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Reference ( gi|2 ) : GCATGTAAACAGCAATCGCTCAGTAAATACT-GGTGAAATAATGACAAACACTCACAACTGCGTCAATTTGAATATGTTTCTGATATCCAAATTTTAGGCACTTATGAAGCAAAAATGAAGCTTTAGTTTGATATATTATAAAATATCTCTGGAAGGACTAACGTGAAGAAAAACGCGCATTTTCAGTCAGTG-AACTGTGATGTGTTTCTCCACCCAATGCGTCATATTTTATCAGGTTTTATCAATATTTTTATAGTTCCATTT-TTGGGAAGCCATGCCCAACTCGTACGTTTCAACTGGC----TTTAGTAAGTATTGTAAT--GGTATATGTCTTG----ATGATATCAAATG--------TGTATA-AAACAGTTGAGCAGCAACTTTTAGAGA--AACAGTCGTTATTTGAAGATCCCATCCAATTTTTATATTTTAAATTAGTTTTGTATCCTGCACATCATACAC--ACTATATATAATGACAGTAAATAAAAATGTAAGTAATTTCTATTATTTTGATGTATCAT----------ATGTCAAGATAGTAAAAATATTGGCCGAAATAACTTGGTTTTTGTACATGCATGCATACCCTTGTTAAAGATTGACATTTTGCTGTTTCTGCTAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCTCAACTATATGTAATTAAAGAATATGGCCTGAGCATTGTTTTGATATATGATATAGCATGATTGTCCA---TGTGTAAACTAGTTGAGCA-GCAACATTTAGAGAGAAACAGTTGAAATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTT----T---ATT--TTTTATATTGTGCA-CATCAGATGCATTCTATTTAGTTGA-AGTAAAGAAAGCTGCAAATATTTTCCCATCATTTCGATATATCAAT----------TGTTATGATAGTCAAAATACTGGCAAAAATAACTTGATGTTTGTACAAGCACTCATACACTTTTTAAAGACTGAAATTTTGCTGTTTCTGCTAACTTT--TAAGTAC---ACATGCTACCCATGT-----TCAGATATATG----------ATATAGCATG---ATTGTC----------------CATG----------TGTAAACTAGTTGGGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACAGTTGAAATCTGAAGAATCCATCCAGTTGAAACACT-----TTAA----TTTTTAATATTATGTGCATCAGATAGATACATTCTATTTAGTTGCAGTCATGAAAACTGCAAATATTTCTCATCATTTTGATGTATCACTTCAAAATTTGACTTGTTATGGTAGTCAAAATATTGGCAAAATTAACTTGATTTTTACACATACATGCATACACTT------G------ATTGAAATTTTGCTGTTCCTGCTATTATAAACTATAAAATACACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGCAATTAAAGAATAGGTCTTGAGCATTGTTTTGATATATGAAGTAGAAAGATTGTCCATGTGTAAACTGGTTG------------TGAAGCAAATTTAAGTTCACCATTCATCATTTAAATTCTCTTTGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAAAGCAGTATTGATATATTATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGCAATTTTTGTTGGCAAGATATTCAGAATGTAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATAC------ATATAAATATACACCTCAAAACAGT-----TATATTAAGCACTCCCTCAACCCCTCCCCGCAA
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gi|17 : aacttgatttttgtacatgcatccataccttgttaaagattgaaattttgctgtttctgctaactataaagtacacatgctacccatgctgagcTTGTAGAGA--AACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTACATATTTAAAATTAATTTTGTATC--GTTCATCACACAC--caattctcgttgtagttagttattgcaaatggaaaaatgtaggaaaaggacaatcacaatgttctctgagtgtcactcagtcaaataattattttcatttaggatttatttcatggcaatatgtatgttaacaaccaaaacacttgtaaagatctttatttataaatgcactattgatataaaatttctttctgcctggtgcattacagaggcatttttgttaaccaggtatttggaatataaaattctatagagtttcctgattatatttatattacacatataaatttacatctgattttttttatatataaaacactccctcaaccccacccccaattt
gi|6 : AACTTGATTTTTGTACATGCATCCATACC-TTGTTAAAGATTGAAATTTTGCTGTTTCTGCTAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGCTGAGCTCAACTATTTGTAATTAAAGAATA------GGGCATTGTTTTGTTATATGATATAGCATGATTGTCCA---TGTGTAAACTAGTTGGGTA-GCAACTTTTAGAGAGAAACATTTGACATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTA----A---ATT--TTTTATAGTGTGCA-CATCAGACACATTCTATTTAGTTGC-AGTTAAGAAAGCTGCAAATA-TTTCCCGTCATTGTTATGTATCACTTCAAGTGACGTGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCAAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATGCATACACTTGTTAAAGATTGAAATTTTGCTGTTCCTGCTAACGAT--AAAGTAC---ACATGCTACCCATGT-----TGAGgtac
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gi|5 : TAAGTATTGTAATGGTATATG-TCTTG-ATG-TTATCGAATGTGTATAAAATAGTTGAGCA-GCAACTTTTAGAGA--AACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAATTTTTATATTTTAAATT---ATT--TTT-GTATCCTGCA-CATCATACACACTATATATAAT-GATAGTAAATAAAAATGTAAGTAATTTCC-ATTATTTTGATGTATTATA----------TGTCAAGATAGTAAAAATATTGGCCGAAATAACTTGATTTTTGTACATGCA-TGATACCCTTGTTAAAGACTGACATTTTGCTGTTTCTGCTAACTAT--AAAGTAC---ACATGCTACCCATGTTGAGCTCAACTATATGTAATTAAAGAATATGGCCTGAGCATTGTTTTGATATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGAGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACAGTTGAAATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATT-----TTTA----TTTTTTATATTGTGCACATC--AT--ATGCATTCTATTTAGTTGAAATAAAGAAAGCTGCAAATATTgaagttcaccattcatcatttaaattctctatgtagttaattattgcaaatggaaaaatgcaggaaagacaatcacaatgtcctctgagtgtcactcagtcaaataattattttcatttactatttatttcatggcaatatgtgtgtttataactcaaacacttaaaaaggccttaatttataaaagcagtattgatacactatttctttctgtctggtgcattacagaggtaatttttgttggcaagatattcagaatataaaattctatagagtttactgataatatttatattatacatattaatataaacatacacctgaaaacagttatattaagcactccatcaactattcaccacaagcctcaactctaattttggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatgtatgtcagcagtctgtatagctcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtatgttttttttacaaaatgtaccccttatttattaccttttttagacattaccattgtgaatttattatgctattaaagtaaactttgtacatagtaatacaactggtaagtcgtgatatacagccttaaaatatcagtaaagagtttcattttaaatatattaatgtgtataaattataacattattaatgtatacagtcatgtaaataattataatttctgtgctgtgcttatatatagcttcaaaatgcatccttatagtacaatgaagtacatccatctttaagatggaagatgttggttcagtcccaactaaggatatatctgttagaggcgttttactatgcaatgcaaatcttttttggatatatgaaatgaagatagtaaaaatgctttgatctgtaagttggggtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtataatacagcaatagtattcatgtaatggttatgtatgacagaattaagtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaagaaagtttagaaatagcccaaactgtcaaatgaatgcaagtatattatattaatgtaaagacattgtaaataaacctctgtcagcttcctctctcatgtttcactgtttttgtcagagtctttttcattttttggtttctatttagaaaagaatacctgttataatatgaagaacatggattattctggatgattttttattaattcacattaagtcttaatcgtcaagttaagaactggtttgaaatgaacaatacatgtccatccaattaggtttcttgttgaatttgggcttccattccaccttttacccctctcatggtactacaattgtctatcaacatgctaataatctgttcccagtcaagctcatgctcattgaggactttttgttgactccttaatatttgcagctgttgaaat
gi|8 : cccggtatgcgctaatgtgataggtttccgttctcatgatagcgggggatccacacatgtaaacaacaaacgctcagtaaatactggggaaataatgacaaacactcacaactgcgtcaatttgaatatgtttctgatatccaaatttaaggcgcttatgaagcaaaaatgaagctttagtttgatatattataaaatatctctggaaggactaacgtgaagaaaaacgcgcattttcagtcagtgaactgtgatgcgtttctccacccaatgcgtcatattttatcaggttttaccaatatttttatggttccatttatgggaagccatgtccaactcatacgtttcaactggctttagATTTGTAGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTT--ACATATT----TAAAATTAATTTTGTATCGTTCATCA-CACACGTACTATACTCAGCAAA-AAT--AGAAA
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gi|3 : cccggtatgcgctaatgtgataggtttccgttctcatgatagcgggggatccacacatgtaaacaacaaacgctcagtaaatactggggaaataatgacaaacactcacaactgcgtcaatttgaatatgtttctgatatccaaatttaaggcgcttatgaagcaaaaatgaagctttagtttgatatattataaaatatctctggaaggactaacgtgaagaaaaacgcgcattttcagtcagtgaactgtgatgcgtttctccacccaatgcgtcatattttatcaggttttaccaatatttttatggttccatttatgggaagccatgtccaactcatacTGT-----TTAGATATATG----------ATATAGCAGG---ATTGTC----------------CATG----------TGTAAACCAGTTGTGCAGCAACTTTTAGAGAGTAACAGTTGAAATCTGAAGACTCCGTCCAGTTTAAACATT-----TTAA----TTTTTAATATTGTGCGCATCAGATG----CATTTTGTTTAGTTGCAGTTAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCATCATTTTGATGTATCACTTTAAG---TGACTTGTTATGTTAGTCAAAATATTGGCCAAATTAACTTGATTTT-ACACATACATGCATACACTT------G------ATTGACATTTTGTTGTTCCTGCTTTTATAAACTATAAAGTAAACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGAAATAGCAAGATTGTACATGTGTATACTAGTTGATACTATCTATTTGCAGCAAATTGAAGTCAACCAGTCATCATTTCAAATCGCTTTGTAGTTGATGTTTTTTGCCAGAAAATG--ATAATCCAGTAAG--TATAAAGTTATCATTTCTTCTagagaaacagttgaaatctgaagaccccatccagtttaaacatttttattttttatattgtgcacatcatatgcattctatttagttgaaataaagaaagctgcaaatatt
gi|6 : cgttctttggatagcggggaaccacacacgttaacagcaaatgctaggtaaataatgacaaagattcataactgcgtcaatatgaaaatgattctgttattcaaatttaagccgctgatgaaacaaaacgtaagctttagtttgatatatcacaaaatatatctggaaggactaacgtgaagaaaacgcgcattttcagtcagtgaactgtgatgcgcttctccacccgatgtgtcatattttatcaggttttatcaataattttattgttccatttaagggaagtcatgcccaactcgtacgtttcaactggtttaagtaagtattgtaatggtatatgtcttgatgatatcgaatgtgtataaaatagttgggcagcaacttttagagaaacagccgtaatttgaagaccccatccagttttaatattttaaattaattgtgtaccctgcacatcatacacactatatataattgcagtaaataaaaatataagtaatttccattattttgatgtatcatgtgtcaagatagtcaaaatattgaccaaaataacttgatttttgtacatgcattcatacacttgttaaagactggcatttttatgtttctgctaactacgaagtacacatgctactcatgttgagctcaactatatgtaattgaagaataggtcctgagcattgtttagatatacgatatagcatgattgtccatgtgtaaactagttgagcagcaacttttagagagaaacggttgaaatctgaaaaccctatctagtttaaacatttttattttttatattgtgcacatcagatgaatcctatttagttgcagtaaagaaagctgcaaatatttccccatcattttgatatattaattgttatgataatcaaaatattagccaaaataacttgatttttgtacatgcattcatacacttgtttaagactgacattttgctgtttctgctaactttaaagtacacatgctactctcgttgagctcaactatatgtaattgaagaataggtcctgagcatTGT-----TTTGTTATATG----------ATATAGCATG---ATTGTC----------------CATG----------TGTAAACTAGTTGGGTAGCAACTTTTAGAGAGAAACATTTGACATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATT-----TAAA----TTTTTTATAGTGTGCACATC----AGACACATTCTATTTAGTTGCAGTTAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCGTCATTGTTATGTATCACTTCAAG---TGACGTGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCAAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATGCATACACTTGTTAAAG------ATTGAAATTTTGCTGTTCCTGCT------AACGATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGTAATTGAA-AATAGGTCATGAGCATTGTTTTGATACATGACATAGCATGATTGGCCATGTGTAAACT------------------------------AGTTCACCATTCATCATTTCAATTCTCGTTGTAGTTAG---TTATTGC----AAATGGAAAAATGTAGGAAAAGGACAA--TCACAATGTTCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTAGGATTTATTTCATGGCAATATGTATGTTAACAACCAAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAATGCACTATTGATATAAAATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGC-ATTTTTGTTAACCAGGTATTTGGAATATAAAATTCTATAGAGTTTCCTGATTATATTTATATTACAC------ATATAAATTTACATCT---GATTTTTTTTATATATAAAACACTCCCTCAACCCCACCCC-CAA
gi|4 : aacttgatttttgtacatgcatccataccttgttaaagattgaaattttgctgtttctgctaactataaagtacacatgctacccatgctgagctcaactatttgtaattaaagaatagggcatTGT-----TTTGATATATG----------AAGTAGAAAG---ATTGTC----------------CATG----------TGTAAACTGGTTGTGAAGCAAATTTAAGttt
gi|1 : aactgtatgcaattaaagaataggtcttgagcatTGT-----TTTGATATATG----------AAATGGCATG---ATTGTC----------------CATG----------TGTAAACTAGTTGGGTAGCAAATTttcaccattcatcatttaaattctctttgtagttaattattgcaaatggaaaaatgcaggaaagacaatcacaatgtcctctgagtgtcactcagtcaaataattattttcatttactatttatttcatggcaatatgtgtgtttataactcaaacacttgtaaagatctttatttataaaagcagtattgatatattatttctttctgcctggtgcattacagaggcaatttttgttggcaagatattcagaatgtaaaattctatagagtttactgataatatttatattatacatataaatatacacctcaaaacagttatattaagcactccctcaacccctccccgcaacgctcaactctaattttggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatgtatgtcagcagtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtatgatttttttacaaaatgtaccccttatttattacctttttataggcattaccattgtgaatttattacgctatttaagtaaactttgattattttttcatattatgtcttcatacaacaaatctaaattacatagtaatacaactggtaaatcgtgatatataacgctaaagggtttcattttaaatatattaatgtgtataaatataacaatattaatgtatacagtcatgtaaataattataacttctgtgctgtgcttatatatagcttcaaaatgcatccttatagtacaatgaagtacatccatctttaagatggaagatgttggttcagtcccaactaaggatatctgttagaggctttttactgcacaatgcaaatccgttttggatatatgaaatgaagatagtaaaaatgatttgatctgtaagttggggtgt
gi|8 : aactgtgtgtaattaaagaataggtcctgagcatTTTGTAGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTACATATTTAAAATTAA----TTTT--GTAT--CGTTCATCACACACGTACgaagttcaccattcatcatttaaattctctatgtagttaattattgcaaatggaaaaatgcaggaaagacaatcacaatgtcctctgagtgtcactcagtcaaataattattttcatttactatttatttcatggcaatatgtgtgtttataactcaaacacttaaaaaggccttaatttataaaagcagtattgatacactatttctttctgtctggtgcattacagaggtaatttttgttggcaagatattcagaatataaaattctatagagtttactgataatatttatattatacatattaatataaacatacacctgaaaacagttatattaagcactccatcaactattcaccacaagcctcaactctaattttggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatgtatgtcagcagtctgtatagctcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtatgttttttttacaaaatgtaccccttatttattaccttttttagacattaccattgtgaatttattatgctattaaagtaaactttgtacatagtaatacaactggtaagtcgtgatatacagccttaaaatatcagtaaagagtttcattttaaatatattaatgtgtataaattataacattattaatgtatacagtcatgtaaataattataatttctgtgctgtgcttatatatagcttcaaaatgcatccttatagtacaatgaagtacatccatctttaagatggaagatgttggttcagtcccaactaaggatatatctgttagaggcgttttactatgcaatgcaaatcttttttggatatatgaaatgaagatagtaaaaatgctttgatctgtaagttggggtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtataatacagcaatagtattcatgtaatggttatgtatgacagaattaagtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaagaaagtttagaaatagcccaaactgtcaaatgaatgcaagtatattatattaatgtaaagacattgtaaataaacctctgtcagcttcctctctcatgtttcactgtttttgtcagagtctttttcattttttggtttctatttagaaaagaatacctgttataatatgaagaacatggattattctggatgattttttattaattcacattaagtcttaatcgtcaagttaagaactggtttgaaatgaacaatacatgtccatccaattaggtttcttgttgaatttgggcttccattccaccttttacccctctcatggtactacaattgtctatcaacatgctaataatctgttcccagtcaagctcatgctcattgaggactttttgttgactccttaatatttgcagctgttgaaat
gi|17 : gtatgtgcttctgtgataggttttcatttcacgaaacgttctttggaaagcggggaaccacacatgtaaacaacaaatgttcggtaagtattgacaataattcacaactgtgtcaatttgaatatatttctgttgtccaaattttagacttttataaaacaaaccgtaaggtttagtttgatatattataaagtatctttggaaggactaacatgaagaaacgcgcattttcagccggtgaaactgtgttgcctttccttcccggggcatcatattttatcaggttttataaatatttttatggttccatttattactgcccaactcgaacgttacaagtagccttttttagtaagtattgtaatggtatatgccttgatgaAGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTACATATTTAAAATTAA----TTTT--GTAT--CGTTCATCACACACGTACtatactcagcaaaaatagaaacg
gi|4 : ttgtAACTGTATGCAATTAAAGAATAGGTCTTGAGCATTGTTTTGATATATGAAGTAGAAAGATTGTCCATGTGTAAACTGGTTG------------TGAAGCAAATTTAAGTTCACCATTCATCATTTAAATTCTCTTTGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAAAGCAGTATTGATATATTATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGCAATTTTTGTTGGCAAGATATTCAGAATGTAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATAC------ATATAAATATACACCTCAAAACAGT-----TATATTAAGCACTCCCTCAACCCCTCCCCGCAA
gi|1 : AACTGTGTGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGAAATGGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTG------------GGTAGCAAATTGAAGTTCACCATTCATCATTTAAATTCTCTATGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTAAAAAGGCCTTAATTTATAAAAGCAGTATTGATACACTATTTCTTTCTGTCTGGTGCATTACAGAGGTAATTTTTGTTGGCAAGATATTCAGAATATAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATACATATTAATATAAACATACACCTGAAAACAGT-----TATATTAAGCACTCCATCAACTATTCACCACAAcgctcaactctaattttggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatgtatgtcagcagtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtatgatttttttacaaaatgtaccccttatttattacctttttataggcattaccattgtgaatttattacgctatttaagtaaactttgattattttttcatattatgtcttcatacaacaaatctaaattacatagtaatacaactggtaaatcgtgatatataacgctaaagggtttcattttaaatatattaatgtgtataaatataacaatattaatgtatacagtcatgtaaataattataacttctgtgctgtgcttatatatagcttcaaaatgcatccttatagtacaatgaagtacatccatctttaagatggaagatgttggttcagtcccaactaaggatatctgttagaggctttttactgcacaatgcaaatccgttttggatatatgaaatgaagatagtaaaaatgatttgatctgtaagttggggtgt
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AATTTATTAATTAAGTAAACTGTGATAATTTTTTCATATTATGGCTTCATGCAACAAAACTAAATTACACAGAATACAACTGGTAAGTCATGATATAATAATACCTTAATATAGTAGTCAAGAGTTTCATTTTAAATATATTAATGTATACAAATGTAACATGACAATTGTGCATGCTGCAATTATTCATAAAATGGGACTTGCATTATTTATACCCAAATCACTAGGAGTGGAATGTACTGGTTTTGCAATCACTTTATGGTCATGCTTAGTTCAAATGACTTTTGCAGAATTATTGTTTCTCAACAAATAATGTTTTTTCATCAGCCAGTGAAAACAGGGTTATATTTATAATTAGTGTGCAGTGCTTAAATGTAGCTTCAAGATGCATCCTTATAGTACAATGGAGTACATCCATCTTTAAGATGGAAGATGTTGGTTCAATTCCAACTACGGTTATTTGTTGGAGGCTTCTTACAATGCAATGCAAATATGTTTTGAATTAATGAAATGAAGGTAGTAAAATTGTTTTGATCTGTAATTTGGGGCA
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Unaligned ( gi|14 ): GCATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTATAATACAGAATAAGCATTAAGCATTTA
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Unaligned ( gi|16 ): AGGGTCTGGTTTGTGCTGATGTGATGGGGTTTCCATTCTCGTGAAGCATTCTTCAGATGGCGGGGATCTACCAAATAAATATGGACTGAAA
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Unaligned ( gi|21 ): TGGCTAACATATAATTATGCAAAAAAATCACCGGACAT
Alignments
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Reference ( family-2218 ) : NCATGTAAACAACAAACGCT--CGGTAAATACT-GGN-AAATAATGACAAA-ACTCACAACTGCGTCAATTTGAATATGTTTCTGTTATCCAAATTTAAGNCGCTTATGAAACAAAACGTAAGCTTTAGTTTGATATATTATAAAATATCTCTGGAAGGACTAACGTGAAGAAAAACGCGCATTTTCAGTCGGTG-AACTGTGATGCGTTTCTCCACCCGATGCGTCATATTTTATCAGGTTTTATCAATATTTTTATGGTTCCATTTA-TGGGAAGC---CA-TGCCCAACTCGTACGTT----TCAACTGGC----TTTAGT--AAGTAT-TGTAATG-GTATATGTCTTGAT----GATATCGAATG--------TGTATA-AAATAGTTGGGCAGCAACTTTT--AGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTANATATTTNAAATTAATTTTGTATCCTGCACATCACACAC--ACTATATNTAGTNGCAGTAAATAAAAATGTAAGTAATTT--CCGTTATTTTGATGTATCACGTGTCAAGATAGTCAAAATATTGGCCGAAATAACTTGATTTTTGTACATGCATNCATACNCTTGTTAAAGACTGANATTTTGCTGTTTCTGCTAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCTCAACTGTATGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGAGCAGCAACNTTTAGAGAGAAACAGTCGNNATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTTTATTTTTTGTATCGTGCACATCANACGCATTCTATTTAGTTGAAGTAAAGAAAGCTGCAAATATTTTCCCATCATTTTGATGTATT----------ANT----------TGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCGAAATAACTTGATTTTTGTACATGCATTCATACACTTGTTAAAGACTGACATTTTGCTGTTTCTGCT------AACTNTAAAGTACACATGCTACCCATGTT----TNGA-TATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGNGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACAGTCGNNATCTGAAGACCCCATCCAGTTTANACATTTTAA-TTTTT-A-TATTGCGCGCATCA-ATAG-TACATTCTATTTAGTTGCAGTNAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCGTCATTTTGATGTATCACTTCAAG---TGAC-T-GTTATGATAGTCAAAATATTGGCCGAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATGCATACACTT------GATTGACATTTTGCTGTTCCTGCT------AACTATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGAAATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTG------------NGCAGCAAATTNAAGTTCACCATTCATCATTTNAATTCTCTTTGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAAAGCAGTATTGATATANTATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGCAATTTTTGTTGGCAAGATATTCGGAATATAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATAC------ATATAAATATACACCT-AAAACAGT--------TATATTAAGCACTCCCTCAACCCCTCCCCGCAA
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Reference ( family-2218 ) : NCATGTAAACAACAAACGCT--CAGTAAATACT-GGTGAAATAATGACAAACACTCACAACTGCGTCAATTTGAATATGTTTCTGNTATCCAAATTTNAGGCGCTTATGAAGCAAAANNNAAGCTTTAGTTTGATATATTATAAAATATCTCTGGAAGGACTAACGTGAAGAAAAACGCGCATTTTCAGTCAGTG-AACTGTGATGCGTTTCTCCACCCGATGCGTCATATTTTATCAGGTTTTATCAATATTTTTATGGTTCCATTTA-TGGGAAGC---CA-TGCCCAACTCGTACGTT----TCAACTGGC----TTTAGT--AAGTAT-TGTAATG-GTATATGTCTTGAT----GATATCGAATG--------TGTATA-AAATAGTTGAGCAGCAACTTTT--AGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTNNATATTTTAAATTAATTTTGTATCCTGCACATCATACAC--ACTATATATAATNGCAGTAAATAAAAATGTAAGTAATTT--CCATTATTTTGATGTATCATATGTCAAGATAGTNAAAATATTGGCCGAAATAACTTGATTTTTGTACATGCATNCATACNCTTGTTAAAGACTGACATTTTGCTGTTTCTGCTAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCTCAACTATATGTAATTAAAGAATAGGNCCTGAGCATTGTTTTGATATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGAGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACAGTTGAAATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTTTATTTTTTATATTGTGCACATCAGATGCATTCTATTTAGTTGCAGTAAAGAAAGCTGCAAATATTTTCCCATCATTTTGATGTATC----------ANT----------TGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCAAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATNCATACACTTGTTAAAGACTGANATTTTGCTGTTCCTGCT------AACTNTAAAGTACACATGCTACCCATGTT----TNGA-TATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGGGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACAGTTGAAATCTGAAGACTCCGTCCAGTTTAAACATTTTAA-TTTTT-ATATTGTGCGCATCAG---GATACATTCTATTTAGTTGCAGTTAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCGTCATTTTGATGTATCACTTCAAG---TGAC-TGTTATGNTAGTCAAAATATTGGCCAAATTAACTTGATTTTTACACATACATGCATACACTT------GATTGAAATTTTGCTGTTCCTGC-T-TTATAAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGAAATAGCAAGATTGTCCATGTGTAAACTGGTTG------------TGNAGCAAATTNAAGTTCACCATTCATCATTTAAATTCTCTTTGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAAAGCAGTATTGATATATTATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGCAATTTTTGTTGGCAAGATATTCGGAATGTAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATAC------ATATAAATATACACCTCAAAACAGT-----TATATTAAGCACTCCCTCAACCCCTCCCCGCAA
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gi|17 : TTGT--AGAGAAACAGTCGTTATTTGAAGACCCCATCCAGTTTACATATTTAAAATTAATTTTGTATC--GTTCATCACACAC--gcctcaactctaattttggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatgtatgtcagcagtctgtatagctcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtatgttttttttacaaaatgtaccccttatttattaccttttttagacattaccattgtgaatttattatgctattaaagtaaactttgtacatagtaatacaactggtaagtcgtgatatacagccttaaaatatcagtaaagagtttcattttaaatatattaatgtgtataaattataacattattaatgtatacagtcatgtaaataattataatttctgtgctgtgcttatatatagcttcaaaatgcatccttatagtacaatgaagtacatccatctttaagatggaagatgttggttcagtcccaactaaggatatatctgttagaggcgttttactatgcaatgcaaatcttttttggatatatgaaatgaagatagtaaaaatgctttgatctgtaagttggggtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgtataatacagcaatagtattcatgtaatggttatgtatgacagaattaagtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataaagaaagtttagaaatagcccaaactgtcaaatgaatgcaagtatattatattaatgtaaagacattgtaaataaacctctgtcagcttcctctctcatgtttcactgtttttgtcagagtctttttcattttttggtttctatttagaaaagaatacctgttataatatgaagaacatggattattctggatgattttttattaattcacattaagtcttaatcgtcaagttaagaactggtttgaaatgaacaatacatgtccatccaattaggtttcttgttgaatttgggcttccattccaccttttacccctctcatggtactacaattgtctatcaacatgctaataatctgttcccagtcaagctcatgctcattgaggactttttgttgactccttaatatttgcagctgttgaaat
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gi|3 : gAACCACACACGTTAACAGCAAATGCTAGGT-AAATAATGACAAAGATTCATAACTGCGTCAATATGAAAATGATTCTGTTATTCAAATTTAAGCCGCTGATGAAACAAAACGTAAGCTTTAGTTTGATATATCACAAAATATATCTGGAAGGACTAACGTGAAGAAAA-CGCGCATTTTCAGTCAGTG-AACTGTGATGCGCTTCTCCACCCGATGTGTCATATTTTATCAGGTTTTATCAATAATTTTATTGTTCCATTTA-AGGGAAGT---CA-TGCCCAACTCGTACGTT----TCAACTGGT----TTAAGT--AAGTAT-TGTAATG-GTATATGTCTTGAT----GATATCGAATG--------TGTATA-AAATAGTTGGGCAGCAACTTTT--AGAGAAACAGCCGTAATTTGAAGACCCCATCCAGTTTTAATATTTTAAATTAATTGTGTACCCTGCACATCATACAC--ACTATATATAATTGCAGTAAATAAAAATATAAGTAATTT--CCATTATTTTGATGTATCATGTGTCAAGATAGTCAAAATATTGACCAAAATAACTTGATTTTTGTACATGCATTCATACACTTGTTAAAGACTGGCATTTTTATGTTTCTGCTAACTACGAAGTACACATGCTACTCATGTTGAGCTCAACTATATGTAATTGAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTAGATATACGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGAGCAGCAACTTTTAGAGAGAAACGGTTGAAATCTGAAAACCCTATCTAGTTTAAACATTTTTATTTTTTATATTGTGCACATCAGATGAATCCTATTTAGTTGCAGTAAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCCATCATTTTGATATATT----------AAT----------TGTTATGATAATCAAAATATTAGCCAAAATAACTTGATTTTTGTACATGCATTCATACACTTGTTTAAGACTGACATTTTGCTGTTTCTGCT------AACTTTAAAGTACACATGCTACTCTCGTTGAGCTCAACTATATG
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gi|6 : cccggtatgcgctaatgtgataggtttccgttctcatgatagcgggggatccacaAACTTGATTTTTGTACATGCATCCATAC-CTTGTTAAAGATTGAAATTTTGCTGTTTCTGCTAACTATAAAGTACACATGCTACCCATGCTGAGCTCAACTATTTGTAATTAAAGAATAGG------GCATTGTTTTGTTATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGGGTAGCAACTTTTAGAGAGAAACATTTGACATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTAAATTTTTTATAGTGTGCACATCAGACACATTCTATTTAGTTGCAGTTAAGAAAGCTGCAAATA-TTTCCCGTCATTGTTATGTATC----------ACTTCAAGTGACGTGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCAAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATGCATACACTTGTTAAAGATTGAAATTTTGCTGTTCCTGCT------AACGATAAAGTACACATGCTACCCATGTT----
gi|6 : TGTT----TTGT-TATATGATATAGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTGGGTAGCAACTTTTAGAGAGAAACATTTGACATCTGAAGACCCCATCCAGTTTAAACATTTAAATTTTTTATAGTGTGCACATC----AGACACATTCTATTTAGTTGCAGTTAAGAAAGCTGCAAATATTTCCCGTCATTGTTATGTATCACTTCAAG---TGACGTGTTATGATAGTCAAAATATTGGCCAAAATAACTTGATTTTTGCACATGCATGCATACACTTGTTAAAGATTGAAATTTTGCTGTTCCTGC-T------AACGATAAAGTACACATGCTACCCATGTTGAGCCCAACTGTATGTAATTGAA-AATAGGTCATGAGCATTGTTTTGATACATGACATAGCATGATTGGCCATGTGTAAACT------------------------------AGTTCACCATTCATCATTTCAATTCTCGTTGTAGTTAG---TTATTGC----AAATGGAAAAATGTAGGAAAAGGACAA--TCACAATGTTCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTAGGATTTATTTCATGGCAATATGTATGTTAACAACCAAAACACTTGTAAAGATCTTTATTTATAAATGCACTATTGATATAAAATTTCTTTCTGCCTGGTGCATTACAGAGGC-ATTTTTGTTAACCAGGTATTTGGAATATAAAATTCTATAGAGTTTCCTGATTATATTTATATTACAC------ATATAAATTTACATCT---GATTTTTTTTATATATAAAACACTCCCTCAACCCCACCCC-CAAgagcccaactgtatgtaattgaaaataggtcatgagcattgttttgatacatgacatagcatgattggccatgtgtaaactagttcaccattcatcatttcaattctcgttgtagttagttattgcaaatggaaaaatgtaggaaaaggacaatcacaatgttctctgagtgtcactcagtcaaataattattttcatttaggatttatttcatggcaatatgtatgttaacaaccaaaacacttgtaaagatctttatttataaatgcactattgatataaaatttctttctgcctggtgcattacagaggcatttttgttaaccaggtatttggaatataaaattctatagagtttcctgattatatttatattacacatataaatttacatctgattttttttatatataaaacactccctcaaccccacccccaattt
gi|8 : aacttgatttttgtacatgcatccataccttgttaaagattgaaattttgctgtttctgctaactataaagtacacatgctacccatgctgagctcaactatttgtaattaaagaatagggcatCATGTAAACAACAAATGTT--CGGTAAGTATT-GAC--AATAAT---------TCACAACTGTGTCAATTTGAATATATTTCTGTTGTCCAAATTTTAGACTTTTATAAAACAAACCGTAAGGTTTAGTTTGATATATTATAAAGTATCTTTGGAAGGACTAACATGAAG--AAACGCGCATTTTCAGCCGGTGAAACTGTGTTGCCTTTC-CTTCCCGGGGCATCATATTTTATCAGGTTTTATAAATATTTTTATGGTTCCATTTA-T----------TACTGCCCAACTCGAACGTT----ACAAGTAGCCTTTTTTAGT--AAGTAT-TGTAATG-GTATATGCCTTGAT----GAT-T--------------TGTAGAGAAACAGTCG-----------TT--A---------------TTTGAAGACCCCATCCAGTTTACATATTTAAAATTAATTTTGTATC--GTTCATCACACACGTACTATACTCA---GCAA-AAATAGAAACGttt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|1 : AACTGTGTGTAATTAAAGAATAGGTCCTGAGCATTGTTTTGATATATGAAATGGCATGATTGTCCATGTGTAAACTAGTTG------------GGTAGCAAATTGAAGTTCACCATTCATCATTTAAATTCTCTATGTAGTTAA---TTATTGC----AAATGGAAAAATGCAGGAAA--GACAA--TCACAATGTCCTCTGAGTGTCACTCAGTCAAATAATTATTTTCATTTACTATTTATTTCATGGCAATATGTGTGTTTATAACTCAAACACTTAAAAAGGCCTTAATTTATAAAAGCAGTATTGATACACTATTTCTTTCTGTCTGGTGCATTACAGAGGTAATTTTTGTTGGCAAGATATTCAGAATATAAAATTCTATAGAGTTTACTGATAATATTTATATTATACATATTAATATAAACATACACCTGAAAACAGT-----TATATTAAGCACTCCATCAACTATTCACCACAA
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