lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 888888888888888888888888888888 1 33333 1111 111111111111111111111111111111 11
lowQualScore : 77 3 7 0 666666666666666666666666666666 3 3 77777 44 33 33 2 2 0 33 777 666 1 33333 6 0000 888888888888888888888888888888 4 22
lowQualScore : .. . . . .............................. . . ..... .. .. .. . . . .. ... ... . ..... . .... .............................. . ..
lowQualScore : 00 7 7 2 555555555555555555555555555555 5 1 77777 22 99 99 9 9 1 99 999 222 7 00000 7 7777 888888888888888888888888888888 0 00
consensus : TATCATA-NATANATNGGATT---AAAT--NTT--GG-A---TA-----CCGATATAC-T-----T--AAAG--GGACACACG--GCAA-TT-TTGATNAA--TTTTCACTT--AACAC--TTT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCTTCATNGCAAGACATTGTGCAGTTAAATNCCCCAGTACGTA
Reference ( gi|1 ) : TATCATA-CATAGATTGGATT---AAAT--ATT--GG-A---T------CTAATATAC-T-----T--AAAG--GGACACACA--GCAA-TT-TTGATTAA--TTTTCACTT--GACAC--TCTA--TGTGACAATTATG--TATTGATTTT-ATT-CAA-ATA-TG-------AAATACCCCAGTATATATTGGCCATACTTGAATGAT
gi|7 : TATTATAACCTAGATAGTAT----AAGT--AGTCAGGTA---TA-----CTTGTAT-C-T-----T--AAAG--GGACACATA--CCAAATT-TTGATTAA--TTTTCACT
gi|3 : aaTATCACA-AACAAATGGGA-------AT--CTT--G-------------CCAAT---C-T-----T--AAAG--GGACACATG--GCAA-TTATTTTTAAA--TTTCCATTG--AACGT--TCTT--TCTGAAAATTATA--T
gi|2 : aggcagCATA-TATATACTGAAAT---AATTTGACT--GA-A---TAAAGTTTTAATTTTA-T-----TGAAAAA--GGACACACA--GCCA-TT-TTGATGAACTCTCTCACCT--GCCA---TCTG--CATGACGGTTA-----A---------ATT-CAAGATATTG-------AAATTCTCCAGTActatatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : agtaGATTCTAAAAT--TTT--GA-AATAT------CTGATATAC-TGCCTTT--AAAG--GGACATATT--GCAA-TC-ATGGTCAA---TTCCACTT--AACAT--TCTT--TCTAACAATTggcatgctttaaaga
gi|8 : G-A---T------CCAA-AGAC-T-----T--CAAG--GGACACACA--ACAA-TT-TTGGCTAC--TTT--ACTTTGGACACAATTT---TGTAAAAATTATA--T
gi|4 : TATA-----------AAAG--GGACATGTG--ACAA-TT-TT-ATGAA--TTGTCACTT----CAC--TTTACTTTTGAAAAATACGAGTATCTATCTTCATGGCAA-ACA-TGTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTA
gi|16 : TACGT-----T--TAAG--GGACACACA--GCAA-TT-TTGATAAA--TTTTCATT
gi|12 : tcttAC-T-----T--AAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTATAA--TTTTCATTT--AACAC--TTT-----TGAC
gi|13 : tacaAC-T-----T--AAAGAGGGACACATA--GCCG-TT-TTGATGAA--TTTTCACTT--GACCC--T
gi|6 : caacaAC-T-----T--ATAG--GTACGCACG--ACAG-TT-TTGATAAA--TTTTCACTT--GACAG--CATT--TCTGAAAATTATG--att
gi|10 : caagattgtaataatgagaaagAT-T-----T--ACGA--GGATACACA--GCAA-TT-TTCATGAA--TTTTCACTG--AAAAC--TTT---TTTGAAAATTATA--Tat
gi|15 : C-T-----T--AAAG--GGACACACA--GCAA-TT-TTGATAAA--TTTTCAATT--
gi|9 : ttccac-T-----T--AAAG--GGACACATG--ATGG-TT-TTGATAAA--TTTTCACCC--AACtgc
gi|11 : gAG--AGACACCCA--ACCA-TT-TTGATAAA--TTTCCACTT--AACAC--TT----TCTGAAAATTATA--CATttgatttctaaaaaatacataatatctac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1 4444444444444444444444444444 11111 222222222222 77777777777777
lowQualScore : 1 0 1 1 3333333333333333333333333333 3 2 77777 9999999 33 33 1 2 2 2 3 33 555 3 44444 999 0 66 777777777777 22222222222222 1
lowQualScore : . . . . ............................ . . ..... ....... .. .. . . . . . .. ... . ..... ... . .. ............ .............. .
lowQualScore : 0 0 0 0 4444444444444444444444444444 5 9 11111 3333333 77 77 3 7 7 7 6 77 666 3 33333 222 7 99 555555555555 00000000000000 0
consensus : TATCATANA-TAGATNGGATT---AAATNT---T--GG-A-TACC-GATATAC-T-----T-------AAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTCACTT--GACA-C--T--TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCTTCAT--CAAGACATTGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
Reference ( family-2075 ) : TATCATANA-TANATNGGATT---AAATNT---T--GG-A-TACC-GATATAC-T-----T-------AAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTCACTT--AACA-C--T--TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCTTCATNGCAAGACATTGTGCAGTTAAATNCCCCAGTACGTA
gi|1 : TATCATACA-TAGATTGGATT---AAATAT---T--GG-A-T-CT-AATATAC-T-----T-------AAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATTAA--TTTTCACTT--GACA-C--T--CTA--TGTGACAATTATG--TATTGAT-TTTATT-CAAA----TATG-----AAATACCCCAGTATATA
gi|10 : AT-T-----T-------ACGA--GG--ATACACAGCAA-TT-TTC-ATGAA--TTTTCACTG--AAAA-C--T--TT---TTTGAAAATTATA--Tttggccatacttgaatgat
gi|11 : AG--AG--ACACCCAACCA-TT-TTG-ATAAA--TTTCCACTT--AACA-C-----TT---TCTGAAAATTATA--CAT
gi|12 : cttAC-T-----T-------AAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTAT-AA--TTTTCATTT--AACA-C--T--TT---T
gi|13 : tacaAC-T-----T-------AAAGAGGG--ACACATAGCCG-TT-TTG-ATGAA--TTTTCACTT--GACC-C--T--AT---Tgac
gi|15 : caacaC-T-----T-------AAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTCAATT--
gi|16 : ttccacTACGT-----T-------TAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTCATTtgc
gi|2 : tcttCATATA-TATACTGAAAT---AA-TTTGACT--GA-A-TAAA-GTTTTAA-T-----TTTATTGAAAAA--GG--ACACACAGCCA-TT-TTG-ATGAACTCTCTCACCT--GCCA-T--C--TG---CATGACGGTTAAA--T-T------------CAAGATATTG-------AAATTCTCCAGTA
gi|3 : agtaTATCACAAA-CAAATGGGA-------ATCT---T--G------CC-AAT---C-T-----T-------AAAG--GG--ACACATGGCAA-TTATTT-TTAAA--TTTCCATTG--AACG-T--TC-TT---TCTGAAAAT--TA--TATCTATggcatgctttaaaga
gi|4 : aggcagTATA----------------AAAG--GG--ACATGTGACAA-TT-TT--ATGAA--TTGTCACTT----CA-C--T--TTACTTTTGAAAAATACGAGTATCTATCTTCATGGCAA-ACAT-GTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTAatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : GATTCTAAAATTT---T--GA-AATATCTGATATAC-TGCCTTT-------AAAG--GG--ACATATTGCAA-TC-ATG-GTCAA---TTCCACTT--AACA-T--TC-TT---TCTAACAATT
gi|6 : AC-T-----T-------ATAG--GT--ACGCACGACAG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACTT--GACAGC--A--TT---TCTGAAAATTAT
gi|7 : caagattgtaataatgagaaagTATTATAACCTAGATAGTAT----AAGTAG---TCAGGTA-TACT-TGTAT-C-T-----T-------AAAG--GG--ACACATACCAAATT-TTG-ATTAA--TTTTCACTgat
gi|8 : aaAC-T-----T-------CAAG--GG--ACACACAACAA-TT-TTG-GCTAC--TTT--ACTTTGGACA-CAAT--TT---TGTAAAAATTATA--T
gi|9 : gatccaaag-T-----T-------AAAG--GG--ACACATGATGG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACCC--AAC--T--TGATT---TCTAAAAAATACA--TA-ATATCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1 33333 3333333333333 1111 22222 66666666666666
lowQualScore : 1 3 1 00000 1 9999999999999 0 3 77777 33 33 1 2 2 2 3 33 66666 555 3 1111 999 0 66 777 0 33333 22222222222222
lowQualScore : . . . ..... . ............. . . ..... .. .. . . . . . .. ..... ... . .... ... . .. ... . ..... ..............
lowQualScore : 0 3 0 00000 0 8888888888888 8 1 77777 77 77 3 7 7 7 6 77 77777 111 3 8888 222 7 99 000 2 77777 77777777777777
consensus : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCTT--T--CAAGACAT-GTG-----AAATACCCCAGTACGTA
Reference ( family-2075 ) : TATCATANA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCTTCAT--CAAGACATTGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
gi|1 : TATCATACA-TAGATTGGATT---AAATATT--GG-A-T-CT-AATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-CTA--TGTGACAATTATG--TATTGATTTTATT--CAAA----TATG-----AAATACCCCAGTATATA
gi|10 : AT-T-----TACGA--GG--ATACACAGCAA-TT-TTC-ATGAA--TTTTC-----ACTG--AAAA-C--T-TT---TTTGAAAATTATA--Tttggccatacttgaatgat
gi|11 : AG--AG--ACACCCAACCA-TT-TTG-ATAAA--TTTCC-----ACTT--AACA-C----TT---TCTGAAAATTATA--CAT
gi|12 : cttAC-T-----TAAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTAT-AA--TTTTC-----ATTT--AACA-C--T-TT---T
gi|13 : tacaAC-T-----TAAAGAGGG--ACACATAGCCG-TT-TTG-ATGAA--TTTTC-----ACTT--GACC-C--T-AT---Tgac
gi|15 : caacaC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----AATT--
gi|16 : ttccacTACGT-----TTAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ATTtgc
gi|2 : tcttAAAA--GG--ACACACAGCCA-TT-TTG-ATGAACTCTCTC-----ACCT--GCCA-T--C-TG---CATGACGGTTAAA--T-----------T--CAAGATAT--TG-----AAATTCTCCAGTA
gi|3 : agtacatatatatactgaaataatttgactgaataaagttttaattttattgaTATCACAAA-CAAATGGGA-------ATCTT--G------CC-AAT---C-T-----TAAAG--GG--ACACATGGCAA-TTATTT-TTAAA--TTTCC-----ATTG--AACG-T--TCTT---TCTGAAAAT--TA--TATCTATggcatgctttaaaga
gi|4 : aggcagTATA---------AAAG--GG--ACATGTGACAA-TT-TT--ATGAA--TTGTC-----ACTT----CA-C--T-TTACTTTTGAAAAATACGAGTATCTATCTTCATGGCAA-ACAT-GTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTAatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : GATTCTAAAATTTT--GA-AATATCTGATATAC-TGCCTTTAAAG--GG--ACATATTGCAA-TC-ATG-GTCAA---TTCC-----ACTT--AACA-T--TCTT---TCTAACAATT
gi|6 : AC-T-----TATAG--GT--ACGCACGACAG-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ACTT--GACAGC--A-TT---TCTGAAAATTAT
gi|7 : caagattgtaataatgagaaagTATTATAACCTAGATAGTAT----AAGTAGTCAGGTA-TACT-TGTAT-C-T-----TAAAG--GG--ACACATACCAAATT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTgat
gi|8 : aaAC-T-----TCAAG--GG--ACACACAACAA-TT-TTG-GCTAC--TTT-------ACTTTGGACA-CAAT-TT---TGTAAAAATTATA--T
gi|9 : gatccaaag-T-----TAAAG--GG--ACACATGATGG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACCCAACTT--GA--------TT---TCTAAAAAATACA--TA-ATATCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1 33333 3333333333333 1111 333333333333333333333333
lowQualScore : 3 1 00000 1 9999999999999 0 3 77777 33 33 1 2 2 2 3 33 66666 555 3 1111 999 0 7777777 0 555555555555555555555555
lowQualScore : . . ..... . ............. . . ..... .. .. . . . . . .. ..... ... . .... ... . ....... . ........................
lowQualScore : 3 0 00000 0 8888888888888 8 1 77777 77 77 3 7 7 7 6 77 77777 111 3 8888 222 7 8888888 2 444444444444444444444444
consensus : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
Reference ( family-2075 ) : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCT--TT----CAAGACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
gi|1 : TATCATACA-TAGATTGGATT---AAATATT--GG-A-T-CT-AATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-CTA--TGTGACAATTATG--TATTGATTTTATT----CAA---ATATG-----AAATACCCCAGTATATA
gi|10 : AT-T-----TACGA--GG--ATACACAGCAA-TT-TTC-ATGAA--TTTTC-----ACTG--AAAA-C--T-TT---TTTGAAAATTATA--Tttggccatacttgaatgat
gi|11 : AG--AG--ACACCCAACCA-TT-TTG-ATAAA--TTTCC-----ACTT--AACA-C----TT---TCTGAAAATTATA--CAT
gi|12 : cttAC-T-----TAAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTAT-AA--TTTTC-----ATTT--AACA-C--T-TT---T
gi|13 : tacaAC-T-----TAAAGAGGG--ACACATAGCCG-TT-TTG-ATGAA--TTTTC-----ACTT--GACC-C--T-AT---Tgac
gi|15 : caacaC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----AATT--
gi|16 : ttccacTACGT-----TTAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ATTtgc
gi|2 : tcttAAAA--GG--ACACACAGCCA-TT-TTG-ATGAACTCTCTC-----ACCT--GCCA-T--C-TG---CATGACGGTTAAA-------------TT----CAAGATAT-TG-----AAATTCTCCAGTA
gi|3 : agtacatatatatactgaaataatttgactgaataaagttttaattttattgaTATCACAAA-CAAATGGGA-------ATCTT--G------CC-AAT---C-T-----TAAAG--GG--ACACATGGCAA-TTATTT-TTAAA--TTTCC-----ATTG--AACG-T--TCTT---TCTGAAAAT--TA--TATCTATggcatgctttaaaga
gi|4 : aggcagTATA---------AAAG--GG--ACATGTGACAA-TT-TT--ATGAA--TTGTC-----ACTT----CA-C--T-TTACTTTTGAAAAATACGAGTATCTATCT--TCATGGCAA-ACATGTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTAatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : GATTCTAAAATTTT--GA-AATATCTGATATAC-TGCCTTTAAAG--GG--ACATATTGCAA-TC-ATG-GTCAA---TTCC-----ACTT--AACA-T--TCTT---TCTAACAATT
gi|6 : AC-T-----TATAG--GT--ACGCACGACAG-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ACTT--GACAGC--A-TT---TCTGAAAATTAT
gi|7 : caagattgtaataatgagaaagTATTATAACCTAGATAGTAT----AAGTAGTCAGGTA-TACT-TGTAT-C-T-----TAAAG--GG--ACACATACCAAATT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTgat
gi|8 : aaAC-T-----TCAAG--GG--ACACACAACAA-TT-TTG-GCTAC--TTT-------ACTTTGGACA-CAAT-TT---TGTAAAAATTATA--T
gi|9 : gatccaaag-T-----TAAAG--GG--ACACATGATGG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACCCAACTT--GA--------TT---TCTAAAAAATACA--TA-ATATCT--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1 33333 3333333333333 1111 333333333333333333333333
lowQualScore : 3 1 00000 1 9999999999999 0 3 77777 33 33 1 2 2 2 3 33 66666 555 3 1111 999 0 7777777 0 333333333333333333333333
lowQualScore : . . ..... . ............. . . ..... .. .. . . . . . .. ..... ... . .... ... . ....... . ........................
lowQualScore : 3 0 00000 0 8888888888888 8 1 77777 77 77 3 7 7 7 6 77 77777 111 3 8888 222 7 8888888 2 777777777777777777777777
consensus : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
Reference ( family-2075 ) : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
gi|1 : TATCATACA-TAGATTGGATT---AAATATT--GG-A-T-CT-AATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-CTA--TGTGACAATTATG--TATTGATTTTATT----CAA---ATATG-----AAATACCCCAGTATATA
gi|10 : AT-T-----TACGA--GG--ATACACAGCAA-TT-TTC-ATGAA--TTTTC-----ACTG--AAAA-C--T-TT---TTTGAAAATTATA--Tttggccatacttgaatgat
gi|11 : AG--AG--ACACCCAACCA-TT-TTG-ATAAA--TTTCC-----ACTT--AACA-C----TT---TCTGAAAATTATA--CAT
gi|12 : cttAC-T-----TAAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTAT-AA--TTTTC-----ATTT--AACA-C--T-TT---T
gi|13 : tacaAC-T-----TAAAGAGGG--ACACATAGCCG-TT-TTG-ATGAA--TTTTC-----ACTT--GACC-C--T-AT---Tgac
gi|15 : caacaC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----AATT--
gi|16 : ttccacTACGT-----TTAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ATTtgc
gi|2 : tcttAAAA--GG--ACACACAGCCA-TT-TTG-ATGAACTCTCTC-----ACCT--GCCA-T--C-TG---CATGACGGTTAAA-------------TT----CAAGATAT-TG-----AAATTCTCCAGTA
gi|3 : agtacatatatatactgaaataatttgactgaataaagttttaattttattgaTATCACAAA-CAAATGGGA-------ATCTT--G------CC-AAT---C-T-----TAAAG--GG--ACACATGGCAA-TTATTT-TTAAA--TTTCC-----ATTG--AACG-T--TCTT---TCTGAAAAT--TA--TATCTATggcatgctttaaaga
gi|4 : aggcagTATA---------AAAG--GG--ACATGTGACAA-TT-TT--ATGAA--TTGTC-----ACTT----CA-C--T-TTACTTTTGAAAAATACGAGTATCTATCT--TCATGGCAA-ACATGTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTAatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : GATTCTAAAATTTT--GA-AATATCTGATATAC-TGCCTTTAAAG--GG--ACATATTGCAA-TC-ATG-GTCAA---TTCC-----ACTT--AACA-T--TCTT---TCTAACAATT
gi|6 : AC-T-----TATAG--GT--ACGCACGACAG-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ACTT--GACAGC--A-TT---TCTGAAAATTAT
gi|7 : caagattgtaataatgagaaagTATTATAACCTAGATAGTAT----AAGTAGTCAGGTA-TACT-TGTAT-C-T-----TAAAG--GG--ACACATACCAAATT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTgat
gi|8 : aaAC-T-----TCAAG--GG--ACACACAACAA-TT-TTG-GCTAC--TTT-------ACTTTGGACA-CAAT-TT---TGTAAAAATTATA--T
gi|9 : gatccaaag-T-----TAAAG--GG--ACACATGATGG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACCCAACTT--GA--------TT---TCTAAAAAATACA--TA-ATATCT--
blockSeqs : C G TTCTA C CAGGTATACTT G GCCTT AG TC A A A T G CT ACCCA TGG G AAT ACT AGTATCT TCATGGCAAACATGTGCAGTT
blockSeqs : . A T T GAAATATCTG . . . . A . . . A . . A . TC . TATCT TTCAAGATATTG
blockSeqs : . A GCCA . . . . G . . . G . . A . TC . TAAT
blockSeqs : . . . . A . . . A . . A . T . .
blockSeqs : . . . . A . . . A . . G . T .
blockSeqs : . . . . A . . . G . . G . T .
blockSeqs : . . . . A . . . A . . A . C .
blockSeqs : . . . . G . . . G . . A . T .
blockSeqs : . . . . G . . . C . . G . A .
blockSeqs : . . . . T . . . A . . G . . .
blockSeqs : . . . . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . T . .
blockSeqs : . . A . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . . .
blockSeqCons : *** TAT****
originalCons : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATA--TATCTATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
finalCons : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTATATAT----ATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1 33333 3333333333333 1111 333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 1 00000 1 9999999999999 0 3 77777 33 33 1 2 2 2 3 33 66666 555 3 1111 999 0 9999 444444444444444444444444444444444
lowQualScore : . . ..... . ............. . . ..... .. .. . . . . . .. ..... ... . .... ... . .... .................................
lowQualScore : 3 0 00000 0 8888888888888 8 1 77777 77 77 3 7 7 7 6 77 77777 111 3 8888 222 7 4444 888888888888888888888888888888888
consensus : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTA----TAT-AT--ATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
Reference ( family-2075 ) : TATCATAAA-TAGATNGGATT---AAATNTT--GG-A-TACC-GATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACGGCAA-TT-TTG-ATNAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-TT---TCTGAAAATTA----TAT-AT--ATCT--TT----CAA-ACATGTG-----AAATACCCCAGTACGTA
gi|1 : TATCATACA-TAGATTGGATT---AAATATT--GG-A-T-CT-AATATAC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTT--GACA-C--T-CTA--TGTGACAATTA----TGT-ATTGATTTTATT----CAA---ATATG-----AAATACCCCAGTATATA
gi|10 : AT-T-----TACGA--GG--ATACACAGCAA-TT-TTC-ATGAA--TTTTC-----ACTG--AAAA-C--T-TT---TTTGAAAATTA----TAT-ttggccatacttgaatgat
gi|11 : AG--AG--ACACCCAACCA-TT-TTG-ATAAA--TTTCC-----ACTT--AACA-C----TT---TCTGAAAATTA----TAC-AT--
gi|12 : cttAC-T-----TAAAG--GGTCACACAAGGCAA-TT-TTGTAT-AA--TTTTC-----ATTT--AACA-C--T-TT---T
gi|13 : tacaAC-T-----TAAAGAGGG--ACACATAGCCG-TT-TTG-ATGAA--TTTTC-----ACTT--GACC-C--T-AT---Tgac
gi|15 : caacaC-T-----TAAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----AATT--
gi|16 : ttccacTACGT-----TTAAG--GG--ACACACAGCAA-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ATTtgc
gi|2 : tcttAAAA--GG--ACACACAGCCA-TT-TTG-ATGAACTCTCTC-----ACCT--GCCA-T--C-TG---CATGACGGTTA----AA------------TT----CAAGATAT-TG-----AAATTCTCCAGTA
gi|3 : agtacatatatatactgaaataatttgactgaataaagttttaattttattgaTATCACAAA-CAAATGGGA-------ATCTT--G------CC-AAT---C-T-----TAAAG--GG--ACACATGGCAA-TTATTT-TTAAA--TTTCC-----ATTG--AACG-T--TCTT---TCTGAAAATTA----TAT-CT--ATggcatgctttaaaga
gi|4 : aggcagTATA---------AAAG--GG--ACATGTGACAA-TT-TT--ATGAA--TTGTC-----ACTT----CA-C--T-TTACTTTTGAAAAATACGAGTAT-CT--ATCT--TCATGGCAA-ACATGTGCAGTTAAATACCCCAGTACGTAatgaggcaaatgtaaa
gi|5 : GATTCTAAAATTTT--GA-AATATCTGATATAC-TGCCTTTAAAG--GG--ACATATTGCAA-TC-ATG-GTCAA---TTCC-----ACTT--AACA-T--TCTT---TCTAACAATT
gi|6 : AC-T-----TATAG--GT--ACGCACGACAG-TT-TTG-ATAAA--TTTTC-----ACTT--GACAGC--A-TT---TCTGAAAATTA----T
gi|7 : caagattgtaataatgagaaagTATTATAACCTAGATAGTAT----AAGTAGTCAGGTA-TACT-TGTAT-C-T-----TAAAG--GG--ACACATACCAAATT-TTG-ATTAA--TTTTC-----ACTgat
gi|8 : aaAC-T-----TCAAG--GG--ACACACAACAA-TT-TTG-GCTAC--TTT-------ACTTTGGACA-CAAT-TT---TGTAAAAATTA----TAT-
gi|9 : gatccaaag-T-----TAAAG--GG--ACACATGATGG-TT-TTG-ATAAA--TTTTCACCCAACTT--GA--------TT---TCTAAAAAATA----CATAAT--ATCT--
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATAGAGTACGCACGATCGATGTTAACATTGTATGGCATACGTCCCGGAATAA
Unaligned ( gi|17 ): ACAATTTATGCTGATAATTATCTCCAATTAAAGCTAAATTGC