lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 5555555555555555555555 11 22222 1 5555555555 22222222222222 1 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1111 11
lowQualScore : 333333333 4 5 1 8888888888888888888888 55 00 7777 3 44444 2 5555 2 8 6 2 1 0000000000 00000000000000 55555 33 2 66 5 33 0000000 333 3 2 9 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 666666 2 33 5555 8888 3 9 99
lowQualScore : ......... . . . ...................... .. .. .... . ..... . .... . . . . . .......... .............. ..... .. . .. . .. ....... ... . . . ... .......................................................................................................................................... ... ...... . .. .... .... . . ..
lowQualScore : 555555555 4 7 0 5555555555555555555555 00 44 1111 3 33333 0 3333 5 7 0 2 9 4444444444 66666666666666 99999 22 4 55 1 22 0000000 999 9 5 9 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 888888 3 88 3333 0000 1 5 88
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCT----ATTAATCGGAAA--AGTNTTTT--ACCGAAAA----T-TAA----GTAA----AA-AAGGGGCCATAACTCCTGTAAAATTTGACNG-ATATTGACAAATAT-CGAA-----C--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TTA--TACA-------GGT-ACACA-CAA---AATATTAATT--ANA---A----T-GTACA---GACCCCTT-CAGAAG-TTA--TTG---ATCGGAAA-C-NATTTTT--A--------T----GGA-CGCA--CA-AA----TGAATG--------AACGG----ACGGAC-A---GG---GGT------AACACTTAATGCCCC---TTCA---CCATT-CTTCGAATGGCGGGGGCA-TAAAA
Reference ( gi|1 ) : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACT----GTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA----T-TAT----GTAA----AA-AAGGGACCATTACTCCTGTAAAATTTGACAG-ACATAGACAAATAT-CGTA-----C--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAA--TACA-------GGT-ACATA-CGA---AATATTAATT--ATACGCA----T-GTACATT-GACCTCTT-CAGAAG-TTA--TTA---ACCGGAAA-C-AATTTTTTTACC------T---CGGA-CGCA--CA-AA----TGAATG--------AATGG----ATGGTC-A---GG---GGT------AACACTTCATGTCCC---GTCA---CCATT-CTTTGAATGGCTGGGGCT-TAAAA
gi|3 : ATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCT----ATTGAGCAGAAA--AGT-TATT--ACTGAAAA----T-TAA----ATTG----AA-AAGGGACCAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG-ATGCTGACAAATAT-CGAA-----T--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TTA--TATG-------GGT-ACACA-CGA---AATATCAATT--AAA-----------TACACT-GACCCTTT-CAGAAG-TTA--TTG---TTCGGAAA-C-CATTTTTT----------------------A--CAGGA----TGAATG--------AACAC----ACAGAC-A---TG---GGT------AACACTTAAT-TCCC---
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCT----ATTAATC--AAAC--------T--AC---AAG----T-TG--------A----AA-AAGGG-CCATAATTCCTGTAAAATTTGACTG-ATATTGACAAATGT-CGAA-----C--TTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--TTA--TACA-------GAT-ACACA-TAA---ATTATTAATTAAATATACA----TAGTATA---AACCTCTT-CAGAAG-TTA--TTG---ATCAG-------ATTTTTTTAAC------T---TGGA-TGCAGGCA-CA----TG--------------------------C------G---GGC------AACACTTAACG-CCT---GTTT---ACATT-CTCCGAGTGGTGGGGGCA-TAAAAtttcgatgggggca
gi|2 : gaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATT----ATTGATCGGAAAC-AATTTTTTTTACAGAAAA----T-TAA----GTAG----AAGAAGGGGTTATAGCTCCTGTATAATTTGACCG-ATGTTGACAAAAAT-CAAA-----C--TTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--TTA--TACA-------GGA-GCACA-CAA---AATATTAA----ATA------------AAATTAGAATCCTT-CAGAGA-TTA--TTG---AATAGACA-C-CAACTTTTTACC-----------AGA-CGTA--C-------------G--------AACAG----A----C-A---GG---GAT------AACACTTAATGTCCC---TTAG---CCATT-CTTTGAATAGAGGGGACA-TAAAA
gi|6 : tgaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCT----ATTAA---------AGTA-----------AAA----T-TAT----TTAA----AA-AAGGGGCCATAACTCTTGCAAAATTTTAC----------CAAATAT-CAAA-----C--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACAC------GGTTACATA-CAA---AATATTTATT--GTA-----------TACAAA-GACCCCAT-CAGAGG-TTA--TTG---ATCATAAA-C-G-----------------T---CAAA-TGAA--CA-AA----TGAATACC------GATAG----ACGGAC-AAACGA---GGT------AATACTTAATACCTC---ATCA---CCTTT-CTTAGAATAGCGGG
gi|5 : gaaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACT--------ATCGAAAACCA---TTTT--TTTGAAAAGGGGT-AACAAAAGTTA----AA-AAGGGGTAACAACTCCTGCAAA-TTTGACTG-ATATTGACAAATACATGTAATGAAC--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TTA--TACA-------GGT-ACACA-CAA---AATATTAATT---TA----------ATACA---GACCCTTT-CAGAAG-TTA--TTACTGATTGGA-----AATTTTT---CT------T---CGGG-TG-------AG----TGAACG--------AACGG----ACAGGT-A---AT---GGT------AACACT
gi|18 : taagaaTGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCA----ATTATTTGGAT-----TTTTTT--ACC-AAAA----TATAA----GTGA----AA-AAGGGGCCATAACACTTGT-AAA-------------AG---------------------TTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--TTA--TACA-------GGT-AAGCA-CAA---AATATGAATT--AAACA-A--------ACA---GAGCCCTT----AAG-TTA--TTaaatg
gi|14 : ----A----CATGGAT-GCCACCATT----ACATGTCAGTAA-----ATTTT--ACCAAAAA----T-CACC---GTAAGCTGAA-AAGGGGCCAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG-ATATTTATCAATAA-CCAA-----A--TTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTTTA--TATA-------GCT-GCATA-CTA---AATATTAATA--ACA-----------TACACT-GACTTTTTGCATAAG-TTA--TTG---ATCAGAAg
gi|11 : aaatgtgcatagg----A----CCCAGCT-GCTCCCGCTATATGTTAGT--------AA-ATTTT--AACAAAAA----T-AA-----GTAA----AA-AGAGG-CCATCTCTCCTG------TT--------------AAATG----------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--TTA--TACA-------G-T-A-ACA-CTG---AACATTGATC--AAAC--A----T-CTA-----GACCATTG-CAAAAG-TTT--TTTT--ATCAGAAA-C-CATTTT---AACAGATGGT---TGCA-TGCA--CA-AA-------------------A-GG----ACGG-------AA---GGT------AACATCTAATGCACC---TTCA---ACATT-GTTTGAA
gi|9 : AAT-GCCATCGCT----ATTAATTGGAAA----TTTTTT--ACTGAAAA----T-TAA----GTCG----AA-AAGGGACCAA-ACTCCTGTAAAATTTGGCAG-ACATTGACAAATAT-CGAA-----C--TTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TTG--AACA-------GG
gi|8 : aaactatccaagttaaaacaaatttagaagcagaagtctcttgttaaaagT----ATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA----T-TAG----TTAA----AA-AAGCTGCCATAACTGCTGTGAAAATTGACTG-TGGTTGACCAATAT-CGAA-----A--TTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATTTA--CACT-------GCA-ACACA-TAA---AATATTAATTGAATACATAC---T-G---ATA-GACCCTTT-CATAAA-AAG--TTG---ATCGAAAA-C---------TA-G------T---AAGA-CAGA--CT-AA----CGTATG--------CATGGACAAACGGAC-A---GG---AGC------AGCACTTAATGCCCC---TTTATTGTCATT-Cacccatagcttaaccctggattaagataaattttcacaatatttttagatttacatttttct
gi|12 : TGTTTT--ACTAATAA----T-TTA----GTTG----AA-AAGGGGCCATAACTCCTGTA----TTAACA----------AAA-AC-TGAA-----T--TTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--TCA--TATA-------GCT-TTAAA-CCA---AATATTAATC--AAAAACA----T-G-------GAA--CTT-CAGA-----------------GGAAATC-AATTT------------------GGAGCACG--CA-AA------AA----------AATGC----A----C-A---GG---GGT------TACACTTTAT-CCCC---ATaaa
gi|7 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattgAAAA----T-TAA----GTCA----TA-AACTGACCATTACTTGTGTAAAACTTGACAA-ATTTTTACAAATAA-CAAA-----C--T--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--TCA--TACACACCAACGGT-GT-CA-CCA---AATATCAATT--ACATCCA----T-ATCC------CCTC-C-CAGAAG-TTA--TTC---ATTGGGAA-C-CACTTGGATAGA------TAGACAGA-CAGA--CA-GA----TACATG--------AACGG----ACAGAC-A---GG---GGT------AAAGCTTAATGCCTC---TTGA---CTATT-CTTCAAA-GGCTAGGGGTATAAAAtcaaatttctg
gi|15 : ttccaAT----GTAA----AA-AAGGGGCAATGCCTCTTGTAAAATTTGACGGGACATTGACAAATAT-TAAA-----C--TTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TA-----------T-ACAT--C-A---AATATTGATT--TTA---A----T-AAACA---GACCATTT-CAAAAGTTTG--GTA---ATC--ACA-C-A---------------------TGGG-TGTA--CA-AA------ATTG--------AA--------------A---GG---GGT-----------TACATGCCCC---TCCA---CCATT-CTTTAAAAGGTGAGAGCA-TAAAAa
gi|16 : aTAA----AA-AAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT-----------------TAT-C--A-----CCGTTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--TTA--TACA-------AAC-ACACA-TAA---AA------------A---A----T-GTACA----------------AG-TTA--CTG---AATGGGAT-C-CAGTTTGACACAAA----T----GGA-CACA--CA-CA----TGAATG--------AACAG----ATGG---A---TG---AGTTACTAAAACACTTAAT-TCCCCTTATAA---CCATT-CTTTa
gi|17 : AA----AA-CAGG--CCATAATTGCTGTAAAATTTTACA---------CAA-------CA-----C--TTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--TTA--TACA-------GTA-ACACA-TCA---AATAGTAATTAAATAAGAAGTATT-GTATGCT-AAACT--------AG-TT----TG---ACTG---A-CTGAT--------------------GCA-CGCA--CA-GA----CGAAGT--------AACAG----ACAGAC-A----G---GGT------AA-GCTAAATGCCCC---TTCA---Ct
gi|13 : gA----AA-AAGGGGCCATAACTCCTGTAAAGTTTGACCA-TCATTGACAAATAT-CGAA-----C--GTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--TTA--TACA-------GGT-ACACA-CAAAATAATATTGATT--AAA-----------TACATA-GACCCGAT-CAGAAA-CCAATTTT---ACAACAAA-C-AA-----------------------A-CACA--CG-GA----TTAACG--------GACAT----ACAGAC-A---GG---TGT------AACACTTAATGCCCA---ATCA---CCATT-Cgt
gi|10 : aaatcaatttttcaccAAATAT-TAGA-----C--ATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--TAA--TTTA-------GCC-ACACACCAA---AATATCAATT--AGA-----------TATATA-GACTCTTT-CAGAAA-ATA--TTC---ATTGGAAA-CGAATTT-------------------GA-GGGA--CA-GA----TGGTTGCACAGAAAGACAG----ACTGTA-A---GA---GGT------AACACTAAATGTGGC---TTTA----CATTGGTTTGAATATCTGAGG
gi|24 : tactttcaaacattgattcagtaattagtactgA---AATATAAATT--AAA-----------TACATA-AACCCATT-CAGAAG-TTA--TTG---ATCAGAAA-C-CATTCTTTggggcaatcaaaaa
gi|20 : aggtagacG-TTG--TTG---ATCGAAAA-C-ATTTGTTTTACCTTT---T---CAGA---TA--CA-AACTCTTGGTTG--------AACGT----ATGGGCAA---AG---GGT------CACACTTTATGCTCC---TTTA----CATT-TTTTAAATAGTAGGGGaca
gi|22 : GA-CGGA--CA-AA----CAGATG--------A-CGG----A----C-A---AGTCCGGT------AACACTTAATGCCCA---TTCA---CTTTA-TTTCAAATGGataaa
gi|25 : GG----ATGG-------GG---AG-------AACACCTAATGTCGT---TTCA---TCATT-CTTCCAATGGCAGGGGCA-TAAAAtagtgagtaaaaaaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAAAAAATGTCCATATGACATGGAAATACCCGGCTTGTAATATATATGCTAGTAAATTTTACCAAAAACATAAGTCGTAAACTGGTCATAGCTCATGTAAAATCGAACCTTTTTATTAAT
Unaligned ( gi|21 ): TGTATAGACCCTTTCCAAGGTTATCCATTGGAAAGAAATTTGACAGACGAAGGGACACAAGAAACAAACGGACAGACACATCAACAGATAACACT
Unaligned ( gi|23 ): CAAAGGACATGCTGTTATGTTTGTATATTTTACCAAAACTTATAAGCTGAAAATGGGCCAAAACTCATGTTAAATT
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 333333 11111111111 111111 22222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555 1111111111
lowQualScore : 333333333 4 4 66666 333333 33 66 444 88888888888 5 2 333333 3 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 2 1 333 88888888888888888888888 3 55 2 333 4 0 2 88888 7777777777777777777777777777777777777777777 66 2 2 33 4444444444 0 55555555 9999 666666 33 1 3 7777 55 4
lowQualScore : ......... . . ..... ...... .. .. ... ........... . . ...... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. . . ... ....................... . .. . ... . . . ..... ........................................... .. . . .. .......... . ........ .... ...... .. . . .... .. .
lowQualScore : 555555555 0 1 22222 000000 99 11 777 22222222222 3 1 999999 4 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 1 6 999 99999999999999999999999 3 00 1 777 2 4 4 44444 5555555555555555555555555555555555555555555 44 4 2 22 6666666666 4 88888888 1111 888888 44 2 1 7777 33 4
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--AGT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGCCATAACTCCTGTAAAATTTGACCG-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACA-CAA---AATATTAATTA-A---AT-----ATAC----A--GACCCCTT--CAGAAGTT-AT---TG-ATCGGAAA-CCA--NTTT-------T---A------C--------GGA-CG------NA--CA-NATGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--AGTNTTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTAAAA-AAGGGGCCATAACTCCTGTAAAATTTGACNG-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACA-CAA---AATATTAATTANA---AT-----GTAC----A--GACCCCTT--CAGAAGTT-AT---TG-ATCGGAAA-CNA--TTTT-------T---A------T--------GGA-CG------CA--CA-AATGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGACCATTACTCCTGTAAAATTTGACAG-ACATAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATA-CGA---AATATTAATTATACGCAT-----GTAC----ATTGACCTCTT--CAGAAGTT-AT---TA-ACCGGAAA-CAA--TTTT-------T---T------TACCTC---GGA-CG------CA--CA-AATGAATG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : TACTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAATTAG----AT-----ATAT----A--GACTCTTT--CAGAAAAT-AT---TC-ATTGGAAA-CGA--ATTT----------------------------GA-GG------GA--CA-GATGGTTG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA--A---TTTT--AACAAAAA---T-----------AAGTAAAA-A-GAGGCCATCTCTCCTG-----------------TT---AAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACA-CTG---AACATTGATCA-A---AC-----ATCT----A--GACCATTG--CAAAAGTT-TT---TTTATCAGAAA-CCA--TTTT-------A---A------C--------AGA-TG------GT--TG-CATGCACA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagcGTGTTTT--ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGCCATAACTCCTGTA---------------TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAA-CCA---AATATTAATCAAA---A--------AC----ATGGA--ACTT--CAGA----------------GGAAATCAA--TT--------------------T--------GGAGCA------CG--CA-AAAAAATG----C--------------AC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattAAA-AAGGGGCCATAACTCCTGTAAAGTTTGACCA-TCATTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACA-CAAAATAATATTGATTA-A---AT-----ACAT----A--GACCC--------------------G-ATCAGAAA-CCA--ATTT-------TACAA------C--------AAA-CA------AA--CA-CACGGATT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcacc----A----CATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA--A---TTTT--ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGCCAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG-ATATTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATA-CTA---AATATTAAT---A---AC-----ATAC----ACTGACTTTTTG-CATAAGTT-AT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcataggGTAAAA-AAGGGGCAATGCCTCTTGTAAAATTTGACGGGACATTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA----------------TCA---AATATTGATTTTA---AT-----AAAC----A--GACCATTT--CAAAAGTTTGG---TA-ATC--ACA-C-------------------A------T--------GGG-TG------TA--CA-AA--ATTG--AA---------------------A---GG----GGT------TACA-----TGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatTAAAA-AAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT-------TATC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACA-TAA---AA----------A---AT-----GTAC----A----------------AGTT-AC---TG-AATGGGAT-CCA--GTTT-------G---ACACAAAT--------GGA-CA------CA--CA-CATGAATG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : AA-AACAGGCCATAATTGCTGTAAAATTTTAC---------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACA-TCA---AATAGTAATTAAA-----------TA-------------------AGAAGT--AT---TGTATGCTAAA-CTA--GTTTGACTGACTG--A------T--------GCA-CG------CA--CA-GACGAAGT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : gTGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGA-----TTTTTTT--ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGCCATAACACTTGTAAAAGTTGACCA-GTA-------------------------------------TT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCA-CAA---AATATGAATTA-A---AC-----AAAC----A--GAGCCCTT-----AAGTT-AT---TG-gt
gi|19 : TTTT--ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGTCATAGCTCATGTAAAAT
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAAC-AATTTTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGTTATAGCTCCTGTATAATTTGACCG-ATGTTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACA-CAA---AATATTAAATAAA---AT--------T----A--GAATCCTT--CAGAGATT-AT---TG-AATAGACA-CCAACTTTT-------T---AC-----C--------AGA-CG------T-----------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAcgaacctttttattaat
gi|21 : tgaaT-----GTAT----A--GACCCTTT--CCAAGGTT-AT---CC-ATTGGAAA-GAA--ATTT-------G---A------C--------AGA-CGAAGGGACA--CA-AG-AAACA--AAC----GG----ACAGAC----A---
gi|22 : GA-CG------GA--CA-AACAGATG--A-------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAcatcaacagataacact
gi|23 : TATTTT--ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGCCAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtaA-------GGTAGACA-------AATATAAATTA-A---AT-----ACAT----A--AACCCATT--CAGAAGTT-AT---TG-ATCAGAAA-CCA--TTCT-------T---
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAtaca
gi|3 : aaATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA--AGT-TATT--ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGACCAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG-ATGCTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACA-CGA---AATATCAATTA-A---AT-----ACAC----T--GACCCTTT--CAGAAGTT-AT---TG-TTCGGAAA-CCA--TTTT-------T-------------------------------TA--CAGGATGAATG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCTATTAATC--AAA--------CT--AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGCCATAATTCCTGTAAAATTTGACTG-ATATTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACA-TAA---ATTATTAATTAAAT--ATACATAGTAT----A--AACCTCTT--CAGAAGTT-AT---TG-ATCAGA----TT--TTTT-------T---AACT---T--------GGA-TG------CAGGCA-CATG--------C-------------------------G----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACTATC-----GAAA--ACCATTTT--TTTGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGTAACAACTCCTGC-AAATTTGACTG-ATATTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACA-CAA---AATATTAATT-TA---A-------TAC----A--GACCCTTT--CAGAAGTT-ATTACTG-ATTGGAAA-TTT--TTCT-------T-----------------------------------CG-GGTGAGTG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCTATTAA---------AGT-----------AAAA---T-----T-----ATTTAAAA-AAGGGGCCATAACTCTTGCAAAATTTTAC----------CAAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATA-CAA---AATATTTATTGT----AT-----ACAA----A--GACCCCAT--CAGAGGTT-AT---TG-ATCATAAA-CG------T-------C---A----------------AA-TG------AA--CA-AATGAATACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGACCATTACTTGTGTAAAACTTGACAA-ATTTTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CA-CCA---AATATCAATTACA-----------TCC----A--TATCCCCTCCCAGAAGTT-AT---TC-ATTGGGAA-CCA--CTTG-------G---A------TAGATAGACAGA-CA------GA--CA-GATACATG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGCCATAACTGCTGTGAAAATTGACTG-TGGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACA-TAA---AATATTAATTGAAT--AC-----ATACTGATA--GACCCTTT--CATAAAAA-GT---TG-ATCGAAAA-CTA--GTAA-------G---A------C--------AGA-CT------AA--CG-TATGCATG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA----TTTTTT--ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGACCA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG-ACATTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCA-TA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTGTTGATCGAAAACATTTGTTTTACCTTTTCAGATACAAACTCTTGGTTGAACGTATGGGCAAAGGGTCACACTTTATGCTCCTTTACATTTTTTAAATAGTAGGGGATAAA
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 333333 11111111111 111111 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 333333333 4 4 2 2 555555 555 66 444 88888888888 6 2 22 0 999999 3 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 33 333 2 2 333 55 1 2222222222 3 2 2 333 4 0 1 77777777777777777777777777777777777777777 55 1 5555555 8888888888 55555555 9999 666666 33 1 3 7777 55 4
lowQualScore : ......... . . . . ...... ... .. ... ........... . . .. . ...... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. .. ... . . ... .. . .......... . . . ... . . . ......................................... .. . ....... .......... ........ .... ...... .. . . .... .. .
lowQualScore : 555555555 0 1 0 6 111111 000 11 777 22222222222 9 1 99 6 333333 4 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 77 999 2 2 999 88 1 6666666666 3 1 1 777 2 9 1 99999999999999999999999999999999999999999 00 5 5555555 6666666666 33333333 1111 888888 44 2 1 7777 33 4
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT---ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGACCG-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--ATAC-------A--GACCCCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCGGAAACCA--NT-T---T---T---A---C--------GGACGNA----CA-NATGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--AGT-TTTT---ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGACCG-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--ATAC-------A--GACCCCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCGGAAACCA--NT-T---T---T---A---C--------GGACGNA----CA-NATGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT---ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGAC--CATTACTCCTGTAAAATTTGACAG-ACATAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATAC-GA---AATATTAA-TTATACGCAT--GTAC-------ATTGACCTCT-T-CAGAAGTTAT---TA-ACCGGAAACAATTTT-T---T---T---ACCTC--------GGACGCA----CA-AATGAA-TG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : TACTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAA-TTA-G---AT--ATAT-------A--GACTCTT-T-CAGAAAATAT---TC-ATTGGAAACGA--AT-T---T---------------------GAGGGA----CA-GATGGT-TG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA--A---TTTT---AACAAAAA---T-----------AAGT-AAA-AAGAGGC--CATCTCTCCTG-----------------TT---AAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACAC-TG---AACATTGA-TCA-A---AC--ATCT-------A--GACCATT-G-CAAAAGTTTT---TTTATCAGAAACCA--TT-T---T---A---A---C--------AGATGGT----TG-CATGCA-CA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagc-TTTT---ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTA---------------TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAAC-CA---AATATTAA-TCA-A---AA--ACAT-------G--GA--ACT-T-CAGA---------------GGAAATCA--AT-T---T--------------------GGA-GCA----CG-CA---------AAA----AA----ATGCAC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattgtgCAAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAGTTTGACCA-TCATTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AAAATAATATTGA-TTA-A---AT--ACAT-------A--GACCC-------------------G-ATCAGAAACCA--AT-T---T---TACAA---C--------AAACAAA----CA-CACGGA-TT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcac----A----CATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA--A---TTTT---ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGC--CAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG-ATATTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATAC-TA---AATATTAA-TAA-C---AT--ACAC-------T--GACTTTT-TGCATAAGTTAT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcataggAA-AAGGGGC--AATGCCTCTTGTAAAATTTGACGGGACATTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TAT---------------ACAT-CA---AATATTGATTTT-A---AT--AAAC-------A--GACCATT-T-CAAAAGT--T---TG-GT----AATCA--C------A---C---A---T--------GGGTGTA----CA-AA--AT-TG--AA---------------------A---GG----GGT------TAC-----ATGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatgtaaAA-AAAAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT-------TATC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACAT-AA---AA-----------A---AT--GTAC-------A----------------AGTTAC---TG-AATGGGATCCA--GT-T---T---G---A---CACAAAT--GGACACA----CA-CATGAA-TG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : tGAA-AACAGGC--CATAATTGCTGTAAAATTTTAC---------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACAT-CA---AATAGTAA-TTA-A---AT--A------------------------AGAAG-TAT---TGTATGCTAAACTA--GT-T---T---G---A---CTGACTGATGCACGCA----CA-GACGAA-GT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : TGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGAT----TT-TTTT---ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGC--CATAACACTTGTAA---------------------------------AAGTTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCAC-AA---AATATGAA-TTA-A---AC--AAAC-------A--GAGCCCT-T----AAGTTAT---TG-gt
gi|19 : -TTTT---ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGT--CATAGCTCATGTAAAATCGAACC
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAAC-AAT-TTTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGT--TATAGCTCCTGTATAATTTGACCG-ATGTTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACAC-AA---AATATTAA-ATA-A---A---AT-T-------A--GAATCCT-T-CAGAGATTAT---TG-AATAGACACCAACTT-T---T---T---AC--C--------AGACGT--------------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAtttttattaat
gi|21 : tgaaT--GTAT-------A--GACCCTT-T-CCAAGGTTAT---CC-ATTGGAAAGAA--AT-T---T---G---A---C--------AGACGAAGGGACA-CAAGAAACA--AAC----GG----ACAGAC----A---
gi|22 : ---A---C--------GGACAAA----CA-GATGA--------------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAcatcaacagataacact
gi|23 : g-TTTT---ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGC--CAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtataA-------GGTAGACA-------AATATAAA-TTA-A---AT--ACAT-------A--AACCCAT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCAGAAACCA--TTCT---T---T---A---C--------
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAa
gi|3 : aaATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA--AGT-TATT---ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGAC--CAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG-ATGCTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACAC-GA---AATATCAA-TTA-A---AT--ACAC-------T--GACCCTT-T-CAGAAGTTAT---TG-TTCGGAAACCA--TT-T---T---T---------------------TA----CAGGATGAA-TG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCTATTAATC--AAA--------CT---AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGC--CATAATTCCTGTAAAATTTGACTG-ATATTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACAT-AA---ATTATTAA-TTA-A---AT--ATACATAGTATA--AACCTCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCAGA---TT--TT-T---T---T---A------------------------A-CTTGGA-TG----C----AG----GCACAT----G---CG----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACT----ATCGAAAACCATT-TTTT-----TGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGT--AACAACTCCTGC-AAATTTGACTG-ATATTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTT-A-------ATAC-------A--GACCCTT-T-CAGAAGTTATTACTG-ATTGGAAATT---TT-T---C---T---T---C--------GG-------------GTGAG-TG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCTATTAA---------AGT------------AAAA---T-----T-----ATTTAAAA-AAGGGGC--CATAACTCTTGCAAAATTTTACC----------AAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATAC-AA---AATATTTA-TTG-T---AT--ACAA-------A--GACCCCA-T-CAGAGGTTAT---TG-ATCATAAAC----GT-----------------C--------AAATGAA----CA-AATGAA-TACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGAC--CATTACTTGTGTAAAACTTGACAA-ATTTTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CAC-CA---AATATCAA-TTA-C---ATCCATAT------------CCCCTCC-CAGAAGTTAT---TC-ATTGGGAACCA--CT-TGGATAGATAG-A---C--------AGACAGA----CA-GATACA-TG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT---ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGC--CATAACTGCTGTGAAAATTGACTG-TGGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACAT-AA---AATATTAA-TTG-A---ATACATACTGAT---A--GACCCTT-T-CATAAAAAGT---TG-ATCGAAAACTA--GT-A---A---G---A---C--------AGACTAA----CG-TATGCA-TG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA---TT-TTTT---ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGAC--CA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG-ACATTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCAT-A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTGTTGATCGAAAACATTTGTTTTACCTTTTCAGATACAAACTCTTGGTTGAACGTATGGGCAAAGGGTCACACTTTATGCTCCTTTACATTTTTTAAATAGTAGGGGATAAA
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 333333 11111111111 222222 1111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 333333333 4 4 2 1 0 111111 33 66 444 88888888888 6 2 22 0 000000 3 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 33 333 2 2 333 55 1 2222222222 3 2 2 333 4 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 6666666666666 8888888888 666666666 8888 666666 33 3 2 0 7777 55 4
lowQualScore : ......... . . . . . ...... .. .. ... ........... . . .. . ...... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. .. ... . . ... .. . .......... . . . ... . . ................................................... .. ............. .......... ......... .... ...... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 555555555 0 1 0 8 3 333333 99 11 777 22222222222 9 1 99 6 666666 4 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 77 999 2 2 999 88 1 6666666666 3 1 1 555 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1111111111111 4444444444 888888888 6666 444444 22 8 9 1 1111 44 0
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--ATAC-------A--GACCCCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A---C--------GGACGNA----CA-NA----TGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGACCG-ATATTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--ATAC-------A--GACCCCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A---C--------GGACGNA----CA-NA----TGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGAC--CATTACTCCTGTAAAATTTGACAG-ACATAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATAC-GA---AATATTAA-TTATACGCAT--GTAC-------ATTGACCTCT-T-CAGAAGTTAT---TA-ACCGGAAAC--------AATTTT-T---T---T---ACCTC--------GGACGCA----CA-AA----TGAA-TG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : TACTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAA-TTA-G---AT--ATAT-------A--GACTCTT-T-CAGAAAATAT---TC-ATTGGAAAC--------GA--AT-T---T---------------------GAGGGA----CA-GA----TGGT-TG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA--A---TTTT--AACAAAAA---T-----------AAGT-AAA-AAGAGGC--CATCTCTCCTG-----------------TT---AAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACAC-TG---AACATTGA-TCA-A---AC--ATCT-------A--GACCATT-G-CAAAAGTTTT---TTTATCAGAAAC--------CA--TT-T---T---A---A---C--------AGATGGT----TG-CA----TGCA-CA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagc-TTTT--ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTA---------------TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAAC-CA---AATATTAA-TCA-A---AA--ACAT-------G--GA--ACT-T-CAGA---------------GGAAAT--------CA--AT-T---T--------------------GGA-GCA----CG-CA-------------AAA----AA----ATGCAC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattgtgCAAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAGTTTGACCA-TCATTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AAAATAATATTGA-TTA-A---AT--ACAT-------A--GACCC-------------------G-ATCAGAAAC--------CA--AT-T---T---TACAA---C--------AAACAAA----CA-CA----CGGA-TT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcac----A----CATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA--A---TTTT--ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGC--CAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG-ATATTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATAC-TA---AATATTAA-TAA-C---AT--ACAC-------T--GACTTTT-TGCATAAGTTAT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcataggAA-AAGGGGC--AATGCCTCTTGTAAAATTTGACGGGACATTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TAT---------------ACAT-CA---AATATTGATTTT-A---AT--AAAC-------A--GACCATT-T-CAAAAGT--T---TG-GT----AAT--------CA--C------A---C---A---T--------GGGTGTA----CA-AA------AT-TG--AA---------------------A---GG----GGT------TAC-----ATGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatgtaaAA-AAAAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT-------TATC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACAT-AA---AA-----------A---AT--GTAC-------A----------------AGTTAC---TG-AATGGGATC--------CA--GT-T---T---G---A---CACAAAT--GGACACA----CA-CA----TGAA-TG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : tGAA-AACAGGC--CATAATTGCTGTAAAATTTTAC---------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACAT-CA---AATAGTAA-TTA-A---AT--A------------------------AGAAG-TAT---TGTATGCTAAAC--------TA--GT-T---T---G---A---CTGACTGATGCACGCA----CA-GA----CGAA-GT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : TGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGAT----TT-TTTT--ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGC--CATAACACTTGTAA---------------------------------AAGTTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCAC-AA---AATATGAA-TTA-A---AC--AAAC-------A--GAGCCCT-T----AAGTTAT---TG-gt
gi|19 : -TTTT--ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGT--CATAGCTCATGTAAAATCGAACC
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAACAATT-TTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGT--TATAGCTCCTGTATAATTTGACCG-ATGTTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACAC-AA---AATATTAA-ATA-A---A---AT-T-------A--GAATCCT-T-CAGAGATTAT---TG-AATAGACAC--------CAACTT-T---T---T---AC--C--------AGACGT------------------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAtttttattaat
gi|20 : tgaaGTTGT---TG-ATCGAAAACATTTGTTTTA--CC-T---T---T---T---C--------AGA--TA----CA-AACTCTTGGT-TG--AAC----GT----ATGGGCA---A---AG----GGT------CACACTTTATGCTCCT--TTA-CATT-TTTTAAA----TAGT-AG-GGG-ATAAA
gi|21 : T--GTAT-------A--GACCCTT-T-CCAAGGTTAT---CC-ATTGGAAAG--------AA--AT-T---T---G---A---C--------AGACGAAGGGACA-CA----AGAAACA--AAC----GG----ACAGAC----A---
gi|22 : ---A---C--------GGACAAA----CA-GA----TGA--------------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAcatcaacagataacact
gi|23 : g-TTTT--ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGC--CAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtataA-------GGTAGACA-------AATATAAA-TTA-A---AT--ACAT-------A--AACCCAT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCAGAAAC--------CA--TTCT---T---T---A---C--------
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAa
gi|3 : aaATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA--AGT-TATT--ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGAC--CAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG-ATGCTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACAC-GA---AATATCAA-TTA-A---AT--ACAC-------T--GACCCTT-T-CAGAAGTTAT---TG-TTCGGAAAC--------CA--TT-T---T---T---------------------TA----CAGGA----TGAA-TG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCTATTAATC---AA--AC-----T--AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGC--CATAATTCCTGTAAAATTTGACTG-ATATTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACAT-AA---ATTATTAA-TTA-A---AT--ATACATAGTATA--AACCTCT-T-CAGAAGTTAT---TG-ATCAGA-----------TT--TT-T---T---T---A------------------------A-CT----TGGA-TG----C----AG----GCACAT----G---CG----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACT----ATCGAAAACCATT-TTTT----TGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGT--AACAACTCCTGC-AAATTTGACTG-ATATTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTT-A-------ATAC-------A--GACCCTT-T-CAGAAGTTATTACTG-ATTGGAAAT--------T---TT-T---C---T---T---C--------GG-------------G----TGAG-TG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCTATTAA--AGTAA--AAT-T-----------AT---T-----T-----AA----AA-AAGGGGC--CATAACTCTTGCAAAATTTTAC----------CAAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATAC-AA---AATATTTA-TTG-T---AT--ACAA-------A--GACCCCA-T-CAGAGGTTAT---TG-ATCATAAAC------------GT-----------------C--------AAATGAA----CA-AA----TGAA-TACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGAC--CATTACTTGTGTAAAACTTGACAA-ATTTTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CAC-CA---AATATCAA-TTA-C---ATCCATAT------------CCCCTCC-CAGAAGTTAT---TC-ATTGGGAAC--------CA--CT-TGGATAGATAG-A---C--------AGACAGA----CA-GA----TACA-TG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGC--CATAACTGCTGTGAAAATTGACTG-TGGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACAT-AA---AATATTAA-TTG-A---ATACATACTGAT---A--GACCCTT-T-CATAAAAAGT---TG-ATCGAAAAC--------TA--GT-A---A---G---A---C--------AGACTAA----CG-TA----TGCA-TG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA---TT-TTTT--ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGAC--CA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG-ACATTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCAT-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 333333 111111111111111 3333333333 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 333333333 4 4 2 1 0 111111 33 66 999999999999999 6 2 22 0 0 1111111111 2 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 33 333 2 2 333 22 333 2222222222 3 2 2 333 4 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666 8888 666666 33 3 2 0 7777 55 4
lowQualScore : ......... . . . . . ...... .. .. ............... . . .. . . .......... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. .. ... . . ... .. ... .......... . . . ... . . ............................................................................... ........ .... ...... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 555555555 0 1 0 8 3 333333 99 11 777777777777777 9 1 99 4 3 5555555555 0 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 77 999 2 2 999 99 999 6666666666 3 1 1 555 0 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 6666 444444 22 8 9 1 1111 44 0
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGAC--CATTACTCCTGTAAAATTTGACAG--A-C-A-TAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATAC-GA---AATATTAA-TTATACGCAT--G--TAC-------ATTGACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TA-ACCGGAAAC--------AA--TT-T---T---TTT-A-CCTC-----GGACGCA----CA-AA----TGAATG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : -T-A-CTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAA-TTA-G---AT--A--TAT-------A--GACTCTTT-C-AGAAAATAT---TC-ATTGGAAAC--------GA--AT-T---T-------------------GAGGGA----CA-GA----TGGTTG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA--A---TTTT--AACAAAAA---T-----------AAGT-AAA-AAGAGGC--CATCTCTCCTGT------------------------TAAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACAC-TG---AACATTGA-TCA-A---AC--A--TCT-------A--GACCATTG-C-AAAAGTTTT---TTTATCAGAAAC--------CA--TT-T---T---A---A-C--------AGATGGT----TG-CA----TGCACA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagc-TTTT--ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTG-----------------T-A-TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAAC-CA---AATATTAA-TCA-A---AA--A--CAT-------G--GA--ACTT-C-AGA---------------GGAAAT--------CA--AT-T---T------------------GGA-GCA----CG-CA------------AAA----AA----ATGCAC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattgtgCAAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAGTTTGAC-C--A-TCA-TTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AAAATAATATTGA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--GACCC-------------------G-ATCAGAAAC--------CA--AT-T---T---TACAA-C--------AAACAAA----CA-CA----CGGATT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcac----A----CATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA--A---TTTT--ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGC--CAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG--A-T-A-TTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATAC-TA---AATATTAA-TAA-C---AT--A--CAC-------T--GACTTTTTGC-ATAAGTTAT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcataggAA-AAGGGGC--AATGCCTCTTGTAAAATTTGAC-GGGA-C-A-TTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TAT---------------ACAT-CA---AATATTGATTTT-A---AT--A--AAC-------A--GACCATTT-C-AAAAGT--T---TG-GT----AAT--------CA--C------A---C---A-T--------GGGTGTA----CA-AA------ATTG--AA---------------------A---GG----GGT------TAC-----ATGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatgtaaAA-AAAAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT---------T-A-TC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACAT-AA---AA-----------A---AT--G--TAC-------A----------------AGTTAC---TG-AATGGGATC--------CA--GT-T---T---G---A-CACAAAT--GGACACA----CA-CA----TGAATG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : tGAA-AACAGGC--CATAATTGCTGTAAAATTTTAC-------------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACAT-CA---AATAGTAA-TTA-A---AT--A--------------------------AGAAG-TAT---TGTATGCTAAAC--------TA--GT-T---T---G---A-CTGACTGATGCACGCA----CA-GA----CGAAGT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : TGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGAT----TT-TTTT--ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGC--CATAACACTTGTAA-------------------------------------AAGTTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCAC-AA---AATATGAA-TTA-A---AC--A--AAC-------A--GAGCCCTT-----AAGTTAT---TG-gt
gi|19 : -TTTT--ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGT--CATAGCTCATGTAAAAT
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAACAATT-TTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGT--TATAGCTCCTGTATAATTTGACCG--A-T-G-TTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACAC-AA---AATATTAA-ATA-A---A---A--T-T-------A--GAATCCTT-C-AGAGATTAT---TG-AATAGACAC--------CAACTT-T---T---T---ACC--------AGACGT-----------------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAcgaacctttttattaat
gi|20 : tgaaGTTGT---TG-ATCGAAAACATTTGTTTTA--CC-T---T---T---T-C--------AGA--TA----CA-AACTCTTGGTTG--AAC----GT----ATGGGCA---A---AG----GGT------CACACTTTATGCTCCT--TTA-CATT-TTTTAAA----TAGT-AG-GGG-ATAAA
gi|21 : T--G--TAT-------A--GACCCTTT-C-CAAGGTTAT---CC-ATTGGAAAG--------AA--AT-T---T---G---A-C--------AGACGAAGGGACA-CA----AGAA-----AC----AA----ACGGAC----A---G
gi|22 : ---A-C--------GGACAAA----CA-GA----TGA-------------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAacacatcaacagataacact
gi|23 : g-TTTT--ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGC--CAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtataA-------GGTAGACA-------AATATAAA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--AACCCATT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGAAAC--------CA--TTCT---T---T---A-C--------
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAa
gi|3 : aaATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA--AGT-TATT--ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGAC--CAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG--A-T-G-CTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACAC-GA---AATATCAA-TTA-A---AT--A--CAC-------T--GACCCTTT-C-AGAAGTTAT---TG-TTCGGAAAC--------CA--TT-T---T---T-------------------TA----CAGGA----TGAATG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCTATTAATC---AA--AC-----T--AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGC--CATAATTCCTGTAAAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACAT-AA---ATTATTAA-TTA-A---AT--A--TACATAGTATA--AACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGA-----------TT--TT-T---T---T---A----------------------A-CT----TGGATG----C----AG----GCACAT----G---CG----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACT----ATCGAAAACCATT-TTTT----TGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGT--AACAACTCCTGC-AAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTT-A-------A--TAC-------A--GACCCTTT-C-AGAAGTTATTACTG-ATTGGAAAT--------T---TT-T---C---T---T-C--------GG-------------G----TGAGTG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCTATTAA--AGTAA--AAT-TATT-------------------T-----AA----AA-AAGGGGC--CATAACTCTTGCAAAATTTTAC--------------CAAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATAC-AA---AATATTTA-TTG-T---AT--A--CAA-------A--GACCCCAT-C-AGAGGTTAT---TG-ATCATAAAC------------GT---------------C--------AAATGAA----CA-AA----TGAATACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGAC--CATTACTTGTGTAAAACTTGAC-A--AAT-T-TTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CAC-CA---AATATCAA-TTA-C---ATCCA--TAT------------CCCCTC-CCAGAAGTTAT---TC-ATTGGGAAC--------CA--CT-TGGATAGATAG-A-C--------AGACAGA----CA-GA----TACATG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGC--CATAACTGCTGTGAAAATTGAC-T--G-T-GGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACAT-AA---AATATTAA-TTG-A---AT--ACATACTGAT---A--GACCCTTT-C-ATAAAAAGT---TG-ATCGAAAAC--------TA--GT-A---A---G---A-C--------AGACTAA----CG-TA----TGCATG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA---TT-TTTT--ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGAC--CA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG--A-C-A-TTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCAT-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 333333 111111111111111 3333333333 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 333333333 4 4 2 1 0 111111 33 66 999999999999999 6 2 22 0 0 1111111111 2 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 33 333 2 2 333 22 333 2222222222 3 2 2 333 4 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666 8888 666666 33 3 2 0 7777 55 4
lowQualScore : ......... . . . . . ...... .. .. ............... . . .. . . .......... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. .. ... . . ... .. ... .......... . . . ... . . ............................................................................... ........ .... ...... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 555555555 0 1 0 8 3 333333 99 11 777777777777777 9 1 99 4 3 5555555555 0 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 77 999 2 2 999 99 999 6666666666 3 1 1 555 0 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 6666 444444 22 8 9 1 1111 44 0
consensus : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----A----CACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGAC--CATTACTCCTGTAAAATTTGACAG--A-C-A-TAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATAC-GA---AATATTAA-TTATACGCAT--G--TAC-------ATTGACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TA-ACCGGAAAC--------AA--TT-T---T---TTT-A-CCTC-----GGACGCA----CA-AA----TGAATG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : -T-A-CTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAA-TTA-G---AT--A--TAT-------A--GACTCTTT-C-AGAAAATAT---TC-ATTGGAAAC--------GA--AT-T---T-------------------GAGGGA----CA-GA----TGGTTG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA--A---TTTT--AACAAAAA---T-----------AAGT-AAA-AAGAGGC--CATCTCTCCTGT------------------------TAAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACAC-TG---AACATTGA-TCA-A---AC--A--TCT-------A--GACCATTG-C-AAAAGTTTT---TTTATCAGAAAC--------CA--TT-T---T---A---A-C--------AGATGGT----TG-CA----TGCACA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagc-TTTT--ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTG-----------------T-A-TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAAC-CA---AATATTAA-TCA-A---AA--A--CAT-------G--GA--ACTT-C-AGA---------------GGAAAT--------CA--AT-T---T------------------GGA-GCA----CG-CA------------AAA----AA----ATGCAC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtataggacactgatgtcctcacattgtgCAAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAGTTTGAC-C--A-TCA-TTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AAAATAATATTGA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--GACCC-------------------G-ATCAGAAAC--------CA--AT-T---T---TACAA-C--------AAACAAA----CA-CA----CGGATT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcac----A----CATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA--A---TTTT--ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGC--CAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG--A-T-A-TTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATAC-TA---AATATTAA-TAA-C---AT--A--CAC-------T--GACTTTTTGC-ATAAGTTAT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcataggAA-AAGGGGC--AATGCCTCTTGTAAAATTTGAC-GGGA-C-A-TTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TAT---------------ACAT-CA---AATATTGATTTT-A---AT--A--AAC-------A--GACCATTT-C-AAAAGT--T---TG-GT----AAT--------CA--C------A---C---A-T--------GGGTGTA----CA-AA------ATTG--AA---------------------A---GG----GGT------TAC-----ATGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatgtaaAA-AAAAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT---------T-A-TC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACAT-AA---AA-----------A---AT--G--TAC-------A----------------AGTTAC---TG-AATGGGATC--------CA--GT-T---T---G---A-CACAAAT--GGACACA----CA-CA----TGAATG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : tGAA-AACAGGC--CATAATTGCTGTAAAATTTTAC-------------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACAT-CA---AATAGTAA-TTA-A---AT--A--------------------------AGAAG-TAT---TGTATGCTAAAC--------TA--GT-T---T---G---A-CTGACTGATGCACGCA----CA-GA----CGAAGT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : TGTCA----A----CACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGAT----TT-TTTT--ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGC--CATAACACTTGTAA-------------------------------------AAGTTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCAC-AA---AATATGAA-TTA-A---AC--A--AAC-------A--GAGCCCTT-----AAGTTAT---TG-gt
gi|19 : -TTTT--ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGT--CATAGCTCATGTAAAAT
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCT----ATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAACAATT-TTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGT--TATAGCTCCTGTATAATTTGACCG--A-T-G-TTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACAC-AA---AATATTAA-ATA-A---A---A--T-T-------A--GAATCCTT-C-AGAGATTAT---TG-AATAGACAC--------CAACTT-T---T---T---ACC--------AGACGT-----------------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAcgaacctttttattaat
gi|20 : tgaaGTTGT---TG-ATCGAAAACATTTGTTTTA--CC-T---T---T---T-C--------AGA--TA----CA-AACTCTTGGTTG--AAC----GT----ATGGGCA---A---AG----GGT------CACACTTTATGCTCCT--TTA-CATT-TTTTAAA----TAGT-AG-GGG-ATAAA
gi|21 : T--G--TAT-------A--GACCCTTT-C-CAAGGTTAT---CC-ATTGGAAAG--------AA--AT-T---T---G---A-C--------AGACGAAGGGACA-CA----AGAA-----AC----AA----ACGGAC----A---G
gi|22 : ---A-C--------GGACAAA----CA-GA----TGA-------------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAacacatcaacagataacact
gi|23 : g-TTTT--ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGC--CAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtataA-------GGTAGACA-------AATATAAA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--AACCCATT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGAAAC--------CA--TTCT---T---T---A-C--------
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAa
gi|3 : aaATTTGTCT----ATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA--AGT-TATT--ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGAC--CAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG--A-T-G-CTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACAC-GA---AATATCAA-TTA-A---AT--A--CAC-------T--GACCCTTT-C-AGAAGTTAT---TG-TTCGGAAAC--------CA--TT-T---T---T-------------------TA----CAGGA----TGAATG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaATGTGCCA----A----CACAAAT-GCACATGCTATTAATC---AA--AC-----T--AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGC--CATAATTCCTGTAAAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACAT-AA---ATTATTAA-TTA-A---AT--A--TACATAGTATA--AACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGA-----------TT--TT-T---T---T---A----------------------A-CT----TGGATG----C----AG----GCACAT----G---CG----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaATGTGTCTGTTGA----CACAAAT-GTTGCCACT----ATCGAAAACCATT-TTTT----TGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGT--AACAACTCCTGC-AAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTT-A-------A--TAC-------A--GACCCTTT-C-AGAAGTTATTACTG-ATTGGAAAT--------T---TT-T---C---T---T-C--------GG-------------G----TGAGTG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGA----CATGAAT-GCCCCCGCTATTAA--AGTAA--AAT-TATT-------------------T-----AA----AA-AAGGGGC--CATAACTCTTGCAAAATTTTAC--------------CAAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATAC-AA---AATATTTA-TTG-T---AT--A--CAA-------A--GACCCCAT-C-AGAGGTTAT---TG-ATCATAAAC------------GT---------------C--------AAATGAA----CA-AA----TGAATACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGAC--CATTACTTGTGTAAAACTTGAC-A--AAT-T-TTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CAC-CA---AATATCAA-TTA-C---ATCCA--TAT------------CCCCTC-CCAGAAGTTAT---TC-ATTGGGAAC--------CA--CT-TGGATAGATAG-A-C--------AGACAGA----CA-GA----TACATG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGC--CATAACTGCTGTGAAAATTGAC-T--G-T-GGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACAT-AA---AATATTAA-TTG-A---AT--ACATACTGAT---A--GACCCTTT-C-ATAAAAAGT---TG-ATCGAAAAC--------TA--GT-A---A---G---A-C--------AGACTAA----CG-TA----TGCATG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA---TT-TTTT--ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGAC--CA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG--A-C-A-TTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCAT-A
blockSeqs : ATTGG T C T A TAAGTG TT CA GGGGTAACAA T G TT GGGACA G CATGTAA A TTACA AC G TT AAGG CACCAAC CC CA AAT T . . CC CAT ATAGTATA T G C TAC T ATTTGTTTTACCTTTTCAGATACAAACTCTTGGTTGAACGT TGTAA TAAT TACTAA TA A G TATC CT T
blockSeqs : ATCAA . A T A CAATT . TA TCACCGT C . . CATCA A T G . . . AT . . CT T . . . . . T TGATA T . . . T TAGTTTGACTGACTGATGCACGCACAGACGAAGTAACAG AAAC TCC . . C . . G .
blockSeqs : GTTGA . T A G CCATT . CA TTAT T . . TGATA G C G . . . . . . GT C . . . . . T A C . . . . CACTTGGATAGATAGACAGACAGACAGATACATGAACGG AA . . . C . . T .
blockSeqs : GCTGA . C G G AGT . CA TAT G . . CGATG T T C . . . . . . CT A . . . . . C A T . . . . CAATTTTACAACAAACAAACACACGGATTAACGGACAT A . . . C . . A .
blockSeqs : A . C G A AAT . AG CAT C . . TGATG G A A . . . . . . AC T . . . . . C G T . . . . CAGTTTGACACAAATGGACACACACATGAATGAACAG A . . . C . . T .
blockSeqs : A . G A G TT . CA TT A . . TGATA G T G . . . . . . TA C . . . . . C A C . . . . AAATTTGACAGACGAAGGGACACAAGAAACAA A . . . C . . T .
blockSeqs : A . C A A AC . TG TT T . . TGATA G C A . . . . . . GT A . . . . . A T C . . . . GAATTTGAGGGACAGATGGTTGCACAGAAAG A . . . C . . C .
blockSeqs : . A G A TT . TG TT T . . AAATT G T G . . . . . . GA C . . . . . T A T . . . . CATTTTAACAGATGGTTGCATGCACAAAAGG A . . . T . . T .
blockSeqs : . . A G A . CA TT T . . TGTGG G T G . . . . . . GT A . . . . . A A A . . . . TAGTAAGACAGACTAACGTATGCATGGACAA A . . . C . . C .
blockSeqs : . . A . CA TT T . . AGACA T T G . . . . . . GT A . . . . . T A T . . . . GTCAAATGAACAAATGAATACCGATAG A . . . C . .
blockSeqs : . TG TT C . . TA G T A . . . . . . AT G . . . . . T A C . . . . CATTTTTTACAGGATGAATGAACAC G . . . T . .
blockSeqs : . C T A . . TA G A A . . . . . . GT A . . . . . C A T . . . . CACACATGGGTGTACAAAATTGAA A . . . . .
blockSeqs : . . T C . . . . T G . . . . . . TT A . . . . . C A C . . . . CAACTTTTTACCAGACGTACGA G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T G . . . . . . GT A . . . . . T T C . . . . TTTTCTTCGGGTGAGTGAACGA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CA C . . . . . T A T . . . . CAATTTGGAGCACGCAAAAAA A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T A . . . . . C A . . . . . TTTTTTTAACTTGGATGCAG A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G A . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GTCGA**** ATT*** *** A*********
originalCons : ATGTGTCT----A----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA--ANT-TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
finalCons : ATGTGTCTGTCGA----CACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAAATT---TTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TACA---------GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAAC--------CA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NA----TGAATG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT
Alignments
lowQualScore : 2222 222222222222222 3333333333 1111111111 444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 0 3 2 3 2222 0 33 66 111111111111111 6 2 22 0 0 1111111111 2 8888888 1 55555 33 2 66 4444 6666666 44 33 333 2 2 333 22 333 2222222222 3 2 2 333 4 0 1 444 2 000000000000000000000000000000000 55 1 5555555 8888888888 55555555 9999 666666 33 1 3 7777 55 4
lowQualScore : . . . . . .... . .. .. ............... . . .. . . .......... . ....... . ..... .. . .. .... ....... .. .. ... . . ... .. ... .......... . . . ... . . . ... . ................................. .. . ....... .......... ........ .... ...... .. . . .... .. .
lowQualScore : 7 4 6 8 1 6666 5 99 11 333333333333333 9 1 99 4 3 5555555555 0 2222222 4 66666 11 2 11 7777 8888888 11 77 999 2 2 999 99 999 6666666666 3 1 1 777 2 9 1 222 4 444444444444444444444444444444444 00 5 5555555 6666666666 33333333 1111 888888 44 2 1 7777 33 4
consensus : ATGTGTCTGTCGACACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA---ATTTTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAACCA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NATGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
Reference ( family-2025 ) : ATGTGTCTGTCGACACGAAT-GCCCCCGCTATTAATCGGAAA---ATTTTTT--ACCGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAATTTGAC-G--A-T-A-TTGACAAATAT------CGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTA-A---AT--A--TAC-------A--GACCCCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCGGAAACCA--NT-T---T---T---A-C--------GGACGNA----CA-NATGAA-TG--AAC----GG----ACGGAC----A---GG----GGT------AACACTTAATGCCCCT--TCACCATT-CTTCGAA----TGGC-GG-GGGCATAAAA
gi|1 : ATGTGTCT----ACACAAAT-GCCCCCACTGTTAATCGGAAACCAATATTTT--ACTGAAAA---T-----T-----ATGTAAAA-AAGGGAC--CATTACTCCTGTAAAATTTGACAG--A-C-A-TAGACAAATAT------CGTACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----AATACA-------GGTACATAC-GA---AATATTAA-TTATACGCAT--G--TAC-------ATTGACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TA-ACCGGAAACAA--TT-T---T---TTT-A-CCTC-----GGACGCA----CA-AATGAA-TG--AAT----GG----ATGGTC----A---GG----GGT------AACACTTCATGTCCCG--TCACCATT-CTTTGAA----TGGC-TG-GGGCTTAAAA
gi|10 : -T-A-CTGA--AATAT------TAGACATGACCTGT-----ATT--TCAT-AA--T----AATTTA-------GCCACACACCAA---AATATCAA-TTA-G---AT--A--TAT-------A--GACTCTTT-C-AGAAAATAT---TC-ATTGGAAACGA--AT-T---T-------------------GAGGGA----CA-GATGGT-TG--CACAGAAAG----ACAGACTGTAA---GA----GGT------AACACTAAATGTGGCT--TTA-CATTGGTTTGAATATCTGAG-GG-GGGCA
gi|11 : tactttcaaacattgattcagtaattagT-GCTCCCGCTATATGTTAGTAA---ATTTT----AACAAAAA---T-----------AAGT-AAA-AAGAGGC--CATCTCTCCTGT------------------------TAAATG--------------GACCTGT-----ATT--TTGCGAA--T----TATACA-------G-TA-ACAC-TG---AACATTGA-TCA-A---AC--A--TCT-------A--GACCATTG-C-AAAAGTTTT---TTTATCAGAAACCA--TT-T---T---A---A-C--------AGATGGT----TG-CATGCA-CA--AAA----GG----ACGGA----------A----GGT------AACATCTAATGCACCT--TCAACATT-GTTTGAA----atcaaaaa
gi|12 : acccagcGACACTGAT-GTCCTCAC-----ATTG--------TGTTTT--ACTAATAA---T-----T-----TAGTTGAA-AAGGGGC--CATAACTCCTG-----------------T-A-TTAACAAAAAC------TGAATTTGACCAGT-----ATT--TTAT-AA--T----CATATA-------GCTTTAAAC-CA---AATATTAA-TCA-A---AA--A--CAT-------G--GA--ACTT-C-AGA---------------GGAAATCA--AT-T---T------------------GGA-GCA----CG-CA---------AAA----AA----ATGCAC----A---GG----GGT------TACACTTTATCCCCAT--TCA
gi|13 : agaaacatgtatagCAAA-AAGGGGC--CATAACTCCTGTAAAGTTTGAC-C--A-TCA-TTGACAAATAT------CGAACGTGACTTGT-----ATT--TTGT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AAAATAATATTGA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--GACCC-------------------G-ATCAGAAACCA--AT-T---T---TACAA-C--------AAACAAA----CA-CACGGA-TT--AAC----GGACATACAGAC----A---GG----TGT------AACACTTAATGCCCAA--TCACCATT-Caatttctg
gi|14 : aaatcaatttttcacGACATGGAT-GCCACCATTACATGTCAGTAA---ATTTT----ACCAAAAA---TCACCGT-----AAGCTGAA-AAGGGGC--CAAAACTGCTGTGAAAATTGACTG--A-T-A-TTTATCAATAA------CCAAATTGACCTGT-----ATT--TTAT-CATTT----TATATA-------GCTGCATAC-TA---AATATTAA-TAA-C---AT--A--CAC-------T--GACTTTTTGC-ATAAGTTAT---TG-ATCAGAA
gi|15 : aaatgtgcatagAA-AAGGGGC--AATGCCTCTTGTAAAATTTGAC-GGGA-C-A-TTGACAAATAT------TAAACTTGGCTTGC-----ATT--TTAT-AA--T----TAT---------------ACAT-CA---AATATTGATTTT-A---AT--A--AAC-------A--GACCATTT-C-AAAAGT--T---TG-GT----AATCA--C------A---C---A-T--------GGGTGTA----CA-AA--AT-TG--AA---------------------A---GG----GGT------TAC-----ATGCCCCT--CCACCATT-CTTTAAA----AGGT-GA-GAGCATAAAA
gi|16 : aatgtaaAA-AAAAGGCTTCGGAACTCCTG-AAAGTTT---------T-A-TC-------AC------CG---TTAATCTGT-----TTT--GTAT-AA--T----TATACA-------AACACACAT-AA---AA-----------A---AT--G--TAC-------A----------------AGTTAC---TG-AATGGGATCCA--GT-T---T---G---A-CACAAAT--GGACACA----CA-CATGAA-TG--AAC----AG----ATGGAT---------G----AGTTACTAAAACACTTAATTCCCCTTATAACCATT-CTTa
gi|17 : tGAA-AACAGGC--CATAATTGCTGTAAAATTTTAC-------------ACAA----------C--ACTTAGGCTGT-----TTT--TTAT-AA--T----TATACA-------GTAACACAT-CA---AATAGTAA-TTA-A---AT--A--------------------------AGAAG-TAT---TGTATGCTAAACTA--GT-T---T---G---A-CTGACTGATGCACGCA----CA-GACGAA-GT--AAC----AG----ACAGAC----A----G----GGT------AA-GCTAAATGCCCCT--TCACtt
gi|18 : TGTCAACACAAAT-ATCTCAGCAATTATTTGGAT-----TTTTTT--ACC-AAAA---TA----T-----AAGTGAAA-AAGGGGC--CATAACACTTGTAA-------------------------------------AAGTTGACCAGT-----ATT--TTAT-GA--T----TATACA-------GGTAAGCAC-AA---AATATGAA-TTA-A---AC--A--AAC-------A--GAGCCCTT-----AAGTTAT---TG-gt
gi|19 : TTTT--ACCAAAAA---CA----T-----AAGTCGTA-AACTGGT--CATAGCTCATGTAAAAT
gi|2 : aaaaaaatgtccatatgacatggaaatacccggcttgtaatatatatgctagtaaaATGTGTCTATTGGCAAGAATTGAC---ATTATTGATCGGAAACA-ATTTTTTTTACAGAAAA---T-----T-----AAGTAGAAGAAGGGGT--TATAGCTCCTGTATAATTTGACCG--A-T-G-TTGACAAAAAT------CAAACTTGGCTTGT-----ATT--TCAT-AA--T----TATACA-------GGAGCACAC-AA---AATATTAA-ATA-A---A---A--T-T-------A--GAATCCTT-C-AGAGATTAT---TG-AATAGACACCAACTT-T---T---T---ACC--------AGACGT--------------------AC----GA----ACAGAC----A---GG----GAT------AACACTTAATGTCCCT--TAGCCATT-CTTTGAA----TAGA-GG-GGACATAAAAcgaacctttttattaat
gi|21 : tgaaT--G--TAT-------A--GACCCTTT-C-CAAGGTTAT---CC-ATTGGAAAGAA--AT-T---T---G---A-C--------AGACGAAGGGACA-CAAGAAACA--AAC----GG----ACAGAC----A---
gi|22 : ---A-C--------GGACAAA----CA-GATGA--------------------CGGAC----A---AGTCC-GGT------AACACTTAATGCCCAT--TCACTTTA-TTTCAAA----TGGT-AGTGAGTAAAAAAcatcaacagataacact
gi|23 : g---ATATTTT--ACCAAAAC---TTA---T-----AAGCTGAA-AATGGGC--CAAAACTCATGTTAAATTat
gi|24 : caaaggacatgctgttatgtttgtA-------GGTAGACA-------AATATAAA-TTA-A---AT--A--CAT-------A--AACCCATT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGAAACCA--TTCT---T---T---A-C--------
gi|25 : GGAT----G---GG----GAG------AACACCTAATGTCGTT--TCATCATT-CTTCCAA----TGGC-AG-GGGCATAAAAa
gi|3 : aaATTTGTCTATCAACACGAAT-ACCCCTGCTATTGAGCAGAAA---AGTTATT--ACTGAAAA---T-----T-----AAATTGAA-AAGGGAC--CAGAACTCCTGTAAAACTTGGTTG--A-T-G-CTGACAAATAT------CGAATTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATATG-------GGTACACAC-GA---AATATCAA-TTA-A---AT--A--CAC-------T--GACCCTTT-C-AGAAGTTAT---TG-TTCGGAAACCA--TT-T---T---T-------------------TA----CAGGATGAA-TG--AAC----AC----ACAGAC----A---TG----GGT------AACACTTAATTCCCTT--TC
gi|4 : gaaTGCCAACACAAAT-GCACATGCTATTAATC--AAA--------CT--AC---------------------AAGTTGAA-AAAGGGC--CATAATTCCTGTAAAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATGT------CGAACTTAAGCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GATACACAT-AA---ATTATTAA-TTA-A---AT--A--TACATAGTATA--AACCTCTT-C-AGAAGTTAT---TG-ATCAGA---TT--TT-T---T---T---A----------------------A-CTTGGA-TG----C----AG----GCACAT----G---CG----GGC------AACACTTAACGCCTGT--TTA-CATT-CTCCGAG----TGGT-GG-GGGCATAAAAgatgggggca
gi|5 : gaaatgATGTGTCTGTTGACACAAAT-GTTGCCACT----ATCGAAAACC-ATTTTTT----TGAAAAGGGG-----TAACAAAAGTTAAA-AAGGGGT--AACAACTCCTGC-AAATTTGACTG--A-T-A-TTGACAAATACATGTAATGAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TATACA-------GGTACACAC-AA---AATATTAA-TTT-A-------A--TAC-------A--GACCCTTT-C-AGAAGTTATTACTG-ATTGGAAATT---TT-T---C---T---T-C--------GG-------------GTGAG-TG--AAC----GA----ACGGAC----A---GGTAATGGT------AACACTAAATG
gi|6 : taagaaACGTGTCTGCTGACATGAAT-GCCCCCGCTATTAA-AGTAAA---ATTATTT--A---------------------------AAA-AAGGGGC--CATAACTCTTGCAAAATTTTAC--------------CAAATAT------CAAACTTGACCTGT-----ATT--TTAT-AA--TAAGGTACACG-------GTTACATAC-AA---AATATTTA-TTG-T---AT--A--CAA-------A--GACCCCAT-C-AGAGGTTAT---TG-ATCATAAAC----GT---------------C--------AAATGAA----CA-AATGAA-TACCGAT----AG----ACGGAC----AAACGA----GGT------AATACTTAATACCTCA--TCACCTTT-CTTAGAA----TAGC-GG-
gi|7 : gaaaCCAAAAA---T-----T-----AAGTCATA-AACTGAC--CATTACTTGTGTAAAACTTGAC-A--AAT-T-TTTACAAATAA------CAAACT--ACTTATTTACAATTACTTAC-AA--T----CATACACACCAACGGTGT-CAC-CA---AATATCAA-TTA-C---ATCCA--TAT------------CCCCTC-CCAGAAGTTAT---TC-ATTGGGAACCA--CT-TGGATAGATAG-A-C--------AGACAGA----CA-GATACA-TG--AAC----GG----ACAGAC----A---GG----GGT------AAAGCTTAATGCCTCT--TGACTATT-CTTCAAA-----GGCTAG-GGGTATAAAA
gi|8 : ttTATTGATCAGAAATAAGTGTTTT--ACCAAAAA---T-----T-----AGTTAAAA-AAGCTGC--CATAACTGCTGTGAAAATTGAC-T--G-T-GGTTGACCAATAT------CGAAATTGCCCTGT-----ATG--TTAT-AAATT----TACACT-------GCAACACAT-AA---AATATTAA-TTG-A---AT--ACATACTGAT---A--GACCCTTT-C-ATAAAAAGT---TG-ATCGAAAACTA--GT-A---A---G---A-C--------AGACTAA----CG-TATGCA-TG--GAC----AA----ACGGAC----A---GG----AGC------AGCACTTAATGCCCCT--TTATTGTC-ATTCAAA----a
gi|9 : GAAT-GCCATCGCTATTAATTGGAAA----TTTTTT--ACTGAAAA---T-----T-----AAGTCGAA-AAGGGAC--CA-AACTCCTGTAAAATTTGGCAG--A-C-A-TTGACAAATAT------CGAACTTTACCTGT-----ATT--TTAT-AA--T----TGAACA-------GG-ACCCAT-A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTGTTGATCGAAAACATTTGTTTTACCTTTTCAGATACAAACTCTTGGTTGAACGTATGGGCAAAGGGTCACACTTTATGCTCCTTTACATTTTTTAAATAGTAGGGGATAAA
Unaligned ( gi|26 ): TACTAAAAATATTTTTCACCAAAAAGGGGCCATAGCTGCT