lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 1
lowQualScore : . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .
lowQualScore : 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTANCTTCGTAAAA---GA-C-ATTCCTGCC-AA-GT-TT------GGTTCGAT----T---T----GGTTCAGT-GGTTTCGGAGAAGAAGA-------AT---A------A----A-------ATNTCGG-CC-A-TCA--AA--ANCATTATTC-ACCCTGGCG----GCCATGT--TG-AATTTC----GAT--CG-----GA-CG-GAA--A--AAC--ACA-AACT--TNG---T------GGAG--GNC-----GA-C-CA---A---A--G-AA---CATTCCT-GCCAA-G-T-TTGG---T--TCA---A---TT-T------A------GTT---AA-G---T--TG-T--TT----T------G-----A-AAAAN----A--T-T-TTT----G-----------A--AATT-----TCA--GCCGA-TCA---AAAA--CATTATN-C--ACAC-TG--GC--A-TCC-ATGGT-AA-T---A-------T-------C---CAA---N--T--GGAACGA----AA-AA--AA---CACAAAC--T--TTA---AG--T-----A--GA---C--C-ACC----------C-A--G-GAA---CAT-T-CC---T----------GC--CAA-G--T-----T-T-----------G-----GT--TCAAT--T---------T----GG------TTTCG--A---------AGAA-----G----A------T----TTTT----G--------A-AATATCAGCCAA-T---CAGAAAGCATTATT-CACN--C-TGG----CAG-NC---C---TGT--TG-A--AT---T--N--CGGA---AC-------G-GAACCAAACAACA--CA-AAC--TTNGT------AGAGGACCAC---C--CA--ACGA--ACATTCCTG-NAA-G-TTT--GT--TT----AAAT---T------T-------TG-------G-TT-C---A-G-AG-A----AATTN------AAGTATNAC--AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( gi|1 ) : CATGTAGTTGTTTCAGAAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAA---GA-C-ATTTCTGTC-A--GTGTT------GGTTCAAT----T---T----GGATCAGT-AGTTTTGGAGAAGAAGA-------G----A------A----A-------ATCTTAG-CC-A-TCACCAA--AGCATGGTTT-ACCCTGACA----GCCATGT--TG-AATTTCC---CAT--TG-----GA-CG-GAA--A--AAC--ACA-AACT--TTG---T------GGAG--ATC----TGA-C-CA---A---A--G-CA---CATTTCT-GACAA-G-T-TTGG---T--TCA---A---TT-T------A------GCT---AA-G---C--TG-T--TT----T------G-----A-AAAAG----A--T-T-CTT----G-----------G--AATT-----TCA--GTCCA-CCA-TTAAAA--CATTACG-T--ACAC-TA--GC--A-TCT-ATGGT-AA-T---A-------T-------C---CAG---T--T--GGAATAA----AA-AA--AA---CACAAAC--T--TTA--CAG--T-----A--GA---C--C-ACC----------C-A--G-GAA---CAC-T-CC---T----------CT--CAA-G--T-----T-T-----------G-----GT--TCAAT--T---------T----GA------TTTCG--A---------AGAA-----G----A------T----TTTT----G--------A-AATATCAGCAAA-T---CAGAAAGCATTATT-TACA--C-TAG----CAG-GC---C---TGT--TG-A--AT---T--G--CAGA---AC-------G-AAACCAAACAACA--CC-AAC--TTTGT------AGAGGACGAC---T--CA--GGGA--ACATTCCTGACAA-G-TCT--GT--TT----AAAT---T------T-------TG-------G-TT-C---A-G-AG-A----AATTT------AAGTATTGC--AAGTTTACAGATGACAAAGT
gi|2 : AAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTAA--------C-ATTCCTGTA-AA-GT-TT------GGTTTAAT----T---TTTCTAGATCGGT-TGCT---GAGAAGTTGT-------TT---A------A----A-------ACATTGG-CA-A---ATCAGGTATCATAATTC-ACCCTTAAAAGTTGCCATAT--TG-AATTTTT---GAT--CA-----TA-AG-CAA--A--AACACACA-AACTAATTA---A------GGAACCATC----CAA-T-TA------------CA---TATACCT-GCCAG-T-T-TCGG---T--TCA---ATGCTT-T--------------TT---AA-G------TG-A--TTACAGA------G-----A-AAAAACGT-G--T-T-TTT----GTTTTTTTTAAAG--AA--------CA--GCTAA-TCA--GAAAA--CATAATT-C--GCCC-TG--GCTGC-TCT-AT--T-AAGT---A-------T-------C---TAA---A--C--AGG--AA----GA-AA--AT---CACAACC--T--T-----AG--T-----A--GAGTCC--C-ACT----------CAA--G-GAA---AAT-T-CT---TGAACGGTTTGTT--TAA-A--T-----T-T-----------T-----G---TCAAT--T---------T----G-------TTTTG--G---------AGAA-----GTCA-A------T----TT---------------A-AACATCA
gi|21 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccAGCTTTGTAAAAGGGGA-C-ATTTCAATC-A--G-GTTTAACTAAGTATGGT----T---T----GATTCAAT-GGTTTTGAAGTAGA
gi|8 : CTTCATAGAG---GAAC-ATTTCTACCAA--GT-CT------AGCTTGGT----T---A----GGTCCAGT-GGTTTTGAAGAAGAAAT-------GTTTTG------A----A-------ATTTCAG-CCAA-TCA-GAA--AGCAAAATTT-ACACTGATG----GTAATGT--AA-AATTTCT---AAA--TG-----GA-AT-GAA--A--GAT--ACA-ACCT--TTG---TAATGCAAAAG--GTC------A-C-CA---A---G--GAAA---CA--ACC-GCCAA-G-TCTCAG---TCATTA---C---TT-T------C------G--------G---T--GG-T--TT----T------GAAGAAA-AAAAG----A--T-TACTT----------------A--AATT-----TCA--GCTTA-TCA--GAAAG--CATT
gi|16 : AAA---GA-GGATTCCTACC-A--GGGTG------GG-------------------GGACCAGA-AGTTT---AGAAGGGGA-------A----T------A----ATTTCGATATTTCAGGCT-A-TGAA-GA--GGCAGTATTT-ACCCTGGCA----GCAATTG--TG-GATTT-------T--AG-----AA-CG-GAA--cttgaccatggtggccatgttgct
gi|4 : ttcA-C-ATTCTTG-C-AAAGT-TT------GGTTAAAT----T---C----TGTGCAAT-GGTTTTGGA----ATTATTTTTTTA----A------A----A-------ATC--AG-CC-AATCAG-AA--AATATTATTC-ACACTGGTG----GTCATAT--TG-CACATC------T--TGAAAAGGA-CA--AA--A--AAC--ACA-ACCT--T--------------AA--AACAGGATAA-T-GA---A---A--G-AAA--CATTGTC-GCAAA-G-T-TTGT---T--TCA---A---TTCT------A------TTT---AA--------TG-G--TT----T------C-----A-GAACT-------T-T-TTT----A-----------A--AAAA-----TCT--GACAA-CCA--GAAAA--TATTTTT-T--ACAC-TG--GT--A-GCC-AC-----A-T---A-------T-------T---GAA---TACT--GGAATGA----GA-TA--AACACCACAAAA--T--T-----GG--T-----A--G------------------------A--A-GAA---CA---------------------T--CAA----T-----A-T-----------G-----AT--TAAAT--TTTGCCAAC-T----GA------TTTGGTTA---------AGAA-----A----A-------------TT----A--------A-AATGT-AACAAAGTTAACAGAAGACAtgaaaaa
gi|6 : ttcacactggtggccatattgaacttggtagaggaccatgaacggaA-C-ATTCCTGCA-A--GATTT------GGTTAAATACATT---T-------TCAAT-GGTCACAGAGAAAATGATTTTTTTA----A------A----A-------ATGGTTG----A-TCAG-AA--AACATTTTTC-GCTCCGGCA----GCCATTT--TC-AAT-------AAT--GA-----GA-CT-AAA--A--AA---ATA-AACT--TTGTATT------GGAG--a
gi|13 : ggaataatatttggccaatttgttttagagaagatgttttaattatcagccaataagaaattataattcacttttgcagtcttacgatcaaaccctaaaaaaatttagttgaagacaaccaaccaatgaCTGCC-AA-GT-TT------GATTCAAT----T------------CAGTTAGTTTTGTAGAAGCAGA------------ATTTTT-A----A-------ATATCAG-CCAA-TCA-AAA--ATCATTTTTT-A---TGTTT----GCCATGT--TG--CTTT-------T--TG-----AT-CA-G-------AAC--A-A-AACC---------------------AC---------C-CA---G---A--G-AA---CATACCT-GCCAA-A-T-TTGG---T--TCAGTGA---TT-A------A------GGA---AATG---C--TA-T--TT----T------T-----A-AAAtattaaatgaatattattgcaaagtatagatatattaatcgattggtttcagagaagttgtttcaaaacatcagc
gi|11 : aacagaatttcaaatccagagaataataTT------GGTTCTAT----TCTTT----TAA--AGT-GATTCATGAGAAGAAAA-------A----T------A----A-------ATC--------A-T----AA--AGCATTGTTCGATCTTGTC-----GCTATAT--TG-AATGCCTAAACA----G-----GA-C--GAA--A--ATC--ACA-ACAT--TAA---A------CGAGC-AAC------A-CTCA---A---A--G-AA---CATTCCA-G-CAACG-A-TTGT---T--TAA---A-------------A------GCC---AA-T---T--TG-T--TT----T------
gi|7 : caactacacactaccattacccaaagtatgtGTTCAAT----T---T----GGTTCTGT-GATGTC--ACAA-AACA-------GTTTTG------A----A-------ATTTCAG-----------AA--AACATTATC--ACTTTGATA----GCCATAC--TG-CTTTTCC---AAT--TT--------TGTGAA--A--AAC--AAATAAC------------------AG--GCC------A-C-AAT--A---G--G-AA---CATTCCT-ACCAA-A-T-TTAG---T--T------------T------A------G---------------TG-G--TT----TCAAAAAA-----A-AAAAG----A------ATT----G-----------G--AATT-----TCA--GTCAG-TCA--GAAAG--CATAAT---------------C--A-CCT-ATGATGAA-T---T-------T-------C---TGA---A--A--GGAACGA----AA-AA--TA---CACGG----T--T-----AG--TAA---A--GA---T--CGATC----------C-A--GCAAA---CAC-T-GT---T----------TTGCCAA-A--T-----T-TTAACTCAATCAG-----GT--TCAA-------------T----GA------TTTCA--A---------ACAA-----G----A------tggaga
gi|7 : aaagcaaaatatAAT----T---T----AGTTTAGT-GGTTTCAAAAAAAAAAA-------G----A------ATTGGA-------ATTTCAG-TC-AGTCAG-AA--AGCATAAT----------CA----CCTATGA--TG-AATTTCT---GAA--AG-----GA-AC-GAA--A--AAT--ACA-CGGT--TAG---T------AAAG--ATC-----GATC-CAGC-A---A--A-CA---CTGTTTT-GCCAA-ATT-TTAA---C--TCA---A---Tcaccaacaaaata
gi|9 : aaagcaaaatatgttcaatttggttctgtgatgtcacaaaacagttttgaaatttcagaaaacattatcactttgatagccatactgcttttccaattttgtgaaaaacaaataacaggccacaataggaacattcctaccaTCAGT-GGTTTCAGAGAAGAAAA-------AT---ATTTTTTA----A-------ATC--GG-CCAA-TCA-GAA--AACATTATCC-ACAATAGTG----GCCATAC--TG-AATATCA---AA-----------A-CG-GGACCA--AAA--ACA-AACA--TTT---T------AGAG--GCC----CAA---CA---A---A--G-GA---AAGTCAT-GGAAA-GTT-TTTG---T--GAA---A---TT-T------T------GTT---CA-G---T--GG-T--TC----C------G-----T-AGAAT----A--T-T-TTT----T-----------A--AA-A-----TCA--GTCcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|20 : gcAG-CC-A---ATCAG--ATTATAATAC-ATCCTGGCA----GCCATAT--TG-AATTTCA---GAT--CA-----GA-AT-CAA--A--AAC--ACA-AATT--TGG---T------AGAaatctggtggccatattgaatatccaaatgagaggtaggttaaacactata
gi|5 : ataccAA--AACATTGTTA-ACTCTGGCA----TTCACAT--TG-CTTTTCA---GATCTTT-----AA----GAA--A--AAT--GTA-AATT--TTA---T------GGAG--GAC----T-A-CACA---A---C--G-AATTTCATTTCCAGCCAT-G-T-TTGT---T--AGG---A---TT-T------A------ATT---GG-GGTTT--TT-T--TT----T------T-----A-TAAAGCGTTG--T-T-TTTTATAG-----------A--AAGT-----TCA--GCTGA-TCA-G-AGAG--CACTATA-T--A-ACATG--GC--A-------AGT-AA-----A-------T------------AA---T--G--GGAC-------AA-AA--AG---CAAAAGC--T--T------G--T-----G--AA---CATC-ACTGT--------C-A--G-GAAA--TAT-T-TC---A----------GA--TAA-G--T-----T-T-----------G-----GT--TCAAT--T---------T----TG------TTC----------------AAT----G----G------T----TCAT----GAGT-----A-AATTT------A-T---CAGAAAGTATT
gi|12 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcatttcaaccaactaaTT-GCCCTGAC-------CGTGTAATG-AAATCCA---AAT--TG-----AA-CC--AA--A--ATC--ACA-AAAC--TAG---T------AGAA----------GA-C-CATCTA---A--C-GA---CCCTCCT----AA-G-T-TTGT---T--TTA---C---TT-T------G------ACT---GA-T---C--GG-T--TT----C------G-----G-A
gi|15 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataaCATGT--TGGAATTT----------TG-----AAACA-GAATGATTAAC--ACA-AACT--TTG---T------AGAA--GAC----CGC-C-CGGC-A---A--A-CA---C---TAC-GGTAA-C-T-TTTGTTTT--TTA---A---TT-A------C------ATT---AA-G---T--GG-T--TT----T------G-----A-Ag
gi|5 : tcagccaatgagaaaaccaaatttaaccatAT--GG-----GA-CA--AA--A--AGC--AAA-AGCT--T-G---T------GAAC--ATCAC--TG--T-CA---G---G--A-AA---TATTTCA-GATAA-G-T-TTGG---T--TCA---A---TT-T------tggaaataaaaagataact
gi|2 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcatttcaaccaactaaaaaacattgttaactctggcattcacattgcttttcagatctttaagaaaaatgtaaattttatggaggactacacaacgaatttcatttccagccatgtttgttaggatttaattggggttttttttttataaagcgttgttttttatagaaagttcagctgatcagagagcactatataacatggcaagtaaata-GAA--G--AAC--A---AACT--T------------GGAG--GTG----T-A-C-TA---TCTTA--G-TAA--CATTCCT-GTAAA-G-T-TTGG---T--TTA---A---TT-TTTCTAGATCGGTTGCTGAGAA-G---T--TG-T--TT-------------------AAAAC----A--T-T--------G-----------GCAAATCAGGTATCATAATTCA-CCC-TTAAAA---GTTGC--C--ATAT-T---GA--A-TTT-TTGAT-CA-T---A--------------------AG---C-----------A----AA-AA--CA---CACAAAC--TAATTA---AG--G-----A---A---C--C-ATC----------C-A--A-TTA---CATATACC---T----------GC--CAG-T--T-----T-C-----------G-----GT--TCAATGCTTTTTAAG--T----GA------TTACA--G---------AGAA-----A----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTA-AAGAACAGCTAA-T---CAGAAAACATAATT-CGCC--C-TGG----CTG-CT---C---TAT--TA-A--GT---A--T--CTAA---ACA------G-GAAGAAAAT--CA--CA-ACC--TTAGT------AGAGTCCCAC---T--CA--AGGA--AAATTCTTGAACG-G-TTT--GT--TT----AAAT---T------T-------TGTCAATTTGTTT-T---G-G-AG-AAGTCAATTT------AAACATtgttcaatggttcatgagtaaatttatcagaaagtatt
gi|14 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccaaaA-AACT--TCT---T------GGAA--A--------A-C-CA---A---A--G-AA---CATTCCA-G-CAA-GAT-TTGG---T--TCA---A---TT-T------ca
gi|4 : gaaatgaattttgccatggttgtggagaagttgttcgaaacatcggctaaacataaatcataattcatcttggctgccattattgaa-AACT--TGG---T------AGAG----------GA-C-CATG-A---ACGG-AA---CATTCTT-GCAAA-G-T-TTGG---T--TAA---A---TT----------------CT---GT-G---CAATGGT--TT----T------G-----G-AATTA----T--T-T-TTT----T-----------A--AAAA-----TCA--GCCAA-TCA-G-AAAA--TATTATT-C--ACAC-TG--G----------TGGT-CA-T---A-------T-------TGCACAT---C--T--TGAA-AAGGACAA-AA--AA---CACAACC--T--TAAAACAGGAT-----AATGA--------A--------------A--G-AAA---CAT-T-G----T----------CG--CAAAG--T-----T-T-----------G-----TT--TCAAT--TCTATTTAA-T----GG------TTTC-------------AGAA-----C----T------T----TTTT----A--------A-AAAATCTGACAA-C---CAGAAAATATTTTT-TACA--C-TGG----TA--GC---CACATAT--TG-A--ATAC-T--G----GA---AT-------G-AGA-TAAACACCA--CA-AAA--TTGGT------AGAAGA--ACA--T--CAATATGATTAAATT-TTGCCAA----CT--G---------A------T------T-------TG-------G-TT-A---A-G-A--A----AATTA------AAATGTAACA-AAGTTAACAGAAGACAAttttttcagtgtttacggagattttttttcaatactggtcttattcactctagcggtc
gi|13 : ttcacactggtggccatattg-C-CA---G---A--G-AA---TAATACT-GCCAA-G-T-TTGA---T--TCA---A---TT-C------A------GTT---A----------G-T--TT----T------G-----T-AGAAGCAGAA--T-T-TTT----------------A--AATA-----TCA--G-CCA---A-TCAAAAATCATT
gi|8 : aacagaatttcaaatA---CATTTCT-ACCAA-G-T-CTAG---C--TTG---G---TT-A------G------GTC---CA-G---T--GG-T--TT----T------G-----A-AGAAG----AAATGT-TTT----G-----------A--AATT-----TCA--GCCAA-TCA-G-AAAG--CAAAATT-T--ACAC-TG------------ATGGT-AA-T---G-------TAAAATTTC---TAA---A--T--GGAATGA----AA-GA-------TACAACC--T--TTG--TAA--TGCAAAA--GG---T--C-ACC----------A-A--G-GAA----AC-A-AC---C----------GC--CAA-G--T-----C-TC----------A-----GTCATTACT--T---------TCGGTGG------TTTTG--A---------AGAAAAAAAG----A------T----TACT----T--------A-AATTTCAGCTTA-T---CAGAAAGCATTCTT-GACC--A-TGG----T-G-GC---CA--TGT--TG-ttttatgtttgccatgttgctttttgatcagaacaaaaccacccagagaacatacctgccaaatttggttcagtgattaaggaaatgctatttttaaaa
gi|5 : cttcatagaggaA-A-T-TTAA---T--TCA---A---TT-TGT----A------G-----AA-G------TGCT--TT----T------A-----G-AAGAT----A--T-T-TCT----T-----------T--CATT-----TCA--TTTCAACCAACTAAAAAACATT--G-TTAACTC-TG--GC--A-TTC-ACATT-GC-T---T-------T-------T---CAGATCT--T------TAA----GA-AA--AA---TGTAAAT--T--TTA--TGG--A-----G--GA---C--T-ACA----------C-A--ACGAATTTCAT-TTCC---A----------GC--CAT-G--T-----T-T-----------GTTAGGAT--TTAAT--T---------G----GGGTTTTTTTTTT--A---------TAAA-----GCGTTG------T----TTTTTATAG--------A-AAGTTCAGCTGA-T---CAGAGAGCACTATA-TA-A--CATGG----CAA-G-------------TA-A--AT---A--A--TGGG---AC-------A-AAA---AGCAA-------AAG--CTTGT-------GAACATCAC---TGTCA--GGAA--ATATTTCAGATAA-G-TTT--GG--TT----CAAT---T------TTGTTCAATG-------G-TT-C---ATG-AGTA----AATTTATCAGAAAGTATTct
gi|7 : cG---T--TCA---A---TT-T------G------GTT----------C--TG-TGATG----T------C-----ACAAAAC----A--G-T-TTT----G-----------A--AATT-----TCA--G-----------AAAA--CATTAT------CAC-T---------TTG-ATAGC-CA-T---ACTGCTTTT-------C---CAA---T--TTTG---TGA----AA-AA---------CAAAT-----------AA--C-----A--GG---C--C-ACAA---------T-A--G-GAA---CAT-T-CC---T----------AC--CAA-A--T-----T-T-----------A-----GT--TTAGT-----------------GG------TTTCA--A---------AAAAAAAAAG----A------A----TT------G--------G-AATTTCAGTCAG-T---CAGAAAGCA-TAAT-CAC---C-TA------------------TGA--TG-A--AT---T--T--CTGA---AA-------G-GAACGAAA-AATA--C---ACGGTTAGT------AAAGATCGAT---C--CA--GCAA--ACA--------------CT--GT--TTTGCCAAAT---T------T-------TA-------A-CT-C---A-
gi|6 : aaagcaaaatat---A---TT-T------G------GCC---AA-T---T--TG-T--TT----T------A-----G-AGAAG----A--TGT-TTT-------------------AATTA----TCA--G-----CCA-ATAAGA--AATTATAAT--TCAC-TTTTGC--AGTCTTACGAT-CA-A---A-------C-------C---C---------------TAA----AA-AA--A-------------T--TTA----G--TTGA--A--GA---C--A-ACCAAC-------C-A--ATGAA---CAT-T-CC---T----------G---CAA-GA-T-----T-T-----------G-----GT--TAAAT--A---------C----AT------TTTCA--ATGGTCACAGAGAA-----A----A------TGATTTTTT----T--------A-AAAAT-GGTTGA-T---CAGAAAACATTTTT-CGCT--C-CGG----CAG-CC---A---TTT--TC-A--AT------------A---AT-------G-AGACTAAA-AAAA--TA-AAC--TTTGT------ATTGGAGTAT---T--AA--ATGA--ATATTATTGCAAA-G-TAT--AG--AT----ATAT---TAATCGAT-------TG-------GTTT-C---A-G-AG-A----AGTTatcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : ggaataat------G-----A-AAAAT----A--T-T-TTT----T-----------A--AAT-------CG--GCCAA-TCA-G-AAAA--CATTATC-C--ACAA-TA--GT--G-GCC-ATACTGAA-T---A-------T-------C---AAA---A--C--GGGACCA----AA-A---------ACAAACATT--TTA--GAG-----------GC---C--C-AACAAAGGAAAGTC-AT-G-GAA---AGT-T-TT---T----------GT--GAA-A--T-----T-T-----------T-----GT--TCAG-------------T----GG------TTCCG--T---------AGAA-----T----A------T----TTTT----T--------A-AA-ATCAGTCAA-T---Cgtttcaaaacatcagc
gi|12 : gctcagtggtttcagagaaGT-AA-TGAAA-------T-------C---CAA---A--T--TGAACCA----AA-AT--CA---CA-AAAC--T--------AG--T-----A--GAAGAC--C-ATC----------T-A--A-CGA---CCC-T-CC---T---------------AA-G--T-----T-T-----------G-----TT--TTACT--T---------T----GA------CTtggtggccatattgaatatccaaatgagaggtaggttaaacactata
gi|10 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgt---A-------T-------C---CAG---T--T--TGAACAA----AA-AC-------CACAAGA--T--TTG--TAG--C-----G--GA---C--C-ACC----------A-AATG-GAA---TAT-T-CCTTTT----------TT--C---G--T-----T-T-----------G-----GT--TCATT--T---------T----AA------TTTT----------------A-----T----A------C----TTTC----G---------------CAG--AC-T------AACACATTATC-TAT---C-TTGATTTCAATGCTCGC---TGT--TG-A--AT---A--G--CCGACAGGC-------A-GAGACGGACAA-A-----AAC--ATTGT------AGAAAAATAC---A--CA--GCGA--ATGTTCAT------G-TAT--GA--TT----AACG---T------T-------T--------G-TT-C---A-gatcggtttcggag
gi|15 : ---T--T--GAAACAG----AATGATTAA---CACAAAC--T--TTG--TAG--A-----A--GA---C--C-GCC----------C-G--GCAAA---CAC-T-AC---G----------GT---AA-C--T-----T-T-----------T-----GT--TT--T--T---------T----AA------TTACATTA---------AGTG-----G----------------TTTT----G--------A-A
gi|3 : tcagccaatgagaaaaccaaatttaaccatcatgttggaattA----AA-CA--CA---CACAAA---T--GTAT-CAA--A-----G--AA---C--C-ATT----------C-A--G-GGA----AC------------------------AA----------T-T-----------G-----GT--TCAAT--TCTATATCAGT----GG------TTACA--C---------AGAA-----A----AGTC---T----TTTT----A--------A-AAT--CATCCAA-T---TATAAAGTTTTATT-GACA--C-TTG----CAG--C---A---TTT--TG-G--AT---G--T--CATA---AT-------G-AAAACAAACTA---------------GT------AGAGAAACAT---A--AA--AGAA--ACATTCCTGTAAA-G-TGT--GC--T-----AAAT---T------TGTCAGAGTG-------G-TT-C---T-GTAG-A----AATTA------AATTGTAAA--AAGTTTACAGACAACAAtggaaataaaaagataact
gi|14 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacatttggttctgtttcgtttttactgattggtggataattgttttaatagttattcataattcactgtgccatatataactcgggatcagaagtAAAC--T--TCT--TGG--A-----A--AA---C--C-A--------------A--A-GAA---CAT-T-CC--------------AG--CAA-GA-T-----T-T-----------G-----GT--TCAAT--T---------T----caagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|12 : gaaatgaattttgccatggttgtggagaagttgttcgaaacatcggctaaacataaatcataattcatcttggctgccattattgaa--T-----A--TA---C--C-TCC----------C-AA-G-GAA---CAT-T-CC---T----------G---CAA-GGAT-----T-T-----------G------T--TCAAT--TCTTTTCCCAT----GG------TTAC---A---------GGAA-----T----G------T----TTTT----G-------------ATCGGATAA-T---CAGAAAACAATAAT-TGCC--C-T--------G-AC---CG--TGTAATG-A--AA---T--C--CA-A---AT-------T-GAACCAAA-ATCA--CA-AAA--CTAGT------AGAAGACCAT---C--TA--ACG---ACCCTCCT---AA-G-TTT--GT--TT----TACT---T------T-------ttttttcagtgtttacggagattttttttcaatactggtcttattcactctagcggtc
gi|13 : -ATC----------C-A--GAGAA---TAA-T-AC---T----------GC--CAA-G--T-----T-T-----------G-----AT--TCAAT--TCAGT-----T----AG------TTTTG--T---------AGAA-----GCAGAA------T----TTTT-------------A-AATATCAGCCAA-T---CAAAAATCATTTTT-TATG--T-TTG----C----C---A---TGT--TG-CTTTT---T--GATCAGA---AC-------A-AAACCAgactgatcggtttcggag
gi|8 : aacagaatttcaa-A--G-GAA---CAT-T-TC---T----------AC--CAA-G--TCTAGCT-T-----------G-----GT--TAGGT--CCAG------T----GG------TTTTG--A---------AGAA-----G----AAA----TG---TTTT----G--------A-AATTTCAGCCAA-T---CAGAAAGCAAAATT-TACA--C-TGA----TGG-TA---A---TGT--AA-A--AT---T--T--CTAA---AT-------G-GAATGAAA-GATA--CA-ACC--TTTGTAATGCAAAAGGTC-AC---C--AA--GGAA--ACA--ACCGCCAA-G-TCTCAGTCATT-----ACT---T------TCGG----TG-------G-TT-TTGAA-G-AA-A----AA---------AAG-ATTACTTAAATTT-CAGcccagagaacatacctgccaaatttggttcagtgattaaggaaatgctatttttaaaa
gi|18 : cttcatag-A--G-GAA---CTC-T-CC---T----------AC--CAA-G--C-----TAT-----------A-----CT--TTAAT--TCTGTTCAG-T----GG------TTGCG--A---------AGAA-----G----AATA---T----TTTT----T--------A-AAAATTGACCAA-T---CAGAAActtatcagaaagcattcttgaccatggtggccatgttgct
gi|11 : cacaa-G--T-----T-T-----------G-----GT--TCTAT--T---------C------------TTTTA--A---------AGT------G----A------T----TCAT----G--------AGAAGAAAAATAAA-T---CATAAAGCATTGTT-CGAT--C-TTG----TCG-CT---A---TAT--TG-A--ATGCCTAAA--CAGG---AC-------GAAAATC--ACAACA--TTAAAC--------------GAGCAACAC---T--CA--AAGA--ACATTCCAG-CAACG-ATT--GT--TT----AAAatgt
gi|6 : caactacacactaccattacccaaagtat--T-----T-T-----------G-----GC---CAAT--T---------T----G-------TTTTA--G---------AGAA-----G----A------T----GTTT----T--------A-ATTATCAGCCAA-T---AAGAAATTATAATT-CACT--T-TTG----CAG-TC-------------------T---T--A--C-GA---TC-------A-AACCCTAAAAA-------AAT--TTAGT------TGAAGACAACCAAC--CA--ATGA--ACATTCCTG-CAA-GATTT--GG--TT----AAATACAT------TTTCAA--TG-------G-TCAC---A-G-AG-A----AAagccaatttgtttttggaga
gi|9 : ggaataata---------T----GG------TTTCA--G---------AGAA-----G----AAAAATAT----TTTT----T--------A-AAT--CGGCCAA-T---CAGAAAACATTATC-CACA--A-TAG----T-G-GC---CA--TAC--TG-A--AT---A--T--CAAA---AC-------G-GGACCAAA-AACA-----AAC--ATTTT------AGAGGCCCAA---C--AA--AGGA--A-AGTCATGGAAA-G-TTT--TTG-TG----AAAT---T------T-------T--------G-TT-C---A-G-atgatttttttaaaaatggttgatcagaaaacatttttcgctccggcagccattttcaataatgagactaaaaaaataaactttgtattggagtattaaatgaatattattgcaaagtatagatatattaatcgattggtttcagagaagttgtttcaaaacatcagc
gi|14 : gctcag---------T----GG------TTGTG--G---------AGAA-----G----T------T----GTTC----G--------A-AACATCGGCTAA-A---CATAAATCATAATT-CATC--T-TGG----CTG------C---CAT--T-----AT---T--G--AAAA---ACTTCTTGGA-AAACCAAAGAACATTCC-AGC--tggttccgtagaatattttttaaaatcagtcaatctggtggccatattgaatatccaaatgagaggtaggttaaacactata
gi|20 : gaaatgaattttgccaATACCAGCCAA-T---CAGA-----TTATAATACATCC-TGG----CAG-CC---A---TAT--TG-A--AT---T--T--CAGA---TC-------A-GAATCAAA-AACA--CA-AAT--TTGGT------AGAaagatttggttcaatttttttttcagtgtttacggagattttttttcaatactggtcttattcactctagcggtc
gi|15 : TCAGCCAA-T---GAGAAAACCAAATT-TA-A--C-CAT----CA-----------TGT--TGGA--AT---T--T--TGAA---AC-------A-GAAT-GATTAACA--CA-AAC--TTTGT------AGAAGACCGC---C--CG--GCAA--ACACT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATCAAAGAAGCATTTCAACAAAGTTTGTTTAATTCTGTTTCTGGTTTCGGAGAAGTTGTTTTTTTAAAAGGCCAATCAAAATATAGTAGTCACACAATATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): ATATTTTTTTAAAATCCACCAATCAGATCACATTACACACACTGGCAAATATACTGATTATTCAAACTGGACCAATGACACAT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1 2222222 11111 111 4444444444444444444444444444444444444 1111 1 444444444444444444444444 2222222222 111 22222222222222 3333333333333 111 11 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 22222222222222 222222222222222222222222 2222222 1 333333333333333333 1
lowQualScore : 2 9999999999 55 1 3 3 444 6 6666666 1 6 6 66666 000 666 5 8888 66 22 33 9999999999999999999999999999999999999 5 66 1 5 2222 1 5 5 5 5 0 333333333333333333333333 0 33 55 2222222222 777 4 777 4 8 3 1 4 666 2 000 7 2 99999 555 0 4 88888888888888 2222222222222 111 55 4 55 444 4 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 6 6 3 00000 33 2 2 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444 2 2 1 3 55555555555555 0 44 3 44 222222222222222222222222 5 1 1 666 11 4 0 777 4 2 3333333 3 444444444444444444 5 5 8 1 3 1 1 3 3
lowQualScore : . .......... .. . . . ... . ....... . . . ..... ... ... . .... .. .. .. ..................................... . .. . . .... . . . . . . ........................ . .. .. .......... ... . ... . . . . . ... . ... . . ..... ... . . .............. ............. ... .. . .. ... . . ................................................................................................... .. . . . ..... .. . . ......... .................................................................. ............. . . . . .............. . .. . .. ........................ . . . ... .. . . ... . . ....... . .................. . . . . . . . . .
lowQualScore : 5 5555555555 55 0 7 8 000 0 0000000 4 8 7 77777 000 999 7 4444 88 77 88 0000000000000000000000000000000000000 7 77 9 7 1111 1 0 0 0 0 2 000000000000000000000000 4 22 22 7777777777 000 0 000 0 0 7 6 0 444 0 444 3 2 22222 888 6 0 55555555555555 1111111111111 000 55 6 00 111 9 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 2 1 66666 99 7 7 333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000000000000 5 5 1 8 88888888888888 7 22 1 66 666666666666666666666666 2 2 0 444 22 0 8 000 0 5 0000000 1 222222222222222222 7 7 0 0 7 0 0 3 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAA---GAC-ATT-------CCTGTCAGGT-TT-----GGTTTAATTTGGNTC-A-G--CGGTTTCGGAGAAGANGANTA------A-----A-ATNTC-GGC----C-A--TCA--AA-AG-CATTGTTC-ACCCT----GGCGGCCA-T-ATTG-AA-TTTC--G-ATCGGACGGAA--A--A--ACACAAACTTNGT-GGAGGNC-NAC---CA---A-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAG-TTTGG---TTCAA---TTTNGTTNAG---TGGTTTT---GAAG-AA----G----A--T-TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCGATCA--AAAA-C-ATTATTCA-CNCTGGC--A-TCCATGGTA--A-TAT-------C-CA-A--NC--GGAAC-GA--AAAAAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ATTCCTGC---CAA--GTT-T-GGT---------TCAAT------TC--------T----G-------G--TTTC-----GAAGAA-----G----A---T----TTTTN---AA----ATATCGG-CCAATCAGAAAGCATTATTCACNCTGG---CAG-CC---A-TGT--TG-A--ATTNCGGA---ACGGAACCAAAC---AACACAAACTTNGT---AGAGGACCACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-NAA-G-TTTGTTTAAAT---T------T-------TGG-TT-CAG-AGAAATTAAANTGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTANCTTCGTAAAA---GAC-ATT-------CCTGCCAAGT-TT-----GGTTCGATTTGGTTC-A-G--TGGTTTCGGAGAAGAAGAATA------A-----A-ATNTC-GGC----C-A--TCA--AA-AN-CATTATTC-ACCCT----GGCGGCCA-T-GTTG-AA-TTTC--G-ATCGGACGGAA--A--A--ACACAAACTTNGT-GGAGGNC-GAC---CA---A-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAG-TTTGG---TTCAA---TTTAGTTAAG---TTGTTTT---GAAA-AA----N----A--T-TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCGATCA--AAAA-C-ATTATNCA-CACTGGC--A-TCCATGGTA--A-TAT-------C-CA-A--NT--GGAAC-GA--AAAAAA-CACAAACTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ATTCCTGC---CAA--GTT-T-GGT---------TCAAT------T---------T----G-------G--TTTC-----GAAGAA-----G----A---T----TTTTG---AA----ATATCAG-CCAATCAGAAAGCATTATTCACNCTGG---CAG-NC---C-TGT--TG-A--ATTNCGGA---ACGGAACCAAAC---AACACAAACTTNGT---AGAGGACCACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-NAA-G-TTTGTTTAAAT---T------T-------TGG-TT-CAG-AGAAATTNAAGTATNAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAA---GAC-ATT-------TCTGTCA-GTGTT-----GGTTCAATTTGGATC-A-G--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------A-----A-ATCTT-AGC----C-A--TCACCAA-AG-CATGGTTT-ACCCT----GACAGCCA-T-GTTG-AA-TTTC--CCATTGGACGGAA--A--A--ACACAAACTTTGT-GGAGATCTGAC---CA---A-AGCA---CAT-T-TCTGACAAG-TTTGG---TTCAA---TTTAGCTAAG---CTGTTTT---GAAA-AA----G----A--T-TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTAAAA-C-ATTACGTA-CACTAGC--A-TCTATGGTA--A-TAT-------C-CA-G--TT--GGAAT-AA--AAAAAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ACTCCTCT---CAA--GTT-T-GGT---------TCAAT------T---------T----G-------A--TTTC-----GAAGAA-----G----A---T----TTTTG---AA----ATATCAG-CAAATCAGAAAGCATTATTTACACTAG---CAG-GC---C-TGT--TG-A--ATTGCAGA---ACGAAACCAAAC---AACACCAACTTTGT---AGAGGACGACTCA-GGGAA---CA-TTCCTGACAA-G-TCTGTTTAAAT---T------T-------TGG-TT-CAG-AGAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-G--TT--TGAAC-----AAAAAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CACC--A-AATG-GAA-T-ATTCCTTTTTTC----GTT-T-GGT---------TCATT------T---------T----A-------A--TTTT----------A-----T----A---C----TTTCG-------------CAGACTAA-CA-----CATTATCTATCTTGATTTCAATGCTCGC-TGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGAC---AA---AAACATTGT---AGAAAAATACACA-GCGAA---TG-TTCATG-TA------TGATTAACG---T------T-------T-G-TT-CAagt
gi|11 : GT-TT-----GGTTCTATTCTTTTA-AAG--TGATTCATGAGAAGAAAAATA------A-----A---------T----C-A--T----AA-AG-CATTGTTCGATCTT----GTC-GCTA-T-ATTG-AA-TGCCTAA-ACAGGAC-GAA--A--A--TCACAACATTAAA-CGAG--C-AACACTCA---A-AGAA---CAT-T-CCAGCAACG-ATTGT---TTAAA------AGCCAAT---TTGTTTT---
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTCC--C-AA-G-GAA-C-ATTCCTGC---AAG--GAT-T-TGT---------TCAAT------TCTTTTCCCAT----G-------G--TTAC------AGGAA-----T----G---T----TTTTG-----------ATCGG-ATAATCAGAAAACAATAATTGCCCTGA---C----C---G-TGTAATG-A--AATCC-AA---ATTGAACCAAA----ATCACAAAACTAGT---AGAAGACCATCTA-ACG-A---CC-CTCCT---AA-G-TTTGTTTTACT---T------T-------tggaga
gi|12 : GTAGAA---GACCATCTAACGACCCTCCTAAGT-TT-----GTTTTACTTTGACTG-A-T--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactaC---CA---G-AGAA---TAA-T-ACTGCCAAG-TTTGA---TTCAA---TTCAGTTA-------GTTTT---GTAG-AAGCAGA----A--T-TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--AAAATC-ATTTTTTA-TGTTTG------CCATGTTG--C-TTT-------T-TG-A--TC--AGAAC-AA--A----------------------------A---C--CACC--C-A--GAGAA-C-ATACCTGC---CAA--ATT-T-GGT---------TCAG-----------------T----G-------A--TT-------AAGGAA-----ATGCTA---T----TTTTA---AA----A
gi|14 : aacagaatttcaaat--TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------A-----A-ACATC-GGCTAAAC-A--T----AA-AT-CATAATTC-ATCTT----GGCTGCCA-TTATTG-AA--------------------------------AAACTTCTT-GGAAA----AC---CA---A-AGAA---CAT-T-CCAGCAAGA-TTTGG---TTCAATT-TTTTTTTCAG----TGTTT-----ACG-GA----G----A--T-TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-----------TTATTCA-CTCTAGC--
gi|15 : gaaatgaattttgccaTCAG-CCAATGAGAAAACCAAATTTAACC--------A-TC---A-TGT--TGGA--ATTTTGAA---ACAGAAT-GATT---AACACAAACTTTGT---AGAAGACCGCCCG-GCAAA---CA-CTACGG-TAACT-TTTGTTTggtc
gi|15 : CA-T-GTTGGAA-TTTT--G-A---AACAGAATGATTA--ACACAAACTTTGTAGAAGACC-GCC---CG---G-CAAA---CAC-T-AC-GGTAAC-TTTTGTTTTTTAA---TTACATTAAG---TGGTTTT---GAAtttaattacattaagtggttttgaatggaaataaaaagataact
gi|16 : tcagccaatgagaaaaccaaatttaaccatAAA---GAGGATT-------CCTACCAGGG-TG-----GG--------GGACC-A-G--AAGTTT---AGAAGGGGAATA------ATTTCGATATTTCAGGC----T-A--TGA--AG-AGGCAGTATTT-ACCCT----GGCAGCAATT-GTGG-AT-TTTA--G-AACGGAATGAA--A--A--Atggaaataaaaagataact
gi|17 : ttc-A--G-AAG-C-ATTTCAAC---AAA--GTT-T-G-T---------TTAAT------TCTGTTTC--T----G-------G--TTTC-----GGAGAA-----GTTGTT---T----TTTTA---AA----A----GG-CCAATCAAAATATAGTAGTCACAC
gi|18 : atcaa-A--G-GAA-C-TCTCCTAC---CAA--GCTAT-ACT---------TTAAT------TCTGTTCAG-T----G-------G--TTGC-----GAAGAA-----G----AATAT----TTTTT---AA----AAATTGA-CCAATCAGAAAaatattgaa
gi|19 : cacaa---T----TTTTT---AA----A-ATCCA-CCAATCAGATCACATTACACACACTGG---CAA-AT---A-TAC--TG-ATTATTC--AA---ACTGGACC-AAT---GACACAatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------AC-ATT-------CCTGTAAAGT-TT-----GGTTTAATTT--TTCTA-GATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------A-----A-ACATT-GGCA---A-A--TCA--GGTAT-CATAATTC-ACCCTTAAAAGTTGCCA-T-ATTG-AATTTTT--G-ATCATAAGCAA--A--AACACACAAAC-TAAT-TAAGGA---AC---CATCCA-ATTA---CATATACCTGCCAGT-TTCGG---TTCAATGCTTT--TTAAG---TGATTACAGAGAAA-AAACG-T----G--T-TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-AAAA-C-ATAATTCG-CCCTGGCTGC-TCTAT--TA--AGTAT-------C-TA-A--AC--AG----GA--AGAAAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CACT--CAA--G-GAA-A-ATTCTTG-----AACGGTT-T-GTTTAAATTTTGTCAAT------T---------T------------G--TTTT-----GGAGAA-----GTCA-A---T----TT------AA----ACATCAt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtcc----ATACCAG-CCAATCAGA--TTATAATACATCCTGG---CAG-CC---A-TAT--TG-A--ATTTCAGA---TCAGAATCAAA----AACACAAATTTGGT---AGA
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGAC-ATT-------TCAATCAGGT-TTAACTAAGTATGGTTTGATTC-A-A--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TTATTCA-TA-------A-TTCACTGTGCCA-TAT-------A-TA-A--CTCGGGATCAGA--AGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA------A--A-GAA-CCATTCAGGGAA-CAA----T-T-GGT---------TCAAT------TCTATATCAGT----G-------G--TTAC-----ACAGAA-----A----AGTCT----TTTTA---AA------ATCAT-CCAATTATAAAGTTTTATTGACACTTG---CAG--C---A-TTT--TG-G--ATGTCATA---ATGAAA------------ACAAAC-TAGT---AGAGAAACATAAA-AGAAA---CA-TTCCTGTAAA-G-TGTG-CTAAAT---T------TGTCAGAGTGG-TT-CTGTAGAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacatttggttctgtttcgtttttactgattggtggataattgttttaatagAACTTGGT-AGAGGAC-CAT---GA---ACGGAA---CAT-T-CTTGCAAAG-TTTGG---TTAAA---TTCTGTGCAA---TGGTTTT---GGAATTA----T----T--T-TTTT----A--------AAA-A-TCA--GCCAATCAG-AAAA-T-ATTATTCA-CACTGG---------TGGTC--A-TAT-------TGCACATCTT--GAAAA-GGACAAAAAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAATGAA-A--G-AAA-C-ATTGTCGC---AAA--GTT-T-GTT---------TCAAT------TCTATTTAA-T----G-------G--TTTC-------AGAA-----C----T---T----TTTTA---AA----AAATCTG-ACAACCAGAAAATATTTTTTACACTGG---TAG-CCA--CATAT--TG-A--ATACTGGA---ATGAGA-TAAAC---ACCACAAAATTGGT---AGAAGAACATCAATATG------A-TT-----AAA-T-TTTG-CCAACTGA-T------T-------TGG-TT-AAG-A-AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : ttcacactggtggccatattgA--ATT-T-AAT---------TCAAT------T---------T----GTAGAAGTGCTTTTA-----GAAGAT-----A----T---T----TCTTT---CATTTCATTTCAA-CCAACTAAAAAACATTGTTAACTCTGG---CAT-TC---A-CAT--TG-C--TTTTCAGA---TCTTTAAGAAA----AATGTAAATTTTAT---GGAGGACTACACA-ACGAATTTCATTTCCAG-CCATG-TTTGTTAGGAT---T------T-------
gi|5 : c-ATTTC-AAC----C-AACTAA--AA-AA-CATTGTTA-ACTCT----GGCATTCA-C-ATTG-CT-TTTCA-G-ATCTTTAAGAA--A--A--ATGTAAATTTTAT-GGAGGAC-TACA--CA---A-CGAATTTCAT-TTCCAGCCATG-TTTGT---TAGGA---TTTAATTGGGGTTTTTTTTT---TATA-AA----GCGTTG--T-TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCA--GAGAGC-ACTATATAACA-TGGC--A------AGTA--A--AT------------A--AT--GGGAC-----AAAAAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGTC-A--G-GAAAT-ATTTCAGA---TAA--GTT-T-GGT---------TCAAT------T---------T----T-------G--TTC----------AAT----G----G---T----TCATGAGTAA----ATTT-------ATCAGAAAGTATTaattggggttttttttttataaagcgttgttttttatagaaagttcagctgatcagagagcactatataacatggcaagtaaataatgggacaaaaagcaaaagcttgtgaacatcactgtcaggaaatatttcagataagtttggttcaattttgttcaatggttcatgagtaaatttatcagaaagtatt
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcA---TTTGGCCAAT---TTGTTTT---AGAG-AA----G----A--TGTTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--GAAA-TTATAATTCA-CTTTTGC--AGTCT----TA--C-GAT-------C-AA-A--CC------C-TA--AAAAAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAAC--C-A--ATGAA-C-ATTCCTGC---AAG--ATT-T-GGT---------TAAATACATTTTCAA------T----G-------G--TCAC-----AGAGAA-----A----A---TGATTTTTTT---AA----AAAT-GG-TTGATCAGAAAACATTTTTCGCTCCGG---CAG-CC---A-TTT--TC-A--AT-----A---ATGAGACTAAA----AAAATAAACTTTGT---ATTGGAGTATTAA-ATGAA---TA-TTATTGCAAA-G-TATAGATATAT---TAATCGAT-------TGGTTT-CAG-AGAAGTT
gi|6 : ggaataatTT-T-GGC----------CAAT------T---------T----G----------TTTT-----AGAGAA-----G----A---T----GTTTT---AA----TTATCAG-CCAATAAGAAATTATAATTCACTTTTG---CAG-TC-----------------TTACG----------ATCAAACCCTAA-AAAAATTTAGTTGAAGACAACCAACCA-ATGAA---CA-TTCCTG-CAA-GATTTGGTTAAATACAT------TTTCAA--TGG-TCACAG-AGAAAgtttcaaaacatcagc
gi|7 : ggaataataG---TTCAA---TTTGGTTCTG---TGATGTC---ACAA-AA----C----A--G-TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------AAAA-C-ATTAT-CA-CTTTGAT--A-GCCATACTG--C-TTTT------C-CA-A--TTTTG---T-GA--AAAA-----CAAA---TA-A-C-----AGG---C--CACAA-T-A--G-GAA-C-ATTCCTAC---CAA--ATT-T-AGT---------TTAG-----------------T----G-------G--TTTCAAAAAAAAAAA-----G----A---------ATTG---GA----ATTTCAG-TCAGTCAGAAAGCA-TAATCAC-CTA---------------TGA--TG-A--ATTTCTGA---AAGGAACGAAA----AATACACGGTTAGT---AAAGATCGATCCA-GCAAA---CA----CTG-T-----TTTG-CCAAAT---T------T-------TAA-CT-CAatgatttttttaaaaatggttgatcagaaaacatttttcgctccggcagccattttcaataatgagactaaaaaaataaactttgtattggagtattaaatgaatattattgcaaagtatagatatattaatcgattggtttcagagaagttgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatat---A-GGAA---CAT-T-TCTACCAAG-TCTAG---CTTGG---TTAGGTCCAG---TGGTTTT---GAAG-AA----G----AAATGTTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--GAAAGC-AAAATTTA-CACTG---------ATGGTA--A-TGTAAAATTTC-TA-A--AT--GGAAT-GA--AAGA---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CACC--A-A--G-GAAAC-A--ACCGC---CAA--GTC-TCAGTCA-------TTACT------T---------TCGGTG-------G--TTTT-----GAAGAAAAAAAG----A---T----TACTT---AA----ATTTCAG-CTTATCAGAAAGCATTCTTGACCATGG---TGG-CC---A-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTC-A-G--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTA-----A-A--TC-GGC----CAA--TCAG-AA-AA-CATTATCC-ACAAT----AGTGGCCA-T-ACTG-AA-TATC--A-A---AACGGGACCA--A--AAACAAACATTTT-AGAGGCC-CAA---CA---A-AGGA---AAG-T-CATGGAAAGTTTTTG---TGAAA---TTTTGTTCAG---TGGTTCC---GTAG-AA----T----A--T-TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 4444444444444 1111 00000000000000000000000000000 111 44444444444444444 2222222222222 111 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111 1111 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 555 6 5555 22 5555555555 8 0000000000000 8 6 6 1 4444 3 6 22222222222222222222222222222 66 77777 4 4 111 4 8 4 2 44 3 1 77777777 555 11111111111111111 7777777777777 000 44 5 55 3 3 6 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 6 3 3 3 1111 33 2 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88888888 77777 0 1 4 33333333333 3 44 3 44 4444 555 1 00 22222 1 3 3 2 2 2 4 0 0 777 4 2 1 000000000000000000000000000000000000000000 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... ... . .... .. .......... . ............. . . . . .... . . ............................. .. ..... . . ... . . . . .. . . ........ ... ................. ............. ... .. . .. . . . . . .. ............................................................................................... .. . . . . .... .. . .. ....................................................................... ........ ..... . . . ........... . .. . .. .... ... . .. ..... . . . . . . . . . ... . . . .......................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 555 7 0000 44 5555555555 8 8888888888888 0 4 2 0 2222 7 7 88888888888888888888888888888 22 99999 4 0 000 0 0 0 0 66 3 0 33333333 666 00000000000000000 2222222222222 333 66 6 99 6 6 7 3 3 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 7 3 3 3 4444 99 9 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 55555 4 9 0 66666666666 1 22 1 66 4444 888 6 33 77777 0 3 6 3 5 3 0 7 8 000 0 5 0 111111111111111111111111111111111111111111 7 0 000 0 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTC-AG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGC----CAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC-G-ATC--A-GGAA--AA--ACGCAAACTTNNTGGAGGACC-AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAG-TTTGGTTCAA--T-TTNGTTCAG---TGGTTTCGNAGAA--G----A------T--TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC--A--CCATGGT-AA-TA-------T-C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTT-TGGTTCA--A--T------TC--------T-----G-------GT--TTC-----G-AAG-----AA-G---A---T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTCACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--ATTCCGGA---ACGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANCACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-NAA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGNTC-AG--CGGTTTCGGAGAAGANGANTA------AAATNTCGGC----CA--TCA--AA-AGCATTGTTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC-G-ATCGGACGGAA--AA--ACACAAACTTNGTGGAGGNCN-AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAG-TTTGGTTCAA--T-TTNGTTNAG---TGGTTTTGAAGAA--G----A------T--TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCGATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC--A-TCCATGGT-AA-TA-------T-C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTT-TGGTTCA--A--T------TC--------T-----G-------GT--TTC-----G-AAG-----AA-G---A---T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTCACNCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--ATTNCGGA---ACGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGACCACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-NAA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAANTGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATC-AG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGC----CA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTGAA-TTTC-CCATTGGACGGAA--AA--ACACAAACTTTGTGGAGATCTGAC-CAA-AGCA---CAT-T-TCTGACAAG-TTTGGTTCAA--T-TTAGCTAAG---CTGTTTTGAAAAA--G----A------T--TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC--A-TCTATGGT-AA-TA-------T-C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTT-TGGTTCA--A--T------T---------T-----G-------AT--TTC-----G-AAG-----AA-G---A---T----TTTT---GA---AATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTTACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--ATTGCAGA---ACGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACGACTCA-GGGAA---CA-TTCCTGACAA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagA-------T-C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CACC--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTT-TGGTTC---A--T------TT--------T-----A-------AT--TTT----------------A-T---A---C----TTTC---GC---A-----GACTAA-CA-----CATTATCTATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAATACACA-GCGAA---TG-TTCATG-TA---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTT-TGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAAA-------GTGATTC-----ATGAG-----AA-G---A---------------AA---AATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTG---TC--GC--TA-TAT--TG-A--ATGCCTAA---ACAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAACACTCA-AAGAA---CA-TTCCAG-CAAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTCC--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GAT-TTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT-----G-------GT--TAC-------AGG-----AA-T---G---T----TTTT---G-------ATCGGATAATCAGAAAACAATAATTGCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AATCC-AA---ATTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACCATCTA-ACG-A---CC-CTCCT---AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTG-AT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TAA-T-ACTGCCAAG-TTTGATTCAA--T-TCAGTTA-------GTTTTGTAGAA--GCAGAA------T--TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG------CCATGTT-GC-TT-------T-T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CACC--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATT-TGGTTCA--G-------------------T-----G-------AT--T---------AAG-----GA-A---A---TGCTATTTT---TA---AA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-C-A---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAAACA--T----AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA-----------------------------AAACTTCTTGGAA---A-AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCAGCAAGA-TTTGGTTCAATTT-TTTTTTCAG---T-GTTT--ACGGA--G----A------T--TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-------------TTAT-TCACTCTAGC--a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTTAACC----------AT--CA-TGT--TGGA--ATTTTGAA---ACAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACCGCCCG-GCAAA---CA-CTACGG-TAACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GAT-T-CCTACCAGG-GTGGG-----------GGACCAG---AAGTTTAGAAGGG--G----AA-----TAATTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGAG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC--A-GCAATTGTGGA-TT-------T-T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt-AT-CAA-AGAAG--CAT-T-TCAACAAAG-TTT-GTTTAA--T-TCTGTTT-C---TGGTTTCGGAGAA--GTTGTT------T--TTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : -A--G-G-AA-C-TCTCCTAC---CAA--GCTATACTTTA--A--T------TC--------T-----GTTCAGTGGT--TGC-----G-AAG-----AA-G---AATAT----TTTT---TA---AAAATTGACCAATCAGAAAaatattgaa
gi|19 : cacaa---T----TTTT---TA---AA-ATCCACCAATCAGATCACATTACACACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTATTC--AA---ACTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTT--TTCTAGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCA---AA--TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTGAATTTTT-G-ATCATAAGCAA--AAACACACAAACTAATTAAGGAACC-AT-CCA-ATTA---CATATACCTGCCAGT-TTCGGTTCAA--TGCTTTTTAAG---TGATTACAGAGAA--A----AAACGTGT--TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-A-AA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTGC-TCTAT--T-AAGTA-------T-C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CACT--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTT-TGTTTAA--A--T------TT--------T-----GTCAATTTGT--TTT-----G-GAG-----AA-GTCAA---T----TT------A---AACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATACATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--ATTTCAGA---TCAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTC-AA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : -C-ATAAT-TCACTGTG-------CCAT-----A-TA-------T----A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----T-TGGTTCA--A--T------TCTATATCAGT-----G-------GT--TAC-----A-CAG-----AA-A---AGT-C----TTTT---TA---AA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTGACACTTG---CA--G---CA-TTT--TG-G--ATGTCATA---ATGAAA-------------AC-AAAC-TAGTAGAGAAACATAAA-AGAAA---CA-TTCCTGTAAA-----GTGTG-CTAA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacatttggttctgtttcgtttttactgattggtggataattgttttaatagttattTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTGAA--------------------------------CTTGGTAGAGGACC-AT-GAACGGAA---CAT-T-CTTGCAAAG-TTTGGTTAAA--T-TCTGTGCAA---TGGTTTTG--GAATTA----T------T--TTTT----T--------AAAAA-TCA--GCCAATCAG-A-AA-A-T-ATTAT-TCACACTGG---------TGGT-CA-TA-------T-TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAATGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTT-TGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T-----G-------GT--TTC--------AG-----AA-C---T---T----TTTT---AA---AAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTTACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--ATACTGGA---ATGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAACATCAATATG------A-TT-----AAA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : A--ATT-TAATTCA--A--T------TTGTAGAAG-T-----G-------CT--TTT--------AG-----AA-G---A---TATTTCTTT---CATTTCATTTCAACCAACTAAAAAACATTGTTAACTCTGG---CA--TT--CA-CAT--TG-C--TTTTCAGA---TCTTTAAGAAA-----AATGT-AAATTTTATGGAGGACTACACA-ACGAATTTCATTTCCAG-CCAT----GTTTGTTAGG----AT--T------T-------
gi|5 : cATTTCAAC----CAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCT-TTTCAG-ATCTTTAAGAA--AA--ATGTAAATTTTATGGAGGACT-ACACAA-CGAATTTCAT-TTCCAGCCATG-TTTGTTAGGA--T-TTAATTGGGGTTTTTTTTTTATAAA--GCGTTG------T--TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCA--G-AG-AGC-ACTATATAACA-TGGC--A------AGT-AA--A-------T------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGTC-A--G-G-AAAT-ATTTCAGA---TAA--GTT-TGGTTCA--A--T------TT--------T-----G-----------TTC---------------AATG---G---T----TCATGAGTA---AATTT------ATCAGAAAGTATTaattggggttttttttttataaagcgttgttttttatagaaagttcagctgatcagagagcactatataacatggcaagtaaataatgggacaaaaagcaaaagcttgtgaacatcactgtcaggaaatatttcagataagtttggttcaattttgttcaatggttcatgagtaaatttatcagaaagtatt
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcA--T-TTGGCCAAT---TTGTTTTAGAGAA--G----A------TG-TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC--AGTCT----T-AC-GA-------T-C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAAC--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATT-TGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T-----G-------GT--CAC-----A-GAG-----AA-A---A---TGATTTTTT---TA---AAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTCGCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT-----A---ATGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGTATTAA-ATGAA---TA-TTATTGCAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataatGTTCAA--T-TTGGTTCTG---TGATGTCACAAAA--C----A------G--TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT--A-GCCATACT-GC-TT-------TTC-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CACAA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATT-TAGTTTA--G-------------------T-----G-------GT--TTCAAAAAA-AAA-----AA-G---A---------ATT---GG---AATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATCAC-------------C--TA-TGA--TG-A--ATTTCTGA---AAGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTAAAGATCGATCCA-GCAAA---CA----CTG-T--------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CAT-T-TCTACCAAG-TCTAGCTTGG--T-TAGGTCCAG---TGGTTTTGAAGAA--GAA--A------TG-TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCAG-A-AA-G-C-AAAAT-TTACACTG---------ATGGT-AA-TGTAAAATTT-C-TA-AA-T--GGAATG----AA--AGA-TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CACC--A-A--G-GAAA-C-A--ACCGC---CAA--GTC-TCAGTCATTACTT------TCGG------T-----G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAA-G---A---T----TACT---TA---AATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTGACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTC-AG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGC----CAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTGAA-TATC-A-A---AACGGGACCAA--AAACAAACATTTTAGAGGCCC-AA-CAA-AGGA---AAG-T-CATGGAAAGTTTTTGTGAAA--T-TTTGTTCAG---TGGTTCCGTAGAA--T----A------T--TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 2222222222222222222222222222222222 111 111111 3333333333333333 2222222222222 111 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 111111 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 4444444444444444444444444444444444 22 3 66 77 3 000 444 3 3 2 0 33 2 3 000000 888888 2 1 1 5555555555555555 9999999999999 111 33 4444 99999 0 3 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 3 3 3 33333 44 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999999 88888 0 55 4 111111111111 3 44 3 44 555555 44 1 00 22222 1 3 2 1 4 2 4 0 0 777 4 2 1 000000000000000000000000000000000000000000 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . .................................. .. . .. .. . ... ... . . . . .. . . ...... ...... . . . ................ ............. ... .. .... ..... . . .. .................................................................................................. .... . . . ..... .. .. ........................................................................ ........ ..... . .. . ............ . .. . .. ...... .. . .. ..... . . . . . . . . . ... . . . .......................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 7777777777777777777777777777777777 00 7 99 77 6 000 222 6 1 9 6 99 9 8 222222 222222 2 0 2 6666666666666666 1111111111111 444 99 8888 77777 4 3 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 6 6 6 99999 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333 44444 4 00 0 333333333333 1 22 1 66 000000 66 6 33 77777 0 3 3 0 0 3 0 7 8 000 0 5 0 111111111111111111111111111111111111111111 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA--C---GGGA--AAA--ACACAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-CAA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GAT-C---AGGA--AAA--ACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCA-ACGAA---CA-TTCCTG-NAA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTGAA-TTTCCCATTGGAC------GGA--AAA--ACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CA-T-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTG------TTTTGAAAAAG----A------T----TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TAT-------C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---GA---AATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCAGAA--CGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACG-ACTCA-GGGAA---CA-TTCCTGACAA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CAC--C--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT-----------A-----T---A--C----TTTC---GC---A-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAAT-ACACA-GCGAA---TG-TTCATG-TA---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAGAA-----G---A--------------AA---AATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCTAAA--CAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAAC-ACTCA-AAGAA---CA-TTCCAG-CAAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTC--C--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGGAA-----T---G--T----TTTT---G-------ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC-AAA--TTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACC-ATCTA-ACG-A---CC-CTCCT---AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TA-A-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAG------TTTTGTAGAAGCAGAA------T----TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TTT-------T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CAC--C--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAGGA-----A---A--TGCTATTTT---TA---AA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA----------------------------------AAACTTCTTGGAAAACC--A----A-AGAA---CA-T-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGT------TTACGG---AG----A------T----TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-------------TTAT-TCACTCTAGC-a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTGAAA--CAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACC-GCCCG-GCAAA---CA-CTACGG-TAACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GA-T-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAG------TTTAGAAGGGG----AA-----TAA--TTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGAG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TTT-------T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CA-T-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGG------TTTCGGAGAAG----T------TGTTTTTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CT-C-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGG------TTGCGAAGAAG----AATAT--T----TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAATCA--G-AA-A-aatattgaa
gi|19 : --T----TTTT---TA---AA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC--AAA--CTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTGAATTTTT------GAT-CATAAGCA--AAAACACACAAACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CA-TATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGA------TTACAGAGAAA----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-A-AA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTAT-------C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CAC--T--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAGAA-----GTCAA--T----TT------A---AACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCAGAT--CAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGA------TTG-GTGGATA----A------T----TGTT----T--------TAAT----A--GTTATTCA--T-AA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TAT----------A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA--------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAGAA-----A---AGTC----TTTT---TA---AA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCATAA--TGAAA-------------AC-AAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAA-AGAAA---CA-TTCCTG-TAAA----GTGTGCT-AA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTGAA-------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CA-T-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGG------TTTTGGA-ATT----A------T----TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAATCAG-A-AA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TAT-------TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAA--TGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AGAA-----C---T--T----TTTT---AA---AAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTGGAA--TGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAAC-ATCAATATG------A-TT-----AAA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : A--ATTTAATTCA--A--T------TTGTAGAAG-T--------G-------CT--TTT--------AGAA-----G---A--TATTTCTTT---CATTTCATTTCAACCAACTAAAAAACATTGTTA-ACTCTGG---CA--TT--CA-CAT--TG-C--TT-TTCAGAT--CTTTAAGAAA-----AATGT-AAATTTTATGGAGGACT-ACACA-ACGAATTTCATTTCCAG-CCAT----GTTTGTTAGG----AT--T------T-------
gi|5 : cATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCT-TTTCA-----GAT-CTTTAAGA--AAA--ATGTAAATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCATT-T-CCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T----TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCAG-A-GA-G-C-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--AT------------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGT--C-A--G-GAAA-T-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC----------AAT----G---G--T----TCATGAGTA---AATTT------ATCAGAAAGTATTaattggggttttttttttataaagcgttgttttttatagaaagttcagctgatcagagagcactatataacatggcaagtaaataatgggacaaaaagcaaaagcttgtgaacatcactgtcaggaaatatttcagataagtttggttcaattttgttcaatggttcatgagtaaatttatcagaaagtatt
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------G------TTTTAGAGAAG----A------TG---TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GAT-------C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAA--C--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAGAA-----A---A--TGATTTTTT---TA---AAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT------AA--TGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGT-ATTAA-ATGAA---TA-TTATTGCAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGA------TGTCACAAAAC----A------G----TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TTTT------C-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CAC--AA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAAAA-----G---A--------ATT---GG---AATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCTGAA--AGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTA-AAGATCGATCCA-GCAAA---CA----CTG-T--------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CA-T-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGG------TTTTGAAGAAG----AAA----TG---TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--G-AA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTTC-TA-AA-T--GGAATGA--AAG--A---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CAC--C--A-A--G-G-AAAC-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAAG---A--T----TACT---TA---AATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTGAA-TATC------AAAAC---GGGACCAAA--A-ACAAACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AA-G-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGG------TTCCGTAGAAT----A------T----TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 22222222222222222222222222222222222 111 111111 3333333333333333 2222222222222 111 11 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 111111 11 22222 3333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 55555555555555555555555555555555555 22 66 66 4 3 000 444 3 3 2 0 33 2 3 000000 888888 2 1 1 5555555555555555 9999999999999 111 33 33 22222 0 3 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 3 3 3 33333 44 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999999 88888 0 55 4 111111111111 3 44 3 44 555555 44 1 00 22222 1 3 2 1 4 33 1 777 4 1111111111111111111111111111111111111111111 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . ................................... .. .. .. . . ... ... . . . . .. . . ...... ...... . . . ................ ............. ... .. .. ..... . . .. .................................................................................................. .... . . . ..... .. .. ........................................................................ ........ ..... . .. . ............ . .. . .. ...... .. . .. ..... . . . . . .. . ... . ........................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 00000000000000000000000000000000000 00 88 99 0 6 000 222 6 1 9 6 99 9 8 222222 222222 2 0 2 6666666666666666 1111111111111 444 99 55 77777 4 3 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 6 6 6 99999 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333 44444 4 00 0 333333333333 1 22 1 66 000000 66 6 33 77777 0 3 3 0 0 99 6 000 0 6666666666666666666666666666666666666666666 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCA-TATTGAA-TTTC------GA--C----GG-A--AAA--ACACAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--AAA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAA---CA-TTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCA-TATTGAA-TTTC------GA--C----GGGA--AAA--ACACAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--AAA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NA---AATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAACGAA---CA-TTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCA-TGTTGAA-TTTCCCATTGGA--C----GG-A--AAA--ACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CA-T-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTG------TTTTGAAAAAG----A------T----TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTAAA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TAT-------C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---GA---AATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCAGAA--CGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACG-ACTCAGGGAA---CA-TTCCTGAC-AA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CAC--C--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT-----------A-----T---A--C----TTTC---GC---A-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAAT-ACACAGCGAA---TG-TTCATG-T-A---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAGAA-----G---A--------------AA---AATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCTAAA--CAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAAC-ACTCAAAGAA---CA-TTCCAG-C-AAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTC--C--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGGAA-----T---G--T----TTTT---G-------ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC-AAA--TTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACC-ATCTAACG-A---CC-CTCCT----AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TA-A-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAG------TTTTGTAGAAGCAGAA------T----TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--AAA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TTT-------T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CAC--C--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAGGA-----A---A--TGCTATTTT---TA---AA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA-----------------------------------AAACTTCTTGGAAA-----AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGT------TTACGG---AG----A------T----TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC------------TTAT-TCACTCTAGC-a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTGAAA--CAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACC-GCCCGGCAAA---CA-CTACGG-T-AACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GA-T-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAG------TTTAGAAGGGG----AA-----TAA--TTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGA-GGC-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TTT-------T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CA-T-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGG------TTTCGGAGAAG----T------TGTTTTTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--AAATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CT-C-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGG------TTGCGAAGAAG----AATAT--T----TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAATCA--GAA-A-aatattgaa
gi|19 : --T----TTTT---TA---AA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC--AAA--CTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCA-TATTGAATTTTT------GA--TCATAAGCA--AAAACACACAAACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CA-TATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGA------TTACAGAGAAA----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-AAA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTAT-------C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CAC--T--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAGAA-----GTCAA--T----TT------A---AACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCAGAT--CAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGA------TTG-GTGGATA----A------T----TGTT----T--------TAAT----A--GTTATTCA--TAA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TAT----------A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA--------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAGAA-----A---AGTC----TTTT---TA---AA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCATAA--TGAAA-------------AC-AAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAAAGAAA---CA-TTCCTG-T-AAA----GTGTGCT-AA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCA-TATTGAA--------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CA-T-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGG------TTTTGGA-ATT----A------T----TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAATCAG-AAA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TAT-------TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAA--TGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AGAA-----C---T--T----TTTT---AA---AAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTGGAA--TGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAAC-ATC-----AA---TA-TGATTA---AA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : A--ATTTAATTCA--A--T------TTGTAGAAG-T--------G-------CT--TTT--------AGAA-----G---A--TATTTCTTT---CATTTCATTTCAACCAACTAAAAAACATTGTTA-ACTCTGG---CA--TT--CA-CAT--TG-C--TT-TTCAGAT--CTTTAAGAAA-----AATGT-AAATTTTATGGAGGACT-ACACAACGAATTTCATTTCCAG-C-CAT----GTTTGTTAGG----AT--T------T-------
gi|5 : cATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCA-CATTGCT-TTTCA-----GA--TCTTTAAGA--AAA--ATGTAAATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCATT-T-CCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T----TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCAG-AGA-G-C-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--AT------------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGT--C-A--G-GAAA-T-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC----------AAT----G---G--T----TCATGAGTA---AATTT------ATCAGAAAGTATTaattggggttttttttttataaagcgttgttttttatagaaagttcagctgatcagagagcactatataacatggcaagtaaataatgggacaaaaagcaaaagcttgtgaacatcactgtcaggaaatatttcagataagtttggttcaattttgttcaatggttcatgagtaaatttatcagaaagtatt
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------G------TTTTAGAGAAG----A------TG---TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--GAA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GAT-------C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAA--C--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAGAA-----A---A--TGATTTTTT---TA---AAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT------AA--TGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGT-ATTAAATGAA---TA-TTATTG-CAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGA------TGTCACAAAAC----A------G----TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------AAA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TTTT------C-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CAC--AA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAAAA-----G---A--------ATT---GG---AATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCTGAA--AGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTA-AAGATCGATCCAGCAAA---CA----CTG-T---------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CA-T-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGG------TTTTGAAGAAG----AAA----TG---TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--GAA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTTC-TA-AA-T--GGAATGA--AAG--A---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CAC--C--A-A--G-G-AAAC-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAAG---A--T----TACT---TA---AATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCA-TACTGAA-TATC------AAAAC----GGGACCAAA--A-ACAAACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AA-G-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGG------TTCCGTAGAAT----A------T----TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 11111111111111111111111111111111111111 111 111111 1111111 3333333333333333 2222222222222 111 1111 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111 22222 3333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 44444444444444444444444444444444444444 22 3 66 77 3 000 3 7 3 2 0 33 2 3 000000 0000000 1 1 5555555555555555 9999999999999 111 33 2222 11111 0 3 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 7 3 33333 44 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 99999 00 44 3 33333333 77 3 44 3 55 777777 55 0 888 11111 0 3 2 1 4 33 2 1 9999999999999999999999999999999999999999999 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . ...................................... .. . .. .. . ... . . . . . .. . . ...... ....... . . ................ ............. ... .. .... ..... . . .. ................................................................................................ .... . . ..... .. .. ........................................................................ .... ..... .. .. . ........ .. . .. . .. ...... .. . ... ..... . . . . . .. . . ........................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 77777777777777777777777777777777777777 00 7 99 77 6 000 6 3 1 9 6 99 9 8 222222 4444444 0 2 6666666666666666 1111111111111 444 99 9999 66666 4 3 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 3 6 99999 66 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 33333 88 22 8 44444444 99 3 66 3 00 999999 00 4 999 11111 5 6 4 0 4 88 9 1 7777777777777777777777777777777777777777777 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGGTTTC------GNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACACAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGGTTTC------GNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTGAA-TTTCCCATTGGA-------C-----GGAA--AAACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CAT-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTGTTTT------GAAAAAG----A------T----TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TAT-------C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-GAA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---GAAATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCAGAA--CGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACG-ACTCAGGGAACATTCCTGAC-AA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CACC--A-AATG-GAA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT-----------A-----T---A--C----TTTC---GCA-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAAT-ACACAGCGAATGTTCATG-T-A---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAGAA-----G---A--------------AAAATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCTAAA--CAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAAC-ACTCAAAGAACATTCCAG-C-AAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTCC--C-AA-G-GAA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGGAA-----T---G--T----TTTT---G----ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC-AAA--TTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACC-ATCTAACG-ACCCTCCT----AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TAA-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAGTTTT------GTAGAAGCAGAA------T----TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TTT-------T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CACC--C-A--GAGAA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAGGA-----A---A--TGCTATTTT---TAAA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA--------------------------------------AAACTTCTTGGAAAACC--A----A-AGAA---CAT-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGTTTAC------GG---AG----A------T----TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-------------TTAT-TCACTCTAGC-a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTGAAA--CAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACC-GCCCGGCAAACACTACGG-T-AACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GAT-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAGTTTA------GAAGGGG----AA-----TAA--TTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGAG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TTT-------T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CAT-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGGTTTC------GGAGAAG----T------TGTTTTTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CTC-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGGTTGC------GAAGAAG----AATAT--T----TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAATCA--G-AA-A-aatattgaa
gi|19 : --T----TTTT---TAAA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC--AAA--CTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTGAATTTTT------GATCATAAGC-----AAAA--ACACACAAACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CATATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGATTAC------AGAGAAA----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-A-AA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTAT-------C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CACT--CAA--G-GAA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAGAA-----GTCAA--T----TT------AAACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCAGAT--CAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGATTG-------GTGGATA----A------T----TGTT----T--------TAAT----A--GTTATTCA--T-AA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TAT----------A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA------A--A-GAA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAGAA-----A---AGTC----TTTT---TAAA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCATAA--TGAAA-------------AC-AAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAAAGAAACATTCCTG-T-AAA----GTGTGCT-AA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTGAA-----------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CAT-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGGTTTT------GGA-ATT----A------T----TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAATCAG-A-AA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TAT-------TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAATGAA-A--G-AAA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AGAA-----C---T--T----TTTT---AAAAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTGGAA--TGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAAC-ATC-----AATATGATTA---AA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : ATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCT-TTTCA-----GA-------TCTTTAAGAA--AAATGTAAATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCAT-TTCCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T----TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCA--G-AG-AGC-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--AT------------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGTC-A--G-GAAAT-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC----------AAT----G---G--T----TCATGAGTAAATTT------ATCAGAAAGTATT
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------GTTTT------AGAGAAG----A------TG---TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GAT-------C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAAC--C-A--ATGAA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAGAA-----A---A--TGATTTTTT---TAAAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT------AA--TGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGT-ATTAAATGAATATTATTG-CAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGATGTC------ACAAAAC----A------G----TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TTTT------C-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CACAA-T-A--G-GAA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAAAA-----G---A--------ATT---GGAATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCTGAA--AGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTA-AAGATCGATCCAGCAAACA---CTG-T---------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CAT-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGGTTTT------GAAGAAG----AAA----TG---TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--G-AA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTTC-TA-AA-T--GGAATGA--AAG--A---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CACC--A-A--G-GAAAC-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAAG---A--T----TACT---TAAATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTGAA-TATC------AAAA-----C-----GGGACCAAAAACAAACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AAG-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGGTTCC------GTAGAAT----A------T----TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 11111111111111111111111111111111111111 111 111111 3333333333333333 2222222222222 111 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111 22222 3333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 99999999999999999999999999999999999999 22 3 66 77 3 000 444 3 3 2 0 33 2 3 000000 888888 2 1 1 5555555555555555 9999999999999 111 33 4444 99999 0 3 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 3 3 3 33333 44 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 99999 00 44 3 33333333 77 3 44 3 55 777777 55 0 888 11111 0 3 2 1 4 33 2 1 9999999999999999999999999999999999999999999 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . ...................................... .. . .. .. . ... ... . . . . .. . . ...... ...... . . . ................ ............. ... .. .... ..... . . .. .................................................................................................. .... . . . ..... .. .. ........................................................................ .... ..... .. .. . ........ .. . .. . .. ...... .. . ... ..... . . . . . .. . . ........................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 55555555555555555555555555555555555555 00 7 99 77 6 000 222 6 1 9 6 99 9 8 222222 222222 2 0 2 6666666666666666 1111111111111 444 99 8888 77777 4 3 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 6 6 6 99999 66 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 33333 88 22 8 44444444 99 3 66 3 00 999999 00 4 999 11111 5 6 4 0 4 88 9 1 7777777777777777777777777777777777777777777 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTGAA-TTTCCCATTGGA-------C-----GGAA--AAACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CA-T-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTG------TTTTGAAAAAG----A------T----TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TAT-------C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---GAAATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCAGAA--CGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACG-ACTCAGGGAACATTCCTGAC-AA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CAC--C--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT-----------A-----T---A--C----TTTC---GCA-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAAT-ACACAGCGAATGTTCATG-T-A---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAGAA-----G---A--------------AAAATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCTAAA--CAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAAC-ACTCAAAGAACATTCCAG-C-AAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTC--C--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGGAA-----T---G--T----TTTT---G----ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC-AAA--TTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACC-ATCTAACG-ACCCTCCT----AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TA-A-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAG------TTTTGTAGAAGCAGAA------T----TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TTT-------T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CAC--C--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAGGA-----A---A--TGCTATTTT---TAAA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA--------------------------------------AAACTTCTTGGAAAACC--A----A-AGAA---CA-T-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGT------TTACGG---AG----A------T----TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-------------TTAT-TCACTCTAGC-a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTGAAA--CAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACC-GCCCGGCAAACACTACGG-T-AACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GA-T-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAG------TTTAGAAGGGG----AA-----TAA--TTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGAG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TTT-------T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CA-T-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGG------TTTCGGAGAAG----T------TGTTTTTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CT-C-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGG------TTGCGAAGAAG----AATAT--T----TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAATCA--G-AA-A-aatattgaa
gi|19 : --T----TTTT---TAAA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC--AAA--CTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTGAATTTTT------GATCATAAGC-----AAAA--ACACACAAACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CA-TATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGA------TTACAGAGAAA----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-A-AA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTAT-------C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CAC--T--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAGAA-----GTCAA--T----TT------AAACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCAGAT--CAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGA------TTG-GTGGATA----A------T----TGTT----T--------TAAT----A--GTTATTCA--T-AA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TAT----------A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA--------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAGAA-----A---AGTC----TTTT---TAAA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCATAA--TGAAA-------------AC-AAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAAAGAAACATTCCTG-T-AAA----GTGTGCT-AA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTGAA-----------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CA-T-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGG------TTTTGGA-ATT----A------T----TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAATCAG-A-AA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TAT-------TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAA--TGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AGAA-----C---T--T----TTTT---AAAAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTGGAA--TGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAAC-ATC-----AATATGATTA---AA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : ATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCT-TTTCA-----GA-------TCTTTAAGAA--AAATGTAAATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCATT-T-CCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T----TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCAG-A-GA-G-C-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--AT------------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGT--C-A--G-GAAA-T-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC----------AAT----G---G--T----TCATGAGTAAATTT------ATCAGAAAGTATT
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------G------TTTTAGAGAAG----A------TG---TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GAT-------C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAA--C--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAGAA-----A---A--TGATTTTTT---TAAAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT------AA--TGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGT-ATTAAATGAATATTATTG-CAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGA------TGTCACAAAAC----A------G----TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TTTT------C-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CAC--AA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAAAA-----G---A--------ATT---GGAATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCTGAA--AGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTA-AAGATCGATCCAGCAAACA---CTG-T---------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CA-T-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGG------TTTTGAAGAAG----AAA----TG---TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--G-AA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTTC-TA-AA-T--GGAATGA--AAG--A---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CAC--C--A-A--G-G-AAAC-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAAG---A--T----TACT---TAAATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTGAA-TATC------AAAA-----C-----GGGACCAAAAACAAACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AA-G-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGG------TTCCGTAGAAT----A------T----TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 11111111111111111111111111111111111111 111 111111 3333333333333333 2222222222222 111 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111111 22222 3333333333333333333333333333333333333333333 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 99999999999999999999999999999999999999 22 3 66 77 3 000 444 3 3 2 0 33 2 3 000000 888888 2 1 1 5555555555555555 9999999999999 111 33 4444 99999 0 3 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 3 3 3 33333 44 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 99999 00 44 3 33333333 77 3 44 3 55 777777 55 0 888 11111 0 3 2 1 4 33 2 1 9999999999999999999999999999999999999999999 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . ...................................... .. . .. .. . ... ... . . . . .. . . ...... ...... . . . ................ ............. ... .. .... ..... . . .. .................................................................................................. .... . . . ..... .. .. ........................................................................ .... ..... .. .. . ........ .. . .. . .. ...... .. . ... ..... . . . . . .. . . ........................................... . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 55555555555555555555555555555555555555 00 7 99 77 6 000 222 6 1 9 6 99 9 8 222222 222222 2 0 2 6666666666666666 1111111111111 444 99 8888 77777 4 3 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 6 6 6 99999 66 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 33333 88 22 8 44444444 99 3 66 3 00 999999 00 4 999 11111 5 6 4 0 4 88 9 1 7777777777777777777777777777777777777777777 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTGAA-TTTCCCATTGGA-------C-----GGAA--AAACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CA-T-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTG------TTTTGAAAAAG----A------T----TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCACCATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TAT-------C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---GAAATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCAGAA--CGAAACCAAA----CAACAC-CAACTTTGTAGAGGACG-ACTCAGGGAACATTCCTGAC-AA-----GTCTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagAT-------C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CAC--C--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT-----------A-----T---A--C----TTTC---GCA-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA----CAA----AAACATTGTAGAAAAAT-ACACAGCGAATGTTCATG-T-A---------TGATTAA----CG--T------T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAGAA-----G---A--------------AAAATA------AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCTAAA--CAGGACGAAAATCACAACATTAAAC------GAGCAAC-ACTCAAAGAACATTCCAG-C-AAC----GATTGTTTAA----A
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTC--C--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGGAA-----T---G--T----TTTT---G----ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC-AAA--TTGAACCAAA-----ATCAC-AAAACTAGTAGAAGACC-ATCTAACG-ACCCTCCT----AA-----GTTTGTTTTA----CT--T------T-------agccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TA-A-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAG------TTTTGTAGAAGCAGAA------T----TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAATCA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TTT-------T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CAC--C--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAGGA-----A---A--TGCTATTTT---TAAA
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTGAA--------------------------------------AAACTTCTTGGAAAACC--A----A-AGAA---CA-T-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGT------TTACGG---AG----A------T----TTTT----------------TT-TCAATACTGGTC-------------TTAT-TCACTCTAGC-a
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTGAAA--CAGAAT-GAT----TAACAC-AAACTTTGTAGAAGACC-GCCCGGCAAACACTACGG-T-AACTTTTGTTT-TTTAATTACAT--TAA----G-------TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GA-T-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAG------TTTAGAAGGGG----AA-----TAA--TTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGA--AGAG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TTT-------T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CA-T-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGG------TTTCGGAGAAG----T------TGTTTTTTT----A--------AAA-----G--GCCAATCA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CT-C-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGG------TTGCGAAGAAG----AATAT--T----TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAATCA--G-AA-A-aatattgaa
gi|19 : --T----TTTT---TAAA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC--AAA--CTGGACC-AA----TGACAC-Aatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTGAATTTTT------GATCATAAGC-----AAAA--ACACACAAACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CA-TATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGA------TTACAGAGAAA----AAACGTGT----TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAATCAG-A-AA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTAT-------C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CAC--T--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAGAA-----GTCAA--T----TT------AAACATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtccATACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCAGAT--CAGAATCAAA-----AACAC-AAATTTGGTAGAa
gi|21 : AGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGA------TTG-GTGGATA----A------T----TGTT----T--------TAAT----A--GTTATTCA--T-AA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TAT----------A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA--------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAGAA-----A---AGTC----TTTT---TAAA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCATAA--TGAAA-------------AC-AAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAAAGAAACATTCCTG-T-AAA----GTGTGCT-AA----AT--T------TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTGAA-----------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CA-T-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGG------TTTTGGA-ATT----A------T----TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAATCAG-A-AA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TAT-------TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAA--TGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AGAA-----C---T--T----TTTT---AAAAAATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTGGAA--TGAGA-TAAA----CACCAC-AAAATTGGTAGAAGAAC-ATC-----AATATGATTA---AA-----TTTTG-CCAA----CTGAT------T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : ATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCT-TTTCA-----GA-------TCTTTAAGAA--AAATGTAAATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCATT-T-CCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T----TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGATCAG-A-GA-G-C-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--AT------------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGT--C-A--G-GAAA-T-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC----------AAT----G---G--T----TCATGAGTAAATTT------ATCAGAAAGTATT
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------G------TTTTAGAGAAG----A------TG---TTTT--------------AATTATCA--GCCAATAA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GAT-------C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAA--C--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAGAA-----A---A--TGATTTTTT---TAAAAAT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT------AA--TGAGACTAAA-----AAAAT-AAACTTTGTATTGGAGT-ATTAAATGAATATTATTG-CAAA-----GTATAGATAT----AT--TAATCGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGA------TGTCACAAAAC----A------G----TTTT----G--------AAATT-TCA--G---------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TTTT------C-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CAC--AA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAAAA-----G---A--------ATT---GGAATTTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCTGAA--AGGAACGAAA-----AATAC-ACGGTTAGTA-AAGATCGATCCAGCAAACA---CTG-T---------TTTG-CCAA----AT--T------T-------TAA-CTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CA-T-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGG------TTTTGAAGAAG----AAA----TG---TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--G-AA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTTC-TA-AA-T--GGAATGA--AAG--A---TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CAC--C--A-A--G-G-AAAC-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAAG---A--T----TACT---TAAATTTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atcaggttcaatgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTGAA-TATC------AAAA-----C-----GGGACCAAAAACAAACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AA-G-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGG------TTCCGTAGAAT----A------T----TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAATCct
blockSeqs : C CTTGGAGGTG AC T A A C GGG G A AACTA G GATC TT AATATTTTTT A AC T T T A C TAAA T T TTTTTGATCATAAGCAAAAACACAC CT A . CA C TTT TA A A T TT G A TTTTA TTTTTT T T G AAACGTGT GTTTTTTTT TTA AT AG ATC A GT ATGGTAATGTAAAATTTCTAAATGGAATGAAAGATACAACCTTTGTAATGCAAAAGGTCACCA ATG A A C TTTTC CG TT TACATTTTCAATGGTCACAGAGAAAATGATT GAGT TACCA CG C ATTTCAAT CA C AA G TT AGCCGA GG ACG ATCAC T T A G AC C C TAACTTTTGTTTTTTAATTACATTAAG T T ATG A A C
blockSeqs : G T A A . A C . C TC TT TTCG A A G . T A C . T . TTTCAGATCTTTAAGAAAAATGT AT A . C . G TT . . . . . T TCA . C G G CAGAAT TATAG TA . GA TAT . TC GTGGTCATATTGCACATCTTGAAAAGGACAAAAAACACAACCTTAAAACAGGATAATGAA AG . . . GAAC . . TTTTGTCAATTTGTTTTGGAGAAGTCAAT G AATCT T C GCA T . . . . GCCTA . CGA C . A A . TC A C TAAAGTGTGCTAAATTTGTCAGAG . . . T . A
blockSeqs : . . . . . . C AT AA TTTA T A . . A T A . G . TATCAAAACGGGACCAAAAAC GG G . T . . A . . . . . G CCA . A A G TTGTTT TTAA TT . GA ATT . CC GCTGCTCTATTAAGTATCTAAACAGGAAGAAAATCACAACCTTAGTAGAGTCCCACTCA GA . . . CA . . TTCTATATCAGTGGTTACACAGAAAAGTC A TTTCA T C GCA . . . . . TTTGA . CCA T . T C . CT C C CAAAGTATAGATATATTAATCGAT . . . A .
blockSeqs : C GT . A . . A T T . A . . TA G . C . . T . . . . . T TTC . C G G AATATT G TT . GA AGC . AC ATAGCCATACTGCTTTTCCAATTTTGTGAAAAACAAATAACAGGCCACAAT AT . . . CC . . CTTTCGGTGGTTTTGAAGAAAAAAAGAT G TTTCA T C GCA . . . . . TTCAG . TCA T . G C . CC C A AATTTTGCCAACTGATT . . .
blockSeqs : . T A . G . . TT G . T . . T . . . . . T TCA . C A G CGTTGT A AT . A GC . CC GCAGTCTTACGATCAAACCCTAAAAAAATTTAGTTGAAGACAACCAACC G . . . CA . . TTCTTTTAAAGTGATTCATGAGAAGA T ATCG C A GTA . . . . . GTCAT . CTA C . A A . AA G C AAGTTTGTTTTACTTT .
blockSeqs : . T . . T . . . . . T TAA . C G G AATAA A GA . A AC . TG GCAAGTAAATAATGGGACAAAAAGCAAAAGCTTGTGAACATCACTGTC A . . . AT . . TTCTTTTCCCATGGTTACAGGAATGT T ATCC C C GCA . . . . . ACTGG . CGA . . G A . TA T A TATGATTAACGTT .
blockSeqs : . A . . C . . . . . C GCA . T T G AAATG T GT . G AT . AC CCATATATAACTCGGGATCAGAAGTAAACACACACAAATGTATCA G . . . CA . . TTCTATTTAATGGTTTCAGAACTT T ATCA G A GTG . . . . . TTCTG . TG . . T G . CC C A TTTTGCCAAATTT
blockSeqs : . . . T . . . . . T TCT . T G A ATG G TT . T GC . TT GCCATGTTGCTTTTTGATCAGAACAAAACCACCC G . . . CC . . TGGTTTCAAAAAAAAAAAGA A AATG T A TC . . . . . TCCA . CC . . A T . C . .
blockSeqs : . . T . . . . . A CCA . T T G AT G TT . G AC . TT G . . . CC . . TGATTAAGGAAATGCTA T TTT C T . . . . . . TCA . TA . . .
blockSeqs : . . G . . . . . G TCA . C G G AT T T . A . . AC G . . . . . . TTTTAATTTTATAC G TA C C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G T . T C . AT . T . G . . A . . TTTTGTTCAATGGT T G G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C A . AG . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . AT . . .
blockSeqCons : A* ** TTCGACGAAAAAAC************************ ** G*** ATCG* ***** TAATTTGTTTTACTTT***************************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAA-TTTC------GA-------C-----GGAA--AAACGCAAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCA--A-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAATATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA----CAACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-C-AA-----GTTTGTTTAA----AT--T------T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTGAATTCGACGAAAAAAC------------------------AAACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CA-T-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGG------TTTCGNAGAAG----A------T----TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAATCAG---AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TAT-------C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CAC--C--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAGAA-----G---A--T----TTTT---NAAAATCG-GCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCGGAA--CGGAACCAAA-----AACAC-AAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTGTAATTTGTTTTACTTT---------------------------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 111 22222 1111 3333333333 22 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111 1111111 33333333333333 2222222222222 111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 1 9999999999 22 1 3 3 3 777 6 2 55555 2 5555 22 2222222222 8 88 77 8 1 1 1 4444 3 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 3 66 77 3 000 3 7 3 2 0 33 2 3 000000 0000000 1 1 55555555555555 9999999999999 111 33 2 9999 11111 0 3 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 3 3 3 33333 44 44 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666 55 8888 44 3 33333333 77 3 44 3 55 8888888888888 3 44 33 0 4 1 1 4 33 2 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 8 444 1 0 3
lowQualScore : . .......... .. . . . . ... . . ..... . .... .. .......... . .. .. . . . . .... . . .................................................. .. . .. .. . ... . . . . . .. . . ...... ....... . . .............. ............. ... .. . .... ..... . . .. ................................................................................................. .... . . . ..... .. .. .......................................................................... ..... .. .... .. . ........ .. . .. . .. ............. . .. .. . . . . . .. . . ................................................. . . ... . . .
lowQualScore : 0 5555555555 00 0 7 2 0 555 5 5 00000 5 0000 44 5555555555 8 88 00 0 0 0 0 2222 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 00 7 99 77 6 000 6 3 1 9 6 99 9 8 222222 4444444 0 2 66666666666666 1111111111111 444 99 9 2222 66666 4 3 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888 6 6 6 99999 66 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00000 33 0000 22 8 44444444 99 3 66 3 00 3333333333333 6 00 77 1 1 0 0 4 88 9 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 000 2 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTG-------AA--T-TC-------GA--CG-----G----AAAA---ACA--AACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGGTTTC------GNAGAAG----A------T--TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAAT-CA--G-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TA-------T-C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAG-----AA-GA--T-----T--TTT-GA--AA-ATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCG-------GA-ACGGAACCAAA-AACACAAANTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-CAA--T--T---TG-----TT------TT-AC-T---T--T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
Reference ( family-2254 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAAGAANAAACTTGGAGGTGTNNTANCTTCGTAAAAG---ACATTCCTGTCAGGTTT-----GGTTTAATTTGGCTCAG--CGGTTTCGGAGAAGANGNNTA------AAATNTCGGCCAA-TCA--AA-ANCATNATTCACCCT----GGCGGCCAT-ATTG-------AA--T-TC-------GA--CG-----A----AAAA---ACA--AACTTNNTGGAGGACC--AC-CAA-AGAA---CAT-T-CCTGCCAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTNGTT-C--AGTGGTTTC------GNAGAAG----A------T--TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAAT-CA--G-AA-A-C-ATTAT-TCACNCTGGC-A-CC-A----TGGTAA-TA-------T-C-CA-AN-C--GGAACGA--AAA--AAA-CACAANCTTTA-AGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ATTCCTGC---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------TC--------T--------G-------GT--TTC-----G-AAG-----AA-GA--T-----T--TTT-NA--AA-ATCGGCCAATCAGAAAGCATTATTC-ACCCTGG---CA--GC--CA-TGT--TG-A--AT-TCCG-------GA-ACGGAACCAAA-AACACAAACTTNGTAGAGGANC-ACCCAGCGAACATTCCTG-TAA--T--T---TG-----TT------TT-AC-T---T--T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTAAAATGTAAC-AAGTTTACAGACGACAA
gi|1 : AAAGAAGAAAAAA----------TCATAACTTCGTAAAAG---ACATTTCTGTCAGTGTT-----GGTTCAATTTGGATCAG--TAGTTTTGGAGAAGAAGAG-A------AAATCTTAGCCA--TCACCAA-AGCATGGTTTACCCT----GACAGCCAT-GTTG-------AA--T-TTCCCATTGGA--CG-----G----AAAA---ACACAAACTTTGTGGAG-ATCTGAC-CAA-AGCA---CAT-T-TCTGACAAGTT-TG-GTTCAA--T-TTAGCT-A--AGCTGTTTT------GAAAAAG----A------T--TCTT----G--------GAATT-TCA--GTCCAC-CATTA-AA-A-C-ATTAC-GTACACTAGC-A-TCTA----TGGTAA-TA-------T-C-CA-GT-T--GGAATAA--AAA--AAA-CACAAACTTTACAGT-----AGA---C--CACC--C-A--G-G-AA-C-ACTCCTCT---CAA--GTTTGGTTCA--A--T------T---------T--------G-------AT--TTC-----G-AAG-----AA-GA--T-----T--TTT-GA--AATATCAGCAAATCAGAAAGCATTATTT-ACACTAG---CA--GG--CC-TGT--TG-A--AT-TGCA-------GA-ACGAAACCAAACAACACCAACTTTGTAGAGGACG-ACTCAGGGAACATTCCTGACAAG-T--C---TG-----TT------TA-AA-T---T--T-------TGG-TTCAG-A---GAAATTTAAGTATTGC-AAGTTTACAGATGACAA
gi|10 : catgtagttgtttcagA-------T-C-CA-GT-T--TGAAC----AAA--AAC-CACAAGATTTGTAGC-----GGA---C--CACC--A-AATG-G-AA-T-ATTCCTTTTTTC----GTTTGGTTC---A--T------TT--------T--------A-------AT--TTT----------------A-TA--C-----T--TTC-GC--A-----GACTAA-CA-----CATTATCT-ATCTTGATTTCAATGCT-CGCTGT--TG-A--ATAGCCGACAGGCAGAGACGGA--CAAA-AACA------TTGTAGAAAAAT-ACACAGCGAATGTTCATG-TA----------TG-----AT------TA-AC-G---T--T-------T-G-TTCAagt
gi|11 : --GTTTGGTTCT--A--T------TC--------TTTTAA---A-------GTGATTC-----ATGAG-----AA-GA----------------A--AA-ATA----AATCATAAAGCATTGTTCGATCTTGT---C---GC--TA-TAT--TG-A--AT-GCCT-------AA-ACAGGACGAAA-ATCACAACATTAAACGAGCAAC-ACTCAAAGAACATTCCAG-CAA--CGAT---TG-----TT------T
gi|12 : caactacacactaccattacccaaagtatT-----ATA---C--CTCC--C-AA-G-G-AA-C-ATTCCTGC---AAG--GATTTGTTCA--A--T------TCTTTTCCCAT--------G-------GT--TAC-------AGG-----AA-TG--T-----T--TTT-G------ATCGGATAATCAGAAAACAATAATT-GCCCTG--------AC--CG-TGTAATG-A--AA-TCC--------AA-ATTGAACCAAA-ATCACAAAACTAGTAGAAGACC-ATCTAACG-ACCCTCCTA--AG--T--T---TG-----TT------TT-AC-T---T--T-------aaaagccaatttgtttttggaga
gi|12 : AACG---ACCCTCCT---AAGTTT-----GTTTTACTTTGACTGAT--CGGTTTCGGAGgactgatcggtttcggag
gi|13 : tatacctcccaaggaacattcctgcaaggatttgttcaattcttttcccatggttacaggaatgtttttgatcggataatcagaaaacaataattgccctgaccgtgtaatgaaatccaaattgaaccaaaatcacaaaactagtagaagaccatctC-CAG-AGAA---TAA-T-ACTGCCAAGTT-TG-ATTCAA--T-TCAGT-------TAGTTTT------GTAGAAGCAGAA------T--TTTT-------------AAATA-TCA--GCCAAT-CA--A-AA-ATC-ATTTT-TTATGTTTG----CC-A----TGTTGC-TT-------T-T-TG-AT-C--AGAACAA--A------------------------------A---C--CACC--C-A--GAG-AA-C-ATACCTGC---CAA--ATTTGGTTCA--G-------------------T--------G-------AT--T---------AAG-----GA-AA--TGCTA-T--TTT-TA--AA-A
gi|14 : aacagaatttcaaatAATTTTGC-CA---TGGTTGTGGAGAAGTTGTTCG------AAACATCGGCTAA-ACAT-AA-ATCATAATTCATCTT----GGCTGCCATTATTG-------AA--------------------------------------A--AACTTCTTGGAAAACC--A----A-AGAA---CAT-T-CCAGCAAGATT-TG-GTTCAATTT-TTTTTT-C--AGTGTTTAC------GG---AG----A------T--TTTT----------------TT-TCAATACTGGT-C-------------TTAT-TCACTCTAGC-
gi|15 : gaaatgTCAGCCAATGAGAAAACCAAATTT-AACC----------AT--CA-TGT--TGGA--AT-TTTG-------AA-ACAGAATGATT-AACACAAACTTTGTAGAAGACC-GCCCGGCAAACACTACGG-TAACTT--T---TG-----TTTTTTAATT-AC-A---T--TAAG----TGG-TTTTG-AATGGAAATAAAAAGATAAC-ggtc
gi|16 : -CAA-AGAG---GAT-T-CCTACCAGGGT-GG-G-----------GGAC-C--AGAAGTTTA------GAAGGGG----AA-----TAATTTC----G--------ATATT-TCA--GGCTATGAA--G-AG-G-C-AGTAT-TTACCCTGGC-A-GC-AATTGTGG--A-TT-------T-T-AG-AA-C--GGAATGA--AAA--At
gi|17 : tt--AT-CAA-AGAAG--CAT-T-TCAACAAAGTT-TG--TTTAA--T-TCTGTTTC----TGGTTTC------GGAGAAGTTGTT------T--TTTT----A--------AAA-----G--GCCAAT-CA--A-AATA-T-AGTAG-TCACAC
gi|18 : C--AC-AAA-GGAA---CTC-T-CCTACCAAGCTATA-CTTTAA--T-TCTGTT-C--AGTGGTTGC------GAAGAAG----AATAT--T--TTTT----A--------AAAAT-TGA---CCAAT-CA--G-AA-A-aatattgaa
gi|19 : --T-----T--TTT-TA--AA-ATCCACCAATCAGATCACATTACAC-ACACTGG---CA--AA--TA-TAC--TG-ATTAT-TC---------AA-ACTGGACCAAT-GACACAatgt
gi|2 : atatAAAGAAGAACAAACTTGGAGGTGTACTATCTTAGTA-------ACATTCCTGTAAAGTTT-----GGTTTAATTTTTCT-AGATCGGTTGCTGAGAAGTTGTTTA------AAACATTGGCAAA-TCA--GGTATCATAATTCACCCTTAAAAGTTGCCAT-ATTG-------AATTT-TT-------GAT-CATAAGCA----AAAACACACA--AACTAATTAAGGAACC--AT-CCA-ATTA---CATATACCTGCCAGTTT-CG-GTTCAA--TGCTTTTT-A--AGTGATTAC------AGAGAAA----AAACGTGT--TTTT----GTTTTTTTTAAAGA-ACA--GCTAAT-CA--GAAA-A-C-ATAAT-TCGCCCTGGCTG-CT-C----TATTAAGTA-------T-C-TA-AA-C--AG---GA--AGA--AAATCACAACCTT---AGT-----AGAGTCC--CACT--CAA--G-G-AA-A-ATTCTTG-----AACGGTTTGTTTAA--A--T------TT--------T--------GTCAATTTGT--TTT-----G-GAG-----AA-G---T-----CAATTT-AA--AC-ATCt
gi|20 : ggtgtatgaatgatgtgaacaaaaatctttagtccatgataactttgagaactcagaaggcggtgagttaaatcatgatttatgtcc-ACCAGCCAATCAGA--TTATAATAC-ATCCTGG---CA--GC--CA-TAT--TG-A--AT-TTCA-------GA-TCAGAATCAAA-AACACAAATTTGGTAGAa
gi|21 : atAGCTTTGTAAAAGGGGACATTTCAATCAGGTTTAACTAAGTATGGTTTGATTCAA--TGGTTTTGAAGTAGA
gi|3 : TT-TG-GTTCTG--T-TTCGTT-TTTACTGATTG-------GTGGATA----A------T--TGTT----T--------TAAT----A--GTTATT-CA--T-AA---------T-TCACTGTG-----CC-A----T----A-TA-------T----A-ACTC--GGGATCA--GAAGTAAA-CACACAC---A-AAT-----GTA---T--CA------A--A-G-AA-CCATTCAGGGAA-CAA----TTGGTTCA--A--T------TC--------TATATCAGTG-------GT--TAC-----A-CAG-----AA-AAGTC-----T--TTT-TA--AA-ATCATCCAATTATAAAGTTTTATTG-ACACTTG---CA--GC---A-TTT--TG-G--AT-GTCA-------TA-ATGAAA---------ACAAACT-AGTAGAGAAAC-ATAAAAGAAACATTCCTG-TAA--A--G---TG-----TG------CT-AAAT---T--TGTCAGAGTGG-TTCTGTA---GAAATTAAATTGTAAA-AAGTTTACAGACAACAA
gi|4 : gatgtacgagtggtgttaacaaaattcttagtatgtacattatattatttaaaaaggcaattacttaaatcttgattaactttccatcccaagtcgaccaaactcagtagtcgattatcatttgtacaTTCACACT----GGTGGCCAT-ATTG-------AA-------------------------------------------CTTGGTAGAGGACC--AT-GAACGGAA---CAT-T-CTTGCAAAGTT-TG-GTTAAA--T-TCTGTG-C--AATGGTTTT------GGA-ATT----A------T--TTTTTTA-A--------AAAT---CA--GCCAAT-CA--GAAA-A-T-ATTAT-TCACACTGG------------TGGTCA-TA-------T-TGCACAT-CTTGAAAAGGACAAA--AAA-CACAACCTTAA-AAC-----AGG---A--TAATGAA-A--G-A-AA-C-ATTGTCGC---AAA--GTTTGTTTCA--A--T------TCTATTTAA-T--------G-------GT--TTC--------AG-----AA-CT--T-----T--TTTAAA--AA-ATCTGACAACCAGAAAATATTTTTT-ACACTGG---TA--GCCACA-TAT--TG-A--AT-ACTG-------GA-ATGAGATAAAC-ACCACAAAATTGGTAGAAGAAC-ATC-----AATATGATTA--AA--T--T---TT-----GC------CA-AC-TGA-T--T-------TGG-TTAAG-A----AAATTAAAATGTAACAAAGTTAACAGAAGACAAcaagaaaggacactatatgataggaagacctcacatg
gi|5 : ATTTCAACCAACTAA--AA-AACATTGTTAACTCT----GGCATTCAC-ATTGCTTTTCAGA--TCTT-------TA--AG-----A----AAAAT--GTA--AATTTTATGGAGGACT--ACACAA-CGAATTTCAT-TTCCAGCCATGTT-TG-TTAGGA--T-TTAATT-----GGGGTTTTTTTTTTATA-AAGCGTTG------T--TTTTTATAG--------AAAGT-TCA--GCTGAT-CA--G-AG-AGC-ACTATATAACA-TGGC-A----------AGTAA--A-------T------AA-T--GGGAC----AAA--AAG-CAAAAGCTT----GT-----GAA---CATCACTGTC-A--G-G-AAAT-ATTTCAGA---TAA--GTTTGGTTCA--A--T------TT--------T--------G-----------TTC---------------AATGG--T-----T--CAT-GAGTAA-ATTT----ATCAGAAAGTATT
gi|6 : caatttaattcaatttgtagaagtgcttttagaagatatttctttcatttcTT-TG-GC-CAA--T-TT------------GTTTT------AGAGAAG----A------TG-TTTT--------------AATTATCA--GCCAAT-AA--G-AA-A-TTATAAT-TCACTTTTGC-A-GT-C----T--TAC-GA-------T-C-AA-AC-C------CTA--AAA--AAA-TTTAG--TTGA-AGA-----CAA---C--CAAC--C-A--ATG-AA-C-ATTCCTGC---AAG--ATTTGGTTAA--A--TACATTTTCAA------T--------G-------GT--CAC-----A-GAG-----AA-AA--TGATTTT--TTT-AA--AA-AT-GGTTGATCAGAAAACATTTTTC-GCTCCGG---CA--GC--CA-TTT--TC-A--AT-------------A-ATGAGACTAAA-AAAATAAACTTTGTATTGGAGT-ATTAAATGAATATTATTG-CAAAGTA-TAGATA-----TA------TT-AA-T---CGAT-------TGGTTTCAG-A---GAAGTT
gi|7 : ggaataata-GTTCAA--T-TTGGTT-C--TGTGATGTC------ACAAAAC----A------G--TTTT----G--------AAATT-TCA--G----------A-AA-A-C-ATTAT--CACTTTGAT-AGCC-A----TACTGC-TT-------TTC-CA-AT-T--T---TGT--GAA--AAA-CA-AA----TA-A-C-----AGG---C--CACAA-T-A--G-G-AA-C-ATTCCTAC---CAA--ATTTAGTTTA--G-------------------T--------G-------GT--TTCAAAAAA-AAA-----AA-GA--------A--TTG-GA--AT-TTCAGTCAGTCAGAAAGCA-TAATC-AC-------------C--TA-TGA--TG-A--AT-TTCT-------GA-AAGGAACGAAA-AATACACGGTTAGTA-AAGATCGATCCAGCAAACA---CTG-T----T--T---TGCCAAATT------TTAAC-TCAAT--C-------AGG-TTCAgtttcaaaacatcagc
gi|8 : aaagcaaaatatA-GGAA---CAT-T-TCTACCAAGTC-TA-GCTTGG--T-TAGGTC-C--AGTGGTTTT------GAAGAAGAA--A------TG-TTTT----G--------AAATT-TCA--GCCAAT-CA--G-AA-AGC-AAAAT-TTACACTG--------A----TGGTAA-TGTAAAATTT-C-TA-AA-T--GGAATG----AA--AGA-TACAACCTTTGTAATGCAAAAGG---T--CACC--A-A--G-GAAA-C-A--ACCGC---CAA--GTCTCAGTCATTACTT------TCGG------T--------G-------GT--TTT-----G-AAGAAAAAAA-GA--T-----TA-CTT-AA--AT-TTCAGCTTATCAGAAAGCATTCTTG-ACCATGG---TG--GC--CA-TGT--TG-atgatttcaaacaagacaccaacaaaata
gi|9 : cttcatagGCTCAG--TGGTTTCAGAGAAGAAAAATATTTTTTAAAT--CGGCCAA-TCAG-AA-AACATTATCCACAAT----AGTGGCCAT-ACTG-------AA--TATC-------AAAACG-----GGACCAAAA---ACA--AACATTTTAGAGGCCC--AA-CAA-AGGA---AAG-T-CATGGAAAGTT-TTTGTGAAA--T-TTTGTT-C--AGTGGTTCC------GTAGAAT----A------T--TTTT----T--------AAA-A-TCA--GTCAAT-Cct