lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 111111111111111
lowQualScore : 1 1 222 444444444444 3333333333333333333333333333333333 1 888888888888 1 1 222 2222 5555555555 55555555555555555555555555555555555 222222 22222222222 11 555555555555555 1 44 1 1 1 1 111 3333333 333 2 11 22 6666666 222 11 1 222 999999999999999 7777777777777777777777777777777 1 111 3333 1 11 111 4
lowQualScore : 5 5 6 6 777 777777777777 6 6666666666666666666666666666666666 6 0 000000000000 5 3 000 4444 888 1111111111 0 6 88888888888888888888888888888888888 0 0 6 888888 8 0 77777777777 88 555555555555555 4 3 4 33 5 3 7 1 0 0 9 777 222 7 8888888 777 0 88 2 11 6 6 3333333 333 88 4 5 3 111 555555555555555 3 6 2222222222222222222222222222222 0 2 2 777 7777 0 1 33 777 4 0
lowQualScore : . . . . ... ............ . .................................. . . ............ . . ... .... ... .......... . . ................................... . . . ...... . . ........... .. ............... . . . .. . . . . . . . ... ... . ....... ... . .. . .. . . ....... ... .. . . . ... ............... . . ............................... . . . ... .... . . .. ... . .
lowQualScore : 0 0 0 0 000 000000000000 0 0000000000000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 5 000 2222 000 5555555555 7 7 44444444444444444444444444444444444 6 8 5 666666 3 7 33333333333 33 000000000000000 0 3 0 00 5 3 3 2 2 0 0 555 888 2 2222222 222 0 00 5 00 0 0 0000000 555 00 0 0 0 000 555555555555555 0 7 2222222222222222222222222222222 0 5 5 555 0000 0 2 88 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTGGCTGCTTAACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTGTTT-GGGATGAAATAGAC---AG--NACGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTANGCAATTTGC---ATGGGGGGATTTTGAA-GTG----------GCCGCTTAACATCA-----------GGTGATCGCTTATAAGAGGTGGTCANATGGACAAGT---TAAN-TT-GT--ATTTAAACTGGCATTTAATTTTNACAA-ANATTTGGTGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTTAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTCAC-ACTGGAGGTCATANGTTTGAGCCCNNNNNNNNNNNNATGTTTTTAAGTGTGGAAAGATTGCCAGTTACNTTCGTNAANGGCGATGAGCATNACNCAGNNATCNGAGGTCTTCCTNCGCCA-----------TTNAAACTG---G-----ATA-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAAC-AAAACAG
Reference ( gi|1 ) : ACAGTCTAACCTGCATTAAGCAGCCACCCAATGGAAATGGTCAAACTGGCTGCTTCACACAGGTGGCTGCTTAACAGAGGGTCAATATTTTTACTGAGAAAGCTGAAGTCATGATGTTTATTGAGACAGATAAAAAGTGATCACACTTGATGGTACATGTACCAAGTTGTACAGGGGGTAAATGAGAAAAATCTGCAGGAAGAAAATAACTGAACCGACACTATTTCATATAGAATTTATTTAAATAAATAAATAATTTATGTTATAAAATCAAAAATCATTATGTTTCAATTTAGCATAAAATAAATCCGTATGAATTTTTCATTTAGCAGACGCCTTACAATCCAGTAAAACACTGCAGCTCGTATTCTTCCATTATCTCGCGGTTACGTTAGGACACATTCTGATTCTGTGTTTTATCAACACCTTTTCCGAAAATTCAGACGTTTAATTCATCCAAAGTCAAAACTTTCTTTTCGCAGCAGATATTGTGTATGATATGCATTGGGTCAATCGTATCATGATATGAAAAAATGTTTTTTCCATTGCATTCGCACCCGCTTTCATAGCCGATAAAATTTAATTCAATTACAACTTAAACAAACTGACCAATTGCAATTATCTTTTTGATCTTAACCAGTTCTATTATTGTGCATAAACACCTCCATGAAATTTGCTTCCAATGTGTTTTCACGCGACAATAAACCATAATAAAACTACCGTAAATACACGCTCTTACCCAGTCGTGTACCCAGCCTAGGCAACAGTTTTGTTAACGTCATTAATCTCGATATTCTATTTGCTTATAAGACCGTATATACGTACTCTCGCTCTGGGTAAAGTTGTGTGTTTCCAGAACAGAAGCAGAAGCGTTAATTGATCACGGGATTATACAATATGATCGGAATAACTGCCAGCCATAAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC---AG--ACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAATTTAC---ACAGGGGGATTTTGAA-GTG----------GCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGGCCGCAAGGACAGGT---TAAA-CT-GT--ATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACTA-AGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTTG-GTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGTAAAGA-CGATGAGTTTA-CTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTG---G-----ATA-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGCAACACATATTCATTTCACAACAGTAAAACTATATCTACCAAGTACCTCAAAATCTTTGGCTGATTGTTTCTTATCTTT
gi|18 : AAGTGGCTGCTTAACACAGGTG
gi|2 : gggggattttgAAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATA-A----AGTTTCCGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAAT-------------AGATATTGCA-GTGTTTTTTTTGTGTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTGTAGTATGGACAAGT---TAAT-CT-GT--Aatcactaataaga
gi|9 : tGTTT-GGAATGAAATAGACTCGAG-----GCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAATTTCC---ATTGG-------TGAA-GTA----------GC
gi|6 : TT-GGGATGAAATA-------G--AATG---GCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-----ATG------------------GGGGGATTTTGAA-GTT----------GCC-------A-CA-----------GGTGACCACTTATAAGAGGT---CACATGGACAAGT---GAAATTT-GT--Atatga
gi|14 : -GGGATGAAATAGAC---TG--GACACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|5 : CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAATTTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTG----------GTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGGTCtatt
gi|3 : tCGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAATTTGT----TGGGGGGAATTTTAT-GTG----------GTCGTTT-ACATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGG--AAAATAACAGTTGAATAAG-TTAGTAAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATT
gi|15 : gtTTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGTTTAC---ATGGGGGGtca
gi|18 : GGGGGATTTTGAA-GTG----------GCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAg
gi|10 : TTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGAT-CTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTG-AG--TATAG
gi|12 : tgaaAA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA
gi|16 : ttacatgtG-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTAC
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T-----ATCTCTTAC--CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCt
gi|4 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagATGTTTTTAAGTGTGGAAAGAT-ACC--TTATATTCGTCAATA-TGATG-GTATC-CT-AGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT----G-----ATATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTG---GTAGCAATA-T---TTTATAGTTT---TGTTAA---TC-CAAT--AAC---AATCATTTA
gi|11 : GGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTT-----CTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAG
gi|19 : G---G-----ATA-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAACa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 777777777777777777777777777777777 222222 1 111 1111 11111 111111 2222 33333333333 1 1111 11 1 11 222 2222 11 1 222 1 111 22222 111 1 111111111111 1 1 11 1 111111 333 44444444444 111 1 111 11 1 11 111 2
lowQualScore : 5 5 2 5 2 2 777777777777777777777777777777777 8 666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 3 3 0000 11111111111 3 7777 1 33 0 55 111 3333 88 1 0 1 222 7 0 3 4 1 444 4 1 8 88888 777 2 1 2 222222222222 5 5 99 7 1 6 4 888 555555 1 555 1 1 2 2 77777777777 1 444 0 777 33 0 33 777 1 0
lowQualScore : . . . . . . ................................. . ...... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .... ........... . .... . .. . .. ... .... .. . . . ... . . . . . ... . . . ..... ... . . . ............ . . .. . . . . ... ...... . ... . . . . ........... . ... . ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 0 0 5 5 5 5 000000000000000000000000000000000 0 555555 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 7 0 7 0000 77777777777 2 0000 0 88 0 22 555 0000 55 0 0 0 777 3 0 2 4 0 000 6 0 0 00000 888 0 0 5 000000000000 5 5 55 3 0 7 0 333 777777 0 000 0 0 0 5 55555555555 0 000 0 555 22 0 88 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTGGCTGCTTCACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGACGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CAGGTGA-----------CCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGT-AANGACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTG---GATA-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTGGCTGCTTAACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTGTTT-GGGATGAAATAGACAGNACGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTANGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACATCAGGTGA-----------TCGCTTATAAGAGGTGG----TCANA--TGGACAAGTT-AANTTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTNACAA-ANATTTGGTGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTTAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTCA-CACTGGAGGTCATANGTTTGAGCCCNNNNNNNNNNNNATGTTTTTAAGTGTGGAAAGATTGCCAGTTACNTTCGTNAANGGCGATGAGCATNACNCAGNNATCNGAGGTCTTCCTNCGCCA-----------TTNAAACTG---GATA-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAAC-AAAACAG
gi|1 : AACTGGCTGCTTCACACAGGTG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATACAGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CAGGTGA-----------CCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGT-AAAGACGATGAGT-TTACTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTG---GATA-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTGcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGACACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CAGGTGA-----------TCACTAATAAGAt
gi|19 : G---GATA-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTCCGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AAGATGA-----------CCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : tCGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCAGGGGG-----------TCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AG--TAAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGTCAAT-ATGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT----GATATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTTA-CATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A---TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGCCA--------CAGGTGA-----------CCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTG---G
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T-----ATCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGAGGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222 2222 2222222222 1111111 1 111 1111 11111 111111 1 22222222222 1111 11 1 222 2222 11 1 11 1 111 22222 111 1 1 1 11 1 22 444 44444444444 11111 111 11 1 11 111 1
lowQualScore : 2 5 2 2 999999 2222 2 8888888888 8 6666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 1 0 99 1 77777777777 1 9 7777 33 0 6 111 3333 88 0 0 77 7 0 3 1 1 444 4 1 8 88888 777 2 1 2 5 5 66 7 6 3 1 7 00 1 111 1 2 77777777777 1 88888 777 33 0 33 777 1 5
lowQualScore : . . . . ...... .... . .......... . ....... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .. . ........... . . .... .. . . ... .... .. . . .. . . . . . ... . . . ..... ... . . . . . .. . . . . . .. . ... . . ........... . ..... ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000 5555 5 5555555555 0 6666666 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 0 4 7 77 4 11111111111 7 3 0000 88 0 5 555 0000 55 0 8 00 3 0 2 0 0 000 6 0 0 00000 888 0 0 5 5 5 55 3 7 3 0 3 77 0 777 0 5 55555555555 0 55555 555 22 0 88 555 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTGGCTGCTTCACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGT-AAAGACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTGGCTGCTTCACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGT-AANGACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
gi|1 : AACTGGCTGCTTCACACAGGTG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAA-CTGGCTGCTTCACA-CA-----------GGTGGCTGCTTAACAGAGGgctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC-AGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGT-AAAGACGATGAGTTT-ACTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTGcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGA-CACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAt
gi|19 : GGAT---A-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTC-CGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : t-CGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AGT--AAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT-
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGT-CAATATGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT-GAT---ATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : -CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A----TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGCC-------A-CA-----------GGTGACCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTGG
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T-----ATCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGA-GGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222 2222 2222222222 1111111 1 111 1111 11111 111111 1 22222222222 1111 11 1 222 2222 11 1 11 1 111 22222 111 1 1 1 11 1 22 444 44444444444 11111 111 11 1 11 111 1
lowQualScore : 2 5 2 2 999999 2222 2 8888888888 8 6666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 1 4 99 1 77777777777 1 9 7777 33 0 6 111 3333 88 0 0 77 7 0 3 1 1 444 4 1 8 88888 777 2 1 2 5 5 66 7 6 3 7 00 1 111 1 2 77777777777 1 88888 777 33 0 33 777 1 5
lowQualScore : . . . . ...... .... . .......... . ....... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .. . ........... . . .... .. . . ... .... .. . . .. . . . . . ... . . . ..... ... . . . . . .. . . . . .. . ... . . ........... . ..... ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000 5555 5 5555555555 0 6666666 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 0 4 0 77 4 11111111111 7 3 0000 88 0 5 555 0000 55 0 8 00 3 0 2 0 0 000 6 0 0 00000 888 0 0 5 5 5 55 3 7 3 3 77 0 777 0 5 55555555555 0 55555 555 22 0 88 555 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAAGA-CGATGAGTATA-CNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTGGCTGCTTCACACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAAGA-CGATGAGTATA-CNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
gi|1 : AA-CTGGCTGCTTCACA-CA-----------GGTGGCTGCTTAACAGAGG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC-AGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGTAAAGA-CGATGAGTTTA-CTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTGcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGA-CACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAt
gi|19 : GGAT---A-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTC-CGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : t-CGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AGT--AAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT-
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGTCAATA-TGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT-GAT---ATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : -CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A----TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGC-------CA-CA-----------GGTGACCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTGG
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T-----ATCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGA-GGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222 2222 2222222222 1111111 1 111 1111 11111 111111 1 22222222222 1111 11 1 222 2222 11 1 11 1 111 111111 111 1 1 1 11 1 22 444 44444444444 11111 111 11 1 11 111 1
lowQualScore : 2 5 2 2 999999 2222 2 8888888888 8 6666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 1 4 99 1 77777777777 1 9 7777 33 0 6 111 3333 88 0 0 77 7 0 3 1 1 444 4 1 8 999999 777 2 1 2 5 5 66 7 6 3 7 00 1 111 1 2 77777777777 1 88888 777 33 0 33 777 1 5
lowQualScore : . . . . ...... .... . .......... . ....... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .. . ........... . . .... .. . . ... .... .. . . .. . . . . . ... . . . ...... ... . . . . . .. . . . . .. . ... . . ........... . ..... ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000 5555 5 5555555555 0 6666666 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 0 4 0 77 4 11111111111 7 3 0000 88 0 5 555 0000 55 0 8 00 3 0 2 0 0 000 6 0 0 000000 888 0 0 5 5 5 55 3 7 3 3 77 0 777 0 5 55555555555 0 55555 555 22 0 88 555 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
gi|1 : AA-CTGGCTGCTTCACA-CA-----------GGTGGCTGCTTAACAGAGG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC-AGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTTT-ACTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTGcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGA-CACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAt
gi|19 : GGAT---A-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTC-CGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : t-CGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AGT--AAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT-
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGTCAA-TATGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT-GAT---ATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : -CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A----TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGC-------CA-CA-----------GGTGACCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTGG
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T--A---TCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGA-GGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222 2222 2222222222 1111111 1 111 1111 11111 111111 1 22222222222 1111 11 1 222 2222 11 1 11 1 111 111111 111 1 1 1 11 1 22 444 44444444444 11111 111 11 1 11 111 1
lowQualScore : 2 5 2 2 999999 2222 2 8888888888 8 6666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 1 4 99 1 77777777777 1 9 7777 33 0 6 111 3333 88 0 0 77 7 0 3 1 1 444 4 1 8 999999 777 2 1 2 5 5 66 7 6 3 7 00 1 111 1 2 77777777777 1 88888 777 33 0 33 777 1 5
lowQualScore : . . . . ...... .... . .......... . ....... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .. . ........... . . .... .. . . ... .... .. . . .. . . . . . ... . . . ...... ... . . . . . .. . . . . .. . ... . . ........... . ..... ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000 5555 5 5555555555 0 6666666 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 0 4 0 77 4 11111111111 7 3 0000 88 0 5 555 0000 55 0 8 00 3 0 2 0 0 000 6 0 0 000000 888 0 0 5 5 5 55 3 7 3 3 77 0 777 0 5 55555555555 0 55555 555 22 0 88 555 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
gi|1 : AA-CTGGCTGCTTCACA-CA-----------GGTGGCTGCTTAACAGAGG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC-AGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAAC-T--A--ACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTTT-ACTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCAC-TTAA--ATGTCTCA--ACTGcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTT--AATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGA-CACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGAC-T--T--ACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAt
gi|19 : GGAT---A-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTC-CGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : t-CGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AGT--AAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT-
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGTCAA-TATGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT-GAT---ATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : -CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A----TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGC-------CA-CA-----------GGTGACCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTGG
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAAT-T--A---TCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGA-GGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
blockSeqs : G T C G . AAAA A TA A CTGGAC A CAA TAA AT G AGATA A TTGAGA T G C CA T GGGGGGGGGGG T G AAAA GT A C TAA GGCA AA T TG T G T C T TGA A C T TAAA A G T G A T A A C G A AA C GGA A C GTAGATGTAAC C TCTA CAC A A TA AAC A .
blockSeqs : . GTTTCC T CAA TAA TT C . G ATG . G T AA T . T G . . . T . T . . T A C . A T . AATA C A . . . . . A CT G C . A AT . A . . .
blockSeqs : . CTCGAG G . CT GA T . G ATG . G T AA . . T A . . . . . . . . T T . T G . TA C . . T A . . . . .
blockSeqs : . A G . CT GA A . G ATT . G C A . . T . . T A . G A . A
blockSeqs : . . CT AT G . C TG . T C A . . T .
blockSeqs : . . C . . . . A . A . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TA****
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-T--A--ACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNAC-TTA----CCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT
Alignments
lowQualScore : 1 222222 2222 2222222222 1111111 1 111 1111 11111 111111 1 22222222222 1111 11 1 222 2222 11 1 11 1 111 111 1 1 2 1 1 11 1 22 444 44444444444 11111 111 11 1 11 111 1
lowQualScore : 2 5 2 2 999999 2222 2 8888888888 8 6666666 0 777 8888 33 3 44444 1 000000 0 5 1 4 99 1 77777777777 1 9 7777 33 0 6 111 3333 88 0 0 77 7 0 3 1 1 444 4 1 444 0 5 3 1 2 5 5 66 7 6 3 7 00 1 111 1 2 77777777777 1 88888 777 33 0 33 777 1 5
lowQualScore : . . . . ...... .... . .......... . ....... . ... .... .. . ..... . ...... . . . . .. . ........... . . .... .. . . ... .... .. . . .. . . . . . ... . . ... . . . . . . . .. . . . . .. . ... . . ........... . ..... ... .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000 5555 5 5555555555 0 6666666 1 555 0000 66 0 33333 7 000000 7 0 4 0 77 4 11111111111 7 3 0000 88 0 5 555 0000 55 0 8 00 3 0 2 0 0 000 6 0 000 0 5 0 0 5 5 5 55 3 7 3 3 77 0 777 0 5 55555555555 0 55555 555 22 0 88 555 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNACT---TACCTCTTA-CACTAGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
Reference ( family-2068 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTGACCGCGAAGTGATTAACGGTCGGCGACCACATCTGACGGCTTACACNAAATGGCCGCCGACTGCTTATGGGCACTGTTT-GGGATGAAATAGACTNGA-CGCTGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTGCATG---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTAACA-CA-----------GGTGGCCGCTTATAAGAGGTGG----TCGCA--TGGACAAGTT-AATCTGTATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAA-ATATTT-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTNAGGCNCTGT---CTCGAGATNACT---TACCTCTTA-CACTGGAGGTCATANGTTCGAGCCCCGCTCGCTCCAAATGTTTTTAGGTGTGGAAAGNTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTAT-ACNCAG---TCTGAGGTCTTCCTNCACCA-----------TTNAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTT-AAATCC-CATT--AAA---AAACACNCAAAACAAAAACAG
gi|1 : AA-CTGGCTGCTTCACA-CA-----------GGTGGCTGCTTAACAGAGG
gi|1 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaAGGTGTGACCGCTAAGTGAT-AAGGGTCGGCCACTACATCTGATGGCTTACACC---TGGCCGCTGACTGCTTATGGGCATTGTTT-GGGATGAAATATAC-AGACCGCTTGCCGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACATGTACT--TTATGTAGGCAAT-----TTACACA---GGGGGATTTTGAA-GTGGCCGCTTCACA-CA-----------GGTGACCGCTTATAAGAGGTGG----CCGCA--AGGACAGGTT-AAACTGTATT---ACT----TTT--TTTTTACAA-ATATTC-ATGTGTG-TCATCCATGGCCAAGTGGTCTAAGGCGCTGT---CTCAAGATAACT---AACCTCTTACCACT-AAGGTCATAGGTTCCAGTCCCGCTCGCTCCAAATATTTTT-GGTG-AGAAAGTTTGCCAGTTACTTTCGTAAA-GACGATGAGTTT-ACTCAG---TCTGAGGTCTTCCTCCACCA-----------TTAAAACTGGAT---A-TGTGTTGAAAATGG---CGTTAAAATCC-CATT--AAA---AAACATTTAAAACAAAAACAGgtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataaggtgtgaccgctaagtgataagggtcggccactacatctgatggcttacacctggccgctgactgcttatgggcattgtttgggatgaaatatacagaccgcttgccgcgttaaagaggtgaccgtttaatacatgtactttatgtaggcaatttacacagggggattttgaagtggccgcttcacacaggtgaccgcttataagaggtggccgcaaggacaggttaaactgtattactttttttttacaaatattcatgtgtgtcatccatggccaagtggtctaaggcgctgtctcaagataactaacctcttaccactaaggtcataggttccagtcccgctcgctccaaatatttttggtgagaaagtttgccagttactttcgtaaagacgatgagtttactcagtctgaggtcttcctccaccattaaaactggatatgtgttgaaaatggcgttaaaatcccattaaaaaacatttaaaacaaaaacagcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|10 : acagtctaacctgcattaagcagccacccaatggaaatggtcaaactggctgcttcacacaggtggctgcttaacagagggtcaatatttttactgagaaagctgaagtcatgatgtttattgagacagataaaaagtgatcacacttgatggtacatgtaccaagttgtacagggggtaaatgagaaaaatctgcaggaagaaaataactgaaccgacactatttcatatagaatttatttaaataaataaataatttatgttataaaatcaaaaatcattatgtttcaatttagcataaaataaatccgtatgaatttttcatttagcagacgccttacaatccagtaaaacactgcagctcgtattcttccattatctcgcggttacgttaggacacattctgattctgtgttttatcaacaccttttccgaaaattcagacgtttaattcatccaaagtcaaaactttcttttcgcagcagatattgtgtatgatatgcattgggtcaatcgtatcatgatatgaaaaaatgttttttccattgcattcgcacccgctttcatagccgataaaatttaattcaattacaacttaaacaaactgaccaattgcaattatctttttgatcttaaccagttctattattgtgcataaacacctccatgaaatttgcttccaatgtgttttcacgcgacaataaaccataataaaactaccgtaaatacacgctcttacccagtcgtgtacccagcctaggcaacagttttgttaacgtcattaatctcgatattctatttgcttataagaccgtatatacgtactctcgctctgggtaaagttgtgtgtttccagaacagaagcagaagcgttaattgatcacgggattatacaatatgatcggaataactgccagccataTTTAACAG-AGATT--GTG-GTG-TCATCAATGGCCAAGTGTTCTCAGA-TCTGT---CTCAAGATCACT---TAcaacacatattcatttcacaacagtaaaactatatctaccaagtacctcaaaatctttggctgattgtttcttatcttt
gi|11 : tgaaGGTCTTCCTACAC-------------TTCGAAATGTCTTCTA-TGTGTTGAAAATGG---CATT-AAATTC-CATC--AAAAACAAACACACAAAAC-AAAACAGaatgtctcaactgagtatag
gi|12 : AA-ACATTTGATGTATGGTCA-CCATGGCCATGTGGTCAAAGGCCATGT---TTGAAGATTACTTAATACCTCTCA-a
gi|14 : ttacatgt-GGGATGAAATAGACTGGA-CACTGGCCACATTAATGAG---GTGACAGTTTAATATATGT
gi|15 : TTAAAGAG---ATGACCGTTTAATACATGTACT--TTATATAGGCAGT-----TTACATG---GGGGGtatt
gi|16 : G-TCCTCCATAGCCAGGTGGTCTTAAGCTCTGC---CTCTGGATGACT---TACCACTTA-Cg
gi|18 : ---GGGGGATTTTGAA-GTGGCTGCTTAACA-CA-----------GGTGATCACTAATAAGAt
gi|19 : GGAT---A-TGTGTTGTAAAAGG---CGTT-AAATCC-CATTTAAAA---AAAC
gi|2 : AAGTATGACCATGAAGTGATTAACAGTCAATGACCACATCTGAC------CACAAAATAGCAATCAA-----TA---GCACTATCTAGGGATGAAATAAAGTTTC-CGCTGACCGCTTTAAAGAG---GTGACCATTTAATACATGTACT--TTAATTACGCAATAGATATTGCA-------GTGTTTTTTTT-GT-GTTTTTTAACA-AA-----------GATGACCACTTA-GAGAGGTTG----TAGTA--TGGACAAGTT-AATCTGTA
gi|3 : t-CGCTGGTCAC---AGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTG-TAATTATGAATGAAAT-----TTGT-TG---GGGGGAATTTTAT-GTGGTCGTTTA-CATCA-----------GGGGGTCGCTTATAAAA--TGGAAAATAACAGTTGAATAAGTT-AGT--AAATTTAAACTGGCATTTAATTTTTACAATATATTT-
gi|4 : gtATGTTTTTAAGTGTGGAAAGA-TACC--TTATATTCGTCAA-TATGATG-GTAT--CCTAGCT-TCGAAGGTCTCCCTGCACCAGTAGATGTAACTTAAAACT-GAT---ATTGTCTTGAAGATGGCACCGTT----TCCACACT--AAA---ca
gi|5 : -CGCTGGTCGC---AGAGAGCAAGTGGTCGTTTATAATATGTA-TAATTATGAAAGCAAT-----TTGTTTGAGAGGGGGATTT--AATGTGGTCGCTT-ACATCAGGGGGGGGGGGGGGGGTCGCTTATAACAAGTGG----TC
gi|6 : tTT-GGGATGAAATAGA----A----TGGCCGCGTTAAAGAG---GTGACTGTACAATAGATGTAC-------------------------ATG---GGGGGATTTTGAA-GTTGC-------CA-CA-----------GGTGACCACTTATAAGA---GG----TCACA--TGGACAAGTGAAATTTGTA
gi|7 : TGCCAGTTACTTT-GTAAAGGGCGATGAACATAACACAGGGATCTGAGGACGTCCTCAGCCA-----------CTTAAACTGG
gi|8 : TGGCCAAGTAATCTTAGGCACTGTTGACTTGTGACAA-T---TATCTCTTA-C-CTAGAGGTCATATGTTTGAGCCCtagcaatattttatagttttgttaatccaataacaatcattta
gi|9 : ttataaatgaaattaatgcaaacaagggttctcagGTTT-GGAATGAAATAGACTCGA-GGCTGACTGCGTTAAAGAG---GTGACCGTTTAATACAAGTACT--TTATATAGTCAAT-----TTCCATT---GG-------TGAA-GTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTGCATGTGTAATTATGAATGAAATTCGTT
Unaligned ( gi|17 ): GGTCGCTGGTCGCAGAGAGCAAGTGGTCGCTTATTACATGTGTAATT