lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 222222222 2222222 1 1 2222222222 22222 44444444 9999999999999999999999999999999999999999999 1111 222 111111 1 55555555 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 11 1 1 88888888 1 1 111 222 4444444 1 1 33333333333333333 1111 1 11 1 1111 111111 1111 11111111 777777777777777777777777777777777777777 888888888888888888888888 1 111 11111 333333 1 1 2222222222 22222222222 1 11 11 11111 22222222222222222 1
lowQualScore : 6 7 5 111111111 0 2222222 4 4 6 3 6 0 66 5 5 5 2 2222222222 0 5 33333 66 00000000 66 7 6666666666666666666666666666666666666666666 7777 33 0 222 0 2 0 2 666666 8 2 7 00000000 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 7 5 6 6 22 6 6 7 6 5 55555555 7 5 6 66 777 7 333 1 3333333 3 0 3 77777777777777777 66 5 8 9 3333 8 6 11 6 6 9 1 5 5 9999 6 5 6 666666 0 5 77 2222 5 99999999 8 666666666666666666666666666666666666666 66 1 5 77 888888888888888888888888 7 5 4 666 4 11111 333333 66 4 5 5 8888 0 1111111111 4 0 0 22222222222 5 33 77 00000 00000000000000000 4 777 55 5 4 666 3
lowQualScore : . . . ......... . ....... . . . . . . .. . . . . .......... . . ..... .. ........ .. . ........................................... .... .. . ... . . . . ...... . . . ........ . .................................................................................... . . . . . .. . . . . . ........ . . . .. ... . ... . ....... . . . ................. .. . . . .... . . .. . . . . . . .... . . . ...... . . .. .... . ........ . ....................................... .. . . .. ........................ . . . ... . ..... ...... .. . . . .... . .......... . . . ........... . .. .. ..... ................. . ... .. . . ... .
lowQualScore : 0 0 5 555555555 7 8888888 1 1 7 0 0 5 99 6 0 1 2 2222222222 4 0 44444 99 77777777 99 9 1111111111111111111111111111111111111111111 0000 55 2 222 2 5 2 0 888888 2 2 0 88888888 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 55555555 0 0 0 55 777 3 333 0 3333333 3 0 2 55555555555555555 99 0 0 6 8888 0 0 00 0 7 8 4 0 0 7777 6 7 0 333333 7 1 99 1111 0 99999999 7 555555555555555555555555555555555555555 99 7 7 99 000000000000000000000000 0 6 4 444 7 11111 444444 11 3 0 2 8888 7 3333333333 0 5 1 22222222222 0 77 00 00000 88888888888888888 0 000 55 0 0 444 7
consensus : TGCACTTTAACCACACCGNTCGCTTTTAT----AANATACTGTAGAATCTGGTAAATAAGCGCATGCGCTTATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAA-------C--TATGCGCC-TATATTTGATA-TGCGCTTA--TACATAAGCC---CT--ATG--CGCCTATTTTTGACACNTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAAC---AA---TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-NACAG-------TTTAA---TA-AGT----NTAACACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCNNTGTTT-A-TCTTTAATCCTT---TAGCGGGCA-------ATTCT-AAAAC-TCCTCATTT----AAC--CTT-----GACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTC-ATTAAAGTT--TTAGTG-TTCAAATTA--AATTGTTTACAAG-TTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCT---NGTTTGTGTTTATAGTCGCTAA-AAACTAT---TCAAACAACATGA--TTA----TCGGAAAACG------ATTACACTT--------CAAT----------T---GACG-----C---TCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTC--ACCTTT---------AC-----------TAGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT-----AGC--AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGG---AT-----ATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCA---CATA-C--AGANTGAC-GGTAAGGCCG---TA--TGCGCTTA-ATTTTGGT---ATACGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
Reference ( gi|1 ) : TACACATTAACCAC-TTAGTTGATTTTGT----AATATACTGTAGAATTTGGTAAATAAGTGTATGCGCTTATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTAAGCGCTTATCATTGGTATGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAA-------C--TATGCGTC-TATATTTGATA-AGCGCTTA--TACATAAGCC---AA--ATG--CGCCTATTTTTGACACATTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACCGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGCTTATTTTATAACTGATTCCACAAATATAAAATTTATCAAAAGTAAAC---GT---TATAAACATGAATTAGT---TCAA-TA-AGCTCAA-AACAG-------TTTAA---TACAGT----TTAATACAGT-----TTTA----------GG----TCTGCGTTGTCTCTTTGTTGCTCTATTTTTATTACGATTGATAAGAGGTGCCAACAGGATATCGTCTTCATCACTGTCAGCTGTATCAGAATATGCATATTTGCTCCGAACTTGTGCCAAACCATCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTT---TAGCGGACA-------ATTCT-AAAAT-TCCTTATTT----AAC--CTT-----GACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACTATTCTC-ATCAAAGTT--TAAGTG-T-CAAATTA--AATTGCTTACAAG-TTTTATATTGGTTTCTACAACTCGAGCAATATACTCGCATCT---TGTTTGTGTTTATAGTTGCGAA-AGACTAT---TCAAACAACATAA--TTA----TCGGAAGACG------ATTATATTT--------CAAT----------T---GATA---------TCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTC--ACCTT----------AT-----------CAGTAACCTATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT-----AGC--A--TTTTTAGCC-GCTAATTTATTGGTATACATGTGTT-GGG---TT-----ATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TGACGGGAAGAGCTTAAAATGCGC-----TTATTATTA---CAAA-T--AGGTTGAC-GGTAAGGCCG---TA--TGCGGTTA-ATTTTGGT---ATATGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|13 : TGCACTTTA-CTACATCAGTCATTTTTATTGAGAA-ATACTATAGAATCTGGTAAATAAACGCATGGGCTTATATTACTTTTAGTGCT-TTTTTCATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--CTACTCAA-CCAATGAA-------CAATGTGCGT--TA-ATTTGATA-TGCGCTTA--TACGAAAGC-----A--CTGTTCGCCTACTTTTGACACCTTGA-------TCA---------------
gi|2 : aATCAC-CTGTTTGCTTTAAT----AAAATACTGTAGAATCTGGTAAATAAGCATATGCACTTATATTAATTTTAGTGACGATTTTTATACGCTTATTATTGGTAAGCACTT--CTACTGAA-CCACTAAA-------T--CATGCGCC-TATATCTGATA-TGGACTCA--TACATAAGCC---CT--ATG--CACCTATTTTTGACACCTTGAACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGC--------GA-------AAATGAAATACTAGTACT----GACATGTGTGGCGAGTTACCTCCGTTTATTTTATAATTCATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAAT---AA---TATAAACGAGAATAAGTTTATTAA-TA-AGTTCAATTACAG-------TTTAACATTATAATGGGGTTGAAACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTATTCTGCATTGTCTCTATGTTGCTGTATTTTGATCACGAatgct
gi|8 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggTGT----ACTATAGTGTAGAATCTGGTAAATAAGCGTATGGGCCTATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATACGCATATTATTGGTAAGCATTT--ATATTGAA-CCACTAAA-------C--TATGCACC-TATATTTG----------TA--TACATAA----------------GCCTATTTTTGATACTTTGATCTATGCTTA---------------CCTCTGTCAGAAAAACAGAAGTAAAATACAAGTCTTAGCTGACA-------------A-----GCTGATTTTAC-------------AATATGAAATTTATCAAATGTAAACAATGCATGTATATACATGAATAAGT---TAAATTACAGTTCAA-CATAGGAGTGTCTTTGA---TA-AAT----ATAACACggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatatgcgcttatttaccagattctacag
gi|14 : catgcatgtacatgtatcttggagaaatttaagaaatctcaatgttgtggttgaaaa----AACATACTATAGAACCTGATAAATAAGCGTATGCGCTCATATTAATTCTAAAGAC-ACTTTTATCCGCCTATTTTCGATAAGCGCTTAAATACTTAAGCCGTT-AA-------T--TATGCGCC-TATATTTAATA-TACTCTTT--AACATTAGC
gi|5 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgtttgaaTACTGTAGAATCTGGTAAATTAGCGCATACtcta
gi|2 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaaCTGTAGAATCTGGTAAATAAGCGCAT
gi|11 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatTGTAGAATTTGGTAAATAAGCGCGTAC
gi|16 : tctagtttgtgtttatagtcatgaaaaactatttcattatcagaaaacaattacacttcaatagatgtcaacactggtaagaacacttatcaccttacaagtaaccaattatcatggtattgatcacgaccgttagcaaatttttacccactaatttgtgtgtttacctgtaagggatatgcgcctagtactgaaacataatgatggtaagagtttaacatgcacttattatctcgtatatgctgacggttaggccatatatgcttatttttggtataggcttatattcaaGTAGAGCCTGGTGAATAAGTGTATGCACTTATATTGATTTTGGGGAC-ATTTTTATGCACCTGTTTTTGACAAATGTTT--ACACATAG-CC-CTAAA-------C--TATG-ATCTTACATGTGATATAG-GCTCA--CACATTAGCT---CT--ATG--TGCCTACTTTTGACA-ATTac
gi|3 : gTGTGCTTATATTAATTATAGTGAC-ATGTTTAAGCACTTATTATTGGTAAGCCCTT--ATACTGAT-CCACTAAA-------A--TATGCGCC-TATATTTGATA---------------TAAACC---CT--ATG--CACCTACTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------AA-------AAGTAAAATACTAGTACTAAC-GACATATGTAG--TGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATACGAAATTTATCAAATGTAAAC---AA---TATAAACATGAATAAAC---TCAG-TA-AGTT--A-AAC--------------------------------ACAGT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCAAACTTGATAtggtcaattcttacct
gi|18 : CTCTT--GTGCTCATTATTGGTATGCACTT--ATACTGAA-CCACTTAA-------C--TATGTGTC-TATATTTGATA-TGCGCTTA--TAGATAGGCC---CT--ATG--CACCTATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGtttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|14 : ttgcattaaaaaactttgaatGTATGCGCTC--ATATT-AA-TT-CTAAAGACACTTT--TATCCGCC-TATTTTCGATA-AGCGCTTAAATACTTAAGCCGTTAATTATG--CGCCTATATTTAATATACTga
gi|12 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgtttgaaaacatactatagaacctgataaataagc--ATG--CGCCTATTTCTAACACActttaacattagctcta
gi|4 : caatactagtaacaaataatcacggtattaatgaagtttagtcgctaatttatttgtatacttgtattgggatattgggacCCCATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGCAAAATACTAGTATTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCTGTTTATTTTA--ACTGATTTCACAAATATAAAATTTATCAAATGTAAAC---AG---TATAAACATGAATAAGT---TC-----------------------------AA---TACAGC----TCAACACAAT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTTTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--------TGCTCTGATCTTGTACAAAACCACCTGTGTTT-AGTCTTTAATCCTT---TAGCGGGCA-------TTTAT-AAAATCTCCTCATTT----AAC--CTT-----TTCTCAAaaactgaggtaagattgtagcatgtgcttattatcatgtacagagtgacaataagactgttatatacgcttaattttggtgtacgcttatattcaagtatgcactttaatagttaccagattctacag
gi|6 : ACAT-------TTTAG---TTAAGT----ACACTACAAC-----TAT-----------------TCTGCATTGTCTCTATGTTGGTCTATTTTGATCACGAttaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggtgactcaagaattttactctccgatttcagcattctcattaaagttttattgttaaattaaattgtttacaagttttatattggtttctacagtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|23 : aatgtgtgcgacTAATAAAGT-----GT-A----------GG----TCCGCATTGTCTCTACGTTGCTCTACTgtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttatattaaagtatgcgcttatttaccagtctacagt
gi|10 : taagCATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCATTATTTGA-TCTTTAATCCTT---AAGCTTGCA-------ATTCTAAAAAT-TCTTCATTT----AACA-CTT-----
gi|15 : TTT-A-CTTTT--TTCTTCATTAACGGATAGAATGCCATTCT-GTCAC-TACCTATTTTCCCAACTCCTTTCAGTGACTCA-----CTTAATTTACAATTTCACAATTCTA-ATTAAAGTT--TTAGTG-TTCAAATTA--AATTGTTTACAAG-CTCTATATTGGTTTCCAtctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtaaactcctttcgatgactcaaaaattttactctccgatttcaccattttctataaagttttagtgttcaaattaaattgtttacaagttttatattggtttgcacagttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|10 : tgctctactagttttttAAAC-TCCTT--TC----GA-----T-----GACTCAAAAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTTTCTAT-AAAGTT--TTAGTGTT-CAAATTA--AATTGTTTACAAG-TTTTATATTGGTTTGCACAaagtttttatagaactcaatgat
gi|4 : cataattgctccgatcttgtgcgaaaccaccattatttgatctttaatccttaagcttgcaattctaaaaattcttcatttaacactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtT-----GACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCAGCATTCTC-ATTAAAGTT--TTATTG-T-TAAATTA--AATTGTTTACAAG-TTTTATATTGGTTTCTACAgttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|3 : cccattttcgacacttttattatgaaagcaaaatactagtattaactgacatgtgtgggtgctacctctgtttattttaactgatttcacaaatataaaatttatcaaatgtaaacagtataaacatgaataagttcaatacagctcaacacaattttaggtccacattgtttctatgttgctctattttgatcacgattgataagagatgccaatgggatattgttttcatctctgtcagccgtagcagaatatgctctgatcttgtacaaaaccacctgtgtttagtctttaatcctttagcgggcatttataaaatctcctcatttaaccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggCTATTTTG-ATCAAACTTGATATTTT-T-TTGATTATAAATTGTTTATAAG-TTTTATATTGGTTTCCACgtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctTTCTC-ATTAAAGTT--TTAGTG-TTCAAATTA--AATTATTTACAAGTTTTTATAggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|6 : acctTTATTTACAAC-TGTTGTATT----TC-AC--CTCGA----TAAACTAGCACCTATTTTTTTGTGTTTCTAGTTGCTAA-AATCTATCTATCTATCTATATATCTTTA----TCTATATA----------TATATTTGATGATGGCAGA----------T---GACAGACTAC---TTAACA--GGTAAAAAC-ACATGTCATACTTT----------ATATACACAATACTAATAACCAATTATCAAGGTATT-GATTGAGATCTTT-----TGC--AAGTTTTTAGCC-ACTTATTTGTTTGTATACCTGCATT-GTG---AT-----ATGC-ACCTATTTTAAACACCAAA-------TTTTGGTAAGATTTTAGCATGGGC--------TTATCA---CATA-C--AGAACGAA-GTTAACGTCG---TA--TGCACTTA-ATTTTGGTATAATATCGTTATATTAAAGTATGCGCTTATaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaagtatgcgctaatttaccagattctacagta
gi|5 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttACAACTCAAGCAATATACTAGCATCT---TGTTTGTGTTTATTGCCGTGAA-AAACTAT---TAAAA-AACATGA--TTA----TCGGAAAATG------ATTACATTT--------CAAT----------A---GATG---------TCAACA--GGTAAAAAT-GCTTGTC--ACCTT----------AC-----------TAGTAACTAATTATCACAGTACT-GATCCCAACCATT-----AGC--AAATTGTTAGCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTATT-GTG---AT-----ATGC-ACCAATTTTTAACACAAAA-------TGATGATAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCG---CATA-T--AGATTGAC-GGTAAGGCTG---TA--TGCGCTTA-ATTTTGGT---ATATGCTTATATTCAAGTATGCGCTAATttaccagtctacagt
gi|2 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataACAACTGGAGCAATATACTAGCATCT---AGTTTGTGTTTATAGTTACTGA-AAACTAT---TCAAACAACATGA--TTA----TTGGAAAAGG------ATAACACTT--------CAAT--------------GACAGGCTAC---TCAACA--GATAAGAAC-ACTTGTC--ACCTTTATACACCATAC-----------TATTAACCAATTATTACAATATTTGATGGGGACCGTT-----AGC-------------C-ACTAAATTGTTTGCATACCTGTAAT-GGG---AT-----GTAC-GCCTATTTTTAATACAAAA-------TTGTGGTAATATTTTAGCATGCGA-----TTATTATCA---CATA-T--AGAATGGC-GGTAAGACTG---TA--TGCGCTTA-ATTTCAGT---ATACGCTTCTATGCAAATATGCGCTTATttaccagattctacagta
gi|7 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataACAACCTGACTAATATACTAGTATCT---AGTTTGTGTATATAGTTGCTAATAAACTAT---TCAAACAAAATGA--TTACACTTCAGTAGATGTGAAATGTTA-GTTTAA------CAATCTAAATTGGGT---GATGACGGGCTTCTCAACC--AGTAAGAAC-ACTTGTT--ACCTTTATACACAACAC-----------TAGTAACCAATTA-CACAGTATT-GATGAAAACCATT-----TGC--A--AGTTTAGCC-ACTAATTTGTTTGTATACCTGTTAT-GGG---AT-----ATGC-GCCTATTTGTAAAACAAAA-------TAA-GGTAAGATTTTAGCATGCAC-----TTATTTTCA---CATA-C--AGAATGAT-GTTAAGTCTG---TA--TGTGCTTA-AATTTGGT---GTACGCTTATATTCAAATAAGCTCTTATttaccagattctacag
gi|3 : ccacatcacgagtaagattatcttttttaagaagtttttatcggtgtttgatgtacacaaaatgatcacaaaaaaactgtttggtataAACTTGAGCAATATACCAGCATCT---GATTTGAGTTTATAGTCGCAAA-AAAATATA--TC-AACAACATGA--TTA----TCGGAAAACA------ATTACACTT--------CAAT----------TATAGATG---------TCAACA--AGTAAGAAC-GCTTGTC--ACCTT------------------------AGTAACCAATTATCACGGAAGT-GATCACAACCTTT-----AGC--AATTTTTTGGCCTCCTAATTTGTTTGCAAACCTGTATT-CAG---AC-----ATGC-GCTTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGACGGTAAGGCCTT---ATGCGC-----TTA--ATT---------------TTG------------G---TA--TTCGCTTATATTTAAGT---ATGCGCTTATttaacagatcttacagt
gi|11 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttTCT---AGTTTGTGTTTATAGTCATGAA-AAACTAT---T---------TCA--TTA----TCAGAAAACA------ATTACACTT--------CAAT----------A---GATG---------TCAACACTGGTAAGAAC-ACTTATC--ACCTT----------AC-----------AAGTAACCAATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT-----AGC--AAATTTTTACCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTAA--GGG---AT-----ATGC-GCCTAGTACTGAAACATAA-------TGATGGTAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCT---CGTA-T--ATGCTGAC-GGTTAGGCCA---TA--TATGCTTA-TTTTTGGT---ATAGGCTTATATTCAAGTACGCGCTTATttaccagattc
gi|9 : TTTGTGTTTATAGTTACTAA-AAACTAT---TCTAACAACATGA--TTA----TCGGAAAACG------ATTGCATTT--------CA------------T---CATA----------CATCA--GGTttaccaaattctacaac
gi|9 : ---------TTAGCA--GATAA-AACAGCTTGTT--GCCTTT---------ATTCA--------CAATAACCAATTGTCACAGTATT-GATT----CTTTTTGATGAG------TTTTTAGCT-GTTACTTTGTTCCTATACCTGTATT-TCA---AT-----ATAT-GCCTAATTTTAAGACAAAA-------ATAAGGTAAGAAGTTGACATGTACTTAATTTATTATCA---CATA-C--AGA--AACTGGTAAGGCCC---TAATTGC--TTA-GTTTTGAT---ATAAGTGAGTATTCAACTATGCgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcttagcagataaaacagcttgttgcctttattcacaataaccaattgtcacagtattgattctttttgatgagtttttagctgttactttgttcctatacctgtatttcaatatatgcctaattttaagacaaaaataaggtaagaagttgacatgtacttaatttattatcacatacagaaactggtaaggccctaattgcttagttttgatataagtgagtattcaactatgc
gi|12 : tttgtgtttatagttactaaaaactattctaacaacatgattatcggaaaacgattgcatttcatcatacatcaggtgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcT----------AC-----------TAGTAACAAATAATCACGGTATT-AAT---GA----------AG--------TTTAGTC-GCTAATTTATTTGTATACTTGTATT-GGGATATTGGGACATGC-GCCTATTTCTAACACAAAAC------TGA-GGTAAGATTGTAGCATGTGC-----TTATTATCA---TGTA-C--AGAGTGAC-AATAAGACTGTTATA--TACGCTTA-ATTTTGGT---GTACGCTTATATTCAAGTATGCACTT
gi|19 : caaATCACTGAATT-GACAACGACTGTT-----AGCAAA--TTTGTAGCT-GCTAATCTGTGTGTTTACCTGTACTAGAG---TT-----TTGCAGCTTACTTCtaatagttaccagattctacag
gi|17 : -GGG---AT-----ATGC-GTTTATTTTAAACACAAAA-------TTACGGTGAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCA---CATA-C--AGAATTAT-AGTTAGGCCG---TA--TGCGCTTA-ATTTTGGT---ATACGCTAATATTTAAGTATGCACTTAT
gi|3 : ATGCGC-----TTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGAC-GGTAAGGCCT---TA--TGCGCTTA-ATTTTGGT---ATTCGCTTATATTTAAGTATGCGCTTATtcacaagaatctacagt
gi|22 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacTTTGGC---ATATGCTTATATTCAAGTATGCGCTTATttaccagattc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAC
Unaligned ( gi|21 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Alignments
lowQualScore : 1 111111 111 6666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333 2222222 111 1 11 1111 1111 1111111 11111111 666666666666666666666 55555555555 111 2222 11111111 1111111 11111
lowQualScore : 4 5 888888 0 3 1 444 1 33 33 0 66 5 66 5 2 5 44444 0 1 5555555555555555555555555555555555555555555 77 3 0 3 8 3 3 0 4 333333 444 6 2222222222222222222222222222222222222222222 0 7777777777777777777777777 4 2 9999999 3 22 777 3 8 33 8888 11 0 0 2 1 888 88 5 888 5 44 1 5 0000 6666666 99999 66 1 5 88888888 222222222222222222222 66 0 5 5 3 66666666666 777 4 666 3 55 0000 44 2 3 33333333 3 3333333 1 6 2 00000 1 4 777 4 7777
lowQualScore : . . ...... . . . ... . .. .. . .. . .. . . . ..... . . ........................................... .. . . . . . . . . ...... ... . ........................................... . ......................... . . ....... . .. ... . . .. .... .. . . . . ... .. . ... . .. . . .... ....... ..... .. . . ........ ..................... .. . . . . ........... ... . ... . .. .... .. . . ........ . ....... . . . ..... . . ... . ....
lowQualScore : 0 5 333333 7 7 0 000 0 99 99 4 11 7 99 0 2 0 55555 2 0 3333333333333333333333333333333333333333333 00 8 8 2 0 2 8 8 6 000000 000 7 1111111111111111111111111111111111111111111 4 0000000000000000000000000 0 5 7777777 7 00 777 3 0 88 6666 11 8 1 5 0 888 22 0 888 0 88 4 0 6666 2222222 22222 99 1 0 11111111 666666666666666666666 99 2 0 0 2 77777777777 888 0 222 2 55 5555 55 6 6 22222222 6 0000000 0 4 3 00000 0 0 000 0 7777
consensus : TGCACNTTAACCACATC-GGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A---GT-TAACACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCN-AA-A---AACTAT-TCAAACA-ACATGATTA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATT---G-------ACGG-CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
Reference ( family-1841 ) : TGCACTTTAACCACACC-GNTCGCTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACNTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-NACAG-------TTTA-----AT-A-A---GTNTAACACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCNNTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTNGTTT---GTGTTTATAGTCGCT-AA-A---AACTAT-TCAAACA-ACATGATTA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATT---G-------ACG-----CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|1 : TACACATTAACCAC-TT-AGTTGATTTTGT---AATATACTGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGTGTATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTAAGCGCTTATCATTGGTATGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGT-CTATATTTGATAAGCGCTTATACATAAGCCAAATGCGCCTATTTTTGACACATTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACCGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGCTTATTTTATAACTGATTCCACAAATATAAAATTTATCAAAAGTAAACGT------TATAAACATGAATTAGT---TCAA-TA-AGCTCAA-AACAG-------TTTA-----AT-ACA---GTTTAATACAGT-----TTTA----------GG----TCTGCGTTGTCTCTTTGTTGCTCTATTTTTATTACGATTGATAAGAGGTGCCAACAGGATATCGTCTTCATCACTGTCAGCTGTATCAGAATATGCATATTTGCTCCGAACTTGTGCCAAACCATCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGACAATTCT-AAAA-TTCCTTATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACTATTCTCATCAAAGTTTAAGTG-TCAAATTAAATTGCTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAACTCGAGCAATATACTCGCATCTTGTTT---GTGTTTATAGTTGCG-AA-A---GACTAT-TCAAACA-ACATAATTA----TCGG-------AAGACG---ATT--ATATT-T--------CAATT---G-------ATA------TCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-C-TTA-----------TC---AGTAACCTATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGC--A-TTTTTAGCC-GCTAATTTATTGGTATACATGTGTT-GGGTTAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TGACGGGAAGAGCTTAAAATGCGC-----TTATTATTACAAATAGGTTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGGTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|10 : --CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCATTATTTGA-TCTTTAATCCTTAAGCTTGCAATTCTAAAAA-TTCTTCATTTAACACTT
gi|10 : AAA-CTCCT--TTCGA----TGACTCAAAAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTTTCTATAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTGCACAtctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtaaactcctttcgatgactcaaaaattttactctccgatttcaccattttctataaagttttagtgttcaaattaaattgtttacaagttttatattggtttgcacagttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : cataattgctccgatcttgtgcgaaaccaccattatttgatctttaatccttaagcttgcaattctaaaaattcttcatttaacactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtTCTAGTTT---GTGTTTATAGTCATG-AA-A---AACTAT-T----------TCATTA----TCAG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATA---G-------ATG------TCAACACTGGTAAGAAC-ACTTATCAC-C-TTA-----------CA---AGTAACCAATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGCAAA-TTTTTACCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTA-A-GGGATAT--------GC-GCCTAGTACTGAAACATAA-------TGATGGTAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCTCGTATATGCTGAC-GGTTAGGCCA---TATATGCTTA-TTTTTGGTATA----GGCTTATATTCAAGTACGCGCTTATgttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : TGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGCGCGTACttaccaaattctacaac
gi|12 : tctagtttgtgtttatagtcatgaaaaactatttcattatcagaaaacaattacacttcaatagatgtcaacactggtaagaacacttatcaccttacaagtaaccaattatcatggtattgatcacgaccgttagcaaatttttacccactaatttgtgtgtttacctgtaagggatatgcgcctagtactgaaacataatgatggtaagagtttaacatgcacttattatctcgtatatgctgacggttaggccatatatgcttatttttggtataggcttatattcaaTA-----------CT---AGTAACAAATAATCACGGTATT-AAT---GA-------AG-------TTTAGTC-GCTAATTTATTTGTATACTTGTATT-GGGATATTGGGACATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------CTGAGGTAAGATTGTAGCATGTGC-----TTATTATCATGTACAGAGTGAC-AATAAGACTGTTATATACGCTTA-ATTTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAGTATGCACTTac
gi|12 : caaCTGTAGAATCTGGTAACTATTAAAGTGCATACtaatagttaccagattctacag
gi|13 : caatactagtaacaaataatcacggtattaatgaagtttagtcgctaatttatttgtatacttgtattgggatattgggacatgcgcctatttctaacacaaaactgaggtaagattgtagcatgtgcttattatcatgtacagagtgacaataagactgttatatacgcttaattttggtgtacgcttatattcaaTGCACTTTA-CTACATC-AGTCATTTTTATTGAGAAATACTATAGAATCTGGTAA--AT--AAACGCATGGGCTT--ATATTACTTTTAGTGCT-TTTTTCATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--CTACTCAA-CCAATGAACAATGTGCGTTA-ATTTGATATGCGCTTATACGAAAGCACTGTTCGCCTACTTTTGACACCTTGA-------TCA---------------
gi|14 : aTTTGAA---AACATACTATAGAACCTGATAA--AT--AAGCGTATGCGCTC--ATATTAATTCTAAAGAC-ACTTTTATCCGCCTATTTTCGATAAGCGCTTAAATACTTAAGCCGTT-AATTATGCGC-CTATATTTAATATACTCTTTAACATTAGCTCTAatgct
gi|15 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgAA-CTCCT--TTCAG----TGACTCA-----CTTAATTTACAATTTCACAATTCTAATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGCTCTATATTGGTTTCCA
gi|16 : tgctctactagtttttttttacttttttcttcattaacggatagaatgccattctgtcactacctattttcccGTAGAGCCTGGTGA--AT--AAGTGTATGCACTT--ATATTGATTTTGGGGAC-ATTTTTATGCACCTGTTTTTGACAAATGTTT--ACACATAG-CC-CTAAACTATGATC-TTACATGTGATATAGGCTCACACATTAGCTCTATGTGCCTACTTTTGACAATTTGG-------TCA---------------aagtttttatagaactcaatgat
gi|17 : g-GGGATAT--------GC-GTTTATTTTAAACACAAAA-------TTACGGTGAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGAATTAT-AGTTAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTAATATTTAAGTATGCACTTATattcttacct
gi|17 : ACTGTAGATTCTTGTGA--AT--AAGTGCAT--ACTTAAATATTAtcacaagaatctacagt
gi|18 : gggatatgcgtttattttaaacacaaaattacggtgagattttagcatgcgcttattatcacatacagaattatagttaggccgtatgcgcttaattttggtatacgcTGTGCTCATTATTGGTATGCACTT--ATACTGAA-CCACTTAACTATGTGT-CTATATTTGATATGCGCTTATAGATAGGCCCTATGCACCTATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAG
gi|19 : ttgcattaaaaaactttgaatctctATCACTGAATT-GACAACGACTGTT--AGC-AAATTTGTAGCT-GCTAATCTGTGTGTTTACCTGTACTAGAGTTTT--------GCAGCTTACTTCga
gi|2 : CACCTGTTTGCTTTAAT---AAAATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCATATGCACTT--ATATTAATTTTAGTGACGATTTTTATACGCTTATTATTGGTAAGCACTT--CTACTGAA-CCACTAAATCATGCGC-CTATATCTGATATGGACTCATACATAAGCCCTATGCACCTATTTTTGACACCTTGAACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGC--------GA-------AAATGAAATACTAGT----ACTGACATGTGTGGCGAGTTACCTCCGTTTATTTTATAATTCATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAATAA------TATAAACGAGAATAAGTTTATTAA-TA-AGTTCAATTACAG-------TTTAACATTAT-A-ATGGGGTTGAAACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTATTCTGCATTGTCTCTATGTTGCTGTATTTTGATCACGA
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatACAACTGGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTTACT-GA-A---AACTAT-TCAAACA-ACATGATTA----TTGG-------AAAAGG---ATA--ACACT-T--------CAAT----G-------ACAGGCTACTCAACA--GATAAGAAC-ACTTGTCAC-CTTTATACACCATA--CT---ATTAACCAATTATTACAATATTTGATGGGGACCGTT--AGC------------C-ACTAAATTGTTTGCATACCTGTAAT-GGGATGT--------AC-GCCTATTTTTAATACAAAA-------TTGTGGTAATATTTTAGCATGCGA-----TTATTATCACATATAGAATGGC-GGTAAGACTG---TATGCGCTTA-ATTTCAGTATA----CGCTTCTATGCAAATATGCGCTTATggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatatgcgcttatttaccagattctacag
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataCTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATttaccagattctacag
gi|22 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatTTTGGCATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|22 : AGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattcttc
gi|23 : tttggcatatgcttatattcaaT-A-A---GT--AATAAAGT-----GT-A----------GG----TCCGCATTGTCTCTACGTTGCTCTACTtc
gi|3 : TGTGCTT--ATATTAATTATAGTGAC-ATGTTTAAGCACTTATTATTGGTAAGCCCTT--ATACTGAT-CCACTAAAATATGCGC-CTATATTTGAT------------ATAAACCCTATGCACCTACTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------AA-------AAGTAAAATACTAGTACTAAC-GACATATGT-A-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATACGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAAC---TCAG-TA-AGTT-A------------------------------------AACACAGT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCAAACTTGATA
gi|3 : TAAATTGTTTATAAGTTTTATATTGGTTTCCACtttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattaAACTTGAGCAATATACCAGCATCTGATTT---GAGTTTATAGTCGCA-AA-A---AAATATATC-AACA-ACATGATTA----TCGG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATTATAG-------ATG------TCAACA--AGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CT---------------T---AGTAACCAATTATCACGGAAGT-GATCACAACCTTT--AGC-AATTTTTTGGCCTCCTAATTTGTTTGCAAACCTGTATT-CAGACAT--------GC-GCTTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGACGGTAAGGCCTT---ATGCGC-----TTA--ATT---------TTG------------G---TATTCGCTTATATTTAAGTATG----CGCTTATggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattc
gi|4 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaaCCCATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGCAAAATACTAGTATTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCTGTTTATTTTA--ACTGATTTCACAAATATAAAATTTATCAAATGTAAACAG------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-----------CAG-------CTCA-----A--------------CACAAT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTTTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--------TGCTCTGATCTTGTACAAAACCACCTGTGTTT-AGTCTTTAATCCTTTAGCGGGCATTTAT-AAAATCTCCTCATTTAAC-CTTTTCTCAA
gi|4 : TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCAGCATTCTCATTAAAGTTTTATTGTT-AAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAttaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggtgactcaagaattttactctccgatttcagcattctcattaaagttttattgttaaattaaattgtttacaagttttatattggtttctacagtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : cccattttcgacacttttattatgaaagcaaaatactagtattaactgacatgtgtgggtgctacctctgtttattttaactgatttcacaaatataaaatttatcaaatgtaaacagtataaacatgaataagttcaatacagctcaacacaattttaggtccacattgtttctatgttgctctattttgatcacgattgataagagatgccaatgggatattgttttcatctctgtcagccgtagcagaatatgctctgatcttgtacaaaaccacctgtgtttagtctttaatcctttagcgggcatttataaaatctcctcatttaaccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggACCTTTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTATTTACAAGTTTT-TATgtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : ACAACTCAAGCAATATACTAGCATCTTGTTT---GTGTTTATTGCCGTG-AA-A---AACTAT-TAAAA-A-ACATGATTA----TCGG-------AAAATG---ATT--ACATT-T--------CAATA---G-------ATG------TCAACA--GGTAAAAAT-GCTTGTCAC-CTT-A-----------CT---AGTAACTAATTATCACAGTACT-GATCCCAACCATT--AGC-AAATTGTTAGCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTATT-GTGATAT--------GC-ACCAATTTTTAACACAAAA-------TGATGATAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCGCATATAGATTGAC-GGTAAGGCTG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTAATaaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaagtatgcgctaatttaccagattctacagta
gi|5 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataTACTGTAGAATCTGGTAA--AT--TAGCGCATACttaccagattctacagta
gi|6 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaaAA-TG-TGTGCGA-CACAT-------TTTA-----GTTA-A---GTACACTACAAC-----TAT-----------------TCTGCATTGTCTCTATGTTGGTCTATTTTGATCACGA
gi|6 : TTATTTACAACTGTTGTATT-----TCAC--CTCGA----TAAACTAGCACCTATTTTTTTGTGTTTCTAGTTGCTAAA-ATCTATCTAT-CTATCTATATATCTTTA----TCTA-------TATA-------T--ATATT-TGATGATGGCAGAT---G-------ACAGACTACTTAACA--GGTAAAAAC-ACATGTCATACTTTATATACACAATACT---AATAACCAATTATCAAGGTATT-GATTGAGATCTTT--TGC-AAGTTTTTAGCC-ACTTATTTGTTTGTATACCTGCATT-GTGATAT--------GC-ACCTATTTTAAACACCAAA-------TTTTGGTAAGATTTTAGCATGGGC--------TTATCACATACAGAACGAA-GTTAACGTCG---TATGCACTTA-ATTTTGGTATAATATCG-TTATATTAAAGTATGCGCTTATgtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttatattaaagtatgcgcttatttaccagtctacagt
gi|6 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttACTGTAGA--CTGGTAA--AT--AAGCGCATACTTTA--ATATttaccagtctacagt
gi|7 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttACAACCTGACTAATATACTAGTATCTAGTTT---GTGTATATAGTTGCT-AATA---AACTAT-TCAAACA-AAATGATTACACTTCAGTAGATGTGAAATGTTAGTTTAACAATCT--------AAATT---GGGTGATGACGGGCTTCTCAACC--AGTAAGAAC-ACTTGTTAC-CTTTATACACAACA--CT---AGTAACCAATTA-CACAGTATT-GATGAAAACCATT--TGC-AA-GTTT-AGCC-ACTAATTTGTTTGTATACCTGTTAT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTGTAAAACAAAA-------TAA-GGTAAGATTTTAGCATGCAC-----TTATTTTCACATACAGAATGAT-GTTAAGTCTG---TATGTGCTTA-AATTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAATAAGCTCTTAT
gi|8 : ccacatcacgagtaagattatcttttttaagaagtttttatcggtgtttgatgtacacaaaatgatcacaaaaaaactgtttggtataTGT---ACTATAGTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGTATGGGCCT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATACGCATATTATTGGTAAGCATTT--ATATTGAA-CCACTAAACTATGCAC-CTATATTTG---------TATACATAA---------GCCTATTTTTGATACTTTGATCTATGCTTA---------------CCTCTGTCAGAAAAACAGAAGTAAAATACAAGTCTTAGCTGACA-----AG-CTG------------ATTTTACA-------------ATATGAAATTTATCAAATGTAAACAATGCATGTATATACATGAATAAGT---TAAATTACAGTTCAA-CATAGGAGTGTCTTTG-----AT-A-A---ATATAACACttaacagatcttacagt
gi|9 : catgcatgtacatgtatcttggagaaatttaagaaatctcaatgttgtggttgaaaaTTT---GTGTTTATAGTTACT-AA-A---AACTAT-TCTAACA-ACATGATTA----TCGG-------AAAACG---ATT--GCATT-T--------CA
gi|9 : G-----CTTAGCA--GATAA-AACAGCTTGTTGC-CTTTA-----------TTCACAATAACCAATTGTCACAGTATT-GATT----CTTTTTGATG-AG-TTTTTAGCT-GTTACTTTGTTCCTATACCTGTATT-TCAATAT--------AT-GCCTAATTTTAAGACAAAA-------ATAAGGTAAGAAGTTGACATGTACTTAATTTATTATCACATACAGAA--ACTGGTAAGGCCC---TAATTGCTTA-GTTTTGATATA----AGTGAGTATTCAACTATGCtcatacatcaggtgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcttagcagataaaacagcttgttgcctttattcacaataaccaattgtcacagtattgattctttttgatgagtttttagctgttactttgttcctatacctgtatttcaatatatgcctaattttaagacaaaaataaggtaagaagttgacatgtacttaatttattatcacatacagaaactggtaaggccctaattgcttagttttgatataagtgagtattcaactatgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAC
Unaligned ( gi|21 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 6666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444 111 1 11 1111 111 1111 1111111 11111111 55555555555555555555 55555555555 111 2222 11111111 1111111 11111
lowQualScore : 1 5 5 6 0 1 1 444 1 33 33 0 66 5 66 5 2 5 44444 0 5555555555555555555555555555555555555555555 77 3 0 3 8 3 3 0 333333 444 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 8888888 3 777 3 8 33 8888 11 0 0 2 0 888 1 5 333 6 1 888 0000 6666666 99999 66 1 5 88888888 44444444444444444444 66 0 5 5 4 66666666666 777 4 666 3 55 0000 44 2 3 33333333 3 3333333 1 6 1 00000 1 4 777 4 7777
lowQualScore : . . . . . . . ... . .. .. . .. . .. . . . ..... . ........................................... .. . . . . . . . ...... ... . ............................................................................... . . ....... . ... . . .. .... .. . . . . ... . . ... . . ... .... ....... ..... .. . . ........ .................... .. . . . . ........... ... . ... . .. .... .. . . ........ . ....... . . . ..... . . ... . ....
lowQualScore : 0 5 5 0 7 0 0 000 0 99 99 4 11 7 99 0 2 0 55555 2 3333333333333333333333333333333333333333333 00 8 8 2 0 2 8 8 000000 000 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 7777777 7 777 3 0 88 6666 11 8 1 5 6 888 0 0 888 6 4 888 6666 2222222 22222 99 1 0 11111111 88888888888888888888 99 2 0 0 6 77777777777 888 0 222 2 55 5555 55 6 6 22222222 6 0000000 0 4 0 00000 0 0 000 0 7777
consensus : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
Reference ( family-1841 ) : TGCACNTTAACCACATCGGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|1 : TACACATTAACCAC-TTAGTTGATTTTGT---AATATACTGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGTGTATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTAAGCGCTTATCATTGGTATGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGT-CTATATTTGATAAGCGCTTATACATAAGCCAAATGCGCCTATTTTTGACACATTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACCGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGCTTATTTTATAACTGATTCCACAAATATAAAATTTATCAAAAGTAAACGT------TATAAACATGAATTAGT---TCAA-TA-AGCTCAA-AACAG-------TTTA-----AT-ACA----GTT-TAAT-ACAGT-----TTTA----------GG----TCTGCGTTGTCTCTTTGTTGCTCTATTTTTATTACGATTGATAAGAGGTGCCAACAGGATATCGTCTTCATCACTGTCAGCTGTATCAGAATATGCATATTTGCTCCGAACTTGTGCCAAACCATCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGACAATTCT-AAAA-TTCCTTATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACTATTCTCATCAAAGTTTAAGTG-TCAAATTAAATTGCTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAACTCGAGCAATATACTCGCATCTTGTTT---GTGTTTATAGTTGCGAA-AGACTAT---TCAAACAACATAAT---TA----TCGG-------AAGACG---ATT--ATATT-T--------CAATTG-------A-------T-ATCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-C-TTA-----------TC---AGTAACCTATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGC--A-TTTTTAGCC-GCTAATTTATTGGTATACATGTGTT-GGGTTAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TGACGGGAAGAGCTTAAAATGCGC-----TTATTATTACAAATAGGTTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGGTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|10 : --CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCATTATTTGA-TCTTTAATCCTTAAGCTTGCAATTCTAAAAA-TTCTTCATTTAACACTT
gi|10 : AAA-CTCCT--TTCGA----TGACTCAAAAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTTTCTATAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTGCACAtctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtaaactcctttcgatgactcaaaaattttactctccgatttcaccattttctataaagttttagtgttcaaattaaattgtttacaagttttatattggtttgcacagttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : cataattgctccgatcttgtgcgaaaccaccattatttgatctttaatccttaagcttgcaattctaaaaattcttcatttaacactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtTCTAGTTT---GTGTTTATAGTCATGAA-AAACTAT---T---------TCAT---TA----TCAG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACACTGGTAAGAAC-ACTTATCAC-CTT-A-----------CA---AGTAACCAATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGCAAA-TTTTTACCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTA-A-GGGATAT--------GC-GCCTAGTACTGAAACATAA-------TGATGGTAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCTCGTATATGCTGAC-GGTTAGGCCA---TATATGCTTA-TTTTTGGTATA----GGCTTATATTCAAGTACGCGCTTATgttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : TGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGCGCGTACttaccaaattctacaac
gi|12 : tctagtttgtgtttatagtcatgaaaaactatttcattatcagaaaacaattacacttcaatagatgtcaacactggtaagaacacttatcaccttacaagtaaccaattatcatggtattgatcacgaccgttagcaaatttttacccactaatttgtgtgtttacctgtaagggatatgcgcctagtactgaaacataatgatggtaagagtttaacatgcacttattatctcgtatatgctgacggttaggccatatatgcttatttttggtataggcttatattcaaTA-----------CT---AGTAACAAATAATCACGGTATT-AAT---GA-------AG-------TTTAGTC-GCTAATTTATTTGTATACTTGTATT-GGGATATTGGGACATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------CTGAGGTAAGATTGTAGCATGTGC-----TTATTATCATGTACAGAGTGAC-AATAAGACTGTTATATACGCTTA-ATTTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAGTATGCACTTac
gi|12 : caaCTGTAGAATCTGGTAACTATTAAAGTGCATACtaatagttaccagattctacag
gi|13 : caatactagtaacaaataatcacggtattaatgaagtttagtcgctaatttatttgtatacttgtattgggatattgggacatgcgcctatttctaacacaaaactgaggtaagattgtagcatgtgcttattatcatgtacagagtgacaataagactgttatatacgcttaattttggtgtacgcttatattcaaTGCACTTTA-CTACATCAGTCATTTTTATTGAGAAATACTATAGAATCTGGTAA--AT--AAACGCATGGGCTT--ATATTACTTTTAGTGCT-TTTTTCATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--CTACTCAA-CCAATGAACAATGTGCGTTA-ATTTGATATGCGCTTATACGAAAGCACTGTTCGCCTACTTTTGACACCTTGA-------TCA---------------
gi|14 : aTTTGAA---AACATACTATAGAACCTGATAA--AT--AAGCGTATGCGCTC--ATATTAATTCTAAAGAC-ACTTTTATCCGCCTATTTTCGATAAGCGCTTAAATACTTAAGCCGTT-AATTATGCGC-CTATATTTAATATACTCTTTAACATTAGCTCTAatgct
gi|15 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgAA-CTCCT--TTCAG----TGACTCA-----CTTAATTTACAATTTCACAATTCTAATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGCTCTATATTGGTTTCCA
gi|16 : tgctctactagtttttttttacttttttcttcattaacggatagaatgccattctgtcactacctattttcccGTAGAGCCTGGTGA--AT--AAGTGTATGCACTT--ATATTGATTTTGGGGAC-ATTTTTATGCACCTGTTTTTGACAAATGTTT--ACACATAG-CC-CTAAACTATGATC-TTACATGTGATATAGGCTCACACATTAGCTCTATGTGCCTACTTTTGACAATTTGG-------TCA---------------aagtttttatagaactcaatgat
gi|17 : g-GGGATAT--------GC-GTTTATTTTAAACACAAAA-------TTACGGTGAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGAATTAT-AGTTAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTAATATTTAAGTATGCACTTATattcttacct
gi|17 : ACTGTAGATTCTTGTGA--AT--AAGTGCAT--ACTTAAATATTAtcacaagaatctacagt
gi|18 : gggatatgcgtttattttaaacacaaaattacggtgagattttagcatgcgcttattatcacatacagaattatagttaggccgtatgcgcttaattttggtatacgcTGTGCTCATTATTGGTATGCACTT--ATACTGAA-CCACTTAACTATGTGT-CTATATTTGATATGCGCTTATAGATAGGCCCTATGCACCTATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAG
gi|19 : ttgcattaaaaaactttgaatctctATCACTGAATT-GACAACGACTGTT--AGC-AAATTTGTAGCT-GCTAATCTGTGTGTTTACCTGTACTAGAGTTTT--------GCAGCTTACTTCga
gi|2 : TTGCTTTAAT---AAAATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCATATGCACTT--ATATTAATTTTAGTGACGATTTTTATACGCTTATTATTGGTAAGCACTT--CTACTGAA-CCACTAAATCATGCGC-CTATATCTGATATGGACTCATACATAAGCCCTATGCACCTATTTTTGACACCTTGAACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGC--------GA-------AAATGAAATACTAGT----ACTGACATGTGTGGCGAGTTACCTCCGTTTATTTTATAATTCATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAATAA------TATAAACGAGAATAAGTTTATTAA-TA-AGTTCAATTACAG-------TTTAACATTAT-A-ATGGGG-T-TGAA-ACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTATTCTGCATTGTCTCTATGTTGCTGTATTTTGATCACGA
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtACAACTGGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTTACTGA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TTGG-------AAAAGG---ATA--ACACT-T--------CAAT-G-------ACAGG--CTACTCAACA--GATAAGAAC-ACTTGTCAC-CTTTATACACCATA--CT---ATTAACCAATTATTACAATATTTGATGGGGACCGTT--AGC------------C-ACTAAATTGTTTGCATACCTGTAAT-GGGATGT--------AC-GCCTATTTTTAATACAAAA-------TTGTGGTAATATTTTAGCATGCGA-----TTATTATCACATATAGAATGGC-GGTAAGACTG---TATGCGCTTA-ATTTCAGTATA----CGCTTCTATGCAAATATGCGCTTATggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatatgcgcttatttaccagattctacag
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataCTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATttaccagattctacag
gi|22 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatTTTGGCATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|22 : AGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattcttc
gi|23 : tttggcatatgcttatattcaaT-A-A----G-T--AAT-AAAGT-----GT-A----------GG----TCCGCATTGTCTCTACGTTGCTCTACTtc
gi|3 : TGTGCTT--ATATTAATTATAGTGAC-ATGTTTAAGCACTTATTATTGGTAAGCCCTT--ATACTGAT-CCACTAAAATATGCGC-CTATATTTGAT------------ATAAACCCTATGCACCTACTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------AA-------AAGTAAAATACTAGTACTAAC-GACATATGT-A-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATACGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAAC---TCAG-TA-AGTT-A--------------------------------------AAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCAAACTTGATA
gi|3 : TAAATTGTTTATAAGTTTTATATTGGTTTCCACtttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattaAACTTGAGCAATATACCAGCATCTGATTT---GAGTTTATAGTCGCAAA-AAAATATA--TC-AACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATT--------AT-AG--AT-GTCAACA--AGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CT---------------T---AGTAACCAATTATCACGGAAGT-GATCACAACCTTT--AGC-AATTTTTTGGCCTCCTAATTTGTTTGCAAACCTGTATT-CAGACAT--------GC-GCTTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGACGGTAAGGCCTT---ATGCGC-----TTA--ATT---------TTG------------G---TATTCGCTTATATTTAAGTATG----CGCTTATggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattc
gi|4 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaaCCCATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGCAAAATACTAGTATTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCTGTTTATTTTA--ACTGATTTCACAAATATAAAATTTATCAAATGTAAACAG------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-----------CAG-------CTCA-----A----------------C-ACAAT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTTTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--------TGCTCTGATCTTGTACAAAACCACCTGTGTTT-AGTCTTTAATCCTTTAGCGGGCATTTAT-AAAATCTCCTCATTTAAC-CTTTTCTCAA
gi|4 : TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCAGCATTCTCATTAAAGTTTTATTGTT-AAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAttaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggtgactcaagaattttactctccgatttcagcattctcattaaagttttattgttaaattaaattgtttacaagttttatattggtttctacagtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : cccattttcgacacttttattatgaaagcaaaatactagtattaactgacatgtgtgggtgctacctctgtttattttaactgatttcacaaatataaaatttatcaaatgtaaacagtataaacatgaataagttcaatacagctcaacacaattttaggtccacattgtttctatgttgctctattttgatcacgattgataagagatgccaatgggatattgttttcatctctgtcagccgtagcagaatatgctctgatcttgtacaaaaccacctgtgtttagtctttaatcctttagcgggcatttataaaatctcctcatttaaccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggACCTTTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTATTTACAAGTTTT-TATgtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : ACAACTCAAGCAATATACTAGCATCTTGTTT---GTGTTTATTGCCGTGAA-AAACTAT---TAAAA-AACATGAT---TA----TCGG-------AAAATG---ATT--ACATT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACA--GGTAAAAAT-GCTTGTCAC-CTT-A-----------CT---AGTAACTAATTATCACAGTACT-GATCCCAACCATT--AGC-AAATTGTTAGCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTATT-GTGATAT--------GC-ACCAATTTTTAACACAAAA-------TGATGATAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCGCATATAGATTGAC-GGTAAGGCTG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTAATaaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaagtatgcgctaatttaccagattctacagta
gi|5 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataTACTGTAGAATCTGGTAA--AT--TAGCGCATACttaccagattctacagta
gi|6 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaaAA-TG-TGTGCGA-CACAT-------TTTA-----GTTA-A----G-T-ACACTACAAC-----TAT-----------------TCTGCATTGTCTCTATGTTGGTCTATTTTGATCACGA
gi|6 : TTATTTACAACTGTTGTATT-----TCAC--CTCGA----TAAACTAGCACCTATTTTTTTGTGTTTCTAGTTGCTAA-AATCTATCTATCTATCTATAT-ATCTTTA----TCTA-------TATA-------T--ATATT-TGATGATGGCAGATG-------AC-AGA-CTACTTAACA--GGTAAAAAC-ACATGTCATACTTTATATACACAATACT---AATAACCAATTATCAAGGTATT-GATTGAGATCTTT--TGC-AAGTTTTTAGCC-ACTTATTTGTTTGTATACCTGCATT-GTGATAT--------GC-ACCTATTTTAAACACCAAA-------TTTTGGTAAGATTTTAGCATGGGC--------TTATCACATACAGAACGAA-GTTAACGTCG---TATGCACTTA-ATTTTGGTATAATATCG-TTATATTAAAGTATGCGCTTATgtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttatattaaagtatgcgcttatttaccagtctacagt
gi|6 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttACTGTAGA--CTGGTAA--AT--AAGCGCATACTTTA--ATATttaccagtctacagt
gi|7 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttACAACCTGACTAATATACTAGTATCTAGTTT---GTGTATATAGTTGCTAATAAACTAT---TCAAACAAAATGAT---TACACTTCAGTAGATGTGAAATGTTAGTTTAACAATCT--------AAATTGGGTGATGAC-GGGCTT-CTCAACC--AGTAAGAAC-ACTTGTTAC-CTTTATACACAACA--CT---AGTAACCAATTA-CACAGTATT-GATGAAAACCATT--TGC-AA-GTTT-AGCC-ACTAATTTGTTTGTATACCTGTTAT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTGTAAAACAAAA-------TAA-GGTAAGATTTTAGCATGCAC-----TTATTTTCACATACAGAATGAT-GTTAAGTCTG---TATGTGCTTA-AATTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAATAAGCTCTTAT
gi|8 : ccacatcacgagtaagattatcttttttaagaagtttttatcggtgtttgatgtacacaaaatgatcacaaaaaaactgtttggtataTGT---ACTATAGTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGTATGGGCCT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATACGCATATTATTGGTAAGCATTT--ATATTGAA-CCACTAAACTATGCAC-CTATATTTG---------TATACATAA---------GCCTATTTTTGATACTTTGATCTATGCTTA---------------CCTCTGTCAGAAAAACAGAAGTAAAATACAAGTCTTAGCTGACA-----AG-CTG------------ATTTTACA-------------ATATGAAATTTATCAAATGTAAACAATGCATGTATATACATGAATAAGT---TAAATTACAGTTCAA-CATAGGAGTGTCTTTG-----AT-A-A----A-TATAAC-ACttaacagatcttacagt
gi|9 : catgcatgtacatgtatcttggagaaatttaagaaatctcaatgttgtggttgaaaaTTT---GTGTTTATAGTTACTAA-AAACTAT---TCTAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--GCATT-T--------CA
gi|9 : -GG--CTGCTTAGCA--GATAA-AACAGCTTGTTGC-CTTTA-----------TTCACAATAACCAATTGTCACAGTATT-GATT----CTTTTTGATG-AG-TTTTTAGCT-GTTACTTTGTTCCTATACCTGTATT-TCAATAT--------AT-GCCTAATTTTAAGACAAAA-------ATAAGGTAAGAAGTTGACATGTACTTAATTTATTATCACATACAGAA--ACTGGTAAGGCCC---TAATTGCTTA-GTTTTGATATA----AGTGAGTATTCAACTATGCtcatacatcaggtgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcttagcagataaaacagcttgttgcctttattcacaataaccaattgtcacagtattgattctttttgatgagtttttagctgttactttgttcctatacctgtatttcaatatatgcctaattttaagacaaaaataaggtaagaagttgacatgtacttaatttattatcacatacagaaactggtaaggccctaattgcttagttttgatataagtgagtattcaactatgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAC
Unaligned ( gi|21 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 6666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444 111 1 11 1111 111 1111 1111111 11111111 55555555555555555555 55555555555 111 2222 11111111 1111111 11111
lowQualScore : 1 5 5 0 1 1 444 1 33 33 0 66 5 66 5 2 5 44444 0 5555555555555555555555555555555555555555555 77 3 0 3 8 3 3 0 333333 444 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 8888888 3 777 3 8 33 8888 11 0 0 2 0 888 1 5 333 6 1 888 0000 6666666 99999 66 1 5 88888888 44444444444444444444 66 0 5 5 4 66666666666 777 4 666 3 55 0000 44 2 3 33333333 3 3333333 1 6 1 00000 1 4 777 4 7777
lowQualScore : . . . . . . ... . .. .. . .. . .. . . . ..... . ........................................... .. . . . . . . . ...... ... . ............................................................................... . . ....... . ... . . .. .... .. . . . . ... . . ... . . ... .... ....... ..... .. . . ........ .................... .. . . . . ........... ... . ... . .. .... .. . . ........ . ....... . . . ..... . . ... . ....
lowQualScore : 0 5 5 7 0 0 000 0 99 99 4 11 7 99 0 2 0 55555 2 3333333333333333333333333333333333333333333 00 8 8 2 0 2 8 8 000000 000 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 7777777 7 777 3 0 88 6666 11 8 1 5 6 888 0 0 888 6 4 888 6666 2222222 22222 99 1 0 11111111 88888888888888888888 99 2 0 0 6 77777777777 888 0 222 2 55 5555 55 6 6 22222222 6 0000000 0 4 0 00000 0 0 000 0 7777
consensus : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
Reference ( family-1841 ) : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|1 : TACACATTAACCAC-TTAGTTGATTTTGT---AATATACTGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGTGTATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTAAGCGCTTATCATTGGTATGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGT-CTATATTTGATAAGCGCTTATACATAAGCCAAATGCGCCTATTTTTGACACATTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACCGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGCTTATTTTATAACTGATTCCACAAATATAAAATTTATCAAAAGTAAACGT------TATAAACATGAATTAGT---TCAA-TA-AGCTCAA-AACAG-------TTTA-----AT-ACA----GTT-TAAT-ACAGT-----TTTA----------GG----TCTGCGTTGTCTCTTTGTTGCTCTATTTTTATTACGATTGATAAGAGGTGCCAACAGGATATCGTCTTCATCACTGTCAGCTGTATCAGAATATGCATATTTGCTCCGAACTTGTGCCAAACCATCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGACAATTCT-AAAA-TTCCTTATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACTATTCTCATCAAAGTTTAAGTG-TCAAATTAAATTGCTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAACTCGAGCAATATACTCGCATCTTGTTT---GTGTTTATAGTTGCGAA-AGACTAT---TCAAACAACATAAT---TA----TCGG-------AAGACG---ATT--ATATT-T--------CAATTG-------A-------T-ATCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-C-TTA-----------TC---AGTAACCTATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGC--A-TTTTTAGCC-GCTAATTTATTGGTATACATGTGTT-GGGTTAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TGACGGGAAGAGCTTAAAATGCGC-----TTATTATTACAAATAGGTTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGGTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|10 : --CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCATTATTTGA-TCTTTAATCCTTAAGCTTGCAATTCTAAAAA-TTCTTCATTTAACACTT
gi|10 : AAA-CTCCT--TTCGA----TGACTCAAAAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTTTCTATAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTGCACAtctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtaaactcctttcgatgactcaaaaattttactctccgatttcaccattttctataaagttttagtgttcaaattaaattgtttacaagttttatattggtttgcacagttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : cataattgctccgatcttgtgcgaaaccaccattatttgatctttaatccttaagcttgcaattctaaaaattcttcatttaacactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtTCTAGTTT---GTGTTTATAGTCATGAA-AAACTAT---T---------TCAT---TA----TCAG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACACTGGTAAGAAC-ACTTATCAC-CTT-A-----------CA---AGTAACCAATTATCATGGTATT-GATCACGACCGTT--AGCAAA-TTTTTACCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTA-A-GGGATAT--------GC-GCCTAGTACTGAAACATAA-------TGATGGTAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCTCGTATATGCTGAC-GGTTAGGCCA---TATATGCTTA-TTTTTGGTATA----GGCTTATATTCAAGTACGCGCTTATgttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : TGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGCGCGTACttaccaaattctacaac
gi|12 : tctagtttgtgtttatagtcatgaaaaactatttcattatcagaaaacaattacacttcaatagatgtcaacactggtaagaacacttatcaccttacaagtaaccaattatcatggtattgatcacgaccgttagcaaatttttacccactaatttgtgtgtttacctgtaagggatatgcgcctagtactgaaacataatgatggtaagagtttaacatgcacttattatctcgtatatgctgacggttaggccatatatgcttatttttggtataggcttatattcaaTA-----------CT---AGTAACAAATAATCACGGTATT-AAT---GA-------AG-------TTTAGTC-GCTAATTTATTTGTATACTTGTATT-GGGATATTGGGACATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------CTGAGGTAAGATTGTAGCATGTGC-----TTATTATCATGTACAGAGTGAC-AATAAGACTGTTATATACGCTTA-ATTTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAGTATGCACTTac
gi|12 : caaCTGTAGAATCTGGTAACTATTAAAGTGCATACtaatagttaccagattctacag
gi|13 : caatactagtaacaaataatcacggtattaatgaagtttagtcgctaatttatttgtatacttgtattgggatattgggacatgcgcctatttctaacacaaaactgaggtaagattgtagcatgtgcttattatcatgtacagagtgacaataagactgttatatacgcttaattttggtgtacgcttatattcaaTGCACTTTA-CTACATCAGTCATTTTTATTGAGAAATACTATAGAATCTGGTAA--AT--AAACGCATGGGCTT--ATATTACTTTTAGTGCT-TTTTTCATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--CTACTCAA-CCAATGAACAATGTGCGTTA-ATTTGATATGCGCTTATACGAAAGCACTGTTCGCCTACTTTTGACACCTTGA-------TCA---------------
gi|14 : aTTTGAA---AACATACTATAGAACCTGATAA--AT--AAGCGTATGCGCTC--ATATTAATTCTAAAGAC-ACTTTTATCCGCCTATTTTCGATAAGCGCTTAAATACTTAAGCCGTT-AATTATGCGC-CTATATTTAATATACTCTTTAACATTAGCTCTAatgct
gi|15 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgAA-CTCCT--TTCAG----TGACTCA-----CTTAATTTACAATTTCACAATTCTAATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGCTCTATATTGGTTTCCA
gi|16 : tgctctactagtttttttttacttttttcttcattaacggatagaatgccattctgtcactacctattttcccGTAGAGCCTGGTGA--AT--AAGTGTATGCACTT--ATATTGATTTTGGGGAC-ATTTTTATGCACCTGTTTTTGACAAATGTTT--ACACATAG-CC-CTAAACTATGATC-TTACATGTGATATAGGCTCACACATTAGCTCTATGTGCCTACTTTTGACAATTTGG-------TCA---------------aagtttttatagaactcaatgat
gi|17 : g-GGGATAT--------GC-GTTTATTTTAAACACAAAA-------TTACGGTGAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGAATTAT-AGTTAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTAATATTTAAGTATGCACTTATattcttacct
gi|17 : ACTGTAGATTCTTGTGA--AT--AAGTGCAT--ACTTAAATATTAtcacaagaatctacagt
gi|18 : gggatatgcgtttattttaaacacaaaattacggtgagattttagcatgcgcttattatcacatacagaattatagttaggccgtatgcgcttaattttggtatacgcTGTGCTCATTATTGGTATGCACTT--ATACTGAA-CCACTTAACTATGTGT-CTATATTTGATATGCGCTTATAGATAGGCCCTATGCACCTATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAG
gi|19 : ttgcattaaaaaactttgaatctctATCACTGAATT-GACAACGACTGTT--AGC-AAATTTGTAGCT-GCTAATCTGTGTGTTTACCTGTACTAGAGTTTT--------GCAGCTTACTTCga
gi|2 : TTGCTTTAAT---AAAATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCATATGCACTT--ATATTAATTTTAGTGACGATTTTTATACGCTTATTATTGGTAAGCACTT--CTACTGAA-CCACTAAATCATGCGC-CTATATCTGATATGGACTCATACATAAGCCCTATGCACCTATTTTTGACACCTTGAACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGC--------GA-------AAATGAAATACTAGT----ACTGACATGTGTGGCGAGTTACCTCCGTTTATTTTATAATTCATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAATAA------TATAAACGAGAATAAGTTTATTAA-TA-AGTTCAATTACAG-------TTTAACATTAT-A-ATGGGG-T-TGAA-ACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTATTCTGCATTGTCTCTATGTTGCTGTATTTTGATCACGA
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtACAACTGGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTTACTGA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TTGG-------AAAAGG---ATA--ACACT-T--------CAAT-G-------ACAGG--CTACTCAACA--GATAAGAAC-ACTTGTCAC-CTTTATACACCATA--CT---ATTAACCAATTATTACAATATTTGATGGGGACCGTT--AGC------------C-ACTAAATTGTTTGCATACCTGTAAT-GGGATGT--------AC-GCCTATTTTTAATACAAAA-------TTGTGGTAATATTTTAGCATGCGA-----TTATTATCACATATAGAATGGC-GGTAAGACTG---TATGCGCTTA-ATTTCAGTATA----CGCTTCTATGCAAATATGCGCTTATggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatatgcgcttatttaccagattctacag
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataCTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATttaccagattctacag
gi|22 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatTTTGGCATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|22 : AGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattcttc
gi|23 : tttggcatatgcttatattcaaT-A-A----G-T--AAT-AAAGT-----GT-A----------GG----TCCGCATTGTCTCTACGTTGCTCTACTtc
gi|3 : TGTGCTT--ATATTAATTATAGTGAC-ATGTTTAAGCACTTATTATTGGTAAGCCCTT--ATACTGAT-CCACTAAAATATGCGC-CTATATTTGAT------------ATAAACCCTATGCACCTACTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------AA-------AAGTAAAATACTAGTACTAAC-GACATATGT-A-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATACGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAAC---TCAG-TA-AGTT-A--------------------------------------AAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCAAACTTGATA
gi|3 : TAAATTGTTTATAAGTTTTATATTGGTTTCCACtttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattaAACTTGAGCAATATACCAGCATCTGATTT---GAGTTTATAGTCGCAAA-AAAATATA--TC-AACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATT--------AT-AG--AT-GTCAACA--AGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CT---------------T---AGTAACCAATTATCACGGAAGT-GATCACAACCTTT--AGC-AATTTTTTGGCCTCCTAATTTGTTTGCAAACCTGTATT-CAGACAT--------GC-GCTTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGACGGTAAGGCCTT---ATGCGC-----TTA--ATT---------TTG------------G---TATTCGCTTATATTTAAGTATG----CGCTTATggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattc
gi|4 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaaCCCATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGCAAAATACTAGTATTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCTGTTTATTTTA--ACTGATTTCACAAATATAAAATTTATCAAATGTAAACAG------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-----------CAG-------CTCA-----A----------------C-ACAAT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTTTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--------TGCTCTGATCTTGTACAAAACCACCTGTGTTT-AGTCTTTAATCCTTTAGCGGGCATTTAT-AAAATCTCCTCATTTAAC-CTTTTCTCAA
gi|4 : TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCAGCATTCTCATTAAAGTTTTATTGTT-AAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAttaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggtgactcaagaattttactctccgatttcagcattctcattaaagttttattgttaaattaaattgtttacaagttttatattggtttctacagtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : cccattttcgacacttttattatgaaagcaaaatactagtattaactgacatgtgtgggtgctacctctgtttattttaactgatttcacaaatataaaatttatcaaatgtaaacagtataaacatgaataagttcaatacagctcaacacaattttaggtccacattgtttctatgttgctctattttgatcacgattgataagagatgccaatgggatattgttttcatctctgtcagccgtagcagaatatgctctgatcttgtacaaaaccacctgtgtttagtctttaatcctttagcgggcatttataaaatctcctcatttaaccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggACCTTTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTATTTACAAGTTTT-TATgtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : ACAACTCAAGCAATATACTAGCATCTTGTTT---GTGTTTATTGCCGTGAA-AAACTAT---TAAAA-AACATGAT---TA----TCGG-------AAAATG---ATT--ACATT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACA--GGTAAAAAT-GCTTGTCAC-CTT-A-----------CT---AGTAACTAATTATCACAGTACT-GATCCCAACCATT--AGC-AAATTGTTAGCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTATT-GTGATAT--------GC-ACCAATTTTTAACACAAAA-------TGATGATAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCGCATATAGATTGAC-GGTAAGGCTG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTAATaaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaagtatgcgctaatttaccagattctacagta
gi|5 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataTACTGTAGAATCTGGTAA--AT--TAGCGCATACttaccagattctacagta
gi|6 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaaAA-TG-TGTGCGA-CACAT-------TTTA-----GTTA-A----G-T-ACACTACAAC-----TAT-----------------TCTGCATTGTCTCTATGTTGGTCTATTTTGATCACGA
gi|6 : TTATTTACAACTGTTGTATT-----TCAC--CTCGA----TAAACTAGCACCTATTTTTTTGTGTTTCTAGTTGCTAA-AATCTATCTATCTATCTATAT-ATCTTTA----TCTA-------TATA-------T--ATATT-TGATGATGGCAGATG-------AC-AGA-CTACTTAACA--GGTAAAAAC-ACATGTCATACTTTATATACACAATACT---AATAACCAATTATCAAGGTATT-GATTGAGATCTTT--TGC-AAGTTTTTAGCC-ACTTATTTGTTTGTATACCTGCATT-GTGATAT--------GC-ACCTATTTTAAACACCAAA-------TTTTGGTAAGATTTTAGCATGGGC--------TTATCACATACAGAACGAA-GTTAACGTCG---TATGCACTTA-ATTTTGGTATAATATCG-TTATATTAAAGTATGCGCTTATgtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttatattaaagtatgcgcttatttaccagtctacagt
gi|6 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttACTGTAGA--CTGGTAA--AT--AAGCGCATACTTTA--ATATttaccagtctacagt
gi|7 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttACAACCTGACTAATATACTAGTATCTAGTTT---GTGTATATAGTTGCTAATAAACTAT---TCAAACAAAATGAT---TACACTTCAGTAGATGTGAAATGTTAGTTTAACAATCT--------AAATTGGGTGATGAC-GGGCTT-CTCAACC--AGTAAGAAC-ACTTGTTAC-CTTTATACACAACA--CT---AGTAACCAATTA-CACAGTATT-GATGAAAACCATT--TGC-AA-GTTT-AGCC-ACTAATTTGTTTGTATACCTGTTAT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTGTAAAACAAAA-------TAA-GGTAAGATTTTAGCATGCAC-----TTATTTTCACATACAGAATGAT-GTTAAGTCTG---TATGTGCTTA-AATTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAATAAGCTCTTAT
gi|8 : ccacatcacgagtaagattatcttttttaagaagtttttatcggtgtttgatgtacacaaaatgatcacaaaaaaactgtttggtataTGT---ACTATAGTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGTATGGGCCT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATACGCATATTATTGGTAAGCATTT--ATATTGAA-CCACTAAACTATGCAC-CTATATTTG---------TATACATAA---------GCCTATTTTTGATACTTTGATCTATGCTTA---------------CCTCTGTCAGAAAAACAGAAGTAAAATACAAGTCTTAGCTGACA-----AG-CTG------------ATTTTACA-------------ATATGAAATTTATCAAATGTAAACAATGCATGTATATACATGAATAAGT---TAAATTACAGTTCAA-CATAGGAGTGTCTTTG-----AT-A-A----A-TATAAC-ACttaacagatcttacagt
gi|9 : catgcatgtacatgtatcttggagaaatttaagaaatctcaatgttgtggttgaaaaTTT---GTGTTTATAGTTACTAA-AAACTAT---TCTAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--GCATT-T--------CA
gi|9 : -GG--CTGCTTAGCA--GATAA-AACAGCTTGTTGC-CTTTA-----------TTCACAATAACCAATTGTCACAGTATT-GATT----CTTTTTGATG-AG-TTTTTAGCT-GTTACTTTGTTCCTATACCTGTATT-TCAATAT--------AT-GCCTAATTTTAAGACAAAA-------ATAAGGTAAGAAGTTGACATGTACTTAATTTATTATCACATACAGAA--ACTGGTAAGGCCC---TAATTGCTTA-GTTTTGATATA----AGTGAGTATTCAACTATGCtcatacatcaggtgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcttagcagataaaacagcttgttgcctttattcacaataaccaattgtcacagtattgattctttttgatgagtttttagctgttactttgttcctatacctgtatttcaatatatgcctaattttaagacaaaaataaggtaagaagttgacatgtacttaatttattatcacatacagaaactggtaaggccctaattgcttagttttgatataagtgagtattcaactatgc
blockSeqs : T . A T T TGA A CT TA AA G AA G G G ATGCG ACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGCGA AC T G C T T TGCATG TTA T AGTTCAATTACAGTTTAACATTATAATGGGGTTGAAACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTAT T G CATAA G GA A T CA CACT AA G TTT G T CTA A C CTT CACT TAGATGT TGTTA TA C C GATGATGG TGGGTGATGACGGGCTTC CT A A T TATACACAATA CAC T CAC G TG AAA TC T A TGGGACAT A TGAAGGT G T G TTAAT C T TTA T ATAT
blockSeqs : C G . C . . . . . . A . ATACT TCTATGCTTACCTCTGTCAGAAAAACAG AT T G . C T . . . TGTGCGACACATTTTAGTTAAGTACACTACAACTAT . A AG . . CA CCT AG G . T . A A G . . . CA . C . . TGACAGACTAC . . . T TACACCATA . . AAC G . AAA A C . . . . T A T . G . . . .
blockSeqs : A . A . . . . . . T . ATAGG TTATGA CT T A . C C . . . CAGCTCAACACAATTTTAGG . . . . G . A . . T G . . . GG . C . . GACAGGCTAC . . . T TACACAACA . . GGG G . AAT G A . . . . T C T . A . . . .
blockSeqs : T . T . . . . . . A . ATGCG TTACAA . . . . . . . . . AGTTAAACACAGTTTTAGG . . . C . G . . A G . . . CA . T . . TATAGATG . . . T . . . CAC T . AAA G T . . . . T T T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . ATGGA TTATGA . . . T . . T G . . . TG . T . . AGATG . . . T . . . CCC A . AAG A T . . . . G C C . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . T . . . G . . . CG . A . . AGATG . . . . . . . TGA T . AA A T . . . . G T G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . GAA A . AG A A . . . . T T T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T T . . A T . . . . A A T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . T . A . A . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **** AAA*
originalCons : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAAC-CTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGC-AA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
finalCons : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-AAAA-CTCCTCATTTAA----TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTTTA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTATT-GATCGCGACCGTT--AGCAAA-TTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAC
Unaligned ( gi|21 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 6666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444 111 1 22 111 111 1111 1111111 11111111 555555555555555555 5555555555555555555555 111 11111111 1111111 11111
lowQualScore : 1 5 5 0 1 1 444 1 33 33 0 66 5 66 5 2 5 44444 0 5555555555555555555555555555555555555555555 77 3 0 3 8 3 3 0 333333 444 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 8888888 3 777 0 0 8 6 00 111 33 0 0 2 0 888 1 5 333 6 1 888 0000 6666666 99999 66 1 5 88888888 1 222222222222222222 66 0 5 5 4444444444444444444444 777 4 666 3 1 66666 44 0 3 33333333 3 3333333 1 6 1 00000 1 4 777 4 7777
lowQualScore : . . . . . . ... . .. .. . .. . .. . . . ..... . ........................................... .. . . . . . . . ...... ... . ............................................................................... . . ....... . ... . . . . .. ... .. . . . . ... . . ... . . ... .... ....... ..... .. . . ........ . .................. .. . . . ...................... ... . ... . . ..... .. . . ........ . ....... . . . ..... . . ... . ....
lowQualScore : 0 5 5 7 0 0 000 0 99 99 4 11 7 99 0 2 0 55555 2 3333333333333333333333333333333333333333333 00 8 8 2 0 2 8 8 000000 000 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 7777777 7 777 2 0 0 7 77 777 55 8 1 5 6 888 0 0 888 6 4 888 6666 2222222 22222 99 1 0 11111111 7 222222222222222222 99 2 0 0 9999999999999999999999 888 0 222 2 2 44444 55 3 6 22222222 6 0000000 0 4 0 00000 0 0 000 0 7777
consensus : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-A-AAA-CTCCTCATTCAA---TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTT---------TA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTA-TTGATCGCGACCGTTAG-CAAGTTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
Reference ( family-1841 ) : TGCACNTTAACCACATCAGTCGNTTTTAT---AANATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGC-CTATATTTGATATGCGCTTATACATAAGCCCTATGCGCCTATTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACTGATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-AGTTCAA-CACAG-------TTTA-----AT-A-A----G-T-TAAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCGCATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGGTGCCAACGGGATATCGTCTTCATCNCTGTCAGCCGTANCAGAATA--CATA-TTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGGCAATTCT-A-AAA-CTCCTCATTTAA---TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCCACAACTCGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTCGCNAA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--ACACT-T--------CAATTG-------AC-GG--CT-CTCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CTT---------TA-----------CT---AGTAACCAATTATCACGGTA-TTGATCGCGACCGTTAG-CAAATTTTTAGCC-GCTAATTTGTTTGTATACCTGTATT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TNACGGTAAGANTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGANTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|1 : TACACATTAACCAC-TTAGTTGATTTTGT---AATATACTGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGTGTATGCGCTT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTAAGCGCTTATCATTGGTATGCGCTT--ATACTGAA-CCACTAAACTATGCGT-CTATATTTGATAAGCGCTTATACATAAGCCAAATGCGCCTATTTTTGACACATTGA-------TTA---------------C--------GA-------AAGTAAAATACTAGTACTAACCGACATGTGTGG-GTGCTACCTCCGCTTATTTTATAACTGATTCCACAAATATAAAATTTATCAAAAGTAAACGT------TATAAACATGAATTAGT---TCAA-TA-AGCTCAA-AACAG-------TTTA-----AT-ACA----GTT-TAAT-ACAGT-----TTTA----------GG----TCTGCGTTGTCTCTTTGTTGCTCTATTTTTATTACGATTGATAAGAGGTGCCAACAGGATATCGTCTTCATCACTGTCAGCTGTATCAGAATATGCATATTTGCTCCGAACTTGTGCCAAACCATCAGTGTTT-A-TCTTTAATCCTTTAGCGGACAATTCT-A-AAA-TTCCTTATTTAACCTTGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCACTATTCTCATCAAAGTTTAAGTG-TCAAATTAAATTGCTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAACTCGAGCAATATACTCGCATCTTGTTT---GTGTTTATAGTTGCGAA-AGACTAT---TCAAACAACATAAT---TA----TCGG-------AAGACG---ATT--ATATT-T--------CAATTG-------A-------T-ATCAACA--GGTAAGAAC-GCTTGTCAC-C-T---------TA-----------TC---AGTAACCTATTATCATGGTA-TTGATCACGACCGTTAG-C--ATTTTTAGCC-GCTAATTTATTGGTATACATGTGTT-GGGTTAT--------GC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------TGACGGGAAGAGCTTAAAATGCGC-----TTATTATTACAAATAGGTTGAC-GGTAAGGCCG---TATGCGGTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|10 : --CATAATTGCTCCGATCTTGTGCGAAACCACCATTATTTGA-TCTTTAATCCTTAAGCTTGCAATTCTAA-AAA-TTCTTCATTTAA---
gi|10 : -AAA-CTCCT--TTCGA---TGACTCAAAAATTTTACTCTCCGATTTCACCATTTTCTATAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTGCACAcactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtaaactcctttcgatgactcaaaaattttactctccgatttcaccattttctataaagttttagtgttcaaattaaattgtttacaagttttatattggtttgcacagttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : cataattgctccgatcttgtgcgaaaccaccattatttgatctttaatccttaagcttgcaattctaaaaattcttcatttaacactttctccattaatggatagaacggtattctgccactacatattttcgtTCTAGTTT---GTGTTTATAGTCATGAA-AAACTAT---T---------TCAT---TA----TCAG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACACTGGTAAGAAC-ACTTATCAC-CTT----------A-----------CA---AGTAACCAATTATCATGGTA-TTGATCACGACCGTTAG-CAAATTTTTACCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTAA--GGGATAT--------GC-GCCTAGTACTGAAACATAA-------TGATGGTAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCTCGTATATGCTGAC-GGTTAGGCCA---TATATGCTTA-TTTTTGGTATA----GGCTTATATTCAAGTACGCGCTTATgttttcatagaactcaatcatttccacttttattaaaggagttttatccatggttaatgtacactgattggccacaattaaactatcaggta
gi|11 : TGTAGAATTTGGTAA--AT--AAGCGCGTACttaccaaattctacaac
gi|12 : tctagtttgtgtttatagtcatgaaaaactatttcattatcagaaaacaattacacttcaatagatgtcaacactggtaagaacacttatcaccttacaagtaaccaattatcatggtattgatcacgaccgttagcaaatttttacccactaatttgtgtgtttacctgtaagggatatgcgcctagtactgaaacataatgatggtaagagtttaacatgcacttattatctcgtatatgctgacggttaggccatatatgcttatttttggtataggcttatattcaa---------TA-----------CT---AGTAACAAATAATCACGGTA-TTAAT---GA-----AG-------TTTAGTC-GCTAATTTATTTGTATACTTGTATT-GGGATATTGGGACATGC-GCCTATTTCTAACACAAAA-------CTGAGGTAAGATTGTAGCATGTGC-----TTATTATCATGTACAGAGTGAC-AATAAGACTGTTATATACGCTTA-ATTTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAGTATGCACTTac
gi|12 : caaCTGTAGAATCTGGTAACTATTAAAGTGCATACtaatagttaccagattctacag
gi|13 : caatactagtaacaaataatcacggtattaatgaagtttagtcgctaatttatttgtatacttgtattgggatattgggacatgcgcctatttctaacacaaaactgaggtaagattgtagcatgtgcttattatcatgtacagagtgacaataagactgttatatacgcttaattttggtgtacgcttatattcaaTGCACTTTA-CTACATCAGTCATTTTTATTGAGAAATACTATAGAATCTGGTAA--AT--AAACGCATGGGCTT--ATATTACTTTTAGTGCT-TTTTTCATGCGCTTATTATTGGTAAGCGCTT--CTACTCAA-CCAATGAACAATGTGCGTTA-ATTTGATATGCGCTTATACGAAAGCACTGTTCGCCTACTTTTGACACCTTGA-------TCA---------------
gi|14 : aTTTGAA---AACATACTATAGAACCTGATAA--AT--AAGCGTATGCGCTC--ATATTAATTCTAAAGAC-ACTTTTATCCGCCTATTTTCGATAAGCGCTTAAATACTTAAGCCGTT-AATTATGCGC-CTATATTTAATATACTCTTTAACATTAGCTCTAatgct
gi|15 : aatgataaaatgattaattttattgtatattattgtttggaatattgAA-CTCCT--TTCAG---TGACTCA-----CTTAATTTACAATTTCACAATTCTAATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTGTTTACAAGCTCTATATTGGTTTCCA
gi|16 : tgctctactagtttttttttacttttttcttcattaacggatagaatgccattctgtcactacctattttcccGTAGAGCCTGGTGA--AT--AAGTGTATGCACTT--ATATTGATTTTGGGGAC-ATTTTTATGCACCTGTTTTTGACAAATGTTT--ACACATAG-CC-CTAAACTATGATC-TTACATGTGATATAGGCTCACACATTAGCTCTATGTGCCTACTTTTGACAATTTGG-------TCA---------------aagtttttatagaactcaatgat
gi|17 : g-GGGATAT--------GC-GTTTATTTTAAACACAAAA-------TTACGGTGAGATTTTAGCATGCGC-----TTATTATCACATACAGAATTAT-AGTTAGGCCG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----CGCTAATATTTAAGTATGCACTTATattcttacct
gi|17 : ACTGTAGATTCTTGTGA--AT--AAGTGCAT--ACTTAAATATTAtcacaagaatctacagt
gi|18 : gggatatgcgtttattttaaacacaaaattacggtgagattttagcatgcgcttattatcacatacagaattatagttaggccgtatgcgcttaattttggtatacgcTGTGCTCATTATTGGTATGCACTT--ATACTGAA-CCACTTAACTATGTGT-CTATATTTGATATGCGCTTATAGATAGGCCCTATGCACCTATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAG
gi|19 : ttgcattaaaaaactttgaatctctATCACTGAA-TTGACAACGACTGTTAG-CAAATTTGTAGCT-GCTAATCTGTGTGTTTACCTGTACTAGAGTTTT--------GCAGCTTACTTCga
gi|2 : TTGCTTTAAT---AAAATACTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCATATGCACTT--ATATTAATTTTAGTGACGATTTTTATACGCTTATTATTGGTAAGCACTT--CTACTGAA-CCACTAAATCATGCGC-CTATATCTGATATGGACTCATACATAAGCCCTATGCACCTATTTTTGACACCTTGAACAATGCTTACCACGGCCAAGAAAGC--------GA-------AAATGAAATACTAGT----ACTGACATGTGTGGCGAGTTACCTCCGTTTATTTTATAATTCATTTCACAAATATGAAATTTATCAAATGTAAATAA------TATAAACGAGAATAAGTTTATTAA-TA-AGTTCAATTACAG-------TTTAACATTAT-A-ATGGGG-T-TGAA-ACAGCTTGAGTTTATGTACACTGTGGCTATTCTGCATTGTCTCTATGTTGCTGTATTTTGATCACGA
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtACAACTGGAGCAATATACTAGCATCTAGTTT---GTGTTTATAGTTACTGA-AAACTAT---TCAAACAACATGAT---TA----TTGG-------AAAAGG---ATA--ACACT-T--------CAA-TG-------ACAGG--CTACTCAACA--GATAAGAAC-ACTTGTCAC-CTTTATACACCATA-----------CT---ATTAACCAATTATTACAATATTTGATGGGGACCG------------TTAGCC-ACTAAATTGTTTGCATACCTGTAAT-GGGATGT--------AC-GCCTATTTTTAATACAAAA-------TTGTGGTAATATTTTAGCATGCGA-----TTATTATCACATATAGAATGGC-GGTAAGACTG---TATGCGCTTA-ATTTCAGTATA----CGCTTCTATGCAAATATGCGCTTATggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatatgcgcttatttaccagattctacag
gi|2 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataCTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATttaccagattctacag
gi|22 : tgatatgtttcgtaactgttattatattggatcacctgtttgctttaataaaatactgtagaatctggtaaataagcatatgcacttatattaattttagtgacgatttttatacgcttattattggtaagcacttctactgaaccactaaatcatgcgcctatatctgatatggactcatacataagccctatgcacctatttttgacaccttgaacaatgcttaccacggccaagaaagcgaaaatgaaatactagtactgacatgtgtggcgagttacctccgtttattttataattcatttcacaaatatgaaatttatcaaatgtaaataatataaacgagaataagtttattaataagttcaattacagtttaacattataatggggttgaaacagcttgagtttatgtacactgtggctattctgcattgtctctatgttgctgtattttgatcacgaggaagatttccattctaaaggagttttttatggttgatgcacacagaatcatcaccacaaactgtaaggtataacaactggagcaatatactagcatctagtttgtgtttatagttactgaaaactattcaaacaacatgattattggaaaaggataacacttcaatgacaggctactcaacagataagaacacttgtcacctttatacaccatactattaaccaattattacaatatttgatggggaccgttagccactaaattgtttgcatacctgtaatgggatgtacgcctatttttaatacaaaattgtggtaatattttagcatgcgattattatcacatatagaatggcggtaagactgtatgcgcttaatttcagtatacgcttctatgcaaatTTTGGCATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTTAT
gi|22 : AGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattcttc
gi|23 : tttggcatatgcttatattcaaT-A-A----G-T--AAT-AAAGT-----GT-A----------GG----TCCGCATTGTCTCTACGTTGCTCTACTtc
gi|3 : TGTGCTT--ATATTAATTATAGTGAC-ATGTTTAAGCACTTATTATTGGTAAGCCCTT--ATACTGAT-CCACTAAAATATGCGC-CTATATTTGAT------------ATAAACCCTATGCACCTACTTTTGACACTTTGA-------TTA---------------C--------AA-------AAGTAAAATACTAGTACTAAC-GACATATGT-A-GTGCTACCTCCGTTTATTTTATAACCGATTTCACAAATACGAAATTTATCAAATGTAAACAA------TATAAACATGAATAAAC---TCAG-TA-AGTT-A--------------------------------------AAC-ACAGT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTCTCTATGTTGCTCTATTTTGATCAAACTTGATA
gi|3 : TAAATTGTTTATAAGTTTTATATTGGTTTCCACtttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattaAACTTGAGCAATATACCAGCATCTGATTT---GAGTTTATAGTCGCAAA-AAAATATA--TC-AACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACA---ATT--ACACT-T--------CAATT--------AT-AG--AT-GTCAACA--AGTAAGAAC-GCTTGTCAC-CT------------------------T---AGTAACCAATTATCACGGAA-GTGATCACAACCTTTAG-CAATTTTTTGGCCTCCTAATTTGTTTGCAAACCTGTATT-CAGACAT--------GC-GCTTATTTCTAACACAAAATGAAGGTTGACGGTAAGGCCTT---ATGCGC-----TTA--ATT---------TTG------------G---TATTCGCTTATATTTAAGTATG----CGCTTATggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaagtatgcgcttatttaccagattc
gi|3 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttGAATCTGGTAA--AT--AAGCGCATACttaccagattc
gi|4 : tgtgcttatattaattatagtgacatgtttaagcacttattattggtaagcccttatactgatccactaaaatatgcgcctatatttgatataaaccctatgcacctacttttgacactttgattacaaaagtaaaatactagtactaacgacatatgtagtgctacctccgtttattttataaccgatttcacaaatacgaaatttatcaaatgtaaacaatataaacatgaataaactcagtaagttaaacacagttttaggtccacattgtctctatgttgctctattttgatcaaacttgatatttttttgattataaattgtttataagttttatattggtttccacggttgttgttttttttttttttataaaactcaatatctcctctatttctctcaagagtacgattttctttttataggagttttctccatgtttaatgtacacagaatggtcaaagaaactgttaacttgagcaatataccagcatctgatttgagtttatagtcgcaaaaaaatatatcaacaacatgattatcggaaaacaattacacttcaattatagatgtcaacaagtaagaacgcttgtcaccttagtaaccaattatcacggaagtgatcacaacctttagcaattttttggcctcctaatttgtttgcaaacctgtattcagacatgcgcttatttctaacacaaaatgaaggttgacggtaaggccttatgcgcttaattttggtattcgcttatatttaaCCCATTTTCGACACTTTTA-------TTA---------------T--------GA-------AAGCAAAATACTAGTATTAACTGACATGTGTGG-GTGCTACCTCTGTTTATTTTA--ACTGATTTCACAAATATAAAATTTATCAAATGTAAACAG------TATAAACATGAATAAGT---TCAA-TA-----------CAG-------CTCA-----A----------------C-ACAAT-----TTTA----------GG----TCCACATTGTTTCTATGTTGCTCTATTTTGATCACGATTGATAAGAGATGCCAATGGGATATTGTTTTCATCTCTGTCAGCCGTAGCAGAATA--------TGCTCTGATCTTGTACAAAACCACCTGTGTTT-AGTCTTTAATCCTTTAGCGGGCATTTAT-A-AAATCTCCTCATTTAA---
gi|4 : ATTTT-ACAAG-CTGCT--TTCGG---TGACTCAAGAATTTTACTCTCCGATTTCAGCATTCTCATTAAAGTTTTATTGTT-AAATTAAATTGTTTACAAGTTTTATATTGGTTTCTACAccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctattttacaagctgctttcggtgactcaagaattttactctccgatttcagcattctcattaaagttttattgttaaattaaattgtttacaagttttatattggtttctacagtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : cccattttcgacacttttattatgaaagcaaaatactagtattaactgacatgtgtgggtgctacctctgtttattttaactgatttcacaaatataaaatttatcaaatgtaaacagtataaacatgaataagttcaatacagctcaacacaattttaggtccacattgtttctatgttgctctattttgatcacgattgataagagatgccaatgggatattgttttcatctctgtcagccgtagcagaatatgctctgatcttgtacaaaaccacctgtgtttagtctttaatcctttagcgggcatttataaaatctcctcatttaaccttttctcaattaatagataaaacgccgttctgccattacctACCTTTCTCATTAAAGTTTTAGTGTTCAAATTAAATTATTTACAAGTTTT-TATgtttttataaaactcaataatttccataattttttttcaagagtacgattttctttttaaaggagtttcatccataattaatgtacatagaatgctataatattaagtgaattaagtaag
gi|5 : ACAACTCAAGCAATATACTAGCATCTTGTTT---GTGTTTATTGCCGTGAA-AAACTAT---TAAAA-AACATGAT---TA----TCGG-------AAAATG---ATT--ACATT-T--------CAATAG-------AT-G-------TCAACA--GGTAAAAAT-GCTTGTCAC-CTT----------A-----------CT---AGTAACTAATTATCACAGTA-CTGATCCCAACCATTAG-CAAATTGTTAGCC-ACTAATTTGTGTGTTTACCTGTATT-GTGATAT--------GC-ACCAATTTTTAACACAAAA-------TGATGATAAGAGTTTAACATGCAC-----TTATTATCGCATATAGATTGAC-GGTAAGGCTG---TATGCGCTTA-ATTTTGGTATA----TGCTTATATTCAAGTATGCGCTAATaaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaagtatgcgctaatttaccagattctacagta
gi|5 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataTACTGTAGAATCTGGTAA--AT--TAGCGCATACttaccagattctacagta
gi|6 : acctttctcattaaagttttagtgttcaaattaaattatttacaagtttttataaaatcaataatctccactttttttctcgacagagtacaattttctttttaaaggagttatattcatgattaatgtacacagaatggccacaaacaaactgtttggtataacaactcaagcaatatactagcatcttgtttgtgtttattgccgtgaaaaactattaaaaaacatgattatcggaaaatgattacatttcaatagatgtcaacaggtaaaaatgcttgtcaccttactagtaactaattatcacagtactgatcccaaccattagcaaattgttagccactaatttgtgtgtttacctgtattgtgatatgcaccaatttttaacacaaaatgatgataagagtttaacatgcacttattatcgcatatagattgacggtaaggctgtatgcgcttaattttggtatatgcttatattcaaAA-TG-TGTGCGA-CACAT-------TTTA-----GTTA-A----G-T-ACACTACAAC-----TAT-----------------TCTGCATTGTCTCTATGTTGGTCTATTTTGATCACGA
gi|6 : TTATTTACAACTGTTGTATT-----TCAC--CTCGA----TAAACTAGCACCTATTTTTTTGTGTTTCTAGTTGCTAA-AATCTATCTATCTATCTATAT-ATCTTTA----TCTA-------TATA-------T--ATATT-TGATGATGGCAGATG-------AC-AGA-CTACTTAACA--GGTAAAAAC-ACATGTCATACTT---------TATATACACAATACT---AATAACCAATTATCAAGGTA-TTGATTGAGATCTTTTG-CAAGTTTTTAGCC-ACTTATTTGTTTGTATACCTGCATT-GTGATAT--------GC-ACCTATTTTAAACACCAAA-------TTTTGGTAAGATTTTAGCATGGGC--------TTATCACATACAGAACGAA-GTTAACGTCG---TATGCACTTA-ATTTTGGTATAATATCG-TTATATTAAAGTATGCGCTTATgtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttatattaaagtatgcgcttatttaccagtctacagt
gi|6 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttACTGTAGA--CTGGTAA--AT--AAGCGCATACTTTA--ATATttaccagtctacagt
gi|7 : aatgtgtgcgacacattttagttaagtacactacaactattctgcattgtctctatgttggtctattttgatcacgagtaggatttcctttttaaagaagttttatttttatttacaactgttgtatttcacctcgataaactagcacctatttttttgtgtttctagttgctaaaatctatctatctatctatatatctttatctatatatatatttgatgatggcagatgacagactacttaacaggtaaaaacacatgtcatactttatatacacaatactaataaccaattatcaaggtattgattgagatcttttgcaagtttttagccacttatttgtttgtatacctgcattgtgatatgcacctattttaaacaccaaattttggtaagattttagcatgggcttatcacatacagaacgaagttaacgtcgtatgcacttaattttggtataatatcgttACAACCTGACTAATATACTAGTATCTAGTTT---GTGTATATAGTTGCTAATAAACTAT---TCAAACAAAATGAT---TACACTTCAGTAGATGTGAAATGTTAGTTTAACAATCT--------AAATTGGGTGATGAC-GGGCTT-CTCAACC--AGTAAGAAC-ACTTGTTAC-CTT---------TATACACAACA--CT---AGTAACCAATTA-CACAGTA-TTGATGAAAACCATTTG-CAAGTTT--AGCC-ACTAATTTGTTTGTATACCTGTTAT-GGGATAT--------GC-GCCTATTTGTAAAACAAAA-------TAA-GGTAAGATTTTAGCATGCAC-----TTATTTTCACATACAGAATGAT-GTTAAGTCTG---TATGTGCTTA-AATTTGGTGTA----CGCTTATATTCAAATAAGCTCTTAT
gi|8 : ccacatcacgagtaagattatcttttttaagaagtttttatcggtgtttgatgtacacaaaatgatcacaaaaaaactgtttggtataTGT---ACTATAGTGTAGAATCTGGTAA--AT--AAGCGTATGGGCCT--ATATTAATTTTAGTGAC-ACTTTTATACGCATATTATTGGTAAGCATTT--ATATTGAA-CCACTAAACTATGCAC-CTATATTTG---------TATACATAA---------GCCTATTTTTGATACTTTGATCTATGCTTA---------------CCTCTGTCAGAAAAACAGAAGTAAAATACAAGTCTTAGCTGACA-----AG-CTG------------ATTTTACA-------------ATATGAAATTTATCAAATGTAAACAATGCATGTATATACATGAATAAGT---TAAATTACAGTTCAA-CATAGGAGTGTCTTTG-----AT-A-A----A-TATAAC-ACttaacagatcttacagt
gi|9 : catgcatgtacatgtatcttggagaaatttaagaaatctcaatgttgtggttgaaaaTTT---GTGTTTATAGTTACTAA-AAACTAT---TCTAACAACATGAT---TA----TCGG-------AAAACG---ATT--GCATT-T--------CA
gi|9 : -GG--CTGCTTAGCA--GATAA-AACAGCTTGTTGC-CTT---------TA-----------TTCACAATAACCAATTGTCACAGTA-TTGATT----CTTTTTGATGAGTTTTTAGCT-GTTACTTTGTTCCTATACCTGTATT-TCAATAT--------AT-GCCTAATTTTAAGACAAAA-------ATAAGGTAAGAAGTTGACATGTACTTAATTTATTATCACATACAGAA--ACTGGTAAGGCCC---TAATTGCTTA-GTTTTGATATA----AGTGAGTATTCAACTATGCtcatacatcaggtgtgacaaataacagtccatgatcacaggctgcttagcagataaaacagcttgttgcctttattcacaataaccaattgtcacagtattgattctttttgatgagtttttagctgttactttgttcctatacctgtatttcaatatatgcctaattttaagacaaaaataaggtaagaagttgacatgtacttaatttattatcacatacagaaactggtaaggccctaattgcttagttttgatataagtgagtattcaactatgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAC
Unaligned ( gi|21 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA