lowQualScore : 22222222222222222 1111111111 11111 1 222222222222 11 111111 1111 11111111111
lowQualScore : 44 3 99999999999999999 2 555 888888 777777 7777777777 4 00000 2 1 77 0 55 222222222222 4 00 1 44 0 3 000000 777 777 2 7777 2 2 6666 88888 77777777777
lowQualScore : .. . ................. . ... ...... ...... .......... . ..... . . .. . .. ............ . .. . .. . . ...... ... ... . .... . . .... ..... ...........
lowQualScore : 22 1 00000000000000000 9 000 222222 777777 1111111111 0 00000 6 0 33 9 22 888888888888 3 66 9 66 1 0 555555 000 000 0 9999 9 9 5555 33333 55555555555
consensus : GGCTCCTGTTTCACCAAC--A-T--------AT-------ACTT-AAATAC---T------TAAAAACTTAA--A---TCTA------AG--AAA-AGCA-----GCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTA-AAACT------------GCATATGG--TGTCAT-TGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG--TT-AAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGGA
Reference ( gi|2 ) : GGCTCCTGTTTCACCAAC--A-T--------AT-------ACTT-AAATAC---T------TAAAAACTTAA--A---TCTA------GG--AAA-AGCA-----GCCATGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTA-AAACT------------GCATATTG--TGTCAT-TGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG--TT-AAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|3 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--A-T--------AT-------ACTT-AAATAC---T------TAAAAACTTAA--A---TCTA------AA--AAA-AGCA-----GCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTT-AAACT------------GCATATTG--TGTCAA-TGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG--TT-AAGT-TT----TTAAGT-----AATTAAGTAA-A------ATGTTGGTGAAACAGA
gi|7 : aGGCTTCTGTTTCACTACC--A-T--------AT-------ACTT-ATATAC---T------TAAAAACTTAA--A---TCTA------AG--AAA-AGCA-----GCCAGATGATCATGATTTTA-----------------AACT------------GCATATGG--TTTCAT-TGATATTGATTAT------ATAA---AAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAC--TT-AAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAAGTATA------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|5 : atctGGCTCCTGTTTCACCAAC--A-T--------AT-------ACAT-AAATAC---T------TAAAAACTGAA--A---TCTA------AG--AAA-GGTA-----GCCAGGTGGTCATGATTTCA-ATGTGGTCCCAGTA-AATCT------------GTATACGG--TTTCAT-TGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCACAGCTTAG----------TT----TTAAGT-----ATTTAGGTAA-A------ATAATGGTGAAACAGAAg
gi|1 : GGCTTTTGTTTCACAAAC--A-T------------------TTT-AAATAC---T------TGAAg
gi|10 : taaagaGGATCCTGTCTCACCAAT--G-T--------AA-------AATA-AGTTAC---TAGCATCTAAAAGCTTAG--A---TCTA------AG--AAA-AGCA-----GCCtggtcatcatgattttagactggttccagtaaaactgcacatggtttcattgttatttattataccggaattatagaaagacaactagtcaagacttagtaaagtatttaagtaaaatgttggtgtaacaatatttactgaagttggaaaaacgaaaatgttaaaaatatcagataggaatatagaggtgacaaatcaacagacttctcaactaccacaggacaaagtgggtaaaggatattaaggaagacagtccaaaatgtgattgtattgaaactataaaacatttcataaaaaattgtgattgattgattgt
gi|15 : accGGCTCCTGTTTCACCAACCGA-T--------AT-------GCTG-AACTAC---T------tgggttggtagttcaaagt
gi|12 : ccgGGCTCCTGTTTCACCAAT--A-T--------CTTAGCTTAGTTT-AGATTC---T---------AAACTTAA--A---
gi|4 : tacttagttaagtttgatGCTCCTGTTTCACCAAC--A-TTTACTTAAAT-------ACTT-AAATAC---T------TTAAATCTTTA--A---TCTA------AA--AAA-AGCA-----GCCAGGTGATCAAGAGTTTA-GACTGGTTCCAGTA-AAACT------------GCACATGGC-TG-CAT-TGCTTTTTATCAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAATGTAA--TT-AAG---------TAAAT------------------------TGTTGTTGAAACAAAA
gi|4 : atGCTTTTGTTTCAACAAC--AAT--------TT-------ACTT-AATTACATTT------TGACTGGTTATTTA---TCTATTATATGATAAAA-AGCAATGCAGCCATGTG--CA--GTTTTA---CTGGAACCAGTCTAAACT-------------C---TTG---ATCACCTGGC--TGCTTTT------TT-----TAG---AT---TAA-------AGATTTA------AAGT-AT----TTAAGT-----ATTTAAGT-A-A------ATGTTGGTGAAACAGGAgc
gi|7 : atgcCTTCTGTTTCACCAAC--A-TT-------AT-------ACTTTAAATAC---T------TAAAAACTTAA--G---T
gi|5 : atctggcttctgtttcactaccatatacttatatacttaaaaacttaaatctaagaaaagcagccagatgatcatgattttaaactgcatatggtttcattgatattgattatataaaagatagataaccagtcaaaacttCTTCTGTTTCACCATT--A-T--------TTT------ACCT-AAATAC---T------TAAAA
gi|3 : ggctcctgtttcaccaacatatacataaatacttaaaaactgaaatctaagaaaggtagccaggtggtcatgatttcaatgtggtcccagtaaatctgtatacggtttcattgatattgattatataatagatagataaccagtcacagcttagCTGTTTCACCAAC--A-T--------TTT------ACTT-AATTAC---T------TAAAAACTTAA-------CTA------AG--
gi|6 : aggctcctgtttcaccaacatatacttaaatacttaaaaacttaaatctaaaaaaagcagccaggtgatcatgattttagactggttccagttaaactgcatattgtgtcaatgatattgattatataatagataaataaccagtcaaaa--A-T--------GT-------ACTT-AAATAC---T------TAAATACTTAA--A---ACAA------AG--AAA-AGCA-----TCCAGATAATTATGATTTTA-GACTGGTTCCAGAA-GAACT------------GCATTTGG--TATCAT-TGACGTTAATTAA------AAAA---TAT---TCCTGTATCCAGTCAAAATATAG--TTTAGGT-TT----TAAAGC-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTa
gi|1 : tcaacaatatatctaattT-AAAGAT---T------CAAGTATTTAA--AATGTTTG------TG--AAACAAAA-----GCCTGGTCATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTA-AAACT------------GCACATGG--TTTCAT-TGTTATTTATTATACCGGAATTA---TAG---AAAGACAACTAGTCAAGACTTAG---T-A------------AAGT-----ATTTAAGTAA-A------ATGTTGGTGTAACA
gi|9 : ---TTTA------AG--AAA-AGCA-----TCCAGGTGATAACGACTTTA-GACTGGCTCCTGTA-AAATTGTCTGTAGTCTGGTATACTGAATGTCA---GATATT--TTAT------ATatatttactgaagttggaaaaacgaaaatgttaaaaatatcagataggaatatagaggtgacaaatcaacagacttctcaactaccacaggacaaagtgggtaaaggatattaaggaagacagtccaaaatgtgattgtattgaaactataaaacatttcataaaaaattgtgattgattgattgt
gi|16 : AA-AGCA-----TCTAAATAATTATGATTTTATGACTGGGTCC
gi|8 : CT------------GCATTTTG--TGTTAT-TGACATTAATTA---------AA-----------AGATAACCAGTCCAATATTAT--TT-AAGT-TT----TT
gi|11 : taaatctcgattgtgttttaataatatattcaaaatacttaaaatcttaaatcagagaaatctgg-TGATATTGATTGT------ATAATACTAGTATATGAATAATCAGTAAAAAC--A----T-AAGTATT----TTAA-------AATTAAATTA-A------A--TTGGTGAAACAG
gi|13 : -TGATNNNNNNNNN------NTAA---TAA---ATAAATAACCAGTCAAAACCTAA--GT-AAGT-g
gi|12 : ACTTAG--TT-AAGT-TTGATTTTAAGTTTAGAATCTAAACTA-AGCTAAGATATTGGTGAAACAGGAaagtgaaacagaa
gi|7 : tCTTAGATTT-AAGT-TT----TTAAGT-----ATATAAG-TA-T------ATGGTAGTGAAACAGAAgcc
gi|5 : atctggcCTTAGATTT-CAGT-TT----TTAAGT-----ATTTATG-TA-T------ATGTTGGTGAAACAGGAaaaagcagccagatgatcatgattttaaactgcatatggtttcattgatattgattatataaaagatagataaccagtcaaaacttacttaagtttttaagtatttaaagtataatgttggtgaaacagaag
gi|3 : ggcTTAGATTT-AAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAG-TA-T------ATGTTGGTGAAACAGGAaaaggtagccaggtggtcatgatttcaatgtggtcccagtaaatctgtatacggtttcattgatattgattatataatagatagataaccagtcacagcttagttttaagtatttaggtaaaataatggtgaaacagaag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCTAAAGATATATTGACCTTAATCACAGAATGTTCACCACAATACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 222222222 111111 11111 111111
lowQualScore : 66 88888888 222222 777 4 4 9999 4 222222222 0 3 000000 777 777 0 1 999 3 9999 22222 0 5 444444
lowQualScore : .. ........ ...... ... . . .... . ......... . . ...... ... ... . . ... . .... ..... . . ......
lowQualScore : 99 11111111 888888 888 0 4 4444 4 222222222 1 0 555555 000 000 5 4 999 6 4444 55555 8 0 444444
consensus : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
Reference ( family-2452 ) : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGGA
gi|1 : TAAAGATT------CAAGTATTTAAAATGTTTGTGAAACAAAAGCCTGGTCATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGG---------TTTCATTGTTATTTATTATACCGGAATTA---TAG---AAAGACAACTAGTCAAGACTTAG--TA------------AAGT-----ATTTAAGTAA-A------ATGTTGGTGTAACA
gi|10 : GGATCCTGTCTCACCAAT--GT--------AAAATAAGTTACTAGCATCTAAAAGCTTAGA---TCTAAGAAA-AGCAGCCTGGatatttactgaagttggaaaaacgaaaatgttaaaaatatcagataggaatatagaggtgacaaatcaacagacttctcaactaccacaggacaaagtgggtaaaggatattaaggaagacagtccaaaatgtgattgtattgaaactataaaacatttcataaaaaattgtgattgattgattgt
gi|11 : accTGATATTGATTGT------ATAATACTAGTATATGAATAATCAGTAAAAAC--A---TAAGTATT----TTAA-------AATTAAATTA-A------A--TTGGTGAAACAGGgttggtagttcaaagt
gi|12 : ACTTAG-TTAAGT-TTGATTTTAAGTTTAGAATCTAAACTA-AGCTAAGATATTGGTGAAACAGGA
gi|13 : tTGATNNNNNNNNN------NTAA---TAA---ATAAATAACCAGTCAAAACCTAA-GTAAGT-gcc
gi|15 : GGCTCCTGTTTCACCAACCGAT--------ATGCTGAACTACT------aagtgaaacagaa
gi|16 : ccgAA-AGCATCTAAATAATTATGATTTTATGACTGGGTCC
gi|2 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAGGAAA-AGCAGCCATGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|3 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTTAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCAATGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----AATTAAGTAA-A------ATGTTGGTGAAACAG
gi|4 : aGCTCCTGTTTCACCAAC--ATTTACTTAAATACTTAAATACT------TTAAATCTTTAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCAAGAGTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGGC--------TG-CATTGCTTTTTATCAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAATGTAA-TTAAGT-a
gi|5 : atGGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACATAAATACT------TAAAAACTGAAA---TCTAAGAAA-GGTAGCCAGGTGGTCATGATTTCA-ATGTGGTCCCAGTAAAT----CTGTA-TACGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCACAGCTTAG--------TT----TTAAGT-----ATTTAGGTAA-A------ATAATGGTGAAACAGAAaaattgttgttgaaacaaaagc
gi|6 : --AT--------GTACTTAAATACT------TAAATACTTAAA---ACAAAGAAA-AGCATCCAGATAATTATGATTTTA-GACTGGTTCCAGAAGAA----CTGCA-TTTGG---------TATCATTGACGTTAATTAA------AAAA---TAT---TCCTGTATCCAGTCAAAATATAGTTTAGGT-TT----TAAAGC-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTg
gi|7 : tcaacaatatatctaattGGCTTCTGTTTCACTACC--AT--------ATACTTATATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGATGATCATGATTTTA----------------AA----CTGCA-TATGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---AAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAC-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAAGTATA------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|8 : atct----CTGCA-TTTTG---------TGTTATTGACATTAATTA---------AA-----------AGATAACCAGTCCAATATTAT-TTAAGT-TT----TTg
gi|9 : taaatctcgattgtgttttaataatatattcaaaatacttaaaatcttaaatcagagaaatctgg---TTTAAGAAA-AGCATCCAGGTGATAACGACTTTA-GACTGGCTCCTGTAAAATTGTCTGTAGTCTGGTATACTGAATGTCA--GATATT--TTAT------AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCTAAAGATATATTGACCTTAATCACAGAATGTTCACCACAATACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 222222222 111111 11111 111111
lowQualScore : 66 88888888 222222 777 4 4 9999 4 222222222 0 3 000000 777 777 0 1 999 3 8888 11111 2 4 222222
lowQualScore : .. ........ ...... ... . . .... . ......... . . ...... ... ... . . ... . .... ..... . . ......
lowQualScore : 99 11111111 888888 888 0 4 4444 4 222222222 1 0 555555 000 000 5 4 999 6 5555 11111 3 4 888888
consensus : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
Reference ( family-2452 ) : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|1 : TAAAGATT------CAAGTATTTAAAATGTTTGTGAAACAAAAGCCTGGTCATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGG---------TTTCATTGTTATTTATTATACCGGAATTA---TAG---AAAGACAACTAGTCAAGACTTAG--TA------------AAGT-----ATTTAAGTAA-A------ATGTTGGTGTAACA
gi|10 : GGATCCTGTCTCACCAAT--GT--------AAAATAAGTTACTAGCATCTAAAAGCTTAGA---TCTAAGAAA-AGCAGCCTGGatatttactgaagttggaaaaacgaaaatgttaaaaatatcagataggaatatagaggtgacaaatcaacagacttctcaactaccacaggacaaagtgggtaaaggatattaaggaagacagtccaaaatgtgattgtattgaaactataaaacatttcataaaaaattgtgattgattgattgt
gi|11 : accTGATATTGATTGT------ATAATACTAGTATATGAATAATCAGTAAAAAC--A---TAAGTATT----TTAA-------AATTAAATTA-A------A--TTGGTGAAACAGgttggtagttcaaagt
gi|12 : ACTTAG-TTAAGT-TTGATTTTAAGTTTAGAATCTAAACTA-AGCTAAGATATTGGTGAAACAGGAg
gi|13 : tTGATNNNNNNNNN------NTAA---TAA---ATAAATAACCAGTCAAAACCTAA-GTAAGT-gcc
gi|15 : GGCTCCTGTTTCACCAACCGAT--------ATGCTGAACTACT------aagtgaaacagaa
gi|16 : ccgAA-AGCATCTAAATAATTATGATTTTATGACTGGGTCC
gi|2 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAGGAAA-AGCAGCCATGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|3 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTTAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCAATGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----AATTAAGTAA-A------ATGTTGGTGAAACAGA
gi|4 : aGCTCCTGTTTCACCAAC--ATTTACTTAAATACTTAAATACT------TTAAATCTTTAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCAAGAGTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGGC--------TG-CATTGCTTTTTATCAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAATGTAA-TTAAG---------TAAAT------------------------TGTTGTTGAAACAAAA
gi|5 : atGGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACATAAATACT------TAAAAACTGAAA---TCTAAGAAA-GGTAGCCAGGTGGTCATGATTTCA-ATGTGGTCCCAGTAAAT----CTGTA-TACGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCACAGCTTAG--------TT----TTAAGT-----ATTTAGGTAA-A------ATAATGGTGAAACAGAAgc
gi|6 : --AT--------GTACTTAAATACT------TAAATACTTAAA---ACAAAGAAA-AGCATCCAGATAATTATGATTTTA-GACTGGTTCCAGAAGAA----CTGCA-TTTGG---------TATCATTGACGTTAATTAA------AAAA---TAT---TCCTGTATCCAGTCAAAATATAGTTTAGGT-TT----TAAAGC-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTg
gi|7 : tcaacaatatatctaattGGCTTCTGTTTCACTACC--AT--------ATACTTATATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGATGATCATGATTTTA----------------AA----CTGCA-TATGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---AAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAC-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAAGTATA------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|8 : atct----CTGCA-TTTTG---------TGTTATTGACATTAATTA---------AA-----------AGATAACCAGTCCAATATTAT-TTAAGT-TT----TTg
gi|9 : taaatctcgattgtgttttaataatatattcaaaatacttaaaatcttaaatcagagaaatctgg---TTTAAGAAA-AGCATCCAGGTGATAACGACTTTA-GACTGGCTCCTGTAAAATTGTCTGTAGTCTGGTATACTGAATGTCA--GATATT--TTAT------AT
blockSeqs : CG TTACTTAA AGCATC . . T TTGT G TATACTGAA G . TAC TAT T GTT A GATT TTAGA T T GCTAAG
blockSeqs : . . . . . . . . C N . . . C GT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T AG . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T GT . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . G GT . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T AT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . A CT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . T TT . . . . . .
blockSeqs : . A . . . T G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : *** ****** GT*
originalCons : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
finalCons : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAGT-TAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCTAAAGATATATTGACCTTAATCACAGAATGTTCACCACAATACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 222222222 111111 11111 111111
lowQualScore : 66 88888888 222222 777 4 4 9999 4 222222222 0 3 000000 777 777 0 1 999 3 8888 11111 2 4 222222
lowQualScore : .. ........ ...... ... . . .... . ......... . . ...... ... ... . . ... . .... ..... . . ......
lowQualScore : 99 11111111 888888 888 0 4 4444 4 222222222 1 0 555555 000 000 5 4 999 6 5555 11111 3 4 888888
consensus : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
Reference ( family-2452 ) : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATGG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|1 : TAAAGATT------CAAGTATTTAAAATGTTTGTGAAACAAAAGCCTGGTCATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGG---------TTTCATTGTTATTTATTATACCGGAATTA---TAG---AAAGACAACTAGTCAAGACTTAG--TA------------AAGT-----ATTTAAGTAA-A------ATGTTGGTGTAACA
gi|10 : GGATCCTGTCTCACCAAT--GT--------AAAATAAGTTACTAGCATCTAAAAGCTTAGA---TCTAAGAAA-AGCAGCCTGGatatttactgaagttggaaaaacgaaaatgttaaaaatatcagataggaatatagaggtgacaaatcaacagacttctcaactaccacaggacaaagtgggtaaaggatattaaggaagacagtccaaaatgtgattgtattgaaactataaaacatttcataaaaaattgtgattgattgattgt
gi|11 : accTGATATTGATTGT------ATAATACTAGTATATGAATAATCAGTAAAAAC--A---TAAGTATT----TTAA-------AATTAAATTA-A------A--TTGGTGAAACAGgttggtagttcaaagt
gi|12 : ACTTAG-TTAAGT-TTGATTTTAAGTTTAGAATCTAAACTA-AGCTAAGATATTGGTGAAACAGGAg
gi|13 : tTGATNNNNNNNNN------NTAA---TAA---ATAAATAACCAGTCAAAACCTAA-GTAAGT-gcc
gi|15 : GGCTCCTGTTTCACCAACCGAT--------ATGCTGAACTACT------aagtgaaacagaa
gi|16 : ccgAA-AGCATCTAAATAATTATGATTTTATGACTGGGTCC
gi|2 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAGGAAA-AGCAGCCATGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|3 : GGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACTTAAATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCATGATTTTA-GACTGGTTCCAGTTAAA----CTGCA-TATTG---------TGTCAATGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAACTTAG-TTAAGT-TT----TTAAGT-----AATTAAGTAA-A------ATGTTGGTGAAACAGA
gi|4 : aGCTCCTGTTTCACCAAC--ATTTACTTAAATACTTAAATACT------TTAAATCTTTAA---TCTAAAAAA-AGCAGCCAGGTGATCAAGAGTTTA-GACTGGTTCCAGTAAAA----CTGCA-CATGGC--------TG-CATTGCTTTTTATCAT------ATAA---TAG---ATAAATAACCAGTCAAAATGTAA-TTAAG---------TAAAT------------------------TGTTGTTGAAACAAAA
gi|5 : atGGCTCCTGTTTCACCAAC--AT--------ATACATAAATACT------TAAAAACTGAAA---TCTAAGAAA-GGTAGCCAGGTGGTCATGATTTCA-ATGTGGTCCCAGTAAAT----CTGTA-TACGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---TAG---ATAGATAACCAGTCACAGCTTAG--------TT----TTAAGT-----ATTTAGGTAA-A------ATAATGGTGAAACAGAAgc
gi|6 : --AT--------GTACTTAAATACT------TAAATACTTAAA---ACAAAGAAA-AGCATCCAGATAATTATGATTTTA-GACTGGTTCCAGAAGAA----CTGCA-TTTGG---------TATCATTGACGTTAATTAA------AAAA---TAT---TCCTGTATCCAGTCAAAATATAGTTTAGGT-TT----TAAAGC-----ATTTAAGTTA-A------ATGTTGGTg
gi|7 : tcaacaatatatctaattGGCTTCTGTTTCACTACC--AT--------ATACTTATATACT------TAAAAACTTAAA---TCTAAGAAA-AGCAGCCAGATGATCATGATTTTA----------------AA----CTGCA-TATGG---------TTTCATTGATATTGATTAT------ATAA---AAG---ATAGATAACCAGTCAAAACTTAC-TTAAGT-TT----TTAAGT-----ATTTAAAGTATA------ATGTTGGTGAAACAGAA
gi|8 : atct----CTGCA-TTTTG---------TGTTATTGACATTAATTA---------AA-----------AGATAACCAGTCCAATATTAT-TTAAGT-TT----TTg
gi|9 : taaatctcgattgtgttttaataatatattcaaaatacttaaaatcttaaatcagagaaatctgg---TTTAAGAAA-AGCATCCAGGTGATAACGACTTTA-GACTGGCTCCTGTAAAATTGTCTGTAGTCTGGTATACTGAATGTCA--GATATT--TTAT------AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCTAAAGATATATTGACCTTAATCACAGAATGTTCACCACAATACAA