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lowQualScore : 4 9 000 0 999999 2222222222222 666666 22 22 3 555555555555555555 88888888888888888888888 77 0 44 2 2222222 6666 4 0 0 0 99999 555555555555555555555 99 4 2222222 2 0 444444 99 2 55555 4 88 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 9 88888888 777 55 77777 2 4 4 888888888 888 888888 0 0 888888 0 4 11 4444 0 6 2 55555555 000 3 6666666666666666 0 55 55 8888888 5555 0 99 6666 0 7 55555 0 0 5 88 99 0 8 0 7 9 6 777777777777777777 11 3 0 0 55 999999999 6 999999999 00 99 5555 55 0 7 4 555555555555 6 55555555
consensus : AACTGTTAGAT-GGTGTTTCTGATAACAGT---A-GGT------CT------T------GAA------AT--AGAGATAAA--CA-AC-GCA--CG-TC------TCAGAN------T-TGG--NA-------ATAACACTTTTATTATTCAATAAATNTTATAATAAACATACATCATAAAATTATTAGA-------TAAACATAATTAA----GCAAGTGATATTTAATTTAAGCACATTCAA-CTTAT-AAA-TAATGTAGTAATTATATCAAAAGTAATGTCTGCTTAT---T-ATTTAACAATTGC---------------------ACATTGCTAC--AAAATA-TGTGA-------ATCTTTAACTTTACTATATTTAAC-ATTT------ACGATA--GTTACAAGTAATTT-----CAAA-TTAAAATAATTAAATTTAT-----TTA------------------C-T---------------------CG-TCT-C-AGA--T---C--GNA-ATAACACTGNATTTTCCAAA--GAAGTGTTCCAG--TTA--AATAC---T-AAATCTGAGCGCGTTTGT-TTAC-CTT---------GT---TACTGGGTTT------CTCAAGAATGTTCCACTTGTAATTTTTCATCANA-AATGTTTTAAT------TAATANCAATCTCTGAAGTAG-GTG--AAATATCTCAC-AAAATT-ATTTGGTCTCCGGGCAGTATGTAAATATATTATAAAT--------GC---ATACACTTGACTTTTATATC-----------TTTCGT-ATCAG--T--TTTTGA------TCCGC----GTTATTAAC-TT--AACGCCTATGTCAC----ATATANTAATCT-AATAATCCGTGAC-----TTTGACATCGCAATGTTTA-C-TTCATTTAAGTTTAAGTAAACGTTAC--AATCTCCATGTCAACCCAATA-CAATAATATCGATAATCACGTTTCTACATTCTTGCGCTACATA------------TATATA--AATACTACNTGATAAATATNTGTATGCTAA-T--ACA----CATG-TTT-T-A-------CAA--ATCAA----ACTT--TCA-TAACTATACATTTAACACAATGCC------------TTATTTTCAAAATATGTATTTCTA-ATAATCGCCAT--------TAGATGCAATACTTCTTGTA
Reference ( family-2561 ) : AACTGTTAGAT-GGTGTTTCTGATAACAGT---A-GGT------CT------T------GAA------AT--AGAGATAAA--CA-AC-GCA--CG-TC------TCAGAN------T-TGG--NA-------ATAACACTTTTATTATTCAATAAATNTTATAATAAACATACATCATAAAATTATTAGA-------TAAACATAATTAA----GCAAGTGATATTTAATTTAAGCACATTCAA-CTTAT-AAA-TAATGTAGTAATTATATCAAAAGTAATGTCTGCTTAT---T-ATTTAACAATTGC---------------------ACATTGCTAC--AAAATA-TGTGA-------ATCTTTAACTTTACTATATTTAAC-ATTT------ACGATA--GTTACAAGTAATTT-----CAAA-TTAAAATAATTAAATTTAT-----TTA------------------C-T---------------------CG-TCT-C-AGA--T---C--GNA-ATAACACTGNATTTTCCAAA--GAAGTGTTCCAG--TTA--AATAC---T-AAATCTGAGCGCGTTTGT-TTAC-CTT---------GT---TACTGGGTTT------CTCAAGAATGTTCCACTTGTAATTTTTCATCANA-AATGTTTTAAT------TAATANCAATCTCTGAAGTAG-GTG--AAATATCTCAC-AAAATT-ATTTGGTCTCCGGGCAGTATGTAAATATATTATAAAT--------GC---ATACACTTGACTTTTATATC-----------TTTCGT-ATCAG--T--TTTTGA------TCCGC----GTTATTAAC-TT--AACGCCTATGTCAC----ATATANTAATCT-AATAATCCGTGAC-----TTTGACATCGCAATGTTTA-C-TTCATTTAAGTTTAAGTAAACGTTAC--AATCTCCATGTCAACCCAATA-CAATAATATCGATAATCACGTTTCTACATTCTTGCGCTACATA------------TATATA--AATACTACNTGATAAATATNTGTATGCTAA-T--ACA----CATG-TTT-T-A-------CAA--ATCAA----ACTT--TCA-TAACTATACATTTAACACAATGCC------------TTATTTTCAAAATATGTATTTCTA-ATAATCGCCAT--------TAGATGCAATACTTCTTGTA
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gi|7 : aatctaccttactaatatatttacgtacgtttacagacgactgtgacacgactgttagatggtatttctaataacagtaggccttgaacttgaaatagagata-----TTTGACATCATAATGTTTA-C-TT------ACTTTAAGTAAACATTAG--AATCCCCATGTCAACCCAATAACAATAATATCTATAATTATGGGTCTACATTCTTGCGCTACATA------------TATATATAAATACTATATGATAAATATCTGTATGCTAA-T--ACA----CATG-TTT-TTA-------CAA--ATCAA----ACTT--TCA-TAACTTTACATTTAAGACGGTGCC------------TTATTTTCAAAATATGTATTTCTA-ATAATCGTCAT--------TAGATGCAATACTCCTTGTtgacatcataatgtttacttactttaagtaaacattagaatccccatgtcaacccaataacaataatatctataattatgggtctacattcttgcgctacatatatatataaatactatatgataaatatctgtatgctaatacacatgtttttacaaatcaaactttcataactttacatttaagacggtgccttattttcaaaatatgtatttctaataatcgtcattagatgcaatactccttgtca
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