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lowQualScore                  :                                  .      .     ..   .       . ...   .    . . ...... ... ....... ................ .. .     . ... .    .    .     . .. ....              ..  .....  .. .  ..   ..   ... .               .....        .. .. ....... .  . .       . .     ...  ... ..          ............... .     .... . . ....            .. . . . ..        .      .     
lowQualScore                  :                                  0      6     66   1       8 444   0    0 0 000000 222 2222222 9999999999999999 33 7     8 000 9    9    9     2 22 2222              22  22222  77 0  44   44   333 1               66666        44 44 2222222 0  0 7       0 0     777  777 33          666666666666666 2     5555 1 1 3333            55 1 1 1 55        2      7     
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Reference ( gi|5 )            :                             TAGTCCATCCCAAAACCT--GAT-ATCTCCCAAG--TCA-GGTC-T-A------T---T-------A--A-T--C-C---A--A--ACGAAAA-AA--C-AGGG-AATT-CTATGTC--TC---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-CTGAA--CGC--TTA--AT-AAACTGTGACGTCAT-----TCAAACTT--T--C-A-T--TT-GA-AACAACTGA-C-CAATC---AA---C--GTGCTCAAATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTGCTC---T-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTACA
gi|23                         :                             TAGTCTATCCTGATATCT--GAC-ATCTCCAGAT--TTA-G-TCAT-G------T---T-------A----T--G-C---AT-A--ATGTAAA-AG--C-ATGGCAATA-CT-TGCC--TG---TTCCACAATTCATA--GCTTTCTAA--TGTA--TTT--TCA--AT---TCTGTAACACCAT-----TT-AGCTT--C--C-A----CT-GA-AACAACTGA-C-CAATC---AG---C--GTGCT
gi|40                         :                             TAGTCTATCCTGGTACC-------ATCTCCCAAT--TCA-GGTC-T-G------T---T-------AT-A-T--T-C---C--A--ATGTAAA-AG--C-AGGG-AATT-CCCTGTC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----Atgtatgatacctctaagtaacacctcgacgcggagagttct
gi|21                         :                            tTAGTCCATCCCAGTTCCT--G-C-GTTTTTCAGG--TCT-GTTT-T-A------CAC-T-------A--A-T--T-T---A--A--A--AGCA-AG--C-TTGG-AACC-CCCTAAT--TA---TCACACAGCTCATT--CC-----AC-TCCAATCCGG--T-A--ATCAAACTGTGACGTAAT-----TCAAA-TT--C--C-A----TT-GA-CGCAACTGA-C-CAATC---CG---C--GTACTTGTATG-----------AC-A-CTGCCG---T-T-T----AACGGctcaaatgcatttctgtttattgaaacaaacatgcaagttcaa
gi|70                         :                             TAGTCTATCCCGGTACCT--AAC-ATCTCCCGAT--ACA-AGCC-T-G------T---T-------A--tcataggctactggcggaccga
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gi|9                          :                              AGTCTATCCCTGAACCT--GAC-ATCTACCGAA--TCA-GGTC-T-A------T---TT------A--C-C--C-C---A--A--ATGAAAAAAA--C-AGGG-AATT-CTATACC--TG---TCCCACAATTTATA--GC-----AA-CCAAA--CGC--TTA--CT-AAACTGTGACGTCAT-----TCAAACTT--T--C-A-G--TT-GA-AGCGGCTGA-C-CAATC---AA---C--TTGCTCAAATGTGGCTTTC---------TGTTC-----C-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTCG-ATCCGCTCTAC
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gi|12                         :                             cAGTCTATCCCAGAACCT--GGT-ATTTCCCGAA--TCA-GGTC-A-C------T---T-------A--A-C--C-C---CC-G--ATGAAAC-AA--C-AGGG-AATT-CTATGCC--TG---TCCAACAATTTATA--GC-----AA-TTGAA--CAC--TAA--CT-TAACTATGGCGTCAT-----TCAAGC---------------------AC--CTAA-G-CAAGC---AA---C--GTACTCAAATGCGGCTTTCCCAAC-A-TAGCTA---T-T-T----AAGGAATCCAGT--T-G-A-A--AAAGGCGG-CTTCATTCTACAgac
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gi|3                          :                              AGTTCATCCCAGTCCCT--GATTCTCTCCCAAA--TCA-GATA-T-ACCTCCCT---TCCGCAACACTA-T--T-C---G--A--CTGAAAA-AA----AGAG-AATT-GCATGCC--TG---TCCCACCATTTATA--GC-----TA-TTGAA--CGC--TTA--CC-TAACTGAGATGTCTT-----TCAAATTT--T--C---C--CT-AA-AGCAACTGA-C-CAATC---AG------GTGCTTAAAT---------CTA---A-TTATTA---T-G-T----AATGGACTCAGT--C-A-G-A--AGAGCTGT-GACCATatatattaaatgggtccgtac
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gi|31                         :                              AGTCTATCCCAGAACCT--GAT-TTCTCCCGAA--TCA-GGTC-T-A------T---T-------A--A-C--C-C---C--A--TTGAAAA-AA--C-AGGG-AATT-CT---TC--AT---TTCTATAATTGATA--GC-----AA-CT
gi|33                         :                              AGTTTATCTCATAACGT--TAC-ATCTCCCGAA--TCA-GCTT-T-A------T---T-------A--A-T--C-CCCTA--A----GAAAA-AAG-C-AGGC-AAAT-ATATGCC--TG---TCCCACAATTCATA--GG-----AA-TTGAC--CGC--TTA--CT-AAACTATAATACCTT-----TC-AGCGTGCT--C-A-T--------AACAAATG--C-TATTT---AA---C--G-GATCCAATTTGtaccaatcaacgtgctcaaatgtggctttcctaatattgtttgtaaaacagacccgatcgggagagctgagtccgttataca
gi|79                         :                              AGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATATCCCGAttc
gi|4                          :                               GTCTATCCCATGACCT--AAT-ATCATCCGAA--TCA-GGTC-A-A------T---T-------A--A-C--CGC---T--A--ATGAAAA-AG--C-AGGG-AATT-TTATGCC--TG---TCCCACAATTCGTA--GA-----AA-TTGAA--CGC--TTA--CT-AAACTGTGACGTCAG-----TCAAACTT--T--C-A-G--TT-AA-AGCAACTGA-C-CAATC---AA---C--ATGCTTAAATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTGCTA---T-T-T----AACGGGCCCAAT--T-G-G-G--AGAGCCGG-GTTCGTTCTACAtt
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gi|11                         :                               GTCTATCCAAGTCCCT--GAT-ATCTCCCGAG--TCA-GGTC-T-G------T---T-------A--A-A--CGC---C--A--ATGAAAA-TA--CGAGGG-AATT-CTGTGTC--TG---TCCCATAATTCATA--GC-----AC-TTTAA--CGC--TTACCA--AAACGATGTCTTCAT-----TC-AACTT--T--C-G----CT-GA-AACAACTGA-C-CAATC---AA---C--ATGCTCATATTTA--------AA-----TACTA---T-G-T----AACGGACCAAAG--C-GTG-A--AAAACTGT-GTCCGTTCTACAt
gi|19                         :                               GTCTCTCCCATAACCT--GAT-ATCTCCCGAA--TTT-GGTC-T-A------T---T-------A--A-A--CAC---T--T--ATTAAAA-AAGGC-AGAG-AACT-CGA-ACC--TG---TCCCATAATGCATATGGC-----AA-TTGTA--TGC--TTA--CT-AAACTATGACATCAT-----TCAAACTT--T--C---C--CT-GA-AGCAACTGAAC-CAATC---AG---C--GTGCTC----GT---------AAC-AATTGCTA---T-T-T----AACGGACCCAGT--T-G-G-G--AGAGTTGG-GTg
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gi|41                         :                                TCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCAAA--TCA-GGCC-T-A------T---T-------A--A-C--------------------------C-AGGA-AATT-TTATGCC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-TTGAA--TGC--
gi|35                         :                                   ATCCCAGAACCC--GA--ATCC------------GGTC-T-A------T---T-------A--ACT--A-C---C--A--ATGAAAA-AA--C-ATGA-A----CTATGTC--TG---TCCCA-----------GC-----AA-CTGAA--TGC--TT---AT--------------------------CTT--T--C-G----CT-GA-AGCAACTTG-C-CTTTC---AG---C--ATGCT----TGT---------AACAA-TTGCTA---T-T-T----AAAGGACCCAAT--C-G-G-G--aatcgtgaaaccgggtatttccgtattctccgtat
gi|18                         :                                   tTTCCAAACCCT--GAT-ATCTTCCGAA--TGA-GGTC-T-A------T---G-------A--A-C--CAC---C--A--ATGAAAA-AG--C-AGGA-TATT-CTATGCC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-TTGAA--CGC--TGA--AC-A----GTGACGTCAT-----TCAAGCTT--T--C-A-G--TT-GA-AACAACTGA-C-CGATC---AA---C--GTACTCAAATGCTGCTGTCTCAAC-A-TTGCTA---T-T-T----AACGGCCCCAAT--C-G-A-G--AGAGCTGG-GCCtccattctac
gi|25                         :                                 cttTCCCAGAACCT--GAT-ATCACCCCAA--TAA-GGTA-T-A------T---T-------A----C--C-C---ACCA--ATGTAAA-A---C-A---------CTATGCC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-TTAAA--TGC--TTT--CT-AAACTATGACGTCAT-----TCGAACGT--T--C---C--CT-GA-GGCAACTGA-C-CAATC---AG---T--GTGCTC----GT---------AAC-AATTGCTA---G-T-T----AACGGACCCAAA--C-G-G-G--AGAGCTGG-ATTC
gi|2                          :                                       CAGAACAT--GAT-ATCTCCTGAA--TCA-GGTC-T-A------T---T-------A--A-C--CTC---C--G--TTAAAAA-AG--C-AAGT-AATC-CAATGCC--TA---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-ATGAA--CGC--TTA--CT-AAACTGTGACGTCAT-----TCAAACTG--T--T-G-C--CT-GA-AACAATTGA-C-CAATC---AA---C--TTGCTCAAATTAGGCTTTTCCACC-A-TTAATTATAT-C-T----AACGAACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCT-T-GCCCGCTCTACAtttctgcc
gi|48                         :                                   tctataaaACCT--GGC-ATCTGCCGAC--TCA-GATA-T-G------T---T-------AT-A-C--C-C---------------------C----G-AATT-CCATGTC--TG---TTCCAAATTTCATA--GC-----Aggc
gi|17                         :                                attcaggtcttcCTT--GAT-ATCTCCCAAT--TCA-GGTT-T-A------T---T-------A--A-C--CAC---C--A--ATGAAAA-AG--C-AAGG-AATT-CTATGCC--TG---TCCTACAATTCATA--AC-----AA-TTGAA--CGC--TTA--CT-AAACTCTGACGTCAT-----CTAAACGT--T--C-A-A--TT-GA-AGCAACTGA-C-CAATT---AG---C--GTACTCAGATGTGGCTTTCGCAAC-A-TTGCTA---T-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-A--AAAGCTGG-GTCTGTGCTAttaccgct
gi|15                         :                                            CCT--GAT-ATCTCTCGAG--TCT-GTTC---A------------------A--A-T--C-A---C--A--ATGACAA-AG--C-AGGA-CATT-TTATGAC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----TA-TTAAA--CGC--TTT--CC-AAACTGTG-----AT-----TCAAATTT--TGCC-A--------A-AGCAACTGA-C-CAATT---AA---C--GTGCTCAAAT
gi|54                         :                         taaatccgattggtcagtcCCT--GAT-ATCTCCCGAT--TCA-GGTC-T-A------T---A-------A--A-C--C-C---T--A--ATTAAAA-AAG-C-AGGG-AATT-CCATGAT--TG---TCCAAAAATcgcattgctatgccgtacactctaaagctaccagaatatgttcctgcaaatg
gi|44                         :                                            CCT--GAC-GCCTCCCGAT--TCA-GGTA-T-G------T---T-------GT-A-T--C-C---A--A--TCAAATATAA--C--GGG-AGTA-TCATGCCGTTCATATCCCACAA--CAAA--GC-----g
gi|24                         :                             ttagtaaataccattcCT--GAT-ATCTTC--AGCATCA-GGTC-T-A------T---C-------A--A-C--C--------A--ATGAAGA-AA--G-AGGG-AATT-CTATGCC--TG---TCCCACAATTCATA--GC-----AA-TTGAA--CAC--TTA--CT-AAACTATGACGTCAC-----TCAAACTT--T--C-G-C--T--GA-TGCAGCTGA-C-CAATA---AA---T--GTTCTCAAATATG--------------CTGCTA---T-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGATATGG-GTCCGTgtttaacg
gi|46                         :                                        atagaaT--AAT-ATCTCCCGAA--TCA-AGTG-T-G------T---T-------AT-A-T--C-C---A--A--ATGGTAC-AG--C-TGGG-AATG-CCATGCC--CG---TGCCACAATTCATA--GC-----Attta
gi|27                         :                                           aagtccaAT-ATCTCCAGAA--TCA-GGTC-T-A--------------------------------------ATGAAAA-AG--C-AGGA-AATT-CTATGAC--TG---CCCAACAATTCATA--GT-----AC-TTTCA--CGC--ATT--AT-AAAATGTGATGTCAT-----TC-AACTT--T--C-G----CT-AA-AGCAACTAA-C-CAATC---AA---C--GTGCTTAAAT---------CTAA--A--TGCTT---A-G-T----GATGAACTCAGG--C-G-ATG--AAAACTGA-GTCCGTctttaat
gi|30                         :                                           agcgagaaT-ATGTCCCAAT--CCCTGATA-T-A------T---TTTC----A--A-C--C-C---A--A--ATGAAAA----------G-AATT-CTATGTC--CG---TCCCACGATTCATA--GT------A-CT----------TTA--AC-AAAC-GTGACGTCAT-----TCAA-----------------T-G------GTTGA-C-CAATC---AA---T--GTGCTCAAA---------CC--AC-C-TTGCTA---TATAT----AACGGACCTTAG--C-G-A-T--ATAACTGG-ATCCGTtgtg
gi|22                         :                                                ccatttagTCCCGAT--TCA-GGTC-T-A------T---T-------A--A-T--C-C---CC-A--ATAAAAA-AG--G-AGGG-AATT-CTATGCC--TG---TCCAACAATTCAAT--GC-----AA-TTGGA--CAC--TTA--CA-AAACTGTGACGTCAT------CAAACTT--T--C-A-G--TT-GA-AACAACTAT-T-CAATT---AA---C--GTGCTCAAATGTGGCTTTCCCATC-A-TTTCTA---T-T-T----AACGGACCCAAT--T-A-A-G--AGAGCTGG-GTTCGTTCTAtatgc
gi|28                         :                                                               --TCA-GGCC-T-G------T---T-------A--AAC--C-C---C--A--ATGCAAA-AG--C-AGGG-AATT-CCATGTC--TT---TCCC-CAATTGGTA--GT-----AC-TCTAA--CTC--TTA--CC-AAACTGTGACGTCAT-----TC-AACTT--T--C---C--CC-AA-AGCAATTGA-C-CAATC---AG---T--GTGCTC--ATGT--CT-------C-A-TTGCTA---T-G-T----GCCGGACTCTAG--C-G-A-A--AGAGCTGG-GTTCaag
gi|6                          :                                                        tcttgta--TCA-GAGT-T-A------TGTAT-------A--A-C--C--------A--ATGAAAT-AT--C-AGGG-AATC-GAATGCC--TA---TGCCACAATTTAGA--GC-----TA-TTAAA--CGC--TTA--CT-AAACTATGACGTCTT-----TCAAACAT--T--C---C--CA-GA-AGCAACTGA-C-CAATC---AA---C--ATATTCAAaaccta
gi|59                         : aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgata--TCT-GATC-T-GC-----T---T-------T--A-T--C-C---C--A--ACGTAAA-AA-----GGG-AATT-CCAAGCC--TA---CCTGACAATTCAAA--GC-----Atcaggcaagctgggtcagtcctacag
gi|43                         :                                                                  at-GGTC-T-A------T---T-------A--A-C--CTC---C--A--ATGAAAA-AG--C-AATG-AATTGCTA
gi|34                         :                                                                                                     --C-C---A--A--ATGAAAA-AAAGC-TGGA-GATT-CTATGCA--TG---TCCCAAAATTCATA--GC-----AA-TTGAA--CAC--TTA--CT-AAACTGTGACGTCGT-----TCAAACTT--T--C-A----CT-GA-AACAACTGA-C-CAATC---AA------GTGCTCAAATGTGGCATTAACAAC-A-TTGCTA---T-T-G----AACGGACCCAGT--aagcaactgaccaataaacatgctcaaatcttactgctatgtaacggaaccaagggaaagagctggacagcaggagt
gi|37                         :                                                                                                 aacc--C-C---A--A--A-GAAAA-AG--C-AGGG-AATT-
gi|32                         :                                                                                                              --A--ATGAAAA-AAG-C-TGGG-AATT-CTATGTC--TG---TCCCACAATTCTTA--GC-----AA-TTGAA--CGC--TTA--CA-AAACTATGACGTCAT-----TCAAACTT--T--C---T--CT-GA-AGCAACTGA-C-CAATC---AA---C--GTGTTCAAATGT-------------A-CCGCTG---T-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGTTGG-GTCCGTCCTACAtaacgcttactaaactatggcgtcagtcaaacttgtctgaagtaactgacttatcagcgtgctttaatctcatcgctgtgtaacggaccctatcgggggttctgtgtccgtttcatagactactgag
gi|39                         :                                                                                                           cac--A--ATAAAAG-TA--C-AGAT-ATTT-CAATGCC--TG---TCCCATAATTTGTA--GC-----AA-TT-AC--CAA--TTG--CT-AAACTGTGACGTCAT-----T-AAACTT--T------T--TCAGA-AGCAATTGA-C-CAATC---AA---C--GTGC
gi|58                         :                                                                                                            cc--A--ATGCGAA-AG--C-ATTG-AATT-CCCTGTC--CA---TTCCACAATTCATA--GC-----Acggggatctggatccgttctatagtc
gi|26                         :                                                                                                                               tatactctATT-CTATGAC--TG---TTCAACAATTCATA--GC-----AC-TCGAA--CGC--TTA--CT-AAACTGTGACGTTAT-----CCAAACTG--T--C-A-G--TT-GA-AGCAACTGA-C-CAATT---AA---C--GTGCTCAAATGAAGTTTTCCCAAC-A-TTGCTA---T-T-T----AACACACCCAAT--C---T-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTcttagtaatatatt
gi|38                         :                                                                                                     tatatccaagaacctactatctaccagagcaatgacT-CTATGAG--TG---TCCTACGATTCATA--GC-----TA-TTGAA--CGC--TTA--CC-AAAATGTGAAAT-AT-----TCAAACTT--T--C-AGT--TT-G--AGCAACTGA-C-CAATC---AA---C--TTGCTCAAATGGCGCTTTCTAAAC-A-TTGCTA---C-T-A----AACGGAACCAAT--C-G-G-G--A
gi|68                         :                                                                                                                                                 C--TT---TCCAACAATTCATA--GC-----ACTCTTAA--TGCATTTA--TC-AAAATGTGACGT
gi|74                         :                                                                                                                                               gaC--TG---TCCCACAATCCATA--GC-----TG-TTTAA--CGC--TTg
gi|36                         :                                                                                                                                                     a---TCCCACAATGCATA--GC-----AA-TTAAA--CAC--TTA--CT-AAACTATGACGTCAT-----TCATACTT--T--C---C--CT-GA-AGCAATTGA-C-CAATG---CA---C--GTGCTCAAATATGACTTTCCCAAC-T-TTGCCA---T-T-T----AACGGA-CCAAT--C-A-G-G--AGAGCTGG-TTCCGCTCTACAgccaaat
gi|37                         :                                                                                                                                                                      gcccg-----AA-TTTAA--CGC--TTA--CT-AAACTATGGCGTCAG-----TCAAACTT-------G-T--CT-GA-AGTAACTGA-C-TTATC---AG---C--GTGCTTTAAT----CT-------C-A-TCGCTG---T-G-T----AACGGACCCTAT--C-G-G-G--GGTTCTGT-GTCCGTga
gi|1                          :                                                                                                                                                                            ccaaagaaaaagcaggg--TTA--GT-AAACTGAAATGTCAT-----TCAAACTT--T--T---C--CT-GA-AGCAACTGG-C-CAATC----A---C--ATGTTCAAA-----CTT--------A-CTGCTA---T-G-T----AATGGACTCAAT--T-G-G-G--CGAGCTGT-ATCCGTttcatagactactgag
gi|52                         :                                                                                                                                                                                         cactctgtaaaagtaaaatacaagGTAAT-----TCAAACTT--C--C---C--CT-AA-ACCAACTGA-C-CAATA---AAAAGT--GTGCTtccatggactaatggacagcatattacattaaacccagtgtgcagcagaaaaaacattaaatactactgcgagattgcttttacttctagaagattttagtaaatatcaacaacaaagatatttgtatgtaaat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                     T-----TCA---TT--T--CTA-TAATT-GATAGCAACTTA-C-CAATC---AA---C--GTGCTCAAATGTGGCTTTCCTAAT-A-TTG------T-T-TGTAAAACAGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTGA-GTCCGTTATACAgctattcgaacgatccaatcgttctacaga
gi|43                         :                                                                                                                                                                             agtctatcccagaacctgatttctcccgaatcaggtctattaaccccattgaaaaaacagggaattcT-AA-AGCAACTGA-C-CAATA---AA---C--ATGCTCAAAT----CTT--------A-CTGCTA---T-G-T----AACGGAACCAA-----G-G-GAAAGAGCTGG-
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                   ggtctattaacctccaatgaaaaagcaatgaattgcCAACTGA-C-CAATC---AA---C--ATGCTCAAAT----CT-------C-A-CTGCTA---T-G-T----AACAGAacagcaggagt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TTGCTA---T-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                caaatagactc-TTGCTA---T-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCCttcttcaga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaatagactc-T-C----AACATATTCAAT--C-A-G-G--CAAGCTGG-GTCAGTCCTACAttcttcaga
gi|78                         :                                                                                                                                               aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgatatcagagttatgtataaccaatgaaatatcagggaatcgaatgcctatgccacaatttagagctattaaacgcttactaaactatgacgtctttcaaacattcccagaagcaactgaccaaCCAGTGAC-G-T-G--AGAGCTGG-GTTCGTACTACAg
gi|77                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCAAT--C-A-T-G--AAAACTGG-GTCCGTTCTACAga
20 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GACTAATTCAAATCCAATATTTAGCATCAAATGCCTTCGAAATGTCCTTTATAAAAAATTCTTCTTATGTTATGTTAAAATTAATCCCATTTTACAAATCAAATATCTTATGTGAATT
Unaligned ( gi|45 ): TTTCAAATAATCTATCACAATACCTGACAAGTCTGATTCAGATCTGTTATATCCTAATGTGAAAGCATGGCAAGTCTGGCAGCCCAACAATCCATATCTCTCTAG
Unaligned ( gi|47 ): CCGGTTCGTGTGTATTTTATCTACATGTAAAACGATGGAATTCCCAGCTTTGCGACAATGTAAAACATTCAAATGCATTTATTTATT
Unaligned ( gi|49 ): TGTTTGGTCTATCCTAATACCTGACATCTCTGTTATTCCTTAATGTAAAAACGCATGGAACACCAGTCCGTGTCATCATTTAAAGC
Unaligned ( gi|50 ): AATAATCGGTTGTATTGGTTTATCCAAATCTCCCGTTACAGGTCCGTTATAGTTTAATGTAAAAGCATGGAAACTCCTGCCA
Unaligned ( gi|51 ): TTTAGTTTATCTCAGTATCTGCCGATTCATGTCTATTATATTGTAATGTGAAAATAGAAGTTTCTGTCTATTCCACA
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Unaligned ( gi|55 ): CGAGCAGCTCAATATTTAAATCCGTTAAACCCCATTGAAAAAGAAGGGAATTCCATTGCTGCCCGCTGATT
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Reference ( family-1824 )     :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTCACCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTTCTACA
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                tctataaaGTCTATCCCGGAACCT--GAT-AACTTCCAA-----ATCAGGTC-TTA------T---T----A-A-TCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT--T--ATACC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAGT-TGAA--CGA--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTCAGTTCA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGCGGCACTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGAGCCACT--C-G-G-G--ggc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCCATCCCAGTTCCT--G-C-GTTTT----------TCAGGTC-T-GT-----T---T----T-A-CA-C----T--A--A-TT-TAA-A-A--G-C-A-AGCTTGG-A-ACC-CC--CTAAT-----TATCACACAGCTCATT--CCACT-CCAATCCGG--TAATC-AAA--CTGTGACGTAAT-----TCAAA------TTCCA-TTGA-CGCAACTGA-C-CAATC---CGC--GTACTTG-TATG-----------AC-A-CTG---CCGT-T-T----AACGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 TCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TA-AAA-A-A--G-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTCAAT--GCAAT-TGGA--CAC--TTACA-AAA--CTGTGACGTCAT------CAAA-----CTTTCAGTTGA-AACAACTAT-T-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCATC-A-TTT---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--T-A-A-G--AGAGCTGG-GTTCGTTCTAtcataggctactggcggaccga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGATATCT--GAC-ATCTCCAGA-----TTTAG-TCAT-G------T---T----A-T-GC-A----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-T----GGCA-ATA-CT---TGCC-----TGTTCCACAATTCATA--GCTTT-CTAA--TGT--ATTTT-CAATTCTGTAACACCAT-----TT-AG-----CTTCCA-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AGC--GTGCTaag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                 AGAAC-T--GAT-ATCTTCAGC-----ATCAGGTC-T-A------T---C----A-A-CC---------A--A-TG-AAG-A-A--A-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAC-----TCAAA-----CTTTCGC-TGA-TGCAGCTGA-C-CAATA---AAT--GTTCTCA-AATATG--------------CTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGATATGG-GTCCGTTTTAtgtatgatacctctaagtaacacctcgacgcggagagttct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                           atTCCCAGAACCT--GAT-ATCACCCCA-----ATAAGGTA-T-A------T---T----A-C-CCAC----C--A--A-TG-TAA-A-A----C-A---------------CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TAAA--TGC--TTTCT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCGAA-----CGTTC-CCTGA-GGCAACTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAG-T-T----AACGGACCCAAA--C-G-G-G--AGAGCTGG-ATTCTTTCTGC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                A-G-A--G-C-A-A----TG-ACATT-CT--ATGAC-----TGTTCAACAATTCATA--GCACT-CGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTTAT-----CCAAA-----CTGTCAGTTGA-AGCAACTGA-C-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGAAGTTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACACACCCAAT--C---T-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTc
gi|27                         :                                                                                                                                                                                  tatatccaagaacctactatctaccAT-ATCTCCAGA-----ATCAGGTC-T-A---------------------------------A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-A-ATT-CT--ATGAC-----TGCCCAACAATTCATA--GTACT-TTCA--CGCA-TTA-T-AAA--ATGTGATGTCAT-----TC-AA-----CTTTCG-CTAA-AGCAACTAA-C-CAATC---AAC--GTGCTTA-AAT---------CTAA--A--TG---CTTA-G-T----GATGAACTCAGG--C-G-ATG--AAAACTGA-GTCCGTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                               agcgagaa-----ATCAGGCC-T-G------T---T----A-AACC-C----C--A--A-TG-CAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGTC-----TTTCCC-CAATTGGTA--GTACT-CTAA--CTC--TTACC-AAA--CTGTGACGTCAT-----TC-AA-----CTTTC-CCCAA-AGCAATTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC---ATGT--CT-------C-A-TTG---CTAT-G-T----GCCGGACTCTAG--C-G-A-A--AGAGCTGG-GTTCgtg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                 tcttgtAGTCTATCCTAGTCCCT--GAA-ATC---CAA-----ATCAGGTT-T-C------T---T----ATA-CC-G----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATG-CT--ATGCG-----ATTCCCACAATCCAT-----------AA--CAC--TT--T--AA--CTGTGACATAAT-----TCAAA------TTTCG-CTG---------------AATC---AAC--GTGCTCA-AATAT-----------C-A-GTG---CTAT-G-T----GACGAACCAAGT--CGG-G-G--AGAGCTGG-ATCCGTaaccta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                       AGTTCATCCCAGTCCCT--GATTCTCTCCCAA-----ATCAGATA-T-ACCTCCCT---TCCGCA-A-CA-CTATTC--G--ACTG-AAA-A-A--A---A-G----AG-A-ATT-GC--ATGCC-----TGTCCCACCATTTATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-TAA--CTGAGATGTCTT-----TCAAA-----TTTTC-CCTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AG---GTGCTTA-AAT---------CTA---A-TTA---TTAT-G-T----AATGGACTCAGT--C-A-G-A--AGAGCTGT-GACCATTC
gi|30                         :                                                                                                                                                                                      TAGTATGTCCCAATCCCT--GAT-AT------------AT-------T-T------T---C----A-A-CC-C----A--A--A-TG-AAA-A----------------G-A-ATT-CT--ATGTC-----CGTCCCACGATTCATA--GTACT-TTAA--C----------AAA--C-GTGACGTCAT-----TCAA--------------TG------GTTGA-C-CAATC---AAT--GTGCTCA-AA---------CC--AC-C-TTG---CTATATAT----AACGGACCTTAG--C-G-A-T--ATAACTGG-ATCCGTTctaag
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  ccattAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-TTCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CTTCAT----------TTCTATAATTGATA--GCAA----------C--TTACC-AAT--C---AACGT-GC-----TCAAATGTGGCTTTCatgc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGATAGCAACTTA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCTAAT-A-TTG------T-T-TGTAAAACAGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTGA-GTCCGTTATACActaatattgtttgtaaaacagacccgatcgggagagctgagtccgttataca
gi|32                         :                                                                                                                                                                              agtctatcccagaacctgatttctcccgaatcaggtctattaaccccattgaaaaaacagggaattcttcatttctataat----C--A--A-TG-AAA-A-AA-G-C-T-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TGTCCCACAATTCTTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACA-AAA--CTATGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-TCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGTTCA-AATGT-------------A-CCG---CTGT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGTTGG-GTCCGTCCTACA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                     caAGTTTATCTCATAACGT--TAC-ATCTCCCGA-----ATCAGCTT-T-A------T---T----A-A-TC-C----CCTA--A-GA-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AAT-AT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GGAAT-TGAC--CGC--TTACT-AAA--CTATAATACCTT-----TCA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TC---AGC--GTGCTCATAA-----------CAA--A-T-G---CTAT-T-T----AACGGATCCAAT--gcgtgctcataacaaatgctatttaacggatccaatttgttc
gi|34                         :                                                                                                                        agtttatctcataacgttacatctcccgaatcagctttattaatcccctaagaaaaaagcaggcaaatatatgcctgtcccacaattcataggaattgaccgcttactaaactataatacctt----A-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-AAAG-C-T-G----GA-G-ATT-CT--ATGCA-----TGTCCCAAAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCGT-----TCAAA-----CTTTCA-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AA---GTGCTCA-AATGTGGCATTAACAAC-A-TTG---CTAT-T-G----AACGGACCCAGT--ttgttc
gi|35                         :                                                                                                                                                                                           TATCCCAGAACC-------------CGA-----ATCCGGTC-T-A------T---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--A-C-A-T----GA-A-----CT--ATGTC-----TGTCCC---------A--GCAAC-TGAA--TGC--TTAT----------------------------------CTTTCG-CTGA-AGCAACTTG-C-CTTTC---AGC--ATGCT-----TGT---------AACAA-TTG---CTAT-T-T----AAAGGACCCAAT--C--------------GG-GTCCATTCTAC
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCC-----CGTCCCACAATGCATA--GCAAT-TAAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCATA-----CTTTC-CCTGA-AGCAATTGA-C-CAATG---CAC--GTGCTCA-AATATGACTTTCCCAAC-T-TTG---CCAT-T-T----AACGGA-CCAAT--C-A-G-G--AGAGCTGG-TTCCGCTCTACA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-AG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TA--ACGCT-----Tga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAT-TTAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGGCGTCAG-----TCAAA-----CTT--GTCTGA-AGTAACTGA-C-TTATC---AGC--GTGCTTT-AAT----CT-------C-A-TCG---CTGT-G-T----AACGGACCCTAT--C-G-G-G--GGTTCTGT-GTCCGTTactaaactatggcgtcagtcaaacttgtctgaagtaactgacttatcagcgtgctttaatctcatcgctgtgtaacggaccctatcgggggttctgtgtccgtttcatagactactgag
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ccaaagaaaaagcagggT-CT--ATGAG-----TGTCCTACGATTCATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-AAA--ATGTGAAAT-AT-----TCAAA-----CTTTCAGTTTG-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGGCGCTTTCTAAAC-A-TTG---CTAC-T-A----AACGGAACCAAT--C-G-G-G--Atcatagactactgag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-TA-AAA-G-T--A-C-A-G----AT-A-TTT-CA--ATGCC-----TGTCCCATAATTTGTA--GCAAT-T-AC--CAA--TTGCT-AAA--CTGTGACGTCAT-----T-AAA-----CTTTT-TCAGA-AGCAATTGA-C-CAATC---AAC--GTGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                        GTCTATCCCATGACCT--AAT-ATCATCCGA-----ATCAGGTC-A-A------T---T----A-A-CCGC----T--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCGTA--GAAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAG-----TCAAA-----CTTTCAGTTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTTA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGGCCCAAT--T-G-G-G--AGAGCCGG-GTTCGTTCTACAcggggatctggatccgttctatagtc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGGTACC-------ATCTCCCAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-TT-C----C--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--CTGTC-----TGTCCCACAATTCATA--GCACT-CAAA--TGC--ga
gi|41                         :                                                                                                                                                                                        tTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----ATCAGGCC-T-A------T---T----A-A-C-----------------------------C-A-G----GA-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--TGC--atttctgtttattgaaacaaacatgcaagttcaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                GGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----TG-A-ATTGCT--Aaatcgtgaaaccgggtatttccgtattctccgtat
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTAA-AGCAACTGA-C-CAATA---AAC--ATGCTCA-AAT----CTT--------A-CTG---CTAT-G-T----AACGGAACCAA-----G-G-GAAAGAGCTGG-aagcaactgaccaataaacatgctcaaatcttactgctatgtaacggaaccaagggaaagagctggacagcaggagt
gi|44                         :                                                                                                                                                                  ggtctattaacctccaatgaaaaagcaatgaattgCCT--GAC-GCCTCCCGA-----TTCAGGTA-T-G------T---T----G-T-AT-C----C--A--A-TC-AAATATA--A-C---G----GG-A-GTA-TC--ATGCCGTTCATATCCCACAA--CAAA--GC-GT-TTAA--CGacagcaggagt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                       ttagtaaataccattcT--AAT-ATCTCCCGA-----ATCAAGTG-T-G------T---T----ATA-TC-C----A--A--A-TG-GTA-C-A--G-C-T-G----GG-A-ATG-CC--ATGCC-----CGTGCCACAATTCATA--GCACT-TTAA--
gi|48                         :                                                                                                                                                                                             aagtccaACCT--GGC-ATCTGCCGA-----CTCAGATA-T-G------T---T----ATA-CC-C----C-------------------------------G-A-ATT-CC--ATGTC-----TGTTCCAAATTTCATA--GC-AT-T-AC--CGC--Tt
gi|49                         :                                                                                                                                                                          attcaggtcttcTGGTCTATCCTAATACCT--GAC-ATCTCT-------------GT--T-A------T---T--------CC-T----T--A--A-TGTAAA-A-AC-G-C-A-T----GG-A-ACA-CC--A-GTC-----CGTGTCATCATTTAAA--GC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  tgttTAGTCCATCCCAAAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----GTCAGGTC-T-A------T---T----A-A-TC-C----A--A--A-CG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TCTCCCACAATTCATA--GCAAC-TGAA--CGC--TTAAT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTCATTTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTCT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTACA
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                             -ATCTCCCGT-----TACAGGTC-C-G------T---T----ATA-GT-T----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-ATG----GA-A-ACT-CC---TGCC-----
gi|51                         :                                                                                                                                                           aataatcggttgtattggtttatccaaTAGTTTATCTCAG---------T-ATCTGCCGA-----TTCATGTC-T-A------T---T----ATA-TT-G----T--A--A-TG-TGA-A-A--A-T-A-------G-A-AGT-TT--CTGTC-----TATTCCACAa
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttGTAAT-----TCAAA-----CTTCC-CCTAA-ACCAACTGA-C-CAATA---AA---------A-AGTGTG--------------CTG---CTAT-T-CG---AAC-GATCCAAT--C-G-
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                CTTCCGA-----TTCAGGTC-T-GT-----T---T----T-G-CC-C----T--A--A-CG-CAG-A-A--G-C-G-T----GG-G-ATT-CC--CTGCC-----TGCCGTACAAGTAATA--ACAttctacaga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                     CCT--GAT-ATCTCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---A----A-A-CC-C----T--A--ATTA-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGAT-----TGTCCAAAAATcac
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                   ----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--G-A-A-G----GG-A-ATT-CC--ATTGC-----TGCCCg
gi|56                         :                                                                                                                                                             cgagcagctcaatatttaaatccgttaGTCTATTCAGGCACCT--TGC-ATCTCCCGA-----TTCCGTTC-T-G------T---A----ATA-TC-A----T--A--A-TA-TAA-A-A--G-C-A-T----GG-gctgatt
gi|57                         :                                                                                                                                                                                  gattTAATCTATCCCAGGACCT--GAC-ATATCTAGA-----TTCAGATG-T-A------T---T----ACA-CC-C----T--A--A-TA-TAA-A-G--G-T-A-cac
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tttactt-A-CT-C----T--A--A-TG-CGA-A-A--G-C-A-T----TG-A-ATT-CC--CTGTC-----CATTCCACAATTCATA--GCACT-Tt
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                          tatTCTGATC-T-GC-----T---T----T-A-TC-C----C--A--A-CG-TAA-A-A------A-G----GG-A-ATT-CC--AAGCC-----TACCTGACAATTCAAA--GCAagtaatatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                     at-----ATCAGAGT-T-A------TGTAT----A-A-CC---------A--A-TG-AAA-T-A--T-C-A-G----GG-A-ATC-GA--ATGCC-----TATGCCACAATTTAGA--GCTAT-TAAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCTT-----TCAAA-----CATTC-CCAGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATATTCA-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgat-T-C----AACATATTCAAT--C-A-G-G--CAAGCTGG-GTCAGTCCTACAtcaggcaagctgggtcagtcctacag
gi|62                         : aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgatatcagagttatgtataaccaatgaaatatcagggaatcgaatgcctatgccacaatttagagctattaaacgcttactaaactatgacgtctttcaaacattcccagaagcaactgaccaaAGTCTAGCCTAGTACCT--GAC-ATCT---------------GT--T-A------T----------A-CC-C----T--AGCA-TG-CAA-A-A--G-C-A-C----GG-A-ATT-Cg
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                           AC-ATCTCCAAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-CC-C----T--C--A-TG-TAA-A-A----C-A-G----cc
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tctgttatagtaacga-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCA
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caaatagactc-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCAga
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                  caaatagactc-ATCTCCTGA-----TTCGGGTA-T-G------G---T----ATA-CG-T----C--A--A-TG-TAA-A-C--G-C-A-G----GG-A-ATG-TC--ATGCC-----Tga
gi|68                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   C-----TTTCCAACAATTCATA--GCACTCTTAA--TGCATTTATC-AAA--ATGTGACGT
gi|69                         :                                                                                                                                                                                    gaTATTCTATCCAAGTCCTT--GAT-ATCTCCCGAATCTGATCAGGTC-T-G------T---T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                      cAGTCTATCCCAGAACCTCAGA--ACCTCCCGA-----AT-------------------------A-A-CC-A----C--AC-A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A--TT-TT--ATGCA-----TGCCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--ACA--TTAC--AAA--CTATGACGTTAG-----TCAAA-----CTTTCAGTTGA-AGCTTCTGA-C-CAATT---AAC--GTTCTCA-AACGAGACTTTTCAAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACACAAT--C-C-G-G--AGAGCGGGTGTCCGTACTACA
gi|70                         :                                                                                                                                                                                     cTAGTCTATCCCGGTACCT--AAC-ATCTCCCGA-----TACAAGCC-T-G------T---T----ATA-CC-gac
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTCA-AAT----CT-------C-A-CTG---CTAT-G-T----AACAGA
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                 AGAACAT--GAC-ATCTTCAGA-----ATCAGGTA-T-A------C---T----A-A-CC-C----
gi|73                         :                                                                                                                                                                              ctatatatTAGTCTATTCTAGAACCA--AAT-TTCTCCCGA-----ATCAGG
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaC-----TGTCCCACAATCCATA--GCTGT-TTAA--CGC--TTGCC-AAA--
gi|75                         :                                                                                                                                                                                     aTAGTTTATCCAAGAACCG--GGT-AGCTCCCTA-----ATCAGGTC-t
gi|76                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCAAGTCTCT--GGC-ATTTCTCGA-----CTCAGGT
gi|77                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCAAT--C-A-T-G--AAAACTGG-GTCCGTTCTACA
gi|78                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aCCAGTGAC-G-T-G--AGAGCTGG-GTTCGTACTACAgacaaa
gi|79                         :                                                                                                                                                                                       AGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATATCCCGA-----ga
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1824 )     :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-GCCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTTCTACA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                    taaatccgattggtcagtcAGTCTATCCAGGAACTT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---G----A-A-CC-AA---C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AGT-CT--ATGCC-----TGACCATTAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTATT-AAA--CTGTGACGTTA------TCAGA-----TTTTC-AGTTGA-AGCAACTGG-CAAAATCCAAAACATGTGCTCA-AATACGCCCTTTCCAAA-A-TTG---ATATAT-T----AAcgcattgctatgccgtacactctaaagctaccagaatatgttcctgcaaatg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                     CTT--GAT-ATCTCCCAA-----TTCAGGTT-T-A------T---T----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCTACAATTCATA--ACAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTCTGACGTCAT-----CTAAA-----CGTTC-AATTGA-AGCAACTGA-C-CAATT---AGC--GTACTCA-GATGTGGCTTTCGCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-A--AAAGCTGG-GTCTGTGCTAatgggtccgtac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                          CTTTTCCAAACCCT--GAT-ATCTTCCGA-----ATGAGGTC-T-A------T---G----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-T-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--T-----GAA--CAGTGACGTCAT-----TCAAG-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTGA-C-CGATC---AAC--GTACTCA-AATGCTGCTGTCTCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGCCCCAAT--C-G-A-G--AGAGCTGG-GCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                        GTCTCTCCCATAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATTTGGTC-T-A------T---T----A-A-AC-A----CTTA--T-TA-AAA-A-A--GGC-A-G----AG-A-ACT-CG--A-ACC-----TGTCCCATAATGCATATGGCAAT-TGTA--TGC--TTACT-AAA--CTATGACATCAT-----TCAAA-----CTTTC--CCTGA-AGCAACTGAAC-CAATC---AGC--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAGT--T-G-G-G--AGAGTTGG-GT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                CAGAACAT--GAT-ATCTCCTGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--G--T-TA-AAA-A-A--G-C-A-A----GT-A-ATC-CA--ATGCC-----TATCCCACAATTCATA--GCAAA-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTGTT-GCCTGA-AACAATTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATTAGGCTTTTCCACC-A-TTAATTATAT-C-T----AACGAACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCT-T-GCCCGCTCTACAt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                tctataaaGTCTATCCCGGAACCT--GAT-AACTTCCAA-----ATCAGGTC-TTA------T---T----A-A-TCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT--T--ATACC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAGT-TGAA--CGA--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-AGTTCA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGCGGCACTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGAGCCACT--C-G-G-G--ggc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCCATCCCAGTTCCT--G-C-GTTTT----------TCAGGTC-T-GT-----T---T----T-A-CA-C----T--A--A-TT-TAA-A-A--G-C-A-AGCTTGG-A-ACC-CC--CTAAT-----TATCACACAGCTCATT--CCACT-CCAATCCGG--TAATC-AAA--CTGTGACGTAAT-----TCAAA-------TTC-CATTGA-CGCAACTGA-C-CAATC---CGC--GTACTTG-TATG-----------AC-A-CTG---CCGT-T-T----AACGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 TCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TA-AAA-A-A--G-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTCAAT--GCAAT-TGGA--CAC--TTACA-AAA--CTGTGACGTCAT------CAAA-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTAT-T-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCATC-A-TTT---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--T-A-A-G--AGAGCTGG-GTTCGTTCTAtcataggctactggcggaccga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGATATCT--GAC-ATCTCCAGA-----TTTAG-TCAT-G------T---T----A-T-GC-A----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-T----GGCA-ATA-CT---TGCC-----TGTTCCACAATTCATA--GCTTT-CTAA--TGT--ATTTT-CAATTCTGTAACACCAT-----TT-AG-----CTTCC-A-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AGC--GTGCTaag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                 AGAAC-T--GAT-ATCTTCAGC-----ATCAGGTC-T-A------T---C----A-A-CC---------A--A-TG-AAG-A-A--A-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAC-----TCAAA-----CTTTC-GC-TGA-TGCAGCTGA-C-CAATA---AAT--GTTCTCA-AATATG--------------CTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGATATGG-GTCCGTTTTAtgtatgatacctctaagtaacacctcgacgcggagagttct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                           atTCCCAGAACCT--GAT-ATCACCCCA-----ATAAGGTA-T-A------T---T----A-C-CCAC----C--A--A-TG-TAA-A-A----C-A---------------CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TAAA--TGC--TTTCT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCGAA-----CGTTC--CCTGA-GGCAACTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAG-T-T----AACGGACCCAAA--C-G-G-G--AGAGCTGG-ATTCTTTCTGC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                A-G-A--G-C-A-A----TG-ACATT-CT--ATGAC-----TGTTCAACAATTCATA--GCACT-CGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTTAT-----CCAAA-----CTGTC-AGTTGA-AGCAACTGA-C-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGAAGTTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACACACCCAAT--C---T-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTc
gi|27                         :                                                                                                                                                                                  tatatccaagaacctactatctaccAT-ATCTCCAGA-----ATCAGGTC-T-A---------------------------------A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-A-ATT-CT--ATGAC-----TGCCCAACAATTCATA--GTACT-TTCA--CGCA-TTA-T-AAA--ATGTGATGTCAT-----TC-AA-----CTTTC-G-CTAA-AGCAACTAA-C-CAATC---AAC--GTGCTTA-AAT---------CTAA--A--TG---CTTA-G-T----GATGAACTCAGG--C-G-ATG--AAAACTGA-GTCCGTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                               agcgagaa-----ATCAGGCC-T-G------T---T----A-AACC-C----C--A--A-TG-CAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGTC-----TTTCCC-CAATTGGTA--GTACT-CTAA--CTC--TTACC-AAA--CTGTGACGTCAT-----TC-AA-----CTTTC--CCCAA-AGCAATTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC---ATGT--CT-------C-A-TTG---CTAT-G-T----GCCGGACTCTAG--C-G-A-A--AGAGCTGG-GTTCgtg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                 tcttgtAGTCTATCCTAGTCCCT--GAA-ATC---CAA-----ATCAGGTT-T-C------T---T----ATA-CC-G----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATG-CT--ATGCG-----ATTCCCACAATCCAT-----------AA--CAC--TT--T--AA--CTGTGACATAAT-----TCAAA------TTTC-G-CTG---------------AATC---AAC--GTGCTCA-AATAT-----------C-A-GTG---CTAT-G-T----GACGAACCAAGT--CGG-G-G--AGAGCTGG-ATCCGTaaccta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                       AGTTCATCCCAGTCCCT--GATTCTCTCCCAA-----ATCAGATA-T-ACCTCCCT---TCCGCA-A-CA-CTATTC--G--ACTG-AAA-A-A--A---A-G----AG-A-ATT-GC--ATGCC-----TGTCCCACCATTTATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-TAA--CTGAGATGTCTT-----TCAAA-----TTTTC--CCTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AG---GTGCTTA-AAT---------CTA---A-TTA---TTAT-G-T----AATGGACTCAGT--C-A-G-A--AGAGCTGT-GACCATTC
gi|30                         :                                                                                                                                                                                      TAGTATGTCCCAATCCCT--GAT-AT------------AT-------T-T------T---C----A-A-CC-C----A--A--A-TG-AAA-A----------------G-A-ATT-CT--ATGTC-----CGTCCCACGATTCATA--GTACT-TTAA--C----------AAA--C-GTGACGTCAT-----TCAA---------------TG------GTTGA-C-CAATC---AAT--GTGCTCA-AA---------CC--AC-C-TTG---CTATATAT----AACGGACCTTAG--C-G-A-T--ATAACTGG-ATCCGTTctaag
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  ccattAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-TTCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CTTCAT----------TTCTATAATTGATA--GCAA----------C--TTACC-AAT--C---AACGT-GC-----TCAAATGTGGCTTTC-atgc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGATAGCAACTTA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCTAAT-A-TTG------T-T-TGTAAAACAGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTGA-GTCCGTTATACActaatattgtttgtaaaacagacccgatcgggagagctgagtccgttataca
gi|32                         :                                                                                                                                                                              agtctatcccagaacctgatttctcccgaatcaggtctattaaccccattgaaaaaacagggaattcttcatttctataat----C--A--A-TG-AAA-A-AA-G-C-T-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TGTCCCACAATTCTTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACA-AAA--CTATGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC--TCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGTTCA-AATGT-------------A-CCG---CTGT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGTTGG-GTCCGTCCTACA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                     caAGTTTATCTCATAACGT--TAC-ATCTCCCGA-----ATCAGCTT-T-A------T---T----A-A-TC-C----CCTA--A-GA-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AAT-AT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GGAAT-TGAC--CGC--TTACT-AAA--CTATAATACCTT-----TCA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TC---AGC--GTGCTCATAA-----------CAA--A-T-G---CTAT-T-T----AACGGATCCAAT--gcgtgctcataacaaatgctatttaacggatccaatttgttc
gi|34                         :                                                                                                                        agtttatctcataacgttacatctcccgaatcagctttattaatcccctaagaaaaaagcaggcaaatatatgcctgtcccacaattcataggaattgaccgcttactaaactataatacctt----A-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-AAAG-C-T-G----GA-G-ATT-CT--ATGCA-----TGTCCCAAAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCGT-----TCAAA-----CTTTC-A-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AA---GTGCTCA-AATGTGGCATTAACAAC-A-TTG---CTAT-T-G----AACGGACCCAGT--ttgttc
gi|35                         :                                                                                                                                                                                           TATCCCAGAACC-------------CGA-----ATCCGGTC-T-A------T---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--A-C-A-T----GA-A-----CT--ATGTC-----TGTCCC---------A--GCAAC-TGAA--TGC--TTAT----------------------------------CTTTC-G-CTGA-AGCAACTTG-C-CTTTC---AGC--ATGCT-----TGT---------AACAA-TTG---CTAT-T-T----AAAGGACCCAAT--C--------------GG-GTCCATTCTAC
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCC-----CGTCCCACAATGCATA--GCAAT-TAAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCATA-----CTTTC--CCTGA-AGCAATTGA-C-CAATG---CAC--GTGCTCA-AATATGACTTTCCCAAC-T-TTG---CCAT-T-T----AACGGA-CCAAT--C-A-G-G--AGAGCTGG-TTCCGCTCTACA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-AG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TA--ACGCT-----Tga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAT-TTAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGGCGTCAG-----TCAAA-----CTT---GTCTGA-AGTAACTGA-C-TTATC---AGC--GTGCTTT-AAT----CT-------C-A-TCG---CTGT-G-T----AACGGACCCTAT--C-G-G-G--GGTTCTGT-GTCCGTTactaaactatggcgtcagtcaaacttgtctgaagtaactgacttatcagcgtgctttaatctcatcgctgtgtaacggaccctatcgggggttctgtgtccgtttcatagactactgag
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ccaaagaaaaagcagggT-CT--ATGAG-----TGTCCTACGATTCATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-AAA--ATGTGAAAT-AT-----TCAAA-----CTTTCAGTTTG--AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGGCGCTTTCTAAAC-A-TTG---CTAC-T-A----AACGGAACCAAT--C-G-G-G--Atcatagactactgag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-TA-AAA-G-T--A-C-A-G----AT-A-TTT-CA--ATGCC-----TGTCCCATAATTTGTA--GCAAT-T-AC--CAA--TTGCT-AAA--CTGTGACGTCAT-----T-AAA-----CTTTT--TCAGA-AGCAATTGA-C-CAATC---AAC--GTGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                        GTCTATCCCATGACCT--AAT-ATCATCCGA-----ATCAGGTC-A-A------T---T----A-A-CCGC----T--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCGTA--GAAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAG-----TCAAA-----CTTTC-AGTTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTTA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGGCCCAAT--T-G-G-G--AGAGCCGG-GTTCGTTCTACAcggggatctggatccgttctatagtc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGGTACC-------ATCTCCCAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-TT-C----C--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--CTGTC-----TGTCCCACAATTCATA--GCACT-CAAA--TGC--ga
gi|41                         :                                                                                                                                                                                        tTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----ATCAGGCC-T-A------T---T----A-A-C-----------------------------C-A-G----GA-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--TGC--atttctgtttattgaaacaaacatgcaagttcaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                GGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----TG-A-ATTGCT--Aaatcgtgaaaccgggtatttccgtattctccgtat
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTAA-AGCAACTGA-C-CAATA---AAC--ATGCTCA-AAT----CTT--------A-CTG---CTAT-G-T----AACGGAACCAA-----G-G-GAAAGAGCTGG-aagcaactgaccaataaacatgctcaaatcttactgctatgtaacggaaccaagggaaagagctggacagcaggagt
gi|44                         :                                                                                                                                                                  ggtctattaacctccaatgaaaaagcaatgaattgCCT--GAC-GCCTCCCGA-----TTCAGGTA-T-G------T---T----G-T-AT-C----C--A--A-TC-AAATATA--A-C---G----GG-A-GTA-TC--ATGCCGTTCATATCCCACAA--CAAA--GC-GT-TTAA--CGacagcaggagt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                       ttagtaaataccattcT--AAT-ATCTCCCGA-----ATCAAGTG-T-G------T---T----ATA-TC-C----A--A--A-TG-GTA-C-A--G-C-T-G----GG-A-ATG-CC--ATGCC-----CGTGCCACAATTCATA--GCACT-TTAA--
gi|48                         :                                                                                                                                                                                             aagtccaACCT--GGC-ATCTGCCGA-----CTCAGATA-T-G------T---T----ATA-CC-C----C-------------------------------G-A-ATT-CC--ATGTC-----TGTTCCAAATTTCATA--GC-AT-T-AC--CGC--Tt
gi|49                         :                                                                                                                                                                          attcaggtcttcTGGTCTATCCTAATACCT--GAC-ATCTCT-------------GT--T-A------T---T--------CC-T----T--A--A-TGTAAA-A-AC-G-C-A-T----GG-A-ACA-CC--A-GTC-----CGTGTCATCATTTAAA--GC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  tgttTAGTCCATCCCAAAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----GTCAGGTC-T-A------T---T----A-A-TC-C----A--A--A-CG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TCTCCCACAATTCATA--GCAAC-TGAA--CGC--TTAAT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-ATTTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTCT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTACA
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                             -ATCTCCCGT-----TACAGGTC-C-G------T---T----ATA-GT-T----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-ATG----GA-A-ACT-CC---TGCC-----
gi|51                         :                                                                                                                                                           aataatcggttgtattggtttatccaaTAGTTTATCTCAG---------T-ATCTGCCGA-----TTCATGTC-T-A------T---T----ATA-TT-G----T--A--A-TG-TGA-A-A--A-T-A-------G-A-AGT-TT--CTGTC-----TATTCCACAa
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttGTAAT-----TCAAA-----CTTCC--CCTAA-ACCAACTGA-C-CAATA---AA---------A-AGTGTG--------------CTG---CTAT-T-CG---AAC-GATCCAAT--C-G-
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                CTTCCGA-----TTCAGGTC-T-GT-----T---T----T-G-CC-C----T--A--A-CG-CAG-A-A--G-C-G-T----GG-G-ATT-CC--CTGCC-----TGCCGTACAAGTAATA--ACAttctacaga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                     CCT--GAT-ATCTCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---A----A-A-CC-C----T--A--ATTA-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGAT-----TGTCCAAAAATcac
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                   ----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--G-A-A-G----GG-A-ATT-CC--ATTGC-----TGCCCg
gi|56                         :                                                                                                                                                             cgagcagctcaatatttaaatccgttaGTCTATTCAGGCACCT--TGC-ATCTCCCGA-----TTCCGTTC-T-G------T---A----ATA-TC-A----T--A--A-TA-TAA-A-A--G-C-A-T----GG-gctgatt
gi|57                         :                                                                                                                                                                                  gattTAATCTATCCCAGGACCT--GAC-ATATCTAGA-----TTCAGATG-T-A------T---T----ACA-CC-C----T--A--A-TA-TAA-A-G--G-T-A-cac
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tttactt-A-CT-C----T--A--A-TG-CGA-A-A--G-C-A-T----TG-A-ATT-CC--CTGTC-----CATTCCACAATTCATA--GCACT-Tt
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                          tatTCTGATC-T-GC-----T---T----T-A-TC-C----C--A--A-CG-TAA-A-A------A-G----GG-A-ATT-CC--AAGCC-----TACCTGACAATTCAAA--GCAagtaatatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                     at-----ATCAGAGT-T-A------TGTAT----A-A-CC---------A--A-TG-AAA-T-A--T-C-A-G----GG-A-ATC-GA--ATGCC-----TATGCCACAATTTAGA--GCTAT-TAAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCTT-----TCAAA-----CATTC--CCAGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATATTCA-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgat-T-C----AACATATTCAAT--C-A-G-G--CAAGCTGG-GTCAGTCCTACAtcaggcaagctgggtcagtcctacag
gi|62                         : aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgatatcagagttatgtataaccaatgaaatatcagggaatcgaatgcctatgccacaatttagagctattaaacgcttactaaactatgacgtctttcaaacattcccagaagcaactgaccaaAGTCTAGCCTAGTACCT--GAC-ATCT---------------GT--T-A------T----------A-CC-C----T--AGCA-TG-CAA-A-A--G-C-A-C----GG-A-ATT-Cg
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                           AC-ATCTCCAAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-CC-C----T--C--A-TG-TAA-A-A----C-A-G----cc
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tctgttatagtaacga-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCA
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caaatagactc-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCAga
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                  caaatagactc-ATCTCCTGA-----TTCGGGTA-T-G------G---T----ATA-CG-T----C--A--A-TG-TAA-A-C--G-C-A-G----GG-A-ATG-TC--ATGCC-----Tga
gi|68                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   C-----TTTCCAACAATTCATA--GCACTCTTAA--TGCATTTATC-AAA--ATGTGACGT
gi|69                         :                                                                                                                                                                                    gaTATTCTATCCAAGTCCTT--GAT-ATCTCCCGAATCTGATCAGGTC-T-G------T---T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                      cAGTCTATCCCAGAACCTCAGA--ACCTCCCGA-----AT-------------------------A-A-CC-A----C--AC-A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A--TT-TT--ATGCA-----TGCCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--ACA--TTAC--AAA--CTATGACGTTAG-----TCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AGCTTCTGA-C-CAATT---AAC--GTTCTCA-AACGAGACTTTTCAAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACACAAT--C-C-G-G--AGAGCGGGTGTCCGTACTACA
gi|70                         :                                                                                                                                                                                     cTAGTCTATCCCGGTACCT--AAC-ATCTCCCGA-----TACAAGCC-T-G------T---T----ATA-CC-gac
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTCA-AAT----CT-------C-A-CTG---CTAT-G-T----AACAGA
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                 AGAACAT--GAC-ATCTTCAGA-----ATCAGGTA-T-A------C---T----A-A-CC-C----
gi|73                         :                                                                                                                                                                              ctatatatTAGTCTATTCTAGAACCA--AAT-TTCTCCCGA-----ATCAGG
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaC-----TGTCCCACAATCCATA--GCTGT-TTAA--CGC--TTGCC-AAA--
gi|75                         :                                                                                                                                                                                     aTAGTTTATCCAAGAACCG--GGT-AGCTCCCTA-----ATCAGGTC-t
gi|76                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCAAGTCTCT--GGC-ATTTCTCGA-----CTCAGGT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1824 )     :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-GCCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTTCTACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --TTAGT-AAA--CTGAAATGTCAT-----TCAAA-----CTTTT--CCTGA-AGCAACTGG-C-CAATC---A-C--ATGTTCA-AA-----CTT--------A-CTG---CTAT-G-T----AATGGACTCAAT--T-G-G-G--CGAGCTGT-ATCCGTTCCA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                        GTCTATCCAAGTCCCT--GAT-ATCTCCCGA-----GTCAGGTC-T-G------T---T----A-A-ACGC----C--A--A-TG-AAA-A-T--A-CGA-G----GG-A-ATT-CT--GTGTC-----TGTCCCATAATTCATA--GCACT-TTAA--CGC--TTACCAAAA--CGATGTCTTCAT-----TC-AA-----CTTTC-G-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTCA-TATTTA--------AA-----TA---CTAT-G-T----AACGGACCAAAG--C-GTG-A--AAAACTGT-GTCCGTTCTACA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                       AGTCTATCCCAGAACCT--GGT-ATTTCCCGA-----ATCAGGTC-A-C------T---T----A-A-CC-C----CC-G--A-TG-AAA-C-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTTATA--GCAAT-TGAA--CAC--TAACT-TAA--CTATGGCGTCAT-----TC-------------------A-AGCACCTAA-G-CAAGC---AAC--GTACTCA-AATGCGGCTTTCCCAAC-A-TAG---CTAT-T-T----AAGGAATCCAGT--T-G-A-A--AAAGGCGG-CTTCATTCTACAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       AGTCAAACCCAGAACTT--GAT-TTCTCCAGA-----ATCATGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TG-AAA-ACA--G-C-A-G----GT-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTTGTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCAAA-----ATTTC--CCTGT-AGCAACTGA-T-CAATC---AAT--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAT-T-T----AACGGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTTA-GTTCATTCTACgac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                         TCTATCCCAGAACCT--AAT-ATCTCCCGA-----TTCAAGTC-T-T------T---T----A-A-CAAC----C--A--A-TG-GAA-A-A--GGC-A-G----GG-A-TTT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--TGATGACGACAT-----TCAAA-----CTTTT--CCTGG-GGCAACTGA-C-CAATC---AGC--GTGC-----ACGTGA------CA---A-TTG---CTAT-T-A----AACAAAACAAAT--A-G-A-G--AGAGATGG-GTTCGTTCTACA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                     CCT--GAT-ATCTCTCGA----------GTC-T-G------T---TCA--A-A-TC-A----C--A--A-TG-ACA-A-A--G-C-A-G----GA-C-ATT-TT--ATGAC-----TGTCCCACAATTCATA--GCTAT-TAAA--CGC--TTTCC-AAA--CTGTG-----AT-----TCAAA------TTTT-GCC-AA-AGCAACTGA-C-CAATT---AAC--GTGCTCA-AAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                    taaatccgattggtcagtcAGTCTATCCAGGAACTT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---G----A-A-CC-AA---C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AGT-CT--ATGCC-----TGACCATTAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTATT-AAA--CTGTGACGTTA------TCAGA-----TTTTC-AGTTGA-AGCAACTGG-CAAAATCCAAAACATGTGCTCA-AATACGCCCTTTCCAAA-A-TTG---ATATAT-T----AAcgcattgctatgccgtacactctaaagctaccagaatatgttcctgcaaatg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                     CTT--GAT-ATCTCCCAA-----TTCAGGTT-T-A------T---T----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCTACAATTCATA--ACAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTCTGACGTCAT-----CTAAA-----CGTTC-AATTGA-AGCAACTGA-C-CAATT---AGC--GTACTCA-GATGTGGCTTTCGCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-A--AAAGCTGG-GTCTGTGCTAatgggtccgtac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                          CTTTTCCAAACCCT--GAT-ATCTTCCGA-----ATGAGGTC-T-A------T---G----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-T-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--T-----GAA--CAGTGACGTCAT-----TCAAG-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTGA-C-CGATC---AAC--GTACTCA-AATGCTGCTGTCTCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGCCCCAAT--C-G-A-G--AGAGCTGG-GCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                        GTCTCTCCCATAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATTTGGTC-T-A------T---T----A-A-AC-A----CTTA--T-TA-AAA-A-A--GGC-A-G----AG-A-ACT-CG--A-ACC-----TGTCCCATAATGCATATGGCAAT-TGTA--TGC--TTACT-AAA--CTATGACATCAT-----TCAAA-----CTTTC--CCTGA-AGCAACTGAAC-CAATC---AGC--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAGT--T-G-G-G--AGAGTTGG-GT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                CAGAACAT--GAT-ATCTCCTGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--G--T-TA-AAA-A-A--G-C-A-A----GT-A-ATC-CA--ATGCC-----TATCCCACAATTCATA--GCAAA-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTGTT-GCCTGA-AACAATTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATTAGGCTTTTCCACC-A-TTAATTATAT-C-T----AACGAACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCT-T-GCCCGCTCTACAt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                tctataaaGTCTATCCCGGAACCT--GAT-AACTTCCAA-----ATCAGGTC-TTA------T---T----A-A-TCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT--T--ATACC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAGT-TGAA--CGA--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-AGTTCA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGCGGCACTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGAGCCACT--C-G-G-G--ggc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCCATCCCAGTTCCT--G-C-GTTTT----------TCAGGTC-T-GT-----T---T----T-A-CA-C----T--A--A-TT-TAA-A-A--G-C-A-AGCTTGG-A-ACC-CC--CTAAT-----TATCACACAGCTCATT--CCACT-CCAATCCGG--TAATC-AAA--CTGTGACGTAAT-----TCAAA-------TTC-CATTGA-CGCAACTGA-C-CAATC---CGC--GTACTTG-TATG-----------AC-A-CTG---CCGT-T-T----AACGGt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                 TCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TA-AAA-A-A--G-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTCAAT--GCAAT-TGGA--CAC--TTACA-AAA--CTGTGACGTCAT------CAAA-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTAT-T-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCATC-A-TTT---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--T-A-A-G--AGAGCTGG-GTTCGTTCTAtcataggctactggcggaccga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGATATCT--GAC-ATCTCCAGA-----TTTAG-TCAT-G------T---T----A-T-GC-A----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-T----GGCA-ATA-CT---TGCC-----TGTTCCACAATTCATA--GCTTT-CTAA--TGT--ATTTT-CAATTCTGTAACACCAT-----TT-AG-----CTTCC-A-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AGC--GTGCTaag
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                 AGAAC-T--GAT-ATCTTCAGC-----ATCAGGTC-T-A------T---C----A-A-CC---------A--A-TG-AAG-A-A--A-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAC-----TCAAA-----CTTTC-GC-TGA-TGCAGCTGA-C-CAATA---AAT--GTTCTCA-AATATG--------------CTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGATATGG-GTCCGTTTTAtgtatgatacctctaagtaacacctcgacgcggagagttct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                           atTCCCAGAACCT--GAT-ATCACCCCA-----ATAAGGTA-T-A------T---T----A-C-CCAC----C--A--A-TG-TAA-A-A----C-A---------------CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TAAA--TGC--TTTCT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCGAA-----CGTTC--CCTGA-GGCAACTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC-----GT---------AAC-AATTG---CTAG-T-T----AACGGACCCAAA--C-G-G-G--AGAGCTGG-ATTCTTTCTGC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                A-G-A--G-C-A-A----TG-ACATT-CT--ATGAC-----TGTTCAACAATTCATA--GCACT-CGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTTAT-----CCAAA-----CTGTC-AGTTGA-AGCAACTGA-C-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGAAGTTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACACACCCAAT--C---T-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTc
gi|27                         :                                                                                                                                                                                  tatatccaagaacctactatctaccAT-ATCTCCAGA-----ATCAGGTC-T-A---------------------------------A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-A-ATT-CT--ATGAC-----TGCCCAACAATTCATA--GTACT-TTCA--CGCA-TTA-T-AAA--ATGTGATGTCAT-----TC-AA-----CTTTC-G-CTAA-AGCAACTAA-C-CAATC---AAC--GTGCTTA-AAT---------CTAA--A--TG---CTTA-G-T----GATGAACTCAGG--C-G-ATG--AAAACTGA-GTCCGTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                               agcgagaa-----ATCAGGCC-T-G------T---T----A-AACC-C----C--A--A-TG-CAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGTC-----TTTCCC-CAATTGGTA--GTACT-CTAA--CTC--TTACC-AAA--CTGTGACGTCAT-----TC-AA-----CTTTC--CCCAA-AGCAATTGA-C-CAATC---AGT--GTGCTC---ATGT--CT-------C-A-TTG---CTAT-G-T----GCCGGACTCTAG--C-G-A-A--AGAGCTGG-GTTCgtg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                 tcttgtAGTCTATCCTAGTCCCT--GAA-ATC---CAA-----ATCAGGTT-T-C------T---T----ATA-CC-G----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATG-CT--ATGCG-----ATTCCCACAATCCAT-----------AA--CAC--TT--T--AA--CTGTGACATAAT-----TCAAA------TTTC-G-CTG---------------AATC---AAC--GTGCTCA-AATAT-----------C-A-GTG---CTAT-G-T----GACGAACCAAGT--CGG-G-G--AGAGCTGG-ATCCGTaaccta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                       AGTTCATCCCAGTCCCT--GATTCTCTCCCAA-----ATCAGATA-T-ACCTCCCT---TCCGCA-A-CA-CTATTC--G--ACTG-AAA-A-A--A---A-G----AG-A-ATT-GC--ATGCC-----TGTCCCACCATTTATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-TAA--CTGAGATGTCTT-----TCAAA-----TTTTC--CCTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AG---GTGCTTA-AAT---------CTA---A-TTA---TTAT-G-T----AATGGACTCAGT--C-A-G-A--AGAGCTGT-GACCATTC
gi|30                         :                                                                                                                                                                                      TAGTATGTCCCAATCCCT--GAT-AT------------AT-------T-T------T---C----A-A-CC-C----A--A--A-TG-AAA-A----------------G-A-ATT-CT--ATGTC-----CGTCCCACGATTCATA--GTACT-TTAA--C----------AAA--C-GTGACGTCAT-----TCAA---------------TG------GTTGA-C-CAATC---AAT--GTGCTCA-AA---------CC--AC-C-TTG---CTATATAT----AACGGACCTTAG--C-G-A-T--ATAACTGG-ATCCGTTctaag
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  ccattAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-TTCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CTTCAT----------TTCTATAATTGATA--GCAA----------C--TTACC-AAT--C---AACGT-GC-----TCAAATGTGGCTTTC-atgc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGATAGCAACTTA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCTAAT-A-TTG------T-T-TGTAAAACAGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTGA-GTCCGTTATACActaatattgtttgtaaaacagacccgatcgggagagctgagtccgttataca
gi|32                         :                                                                                                                                                                              agtctatcccagaacctgatttctcccgaatcaggtctattaaccccattgaaaaaacagggaattcttcatttctataat----C--A--A-TG-AAA-A-AA-G-C-T-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TGTCCCACAATTCTTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACA-AAA--CTATGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC--TCTGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGTTCA-AATGT-------------A-CCG---CTGT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGTTGG-GTCCGTCCTACA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                     caAGTTTATCTCATAACGT--TAC-ATCTCCCGA-----ATCAGCTT-T-A------T---T----A-A-TC-C----CCTA--A-GA-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AAT-AT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GGAAT-TGAC--CGC--TTACT-AAA--CTATAATACCTT-----TCA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TC---AGC--GTGCTCATAA-----------CAA--A-T-G---CTAT-T-T----AACGGATCCAAT--gcgtgctcataacaaatgctatttaacggatccaatttgttc
gi|34                         :                                                                                                                        agtttatctcataacgttacatctcccgaatcagctttattaatcccctaagaaaaaagcaggcaaatatatgcctgtcccacaattcataggaattgaccgcttactaaactataatacctt----A-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-AAAG-C-T-G----GA-G-ATT-CT--ATGCA-----TGTCCCAAAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCGT-----TCAAA-----CTTTC-A-CTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AA---GTGCTCA-AATGTGGCATTAACAAC-A-TTG---CTAT-T-G----AACGGACCCAGT--ttgttc
gi|35                         :                                                                                                                                                                                           TATCCCAGAACC-------------CGA-----ATCCGGTC-T-A------T---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--A-C-A-T----GA-A-----CT--ATGTC-----TGTCCC---------A--GCAAC-TGAA--TGC--TTAT----------------------------------CTTTC-G-CTGA-AGCAACTTG-C-CTTTC---AGC--ATGCT-----TGT---------AACAA-TTG---CTAT-T-T----AAAGGACCCAAT--C--------------GG-GTCCATTCTAC
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCC-----CGTCCCACAATGCATA--GCAAT-TAAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCAT-----TCATA-----CTTTC--CCTGA-AGCAATTGA-C-CAATG---CAC--GTGCTCA-AATATGACTTTCCCAAC-T-TTG---CCAT-T-T----AACGGA-CCAAT--C-A-G-G--AGAGCTGG-TTCCGCTCTACA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-AG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TA--ACGCT-----Tga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAT-TTAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGGCGTCAG-----TCAAA-----CTT---GTCTGA-AGTAACTGA-C-TTATC---AGC--GTGCTTT-AAT----CT-------C-A-TCG---CTGT-G-T----AACGGACCCTAT--C-G-G-G--GGTTCTGT-GTCCGTTactaaactatggcgtcagtcaaacttgtctgaagtaactgacttatcagcgtgctttaatctcatcgctgtgtaacggaccctatcgggggttctgtgtccgtttcatagactactgag
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ccaaagaaaaagcagggT-CT--ATGAG-----TGTCCTACGATTCATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-AAA--ATGTGAAAT-AT-----TCAAA-----CTTTCAGTTTG--AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGGCGCTTTCTAAAC-A-TTG---CTAC-T-A----AACGGAACCAAT--C-G-G-G--Atcatagactactgag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                             -C----C--A--A-TA-AAA-G-T--A-C-A-G----AT-A-TTT-CA--ATGCC-----TGTCCCATAATTTGTA--GCAAT-T-AC--CAA--TTGCT-AAA--CTGTGACGTCAT-----T-AAA-----CTTTT--TCAGA-AGCAATTGA-C-CAATC---AAC--GTGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                        GTCTATCCCATGACCT--AAT-ATCATCCGA-----ATCAGGTC-A-A------T---T----A-A-CCGC----T--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCGTA--GAAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAG-----TCAAA-----CTTTC-AGTTAA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTTA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGGCCCAAT--T-G-G-G--AGAGCCGG-GTTCGTTCTACAcggggatctggatccgttctatagtc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCTGGTACC-------ATCTCCCAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-TT-C----C--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--CTGTC-----TGTCCCACAATTCATA--GCACT-CAAA--TGC--ga
gi|41                         :                                                                                                                                                                                        tTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----ATCAGGCC-T-A------T---T----A-A-C-----------------------------C-A-G----GA-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--TGC--atttctgtttattgaaacaaacatgcaagttcaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                GGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----TG-A-ATTGCT--Aaatcgtgaaaccgggtatttccgtattctccgtat
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTAA-AGCAACTGA-C-CAATA---AAC--ATGCTCA-AAT----CTT--------A-CTG---CTAT-G-T----AACGGAACCAA-----G-G-GAAAGAGCTGG-aagcaactgaccaataaacatgctcaaatcttactgctatgtaacggaaccaagggaaagagctggacagcaggagt
gi|44                         :                                                                                                                                                                  ggtctattaacctccaatgaaaaagcaatgaattgCCT--GAC-GCCTCCCGA-----TTCAGGTA-T-G------T---T----G-T-AT-C----C--A--A-TC-AAATATA--A-C---G----GG-A-GTA-TC--ATGCCGTTCATATCCCACAA--CAAA--GC-GT-TTAA--CGacagcaggagt
gi|46                         :                                                                                                                                                                                       ttagtaaataccattcT--AAT-ATCTCCCGA-----ATCAAGTG-T-G------T---T----ATA-TC-C----A--A--A-TG-GTA-C-A--G-C-T-G----GG-A-ATG-CC--ATGCC-----CGTGCCACAATTCATA--GCACT-TTAA--
gi|48                         :                                                                                                                                                                                             aagtccaACCT--GGC-ATCTGCCGA-----CTCAGATA-T-G------T---T----ATA-CC-C----C-------------------------------G-A-ATT-CC--ATGTC-----TGTTCCAAATTTCATA--GC-AT-T-AC--CGC--Tt
gi|49                         :                                                                                                                                                                          attcaggtcttcTGGTCTATCCTAATACCT--GAC-ATCTCT-------------GT--T-A------T---T--------CC-T----T--A--A-TGTAAA-A-AC-G-C-A-T----GG-A-ACA-CC--A-GTC-----CGTGTCATCATTTAAA--GC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  tgttTAGTCCATCCCAAAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----GTCAGGTC-T-A------T---T----A-A-TC-C----A--A--A-CG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TCTCCCACAATTCATA--GCAAC-TGAA--CGC--TTAAT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-ATTTGA-AACAACTGA-C-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTGGCTTTCCCAAC-A-TTG---CTCT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTACA
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                             -ATCTCCCGT-----TACAGGTC-C-G------T---T----ATA-GT-T----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-ATG----GA-A-ACT-CC---TGCC-----
gi|51                         :                                                                                                                                                           aataatcggttgtattggtttatccaaTAGTTTATCTCAG---------T-ATCTGCCGA-----TTCATGTC-T-A------T---T----ATA-TT-G----T--A--A-TG-TGA-A-A--A-T-A-------G-A-AGT-TT--CTGTC-----TATTCCACAa
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttGTAAT-----TCAAA-----CTTCC--CCTAA-ACCAACTGA-C-CAATA---AA---------A-AGTGTG--------------CTG---CTAT-T-CG---AAC-GATCCAAT--C-G-
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                CTTCCGA-----TTCAGGTC-T-GT-----T---T----T-G-CC-C----T--A--A-CG-CAG-A-A--G-C-G-T----GG-G-ATT-CC--CTGCC-----TGCCGTACAAGTAATA--ACAttctacaga
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                     CCT--GAT-ATCTCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---A----A-A-CC-C----T--A--ATTA-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGAT-----TGTCCAAAAATcac
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                   ----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--G-A-A-G----GG-A-ATT-CC--ATTGC-----TGCCCg
gi|56                         :                                                                                                                                                             cgagcagctcaatatttaaatccgttaGTCTATTCAGGCACCT--TGC-ATCTCCCGA-----TTCCGTTC-T-G------T---A----ATA-TC-A----T--A--A-TA-TAA-A-A--G-C-A-T----GG-gctgatt
gi|57                         :                                                                                                                                                                                  gattTAATCTATCCCAGGACCT--GAC-ATATCTAGA-----TTCAGATG-T-A------T---T----ACA-CC-C----T--A--A-TA-TAA-A-G--G-T-A-cac
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tttactt-A-CT-C----T--A--A-TG-CGA-A-A--G-C-A-T----TG-A-ATT-CC--CTGTC-----CATTCCACAATTCATA--GCACT-Tt
gi|59                         :                                                                                                                                                                                                                          tatTCTGATC-T-GC-----T---T----T-A-TC-C----C--A--A-CG-TAA-A-A------A-G----GG-A-ATT-CC--AAGCC-----TACCTGACAATTCAAA--GCAagtaatatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                     at-----ATCAGAGT-T-A------TGTAT----A-A-CC---------A--A-TG-AAA-T-A--T-C-A-G----GG-A-ATC-GA--ATGCC-----TATGCCACAATTTAGA--GCTAT-TAAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCTT-----TCAAA-----CATTC--CCAGA-AGCAACTGA-C-CAATC---AAC--ATATTCA-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgat-T-C----AACATATTCAAT--C-A-G-G--CAAGCTGG-GTCAGTCCTACAtcaggcaagctgggtcagtcctacag
gi|62                         : aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgatatcagagttatgtataaccaatgaaatatcagggaatcgaatgcctatgccacaatttagagctattaaacgcttactaaactatgacgtctttcaaacattcccagaagcaactgaccaaAGTCTAGCCTAGTACCT--GAC-ATCT---------------GT--T-A------T----------A-CC-C----T--AGCA-TG-CAA-A-A--G-C-A-C----GG-A-ATT-Cg
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                           AC-ATCTCCAAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-CC-C----T--C--A-TG-TAA-A-A----C-A-G----cc
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tctgttatagtaacga-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCA
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caaatagactc-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCAga
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                  caaatagactc-ATCTCCTGA-----TTCGGGTA-T-G------G---T----ATA-CG-T----C--A--A-TG-TAA-A-C--G-C-A-G----GG-A-ATG-TC--ATGCC-----Tga
gi|68                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   C-----TTTCCAACAATTCATA--GCACTCTTAA--TGCATTTATC-AAA--ATGTGACGT
gi|69                         :                                                                                                                                                                                    gaTATTCTATCCAAGTCCTT--GAT-ATCTCCCGAATCTGATCAGGTC-T-G------T---T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                      cAGTCTATCCCAGAACCTCAGA--ACCTCCCGA-----AT-------------------------A-A-CC-A----C--AC-A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A--TT-TT--ATGCA-----TGCCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--ACA--TTAC--AAA--CTATGACGTTAG-----TCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AGCTTCTGA-C-CAATT---AAC--GTTCTCA-AACGAGACTTTTCAAAC-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACACAAT--C-C-G-G--AGAGCGGGTGTCCGTACTACA
gi|70                         :                                                                                                                                                                                     cTAGTCTATCCCGGTACCT--AAC-ATCTCCCGA-----TACAAGCC-T-G------T---T----ATA-CC-gac
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CAACTGA-C-CAATC---AAC--ATGCTCA-AAT----CT-------C-A-CTG---CTAT-G-T----AACAGA
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                 AGAACAT--GAC-ATCTTCAGA-----ATCAGGTA-T-A------C---T----A-A-CC-C----
gi|73                         :                                                                                                                                                                              ctatatatTAGTCTATTCTAGAACCA--AAT-TTCTCCCGA-----ATCAGG
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaC-----TGTCCCACAATCCATA--GCTGT-TTAA--CGC--TTGCC-AAA--
gi|75                         :                                                                                                                                                                                     aTAGTTTATCCAAGAACCG--GGT-AGCTCCCTA-----ATCAGGTC-t
gi|76                         :                                                                                                                                                                                      TAGTCTATCCAAGTCTCT--GGC-ATTTCTCGA-----CTCAGGT
gi|77                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCAAT--C-A-T-G--AAAACTGG-GTCCGTTCTACA
gi|78                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aCCAGTGAC-G-T-G--AGAGCTGG-GTTCGTACTACAgacaaa
gi|79                         :                                                                                                                                                                                       AGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATATCCCGA-----ga
gi|8                          :                                                                                                                                                                                       AGTCTATCCAAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------A---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-AT--ATACT-----TGTCTCATAATTCATA--GCAAT-TCAA--CGC--TTACT-AAA--TTGTGACGTCATCAAGTTCAAA-----CTTTC--CCAGA-AGCAACTAA-C-CAATC---AGC--GTGCCCG-----------TTACAAT-A---A---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-TTTCGTTCTACAtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                       AGTCTATCCCTGAACCT--GAC-ATCTACCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----T-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-A--AAC-A-G----GG-A-ATT-CT--ATACC-----TGTCCCACAATTTATA--GCAAC-CAAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCAT-----TCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AGCGGCTGA-C-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGTGGCTTTC---------TG---TT-C-C-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTCG-ATCCGCTCTACga


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    CA             ATCTGA           CCTCCC GTA CCGC T T  G TATT TT GC C        C AAG      GCTT           TC     GTTCA                TG       T  TC   AT         TT            CAAGT     TGTGG     AGT    T                 CAA   AT       T   GCGGCTTTCGCAAC  A   ATT    A   GTAA            GA G T T AA        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              G                T      .   CA   T T  A A    CT C  A        T GG       .              .      .                    .        G  .    A          .             .         .         AGT    .                 .     .        .   GCGGCTTTCCCAAC  A   .      A   G               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                T      .   .    T A  A .    C  .  T        . GG       .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         GC     .                 .     .        .   ACGCCCTTTCCAAA  A   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                C      .   .    T .  A .    .  .  A        . AG       .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GTGGCTTTCGCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    T .  T .    .  .  .        . CG       .              .      .                    .        A  .    .          .             .         .         AA     .                 .     .        .   GCTGCTGTCTCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    T .  A .    .  .  .        . AA       .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   TAGGCTTTTCCACC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    T .  A .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         GC     .                 .     .        .   GCGGCACTCCCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    C .  A .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GTGGCTTTCCCATC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    T .  G .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         CA     .                 .     .        .   GAAGTTTTCCCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    T .  T .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GTGGCTTTCCTAAT  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    T .  A .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         GC     .                 .     .        .   GTGGCATTAACAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        C  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   ATGACTTTCCCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         GT     .                 .     .        .   GGCGCTTTCTAAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GTGGCTTTCCCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AT     .                 .     .        .   GTGGCTTTCCCAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        A  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GAGACTTTTCAAAC  .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         AG     .                 .     .        .   GTGGCTTTC       .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         G      .                 .     .        .   TTACAAT         .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   GTGACA          .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   G    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   GTAACA          .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   TTAAA           .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         A      .                 .     .        .   GTAAC           .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   GTAAC           .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         G      .                 .     .        .   GTAAC           .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   C    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   GTCTC           .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   G    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        A  .    .          .             .         .         G      .                 .     .        .   CTAA            .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   CCAC            .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         T      .                 .     .        .   GAC             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              C                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         A      .                 .     .        .   ATG             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              G                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        A  .    .          .             .         .         G      .                 .     .        .   ATC             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   CTA             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         T      .                 .     .        .   CAA             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   CTC             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   T    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   CTT             .   .      .   .               .  . . . .         .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        A  .    .          .             .         .         C      .                 .     .        .   GTG             .   .      .   .               .  . . . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .         .      .                 .     .        .   CTC             .   .      .   .               .  . . . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   A    .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . A        .              .      .                    .        G  .    .          .             .         .         .      .                 .     .        .   GT              .   .      .   .               .  . .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                   .    .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        T  .    .          .             .         .                .                 .     .        .                   .   .      .   .               .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        C  .    .          .             .                          .                 .     .        .                   .   .      .   .               .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        A  .    .          .                                                          .     .                                       .   .                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              T                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        .  .    .                                                                     .     .                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        .  .    .                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .        .  .    .                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .              A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . T        .              .      .                    .        .  .                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       C                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       A                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                    .                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . G        .              .      .                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .                .      .   .    . .  . .    .  .  .        . .        .              .      .                                                                                                                                                                                                 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .                           .    . .  . .    .  .  .        . .        .              .      .                                                                                                                                                                                                 
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1824 )     :                                                               TAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCA-----TTCAAA-----CTTTC-GCCTGA-AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTG-GC-TTT-C-C-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTTCTACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                   --TTAGT-AAA--CTGAAATGTCA-----TTCAAA-----CTTTT--CCTGA-AGCAACTG-GC-CAATC---A-C--ATGTTCA-AA------C-TT-----------A-CTG---CTAT-G-T----AATGGACTCAAT--T-G-G-G--CGAGCTGT-ATCCGTTCCA
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gi|11                         :                                                                 GTCTATCCAAGTCCCT--GAT-ATCTCCCGA-----GTCAGGTC-T-G------T---T----A-A-ACGC----C--A--A-TG-AAA-A-T--A-CGA-G----GG-A-ATT-CT--GTGTC-----TGTCCCATAATTCATA--GCACT-TTAA--CGC--TTACCAAAA--CGATGTCTTCA-----TTC-AA-----CTTTC-G-CTGA-AACAACTG-AC-CAATC---AAC--ATGCTCA-TA---------TT-T-A-AA------TA---CTAT-G-T----AACGGACCAAAG--C-GTG-A--AAAACTGT-GTCCGTTCTACA
gi|12                         :                                                                AGTCTATCCCAGAACCT--GGT-ATTTCCCGA-----ATCAGGTC-A-C------T---T----A-A-CC-C----CC-G--A-TG-AAA-C-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTTATA--GCAAT-TGAA--CAC--TAACT-TAA--CTATGGCGTCA-----TTC-------------------A-AGCACCTA-AG-CAAGC---AAC--GTACTCA-AATGCG-GC-TTTCC-C-AA-C-A-TAG---CTAT-T-T----AAGGAATCCAGT--T-G-A-A--AAAGGCGG-CTTCATTCTACAg
gi|13                         :                                                                AGTCAAACCCAGAACTT--GAT-TTCTCCAGA-----ATCATGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TG-AAA-ACA--G-C-A-G----GT-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTTGTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCA-----TTCAAA-----ATTTC--CCTGT-AGCAACTG-AT-CAATC---AAT--GTGCTC-----GT-------------AA-C-AATTG---CTAT-T-T----AACGGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTTA-GTTCATTCTACgac
gi|14                         :                                                                  TCTATCCCAGAACCT--AAT-ATCTCCCGA-----TTCAAGTC-T-T------T---T----A-A-CAAC----C--A--A-TG-GAA-A-A--GGC-A-G----GG-A-TTT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--TGATGACGACA-----TTCAAA-----CTTTT--CCTGG-GGCAACTG-AC-CAATC---AGC--GTGC-----ACGTG-A--------C-A----A-TTG---CTAT-T-A----AACAAAACAAAT--A-G-A-G--AGAGATGG-GTTCGTTCTACA
gi|15                         :                                                                              CCT--GAT-ATCTCTCGA----------GTC-T-G------T---TCA--A-A-TC-A----C--A--A-TG-ACA-A-A--G-C-A-G----GA-C-ATT-TT--ATGAC-----TGTCCCACAATTCATA--GCTAT-TAAA--CGC--TTTCC-AAA--CTGTG-----A-----TTCAAA------TTTT-GCC-AA-AGCAACTG-AC-CAATT---AAC--GTGCTCA-AAT
gi|16                         :                                             taaatccgattggtcagtcAGTCTATCCAGGAACTT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---G----A-A-CC-AA---C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AGT-CT--ATGCC-----TGACCATTAATTCATA--GCAAT-TGAA--CGC--TTATT-AAA--CTGTGACGTTA------TCAGA-----TTTTC-AGTTGA-AGCAACTG-GCAAAATCCAAAACATGTGCTCA-AATACGCCC-TTT-C-C-AA-A-A-TTG---ATATAT-T----AAcgcattgctatgccgtacactctaaagctaccagaatatgttcctgcaaatg
gi|17                         :                                                                              CTT--GAT-ATCTCCCAA-----TTCAGGTT-T-A------T---T----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCTACAATTCATA--ACAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTCTGACGTCA-----TCTAAA-----CGTTC-AATTGA-AGCAACTG-AC-CAATT---AGC--GTACTCA-GATGTG-GC-TTT-CGC-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-A--AAAGCTGG-GTCTGTGCTAatgggtccgtac
gi|18                         :                                                                   CTTTTCCAAACCCT--GAT-ATCTTCCGA-----ATGAGGTC-T-A------T---G----A-A-CCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-T-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CG------CT-GAA--CAGTGACGTCA-----TTCAAG-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTG-AC-CGATC---AAC--GTACTCA-AATGCT-GC-TGT-CTC-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGCCCCAAT--C-G-A-G--AGAGCTGG-GCC
gi|19                         :                                                                 GTCTCTCCCATAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATTTGGTC-T-A------T---T----A-A-AC-A----CTTA--T-TA-AAA-A-A--GGC-A-G----AG-A-ACT-CG--A-ACC-----TGTCCCATAATGCATATGGCAAT-TGTA--TGC--TTACT-AAA--CTATGACATCA-----TTCAAA-----CTTTC--CCTGA-AGCAACTGAAC-CAATC---AGC--GTGCTC-----GT-------------AA-CAA-TTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAGT--T-G-G-G--AGAGTTGG-GT
gi|2                          :                                                                         CAGAACAT--GAT-ATCTCCTGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--G--T-TA-AAA-A-A--G-C-A-A----GT-A-ATC-CA--ATGCC-----TATCCCACAATTCATA--GCAAA-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCA-----TTCAAA-----CTGTT-GCCTGA-AACAATTG-AC-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATTAG-GCTTTT-C-C-AC-C-A-TTAATTATAT-C-T----AACGAACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCT-T-GCCCGCTCTACAt
gi|20                         :                                                         tctataaaGTCTATCCCGGAACCT--GAT-AACTTCCAA-----ATCAGGTC-TTA------T---T----A-A-TCAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT--T--ATACC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAGT-TGAA--CGA--TTACT-AAA--CTGTGACGTCA-----TTCAAA-----CTTTC-AGTTCA-AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGCG-GCACTC-C-C-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGAGCCACT--C-G-G-G--ggc
gi|21                         :                                                               TAGTCCATCCCAGTTCCT--G-C-GTTTT----------TCAGGTC-T-GT-----T---T----T-A-CA-C----T--A--A-TT-TAA-A-A--G-C-A-AGCTTGG-A-ACC-CC--CTAAT-----TATCACACAGCTCATT--CCACT-CCAATCCGG--TAATC-AAA--CTGTGACGTAA-----TTCAAA-------TTC-CATTGA-CGCAACTG-AC-CAATC---CGC--GTACTTG-TATG---------------A-C-A-CTG---CCGT-T-T----AACGGt
gi|22                         :                                                                                          TCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---T----A-ATCC-C----C--A--A-TA-AAA-A-A--G-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCAACAATTCAAT--GCAAT-TGGA--CAC--TTACA-AAA--CTGTGACGTCA------TCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AACAACTA-TT-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGTG-GC-TTT-C-C-CATC-A-TTT---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--T-A-A-G--AGAGCTGG-GTTCGTTCTAtcataggctactggcggaccga
gi|23                         :                                                               TAGTCTATCCTGATATCT--GAC-ATCTCCAGA-----TTTAG-TCAT-G------T---T----A-T-GC-A----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-T----GGCA-ATA-CT---TGCC-----TGTTCCACAATTCATA--GCTTT-CTAA--TGT--ATTTT-CAATTCTGTAACACCA-----TTT-AG-----CTTCC-A-CTGA-AACAACTG-AC-CAATC---AGC--GTGCTaag
gi|24                         :                                                                          AGAAC-T--GAT-ATCTTCAGC-----ATCAGGTC-T-A------T---C----A-A-CC---------A--A-TG-AAG-A-A--A-G-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCA-----CTCAAA-----CTTTC-GC-TGA-TGCAGCTG-AC-CAATA---AAT--GTTCTCA-AATATG-------------------CTG---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGATATGG-GTCCGTTTTAtgtatgatacctctaagtaacacctcgacgcggagagttct
gi|25                         :                                                                    atTCCCAGAACCT--GAT-ATCACCCCA-----ATAAGGTA-T-A------T---T----A-C-CCAC----C--A--A-TG-TAA-A-A----C-A---------------CT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TAAA--TGC--TTTCT-AAA--CTATGACGTCA-----TTCGAA-----CGTTC--CCTGA-GGCAACTG-AC-CAATC---AGT--GTGCTC-----GT-------------AA-C-AATTG---CTAG-T-T----AACGGACCCAAA--C-G-G-G--AGAGCTGG-ATTCTTTCTGC
gi|26                         :                                                                                                                                                         A-G-A--G-C-A-A----TG-ACATT-CT--ATGAC-----TGTTCAACAATTCATA--GCACT-CGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTTA-----TCCAAA-----CTGTC-AGTTGA-AGCAACTG-AC-CAATT---AAC--GTGCTCA-AATGAA-GT-TTTCC-C-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACACACCCAAT--C---T-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTc
gi|27                         :                                                           tatatccaagaacctactatctaccAT-ATCTCCAGA-----ATCAGGTC-T-A---------------------------------A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GA-A-ATT-CT--ATGAC-----TGCCCAACAATTCATA--GTACT-TTCA--CGCA-TTA-T-AAA--ATGTGATGTCA-----TTC-AA-----CTTTC-G-CTAA-AGCAACTA-AC-CAATC---AAC--GTGCTTA-AA----------T-C-T-AA---A--TG---CTTA-G-T----GATGAACTCAGG--C-G-ATG--AAAACTGA-GTCCGTT
gi|28                         :                                                                                        agcgagaa-----ATCAGGCC-T-G------T---T----A-AACC-C----C--A--A-TG-CAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGTC-----TTTCCC-CAATTGGTA--GTACT-CTAA--CTC--TTACC-AAA--CTGTGACGTCA-----TTC-AA-----CTTTC--CCCAA-AGCAATTG-AC-CAATC---AGT--GTGCTC---ATGT---C-T----------C-A-TTG---CTAT-G-T----GCCGGACTCTAG--C-G-A-A--AGAGCTGG-GTTCgtg
gi|29                         :                                                          tcttgtAGTCTATCCTAGTCCCT--GAA-ATC---CAA-----ATCAGGTT-T-C------T---T----ATA-CC-G----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATG-CT--ATGCG-----ATTCCCACAATCCAT-----------AA--CAC--TT--T--AA--CTGTGACATAA-----TTCAAA------TTTC-G-CTG---------------AATC---AAC--GTGCTCA-AATAT----------------C-A-GTG---CTAT-G-T----GACGAACCAAGT--CGG-G-G--AGAGCTGG-ATCCGTaaccta
gi|3                          :                                                                AGTTCATCCCAGTCCCT--GATTCTCTCCCAA-----ATCAGATA-T-ACCTCCCT---TCCGCA-A-CA-CTATTC--G--ACTG-AAA-A-A--A---A-G----AG-A-ATT-GC--ATGCC-----TGTCCCACCATTTATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-TAA--CTGAGATGTCT-----TTCAAA-----TTTTC--CCTAA-AGCAACTG-AC-CAATC---AG---GTGCTTA-AA----------T-C-T-A----A-TTA---TTAT-G-T----AATGGACTCAGT--C-A-G-A--AGAGCTGT-GACCATTC
gi|30                         :                                                               TAGTATGTCCCAATCCCT--GAT-AT------------AT-------T-T------T---C----A-A-CC-C----A--A--A-TG-AAA-A----------------G-A-ATT-CT--ATGTC-----CGTCCCACGATTCATA--GTACT-TTAA--C----------AAA--C-GTGACGTCA-----TTCAA---------------TG------GTTG-AC-CAATC---AAT--GTGCTCA-AA------------C-C--A-C-C-TTG---CTATATAT----AACGGACCTTAG--C-G-A-T--ATAACTGG-ATCCGTTctaag
gi|31                         :                                                           ccattAGTCTATCCCAGAACCT--GAT-TTCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CTTCAT----------TTCTATAATTGATA--GCAA----------C--TTACC-AAT--C---AACGT-G-----CTCAAATGTGGCTTTC-atgc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGATAGCAACTT-AC-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTG-GC-TTT-C-CTAA-T-A-TTG------T-T-TGTAAAACAGACCCGAT--C-G-G-G--AGAGCTGA-GTCCGTTATACActaatattgtttgtaaaacagacccgatcgggagagctgagtccgttataca
gi|32                         :                                                       agtctatcccagaacctgatttctcccgaatcaggtctattaaccccattgaaaaaacagggaattcttcatttctataat----C--A--A-TG-AAA-A-AA-G-C-T-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TGTCCCACAATTCTTA--GCAAT-TGAA--CGC--TTACA-AAA--CTATGACGTCA-----TTCAAA-----CTTTC--TCTGA-AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--GTGTTCA-AATGT------------------A-CCG---CTGT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGTTGG-GTCCGTCCTACA
gi|33                         :                                                              caAGTTTATCTCATAACGT--TAC-ATCTCCCGA-----ATCAGCTT-T-A------T---T----A-A-TC-C----CCTA--A-GA-AAA-A-A--G-C-A-G----GC-A-AAT-AT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GGAAT-TGAC--CGC--TTACT-AAA--CTATAATACCT-----TTCA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TC---AGC--GTGCTCATAA--------------C-AA---A-T-G---CTAT-T-T----AACGGATCCAAT--gcgtgctcataacaaatgctatttaacggatccaatttgttc
gi|34                         : agtttatctcataacgttacatctcccgaatcagctttattaatcccctaagaaaaaagcaggcaaatatatgcctgtcccacaattcataggaattgaccgcttactaaactataatacctt----A-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-AAAG-C-T-G----GA-G-ATT-CT--ATGCA-----TGTCCCAAAATTCATA--GCAAT-TGAA--CAC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCG-----TTCAAA-----CTTTC-A-CTGA-AACAACTG-AC-CAATC---AA---GTGCTCA-AATGTG-GCATTA-A-C-AA-C-A-TTG---CTAT-T-G----AACGGACCCAGT--ttgttc
gi|35                         :                                                                    TATCCCAGAACC-------------CGA-----ATCCGGTC-T-A------T---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--A-C-A-T----GA-A-----CT--ATGTC-----TGTCCC---------A--GCAAC-TGAA--TGC--TTAT----------------------------------CTTTC-G-CTGA-AGCAACTT-GC-CTTTC---AGC--ATGCT-----TGT-------------AA-CAA-TTG---CTAT-T-T----AAAGGACCCAAT--C--------------GG-GTCCATTCTAC
gi|36                         :                                                                                                                                                                                          GCC-----CGTCCCACAATGCATA--GCAAT-TAAA--CAC--TTACT-AAA--CTATGACGTCA-----TTCATA-----CTTTC--CCTGA-AGCAATTG-AC-CAATG---CAC--GTGCTCA-AATATG-AC-TTTCC-C-AA-C-T-TTG---CCAT-T-T----AACGGA-CCAAT--C-A-G-G--AGAGCTGG-TTCCGCTCTACA
gi|37                         :                                                                                                                                      -C----C--A--A-AG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TA--ACGCT-----Tga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                      AAT-TTAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGGCGTCA-----GTCAAA-----CTT---GTCTGA-AGTAACTG-AC-TTATC---AGC--GTGCTTT-AAT-----C-T----------C-A-TCG---CTGT-G-T----AACGGACCCTAT--C-G-G-G--GGTTCTGT-GTCCGTTactaaactatggcgtcagtcaaacttgtctgaagtaactgacttatcagcgtgctttaatctcatcgctgtgtaacggaccctatcgggggttctgtgtccgtttcatagactactgag
gi|38                         :                                                                                                                                                                 ccaaagaaaaagcagggT-CT--ATGAG-----TGTCCTACGATTCATA--GCTAT-TGAA--CGC--TTACC-AAA--ATGTGAAAT-A-----TTCAAA-----CTTTCAGTTTG--AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGGC-GC-TTT-C-TAAA-C-A-TTG---CTAC-T-A----AACGGAACCAAT--C-G-G-G--Atcatagactactgag
gi|39                         :                                                                                                                                      -C----C--A--A-TA-AAA-G-T--A-C-A-G----AT-A-TTT-CA--ATGCC-----TGTCCCATAATTTGTA--GCAAT-T-AC--CAA--TTGCT-AAA--CTGTGACGTCA-----TT-AAA-----CTTTT--TCAGA-AGCAATTG-AC-CAATC---AAC--GTGC
gi|4                          :                                                                 GTCTATCCCATGACCT--AAT-ATCATCCGA-----ATCAGGTC-A-A------T---T----A-A-CCGC----T--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCGTA--GAAAT-TGAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCA-----GTCAAA-----CTTTC-AGTTAA-AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--ATGCTTA-AATGTG-GC-TTTCC-C-AA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGGCCCAAT--T-G-G-G--AGAGCCGG-GTTCGTTCTACAcggggatctggatccgttctatagtc
gi|40                         :                                                               TAGTCTATCCTGGTACC-------ATCTCCCAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-TT-C----C--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--CTGTC-----TGTCCCACAATTCATA--GCACT-CAAA--TGC--ga
gi|41                         :                                                                 tTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----ATCAGGCC-T-A------T---T----A-A-C-----------------------------C-A-G----GA-A-ATT-TT--ATGCC-----TGTCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--TGC--atttctgtttattgaaacaaacatgcaagttcaa
gi|43                         :                                                                                                         GGTC-T-A------T---T----A-A-CCTC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-A----TG-A-ATTGCT--Aaatcgtgaaaccgggtatttccgtattctccgtat
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTAA-AGCAACTG-AC-CAATA---AAC--ATGCTCA-AAT-----C-TT-----------A-CTG---CTAT-G-T----AACGGAACCAA-----G-G-GAAAGAGCTGG-aagcaactgaccaataaacatgctcaaatcttactgctatgtaacggaaccaagggaaagagctggacagcaggagt
gi|44                         :                                           ggtctattaacctccaatgaaaaagcaatgaattgCCT--GAC-GCCTCCCGA-----TTCAGGTA-T-G------T---T----G-T-AT-C----C--A--A-TC-AAATATA--A-C---G----GG-A-GTA-TC--ATGCCGTTCATATCCCACAA--CAAA--GC-GT-TTAA--CGacagcaggagt
gi|46                         :                                                                ttagtaaataccattcT--AAT-ATCTCCCGA-----ATCAAGTG-T-G------T---T----ATA-TC-C----A--A--A-TG-GTA-C-A--G-C-T-G----GG-A-ATG-CC--ATGCC-----CGTGCCACAATTCATA--GCACT-TTAA--
gi|48                         :                                                                      aagtccaACCT--GGC-ATCTGCCGA-----CTCAGATA-T-G------T---T----ATA-CC-C----C-------------------------------G-A-ATT-CC--ATGTC-----TGTTCCAAATTTCATA--GC-AT-T-AC--CGC--Tt
gi|49                         :                                                   attcaggtcttcTGGTCTATCCTAATACCT--GAC-ATCTCT-------------GT--T-A------T---T--------CC-T----T--A--A-TGTAAA-A-AC-G-C-A-T----GG-A-ACA-CC--A-GTC-----CGTGTCATCATTTAAA--GC
gi|5                          :                                                           tgttTAGTCCATCCCAAAACCT--GAT-ATCTCCCAA-----GTCAGGTC-T-A------T---T----A-A-TC-C----A--A--A-CG-AAA-A-A--A-C-A-G----GG-A-ATT-CT--ATGTC-----TCTCCCACAATTCATA--GCAAC-TGAA--CGC--TTAAT-AAA--CTGTGACGTCA-----TTCAAA-----CTTTC-ATTTGA-AACAACTG-AC-CAATC---AAC--GTGCTCA-AATGTG-GC-TTTCC-C-AA-C-A-TTG---CTCT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-GTCCGTACTACA
gi|50                         :                                                                                      -ATCTCCCGT-----TACAGGTC-C-G------T---T----ATA-GT-T----T--A--A-TG-TAA-A-A--G-C-ATG----GA-A-ACT-CC---TGCC-----
gi|51                         :                                    aataatcggttgtattggtttatccaaTAGTTTATCTCAG---------T-ATCTGCCGA-----TTCATGTC-T-A------T---T----ATA-TT-G----T--A--A-TG-TGA-A-A--A-T-A-------G-A-AGT-TT--CTGTC-----TATTCCACAa
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                     ttGTAA-----TTCAAA-----CTTCC--CCTAA-ACCAACTG-AC-CAATA---AA---------A-AGTGTG-------------------CTG---CTAT-T-CG---AAC-GATCCAAT--C-G-
gi|53                         :                                                                                         CTTCCGA-----TTCAGGTC-T-GT-----T---T----T-G-CC-C----T--A--A-CG-CAG-A-A--G-C-G-T----GG-G-ATT-CC--CTGCC-----TGCCGTACAAGTAATA--ACAttctacaga
gi|54                         :                                                                              CCT--GAT-ATCTCCCGA-----TTCAGGTC-T-A------T---A----A-A-CC-C----T--A--ATTA-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-CC--ATGAT-----TGTCCAAAAATcac
gi|55                         :                                                                                                                            ----A-A-CC-C----C--A--T-TG-AAA-A-A--G-A-A-G----GG-A-ATT-CC--ATTGC-----TGCCCg
gi|56                         :                                      cgagcagctcaatatttaaatccgttaGTCTATTCAGGCACCT--TGC-ATCTCCCGA-----TTCCGTTC-T-G------T---A----ATA-TC-A----T--A--A-TA-TAA-A-A--G-C-A-T----GG-gctgatt
gi|57                         :                                                           gattTAATCTATCCCAGGACCT--GAC-ATATCTAGA-----TTCAGATG-T-A------T---T----ACA-CC-C----T--A--A-TA-TAA-A-G--G-T-A-cac
gi|58                         :                                                                                                                          tttactt-A-CT-C----T--A--A-TG-CGA-A-A--G-C-A-T----TG-A-ATT-CC--CTGTC-----CATTCCACAATTCATA--GCACT-Tt
gi|59                         :                                                                                                   tatTCTGATC-T-GC-----T---T----T-A-TC-C----C--A--A-CG-TAA-A-A------A-G----GG-A-ATT-CC--AAGCC-----TACCTGACAATTCAAA--GCAagtaatatatt
gi|6                          :                                                                                              at-----ATCAGAGT-T-A------TGTAT----A-A-CC---------A--A-TG-AAA-T-A--T-C-A-G----GG-A-ATC-GA--ATGCC-----TATGCCACAATTTAGA--GCTAT-TAAA--CGC--TTACT-AAA--CTATGACGTCT-----TTCAAA-----CATTC--CCAGA-AGCAACTG-AC-CAATC---AAC--ATATTCA-A
gi|62                         :   aggtaaatactcattactatatatgtatttcacgtccgtaaataatcaatacgaggttgatAGTCTAGCCTAGTACCT--GAC-ATCT---------------GT--T-A------T----------A-CC-C----T--AGCA-TG-CAA-A-A--G-C-A-C----GG-A-ATT-Ctcaggcaagctgggtcagtcctacag
gi|63                         :                                                                                    AC-ATCTCCAAA-----TTCAGGTC-T-G------T---T----ATA-CC-C----T--C--A-TG-TAA-A-A----C-A-G----cc
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tctgttatagtaacga-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCA
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      caaatagactc-TTG---CTAT-T-T----AACTGACCCAAT--C-G-G-G--GGAGCT-G-GTCC-TTCTTCAga
gi|66                         :                                                                           caaatagactc-ATCTCCTGA-----TTCGGGTA-T-G------G---T----ATA-CG-T----C--A--A-TG-TAA-A-C--G-C-A-G----GG-A-ATG-TC--ATGCC-----Tga
gi|68                         :                                                                                                                                                                                            C-----TTTCCAACAATTCATA--GCACTCTTAA--TGCATTTATC-AAA--ATGTGACGT
gi|69                         :                                                             gaTATTCTATCCAAGTCCTT--GAT-ATCTCCCGAATCTGATCAGGTC-T-G------T---T----g
gi|7                          :                                                               cAGTCTATCCCAGAACCTCAGA--ACCTCCCGA-----AT-------------------------A-A-CC-A----C--AC-A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A--TT-TT--ATGCA-----TGCCCCACAATTCATA--GCAAT-TGAA--ACA--TTAC--AAA--CTATGACGTTA-----GTCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AGCTTCTG-AC-CAATT---AAC--GTTCTCA-AACGAG-AC-TTT-T-CAAA-C-A-TTG---CTAT-T-T----AACGGACACAAT--C-C-G-G--AGAGCGGGTGTCCGTACTACA
gi|70                         :                                                              cTAGTCTATCCCGGTACCT--AAC-ATCTCCCGA-----TACAAGCC-T-G------T---T----ATA-CC-gac
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAACTG-AC-CAATC---AAC--ATGCTCA-AAT-----C-T----------C-A-CTG---CTAT-G-T----AACAGA
gi|72                         :                                                                          AGAACAT--GAC-ATCTTCAGA-----ATCAGGTA-T-A------C---T----A-A-CC-C----
gi|73                         :                                                       ctatatatTAGTCTATTCTAGAACCA--AAT-TTCTCCCGA-----ATCAGG
gi|74                         :                                                                                                                                                                                         agaC-----TGTCCCACAATCCATA--GCTGT-TTAA--CGC--TTGCC-AAA--
gi|75                         :                                                              aTAGTTTATCCAAGAACCG--GGT-AGCTCCCTA-----ATCAGGTC-t
gi|76                         :                                                               TAGTCTATCCAAGTCTCT--GGC-ATTTCTCGA-----CTCAGGT
gi|77                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCAAT--C-A-T-G--AAAACTGG-GTCCGTTCTACA
gi|78                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCCAGTGAC-G-T-G--AGAGCTGG-GTTCGTACTACAgacaaa
gi|79                         :                                                                AGTCTATCCCAGAACCT--GAT-ATATCCCGA-----ga
gi|8                          :                                                                AGTCTATCCAAGAACCT--GAT-ATCTCCCGA-----ATCAGGTC-T-A------A---T----A-A-CTAC----C--A--A-TG-AAA-A-A--G-C-A-G----GG-A-ATT-AT--ATACT-----TGTCTCATAATTCATA--GCAAT-TCAA--CGC--TTACT-AAA--TTGTGACGTCATCAAGTTCAAA-----CTTTC--CCAGA-AGCAACTA-AC-CAATC---AGC--GTGCCCG------------TT-A-C-AA-T-A---A---CTAT-T-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTGG-TTTCGTTCTACAtt
gi|9                          :                                                                AGTCTATCCCTGAACCT--GAC-ATCTACCGA-----ATCAGGTC-T-A------T---T----T-A-CC-C----C--A--AATG-AAA-A-A--AAC-A-G----GG-A-ATT-CT--ATACC-----TGTCCCACAATTTATA--GCAAC-CAAA--CGC--TTACT-AAA--CTGTGACGTCA-----TTCAAA-----CTTTC-AGTTGA-AGCGGCTG-AC-CAATC---AAC--TTGCTCA-AATGTG-GC-TTT-C-----------TG---TT-C-C-T----AACGGACCCAAT--C-G-G-G--AGAGCTCG-ATCCGCTCTACga
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|42 ): GACTAATTCAAATCCAATATTTAGCATCAAATGCCTTCGAAATGTCCTTTATAAAAAATTCTTCTTATGTTATGTTAAAATTAATCCCATTTTACAAATCAAATATCTTATGTGAATT
Unaligned ( gi|45 ): TTTCAAATAATCTATCACAATACCTGACAAGTCTGATTCAGATCTGTTATATCCTAATGTGAAAGCATGGCAAGTCTGGCAGCCCAACAATCCATATCTCTCTAG
Unaligned ( gi|47 ): CCGGTTCGTGTGTATTTTATCTACATGTAAAACGATGGAATTCCCAGCTTTGCGACAATGTAAAACATTCAAATGCATTTATTTATT
Unaligned ( gi|60 ): AAGTTTTTGCCTTTGTCTTTATTCTGATTCTCCTAATATTTCCATTTGATATGCTGATATA
Unaligned ( gi|61 ): TAAACTTCCACTGAAGAAACTCAACCAATGAGCATGCTCATATGTCACTAGTATGTAACG
Unaligned ( gi|67 ): GTCTATCTACGTCCATGACGTCTCGTGATCCAGGTCTGTTATATACCTGTGAAA