lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777 44444444 1 33 1 222222222222 2222 111111111 1111111111111111111111111111 222222222222222222222222 3333333333333333333333333 444444 111 33333333333 1111111111 222222222 1 222 5555555555 2222222222
lowQualScore : 6 33333333333333333333333333333333333333 2 9 33333333 5 11 55 444 3 333333333333 33 3 2 3 2 4444 000000000 2 2 4444444444444444444444444444 000000000000000000000000 0 2 1 88888 777 22 333 6666 3 8888888888888888888888888 000000 111 77777777777 7777777777 1 888888888 5 1 6 6 6 4 6 333 99 9 6 8888888888 4444444444 8
lowQualScore : . ...................................... . . ........ . .. .. ... . ............ .. . . . . .... ......... . . ............................ ........................ . . . ..... ... .. ... .... . ......................... ...... ... ........... .......... . ......... . . . . . . . ... .. . . .......... .......... .
lowQualScore : 0 00000000000000000000000000000000000000 5 6 22222222 1 66 00 777 5 888888888888 44 0 4 9 5 1111 666666666 5 5 4444444444444444444444444444 555555555555555555555555 6 4 7 66666 555 55 777 6666 8 5555555555555555555555555 777777 000 99999999999 3333333333 7 999999999 0 0 7 0 7 7 0 333 00 7 0 0000000000 7777777777 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATGNCTACGGTTNTAAACAAGAGCACC------GCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCTTTTATTGCAA---TTAATATG-----TTGC-A--AAGTGTAAAAGTATGGCAA-TGTAAATTTCATCTTC----GG---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TG--TAACCACCCACCACC-A----CC--AAATAG---CTAAACGTTAC-------NAGTCTCAGTAAAAGTGATATATCCAGTATGTGANTTGTATTTTAAT---ATAATACGTATT--TT-T--A-TAATTGCAATAA--TAATTAAAG
Reference ( gi|2 ) : GAGAAAAAATCGGGTTTATTGTCTAATATATACATGTACATATACGTCACATGTAATTATGTATAATATTTTTCTTACTATGTTT----CGTTAT--CAATATTT--AAT--AATATC-ATT-TTCTAAACTAGAGCAGA------GCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCTTTTATTGCAA---TAAATACA-----TTAA-A--AAGTGTGAAAGTATGGTAA-TATGCATTTCATCTTC----AG---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTG--TAACCACCTGCCACT-G----CC--AAATAG---CTAAATGTTAC-------AAGTCTAAGTAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT--GT-T--G-TAATTACAATAA--TATTTAAAG
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACA-TTCTTAACAAGAGTACC------TCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTTTTTATTGCAA---TTAATATG-----TTTC-A--ATGTGTAACAGTCTGGCAA-TACAAA-TTCACCTCC----AG---TA-A-AA----------TA--------C-T-----CATACATTTATAT----------GTA-AAATA-AC-----AC--TTTCTT---TGCAAA----ATAAA-------------------------ATAG-TAGG
gi|11 : AT--AA-GTC-ATGGTTGTAAA-TGGAACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-A-CC--ATTTTTTATTGCAA---TTAATATG-----TTGC-A--AAGTGTAAAATTATGGCAA-TGTAAATTTCATGTTC----GG---TA-A-AA----------TA--------CTT-----TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----At
gi|18 : AAACAAGAGAACC------GCA-GCAGATG----C--TC--GTCTTTTATTACAA---TTAATATG-----TTGC-A--AAGTGTAAAAGTATGACAA-TGTTAATTTCATCCTC----GT---TA-A-GA----------TA--------C-T-----Tgc
gi|6 : taAACCGGAGCACC------ATGATCGGGTCCAGAT------GTGTTTCATTGCCA---TTAATATG-----CTGC-G--AAGTGTAACAGTCTGGCAA-TGCAAATTTTAACCTC----GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTA--TATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTAG--C--TAACCACCCGCCAC
gi|10 : cACAAGAGCACC------GCAAGCGGGTTCACAC--TCAAGTCCATGATGGCAG---TTAATATG-----TTGC-A--AAATATAAAATTATGGCAA-TATAAATTTTATCTTT----GG---AA-A-AA-----------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TG--CAACCTCCCACCACC-A----CC--
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAGTGTATTGCAA---TTGATATG-----TTGC-A--AATTGTGACAAT---GTAA-T-----TTTCATCCTC----AG---AA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA----TATGC------------A-AAATACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TG--TAAGCACCCATCAC-------CA--AAATA----C---ACGTTAC-------TAGTC
gi|15 : CAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCATTTATTGCAG---TTTATATA-----T-----------GTAAAAGTATGGCAA-AGTAAAGTTCATCTTC----A-------A-AT----------TA----------T-----TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGAgc
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCTTTTATTGCCA---TTCATATG-----TTAC-A--ATCAGTAAAAAAATGGCAA-TGTAAATTTCA-CTGCTGGTAA---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|13 : aTGCAGATACTC--GACTGTTATTTCCA---TAAATAGA-----TTACTACCAACTGTAAACGTGGGCCAA-TGCACATTTTATCTTC-----G---TT-A-AA----------TA--------T-T-----CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGA
gi|12 : AAACA-TC---TATTTGAT-GTA----TAAATATGGTATGTTGA-A--AAGTGTACAATTATGGCAA-TGTAAATTTTATCTTC----AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T-----TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGAC
gi|16 : GACAACC--ATCTTTTATTACTG---TTAATGTG-----CTAC-A--AAGTATAAAAGTATGGCAA-TGTAAATTTCATTTTC----AG---TA-A-AA----------CA--------C-C-----TACG----TTTGC------------A-AAATATAA-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGaataaactaat
gi|9 : TCTTTTACAGTAAACATTAATATG-----TTAC-A--AAGTATGGAATTGTGAAAA-TTTATGTTTCATTTTC----TT---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCAAGTAACTAACCA---ACCACC-A----TC--AAA
gi|27 : TCTTTTATTACAA---TTAATATG-----TTTC-A--AAGTGTAAAAGTGTG
gi|7 : CTTATATTGTAT---TTTATATG-----TTAC-A--AACTGTGAAAGTTTGGCAA-TGTAATTTTTCTCTTT----TG---TACACAA----------TT--------G-T-----TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGTT--T---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTGCGTG--AAA--ACCCACCACC-A----CCA-AAAGAG---TTAAAAGTTAA-------AAcc
gi|3 : TGCAA---ATGATATG-----TTTC-A--AAGCGTAAACGTGTTGTAA-TGAAAATTTCATTTTC----TG---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT--AAT------TGAAGA----AC----------------------------ATA--TAAAACTGACTA--TG--TTACCATC---CATT-AACATCC--ATACAG---CAAAACGTCACTAGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--A-TAATTGCAA-AAGTTATTAAAAagttaccagtcgcagt
gi|4 : aaacaagagcgccgcaaaactgacctcgcctacctgAATATG-----TTGC-A--AAGTGTAAAAGTATGGCAAATATG--TTGCA----A----AGAATTA-A-AG----------TA--------C-GGCAAATATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAA----TCTCATCTCT-----------------GG--TAAAAA--AATGACTA------CCACCACCTA--AATAG----TC--AA-TAA---CTACATGT-----------AGTCTCAGTAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT--TT-TCAA-TAATTACATTTA--TAATTAAAGtcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|22 : GTAA-TGTTAATTTTATCTTC----GG---TA-A-AA----------TA--------C-T-----TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------tcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|1 : tt----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAAAAT----AACCAC-TGCCAA-----------AAATAGTTTCTA---GTTAT-------TAGTCCCAGTAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT--TT-T--GATAAT----ATAA--TAATTAAAGaa
gi|21 : gtaaagcgtaA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TG--TAACCACCCACCATC-A----CCAAAAATAG---TTAAAAGTTAC-------tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|29 : tAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGAtatttgcagta
gi|28 : T--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1111111111111111111111 1111111111 1111 2222222222222222222222 11111 222222222222222222222 1111 2222222 111 22222222
lowQualScore : 77 5 1 44444 44 11 44 2 444 444 0 333 55555 44 444 2 2 1111111111111111111111 444 5555 11 0000000000 2 4 1 1 77777 999 333 0000 2222222222222222222222 2 888 4 33333 444444444444444444444 3 1111 1 1111111 3 2 1 777 4 22 66666666 77
lowQualScore : .. . . ..... .. .. .. . ... ... . ... ..... .. ... . . ...................... ... .... .. .......... . . . . ..... ... ... .... ...................... . ... . ..... ..................... . .... . ....... . . . ... . .. ........ ..
lowQualScore : 00 0 0 33333 88 22 66 7 777 111 9 999 66666 44 111 4 4 0000000000000000000000 111 3333 99 3333333333 2 3 7 0 88888 555 555 5555 5555555555555555555555 1 777 0 66666 222222222222222222222 0 0000 5 7777777 0 5 0 555 0 22 88888888 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACGGTTCTAAA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCA---ATGT-----AAATTTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTACT---AGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATGNCTACGGTTNTAAA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCA---ATGT-----AAATTTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCACCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTACN---AGTCTCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGTATGTGANTTGTATTTTAAT---ATAATACGTATT---TTT--ATAATTGCAATAATAATTAAAG
gi|1 : GTAAAGCGTAAAAAAATGGCA---ATGT-----AAATTTCATC
gi|1 : ----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAA--AATAACC-ACT-GCCA--A-----AAA----T----AGTTTCT-A-----GTTATT---AGTCCCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT---TTTG-ATAAT----ATAATAATTAAAGggcggatagaccggactgacaaaataaccactgccaaaaatagtttctagttattagtcccagtaaaagtgatatatccagcatgtgagttgtattttaatataatatgtatttttgataatataataattaaagtcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|10 : gtaaagcgtaA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTTC--ACACTCAAGTCC-ATGATGGCAG---TTAATA---TGTTGCAAAATATAAAATTATGGCA---ATAT-----AAATTTTATCTTT-GG---AA-A-AA---------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TGCAACC-TCCCACCACCA-CC--tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|11 : ATGGTTGTAAATGGAACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-AC-C--ATTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAATTATGGCA---ATGT-----AAATTTCATGTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------CTT---TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----A
gi|12 : ataagtcTA---TGTTGAAAAGTGTACAATTATGGCA---ATGT-----AAATTTTATCTTC-AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T---TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGACAA--Tgc
gi|13 : aaacatctatttgatgtataaatatggTGCAGATACTC--GACT-GTTATTTCCA---TAAATAGATTACTACCAACTGTAAACGTGGGCCA---ATGC-----ACATTTTATCTTC-GT---T--A-AA----------TA--------T-T---CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGAaaactaat
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCT-TTTATTGCCA---TTCATA---TGTTACAATCAGTAAAAAAATGGCA---ATGT-----AAATTTCA-CTGCTGGTAATA-A-AA----------TA--------C-T---TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|15 : aCAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCA-TTTATTGCAG---TTTATA---TAT--------GTAAAAGTATGGCA---AAGT-----AAAGTTCATCTTC-------A-A-AT----------TA----------T---TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGA
gi|16 : GACAACC--ATCT-TTTATTACTG---TTAATG---TGCTACAAAGTATAAAAGTATGGCA---ATGT-----AAATTTCATTTTC-AG---TA-A-AA----------CA--------C-C---TACG----TTTGC----------AAA-ATATA--A-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTG
gi|18 : AAA-----CAAGAGAACCGCA-------GCAGATGCTC--GTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGACA---ATGT-----TAATTTCATCCTC-GT---TA-A-GA----------TA--------C-T---T
gi|2 : taTTCTAAA-----CTAGAGCAGAGCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCT-TTTATTGCAA---TAAATA---CATTAAAAAGTGTGAAAGTATGGTA---ATAT-----GCATTTCATCTTC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTGTAACC-ACCTGCCACTG-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ATGTTACA---AGTCTAAG-------TAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT---GTT--GTAATTACAATAATATTTAAAG
gi|21 : gagaaaaaatcgggtttattgtctaatatatacatgtacatatacgtcacatgtaattatgtataatatttttcttactatgtttcgttatcaatatttaataatatcattA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TGTAACC-ACCCACCATCA-CCAAAAA----T----AG---TT-AA--AAGTTACT---ATTTGCAG-------TA
gi|22 : tGTA---ATGT-----TAATTTTATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------AA-
gi|27 : ttTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTTCAAAGTGTAAAAGTGTG
gi|28 : GGA-----CT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCTcc
gi|29 : gAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGA
gi|3 : AAA-----CAAGAGCGCCGCAAA-----ACTGAC-CTC--GCCTACCTGT-GCAA---ATGATA---TGTTTCAAAGCGTAAACGTGTTGTA---ATGA-----AAATTTCATTTTC-TG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT----------------A----ATTGAA---------------------GA-ACATATAAAACTGACTA--TGTTACC-ATCCATTAACATCC--ATA----C----AG---CA-AA--ACGTCACT---AGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--ATAATTGCAAAAGTTATTAAA
gi|4 : AATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAAATATGTTGCAAAGAATTAAAGTAC-GG---CA-A-A---------------------------TATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAATCTCATCTCT---------------------GG--TAAAAA--AATGACTA------------CCACCACC---T--AAA----T----AG---TC-AATAAC--TACATGTAGTCTCAG-------TAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT---TTTCAATAATTACATTTATAATTAAAGatcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACA-TTCTTAA-----CAAGAGTACCTCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTTCAATGTGTAACAGTCTGGCA---ATAC-----AAA-TTCACCTCC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---CATACATTTATAT----------GTA-AAATAACA-----CT---TTCTT---TGCAAA----AT-AA-----------------------A-ATAG-TAGGtcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|6 : AA-----CCGGAGCACCATGATCGGGTCCAGATG------TGT-TTCATTGCCA---TTAATA---TGCTGCGAAGTGTAACAGTCTGGCA---ATGC-----AAATTTTAACCTC-GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTATATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTA--GCTAACC-ACCCGCCACt
gi|7 : cCT-TATATTGTAT---TTTATA---TGTTACAAACTGTGAAAGTTTGGCA---ATGT-----AATTTTTCTCTTT-TG---TACACAA----------TT--------G-T---TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGT--TT---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTG--CGTGAAA-ACCCACCACCA-CC--AAAAGAGTTAAAAG---TTAAA--AAGTTACC---AGTCGCAG-------T
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAG-TGTATTGCAA---TTGATA---TGTTGCAAATTGT--------GACA---ATGT-----AATTTTCATCCTC-AG---AA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-A--TACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TGTAAGC-ACCCATCACCA-----AAA----T----A----C------ACGTTACT---AGTC
gi|9 : TCT-TTTACAGTAAACATTAATA---TGTTACAAAGTATGGAATTGTGAAA---ATTT-----ATGTTTCATTTTC-TT---TA-A-AA----------TA--------C-T---TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCA--AGTAACTAACCAACCACCA-TC--AAA----gc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 11 11 4444444 11111 1111111111111111111111 11111111111 1111 2222222222222222222222 11111 222222222222222222222 111 2222222 111 22222222
lowQualScore : 4444 88 4 88 88 4444444 44444 44 11 44 2 444 444 0 666666 33 44 444 2 2 1111111111111111111111 444 5555 11 00000000000 2 1 1 1 77777 999 333 0000 2222222222222222222222 2 888 4 33 33333 444444444444444444444 3 000 1 1111111 1 1 1 777 1 0 66666666 44
lowQualScore : .... .. . .. .. ....... ..... .. .. .. . ... ... . ...... .. .. ... . . ...................... ... .... .. ........... . . . . ..... ... ... .... ...................... . ... . .. ..... ..................... . ... . ....... . . . ... . . ........ ..
lowQualScore : 0000 00 0 00 00 0000000 33333 88 22 66 7 777 111 9 444444 11 44 111 4 4 0000000000000000000000 111 3333 99 88888888888 2 6 7 0 88888 555 555 5555 5555555555555555555555 1 777 0 77 44444 222222222222222222222 0 000 5 7777777 0 0 2 555 0 2 88888888 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATAGC--TACG-TTCTAAA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGC--TACGGTTCTAAA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
gi|1 : GTAAAGCGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCATC
gi|1 : ----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAA--AATAACC-ACT-GCCA--A-----AAA----T----AGTTTCT-A-----GTTAT---TAGTCCCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT---TTTG-ATAAT----ATAATAATTAAAGggcggatagaccggactgacaaaataaccactgccaaaaatagtttctagttattagtcccagtaaaagtgatatatccagcatgtgagttgtattttaatataatatgtatttttgataatataataattaaagtcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|10 : gtaaagcgtaA-----CAAGAGCACCGCAAGCGGGTTC--ACACTCAAGTCC-ATGATGGCAG---TTAATA---TGTTGCAAAATATAAAATTATGGCAA------TATAAAT--TTTATCTTT-GG---AA-A-AA---------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TGCAACC-TCCCACCACCA-CC--tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|11 : AGT--CATGGTTGTAAATGGAACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-AC-C--ATTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATGTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------CTT---TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----A
gi|12 : ataTA---TGTTGAAAAGTGTACAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTTATCTTC-AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T---TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGACAA--Tgc
gi|13 : aaacatctatttgatgtataaatatggTGCAGATACTC--GACT-GTTATTTCCA---TAAATAGATTACTACCAACTGTAAACGTGGGCCAA------TGCACAT--TTTATCTTC-GT---T--A-AA----------TA--------T-T---CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGAaaactaat
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCT-TTTATTGCCA---TTCATA---TGTTACAATCAGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCA-CTGCTGGTAATA-A-AA----------TA--------C-T---TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|15 : aCAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCA-TTTATTGCAG---TTTATA---TAT--------GTAAAAGTATGGCAA------AGTAAAG--TTCATCTTC-------A-A-AT----------TA----------T---TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGA
gi|16 : GACAACC--ATCT-TTTATTACTG---TTAATG---TGCTACAAAGTATAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATTTTC-AG---TA-A-AA----------CA--------C-C---TACG----TTTGC----------AAA-ATATA--A-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTG
gi|18 : AAA-----CAAGAGAACCGCA-------GCAGATGCTC--GTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGACAA------TGTTAAT--TTCATCCTC-GT---TA-A-GA----------TA--------C-T---T
gi|2 : taTACTATGTTT----CGTTAT--CAATATTT--AAT--AATATCATT----TTCTAAA-----CTAGAGCAGAGCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCT-TTTATTGCAA---TAAATA---CATTAAAAAGTGTGAAAGTATGGTAA------TATGCAT--TTCATCTTC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTGTAACC-ACCTGCCACTG-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ATGTTAC---AAGTCTAAG-------TAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT---GTT--GTAATTACAATAATATTTAAAG
gi|21 : gagaaaaaatcgggtttattgtctaatatatacatgtacatatacgtcacatgtaattatgtataatatttttctA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TGTAACC-ACCCACCATCA-CCAAAAA----T----AG---TT-AA--AAGTTAC---TATTTGCAG-------TA
gi|22 : tGTAA------TGTTAAT--TTTATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------AA-
gi|27 : ttTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTTCAAAGTGTAAAAGTGTG
gi|28 : GGA-----CT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCTcc
gi|29 : gAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGA
gi|3 : AAA-----CAAGAGCGCCGCAAA-----ACTGAC-CTC--GCCTACCTGT-GCAA---ATGATA---TGTTTCAAAGCGTAAACGTGTTGTAA------TGAAAAT--TTCATTTTC-TG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT----------------A----ATTGAA---------------------GA-ACATATAAAACTGACTA--TGTTACC-ATCCATTAACATCC--ATA----C----AG---CA-AA--ACGTCAC---TAGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--ATAATTGCAAAAGTTATTAAA
gi|4 : AATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAAATATGTTGCAAAGAATTAAAGTAC-GG---CA-A-A---------------------------TATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAATCTCATCTCT---------------------GG--TAAAAA--AATGACTA---------------CCACCA-CCT-AAA----T----AG---TC-AATAAC--TACATGTAGTCTCAG-------TAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT---TTTCAATAATTACATTTATAATTAAAGatcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGC--TACA-TTCTTAA-----CAAGAGTACCTCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTTCAATGTGTAACAGTCTGGCAA------TACAAA---TTCACCTCC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---CATACATTTATAT----------GTA-AAATAACA-----CT---TTCTT---TGCAAA----AT-AA-----------------------A-ATAG-TAGGtcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|6 : AA-----CCGGAGCACCATGATCGGGTCCAGATG------TGT-TTCATTGCCA---TTAATA---TGCTGCGAAGTGTAACAGTCTGGCAA------TGCAAAT--TTTAACCTC-GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTATATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTA--GCTAACC-ACCCGCCACt
gi|7 : cCT-TATATTGTAT---TTTATA---TGTTACAAACTGTGAAAGTTTGGCAA------TGTAATT--TTTCTCTTT-TG---TACACAA----------TT--------G-T---TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGT--TT---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTG--CGTGAAA-ACCCACCACCA-CC--AAAAGAGTTAAAAG---TTAAA--AAGTTAC---CAGTCGCAG-------T
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAG-TGTATTGCAA---TTGATA---TGTTGCAAATTGT--------GACAA------TGTAATT--TTCATCCTC-AG---AA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC------------A-AAATACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TGTAAGC-ACCCATCACCA-----AAA----T----A----C------ACGTTAC---TAGTC
gi|9 : TCT-TTTACAGTAAACATTAATA---TGTTACAAAGTATGGAATTGTGAAAA------TTTATGT--TTCATTTTC-TT---TA-A-AA----------TA--------C-T---TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCA--AGTAACTAACCAACCACCA-TC--AAA----gc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 11 11 1 1 1111111111111111111111 11111111111 1111 2222222222222222222222 11111 222222222222222222222 111 2222222 111 22222222
lowQualScore : 4444 88 1 88 88 2 5 0 44 11 44 2 444 444 0 666666 33 44 444 2 2 1111111111111111111111 444 5555 11 00000000000 2 1 1 1 77777 999 333 0000 2222222222222222222222 2 888 4 33 33333 444444444444444444444 3 000 1 1111111 1 1 1 777 1 0 66666666 44
lowQualScore : .... .. . .. .. . . . .. .. .. . ... ... . ...... .. .. ... . . ...................... ... .... .. ........... . . . . ..... ... ... .... ...................... . ... . .. ..... ..................... . ... . ....... . . . ... . . ........ ..
lowQualScore : 0000 00 0 00 00 5 5 5 88 22 66 7 777 111 9 444444 11 44 111 4 4 0000000000000000000000 111 3333 99 88888888888 2 6 7 0 88888 555 555 5555 5555555555555555555555 1 777 0 77 44444 222222222222222222222 0 000 5 7777777 0 0 2 555 0 2 88888888 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATAGCTACGTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
gi|1 : GTAAAGCGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCATC
gi|1 : ----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAA--AATAACC-ACT-GCCA--A-----AAA----T----AGTTTCT-A-----GTTAT---TAGTCCCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT---TTTG-ATAAT----ATAATAATTAAAGggcggatagaccggactgacaaaataaccactgccaaaaatagtttctagttattagtcccagtaaaagtgatatatccagcatgtgagttgtattttaatataatatgtatttttgataatataataattaaagtcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|10 : gtaaagcgtaACAAGAGCACCGCAAGCGGGTTC--ACACTCAAGTCC-ATGATGGCAG---TTAATA---TGTTGCAAAATATAAAATTATGGCAA------TATAAAT--TTTATCTTT-GG---AA-A-AA---------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TGCAACC-TCCCACCACCA-CC--tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|11 : AACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-AC-C--ATTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATGTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------CTT---TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----A
gi|12 : ataagtcatggttgtaaatggTA---TGTTGAAAAGTGTACAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTTATCTTC-AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T---TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGACAA--Tgc
gi|13 : aaacatctatttgatgtataaatatggTGCAGATACTC--GACT-GTTATTTCCA---TAAATAGATTACTACCAACTGTAAACGTGGGCCAA------TGCACAT--TTTATCTTC-GT---T--A-AA----------TA--------T-T---CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGAaaactaat
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCT-TTTATTGCCA---TTCATA---TGTTACAATCAGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCA-CTGCTGGTAATA-A-AA----------TA--------C-T---TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|15 : aCAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCA-TTTATTGCAG---TTTATA---TAT--------GTAAAAGTATGGCAA------AGTAAAG--TTCATCTTC-------A-A-AT----------TA----------T---TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGA
gi|16 : GACAACC--ATCT-TTTATTACTG---TTAATG---TGCTACAAAGTATAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATTTTC-AG---TA-A-AA----------CA--------C-C---TACG----TTTGC----------AAA-ATATA--A-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTG
gi|18 : AAACAAGAGAACCGCA-------GCAGATGCTC--GTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGACAA------TGTTAAT--TTCATCCTC-GT---TA-A-GA----------TA--------C-T---T
gi|2 : taTACTATGTTT----CGTTAT--CAATATTT--AAT--AATATC-ATTTTCTAAACTAGAGCAGAGCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCT-TTTATTGCAA---TAAATA---CATTAAAAAGTGTGAAAGTATGGTAA------TATGCAT--TTCATCTTC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTGTAACC-ACCTGCCACTG-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ATGTTAC---AAGTCTAAG-------TAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT---GTT--GTAATTACAATAATATTTAAAG
gi|21 : gagaaaaaatcgggtttattgtctaatatatacatgtacatatacgtcacatgtaattatgtataatatttttctA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TGTAACC-ACCCACCATCA-CCAAAAA----T----AG---TT-AA--AAGTTAC---TATTTGCAG-------TA
gi|22 : tGTAA------TGTTAAT--TTTATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------AA-
gi|27 : ttTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTTCAAAGTGTAAAAGTGTG
gi|28 : GGA-----CT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCTcc
gi|29 : gAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGA
gi|3 : AAACAAGAGCGCCGCAAA-----ACTGAC-CTC--GCCTACCTGT-GCAA---ATGATA---TGTTTCAAAGCGTAAACGTGTTGTAA------TGAAAAT--TTCATTTTC-TG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT----------------A----ATTGAA---------------------GA-ACATATAAAACTGACTA--TGTTACC-ATCCATTAACATCC--ATA----C----AG---CA-AA--ACGTCAC---TAGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--ATAATTGCAAAAGTTATTAAA
gi|4 : AATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAAATATGTTGCAAAGAATTAAAGTAC-GG---CA-A-A---------------------------TATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAATCTCATCTCT---------------------GG--TAAAAA--AATGACTA---------------CCACCA-CCT-AAA----T----AG---TC-AATAAC--TACATGTAGTCTCAG-------TAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT---TTTCAATAATTACATTTATAATTAAAGatcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACATTCTTAACAAGAGTACCTCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTTCAATGTGTAACAGTCTGGCAA------TACAAA---TTCACCTCC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---CATACATTTATAT----------GTA-AAATAACA-----CT---TTCTT---TGCAAA----AT-AA-----------------------A-ATAG-TAGGtcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|6 : AACCGGAGCACCATGATCGGGTCCAGATG------TGT-TTCATTGCCA---TTAATA---TGCTGCGAAGTGTAACAGTCTGGCAA------TGCAAAT--TTTAACCTC-GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTATATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTA--GCTAACC-ACCCGCCACt
gi|7 : cCT-TATATTGTAT---TTTATA---TGTTACAAACTGTGAAAGTTTGGCAA------TGTAATT--TTTCTCTTT-TG---TACACAA----------TT--------G-T---TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGT--TT---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTG--CGTGAAA-ACCCACCACCA-CC--AAAAGAGTTAAAAG---TTAAA--AAGTTAC---CAGTCGCAG-------T
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAG-TGTATTGCAA---TTGATA---TGTTGCAAATTGT--------GACAA------TGTAATT--TTCATCCTC-AG---AA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC------------A-AAATACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TGTAAGC-ACCCATCACCA-----AAA----T----A----C------ACGTTAC---TAGTC
gi|9 : TCT-TTTACAGTAAACATTAATA---TGTTACAAAGTATGGAATTGTGAAAA------TTTATGT--TTCATTTTC-TT---TA-A-AA----------TA--------C-T---TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCA--AGTAACTAACCAACCACCA-TC--AAA----gc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 11 11 1 1111111111111111111111 11111111111 1111 2222222222222222222222 11111 222222222222222222222 111 2222222 111 22222222
lowQualScore : 4444 88 1 88 88 1 5 1 44 11 44 2 444 444 0 666666 33 44 444 2 2 1111111111111111111111 444 5555 11 00000000000 2 1 1 1 77777 999 333 0000 2222222222222222222222 2 888 4 33 33333 444444444444444444444 3 000 1 1111111 1 1 1 777 1 0 66666666 44
lowQualScore : .... .. . .. .. . . . .. .. .. . ... ... . ...... .. .. ... . . ...................... ... .... .. ........... . . . . ..... ... ... .... ...................... . ... . .. ..... ..................... . ... . ....... . . . ... . . ........ ..
lowQualScore : 0000 00 0 00 00 0 5 0 88 22 66 7 777 111 9 444444 11 44 111 4 4 0000000000000000000000 111 3333 99 88888888888 2 6 7 0 88888 555 555 5555 5555555555555555555555 1 777 0 77 44444 222222222222222222222 0 000 5 7777777 0 0 2 555 0 2 88888888 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
gi|1 : GTAAAGCGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCATC
gi|1 : ----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAA--AATAACC-ACT-GCCA--A-----AAA----T----AGTTTCT-A-----GTTAT---TAGTCCCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT---TTTG-ATAAT----ATAATAATTAAAGggcggatagaccggactgacaaaataaccactgccaaaaatagtttctagttattagtcccagtaaaagtgatatatccagcatgtgagttgtattttaatataatatgtatttttgataatataataattaaagtcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|10 : gtaaagcgtaACAAGAGCACCGCAAGCGGGTTC--ACACTCAAGTCC-ATGATGGCAG---TTAATA---TGTTGCAAAATATAAAATTATGGCAA------TATAAAT--TTTATCTTT-GG---AA-A-AA---------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TGCAACC-TCCCACCACCA-CC--tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|11 : AACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-AC-C--ATTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATGTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------CTT---TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----A
gi|12 : ataagtcatggttgtaaatggTA---TGTTGAAAAGTGTACAATTATGGCAA------TGTAAAT--TTTATCTTC-AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T---TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGACAA--Tgc
gi|13 : aaacatctatttgatgtataaatatggTGCAGATACTC--GACT-GTTATTTCCA---TAAATAGATTACTACCAACTGTAAACGTGGGCCAA------TGCACAT--TTTATCTTC-GT---T--A-AA----------TA--------T-T---CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGAaaactaat
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCT-TTTATTGCCA---TTCATA---TGTTACAATCAGTAAAAAAATGGCAA------TGTAAAT--TTCA-CTGCTGGTAATA-A-AA----------TA--------C-T---TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|15 : aCAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCA-TTTATTGCAG---TTTATA---TAT--------GTAAAAGTATGGCAA------AGTAAAG--TTCATCTTC-------A-A-AT----------TA----------T---TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGA
gi|16 : GACAACC--ATCT-TTTATTACTG---TTAATG---TGCTACAAAGTATAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATTTTC-AG---TA-A-AA----------CA--------C-C---TACG----TTTGC----------AAA-ATATA--A-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTG
gi|18 : AAACAAGAGAACCGCA-------GCAGATGCTC--GTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGACAA------TGTTAAT--TTCATCCTC-GT---TA-A-GA----------TA--------C-T---T
gi|2 : taTACTATGTTT----CGTTAT--CAATATTT--AAT--AATATC-ATTTTCTAAACTAGAGCAGAGCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCT-TTTATTGCAA---TAAATA---CATTAAAAAGTGTGAAAGTATGGTAA------TATGCAT--TTCATCTTC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTGTAACC-ACCTGCCACTG-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ATGTTAC---AAGTCTAAG-------TAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT---GTT--GTAATTACAATAATATTTAAAG
gi|21 : gagaaaaaatcgggtttattgtctaatatatacatgtacatatacgtcacatgtaattatgtataatatttttctA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TGTAACC-ACCCACCATCA-CCAAAAA----T----AG---TT-AA--AAGTTAC---TATTTGCAG-------TA
gi|22 : tGTAA------TGTTAAT--TTTATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------AA-
gi|27 : ttTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTTCAAAGTGTAAAAGTGTG
gi|28 : GGA-----CT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCTcc
gi|29 : gAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGA
gi|3 : AAACAAGAGCGCCGCAAA-----ACTGAC-CTC--GCCTACCTGT-GCAA---ATGATA---TGTTTCAAAGCGTAAACGTGTTGTAA------TGAAAAT--TTCATTTTC-TG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT----------------A----ATTGAA---------------------GA-ACATATAAAACTGACTA--TGTTACC-ATCCATTAACATCC--ATA----C----AG---CA-AA--ACGTCAC---TAGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--ATAATTGCAAAAGTTATTAAA
gi|4 : AATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAAATATGTTGCAAAGAATTAAAGTAC-GG---CA-A-A---------------------------TATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAATCTCATCTCT---------------------GG--TAAAAA--AATGACTA---------------CCACCA-CCT-AAA----T----AG---TC-AATAAC--TACATGTAGTCTCAG-------TAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT---TTTCAATAATTACATTTATAATTAAAGatcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACATTCTTAACAAGAGTACCTCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTTCAATGTGTAACAGTCTGGCAA------TACAAA---TTCACCTCC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---CATACATTTATAT----------GTA-AAATAACA-----CT---TTCTT---TGCAAA----AT-AA-----------------------A-ATAG-TAGGtcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|6 : AACCGGAGCACCATGATCGGGTCCAGATG------TGT-TTCATTGCCA---TTAATA---TGCTGCGAAGTGTAACAGTCTGGCAA------TGCAAAT--TTTAACCTC-GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTATATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTA--GCTAACC-ACCCGCCACt
gi|7 : cCT-TATATTGTAT---TTTATA---TGTTACAAACTGTGAAAGTTTGGCAA------TGTAATT--TTTCTCTTT-TG---TACACAA----------TT--------G-T---TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGT--TT---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTG--CGTGAAA-ACCCACCACCA-CC--AAAAGAGTTAAAAG---TTAAA--AAGTTAC---CAGTCGCAG-------T
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAG-TGTATTGCAA---TTGATA---TGTTGCAAATTGT--------GACAA------TGTAATT--TTCATCCTC-AG---AA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC------------A-AAATACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TGTAAGC-ACCCATCACCA-----AAA----T----A----C------ACGTTAC---TAGTC
gi|9 : TCT-TTTACAGTAAACATTAATA---TGTTACAAAGTATGGAATTGTGAAAA------TTTATGT--TTCATTTTC-TT---TA-A-AA----------TA--------C-T---TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCA--AGTAACTAACCAACCACCA-TC--AAA----gc
blockSeqs : AACA GT A CA GT G T A TC AC . A ACA GAT ATATGT AA TG TAA C C ATCAAAAATATAC GTA CATT TG ATATGGAATAA C A C G CAATT AAG AAA TCTC CAAAAACATATATATCTATCTA C GGT A CA CCAA AGAGTTAAAAGTTAAA T ATG T GTCTCAA G C A TGA T CAATAT TA
blockSeqs : GA AC . . . . . . G . . . TAATAAAATGC . . GA A . A C G GT AG . C A . T . TG TCC TAGTCAATA A . G . T C T . A TTTCA TG
blockSeqs : GC GC . . . . . . A . . . TACT . . TG A . C C A . A . . T . T . CA CCT TAGCTAA C . T . G G A . T GTT TA
blockSeqs : GT GC . . . . . . G . . . TAT . . TG A . A T G . T . . T . T . CA CC TAGTTAA C . T .
blockSeqs : TC AA . . . . . . A . . . TAC . . TG A . A T G . A . . T . T . CG CC CAGCAAA A . G .
blockSeqs : GT GC . . . . . . G . . . CAC . . TG A . T T A . A . . A . G . CA CC TAC C .
blockSeqs : A GC . . . . . . A . . . TAC . . TG A . A A G . G . . T . C . CA TC
blockSeqs : . GC . . . . . . G . . . TAC . . TA A . A T A . G . . T . T . AA .
blockSeqs : A . . . . . . T . . . TAC . . TA A . G T G . A . . T . A . .
blockSeqs : C . . . . . . G . . . TAC . . TG A . A T G . A . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . A . . . TAC . . TG G . T T A . G . . T .
blockSeqs : . . . . . G . . . TTG . . CG A . A T A . G . . A .
blockSeqs : . . . . . T . . . TAC . . . A . T T C . A . . T .
blockSeqs : . . . . . A . . . TAC . . . . . A T G . G . . T .
blockSeqs : . . . T . . . TA . . . . . A . G . G . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . A .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** TAC******************* TG **** CA CC*** TAGCTAAA*************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CT-AA--ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAA------TGTAAAT--TTCATCTTC-GG---TA-A-AATAC-------------------T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCACCACCACC---AAATAGCTAAA-------------ACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 11 11 1 1111111111111111111111 1111111111 1111 2222222222222222222222 11111 2222222222222222222 111 2222222 111 22222222
lowQualScore : 4444 88 1 88 88 1 5 1 44 11 44 2 444 444 0 888888888 22 44 444 2 2 1111111111111111111111 444 5555 11 0000000000 2 4 1 1 77777 999 333 0000 2222222222222222222222 2 888 4 1 33333 6666666666666666666 6 000 1 1111111 1 1 1 777 1 0 66666666 44
lowQualScore : .... .. . .. .. . . . .. .. .. . ... ... . ......... .. .. ... . . ...................... ... .... .. .......... . . . . ..... ... ... .... ...................... . ... . . ..... ................... . ... . ....... . . . ... . . ........ ..
lowQualScore : 0000 00 0 00 00 0 5 0 88 22 66 7 777 111 9 999999999 99 44 111 4 4 0000000000000000000000 111 3333 99 3333333333 2 3 7 0 88888 555 555 5555 5555555555555555555555 1 777 0 6 44444 6666666666666666666 6 000 5 7777777 0 0 2 555 0 2 88888888 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAA---------AAGTATG--GCAATGTAAATTTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCGCCACCA-CC--AAA----T----AG---CTAA-AACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
Reference ( family-2114 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATGCTTAACACGTCATGTCAGNATTTCAAATGTAATANCTACNTTCTAAACAAGAGCACCGCAAGCGGGTGCAGACGCTC--GTCT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAA---------AAGTATG--GCAATGTAAATTTCATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGGA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GA-ATAGATAGGACTGACTA--TGTAACC-ACCCACCACCA-CC--AAA----T----AG---CTAA-AACGTTAC---TAGTCTCAG-------TAAAAGTGANATATCCAGTATGTNAATTGTATTTTAAT---ATNGTATGTATT---TTT--ATAATTACAATAATAATTAAAG
gi|1 : GTAAAGCGTAA---------AAAAATG--GCAATGTAAATTTCATC
gi|1 : ----------AAA-AAATGGCA-----AT--GT----------AAATTTCATCGGC---------------------GG-ATAGACCGGACTGACAA--AATAACC-ACT-GCCA--A-----AAA----T----AGTTTCTA-----GTTAT---TAGTCCCAG-------TAAAAGTGATATATCCAGCATGTGAGTTGTATTTTAAT---ATAATATGTATT---TTTG-ATAAT----ATAATAATTAAAGggcggatagaccggactgacaaaataaccactgccaaaaatagtttctagttattagtcccagtaaaagtgatatatccagcatgtgagttgtattttaatataatatgtatttttgataatataataattaaagtcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|10 : gtaaagcgtaACAAGAGCACCGCAAGCGGGTTC--ACACTCAAGTCC-ATGATGGCAG---TTAATA---TGTTGCAAAATATAA---------AATTATG--GCAATATAAATTTTATCTTT-GG---AA-A-AA---------------------------ATG----TAT------------AA--------------------TTTTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------G-----GATAGGACTGATTA--TGCAACC-TCCCACCACCA-CC--tcgccatggtgtttaagggtaatacatacagtagtattacagtacgagtttactgtaatacaaaataaaataaatcaaaacattatgtggttgtatgttttataaaacttggcttgaacacatcttgagtttagattcaatgatttatgatgatgatatgaacaagatgtatgtggtaggttaaaacagtctaatataaaagcgtttcctaaagtttagttaccatatcagcagcc
gi|11 : AACAGAAGCACCGCAATCGA-TGCAGA-AC-C--ATTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAA---------AATTATG--GCAATGTAAATTTCATGTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------CTT---TATA----TATGC--------------AAACAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----A
gi|12 : ataagtcatggttgtaaatggTA---TGTTGAAAAGTGTAC---------AATTATG--GCAATGTAAATTTTATCTTC-AG---TA-A-AA----------TAATAAAATGC-T---TAT-----TA-------------ACA-AAACAGGA-----AT--TTTTTT---TATAAG----ATCAAT---------------------AG-ATAGATAAGACTGACAA--Tgc
gi|13 : aaacatctatttgatgtataaatatggTGCAGATACTC--GACT-GTTATTTCCA---TAAATAGATTACTACCAACTGTAA---------ACGTGGG--CCAATGCACATTTTATCTTC-GT---T--A-AA----------TA--------T-T---CATA----TAGAC----------AAA-ACACAAAACAATTAT--ATTGCT---TGTAAA----ATCAAT---------------------GACAAATATAGGAaaactaat
gi|14 : GTGCAGATGCTT--GTCT-TTTATTGCCA---TTCATA---TGTTACAATCAGTAA---------AAAAATG--GCAATGTAAATTTCA-CTGCTGGTAATA-A-AA----------TA--------C-T---TATA--------C----------AAACAAATAGGA-----AT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGA
gi|15 : aCAAGAAGGTGAAGACGCTT--GTCA-TTTATTGCAG---TTTATA---TAT--------GTAA---------AAGTATG--GCAAAGTAAAGTTCATCTTC-------A-A-AT----------TA----------T---TATT----TATGC----------AAT-AAA--GGG-----AT--GCTCTT---TGTAAA----ATCAAA---------------------GA-ATAGATAGGACTGA
gi|16 : GACAACC--ATCT-TTTATTACTG---TTAATG---TGCTACAAAGTATAA---------AAGTATG--GCAATGTAAATTTCATTTTC-AG---TA-A-AA----------CA--------C-C---TACG----TTTGC----------AAA-ATATA--A-----ATA-GTTC-----AGTTAA----ATGAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTG
gi|18 : AAACAAGAGAACCGCA-------GCAGATGCTC--GTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTGCAAAGTGTAA---------AAGTATG--ACAATGTTAATTTCATCCTC-GT---TA-A-GA----------TA--------C-T---T
gi|2 : taTACTATGTTT----CGTTAT--CAATATTT--AAT--AATATC-ATTTTCTAAACTAGAGCAGAGCAAGCGGGTGAAGACA-TC--GTCT-TTTATTGCAA---TAAATA---CATTAAAAAGTGTGA---------AAGTATG--GTAATATGCATTTCATCTTC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-AAATAGAA-----AT--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAT---------------------GG-ATAGATAGGACTGACTAGGTGTAACC-ACCTGCCACTG-CC--AAA----T----AG---CT-A-AATGTTAC---AAGTCTAAG-------TAAAAGTAAGATATCCAATATGTCAATTGTATTTCAAT---ATTGTATATGTT---GTT--GTAATTACAATAATATTTAAAG
gi|21 : gagaaaaaatcgggtttattgtctaatatatacatgtacatatacgtcacatgtaattatgtataatatttttctA-AAA-AGGA-----AT---TTCCT---TATAAA----ATGAA-------------------------AGCGGTAGGACCGAGTA--TGTAACC-ACCCACCATCA-CCAAAAA----T----AG---TTAA-AA-GTTAC---TATTTGCAG-------TA
gi|22 : t--GTAATGTTAATTTTATCTTC-GG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----CATGTATATGGAATAAAA-AGAAAGAA-----AT--ATTCTT---TGTAAAC---AACAAT---------------------AA-
gi|27 : ttTCT-TTTATTACAA---TTAATA---TGTTTCAAAGTGTAA---------AAGTGTG--
gi|28 : GGA-----CT--ATTCTT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ACAGATAGGACTGGCTcc
gi|29 : gAGGA-----AT--GCTCAT---TGTAAA----ATCAAT---------------------AA-ATAGATAGGACTGA
gi|3 : AAACAAGAGCGCCGCAAA-----ACTGAC-CTC--GCCTACCTGT-GCAA---ATGATA---TGTTTCAAAGCGTAA---------ACGTGTT--GTAATGAAAATTTCATTTTC-TG---TA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TG-------------ACC-GAATGGAA-----AT----------------A----ATTGAA---------------------GA-ACATATAAAACTGACTA--TGTTACC-ATCCATTAACATCC--ATA----C----AG---C-AA-AACGTCAC---TAGTCTCAAGTCTCAATAGAAGTGGTATATCCAGTATGTCATTTGTATTTTAATTGAATAGTACGTATTCAATAT--ATAATTGCAAAAGTTATTAAA
gi|4 : AATA---TGTTGCAAAGTGTAAAAGTATGGCAAATATGTTGCAA---AGAATTAAAGTAC-GG---CA-A-A---------------------------TATG----T-TGC----------AAA-GTGTAAAAGT---AT--GGTATTAAATGTTAATCTCATCTCT---------------------GG--TAAAAA--AATGACTA---------------CCACCA-CCT-AAA----T----AG---TCAATAAC--TACATGTAGTCTCAG-------TAAAAGTAAGATATCCAGTATGTGAAATGTATTTTAAT---GTTATATTTATT---TTTCAATAATTACATTTATAATTAAAGatcgctagagtgtttatacaagtacatattggccatatttttcaatgatgtaagggaaattcatacaacaatacaactgtaataaaaaagtact
gi|5 : TACTATGCTTAACATGTCATGTCAGAATTTCAAATGTAATAGCTACATTCTTAACAAGAGTACCTCTAGTGAGTGCAGTCGCTT--GTTT-TTTATTGCAA---TTAATA---TGTTTCAATGTGTAA---------CAGTCTG--GCAATACAAA-TTCACCTCC-AG---TA-A-AA----------TA--------C-T---CATACATTTATAT----------GTA-AAATAACA-----CT---TTCTT---TGCAAA----AT-AA-----------------------A-ATAG-TAGGtcactagcgtgtaacatacttaagaagaaattaaccattttcaatgattttacagtatccctatccactacattaccataatttaaagttacatta
gi|6 : AACCGGAGCACCATGATCGGGTCCAGATG------TGT-TTCATTGCCA---TTAATA---TGCTGCGAAGTGTAA---------CAGTCTG--GCAATGCAAATTTTAACCTC-GG---TA-A-AAATCAAAAATATA--------C-TGTATATA----TATAC----------ACA-ATATAGGA-----AT--AATCTT---TGTAAA----ATCTAT---------------------AA-ATAGATAAAACTGACTA--GCTAACC-ACCCGCCACt
gi|7 : cCT-TATATTGTAT---TTTATA---TGTTACAAACTGTGA---------AAGTTTG--GCAATGTAATTTTTCTCTTT-TG---TACACAA----------TT--------G-T---TA-------ATGC----------AAA-A--TAGGA-----ATAAGT--TT---TGTTAA----ATTAGA---------------------GA-ACAGACAGGACTGATTG--CGTGAAA-ACCCACCACCA-CC--AAAAGAGTTAAAAG---TTAA-AAAGTTAC---CAGTCGCAG-------T
gi|8 : CAAGTGGGTGCAGACGCTC--AAAG-TGTATTGCAA---TTGATA---TGTTGCAAATTGT-----------------G--ACAATGTAATTTTCATCCTC-AG---AA-A-AA----------TA--------C-T---TATA----TATGC----------AAA-A--TACCA-----AA--GTTCTT---TGTAAA----ACCAAA---------------------GT-ATAGATTTGACAAACTA--TGTAAGC-ACCCATCACCA-----AAA----T----A----C-----ACGTTAC---TAGTC
gi|9 : TCT-TTTACAGTAAACATTAATA---TGTTACAAAGTATGG---------AATTGTG--AAAATTTATGTTTCATTTTC-TT---TA-A-AA----------TA--------C-T---TCTA----TACGT-----------AA-AAATAGAA-----AT--GT--TT---TGTAAA----CTCAACAAAAACATATATATCTATCTAGA-ATAGATAGGACTGGCCA--AGTAACTAACCAACCACCA-TC--AAA----gc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAAACCTTAGCTTAAGAACTCATCTTGCGTTTTAATTCATTGAGCTATGGTAATAATATACACAAGATACATATGGTAGCTAGCATGAAAAGATTTCCCAAGTTTAGTTACTATAGCAACA
Unaligned ( gi|19 ): TATGTTTTTGGTTAACCTTAGATTAAGAAAACATCACGAGTTTTAATTTATCGAGTTATGATAATGACATATATAAGATGTATTAGGTAGATTAAAACATCT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAAAAAAGTCAATAATTGCATAGTTCATAAACATATTGCCCCAATGTAAATAAATAGTATATTATACTATTTCAGTACCAATTCTTTTAACTACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATGCAAGATGTATTTGGTATGTAAAAATAATTCTAGTATAAAAGTGCTTCCTCGTTAAGTAACTAAAACAGCAGCAA
Unaligned ( gi|24 ): TGACATGTAAACAAGATGCATTTGATAGGTTAAAATAGCCTAATATGAAAATGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGGTTACCAGACGCCCACAATCAAAGTAGTTTGGAGTACTAGTAAAGGTAAAAATAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAATAAAGATAGTATTTTAATACAATACAACTTATTATGATAAGACCTAA