 111 111 1 11 444444444444444 3333333 11111 111 22222222222222 111111 1111111 444444444444444444444444 1111
lowQualScore : 777 777 1 0 3 0 888888 777 2 66 444 1 8 0 11 111111111111111 5 5555555 66 00000 55 8 555 4 999 8 4 66666 777 11111111111111 111111 3333333 222222222222222222222222 66 3 66 1 77 2222 77 1
lowQualScore : ... ... . . . . ...... ... . .. ... . . . .. ............... . ....... .. ..... .. . ... . ... . . ..... ... .............. ...... ....... ........................ .. . .. . .. .... .. .
lowQualScore : 555 555 0 0 2 2 888888 555 5 44 000 0 0 0 22 777777777777777 0 2222222 11 00000 55 0 000 0 444 0 0 00000 000 00000000000000 555555 0000000 888888888888888888888888 11 5 11 4 99 1111 99 0
consensus : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGG-G---GG--TGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
Reference ( family-2678 ) : NNNNNCTAACAAG---TTGTTATT---TGGGAACANAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAACGGCCA------TAT---GTTCTTAGAAGTACAAAAGTTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAA-TAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGG-G---GG--TGTTA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-TAATTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAATATGTTTATATACCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGCGTGTG--TGTGCGTG--TGTGTGC----GTGC--GNGCGAGTGCAAGTGAG
gi|1 : CTAACAAG---TTGTTGTT---TTGGAATGTAAAATCGAAATGAAAAAGAAAACGGTCA------TATTATGTTCTTAAAAGTACAAATATTTATTAAAAA---CTCAAAACGTTCCAGTCAA-AAA-TAGTTTCAAACAATCATTAGCATTATACTTCATGTCCCTAGATGTAAATATGAGACTGGGGCGTAATTATAAGGTGTGTGGTCTGTTG--TTTTTTT
gi|1 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatg--TGTTG--TTGTTTTAGGGGG--CAGACAATAATAACTCTTG-----TATCCTT-TTTTT---ACAATTGTCATTATT--T-AT-TAA----T---AT-----T--------TT------TTATAGTATAATAATAgttgttgtttttttgttgttgttgttttagggggcagacaataataactcttgtatcctttttttacaattgtcattatttattaatattttttatagtataataata
gi|10 : atgaatacatagatatacttcaatatgaggctagaagaattgtcactggtttaatccgctcgttttcaatcgaaaatcgtctaaaggaaattagcagggtttcagtaaaataatccagaaattaattcttatgtacgattatattcatggaaagctaccttcttagttaaatgatatatttgaacttacaataaatgaatcaaatccatacaacttgagaaattgatatgatattttaacgctttctagcttaacggaaatgtattctcactctgtcataccctctacaattaaactttgaaatgatcttgaaaaagatattcgagagtgagcgatttttttgatttttttaaaaggaaagttaaggatttatttaaacagaatatagttgtaaaatatttcttaattggagacaggaatatgtccgcacttaacgcatgcatgcgaaacaatttaaatgcagcctgataaccacctacgtgacaatacgttttgtagtggtagaaaatgttgaatattacttatttcaatacaagctatataattgtcaaaggctacataccatccattaaatgctaacaagttgttgttttggaatgtaaaatcgaaatgaaaaagaaaacggtcatattatgttcttaaaagtacaaatatttattaaaaactcaaaacgttccagtcaaaaatagtttcaaacaatcattagcattatacttcatgtccctagatgtaaatatgagactggggcgtaattataaggtgtgtggtctgttgtttttttgttgttgtttttttgtCCTTTTTGGGAGTGCAGACAATAATAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTTTTAT-ATTGTCATTTTC--TATT-TAATTC-T---TT-----T--------TTTCTTTTCTATAGTTTATGAATATGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTATATTCAAGCAAGATAT-------TTACTGTTTTTTCTTTG------------------------C--A------TG--TGTGTGTA--TGTGTGC----ATGC--GTGCTAGTGTAATTGAG
gi|11 : GATGTTAATATGAGACTAGGGCGGAATCATGGGG-G----------TA--TCCTTTTTGGGGGTGCAGGCAGTAATAACTCTTT-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTC--T-TT-T----T-T---TT-----T--------TT------CTGTAGTTTATTAATATGTTAATATACTTTGTTTTTCTTTAAA-CATTATTACAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCATTG------------------------C--ATGTGTGTG--cgtgcttgt
gi|13 : TTGATATGAGAATGGGGCAGAATCATGGGA-G-------TGCCGGGTCCTTTTTGGGGTTGCAGACAAC-----CTCTTCCTTGTTT--CTTGTTTTT---AT-ATTGACATTTTTATT-TT-TAA--C-T---TC-----T--------TT----------AGTATATTAATATGTCTA----CTTTGTTTTTCTTTAACTCATTGTCATAATCACAAAAAATCAAGCAGAATAA-------TTAC
gi|14 : ACAATAATAACACGTC-----TA--TTTATTTCT---TT-ATAGTCA---AC--T-TTGTAATTCTT---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTGATATGTTTATTTACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATGATACTCACTAAAATTCAAGCAGAATAT-------ATATTACTTTTTCTTTG------------------------C--AAACGTGTG--
gi|17 : agcAACAAGAAACTATTATTCCTTGGAAACAGAAG-CCTAA-TGAAGAATAAAACGCCCATACATGTAT---ATTCTTAAAAGCTCAAAATATTATTAGAAACTCCTCAAAACGGTTCAGTC-
gi|18 : ttcaaaggcttgagttgttcagtaaTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTTAAATTCAAGC-AAACGT-------GTGGTG---------TG------------------------CATATGCGTGTG--TGTGTGTG--TGTGTGCATGTGTGCGTGTGCGAGTGCAAGTGAG
gi|2 : CTAACAAG---TTGTTATT---TGGAAATAAAAA-TCTAAATGAAAAAGAAAACTGCGA------TAT---GTT-TTAGAAGTACAGAAGTTTATT-AAAA---CTCAAAACGTTTCAGTC-A-AAACTAGTTTCAA---------------ATATTTCATGTCCCTAGATGTTAATATGAGACTCGGGCGGAATCATTGGG-G---AG--TGTTA--TCCTTTCAGGGGGTGCAGACAATAATAACCCTTC-----TT--CCT-TTTTT---AT-ATTTTCATTTTC--T-TT-TAACTC-T---TT-----T--------TT------CTATAGTTTATTAAGTTGTTTATATACTTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGCAAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ACGCGTGTG--TGTGCATGATTGTGTGC----GTGC--GAGGGAATGCAAGTGAGcctgcttgtatgcatgtagaagtgagtg
gi|21 : atgatGTATG--TATGTGTA--TGTGTGC----GTGC--AAGCGTGCGTAAATGA
gi|5 : AA---------------ACATTTCATGTCCCTGGATGTTAACATGAGACTCGGGCGGAATCATGGGG-G-------TGTTA--TCCTTTTTGGGG-TGCAGACAATACTAATTCTTC-----TA--CCT-TTTTT---AT-ATTGTCATTTTA--T-TT-TA-TTC-T---TT-----TAT------TT------CTATAGTTTATCAATATGTTTATATTCCTTGTTTTTCTTTAAAACATTATTATAATCACTAAAATTCAAGTTAAATAT-------TTACTGCTTTTTCTTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNCGTGCG--AGCGCACG--TATGTGC----GTGT--GTGCGAGTGCAAGTGAcacgtg
gi|6 : TTTGAAGTACAAAAGTTTAT--------------AACGTTTCAGTC-ATAAT-TAATTTCAA---------------ATATGTCATGTCCCTAGATGTTGATATGGGACTCGGGCGGAATCATAGGG-A---GG-----TA--TCCTTTTTGAGGGTGCAGACAATAATAACTATTC-----TA--CC--TTTTT---AT-ATTGTCATTTTT--TATT-TATTTA-TATATT-----T--------TT------CTATAGTTTATCAATATTTTTATATACCTTGTTTGTCTTTAAAACATTATTATAATTCCTAAAATTGAAGTAAGATAT-------TAACTGCGTTTTCGTTG------------------------C--ATGTGTGTGTATGTGTGCG--TGCGTGC----GTGC--GTGCGAGTGCACGTacgtgcttgtatgcgtgtagaagtgagt
gi|7 : CTAGCAAG---TTATTATT---TGGGAACATAAA-TCTAAATGAAGAAGAAAGCGGGCA------TAT---ATTCTTAGGAGTACAAAGGTTCATTAAAAA---GTTAAAACGATTCAATT-A-AAG-TAGTTTCTA---------------ACA
gi|8 : tacgcacatatgtgaaacaattgcagcaatttaactgcatacctaaatgataaccacttacgagacaatacttattgtagcatgttataaatgcccaacattatttatttcaatgcaagctatatgatagtcaatgacttcagctgtttaacaaaactagaaaatgacaccctgaataATGTCTCTAGATGTTAATATAAGACTCAGGCGGAATCATGGGG-G---A---TGTTA--TCCTTTTTAGGGGTGCAGACAATAACAACTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTTT--T-TT-TCATTT-T---TT-----TCTTTTTTTTT------CTACAGTTTATTT-TATGTTTATATACCTTATTTTACTTTAAAACATTATTATAATTACTAAAATTCAAGTAGAATATTAAAATATTACTACTTTTTCTTTA------------------------C--Aatcgttaacattatatttc
gi|9 : AA---------------ATTGTTCATGTCCCTAGATGTTTATAGGAGGCTCGGGCGGAATCATGGGG-G---GA--TGTTA--CCCTTTTTGGGGGTGCAGACAATAATAGCTCTTC-----TA--CCT-TTTTTT--AT-ATTGTCATTTT---T-TT-TAATTC-T---TTCTTTTT--------TT------CGATAGTTTATTAATATGTTTATGTACCTTGTTTTTCTTTAAAACACTATTATAATCACTAAAATTCAAGTAAAATGT-------TTACTGCTTTTTCTTTG------------------------C--ATGTGTGCT--TGTATGTG--TGTGTGC----TTGC--GAGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtgagcgtg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTCCACTTTTAGTAAATGGCTCAATTCTATACTTGAGAAAGAGTAATGACCTTTAAACACTTTACCCGCAAATGGAAGTTTATTCTCCCTCTGCAAACAAACTTTGGAATGATCTGGAGTCCGTATCAATTCCTATTTTCAAAAGGAATATTAAAGAATTGTTTACACCTCTGGTAGCCCAAAATGTTTCATAATTGGTGACAGAAATTTGTCCATGCTTCTTCACGCATGTATGCAAAACAATTGCAGCAATTTAAATGAGAGCAATATAATAACCACCCCTGTGACAATACTTCTTTACATGGTAGAAAATACTGAACTTTTTTTTTTGTTCAATGCAAGCATTTTAGTCAGAGGCTAGAGCTGTTTAACAAAACT
Unaligned ( gi|4 ): AATAGAAAAAAACTTCAATATGGGACTAGTAGAATTTTCACTGATTTAACCCGTTCGGTTTCAATTGAAAATCTTCTAAAAGAAATTGGCTGGGTTTCGTTAACAGATCGCAGGAAAATCCAGAAATTAATTATTATATACATTTATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTAAATGATCTATTTCTGCTTACAATAAATGAAACGAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATGATATTTTGACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCATGCTCTGTCATAACCTCTGCAATTAAACTTTGGAATAATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTGTTTTTATTTGTAAAAGGAAAATT
Unaligned ( gi|12 ): ATATTCATGGAAATCTACCTTCTTATTTCAACGATATATTTCCACTTACAATACATAAAACTTGAAAAATAGAAATGATATTTTAACGCTTTCTAGACGAACGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATATATTTCTATTT
Unaligned ( gi|15 ): AAATTCCAGAAACTAATTCTTATGTACAATCATATTCATGGAAATCTATCTTCTTATTTAAATCATCTATTTCCATTTACAATAGATGAATCAAATCCATACAACTTGAGAAATAGAAATCATATTTTGACGAACGGAAATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACGCTTTCTAGAGGAAAGGAAATTTATTCACGCTCTGTCATACCCTCTGCAATTAAACTTTGGAATGATCTTGAAATTGATATTCGAGAGTCAGTATCTATTTGTATTTTTTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATTTAAACC
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAAAACATAAGTAGATCTAGTTGTGTGTCGTTGTGGGTGGGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGTGGG
Unaligned ( gi|20 ): TGAAATTGATTTTCGAGAGTCTGTATCTATTTCTATTATTAAAAGGAAAATTAAGGATTTATCTAAACCG