lowQualScore : 1 777777777777777777777777777777777777 111 3333333333333 222 44444444444 1111 11111 3333333333 333333333333333333333 3333333333333 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 1 1 333 1 1 333333 1 222222222222 9999999999999999999999999999999999999 2222 2 22 11 33333 111 444444444444444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 6 6 0 7 666666666666666666666666666666666666 111 99 0 6666666666666 0 555 1 1 5 3 88888888888 6 0000 66666 77 4 66 1 3 9999999999 3 9999 3 6 88888 222222222222222222222 4444444444444 3 3 6 7777 555555 88888 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6 1 0 6666 9 3 3 88 3 3 6 4 0 0 777 111 9 55 4 1 4 8 4 7 6 4 000000 7 3 4 444444444444 5555555555555555555555555555555555555 2 5555 0 55 0 0 55 0 00 22 9 66666 888 66 5 7 2 7 000 4 5 555555555555555555555555555555555555555555 1 44444444 2
lowQualScore : . . . . .................................... ... .. . ............. . ... . . . . ........... . .... ..... .. . .. . . .......... . .... . . ..... ..................... ............. . . . .... ...... ..... .. ................................................. . . . . .... . . . .. . . . . . . ... ... . .. . . . . . . . . ...... . . . ............ ..................................... . .... . .. . . .. . .. .. . ..... ... .. . . . . ... . . .......................................... . ........ .
lowQualScore : 0 6 2 1 666666666666666666666666666666666666 777 22 8 5555555555555 2 222 3 0 3 3 33333333333 6 6666 44444 99 4 11 8 3 1111111111 1 6666 1 7 33333 999999999999999999999 8888888888888 3 3 7 1111 444444 33333 88 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3 6 0 4 5555 4 1 3 22 3 0 8 3 7 8 000 999 4 55 4 2 4 0 4 0 0 4 777777 5 8 5 111111111111 1111111111111111111111111111111111111 3 8888 7 00 0 9 55 7 88 66 4 88888 888 11 6 1 5 1 999 4 2 555555555555555555555555555555555555555555 5 55555555 9
consensus : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATAT------TGTACGAA---------------AACA-GAACAGAACAGAA---ATT--TTA-TTTT-GA-----CTTGAGCATCGTAGCTCGTCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATAT--ATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCATTTT-GCAAAATCTAGTG---A-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTATAT---N--AATA---A-TG-ATATTTT-TAA----TTAACATATTT----AT-----GTA-CTA-----------T--A----T--A-----G-----TATGTG-AA-----AT-GTTACACGTAATTTATCAGATTGTATCTGCATTTGAAAGCTTTTGTCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTCGGTTTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCGGTGTA---ATA-TGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTACAAAC----AAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGG---------A--ATA--TC-GACT------GTT---------C---------ATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAA--GGCTAATCCTGAAGTG--CAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACA--ACGTA---ACATAT--ATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
Reference ( gi|1 ) : TTATGTGTCTCTTCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATAATATGATAT------CGTGCAAA---------------AACC-GAACAGAACAGAA---ATT--TTA-ATTT-GT-----CTTGAGAGTCGTAGCTCATCGTCATATACGAACATTTTTTAAATGCATGCAATCTGATGTCTA----CAATATAAAACAT--ATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCATTTT-GCAAAATCAAATC---A-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTATAT---T--ATTA---A-TG-ATATTTT-TAA----TTAACATATAT----AT-----GTA-CTA-----------T-CA----T--A-----G-----TATATG-AT-----AT-GTTACACGTAATTTATCAGTTTGTATCTGCATTTGAAAGTTTTTGTCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTCTTTTTGTATTTAATAAA-TATATAAACTTTACCACACTTGGTAGTCCGGTGTA---AAT-TGTTTGTATATGT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGACTGGGCAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TAGGTGACGTGA-TTACAATC----AACCTAATATTGTTATGCACGGGTATGG---------G--ATA---------------GTT---------C---------ATGAAATGTTCTGTAATGACAAGATGGTCGGCAACGCTATAA--GGCTAATCGTGAAGTG--CAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCGCCCTGTACA--GC-TA---ACATAT--ATGTTGATTGTGTAATTACCGTGTTTACGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|2 : TTATATATCTTTTCAGATTTGTCAAATAATGTTGGTTTTGATATAATAT------TGTACGA
gi|7 : TTATATGTCCCTCCGGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATCTAATAG------TGTACAAA---------------A-------CAGAACAGAA---ACT--TTA-TTTA-GA-----CTTGAG-------------CATTATATTCAAACATTTTT---ATGCATGCAATATGTTGTCTA----CAATATAAAATAT--ATAGTTCTTAATCA-ATATGG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCATTTT-GCAAAATCTAGTT---A-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTAT---------------A-TG-AT-CTTT-TAA----TCAACATATTT----AT-----GTA-CTA-----------T----------------G-----TA-----AA-----AT-GTTACACGTAATTTATTAGATTGTATCTGCATTTAAAAGCTTTTGACCAAAATGTTGCTA---ATTTTGTTAACAAT-TGTTTTCGGTTTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATACT---TCGTCCGGTG-A---AATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTTCATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAT-CATTCATGCAGGTCCTTTGATGGCATGA-TTACAA------A--CTAAAATCGTCATTTATGGGTAAGG---------ATTATAGTTCAGACT------GTT---------C---------ATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGATCAGCAACGCTATAA--GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgcaaaatctagtaaaatagtattcatcgaacagtataagtgtataaataatgatattttaattaacatatctatgtactactacatttgtatcatagtatgtaaattgttacaggtaatttatcagattgtatctgcatttgaaagcttttgtccaaaatgatgctaattatgttgacaacgattttctatttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtggtccggtgtaatatgtttgtttatattcatctcttatttgattgcagataggacaatgataaaattcatgtaggtctttgatgacgtgattacaaacaaacttaaatcgttatgtacgggtatcgaatatttcagactgttcatgaaatgttctgtaatgacgagttggtcagcaacgctataaagctaatcctaaagagcagactatatatctgattacttcggaatcactctgtacaacgtaacatatatattgatcgtgtaatcaccgtgtttgtgtcatgcaaatacagaacactagagatattttaaagtgactcgtattgcggcacatatgaacacatcagtactgtat
gi|8 : tTTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATAT------TGTACGAN---------------NNNN-NNNNNNNNNNNNN---NNN--NNN-NNNN-NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GCAATCTGATGTCTATATACAATATAAAATAT--ATAGATCTAAATCA-ATATTG--ATGAGAGTTGTTTTAAACAAAATCATTTT-GCAAATTTTTGTG---A-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTAAGT---A--AATA---A-TG-ATATTTT-TAA----TTAACATATTT----AT-----GTA-CTA-----------T----------------G-----TGAAT----------T-ATTACACGTAATTTATCAGATTGTATCTGCATTTGAAAGTTTTTGTCCAAAATTATGCTA---ATTATATTAACAAC-GATTTTCGGTTTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTATCAa
gi|30 : tTTATATGTCTCTTCAGGTTTGTCATACAATGTTGGCGATGATATCCTAT------TGTAC
gi|3 : ATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATAT------TGT
gi|20 : ttaATATGTCTCT---GGTTTATCGTAGTCTGTTGGTGCTGATTTAATATTCAATTCGTATAAACCCAGAACAGACCCAGACCAGAACAGAACAGAACAGATTGTTTAGACTT-GA-----CTT-----TCATAGCTTGTCGCCATATACAAACAT---------GCATGTAATTTGATGGTTA----CAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacattttgcaaaatcttgtaattgtattcgtcgagcagtattagtatataaattatgatatttttatttaacatatttatgtactatgtaaaatatcacacgttatttatcagaatgtatctgcatttggaagtttttgtccgaaatgatgtttattatgttaacaacgattttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtcgtccggtgttatatgtttgtatatattcctctcttatttgattgtagattggacaaacaattataaaattcatgtaggtccttgatgacgtgataacaaacaaactaaaatcgttatgtacgggtatggaatagttcagacagttaatgaaatgttctgaaatgacgagctagtcggcaacgctatagggctaatactgaaatgcagactatatttgattacttcagaataacccttttcaatgtaacatttatgttgatcgtgtaaaaaatgcagaaaactagatattgtcttaagtgactttccgtattacggcacatatgaacactcctcatcagtactgt
gi|9 : TGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATTTTGGTGACGATATAATAT------TGTACGAA---------------A-CA-GAACAGATCAGAA---TTT--TTA-TTTA-GA-----CTTGAGCACCGTAGCTCATCGTCAAATACAAACATTTTCTAA-TGTATGCAATCTGATGTCTA----CAATATCAAATAT--ATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCATTTCAGCAAAATCTTGTG---A-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTATAT---A--AATA---A-TG-ATGTGTT-TAA----TTAACATATCT----AT-----ATA-CTA-----------T-
gi|22 : taaATGTT--TGAT--TATAATA--------------G---------------AACA-TAATAGAACAGAC---ATT--TTA-TTTTTGTTTAGACTTGACCATCGTAGCTCATCGTTATATACAAATATTTT-------CACGCAATGTGATGTTTA----CAATAT----CATGCATAGTTCTAAATCA-ATATTG--ATAAGAGTGGTTgcagggccgtagccannnnnnnnnntaatagcggaacttaccgacgattggtctgagttttgacgctgagtttgagcccatttgatgaactctgtcaaaaatcatattctgggtgtctatttaa
gi|15 : atttcAA---ATT--T---ATTT-GTAAGA-CTTGAGCATCATTACTCATGGTCATATACAACTATTTTC--AATGCATGCAATGTGCTGATTA----TAATGTTA--TAT--ATAGTTCTAAATCA-ATATAG--GTGAGAGTGGTTTTAACCAAAATCATACT-TCAGAG-CTAGT------AA-TAGTA----T-
gi|16 : caaaaggattcagaagaagactTCGTCATATACAAA---------AATG-GT-CAATGTGATATCTA----AATTATA---TAC--ATAATTCTAAATGATCTATTGCAGTGAG------TTTAAACAAAATAATATT-GCAATATCTAATA---ATAA-TAATA----T-TGTGTCAATATGAACAT-------------------AATAATAGTATAT---CTAATTAAC-A-TG-ATATTTTCTAA----TGAAACTATA-----AT-----GTA-CTA-----------atgtatatatgtatcgt
gi|5 : ----CAATGTAAAATAT--ATAGTTCTATTTCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTCAACAAAATCATTTT-GCAAAATCTAGT----A-AA-C--------C-T-AGTC-----GAGC---------------------AGTATAAGTATAT---A--AATA---A-TC-ATATTTT-TAA----TTAACATACAC----AT-----GTATCTA-----------TGTAC---T--A-----G-----TATGTG--T-----ATTGTTACACGTAATTTATCAGATTGTATCTGCATTTGAAAGCTTTGGTCCAAAATGATGGTA---ATTAAATTGACAAC-AAAATTCGGGCTGTATTTAAAAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCGGTGTA---ATA-TGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-TTTTGATTGTGGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGATGTGA-TTACAAACA---AACTTAA-ATTGTTATTTACGAGTATGGAATGGTTCAG--ATT---------------GTT---------C---------ATGAAATGTTCCGTAAAGACAAGTTGGTCGGCAACGCTATAA--GGCTAACCCTGAAGTG--CAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCATCCTGTACA--ACGTT---ACATAG--ATATTGATCGTATAATCACCGAGTTTGCGTAAT-GCAAATGAAGAAAACTA-GAGCTTTTCTACAGTG----------------AC--------------T---------TTTTGCATTGC--------GGCTCATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTAaagcata
gi|6 : GTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAGCAAAATCAGTTT-GCAAAATCTTGTA---A-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----AAGC---------------------AGTATTAGT-TAG---T--AAAA---AGTG-ATATTTA-TAA----TTAACATATTT----AT-----GTT-CTA-----------T----------------G-----TGAAT----------T-GTTACACGTAATTTATCAGATTGTATCTGCATTTGAAAGCTTTTGTCCAAAATAATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTTCAGTTTGTATTTGATAAA-TCTATCAACTTTACCAAACTTGGTTGTCAGGTGTA---ATA-TGTTTGTATATAT--GCATCTGTT-ATTTGATTGTAGATTAGACAAACAATGATAC-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTACAA-------AC-TAAAATCTTTATGCACGGGTATGG---------A--ATATTTCAGACT------GTT---------C---------ATGAAATGTTCTGTAATGACG-------------CGCTATAA--GACTAATCCTGAAG-----------------TGATTACTTCAGAATAACCCTTTAAA--ATGTA---ACATAT--ATGTTAATTGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCATAAAAAATGCAGAAAACTAGGGGATTTTCTAAAATG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC---------GCAAATATGAACACTCATCATCTGTACTGTA
gi|4 : TCTAAATAA-ATATTG--GTGAGATTTTTTTTAAACAAAATCTTATT-GCAAAATCAAGTG---A-AAATAGTA----TCT-CATC-----AAAC---------------------AATAT--GTATATA--T--AAAA---A-AG-ATGTTTT-TGA----ATAATG---------AT-----GT---------------------------------G-----TATGTG-AA-----TT-GTTACATGCAATTTATGAGATTGTATCTGCATTTGAAAGCTTTCGTCCAAAATGATGCTA---ATTTTGTTAACAAC-GATTTTCGGTTGATATTTAATGAA-TCTAT-AACCTTACCATACTTGGTCATCTTGTG-G---AGTATGCTGCTACAAAT--TTATTTCTT-ATTTGATTGTAGACTTGACAAACAATAATAA-TATTCATGAAGGTCC-TTGATGACGTGACCTAC-ATCAGAAAAACTAAAATCGTTATTTTCGGGTATGA---------A--ATACATGTAGTTCAGACTGTT---------C---------ATGAAATGATCTGTAATGACGATTTGGTCGGCAACGCCATAG--GCCCAATC----------C------TATATCTGATTACTTCAGAATCACCACGTACA--ACATG---ACATAT--ACGTTGATAGTGTAATCAACGTTTTTGCGTGAT-GAAAATGCAGAAAACTT-GAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------TAAAGACAAATTCTGCATTCCCGTATTATGGCACAAATGAGCAATCCTCACCAATACTGTA
gi|21 : GTTTTAAACAAAATCATATT-TCAAAACCTAGTG---ATAA-TAGTAT---T-T-CTTC-----AAGC---------------------AATATTAGTGTAA---A--AATAACCA-TG-GTA-TTT-TAA----TTAACATATTT----AT----------------------------------------G-----TATGTG-AA-----AT-GCTATACATAATTAATCAGATTGTTTTTACATTTGtggccatacatatatactagtatttatgtcaatgtatctaa
gi|13 : AAAATCATATT-GCAAATTTAA-TCTAAG-AA-TAATAACATT-T-CGCC-----AAGCTACATTAATATATAAACGATTAGTTTTAGTTTAAA--T--ATTA---A-TGTATATAATATAAGTTTTTAGTATATATTTTCATTCTTGGTG-TTA-----------T-TA----CCCA-----GACTTATATATGTATGGGAAAT-GTTATACGTAATTTATCAGGTTGTTTTTGCATTTGAAGATTGTT-TCCAAAATGAGGACA---ATTTTGTTAA-AACGGATTtattgaatgtacttattat
gi|3 : AAA-CATTTT-GCAAAATCTTGT------AA-TTGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTATTAGTATAT---A--AATT---A-TG-ATATTTT-TAT----TTAACATATTT----AT-----GTA-CTA-----------T----------------G-----TAAA----------AT-ATCACACGTTATTTATCAGAATGTATCTGCATTTGGAAGTTTTTGTCCGAAATGATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTT------GTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCGGTGTT---ATA-TGTTTGTATATAT--TCCTCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATTATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TAACAAAC----AAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGG---------A--ATA---------------GTT---------CAGACAGTTAATGAAATGTTCTGAAATGACGAGCTAGTCGGCAACGCTATAG--GGCTAATACTGAAATG--CAGAC--TATATTTGATTACTTCAGAATAACCCTTTTCA--ATGTA---ACATTT--ATGTTGATCGTGTAA--A------------------AAATGCAGAAAACTA-GATATTGTCTTAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGTATTAC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTcc
gi|2 : ttaatatgtctctccaggtttgtcatataatgttggtgatgatataatattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTT-GCAAAATCTAGTA---A-AA-TAGTA----T-T-CATC-----GAAC---------------------AGTATAAGTGTAT---A--AATA---A-TG-ATATTTT--AA----TTAACATATCT----AT-----GTA-CTACTACATTTGTAT-CA----T--A-----G-----TATGTA-AA-----TT-GTTACAGGTAATTTATCAGATTGTATCTGCATTTGAAAGCTTTTGTCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTCTATTTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTGGTGGTCCGGTGTA---ATA-TGTTTGTTTATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGCAGA-TAGG---ACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCT-TTGATGACGTGA-TTACAAACA---AACTTAA-ATCGTTATGTACGGGTATCG---------A--ATATTTCAGACT------GTT---------C---------ATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGGTCAGCAACGCTATAA--AGCTAATCCTAAAGAG--CAGACTATATATCTGATTACTTCGGAATCACTCTGTACA--ACGTA---ACATAT--ATATTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGTGTCAT-GCAAATACAGAACACTA-GAGATATTTTAAAGTG----------------AC--------------------------TCGTATTGC--------GGCACATATGAACA-----CATCAGTACTGTA
gi|23 : ttatatatcttttcagatttgtcaaataatgttggttttgatataatattgtacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCAAAAGCTAGTA---ATAA-TAGTA----T-TTCGTC-----ACGC---------------------AATATTAGTATATAAAT--AATC---A-TG-GTATTTT--AA----TTAACATATTT----AT-----GTA--TG-----------T-GAAATGT--A-----A-----TATATA-TT-----ATCATTACAt
gi|11 : tt-----------T-CA----T--ATATTTG-----TAGGTG-AA-----AT-GTTATGCGTGATATATCCGGTTATTTCTGCATATGCAAGCTTTTGTCAAGAATGATGTTAGAAATT--GTAAACAGG-GATTTCCGGTTTGTATTTAACAAG-CATGTGACCTGGACAATGTTTGGTCGTT-AGTGTATGTAATATGCTGGAATATAT--TCATTT-------------TAAA--GGACAAACAATAATAA-AATgggttatgtatgtcatatcaacgaggactttttatcgaactg
gi|19 : taccatgtttgaaacatttatacaaatcatatatttgtaattcattttaatgaaataatgtcacatctggtgtgacttgttcgttttataacaaagTTTTGTCCAAAAGGA--CT-----TT-TGTTAATAAG-GATTTTCGGCTTGTA-TTAGGAAATTCTATGAACTATGTCATACTTGGCCATCTAGTGTA---ATA-TGTTTGCTTAT-T--TCAT
gi|26 : GTTA---ATATTATTAACAAC-GGTTTTTGGTTTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATAataagttattatatttttcaaattttgggagtggagaaaaacattggataactgttcatgtaa
gi|10 : ACAAT-GATTTTCGGTTTGTTTTTGATAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTGGTCTTCCGGTGTA---ATA-CGTTTGTATATATAGTCAACTCTT-ATTTGATTGTTGATTGGACAAACAATGATAC-AATTCATGTTAGTCC-TTGATGACGTGA-TTACAAAC----AAACTAGAATCGTTATGTACGGGTATGG---------A--ATA---------------GTTTAGACTGTTC---------ATGAAATGTTCTTTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAT--GGCTAATCCTGAAGTG--CCGACTATATATCTGATTAGTTCAGAATAACCATTTACA--ACGTA---ACATAG--ATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCATATTTGAA
gi|12 : TTGTATTTAATAAA-TCTATAAACTTTACCATACTTTGTCATCCGATGTA---ATA-TGATTGTATATAG--TTATCTCTT-ATGTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGTAGGTCC-TTAATGACGTGA-TTACAAAC----AAACTTATATTGTTAAGTGTGGGTATGG---------A--ATACTTCAGACT------GTT---------C---------ATGAAATGTTC-GTAATGACA-------------CGCTTTAA--GGCTAATCCTGAAGTG--CAGAC--TATATCAGATTACTTCAGAATAACCCTTTACA--ATGTA---ACATAT--ATGTTGATCGTt
gi|17 : gTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGCAGGTCC-TTAATGACCTGG-TTACAAAC----AAACTTATATTGTTATGTGCGGGTATGG---------A--ATA---------------GTTCAGACTC--C---------ATGAAATGTTC-GTAATGAC-------------GCGCTTTAA--GGCTAATCCTGAAGTG--CAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCT
gi|25 : gC----AAACTAATACTGTTATGTTCGGGTATAA---------A--ATA---------------GTT---------C---------A
gi|14 : aaatataaaattcgtcacatcttcatgcctggttaatcatcagaTATGTACGGGTATGA---------A--ATA----------------T----------------------------TTCTGTAATGCCGAGTTGGTCGGCAACGCTATAA--GGCTAATTCTGAAGTG--CAGAC--TATATCTGATAACTTCAGAATAACCCTTTATAATGT-TACATACATGTAGATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-AAAAATGCAGAACACTA-CAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------A---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTAATCAGTATTGTAg
gi|14 : GTAACATTATAAAGGGTTATTC-TGAAGTTATCAGA-TATA-GTCTG--CACTTCAGAATTAGCCT-TATA--GC-
gi|18 : tatgtacgggtatgaaatatttctgtaatgccgagttggtcggcaacCGTAG--ATGATGATCGT--AATCAACGTGCTTGCATCAC-G-AAATGCAGAAAAATA-GAGTTTACCTAAAGTGACTTAAAAAACCGCATAC--------------T---------TTCCGCATT-----------GCACATATTAACAATCCTCACCAATACTGTAatacatgtagatgttgatcgtgtaatcaccgtgtttgcgtcataaaaatgcagaacactacagtttttctaaagtgacattccgcattgcggcacatatgaacactcctaatcagtattgta
gi|24 : TGAAGAAAACTA-GAGTTTTTTTAA-GTG----------------ACAAAAACTTCTACTTT---------TTCCGCATTGC--------AGTACATATGAAAATTCCTCATTAATACTGTAtgggcatacatatataccagtaagtatgtcaatgtatacgtatcagag
gi|32 : AAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATTTGAACACTCCTCATCAGTACTGTAtgggcgtacttatatactagaacttatgtcaatttatgcgtatc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CATATAACAGAACAGAAAAACTCAGAACAGGACAGGACAGAACAGAATTTTATTGACTT
Unaligned ( gi|28 ): TCAATGTATGTGCATACATATATACTAGTAATTATGTCAATTAATGCGTATCTAAG
Unaligned ( gi|29 ): AATATATGTTCATACATGTGTACTAGTAGTTATGTCAATTTATGCGTATCTGAGT
Unaligned ( gi|31 ): GTATGTGCATGCATATATACTAGTAATTATGTCAATTTATGTGTATCTGAGT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 11111 11111111 22222222 111 1 222222222222222222222 111 111111111 888888888888888888888888888888888888888888888 11111 7777777777777 111111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111
lowQualScore : 2 222222 11 44444 11111 4 44444444 1 55555555 3 3 22 777 1 1 8888 666 3 55 5555 2 444 5555 3 8 2 5555 2 1 77777 888888888888888888888 2 6666 2 44 2 333 555 6666 2 33 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 3 44 555 3 4 555 1 2 44 3 666 55 4 6 3 3 55555 0 0 44 2222222222222 2 1 222 0 66 3 0 1 111111 666 4 1 444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1
lowQualScore : . ...... .. ..... ..... . ........ . ........ . . .. ... . . .... ... . .. .... . ... .... . . . .... . . ..... ..................... . .... . .. . ... ... .... . .. ......... ............................................. . . . .. ... . . ... . . .. . ... .. . . . . ..... . . .. ............. . . ... . .. . . . ...... ... . . .......................................... ........ .
lowQualScore : 2 888888 99 33333 11111 4 66666666 6 22222222 0 9 99 777 3 0 5555 222 6 00 3333 9 777 7777 7 0 7 7777 7 4 11111 222222222222222222222 9 1111 9 99 9 999 000 1111 9 99 444444444 888888888888888888888888888888888888888888888 8 1 1 22 888 3 5 444 0 9 22 1 444 00 0 7 6 6 55555 5 5 66 8888888888888 2 3 555 9 22 2 6 7 555555 111 0 0 444444444444444444444444444444444444444444 22222222 6
consensus : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTT-N------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----ATA-T-AAA-TA---A---TGATAT----TTT-TAATTAA--CATATTT---------ATGT----------A-CT-AT-------------TA---G---------TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--ATAGT------TCA--GACTGTTCATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
Reference ( family-2466 ) : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTT-T------GACTTGAGCATCGTAGCTCGTCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----ATA-T-NAA-TA---A---TGATAT----TTT-TAATTAA--CATATTT---------ATGT----------A-CT-AT------------ATA---G---------TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--ATA--------TC---GACTGTTCATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|1 : TTATGTGTCTCTTCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATAATATGATATC------GTGCAAA-----AACCGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTAATT-T------GTCTTGAGAGTCGTAGCTCATCGTCATATACGAACATTTTTTAAATGCATGCAATCTGATGTCTA----CAATATAAAACATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCAAATCA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----ATA-T-TAT-TA---A---TGATAT----TTT-TAATTAA--CATATAT---------ATGT----------A-CT-ATC-----------ATA---G---------TATATGATATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GTTTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TTTTTGTATTTAATAAAT-ATATAAACTTTACCACACTTGGTAGTCCG---GTGTAAATTGTTTGTATATGT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGACTGGGCAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TAGGTGACGTGA-TTA-----CAATCAACCTAATATTGTTATGCACGGGTATGGG--ATA-----------------GTTCATGAAATGTTCTGTAATGACAAGATGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCGTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCGCCCTGTACAGC-TAACATATATGT------TGATTGTGTAATTACCGTGTTTACGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|10 : ACAAT-GATTTTC--GGTTTGTTTTTGATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCTTCCG---GTGTAATACGTTTGTATATATAGTCAACTCTT-ATTTGATTGTTGATTGGACAAACAATGATAC-AATTCATGTTAGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAGAATCGTTATGTACGGGTATGGA--ATAGTT-----TA---GACTGTTCATGAAATGTTCTTTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATATGGCTAATCCTGAAGTGCCGACTATATATCTGATTAGTTCAGAATAACCATTTACAACGTAACATAGATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCATATTTGAA
gi|11 : TTTATACAAA-TCATATATTT-GTAATTCA----TTTTAATGA-AA-TAATG----T-CACATC------------------------------------TGGT----GT----GAC-T--------TGTTCG----TTT-TA--TAA--CAAAGTC---------ATAT----------A-TT--T------------GTA---G------------GTGAAATGTT-ATG-CGTGATATATCC--GGTTATTTCTGCATATGCAAGCT---TTTG-TCAAGAATGATGTTAGAAATTGTA--AACAGG-GATTTCC--GGTTTGTATTTAACAAGC-ATGTGACCTGGACAATGTTTGGTCGTTAGTGTATGTAATATGCTGGAATATAT--TCATTT-------------TAAA--GGACAAACAATAATAA-AATt
gi|12 : taccatgtttgaaacaTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTTGTCATCCG---ATGTAATATGATTGTATATAG--TTATCTCTT-ATGTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGTAGGTCC-TTAATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTAAGTGTGGGTATGGA--ATACT------TCA--GACTGTTCATGAAATGTTC-GTAATGAC-------------ACGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATAT--CAGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAATGTAACATATATGT------TGATCGT
gi|13 : gAAAATCAT---ATT-GCAA---ATTTAATCTAA--G-AA-TAATAACATT-T-CGCC-----AAGCTACATTAATATATAAACGATTAGTTT-TAGTTTAAATA-T-TAA-TGTATA---TAATATAAGTTTT-TAGT--A--TATATTTTCATTCTTGGTGTTATTACCCAGA-CTTAT------------ATAT--G---------TATGGGAAATGTT-ATA-CGTAATTTATCA--GGTTGTTTTTGCATTTGAAGATT---GTT--TCCAAAATGAGGACA---ATTTTGTTAA-AACGGATT
gi|14 : TATGTACGGGTATGAA--ATA--------T--------------------TTCTGTAATGCCGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATTCTGAAGTGCAGACTATAT--CTGATAACTTCAGAATAACCCTTTATAATGTTACATACATGTAGATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-AAAAATGCAGAACACTA-CAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------A---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTAATCAGTATTGTAcc
gi|15 : CAGA-----AG-AAGACTAAA--------TTTATTTGTAA----GACTTGAGCATCATTACTCATGGTCATATACAACTATTTTC--AATGCATGCAATGTGCTGATTA----TAATGTTA--TATATAGTTCTAAATCA-ATATAG--GTGAGAGTGGTTTTAACCAAAATCAT---ACT-TCAG---A----G-CTAGT---AA-TAGTA----T-
gi|16 : caaaaggattTCGTCATATACAAA---------AATG-GT-CAATGTGATATCTA----AATTATA---TACATAATTCTAAATGATCTATTGCAGTGAG------TTTAAACAAAATAAT---ATT-GCAA---T----ATCTAATAATAA-TAATA----T-TGTGTCAATATGAACAT-------------------AATAA-TAGT----ATA-TCTAATTAAC-A---TGATAT----TTTCTAATGAAACTATA------------ATGT----------A-CT-Aatgtatatatgtatcgt
gi|17 : TGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGCAGGTCC-TTAATGACCTGG-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTATGTGCGGGTATGGA--ATAGT------TCA--GAC--TCCATGAAATGTTC-GTAATGACG-------------CGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTaagcata
gi|18 : gCGTAGATGA------TGATCGT--AATCAACGTGCTTGCATCAC-G-AAATGCAGAAAAATA-GAGTTTACCTAAAGTGACTTAAAAAACCGCATAC--------------T---------TTCCGCATT-----------GCACATATTAACAATCCTCACCAATACTGTA
gi|19 : T---TTTG-TCCAAAAGGAC--------TTTTGTTAATAAG-GATTTTC--GGCTTGTATT-AGGAAATTCTATGAACTATGTCATACTTGGCCATCTA---GTGTAATATGTTTGCTTAT-T--TCATtgggcatacatatataccagtaagtatgtcaatgtatacgtatcagag
gi|2 : TTATATATCTTTTCAGATTTGTCAAATAATGTTGGTTTTGATATAATATT------GTACGAataagttattatatttttcaaattttgggagtggagaaaaacattggataactgttcatgtaa
gi|2 : T---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AA-TAGTA----T-T-CATC-----GAAC---------------------AGTAT-AAGT----GTA-T-AAA-TA---A---TGATAT----TTT--AATTAA--CATATCT---------ATGT----------A-CT-ACTACATTTGTATCATA---G---------TATGTAAATTGTT-ACA-GGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TATTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTGGTCCG---GTGTAATATGTTTGTTTATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGCAGATAGG----ACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCT-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATCGTTATGTACGGGTATCGA--ATA--------TTTCAGACTGTTCATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGGTCAGCAACGCTATAAAGCTAATCCTAAAGAGCAGACTATATATCTGATTACTTCGGAATCACTCTGTACAACGTAACATATATAT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGTGTCAT-GCAAATACAGAACACTA-GAGATATTTTAAAGTG----------------AC--------------T------------CGTATTGC--------GGCACATATGAACA-----CATCAGTACTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgcaaaatctagtaaaatagtattcatcgaacagtataagtgtataaataatgatattttaattaacatatctatgtactactacatttgtatcatagtatgtaaattgttacaggtaatttatcagattgtatctgcatttgaaagcttttgtccaaaatgatgctaattatgttgacaacgattttctatttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtggtccggtgtaatatgtttgtttatattcatctcttatttgattgcagataggacaatgataaaattcatgtaggtctttgatgacgtgattacaaacaaacttaaatcgttatgtacgggtatcgaatatttcagactgttcatgaaatgttctgtaatgacgagttggtcagcaacgctataaagctaatcctaaagagcagactatatatctgattacttcggaatcactctgtacaacgtaacatatatattgatcgtgtaatcaccgtgtttgtgtcatgcaaatacagaacactagagatattttaaagtgactcgtattgcggcacatatgaacacatcagtactgtat
gi|20 : ttatatatcttttcagatttgtcaaataatgttggttttgatataatattgtacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATATGTCTCT---GGTTTATCGTAGTCTGTTGGTGCTGATTTAATATTCAATTCGTATAAACCCAGAACAGACCCAGACCAGAACAGAACAGAACAGATTGTTT-A------GACTTGACTTTCATAGCTTGTCGCCATATACAAAC---------ATGCATGTAATTTGATGGTTA----CAATATt
gi|21 : GTTTTAAACAAAATCAT---ATT-TCAA---A----ACCTAGTGATAA-TAGTA----T-TTCTTC-----AAGC---------------------AATAT-TAGT----GTA-A-AAA-TA---ACCATGGTAT----TTT--AATTAA--CATATTT---------ATGT----------A------------------------------------TGTGAAATGCT-ATA-CATAATTAATCA--GATTGTTTTTACATTTG
gi|22 : ATGTT--TGAT--TATAATA--------------G-----AACATA-----AT-AGAACAGAC------ATTTTATTT-TTGTTTAGACTTGACCATCGTAGCTCATCGTTATATACAAATATTTT-------CACGCAATGTGATGTTTA----CAATAT--CATGCATAGTTCTAAATCA-ATATTG--ATAAGAGTGGTTtattgaatgtacttattat
gi|23 : atttcCAA---A----AGCTAGTAATAA-TAGTA----T-TTCGTC-----ACGC---------------------AATAT-TAGT----ATA-T-AAA-TAATCA---TGGTA-----TTT-TAATTAA--CATATTT---------AT-------------------------------------G---------TATGTGAAATGTA-ATA-TATA--TTATCA--
gi|24 : ttTGAAGAAAACTA-GAGTTTTTTTAA-GTG----------------ACAAAAACTTCTACTTT---------TTCCGCATTGC--------AGTACATATGAAAATTCCTCATTAATACTGTAttacagggttatgtatgtcatatcaacgaggactttttatcgaactg
gi|25 : AAT-ATAA-AATTCGT-CACATC--TTCATGCC-TGG-TTAATCATCAGACAAACTAATACTGTTATGTTCGGGTATAAA--ATA--------tgggcgtacttatatactagaacttatgtcaatttatgcgtatc
gi|26 : aGTTA---ATATTATTAACAAC-GGTTTTT--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATAgttcag
gi|27 : ACAGG-----AC-AGAACAG-A------ATTTTA--T-T------GACTT
gi|3 : catataacagaacagaaaaactcagaacaggATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTNNNNN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN-N------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA--CAT---TTT-GCAA---A----ATCT--TGT-AA-TTGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----ATA-T-AAA-TT---A---TGATAT----TTT-TATTTAA--CATATTT---------ATGT----------A-C--------------------------------TATGTAAAATATC-ACA-CGTTATTTATCA--GAATGTATCTGCATTTGGAAGTT---TTTG-TCCGAAATGATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GAT--------TTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTTATATGTTTGTATATAT--TCCTCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATTATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TAA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--ATAGT------TCA--GACAGTTAATGAAATGTTCTGAAATGACGAGCTAGTCGGCAACGCTATAGGGCTAATACTGAAATGCAGAC--TATATTTGATTACTTCAGAATAACCCTTTTCAATGTAACATTTATGT------TGATCGTGTAA--------------------AAAATGCAGAAAACTA-GATATTGTCTTAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGTATTAC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGT
gi|30 : ttaTTATATGTCTCTTCAGGTTTGTCATACAATGTTGGCGATGATATCCTATT------GTAC
gi|32 : AAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATTTGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|4 : TCTAAATAA-ATATTG--GTGAGATTTTTTTTAAACAAAATCTT---ATT-GCAA---A----ATCAAGTGA-AAATAGTA----TCT-CATC-----AAAC---------------------AATATGTA-T----ATA-T-AAA-AA---A----GATGT----TTT-TGAATAA-------TG---------ATGT-----------------------------------G---------TATGTGAATTGTT-ACA-TGCAATTTATGA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTCG-TCCAAAATGATGCTA---ATTTTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTGATATTTAATGAAT-CTAT-AACCTTACCATACTTGGTCATCTT---GTGGAGTATGCTGCTACAAAT--TTATTTCTT-ATTTGATTGTAGACTTGACAAACAATAATAA-TATTCATGAAGGTCC-TTGATGACGTGACCTACAT--CAGAAAAACTAAAATCGTTATTTTCGGGTATGAA--ATACATGTAGTTCA--GACTGTTCATGAAATGATCTGTAATGACGATTTGGTCGGCAACGCCATAGGCCCAATCC--------------TATATCTGATTACTTCAGAATCACCACGTACAACATGACATATACGT------TGATAGTGTAATCAACGTTTTTGCGTGAT-GAAAATGCAGAAAACTT-GAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------TAAAGACAAATTCTGCATTCCCGTATTATGGCACAAATGAGCAATCCTCACCAATACTGTA
gi|5 : ----CAATGTAAAATATATAGTTCTATTTCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTCAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AC-C--TA---------GTC-----GAGC---------------------AGTAT-AAGT----ATA-T-AAA-TA---A---TCATAT----TTT-TAATTAA--CATACAC---------ATGT----------ATCT-AT------------GTACTAG---------TATGTGTATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTGG-TCCAAAATGATGGTA---ATTAAATTGACAAC-AAAATTC--GGGCTGTATTTAAAAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-TTTTGATTGTGGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGATGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATTGTTATTTACGAGTATGGA--ATGGT------TCA--GATTGTTCATGAAATGTTCCGTAAAGACAAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAACCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCATCCTGTACAACGTTACATAGATAT------TGATCGTATAATCACCGAGTTTGCGTAAT-GCAAATGAAGAAAACTA-GAGCTTTTCTACAGTG----------------AC--------------T---------TTTTGCATTGC--------GGCTCATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTAtggccatacatatatactagtatttatgtcaatgtatctaa
gi|6 : GTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAGCAAAATCAG---TTT-GCAA---A----ATCTTGTAA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----AAGC---------------------AGTAT-TAGT-----TAGT-AAA-AA---G---TGATAT----TTA-TAATTAA--CATATTT---------ATGT----------T-CT-AT-------------------------------GTGAATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATAATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTTC--AGTTTGTATTTGATAAAT-CTATCAACTTTACCAAACTTGGTTGTCAG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--GCATCTGTT-ATTTGATTGTAGATTAGACAAACAATGATAC-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TT---------ACAAACTAAAATCTTTATGCACGGGTATGGA--ATA--------TTTCAGACTGTTCATGAAATGTTCTGTAATGACG-------------CGCTATAAGACTAATCCTGAAG---------------TGATTACTTCAGAATAACCCTTTAAAATGTAACATATATGT------TAATTGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCATAAAAAATGCAGAAAACTAGGGGATTTTCTAAAATG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC---------GCAAATATGAACACTCATCATCTGTACTGTA
gi|7 : TTATATGTCCCTCCGGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATCTAATAGT------GTACAAA-----A-----------C-AGAACAGAA------ACTTTATTT-A------GACTTGAGCATT-------------ATATTCAAACATTTTT--A-TGCATGCAATATGTTGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTTAATCA-ATATGG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTTA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----AT-------------A---TGAT-C----TTT-TAATCAA--CATATTT---------ATGT----------A-C--------------------------------TATGTAAAATGTT-ACA-CGTAATTTATTA--GATTGTATCTGCATTTAAAAGCT---TTTG-ACCAAAATGTTGCTA---ATTTTGTTAACAAT-TGTTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACT---TCGTCCG---GTGAAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTTCATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAT-CATTCATGCAGGTCCTTTGATGGCATGA-TT---------ACAAACTAAAATCGTCATTTATGGGTAAGGATTATAGT------TCA--GACTGTTCATGAAATGTTCTGTAATGACGAGTTGATCAGCAACGCTATAAGG
gi|8 : tTTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN-N------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-GCAATCTGATGTCTATATACAATATAAAATATATAGATCTAAATCA-ATATTG--ATGAGAGTTGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----TTTTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----AAG-T-AAA-TA---A---TGATAT----TTT-TAATTAA--CATATTT---------ATGT----------A-C--------------------------------TATGTGAATTATT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATTATGCTA---ATTATATTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTATCAa
gi|9 : tATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATTTTGGTGACGATATAATATT------GTACG-A-----AACAGA-----AC-AGATCAGAA------TTTTTATTT-A------GACTTGAGCACCGTAGCTCATCGTCAAATACAAACATTTTCT-AATGTATGCAATCTGATGTCTA----CAATATCAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTCAGCAA---A----ATCTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC---------------------AGTAT-TAGT----ATA-T-AAA-TA---A---TGATGT----GTT-TAATTAA--CATATCT---------ATAT----------A-CT-AT------------GCA---GGGCCGTAGCCANNNNNNNNNNTAATAGCGGAACTTACCGACGATTG-GTCTGAGTTTTGACGCTGAGTTTGAGCCCATTTGATG--A---ACTCTGTCAAAAAT-CATATTCTGGGTGTCTATTTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TCAATGTATGTGCATACATATATACTAGTAATTATGTCAATTAATGCGTATCTAAG
Unaligned ( gi|29 ): AATATATGTTCATACATGTGTACTAGTAGTTATGTCAATTTATGCGTATCTGAGT
Unaligned ( gi|31 ): GTATGTGCATGCATATATACTAGTAATTATGTCAATTTATGTGTATCTGAGT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 11111 11111111 2222222 111 1 888888888888888888888888888888888 11111 11 111111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111
lowQualScore : 2 222222 11 44444 11111 4 44444444 3333333 3 22 777 1 1 8888 888 3 55 5555 2 444 5555 999 2 5555 2 1 77777 33 2 66 888 444 33 2 33 33 66666 999999999999999999999999999999999 1 3 3 44 555 3 4 555 1 2 44 3 666 55 4 6 3 3 55555 0 0 44 999999 1 0 3 1 222 0 33 0 1 111111 666 4 1 444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1
lowQualScore : . ...... .. ..... ..... . ........ ....... . .. ... . . .... ... . .. .... . ... .... ... . .... . . ..... .. . .. ... ... .. . .. .. ..... ................................. . . . .. ... . . ... . . .. . ... .. . . . . ..... . . .. ...... . . . . ... . .. . . ...... ... . . .......................................... ........ .
lowQualScore : 2 888888 99 33333 11111 4 66666666 1111111 0 99 777 3 0 5555 999 6 00 3333 9 777 7777 333 7 7777 7 4 11111 77 7 33 333 777 77 7 77 77 77777 999999999999999999999999999999999 8 1 1 22 888 3 5 444 0 9 22 1 444 00 0 7 6 6 55555 5 5 66 666666 4 9 6 3 555 9 55 6 7 555555 111 0 0 444444444444444444444444444444444444444444 22222222 6
consensus : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-CTAT---------TA---------------G-TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
Reference ( family-2466 ) : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-CTAT---------TA---------------G-TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|1 : TTATGTGTCTCTTCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATAATATGATATC------GTGCAAA-----AACCGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTAATTT------GTCTTGAGAGTCGTAGCTCATCGTCATATACGAACATTTTTTAAATGCATGCAATCTGATGTCTA----CAATATAAAACATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCAAATCA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TTATTA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATAT--AT-----GTA-CTATCA-------TA---------------G-TATATGATATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GTTTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TTTTTGTATTTAATAAAT-ATATAAACTTTACCACACTTGGTAGTCCG---GTGTAAATTGTTTGTATATGT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGACTGGGCAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TAGGTGACGTGA-TTA-----CAATCAACCTAATATTGTTATGCACGGGTATGGG--A------TA---------GTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACAAGATGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCGTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCGCCCTGTACAGC-TAACATATATGT------TGATTGTGTAATTACCGTGTTTACGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|10 : ACAAT-GATTTTC--GGTTTGTTTTTGATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCTTCCG---GTGTAATACGTTTGTATATATAGTCAACTCTT-ATTTGATTGTTGATTGGACAAACAATGATAC-AATTCATGTTAGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAGAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTTAGACTGTTCATGAAATGTT-CTTTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATATGGCTAATCCTGAAGTGCCGACTATATATCTGATTAGTTCAGAATAACCATTTACAACGTAACATAGATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCATATTTGAA
gi|11 : TTTATACAAA-TCATATATTT-GTAATTCA----TTTTAATGA-AA-TAATG----T-CACATC-----------------TGGTGTG----ACT--------TGTTC--GTTT-TA--TAA--CAAAGTC--AT-----ATA----T---------TT---------------G-TAGGTGAAATGTT-ATG-CGTGATATATCC--GGTTATTTCTGCATATGCAAGCT---TTTG-TCAAGAATGATGTTAGAAATTGTA--AACAGG-GATTTCC--GGTTTGTATTTAACAAGC-ATGTGACCTGGACAATGTTTGGTCGTTAGTGTATGTAATATGCTGGAATATAT--TCATTT-------------TAAA--GGACAAACAATAATAA-AATt
gi|12 : taccatgtttgaaacaTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTTGTCATCCG---ATGTAATATGATTGTATATAG--TTATCTCTT-ATGTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGTAGGTCC-TTAATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTAAGTGTGGGTATGGA--A------TACTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-C-GTAATGAC-------------ACGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCAGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAATGTAACATATATGT------TGATCGT
gi|13 : gAAAATCAT---ATT-GCAA---ATTTAATCTAA--G-AA-TAATAACATT-T-CGCC-----AAGC--TACAT-TAATATA--TAAACG---A---T--TA--GTTT-TAGTTTA--AATATTA--AT-----GTA--TA----------TA---------------A-TAT
gi|13 : --AATAT-TAATGTA--TA--TA---A---T-ATAAGTTTT-TAGT--A--TATATTTTCATTCTTGGTG-TTAT---------TACCCAGACTTATATATG-TATGGGAAATGTT-ATA-CGTAATTTATCA--GGTTGTTTTTGCATTTGAAGATT---GTT--TCCAAAATGAGGACA---ATTTTGTTAA-AACGGATTaagtttttagtatatattttcattcttggtgttattacccagacttatatatgtatgggaaatgttatacgtaatttatcaggttgtttttgcatttgaagattgtttccaaaatgaggacaattttgttaaaacggattcc
gi|14 : aaaatcatattgcaaatttaatctaagaataataacatttcgccaagctacattaatatataaacgattagttttagtttaTATGTACGGGTATGAA--A------TAcc
gi|14 : ATGAAATATTTCTGTAATGCCGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATTCTGAAGTGCAGACTATAT--CTGATAACTTCAGAATAACCCTTTATAATGTTACATACATGTAGATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-AAAAATGCAGAACACTA-CAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------A---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTAATCAGTATTGTAtttctgtaatgccgagttggtcggcaacgctataaggctaattctgaagtgcagactatatctgataacttcagaataaccctttataatgttacatacatgtagatgttgatcgtgtaatcaccgtgtttgcgtcataaaaatgcagaacactacagtttttctaaagtgacattccgcattgcggcacatatgaacactcctaatcagtattgta
gi|15 : tatgtacgggtCAGA-----AG-AAGACTAAA--------TTTATTTGTAA---GACTTGAGCATCATTACTCATGGTCATATACAACTATTTTC--AATGCATGCAATGTGCTGATTA----TAATGT--TATATATAGTTCTAAATCA-ATATAG--GTGAGAGTGGTTTTAACCAAAATCAT---ACT-TCAG---A----G-CTAGT---AA-TAGTA----T-
gi|16 : caaaaggattTCGTCATATACAAA---------AATG-GT-CAATGTGATATCTA----AATTATA---TACATAATTCTAAATGATCTATTGCAGTGAG------TTTAAACAAAATAAT---ATT-GCAA---T----ATCTAATAATAA-TAATA----T-TGTGTCAATATGAACATAATAA-TAGTATATCTAATTAAC-A---TGATA--TTTTCTAATGAAACTATA-----AT-----GTA-CTAatgtatatatgtatcgt
gi|17 : TGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGCAGGTCC-TTAATGACCTGG-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTATGTGCGGGTATGGA--A------TAGTTCAGAC--TCCATGAAATGTT-C-GTAATGACG-------------CGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTaagcata
gi|18 : gCGTAGATGA------TGATCGT--AATCAACGTGCTTGCATCAC-G-AAATGCAGAAAAATA-GAGTTTACCTAAAGTGACTTAAAAAACCGCATAC--------------T---------TTCCGCATT-----------GCACATATTAACAATCCTCACCAATACTGTA
gi|19 : T---TTTG-TCCAAAAGGAC--------TTTTGTTAATAAG-GATTTTC--GGCTTGTATT-AGGAAATTCTATGAACTATGTCATACTTGGCCATCTA---GTGTAATATGTTTGCTTAT-T--TCATtgggcatacatatataccagtaagtatgtcaatgtatacgtatcagag
gi|2 : TTATATATCTTTTCAGATTTGTCAAATAATGTTGGTTTTGATATAATATT------GTACGAataagttattatatttttcaaattttgggagtggagaaaaacattggataactgttcatgtaa
gi|2 : T---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AA-TAGTA----T-T-CATC-----GAAC--AGTAT-AAGTGTA--TAAATA---A---TGATA--TTTT--AATTAA--CATATCT--AT-----GTA-CTAC---------TACATTTGTATCATA--G-TATGTAAATTGTT-ACA-GGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TATTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTGGTCCG---GTGTAATATGTTTGTTTATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGCAGATAGGACAA----TGATAA-AATTCATGTAGGTCT-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATCGTTATGTACGGGTATCGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCAGCAACGCTATAAAGCTAATCCTAAAGAGCAGACTATATATCTGATTACTTCGGAATCACTCTGTACAACGTAACATATATAT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGTGTCAT-GCAAATACAGAACACTA-GAGATATTTTAAAGTG----------------AC--------------T------------CGTATTGC--------GGCACATATGAACA-----CATCAGTACTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgcaaaatctagtaaaatagtattcatcgaacagtataagtgtataaataatgatattttaattaacatatctatgtactactacatttgtatcatagtatgtaaattgttacaggtaatttatcagattgtatctgcatttgaaagcttttgtccaaaatgatgctaattatgttgacaacgattttctatttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtggtccggtgtaatatgtttgtttatattcatctcttatttgattgcagataggacaatgataaaattcatgtaggtctttgatgacgtgattacaaacaaacttaaatcgttatgtacgggtatcgaatatttcagactgttcatgaaatgttctgtaatgacgagttggtcagcaacgctataaagctaatcctaaagagcagactatatatctgattacttcggaatcactctgtacaacgtaacatatatattgatcgtgtaatcaccgtgtttgtgtcatgcaaatacagaacactagagatattttaaagtgactcgtattgcggcacatatgaacacatcagtactgtat
gi|20 : ttatatatcttttcagatttgtcaaataatgttggttttgatataatattgtacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATATGTCTCT---GGTTTATCGTAGTCTGTTGGTGCTGATTTAATATTCAATTCGTATAAACCCAGAACAGACCCAGACCAGAACAGAACAGAACAGATTGTTTA------GACTTGACTTTCATAGCTTGTCGCCATATACAAAC---------ATGCATGTAATTTGATGGTTA----CAATATt
gi|21 : GTTTTAAACAAAATCAT---ATT-TCAA---A----ACCTAGTGATAA-TAGTA----T-TTCTTC-----AAGC--AATAT-TAGTGTA--AAAATA---ACCATGGTA--TTTT--AATTAA--CATATTT--AT-----GTA-----------------------------------TGTGAAATGCT-ATA-CATAATTAATCA--GATTGTTTTTACATTTG
gi|22 : ATGTT--TGAT--TATAATA--------------G-----AACATA-----AT-AGAACAGAC------ATTTTATTTTTGTTTAGACTTGACCATCGTAGCTCATCGTTATATACAAATATTTT-------CACGCAATGTGATGTTTA----CAATAT--CATGCATAGTTCTAAATCA-ATATTG--ATAAGAGTGGTTtattgaatgtacttattat
gi|23 : atttcCAA---A----AGCTAGTAATAA-TAGTA----T-TTCGTC-----ACGC--AATAT-TAGTATA--TAAATAATCA---TGGTA---TTT-TAATTAA--CATATTT--AT---------------------------------------G-TATGTGAAATGTA-ATA-TATA--TTATCA--
gi|24 : ttTGAAGAAAACTA-GAGTTTTTTTAA-GTG----------------ACAAAAACTTCTACTTT---------TTCCGCATTGC--------AGTACATATGAAAATTCCTCATTAATACTGTAttacagggttatgtatgtcatatcaacgaggactttttatcgaactg
gi|25 : AAT-ATAA-AATTCGT-CACATC--TTCATGCC-TGG-TTAATCATCAGACAAACTAATACTGTTATGTTCGGGTATAAA--A------TAGTTCAGtgggcgtacttatatactagaacttatgtcaatttatgcgtatc
gi|26 : aGTTA---ATATTATTAACAAC-GGTTTTT--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATA
gi|27 : ACAGG-----AC-AGAACAG-A------ATTTTATT--------GACTT
gi|3 : catataacagaacagaaaaactcagaacaggATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTNNNNN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA--CAT---TTT-GCAA---A----ATCT--TGT-AA-TTGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATT---A---TGATA--TTTT-TATTTAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTAAAATATC-ACA-CGTTATTTATCA--GAATGTATCTGCATTTGGAAGTT---TTTG-TCCGAAATGATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GAT--------TTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTTATATGTTTGTATATAT--TCCTCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATTATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TAA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACAGTTAATGAAATGTT-CTGAAATGACGAGCTAGTCGGCAACGCTATAGGGCTAATACTGAAATGCAGAC--TATATTTGATTACTTCAGAATAACCCTTTTCAATGTAACATTTATGT------TGATCGTGTAA--------------------AAAATGCAGAAAACTA-GATATTGTCTTAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGTATTAC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGT
gi|30 : ttaTTATATGTCTCTTCAGGTTTGTCATACAATGTTGGCGATGATATCCTATT------GTAC
gi|32 : AAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATTTGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|4 : TCTAAATAA-ATATTG--GTGAGATTTTTTTTAAACAAAATCTT---ATT-GCAA---A----ATCAAGTGA-AAATAGTA----TCT-CATC-----AAAC--AATATGTA-TATA--TAAAAA---A----GATG--TTTT-TGAATAA-------TG--AT-----GT--------------------------------G-TATGTGAATTGTT-ACA-TGCAATTTATGA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTCG-TCCAAAATGATGCTA---ATTTTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTGATATTTAATGAAT-CTAT-AACCTTACCATACTTGGTCATCTT---GTGGAGTATGCTGCTACAAAT--TTATTTCTT-ATTTGATTGTAGACTTGACAAACAATAATAA-TATTCATGAAGGTCC-TTGATGACGTGACCTACAT--CAGAAAAACTAAAATCGTTATTTTCGGGTATGAA--ATACATGTAGTTCAGACTGTTCATGAAATGAT-CTGTAATGACGATTTGGTCGGCAACGCCATAGGCCCAATCC--------------TATATCTGATTACTTCAGAATCACCACGTACAACATGACATATACGT------TGATAGTGTAATCAACGTTTTTGCGTGAT-GAAAATGCAGAAAACTT-GAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------TAAAGACAAATTCTGCATTCCCGTATTATGGCACAAATGAGCAATCCTCACCAATACTGTA
gi|5 : ----CAATGTAAAATATATAGTTCTATTTCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTCAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGT-A-AA-C--------C-T-AGTC-----GAGC--AGTAT-AAGTATA--TAAATA---A---TCATA--TTTT-TAATTAA--CATACAC--AT-----GTATCTATGTAC-----TA---------------G-TATGTGTATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTGG-TCCAAAATGATGGTA---ATTAAATTGACAAC-AAAATTC--GGGCTGTATTTAAAAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-TTTTGATTGTGGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGATGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATTGTTATTTACGAGTATGGA--A------TGGTTCAGATTGTTCATGAAATGTT-CCGTAAAGACAAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAACCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCATCCTGTACAACGTTACATAGATAT------TGATCGTATAATCACCGAGTTTGCGTAAT-GCAAATGAAGAAAACTA-GAGCTTTTCTACAGTG----------------AC--------------T---------TTTTGCATTGC--------GGCTCATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTAtggccatacatatatactagtatttatgtcaatgtatctaa
gi|6 : GTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAGCAAAATCAG---TTT-GCAA---A----ATCTTGTAA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----AAGC--AGTAT-TAGT-TAG-TAAAAA---G---TGATA--TTTA-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTT-CTAT-------------------------------GTGAATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATAATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTTC--AGTTTGTATTTGATAAAT-CTATCAACTTTACCAAACTTGGTTGTCAG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--GCATCTGTT-ATTTGATTGTAGATTAGACAAACAATGATAC-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TT---------ACAAACTAAAATCTTTATGCACGGGTATGGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACG-------------CGCTATAAGACTAATCCTGAAG---------------TGATTACTTCAGAATAACCCTTTAAAATGTAACATATATGT------TAATTGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCATAAAAAATGCAGAAAACTAGGGGATTTTCTAAAATG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC---------GCAAATATGAACACTCATCATCTGTACTGTA
gi|7 : TTATATGTCCCTCCGGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATCTAATAGT------GTACAAA-----A-----------C-AGAACAGAA------ACTTTATTTA------GACTTGAGCATT-------------ATATTCAAACATTTTT--A-TGCATGCAATATGTTGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTTAATCA-ATATGG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTTA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTAT------------A---TGAT---CTTT-TAATCAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTAAAATGTT-ACA-CGTAATTTATTA--GATTGTATCTGCATTTAAAAGCT---TTTG-ACCAAAATGTTGCTA---ATTTTGTTAACAAT-TGTTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACT---TCGTCCG---GTGAAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTTCATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAT-CATTCATGCAGGTCCTTTGATGGCATGA-TT---------ACAAACTAAAATCGTCATTTATGGGTAAGGATTA------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGATCAGCAACGCTATAAGG
gi|8 : tTTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-GCAATCTGATGTCTATATACAATATAAAATATATAGATCTAAATCA-ATATTG--ATGAGAGTTGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----TTTTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTAAG--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTGAATTATT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATTATGCTA---ATTATATTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTATCAa
gi|9 : tATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATTTTGGTGACGATATAATATT------GTACG-A-----AACAGA-----AC-AGATCAGAA------TTTTTATTTA------GACTTGAGCACCGTAGCTCATCGTCAAATACAAACATTTTCT-AATGTATGCAATCTGATGTCTA----CAATATCAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTCAGCAA---A----ATCTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATG--TGTT-TAATTAA--CATATCT--AT-----ATA-CTATGCAGGGCCGTA---------------GCCANNNNNNNNNNTAATAGCGGAACTTACCGACGATTG-GTCTGAGTTTTGACGCTGAGTTTGAGCCCATTTGATG--A---ACTCTGTCAAAAAT-CATATTCTGGGTGTCTATTTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TCAATGTATGTGCATACATATATACTAGTAATTATGTCAATTAATGCGTATCTAAG
Unaligned ( gi|29 ): AATATATGTTCATACATGTGTACTAGTAGTTATGTCAATTTATGCGTATCTGAGT
Unaligned ( gi|31 ): GTATGTGCATGCATATATACTAGTAATTATGTCAATTTATGTGTATCTGAGT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 11111 11111111 2222222 111 1 888888888888888888888888888888888 11111 11 111111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111
lowQualScore : 2 222222 11 44444 11111 4 44444444 3333333 3 22 777 1 1 8888 888 3 55 5555 2 444 5555 999 2 5555 2 1 77777 33 2 66 888 444 33 2 33 33 66666 999999999999999999999999999999999 1 3 3 44 555 3 4 555 1 2 44 3 666 55 4 6 3 3 55555 0 0 44 999999 1 0 3 1 222 0 33 0 1 111111 666 4 1 444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1
lowQualScore : . ...... .. ..... ..... . ........ ....... . .. ... . . .... ... . .. .... . ... .... ... . .... . . ..... .. . .. ... ... .. . .. .. ..... ................................. . . . .. ... . . ... . . .. . ... .. . . . . ..... . . .. ...... . . . . ... . .. . . ...... ... . . .......................................... ........ .
lowQualScore : 2 888888 99 33333 11111 4 66666666 1111111 0 99 777 3 0 5555 999 6 00 3333 9 777 7777 333 7 7777 7 4 11111 77 7 33 333 777 77 7 77 77 77777 999999999999999999999999999999999 8 1 1 22 888 3 5 444 0 9 22 1 444 00 0 7 6 6 55555 5 5 66 666666 4 9 6 3 555 9 55 6 7 555555 111 0 0 444444444444444444444444444444444444444444 22222222 6
consensus : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-CTAT---------TA---------------G-TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
Reference ( family-2466 ) : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-CTAT---------TA---------------G-TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|1 : TTATGTGTCTCTTCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATAATATGATATC------GTGCAAA-----AACCGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTAATTT------GTCTTGAGAGTCGTAGCTCATCGTCATATACGAACATTTTTTAAATGCATGCAATCTGATGTCTA----CAATATAAAACATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCAAATCA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TTATTA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATAT--AT-----GTA-CTATCA-------TA---------------G-TATATGATATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GTTTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TTTTTGTATTTAATAAAT-ATATAAACTTTACCACACTTGGTAGTCCG---GTGTAAATTGTTTGTATATGT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGACTGGGCAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TAGGTGACGTGA-TTA-----CAATCAACCTAATATTGTTATGCACGGGTATGGG--A------TA---------GTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACAAGATGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCGTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCGCCCTGTACAGC-TAACATATATGT------TGATTGTGTAATTACCGTGTTTACGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|10 : ACAAT-GATTTTC--GGTTTGTTTTTGATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCTTCCG---GTGTAATACGTTTGTATATATAGTCAACTCTT-ATTTGATTGTTGATTGGACAAACAATGATAC-AATTCATGTTAGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAGAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTTAGACTGTTCATGAAATGTT-CTTTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATATGGCTAATCCTGAAGTGCCGACTATATATCTGATTAGTTCAGAATAACCATTTACAACGTAACATAGATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCATATTTGAA
gi|11 : TTTATACAAA-TCATATATTT-GTAATTCA----TTTTAATGA-AA-TAATG----T-CACATC-----------------TGGTGTG----ACT--------TGTTC--GTTT-TA--TAA--CAAAGTC--AT-----ATA----T---------TT---------------G-TAGGTGAAATGTT-ATG-CGTGATATATCC--GGTTATTTCTGCATATGCAAGCT---TTTG-TCAAGAATGATGTTAGAAATTGTA--AACAGG-GATTTCC--GGTTTGTATTTAACAAGC-ATGTGACCTGGACAATGTTTGGTCGTTAGTGTATGTAATATGCTGGAATATAT--TCATTT-------------TAAA--GGACAAACAATAATAA-AATt
gi|12 : taccatgtttgaaacaTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTTGTCATCCG---ATGTAATATGATTGTATATAG--TTATCTCTT-ATGTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGTAGGTCC-TTAATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTAAGTGTGGGTATGGA--A------TACTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-C-GTAATGAC-------------ACGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCAGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAATGTAACATATATGT------TGATCGT
gi|13 : gAAAATCAT---ATT-GCAA---ATTTAATCTAA--G-AA-TAATAACATT-T-CGCC-----AAGC--TACAT-TAATATA--TAAACG---A---T--TA--GTTT-TAGTTTA--AATATTA--AT-----GTA--TA----------TA---------------A-TAT
gi|13 : --AATAT-TAATGTA--TA--TA---A---T-ATAAGTTTT-TAGT--A--TATATTTTCATTCTTGGTG-TTAT---------TACCCAGACTTATATATG-TATGGGAAATGTT-ATA-CGTAATTTATCA--GGTTGTTTTTGCATTTGAAGATT---GTT--TCCAAAATGAGGACA---ATTTTGTTAA-AACGGATTaagtttttagtatatattttcattcttggtgttattacccagacttatatatgtatgggaaatgttatacgtaatttatcaggttgtttttgcatttgaagattgtttccaaaatgaggacaattttgttaaaacggattcc
gi|14 : aaaatcatattgcaaatttaatctaagaataataacatttcgccaagctacattaatatataaacgattagttttagtttaTATGTACGGGTATGAA--A------TAcc
gi|14 : ATGAAATATTTCTGTAATGCCGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATTCTGAAGTGCAGACTATAT--CTGATAACTTCAGAATAACCCTTTATAATGTTACATACATGTAGATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-AAAAATGCAGAACACTA-CAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------A---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTAATCAGTATTGTAtttctgtaatgccgagttggtcggcaacgctataaggctaattctgaagtgcagactatatctgataacttcagaataaccctttataatgttacatacatgtagatgttgatcgtgtaatcaccgtgtttgcgtcataaaaatgcagaacactacagtttttctaaagtgacattccgcattgcggcacatatgaacactcctaatcagtattgta
gi|15 : tatgtacgggtCAGA-----AG-AAGACTAAA--------TTTATTTGTAA---GACTTGAGCATCATTACTCATGGTCATATACAACTATTTTC--AATGCATGCAATGTGCTGATTA----TAATGT--TATATATAGTTCTAAATCA-ATATAG--GTGAGAGTGGTTTTAACCAAAATCAT---ACT-TCAG---A----G-CTAGT---AA-TAGTA----T-
gi|16 : caaaaggattTCGTCATATACAAA---------AATG-GT-CAATGTGATATCTA----AATTATA---TACATAATTCTAAATGATCTATTGCAGTGAG------TTTAAACAAAATAAT---ATT-GCAA---T----ATCTAATAATAA-TAATA----T-TGTGTCAATATGAACATAATAA-TAGTATATCTAATTAAC-A---TGATA--TTTTCTAATGAAACTATA-----AT-----GTA-CTAatgtatatatgtatcgt
gi|17 : TGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGCAGGTCC-TTAATGACCTGG-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTATGTGCGGGTATGGA--A------TAGTTCAGAC--TCCATGAAATGTT-C-GTAATGACG-------------CGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTaagcata
gi|18 : gCGTAGATGA------TGATCGT--AATCAACGTGCTTGCATCAC-G-AAATGCAGAAAAATA-GAGTTTACCTAAAGTGACTTAAAAAACCGCATAC--------------T---------TTCCGCATT-----------GCACATATTAACAATCCTCACCAATACTGTA
gi|19 : T---TTTG-TCCAAAAGGAC--------TTTTGTTAATAAG-GATTTTC--GGCTTGTATT-AGGAAATTCTATGAACTATGTCATACTTGGCCATCTA---GTGTAATATGTTTGCTTAT-T--TCATtgggcatacatatataccagtaagtatgtcaatgtatacgtatcagag
gi|2 : TTATATATCTTTTCAGATTTGTCAAATAATGTTGGTTTTGATATAATATT------GTACGAataagttattatatttttcaaattttgggagtggagaaaaacattggataactgttcatgtaa
gi|2 : T---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AA-TAGTA----T-T-CATC-----GAAC--AGTAT-AAGTGTA--TAAATA---A---TGATA--TTTT--AATTAA--CATATCT--AT-----GTA-CTAC---------TACATTTGTATCATA--G-TATGTAAATTGTT-ACA-GGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TATTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTGGTCCG---GTGTAATATGTTTGTTTATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGCAGATAGGACAA----TGATAA-AATTCATGTAGGTCT-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATCGTTATGTACGGGTATCGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCAGCAACGCTATAAAGCTAATCCTAAAGAGCAGACTATATATCTGATTACTTCGGAATCACTCTGTACAACGTAACATATATAT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGTGTCAT-GCAAATACAGAACACTA-GAGATATTTTAAAGTG----------------AC--------------T------------CGTATTGC--------GGCACATATGAACA-----CATCAGTACTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgcaaaatctagtaaaatagtattcatcgaacagtataagtgtataaataatgatattttaattaacatatctatgtactactacatttgtatcatagtatgtaaattgttacaggtaatttatcagattgtatctgcatttgaaagcttttgtccaaaatgatgctaattatgttgacaacgattttctatttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtggtccggtgtaatatgtttgtttatattcatctcttatttgattgcagataggacaatgataaaattcatgtaggtctttgatgacgtgattacaaacaaacttaaatcgttatgtacgggtatcgaatatttcagactgttcatgaaatgttctgtaatgacgagttggtcagcaacgctataaagctaatcctaaagagcagactatatatctgattacttcggaatcactctgtacaacgtaacatatatattgatcgtgtaatcaccgtgtttgtgtcatgcaaatacagaacactagagatattttaaagtgactcgtattgcggcacatatgaacacatcagtactgtat
gi|20 : ttatatatcttttcagatttgtcaaataatgttggttttgatataatattgtacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATATGTCTCT---GGTTTATCGTAGTCTGTTGGTGCTGATTTAATATTCAATTCGTATAAACCCAGAACAGACCCAGACCAGAACAGAACAGAACAGATTGTTTA------GACTTGACTTTCATAGCTTGTCGCCATATACAAAC---------ATGCATGTAATTTGATGGTTA----CAATATt
gi|21 : GTTTTAAACAAAATCAT---ATT-TCAA---A----ACCTAGTGATAA-TAGTA----T-TTCTTC-----AAGC--AATAT-TAGTGTA--AAAATA---ACCATGGTA--TTTT--AATTAA--CATATTT--AT-----GTA-----------------------------------TGTGAAATGCT-ATA-CATAATTAATCA--GATTGTTTTTACATTTG
gi|22 : ATGTT--TGAT--TATAATA--------------G-----AACATA-----AT-AGAACAGAC------ATTTTATTTTTGTTTAGACTTGACCATCGTAGCTCATCGTTATATACAAATATTTT-------CACGCAATGTGATGTTTA----CAATAT--CATGCATAGTTCTAAATCA-ATATTG--ATAAGAGTGGTTtattgaatgtacttattat
gi|23 : atttcCAA---A----AGCTAGTAATAA-TAGTA----T-TTCGTC-----ACGC--AATAT-TAGTATA--TAAATAATCA---TGGTA---TTT-TAATTAA--CATATTT--AT---------------------------------------G-TATGTGAAATGTA-ATA-TATA--TTATCA--
gi|24 : ttTGAAGAAAACTA-GAGTTTTTTTAA-GTG----------------ACAAAAACTTCTACTTT---------TTCCGCATTGC--------AGTACATATGAAAATTCCTCATTAATACTGTAttacagggttatgtatgtcatatcaacgaggactttttatcgaactg
gi|25 : AAT-ATAA-AATTCGT-CACATC--TTCATGCC-TGG-TTAATCATCAGACAAACTAATACTGTTATGTTCGGGTATAAA--A------TAGTTCAGtgggcgtacttatatactagaacttatgtcaatttatgcgtatc
gi|26 : aGTTA---ATATTATTAACAAC-GGTTTTT--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATA
gi|27 : ACAGG-----AC-AGAACAG-A------ATTTTATT--------GACTT
gi|3 : catataacagaacagaaaaactcagaacaggATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTNNNNN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA--CAT---TTT-GCAA---A----ATCT--TGT-AA-TTGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATT---A---TGATA--TTTT-TATTTAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTAAAATATC-ACA-CGTTATTTATCA--GAATGTATCTGCATTTGGAAGTT---TTTG-TCCGAAATGATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GAT--------TTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTTATATGTTTGTATATAT--TCCTCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATTATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TAA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACAGTTAATGAAATGTT-CTGAAATGACGAGCTAGTCGGCAACGCTATAGGGCTAATACTGAAATGCAGAC--TATATTTGATTACTTCAGAATAACCCTTTTCAATGTAACATTTATGT------TGATCGTGTAA--------------------AAAATGCAGAAAACTA-GATATTGTCTTAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGTATTAC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGT
gi|30 : ttaTTATATGTCTCTTCAGGTTTGTCATACAATGTTGGCGATGATATCCTATT------GTAC
gi|32 : AAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATTTGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|4 : TCTAAATAA-ATATTG--GTGAGATTTTTTTTAAACAAAATCTT---ATT-GCAA---A----ATCAAGTGA-AAATAGTA----TCT-CATC-----AAAC--AATATGTA-TATA--TAAAAA---A----GATG--TTTT-TGAATAA-------TG--AT-----GT--------------------------------G-TATGTGAATTGTT-ACA-TGCAATTTATGA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTCG-TCCAAAATGATGCTA---ATTTTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTGATATTTAATGAAT-CTAT-AACCTTACCATACTTGGTCATCTT---GTGGAGTATGCTGCTACAAAT--TTATTTCTT-ATTTGATTGTAGACTTGACAAACAATAATAA-TATTCATGAAGGTCC-TTGATGACGTGACCTACAT--CAGAAAAACTAAAATCGTTATTTTCGGGTATGAA--ATACATGTAGTTCAGACTGTTCATGAAATGAT-CTGTAATGACGATTTGGTCGGCAACGCCATAGGCCCAATCC--------------TATATCTGATTACTTCAGAATCACCACGTACAACATGACATATACGT------TGATAGTGTAATCAACGTTTTTGCGTGAT-GAAAATGCAGAAAACTT-GAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------TAAAGACAAATTCTGCATTCCCGTATTATGGCACAAATGAGCAATCCTCACCAATACTGTA
gi|5 : ----CAATGTAAAATATATAGTTCTATTTCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTCAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGT-A-AA-C--------C-T-AGTC-----GAGC--AGTAT-AAGTATA--TAAATA---A---TCATA--TTTT-TAATTAA--CATACAC--AT-----GTATCTATGTAC-----TA---------------G-TATGTGTATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTGG-TCCAAAATGATGGTA---ATTAAATTGACAAC-AAAATTC--GGGCTGTATTTAAAAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-TTTTGATTGTGGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGATGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATTGTTATTTACGAGTATGGA--A------TGGTTCAGATTGTTCATGAAATGTT-CCGTAAAGACAAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAACCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCATCCTGTACAACGTTACATAGATAT------TGATCGTATAATCACCGAGTTTGCGTAAT-GCAAATGAAGAAAACTA-GAGCTTTTCTACAGTG----------------AC--------------T---------TTTTGCATTGC--------GGCTCATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTAtggccatacatatatactagtatttatgtcaatgtatctaa
gi|6 : GTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAGCAAAATCAG---TTT-GCAA---A----ATCTTGTAA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----AAGC--AGTAT-TAGT-TAG-TAAAAA---G---TGATA--TTTA-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTT-CTAT-------------------------------GTGAATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATAATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTTC--AGTTTGTATTTGATAAAT-CTATCAACTTTACCAAACTTGGTTGTCAG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--GCATCTGTT-ATTTGATTGTAGATTAGACAAACAATGATAC-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TT---------ACAAACTAAAATCTTTATGCACGGGTATGGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACG-------------CGCTATAAGACTAATCCTGAAG---------------TGATTACTTCAGAATAACCCTTTAAAATGTAACATATATGT------TAATTGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCATAAAAAATGCAGAAAACTAGGGGATTTTCTAAAATG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC---------GCAAATATGAACACTCATCATCTGTACTGTA
gi|7 : TTATATGTCCCTCCGGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATCTAATAGT------GTACAAA-----A-----------C-AGAACAGAA------ACTTTATTTA------GACTTGAGCATT-------------ATATTCAAACATTTTT--A-TGCATGCAATATGTTGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTTAATCA-ATATGG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTTA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTAT------------A---TGAT---CTTT-TAATCAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTAAAATGTT-ACA-CGTAATTTATTA--GATTGTATCTGCATTTAAAAGCT---TTTG-ACCAAAATGTTGCTA---ATTTTGTTAACAAT-TGTTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACT---TCGTCCG---GTGAAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTTCATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAT-CATTCATGCAGGTCCTTTGATGGCATGA-TT---------ACAAACTAAAATCGTCATTTATGGGTAAGGATTA------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGATCAGCAACGCTATAAGG
gi|8 : tTTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-GCAATCTGATGTCTATATACAATATAAAATATATAGATCTAAATCA-ATATTG--ATGAGAGTTGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----TTTTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTAAG--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-C-------------------------------TATGTGAATTATT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATTATGCTA---ATTATATTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTATCAa
gi|9 : tATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATTTTGGTGACGATATAATATT------GTACG-A-----AACAGA-----AC-AGATCAGAA------TTTTTATTTA------GACTTGAGCACCGTAGCTCATCGTCAAATACAAACATTTTCT-AATGTATGCAATCTGATGTCTA----CAATATCAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTCAGCAA---A----ATCTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATG--TGTT-TAATTAA--CATATCT--AT-----ATA-CTATGCAGGGCCGTA---------------GCCANNNNNNNNNNTAATAGCGGAACTTACCGACGATTG-GTCTGAGTTTTGACGCTGAGTTTGAGCCCATTTGATG--A---ACTCTGTCAAAAAT-CATATTCTGGGTGTCTATTTAA
blockSeqs : T CAATTC GA CCCAG CCCAG C CAGAACAG TTGTTTA A TA CT A G TATA NNN T CA ATAT A TTC TTTA AAT A ACAT C A AATAT AT G TC ATC CCA AG C AC TC TCTTG TTATTACCCAGACTTATATATG A A G AC GAG A T GAA G G TG T TGT AG C T T C ATCAT TT TACATG G T T AGT TA T AGATGT AAA G A ACTTAAAAAACCGCATACT CGTATTAT C
blockSeqs : C . AA . . . AT GTAA A TA C A G . AAA . . A . . . GAT . . . G . . . G AC . . . . . . CTACTACATTTGTATCATAG A . . . . . A . T . . . . . . T . . CAT . . C . T AGT TA T . GC . T ACAAAAACTTCTACTTT . A
blockSeqs : T . NN . . . AT A G NN N A T . AAA . . A . . . AAT . . . T . . . . . . . . . . . CTATGCAGGGCCGTAGC T . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . G . T AGT TA T . AA . T ACTAAAGACAAA . T
blockSeqs : C . AA . . . NN N N CA T N G . AAA . . A . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . TCTATGTACTAG A . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . T . T AGC TA G . GC . A ACT . C
blockSeqs : C . GA . . . AC A N NN N N N . CAA . . T . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . TATAA A . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . G . T ATT . T . GA . T ACA . C
blockSeqs : C . G . . . NN N G CA . A A . T . . A . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . TTTG A . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . G . C AGT . G . GC . A ACT . A
blockSeqs : . . . . . TT A . C . . C . A . . T . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . CTAT T . . . . . G . T . . . . . . . . . . . . G . T AGT . G . G . T ACT . C
blockSeqs : . . . . . . . . C . C . . A . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . G . T . . T . A . C ACT . C
blockSeqs : . . . T . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A ACT . .
blockSeqs : . . T . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . C . T . . . . . . . . . . . G . . . ACT .
blockSeqs : T . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C N . . . . . C . . .
blockSeqs : T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** CTA****************************** **
originalCons : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTTC--AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTA-CTAT---------TA---------------G-TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
finalCons : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTT---AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TAGTATA--TAAATA---A---TGATA--TTTT-TAATTAA--CATATTT--AT-----GTACTA------------------------------TATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TCAATGTATGTGCATACATATATACTAGTAATTATGTCAATTAATGCGTATCTAAG
Unaligned ( gi|29 ): AATATATGTTCATACATGTGTACTAGTAGTTATGTCAATTTATGCGTATCTGAGT
Unaligned ( gi|31 ): GTATGTGCATGCATATATACTAGTAATTATGTCAATTTATGTGTATCTGAGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111111111111 11111111 2222222 2222 111 1 111111111111 11111111111 555555555555555555555555555555555555 11111 22 111111 333333333333333333333333333333333333333333 11111111
lowQualScore : 2 222222 0 4444444444444444 4 44444444 3333333 3 22 2222 1 8888 666 3 55 5555 2 444 5555 000 2 5555 2 1 77777 33 2 33 66 2 666666666666 2 2 22222222222 33 2 99999999 444444444444444444444444444444444444 1 3 3 44 555 3 4 555 1 2 44 3 666 55 4 6 3 3 55555 0 0 44 999999 1 0 3 1 222 0 22 0 1 111111 666 4 1 444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1
lowQualScore : . ...... . ................ . ........ ....... . .. .... . .... ... . .. .... . ... .... ... . .... . . ..... .. . .. .. . ............ . . ........... .. . ........ .................................... . . . .. ... . . ... . . .. . ... .. . . . . ..... . . .. ...... . . . . ... . .. . . ...... ... . . .......................................... ........ .
lowQualScore : 2 888888 5 3333333333333333 4 66666666 1111111 0 99 6666 0 5555 222 6 00 3333 9 777 7777 222 7 7777 7 4 11111 77 7 77 33 7 333333333333 7 7 77777777777 77 7 77777777 444444444444444444444444444444444444 8 1 1 22 888 3 5 444 0 9 22 1 444 00 0 7 6 6 55555 5 5 66 666666 4 9 6 3 555 9 00 6 7 555555 111 0 0 444444444444444444444444444444444444444444 22222222 6
consensus : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTT---AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTATA--TAA-ATA---A--------TG-ATATTTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATGTACT-A-----------------T--------------ATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
Reference ( family-2466 ) : TTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAA-----AACAGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTATTTN------GACTTGAGCATCGTAGCTCATCGTCATATACAAACATTTT---AATGCATGCAATNTGATGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTATA--TAA-ATA---A--------TG-ATATTTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATGTACT-A-----------------T--------------ATGTGAAATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTNTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAACGTAACATATATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GNAAATGCAGAAAACTA-GAGNTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|1 : TTATGTGTCTCTTCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATAATATGATATC------GTGCAAA-----AACCGA-----AC-AGAACAGAA------ATTTTAATTT------GTCTTGAGAGTCGTAGCTCATCGTCATATACGAACATTTTTTAAATGCATGCAATCTGATGTCTA----CAATATAAAACATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCAAATCA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTATA--TTA-TTA---A--------TG-ATATTTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TATATGTACT-A-----------------TCATAGT--------ATATGATATGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GTTTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TTTTTGTATTTAATAAAT-ATATAAACTTTACCACACTTGGTAGTCCG---GTGTAAATTGTTTGTATATGT--TCATCTCTT-ATTTGATTGTAGACTGGGCAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TAGGTGACGTGA-TTA-----CAATCAACCTAATATTGTTATGCACGGGTATGGG--A------TA---------GTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACAAGATGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATCGTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCGCCCTGTACAGC-TAACATATATGT------TGATTGTGTAATTACCGTGTTTACGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|10 : ACAAT-GATTTTC--GGTTTGTTTTTGATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCTTCCG---GTGTAATACGTTTGTATATATAGTCAACTCTT-ATTTGATTGTTGATTGGACAAACAATGATAC-AATTCATGTTAGTCC-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTAGAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTTAGACTGTTCATGAAATGTT-CTTTAATGACGAGTTGGTCGGCAACGCTATATGGCTAATCCTGAAGTGCCGACTATATATCTGATTAGTTCAGAATAACCATTTACAACGTAACATAGATGT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-GCAAATGCAGAAAACTA-GAGATTTTCTAAAGTG----------------AC--------------T---------TTTCGCATTGC--------GGCATATTTGAA
gi|11 : TTTATACAAA-TCATATATTT-GTAATTCA----TTTTAATGA-AA-TAATG----T-CACATC-----------------TG--GTGTG----A-CT-------------TG-TTCGTTT-TA-------------TAA--C-AAA--------GTCATATATTTG-----------------T--------------AGGTGAAATGTT-ATG-CGTGATATATCC--GGTTATTTCTGCATATGCAAGCT---TTTG-TCAAGAATGATGTTAGAAATTGTA--AACAGG-GATTTCC--GGTTTGTATTTAACAAGC-ATGTGACCTGGACAATGTTTGGTCGTTAGTGTATGTAATATGCTGGAATATAT--TCATTT-------------TAAA--GGACAAACAATAATAA-AATt
gi|12 : taccatgtttgaaacaTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTTGTCATCCG---ATGTAATATGATTGTATATAG--TTATCTCTT-ATGTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGTAGGTCC-TTAATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTAAGTGTGGGTATGGA--A------TACTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-C-GTAATGAC-------------ACGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCAGATTACTTCAGAATAACCCTTTACAATGTAACATATATGT------TGATCGT
gi|13 : gAAAATCAT---ATT-GCAA---ATTTAATCTAA--G-AA-TAATAACATT-T-CGCC-----AAGC--TACAT-TA--ATATA--TAA-ACG---A--------T---TAGTTT-TA-----------GTTTA--A-ATA--------TTAATGTA-T-A-----------------T--------------A
gi|13 : --AATAT-TAATGTATA--TAATATA---AGTTTTTAGTATATATTTT-CATTCTTGGTGTTATTAC--CCAGA--------CTTATATA-T-G-----------------T--------------ATGGGAAATGTT-ATA-CGTAATTTATCA--GGTTGTTTTTGCATTTGAAGATT---GTT--TCCAAAATGAGGACA---ATTTTGTTAA-AACGGATTatataagtttttagtatatattttcattcttggtgttattacccagacttatatatgtatgggaaatgttatacgtaatttatcaggttgtttttgcatttgaagattgtttccaaaatgaggacaattttgttaaaacggattcc
gi|14 : aaaatcatattgcaaatttaatctaagaataataacatttcgccaagctacattaatatataaacgattagttttagtttaTATGTACGGGTATGAA--A------TAcc
gi|14 : ATGAAATATTTCTGTAATGCCGAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAATTCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATAACTTCAGAATAACCCTTTATAATGTTACATACATGTAGATGTTGATCGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCAT-AAAAATGCAGAACACTA-CAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------A---------TTCCGCATTGC--------GGCACATATGAACACTCCTAATCAGTATTGTAtttctgtaatgccgagttggtcggcaacgctataaggctaattctgaagtgcagactatatctgataacttcagaataaccctttataatgttacatacatgtagatgttgatcgtgtaatcaccgtgtttgcgtcataaaaatgcagaacactacagtttttctaaagtgacattccgcattgcggcacatatgaacactcctaatcagtattgta
gi|15 : tatgtacgggtCAGA-----AG-AAGACTAAA--------TTTATTTGTAA---GACTTGAGCATCATTACTCATGGTCATATACAACTATTTTC--AATGCATGCAATGTGCTGATTA----TAATGTTA--TATATAGTTCTAAATCA-ATATAG--GTGAGAGTGGTTTTAACCAAAATCAT---ACT-TCAG---A----G-CTAGT---AA-TAGTA----T-
gi|16 : caaaaggattTCGTCATATACAAA---------AATG-GT-CAATGTGATATCTA----AATTATA---TACATAATTCTAAATGATCTATTGCAGTGAG------TTTAAACAAAATAAT---ATT-GCAA---T----ATCTAATAATAA-TAATA----T-TGTGTCAATATGAACATAATAA-TA--GTATATCTAA-TTAAC-A--------TG-ATATTTTCTA-----------ATGAAACT-ATA-----------ATGTACT-A-----------------atgtatatatgtatcgt
gi|17 : TGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAATGATTCATGCAGGTCC-TTAATGACCTGG-TTA-----CAAACAAACTTATATTGTTATGTGCGGGTATGGA--A------TAGTTCAGAC--TCCATGAAATGTT-C-GTAATGACG-------------CGCTTTAAGGCTAATCCTGAAGTGCAGAC--TATATCTGATTACTTCAGAATAACCCTaagcata
gi|18 : gCGTAGATGA------TGATCGT--AATCAACGTGCTTGCATCAC-G-AAATGCAGAAAAATA-GAGTTTACCTAAAGTGACTTAAAAAACCGCATAC--------------T---------TTCCGCATT-----------GCACATATTAACAATCCTCACCAATACTGTA
gi|19 : T---TTTG-TCCAAAAGGAC--------TTTTGTTAATAAG-GATTTTC--GGCTTGTATT-AGGAAATTCTATGAACTATGTCATACTTGGCCATCTA---GTGTAATATGTTTGCTTAT-T--TCATtgggcatacatatataccagtaagtatgtcaatgtatacgtatcagag
gi|2 : TTATATATCTTTTCAGATTTGTCAAATAATGTTGGTTTTGATATAATATT------GTACGAataagttattatatttttcaaattttgggagtggagaaaaacattggataactgttcatgtaa
gi|2 : T---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AA-TAGTA----T-T-CATC-----GAAC--AGTAT-AA--GTGTA--TAA-ATA---A--------TG-ATATTTT--A-----------ATTAA--C-ATA--------TCTATGTACT-ACTACATTTGTATCATAGT--------------ATGTAAATTGTT-ACA-GGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATGATGCTA---ATTATGTTGACAAC-GATTTTC--TATTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTGGTCCG---GTGTAATATGTTTGTTTATAT--TCATCTCTT-ATTTGATTGCAGATAGG----ACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCT-TTGATGACGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATCGTTATGTACGGGTATCGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGGTCAGCAACGCTATAAAGCTAATCCTAAAGAGCAGACTATATATCTGATTACTTCGGAATCACTCTGTACAACGTAACATATATAT------TGATCGTGTAATCACCGTGTTTGTGTCAT-GCAAATACAGAACACTA-GAGATATTTTAAAGTG----------------AC--------------T------------CGTATTGC--------GGCACATATGAACA-----CATCAGTACTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgcaaaatctagtaaaatagtattcatcgaacagtataagtgtataaataatgatattttaattaacatatctatgtactactacatttgtatcatagtatgtaaattgttacaggtaatttatcagattgtatctgcatttgaaagcttttgtccaaaatgatgctaattatgttgacaacgattttctatttgtatttaataaatctataaactttaccatacttggtggtccggtgtaatatgtttgtttatattcatctcttatttgattgcagataggacaatgataaaattcatgtaggtctttgatgacgtgattacaaacaaacttaaatcgttatgtacgggtatcgaatatttcagactgttcatgaaatgttctgtaatgacgagttggtcagcaacgctataaagctaatcctaaagagcagactatatatctgattacttcggaatcactctgtacaacgtaacatatatattgatcgtgtaatcaccgtgtttgtgtcatgcaaatacagaacactagagatattttaaagtgactcgtattgcggcacatatgaacacatcagtactgtat
gi|20 : ttatatatcttttcagatttgtcaaataatgttggttttgatataatattgtacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATATGTCTCT---GGTTTATCGTAGTCTGTTGGTGCTGATTTAATATTCAATTCGTATAAACCCAGAACAGACCCAGACCAGAACAGAACAGAACAGATTGTTTA------GACTTGACTTTCATAGCTTGTCGCCATATACAAAC---------ATGCATGTAATTTGATGGTTA----CAATATt
gi|21 : GTTTTAAACAAAATCAT---ATT-TCAA---A----ACCTAGTGATAA-TAGTA----T-TTCTTC-----AAGC--AATAT-TA--GTGTA--AAA-ATA---ACCA-----TG-GTATTTT--A-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATGTA-------------------------------------TGTGAAATGCT-ATA-CATAATTAATCA--GATTGTTTTTACATTTG
gi|22 : ATGTT--TGAT--TATAATA--------------G-----AACATA-----AT-AGAACAGAC------ATTTTATTTTTGTTTAGACTTGACCATCGTAGCTCATCGTTATATACAAATATTTT-------CACGCAATGTGATGTTTA----CAATAT--CATGCATAGTTCTAAATCA-ATATTG--ATAAGAGTGGTTtattgaatgtacttattat
gi|23 : atttcCAA---A----AGCTAGTAATAA-TAGTA----T-TTCGTC-----ACGC--AATAT-TA--GTATA--TAA-ATAATCA--------TG-GTA-TTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATG-----------------------T--------------ATGTGAAATGTA-ATA-TATA--TTATCA--
gi|24 : ttTGAAGAAAACTA-GAGTTTTTTTAA-GTG----------------ACAAAAACTTCTACTTT---------TTCCGCATTGC--------AGTACATATGAAAATTCCTCATTAATACTGTAttacagggttatgtatgtcatatcaacgaggactttttatcgaactg
gi|25 : AAT-ATAA-AATTCGT-CACATC--TTCATGCC-TGG-TTAATCATCAGACAAACTAATACTGTTATGTTCGGGTATAAA--A------TAGTTCAGtgggcgtacttatatactagaacttatgtcaatttatgcgtatc
gi|26 : aGTTA---ATATTATTAACAAC-GGTTTTT--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATA
gi|27 : ACAGG-----AC-AGAACAG-A------ATTTTATT--------GACTT
gi|3 : catataacagaacagaaaaactcagaacaggATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTNNNNN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA-CAT---TTT-GCAA---A----ATCTTGT---AA-TTGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTATA--TAA-ATT---A--------TG-ATATTTT-TA-----------TTTAA--C-ATA--------TTTATGTACT-A-----------------T----------------GTAAAATATC-ACA-CGTTATTTATCA--GAATGTATCTGCATTTGGAAGTT---TTTG-TCCGAAATGATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTT--------GTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTTATATGTTTGTATATAT--TCCTCTCTT-ATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATTATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TAA-----CAAACAAACTAAAATCGTTATGTACGGGTATGGA--A------TAGTTCAGACAGTTAATGAAATGTT-CTGAAATGACGAGCTAGTCGGCAACGCTATAGGGCTAATACTGAAATGCAGAC--TATATTTGATTACTTCAGAATAACCCTTTTCAATGTAACATTTATGT------TGATCGTGTAA--------------------AAAATGCAGAAAACTA-GATATTGTCTTAAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGTATTAC--------GGCACATATGAACACTCCTCATCAGTACTGT
gi|30 : ttaTTATATGTCTCTTCAGGTTTGTCATACAATGTTGGCGATGATATCCTATT------GTAC
gi|32 : AAGTG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC--------GGCACATTTGAACACTCCTCATCAGTACTGTA
gi|4 : TCTAAATAA-ATATTG--GTGAGATTTTTTTTAAACAAAATCTT---ATT-GCAA---A----ATCAAGTGA-AAATAGTA----TCT-CATC-----AAAC--AATATGTA---TATA--TAA-AAA---A---------G-ATGTTTT-TG-----------AATAA----------------TGATGTG---------------------T--------------ATGTGAATTGTT-ACA-TGCAATTTATGA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTCG-TCCAAAATGATGCTA---ATTTTGTTAACAAC-GATTTTC--GGTTGATATTTAATGAAT-CTAT-AACCTTACCATACTTGGTCATCTT---GTGGAGTATGCTGCTACAAAT--TTATTTCTT-ATTTGATTGTAGACTTGACAAACAATAATAA-TATTCATGAAGGTCC-TTGATGACGTGACCTACAT--CAGAAAAACTAAAATCGTTATTTTCGGGTATGAA--ATACATGTAGTTCAGACTGTTCATGAAATGAT-CTGTAATGACGATTTGGTCGGCAACGCCATAGGCCCAATC------------C--TATATCTGATTACTTCAGAATCACCACGTACAACATGACATATACGT------TGATAGTGTAATCAACGTTTTTGCGTGAT-GAAAATGCAGAAAACTT-GAGTTTTTCTAAAGTG----------------AC--------------TAAAGACAAATTCTGCATTCCCGTATTATGGCACAAATGAGCAATCCTCACCAATACTGTA
gi|5 : ----CAATGTAAAATATATAGTTCTATTTCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTCAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTAA-AC-C--TA---------GTC-----GAGC--AGTAT-AA--GTATA--TAA-ATA---A--------TC-ATATTTT-TA-----------ATTAA--C-ATACACATGTATCTATGTACT-AG----------------T--------------ATGTGTATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTGG-TCCAAAATGATGGTA---ATTAAATTGACAAC-AAAATTC--GGGCTGTATTTAAAAAAT-CTATAAACTTTACCATACTTGGTCGTCCG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTT-TTTTGATTGTGGATTGGACAAACAATGATAA-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGATGTGA-TTA-----CAAACAAACTTAAATTGTTATTTACGAGTATGGA--A------TGGTTCAGATTGTTCATGAAATGTT-CCGTAAAGACAAGTTGGTCGGCAACGCTATAAGGCTAACCCTGAAGTGCAGACTATATATCTGATTACTTCAGAATCATCCTGTACAACGTTACATAGATAT------TGATCGTATAATCACCGAGTTTGCGTAAT-GCAAATGAAGAAAACTA-GAGCTTTTCTACAGTG----------------AC--------------T---------TTTTGCATTGC--------GGCTCATATGAACACTCCTCATCAGTACTGTAtggccatacatatatactagtatttatgtcaatgtatctaa
gi|6 : GTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAGCAAAATCAG---TTT-GCAA---A----ATCTTGTAA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----AAGC--AGTAT-TA--GT-TAG-TAA-AAA---G--------TG-ATATTTA-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATGT--T-C-----------------T--------------ATGTGAATTGTT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGCT---TTTG-TCCAAAATAATGTTT---ATTATGTTAACAAC-GATTTTC--AGTTTGTATTTGATAAAT-CTATCAACTTTACCAAACTTGGTTGTCAG---GTGTAATATGTTTGTATATAT--GCATCTGTT-ATTTGATTGTAGATTAGACAAACAATGATAC-AATTCATGTAGGTCC-TTGATGACGTGA-TT---------ACAAACTAAAATCTTTATGCACGGGTATGGA--A------TATTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACG-------------CGCTATAAGACTAATCCTGAAG---------------TGATTACTTCAGAATAACCCTTTAAAATGTAACATATATGT------TAATTGTGTAATCACCGTGTTTGCGTCATAAAAAATGCAGAAAACTAGGGGATTTTCTAAAATG----------------AC--------------T---------TTCCGCATTGC---------GCAAATATGAACACTCATCATCTGTACTGTA
gi|7 : TTATATGTCCCTCCGGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATCTAATAGT------GTACAAA-----A-----------C-AGAACAGAA------ACTTTATTTA------GACTTGAGCATT-------------ATATTCAAACATTTT---TATGCATGCAATATGTTGTCTA----CAATATAAAATATATAGTTCTTAATCA-ATATGG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----ATCTAGTTA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTAT-------------A--------TG-AT-CTTT-TA-----------ATCAA--C-ATA--------TTTATGTAC--------------------T--------------ATGTAAAATGTT-ACA-CGTAATTTATTA--GATTGTATCTGCATTTAAAAGCT---TTTG-ACCAAAATGTTGCTA---ATTTTGTTAACAAT-TGTTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTACCATACT---TCGTCCG---GTGAAATATGTTTGTATATAT--TCATCTCTTCATTTGATTGTAGATTGGACAAACAATGATAT-CATTCATGCAGGTCCTTTGATGGCATGA-TT---------ACAAACTAAAATCGTCATTTATGGGTAAGGATTA------TAGTTCAGACTGTTCATGAAATGTT-CTGTAATGACGAGTTGATCAGCAACGCTATAAGG
gi|8 : tTTATATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATGTTGGTGATGATATAATATT------GTACGAN-----NNNNNN-----NN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNGCAATCTGATGTCTATATACAATATAAAATATATAGATCTAAATCA-ATATTG--ATGAGAGTTGTTTTAAACAAAATCAT---TTT-GCAA---A----TTTTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-TGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTAAG--TAA-ATA---A--------TG-ATATTTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TTTATGTAC--------------------T--------------ATGTGAATTATT-ACA-CGTAATTTATCA--GATTGTATCTGCATTTGAAAGTT---TTTG-TCCAAAATTATGCTA---ATTATATTAACAAC-GATTTTC--GGTTTGTATTTAATAAAT-CTATAAACTTTATCAa
gi|9 : tATGTCTCTCCAGGTTTGTCATATAATTTTGGTGACGATATAATATT------GTACGAA-----A-CAGA-----AC-AGATCAGAA------TTTTTATTTA------GACTTGAGCACCGTAGCTCATCGTCAAATACAAACATTTTCT-AATGTATGCAATCTGATGTCTA----CAATATCAAATATATAGTTCTAAATCA-ATATTG--GTGAGAGTGGTTTTAAACAAAATCAT---TTCAGCAA---A----ATCTTGTGA-AA-TAGTA----T-T-CGTC-----GAGC--AGTAT-TA--GTATA--TAA-ATA---A--------TG-ATGTGTT-TA-----------ATTAA--C-ATA--------TCTATATACT-A-----------------TGCAGGGCCGTAGCCANNNNNNNNNNTAATAGCGGAACTTACCGACGATTG-GTCTGAGTTTTGACGCTGAGTTTGAGCCCATTTGATG--A---ACTCTGTCAAAAAT-CATATTCTGGGTGTCTATTTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TCAATGTATGTGCATACATATATACTAGTAATTATGTCAATTAATGCGTATCTAAG
Unaligned ( gi|29 ): AATATATGTTCATACATGTGTACTAGTAGTTATGTCAATTTATGCGTATCTGAGT
Unaligned ( gi|31 ): GTATGTGCATGCATATATACTAGTAATTATGTCAATTTATGTGTATCTGAGT