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lowQualScore                  :                                                                                                                                      22     9               4  555  88   000 11111            55  44               66666  1      88   0         11  888  55555     99     0 99     0 0               1       
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Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                               GCTGCGT--TCAGTACCGTTAAACAGCAAACACG-GTTAATGC---C-----TGGTTCCCTAAA-ATTAACGTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAA--AT-GTGT-----TAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGC
gi|2                          :                                                                                                                               GCTGCGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAACATG-TTTAATGC---C-----TGGTTCCCTTAA-ATTGTTGCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAA--AT-ATGT-----TAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|2                          :                                                                                                                               GCTGCGT--TCAGTTCGGTTAAACcc
gi|1                          : gctgcgttcagcaccgttaaacagcaaacatgtttaatgcctggttcccttaaattgttgcatactgtgtacttatttgaggttgagccagtgtcaatgaaaatatgttagctaacgttatcaaacGCTGTGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAATACG-TTTTATGA---T-----TAGTTCCCTAAA-ATTAACGCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCT-G-GTTACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGCcc
gi|7                          :                                                                                                                            tggGCTGCGT--TCAGCACCGTT-----------------TA-TGC---C-----TGGTTCCCTAAA-ATTAACGCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAA--AT-ATGT-----TAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|6                          :                                                                                                                          ccaggGCTGCGT--TCAGCACCGTTAAACAACAAACGCG-TTTACTGT---C-----TGGTTCCCTAAG-AGTGTCGTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAA--AT-ATTT-----TAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|6                          :                                                                                                                               GCTGCGT--TCAGTTCGGTTAAACc
gi|18                         :        gctgcgttcagcaccgttaaacaacaaacgcgtttactgtctggttccctaagagtgtcgtgtaccgtgtgctattatgaggttaaactaggaaaatattttagctgaggttatcaaacGCTACGT--TCAATGCCGTTAAATAGCAAATACA-GTTGGTTC---C-----TGGc
gi|12                         :                                                                                                                              gGCTGTAT--TCAGTAACAGGGAACTGTACATATA-TTTACTGT---C-----TGGTTCCCTAGA-TTTAGCGTGTAATCCGTatt
gi|19                         :                                                                                                                             gaGCTGCGT--TCAGTTCGGTTAAACAGCAatcg
gi|17                         :                                                                                                                     gctgaagtaaGTTGCGT--CCAGTACCATTAAAT-GC---------TTA-------C-----TGGTTCCCTAAA-cct
gi|5                          :                                                                                                                    atggtaaccaggCTGCGT--TCAGCACCGTTATACAGCAAACACG-TTTACTGC---C-----TGGTTCCCTAAA-ATTCACACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG------T-ATGT-----TAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|8                          :                                                                                                                              gtCTGCGT--TTAGT-CCAT-AAACAGCAAACACA-TTTGCTGC---C-----T-GTTCTGTAAA-TTTATCATGTAATGTCTGCTAA-A----------------TCCAGGATA--ATAAAAT-----TAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcc
gi|3                          :                                                                                                                                 TGCGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAACACG-TTTAATGA---C-----TGGTTCCTTAAA-ATTAACGCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAA--AT-ATGT-----TAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAG
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gi|16                         :                                                                                                                                 TGCAT--CCAGTAATGCTAAACAGCAAATGCA-TTTTTTGCTGAC-----TGGTCCCCTAAA-
gi|14                         :                                                                                                                                gTGCATAATCAGTTCTGTTAATCAGCAAATATATTTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAA-TTTGTTATGTAATGTGt
gi|9                          :                                                                                                                                  GCAT--TCAGCACTGTTAAACATCAAACACG-TTTAATGC---C-----TGGTTTCCTTAA-AGTGTTGGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAA--AT-ATGT-------ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTTTAACCGAACTGAACGCAGC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCATTCAGCAACACCAAACTGTGAATAATGTTTACTATCTGGTACCCTTTTTTTACTGTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGTTATGAAAA
Unaligned ( gi|13 ): GTTTGCTGTCTGGTTCTCTATTTTTTTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTTAGATAAAGA
Unaligned ( gi|15 ): ACGTTCAGTAACACCGGACTGCAAATAAATTTGCTATCTGATATCCTGAATTTACCATATAATAATG






Alignments
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lowQualScore                  :                      ..                     . .     ...   ...  .....           .  .........                 .          .               ...... .         ..     . ..     . .                       
lowQualScore                  :                      44                     1 5     444   222  99999           0  111111111                 8          6               555555 0         11     4 11     4 4                       
consensus                     :               GCTGCGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAACA-CGTTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATTAN-C-----GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
Reference ( family-2605 )     :               GCTGCGT--TCAGTACCGTTAAACAGCAAACA-CGTTT-ANTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATTGN-C-----GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|1                          :               GCTGTGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAATA-CGTTT-TATGA---TT-----AGTTCCCTAAAATTAA-C-----GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCTGGTT-ACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGC
gi|10                         :              tggTGTAT--TCAGTACCGTTAAACTGCAAATG-CATTT--TTGCATTCT-----GGTTCCCTAAATTTTCTC-----GTGTAATACGTGGTAAATTGAGATTGAATTAATGTCCAGGAAAA------T-cct
gi|11                         :                  GCAT--TCAGCAACACCAAACTGTGAATAATGTTT-ACTAT---CT-----GGTACCCTTTTTTTAC-T-----GTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGT-TATGAAAA------
gi|12                         :              aGCTGTAT--TCAGTAACAGGGAACTGTACATA-TATTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAGATTTAG-C-----GTGTAATCCGT
gi|13                         :                                               gaGTTT-GCTGT---CT-----GGTTCTCTA---TTTT-TTTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTatcg
gi|14                         :                 TGCATAATCAGTTCTGTTAATCAGCAAATA-TATTTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAATTTGT-T-----ATGTAATGTGtagataaaga
gi|16                         :                 TGCAT--CCAGTAATGCTAAACAGCAAATG-CATTT-TTTGCTGACT-----GGTCCCCTAAA
gi|17                         :              gGTTGCGT--CCAGTACCATTAA---------A-TGCTT-A-------CT-----GGTTCCCTAAAt
gi|18                         :   atggtaaccaggGCTACGT--TCAATGCCGTTAAATAGCAAATA-CAGTT-GGTTC---CT-----GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                            gGTTTAACCGAACTGAACGCAGCatt
gi|2                          : gctgaagtaatgctGCTGCGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAACA-TGTTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTTAAATTGT-T-----GCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|3                          :                 TGCGT--TCAGCACCGTTAAACAGCAAACA-CGTTT-AATGA---CT-----GGTTCCTTAAAATTAA-C-----GCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAGcc
gi|4                          :               GCTGCGT--TCAGTACCGTTAAACAGCAAACA-CGGTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTAAAATTAA-C-----GTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAAA------T-GTGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGCtcc
gi|5                          :                CTGCGT--TCAGCACCGTTATACAGCAAACA-CGTTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATTCA-C-----ACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG----------T-ATGTTAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|6                          :             gtGCTGCGT--TCAGCACCGTTAAACAACAAACG-CGTTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAAGAGTGT-C-----GTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAAA------T-ATTTTAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcc
gi|7                          :               GCTGCGT--TCAGCACCGTT-----------------T-A-TGC---CT-----GGTTCCCTAAAATTAA-C-----GCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCc
gi|8                          :           ccaggCTGCGT--TTAGT-CCAT-AAACAGCAAACA-CATTT-GCTGC---CT------GTTCTGTAAATTTAT-C-----ATGTAATGTCTGCTAA-----------------ATCCAGGATAA------TAAAATTAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcct
gi|9                          :                  GCAT--TCAGCACTGTTAAACATCAAACA-CGTTT-AATGC---CT-----GGTTTCCTTAAAGTGT-T-----GGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAAA------T-ATGT--ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACGTTCAGTAACACCGGACTGCAAATAAATTTGCTATCTGATATCCTGAATTTACCATATAATAATG






Alignments
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lowQualScore                  :                      33    444           1     0 2  666   22  5555 55555            3  333 66666                 2          1               000000 4         66     4 66     4 4                       
lowQualScore                  :                      ..    ...           .     . .  ...   ..  .... .....            .  ... .....                 .          .               ...... .         ..     . ..     . .                       
lowQualScore                  :                      22    111           4     5 4  111   22  3333 66666            0  666 77777                 2          6               555555 0         11     4 11     4 4                       
consensus                     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTTACTGC---C-----TGGTTCCCTAAANTT-ANC-----GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
Reference ( family-2605 )     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTTACTGC---C-----TGGTTCCCTAAAATT-ANC-----GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|1                          :               GCTGTGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAATA-CG---TTTTATGA---T-----TAGTTCCCTAAAATT-AAC-----GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCTGGTT-ACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGC
gi|10                         :              tggTGTAT--TCAG---TACCGTTAAACTGCAAATG-CA---TTT-TTGCATTC-----TGGTTCCCTAAATTTTCTC-----GTGTAATACGTGGTAAATTGAGATTGAATTAATGTCCAGGAAAA------T-cct
gi|11                         :                  GCAT--TCAG---CAACACCAAACTGTGAATAATG---TTTACTAT---C-----TGGTACCCTTTTTTT-ACT-----GTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGT-TATGAAAA------
gi|12                         :              aGCTGTAT--TCAG---TAACAGGGAACTGTACATA-TA---TTTACTGT---C-----TGGTTCCCTAGATTT-AGC-----GTGTAATCCGT
gi|13                         :                                                  gaG---TTTGCTGT---C-----TGGTTCTCTA---TT-TTTTTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTatcg
gi|14                         :                 TGCATAATCAG---TTCTGTTAATCAGCAAATA-TAT--TTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAATTT-GTT-----ATGTAATGTGtagataaaga
gi|15                         :                   CGT--TCAGTAACACCG---GACTGCAAATA-AA---TTTGCTAT---C-----TGATATCCTGAATTT-ACC-----
gi|16                         :                aTGCAT--CCAG---TAATGCTAAACAGCAAATG-CATTTTTTGCTGA---C-----TGGTCCCCTAAAatataataatg
gi|17                         :              gGTTGCGT--CCAG---TACCATTAAAT----------G---CTTACTG------------GTTCCCTAAAt
gi|18                         :   atggtaaccaggGCTACGT--TCAA---TGCCGTTAAATAGCAAATA-CA---GTTGGTTC---C-----TGG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                 gGTTTAACCGAACTGAACGCAGCatt
gi|2                          : gctgaagtaatgctGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-TG---TTTAATGC---C-----TGGTTCCCTTAAATT-GTT-----GCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|3                          :                 TGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTTAATGA---C-----TGGTTCCTTAAAATT-AAC-----GCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAGcc
gi|4                          :               GCTGCGT--TCAG---TACCGTTAAACAGCAAACA-CG---GTTAATGC---C-----TGGTTCCCTAAAATT-AAC-----GTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAAA------T-GTGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGCtcc
gi|5                          :                CTGCGT--TCAG---CACCGTTATACAGCAAACA-CG---TTTACTGC---C-----TGGTTCCCTAAAATT-CAC-----ACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG----------T-ATGTTAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|6                          :             gtGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAACAAACG-CG---TTTACTGT---C-----TGGTTCCCTAAGAGT-GTC-----GTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAAA------T-ATTTTAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcc
gi|7                          :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTT--------------------TA-TGC---C-----TGGTTCCCTAAAATT-AAC-----GCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCc
gi|8                          :           ccaggCTGCGT--TTAG---T-CCAT-AAACAGCAAACA-CA---TTTGCTGC---C-----T-GTTCTGTAAATTT-ATC-----ATGTAATGTCTGCTAA-----------------ATCCAGGATAA------TAAAATTAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcct
gi|9                          :                  GCAT--TCAG---CACTGTTAAACATCAAACA-CG---TTTAATGC---C-----TGGTTTCCTTAAAGT-GTT-----GGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAAA------T-ATGT--ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC





Alignments
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lowQualScore                  :                      22    111           4     5 4  999   444  3333  66666           0  666 77                 2          6               555555 0         11     4 11     4 4                       
consensus                     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
Reference ( family-2605 )     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|1                          :               GCTGTGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAATA-CG---TTT-TATGA---TT-----AGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCTGGTT-ACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGC
gi|10                         :              tggTGTAT--TCAG---TACCGTTAAACTGCAAATG-CA---TTT--TTGCATTCT-----GGTTCCCTAAATTTTCTC--GTGTAATACGTGGTAAATTGAGATTGAATTAATGTCCAGGAAAA------T-cct
gi|11                         :                  GCAT--TCAG---CAACACCAAACTGTGAATAATG---TTT-ACTAT---CT-----GGTACCCTTTTTTT-ACT--GTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGT-TATGAAAA------
gi|12                         :              aGCTGTAT--TCAG---TAACAGGGAACTGTACATA-TA---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAGATTT-AGC--GTGTAATCCGT
gi|13                         :                                                  gaG---TTT-GCTGT---CT-----GGTTCTCTATTTTT-TTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTatcg
gi|14                         :                 TGCATAATCAG---TTCTGTTAATCAGCAAATA-TA---TTTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAATTT-GTT--ATGTAATGTGtagataaaga
gi|15                         :                   CGT--TCAGTAACACCG---GACTGCAAATA-AA---TTT-GCTAT---CT-----GATATCCTGAATTT-ACC--
gi|16                         :                aTGCAT--CCAG---TAATGCTAAACAGCAAATG-CATTTTTT-GCTGA---CT-----GGTCCCCTAAAatataataatg
gi|17                         :              gGTTGCGT--CCAG---TACCATTAAAT----------G---CTT-ACTG------------GTTCCCTAAAt
gi|18                         :   atggtaaccaggGCTACGT--TCAA---TGCCGTTAAATAGCAAATA-CA---GTT-GGTTC---CT-----GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                               gGTTTAACCGAACTGAACGCAGCatt
gi|2                          : gctgaagtaatgctGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-TG---TTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTTAAATT-GTT--GCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|3                          :                 TGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-AATGA---CT-----GGTTCCTTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAGcc
gi|4                          :               GCTGCGT--TCAG---TACCGTTAAACAGCAAACA-CG---GTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAAA------T-GTGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGCtcc
gi|5                          :                CTGCGT--TCAG---CACCGTTATACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-CAC--ACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG----------T-ATGTTAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|6                          :             gtGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAACAAACG-CG---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAAGAGT-GTC--GTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAAA------T-ATTTTAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcc
gi|7                          :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTT--------------------T-A-TGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCc
gi|8                          :           ccaggCTGCGT--TTAG---T-CCAT-AAACAGCAAACA-CA---TTT-GCTGC---CT------GTTCTGTAAATTT-ATC--ATGTAATGTCTGCTAA-----------------ATCCAGGATAA------TAAAATTAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcct
gi|9                          :                  GCAT--TCAG---CACTGTTAAACATCAAACA-CG---TTT-AATGC---CT-----GGTTTCCTTAAAGT-GTT--GGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAAA------T-ATGT--ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC





Alignments
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lowQualScore                  :                      22    111           4     5 4  999   444  3333  66666           0  666 77                 2          6               555555 0         11     4 11     4 4                       
consensus                     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
Reference ( family-2605 )     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|1                          :               GCTGTGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAATA-CG---TTT-TATGA---TT-----AGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCTGGTT-ACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGC
gi|10                         :              tggTGTAT--TCAG---TACCGTTAAACTGCAAATG-CA---TTT--TTGCATTCT-----GGTTCCCTAAATTTTCTC--GTGTAATACGTGGTAAATTGAGATTGAATTAATGTCCAGGAAAA------T-cct
gi|11                         :                  GCAT--TCAG---CAACACCAAACTGTGAATAATG---TTT-ACTAT---CT-----GGTACCCTTTTTTT-ACT--GTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGT-TATGAAAA------
gi|12                         :              aGCTGTAT--TCAG---TAACAGGGAACTGTACATA-TA---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAGATTT-AGC--GTGTAATCCGT
gi|13                         :                                                  gaG---TTT-GCTGT---CT-----GGTTCTCTATTTTT-TTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTatcg
gi|14                         :                 TGCATAATCAG---TTCTGTTAATCAGCAAATA-TA---TTTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAATTT-GTT--ATGTAATGTGtagataaaga
gi|15                         :                   CGT--TCAGTAACACCG---GACTGCAAATA-AA---TTT-GCTAT---CT-----GATATCCTGAATTT-ACC--
gi|16                         :                aTGCAT--CCAG---TAATGCTAAACAGCAAATG-CATTTTTT-GCTGA---CT-----GGTCCCCTAAAatataataatg
gi|17                         :              gGTTGCGT--CCAG---TACCATTAAAT----------G---CTT-ACTG------------GTTCCCTAAAt
gi|18                         :   atggtaaccaggGCTACGT--TCAA---TGCCGTTAAATAGCAAATA-CA---GTT-GGTTC---CT-----GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                               gGTTTAACCGAACTGAACGCAGCatt
gi|2                          : gctgaagtaatgctGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-TG---TTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTTAAATT-GTT--GCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|3                          :                 TGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-AATGA---CT-----GGTTCCTTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAGcc
gi|4                          :               GCTGCGT--TCAG---TACCGTTAAACAGCAAACA-CG---GTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAAA------T-GTGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGCtcc
gi|5                          :                CTGCGT--TCAG---CACCGTTATACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-CAC--ACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG----------T-ATGTTAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|6                          :             gtGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAACAAACG-CG---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAAGAGT-GTC--GTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAAA------T-ATTTTAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcc
gi|7                          :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTT--------------------T-A-TGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCc
gi|8                          :           ccaggCTGCGT--TTAG---T-CCAT-AAACAGCAAACA-CA---TTT-GCTGC---CT------GTTCTGTAAATTT-ATC--ATGTAATGTCTGCTAA-----------------ATCCAGGATAA------TAAAATTAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcct
gi|9                          :                  GCAT--TCAG---CACTGTTAAACATCAAACA-CG---TTT-AATGC---CT-----GGTTTCCTTAAAGT-GTT--GGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAAA------T-ATGT--ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC


blockSeqs                     :                      AA    TAA           T       A  TTT   TGC  CATT  CATGT           T  TCT TG                 T          T               .      A         AA     G AA     T T
blockSeqs                     :                      .     .             T       .  .     AC   T     .               T  AC  .                  T          T               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             T       .  .     AC   T     .               T  AG  .                  T          C               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     GC   T     .               T  TT  .                  T          C               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             T       .  .     GC   C     .               T  GT  .                  A          C               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     GC   T     .               T  AC  .                  A          C               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AC   A     .               A  GT  .                  A          T               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     GG   C     .               A  AA  .                  A          C               .      .         .      . .      . .
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AA   C     .               A  AA  .                  A          T               .      .                            
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AA   A     .               A  CA  .                  T          .               .                                   
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AA   C     .               A  GT  .                  .          .                                                   
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AC   C     .               A  AA  .                                                                                 
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     AC   T     .               T  AT  .                                                                                 
blockSeqs                     :                      .     .             A       .  .     GC   C     .               A  GT  .                                                                                 
blockSeqs                     :                      .     .             .       .  .     AA   C     .                                                                                                        
blockSeqs                     :                      .     .             .       .  .     T    C     .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                     .     A    .     .                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                           ******
originalCons                  :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
finalCons                     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC





Alignments
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lowQualScore                  :                      33    444           1     0 2  333   444  5555  55555           1  333 33                 2          1               000000 4         66     4 66     4 4                       
lowQualScore                  :                      ..    ...           .     . .  ...   ...  ....  .....           .  ... ..                 .          .               ...... .         ..     . ..     . .                       
lowQualScore                  :                      22    111           4     5 4  999   444  3333  66666           0  666 77                 2          6               555555 0         11     4 11     4 4                       
consensus                     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
Reference ( family-2605 )     :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAANTT-ANC--GCGTACTGCGTGCTAATNTGAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGC
gi|1                          :               GCTGTGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAATA-CG---TTT-TATGA---TT-----AGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGTGCTAATATGAGGTTGAGCGAGTGTCCAGGAGACGCTGGTT-ACCGTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAAATGAACGCAGC
gi|10                         :              tggTGTAT--TCAG---TACCGTTAAACTGCAAATG-CA---TTT--TTGCATTCT-----GGTTCCCTAAATTTTCTC--GTGTAATACGTGGTAAATTGAGATTGAATTAATGTCCAGGAAAA------T-cct
gi|11                         :                  GCAT--TCAG---CAACACCAAACTGTGAATAATG---TTT-ACTAT---CT-----GGTACCCTTTTTTT-ACT--GTGTAATGTGCGCTAATTGGAGGTGAAGTCAGTGT-TATGAAAA------
gi|12                         :              aGCTGTAT--TCAG---TAACAGGGAACTGTACATA-TA---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAGATTT-AGC--GTGTAATCCGT
gi|13                         :                                                  gaG---TTT-GCTGT---CT-----GGTTCTCTATTTTT-TTTTGGCGAACTGTGTGCTTATTTTAGGTTGAGCGAATGTatcg
gi|14                         :                 TGCATAATCAG---TTCTGTTAATCAGCAAATA-TA---TTTTGCTGC---CTCATGTGGTTCCCTAAATTT-GTT--ATGTAATGTGtagataaaga
gi|15                         :                   CGT--TCAGTAACACCG---GACTGCAAATA-AA---TTT-GCTAT---CT-----GATATCCTGAATTT-ACC--
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gi|17                         :              gGTTGCGT--CCAG---TACCATTAAAT----------G---CTT-ACTG------------GTTCCCTAAAt
gi|18                         :   atggtaaccaggGCTACGT--TCAA---TGCCGTTAAATAGCAAATA-CA---GTT-GGTTC---CT-----GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                               gGTTTAACCGAACTGAACGCAGCatt
gi|2                          : gctgaagtaatgctGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-TG---TTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTTAAATT-GTT--GCATACTGTGTACTTATTTGAGGTTGAGCCAGTGTCAATGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcct
gi|3                          :                 TGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAGCAAACA-CG---TTT-AATGA---CT-----GGTTCCTTAAAATT-AAC--GCGTACTGCGCAATAATAATAGGTTGAGCCAGTGTCCAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-TGTTTAACCGAACTGTACGCAGcc
gi|4                          :               GCTGCGT--TCAG---TACCGTTAAACAGCAAACA-CG---GTT-AATGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GTGTACTGCGTGCTGATAGGAGGTTGAGCCAGTTTCCAGGAAAA------T-GTGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGGACGCAGCtcc
gi|5                          :                CTGCGT--TCAG---CACCGTTATACAGCAAACA-CG---TTT-ACTGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-CAC--ACGTACTGCGAGCTAATATGA----GAGTCAGCGACTAGG----------T-ATGTTAGTT--AATGC-T--ATCAA-A-CGTCTAACAGAACTGAACCCAGC
gi|6                          :             gtGCTGCGT--TCAG---CACCGTTAAACAACAAACG-CG---TTT-ACTGT---CT-----GGTTCCCTAAGAGT-GTC--GTGTACCGTGTGCTATTATGAGGTTAAA-------CTAGGAAAA------T-ATTTTAGCT--GAGGT-T--ATCAA-A-CGTTTAACCGAACTGAACGCAGCcc
gi|7                          :               GCTGCGT--TCAG---CACCGTT--------------------T-A-TGC---CT-----GGTTCCCTAAAATT-AAC--GCGTTCTGCGTGCTCAAATGAGGTTGAGCCAGTGTCTAGGAAAA------T-ATGTTAGCT--AACGT-T--ATCAA-A-CGTTTGACCGAACTGAACGCAGCc
gi|8                          :           ccaggCTGCGT--TTAG---T-CCAT-AAACAGCAAACA-CA---TTT-GCTGC---CT------GTTCTGTAAATTT-ATC--ATGTAATGTCTGCTAA-----------------ATCCAGGATAA------TAAAATTAAATAAAATAT-TAAAACAA-A-CCTTTAACAGAACAGAATGCAGCcct
gi|9                          :                  GCAT--TCAG---CACTGTTAAACATCAAACA-CG---TTT-AATGC---CT-----GGTTTCCTTAAAGT-GTT--GGGTACTGCGTGCTAATTTGAAGTTGAATCAGTGTTCAGGAAAA------T-ATGT--ATT--AATGCGT--ATGAATATTGTTTAAC