lowQualScore : 111111111 22222222222222222222 1 111111111 1111111111 111 222 1 1 1 44 4444444444 11 222222222222222222222222 222 22 111 222222222 11 2222222222 222222222 111 3 1 2 33333 2222222222 11 222 1 2222222 1111 1 1111111 111111111 11111111 1 1 99999999999999999999999999 11111111111
lowQualScore : 2 888888888 7777777 77777777777777777777 7 2 7777777 33 8 1 99 000000000 0000000000 33 2 5555 2 888 33 33 44 888 3 44 55 555 44 444 6 3 2 4 5 3 44 6666 7 0 4 4 5 7 3 77 6 3333333333 33 777777777777777777777777 333 6 2 33 22 222 444444444 11 9999999999 5 666666666 111 4 99 6 3 99 99 3 99 3 6 8 2 6 3 00000 1 6 9999999999 5 6 99 1 1 4 7 5 33 3 3 1 2 777 3 3 9 7 9 6 9999999 44 77 77777 7777 33 0 66666 99999999999999 777777 9999999999 888888888 0 4 0 55555 3333333 55555 2 333 22 777777777 1 8888888888 55555555 4444 88 3 1 4 0 0 9 2 6 4 888 55 22222222222222222222222222 4444 00000000000
lowQualScore : . ......... ....... .................... . . ....... .. . . .. ......... .......... .. . .... . ... .. .. .. ... . .. .. ... .. ... . . . . . . .. .... . . . . . . . .. . .......... .. ........................ ... . . .. .. ... ......... .. .......... . ......... ... . .. . . .. .. . .. . . . . . . ..... . . .......... . . .. . . . . . .. . . . . ... . . . . . . ....... .. .. ..... .... .. . ..... .............. ...... .......... ......... . . . ..... ....... ..... . ... .. ......... . .......... ........ .... .. . . . . . . . . . ... .. .......................... .... ...........
lowQualScore : 2 111111111 2222222 44444444444444444444 1 1 6666666 22 9 7 99 000000000 9999999999 77 7 3333 5 999 99 99 22 555 1 22 22 444 22 555 2 9 4 6 5 3 66 5555 4 8 1 4 0 3 3 00 7 8888888888 88 888888888888888888888888 000 7 5 88 55 444 333333333 88 2222222222 7 777777777 777 3 22 0 5 22 22 3 22 7 7 3 8 7 5 77777 7 7 2222222222 2 0 22 0 0 0 5 2 33 2 4 1 7 222 6 6 9 5 9 8 5555555 66 99 77777 8888 77 0 22222 44444444444444 222222 2222222222 444444444 2 0 5 00000 0000000 00000 0 555 66 000000000 9 3333333333 22222222 7777 55 0 8 7 8 2 3 7 1 7 888 11 44444444444444444444444444 5555 00000000000
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGCAAAAGC------------------A-CCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AT-TTG--TACGA---ACACTG--TCGCAATTTGCAATGTGTATATTAGTA-TGC--CCCATTGATTTAT----ATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGC----------TGTTAACAT--ACGAAAAC----AAAG-GGAGATNACTNTTAAAATAATN--ACAGAGCAATTATCTCCCTTTGAAATCGTACATTTGGTAC-GGTGTT-NCAA----------ATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATT--GAATGGTTTTGACAAAC--AAAAT--AC-AT--TNAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTT---ATTTATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGNAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-CTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAATATAAAT--TAATGGGGCA-TACTAATATACACACTGCAAATTGCGACAGTGT--TCG--TA--CAA--ATT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGCACCATATTTA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GGTGCTT-----NTG----C-ACNAT-A-TGGTGCATTTGCAC-CCAT-AT---GGT-GC-TTT--T-----A-AT-TGCACCATGATGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTG
Reference ( gi|1 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAT--------TAT-------GGTGCAAAAGC------------------C-CCATATGAGCCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-AC-A-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AT-TTG--TACAA---ACACTG--TCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGC--CCCATTAATTTAT----ATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGC----------TGTTAACAT--ACGAAAAC----GAAG-GGAGATAACTGTAATAATAATA--ACACAGCAATTATCTCCCTTTG-AATCGTACATTTGGTAC-GATGTT-CCAA----------ATTGAT---------TAAAAATG--AAATTGATT--AAATGGTTTTAACAAAC--AAAAT--AC-AT--TAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTT---TGTTATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGGAAATGTTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATTCCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAATATAAAT-ATAATGGGGCA-TACTACTTTACACTTTGCTAATTGCGACTGTGT--GTT--TA--CAA--ATT-----AATATTCAT---TA--AATGCTTGTCAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGTACCATATTTA-----CATG-----TAAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-T-CA----AT-AT----------GGTGCTT-----ATG----C-CCAAT-A-TGGTGCTTTTGCAC-CCAT-AT---GGT-GC-TTT--T-----AAATTTGCACCATGATGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTG
gi|2 : GGTCAGGGAGATGAACCAAATAC-ACGAG--------CAT-------TGTACAAAAGC------------------A-TCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTCGACATGTGAAT-------------------------A----------TACAA---GCATTTCATG--A-ATA----TT-----------------------------G---AT-TTA--TATGA---ACACTG--TTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGC--CCAATTGATTTAT----ATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAA-ATG-CGCATTTTAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGC----------TGTTAACAT--ACGGTAAC----AAAG-GGAGATCACTCTTAAAATAATT--ACAGAGCAATTATCTCCCTTTGAAATCGTACATCTGGTACAGGTGTT-ACCA----------ATTGAT---------TAAAAAT---AAATT-ATT--GAATGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ATAAT--TAA-TAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATT---ATTTATTCTAGAA-AGCT----------CAAGATTGCAAATATTTTTTTT--TTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATTCCTTTTTT-------TATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAATA
gi|2 : aGGTCAGGGAATTGGCCCAATTGC-ACCAT-----------------------------------------------------ATGGGGCATATGTACCATAT-------TTTTATA--GCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGC---------GCCATATAAAATGCTATAAACTGCATCACATA--A-ATGGTTATTT-AC-A-accatttatgtgatgcagtttatagcattttatatggcgcaaatgcaccatatttacatgtcaaatgctataaaaatatggtacatatgccccatatggtgcaattgggccaattccctgacc
gi|4 : aggtcagggagatgaaccaaatacacgagcattgtacaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgatagcattcgacatgtgaatatacaagcatttcatgaatattgatttatatgaacactgttgcaatttgcagtgtttgtattagaatgcccaattgatttatatctacaatttgataaggttttgaagtgatcttcacctgataaaatgcgcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattcctttttttattttattaggtggagatcactttaaaaccatatataatGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGCAAAAGCACCATCATGGTGCAAAAGCACCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTCACATGTAAATATGGTACATTTGC---------ACCA----------TATAAACTACATCACAT-------------------------TT--CATG--AATAT--TA---AT-TTG--TACGA---ACACTG--TTGCAATTAGCAAAGTGTAAAGTAGTA-TGC--CCCATTAATTTAT----ATCTATAA---TATA---TTT--AAGTGATCTTCATCTACTAAA-ATG-CG
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCGC--------CAT-------GGTGCAAAAGC------------------A-TCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--CCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-A--N-NNNNNN--NNNA--AATAT--TGAACAT-TTG--CACCATATAAACTGCATCAC-ATAAAtg
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGTAAAAGC------------------C-CCATATGGGACATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AA-TTG--TACAA---ACACTG--TCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TAT--CCCATTAATTTAT----ATTCACAATATTCTAAGGATTTAtgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAC--------CAT-------GGTGTAAAAGC------------------A-CCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTTACATGTAAATATGGCACATTTGG---------ACCA----------TAAAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--AATAT--TA---ATATTA---ACGA---ACACTG--TTGCAATTAGCAAAGTGTAAAGTAGTA-TGC--CTCATTAA-TTAT----CTT-AAAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTATAAAA-ATG-CGcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|5 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatttacatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattcGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGC-ATGAG--------CAT-------TGTACAAAAGC------------------A-CCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTTATA--GCATTTGACATGTAGATAT---------------------------------------ACTACAT-ACATA--A-ATG----TTT-AC-AAGCATTT--AATG--AATAT--CA---AT-TTG--TATAA---ATACTG--TCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGC--CCAATTGATTTAT----ATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAA-ATG-CGCAGTTTAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGC----------TGTTAACAT--ACAAAAAC----AAAGAGGAAATCACTCTTAAAATAATG--ACAGAGCAATTATCTCCTTTTGAAAACGTACATTTGGTACAGGTTTTACCAA----------A-TGAT---------TAAAAAAT--AAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAAT--AAAAT--ATAAA--TAA-TAAGGTATACCAATGTCTt
gi|8 : aGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGCAAAAG-------------------------------CATACGAACCATAT-------TTGGATA--GCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--ACTAC--TA---AT-ATG--TATGA---ACACTG--ATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGC--CCCATTCATTTAT----ATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CG
gi|7 : taattcGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGC-ACCAT--------TATTCATAATGGTGTAAAAGC------------------A-CCATATGGGCTGTATTAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCA----------TATTAACTGCATCACATA--A-ATA----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AT-GTG--TAGGA---ATACTG--TCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGC--CCCATTAATTTAT----ATTTACATTTTTATAAGGTTTt
gi|7 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGC-ACC-----------------------------------------------------ACATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTTATA--GCATTTGGCATGTAAAta
gi|11 : aaGGTCAGGGAGATGGCCCAAccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|13 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatatggtgcaaatacacaatatttacatgtcaaatgctatcaaaatatggttcatatgcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGCAAAAGC------------------C-CCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCca
gi|15 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGGTCAGGGAGATGGCCC-----------------------------------AAAAGC------------------A-CCATATGGGGTATATGAACCATAT-------TTTTATT--GCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGT---------ACCA----------TATAAATTGCATCACATA--A-ATG----CTT-Atg
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------GGTGCAAAAGC------------------C-CCATATGGGGCA
gi|18 : GGTCGGGGAGACGGCCCAAATGC-ACCAT--------CAT-------Gtg
gi|17 : tGGTCAGGGAGATGGCCCAGATGT-ACCAT--------AAT-------tg
gi|9 : gGTCAGGGAGATGTCCCAAATGT-ACCAT--------CAT-------GGGGCCAAAGC------------------A-CCGTA---GC-ATATGAACCATAT-------TTTGATA--CCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGC---------GCCA----------TATAAACTACATCACATA--A-ATA----TTTAAA-A-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AT-TCGAATATAA---ACACTG--TTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGC--CCCAATGTTTTGT----ATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAtga
gi|14 : GTCAGGGAGATGGCCCAAATGC-ACTATCGTGGTGCTTT-------GGTGCAAAAGC------------------A-CCATATGGGGCATATGAACCATAT-------TTAGATA--GCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGC---------AACA----------TATTAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--AATG--AAtt
gi|13 : aAAATGCTATCAAAA------TAT-------GGTTCATATGC------------------C-CCATATGGGGCTTTTGCACCA------------TGATGGTGCATTTG
gi|12 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggagatgcagtttatatggtgcaaatgcaccatatttacatgtaTGTAAAAGC------------------A-CCATCAGGGGCATATCGACCATATCATCAAGTCTGATA--GCATTTGACATG-----------------C---------ACCA----------TATAAGTTACATCACATA--A-ATG----TTT-AC-AAGCATTT--CGTG--AATAT--TA---AT-TTG--TACGA---ACACTG--TGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGC--CAAATTGCTTTAT----ATTTGCAATTTTAAAAggccatctccctgacctg
gi|11 : CATATGAACCATAT-------TTTGATA--GCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGC---------ACCA----------TATAAACTGCATCACATA--A-ATG----TTT-ACAA-GCATTT--CATG--AATAT--TA---AA-TTG--TATGA---ACACTG--TCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGC--CCCAAAGAATTAT----ATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTggatg
gi|2 : cTTGC---------ACCA----------TATGGG--GCAT-ATGTACCATATT----TTT-AT-A-GCATTTGACATGTAAATATGGTGC--AT-TTG-------------------CGCCATATA-AAATGCTA---TAAAC-TGCATCACATAAATGGTT----ATTTACAATTATATATGGTTTTAAAGTGATCTCCACCTAATAAA-ATcttgggccatctccctgaccca
gi|6 : aggtcagggagatgaaccaaatacacgagcattgtacaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgatagcattcgacatgtgaatatacaagcatttcatgaatattgatttatatgaacactgttgcaatttgcagtgtttgtattagaatgcccaattgatttatatctacaatttgataaggttttgaagtgatcttcacctgataaaatgcgcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattccttttttt----TTT-AC-AAGCATTT--CATG--AATAT--TA---AT-TTG--TATGA---ACACT----CACAATTTGCAATGTGTGTATCAGTA-TGC--CCAAATGATTT-T----ATTTACAATTTTATATTGTTTTAAGGCGATCTTCACCTAATAAA-ATA-CGttgggccaattccctgacc
gi|10 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaaggaaattgtacaataattaagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttCATCAATTAATGGTTATTTACAATTCTATATGGTTTTAAAATGATCTTCACCTAATAAA-ATG-
gi|3 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgacttgacttgtattttggtaaaatgttatttattctagaaaactaaaaattgcaaatatttttattttgctgaccatgtgaattttcattctgtcacagacattgcttttttTAAATATGGCACATTTGGAC-CATAAAAACTGCATCACATAA----ATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAATATTAACGAACACTGTTGCAA-TTAGCAAAGTGTAA-AGTAGTATGCCTCATTAATTATCT-----TA-AA------ATTT--TAT-AAGGTT-TTAA----------AGTGATCTTCACCTATAAAAATGCGGAATTAATA--AAATGTGTGTGACTGACTGAAAATGCAC-ATGGTCAGCAA--AATAAAAATATTCCC-ATTTT--TGA----------GCT-TTCTGGAATAACTAACATTTTACCAAAATACAAGATATTGGTATTCCTTACTAA--ATGT--ATTTT--GTTTGTCAAAAACATTCAAT----AATTTC--ATTTT--TA-ATCAATATG----TAAATCCTTAGAATATTGTGAATATAAAT--TAATGGGATA-TACTACTTCACTCTTTGTTAATTGCGACAGTGT--TTG--TA--CAA--TTT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGGACCATATTCA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGT-C-CC----AT-AT----------GGGGCTT-----TTA----C-ACCATGA-TGGTGCATTTATGC-Cca
gi|6 : aggtcagggagatATAAAC----------TGTTAACAT--ACAAAAAC----AAAG-GA----AATTGT-ACAATAATcatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|3 : aaaatatgtTATATCCCATT--AATT-TATATTC---AC-AATATT-CTAAGGATTTACATATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATT--GAATGTTTTTGACAAAC--AAAAT--AC-AT--TTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTT---AGTTATTCCAGAA-AGCT----------CAAAAATGGGAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT---TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-ATAA-T--TAATGAGGCA-TACTACTTTACACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTT-------AAT-ATT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTTTA----------TGGT---------CCAAATGTGCCATATTTA-----CATG-----TAAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATG--------GT-T-CA-------------------------T-----ATG----C-CCCAT-A-TGGTGCTTTTACAC-C----AT---GGT-G------------------------------GTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTtaagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|6 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtag-AATTGTACAATAATTAA-GG-GTT-ACAA----------ACTGAT---------TAAAACTG--AGATT-ATT--AA-TGGTTTTGACAA-C--AAAAT--AC-AT--TAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGCAATTATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAATTT----CA---AT---TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAATA-AAATCAT--TTGGGCA-TACTGATACACACATTGCAAATTGTGA----GT--GTTCATA--CAA--ATT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAA
gi|4 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaaggaCATTTGGAA---GTGTT-ACAG----------ATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATT--GAATGGTTTTGACAATC--AAAAT--AC-AT--TTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTT---ACTTATTCCAGAA-AGCT----------CTAAATTGGAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGCTTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAAA----TAT---ATTATAGATATAAAT--TAATGGGGCA-TACTACTTTACACTTTGCTAATTGCAACAGTGT--TCG--TA--CAA--ATT-----AATATTCAT---GA--A----------------A-----TGT------G-------ATGT------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGTACCATATTTA-----CATG-----TGAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GGTGCTT-----TTG----C-ACCATGA-TGGTGCTTTTGCA--CCATGAT---GGT-GC--------------ATTT-----------------------GGGC-----------CATCTCCCTGACCTG
gi|10 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttaaaag-ATTTTGGTAAAATGTT---ATTTATTCTAGAA-AACT----------AAAAATTGCAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGCTTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATA
gi|5 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgacttgacttgtTTAAACTGCGCATTTTATAAGGTAAAGATCAATTTAAAACTTTAAAAAATTATAGATATAAAT--CAATTGGGCA-TAGTTCTATACACACTACAAATTGTGACAGTAT--TTA--TA--CAA--ATT-----GATATTCAT---TA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT--------------ATGT------AGT---------------------------------------ATATCTA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-AA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GGTGCTT-----TTG----T-ACAAT-GCTCATGCATTTGaccattaattgatgca
gi|8 : aggtcagggaaatggccTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTCTAAAATCTTATAAAATTGTAAATATAAAT-G-AATGGGGCC-TACTGATATACACACTGCAAATTGCATCAGTGT--TCA--TA--CAT--ATT-----AGTAGTCAT---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGTACCATATTTA-----TATG-----TCAA-----ATGCTAT-CC---AA--ATATGGTTCGTATGC-T---------------------------TT------TG----C-ACCATGA-TGGTGCATTTG-GC-CCAT-cacataattattcaataaaaactaattttgacaagctgttaacatacaaaaacaaagaggaaatcactcttaaaataatgacagagcaattatctccttttgaaaacgtacatttggtacaggttttaccaaatgattaaaaaataaattattgaaaatggttttgacaaataaaatataaataataaggtataccaatgtct
gi|2 : CGCATTTTATCAGGTGAAGATCACTTCAAAACCTTATCAAATTGTAGATATAAAT--CAATTGGGCA-TTCTAATACAAACACTGCAAATTGCAACAGTGT-----------------------------TCATA--TA--AAT------CAATATTCA-----TGA------A-------ATGC---------TTGTA----------T-------------------------ATTCA-----CATG-----TCGA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GATGCTT-----TTG----T-ACAAT-GCTCGTGTATTTGctccctgacct
gi|9 : aggtcagggagatgaacTGAAAATCACTTTAAAAAGTAATAAAATTGTAAATACAAA--ACATTGGGGCA-CACTAATATATACACTGCAAATTGCAACAGTGT--TTA--TATTCGA--ATT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTTTAAATATTTA-----TGT------G-------ATGT------AGTTTATA----------TGGC---------GCAAATGTACCATATTTA-----CATG-----TCAA-----ATGGTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC----------T-AC----------GGTGCTT-----TGG----C-CCCATGA-TGGTACATTTGcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattcctttttttattttattaggtggagatcactttaaaaccatatataattgtaaataaccatttatgtgatgcagtttatagcattttatatggcgcaaatgcaccatatttacatgtcaaatgctataaaaatatggtacatatgccccatatggtgcaattgggccaattccctgacc
gi|11 : AAGATCACTTTAAAGACTTATAAAATTGTAAATATAATT-CTT-TGGGGCA-CGCTACTATACACTTTGCAAATTTTGACAGTGT--TCA--TA--CAA--TTT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATACACAATATTTA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-T-ggacatctccctgactt
gi|7 : cAAACCTTATAAAAATGTAAATATAAAT--TAATGGGGCA-TGCTAATACACACACTGCAAATTGTGACAGTAT--TCC--TA--CAC--ATT-----AATATTCAT---GA--AATGCTTGTAAATATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTAATA----------TGGTTCATATAGTGCAAATGTACCATATAAC-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTAATA------CA---------------------------------G----C-CCA-T-A-TGGTGCTTTTACAC-CATT-AT---GA---------------------------ATAATGGTGCAT----TTTGGC-----------CATCTCCCTGACCTtgggccatctccctgaccca
gi|12 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtTTTTAAAATTGCAAATATAAA--GCAATTTGGCAATACTGATATACACATTGCAAATTGCCACAGTGT--TCG--TA--CAA--ATT-----AATATTCAC---GA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGT------AACTTATA----------TGGT---------GCA----------------------TG-----TCAA-----ATGCTAT-CA---GA--CT-TG------ATG----------AT-AT----------GGTCGAT-----ATG----C-CCCTG-A-TGGTGCTTTTACAa
gi|7 : T--ATT--TA--CAAGCATTTCATGAATATTAATGTGTAGGAATACT-GTCACAATTTGCAGTGTGT------GTATTAGCATGCCCCATTAATTTATA----------TT-T---------ACATTTTTATAAGGTTTA-----CATG-----CCAA-----ATGCTAT-AA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-GT----------GGTGCggatg
gi|13 : aaggtcaggaagatggcccaaat-----AATAT-CAT----A--AATGTAAGACAACAATCA-----GGCCAGGGAG-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGCACCATATTTA-----CATG-----TAAA-----ATGCTAT-CA---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GGGGCTT-----TTG----C-ACCATGA-TGGTGCATTTGtttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|14 : aTTCAT---TA--AATGCTTGTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTAATA----------TGTT---------GCAAATGCATCATATTTA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-CT---AA--ATATGGTTCATATGC-C-CC----AT-AT----------GGTGCTT-----TTG----CACCAAggccatctccctgacctg
gi|4 : agtcagggagatggcccaaatgcactatcgtggtgctA--AATGCTTTTAAACATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATA----------TGGT---------GCAAATGTTCAATATTTN-----NNNNNNNNNTAAACATTTATGTGATGCA---GTTTATATGGTGCAAATGT-T-CA----AT-AT----------T-TACATGTAAAATGGTATC-AAAAT-A-TGGTTCATATGC-C-CCAT-AT---GAT-GC-TTT--T-----------GCACCATGGCGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCT
gi|15 : AGCATTTA-----TGT------G-------ATGC------AATTTATA----------TGGT---------ACAAAAGCACGATACTTA-------TG-----TCAA-----ATGCAAT-AA---AA--ATATGGTTCATATAC-C-CC----AT-AT----------GGTGCTT-----TTG----ggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|2 : taggtcagggagatggccCATTTA-----TGT------G-------ATGC------AGTTTATAGCATTTTATATGGC---------GCAAATGCACCATATTTA-----CATG-----TCAA-----ATGCTAT-AA---AA--ATATGGTACATATGC-C-CC----AT-AT----------GGTGCta
gi|2 : aggtcagggagatgaaccaaatacacgagcattgtacaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgatagcattcgacatgtgaatatacaagcatttcatgaatattgatttatatgaacactgttgcaatttgcagtgtttgtattagaatgcccaattgatttatatctacaatttgataaggttttgaagtgatcttcacctgataaaatgcgcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattcctttttttattttattaggtggagatcactttaaaaccatatataattgtaaataacGTTCATA----------T--------------AAAT---CAATATT-------CATG-------AA-----ATGCT-T----------GTATA-TTCACATG--T-CG----A---------------ATGCT------AT-----C-AAAAT-A-TGGTTCATATGC-C-CCAT-AT---GAT-GC-TTT--T-----------GTACAATGCTCGTGTAT----TTGGTT-----------CATCTCCCTGACCTaattgggccaattccctgacc
gi|13 : ATA----------TGGG---------GCATATGAACCATATTT--------TGA----TAGC-----ATTTTA--CATGTAA--ATATGGTGCATTTGC-A-CC----AT-AT----------actgttgcaatttgcagtgtttgtattagaatgcccaattgatttatatctacaatttgataaggttttgaagtgatcttcacctgataaaatgcgcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattcctttttttattttattaggtggagatcactttaaaaccatatataattgtaaataaccatttatgtgatgcagtttatagcattttatatggcgcaaatgcaccatatttacatgtcaaatgctataaaaatatggtacatatgccccatatggtgcaattgggccaattccctgacc
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggagatgcagtttATA----------TGGG---------GCATATGAACCATATTTAGATAGCATT-----TGAC-----ATGT---------AA--ATATGATGCATTTGC-ggggcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|11 : agtcagggagatggcccaaatgcactatcgtggtgctttggtgcaaaagcaccATATT-------CATG-------AA-----ATGCT-T-GT---AA--ACAT---TTATGTGA-TGCAGTTTAT-AT----------GGTGCAA-----ATA----C-ACAAT-A-T-------TTACATGTCAA-AT---G----C-TAT--C-----AAA--------AT-ATGGTTCATATGCTTGGGC-----------CATCTCCCTGACCaacatattaactgcatcacataaatgtttacaagcatttaatgaa
gi|13 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaattta--ATATGGTGCAAATGC-A-CC----AT-ATTTACATGTAAAATGCT------AT-----C-AAAAT-A-TGGTTCATATGC-C-CCAT-AT---GGG-GC-TTT--T-----------GCACCATGATGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTGca
gi|3 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggagatgcagtttATGGCCCAAATGCAC-CA----CC-AT----------GGTGTAA-----AAG----C-ACCAT-A-TGGGGCATATGAAC-C-AT-ATTTTGATAGCATTT--T-----ACATGTAAAT----ATGGCACAT----TTGGAC-----------CAT
gi|13 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatttacatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttATGGCCCAAATGC-A-CC----ATCAT----------GGTGCAA-----AAG----C-CCCAT-A-TGGGGCATATGAAC-C-AT-ATTTTGATAGCATTT--T-----ACATGTAAAT----ATGGTGCAT----TTGCACCATATAAACTGCATCTCCCTGGCCTGctccctgacct
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatAAT-A-TGGTTCATATGC-C-CCAT-AT---GGT-GC-TTT--TGCACCAAA---GCACCACGATAGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACctccctgacctg
gi|14 : aTGCAC-T-ATCGT---GGT-GC-TTTGGTGCA--AAA---GCACCAT-ATGGGGCAT----ATGAAC-----------CATtagatagcatttgacatgtaaatatgatgcatttgcaacatattaactgcatcacataaatgtttacaagcatttaatgaa
gi|16 : agtcagggagatggcccaaaTGC-C-CCAT-AT---GGG-GC-TTT--T-----------GCACCATGATGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTGatttagatagcatttgacatgtaaatatgatgcatttgcaacatattaactgcatcacataaatgtttacaagcatttaatgaa
gi|3 : C-CCAT-AT---GGG-GC-TTT--T-----A------CACCATGATGGTGCAT----TTATGC-----------CATCTCCCTGACCT
gi|2 : AT-AT---GGT-AC--------------ATATGCCCCAT-ATGGTGCAA----TTGGGC-----------CAATTCCCTGACCacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatttacatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|7 : aggtcagggagatgaaccaaatacacgagcattgtacaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgatagcattcgacatgtgaatatacaagcatttcatgaatattgatttatatgaacactgttgcaatttgcagtgtttgtattagaatgcccaattgatttatatctacaatttgataaggttttgaagtgatcttcacctgataaaatgcgcattttaatacataattattcattaaaaactaatttttacaagctgttaacatacggtaacaaagggagatcactcttaaaataattacagagcaattatctccctttgaaatcgtacatctggtacaggtgttaccaattgattaaaaataaattattgaatggttttgacaaacaaaatataattaataaggtataccaatgtcttgtattttggtaaaatattatttattctagaaagctcaagattgcaaatattttttttttgctggccatgtgtattttcattcagtcacggacattcctttttttattttattaggtggagatcactttaaaaccatatataattgtaaataaccatttatgtgatgcagtttatagcattttatatggcgcaaatgcaccatatttacatgtcaaatgctataaaaAT-AT---GGT-TC--------------ATATGCCCCATG-TGGTGCAT----TTGGGC-----------CATCTTCCTGACCT
gi|15 : aAT-AT---GGT-TC--------------ATATACCCCAT-ATGGTGCTT----TTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTttttatagcatttggcatgtaaaccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|18 : tCATGATGGTGCAT----TTGGGC-----------CGTCTCCCCGACCTGttttattgcatttgacataagtatcgtgcttttgtaccatataaattgcatcacataaatgctta
gi|17 : tATTATGGTACAT----CTGGGC-----------CATCTCCCTGACCTG
gi|5 : gTGCAT----TTGGGC-----------CATTTCCCTGACCTa
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 111 11 11 11111 1111 22 222222222 111 2222222222 1111 1111 111 11 1111 11 1 111111 333333333 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 8 8 3 0 666 1 0 11 1 33 6 1 3 5 1 88888 1 1111 6 00 6 0 222222222 888 5 999 5 1 77 77 77 1 0 1 88 000 5 5555555555 1 77 6 0 9999 1 5 666 33 55 5 1 5 0 2222 66 5 1 333 6 44 8 3 5 3 6 99 3 4444 0 9 0 8 1 11 1 6 0 333 444444 6 111111111 3 444 5 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . . ... . . .. . .. . . . . . ..... . .... . .. . . ......... ... . ... . . .. .. .. . . . .. ... . .......... . .. . . .... . . ... .. .. . . . . .... .. . . ... . .. . . . . . .. . .... . . . . . .. . . . ... ...... . ......... . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 0 2 0 222 0 6 00 4 00 4 0 8 8 0 55555 0 8888 7 00 6 3 999999999 666 7 666 7 7 99 99 99 0 1 7 66 000 7 0000000000 0 99 6 7 3333 7 0 777 33 99 7 7 6 3 1111 99 7 0 222 7 33 3 2 2 2 7 22 2 8888 8 6 8 8 0 00 0 0 8 000 111111 7 000000000 3 000 0 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAAACGAAG-GGAGATCACTNTTANAATAATNACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TTTGGTAC-GGTGTTACAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGTATACCAATGTCTCGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGNAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCNTATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTACA-CTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTGCA--CCATGATGGTGCATTTGCGCC-ATATGGTGC-TTTCAA--TTGC-ACC---ATGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAATGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAAACAAAG-GGAGATNACTNTTAAAATAATNACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TTTGGTAC-GGTGTTNCAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TNAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGNAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTAATATACA-CACTGCAAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGCACCATATTTACATGTCAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTNTGCA--CNAT-ATGGTGCATTTGCACCCATATGGTGC-TTTTAA--TTGC-ACC---ATGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAAACGAAG-GGAGATAACTGTAATAATAATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA---TCGTACA-TTTGGTAC-GATGTTCCAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATTGATTA--AA-TGGTTTTAACAAAC--AAAAT--ACAT--TAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGGAAATGTTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACT-T-TAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTACA-CTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCTCAATATGGTGCTTATGCC--CAAT-ATGGTGCTTTTGCACCCATATGGTGC-TTTTAAATTTGC-ACC---ATGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAA-AACT----------AAAAATTGCAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATT-T-TAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cTGCAGTTTAT-ATGGTGCAAATACA-CAATAT-TTACATGTCAA--ATGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgaT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : ---ATTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gC---ATGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAA-ATG-CGCATTTTAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTAACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAATAATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TCTGGTACAGGTGTTACCAATTGAT---------TAAAAAT---AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ATAA--TTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAA-AGCT----------CAAGATTGCAAATATTTTTTTT--TTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACT-T-TAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTATATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aTAAATATGGCACATTTGGAC-CATAAAAACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAATATTAAC-GAA---CACTGTTGCAATTAGCAAAGTGTAAAGTAGTATGCCTCATT-AATTATCTTAAAATTTTATAA-GGTTTT--AAAGTGATCTTCACCTATAAAAATGCGGAATT-AATA--AAATGTGTGTGACTGACTGAAAATGCACATGGTCAGCAAAATAAA--AATAT-TCCCATTTT--TGA---GCT--------TTCTGGAATAACTAACATTTTACCAAAATACAAGATATTGGTATTCCTTACTAA--ATGT--ATTTT--GTTTGTCAAAAACATT-C-AAT---AATTTC--ATTTT--TA-------ATCAATATGTAAATCCTTAGAATATTGTGAAT----ATAAAT-TAATGGGATATACTACTTCACT-CTTTGTTAATTGCGACAGTGTTTGTACAA-TTTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGGACCATATTCACATGTCAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGTCCCATATGGGGCTTTTACA--CCATGATGGTGCATTTATGCCcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|3 : aggtcagggagatTTACATATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGTTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAAATGGGAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACAT----TTTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----AT-AAT-TAATGAGGCATACTACTTTACA-CTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTACA--CCATGGTGGTGCATTTGcatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|3 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatTGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatttacatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CAC
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAA--A----GCA-TTTGGAA---GTGTTACAGATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAATC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CTAAATTGGAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC--T-TAAA----TAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTACA-CTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AA-------------------ATGTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTGCA--CCAT-G------------------ATGGTGC-TT------TTGC-ACC---ATGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAA-ATG-CGCAGTTTAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAAACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAATAATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAA--AACGTACA-TTTGGTACAGGTTTTACCAAATGAT---------TAAAAAAT--AAATT-ATTGAAAA-TGGTTTTGACAAAT--AAAAT--ATAA--ATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAAACAAA--GGAAATTG----TACAATAATTA
gi|6 : aaGAA--ATTGTACA-ATAATTAA-GG-GTTACAAACTGAT---------TAAAACTG--AGATT-ATT---AA-TGGTTTTGACAA-C--AAAAT--ACAT--TAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGCAATTATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCC-T-TAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACACA-CATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAA
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 111 11 1111 11111 1111 22 222222222 111 2222222222 1111 1111 111 1111 11111 66666666666666 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 8 8 3 0 666 1 0 11 1 7777 8 999 11 1 1 88888 1 1111 6 00 1 0 222222222 888 5 999 5 1 77 77 77 0 1 0 1 88 000 5 5555555555 1 77 6 0 8888 1 5 666 33 55 5 1 3 0 2222 1 5 1 111 3 3 5 3 6 99 3 4444 0 0 0 0 2 6 44444 11111111111111 3 444 5 7777
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . . ... . . .. . .... . ... .. . . ..... . .... . .. . . ......... ... . ... . . .. .. .. . . . . .. ... . .......... . .. . . .... . . ... .. .. . . . . .... . . . ... . . . . . .. . .... . . . . . . ..... .............. . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 0 444 88 0 0 55555 0 8888 7 00 3 3 999999999 666 7 666 7 7 99 99 99 6 4 1 7 66 000 7 0000000000 0 99 6 7 1111 7 0 777 33 99 7 7 0 3 1111 7 7 0 777 5 2 2 2 7 22 2 8888 8 6 8 8 5 0 88888 00000000000000 3 000 0 0000
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAA----AACGAAG-GGAGATCACTGTTANAATAATNACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TTTGGTAC-GGTGTTACAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGTATACCAATGTCTCGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGNAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCNTATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTGCACCATGATGGTGCATTTGCG-CCATAT--TGC-T-TCAA--TTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAA----AACGAAG-GGAGATCACTNTTANAATAATNACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TTTGGTAC-GGTGTTACAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGTATACCAATGTCTCGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGNAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCNTATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTGCACCATGATGGTGCATTTGCG-CCATATGGTGC-TTTCAA--TTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAA-ATG-CGCATTTTAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAA----AACGAAG-GGAGATAACTGTAATAATAATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA---TCGTACA-TTTGGTAC-GATGTTCCAAATTGAT---------TAAAAATG--AAATTGATTA--AA-TGGTTTTAACAAAC--AAAAT--ACAT--TAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGGAAATGTTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACT-T-TAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCTCAATATGGTGCTTATGCCCAAT-ATGGTGCTTTTGCACCCATATGGTGC-TTTTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAA-AACT----------AAAAATTGCAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATT-T-TAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cATGGTGCAAATACA-CAATATT-TACATGTCAA--ATGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAA-ATG-CGCATTTTAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGT----AACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAATAATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA--ATCGTACA-TCTGGTACAGGTGTTACCAATTGAT---------TAAAAAT---AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAAAC--AAAAT--ATAA--TTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAA-AGCT----------CAAGATTGCAAATATTTTTTTT--TTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACT-T-TAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aTAAATATGGCACATTTGGAC-CATAAAAACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAATATTAACGAA--------CACTGTTGCAATTAGCAAAGTGTAAAGTAGTATGCCTCATT-AATTATCTTAAAATTTTATAA-GGTTTTA--AAGTGATCTTCACCTATAAAAATGCGGAATT-AATA--AAATGTGTGTGACTGACTGAAAATGCACATGGTCAGCAAAATAAA--AATAT-TCCCATTTT--TGA---GCT--------TTCTGGAATAACTAACATTTTACCAAAATACAAGATATTGGTATTCCTTACTAA--ATGT--ATTTT--GTTTGTCAAAAACATT-C-AAT---AATTTC--ATTTT--TA-------ATCAATATGTAAATCCTTAGAATATTGTGAAT----ATAAAT-TAATGGGATATACTACTTCA---CTCTTTGTTAATTGCGACAGTGTTTGTACAA-TTTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGGACCATATTCACATGTCAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGTCCCATATGGGGCTTTTACACCATGATGGTGCATTTATG-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|3 : aggtcagggagTTACATATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGTTTTTGACAAAC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CAAAAATGGGAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACT-T-TAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTACACCATGGTGGTGCATTTGGG-CCATcatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtccatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttacaagcatttcatgaatattaaattgtacaaacactgtcgcaattaacaaagagtgaagtagtatatcccattaatttatattcacaatattctaaggatGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAA--A----GCA-TTTGGAA---GTGTTACAGATTGAT---------TAAAAATG--AAATT-ATTG--AA-TGGTTTTGACAATC--AAAAT--ACAT--TTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAA-AGCT----------CTAAATTGGAAATATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC--T-TAAA----TAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AA-------------------ATGTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGAAATGCTATCAAAATATGGTTCATATGCCCCATATGGTGCTTTTGCACCATGATGGTGC-TT-------------------------TTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAA-ATG-CGCAGTTTAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAA----AACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAATAATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAA--AACGTACA-TTTGGTACAGGTTTTACCAAATGAT---------TAAAAAAT--AAATT-ATTGAAAA-TGGTTTTGACAAAT--AAAAT--ATAA--ATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAA----AACAAAG-GAA----ATTG-TACAATAATTA
gi|6 : aaGAA--ATTGTACA-ATAATTAA-GG-GTTACAAACTGAT---------TAAAACTG--AGATT-ATT---AA-TGGTTTTGACAA-C--AAAAT--ACAT--TAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAA-AGCT----------CAAAATTGCAATTATTTTTATT--TTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCC-T-TAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAA
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAA-ATG-CGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 1 111 11 1111 11111 2222222 22 111 111 222 1111 111 11 2222 1 222222 2222 11 11 1111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 0 3 0 666 1 0 11 1 7777 2 8 999 0 1 8 1 2 88888 1 555 1111111 00 3 2 6 000 3 3 1 111 1 1 7 222 7 5 1 3 1 4444 3 6 0 444 6 5 1 999 8 0 0 11 0 5 0 2 0000 2 3 0 0 888888 1111 33 2 0 8 11 3333333333333333333333333333333333333333 0 111 2 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . ... . . .. . .... . . ... . . . . . ..... . ... ....... .. . . . ... . . . ... . . . ... . . . . . .... . . . ... . . . ... . . . .. . . . . .... . . . . ...... .... .. . . . .. ........................................ . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 8 0 444 8 0 0 0 5 55555 0 555 7777777 00 5 5 7 222 5 3 5 777 0 0 5 555 3 2 7 3 8 2222 5 7 8 000 0 6 0 666 0 8 8 00 8 6 6 5 8888 5 2 8 0 888888 2222 88 5 2 8 00 5555555555555555555555555555555555555555 0 777 5 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----TG-T---GN-TTCAA--NTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTCGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCNGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCNTATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T--T---GC-TTCAA--TTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGAGATAACTGTAATAAT-AATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA-TCGTACATT-------TGGTAC-GATGTTCCAAATTGATTAAAAATGAAATTGATTA--AATGGTTTTAACAAACAAAATACATTAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGGAAATGTTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCTCAAT--ATGGTGCTTATGCCCAAT-AT--GGTGCTTTTGC-----ACCCATA----TGGT---GCTTTTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAAAACTAAAAATTGCAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cAT--GGTGCAAATAC-----A-CAATA----T--TTACAT-GTCAA--ATGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAAATGCGCATTT-TAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTA----ACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAAT-AATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATC-------TGGTACAGGTGTTACCAATTGATTAAAAAT-AAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATATAATTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAAAGCTCAAGATTGCAAATATTTTTTTTTTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aCATTTGCACCATATAA--ACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAAATTGTACAAA--------CACTGTCGCAATTAACAA-AGAGTGAAGTAGTATATCCCATT--AATT-TATATTCACAATATTCTAA-GGATTTACATATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGTTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAAATGGGAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTACACCATGGT--GGTGCATTTGG-----G-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAAA----GCATT-------TGGAA---GTGTTACAGATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAATCAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAAAGCTCTAAATTGGAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAAA----TAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AA-------------------ATGTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGC-TT------------------------------------TTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAAATGCGCAGTT-TAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAAT-AATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAAAACGTACATT-------TGGTACAGGTTTTACCAAATGATTAAAAAATAAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAATAAAATATAAATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAG-GAA----ATTG-TACAAT-AATTA
gi|6 : aaGAAATTGTACAAT-------AATTAA-GG-GTTACAAACTGATTAAAACTGAGATT-ATT---AATGGTTTTGACAA-CAAAATACATTAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAAAGCTCAAAATTGCAATTATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagATATTAATGTGTAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCATGCCCCATTAATT-TATATTTACATTTTTATAAGGTTTACATGCCAAATG-CTATAAAAATA-T---GG-TTCAT--ATGC-CCCA---TG-TGGTGCAT----TTGGGCCATCTTCCTGACCT
gi|7 : aGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAAtcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 1 111 11 1111 11111 2222222 22 111 111 222 1111 111 11 2222 1 222222 2222 11 11 99999999999999999999999999999999999 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 0 3 0 666 1 0 11 1 7777 8 999 0 1 8 1 2 2 88888 1 555 1111111 00 3 2 6 000 3 1 111 1 1 7 222 7 5 1 1 4444 3 6 0 444 6 5 1 999 8 0 0 11 5 0 2 0000 4 2 3 0 2 0 888888 1111 33 2 0 8 11 666 88888888888888888888888888888888888 0 111 2 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . ... . . .. . .... . ... . . . . . . ..... . ... ....... .. . . . ... . . ... . . . ... . . . . .... . . . ... . . . ... . . . .. . . . .... . . . . . . ...... .... .. . . . .. ... ................................... . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 0 444 8 0 0 0 5 0 55555 0 555 7777777 00 5 5 7 222 5 5 777 0 0 8 555 3 2 7 8 2222 5 7 8 000 0 6 0 666 0 8 8 00 6 6 5 8888 2 5 2 8 0 0 888888 2222 88 5 2 8 00 666 99999999999999999999999999999999999 0 777 5 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAA--ATGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-GTG-N-T-TCAA--NTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGAGATAACTGTAATAAT-AATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA-TCGTACATT-------TGGTAC-GATGTTCCAAATTGATTAAAAATGAAATTGATTA--AATGGTTTTAACAAACAAAATACATTAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGGAAATGTTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCTCAAT--ATGGTGCTTATGCCCAAT-AT--GGTGCTTTTGC-----ACCCATA----TGGTGCT-T-TTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAAAACTAAAAATTGCAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cAT--GGTGCAAATAC-----A-CAATA----T-TTA-CATGTCAA--ATGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAAATGCGCATTT-TAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTA----ACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAAT-AATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATC-------TGGTACAGGTGTTACCAATTGATTAAAAAT-AAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATATAATTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAAAGCTCAAGATTGCAAATATTTTTTTTTTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aCATTTGCACCATATAA--ACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAAATTGTACAAA--------CACTGTCGCAATTAACAA-AGAGTGAAGTAGTATATCCCATT--AATT-TATATTCACAATATTCTAA-GGATTTACATATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGTTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAAATGGGAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTACACCATGGT--GGTGCATTTGG-----G-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAAA----GCATT-------TGGAA---GTGTTACAGATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAATCAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAAAGCTCTAAATTGGAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAA----ATAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAAT-------------------GTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGC-TTT-----------------------------------TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAAATGCGCAGTT-TAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAAT-AATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAAAACGTACATT-------TGGTACAGGTTTTACCAAATGATTAAAAAATAAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAATAAAATATAAATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAG-GAA----ATTG-TACAAT-AATTA
gi|6 : aaGAAATTGTACAAT-------AATTAA-GG-GTTACAAACTGATTAAAACTGAGATT-ATT---AATGGTTTTGACAA-CAAAATACATTAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAAAGCTCAAAATTGCAATTATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagATATTAATGTGTAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCATGCCCCATTAATT-TATATTTACATTTTTATAAGGTTTACATGCCAAATG-CTATAAAAAT-ATG-G-T-TCAT--ATGC-CCCA---TG-TGGTGCAT----TTGGGCCATCTTCCTGACCT
gi|7 : aGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAAtcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 1 111 11 1111 11111 2222222 22 111 111 222 1111 111 11 2222 1 222222 2222 11 11 88888888888888888888888888888888888 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 0 3 0 666 1 0 11 1 7777 8 999 0 1 8 1 2 2 88888 1 555 1111111 00 3 2 6 000 3 1 111 1 1 7 222 7 5 1 1 4444 3 6 0 444 6 5 1 999 8 0 0 11 5 0 2 0000 4 2 3 0 2 0 888888 1111 33 2 0 8 11 666 99999999999999999999999999999999999 0 111 2 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . ... . . .. . .... . ... . . . . . . ..... . ... ....... .. . . . ... . . ... . . . ... . . . . .... . . . ... . . . ... . . . .. . . . .... . . . . . . ...... .... .. . . . .. ... ................................... . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 0 444 8 0 0 0 5 0 55555 0 555 7777777 00 5 5 7 222 5 5 777 0 0 8 555 3 2 7 8 2222 5 7 8 000 0 6 0 666 0 8 8 00 6 6 5 8888 2 5 2 8 0 0 888888 2222 88 5 2 8 00 666 44444444444444444444444444444444444 0 777 5 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGAGATAACTGTAATAAT-AATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA-TCGTACATT-------TGGTAC-GATGTTCCAAATTGATTAAAAATGAAATTGATTA--AATGGTTTTAACAAACAAAATACATTAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGGAAATGTTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCTCAAT--ATGGTGCTTATGCCCAAT-AT--GGTGCTTTTGC-----ACCCATA----TGGTGCT-T-TTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAAAACTAAAAATTGCAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cAT--GGTGCAAATAC-----A-CAATA----T-TTA-CATGTCAAA--TGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAAATGCGCATTT-TAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTA----ACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAAT-AATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATC-------TGGTACAGGTGTTACCAATTGATTAAAAAT-AAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATATAATTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAAAGCTCAAGATTGCAAATATTTTTTTTTTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aCATTTGCACCATATAA--ACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAAATTGTACAAA--------CACTGTCGCAATTAACAA-AGAGTGAAGTAGTATATCCCATT--AATT-TATATTCACAATATTCTAA-GGATTTACATATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGTTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAAATGGGAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTACACCATGGT--GGTGCATTTGG-----G-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAAA----GCATT-------TGGAA---GTGTTACAGATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAATCAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAAAGCTCTAAATTGGAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAA----ATAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAAT-------------------GTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGC-TTT-----------------------------------TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAAATGCGCAGTT-TAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAAT-AATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAAAACGTACATT-------TGGTACAGGTTTTACCAAATGATTAAAAAATAAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAATAAAATATAAATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAG-GAA----ATTG-TACAAT-AATTA
gi|6 : aaGAAATTGTACAAT-------AATTAA-GG-GTTACAAACTGATTAAAACTGAGATT-ATT---AATGGTTTTGACAA-CAAAATACATTAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAAAGCTCAAAATTGCAATTATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagATATTAATGTGTAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCATGCCCCATTAATT-TATATTTACATTTTTATAAGGTTTACATGCCAAATG-CTATAAAAAT-ATG-G-T-TCATA--TGC-CCCA---TG-TGGTGCAT----TTGGGCCATCTTCCTGACCT
gi|7 : aGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAAtcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 1 111 11 1111 11111 2222222 22 111 111 222 1111 111 11 2222 1 222222 2222 11 11 88888888888888888888888888888888888 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 0 3 0 666 1 0 11 1 7777 8 999 0 1 8 1 2 2 88888 1 555 1111111 00 3 2 6 000 3 1 111 1 1 7 222 7 5 1 1 4444 3 6 0 444 6 5 1 999 8 0 0 11 5 0 2 0000 4 2 3 0 2 0 888888 1111 33 2 0 8 11 666 99999999999999999999999999999999999 0 111 2 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . ... . . .. . .... . ... . . . . . . ..... . ... ....... .. . . . ... . . ... . . . ... . . . . .... . . . ... . . . ... . . . .. . . . .... . . . . . . ...... .... .. . . . .. ... ................................... . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 0 444 8 0 0 0 5 0 55555 0 555 7777777 00 5 5 7 222 5 5 777 0 0 8 555 3 2 7 8 2222 5 7 8 000 0 6 0 666 0 8 8 00 6 6 5 8888 2 5 2 8 0 0 888888 2222 88 5 2 8 00 666 44444444444444444444444444444444444 0 777 5 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGAGATAACTGTAATAAT-AATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA-TCGTACATT-------TGGTAC-GATGTTCCAAATTGATTAAAAATGAAATTGATTA--AATGGTTTTAACAAACAAAATACATTAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGGAAATGTTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCTCAAT--ATGGTGCTTATGCCCAAT-AT--GGTGCTTTTGC-----ACCCATA----TGGTGCT-T-TTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAAAACTAAAAATTGCAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cAT--GGTGCAAATAC-----A-CAATA----T-TTA-CATGTCAAA--TGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAAATGCGCATTT-TAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTA----ACAAAG-GGAGATCACTCTTAAAAT-AATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATC-------TGGTACAGGTGTTACCAATTGATTAAAAAT-AAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATATAATTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAAAGCTCAAGATTGCAAATATTTTTTTTTTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aCATTTGCACCATATAA--ACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAAATTGTACAAA--------CACTGTCGCAATTAACAA-AGAGTGAAGTAGTATATCCCATT--AATT-TATATTCACAATATTCTAA-GGATTTACATATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGTTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAAATGGGAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTACACCATGGT--GGTGCATTTGG-----G-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAAA----GCATT-------TGGAA---GTGTTACAGATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAATCAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAAAGCTCTAAATTGGAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAA----ATAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAAT-------------------GTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGC-TTT-----------------------------------TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAAATGCGCAGTT-TAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAGAGGAAATCACTCTTAAAAT-AATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAAAACGTACATT-------TGGTACAGGTTTTACCAAATGATTAAAAAATAAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAATAAAATATAAATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAG-GAA----ATTG-TACAAT-AATTA
gi|6 : aaGAAATTGTACAAT-------AATTAA-GG-GTTACAAACTGATTAAAACTGAGATT-ATT---AATGGTTTTGACAA-CAAAATACATTAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAAAGCTCAAAATTGCAATTATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagATATTAATGTGTAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCATGCCCCATTAATT-TATATTTACATTTTTATAAGGTTTACATGCCAAATG-CTATAAAAAT-ATG-G-T-TCATA--TGC-CCCA---TG-TGGTGCAT----TTGGGCCATCTTCCTGACCT
gi|7 : aGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAAtcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt
blockSeqs : TCATAAT GCTTTGGT CT CAC CATCAAG T G TATATGAAC AAC AA T G T G G T G C T GA G TTGT A GAT A T T C A AGTAG G TCG CACAATA CA T G . GAA A T TTT C T T GC A C T G AACC T . TAG T C A GTA T TC T A ATGG C G A A G CAGTGT TAGC TA G G AA AAA GCCAAATGCTATAAAAATATGGTTCATA T AAA T ATGC
blockSeqs : . . . . . G G . . . C T . T . T . C G . T . . AAT C . A C G T A ACG . CA A G . G A T . C T A GC A C T T . A . . T A T ATA . . T C T T G A A . . . . G G . ATT ACACAATATTTACATGTCAAA . . G .
blockSeqs : . . . . . G G . . . C T . A . . . . T . A . . . A . G . A T G TTG . A T T . G T G . G G A C A T T A . T . . A A T GT . . . . . . . . G . . . . . T . ACA . . . G .
blockSeqs : . . . . . C G . . . C G . A . A . . . C . T G TT . A T G . G A C . G G A . . . C A . T . . . . T . . . . . TT . G .
blockSeqs : . . . . . G C . . . T G . . . . . . . . . . T . C A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T A . . . G T .
blockSeqs : . . . . . T A . . . T T .
blockSeqs : . . . . . G A . . . T T .
blockSeqs : . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . . . G A .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ***
originalCons : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGAGATCACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
finalCons : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGA---CACTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 111111111 1 1 111 11 1111 33333333 11111 2222222 22 111 111 222 1111 111 11 2222 1 222222 2222 11 11 88888888888888888888888888888888888 1 111 1111
lowQualScore : 0000000 00000000 33 444 8888888 4 2 111111111 0 777 55 1 1 4 1 0 3 0 666 1 0 11 1 7777 8 88888888 0 1 8 1 2 2 88888 1 555 1111111 00 3 2 6 000 3 1 111 1 1 7 222 7 5 1 1 4444 3 6 0 444 6 5 1 999 8 0 0 11 5 0 2 0000 4 2 3 0 2 0 888888 1111 33 2 0 8 11 666 99999999999999999999999999999999999 0 111 2 4444
lowQualScore : ....... ........ .. ... ....... . . ......... . ... .. . . . . . . . ... . . .. . .... . ........ . . . . . . ..... . ... ....... .. . . . ... . . ... . . . ... . . . . .... . . . ... . . . ... . . . .. . . . .... . . . . . . ...... .... .. . . . .. ... ................................... . ... . ....
lowQualScore : 0000000 44444444 44 777 7777777 3 9 444444444 1 000 55 4 7 4 2 0 2 0 222 0 6 00 4 0000 0 00000000 8 0 0 0 5 0 55555 0 555 7777777 00 5 5 7 222 5 5 777 0 0 8 555 3 2 7 8 2222 5 7 8 000 0 6 0 666 0 8 8 00 6 6 5 8888 2 5 2 8 0 0 888888 2222 88 5 2 8 00 666 44444444444444444444444444444444444 0 777 5 2222
consensus : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGA-ATCA---CTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
Reference ( family-2604 ) : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTCGCAATTTGCAGTGTGTATATTAGTA-TGCCCCATTGATTTATATTTACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACAAAG-GGA---CA---CTGTTANAAT-AATNACAGAGCGA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATT-------TGGTAC-GGTGTTACAAATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGNAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATT-C-TTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGGTGAAGATCACTTTAAAACCATATAAAATTGTAAAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TACGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTGCCATATTTACGTGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGCATTTGC-----G-CCATA----T-NTG-N-T-TCAAA--TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|1 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATTAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGAG--CCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATGTGGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACA-GCATTTCATGAATATTA---ATTTG--TACAAACACTGTCGCAATAAACAAAGAGTAAAGTAATA-TGCCCCATTAATTTATATTCACAATTTTATAAGGTTTTAAAGTGATCTTCATCTAATAAAATGCGCATTT-TAACACATAATTATT-CATTAAAAAATCTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACGAAA----ACGAAG-GGA---GATAACTGTAATAAT-AATAACACAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAA-TCGTACATT-------TGGTAC-GATGTTCCAAATTGATTAAAAATGAAATTGATTA--AATGGTTTTAACAAACAAAATACATTAAGTAAGGAATACCAATGTCTCG-ATTTTGGTAAAATGTTTGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAATTGGAAATGTTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCTGTCGCAGACATT-CCTTTTTTAATTCCGCATTTTATTAGATGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTGTAAAT----ATAAATATAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCGACTGTGTGTTTACAA-ATTAATATTCATT--AAATGCTTGTCAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCTCAAT--ATGGTGCTTATGCCCAAT-AT--GGTGCTTTTGC-----ACCCATA----TGGTGCT-T-TTAAATTTGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTG
gi|10 : TGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTATTT---ATTCTAGAAAACTAAAAATTGCAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGAATTTTCATTCTGTCACAGACATTGC-TTTTTT-------CATTTTATTAGGTGAAGATCATTTTAAAACCATATAGAATTGTAAATAACCATTAAT-TGATG
gi|11 : acatatggtgatgaacatgtatatgtttttgctaataaaattttgacttgact--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTAAATATTGTGTATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TATGAACACTGTCAAAATTTGCAAAGTGTATAGTAGCG-TGCCCCAAAGAATTATATTTACAATTTTATAAGTCTTTAAAGTGATCTTca
gi|11 : cAT--GGTGCAAATAC-----A-CAATA----T-TTA-CATGTCAAA--TGCTATCAAAAT-ATGGTTCATATGCTTGGGCCATCTCCCTGACCttgggccatctccctgaccca
gi|12 : caagatcactttaaagacttataaaattgtaaatataattctttggggcacgctactatacactttgcaaattttgacagtgttcatacaatttaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttatT--------GTAAAAGCACCATCAGGG--GCAT---ATCGACCATATCATCAAGTCTGATAGCATTTGACATG-----------------CAC---------CATATAAGTTACATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCGTGAATATTA---ATTTG--TACGAACACTGTGGCAATTTGCAATGTGTATATCAGTATTGCCAAATTGCTTTATATTTGCAATTTTAAAAca
gi|13 : GGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTTACATGTAAATATGGTGCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCggatg
gi|14 : aaatatcataaatgtaagacaacaatcaggccagggaGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACTATCGT-------GGTGCTTTGGTGCAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTAGATAGCATTTGACATGTAAATATGATGCATTTGCAA---------CATATTAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAAtg
gi|15 : aGGTCAGGGAGATGGCCCAAA----------------------------------AGCACCATATGGG--GTAT---ATGAACCATAT-------TTTTATTGCATTTGACA--TAAGTATCGTGCTTTTGTAC---------CATATAAATTGCATCACATAAATGCTTA
gi|16 : taGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCCCCATATGGG--GCA
gi|17 : A---TTATGGTACAT----CTGGGCCATCTCCCTGACCTGtg
gi|18 : gCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCGTCTCCCCGACCTGa
gi|2 : tGGTCAGGGAGATGAACCAAATACACGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTCGACATGTGAAT-------------------------ATACAA---GCATTTCATGAATATT-----G-ATTT-----ATAT---------------GAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTTTGTATTAGAA-TGCCCAATTGATTTATATCTACAATTTGATAAGGTTTTGAAGTGATCTTCACCTGATAAAATGCGCATTT-TAATACATAATTATT-CATTAAAAA--CTAATTTTTACAAGCTGTTAAC--ATACGGTA----ACAAAG-GGAGATCA---CTCTTAAAAT-AATTACAGAGCAA--T--TATCTCCCTTTGAAATCGTACATC-------TGGTACAGGTGTTACCAATTGATTAAAAAT-AAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAAACAAAATATAATTAATAAGGTATACCAATGTCTTGTATTTTGGTAAAATATTATTT---ATTCTAGAAAGCTCAAGATTGCAAATATTTTTTTTTTGCTGGCCATGTGTATTTTCATTCAGTCACGGACATT-C-CTTTTT--TT----ATTTTATTAGGTGGAGATCACTTTAAAACCATATATAATTGTAAAT----AACCAT-TTATGTG--ATGC-AGTTTATAGCATTTTAT--ATGGCGCAAATGCAC---CAT-ATT--TA--CATGTCAAATGC-TATAAAAATATGGTACAT-ATGC--CCCATATGGTGCAATTGGGCCA-ATT
gi|3 : aGGTCAGGGAGATGGCATAAATGCACCATCAT-------GGT--------GTAAAAGCCCCATATGGG--ACAT---ATGAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGTGAATATGGTCCATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTA---AATTG--TACAAACACTGTCGCAATTAACAAAGAGTGAAGTAGTA-TATCCCATTAATTTATATTCACAATATTCTAAGGATTTAccctgacc
gi|3 : aCATTTGCACCATATAA--ACTGCATCACATA----AATGTTTACAAGCATTTCATGAATATTAAATTGTACAAA--------CA---CTGTCGCAATTAACAA-AGAGTGAAGTAGTATATCCCATT--AATT-TATATTCACAATATTCTAA-GGATTTACATATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGTTTTTGACAAACAAAATACATTTAGTAAGGAATACCAATATCTTGTATTTTGGTAAAATGTTAGTT---ATTCCAGAAAGCTCAAAAATGGGAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACACACATT----TTATTAATTCCGCATTTTTATAGGTGAAGATCACTTTAAAACCTTATAAAATTTTAAG-----ATAA-T-TAATGAGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGT-TAATATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAACAT-T--TATGTGATGCAGTTTTTATGGTCCAAATGTGCCATATTTACATGTAA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTACACCATGGT--GGTGCATTTGG-----G-CCATcatattgattaaaaatgaaattattgaatgtttttgacaaacaaaatacatttagtaaggaataccaatatcttgtattttggtaaaatgttagttattccagaaagctcaaaaatgggaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacacacattttattaattccgcatttttataggtgaagatcactttaaaaccttataaaattttaagataattaatgaggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgttaatattaatattcatgaaatgcttgtaaacatttatgtgatgcagtttttatggtccaaatgtgccatatttacatgtaaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttacaccatggtggtgcatttgggccatctccctgacct
gi|4 : aggtcagggagatggcataaatgcaccatcatggtgtaaaagccccatatgggacatatgaaccatattttgatagcatttgacatgtgaatatggtcGGTCAGGGAGATGGCCCAAATGCACCGCCAT-------GGT--------GCAAAAGCATCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTTACATGTAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTANNNNNNNNNNA--AATATTGAACATTTG--CACctccctgacct
gi|4 : aGCACCATATAAACTGCATCACATAAA---TGT-------TT-------ANNNNNNNNNNAAATATTGAACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTAAAAGCATTTcatataaactgcatcacataaatgtttaaaagcatttggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|4 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttTTTAAAA----GCATT-------TGGAA---GTGTTACAGATTGATTAAAAATGAAATT-ATTG--AATGGTTTTGACAATCAAAATACATTTAGTAAGGTATACCAATGACTTGTATTTTGGTAAAATGTTACTT---ATTCCAGAAAGCTCTAAATTGGAAATATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAGTCAGTCACAGACATTGC-TTTTTTAATTCCGCATTTTAGTAGATGAAGATCAC-TTAA----ATAT---ATTATAGAT----ATAAAT-TAATGGGGCATACTACTTTA---CACTTTGCTAATTGCAACAGTGTTCGTACAA-ATTAATATTCATG--AAAT-------------------GTGATGTAGTTTATATGGTGCAAATGTACCATATTTACATGTGA-AATGCTATCAAAATATG------GTTCAT----ATGCCCCAT--ATGGTGCTTTTGCACCATGAT--GGTGC-TTT-----------------------------------TGC-ACCA---TGATGGTGCAT----TTGGGCCATCTCCCTGACCTGggaagtgttacagattgattaaaaatgaaattattgaatggttttgacaatcaaaatacatttagtaaggtataccaatgacttgtattttggtaaaatgttacttattccagaaagctctaaattggaaatatttttattttgctgaccatgtgcattttcagtcagtcacagacattgcttttttaattccgcattttagtagatgaagatcacttaaatatattatagatataaattaatggggcatactactttacactttgctaattgcaacagtgttcgtacaaattaatattcatgaaatgtgatgtagtttatatggtgcaaatgtaccatatttacatgtgaaatgctatcaaaatatggttcatatgccccatatggtgcttttgcaccatgatggtgcttttgcaccatgatggtgcatttgggccatctccctgacctg
gi|5 : aggtcagggagatggcccaaatgcaccgccatggtgcaaaagcatcatatggggcatatgaaccatattttgataccattttacatgtaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgtttannnnnnnnnnaaatattgaacatttgcaccatataaactgcatcacataaatgGGTCAGGGAAATGGCCCAAATGCATGAGCAT-------TGT--------ACAAAAGCACCATATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGACATGTAGATAT-----------------------------ACTACAT-ACATAAATGTTTACAAGCATTTAATGAATATCA---ATTTG--TATAAATACTGTCACAATTTGTAGTGTGTATAGAACTA-TGCCCAATTGATTTATATCTATAATTTTTTAAAGTTTTAAATTGATCTTTACCTTATAAAATGCGCAGTT-TAACACATAATTATT-CAATAAAAA--CTAATTTTGACAAGCTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAGAGGAAATCA---CTCTTAAAAT-AATGACAGAGCAA--T--TATCTCCTTTTGAAAACGTACATT-------TGGTACAGGTTTTACCAAATGATTAAAAAATAAATT-ATTGAAAATGGTTTTGACAAATAAAATATAAATAATAAGGTATACCAATGTCT
gi|6 : aAATATGTATAAACTGTTAAC--ATACAAAA----ACAAAG-GAA----A---TTG-TACAAT-AATTA
gi|6 : aaGAAATTGTACAAT-------AATTAA-GG-GTTACAAACTGATTAAAACTGAGATT-ATT---AATGGTTTTGACAA-CAAAATACATTAAGTAAGGTATGCCAATGTCTTGTGTTTTGGTAATATGTTCTTTTTTGTTCCAGAAAGCTCAAAATTGCAATTATTTTTATTTTGCTGACCATGTGCATTTTCAATT--TCA-----AT----TTTTTTAATTTCGTATTTTATTAGGTGAAGATCGCCTTAAAACAATATAAAATTGTAAAT----A-AAAT-CATTTGGGCATACTGATACA---CACATTGCAAATTGTG--AGTGTTCATACAA-ATTAATATTCATG--AAATGCTTGTAAAagggttacaaactgattaaaactgagattattaatggttttgacaacaaaatacattaagtaaggtatgccaatgtcttgtgttttggtaatatgttcttttttgttccagaaagctcaaaattgcaattatttttattttgctgaccatgtgcattttcaatttcaatttttttaatttcgtattttattaggtgaagatcgccttaaaacaatataaaattgtaaataaaatcatttgggcatactgatacacacattgcaaattgtgagtgttcatacaaattaatattcatgaaatgcttgtaaa
gi|7 : aaaatatgtataaactgttaacatacaaaaacaaagATATTAATGTGTAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCATGCCCCATTAATT-TATATTTACATTTTTATAAGGTTTACATGCCAAATG-CTATAAAAAT-ATG-G-T-TCATA--TGC-CCCA---TG-TGGTGCAT----TTGGGCCATCTTCCTGACCT
gi|7 : aGGTCAGGAAGATGGCCCAAATGCACCAC----------------------------------ATGGG--GCAT---ATGAACCATAT-------TTTTATAGCATTTGGCATGTAAAtcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|7 : aaGGTCAGGGAGATGGCCAAAATGCACCATTATTCATAATGGT--------GTAAAAGCACCATATGGG--CTGT---ATTAACCATAT-------TTTGATAGCATTTGACATGGTTATATGGTACATTTGCACTATATGAACCATATTAACTGCATCACATAAATATTTACAAGCATTTCATGAATATTA---ATGTG--TAGGAATACTGTCACAATTTGCAGTGTGTGTATTAGCA-TGCCCCATTAATTTATATTTACATTTTTATAAGGTTTccttataaaaatgtaaatataaattaatggggcatgctaatacacacactgcaaattgtgacagtattcctacacattaatattcatgaaatgcttgtaaatatttatgtgatgcagttaatatggttcatatagtgcaaatgtaccatataaccatgtcaaatgctatcaaaatatggttaatacagcccatatggtgcttttacaccattatgaataatggtgcattttggccatctccctgaccta
gi|8 : aaggtcaggaagatggcccaaatgcaccacatggggcatatgaaccatatttttatagcatttggcatgtGGTCAGGGAGATGGGCCAAATGCACCATCAT-------GGT--------GCAAAAGCA--------------T---ACGAACCATAT-------TTGGATAGCATTTGACATATAAATATGGTACATTTGCAC---------CATATAAACTGCATCACATAAATGTTTACAAGCATTTCATGACTACTA---ATATG--TATGAACACTGATGCAATTTGCAGTGTGTATATCAGTA-GGCCCCATTCATTTATATTTACAATTTTATAAGATTTTAGAGTGATCTTCACCTAATAAAATGCGta
gi|9 : taattcGTCAGGGAGATGTCCCAAATGTACCATCAT-------GGG--------GCCAAAGCACCGTA------GCAT---ATGAACCATAT-------TTTGATACCATTTGACATGTAAATATGGTACATTTGCGC---------CATATAAACTACATCACATAAATATTTAAAAGCATTTCATGAATATTA---ATTCGAATATAAACACTGTTGCAATTTGCAGTGTATATATTAGTG-TGCCCCAATGTTTTGTATTTACAATTTTATTACTTTTTAAAGTGATTTTCAt