lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222
lowQualScore : 11111 2222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 111111111111 111111111 1 111111111 11111 111 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 111111 11 1 88888888888888888888888888888888888888888 1 1111 111 1111 111111 1111 22222 8888888888888888888 11 444444444 1111 33333333 1 22 1 1 1 777777777777777777 1 1
lowQualScore : 3 88888 88888 3 66 555 3 6 3 3 4444444 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 8888888888888 5555 4444444444 33 0 444444444444 0 111111111 2 6 0 9999999999 999999999 333 22 77777777 2 7777777777777 9 44 1 1 0 333 5 2 2 22222 333 0 666 8888 333 8888888888888 22 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777777777777 33 1 0 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 0 3 44 44 555555 00 5 77777777777777777777777777777777777777777 0 0000 77 3 666 3 2 99 0 1111 666666 2222 55555 99 5555555555555555555 11 888888888 3 0 8 7777 33 66666666 6 9 4 4 7 11 6 5 5 6 6 5 222222222222222222 5 6 5 6
lowQualScore : . ..... ..... . .. ... . . . . ....... ... ......................................................................................................................................................................... ... ............. .... .......... .. . ............ . ......... . . . .......... ......... ... .. ........ . ............. . .. . . . ... . . . ..... ... . ... .... ... ............. .. .. ....................................................... ............ .. . . . ...................................................... . . . . .. .. ...... .. . ......................................... . .... .. . ... . . .. . .... ...... .... ..... .. ................... .. ......... . . . .... .. ........ . . . . . .. . . . . . . .................. . . . .
lowQualScore : 6 99999 33333 3 11 888 3 7 3 3 1111111 000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 4444444444444 0000 2222222222 22 5 555555555555 4 888888888 4 5 2 7777777777 111111111 777 99 22222222 0 8888888888888 8 55 9 9 8 555 2 0 1 66666 777 8 777 2222 777 6666666666666 99 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999999999999 22 7 5 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 9 8 1 22 66 222222 00 0 77777777777777777777777777777777777777777 5 6666 66 4 111 4 2 66 1 8888 444444 1111 44444 22 5555555555555555555 00 222222222 2 8 8 8888 22 22222222 0 7 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 000000000000000000 0 0 0 0
consensus : AAAGT-TT-AT--TTT---T-CATAT-T-TCC---A-AA-G-G-TCTTA-GACCCA-T-GAGGACATAT-TT---TACACA---C-T-A--TGACG-GCAAGCA----TAAAT----CGGTAC---A--T-----TATA----A-------AT-----NA----------------ATA-------------AGGG---AG---CATAC----AT---G----TTA-------AGTAAT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTCA---------AA-TAT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---ACN---TTATA---C--ATACA--------TA-TACA------T----CCATATACGCACATAAA--TA-ACAAT-TGTAGT---TGA-TA-TATA-----TG---TATT--T----T---TT-------A---AAA--TC--GTTTAACCTT------------GC---------------A------------CA-----------AAG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A-----------AACGATAGAC-ACACATGTATACAA-ATAA--ACA--C---A--TA--ATCACTGAAATGTATAT---A-----------TA---T------------------TATTATTACCGATTCGTTT----AACCTTNTACGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTT------ATATTT----TAGTTTNATAT--ATAT-T-ACATTN-T--TT----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTNANTATTATCATTATTATTATTATTNTAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAA
Reference ( gi|1 ) : AAAGT-TT-AT--TTT---T-CATAT-T-CCC---A-GA-G-G-TCGTA-GAACCA-A-GAGGACATAT-TT---TGCACA---ATT-A--TGACT-TCAAACA----TAAAT----CAGTAC---A--T-----TATA----A-------AT-----GA----------------ATA-------------AGGG---GG---CATAG----AT---A----TTA-------AGGAAT---T-----T-------ACG----ATTA---------T--TTCA---------AG-TGT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---TCT---TTATA---C--ATACA--------TA-TACA------T----CTATATACGCACATACA--TA-ACAAT-TGTAGT---TGA-TA-TATA-----TG---TATC--T----T---TT-------A---AGA--TC--GTTTAACCTT------------GT---------------A------------TA-----------AAG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A-----------GACGATAGAC-ACACATGTATA-AA-ATAA--ACA--C---A--TA--ATCACTGAACTGTATAT---T-----------TA---T------------------TGTTATTACCGATTCGATT----AACTTTCTACCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTT------ATATTT----TAGTTTTCTAT--ATAT-T-ACATTATT--TT----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAAATTGATCAAGTTTTTATGCCTCCAATAATAACT
gi|9 : AAATT-TT-AC--TTT---T-CATATAT-CCA---A-AA-G-G-TCTTA-GACCCA-T-GAAGACATAT-TT---TACATA---CAC-A--TGACG-GCAAGCA----TAAAT----CAGTAC---A--T-----TATA----A-------AT-----TA----------------AT-----------------GTATAG---CATAC----AT---G----TTA-------AATAAT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTCA---------AA-TAT---------A-A-TACA----------TATCACTTATAT---ACT---TTATA---C--ATACA--------TA-TACA------T----CCATATACGCACATAAG--TA-ACACT-TGTAGT---TTA-TA-TACA-----TA---TAT---T----T---TT-------A---A-A--TC--GTTTAACCTT------------GC---------------ATAAAACGAAGACTA-----------AAG------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A-----------AATAATAGAC-ACAAATGTATACAA-ATAAATACA--T---A--TA--ATCACTGGAATGT
gi|2 : caAAGT-TTTAT--TTT---T--ATAT-T-TCC---A-GAAG-G-TCTTT-GGCCCA-T-AAGGACATAT-AT---TACTCATACATT-A--CGAA----AGGCA----TATAT----ATGTAC---A--T-----TATA----A-------ATTAATGGATAGCATACATACATACATA-------------AATG---TA---CATAC----AT---ACATGTGA-------AGTGAT---T-----A-------ACG----ATTG---------T--TTCA---------AA-TGTTTCAAATGTA-A-TACA----------TATCACTAATAT---ACT---TTAAA---T--ATTCA--------TA-TAAA------T----CCTTATATGCAAATACC--TA-ACAAT-TGTAGT---TGAATA-TATA-----TG---TAT---T----T---TT-------A---A-A--TA--GTTTAACCTT------------GC---------------C------------CA-----------AAT------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A-----------GATGATAGAC-ACACATGTATACAA-ATAA--ACA--C---A--TATAATCACTGAAATATATAT----------------A---T------------------T-CTATTACCGATTTGATT----AACCTTCTACGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTT------ATATTT----TAG--TGATAT--ATAT-T-ATATTTCTAGTT----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAA
gi|3 : tgcAAGT-TT--T--ATTGAGT-CATAT-T-TCC---A-GA-G-GGTCTTA-AACCCA-C-AAAGACATCT-TT---TTTACA-----T-A--T-ACTAGCAGACAAGTGTAAAT----CAGTAC---A--T-----TACA----A-------AT-----TA----------------AT---------------GGAT--AG---CATAT----AT---G----T-A-------AGTAAT---T-----T-------ACA----ATTG---------T--TTCA---------AA-TGT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---ACT---TTATA---C--ATACA--------TG-CACA------T----CCATATATTCATATAGA--TA-ATAAT-TGTAGT---TAA-TA-TATA-----TG-----TT--T----T---TT-------A---A-A--TC--ATCTAGGCTT------------GC---------------A------------CA-----------AAG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------------------------------------------------------ACATGTATACAA-CTAA--ACA--C---ATGTA--ATCACTGAAATGTATAT---A-----------CATATT------------------TATCATTACCGATTCGTTT----AACCTTTTGCGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTT------ATATTC----TAGTTTGATAT--ATAT-T-GC
gi|11 : cAAGT-TTTATCTTTT---T-TACAT-T-TCA---T-AA-G-G-TCTTA-GACCCA-A-GAGGACATAT-TT---TACATA---TAC-A--TGACG-GCAAGCA----TACAT----CAGTAT---A--T-----TATA----ATGGTTATAT-----CAT---------------ATAT------------ACAT---AG---CATAC----AT---G----TTATTATATAATAAATATTT-----T-------ACG----ATTG---------T--TTTA---------AA-TAT---------A-AACACA----------TATTACTCATAA---ACA---T-ATA---C--ATACA--------TC-AACA------T----TTATATACATACATAAA--TA-ACAAG-TGTAGT---TTA-TA-TGTA-----TG---T-TT--T----T---TT-------A---AAA--CT--GTTTAACCCT------------GC---------------A------------TA-----------AAACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA-----------AACGCTAGGC-ACACATGTATACAA-ATAA--Atgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|12 : cAAGT-TT-TT--TTT---TTCATAT-T-TCC---ATAA-G-A-TCTCA-GACCCA-T-AAGGACAT---TT---CACATA-----T-ACGTGACG-GCAAGCA----TAAAT----CAATAC---ACAT-----TTTA----C-------AT-----GA----------------AT---------------GGAT--AG---TATAC----AT---G----TTA-------AGTAAT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTTC---------AA-TATA--------A-A-CACA----------TATCACTCGTAA---ATA---TTATA---C--AAGCA--------TT-TATAGTAACTT----ATATGTACGCACATAAA--TA-ACACT------------A-TA-TATA-------------C--T----T---TT-------C---AAA--AC--GGAGAGC----------------------------------------------A-----------GAT------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A-----------AACAAAAGAC-ACACATGCATGCAA-ATAA--ACA--C---A--
gi|18 : cAAGT-TT-TA--TTT---T-CATAT-T-TCC---G-GA-ATG-TCTTA-G-ACCGTA-GATCACATACATTACATACACA---CTT-G--T---T-TTAAATA----TAAATGTGGCTGTAT---A--TGTACGTAT-----A-------AT-----GT----------------ATA-------------TGAG---TG----ATAT----AT---A----TT
gi|20 : ataagtttacAAGT-TTTAT--ATT---T--ATAT-TTCCC---A-AA-G-A-TCTCA-CACCCG-T-GAGGACAT---TT---T---------------------------A----TAAAT----CAGT--------------T-TA----A-------A------------------------------------------------G---TATAT----GT---G----TTT-------AGTAAT---G-----T-------ACG----ACTG---------T--TTTA---------AA-TAC---------A-ACTATA----------TATTACTCGCAT---ACA---TTGTA---T--ATACA--------TA-TACA------T----CCATATATGCACATtatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|13 : AAGTATT-AT--TTT-----CATAT-T-GTC---A-GA-A-G-TTCTACGACCCA-T-AAGGACA----TC---TACAGA---CTTGA--TGG----CAAACA----CAAAT----TGGTAT---A--T-----TATC----A-------AT-----CA----------------ATA-------------A-AT---AG---CATAC----AT---T----TCA-------TGTACT---T-----G-------ACG----GTGA---------T--TTCA---------CA-CAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNNNNNNNNNNNNN---NNN---NNNNN---N--NNNNN--------NN-NACA------------TAGAGATG-ATATACA--TATATAAT-TTTA-----TAA-TATTGCA-----TA---CATT--T----T---TT-------GCCCGAA--TC--GTTAAACCTT------------GT---------------
gi|22 : tttgaacAAGT-TTTAT--TTT---T-CAAAT-T-TTC---A-AA-G-A-TC-------CCA-T-GAGAAGAT-T-TTAAATGTA-------T-A--TGACG-GCCAGCA----TAAAT----TGAAAC---A--T-----AATA----T-------AT-----CA----------------A
gi|24 : ttacAAGT-TT-A---TTT---T-CATAT-T-TTCAAGA-AA-G-G-TTTT--GACCTA-T-TAGGAC---C-TT---TACAAG---CGT-A--TGATG-ACAAACA----TAAgataatatcatgacatattatacaaattgatataaacatgatgactatac
gi|15 : caagttttcaacT-TT-AT--TAC-----CATAT-A-CCA---G-AA-G-G-TCTTA-GA-CCA-ACGCGGACAT---TT---TACAC---------------------------------------GTAC---A--T-----TACAGC--A-------A------GG----------------ATA-------------A------------ATCG----AT---A------------------AT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTTA---------AA-TAT---------A-AATACA----------TATCACGTATAT---GCA---TTATA---C--ATACA--------CA-TACA------T----CTTTATATGCACAGAAA--TA-ATAAC-TGTAAT---TAT-TA-TATA-----TG---TATG--T----T---TC-------A---AAA--AC--GTTTAA---T------------GTGCACAGGAACAGAAAG------------CA-----------AAG------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|4 : gtTT---T-CCTAT-T-TCC---A-GAAG-G-TCTTA-GACCCA-T-GAGGACATAG-TT---TACATA---TAC-A--TGACG-GAAAGCA----TAAAT----CAGTAC---A--T-----TATACAATA-------AT-----GA----------------ATAGCATATATACATAAATG---TA---CATACCTACAT---G----TGA-------AGTGAT---T-----T-------ACG----ACTG---------T--TTCA---------TA-TGT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---ATT---TTACA---C--ATAGA--------TA-TACA------T----TAATATGAGCACAAAAA--TA-TCAAT-TATAGG---TGA-TA-AATA-----TA---TAAA--T----T---TTA------A---AAA--TC--GTTTAACCTTACACAAAACGGAGA---------------A------------TA-----------AAT------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A-----------AACGGTAGAC-ACACATATATGTAA-ACAA--ACA--CAT-A--TA--ATCACTGAAATGTATATA--A-----------TA---TA-----------------TATTATTACCGATTC
gi|17 : T----CAGTATTTGA--T-----AATAT---A-------AT-----GA----------------A-G-------------AGGG---GA---TATTG----TTGGAA----ATA-------CGTAAT---T-----TTATACATACG----AT-A---------T--TTCATATGCTTTCAA-TAT---------A-AATATA----------TATCACTAATAAAGATCT---ATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------T----CTATATACACACATAAA--TA-ACAAT-TGTAAT---TTA-TA-TATA-----TGTTTTGTT--T----T---TTTTTTAAAA---AAA--GC--GATTAACCTT------------AC---------------A------------CA-----------AAttt
gi|18 : AGTAC---A--T-----TACG----A-------AT-----TA----------------AT-----------------G---GATATCACAC----AT---G----TTC-------AGTAGT---T-----T-------ACA----ATTG---------T--TTTA---------AA-TAT---------A-AATATA----------TATCACTCATAT---ACA---TTATA---C--GTACA--------TA-TACA------G----CCACAT--TTATATTTA--AA-ACAAG-TGT-GTATGTAA-TG-TATG-----TG----ATC--TACGGT---CT-------A---AGA--ac
gi|16 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgATA----A-------AT-----CA----------------AT---------------GGAT--AG---AATAC----ATTTCA----TTA-------TATAAT---T-----T-------ACG----ATAG---------T--TT--------------TAT---------A-T-TA-A----------GAT---TCATCT---CCT---TCACA---TGAATAAA--------TA-TTCA------T----CCATTTACACACATAAA--CA-ACAAC-TG
gi|8 : ---GA---CATAT----AT---A----TTA-------ATAAAA---TATATAT-------ATA----TTTA---------T--TTCA---------AAATAT---------A-AATAAA-----------ATCAGTAATAA---TG------ATA---T--ATATA--------TA-TACA------T----GTATATACAT---TTCAG-TG-ATTATATGT-GT---TGA-TA-TGTA-----TA---CATG--TGTG-T---CT-------A---AGG--TCTGGTT--GTTTT------------GT---------------ATG----------TA-----------AAGGATAA-------GTA--TTGAAACTGAACAC---GTTTTT----T-------------A-----------T--------------------------ATCAACTACACATGTattttttttcaataaacagaatcagtagctttgagtttgaataatcatccttcacatacattcatatacacatattctgatacatatattacaactgagtttgttctttgtaaccttgtacgaaaacgagaaaa
gi|21 : acatgtgaagtaatttacgattgttttaaatgtaatacatatcactcatatatgttatacgtgcatattgttttatacatccatatacgcacatagata---CATAT----AT---G----TGA-------AGTGAT---T-----T-------ACGTCAGATTGCTTCTAATGT--TTCA---------AA-TGT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---ACTTTATTATA---C--ATTAA--------TA-TACA------TGGAGCAATG-ATTCAAATACATGTA-AC--T-TGT--T---TGA-Tttaaaggaagaagtatggtcttgacgaaaacaaaattggacatatgtacatatattgagcctctctttat
gi|8 : tctgcata----AT---G----TGA-------AGTAAT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTTA---------AA-TGT---------A-A-TACA----------TATCACTCATAT---ATG---TTATA---C--GTGCATATTGTTTTA-TACA------T----CCATATACGCACATAGA--TA-ACATG-TGTAGT---TGA-TA-TAAAAAACGTG---T-TCAGT----T---TC-------A---ATA-------CTTATCCTTTAC---------AT---------------A------------CA-----------AAA-------------------CAACCAGA---------CCTT-----------------------------------------A-----------GAC--------ACACATGTATA-CATATCA--ACA--CAT-A--TA--ATCACTGAAATGTATATACATGTATATATATATA---T------------------CATTATTACTGATTTTATT----TATATTTT--------------GAAATAAAT-AT-----ATA---T------ATATTT----TA----TTAAT--ATAT----------------------ATGTCTT---AAA-GGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTTATgatgcattgctaata
gi|14 : acAAT---T-----T-------ACG----ATTG---------T--TTTT---------GA-TGT---------A-A-TG-------------ATCACTCATAT---ATT---GTATA---T--ATACA--------TA-TAC--------------------GTATATAAA--TA-ACAAG-TGTAGT---TGA-TA-TATG-----TG---TAT---T----T---TT-------A---A-A--TC--GTTTAACCTT------------GC---------------A------------CA-----------AAG------------GTG--TACAGTTTGA-------ATCTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAAAACCGATGATAGAC-ACACATG---------------CA--T---A--TA--ACCACTGAAATATATAT---A-----------TA------------------------TTATTACCGATTCGTTT----AACCTTGTACGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAAT
gi|7 : tAT---T-----C-------ATG----ATTAG--------TAATTTA---------AA-TAT---------A-AATACA----------TAGCACCCATAT---ACA---TTATA---C--ATGCA--------TA-TACA------A----TCATATACGCACATAAA--TA-AC-----------------------A-----TG---TTTT--T----T---TTCCA----A---AAA--TT--GTTAAGCCTT------------CC---------------A------------CAAAACAGAAAACAAG------------ATG--------TTAAATACT-TAACATA----CATAAA--------A-----------C----------A-----------AACATCAGAC-ACACATG---A-AC-ATGT--ATA--C---A---A--ATAATTGAAAAGTATAT---A-----------CA---T------------------TATCATCAT---TTCGTTT----AAACTTGTACGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGCAGCTTT-TAT--CTTT-T-A-A-TA----------AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|6 : gtatagt----------TATCACTCGTAT---TCA---TTATA---C--ATACA--------TAATACA------T----CCATATACGCACATAAA--TA-ACAAT-TGTAGT---TCA-TA-AATA-----TG---TATT--T----T---TC-------A---AAAAATC--GTTTAACCTT------------GA---------------ACGAAACGAAGAATA-----------AAG------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACA-AACGACAGAC-ACACATGTATACAA-ATAA--ACA--C---ACATA--ATCACCGAAACGTATAT---A-----------TA---TATATATATATATATAAATTATTATTATTGATTCGTTT----AACCGTCTACGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTT------CTGTTT----TAGTTTAATATTCATAT-TGACATTA-A--TA----AACGTATTCGTCCAAAT---G----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|23 : taaattgnnnnnnnnnnT---TTATA---C--ATGCA--------TA-TACA------T----GCATATACGCACACAAA--TA-GCAAT-TGTAGT---TAA-TA-TATA-----TG---TAT---T----T---TT-------A---A-A--TT--ATTTAACCTT------------GC---------------A------------CA-----------AAG------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTAT
gi|5 : A--------TA-CATA------T----CCTTATACGCACATAAA--TA-ACAAC-TGTAGT---TGA-TA-TATAATATATG---TAT---T----T---TT-------G---AAA--TC--GTTTAACCTT------------GT---------------A------------CA-----------AAG------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A-----------GACGATAGAC-ACACATGTATACAA-ATAA--ACA--CACTA--TA--ATCACTGAAATGTATAT---A-----------TA------------------------TTATAACCGATTCGTTT----AACCGTCTACGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTT------ATATTC----TAG--TTCAAT--ATATAT-A-ATTTTT--TTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|19 : aatgta------T----CCGTATACGCACATAGA--TA-ACCAT-TACAGT---T---TA-TAAA-----TG---TATT--T----T---TC-------A---AAA--TC--GTTTAACCTT------------GCACAAAACAGAGA---A------------CA-----------AAG------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A-----------
gi|10 : tatatatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACATACACAAAAA--TA-ACAAT-GGTAGT---TTA-TA-TACAA----TT---TATT--T----TAATTTCA-----A---AAA--TC--GTTTATCCTT------------GC---------------A------------TA-----------AAA-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A-----------AACGACAGAC-CCACATGTATGCAA-ATAA--ACA--C---A--TATAATCACTGAAATATATA----------------CA---T------------------AG-TATTATCGATTCGTTTTTAAAACCATGTAGGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTT------ATCTTT----CAATtgcaaaacaaa
gi|26 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaA-----------AAG------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A-----------aaatatttttaaaa
gi|25 : aagaa-------------A-----------C----------A-----------GACGATAGAC-ACACATGTAAACAA-ACAA--ACAGAT---A--TA--ATCACTGAAATGTTTAT---A-----------TA---T------------------CATTATTACCGATtgcaaaaacaaaagat
gi|3 : aacaATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGAAGGTCTTAGTCCCATAAATGCAGTTTACATATACATGACGGC
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 3333333333333333333333333333333333 11111 111111111111 6666666666666666666666 111111111 111111111 1 11 222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 3 44 333333 44444 2 2 2 00 6666 8888888888888888888888888888888888 1 22222 2 33 2 666666666666 3 66 9999999999999999999999 2 2 5555 444 888888888888888 4444 6666666 6666 666666666 2 22 2 222222222 4 0 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 2 0 00 2 1 4 333 22 333 333 666666666666 22 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 99 2 66 000 8888888888888 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 1 1 0 2 222222222222222222 2 2
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . .. .... .................................. . ..... . .. . ............ . .. ...................... . . .... ... ............... .... ....... .... ......... . .. . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . . ... .. ... ... ............ .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. . .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . . . .................. . .
lowQualScore : 3 3 3 66 555555 00000 9 9 9 88 1111 6666666666666666666666666666666666 4 22222 9 99 9 111111111111 6 33 0000000000000000000000 7 4 0000 111 777777777777777 5555 8888888 6666 111111111 1 99 8 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 0 5 22 0 9 0 555 44 555 777 555555555555 99 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 55 8 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 0 0 7 5 555555555555555555 5 5
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT----AC----ATA-TATA--TGAC-GGCA-----------AGCATAAATC----GGTA-CA--T-TATA----A-------ATNA--AT-A-------------AGGGT--A-GCAT-AC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTTN-ATA-TATA-TG---T-AT---TTT---TC-------A---AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT----AC----ACA-C-TA--TGAC-GGCA-----------AGCATAAATC----GGTA-CA--T-TATA----A-------ATNA--AT-A-------------AGGG---A-GCAT-AC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTTG-ATA-TATA-TG---T-AT---TTT---TT-------A---AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTNATAT--ATATT-ACATT-NT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTNANTATTATCATTATTATTATTATTNTAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAAGAGGACATATTTT----GC----ACAAT-TA--TGAC-TTCA-----------AACATAAATC----AGTA-CA--T-TATA----A-------ATGA--AT-A-------------AGGG---G-GCAT-AG----AT---ATT---A------A---GGAA----TTT-------AC----GAT---------T-AT--TTCAAGTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTTG-ATA-TATA-TG---T-AT---CTT---TT-------A---AGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCATGTTGAC--ATTTT----AC-----------A--TG---------------------ATAAATT-----------------------A-------ATGA--AT----------------------G-GTAT-AC----AT---GTT---T------A---GTAA----TTT-------AC----CAT---------T-G-------AATAC-----------A-TACA----------C-Aattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTTT-ATA-TACAATT---T-AT---TTTAATTTCA-----A---AAA--TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------A-----------A--AA-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCTTTCA-----ATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAAGAGGACATATTTT----AC----ATA-TACA--TGAC-GGCA-----------AGCATACATC----AGTA-TA--T-TATA----ATGGTTATATCAT-AT-AT------------ACAT---A-GCAT-AC----AT---GTT---ATTATATA---ATAAATATTTT-------AC----GAT---------T-GT--TTTAAATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTTT-ATA-TGTA-TG---T--T---TTT---TT-------A---AAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCATAAGGACAT--TTC----AC----ATA---TACGTGAC-GGCA-----------AGCATAAATC----AATA-CACAT-TTTA----C-------ATGA--AT----------------GGAT--A-GTAT-AC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTTCAATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-TA---T-AC---TTT---TC-------A---AAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------A-----------G--AT------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCATAAGGACAT---CT----AC----AGA-C-T---TGAT-GGCA-----------AACACAAATT----GGTA-TA--T-TATC----A-------ATCA--AT-A-------------AAT----A-GCAT-AC----AT---TTC---A------T---GTAC----TTG-------AC----GGT---------G-AT--TTCACACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--TA-ATATTGCA-TA---C-AT---TTT---TT-------GCCCGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTTTGATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTTG-ATA-TATG-TG---T-AT---TTT---T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAACGCGGACAT--TTT----AC----AC-------------------------------------------GTA-CA--T-TA----------------CA--GC-A-------------AGG--------AT-AA----AT-----C---G------A----TAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTTAAATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATTA-TTA-TATA-TG---T-AT---GTT---TC-------A---AAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------A-----------A--AG------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATA----A-------ATCA--AT----------------GGAT--A-GAAT-AC----ATTTCATT---A------T---ATAA----TTT-------AC----GAT---------A-GT--TT----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-------------------T---TTT---TC-------A---A---------TAA----AC------------A-------------G------------A-----------ATCAGTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : TC----AGTA-TT--T-GATA----AT------AT-A--ATGA-------------AGAG---G-GGAT-AT-----T---GTTGGAA------ATACGTAA----TTTTATACATAC----GATATTTCATA-T-GC--TTTCAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATTT-ATA-TATA-TGTTTT-GT---TTT---TTTTTTAAAA---AAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--Aaa
gi|18 : GTA-CA--T-TACG----A-------ATTA--AT----------------GGAT--A-TCAC-AC----AT---GTT---C------A---GTAG----TTT-------AC----AAT---------T-GT--TTTAAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-TG---T-AT---ac
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcacATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-TG---T-AT---TTT---TC-------A---AAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------t
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCATAAGGACATATATT----ACTCATACA-T-TA--CGAAAGGCATATATATGTACATTATAAATTAATGGATAGCA--TACATA----C-------ATAC--AT-A-------------AATGTACATACAT-AC----AT---GTG---A------A---GTGA----TTA-------AC----GAT---------T-GT--TTCAAATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-TG---T-AT---TTT---T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------A-----------A--AT------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGTGAGG--ACATTTT----A---------------------------------------TAAATC----AGT-------------------------TTA--A-----------------------A-GTAT-AT----GT---GTT---T------A---GTAA----TGT-------AC----GAC---------T-GT--TTTAAATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : CAT-AT----AT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------ACGTCAGATTGCTTCTAAT-GT--TTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATATAC
gi|22 : tctgcataAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCATGAGAAGAT--TTT----AA----ATG-TATA--TGAC-GGCC-----------AGCATAAATT----GAAA-CA--T-AATA----T-------ATCAAGAT-A-------------A--T---A-TCATGAC----AT---ATT---A--------------------T-------ACA---AAT---------T-G--------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------atggagcaatgattcaaatacatgtaacttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTTA-ATA-TATA-TG---T-AT---TTT---T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTATTAGGAC---CTTT----AC----AAG-CGTA--TGAT-GACA-----------AACATAA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------A-----------A--AG------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCATAA--ATGCAGTTT----AC----ATA-TACA--TGAC-GGCtgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCACAAAGACATCTTTTTTACAT----ATA-C-TA---GCA-GACA-----------AGTGTAAATC----AGTA-CA--T-TACA----A-------ATTA--AT----------------GGAT--A-GCAT-AT----AT---GT----A------A---GTAA----TTT-------AC----AAT---------T-GT--TTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTTA-ATA-TATA-TG---T--T---TTT---T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATAGTTT----AC----ATA-TACA--TGAC-GGAA-----------AGCATAAATC----AGTA-CA--T-TATACAATA-------ATGA--AT-AGCATATATACATAAATG---T-ACAT-ACCTACAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------AC----GAC---------T-GT--TTCATATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGTG-ATA-AATA-TA---TAAA---TTT---TA-------A---AAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTTG-ATA-TATAATA---T-ATGTATTT---TT-------G---AAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTTC-ATA-AATA-TG---T-AT---TTT---TC-------A---AAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATA-----------A--AG------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnn------A---GTA-----TTC-------AT----GAT---------TAGTAATTTAAATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-AC-------------------A-TG---T-TT---TTT---TTCCA----A---AAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AAAACAGAAAACA--AG------------ATG--------TTAAATACT-TAACATA----CATAAA--------A-----------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gtat-AC----AT---GTG---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTTAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTTG-ATA-TA------------------------------A---AAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTTA
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCATGAAGACATATTTT----AC----ATA-CACA--TGAC-GGCA-----------AGCATAAATC----AGTA-CA--T-TATA----A-------ATTA--AT------------------GTATA-GCAT-AC----AT---GTT---A------A---ATAA----TTT-------AC----GAT---------T-GT--TTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTTT-ATA-TACA-TA---T-AT---TTT---T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------t
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 3 44 333333 44444 2 2 2 44 33 7777 2 5 44 111111111111 2 00000000000000000000000000000000000000000000000 2 444 1 777777 4444 6666 888888888 2 22 2 2 222222222 4 8 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . .. .. .... . . .. ............ . ............................................... . ... . ...... .... .... ......... . .. . . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 3 3 3 66 555555 00000 9 9 9 33 99 6666 9 6 22 444444444444 1 22222222222222222222222222222222222222222222222 7 777 7 222222 7777 9999 999999999 2 99 0 0 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATA----A-------ATNA---------------------ATA-------------AGGGTA---GCAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT--ACATATATATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATA----A-------ATNA---------------------ATA-------------AGGGTA---GCAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAAGAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACATAAATCAGT--ACATTATA----A-------ATGA---------------------ATA-------------AGGG-G---GCAT-AGAT---ATTA------AGGAA----TTTAC----GAT---------T-AT--TTCAA-GTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCATGTTGAC--ATTTT--ACATG----------------ATAAATT-----------------A-------ATGA---------------------AT----------------GGT------AT-ACAT---GTTT------AGTAA----TTTAC----CAT---------T-G-------A-ATAC-----------A-TACA----------C-Aattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------A-----------A--AA-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAAGAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATACATCAGT--ATATTATA----ATGGTTATATCAT--------------------ATA-------------TACATA---GCAT-ACAT---GTTATTATATAATAAATATTTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCATAAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCATAAATCAATACACATTTTA----C-------ATGA---------------------AT---------------GGATA---GTAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTCA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------A-----------G--AT------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCATAAGGACAT---CT--ACAGAC-T-TGATGG-CAAACACAAATTGGT--ATATTATC----A-------ATCA---------------------ATA-------------AA--TA---GCAT-ACAT---TTCA------TGTAC----TTGAC----GGT---------G-AT--TTCAC-ACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTTG-ATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAACGCGGACAT--TTT--ACACGTACATTACAG-CAAGGATAAATCGAT--A
gi|15 : gtTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------A-----------A--AG------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----atttacgattgttttaaatataaatacatatcacgtatatgcattatacatacacatacatctttatatgcacagaaataataactgtaattattatatatgtatgtttcaaaaacgtttaatgtgcacaggaacagaaagcaaaggtttacatattcaatacttatcctt
gi|16 : gttttattaccatataccagaaggtcttagaccaacgcggacattttacacgtacattacagcaaggataaatcgaATA----A-------ATCA---------------------AT---------------GGATA---GAAT-ACATTTCATTA------TATAA----TTTAC----GAT---------A-GT--TT-----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------A-----------ATCAGTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : T--TTCAATATA----------A-A-TATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--Aaa
gi|18 : tcagtatttgataatataatgaagaggggatattgttggaaatacgtaattttatacatacgatatttcatatgcGT--ACATTACG----A-------ATTA---------------------AT---------------GGATA---TCAC-ACAT---GTTC------AGTAG----TTTAC----AAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATac
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcac-ATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------t
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCATAAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGT--ACATTATA----A-------ATTAATGGATAGCATACATACATACATA-------------AATGTACATACAT-ACAT---GTGA------AGTGA----TTAAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------A-----------A--AT------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGTGAGGACAT-TTT------------------------ATAAATCAGT-----TTA-A----A---------------------------------------------------GTA------T-ATGT---GTTT------AGTAA----TGTAC----GAC---------T-GT--TTTAA-ATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : CAT-ATAT---GTGA------AGTGA----TTTACGTCAGATTGCTTCTAAT-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcataAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCATGAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCATAAATTGAA--ACATAATA----T-------ATCAAG-------------------ATA-------------A---TA---TCATGACAT---ATTA-----------------TACA---AAT---------T-G---------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTATTAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACATAA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------A-----------A--AG------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCATAA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCACAAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGTAAATCAGT--ACATTACA----A-------ATTA---------------------AT---------------GGATA---GCAT-ATAT---GT-A------AGTAA----TTTAC----AAT---------T-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCATAAATCAGT--ACATTATACAATA-------ATGA---------------------ATAGCATATATACATAAATGTACATACCT-ACAT---GTGA------AGTGA----TTTAC----GAC---------T-GT--TTCAT-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATA-----------A--AG------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnn------AGTA-----TTCAT----GAT---------TAGTAATTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AAAACAGAAAACA--AG------------ATG--------TTAAATACT-TAACATA----CATAAA--------A-----------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gtat-ACAT---GTGA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCATGAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCATAAATCAGT--ACATTATA----A-------ATTA---------------------AT---------------GTATA---GCAT-ACAT---GTTA------AATAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 3 44 333333 44444 2 2 2 22 33 0 3 0 2 7 44 1 111111111111 2 99999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 1 666666 4444 6666 888888888 2 22 2 2 222222222 4 8 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . .. .. . . . . . .. . ............ . ............................................... . ... . ...... .... .... ......... . .. . . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 3 3 3 66 555555 00000 9 9 9 55 99 1 7 9 9 7 22 9 666666666666 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 5 444 9 888888 7777 9999 999999999 2 99 0 0 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATA----A-------ATCA---------------------ATA-------------AGGGTA---GCAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATA----A-------ATNA---------------------ATA-------------AGGGTA---GCAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAAGAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACATAAATCAGT--ACATTATA----A-------ATGA---------------------ATA-------------AGGG-G---GCAT-AGAT---ATTA------AGGAA----TTTAC----GAT---------T-AT--TTCAA-GTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCATGTTGAC--ATTTT--ACATG----------------ATAAATT-----------------A-------ATGA---------------------AT----------------GGT------AT-ACAT---GTTT------AGTAA----TTTAC----CAT---------T-G-------A-ATAC-----------A-TACA----------C-Aattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------A-----------A--AA-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAAGAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATACATCAGT--ATATTATA----ATGGTTATATCAT--------------------ATA-------------TACATA---GCAT-ACAT---GTTATTATATAATAAATATTTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCATAAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCATAAATCAATACACATTTTA----C-------ATGA---------------------AT---------------GGATA---GTAT-ACAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTCA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------A-----------G--AT------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCATAAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACACAAATTGGT--ATATTATC----A-------ATCA---------------------ATA-------------AA--TA---GCAT-ACAT---TTCA------TGTAC----TTGAC----GGT---------G-AT--TTCAC-ACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTTG-ATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAACGCGGACA---TTT-------TACACG-------------------T--ACATTA----------------CA---------------------GCA-------------AGG--------AT-AAAT-----CG------A-TAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------A-----------A--AG------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATA----A-------ATCA---------------------AT---------------GGATA---GAAT-ACATTTCATTA------TATAA----TTTAC----GAT---------A-GT--TT-----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------A-----------ATCAGTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : T--TTCAATATA----------A-A-TATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--Aaa
gi|18 : tcagtatttgataatataatgaagaggggatattgttggaaatacgtaattttatacatacgatatttcatatgcGT--ACATTACG----A-------ATTA---------------------AT---------------GGATA---TCAC-ACAT---GTTC------AGTAG----TTTAC----AAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATac
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcac-ATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------t
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCATAAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGT--ACATTATA----A-------ATTAATGGATAGCATACATACATACATA-------------AATGTACATACAT-ACAT---GTGA------AGTGA----TTAAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------A-----------A--AT------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGTGAGGACAT-TTT------------------------ATAAATCAGT-----TTA-A----A---------------------------------------------------GTA------T-ATGT---GTTT------AGTAA----TGTAC----GAC---------T-GT--TTTAA-ATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : CAT-ATAT---GTGA------AGTGA----TTTACGTCAGATTGCTTCTAAT-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcataAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCATGAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCATAAATTGAA--ACATAATA----T-------ATCAAG-------------------ATA-------------A---TA---TCATGACAT---ATTA-----------------TACA---AAT---------T-G---------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTATTAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACATAA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------A-----------A--AG------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCATAA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCACAAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGTAAATCAGT--ACATTACA----A-------ATTA---------------------AT---------------GGATA---GCAT-ATAT---GT-A------AGTAA----TTTAC----AAT---------T-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCATGAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCATAAATCAGT--ACATTATACAATA-------ATGA---------------------ATAGCATATATACATAAATGTACATACCT-ACAT---GTGA------AGTGA----TTTAC----GAC---------T-GT--TTCAT-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------A-----------A--AACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATA-----------A--AG------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnn------AGTA-----TTCAT----GAT---------TAGTAATTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AAAACAGAAAACA--AG------------ATG--------TTAAATACT-TAACATA----CATAAA--------A-----------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gtat-ACAT---GTGA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCATGAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCATAAATCAGT--ACATTATA----A-------ATTA---------------------AT---------------GTATA---GCAT-ACAT---GTTA------AATAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------A-----------A--AG------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222 111111111 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 2 44 111111 66666 2 2 2 2 33 33 55 1 2 66 44 0 222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2222222222222222222222 444 1 666666 4444 6666 888888888 2 22 2 2 222222222 4 8 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . . .. .. .. . . .. .. . ................................................ . ...................... ... . ...... .... .... ......... . .. . . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 1 1 3 22 222222 22222 7 7 7 7 11 77 66 8 9 66 22 1 777777777777777777777777777777777777777777777777 5 2222222222222222222222 444 9 888888 7777 9999 999999999 2 99 0 0 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATAA-------ATCA--A---------------------TAA-GGATA---GCAT-A----------------------CAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATTATAA-------ATCA--A---------------------TAA-GGGTA---GCAT-A----------------------CAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAA-GAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACATAAATCAGT--ACATTATAA-------ATGA--A---------------------TAA-GGG-G---GCAT-A----------------------GAT---ATTA------AGGAA----TTTAC----GAT---------T-AT--TTCAA-GTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCAT-GTTGAC--ATTTT--ACATG----------------ATAAAT---T--A----ATGA-------AT-------------------------------GGT------AT-A----------------------CAT---GTTT------AGTAA----TTTAC----CAT---------T-G-------A-ATAC-----------A-TACA----------C-Aattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------AA--A-----------A-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAA-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATACATCAGT--ATATTATAATGGTTATATCAT-A---------------------TAT-ACATA---GCAT-A----------------------CAT---GTTATTATATAATAAATATTTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCAT-AAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCATAAATCAATACACATTTTAC-------ATGA--A---------------------T---GGATA---GTAT-A----------------------CAT---GTTA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTCA-ATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------AG--A-----------T------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCAT-AAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACACAAATTGGT--ATATTATCA-------ATCA--A---------------------TAA---ATA---GCAT-A----------------------CAT---TTCA------TGTAC----TTGAC----GGT---------G-AT--TTCAC-ACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTTG-ATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAAC-GCGGACAT--TTT--ACAC-------------------------GT--ACATTA------------CA--G---------------------CAA-GG--------AT-A----------------------AAT-----CG------A-TAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------AA--A-----------G------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATAA-------ATCA--A---------------------T---GGATA---GAAT-A----------------------CATTTCATTA------TATAA----TTTAC----GAT---------A-GT--TT-----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------AATCA-----------GTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : T--TTCAATATA----------A-A-TATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------aa
gi|18 : tcagtatttgataatataatgaagaggggatattgttggaaatacgtaattttatacatacgatatttcatatgcAAGT-T-T-TA--TTT---T-CATATTTCC---GGAA-TG-TCTTA-GA-CCGTAGATCACATACATT--ACATACACAac
gi|18 : ataagtttacGT--ACATTACGA-------ATTA--A---------------------T---GGATA---TCAC-A----------------------CAT---GTTC------AGTAG----TTTAC----AAT---------T-GT--TTTAA-ATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATcttgttttaaatataaatgtggctgtatatgtacgtataatgtatatgagtgatatatatttatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcac-ATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------t
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCAT-AAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGT--ACATTATAA-------ATTA--ATGGATAGCATACATACATACATAA-ATGTACATACAT-A----------------------CAT---GTGA------AGTGA----TTAAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------AA--A-----------T------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGT-GAGGACAT-TTT------------------------ATAAATCAGT-----TTA-AA-----------------------------------------GTA------T-A----------------------TGT---GTTT------AGTAA----TGTAC----GAC---------T-GT--TTTAA-ATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : CAT-A----------------------TAT---GTGA------AGTGA----TTTACGTCAGATTGCTTCTAAT-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcataAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCAT-GAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCATAAATTGAA--ACATAATAT-------ATCAAGA---------------------TAA----TA---TCATGA----------------------CAT---ATTA-----------------TACA---AAT---------T-G---------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTAT-TAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACATAA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------AA--A-----------G------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCAT-AA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCAC-AAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGTAAATCAGT--ACATTACAA-------ATTA--A---------------------T---GGATA---GCAT-A----------------------TAT---GT-A------AGTAA----TTTAC----AAT---------T-GT--TTCAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCATAAATCAGT--ACATTATA----------CA--A---------------------TAATGAATA---GCAT-ATATACATAAATGTACATACCTACAT---GTGA------AGTGA----TTTAC----GAC---------T-GT--TTCAT-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATAA--A-----------G------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnn------AGTA-----TTCAT----GAT---------TAGTAATTTAA-ATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AA--AACAGAAAACAAG------------ATG--TT------AAATACT-TAACATA----C-------------ATAAAA------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gtat-A----------------------CAT---GTGA------AGTAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTTAA-ATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCAT-GAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCATAAATCAGT--ACATTATAA-------ATTA--A---------------------T---GTATA---GCAT-A----------------------CAT---GTTA------AATAA----TTTAC----GAT---------T-GT--TTCAA-ATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 2222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111 111111111 111111111 1 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 2 44 111111 66666 2 2 2 2 33 33 3 0 3 4 33 7777777777777777777777777777777777777777777 55555 2 9999999999999999999999 333 999999999999999 4444 6666666 6666 666666666 3 222222222 4 0 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . . .. .. . . . . .. ........................................... ..... . ...................... ... ............... .... ....... .... ......... . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 1 1 3 22 222222 22222 7 7 7 7 11 77 0 9 1 8 99 7777777777777777777777777777777777777777777 00000 2 7777777777777777777777 999 000000000000000 5555 8888888 6666 111111111 3 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCAGT--ACATT-----------------ATAA-------AT-CA---ATAA-GGATA---GCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATAAATCGGT--ACATT-----------------ATAA-------AT-CA---ATAA-GGATA---GCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAA-GAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACATAAATCAGT--ACATT-----------------ATAA-------AT-GA---ATAA-GGG-G---GCAT-A----------------------GAT---ATT---A------A---GGAA----TTT-------AC----GAT---------TATTTCAAGTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCAT-GTTGAC--ATTTT--ACATattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacT--ACATG-----------------ATAA-------AT-TA---AT---GAATG---GTAT-A----------------------CAT---GTT---T------A---GTAA----TTT-------AC----CAT---------TG-----AATAC-----------A-TACA----------C-Agataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaatacatacacaaaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|10 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacatttATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------AA--A-----------A-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAA-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCATACATCAGT--ATATT-----------------ATAATGGTTATAT-CAT--ATAT-ACATA---GCAT-A----------------------CAT---GTT---ATTATATA---ATAAATATTTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCAT-AAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCATAAATCAATACACATT-----------------TTAC-------AT-GA---AT---GGATA---GTAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTCAATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------AG--A-----------T------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCAT-AAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACACAAATTGGT--ATATT-----------------ATCA-------AT-CA---ATAA---ATA---GCAT-A----------------------CAT---TTC---A------T---GTAC----TTG-------AC----GGT---------GATTTCACACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTTGATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAAC-GCGGACAT--TTT--ACAC-------------------------GT--ACATT-----------------A-------------CA---GCAA-GGATA---A---------------------------------ATC---G------A----TAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------AA--A-----------G------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gt-----------------ATAA-------AT-CA---AT---GGATA---GAAT-A----------------------CATTTCATT---A------T---ATAA----TTT-------AC----GAT---------AGTTT----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------AATCA-----------GTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : TCAGT--ATTTG-----------------ATAAT------AT--A---ATGA-AGAGG---GGAT-A----------------------T-T---GTTGGAA------ATACGTAA----TTTTATACATAC----GATATTTCATA-TGCTTTCAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------aa
gi|18 : AAGT-T-T-TA--TTT---T-CATATTTCC---GGAA-TG-TCTTA-GA-CCGTAGATCACATACATT--ACATACACAac
gi|18 : ataagtttacGT--ACATT-----------------ACGA-------AT-TA---AT---GGATA---TCAC-A----------------------CAT---GTT---C------A---GTAG----TTT-------AC----AAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATcttgttttaaatataaatgtggctgtatatgtacgtataatgtatatgagtgatatatatttatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcacATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------t
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCAT-AAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGT--ACATTATAAATTAATGGATAGCATAC-------ATACATACATAA-ATGTACATACAT-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTGA----TTA-------AC----GAT---------TGTTTCAAATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------AA--A-----------T------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGT-GAGGACAT-TTT------------------------ATAAATCAGT-----TT-----------------A--------------------AA-G--TA------T-A----------------------TGT---GTT---T------A---GTAA----TGT-------AC----GAC---------TGTTTTAAATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : ATA----CAT-A----------------------TAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------ACGTCAGATTGCTTCTAATGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCAT-GAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCATAAATTGAA--ACATA-----------------ATAT-------AT-CA---A-GA-TAATA---TCATGA----------------------CAT---ATT---A--------------------T-------ACA---AAT---------TG------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTAT-TAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACATAA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------AA--A-----------G------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCAT-AA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCAC-AAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGTAAATCAGT--ACATT-----------------ACAA-------AT-TA---AT---GGATA---GCAT-A----------------------TAT---GT----A------A---GTAA----TTT-------AC----AAT---------TGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCATAAATCAGT--ACATT-----------------ATA-----------CA---ATAATGAATA---GCAT-ATATACATAAATGTACATACCTACAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------AC----GAC---------TGTTTCATATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATAA--A-----------G------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnnATA---GTAT-T----------------------CAT---GAT---T------A---GTAA----TTT-------A------------------------AATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AA--AACAGAAAACAAG------------ATG--TT------AAATACT-TAACATA----C-------------ATAAAA------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gt-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCAT-GAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCATAAATCAGT--ACATT-----------------ATAA-------AT-TA---AT---GTATA---GCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---ATAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 222222222222222 111111111 11111111 22222 1111111111111111111111 111111111 111111111 1 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 2 44 111111 66666 2 2 2 2 33 33 3 0 3 000000000000000 555555555 2 33333333 3 2 44444 2 9999999999999999999999 333 999999999999999 4444 6666666 6666 666666666 3 222222222 4 0 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . . .. .. . . . ............... ......... . ........ . . ..... . ...................... ... ............... .... ....... .... ......... . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 1 1 3 22 222222 22222 7 7 7 7 11 77 0 9 1 888888888888888 444444444 9 77777777 7 7 99999 2 7777777777777777777777 999 000000000000000 5555 8888888 6666 111111111 3 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATAA-GGATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATAA-GGATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAA-GAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATGA-ATAA-GGG-GGCAT-A----------------------GAT---ATT---A------A---GGAA----TTT-------AC----GAT---------TATTTCAAGTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCAT-GTTGAC--ATTTT--ACATattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacT---------ACAT-GATAA-------ATTA-AT---GAATGGTAT-A----------------------CAT---GTT---T------A---GTAA----TTT-------AC----CAT---------TG-----AATAC-----------A-TACA----------C-Agataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaatacatacacaaaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|10 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacatttATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------AA--A-----------A-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAA-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------ACATCAGT---------ATAT-TATAATGGTTATATCATATAT-ACATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---ATTATATA---ATAAATATTTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCAT-AAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAATAC-------ACAT-TTTAC-------ATGA-AT---GGATAGTAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTCAATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------AG--A-----------T------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCAT-AAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACAC---------------AAATTGGT---------ATAT-TATCA-------ATCA-ATAA---ATAGCAT-A----------------------CAT---TTC---A------T---GTAC----TTG-------AC----GGT---------GATTTCACACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTTGATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAAC-GCGGACAT--TTT--ACAC----------------------------------------GT---------ACAT-TA------------CA-GCAA-GGATAA---------------------------------ATC---G------A----TAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------AA--A-----------G------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATAA-------ATCA-AT---GGATAGAAT-A----------------------CATTTCATT---A------T---ATAA----TTT-------AC----GAT---------AGTTT----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------AATCA-----------GTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : TCAGT---------ATTT-GATAAT------AT-A-ATGA-AGAGGGGAT-A----------------------T-T---GTTGGAA------ATACGTAA----TTTTATACATAC----GATATTTCATA-TGCTTTCAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------aa
gi|18 : AAGT-T-T-TA--TTT---T-CATATTTCC---GGAA-TG-TCTTA-GA-CCGTAGATCACATACATT--ACATACACAac
gi|18 : ataagtttacAGT---------ACAT-TACGA-------ATTA-AT---GGATATCAC-A----------------------CAT---GTT---C------A---GTAG----TTT-------AC----AAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATcttgttttaaatataaatgtggctgtatatgtacgtataatgtatatgagtgatatatatttatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcacATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCAT-AAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGTACATTATAAATTAATGGATAGCATACATACATAC-------ATAA-ATGT-ACATA-CAT-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTGA----TTA-------AC----GAT---------TGTTTCAAATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------AA--A-----------T------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGT-GAGGACAT-TTT------------------------AT---------------AAATCAGT---------------------------TTA-A--------AGTAT-A----------------------TGT---GTT---T------A---GTAA----TGT-------AC----GAC---------TGTTTTAAATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : ATA-CAT-A----------------------TAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------ACGTCAGATTGCTTCTAATGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCAT-GAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCAT---------------AAATTGAA---------ACAT-AATAT-------ATCA-A-GA-TAATATCATGA----------------------CAT---ATT---A--------------------T-------ACA---AAT---------TG------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTAT-TAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACAT---------------AA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------AA--A-----------G------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCAT-AA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCAC-AAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGT---------------AAATCAGT---------ACAT-TACAA-------ATTA-AT---GGATAGCAT-A----------------------TAT---GT----A------A---GTAA----TTT-------AC----AAT---------TGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATA----------CA-ATAATGAATAGCAT-ATATACATAAATGTACATACCTACAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------AC----GAC---------TGTTTCATATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATAA--A-----------G------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnnATAGTAT-T----------------------CAT---GAT---T------A---GTAA----TTT-------A------------------------AATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AA--AACAGAAAACAAG------------ATG--TT------AAATACT-TAACATA----C-------------ATAAAA------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gt-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCAT-GAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATTA-AT---GTATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---ATAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 222222222222222 111111111 11111111 22222 1111111111111111111111 111111111 111111111 1 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 111 4444444444444 1111 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 2 44 111111 66666 2 2 2 2 33 33 3 0 3 000000000000000 555555555 2 33333333 3 2 44444 2 9999999999999999999999 333 999999999999999 4444 6666666 6666 666666666 3 222222222 4 0 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 000 4444444444444 2 7 4444 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . . .. .. . . . ............... ......... . ........ . . ..... . ...................... ... ............... .... ....... .... ......... . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ... ............. . . .... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 1 1 3 22 222222 22222 7 7 7 7 11 77 0 9 1 888888888888888 444444444 9 77777777 7 7 99999 2 7777777777777777777777 999 000000000000000 5555 8888888 6666 111111111 3 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 666 7777777777777 2 5 2222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATAA-GGATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATAA-GGATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAA-GAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATGA-ATAA-GGG-GGCAT-A----------------------GAT---ATT---A------A---GGAA----TTT-------AC----GAT---------TATTTCAAGTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACATTATT---TT-----AACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCAT-GTTGAC--ATTTT--ACATattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacT---------ACAT-GATAA-------ATTA-AT---GAATGGTAT-A----------------------CAT---GTT---T------A---GTAA----TTT-------AC----CAT---------TG-----AATAC-----------A-TACA----------C-Agataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaatacatacacaaaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|10 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacatttATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------AA--A-----------A-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAA-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------ACATCAGT---------ATAT-TATAATGGTTATATCATATAT-ACATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---ATTATATA---ATAAATATTTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCAT-AAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAATAC-------ACAT-TTTAC-------ATGA-AT---GGATAGTAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTCAATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------AG--A-----------T------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCAT-AAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACAC---------------AAATTGGT---------ATAT-TATCA-------ATCA-ATAA---ATAGCAT-A----------------------CAT---TTC---A------T---GTAC----TTG-------AC----GGT---------GATTTCACACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTTGATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAAC-GCGGACAT--TTT--ACAC----------------------------------------GT---------ACAT-TA------------CA-GCAA-GGATAA---------------------------------ATC---G------A----TAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------AA--A-----------G------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATAA-------ATCA-AT---GGATAGAAT-A----------------------CATTTCATT---A------T---ATAA----TTT-------AC----GAT---------AGTTT----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------AATCA-----------GTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : TCAGT---------ATTT-GATAAT------AT-A-ATGA-AGAGGGGAT-A----------------------T-T---GTTGGAA------ATACGTAA----TTTTATACATAC----GATATTTCATA-TGCTTTCAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------aa
gi|18 : AAGT-T-T-TA--TTT---T-CATATTTCC---GGAA-TG-TCTTA-GA-CCGTAGATCACATACATT--ACATACACAac
gi|18 : ataagtttacAGT---------ACAT-TACGA-------ATTA-AT---GGATATCAC-A----------------------CAT---GTT---C------A---GTAG----TTT-------AC----AAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATcttgttttaaatataaatgtggctgtatatgtacgtataatgtatatgagtgatatatatttatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcacATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCAT-AAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGTACATTATAAATTAATGGATAGCATACATACATAC-------ATAA-ATGT-ACATA-CAT-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTGA----TTA-------AC----GAT---------TGTTTCAAATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------AA--A-----------T------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATATT-TCTAGTT-----AACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGT-GAGGACAT-TTT------------------------AT---------------AAATCAGT---------------------------TTA-A--------AGTAT-A----------------------TGT---GTT---T------A---GTAA----TGT-------AC----GAC---------TGTTTTAAATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : ATA-CAT-A----------------------TAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------ACGTCAGATTGCTTCTAATGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tctgcAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCAT-GAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCAT---------------AAATTGAA---------ACAT-AATAT-------ATCA-A-GA-TAATATCATGA----------------------CAT---ATT---A--------------------T-------ACA---AAT---------TG------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTAT-TAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACAT---------------AA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------AA--A-----------G------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCAT-AA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCAC-AAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGT---------------AAATCAGT---------ACAT-TACAA-------ATTA-AT---GGATAGCAT-A----------------------TAT---GT----A------A---GTAA----TTT-------AC----AAT---------TGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATA----------CA-ATAATGAATAGCAT-ATATACATAAATGTACATACCTACAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------AC----GAC---------TGTTTCATATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATA-T-A-ATT-TT---TTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATAA--A-----------G------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACATT-AA---TA-----AACGTATTCGTCCAAATGGAA----GAA---TGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnnATAGTAT-T----------------------CAT---GAT---T------A---GTAA----TTT-------A------------------------AATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AA--AACAGAAAACAAG------------ATG--TT------AAATACT-TAACATA----C-------------ATAAAA------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATC-TT---TTAATA-AACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gt-A----------------------CAT---GTG---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT-----------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCAT-GAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATTA-AT---GTATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---ATAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat
blockSeqs : A G T CT GAGTC AAGA A G C A AT TT T A ATATATGTACATTAT GGATAGCAT A ATGGTTAT T T AATGA G TATACATAAATGTACATACCTA TTC TATTATATA ATAT TATACAT GTCA TGCTTCTAA T TTCAAATGT C A CGCGCGCGNN G AAGATC A GA TATTGTTT A GTAACT T T GA T C ATATA TTT A AATT TTTTTAAA AA ACAGGAACAGAAAGCAAAG AT G TTCATGCAAAATAAACA AACCAGACCT AT GA ACT TG ATATATATATATATATAT A TAT A AT G CTTTG TTAA G TTT A A AA TT GT TC GAC TTTTTAATA A A GAAG A C TAT TAAAAAAT A G TATGCTCAACTTATTGAT C G
blockSeqs : . . T . TTC AG . . . . AT . T . . AC . AT C . ATAC . . . TGGAAATAC . . A ATTTCATA T A T A . . . A . . . . . G T . T A . . . TGCC A ATAAAACGGAGAATAAAT . . TACATGCAAAAATCA CGATGA . . AT CA ATATACATGTATATAT . AA . AT . . . G . G T AA TC GT . AT TTTTAATA A A . G C . .
blockSeqs : . . T . TT AT . . . . AC . C . . . . A G . AAGG . . . TTA . . . . C A . A . . . N . . . . . T T . T . . . . CCA . ACAAAACAGAGAACAAAG . . TACATGCCAAACTA GA . . AT . AT . . . AT . . . G . G A CA TC GT . GC TCTAGTT G T . G . . .
blockSeqs : . . T . TC GG . . . . AT . T . . . . C C . GAAG . . . TAA . . . . T . . C . . . T . . . . . G A . C . . . . C . ACAAAACGGAGAATAAAT . . TACATGCAAAAACA GC . . AT . AT . . . AT . . . C . T G TA TT AC . TT AATA G A . G . . .
blockSeqs : . . . . TC AG . . . . AG . T . . . . A C . GTAC . . . CAT . . . . T . . A . . . A . . . . . C G . T . . . . T . ACGAAACGAAGAATAAAG . . TGCATGCAAATACA AA . . AT . AC . . . AT . . . T . G G AC GA T . A . . . . .
blockSeqs : . . . . TC CA . . . . CT . C . . . . A C . GATA . . . CGA . . . . T . . . . . . T . . . . . C A . T . . . . C . ATAAAACGAAGACTAAAG . . TACATGGAAAAACA GA . . . . AT . . . AT . . . C . A A C TT G . .
blockSeqs : . . . . TC AG . . . . AG . T . . . . A T . GA . . . TAT . . . . T . . . . . . A . . . . . T T . T . . . . C . ACAAAACAGAAAACAAG . . TACATGCAAAAGCA GA . . . . TT . . . AT . . . C . A T . . . .
blockSeqs : . . . . T T . . . . AT . T . . . . C A . GG . . . TCA . . . . C . . . . . . A . . . . . G C . A . . . . C . AGAATCAGTA . . GACATGCAAAACA GG . . . . AT . . . A . . . G . . T .
blockSeqs : . . . . C A . . . . T . T . . . . T T . AA . . . GAA . . . . T . . . . . . N . . . . . T A . T . . . . C . ATAAAA . . TACATGCAAAA GA . . . . AT . . . C . . . A .
blockSeqs : . . . . C G . . . . C . C . . . . A C . GG . . . TTA . . . . C . . . . . . T . . . . . T A . C . . . . A . GCAGAT . . CATAAAACA GA . . . . AT . . . A . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . A T . GG . . . GAA . . . . C . . . . . . A . . . . . T G . T . . . . C . ACAAAG . . TACATACAA AT . . . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . C . GG . . . GAA . . . . C . . . . . . T . . . . . T G . T . . . . . . CCAAAT . . AACA AA . . . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . T . GT . . . TTA . . . . T . . . . . . T . . . . . T C . T . . . . . . ACAAAG . . CACA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GAA . . . . C . . . . . . T . . . . . C G . T . . . . . . ACAAAG . . T . .
blockSeqs : . . . TAA . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . T . . . . . . ACAAAG . . .
blockSeqs : . . . TA . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TC**** A**** GG*** TCTAATA******
originalCons : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATAA-GGATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATT-TT---TT-----AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
finalCons : AAAGT-T-T-AT--TTTTC----ATATTTCCA----AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACAT-TATAA-------ATCA-ATGG---ATAGCAT-A----------------------CAT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACATTTCTAATA------AACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111 11 222222222222222 111111111 111111111111 111111111111111 111111111111111 111111111 111111111 22222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 222 22222222222222222222222222222222 111 1111111111111 222222222 111 22222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 3 2 44 111111 66666 2 2 2 2 33 33 1 3 000000000000000 111111111 33 33 444444444444 5 444 666666666666666 6666666 4444 333 111111111111111 4444 6666666 6666 666666666 3 444444444 4 8 8888888888 1 555555 1 22 66666666 1 555555 1 2 99 1 2 66666 333 1 4444 44444444444 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 33 33 000 77 55555555555555555555555555555555 3 000 3 22 0 3 99999 8888 1 777 0 2 1 88 0 11 33 66 9999999999999 3 2 222222222 1 5 444 0 99999999 0 1 0 1 222222222222222222 1 1
lowQualScore : . . . .. ...... ..... . . . . .. .. . . ............... ......... .. .. ............ . ... ............... ....... .... ... ............... .... ....... .... ......... . ......... . . .......... . ...... . .. ........ . ...... . . .. . . ..... ... . .... ........... .. . .................................................................... .. . .................................................... .............. .. .. ... .. ................................ . ... . .. . . ..... .... . ... . . . .. . .. .. .. ............. . . ......... . . ... . ........ . . . . .................. . .
lowQualScore : 1 1 3 22 222222 22222 7 7 7 7 11 77 3 1 888888888888888 444444444 99 66 555555555555 3 777 999999999999999 9999999 7777 999 333333333333333 5555 8888888 6666 111111111 3 000000000 0 0 3333333333 9 888888 0 88 99999999 9 555555 9 3 88 9 0 77777 333 9 5555 44444444444 00 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 77 99 777 99 66666666666666666666666666666666 3 444 3 88 3 3 11111 5555 0 000 7 7 0 66 8 11 44 99 6666666666666 7 2 222222222 0 0 000 6 00000000 2 0 7 0 555555555555555555 0 0
consensus : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TATA----A-------ATCA---AT--G--G---------ATA-G-----CATAC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACAT-TTTTAATAAACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
Reference ( family-222 ) : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTTCC---A-AA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TATA----A-------ATCA---AT--G--G---------ATA-G-----CATAC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACNTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-NATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------AAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TATTATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTNTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTAATAATGNAGAANATTTTATATTTTAGTTTAATAT--ATATT-ACAT-TTCTAATAAACGTATTCGTCCAAAAAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTTAANTATTATCATTATTATTATTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACCAAAAAAGCCTTATNAATAATATGCTCAACTTATTGATAACANGTTCGTTTTCGGAATNCAATAATTCCACGAA
gi|1 : AAAGT-T-T-AT--TTT---T-CATATTCCC---A-GA-GG-TCGTA-GAACCAA-GAGGACATATTTT--GCACAATTATGACTT-CAAACAT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TATA----A-------ATGA---ATAAG--G---------G-G-G-----CATAG----AT---ATT---A------A---GGAA----TTT-------AC----GAT---------TATTTCAAGTGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TTCTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCTATATACGCACATACATA-ACAATTGTAGTT-GATA-TATA-----TG---T-ATCTT----T---T-------AAGA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATA-AAATAA--ACA--C---A--TAATCACTGAACTGT--------------AT----------------AT-TTA---T-TGTTATTACCGA-TTCGAT-----T----AACTTTCTA---CCAGAACGAAAACAAAATTAATAATGGAGAATATTTTATATTTTAGTTTTCTAT--ATATT-ACAT-TATT--TTAACATATTTTTCCAAACAGAA----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAATACAAGAC---CATTCATTGGACA--------TACGTACATATATTGAGCTTCTCTTAATTATTATCATTATTATTATAATAATAAAGCATTTCTGACCTGACCAAAAAAGCTTTATTAATAA-------AA---------AACAGGTTCGTTTTCGGAATTCAATAATTCCACAAA
gi|10 : AAGT-TGT-AT--TTA---T--ATATTTCG---AGAA-GG-TCTTA-GACTCAT-GTTGAC--ATTTT--ACATattgatcaagtttttatgcctccaataataact
gi|10 : catacT---------ACA--T-GATA----A-------ATTA---AT--G--A---------ATG-G-----TATAC----AT---GTT---T------A---GTAA----TTT-------AC----CAT---------TG-----AATAC-----------A-TACA----------C-Agataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaatacatacacaaaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|10 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacatttATACATACACAAAAATA-ACAATGGTAGTT-TATA-TACAA----TT---T-ATTTTAATTT---C-------AAAAA-TCGTTTATCCTTGC------------A-------------T------------AA--A-----------A-------------------CA----------T-TATCCTTGACATGCAAA--------A-----------C----------A----------AAC----GA--------CAGACCCACATGTATGCAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATAT--------------AT----------------AC-ATA---G-TATTAT---CGA-TTCGTT-----TTTAAAACCATGTA---GGAAAACAAAATCAAGATTATTAATAAAAAAC-TTTTATCT-----TTCAATAA--ATATT-aaaataacaatggtagtttatatacaatttattttaatttcaaaaatcgtttatccttgcataaaacattatccttgacatgcaaaacaaacgacagacccacatgtatgcaaataaacacatataatcactgaaatatatacatagtattatcgattcgtttttaaaaccatgtaggaaaacaaaatcaagattattaataaaaaacttttatctttcaataaatatttttaaaa
gi|11 : catacaagttgtatttatatatttcgagaaggtcttagactcatgttgacattttacatgataaattaatgaatggtatacatgtttagtaatttaccattgaAAGT-T-TTATCTTTT---T-TACATTTCA---T-AA-GG-TCTTA-GACCCAA-GAGGACATATTTT--ACATATACATGACGG-CAAGCAT---------------ACATCAGT---------ATA--T-TATA----ATGGTTATATCATATAT--A--C---------ATA-G-----CATAC----AT---GTT---ATTATATA---ATAAATATTTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATATA--------A-A-CACA----------T-ATTACTCATA------AACA-TATAC--ATACA--------TC-AACA------TTTATATACATACATAAATA-ACAAGTGTAGTT-TATA-TGTA-----TG---T--TTTT----T---T-------AAAA--CTGTTTAACCCTGC------------A-------------T------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGT-----TACT-TTTCTTT----T-------------A-----------CATGCCAAACTA----------AAC----GC--------TAGGCACACATGTATACAAATAA--Atttaaaa
gi|12 : cAAGT-T-T-TT--TTT---TTCATATTTCC---ATAA-GA-TCTCA-GACCCAT-AAGGACAT--TTC--ACATATACGTGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAAT---------ACACAT-TTTA----C-------ATGA---AT--G--G---------ATA-G-----TATAC----AT---GTT---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTCAATATA--------A-A-CACA----------T-ATCACTCGTA------AATATTATAC--AAGCA--------TT-TATAGTAACTTATATGTACGCACATAAATA-ACA-------------C-TATA-----TA---T-ACTTT----T---C-------AAAA---CG---GA----GA------------G-------------C------------AG--A-----------T------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAATC----------A----------AAC----AA--------AAGACACACATGCATGCAAATAA--ACA--C---A--
gi|13 : cAAGTAT-T-AT--TTT-----CATATTGTC---A-GA-AG-TTCTACGACCCAT-AAGGACAT---CT--ACAGA--CTTGATGG-CAAACAC---------------AAATTGGT---------ATA--T-TATC----A-------ATCA---AT--A--A---------ATA-G-----CATAC----AT---TTC---A------T---GTAC----TTG-------AC----GGT---------GATTTCACACAC---------ACA-CACACGCGCGCGNNN-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NACA------T--AGAGATG-ATATACATATATAATTTTA--T-AATATTGCA-----TA---C-ATTTT----TTGCC-------CGAA--TCGTTAAACCTTG
gi|14 : tttgaacTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTTGATGT---------A-A-TG--------------ATCACTCATA------TATTGTATAT--ATACA--------TA-TAC----------------GTATATAAATA-ACAAGTGTAGTT-GATA-TATG-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TACAGTTTGAAT-------CTTT----T-------------A-----------C----------ATGCAAAA---AACCGATGA--------TAGACACACATG--------------CA--T---A--TAACCACTGAAATAT--------------AT----------------AT-ATA---T-T---ATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTGTA---CGAAAAGGAAAACAAAGTTAATAATGTAGAAAATt
gi|15 : T-T-T-AT--TAC-----CATATACCA---G-AA-GG-TCTTA-GACCAAC-GCGGACAT--TTT--ACACGTACATTAC-----AGCA---------------------AGG---------A--------TA----A-------ATCG---AT----------------------------------------------------------AA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATAT---------A-AATACA----------T-ATCACGTATA------TGCATTATAC--ATACA--------CA-TACA------TCTTTATATGCACAGAAATA-ATAACTGTAATT-ATTA-TATA-----TG---T-ATGTT----T---C-------AAAA--ACGTTTAA-TGTGC------------ACAGGAACAGAAAGC------------AA--A-----------G------------GTT--TACATATTCAATACT-TATCCTT----
gi|16 : gtATA----A-------ATCA---AT--G--G---------ATA-G-----AATAC----ATTTCATT---A------T---ATAA----TTT-------AC----GAT---------AGTTT----TAT---------A-T-TA-A----------G-AT---TCATC------TCCTTCACATGAATAAA--------TA-TTCA------TCCATTTACACACATAAACA-ACAACTG-ATTT-----------------------TTTT----T---C-------AA---------TAA----AC------------A-------------G------------AATCA-----------GTA----------GCT--TTGAGTTTGAATAAT-CATCCTT---------------------------------------------------------------------------CACATACATTC--ATAT--ACA--C---A--TATT--CTGA----T--------------AC----------------AT-ATA---T-TA-CA--ACTGAGTTTGTTCTTTGT----AACCTTGTA---CGAAAACGAGAA
gi|17 : TCAGT---------ATT--T-GATA----AT------AT-A---AT--GAAG---------AGG-G-----GATAT-----T---GTTGGAA------ATACGTAA----TTTTATACATAC----GATATTTCATA-TGCTTTCAATAT---------A-AATATA----------T-ATCACTAATAAAGATCTATATAACAC--ATACA--------AA-TACA------TCTATATACACACATAAATA-ACAATTGTAATT-TATA-TATA-----TGTTTT-GTTTT----T---TTTTTAAAAAAA--GCGATTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------aa
gi|18 : AAGT-T-T-TA--TTT---T-CATATTTCC---GGAA-TG-TCTTA-GA-CCGTAGATCACATACATT--ACATACACAac
gi|18 : ataagtttacAGT---------ACA--T-TACG----A-------ATTA---AT--G--G---------ATA-T-----CACAC----AT---GTT---C------A---GTAG----TTT-------AC----AAT---------TGTTTTAAATATA--------A-A-TATA----------T-ATCACTCATA------TACATTATAC--GTACA--------TA-TACA------GCCACATTTATATTTAA--A-ACAAGTGT-GT---ATG-TA-A-----TG---T-ATcttgttttaaatataaatgtggctgtatatgtacgtataatgtatatgagtgatatatatttatatttaaaacaattgtaaactactgaacatgtgtgatatccattaattcgtaatgtact
gi|19 : ataagtttacaagttttattttcatatttccggaatgtcttagaccgtagatcacATAT---------ATA-TATN----------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNN--NNNNN--------NN-NNNN------TCCGTATACGCACATAGATA-ACCATTACAGTT---TA-TAAA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAA--TCGTTTAACCTTGCACAAAACAGAGAA-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGGATACT-TATGCTT----A-------------A-----------C----------A----------
gi|2 : tatAAGT-T-TTAT--TTT---T--ATATTTCC---AGAA-GG-TCTTT-GGCCCAT-AAGGACATATATT--ACTCATACATTACGA-AAGGCATATATATGTACATTATAAATTAATGGATAGCATACA--TACATA----C-------ATAA---AT--G--T---------ACATA-----CATAC----AT---GTG---A------A---GTGA----TTA-------AC----GAT---------TGTTTCAAATGTTTCAAATGTA-A-TACA----------T-ATCACTAATA------TACTTTAAAT--ATTCA--------TA-TAAA------TCCTTATATGCAAATACCTA-ACAATTGTAGTTGAATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TAGTTTAACCTTGC------------C-------------C------------AA--A-----------T------------GTG--TTTAGTTTGAATACT-TATCCTT----TTCATGCAAAATAAA-----------C----------A----------GAT----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAA--T--------------AT----------------AT-ATA---T-T-CTATTACCGA-TTTGAT-----T----AACCTTCTA---CGAAAACGAAAACAAGGTTTATAATAAAGAAAACGTTATATTTTAG--TGATAT--ATATT-ATAT-TTCTAGTTAACATATTCGTTCAAAAAGAA----GAAGAATAGTCTTGACGTAAACGTAATACAAGAC---TATGTATTGGACA--------TATGTTCATATATTGAACCTCTCTTAAATATTATCATTATTATTATTATTTTAAAACCTTTCGGATCTGACCAAtgcaaaacaaa
gi|20 : tgcAAGT-T-TTAT--ATT---T--ATATTTCCC--A-AA-GA-TCTCA-CACCCGT-GAGGACAT-TTT------------------------AT---------------AAATCAGT---------------------------------TTA---A------------------A-G-----TATAT----GT---GTT---T------A---GTAA----TGT-------AC----GAC---------TGTTTTAAATAC---------A-ACTATA----------T-ATTACTCGCA------TACATTGTAT--ATACA--------TA-TACA------TCCATATATGCACAT
gi|21 : T--G--C---------ATA-------CATAT----AT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------ACGTCAGATTGCTTCTAATGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTAT-----------------TA-TACA------TTAATAT----ACATGG--A-GCAA---TGATT-CAAA-TACA-----TG---T-A
gi|22 : tcAAGT-T-TTAT--TTT---T-CAAATTTTC---A-AA-GA-TC-------CCAT-GAGAAGAT--TTT--AAATGTATATGACGG-CCAGCAT---------------AAATTGAA---------ACA--T-AATA----T-------ATCA---A------G---------ATA-A-----TAT-C----AT---G-----A------C---ATAT----TAT-------ACA---AAT---------TG------ATAT---------A-A--ACA----------TGATGACT-ATA------acttgtttgatgatgcattgctaata
gi|23 : ttacTTATAC--ATGCA--------TA-TACA------TGCATATACGCACACAAATA-GCAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T-ATTTT----T------------AAA--TTATTTAACCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTTAGTTTGAATACTGTATc
gi|24 : tAAGT-T-T-AT--TTT-----CATATTTTCAAGA-AA-GG-TTTT--GACCTAT-TAGGAC---CTTT--ACAAGCGTATGATGA-CAAACAT---------------AA
gi|25 : caagttttcaac-------------A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTAAACAAACAA--ACAGAT---A--TAATCACTGAAATGT--------------TT----------------AT-ATA---T-CATTATTACCGA-T
gi|26 : aaca------------AA--A-----------G------------G-GATTTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----C-------------A-----------C----------A----------
gi|27 : aagaa-AA-GG-TCTTA-GTCCCAT-AA--ATGCAGTTT--ACATATACATGACGG-Ctgcaaaaacaaaagat
gi|3 : ctgAAGT-T-T--T--ATTGAGT-CATATTTCC---A-GA-GGGTCTTA-AACCCAC-AAAGACATCTTTTTTACATATAC-TAGCAGACAAGTGT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TACA----A-------ATTA---AT--G--G---------ATA-G-----CATAT----AT---GT----A------A---GTAA----TTT-------AC----AAT---------TGTTTCAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TACTTTATAC--ATACA--------TG-CACA------TCCATATATTCATATAGATA-ATAATTGTAGTT-AATA-TATA-----TG---T--TTTT----T------------AAA--TCATCTAGGCTTGC------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----T-----------------------------------------------------------------------ACATGTATACAACTAA--ACA--C---ATGTAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ACATATT-TATCATTACCGA-TTCGTT-----T----AACCTTTTG---CGAAAATAAAAACAAGTTTGATAATGGAGAACATTTTATATTCTAGTTTGATAT--ATATT-GC
gi|3 : cTATTATAAAACCTTTCGGATCCGACTAAAAAAGCCTTATGAATAATATGCTCAACTTATTGATAACACGTTCGTTTTCAGAATGCAATAATTCCACGAAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattataaaacctttcggatccgactaaaaaagccttatgaataatatgctcaacttattgataacacgttcgttttcagaatgcaataattccacgaa
gi|4 : caagttttattgagtcatatttccagagggtcttaaacccacaaagacatcttttttacatatactagcagacaagtgtaaatcagtacattacaaattaatggatagcatatatgtaagtaatttacaattgtttcaaatgtaatacatatcactcatatactttatacatacatgcacatccatatattcatatagataataattgtagttaatatatatgttttttaaatcatctaggcttgcacaaaggtgttcagtttgaatacttatcctttacatgtatacaactaaacacatgtaatcactgaaatgtatatacatatttatcattaccgattcgtttaaccttttgcgaaaataaaaacaagtttgataatggagaacattttatattctagtttgatatatattgctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---T-CCTATTTCC---AGAA-GG-TCTTA-GACCCAT-GAGGACATAGTTT--ACATATACATGACGG-AAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TATACAATA-------ATGA---AT--A--GCATATATACATA-AATGTACATACCTACAT---GTG---A------A---GTGA----TTT-------AC----GAC---------TGTTTCATATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATTTTACAC--ATAGA--------TA-TACA------TTAATATGAGCACAAAAATA-TCAATTATAGGT-GATA-AATA-----TA---TAAATTT----T---A-------AAAA--TCGTTTAACCTTAC------------A-------------C------------AA--A-----------ACGGAGAATAAATGTG--TTCAGTTTGAATACT-TATCCTT----TACATGCAAAA---A-----------C----------A----------AAC----GG--------TAGACACACATATATGTAAACAA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------ATAATA---TATATTATTACCGA-TTCTTT-----
gi|5 : A--------TA-CATA------TCCTTATACGCACATAAATA-ACAACTGTAGTT-GATA-TATAATATATG---T-ATTTT----T-----------GAAA--TCGTTTAACCTTGT------------A-------------C------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGATTGAATACT-TAACCTT----TGCATGCAAAT---A-----------C----------A----------GAC----GA--------TAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--CACTA--TAATCACTGAAATGT--------------AT----------------AT-ATA---T-TA-TA--ACCGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAATGAAAACAAGGTTAATAATGGGGAATATTTTATATTCTAGTTCAATAT--ATATA-ATTT-TTTTAATAAACATATTCGTCCACAAAGAAGAAGGAAGAAAGAACTTGACGAAAACAAAATACAAGACTATCATTCATTGGACATAAAAAATTATTTACACATGTTGAGCATCTCTT
gi|6 : aatgta----------T-ATCACTCGTA------TTCATTATAC--ATACA--------TAATACA------TCCATATACGCACATAAATA-ACAATTGTAGTT-CATA-AATA-----TG---T-ATTTT----T---C-------AAAAAATCGTTTAACCTTGA------------A-------------CGAAACGAAGAATAA--A-----------G------------GTG--TTCAGC----GTACT-TATCCTT----T-------------A-----------C----------ATGGAAAAACAAAC----GA--------CAGACACACATGTATACAAATAA--ACA--C---ACATAATCACCGAAACGT--------------ATATATATATATATATATAT-ATAAA-T-TATTATTATTGA-TTCGTT-----T----AACCGTCTA---CGAAAAAGAAAACAAGATTAATAATAAAGAAACTCTTCTGTTTTAGTTTAATATTCATATTGACAT-T---AATAAACGTATTCGTCCAAA---TG----GAAGAATGGTCTTGACGAAAACGAAA
gi|7 : taaattgnnnnnnnnnn---------ATA-G-----TATTC----AT---GAT---T------A---GTAA----TTT-------A------------------------AATAT---------A-AATACA----------T-AGCACCCATA------TACATTATAC--ATGCA--------TA-TACA------ATCATATACGCACATAAATA-ACA--TGT--TT-----------------------TTTT----T---CCA-----AAAA--TTGTTAAGCCTTCC------------A-------------C------------AA--AACAGAAAACAAG------------ATG--TT------AAATACT-TAACATA----C-------------ATAAAA------C----------A----------AAC----AT--------CAGACACACATG-A-ACATGTAT--ACA--A---A--TAAT---TGAAAAGT--------------AT----------------AT-ACA---T-TATCATCAT----TTCGTT-----T----AAACTTGTA---CGAAAACGAAAACAAGATTGATAGTATAG----TCTTAAACGAAAACTTAAAGC--AGCTT-TTATCTTTTAATAAACGTATTTGTCTAAA----------AAGAAT-TTCTTGACGAAAACGAAATA-AAGAC---CATTCATTGGACA--------TATG
gi|8 : gtAC----AT---GTG---A------A---GTAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTTAAATGT---------A-A-TACA----------T-ATCACTCATA------TATGTTATAC--GTGCATATTGTTTTA-TACA------TCCATATACGCACATAGATA-ACATGTGTAGTT-GATA-TA-----------------------------------AAAA--ACGT--------------------------------------------------------------------------------G--TTCAGTTTCAATACT-TATCCTT----T-------------A-----------CATACA-----A----------AAC----AACCAGACCTTAGACACACATGTATACATATCA--ACA--CAT-A--TAATCACTGAAATGTATATACATGTATATAT----------------AT-ATA---T-CATTATTACTGA-T---TT-----T----A--TTTATATTTTGAAA-------------TA--AATATATA------TATATTTTA--TTAATAT--ATAT------------------------GTCTTAAAGGAA----GAAGTATGGTCTTGACGAAAACAAA-----------------ATTGGACA--------TATGTACATATATTGAGCCTCTCTT
gi|9 : AAATT-T-T-AC--TTT---T-CATATATCC---A-AAAGG-TCTTA-GACCCAT-GAAGACATATTTT--ACATACACATGACGG-CAAGCAT---------------AAATCAGT---------ACA--T-TATA----A-------ATTA---AT--G--T---------ATA-G-----CATAC----AT---GTT---A------A---ATAA----TTT-------AC----GAT---------TGTTTCAAATAT---------A-A-TACA----------T-ATCACTTATA------TACTTTATAC--ATACA--------TA-TACA------TCCATATACGCACATAAGTA-ACACTTGTAGTT-TATA-TACA-----TA---T-ATTTT----T------------AAA--TCGTTTAACCTTGC------------ATAAAACGAAGAC-T------------AA--A-----------G------------GTG--TTCAGTTTTAATACG-TATTCTT----T-------------ACATGCAAAAG-C----------A----------AAT----AA--------TAGACACAAATGTATACAAATAAATACA--T---A--TAATCACTGGAATGT--------------tat