lowQualScore : 1111 111 1 1 222222222222 111111 1 1 111111 111111 11111111 1 111111111 11
lowQualScore : 0 1 1111 3 444 88 3 44 555 999999 4 3 2 0 666 0 1 1 222222222222 4 4 222222 5 6 9 6 0 1 6 6666 3 2 5 333333 000000 7777 55 3 3 11111111 555 1 6 000000000 9 2 0 2 1 99 5 0 44 4 6
lowQualScore : . . .... . ... .. . .. ... ...... . . . . ... . . . ............ . . ...... . . . . . . . .... . . . ...... ...... .... .. . . ........ ... . . ......... . . . . . .. . . .. . .
lowQualScore : 4 8 7777 3 444 11 2 00 888 666666 6 6 8 6 444 2 1 4 888888888888 3 4 888888 0 0 6 0 2 0 7 5555 1 9 0 666666 555555 8888 00 6 3 22222222 444 4 7 000000000 6 0 1 5 3 99 3 8 22 7 0
consensus : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATGGATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGGATT
Reference ( gi|1 ) : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAA-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGATGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT------------TTCCT-ATCGGCGGTAA------AAACTTAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGAGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAATATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTAAAA---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTTATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATAAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AGTGATCTGGAGGATT
gi|3 : TAAAGCAAAACATTGGAAACAGATAACGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTGTTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-GTTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATAAACTAGTGTACACCAATTCCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGA-CCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTTAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTCACTGCCCTTCGATCTTCAGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATC----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAACACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAG---G--TT------GTTGT-TT--TTTTGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGTT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGATATTATAC-TTTTTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGG
gi|2 : tTAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTT-TCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------AATTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACAGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCACGACTTGTAAGGAC---TTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTGAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATTGGCGGTAA------AAAAACAAAAGTCAATGCCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTATAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TTTGTTTGGTGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTAATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATAAAAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAAGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTTTATTT--AATGATCTAGAGGATT
gi|7 : tTAAAG-AAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTTTTATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTAATCATTTTTTTTACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTACTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAAAGTTTTTACCAAAACTCTCCGCATAACAGTGAAACCTATATTATTATGATTTGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CCTAA----CTAATGTACACCAATAACTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCATGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTCAATGTCCGTCGATCTTTGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGTGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTAT--ACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAGTAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAA---GT-TT------GT--T-------------GTAAGAAAAGCTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TACGACTGAATGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAAGTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGGATT
gi|14 : TAAGGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTTAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTATGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGCTGAAACGACGTTGTGATGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGT
gi|9 : tAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGCATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAACGT-AAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACTCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAATTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACCAGTGAACACCAATTTCTGTTGAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCC----G----------GCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATTTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTTTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGATACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAAGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAAAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTTTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGCT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAACTATCTATATTT--AATGATCTAGAGG
gi|8 : AAAGCAAAACATCTGAAACAAATATTGTGATAT--TTGTTTTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCATAGGAT-AAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTTTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTTTCCACATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATG-----------------TGGTGTGTTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAAAAACATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATGATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATGAAATCATGTTATAACAGTTTCAAAAGCATATCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTCA------AAAATCAAAAGTCAATG-------ATCTTCGGGTTGACACAGCGTGTTAACAGGAAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTGGGGCTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAAGATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAG---G--TTTGTTTGGT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTCATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ATTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTGATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGGATT
gi|6 : AAAGCAAAACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTTTTAATATAAAAAG-AGCTTT------AATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATAAAAACA---TACGTTCATAGTTATTTTATATATATTTCTTC------CTTTTTTAATTTAAAAACAATTTTACAAAATCTCTTCGCATAAA-GTGAAACCTATATTCTTATGATATATGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTTAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCCTATCCATGACTTGTGAGGACAACTTTTAAG-TTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTTAATAATGAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAAATG--------CATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCA
gi|5 : AAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTGT---ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATAAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATTTCTCCGCGTAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTAACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTACGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTATTCTACACCAATTTTTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGAACCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATAATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTAGATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACATCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTATGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTG-AA-TTATGCAGAATACATAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAA---GTTTT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCAT--------AGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGGATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctttattagggtttgtgttaaaattgctatataaacattaacatatattactttaattgaatttatgcaggatacagaatagtttattttgtgtgtttaaggttgttgtttttggcgagtaagaaaagatgattatttaagaataaattgattgttattgtaaacctgtatgactgattgttgagtatactttcggtgacattattgatgatgatactagttgattatattattcatactaattgtgtatttaattaatgaacttcatggattcggagattatactttcttattttattaattatctatatttaatgatctagagaatt
gi|4 : tcAAGCAAAACATCTTAAACAAATATTGTGAT----TT-TTTTT--AAATAAAAAG-AGCTTT------GATAAGGATGTAGGCGATTCATTTTTC-GCGTAAGATAAAAGCA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTTTTTTTAATTT-TCAATTTAAAAACATTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAATGAAACTTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAAC-ACGGCATGGCGTTTTTAAATTGTTTTATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATACTTATGACTTGTGAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACGAGTGTACACCAATTCCTGTTTAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAGAT--------TCATCAAATAACAGTTTCAAAAGCATGCCACGTTAAACTGTTTCGACATACTTCCTTATCGACGGTAATCGATTAA--TCAAAAGTCAATGTCCTTCGACCTTCGGGCACACGCTGTGTGCGATCAGGCAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTTCTTAATTAGGGGTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATAAACATA----TGTAAATTGAATAGACATTTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTT
gi|17 : AAACAATACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTT----ATATAAAAAAGAGCTTC------AGTAAGGTTGTTGGTGATTAATTTTTC-GCGTAGGATAACAACATGTTACGGTCATAGTTATTTTATTAATATTT-TTC------TTTTTTTAATTTAAAAAAGTTTTTAC--AATCTCTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatactttcggtgaacttattgatgataatactaatttaattaattaattaattaatcattcttattgtgtatttaactaattaacatcattaattcggagattatactt
gi|21 : AAGCAAAACATCTGAAACAGATATTGTGATATTTTT-TTTTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATtaaatctttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaa
gi|10 : CAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAG-AGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAACTGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTTGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAG-ATGTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCCGTAA------AAAATCAAAAGCCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGATACAGCGTGCGATCAGGCAATGG----------GATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGTACTGCTTGATTAGGGCTTATGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAA---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAA---TAGTAATACTAGTTGAT---T--------AT---AT-------------------TAATTATACTAATT-----------TTGTAT--------------------TTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGGATT
gi|11 : GGTTCTATGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTAT-TTTCTTT------ATTTCTTTATTTAAAATCGTTTTTACCAAATCTCTTCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGAAATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTCCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT------------TCCCT-ATCGGCGGTAA------AAAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTTCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACCGCTTTATTAGGGCATGTGTTAACATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTAAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAGGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAATTTGATTATTTAACAATAGATTGATTATTA-TTGTAAACCTA-TATGAATGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGACACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTGAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGA
gi|13 : GGGAATGGGATAATTAACGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATAACTATGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAA---G--TT------------TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-CTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATCTCAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATATATTAGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGG
gi|6 : aatCTGCTTTATTAGGGTTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAACATA----TATTACTTTAATTGAAT-TTATGCAGGATACAGAATAGTTTATT-TTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGATGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGTTGAGT--------AT---ACTTTCGGT-GACATTATTGATGATGATACTAGTT---------GATTATATTATTCATACTAATTGTG----TATTTAATT-AATGAACTTCATGGATTCGGAGATTATAC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT--AATGATCTAGAGAATTg
gi|17 : aaagcaaaacatcttaaacagatattgtgatttttttttaatataaaaagagctttaataaggttgtaggtgatcaatttttcgcgtaggataaaaacatacgttcatagttattttatatatatttcttccttttttaatttaaaaacaattttacaaaatctcttcgcataaagtgaaacctatattcttatgatatatggttgaaacgacggtgtggtgttttttaactgtttattcagtttacgctgtgatgtcctatccatgacttgtgaggacaacttttaagttccaaaacagaaacataaaatactagtgtacaccaatttctgtttaataatgaattaagaaatcagacccccgttgtttttcaaatgcatgaaataacagtttcaaaagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATT-GTGTGTGTTTAA
gi|12 : aaacaatacatcttaaacagatattgtgattttttatataaaaaagagcttcagtaaggttgttggtgattaatttttcgcgtaggataacaacatgttacggtcatagttattttattaatatttttctttttttaatttaaaaaagtttttacaatctctctaaatcTTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATT-GTGTGTGTTTAA
gi|18 : TAGTTTAAAATTGTGT-TTACCC---C--TT------GT--A-AT--TTTGGCAAGCAGGAAAAGAGGATTATT-AAAAATAAATTGGTGATTAGTTG-----CTC-TATGACTGATATATGGCT---------------TTTCGGTGAAC-TTATT--TAGT--TTCTAGTT---------GCTTATA--------ACTTATC-------------ACT-AACTTACTTTATGGATTCGGTGCTTATAA-TTACTTATTTTATT-ATCATTTTTAATT--tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccagctgattatattcatcatactaattgtgtatttaactaatttactttatggtttcggagagtttcttttattattttattaattatcaatatttaatgatctaaaggattgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|15 : gTGCAAGTTTG-TATGAATGATTGATGATTGACGACTAATGAAACTTTTGGTGAAC-TTATTGATTATGGAACTAGTT---------GATTATAGTAA----ACTTATAAATCATGTATTTAACT-TATTTACTTTATGGATT------TTGTAAATTTCTTATTTCATT-GTCATTT---TTA--AATGATAAAGATGATTgaaatagatgatttttcttaacttctaacttcattga
gi|4 : ag--------AT---ACTTTCGGTGAAC-TTATTGATGATAATACTAATTTAATTAATTAATTA-ATTAATCATTCTTATTGTG----TATTTAACT-AATTAACATCATTAATTCGGAGATTATAC-TTgtgttactaactaacttaattgcagatcatttataatatgaagaatgtattaaccatatgcagccgtatattttataaaccaatctctaaatgcaagtatctgtttatcctaatccgcccatcatgtctaatacactatgggcagtaagctac
gi|16 : aagcaaaacatcttaaacaaatattgtgattttttttaaataaaaagagctttgataaggatgtaggcgattcatttttcgcgtaagataaaagcatacggtcatagttattttatttatatttcttttttttaattttcaatttaaaaacatttttaccaaatctctccgcataaaaatgaaacttatattcttatgatatgtggttgaaacacggcatggcgtttttaaattgttttattcagtttacgctgtgatgtcatacttatgacttgtgaggacaacttttaggtttccaaaacagaaacataaaatacgagtgtacaccaattcctgtttaataataaattaagaaatcagacccccgttgtttttcagattcatcaaataacagtttcaaaagcatgccacgttaaactgtttcgacatacttccttatcgacggtaatcgattaatcaaaagtcaatgtccttcgaccttcgggcacacgctgtgtgcgatcaggcaatggaataattagcgataattacattgctggagggcgtacttcgcacttcttaattaggggttgtgttaaaattgctatataaacataaacatatgtaaattgaatagacatttatgcagaatacagaatagtttattttgtgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTCTGTGAAC-TTGTCGATTACGGTACTAGTT---------GATTATA-----CGTATTTATTATGCAATTA---AAT--AATTTACTTCATGGATTAGGTGCTTATAA-TGTCTTATTGTATTA
gi|20 : ATAATGAAAATAGTT---------GATTATATTAATCTTAC-CA--GT-TATTCGTT--ATTGAATTTACTTTATGGATTCGATGCTTATACTTTTTTTATTGTATTAATTAACATTGTTTAAAGTGATtaacttttaaatgataaaagtgattgtttaaccatctaactgaattgaagatcaatcacactatgaaaaaattgtttgcagtcgtatatatcataaactaatgttttaatgcaagcatttgcttatcctaattcaccgaccaggtctgcgtcactgtagccgctatgta
gi|12 : acttgtggcgaacgtatACCAGCT---------GATTATATTCATCATACTAATTGTGTATTTA----ACT-AATTTACTTTATGGTTTCGGAGAGTTTCT-TTTATTATTTTATTAATTATCAATATTT--AATGATCTAAAGGATTagagataattgttaactattaaatttaattgaagattaatt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTTTTTCTTTCTCACTTTTTAATGATAAAGGTTACTATCTGAAGAATCTCTCGACCTTATGCAGCCATATGATATAAGCCAATCATGTATTATTAGTGTTGATTTTTATCCTAATCCACCCATCTGGTCTGAAGCACTAAAGGAACTGTTGGGGCTAGTATGACTATATATACTTAGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 2222222222222 1111111 11111111 1
lowQualScore : 1 0000 3 000 2 3 555 888888 3 555 0 0 2222222222222 55 55 0 6666 2 5555555 999999 44 6 44 0 3 3 00000000 555 0 5 999999999 0 2 2 2 2 2 2 1 2 66
lowQualScore : . .... . ... . . ... ...... . ... . . ............. .. .. . .... . ....... ...... .. . .. . . . ........ ... . . ......... . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 0 8888 1 888 3 1 444 888888 3 888 2 4 0000000000000 55 55 3 1111 9 1111111 666666 66 7 66 1 3 1 44444444 000 7 7 444444444 5 4 4 9 4 5 5 0 7 33
consensus : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
Reference ( family-240 ) : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATGGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|1 : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAAAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGATGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TTCCTATCGGCGGTAA--AA--ACTTAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGAGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAATATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTAAAA---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTTATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATAAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AG--TGATCTGGAGGATT
gi|10 : CAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAACTGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTTGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAG-ATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCCGTAA--AA--AATCAAAAGCCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGATACAGCGTGCGATCAGGCAATGG----------GATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGTACTGCTTGATTAGGGCTTATGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAA---TAGTAATACTAGTTGAT---T--------AT---AT-------------------TAATTATACTAATT-----------TTGTAT--------------------TTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|11 : GGTTCTATGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTAT-TTTCTTT------ATTTCTTTATTTAAAATCGTTTTTACCAAATCTCTTCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGAAATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTCCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTTCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACCGCTTTATTAGGGCATGTGTTAACATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTAAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAGGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAATTTGATTATTTAACAATAGATTGATTATTA-TTGTAAACCTA-TATGAATGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGACACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTGAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGA
gi|12 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAA
gi|12 : ACCAGCT---------GATTATATTCATCATACTAATTGTGTATTTA----ACT-AATTTACTTTATGGTTTCGGAGAGTTT-CT-TTTATTATTTTATTAATTATCAATATTT-AA--TGATCTAAAGGATTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccagctgattatattcatcatactaattgtgtatttaactaatttactttatggtttcggagagtttcttttattattttattaattatcaatatttaatgatctaaaggattgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|13 : tttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAATGGGATAATTAACGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATAACTATGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------------TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-CTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATCTCAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATATATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|14 : aatTAAGGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTTAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTATGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGCTGAAACGACGTTGTGATGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTg
gi|15 : tTGCAAGTTTG-TATGAATGATTGATGATTGACGACTAATGAAACTTTTGGTGAAC-TTATTGATTATGGAACTAGTT---------GATTATAGTAAACTTATAAATCATG----TATTTAACT-TATTTACTTTATGGATT------TTGTAAA-TTTCTTATTTCATT-GTCATTT---TTA-AA--TGATAAAGATGATT
gi|16 : agCTTTCTGTGAAC-TTGTCGATTACGGTACTAGTT---------GATTATA-----CGTATTTATTATGCAATTA---AAT--AATTTACTTCATGGATTAGGTGCTTAT-AA-TGTCTTATTGTATTA--TAACT---TTTAAA--TGATgtgttactaactaacttaattgcagatcatttataatatgaagaatgtattaaccatatgcagccgtatattttataaaccaatctctaaatgcaagtatctgtttatcctaatccgcccatcatgtctaatacactatgggcagtaagctac
gi|17 : AAACAATACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTAT--ATA-AAAAAGAGCTTC------AGTAAGGTTGTTGGTGATTAATTTTTC-GCGTAGGATAACAACATGTTACGGTCATAGTTATTTTATTAATATTT-TTC------TTTTTTTAATTTAAAAAAGTTTTTAC--AATCTCTCaaaagtgattgtttaaccatctaactgaattgaagatcaatcacactatgaaaaaattgtttgcagtcgtatatatcataaactaatgttttaatgcaagcatttgcttatcctaattcaccgaccaggtctgcgtcactgtagccgctatgta
gi|17 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAAtaaatctttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaa
gi|18 : aaacaatacatcttaaacagatattgtgattttttatataaaaaagagcttcagtaaggttgttggtgattaatttttcgcgtaggataacaacatgttacggtcatagttattttattaatatttttctttttttaatttaaaaaagtttttacaatctctctaaatcTGTGTTTACC---CC-TT------GT--A-AT--TTTGGCAAGCAGGAAAAGAGGATTA-TTAAAAATAAATTGGTGATTAGTTG-----CTC-TATGACTGATATATGGCT---------------TTTCGGTGAAC-TTATT--TAGT--TTCTAGTT---------GCTTATA-------------------ACTTATC--ACT-AACTTACTTTATGGATTCGGTGCTTAT-AA-TTACTTATTTT----ATTATC-ATTTTT-AAT-TGAAATAGATGATT
gi|2 : gtagtttaaaatTAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTT-TCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------AATTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACAGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCACGACTTGTAAGGAC---TTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTGAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATTGGCGGTAA--AA--AAACAAAAGTCAATGCCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTATAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TTTGTTTGGTGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTAATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATAAAAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAAGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTTTATTT-AA--TGATCTAGAGGATTtttcttaacttctaacttcattga
gi|20 : tATAATGAAAATAGTT---------GATTATATTAATCTTACCAGT----TATTCGTT--ATTGAATTTACTTTATGGATTCGATGCTTAT-ACTTTTTTTATTGTATTAATTAACATTGTTT-AAAGTGA--TAGAG
gi|21 : acttgtggcgaacgtatAAGCAAAACATCTGAAACAGATATTGTGATATTTTT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATataattgttaactattaaatttaattgaagattaatt
gi|3 : TAAAGCAAAACATTGGAAACAGATAACGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTGTTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-GTTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATAAACTAGTGTACACCAATTCCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGA-CCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTTAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCACTGCCCTTCGATCTTCAGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATC----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAACACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GTTGT-TT--TTTTGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGTT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGATATTAT-AC-TTTTTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
gi|4 : tAAGCAAAACATCTTAAACAAATATTGTGAT----TT-TTTTT--AAATAAAAAGAGCTTT------GATAAGGATGTAGGCGATTCATTTTTC-GCGTAAGATAAAAGCA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTTTTTTTAATTT-TCAATTTAAAAACATTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAATGAAACTTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAAC-ACGGCATGGCGTTTTTAAATTGTTTTATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATACTTATGACTTGTGAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACGAGTGTACACCAATTCCTGTTTAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAGAT--------TCATCAAATAACAGTTTCAAAAGCATGCCACGTTAAACTGTTTCGACATACTTCCTTATCGACGGTAATCGATTAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGACCTTCGGGCACACGCTGTGTGCGATCAGGCAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTTCTTAATTAGGGGTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATAAACATA----TGTAAATTGAATAGACATTTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTT
gi|4 : --------AT---ACTTTCGGTGAAC-TTATTGATGATAATACTAATTTAATTAATTAATTA-ATTAATCATTCTTATTGTGTATTTA----ACT-AATTAACATCATTAATTCGGAGATTAT-AC-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatactttcggtgaacttattgatgataatactaatttaattaattaattaattaatcattcttattgtgtatttaactaattaacatcattaattcggagattatactt
gi|5 : aagcaaaacatcttaaacaaatattgtgattttttttaaataaaaagagctttgataaggatgtaggcgattcatttttcgcgtaagataaaagcatacggtcatagttattttatttatatttcttttttttaattttcaatttaaaaacatttttaccaaatctctccgcataaaaatgaaacttatattcttatgatatgtggttgaaacacggcatggcgtttttaaattgttttattcagtttacgctgtgatgtcatacttatgacttgtgaggacaacttttaggtttccaaaacagaaacataaaatacgagtgtacaccaattcctgtttaataataaattaagaaatcagacccccgttgtttttcagattcatcaaataacagtttcaaaagcatgccacgttaaactgtttcgacatacttccttatcgacggtaatcgattaatcaaaagtcaatgtccttcgaccttcgggcacacgctgtgtgcgatcaggcaatggaataattagcgataattacattgctggagggcgtacttcgcacttcttaattaggggttgtgttaaaattgctatataaacataaacatatgtaaattgaatagacatttatgcagaatacagaatagtttattttgtgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTGT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATAAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATTTCTCCGCGTAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTAACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTACGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTATTCTACACCAATTTTTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGAACCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATAATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTAGATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACATCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTATGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTG-AA-TTATGCAGAATACATAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GTTTT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCAT--------AGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|6 : tcAAAGCAAAACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTTTTAATATAAAAAGAGCTTT------AATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATAAAAACA---TACGTTCATAGTTATTTTATATATATTTCTTC------CTTTTTTAATTTAAAAACAATTTTACAAAATCTCTTCGCATAAA-GTGAAACCTATATTCTTATGATATATGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTTAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCCTATCCATGACTTGTGAGGACAACTTTTAAG-TTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTTAATAATGAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAAATG--------CATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCA
gi|6 : CTGCTTTATTAGGGTTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAACATA----TATTACTTTAATTGAAT-TTATGCAGGATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGATGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGTTGAGT--------AT---ACTTTCGGT-GACATTATTGATGATGATACTAGTT---------GATTATATTATTCATACTAATTGTG----TATTTAATT-AATGAACTTCATGGATTCGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctttattagggtttgtgttaaaattgctatataaacattaacatatattactttaattgaatttatgcaggatacagaatagtttattttgtgtgtttaaggttgttgtttttggcgagtaagaaaagatgattatttaagaataaattgattgttattgtaaacctgtatgactgattgttgagtatactttcggtgacattattgatgatgatactagttgattatattattcatactaattgtgtatttaattaatgaacttcatggattcggagattatactttcttattttattaattatctatatttaatgatctagagaatt
gi|7 : aaagcaaaacatcttaaacagatattgtgatttttttttaatataaaaagagctttaataaggttgtaggtgatcaatttttcgcgtaggataaaaacatacgttcatagttattttatatatatttcttccttttttaatttaaaaacaattttacaaaatctcttcgcataaagtgaaacctatattcttatgatatatggttgaaacgacggtgtggtgttttttaactgtttattcagtttacgctgtgatgtcctatccatgacttgtgaggacaacttttaagttccaaaacagaaacataaaatactagtgtacaccaatttctgtttaataatgaattaagaaatcagacccccgttgtttttcaaatgcatgaaataacagtttcaaaagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAAG-AAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTTTTATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTAATCATTTTTTTTACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTACTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAAAGTTTTTACCAAAACTCTCCGCATAACAGTGAAACCTATATTATTATGATTTGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CCTAA----CTAATGTACACCAATAACTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCATGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCGTCGATCTTTGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGTGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTAT--ACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAGTAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GT-TT------GT--T-------------GTAAGAAAAGCTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TACGACTGAATGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAAGTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|8 : AAAGCAAAACATCTGAAACAAATATTGTGATAT--TTGTTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCATAGGAT-AAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTTTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTTTCCACATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATG-----------------TGGTGTGTTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAAAAACATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATGATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATGAAATCATGTTATAACAGTTTCAAAAGCATATCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTCA--AA--AATCAAAAGTCAATG-------ATCTTCGGGTTGACACAGCGTGTTAACAGGAAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTGGGGCTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAAGATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TTTGTTTGGT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTCATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ATTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTGATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|9 : AAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGCATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAACGT-AAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACTCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAATTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACCAGTGAACACCAATTTCTGTTGAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCC----G----------GCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATTTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTTTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGATACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAAGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAAAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTTTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGCT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAACTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTTTTTCTTTCTCACTTTTTAATGATAAAGGTTACTATCTGAAGAATCTCTCGACCTTATGCAGCCATATGATATAAGCCAATCATGTATTATTAGTGTTGATTTTTATCCTAATCCACCCATCTGGTCTGAAGCACTAAAGGAACTGTTGGGGCTAGTATGACTATATATACTTAGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 2222222222222 1111111 11111111 1
lowQualScore : 1 0000 3 000 2 3 555 888888 3 555 0 0 2222222222222 55 55 0 6666 2 5555555 999999 44 6 44 0 3 3 00000000 555 0 5 999999999 0 2 2 0 2 2 2 1 2 66
lowQualScore : . .... . ... . . ... ...... . ... . . ............. .. .. . .... . ....... ...... .. . .. . . . ........ ... . . ......... . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 0 8888 1 888 3 1 444 888888 3 888 2 4 0000000000000 55 55 3 1111 9 1111111 666666 66 7 66 1 3 1 44444444 000 7 7 444444444 5 4 4 7 4 5 5 0 7 33
consensus : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
Reference ( family-240 ) : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|1 : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAAAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGATGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TTCCTATCGGCGGTAA--AA--ACTTAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGAGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAATATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTAAAA---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTTATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATAAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AG--TGATCTGGAGGATT
gi|10 : CAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAACTGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTTGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAG-ATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCCGTAA--AA--AATCAAAAGCCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGATACAGCGTGCGATCAGGCAATGG----------GATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGTACTGCTTGATTAGGGCTTATGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAA---TAGTAATACTAGTTGAT---T--------AT---AT-------------------TAATTATACTAATT-----------TTGTAT--------------------TTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|11 : GGTTCTATGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTAT-TTTCTTT------ATTTCTTTATTTAAAATCGTTTTTACCAAATCTCTTCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGAAATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTCCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTTCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACCGCTTTATTAGGGCATGTGTTAACATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTAAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAGGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAATTTGATTATTTAACAATAGATTGATTATTA-TTGTAAACCTA-TATGAATGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGACACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTGAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGA
gi|12 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAA
gi|12 : ACCAGCT---------GATTATATTCATCATACTAATTGTGTATTTA----ACT-AATTTACTTTATGGTTTCGGAGAGTTT-CT-TTTATTATTTTATTAATTATCAATATTT-AA--TGATCTAAAGGATTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccagctgattatattcatcatactaattgtgtatttaactaatttactttatggtttcggagagtttcttttattattttattaattatcaatatttaatgatctaaaggattgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|13 : tttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAATGGGATAATTAACGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATAACTATGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------------TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-CTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATCTCAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATATATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|14 : aatTAAGGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTTAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTATGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGCTGAAACGACGTTGTGATGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTg
gi|15 : tTGCAAGTTTG-TATGAATGATTGATGATTGACGACTAATGAAACTTTTGGTGAAC-TTATTGATTATGGAACTAGTT---------GATTATAGTAAACTTATAAATCATG----TATTTAACT-TATTTACTTTATGGATT------TTGTAAA-TTTCTTATTTCATT-GTCATTT---TTA-AA--TGATAAAGATGATT
gi|16 : agCTTTCTGTGAAC-TTGTCGATTACGGTACTAGTT---------GATTATA-----CGTATTTATTATGCAATTA---AAT--AATTTACTTCATGGATTAGGTGCTTAT-AA-TGTCTTATTGTATTA--TAACT---TTTAAA--TGATgtgttactaactaacttaattgcagatcatttataatatgaagaatgtattaaccatatgcagccgtatattttataaaccaatctctaaatgcaagtatctgtttatcctaatccgcccatcatgtctaatacactatgggcagtaagctac
gi|17 : AAACAATACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTAT--ATA-AAAAAGAGCTTC------AGTAAGGTTGTTGGTGATTAATTTTTC-GCGTAGGATAACAACATGTTACGGTCATAGTTATTTTATTAATATTT-TTC------TTTTTTTAATTTAAAAAAGTTTTTAC--AATCTCTCaaaagtgattgtttaaccatctaactgaattgaagatcaatcacactatgaaaaaattgtttgcagtcgtatatatcataaactaatgttttaatgcaagcatttgcttatcctaattcaccgaccaggtctgcgtcactgtagccgctatgta
gi|17 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAAtaaatctttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaa
gi|18 : aaacaatacatcttaaacagatattgtgattttttatataaaaaagagcttcagtaaggttgttggtgattaatttttcgcgtaggataacaacatgttacggtcatagttattttattaatatttttctttttttaatttaaaaaagtttttacaatctctctaaatcTGTGTTTACC---CC-TT------GT--A-AT--TTTGGCAAGCAGGAAAAGAGGATTA-TTAAAAATAAATTGGTGATTAGTTG-----CTC-TATGACTGATATATGGCT---------------TTTCGGTGAAC-TTATT--TAGT--TTCTAGTT---------GCTTATA-------------------ACTTATC--ACT-AACTTACTTTATGGATTCGGTGCTTAT-AA-TTACTTATTTT----ATTATC-ATTTTT-AAT-TGAAATAGATGATT
gi|2 : gtagtttaaaatTAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTT-TCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------AATTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACAGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCACGACTTGTAAGGAC---TTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTGAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATTGGCGGTAA--AA--AAACAAAAGTCAATGCCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTATAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TTTGTTTGGTGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTAATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATAAAAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAAGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTTTATTT-AA--TGATCTAGAGGATTtttcttaacttctaacttcattga
gi|20 : tATAATGAAAATAGTT---------GATTATATTAATCTTACCAGT----TATTCGTT--ATTGAATTTACTTTATGGATTCGATGCTTAT-ACTTTTTTTATTGTATTAATTAACATTGTTT-AAAGTGA--TAGAG
gi|21 : acttgtggcgaacgtatAAGCAAAACATCTGAAACAGATATTGTGATATTTTT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATataattgttaactattaaatttaattgaagattaatt
gi|3 : TAAAGCAAAACATTGGAAACAGATAACGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTGTTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-GTTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATAAACTAGTGTACACCAATTCCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGA-CCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTTAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCACTGCCCTTCGATCTTCAGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATC----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAACACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GTTGT-TT--TTTTGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGTT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGATATTAT-AC-TTTTTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
gi|4 : tAAGCAAAACATCTTAAACAAATATTGTGAT----TT-TTTTT--AAATAAAAAGAGCTTT------GATAAGGATGTAGGCGATTCATTTTTC-GCGTAAGATAAAAGCA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTTTTTTTAATTT-TCAATTTAAAAACATTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAATGAAACTTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAAC-ACGGCATGGCGTTTTTAAATTGTTTTATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATACTTATGACTTGTGAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACGAGTGTACACCAATTCCTGTTTAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAGAT--------TCATCAAATAACAGTTTCAAAAGCATGCCACGTTAAACTGTTTCGACATACTTCCTTATCGACGGTAATCGATTAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGACCTTCGGGCACACGCTGTGTGCGATCAGGCAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTTCTTAATTAGGGGTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATAAACATA----TGTAAATTGAATAGACATTTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTT
gi|4 : --------AT---ACTTTCGGTGAAC-TTATTGATGATAATACTAATTTAATTAATTAATTA-ATTAATCATTCTTATTGTGTATTTA----ACT-AATTAACATCATTAATTCGGAGATTAT-AC-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatactttcggtgaacttattgatgataatactaatttaattaattaattaattaatcattcttattgtgtatttaactaattaacatcattaattcggagattatactt
gi|5 : aagcaaaacatcttaaacaaatattgtgattttttttaaataaaaagagctttgataaggatgtaggcgattcatttttcgcgtaagataaaagcatacggtcatagttattttatttatatttcttttttttaattttcaatttaaaaacatttttaccaaatctctccgcataaaaatgaaacttatattcttatgatatgtggttgaaacacggcatggcgtttttaaattgttttattcagtttacgctgtgatgtcatacttatgacttgtgaggacaacttttaggtttccaaaacagaaacataaaatacgagtgtacaccaattcctgtttaataataaattaagaaatcagacccccgttgtttttcagattcatcaaataacagtttcaaaagcatgccacgttaaactgtttcgacatacttccttatcgacggtaatcgattaatcaaaagtcaatgtccttcgaccttcgggcacacgctgtgtgcgatcaggcaatggaataattagcgataattacattgctggagggcgtacttcgcacttcttaattaggggttgtgttaaaattgctatataaacataaacatatgtaaattgaatagacatttatgcagaatacagaatagtttattttgtgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTGT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATAAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATTTCTCCGCGTAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTAACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTACGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTATTCTACACCAATTTTTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGAACCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATAATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTAGATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACATCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTATGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTG-AA-TTATGCAGAATACATAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GTTTT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCAT--------AGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|6 : tcAAAGCAAAACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTTTTAATATAAAAAGAGCTTT------AATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATAAAAACA---TACGTTCATAGTTATTTTATATATATTTCTTC------CTTTTTTAATTTAAAAACAATTTTACAAAATCTCTTCGCATAAA-GTGAAACCTATATTCTTATGATATATGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTTAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCCTATCCATGACTTGTGAGGACAACTTTTAAG-TTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTTAATAATGAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAAATG--------CATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCA
gi|6 : CTGCTTTATTAGGGTTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAACATA----TATTACTTTAATTGAAT-TTATGCAGGATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGATGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGTTGAGT--------AT---ACTTTCGGT-GACATTATTGATGATGATACTAGTT---------GATTATATTATTCATACTAATTGTG----TATTTAATT-AATGAACTTCATGGATTCGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctttattagggtttgtgttaaaattgctatataaacattaacatatattactttaattgaatttatgcaggatacagaatagtttattttgtgtgtttaaggttgttgtttttggcgagtaagaaaagatgattatttaagaataaattgattgttattgtaaacctgtatgactgattgttgagtatactttcggtgacattattgatgatgatactagttgattatattattcatactaattgtgtatttaattaatgaacttcatggattcggagattatactttcttattttattaattatctatatttaatgatctagagaatt
gi|7 : aaagcaaaacatcttaaacagatattgtgatttttttttaatataaaaagagctttaataaggttgtaggtgatcaatttttcgcgtaggataaaaacatacgttcatagttattttatatatatttcttccttttttaatttaaaaacaattttacaaaatctcttcgcataaagtgaaacctatattcttatgatatatggttgaaacgacggtgtggtgttttttaactgtttattcagtttacgctgtgatgtcctatccatgacttgtgaggacaacttttaagttccaaaacagaaacataaaatactagtgtacaccaatttctgtttaataatgaattaagaaatcagacccccgttgtttttcaaatgcatgaaataacagtttcaaaagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAAG-AAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTTTTATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTAATCATTTTTTTTACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTACTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAAAGTTTTTACCAAAACTCTCCGCATAACAGTGAAACCTATATTATTATGATTTGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CCTAA----CTAATGTACACCAATAACTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCATGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCGTCGATCTTTGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGTGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTAT--ACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAGTAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GT-TT------GT--T-------------GTAAGAAAAGCTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TACGACTGAATGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAAGTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|8 : AAAGCAAAACATCTGAAACAAATATTGTGATAT--TTGTTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCATAGGAT-AAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTTTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTTTCCACATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATG-----------------TGGTGTGTTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAAAAACATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATGATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATGAAATCATGTTATAACAGTTTCAAAAGCATATCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTCA--AA--AATCAAAAGTCAATG-------ATCTTCGGGTTGACACAGCGTGTTAACAGGAAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTGGGGCTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAAGATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TTTGTTTGGT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTCATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ATTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTGATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|9 : AAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGCATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAACGT-AAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACTCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAATTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACCAGTGAACACCAATTTCTGTTGAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCC----G----------GCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATTTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTTTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGATACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAAGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAAAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTTTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGCT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAACTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
blockSeqs : A ATTT G TTA T T TGT TTTTTA T AAA GTTTCGACATACT TC TT ACTA T GGTTG TGTTTG TG G TG G G GACGACTA GAA G A TAATTAATT T G A A T A A AG
blockSeqs : A AT . TTT T . . . . . . . . . . AGTTG . . G . . . . . G A . G . A . . A . T
blockSeqs : T . . T T . . . . . . . . . . AGTT . . . . . . . . G A . T . C . . A . .
blockSeqs : A . . T T . . . . . . . . . . CCC . . . . . . . . G A . T . A . . A . .
blockSeqs : T . . T T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . A . T . A . . T . .
blockSeqs : A . . T T . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . A . T . C . . T . .
blockSeqs : T . . T T . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . A . T . A . . A . .
blockSeqs : A . . T T . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . A . T . C . . A . .
blockSeqs : T . . T T . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . A . T . A . . A . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . T . C . . A . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . T . C . . A . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
finalCons : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTTTTTCTTTCTCACTTTTTAATGATAAAGGTTACTATCTGAAGAATCTCTCGACCTTATGCAGCCATATGATATAAGCCAATCATGTATTATTAGTGTTGATTTTTATCCTAATCCACCCATCTGGTCTGAAGCACTAAAGGAACTGTTGGGGCTAGTATGACTATATATACTTAGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 2222222222222 1111111 11111111 1
lowQualScore : 1 0000 3 000 2 3 555 888888 3 555 0 0 2222222222222 55 55 0 6666 2 5555555 999999 44 6 44 0 3 3 00000000 555 0 5 999999999 0 2 2 0 2 2 2 1 2 66
lowQualScore : . .... . ... . . ... ...... . ... . . ............. .. .. . .... . ....... ...... .. . .. . . . ........ ... . . ......... . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 0 8888 1 888 3 1 444 888888 3 888 2 4 0000000000000 55 55 3 1111 9 1111111 666666 66 7 66 1 3 1 44444444 000 7 7 444444444 5 4 4 7 4 5 5 0 7 33
consensus : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
Reference ( family-240 ) : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|1 : TAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAAAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGATGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TTCCTATCGGCGGTAA--AA--ACTTAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGAGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAATATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTAAAA---G--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTTATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATAAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AG--TGATCTGGAGGATT
gi|10 : CAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAACTGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTTGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAG-ATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCCGTAA--AA--AATCAAAAGCCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGATACAGCGTGCGATCAGGCAATGG----------GATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGTACTGCTTGATTAGGGCTTATGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAA---TAGTAATACTAGTTGAT---T--------AT---AT-------------------TAATTATACTAATT-----------TTGTAT--------------------TTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|11 : GGTTCTATGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTAT-TTTCTTT------ATTTCTTTATTTAAAATCGTTTTTACCAAATCTCTTCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGAAATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTCCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTTCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACCGCTTTATTAGGGCATGTGTTAACATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTAAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAGGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAATTTGATTATTTAACAATAGATTGATTATTA-TTGTAAACCTA-TATGAATGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGACACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTGAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGA
gi|12 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAA
gi|12 : ACCAGCT---------GATTATATTCATCATACTAATTGTGTATTTA----ACT-AATTTACTTTATGGTTTCGGAGAGTTT-CT-TTTATTATTTTATTAATTATCAATATTT-AA--TGATCTAAAGGATTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccagctgattatattcatcatactaattgtgtatttaactaatttactttatggtttcggagagtttcttttattattttattaattatcaatatttaatgatctaaaggattgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|13 : tttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAATGGGATAATTAACGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTTCTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATAACTATGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---G--TT------------TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-CTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATCTCAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATATATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGgattaattttctaacttaattgtggataaatatgaaaaatgtatcaaccgcatgcagacgtctatatt
gi|14 : aatTAAGGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTTAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTATGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGCTGAAACGACGTTGTGATGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CAAAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTg
gi|15 : tTGCAAGTTTG-TATGAATGATTGATGATTGACGACTAATGAAACTTTTGGTGAAC-TTATTGATTATGGAACTAGTT---------GATTATAGTAAACTTATAAATCATG----TATTTAACT-TATTTACTTTATGGATT------TTGTAAA-TTTCTTATTTCATT-GTCATTT---TTA-AA--TGATAAAGATGATT
gi|16 : agCTTTCTGTGAAC-TTGTCGATTACGGTACTAGTT---------GATTATA-----CGTATTTATTATGCAATTA---AAT--AATTTACTTCATGGATTAGGTGCTTAT-AA-TGTCTTATTGTATTA--TAACT---TTTAAA--TGATgtgttactaactaacttaattgcagatcatttataatatgaagaatgtattaaccatatgcagccgtatattttataaaccaatctctaaatgcaagtatctgtttatcctaatccgcccatcatgtctaatacactatgggcagtaagctac
gi|17 : AAACAATACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTAT--ATA-AAAAAGAGCTTC------AGTAAGGTTGTTGGTGATTAATTTTTC-GCGTAGGATAACAACATGTTACGGTCATAGTTATTTTATTAATATTT-TTC------TTTTTTTAATTTAAAAAAGTTTTTAC--AATCTCTCaaaagtgattgtttaaccatctaactgaattgaagatcaatcacactatgaaaaaattgtttgcagtcgtatatatcataaactaatgttttaatgcaagcatttgcttatcctaattcaccgaccaggtctgcgtcactgtagccgctatgta
gi|17 : TTTAAATTGCTATATAAACGTAAACATA----TGTTAATTTAATTGAAA-TT-TG-A----ACAGAATATTTAATTGTGTGTGTTTAAtaaatctttaaattgctatataaacgtaaacatatgttaatttaattgaaatttgaacagaatatttaattgtgtgtgtttaa
gi|18 : aaacaatacatcttaaacagatattgtgattttttatataaaaaagagcttcagtaaggttgttggtgattaatttttcgcgtaggataacaacatgttacggtcatagttattttattaatatttttctttttttaatttaaaaaagtttttacaatctctctaaatcTGTGTTTACC---CC-TT------GT--A-AT--TTTGGCAAGCAGGAAAAGAGGATTA-TTAAAAATAAATTGGTGATTAGTTG-----CTC-TATGACTGATATATGGCT---------------TTTCGGTGAAC-TTATT--TAGT--TTCTAGTT---------GCTTATA-------------------ACTTATC--ACT-AACTTACTTTATGGATTCGGTGCTTAT-AA-TTACTTATTTT----ATTATC-ATTTTT-AAT-TGAAATAGATGATT
gi|2 : gtagtttaaaatTAAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTT-TCGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------AATTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACAGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCACGACTTGTAAGGAC---TTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATAATAAATTGAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATTGGCGGTAA--AA--AAACAAAAGTCAATGCCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTATAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--T-TTTGTTTGGTGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTAATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATAAAAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAAGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTTTATTT-AA--TGATCTAGAGGATTtttcttaacttctaacttcattga
gi|20 : tATAATGAAAATAGTT---------GATTATATTAATCTTACCAGT----TATTCGTT--ATTGAATTTACTTTATGGATTCGATGCTTAT-ACTTTTTTTATTGTATTAATTAACATTGTTT-AAAGTGA--TAGAG
gi|21 : acttgtggcgaacgtatAAGCAAAACATCTGAAACAGATATTGTGATATTTTT-TTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATataattgttaactattaaatttaattgaagattaatt
gi|3 : TAAAGCAAAACATTGGAAACAGATAACGTGAT----TT-T-TTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTGTTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-GTTCAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATAAACTAGTGTACACCAATTCCTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGA-CCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAAATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTTAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCACTGCCCTTCGATCTTCAGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATC----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAACACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GTTGT-TT--TTTTGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGTT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGATATTAT-AC-TTTTTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
gi|4 : tAAGCAAAACATCTTAAACAAATATTGTGAT----TT-TTTTT--AAATAAAAAGAGCTTT------GATAAGGATGTAGGCGATTCATTTTTC-GCGTAAGATAAAAGCA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTTTTTTTAATTT-TCAATTTAAAAACATTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAAAATGAAACTTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAAC-ACGGCATGGCGTTTTTAAATTGTTTTATTCAGTTTACGCTGTGATGTCATACTTATGACTTGTGAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACGAGTGTACACCAATTCCTGTTTAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAGAT--------TCATCAAATAACAGTTTCAAAAGCATGCCACGTTAAACTGTTTCGACATACTTCCTTATCGACGGTAATCGATTAATCAAAAGTCAATGTCCTTCGACCTTCGGGCACACGCTGTGTGCGATCAGGCAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTTCTTAATTAGGGGTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATAAACATA----TGTAAATTGAATAGACATTTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTT
gi|4 : --------AT---ACTTTCGGTGAAC-TTATTGATGATAATACTAATTTAATTAATTAATTA-ATTAATCATTCTTATTGTGTATTTA----ACT-AATTAACATCATTAATTCGGAGATTAT-AC-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatactttcggtgaacttattgatgataatactaatttaattaattaattaattaatcattcttattgtgtatttaactaattaacatcattaattcggagattatactt
gi|5 : aagcaaaacatcttaaacaaatattgtgattttttttaaataaaaagagctttgataaggatgtaggcgattcatttttcgcgtaagataaaagcatacggtcatagttattttatttatatttcttttttttaattttcaatttaaaaacatttttaccaaatctctccgcataaaaatgaaacttatattcttatgatatgtggttgaaacacggcatggcgtttttaaattgttttattcagtttacgctgtgatgtcatacttatgacttgtgaggacaacttttaggtttccaaaacagaaacataaaatacgagtgtacaccaattcctgtttaataataaattaagaaatcagacccccgttgtttttcagattcatcaaataacagtttcaaaagcatgccacgttaaactgtttcgacatacttccttatcgacggtaatcgattaatcaaaagtcaatgtccttcgaccttcgggcacacgctgtgtgcgatcaggcaatggaataattagcgataattacattgctggagggcgtacttcgcacttcttaattaggggttgtgttaaaattgctatataaacataaacatatgtaaattgaatagacatttatgcagaatacagaatagtttattttgtgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTGT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTGATAAATTTTTC-ACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATTTCTCCGCGTAAAAGTGAAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTAACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTACGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACTATTCTACACCAATTTTTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGAACCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATAATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTAGATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACATCGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCATACTTCGCACTGCTTTATTATGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGTTACTTTAATTG-AA-TTATGCAGAATACATAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GTTTT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCAT--------AGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|6 : tcAAAGCAAAACATCTTAAACAGATATTGTGAT----TT-TTTTTTAATATAAAAAGAGCTTT------AATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCGTAGGATAAAAACA---TACGTTCATAGTTATTTTATATATATTTCTTC------CTTTTTTAATTTAAAAACAATTTTACAAAATCTCTTCGCATAAA-GTGAAACCTATATTCTTATGATATATGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTTAACTGTTT-ATTCAGTTTACGCTGTGATGTCCTATCCATGACTTGTGAGGACAACTTTTAAG-TTCCAAAACAGAAA---CATAAAATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTTAATAATGAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGTTTTTCAAATG--------CATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCA
gi|6 : CTGCTTTATTAGGGTTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAACATA----TATTACTTTAATTGAAT-TTATGCAGGATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TT------GT--TGTT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGATGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGTTGAGT--------AT---ACTTTCGGT-GACATTATTGATGATGATACTAGTT---------GATTATATTATTCATACTAATTGTG----TATTTAATT-AATGAACTTCATGGATTCGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgctttattagggtttgtgttaaaattgctatataaacattaacatatattactttaattgaatttatgcaggatacagaatagtttattttgtgtgtttaaggttgttgtttttggcgagtaagaaaagatgattatttaagaataaattgattgttattgtaaacctgtatgactgattgttgagtatactttcggtgacattattgatgatgatactagttgattatattattcatactaattgtgtatttaattaatgaacttcatggattcggagattatactttcttattttattaattatctatatttaatgatctagagaatt
gi|7 : aaagcaaaacatcttaaacagatattgtgatttttttttaatataaaaagagctttaataaggttgtaggtgatcaatttttcgcgtaggataaaaacatacgttcatagttattttatatatatttcttccttttttaatttaaaaacaattttacaaaatctcttcgcataaagtgaaacctatattcttatgatatatggttgaaacgacggtgtggtgttttttaactgtttattcagtttacgctgtgatgtcctatccatgacttgtgaggacaacttttaagttccaaaacagaaacataaaatactagtgtacaccaatttctgtttaataatgaattaagaaatcagacccccgttgtttttcaaatgcatgaaataacagtttcaaaagcatgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAAG-AAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTTTTTATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAGGTTGTAGGTAATCATTTTTTTTACGTAGGATGAAAACA---TACGGTCATAGTTACTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAAAGTTTTTACCAAAACTCTCCGCATAACAGTGAAACCTATATTATTATGATTTGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAATTGTTT-ATTCAGTTTACGCTTTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CCTAA----CTAATGTACACCAATAACTGTTAAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATGTCATGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCGTCGATCTTTGGGTTGACACAGCGTGCGATCAGGCAATGTGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTGATTAGGGCTTGTGTTAAAATTTCTTTAT--ACATTAACATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAGTAGTTTATTTTGTGTGTTTAAA---GT-TT------GT--T-------------GTAAGAAAAGCTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTGTAAACCTA-TACGACTGAATGATGAGT--------AT---ACTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAAGTGTGTATTTATTTAATT-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|8 : AAAGCAAAACATCTGAAACAAATATTGTGATAT--TTGTTTTT--ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTAATAAAGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-GCATAGGAT-AAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTTTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTTTCCACATAAAAGTGAAACCTATATTCTTATG-----------------TGGTGTGTTGTTTTTAAATTGTTT-ATTAAGTTTACGCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAACTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAAAAACATAATATACTAGTGTACACCAATTTCTGTTAAATGATAAATTAAGAAATCAGACCCCCGTTGATTTTCAAATGCATGAAATCATGTTATAACAGTTTCAAAAGCATATCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTCA--AA--AATCAAAAGTCAATG-------ATCTTCGGGTTGACACAGCGTGTTAACAGGAAATGGAATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTGGGGCTTGTGTTAAAATTGCTATATAAACATTAAGATA----TGTTACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAG---G--TTTGTTTGGT--T-TT--TTTGGCGAGTAAGAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTCATTGTTA-TTGTAAACCTG-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ATTTTCGGT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTGATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAATTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGGATT
gi|9 : AAAGCAAAACATCGGAAACAGATAATGTGAT----TT-TTTT---ATATAAAAAGAGCTTTTAAATTTATAAGGTTGTAGGTGATCAATTTTTC-ACGTAGCATGAAAACA---TACGGTCATAGTTATTTTATTTATATTTCTTC------ATTTCTTAATTTAAAAACGTTTTTACCAAATCTCTCCGCATAAACGT-AAACCTATATTCTTATGATATGTGGTTGAAACGACGGTGTGGTGTTTTTAAACTGTTT-ATTCAGTTTACTCTGTGATGTCATATCCATGACTTGTAAGGACAATTTTTAGGTTTCCAAAACAAAAA---CATAATATACCAGTGAACACCAATTTCTGTTGAATAATAAATTAAGAAATCAGACCCC----G----------GCATTAGATCATGAAATAACAGTTTCAAAAGCATTTCACGGTAAACT-------------TCCCTATCGGCGGTAA--AA--AATCAAAAGTCAATGTCCTTCGATCTTCGGGTTGACACAGTGTGCGATCAGGCAATGGGATAATTAGCGATAATTACATTGCTGGAGGGCGTACTTCGCACTGCTTTATTAGGGCTTGTTTTAAAATTTCTTTATAAACATTAACATA----TGATACTTTAATTGAAA-TTATGCAGAATACAGAATAGTTTATTTTGTGTGTTTAAAGTTG--TT------GT--T-TT--TTTGGCAAGTAAAAAAAGTTGATTATTTAAGAATAAATTGATTGTCA-TTTTAAACCTA-TATGACTGATTGATGAGT--------AT---ACTTTCGCT-AACATTATTGATAATGATACTAGTT---------GATTATATTAATCATACTAATTGTGTATTTATTTAATA-AATTAACTTCATAGATTAGGAGATTAT-AC-TTTCTTATTTTATTAACTATCTATATTT-AA--TGATCTAGAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTTTTTCTTTCTCACTTTTTAATGATAAAGGTTACTATCTGAAGAATCTCTCGACCTTATGCAGCCATATGATATAAGCCAATCATGTATTATTAGTGTTGATTTTTATCCTAATCCACCCATCTGGTCTGAAGCACTAAAGGAACTGTTGGGGCTAGTATGACTATATATACTTAGTGT