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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttttttgctaataaaatcgggatttacttattaaaatccgcga-ATAAAGA-TCCATTCATTTATTCATTTCA-TTCTTTAAAATTGTACACTATT----GATGGTCAAA------A---TT--TAGAT--TGTT----C---AAGTTATCTCCC----TTT--------ACACTGAAA--T--------GCACTTGATTGGAGA--AGTTTA------AT--AAC---------------ATCAAAAGAA--------ACAAA-ATTTAAAACATCTATTGTTCAATTTCGACTGGTTAATTAAAGAAATGAAAAACAG-------TA-----------ATA--ATTCC-AAG-TTTCATGTGG----TACAGACAGACTCGAATACTAACAACAAAAACGTGTGGCTTTGAAGTGTTTCG---------A----------AACTTTTGACATTCTTTTTTTGTATTGTGTTTCAGacatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --A---TT--TTAGT--TTTTTCCCCATCAAGTTACCTCCC----TTT--------ACA--------TACAGATGCGC--TTGTTTTGTGA--A-TTTA------AT--AACTTTCAA-CTGCATGCATTAAATGAA--------ACAAA-ATTTAAAACTTCTATTGTTTGACGCCGGCCGTTTA-TTACAGA--CAAAAAC----------------------------ATACA-AG--TTTTATGAGGTTATTGCTT----ACCCTTATTCTAACAACGTAAATGTGTTACTT--AA-------A---------A----------c
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAATCTTATTAAAATCAGATTAACTTTAAACTTCCATACTGTGAGCAGAATATGGAAGCTTAAAGTAAGATATGAATTTAATAAGATTGCACTTTTTCCCTTGTT
Unaligned ( gi|18 ): AAAATTTAATGACCGTTAAAAGTTTCGCTCTATAAGTTTGAGAGTTTAAAATAATTAATCCTTCTAAATTAAATGTTTTATTTTAAAAATGATAACAAAAT
Unaligned ( gi|20 ): TGCAATTTCATTAAAACCAGATCAACTTTAAGCCTCCATACTCTAATGTAAAAGCTAAAGCTAGA
Unaligned ( gi|21 ): CAATCTTATTAAAATCAGTTCAACTTTAAGCTTCCAT






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Reference ( family-2340 )     :                                                        ATAAACTGANCATCAAAAGTTNC---GC-----AANT----AA-GTT---AA---------ATA-------CTGCTAAATTGAATTNTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCG-AGGAGACT-A---------TTT-GATTTCAA---C----A--TTT-TAGTTTTT-ATGACA---A---C---C---CAGATTATGGGC-----C--A-T--G--GGT-AAAACGGC-TTTTT--G----GCTGATAAAANCAG-GA--TTTACTG-ATATGTACTCNATTAAAAT-T-G-TGAACATGTAGTGAG-GACATACCTCAA-CAATAAAAA-TCCA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTT-TGGGAATACCGAATGTC--A---TT--TNGAT--TTTTCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACA-T---GAA--A--C--GC--TTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGAATGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGACATCTATTGTTTGACGCCAACCGGTTA-TTACAAAAACGAAAAA---A--------A----------------ATAATTCAAAGTTTT-ATGAGG-TACCGACAGACTCAAATACTAACAACGGAAATGTGCGGCTT--AA-------A---------A---------AACGTTTGACGTTC------NGTATAGTTGTGTTTCAG
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gi|11                         :                                                        ATAAATTGACCATCAAAAGTTCCTCTAC-------AAGTTTA-AGAGTTCAAA----ATATTTTGATA-------CTGCTGAAATGAATTATGTTTTATTTTAAAAACTAAAAAAAAAACAAAAAAAAACAGGTGCAT-ATTTTGAAT----TCAA---C----A--TTT-CAGTTTTT-ATAACA---A---C---C----AGATTATATAC-----CT-A-T--A--GGT-AAA-CAGCTTTA---AG---GCTGATTACCTAGAGCTTTACTG-ATACGTACTCAATTAAAAT-TGG-TGTACATc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---TCAAATTACCACCT----TTTACATTGAAATGCGCTTGGTTTGA-----------T------A-ACTGTCA-AGTGAACGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAGAACATCTATTGTTTGACGCCAACCGGAAA-TCATAAAAACGAAAAA---AGT------A----------------ATAATTCCAAG--TTTTATTTGG-TACCGACAGACTCAAATACTGACAGCGGAAATGCGC----T--AA-------A---------A---------agtgttgaaatattcacatgtaaaga
gi|13                         :                                                                                                  ttagaTT---G----A-------ATA-------CTGCTAAATTGAGTTCTGTATTATTTTTAAA-CTGAAAA-AAAATCA-------T----------------TT----T--------------TTT-TA-TTTTT-ATGACA---A---CAACC---CCGATACTGGGC-----CCAA-T--G--GGT-ATAACAGTGTTT---TG---GCTGATAAAATCAGGTTTTACTG-ATATGTACCTGATTGAAAT-TAG-TGAACATATAG---G-GATATACCTCAA-CAAT-AAAtgtatttaaatgtgttagaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                     tataagtccgagactccaaaatat-GAAT-ATTT---TTGCCGTCAA---C----A--TTTATTGTTTTT--TGACA---A---C---TACGTAGATTATTGGC-----C--C-T--GTTGGT-AAAATAGCCTTT---TT---AGTGATAAAATCGGGACTTACTG-ATATGCACTCGATTAA----------------TA------GACATGTCTCAA-CAAT-AAAAATCTA----------CATTTAGTTTCTTTAAAATTGTATAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatttTTTT---TT---GCTAATAAAATCGGGATTTACT---T---------ATTAAAATCC-G-CGA--------------ACACACTTCGA-CAATAAAAAATCAA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTT-TAGGAA-ACAGAATGTA--AG--TTTACAT--T---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      -T--G--GGT-ACAACAATTTTTGTTTT---GCTGATAAAACCGGAATATACTGAATATGTACCCAATTAAAAT-T---------CGTGG---G-TGCATACCTCGACCAAT-AAAAAT
gi|18                         :                                                        accctgTGACCGTTAAAAGTTTCGCT-CTAT----AAGTTTG-AGAGTTTA-A----A-------ATAATTAATCCTTCTAAATTAAAT---GTTTTATTTTAAAA-ATGATAACAAAAt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaatttaaACACCAACTGTTTC-TTACAAAA-CAAAAA-----------------------------------TCCAAAGTTTTTATGAGG-TACCGGCAGACTCAAATACTAACAACAGAAATGTGCTGCTC--AA-------A---------t
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                -AACACAGCTTTT---TT---GCTGATAAAAGCAGGATTTATT-----------TGATTAAAATAT-G-TAGGCATGTAG---A-GTCATACCTCAA-CAAT-AAAAATCCA----------CAATTCT-TTCTTTAAAATTGTACACAATTT-TGGGAATACCATATGTC--A------AAAA--TGGATTTCT---TCGAATTACCTTCC----TTAACATTGAAATGCGCTTAATATGAGAAGTTTA--AC------A-ACTTTTACACTGAATACATCAAATAAA--------ACAAA-TTTAAGACACCAATTATTTGACGCCAACTAGTTA-TTACAAAAATGAAAAA---A--------ACAACCAAAAAACAGTTATTATTCAAAG--TTTTGTGCAG-TACCTACAGACTCAAATACT-----TGAAAATGAGTGGCTT--AA-------A---------AGTGTAGCACAAATTTTGACATTC------TGTATA
gi|3                          : ctgtttgtaattttaatatagattttagtagtatcagaaatatataatgacaatcATAAACTGATCATCAAAAGTTTTGCT-CCTAGAATAATCTTA-A-AAT----A----ATGTG---ATA-------CTACTAACTTTGATTGTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCA-------TAGGAGAATAATTT-GATT----TTAA---CAACAA--TTT-TA--TTTG-ATGACAAGGA---C---C---CAGATTATTGGCCCCATC--A-T--G--TGT-ACATTGGCTCTT---TT---GCCGATAAAACAGAGATTTACTG-ATAAATACTCTGTTA-----------AACATGTAG---C-GACATACCTCAA-CATT------T-------------CATT----TTTTTTAAAAC--TACACTATTT-TAGGA------AATG--------TTTAGAT--T---TT--T---TCAAATTACTTCCCTGAATTTACATTGAAATGTGCTTGATTTGAGAAGTGTA--AT------A-ACTTTGA-ACTGCACGCATGAAATGAA--------ACAAAATTTTAGACAACTTTAGTTTGATGCCAACCTGTTA-TAACAAAAATGAGAAAC--AGTCACTGTA----------------ATAAGTCCAAG--TTTTATGAGG-TACCAGCAGATTCAAACACTAACAAcaacttatacaatgtcagaaataattttcagtcattgataaataattttatgtgtt
gi|4                          :                                                                                CT-T-------AACTTCAGA-AGTT---ATGAAA-------ATA-------A-GTTCAATTAAATCACATTTTATTTTGAAG-CTGAAAACAAAGACG-------TAGGTAAAT-ATTTTGATG----TCAA---C----A--TTT-CATTTTTTTATTACA---AAGAC---C---CAGA-------C-----C--C-T--GT-GGTGAAAACAGCTCTT-------------------------TTGCTG-ATA-------------AAT-T---TG----TGTAG---G-GGCATACCACAA-CAAT-AAAAATAAA----------CATTTTG-TTCTTTAACATTGTGCCCTATTC-TTGGAATACCGAATGTCAAA---TTTAGA---T---TCCCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAAAGCAC-TGATTTGAGAAATTGA--AT------A-ATATTAA-ACTGAAAGCACCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGAGAGCTAT-----------AACTG----------AAAAC---CAG---T--------A----------------ATAATTCCAAA--TTTTGCAAGG-TA-AGACAGGCTCAAATACTAACAACGGAAATACGTAGTTT--AA-------G---------A---------
gi|5                          :                                                                                                                                      tataATTGAATTCTGTTTTATTTCAAAA-CTGAAAACAAAATCG-------CAGGTGGCT-ATTTTAATT----TTAATAAC----A--TTT-TAGTCTCT-ATGACA---A---CGACC---CAGACT-TGGGT-----C--A-TAAG--GCT-ATAACGGATATT---TT---GCTAATAAAACAGGAATTTACTC-ATATGTTCTCGAT--AAA--------AACATGTAG---G-GACATATCTGAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTCCA-TTCTTTAGTATTGTACACTATTT-TAG----------------------------------CTCT---TTAAATTACCTGCC----TTTTTATTGAAACACGTTTGATTTGAAAAGTTAA--AT------A-ACTTTCA-GCTAAATGCATCAAATGAA--------A-AAAA--TATGATATCTAGTGTTTGACGCCAACCgcgtcatggaaatattgacattgattatatactgaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                     TT-AATT----GAAA---C----ACGTTT-TA-TTTTG-AAAAAT---A---C---C---CTGATTATGGGCA----C--AAT--G--TCT-TAAACAGTTTTT---TTTGTGTGGATAAAACCAGGATAAACTA-ATAT-TACTCGATTAAAAT-TTG-TAAACATTCAG---G-GATATACCTCAA-CTAT-AAAAATCCA----------TATGTCG-TACTTT-AAATTGTGCACAATTT-TGGGAATAACGA--------------AAAT----------------AA---ACCT-TT----TTTACATTGTAATGCGCTTGATTT-----ATTTA--AT------ACAC---CA-AATGAATACAT---GT----------------ATTGAAAACATATATTGTTTG------ACTAGATG-TTACAAAA---AAAAA---G--------A----------------GTAAT----------------------------ACTTAAATACTAACAATGGAATTGTGCGGCTT--AA-------AAGTGTTGCGA---------AACAGTTGACGTTC------AGTATAaatctcattaaaatcagaataacagattgaagcttccatactgtatgcaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GAATTGATGAGTTTA--AT------A-GCTTTCA-AATGAATGCATCAAATGAACATTTATTGCATTAATTAATACATTAATCGTTTGACGCCAACCAATTT-TTACAAAA-CTAAAAACATA--------A----------------ATAA-----AG--TTTTATGATG-TACCGACATACTCAAATACTACCAATGGAAACATGCGGCTT--AA-------AGTGTTGCG-A---------AACGTTCGACGTTC------GGTATAGTTtataaaatgtc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     TTATGGGC-----C--G-TCTG--AGT-AAAACGACTTTT---TTTT-GCTGATAAAAACATTATTTACTA-ATATTTACTCCATTAAAAT-T-GGTGAATATGGAG---G-GACATAACGAAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTTTG-CTCTTTAAT-TTGTACATTAA----GGGAATACTGACTCTC--AAAATTAAGATATT---TTTCT---TAAAATTACATCCC----TTTACATTGAAACACGCTTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-TTTTAATGCATCAAATGAA--------ACAAATTTTAAGACACCTGTTGTTTGACACCAACTAATTA-TGACAAAAACtacaacgattttctgttataatcggaatatctcggcgatttccatagtatttcttaaatactattgtttacatgtttatttatgtattcaattttattataagatattttatatttgacaagataactgcattgattt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttacttgaggttgtattttatatatatactatg---TTTAGTT--T---TTTCCCCATCAAGTTACCTCCC----TTTACATACAGATGCGCTTGTTTTGTGAA-TTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGCATGCATTAAATGAA--------ACAAAATTTAAAACTTCTATTGTTTGACGCCGGCCGTTTA-TTAC--AGAC--AAAA---A--------C----------------ATA----CAAG--TTTTATGAGGTTATTG-CTTACCCTTATTCTAACAACGTAAATGTGTTACTT--AA-------AAGTGTTGCGA---------AATTTTTAACGTTG------GGTa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAATCTTATTAAAATCAGATTAACTTTAAACTTCCATACTGTGAGCAGAATATGGAAGCTTAAAGTAAGATATGAATTTAATAAGATTGCACTTTTTCCCTTGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGCAATTTCATTAAAACCAGATCAACTTTAAGCCTCCATACTCTAATGTAAAAGCTAAAGCTAGA
Unaligned ( gi|21 ): CAATCTTATTAAAATCAGTTCAACTTTAAGCTTCCAT






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Reference ( family-2340 )     :                                                        ATAAACTGACCATCAAAAGTTCCGCT-C-------AAGTTTAAGAGTT---A----A-------ATA-------CTGCTAAATTGAATTNTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCG-------TAGGTGAATATTTT-GATTTCAA---C----A--TTT-TAGTTTTT-ATGACA---A---C---C---CAGATTATGGGC-----C--A-T--G--GGT-AAAACGGCTTTT---TT---GCTGATAAAACC--GGGATTTACTG-ATATGTACTCGATTAAAAT-T-G-TGAACATGTAG---G-GACATACCTCAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTT-TGGGAATACCGAATGTC--A---TTTAGAT--T---TTTCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAACGCGCTTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGAATGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGACATCTATTGTTTGACGCCAACCGGTTA-TTACAAAAACGAAAAA---A--------A----------------ATAATTCCAAG--TTTTATGAGG-TACCGACAGACTCAAATACTAACAACGGAAATGTGCGGCTT--AA-------A---------A---------AACTTTTGACGTTC------NGTATAGTTGTGTTTCAG
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2340 )     :                                                        ATAAACTGACCATCAAAAGTTCCGCT-C-------AAGTTTAAAAGTT---A----A-------ATA-------CTGCTAAATTGAATTNTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCG-------CAGGTGAATATTTT-GATTTCAA---C----A--TTT-TAGTTTTT-ATG---ACA---A---C---C---CAGATTATGGGC-----C--A-T--G--GGT-AAAACGGCTTTT---TT---GCTGATAAAACC--GGGATTTACTG-ATATGTACTCGATTAAAAT-T-G-TGAACATGTAG---G-GACATACCTCAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTT-TGGGAATACCGAATGTC--A---TTTAGAT--T---TTTCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAACGCGCTTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGAATGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGACATCTATTGTTTGACGCCAACCGGTTA-TTACAAAAACGAAAAA---A--------A----------------ATAATTCCAAG--TTTTATGAGG-TACCGACAGACTCAAATACTAACAACGGAAATGTGCGGCTT--AA-------A---------A---------AACTTTTGACGTTC------NGTATAGTTGTGTTTCAG
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gi|4                          :                                                                                CT-T-------AACTTCAGAAGTT---ATGAAA-------ATA-------A-GTTCAATTAAATCACATTTTATTTTGAAG-CTGAAAACAAAGACG-------TAGGTAAATATTTT-GATGTCAA---C----A--TTT-CATTTTTTTATT---ACA---AAGAC---C---CAGA-------C-----C--C-T--GT-GGTGAAAACAGCTCTT---------------------------TTGCTG-ATA-------------AAT-T---TG----TGTAG---G-GGCATACCACAA-CAAT-AAAAATAAA----------CATTTTG-TTCTTTAACATTGTGCCCTATTC-TTGGAATACCGAATGTCAAA---TTTAGA---T---TCCCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAAAGCAC-TGATTTGAGAAATTGA--AT------A-ATATTAA-ACTGAAAGCACCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGAGAGCTAT-----------AACTG----------AAAAC---CAG---T--------A----------------ATAATTCCAAA--TTTTGCAAGG-TA-AGACAGGCTCAAATACTAACAACGGAAATACGTAGTTT--AA-------G---------A---------
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttacttgaggttgtattttatatatatactatg---TTTAGTT--T---TTTCCCCATCAAGTTACCTCCC----TTTACATACAGATGCGCTTGTTTTGTGAA-TTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGCATGCATTAAATGAA--------ACAAAATTTAAAACTTCTATTGTTTGACGCCGGCCGTTTA-TTAC--AGAC--AAAA---A--------C----------------ATA----CAAG--TTTTATGAGGTTATTG-CTTACCCTTATTCTAACAACGTAAATGTGTTACTT--AA-------AAGTGTTGCGA---------AATTTTTAACGTTG------GGTa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                        ATAAATTGACCATCAAAAGTTCCTCTAC-------AAGTTTAAGAGTTCAAA----ATATTTTGATA-------CTGCTGAAATGAATTATGTTTTATTTTAAAAACTAAAAAAAAAACAAAAAAAAACAGGTGCATATTTT-GAATTCAA---C----A--TTT-CAGTTTTT-ATA---ACA---A-------C---CAGATTATATAC-----CT-A-T--A--GGT--AAACAGCTTTA---AG---GCTGAT--TACCTAGAGCTTTACTG-ATACGTACTCAATTAAAAT-TGG-TGTACATc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---TCAAATTACCACCT----TTTACATTGAAATGCGCTTGGTTTGA-----------T------A-ACTGTCA-AGTGAACGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAGAACATCTATTGTTTGACGCCAACCGGAAA-TCATAAAAACGAAAAA---AGT------A----------------ATAATTCCAAG--TTTTATTTGG-TACCGACAGACTCAAATACTGACAGCGGAAATGCGC----T--AA-------A---------A---------agtgttgaaatattcacatgtaaaga
gi|13                         :                                                                                                 ttagaTT---G----A-------ATA-------CTGCTAAATTGAGTTCTGTATTATTTTTAAA-CTGAAAA-AAAATC-----------------ATTTT--------------------TTT-TA-TTTTT-ATGACAACA---A---C---C---CCGATACTGGGC-----CCAA-T--G--GGT-ATAACAGTGTTT---TG---GCTGATAAAATC--AGGTTTTACTG-ATATGTACCTGATTGAAAT-TAG-TGAACATATAG---G-GATATACCTCAA-CAAT-AAAtgtatttaaatgtgttagaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                    tataagtccgagactccaaaatatTGAATATTTTTGCCGTCAA---C----A--TTTATTGTTTTT--TG---ACA---A---C---TACGTAGATTATTGGC-----C--C-T--GTTGGT-AAAATAGCCTTT---TT---AGTGATAAAATC--GGGACTTACTG-ATATGCACTCGATTAA----------------TA------GACATGTCTCAA-CAAT-AAAAATCTA----------CATTTAGTTTCTTTAAAATTGTATAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattTTTT---TT---GCTAATAAAATC--GGGATTTACT---T---------ATTAAAATCC-G-CGA--------------ACACACTTCGA-CAATAAAAAATCAA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTT-TAGGAA-ACAGAATGTA--AG--TTTACAT--T---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    -T--G--GGT-ACAACAATTTTTGTTTT---GCTGATAAAACC--GGAATATACTGAATATGTACCCAATTAAAAT-T---------CGTGG---G-TGCATACCTCGACCAAT-AAAAAT
gi|18                         :                                                        accctgTGACCGTTAAAAGTTTCGCT-CTAT----AAGTTTGAGAGTTTA-A----A-------ATAATTAATCCTTCTAAATTAAAT---GTTTTATTTTAAAA-ATGATAACAAAAt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaatttaaACACCAACTGTTTC-TTACAAAA-CAAAAA-----------------------------------TCCAAAGTTTTTATGAGG-TACCGGCAGACTCAAATACTAACAACAGAAATGTGCTGCTC--AA-------A---------t
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -AACACAGCTTTT---TT---GCTGATAAAAGC--AGGATTTATT-----------TGATTAAAATAT-G-TAGGCATGTAG---A-GTCATACCTCAA-CAAT-AAAAATCCA----------CAATTCT-TTCTTTAAAATTGTACACAATTT-TGGGAATACCATATGTC--A------AAAA--TGGATTTCT---TCGAATTACCTTCC----TTAACATTGAAATGCGCTTAATATGAGAAGTTTA--AC------A-ACTTTTACACTGAATACATCAAATAAA--------ACAAA-TTTAAGACACCAATTATTTGACGCCAACTAGTTA-TTACAAAAATGAAAAA---A--------ACAACCAAAAAACAGTTATTATTCAAAG--TTTTGTGCAG-TACCTACAGACTCAAATACT-----TGAAAATGAGTGGCTT--AA-------A---------AGTGTAGCACAAATTTTGACATTC------TGTATA
gi|3                          : ctgtttgtaattttaatatagattttagtagtatcagaaatatataatgacaatcATAAACTGATCATCAAAAGTTTTGCT-CCTAGAATAATCTTAAAA--T---A----ATGTG---ATA-------CTACTAACTTTGATTGTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCA-------TAGGAGAATAATTT-GATTTTAA---CAACAA--TTT-TA--TTTG-ATG---ACAAGGA---C---C---CAGATTATTGGCCCCATC--A-T--G--TGT-ACATTGGCTCTT---TT---GCCGATAAAACA--GAGATTTACTG-ATAAATACTCTGTTA-----------AACATGTAG---C-GACATACCTCAA-CATT------T-------------CATT----TTTTTTAAAAC--TACACTATTT-TAGGA------AATG--------TTTAGAT--T---TT--T---TCAAATTACTTCCCTGAATTTACATTGAAATGTGCTTGATTTGAGAAGTGTA--AT------A-ACTTTGA-ACTGCACGCATGAAATGAA--------ACAAAATTTTAGACAACTTTAGTTTGATGCCAACCTGTTA-TAACAAAAATGAGAAAC--AGTCACTGTA----------------ATAAGTCCAAG--TTTTATGAGG-TACCAGCAGATTCAAACACTAACAAcaacttatacaatgtcagaaataattttcagtcattgataaataattttatgtgtt
gi|4                          :                                                                                CT-T-------AACTTCAGAAGTT---ATGAAA-------ATA-------A-GTTCAATTAAATCACATTTTATTTTGAAG-CTGAAAACAAAGACG-------TAGGTAAATATTTT-GATGTCAA---C----A--TTT-CATTTTTTTATT---ACA---AAGAC---C---CAGA-------C-----C--C-T--GT-GGTGAAAACAGCTCTT---------------------------TTGCTG-ATA-------------AAT-T---TG----TGTAG---G-GGCATACCACAA-CAAT-AAAAATAAA----------CATTTTG-TTCTTTAACATTGTGCCCTATTC-TTGGAATACCGAATGTCAAA---TTTAGA---T---TCCCT---TCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAAAGCAC-TGATTTGAGAAATTGA--AT------A-ATATTAA-ACTGAAAGCACCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGAGAGCTAT-----------AACTG----------AAAAC---CAG---T--------A----------------ATAATTCCAAA--TTTTGCAAGG-TA-AGACAGGCTCAAATACTAACAACGGAAATACGTAGTTT--AA-------G---------A---------
gi|5                          :                                                                                                                                     tataATTGAATTCTGTTTTATTTCAAAA-CTGAAAACAAAATCG-------CAGGTGGCTATTTT-AATTTTAATAAC----A--TTT-TAGTCTCT-ATG---ACA---A---CGACC---CAGACT-TGGGT-----C--A-TAAG--GCT-ATAACGGATATT---TT---GCTAATAAAACA--GGAATTTACTC-ATATGTTCTCGAT--AAA--------AACATGTAG---G-GACATATCTGAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTCCA-TTCTTTAGTATTGTACACTATTT-TAG----------------------------------CTCT---TTAAATTACCTGCC----TTTTTATTGAAACACGTTTGATTTGAAAAGTTAA--AT------A-ACTTTCA-GCTAAATGCATCAAATGAA--------A-AAAA--TATGATATCTAGTGTTTGACGCCAACCgcgtcatggaaatattgacattgattatatactgaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    TT-AATTGAAA---C----ACGTTT-TA-TTTTG-AAA---AAT---A---C---C---CTGATTATGGGCA----C--AAT--G--TCT-TAAACAGTTTTT---TTTGTGTGGATAAAACC--AGGATAAACTA-ATAT-TACTCGATTAAAAT-TTG-TAAACATTCAG---G-GATATACCTCAA-CTAT-AAAAATCCA----------TATGTCG-TACTTT-AAATTGTGCACAATTT-TGGGAATAACGA--------------AAAT----------------AA---ACCT-TT----TTTACATTGTAATGCGCTTGATTT-----ATTTA--AT------ACAC---CA-AATGAATACAT---GT----------------ATTGAAAACATATATTGTTTG------ACTAGATG-TTACAAAA---AAAAA---G--------A----------------GTAAT----------------------------ACTTAAATACTAACAATGGAATTGTGCGGCTT--AA-------AAGTGTTGCGA---------AACAGTTGACGTTC------AGTATAaatctcattaaaatcagaataacagattgaagcttccatactgtatgcaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GAATTGATGAGTTTA--AT------A-GCTTTCA-AATGAATGCATCAAATGAACATTTATTGCATTAATTAATACATTAATCGTTTGACGCCAACCAATTT-TTACAAAA-CTAAAAACATA--------A----------------ATAA-----AG--TTTTATGATG-TACCGACATACTCAAATACTACCAATGGAAACATGCGGCTT--AA-------AGTGTTGCG-A---------AACGTTCGACGTTC------GGTATAGTTtataaaatgtc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                   TTATGGGC-----C--G-TCTG--AGT-AAAACGACTTTT---TTTT-GCTGATAAAAAC--ATTATTTACTA-ATATTTACTCCATTAAAAT-T-GGTGAATATGGAG---G-GACATAACGAAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTTTG-CTCTTTAAT-TTGTACATTAA----GGGAATACTGACTCTC--AAAATTAAGATATT---TTTCT---TAAAATTACATCCC----TTTACATTGAAACACGCTTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-TTTTAATGCATCAAATGAA--------ACAAATTTTAAGACACCTGTTGTTTGACACCAACTAATTA-TGACAAAAACtacaacgattttctgttataatcggaatatctcggcgatttccatagtatttcttaaatactattgtttacatgtttatttatgtattcaattttattataagatattttatatttgacaagataactgcattgattt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttacttgaggttgtattttatatatatactatg---TTTAGTT--T---TTTCCCCATCAAGTTACCTCCC----TTTACATACAGATGCGCTTGTTTTGTGAA-TTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGCATGCATTAAATGAA--------ACAAAATTTAAAACTTCTATTGTTTGACGCCGGCCGTTTA-TTAC--AGAC--AAAA---A--------C----------------ATA----CAAG--TTTTATGAGGTTATTG-CTTACCCTTATTCTAACAACGTAAATGTGTTACTT--AA-------AAGTGTTGCGA---------AATTTTTAACGTTG------GGTa


blockSeqs                     :                                                                                 TCCTAGAAT           G  CAAAATATTTTG       ATTAATC              TA               A             AAAAAAAAACAGGTGCA      TG       CAACAA        A  G     T   ACA   AGG CTACG            A     CCCATCATG          G     A      GTTTT             C TA          GA   CGT  TCA        TGGTGTA         G                C    A         TTCATTTATT       T                       A   G ATACTGACTCTCAAAATTAAGATATTTTTCT                      TGAA            T                     .   .      C  T    C                   CATTTATT                                    G   A        ATG     AACAACCAAAAAACAGTT               TT    AGT       T  T     A                              G    TG  AAGTGTAGCAC                   T          TTTTTTT     G
blockSeqs                     :                                                                                 TCTAT               G  AATGTG             .                    TC               .             CATAGGAGAA             G        TAACA         .  G     .   .     .   AGACC            C     CCAATG             .     A      TTTGT             T .           G    TGT  CTG        TAGTGAA         G                .    .         .                .                       .   G ATACCGAATGTCAAATTTAGATTCCCT                          .               T                     .   .      .  T    .                   .                                           G   .        ACG     CAGTCACTGTA                      TT    G         T  .     A                              T    .   AAGTGTTGCGA                   T          T           .
blockSeqs                     :                                                                                 TAC                 G  ATGAAA             .                    TG               .             CGTAGGTAAA             G        CACG          .  T     .   .     .   CGACC            A     CCTGTT             .     A      TTTT              T .           G    TGC  TCG        ATGTAGG         A                .    .         .                .                       .   G ATACCATATGTCAAAAATGGATTTCT                           .               T                     .   .      .  T    .                   .                                           T   .        ATG     CAGTA                            TT    G         A  .     G                              G    .   AAGTGTTGCGA                   A          A            
blockSeqs                     :                                                                                 TT                  .  TAAA               .                    CA               .             CGCAGGTGGC             G        CA            .  G     .   .     .   CC               A     CATAAG             .     A      AG                T .           G    TGT  CCA        TTGTAAA         C                .    .         .                .                       .   G TCAAAATTTAGATTGTTC                                   .               T                     .   .      .  A    .                   .                                           G   .        ATG     CATAA                            GT    G         C  .     A                              A    .   AGTGTTGCGA                    G          G            
blockSeqs                     :                                                                                                        GA                 .                    TC               .             C                      A        CA            .  .     .   .     .   CC               A     ACAATG             .     A      TG                C .           G    AAT  TCT        TGGTGAA         G                .    .         .                .                       .   G AATGTTTAGATTTTT                                      .               A                     .   .      .  T    .                   .                                           G   .        CA      AGTA                             TT    G         A  .     G                              G    .   GTGTTTCGA                     T          G            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .                .                                    A        CA            .  .     .   .     .   CC               A     CGTCTG             .     G      TT                G .           G    TGT  TCG        CCGCGA          G                .    .         .                .                       .   G ATAACGAAAAT                                          .               C                     .   .      .  T    .                   .                                           G   .        AC      TA                               T     A         A  .     A                              G    .   AA                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .        .             .  .     .   .     .   C                .     CTATA              .     A      TT                C .           C    TTT  TCG        TTG             G                .    .         .                .                       .   . CTCT                                                 .               T                     .   .      .  T    .                   .                                           A   .        CT      GA                               T     G         A  .     A                              T    .   GA                                                    
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2340 )     :                                                        ATAAACTGACCATCAAAAGTTCCGCT------ATAAGTTTAAAAGTTC--AA---AATA--------CTGCTAAATTGAATTNTGTTTTATTTTGAAA-CTGAAAACAAAACCG-------TAGGTGAATATTTT-GATTTCAA---C----A--TTT-TAGTTTTT-ATGACA---A---C---C---CAGATTATGGGC-----C--A-T--G--GGT-AAAACGGCTTTT---TT---GCTGATAAAACC--GGGATTTACTG-ATATGTACTCGATTAAAAT-T-G-TGAACATGTAG---G-GACATACCTCAA-CAAT-AAAAATCCA----------CATTTCG-TTCTTTAAAATTGTACACTATTTTGGGAAT-AC--GAT---TC---AAA--T------TA-GAT---TTT----CTTCAAATTACCTCCC----TTTACATTGAAACGCGCTTGATTTGAGAAGTTTA--AT------A-ACTTTCA-ACTGAATGCATCAAATGAA--------ACAAAATTTAAGACATCTATTGTTTGACGCCAACCGG--TTA-TTACAAAAAC-GAAAAA-------------CA------GTAATAATTCCAAG--TTTTATGAGGT-ACCGACAGACTCAAATACTAACAACGGAAATGTGCGGC-TT-AA-A-GTGTTGCGAAACTTTTGACGTTC------NGTATAGTTGTGTTTCAG
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