lowQualScore : 22 22222222222222 11111111111111111111
lowQualScore : 1 5 1 1 33 33 1 3 22 00000000000000 1 22222222222222222222 3333 1
lowQualScore : . . . . .. .. . . .. .............. . .................... .... .
lowQualScore : 3 2 3 3 99 33 2 6 99 00000000000000 3 22222222222222222222 0000 5
consensus : CAACGTCACC-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--AA----------A-AA--TA---T-G----------TTTGT----C-GATTTA
Reference ( gi|22 ) : CAACGTCACC-G-A-A-A--CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--AG----------A-AA--TA---T-A----------TTTGT----C-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACC-G-A-A-A--AAAAG-TGTAAACAGTAG-TT-----------------A-AA--CA---C-G----------TTTGT----C-GATTT
gi|12 : CAATGTCATC-A-A-A-AA-CA--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--AA----------ATAA--TA---T-T----------TCTGT----C-GATTTga
gi|31 : aCAACATCACC-A-A-A-A--GA--G-TGTAAACAGTAA-TT--T--AA----------A-AA--TC---T------------TTTGT----C-ta
gi|17 : aCAATGTCACC-G-A-A-AA-CC--G-TGTTAACAGTAG-TT-----AA----------A-AG--TC---T-G----------TTTGT----C-GATTTA
gi|5 : aCAACGTCACA-A-A-G-A--CATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--T--GA----------A-AA--TA---T-G----------TTTGC----C-GATTTa
gi|8 : ttgCAACGTCACC-G-A-AGA--CA--G-TGTAAAAAG-AG-CT--T--AG----------A-AAACT----T-A----------TTTGA----T-GATTTga
gi|9 : ttaCAACGTCACT-G-A-A-AA-CA--G-TATAAACAGATG-TT--T--AA----------A-AA--AATCCT-G----------TTTAT----C-GATTTca
gi|39 : gCAACGTCACC-G-A-A-AA-CA--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--t
gi|37 : aCAACGTCACC-A-A-A-AA-CA--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--t
gi|6 : aCAACAGCACA-G-A-A-AA-CA--G-TATAAACAGTAG-TT--T--AAAT--------A-AA--TG---T-A----------TGTAT----CTAATTTAgtcaat
gi|10 : CAACATCACC-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAAATGTAG-GT--T--------------A-AA--TA---A-A----------TCTGTTAGGC-GATTTgt
gi|27 : aCAATGTCACC-A-ATA-A--GA--G-TGTAATCAGTAG-TT--T--AA----------A-AA--AT---T-G----------TTCGT----C-ga
gi|21 : taCAACGTAATC-G-A-A-AA-CA--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--AA----------A-AA--CA---T-
gi|25 : gtttaAACCTCACC-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAGCAGTAG-TT--T--AA----------A-AA--TA---T-G----------TTTGT----A-GATTtgtttat
gi|18 : AAAGTCACT-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--AA----------A-CAT-TT---T-G----------TTTGT----C-GATTTA
gi|15 : AATGTCACC-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGAAG-TTGAC--AA----------A-AA--TC---T-G----------TTTGT----G-GATTTA
gi|19 : AACATCACC-A-A-A-AA-CA--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-T--AA----------A-AA---A---T-G----------TTTGT----C-GTTTTA
gi|13 : AACGCCATC-G-A-A-AA-TA--A-TGTAAACAGTAG-TT--TGAAT----------A-AA--TC---T-G----------TTTGG----C-AATTTa
gi|14 : AACGTCACC-GAA-A-A--TA--G-TACAAACAAAAG-TT--A--AAC---------A-AA--CC---T-G----------TTTGT----C-AATATAga
gi|16 : aaACGTCACC-G-A-A-AA-CA--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--AA----------A-AA--GA---TGG----------TTTGT----C-AATTTA
gi|29 : tACGTCATC-A-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--TA----------A-A----A---G-A----------TCTGT----T-GATTT
gi|20 : ACATCACC-A-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGTGG-TT--T--------------A-AA--CA---C-G----------CTTGT----C-AATT
gi|28 : cgtgACGTCACC-G-A-A-AACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--------------A-AA--TG---A-A----------TCGGA----C-GATTaa
gi|36 : ACGTCACCAG-A-A-A--CA--GGTGTAAACAGTCG-TT--T--------------A-AA--TA---A-A----------T
gi|3 : CGCCACC-GCA-A-A--CA--A-TATAAACAGTAG-AT--T--AA----------A-CA--GA---T-A----------ca
gi|26 : TCACA-G-A-A-AA-CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--AA----------A-AA--TA---G-A----------TATGT----C-GATTTAaccaagtgtgtatgttgactt
gi|4 : TCACC-GTA-A-A--CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--AAATAGCGAACCA-AA--TC---T-G----------TTTGT----C-AATTTAa
gi|1 : CACC-GTG-A-A--CA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--------------A-AA--TA---T-A----------TATGT----
gi|30 : ACC-G-A-A-AAGC---G-TGTAAACAGTAG-CT--T--AA----------A-AA--TA---C-G----------TTCGT----C-GGTTTataaccaaatctgtttgtcaatataa
gi|32 : -G-A-A-A--CA--G-TGTAAACAGTAGTTT--T--AA----------A-AA--AC---T-G----------TTTGT----C-G-TTTAga
gi|34 : a-A-A-A--CA--G-TGTAAATAGTTG-TT--T--A-----------A-AA--TA---T-G----------TTTGT----C-GATTTAaaa
gi|38 : --CA--G-TGTAAACAGCAG-TT--T--AA----------C-AG--TC---T-G----------TTTGT----C-AATTTAa
gi|11 : --CA--G-TGTAAACAGAAG-TT--T--AA----------A-TA--TA---T-AACCAAATCTGTTTGT----C-GATTTAa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TATAGTGGCAACCAGCGTAAACAGTATTTTAAATAGATAACCAAATCTGTTTCTCGATTTAA
Unaligned ( gi|7 ): GCTACCATAAACAGTGTAAACAATATTTTAAAAGAGAGCAAAAAGTGTGTGTCGACTT
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTGTAAACACTAGTTCAAGTTGATAACCAAATCTGTTTGTTGATTTAA
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG
Alignments
lowQualScore : 2222222222
lowQualScore : 1 22 1 3 22 555555555 5555555555 1 777777 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ......... .......... . ...... . .
lowQualScore : 1 66 1 2 66 777777777 9999999999 1 777777 2 3
consensus : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-AA-TN---T-GTTTGTC-GATTTA
Reference ( family-230 ) : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-AA-TA---T-GTTTGTC-GATTTA
gi|1 : CACCGTGAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-TA-TA---T-AT
gi|10 : CAACATCACCGAAAAC-A--G-TGTAAAATGTAG-GT--TA---------AAT--------A-AA-TC---T-GTTAGGC-GATTTgtataaccaaatctgtttgtcaatataa
gi|11 : aC-A--G-TGTAAACAGAAG-TT--TA---------AATATATAACCA-AA-TC---T-GTTTGTC-GATTTAga
gi|12 : tgaacgcCAATGTCATCAAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------ATAA-TA---T-TTCTGTC-GATTTa
gi|13 : aAACGCCATCGAAAAT-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--TG---------AAT--------A-AA-TC---T-GTTTGGC-AATTTta
gi|14 : AACGTCACCGAAAAT-A--G-TACAAACAAAAG-TT--AA---------AC---------A-AA-CC---T-GTTTGTC-AATATAga
gi|15 : aaAATGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGAAG-TTGACA---------A----------A-AA-TC---T-GTTTGTG-GATTTA
gi|16 : ACGTCACCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--TA---------A----------A-AA-GA---TGGTTTGTC-AATTTA
gi|17 : tCAATGTCACCGAAAAC-C--G-TGTTAACAGTAG--T--TA---------A----------A-AG-TC---T-GTTTGTC-GATTTA
gi|18 : aAAAGTCACTGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-CATTT---T-GTTTGTC-GATTTAa
gi|19 : AACATCACCAAAAAC-A--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-TA---------A----------A-AA--A---T-GTTTGTC-GTTTTA
gi|2 : AACC-A--G-CGTAAACAGTAT-TT--TA---------AATAGATAACCA-AA-TC---T-GTTTCTC-GATTTAa
gi|20 : tatagtggcACATCACCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTGG-TT--T---------------------A-AA-CA---C-GCTTGTC-AATTa
gi|21 : cgtgCAACGTAATCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--TA---------A----------A-AA-CAT--T-GTTTATaa
gi|22 : gtttaCAACGTCACCGAAA-C-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------G----------A-AA-TA---T-ATTTGTC-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACCGAAAAA-AA-G-TGTAAACAGTAG-TT------------------------A-AA-CA---C-GTTTGTC-GATTT
gi|24 : AC-T--G-TGTAAACACTAG-TT--CA---------AGTTGATAACCA-AA-TC---T-GTTTGTT-GATTTAga
gi|25 : AACCTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAGCAGTAG-TT--TA---------A----------A-AA-TA---T-GTTTGTA-GATTa
gi|26 : TCACAGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-AA-TA---G-ATATGTC-GATTTA
gi|27 : CAATGTCACCAATAAG-A--G-TGTAATCAGTAG-TT--TA---------A----------A-AA-AT---T-GTTCGTC-a
gi|28 : taACGTCACCGAAAACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------A----------A-
gi|29 : ACGTCATCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TT---------A----------A-AA-GA------TCTGTT-GATTTtgaatcggacgatt
gi|3 : CGCCACCGCAAAC-A--A-TATAAACAGTAG-AT--TA---------A----------A-
gi|30 : ACCGAAAAG-C--G-TGTAAACAGTAG-CT--TA---------A----------A-AA-TA---C-GTTCGTC-GGTTTcagataaccaagtgtgtatgttgactt
gi|31 : CAACATCACC-AAAAG-A--G-TGTAAACAGTAA-TT--TA---------A----------A-AA-TC---T--TTTGTC-ga
gi|32 : aAAAC-A--G-TGTAAACAGTAGTTT--TA---------A----------A-AA-AC---T-GTTTGTC-G-TTTA
gi|34 : agAAAC-A--G-TGTAAATAGTTG-TT--T----------A----------A-AA-TA---T-GTTTGTC-GATTTAaaa
gi|36 : ACGTCACCAGAAAC-A--GGTGTAAACAGTCG-TT--TA---------A----------A-a
gi|37 : CAACGTCACCAAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--Ttaaatca
gi|38 : aC-A--G-TGTAAACAGCAG-TT--TA---------A----------C-AG-TC---T-GTTTGTC-AATTTAgtcaat
gi|39 : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--Ta
gi|4 : aTCACCGTAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TA---------AATAGCGAACCA-AA-TC---T-GTTTGTC-AATTTAt
gi|5 : CAACGTCAC-AAAGAC-ATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--TG---------A----------A-AA-TA---T-GTTTGCC-GATTT
gi|6 : ttgCAACAGCACAGAAAAC-A--G-TATAAACAGTAG-TT--TA---------AAT--------A-AA-TG---T-ATGTATCTAATTTAga
gi|7 : ACCATAAAC-A--G-TGTAAACAATAT-TT--TAAAAGAGAGCA----------A-AA-AG---T-GTGTGTC-GACTTgt
gi|8 : gctCAACGTCACCGAAGAC-A--G-TGTAAAAAG-AG-CT--TAG--------A----------A-AA-CT---T-ATTTGAT-GATTT
gi|9 : ttaCAACGTCACTGAAAAC-A--G-TATAAACAGATG-TT--TA---------A----------A-AA-AATCCT-GTTTATC-GATTTca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333
lowQualScore : 1 22 1 3 22 11 555555555 8888888888888888 1 555555 1 1
lowQualScore : . .. . . .. .. ......... ................ . ...... . .
lowQualScore : 1 66 1 2 66 55 777777777 4444444444444444 1 333333 2 2
consensus : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-AA---T-CT-GTTTGTC-GATTTA
Reference ( family-230 ) : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-AA---T-NT-GTTTGTC-GATTTA
gi|1 : CACCGTGAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------AATATATATGTATAACCA-AA---T-CT-GTTTGTC-AATATA
gi|10 : CAACATCACCGAAAAC-A--G-TGTAAAATGTAG-GT--T--A---------AAT--------------A-AA---T-CT-GTTAGGC-GATTTa
gi|11 : aC-A--G-TGTAAACAGAAG-TT--T--A---------AATATATAACC------A-AA---T-CT-GTTTGTC-GATTTAga
gi|12 : tgaacgcCAATGTCATCAAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------ATAA---T-AT-TTCTGTC-GATTTa
gi|13 : aAACGCCATCGAAAAT-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--G---------AAT--------------A-AA---T-CT-GTTTGGC-AATTTta
gi|14 : AACGTCACCGAAAAT-A--G-TACAAACAAAAG-TT--A--A---------AC---------------A-AA---C-CT-GTTTGTC-AATATAga
gi|15 : aaAATGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGAAG-TTGAC--A---------A----------------A-AA---T-CT-GTTTGTG-GATTTA
gi|16 : ACGTCACCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A---------A----------------A-AA---G-ATGGTTTGTC-AATTTA
gi|17 : tCAATGTCACCGAAAAC-C--G-TGTTAACAGTAG--T--T--A---------A----------------A-AG---T-CT-GTTTGTC-GATTTA
gi|18 : aAAAGTCACTGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-CAT--T-TT-GTTTGTC-GATTTAa
gi|19 : AACATCACCAAAAAC-A--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-T--A---------A----------------A-AA-----AT-GTTTGTC-GTTTTA
gi|2 : AACC-A--G-CGTAAACAGTAT-TT--T--A---------AATAGATAACC------A-AA---T-CT-GTTTCTC-GATTTAa
gi|20 : tatagtggcACATCACCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTGG-TT--T--A---------A----------------A-CA------C-GCTTGTC-AATTa
gi|21 : cgtgCAACGTAATCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A---------A----------------A-AA---CATT-GTTTATaa
gi|22 : gtttaCAACGTCACCGAAA-C-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------G----------------A-AA---T-AT-ATTTGTC-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACCGAAAAA-AA-G-TGTAAACAGTAG-TT--------------------------------A-AA---C-AC-GTTTGTC-GATTT
gi|24 : AC-T--G-TGTAAACACTAG-TT--C--A---------AGTTGATAACC------A-AA---T-CT-GTTTGTT-GATTTAga
gi|25 : AACCTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAGCAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-AA---T-AT-GTTTGTA-GATTa
gi|26 : TCACAGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-AA---T-AG-ATATGTC-GATTTA
gi|27 : CAATGTCACCAATAAG-A--G-TGTAATCAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-AA---A-TT-GTTCGTC-a
gi|28 : taACGTCACCGAAAACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------A----------------A-
gi|29 : ACGTCATCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TTAA---------A----------------A-GA---T-CT-GTT-----GATTTtgaatcggacgatt
gi|3 : CGCCACCGCAAAC-A--A-TATAAACAGTAG-AT--T--A---------AACAGATAACC------A-AG---T-GT-GTATGTT-GACTT
gi|30 : ACCGAAAAG-C--G-TGTAAACAGTAG-CT--T--A---------A----------------A-AA---T-AC-GTTCGTC-GGTTT
gi|31 : CAACATCACC-AAAAG-A--G-TGTAAACAGTAA-TT--T--A---------A----------------A-AA---T-CT--TTTGTC-ga
gi|32 : aAAAC-A--G-TGTAAACAGTAGTTT--T--A---------A----------------A-AA---A-CT-GTTTGTC-G-TTTA
gi|34 : agAAAC-A--G-TGTAAATAGTTG-TT--T------------A----------------A-AA---T-AT-GTTTGTC-GATTTAaaa
gi|36 : ACGTCACCAGAAAC-A--GGTGTAAACAGTCG-TT--T--A---------A----------------A-a
gi|37 : CAACGTCACCAAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--taaatca
gi|38 : aC-A--G-TGTAAACAGCAG-TT--T--A---------A----------------C-AG---T-CT-GTTTGTC-AATTTAgtcaat
gi|39 : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|4 : aTCACCGTAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A---------AATAGCGAACC------A-AA---T-CT-GTTTGTC-AATTTAt
gi|5 : CAACGTCAC-AAAGAC-ATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--T--G---------A----------------A-AA---T-AT-GTTTGCC-GATTT
gi|6 : ttgCAACAGCACAGAAAAC-A--G-TATAAACAGTAG-TT--T--A---------AAT--------------A-AA---T-GT-ATGTATCTAATTTAga
gi|7 : ACCATAAAC-A--G-TGTAAACAATAT-TT--T--AAAAGAGAGCA----------------A-AA---A-GT-GTGTGTC-GACTTgt
gi|8 : gctCAACGTCACCGAAGAC-A--G-TGTAAAAAG-AG-CT--T--AG--------A----------------A-AA---C-TT-ATTTGAT-GATTT
gi|9 : ttaCAACGTCACTGAAAAC-A--G-TATAAACAGATG-TT--T--A---------A----------------A-AAAATC-CT-GTTTATC-GATTTca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333
lowQualScore : 1 22 1 3 22 11 1 0000000000000000 7777777777 222 777777777777 1 1
lowQualScore : . .. . . .. .. . ................ .......... ... ............ . .
lowQualScore : 1 66 1 2 66 55 1 0000000000000000 7777777777 111 555555555555 2 3
consensus : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
Reference ( family-230 ) : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|1 : CACCGTGAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATATATATGTATAACCA----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATATA
gi|10 : CAACATCACCGAAAAC-A--G-TGTAAAATGTAG-GT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTAGGC-GATTTa
gi|11 : aC-A--G-TGTAAACAGAAG-TT--T--A-A----------------ATATATAACCAA---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTAga
gi|12 : tgaacgcCAATGTCATCAAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------AT---------A---A---T-A------T-TTCTGTC-GATTTa
gi|13 : aAACGCCATCGAAAAT-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--G-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGGC-AATTTta
gi|14 : AACGTCACCGAAAAT-A--G-TACAAACAAAAG-TT--A--A-AC---------------A----------A---A---C-C------T-GTTTGTC-AATATAga
gi|15 : aaAATGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGAAG-TTGAC--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTG-GATTTA
gi|16 : ACGTCACCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---G-A------TGGTTTGTC-AATTTA
gi|17 : tCAATGTCACCGAAAAC-C--G-TGTTAACAGTAG--T--T--A-A----------------A----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|18 : aAAAGTCACTGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------C---AT--T-T------T-GTTTGTC-GATTTAa
gi|19 : AACATCACCAAAAAC-A--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-T--A-A----------------A----------A---A-----A------T-GTTTGTC-GTTTTA
gi|2 : AACC-A--G-CGTAAACAGTAT-TT--T--A-AATAGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTCTC-GATTTAa
gi|20 : tatagtggcACATCACCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTGG-TT--T--A-A----------------A----------C---A------------C-GCTTGTC-AATTa
gi|21 : cgtgCAACGTAATCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---CAT------T-GTTTATaa
gi|22 : gtttaCAACGTCACCGAAA-C-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-G----------------A----------A---A---T-A------T-ATTTGTC-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACCGAAAAA-AA-G-TGTAAACAGTAG-TT------------------------A----------A---A---C-A------C-GTTTGTC-GATTT
gi|24 : AC-T--G-TGTAAACACTAG-TT--C--A-AGTTGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTT-GATTTAga
gi|25 : AACCTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAGCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTA-GATTa
gi|26 : TCACAGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------G-ATATGTC-GATTTA
gi|27 : CAATGTCACCAATAAG-A--G-TGTAATCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---A-T------T-GTTCGTC-a
gi|28 : taACGTCACCGAAAACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------ATG--------A---A---T-C------
gi|29 : ACGTCATCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TTAA-A----------------A----------G---A---T-C------T-GTT-----GATTTggacgatt
gi|3 : CGCCACCGCAAAC-A--A-TATAAACAGTAG-AT--T--A-A----------------A----------
gi|30 : ACCGAAAAG-C--G-TGTAAACAGTAG-CT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------C-GTTCGTC-GGTTTcagataaccaagtgtgtatgttgactt
gi|31 : CAACATCACC-AAAAG-A--G-TGTAAACAGTAA-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T--TTTGTC-ga
gi|32 : aAAAC-A--G-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---A-C------T-GTTTGTC-G-TTTA
gi|34 : agAAAC-A--G-TGTAAATAGTTG-TT--T----A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTC-GATTTAaaa
gi|36 : ACGTCACCAGAAAC-A--GGTGTAAACAGTCG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------a
gi|37 : CAACGTCACCAAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|38 : aC-A--G-TGTAAACAGCAG-TT--T--A-A----------------C----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAgtcaat
gi|39 : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|4 : aTCACCGTAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATAGCGAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAt
gi|5 : CAACGTCAC-AAAGAC-ATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--T--G-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGCC-GATTT
gi|6 : ttgCAACAGCACAGAAAAC-A--G-TATAAACAGTAG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-G------T-ATGTATCTAATTTAga
gi|7 : ACCATAAAC-A--G-TGTAAACAATAT-TT--T--A-A----------------A----------AGAGA---G-CAAAAAGT-GTGTGTC-GACTTgt
gi|8 : gctCAACGTCACCGAAGAC-A--G-TGTAAAAAG-AG-CT--T--AGA----------------A----------A---A---C-T------T-ATTTGAT-GATTT
gi|9 : ttaCAACGTCACTGAAAAC-A--G-TATAAACAGATG-TT--T--A-A----------------A----------A---AAATC-C------T-GTTTATC-GATTTca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333
lowQualScore : 1 22 1 3 22 11 1 0000000000000000 7777777777 222 777777777777 1 1
lowQualScore : . .. . . .. .. . ................ .......... ... ............ . .
lowQualScore : 1 66 1 2 66 55 1 0000000000000000 7777777777 111 555555555555 2 3
consensus : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
Reference ( family-230 ) : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|1 : CACCGTGAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATATATATGTATAACCA----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATATA
gi|10 : CAACATCACCGAAAAC-A--G-TGTAAAATGTAG-GT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTAGGC-GATTTa
gi|11 : aC-A--G-TGTAAACAGAAG-TT--T--A-A----------------ATATATAACCAA---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTAga
gi|12 : tgaacgcCAATGTCATCAAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------AT---------A---A---T-A------T-TTCTGTC-GATTTa
gi|13 : aAACGCCATCGAAAAT-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--G-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGGC-AATTTta
gi|14 : AACGTCACCGAAAAT-A--G-TACAAACAAAAG-TT--A--A-AC---------------A----------A---A---C-C------T-GTTTGTC-AATATAga
gi|15 : aaAATGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGAAG-TTGAC--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTG-GATTTA
gi|16 : ACGTCACCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---G-A------TGGTTTGTC-AATTTA
gi|17 : tCAATGTCACCGAAAAC-C--G-TGTTAACAGTAG--T--T--A-A----------------A----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|18 : aAAAGTCACTGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------C---AT--T-T------T-GTTTGTC-GATTTAa
gi|19 : AACATCACCAAAAAC-A--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-T--A-A----------------A----------A---A-----A------T-GTTTGTC-GTTTTA
gi|2 : AACC-A--G-CGTAAACAGTAT-TT--T--A-AATAGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTCTC-GATTTAa
gi|20 : tatagtggcACATCACCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTGG-TT--T--A-A----------------A----------C---A------------C-GCTTGTC-AATTa
gi|21 : cgtgCAACGTAATCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---CAT------T-GTTTATaa
gi|22 : gtttaCAACGTCACCGAAA-C-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-G----------------A----------A---A---T-A------T-ATTTGTC-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACCGAAAAA-AA-G-TGTAAACAGTAG-TT------------------------A----------A---A---C-A------C-GTTTGTC-GATTT
gi|24 : AC-T--G-TGTAAACACTAG-TT--C--A-AGTTGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTT-GATTTAga
gi|25 : AACCTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAGCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTA-GATTa
gi|26 : TCACAGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------G-ATATGTC-GATTTA
gi|27 : CAATGTCACCAATAAG-A--G-TGTAATCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---A-T------T-GTTCGTC-a
gi|28 : taACGTCACCGAAAACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------ATG--------A---A---T-C------
gi|29 : ACGTCATCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TTAA-A----------------A----------G---A---T-C------T-GTT-----GATTTggacgatt
gi|3 : CGCCACCGCAAAC-A--A-TATAAACAGTAG-AT--T--A-A----------------A----------
gi|30 : ACCGAAAAG-C--G-TGTAAACAGTAG-CT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------C-GTTCGTC-GGTTTcagataaccaagtgtgtatgttgactt
gi|31 : CAACATCACC-AAAAG-A--G-TGTAAACAGTAA-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T--TTTGTC-ga
gi|32 : aAAAC-A--G-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---A-C------T-GTTTGTC-G-TTTA
gi|34 : agAAAC-A--G-TGTAAATAGTTG-TT--T----A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTC-GATTTAaaa
gi|36 : ACGTCACCAGAAAC-A--GGTGTAAACAGTCG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------a
gi|37 : CAACGTCACCAAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|38 : aC-A--G-TGTAAACAGCAG-TT--T--A-A----------------C----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAgtcaat
gi|39 : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|4 : aTCACCGTAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATAGCGAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAt
gi|5 : CAACGTCAC-AAAGAC-ATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--T--G-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGCC-GATTT
gi|6 : ttgCAACAGCACAGAAAAC-A--G-TATAAACAGTAG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-G------T-ATGTATCTAATTTAga
gi|7 : ACCATAAAC-A--G-TGTAAACAATAT-TT--T--A-A----------------A----------AGAGA---G-CAAAAAGT-GTGTGTC-GACTTgt
gi|8 : gctCAACGTCACCGAAGAC-A--G-TGTAAAAAG-AG-CT--T--AGA----------------A----------A---A---C-T------T-ATTTGAT-GATTT
gi|9 : ttaCAACGTCACTGAAAAC-A--G-TATAAACAGATG-TT--T--A-A----------------A----------A---AAATC-C------T-GTTTATC-GATTTca
blockSeqs : T TG G T GA TA G ATAGATAACC TATATAACCA GAG GCAAAAAG G T
blockSeqs : . A . T A . . GTTGATAACC TG . AATCC . .
blockSeqs : . . . T . . . ATAGCGAACC T . TTT . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . CAT . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ****************
originalCons : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
finalCons : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333
lowQualScore : 1 22 1 3 22 11 1 0000000000000000 7777777777 222 777777777777 1 1
lowQualScore : . .. . . .. .. . ................ .......... ... ............ . .
lowQualScore : 1 66 1 2 66 55 1 0000000000000000 7777777777 111 555555555555 2 3
consensus : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
Reference ( family-230 ) : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|1 : CACCGTGAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATATATATGTATAACCA----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATATA
gi|10 : CAACATCACCGAAAAC-A--G-TGTAAAATGTAG-GT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTAGGC-GATTTa
gi|11 : aC-A--G-TGTAAACAGAAG-TT--T--A-A----------------ATATATAACCAA---A---T-C------T-GTTTGTC-GATTTAga
gi|12 : tgaacgcCAATGTCATCAAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------AT---------A---A---T-A------T-TTCTGTC-GATTTa
gi|13 : aAACGCCATCGAAAAT-A--A-TGTAAACAGTAG-TT--T--G-AAT--------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGGC-AATTTta
gi|14 : AACGTCACCGAAAAT-A--G-TACAAACAAAAG-TT--A--A-AC---------------A----------A---A---C-C------T-GTTTGTC-AATATAga
gi|15 : aaAATGTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAACAGAAG-TTGAC--A-A----------------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTG-GATTTA
gi|16 : ACGTCACCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---G-A------TGGTTTGTC-AATTTA
gi|17 : tCAATGTCACCGAAAAC-C--G-TGTTAACAGTAG--T--T--A-A----------------A----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-GATTTA
gi|18 : aAAAGTCACTGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------C---AT--T-T------T-GTTTGTC-GATTTAa
gi|19 : AACATCACCAAAAAC-A--A-TGTAAGCAGTAG-TTA-T--A-A----------------A----------A---A-----A------T-GTTTGTC-GTTTTA
gi|2 : AACC-A--G-CGTAAACAGTAT-TT--T--A-AATAGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTCTC-GATTTAa
gi|20 : tatagtggcACATCACCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTGG-TT--T--A-A----------------A----------C---A------------C-GCTTGTC-AATTa
gi|21 : cgtgCAACGTAATCGAAAAC-A--A-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---CAT------T-GTTTATaa
gi|22 : gtttaCAACGTCACCGAAA-C-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-G----------------A----------A---A---T-A------T-ATTTGTC-GATTTA
gi|23 : CAACGTCACCGAAAAA-AA-G-TGTAAACAGTAG-TT------------------------A----------A---A---C-A------C-GTTTGTC-GATTT
gi|24 : AC-T--G-TGTAAACACTAG-TT--C--A-AGTTGATAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTT-GATTTAga
gi|25 : AACCTCACCGAAAAC-A--G-TGTAAGCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTA-GATTa
gi|26 : TCACAGAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------G-ATATGTC-GATTTA
gi|27 : CAATGTCACCAATAAG-A--G-TGTAATCAGTAG-TT--T--A-A----------------A----------A---A---A-T------T-GTTCGTC-a
gi|28 : taACGTCACCGAAAACTA--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-A----------------ATG--------A---A---T-C------
gi|29 : ACGTCATCAAAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--TTAA-A----------------A----------G---A---T-C------T-GTT-----GATTTggacgatt
gi|3 : CGCCACCGCAAAC-A--A-TATAAACAGTAG-AT--T--A-A----------------A----------
gi|30 : ACCGAAAAG-C--G-TGTAAACAGTAG-CT--T--A-A----------------A----------A---A---T-A------C-GTTCGTC-GGTTTcagataaccaagtgtgtatgttgactt
gi|31 : CAACATCACC-AAAAG-A--G-TGTAAACAGTAA-TT--T--A-A----------------A----------A---A---T-C------T--TTTGTC-ga
gi|32 : aAAAC-A--G-TGTAAACAGTAGTTT--T--A-A----------------A----------A---A---A-C------T-GTTTGTC-G-TTTA
gi|34 : agAAAC-A--G-TGTAAATAGTTG-TT--T----A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGTC-GATTTAaaa
gi|36 : ACGTCACCAGAAAC-A--GGTGTAAACAGTCG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-C------a
gi|37 : CAACGTCACCAAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|38 : aC-A--G-TGTAAACAGCAG-TT--T--A-A----------------C----------A---G---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAgtcaat
gi|39 : CAACGTCACCGAAAAC-A--G-TGTTAACAGTAG-TT--T--a
gi|4 : aTCACCGTAAAC-A--G-TGTAAACAGTAG-TT--T--A-AATAGCGAACC------A----------A---A---T-C------T-GTTTGTC-AATTTAt
gi|5 : CAACGTCAC-AAAGAC-ATGG-TGTAAAAAGTTG-TT--T--G-A----------------A----------A---A---T-A------T-GTTTGCC-GATTT
gi|6 : ttgCAACAGCACAGAAAAC-A--G-TATAAACAGTAG-TT--T--A-AAT--------------A----------A---A---T-G------T-ATGTATCTAATTTAga
gi|7 : ACCATAAAC-A--G-TGTAAACAATAT-TT--T--A-A----------------A----------AGAGA---G-CAAAAAGT-GTGTGTC-GACTTgt
gi|8 : gctCAACGTCACCGAAGAC-A--G-TGTAAAAAG-AG-CT--T--AGA----------------A----------A---A---C-T------T-ATTTGAT-GATTT
gi|9 : ttaCAACGTCACTGAAAAC-A--G-TATAAACAGATG-TT--T--A-A----------------A----------A---AAATC-C------T-GTTTATC-GATTTca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TACAATGGTGAATGCCACTGTAAACAGAAGTTTAAACAGATAAC
Unaligned ( gi|35 ): CACCGAAAATAATGTAAATAGAACTTTAAAAAAAAAAACATG