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consensus : ACCAACGTGA-CATTTNGATATCGTACGTGNCCGATTTTC-TNAAGCTAAA-------------TCT------------CA---C--CTC-------------C-----TTAATAA-CTTTCTTA-----------ATATTCN----------ACNGA-T----TT---TGACAAAA-CAAAGTGC-AG------AT--A--C---CT---GN--AGAAAATAA-----GTG--C--GC-TA--CACGNTA---T-----TGAT----AGTCGT--C--NAG----ATT-C-------A--------T-T--CG--A--CTN-TTT--C--CCAA---AA-CACTTCGATC--------------A---------A----------TGT--------G-----T-----G---T-------GAA-CGA----TAC-----CN--TGACAT---T-TCGT--C-T-CAATT-G-AA-ACGGTTGATCGAAGT-N----------TTTGGG--AA--AAG-T--AC-CCA------ATATATCT--GG---A------NGAC---TATN--AAT-GC----C----GC---GG-GTA-GCACTCATTTT-CTAGGGGT-A----T-CTGC-AC-----T-T---TTG-TTTTG---TC-AA---AAT-ATC--C--TG--GN-N---A---T----TA--A---GAA---AGTTATT-AA-GCAAAA---TAG--TNA-CCTGAAGCGTGACCTTTTTTG
Reference ( gi|3 ) : ACGAACGTAATCATTTAG-TATCGCACGTGGGTGATTTTC-TTAAGCTAAA-------------TCT------------CA---C--CTC-------------C-----TTAATAA-CTTGCCTA-----------ACATTCT----------ACCGG-T----TT---TGACGAAA-CAGAATGA-AG------AT--A--C---CT---GA--AGTAAATAA-----GTA--C--AC-TA--CATGTTA---T-----TGAT----AGTCGT--C--GAG----ATT-C-------A--------T-T--CA--A--TTA-TTC--C--CCAA---AA-CACTTCGATC--------------A---------A----------TGT--------G-----T-----G---T-------GAG-CGA----TAC-----CG--TAACAT---T-TCGT--C-T-TAACT-G-AA-CTGGTAGATCGAAGT-T----------TTTGGG--GA--AA--T--AT-CTA------ATATATTT--GG---A------GGAC---TATC--AAT-GC----C----AC---AG-GTA-TCACTTATTTT-CTAGGGGT-A----T-CTGC-AC-----T-T---TTG-TTTGG---TC-AA---CGT-ATC--C--TG--GC-A---A---T----TA--A---GAG---AGTTATT-GA-GCATAG---TAG--TT--CCTGAAGTGTGGCCTTCTTTG
gi|10 : ACCAAGGTGA-CATTTAGATATCTC-------TGATTTTT-CTAAAATAGA-------------TCTGGCTTCAGGAAGTA---T--TTC-------------CA----TTGATAA-CTTCCTTA-----------ATATT-T----------AATGG-A----TTGAATG-CAAAA-CTAAATAC-AG------AT----------T---CA--AATAGA-AA-----ATAATC--ACTTT--CA--TTAGCGT-----TTAT----A----T--C--CAG----ATA-T-------A--------T-G--CA--T--CCA-TTT--C--CCCA---AA-CGCTTCTATA--------------A---------A----------C-T--------GAACT-T-----C---TAGAATTAGAA-TGA----TAC-----CA--TGATGT---T-TCGG--T-TATAACG-G-AA------AGATTGA
gi|1 : aATGTGACCTTTTGG-TATCATACCTGGCTGAAT-------AACTAAAATATATTATATTGTTT------------CA---G--C-C-------------A-----TTAA-GA-TTTGCCTATTATAAATTTGATATTCA----------ACAAA-T----TT---TGACAAAAACAG---GA-AG------ATCTA--T---AT---GTTTAGAAAATAA-----GTG--CTGGC-CA--C-TGTAAAA-T-----TAA-----A-------C---AG----ATC-T-------A--------T-T--TG--A--ATA-TTTTTC--CCAA---A--CACTTTGATCTAATCATTTAA---A---------A----------TGC--------A-----T-----G---C-------GAT-TAA----TATATAAACA--AAACAT---A-TCAT--A-T-AGGTT-G-AA-ATGGTTGATCGAAGTGT----------TTTAAA--AA--AAG-T--AA-CCAAAATGCATGTATCT--GG---A------CAAT---TG-A--AAT-GC----C----AT---GG-ATA-GCACTCAGTTT-CTTGAAAT-ATGATT-ATGC-AC-------T---TTG-TTTGG----A-AA---TTT-TTT--T--TG--GG-GT--A---T----TT--A---AAA---AACTATT-AA-GCA-AA---TCC--TTA-CATGAAGCAAGGCCCACTTTt
gi|26 : gcaaacctACGTGA-CATTTCGATATAGTACGTGTTTCATTTTC-TAAAACTAGA-------------TCT------------AG---C--TTCAGGAAAGAATTTGCATATGTTAAAAA-CTTTCTTG-----------ATATTCC----------ATGGA-T----TT---TGACGAtacaaaagaatagctgtgttcgataccaaaag
gi|28 : caaacccG-TATCGACCATAACCAATTGTC-TAAA--TAAA-------------TGT------------CAAGTT--CCC-------------T-----TTAAAAAACTTTCTTA-----------ATACTTA----------ACAAA-T----TT---TGACAAAA-TTAAGTGC-AG------AT--A--C---cgccaagtacagat
gi|4 : cgttttctaggaGATTTGCACTAAGGTAAA-------------ACT------------G--------TT-------------C-----TTGAAAA-CTGACTTA-----------ATATTCA----------ACGGA-T----TT---TGACCAAA-CACTTTAC-AG------AT--A--CACGTT---GA-----AAATAA-----ATA--C--TT-AA--CACAGTG---T-----TGGT----AGTCAT--T--AAACTATATT-C-------AGTACTTTCT-T--CA--AACTCA-TTA--A--TCAACTGAA-C-CTCTGG----------------A---------A----------TAT--------A-----T-----C---T-------GAG-CGC----TAC-----CA--TACCAT---T-TCAT--C-A-CAAAT-G-GA-ACAGTTCATCGATTT-G----------TTTGGC--AA--AAC-T--AC-CCA------GTATCTCT--AATATA------CGAC---TGTA--AAA-TA----C----AC---GA-ATA-AAACTAATTTA-GAAGAGGT--------------T-----T-T---TTG-TTTTA---TC-GA---AAT-ACG--T--TG--AG-T---A---T----T---A---GAA---AGTTTTT-AA-GCagaaaactcatg
gi|15 : tttaaatctctgattctcttaacgtaTTTTC-TAAAGCTAGA-------------CCT------------TG---C--TTCAGG----------T-----GTAATTTTCTTTCATA-----------ACTTTCTCATAATTAAAACAGA-T----TT---TGACAAAA-TAAACTGC-AG------AT--A--C---CCTTAGA--A--AAATAAGTCATGTG--C--AC-AA--C--GTTG---A-----TGCT----TGTCAT--C--CAG----ATT-T-------A--------T-T--CAGTA--TTT-TTC--T--C--A---AG-TACTTtaaatcttgccagaagaata
gi|21 : C-TTAGG-TAAG-------------GCT------------TA---G--CT--------------------TTAATGA-CCTTCTTA-----------TTACCAA----------ACTGA-T----TT---TGACAAAA-CAAAGTAC-AG------AT--A--C---CT---GT--AGAAAATgtg
gi|9 : AAT-------------TCT------------TA---CTACTC-------------------TTAATTA-------TA-----------ATACTCA----------ACAGA-T----TG---TGACAAGA-CAAAGGGC-AG------AT--A--C---CC---CT--AGAAGAT-------GTG--C--AC-TA--CCCGACACA-T-----TGAT----ATTTGT--C--CCG----ATA-C-------A--------T-T--tttaccttttttggaaaattagtaacagctctaaggtttgataacaaaatgtgcagtgggtt
gi|12 : tgtgaaaaataccttaacattttgtctcaattgaaacagtttcttttttttaaatttca------------CA---C--TTTG------------C-----TTAATAA-CTTTCTTA-----------A--TTCT------------CAA-TATACTT---TGACGAAA-CAAAATCA-AT------AC--A--C---cccttttttagcaaaatgtaatctgatgttaattaatttttagaaaattagctgtattttataccaaaaaaagtcacatgga
gi|11 : aaatacgcaatatttctgctataccaccgaaatactatgaacatcattctttttctat-------------C-----TTAATAA-CT-GC-TG-----------ATATTA-----------ATCGGAT----TT---TAACAAAA-CAGAGAGT-AG------AT--AGTC---CT-------AGAAAATGA-----GGA--C----------------------------T----AATCGC--G--GCG----TTTAC-------A--------T-TGGCT--A--CTT-TTT--C--TCAA---AA--ACTTTGATC--------------A---------A----------gtacatggaaaatagcatttttattcagacaaaaaaaatagacctgttcgatactcaaaggt
gi|2 : tattgaagttgcaccgaacttttcagtactttcctcaaacacttccatcaaatcaatttcttgaatgtctaggaattaaagcctggaatttcgactcgattggaacgt-----------ATATTCC----------AACGGAT----TT---TGACAAAA-CTTAGTTC-AG------AT--A--T---CT---CT--AGAAAGTAA-----GTG--C---------CAT-TTG---TAACAGTGGT----AGTCGT--CC-GAG----ATT-T-------G--------T-TTGCT--A--CTT-TTT--C--C--A---AT-CACT----------------------------------------------------------------G---T-------GAA-TGA----CAT-----CA--TGATAT---T-TCGT--C-T-CAATT-G-AA-ATATTTGATTCAAGG-G----------TTTAGG--AA--AAG-T--AT-GCA------ATATATCT--GG---AGTTTCTGGACGAATACG--AAT-GT----C----GT---GG-AGA-GCACTCATTTC-CTAGAGGT-A----C-CGGT-GC-----T-T---T-------G---TC-AAAACCGT---------TG--G------A---TA---CA--A---AAA---AGTTGTT-GA-ACAcaa
gi|2 : gtgactttttggatccacacatggccgattttcttttttaaaaaatatcttgcttctgctataatttctaattttaaacttttttttaatTCC----------AACGG-T----TT---TGACAAAG-CACC------G------GT--A--C---CT---CT--AGGAAATGA-----GTG--C--TC-TC--CACGACA---T-----TCGT----ATTCGT--CCAGAA----ACT-CCAGATATA--------T-TG-CA------TACTTT--T--CCTA---AA-CCCTTGAATC--------------AA--------A----------TAT--------T-----T-----CAATT-------GAGACGA----AA----------TATCAT---G-ATGT--CAT-TCAC-------------------AGT-G----------ATTGGA--AA--AAG-T--AG-CAA------ACAAATCTC-GG---A------CGAC---TACC--ACT-GT----T----AC---AA-ATG-GCACTTACTTT-CTAGAGAT-A----T-CTGA-AC-------T---AAG-TTTTG---TC-AA---A---ATC--CGTTG--GA-ATATA---T----TA--A---AAA---Aaaattttagccaaaattttagttaatttagaaaattaactgttttatatcctttcag
gi|16 : gtgactttttggatccacacatggccgattttcttttttaaaaaatatcttgcttctgctataatttctaattttaaactt----TT---CAACAAAG-CAAAATCA-AGGTGCATAT--AT-C---CC---GA--G--AAATAA-----GTA--C--CA-TC--CATGGCA---T-----TGAC----AGCCAT--A--CAG----AGT-T-------G--------T-T--GA--A---TA-TTT--TAACCAA-------ACTTCGATCAACTGAACATATGGA---------A----------TGT--------A-----T-----G---T-------GAA-CAA----TAC-----CA--CAACAT---T-TCAT--C-A-CAATT-G-Atacaaaaaagttgttgaacaaaattttagccaaaattttagttaatttagaaaattaactgttttatatcctttcag
gi|7 : cattcttaatgAAA-CA-AATGGCAG------AT--A--T---C-----AT-AG-AAATGA------TA--T--GC-TATCCACGATA---T-----AAAT----AGTCAT--C--CAG----A---C-------A--------TAT--AG--A--AAA-CTT--T--TCAA---AATCACTTTGATC--------------T---------A----------T-T--------GAACTTTAGAAAG---T-------AAT-CGAACAGTAC-----CA--TAACAT---T-TCAT--C---------G-AA-AT--TATAT--AAGT-TCATTTTTGTGTTTGGA--TA--AAG-T--AC-CAA------ATATACCT--G------------------TA----AAT-G----------GT---AG-GAA-T------TTTT-C-AGGAGC-A----T-CTGT-A------T-T---TTG-TTGTG---TC-AA---AAT--TC--A--TA--GTGA---A---TTAAATA--A---GAA---AGTT-TT-AA-GCAAAA---TAT--TA--CCT
gi|18 : ga--AC-TAG-TATTTAA---C-----TGATTTCGAGTCGT--C--AAA----A---A-------A--------C-T------A--TTT-TTC--T--C--A---AA-CGCTTCAATCGACAGA--------A---------A----------TGTTCTAATCTG-----T-----G---T-------AAA-TGA----AAA-----CC--TAACAT---T-TTGT--C-C-CAGAT-G-AA-TTGTTTGATAGAAGT-A----------TTGTGT--GATTTG--T--AC-CCA------GTATATCT--GG---A------AGAC---TAatgtgaaaaata
gi|17 : t--CACGGCA---T-----TGAT----CATCTT--C--CAG----AT---------------------------------G-TTT--C--CCAA---AA-CTCTTCGATC--------------AAGTGAATGTA----------TGT--------GGTA--T-----G---T-------GGA-CGA----TGT-----GA--TGA-AT---TGTTAT--C-T-TAATTCG-AA-C-GGTTGGTCAAAGT-TC---------TCTGGT--AA--AG--T--A--CTA------A-ATATTTCAGG---AC-----GGAA---TATG--GATCGC----C----
gi|11 : aaaaagtcTA---T-----TGA-----AGTTGCACC--GAA----CTT------------------T-T--CA--G--TAC-TTT--C--CTCA---AA-CACTTCCATC--------------A---------AATCAATTTCTTGA--------A-----T-----G---TCTAG---GAA-TTA----AAG-----CC--TGGAAT---T-TCGA--C-T-CGATT-G-GA-ACGTTTGATCAAAGT-T----------TTTGAG--AA--AAAGT--AG-CCA------ATGTA------------------------------AAC-GC----C----GC---GA-TTAGTC-CTCATTTT-CTAGGACT-A----T-CT---AC-----TCT---CTG-TTTTG---TT-AA---A---ATC----------C-G---A---T----TA--ATATCAGC--AGTTATT-AA-GCA
gi|8 : A---AA-CACTGGGAAC--------------A--------------------TGT--------GGA---T-----A---T-------GAA-CAG----TAA-----CC--TAACATATTT-TTGT--G-T-AAATT-A-AAACTG-----TTGA----------------TTG-----A--AA--T--GT-ACA------ATATATCG--CG---A------TGACAG-TAT----AT-GG----A----AT---AG------CGCTCATTTT-TCAAGGGTTA----T-CTGC-TC-------T---TTG-TATTG---TCAAA---C----TC--CAATG--AG-T---A---T----TC--A----AA---AGCTATT-GA-GCAAAATCTTAG-------CTGAAGTTTTATC-TCTTTGa
gi|6 : tcaatacttgtcac--------------A---------A----------TAT--------G-----T-----G---T-------GAA-TGA----TCT-----AGGATGACAT---T-TTGTAAC-T-T--TT-GTAA-C-AGTTGACCGAAAT-A----------TAAGGG--AA--AA--T--GC-CCA------ATATACCT--GG---T------TGAC---TGTA--AAT-TC----C----AC---GG-GTA-ACACTT-----------------------TGC-AC-------T---TTG-TTTGC---TC-AA---A---ATC--C---A--TC-A---GGTTT----TA--A---GAA---AGTTATtttttgataaattagtgtatttgataccaaacagtcatttt
gi|27 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctgg--------------A---------A----------AGT--------A-----T-----G---T-------GAA-TGA----AAC-----CT--TTGCAC---G-TCGT--C-A-AAACT-T-AA-ATGGTTGA---AAGC-G----------GTTGAA--AA--AA--T--AT-TTG------ATATATTG--GG---G------AGAC---AATG--AAC-GC----C----AA---GA-AAA-ACATTCATTT---TAGAAGT-A----T-CTAC-ataacaaaacatgatcaaagcatgacttttgattgaaaaaaaaatagttgtgtttaataccaaaaagtcatg
gi|35 : T--------A-----T-----G---T-------GAC-CGA----TAC-----CC--TGGCAT---T-TCGT--C-T-CAAAT-G-GA-ACGATTGGTCAAAGA-G----------AATGGG--AA--AAG-T--AC-CAA------ATATATTT--
gi|9 : -----T-----G---T-------GAA-AAA----TAC-----CT--TAACAT---T-TTGT--C-T-CAATT-G-AA-ACAGTTTCTTT---T-T----------TTT------A--AA--T--TT-CAA------ATGTATCG--GG---A------CAAA---TATC--AAT-GT----G----TC---GG-GTA-GTGCACATCTT-CTAGGGGT-A----T-CTGC--C-----C-T---TTG-TCTTG---TC-A
gi|16 : GTTGATCGAAGT-T----------T---GGTTAA--AA--T--AT-TCA------ACAACTCT--GT---A------TGGC---TGTC--AAT-GC----C----AT---GG-ATG-GTACTTA-TTT-CTCGGGAT-A----T-ATGC-ACCTTGAT-T---TTGCTTTGT---TG-AA---CAT-caatctgttgagtattataattaagagtagtaagaattcccttttttagcaaaatgtaatctgatgttaattaatttttagaaaattagctgtattttataccaaaaaaagtcacatgga
gi|17 : cattcttaGATCGAAGA-G----------TTTTGG--GA--AA--C--AT-C---------------T--GG---A------AGAT---GATC--AAT-GC----C----tgaacatatggaatgtatgtgaacaataccacaacatttcatcacaattga
gi|10 : aaaaagtccacATAGAAGC-G----------TTTGGG--GA--AA--TGGATGC--------ATATATCT--GG---A-------------TATA--AAC-GC----T----AA---TG-AAA-GTGATTATTTT-CTATTTGA-A----T-CTGT-A------T-T---TAG-TTTTGCATTC-AA---TCC-AT------TA--AA-T---A---T----TA--A---GGA---AGTTATC-AATGGA-AA---TAC--TT--CCTGAAGaagtgaatgtatgtggtatgtggacgatgtgatgaattgttatcttaattcgaacggttggtcaaagttctctggtaaagtactaaatatttcaggacggaatatggatcgcc
gi|15 : aaccaaggtgacatttagatatctctgatttttctaaaatagatctggAAGT-A----------CTTGAG--AA--AAA-T--AC-TGA------ATAAATCT--GG---A------TGACAAGCATC--AAC-GTTGTGC----AC---AT-G-----ACTTATTTTTCTAAGGGT-A----T-CTGC-A------G-T---TTA-TTTTG---TC-AA---AAT------C--TGTTTT-A---A---T----TATGA---GAA---AGTTATaaactgaacttctagaattagaatgataccatgatgtttcggttataacggaaagattgat
gi|31 : AGT-G----------TTTGAG--TA--AGGTT--AT-T--------ATATATCT--GC---AT-----GGAC----ATC--AAT-GC----C----GTTA-AGAGTA--CA--TATTTT-CTAGGGGT-A----T-CCGC-AC-------T---GTG-TATTG---TC-AA---gaaagaaaattacacctgaagcaaggtctagctttagaaaagtg
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gi|13 : at-T----------TTTGGA--AA--AAG-T--AT-CCA------ATGTATCT--GA---G------AGA---------------------------------GTA-ACACTCATTTT-GTAGAGGT-----------C-AA-----T-TACCTTG-TTAAG---TT-GA---TAT--TT--A--TG--GA-T---A---T----TA--A---GAA---AGTTAGT-CA-ACAAAA---TA---TTAACGTGAAGCGCGACCTATTTTaaaaaaaaaaaatccgttgggtattaagaaagatgttaaaaaatcttacttgaagcgtctgcctattttcaaaaaaatagctgcgttcggtac
gi|4 : g----------TTTGAA--GA--AAG-T--AC-TGA------ATATAGTT--TA---A------TGAC---TACC--AAC-AC----T----GTGTTAA-GTA-T---TTATTTT-CAACGTGT-A----T-CTGT-AA-------A---GTG-TTTGG---TC-AA---A---ATC--CGTTG--AA-T---A---T----TA--A---GTC---AGTTTTC-AA-GAACAG---Tagaaaaaaaaataactctgttcgtccgataccaaaatgtcac
gi|12 : tttaaatctctgattctcttaacgtagatttgcactaaggtaaaA--AA--T--AC-GCA------ATATTTCT--GC---T------ATAC---CACCGAAAT-AC----T----AT---GA-ACA-TCATTCTTTTT-CTATGTGT-A----T--TG--A------T-T---TTG-TTTCG---TC-AA---AGT-ATA--T--TG--AG-A---A---T----TA--A---GAA---AGTTATT-AA-GCAAAG---TGG--TA--CATGGAAAATAGCATTTTTctcattaatcaactgaacctctggaatatatctgagcgctaccataccatttcatcacaaatggaacagttcatcgatttgtttggcaaaactacccagtatctctaatatacgactgtaaaatacacgaataaaactaatttagaagaggttttttgttttatcgaaatacgttgagtattagaaagtttttaagctaaatcttgccagaagaata
gi|22 : AC---TGTA--AAT-GC----T----GC---GG-TTA-GCTCTTATTTT-CTATAAGT-A----TCCTGC-AC-----G-G---TGA-TTGGA---TA-AA-------ATC--CGTTG--TG-A---A---T----AA--A---GAA---CGTTAattcagacaaaaaaaatagacctgttcgatactcaaaggt
gi|37 : agcctggtcgtctcatactgaaacggttgatccgatagataagagcaTA-GCACTCATTTT-CTTAAAGT-A----A-CTGC-A------T-T---TTG-TTTTG---TC-AA-----T-ATT--C--Tataatcgaaac
gi|24 : aCACTCATTTC-CCAGGGCT-G----C-CTGC-AC-------T---TTG-TTTTG---TC-AA---ttgattattaa
gi|23 : agTATTTT-CTAGGGGT-A----T-TTGCGA--------T---TTG-TTTCG---CC-AA---gattcgttagggtatcaaggaagcatttaagaaagacctgacctaaagcacgacttattttaagaaaaattagatgtgttcgataccaaaaag
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gi|21 : ggcatacccatgtgacttttcagtatctgacaatggctgaattctaaaaatagatcttggttcagttacgattttggATTTT-CTACAGGT-A----T-CTGT-AC-------T---TTG-TTTTG---TC-AA---AATCAGT--T--TG--GT-A---A--------TA--A---GAA---GGTCATTAAA-GC-TA-----AGCCTTA-CCT-AAGT-TTACCTTTTTTGtttcagcacttttcccaaacacattaatcaacttaacttttggaacgcatgtcaacaaatacttgactttttgtctcagttggaacgaataaaagacttgttggaaaaagtaccatatataactagacagccataaatgctctggatatatgttctttgttttggtccaaatccatttgatgttgcggaaaattattaagcaaa
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10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|36 : ACCCAGGTG-A-CCTTCTGGTGTA-CTAA---------G-TAGTGAA---------TTTT------C----TG--------GAAA---TAT-------AT-C----------T-------------T----------G---CT------------T--
gi|37 : ggcaaT--T---A-----------ATA---A----TC--AAAGAAT---ATTGA---CAAAA-CAAAA---TGCAG-T----T--A-CTTTA--AG-AAA--ATGAGT--GCgtggtaggaattt
gi|38 : ataTTTGGTATT-GAAC---------G-CAGCTAA---------TTTT------CTA--TT--------AAAG---TAT-------GT-C----------A-------------T----------G---CT------------T--
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gi|6 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggCATG-A-CTTTTTGGTATT-AAAC---------A-CAACT-A---------TTTT------T----TTTTCAATCAAAAG---TCATGCTTTGAT-C----------A-------------T----------G---TT------------T--T-------------G-----T-T--ATA------------T-----------AAC--TTT----CT--T---A-----------AAA---C----CT--GATGGAT---TTTGA---GCAAA-CAAAG---TGCAA-AGTGTT--A-CCCGT--GG-A-------------------------A---TTTACA---GTCAA----CC-AGG----T----ATAT--T-G-----G-GCA--TTT--T--CCC-TTA-TATTTCGGT---C--------------AAC-------------TGT--------gattgaaaaaaaaatagttgtgtttaataccaaaaagtcatg
gi|7 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggaatatgtgtgaatgatctaggatgacattttgtaacttttgtaAAAA-CAAAT---GGCAG-A----T--A-TC-AT--AG-AAATGATA--T--GCTATCCA-CGATA---TAAATA---GTCAT----CC-AGA----C----ATAT--A-G-----A-AAA--CTT--T--TCA-AAATCACTTTGAT---C--------------TA--------------T-T--------GAACTTTAGAAAGTAATC---GAAC-AGT--AC-----CATAACAT---T-TCAT--CG-AA-ATTATAT--AAGTTCATTTTTG---TG-TT-TGGATAAA-GTA--CCAA----------AT--A--T--A---------CCTG-----------TAAATG---------GTAGGA---ATTTTTCAGGAG-CA----T-CTGTA-T-TTTGTTGT-GTC-----AAA---AT---TCA--T---AGTGAATTAAATA-AGA--A--AGTT-T-TAAGCAAAATA-TTACCT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1823 ) : ACCCACGTG-ACNT-----TTC--GGTATC-GNA-C------G--CGG---C-T----GATTT-T------C---TN-------AAA---A--------T-----------AG-AT---CT-------------C-------G-----CT----TCA-----------G-----------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----T----C---T--T---A-----------AT------AT----TC--AACGGAT---TTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GAT----ACCCNTAG-AAA--ATAAGTGCTNTNCA-CG--GCA---TT--GATA---GTCGTCC-AGATNTAT--T-G---A-CTA--------TTT--C--CCA-AAA-CACTTCGAT---C--------------AA--------------TGT--------G-----T-----GT-------GAAC-GAT--AC-----CNTGACAT---T-TCGT--CT-CA-ATTGAAA--CGGTTGATCGAAG---TG-TT-TGGGAAAA-GTA--CCCA----------AT--A--T--A---------TCTGG---ACGACTGTAAATGCCGCGG---GTAGCACTCATTTTCTAGGGG-TA----T-CTGCACT-TTTGTTTT-GTC-----AAA---AT--ATCC--T---GG-GTAT----TA-AGA--A--AGTTAT-TAAGCAAAATANTTACCTGAAGCGT-GGC---CTTTTTTG
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gi|20 : GCG-ACTC-----TAT--AGTATC-GCA-C------A--CGA---C-T----GAATT--------C---TA-------AAT---T--------T-----------AG-AT---CT-------------T-------G-----GT----TCA-----------G-----------G-----T-----------T--A-AGCT----------T----GC-------CTT-----TATTAC---T--T---AGTA--------AT------ATGCAATC--AACGTAT---TTTGA---CAAAA-TGAAACACTCCA-GAT----ACGACTA--AAA--TTAAATGCTGTCCA-attttagttaatttagaaaattaactgttttatatcctttcag
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gi|22 : -TCGT--CT-CATACTGAAA--CGGTTGATC-----------------------------CG----------AT--A--G--A---------TAAGA---GCAACTGTAAATGCTGCGG---TTAGCTCTTATTTTCTATAAG-TA----TCCTGCAC--GGTGATTG-GAT-----AAA-------ATCCGTT---GT-GAAT----AA-AGA--A--CGTTAA-TAATCGAAAt
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gi|24 : gcaCTT-----TTT--GGTATC-GAA-C------A--CAT---C-T----AATTT-TT-----C---TT-------AAA---A--------T-----------AA-GT---CG-------------T-------G-----CT----TTA-----------GGTCAGGTCTTTC-----T-----------T--A-A-------------A----TG-------CTT-----C----C---T--T---G-----------AT------AC----CCT-AACGAAT---CTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GGC----AGCCCTGG-GAA--ATGAGTGCTt
gi|25 : ----T-CTGCGCT-AT-GTTTT-GTC-----AAA---AC--CTTT--T---GG-GTAT----TA-ATA--A--AGTTAT-GTAGCAAAAT-CGTACCTGAAGCAT-G
gi|25 : tcATCCACCTG-GCAT-----TTC--GGTATT-AAA-C------A--TGG---A-A----TATTA-T------G---TC-------ACAC--A--------T-----------AC-CT---CA-------------T-------G-----CT----TCA-----------G-----------G-----TACGATTTTGC-T--ACA-------------T----AA-------CTT-----T----A---T--T---A-----------AT------AC----CC--AAAAGGT---TTTGA---CAAAA-CATAG---CGCA-GAaggtatgtgtgacataatattccatgtttaataccgaaatgccaggtggatttctcatcct
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gi|6 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggCATG-ACTT-----TTT--GGTATT-AAA-C------A--CAA---C-T-----ATTT-T------T---TTTTCAATCAAA---AGTCATGCTT-----------TG-AT---CA-------------T-------G-----TT----TTG-----------------------------T-----------T--ATA-------------T----AA-------CTT-----T----C---T--T---A-----------AA------AC----CT--GATGGAT---TTTGA---GCAAA-CAAAG---TGCA------------------------AAGTGTTACCCG-TG--GAA---TT--TACA---GTCAACC-AGGTATAT--T-G---G-GCA--------TTT--T--CCC-TTA-TATTTCGGT---C--------------AAC-------------TGT--------gattgaaaaaaaaatagttgtgtttaataccaaaaagtcatg
gi|7 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggaatatgtgtgaatgatctaggatgacattttgtaacttttgtaAAAA-CAAAT---GGCA-GAT----ATC-ATAG-AAATGATA--TGCTATCCA-CG--ATA---TA--AATA---GTCATCC-AGACATAT--A-G---A-AAA--------CTT--T--TCA-AAATCACTTTGAT---C--------------TA--------------T-T--------GAACTTTAGAAAGTAATC---GAAC-AGT--AC-----CATAACAT---T-TCAT--CG-AA-ATTATAT--AAGTTCATTTTTG---TG-TT-TGGATAAA-GTA--CCAA----------AT--A--T--A---------CCTG-----------TAAATG---------GTAGGA---ATTTTTCAGGAG-CA----T-CTGTA-T-TTTGTTGT-GTC-----AAA---AT---TCA--T---AGTGAATTAAATA-AGA--A--AGTT-T-TAAGCAAAATA-TTACCT
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gi|9 : tcaatacttgtcacaaacactgggaacatgtggatatgaacagtaacctaacatatttttgtgtaaattaaaactgttgatt-----T-----GT-------GAAA-AAT--AC-----CTTAACAT---T-TTGT--CT-CA-ATTGAAA--CAGTT--TC-------TT-TT-TTTTAAA---TT--TCAA----------AT--G--T--A---------TCGGG---ACAAATATCAATGTGTCGG---GTAGTGCACATCTTCTAGGGG-TA----T-CTGC-CC-TTTGTCTT-GTC-----ACA---AT--CTGT--T---GA-GTAT----TA-----------TAAT-TAAG---AGTAGT------AAGAAT-TCC---CTTTTTTtttt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|25 : ----T-CTGCGCT-AT-GTTTT-GTC-----AAA---AC--CTTT--T---GG-GTAT----TA-ATA--A--AGTTAT-GTAGCAAAAT-CGTACCTGAAGCAT-G
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gi|26 : tcACCCACGTG-ACAT-----TTC--GATATA-GTA-C------G--TGT---T-T----CATTT-T------C---TA-------AAA---C--------T-----------AG-AT---CT-------------A-------G-----CT----TCAGGAAAGAATTTG-----------CATATGT-----------T--A-A-------------A----AA-------CTT-----T----C---TT---G-----------AT------A-----T---TC--CATGGAT---TTTGA---CGACG-CCAAG---TACA-GAT----ttctcatcct
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|20 : GCG-ACTC-----TAT--AGTATC-GCA-C------A--CGA---C-T----GAATT--------C---TA-------AAT---T--------T-----------AG-AT---CT-------------T-------G-----GT----TCA-----------G-----------G-----T-----------T--A-AGCT----------T----GC-------CTT-----TATTAC---TT---A-----------GT------AATATGCAA-TC--AACGTAT---TTTGA---CAAAA-TGAAACACTCCA-GAT----ACGACTA--AAA--TTAAATGCTGTCCA-tttagccaaaattttagttaatttagaaaattaactgttttatatcctttcag
gi|21 : ACCCAC-TGCACAT-----TTT--GTTATC-AAA-CCTTAGAG--CTGTTAC-T----AATTT-T------C---CA-------AAA---A--------------------AG-GTAAACT-------------TAGGTAAGG-----CT----T-A-----------G-----------C-----T-----------TT-A-A-------------T----GA-------CCT-----T----C---TT---A-----------TT------A-----C---CA--AACTGAT---TTTGA---CAAAA-CAAAG---TACA-GAT----ACCTGTAG-AAA--AT
gi|22 : -TCGT--CT-CATACTGAAA--CGGTTGATC-----------------------------CG----------AT--A--G--A---------TAAGA---GCAACTGTAAATGCTGCGG---TTAGCTCTTATTTTCTATAAG-TA----TCCTGCAC--GGTGATTG-GAT-----AAA-------ATCCGTT---GT-GAAT----AA-AGA--A--CGTTAA-TAATCGAAAt
gi|23 : agcctggACCCATGTG-GCTTGGCTATTT--GGTATT-GTAAT------A--CAA---C-TACAAGATTT-T------AATATA-------AAA---A--------------------AA-AT---CT-------------T-------GATCTATT----TCC-----------C-----------C-----T-----------C--------------------------------CTC-----T----CCCATA---A-----------AT------A-----C---CC--TA--GAT---TTTGG---CGAAA-CAAAT---CGCA-AAT----ACCCCTAG-AAA--ATAc
gi|24 : gcaCTT-----TTT--GGTATC-GAA-C------A--CAT---C-T----AATTT-TT-----C---TT-------AAA---A--------T-----------AA-GT---CG-------------T-------G-----CT----TTA-----------GGTCAGGTCTTTC-----T-----------T--A-A-------------A----TG-------CTT-----C----C---TT---G-----------AT------A-----C---CCT-AACGAAT---CTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GGC----AGCCCTGG-GAA--ATGAGTGCTt
gi|25 : ----T-CTGCGCT-AT-GTTTT-GTC-----AAA---AC--CTTT--T---GG-GTAT----TA-ATA--A--AGTTAT-GTAGCAAAAT-CGTACCTGAAGCAT-G
gi|25 : tcATCCACCTG-GCAT-----TTC--GGTATT-AAA-C------A--TGG---A-A----TATTA-T------G---TC-------ACAC--A--------T-----------AC-CT---CA-------------T-------G-----CT----TCA-----------G-----------G-----TACGATTTTGC-T--ACA-------------T----AA-------CTT-----T----A---TT---A-----------AT------A-----C---CC--AAAAGGT---TTTGA---CAAAA-CATAG---CGCA-GAaggtatgtgtgacataatattccatgtttaataccgaaatgccaggtggatttctcatcct
gi|26 : tcACCCACGTG-ACAT-----TTC--GATATA-GTA-C------G--TGT---T-T----CATTT-T------C---TA-------AAA---C--------T-----------AG-AT---CT-------------A-------G-----CT----TCAGGAAAGAATTTG-----------CATATGT-----------T--A-A-------------A----AA-------CTT-----T----C---TT---G-----------AT------A-----T---TC--CATGGAT---TTTGA---CGACG-CCAAG---TACA-GAT----ttctcatcct
gi|27 : caa--------------AA--------------AGT--------A-----T-----GT-------GAAT-GAA--AC-----CTTTGCAC---G-TCGT--CA-AA-ACTTAAA--TGGTTGA---AAG---CG-GT-TGAAAAAA--TA--TTTG----------AT--A--T--A---------TTGGG---GAGACAATGAACGCCAAGA---AAAACATTCATTT--TAGAAG-TA----T-CTAC
gi|28 : CATG-AGTT-----TTC--TGTATC-GAC-C------A--TAA---C-C----AATTG-T------C---T---------AA---A--------T-----------AA-AT---GT-------------CAA-----G-----TT----CC------------------------C-----T-----------TTAA-A-------------A----AA-------CTT-----T----C---TT---A-----------AT------A-----C---TT--AACAAAT---TTTGA---CAAAA-TTAAG---TGCA-GAT----ACTCCTAG-AAA--A
gi|29 : cgTGAAGTTCAGCTGATCAAAA---TG-AT-TGGGAAAA-ATA--TCGG----------ATAGA--C--A---------TGTGT---ATGACTGCCAATACCATGG---ATAGCTTCCATTTT
gi|3 : ACGTA-ATCA-----TTT--AGTATC-GCA-C------G--TGG---G-T----GATTT-T------C---TT-------AAG---C--------T-----------AA-AT---CT-------------C-------A-----CC----TC------------------------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----G----C---CT---A-----------AC------A-----T---TC--TACCGGT---TTTGA---CGAAA-CAGAA---TGAA-GAT----ACCTGAAG-TAA--ATAAGTACACTACA-TG--TTA---TT--GATA---GTCGTCG-AGATT-CA-TT-----CAATT-A--TTC--C--CCA-AAA-CACTTCGAT---C--------------AA--------------TGT--------G-----T-----GT-------GAGC-GAT--AC-----CGTAACAT---T-TCGT--CT-TA-ACTGAAC--TGGTAGATCGAAG---TT-TT-TGGGGAAA--TA--TCTA----------AT--A--T--A---------TTTGG---AGGACTATCAATGCCACAG---GTATCACTTATTTTCTAGGGG-TA----T-CTGCACT-TTTGTTTG-GTC-----AAC---GT--ATCC--T---GG-CAAT----TA-AGA--G--AGTTAT-TGAGCATAGTAGTT-CCTGAAGTGT-GGC---CTTCTTTGggaatgttatactatgtgaacgat
gi|30 : acgaGTTTACTGAAG---TG-TT-CGAGAAAA-GTACTCCCA----------GT--AACTAGA---------TCT-G---ATGTCTGTCAATGACGTGG---GT
gi|30 : CA-CG--TCA---TT--GACA---GACATC--AGATC-TAGTTACTGGGAGT--ACTTTT--C--TCG-AA--CACTTCAGTAAACAAAATTTGTGG---AA--------------TGT--------A-----T-----GT-------GAAT-GA------------TGACAT---T-TTTT--CC-CA-Aaaaatttgtggaatgtatgtgaatgatgacattttttcccaa
gi|31 : accTTGA---CAATA-CACAG---TGCG-GAT----ACCCCTAG-AAA--ATATGTACTCTTAA-CG--GCA---TT--GATG---TCCATGC-AGATA-TA-T-------AAT--AACCTT--A--CTC-AAA-CACT
gi|32 : GAAG--CGGTTGATGAAAG---TG-TT-TGGAAAAA-GTA--CCAAAACCTAATACAT--A--T--A---------TTTTG---ACGACTGCATATGTCAAAGACAGCAACACTCA
gi|33 : ---TA-------AAA---A--------T-----------AG-AT---CT-------------C-------G-----CT----TCA-----------GGTAAGATTTC-CG----T-----------T--T-A-------------T----GA-------TTT-----T----A---TT---G-----------AT------A-----T---TT--AACAGAT---TTTTA---TAAAG-CAAAG---GGCA-GAT----Acgtt
gi|35 : gatT--------A-----T-----GT-------GACC-GAT--AC-----CCTGGCAT---T-TCGT--CT-CA-AATGGAA--CGATTGGTCAAAG---AG-AA-TGGGAAAA-GTA--CCAA----------AT--A--T--A---------TTT
gi|36 : ACCCAGGTG-ACCT-----TCT--GGTGTA-CTA-A------G--TAG---T-G----AATTT-T------C---TG-------GAA---A--------T-----------AT-AT---CT-------------T-------G-----CT----T
gi|37 : ggcaa---TT---A-----------AT------A-----A---TC--AAAGAAT---ATTGA---CAAAA-CAAAA---TGCA-GTT----ACTTTAAG-AAA--ATGAGTGCTATgtggtaggaattt
gi|38 : -----TTT--GGTATT-GAA-C------G--CAG---C-T----AATTT-T------CTA-TT-------AAA---G--------T-----------AT-GT---CA-------------T-------G-----CT----T
gi|4 : cca---C-T----GATTC-T------C---TT-------AAC---G--------T-----------AG-AT---TTG------------C-------A-----CTAAGGTAA-----------AACTGTT-----C-----T-----------T--G-A-------------A----AA-------CTG-----A----C---TT---A-----------AT------A-----T---TC--AACGGAT---TTTGA---CCAAA-CACTT---TACA-GAT----ACACGTTG-AAA--ATAAATACTTAACA-CA--GTG---TT--GGTA---GTCATTA-AACTA-TA-TT-----CAGT--AC-TTT--C--TTC-AAA-CTCATTAAT---C--------------AACTGAACCTCTGGAATAT--------A-----T-----CT-------GAGC-GCT--AC-----CATACCAT---T-TCAT--CA-CA-AATGGAA--CAGTTCATCGATT---TG-TT-TGGCAAAA-CTA--CCCA----------GT--A--T--C---------TCTAATATACGACTGTAAAATACACGA---ATAAAACTAATTTAGAAGAGG-T------------TT-TTTGTTTT-ATC-----GAA---AT--ACGT--T---GA-GTAT----T--AGA--A--AGTTTT-TAAGCTAAAT-CTTGCCAGAAG
gi|5 : tttaaatctACCCATGTG-ACTT-----TTC--AGTATC-TGA-C------AA-TGG---C-T----GAATT--------C---TA-------AAA---A--------T-----------AG-AT---CT-------------T-------G-----GT----TCA-----------GTTACGAT----T-----T-----------T--G-G-------------T----AA-------CTT-----CA---C---TTTAAA-----------AT------A-----C---TC--AGCAGAT---ATTAA---CCAAA-CATAG---GGCAGGAT----GTCCCTAG-AAA--ATA------TTTCA-----GCA---CT----------TTTCCC-AAACA-CA-TT------AATCAA--CTT----------AA-CTTTTGG--------------------AA--------------CGC--------A-----T-----GT-------CAACAAAT--A------CTTGACTT---T-TTGT--CT-CA-GTTGGAA--CG---AATAAAAGACTTG--T-TGGAAAAA-GTA--CCAT----------AT--A--T--A---------ACTAG---ACAGCCATAAATGC---------------------TCT--GGA-TA----T-ATGTTC--TTTGTTTTGGTC-----CAA-------ATCCATT---TG-ATGT----TGCGGA--A--AATTAT-TAAGCAAAaata
gi|6 : ggcat--------------AA--------------TAT--------G-----T-----GT-------GAAT-GATCTAG-----GATGACAT---T-TTGTAACT-T---TTGTAA--CAGTTGACCGAAA---TA-TA-AGGGAAAA--TG--CCCA----------AT--A--T--A---------CCTGG---TTGACTGTAAATTCCACGG---GTAACAC---------------------T-TTGCAC--TTTGTTTG-CTC-----AAA---ATCCATC-------AG-GTTT----TA-AGA--A--AGTTATATAA-CAAAACA-TGATC-AAAGCAT-GAC---TTTT
gi|6 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggCATG-ACTT-----TTT--GGTATT-AAA-C------A--CAA---C-T-----ATTT-T------T---TTTTCAATCAAA---AGTCATGCTT-----------TG-AT---CA-------------T-------G-----TT----TTG-----------------------------T-----------T--ATA-------------T----AA-------CTT-----T----C---TT---A-----------AA------A-----C---CT--GATGGAT---TTTGA---GCAAA-CAAAG---TGCA------------------------AAGTGTTACCCG-TG--GAA---TT--TACA---GTCAACC-AGGTA-TA-TT-----GGGC--A--TTT--T--CCC-TTA-TATTTCGGT---C--------------AAC-------------TGT--------gattgaaaaaaaaatagttgtgtttaataccaaaaagtcatg
gi|7 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggaatatgtgtgaatgatctaggatgacattttgtaacttttgtaAAAA-CAAAT---GGCA-GAT----ATCA-TAG-AAATGATA--TGCTATCCA-CG--ATA---TA--AATA---GTCATCC-AGACA-TA-TA-----GAAA--A--CTT--T--TCA-AAATCACTTTGAT---C--------------TA--------------T-T--------GAACTTTAGAAAGTAATC---GAAC-AGT--AC-----CATAACAT---T-TCAT--CG-AA-ATTATAT--AAGTTCATTTTTG---TG-TT-TGGATAAA-GTA--CCAA----------AT--A--T--A---------CCTG-----------TAAATG---------GTAGGA---ATTTTTCAGGAG-CA----T-CTGTA-T-TTTGTTGT-GTC-----AAA---AT---TCA--T---AGTGAATTAAATA-AGA--A--AGTT-T-TAAGCAAAATA-TTACCT
gi|8 : gAAT--A--CTT--G--TCACAAA-CACTGGGAA---C--------------A---------------TGT--------GGA---T-----AT-------GAAC-AGT--AA-----CCTAACATATTT-TTGT--GT-AA-ATTAAAA--CTGTTGATTGAAA---TG-T-------------A--C--A----------AT--A--T--A---------TCGCG---ATGACAGTATATG----GA---ATAGCGCTCATTTTTCAAGGGTTA----T-CTGCTC--TTTGTATT-GTC-----AAA-------CTCCAAT---GA-GTAT----TC-A-A--A--AGCTAT-TGAGCAAAAT-CTTAGCTGAAGTTT-TAT---CTCTTTatgtgaaaaata
gi|8 : tcTG-ACTG-----TTT--GGTATC-AAA-T------A--CA----C-T----AATTTAT------C---AA-------AAACAAA--------G-----------AG-AT---AA-------------A-------A-----CT----TCA-----------G-----------C-----TAAGATTTTGCTC--A-A-------------T----AG-------CTT-----T--------TG---A-----------AT------A-----C---TC--ATTGGAG---TTTGA---CAATA-CAAAG---AGCA-GATA---ACCCTTGA-AAA--ATGAGCGCTATTC-------CA---T----ATACT-GTCATCG-CGATA-TA-TT-----GTAC--A--TTT--C--gtttttgataaattagtgtatttgataccaaacagtcatttt
gi|9 : tcaatacttgtcacaaacactgggaacatgtggatatgaacagtaacctaacatatttttgtgtaaattaaaactgttgatt-----T-----GT-------GAAA-AAT--AC-----CTTAACAT---T-TTGT--CT-CA-ATTGAAA--CAGTT--TC-------TT-TT-TTTTAAA---TT--TCAA----------AT--G--T--A---------TCGGG---ACAAATATCAATGTGTCGG---GTAGTGCACATCTTCTAGGGG-TA----T-CTGC-CC-TTTGTCTT-GTC-----ACA---AT--CTGT--T---GA-GTAT----TA-tttt
gi|9 : CCATGTG-ACTT-----TTTTTGGTATA-AAA-T------A--CAG---C-T----AATTT-T------C---TA-------AAA---A--------TTAATTAACATCAG-AT---TA-------------C-------A-----TT----TT------------G-----------C-----T-----------A--A-A-------------A----AAGGGAATTCTTACTACT----C---TT---A-----------ATTATAATA-----C---TC--AACAGAT---TGTGA---CAAGA-CAAAG---GGCA-GAT----ACCCCTAG-AAG--AT--GTGCACTACC-CGACACA---TT--GATA---TTTGTCC-CGATA-CATTT-----GAA---A--TTT-------A-AAA-taattaagagtagtaagaattcccttttttagcaaaatgtaatctgatgttaattaatttttagaaaattagctgtattttataccaaaaaaagtcacatgga
blockSeqs : C A GGCTA TTT CAC A CTTAGAGCTGTTA G ACAAG A TTTTTCAATC ATTAATTAACATC . AAA ACCTTCAGTTAGTTAAGCTTTACTTTTATT GGGAATT ACTACT CCA TAAA TATAAT ATATGCAA AA GAA ATG T CAC G TG A A TG G T CGAC . TCG T CTTG G G AC G ACTGGGAGTACT TAA C AT AAA AAATCAATTTCTTGAATGTCTAG A CT C A ATT G AA A T TT A ACT . G AG CT C AACCTAATAC AGA AG TCTGGAGTT TATAC CCGC ACAG T . CC ACTC G AAAAA TTGATATTTA . T TAAA C TC GC A G AT A C .
blockSeqs : . C . A GA . GAACAG . G . TTTTGTCTG AGTCATGCTT . G AGCTTCAGGAAAGAATTTGCATATGTTAAA . TATTA . TTA . TATTC T . . . . . A A . . A T TTA . T T CTG T . A T GCATCCA C . A . AACTGAACATATGGAATGTATGT . . G C . . . . . . A . . . A . C . AAC . . TATAC CTAT T . . C CAAT . . AAATCCGT . . . . . . . G AG G . .
blockSeqs : . A . G GG . AATGG . T . TTTTTCT CAAAG . . ATTTTCCATGTACCACTTTGCTTAAT . CA . A . TATT . . . . . . . C . . G T TA . G T G A . C . GGATACT C . A . GACAGAAATGTTCTAATCTGTGT . . C A . . . . . . G . . . G . C . A . . AT TCCC A . . C CATT . . ATCCATC . . . . . . . A G G . .
blockSeqs : . C . T AT . AGGT . G . CTTTTTT CAT . . CGCTTCACGTTAATATTTTGTTGACT . C . A . T . . . . . . . T . . A G CA . G C G A . A . CAGTATT T . A . AACTGAACCTCTGGAATATATCT . . T A . . . . . . C . . . A . C . G . . AC TCGT G . . C CGCT . . GTATAT . . . . . . . A C A . .
blockSeqs : . T . C GC . ACGG . G . AATATA AT . . TGCTTCTGCTATAATTTCTAATTTTA . T . A . C . . . . . . . C . . T C TG . G T G T . A . TGCTACT C . A . TATTGAACTTTAGAAAGTAATC . . A C . . . . . . A . . . G . A . A . . AA CTGC G . . C CACT . . ATCCGT . . . . . . . T C G . .
blockSeqs : . T . T AA . ATGG . G . CTATT AA . . GGCTTCAGGAAGTATTTCCATTGAT . T . A . A . . . . . . . C . . A C CG . G T A G . T . CAGTAC C . A . AAGTGAATGTATGTGGTATGT . . T A . . . . . . G . . . G . C . A . . AC CCAA A . . C CAC . . ACCTTT . . . . . . . G C A . .
blockSeqs : . A . T GT . ACGA . A . TCTT AT . . TGCTTCAGGTGTAATTTTCTTTCAT . T . A . T . . . . . . . C . . G A CG . G T G G . T . CAATTA C . A . AAAATTTGTGGAATGTATGT . . C T . . . . . . G . . . G . C . A . . GC CCAT T . . C TTC . . GTATCC . . . . . . . G A T .
blockSeqs : . T . T GA . ACAA . A . TCT CT . . TGCTTTAGGTCAGGTCTTTCTTAAA . T . A . C . . . . . . . C . . C T TA . G C G G . G . AATAAC T . A . AACTGAACTTCTAGAATTA . . C G . . . . . . A . . . A . C . A . . GA CCAC A . . A CAC . . ATACGT . . . . . . . G A
blockSeqs : . T . T AA . ACAT . T . CTA AT . . TGCTTCAGGTACGATTTTGCTACAT . T . A . C . . . . . . . G . . C C TG . G T G A . T . CAGTAC C . A . ATGTGGATAT . . C C . . . . . . A . . . G . T . A . . AT ACGT A . . T TAT . . ATCCAT . . . . . . . G C
blockSeqs : . A . T GT . ATGG . C . CGA AA . . CGCTTCAGGTAAGATTTCCGTTTAT . T . A . C . . . . . . . C . . A A CG . G T G A . T . AATCAA C . A . AAAGTATGT . . C A . . . . . . G . . . G . G . A . . AG TCAA G . . C CTC . . CTCCAA . . . . . . . G
blockSeqs : . A . C GA . GTGT . A . CTA TT . . GCACTAAGGTAAAACTGTTCTTGAA . T . G . C . . . . . . . C . . T T CG . G C T A . C . GCGTA A . A . AATGTGTGT . . G T . . . . . . A . . . G . T . A . . AT ACAC G . . C CCC . . ATCTGT . . . . . . . G
blockSeqs : . T . C GC . ATAA . G . CCA AT . . AACTTCAGCTAAGATTTTGCTCAAT . T . A . T . . . . . . . C . . T A CA . T T G T . A . GAATA C . A . AACGCATGT . . C A . . . . . . G . . . C . C . A . . AC CCAC A . . C AT . . ACCGT . . . . . . . .
blockSeqs : . C . C CT . GTGG . A . GTC CT . . TAGGTAAGGCTTAGCTTTAAT . C . G . C . . . . . . . G . . A T TG . A T G A . A . GGGCA T . . . AATATGTGT . . A A . . . . . . T . . . G . A . A . . AC TGTC G . . . TT . . ATTCA . . . . . . . .
blockSeqs : . C . T GA . GTAG . A . CTA AT . . TGGTTCAGTTACGATTTTGGT . T . A . T . . . . . . . C . . A C CG . G T G A . A . GAAAA T . . ACTGT . . C C . . . . . . G . . . G . A . A . . TT C G . . . . . . ATC . . . .
blockSeqs : . T . T TG . GCAG . G . CTT CT . . TGGTTCAGGTTAAGCTT . T . A . T . . . . . . . T . . A C . . . . T A . A . GTACA G . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . A . . AT . A . .
blockSeqs : . T . T AA . ACAA . G . CTG AT . . TGATCTATTTCCCCTC . T . G . A . . . . . . . G . . C T . . . . . G . A . GAAA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . AC . G
blockSeqs : . T . C AA . ACAG . A . CTT AT . . CAAGTTCCCTTTAAAA . G . A . T . . . . . . . C . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . .
blockSeqs : T . T AA . ACA . A . CTA GT . . TGTTTTGTTATAT . T . A . C . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : . T T . . . . . CAA GT . . CATTTTGCTAAAA . A . A . C . . . . . . . C . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . CTA AT . . CACCTCCTTAAT . T . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT A . . T . A . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : AT********************** A************** **** *** G*** C**** A* C***** ********** **** *** C* ***
originalCons : ACCCACGTG-ACNT-----TTC--GGTATC-GNA-C------G--CGG---C-T----GATTT-T------C---TN-------AAA---A--------T-----------AG-AT---CT-------------C-------G-----CT----TCA-----------G-----------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----T----C---TT---A-----------AT------A-----C---TC--AACGGAT---TTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GAT----ACCCCTAG-AAA--ATAAGTGCTNTNCA-CG--GCA---TT--GATA---GTCGTCC-AGATA-TA-TT-----GAAT--A--TTT--C--CCA-AAA-CACTTCGAT---C--------------AA--------------TGT--------G-----T-----GT-------GAAC-GAT--AC-----CNTGACAT---T-TCGT--CT-CA-ATTGAAA--CGGTTGATCGAAG---TG-TT-TGGGAAAA-GTA--CCCA----------AT--A--T--A---------TCTGG---ACGACTGTAAATGCCGCGG---GTAGCACTCATTTTCTAGGGG-TA----T-CTGCACT-TTTGTTTT-GTC-----AAA---AT--ATCC--T---GG-GTAT----TA-AGA--A--AGTTAT-TAAGCAAAATACTTACCTGAAGCGT-GGC---CTTTTTTG
finalCons : ACCCACGTG-ACNT-----TTC--GGTATC-GNA-C------G--CGG---C-T----GATTT-T------C---TN-------AAAAT----------------------AG-AT---CT-------------C-------G-----CT----TCA-----------G-----------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----T----C---TTA--------------AT------A-----C---TC--AACGGAT---TTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GAT----ACCCCTAG-AAA--ATAAGTGCTNTNCA-CG--GCA---TT--GATAG---TCGTCC-AGATA-TA-TT-----GAAT--A--TTTC----CCA-AAA-CACTTCGAT---C--------------AA--------------TGT--------G-----T-----GT-------GAAC-GAT--AC-----CNTGACAT---T-TCGT--CT-CA-ATTGAAA--CGGTTGATCGAAG---TG-TT-TGGGAAAA-GTA--CCCA----------AT--A--T--A---------TCTGG---ACGACTGTAAATGCCGCGG---GTAGCACTCATTTTCTAGGGG-TA----T-CTGCACT-TTTGTTTT-GTC-----AAA---AT--ATCC--T---GG-GTAT----TA-AGA--A--AGTTAT-TAAGCAAAATC-TTACCTGAAGCGT-GGC---CTTTTTTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): GGTATTTTCTTTTAAAACCTTTTTGGTATGAATATTGTGGCAAAAGTCGTACGGCATCCGTGGTACTGTATTAATATTCCAT
Unaligned ( gi|39 ): CTTAAAACATCTTTACCAAGTATGAGCTGTGTT
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Reference ( family-1823 ) : ACCCACGTG-ACNT-----TTC--GGTATC-GNA-C------G--C-GG---CT----GATTT-T------C---T----N-------AAA---A--------T-----------AG-AT---CT-------------C-------G-----CT----TCA-----------G-----------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----T----C---TT---A-----------AT------A-----C---TC--AACGGAT---TTTGA---CAAAA-CAAAG---TGCA-GAT----ACCCCTAG-AAA--ATAAGTGCTNTNCA-CG--GCA---TT--GATA---GTCGTCC-AGATA-TA-TT-----GAAT--A--TTT--C--CCA-AAA-CACTTCGAT---C--------------AA--------------TGT--------G-----T-----GT-------GAAC-GAT--AC-----CNTGACAT---T-TCGT--CT-CA-ATTGAAA--CGGTTGATCGAAG---TG-TT-TGGGAAAA-GTA--CCCA----------AT--A--T--A---------TCTGG---ACGACTGTAAATGCCGCGG---GTAGCACTCATTTTCTAGGGGT-A----T-CTGCACT-TTTG-----TTTT-GTCAAA---AT--ATCC--T---GG-GTATTA------A----GA-----A--AG-------TTAT-TAAGCAAAATCTT-ACCTGAAGCGT-GGC---CTTTTTTG
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gi|12 : -ACCT-----TTG--AGTATC-GAA-C------A--G-GT---CT-----ATTT-TTTTTGTC---T----G-------AAT---A--------A-----------AA-ATG--CTATTTTCCATGTACC-------A-----CT----TT------------G-----------C-----T-----------T--A-A-------------T----AA-------CTT-----T----C---TT---A-----------AT------T-----C---TC--AATATAC---TTTGA---CGAAA-CAAAA---T-CA--AT----ACACATAG-AAA--AAGAATGATGTTCA-TA--GTA---TTTCGGTG---GTATAGC-AGAAA-TA-TT-----GCGT--A--TTT--attcagacaaaaaaaatagacctgttcgatactcaaaggt
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gi|38 : -----TTT--GGTATT-GAA-C------G--C-AG---CT----AATTT-T------CTA-T----T-------AAA---G--------T-----------AT-GT---CA-------------T-------G-----CT----T
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gi|7 : actcaaatatgatggcagtcatatcccactgtagaaaattatttttaccgtagtagtcaaattaacttctggaatatgtgtgaatgatctaggatgacattttgtaacttttgtaAAAA-CAAAT---GGCA-GAT----ATCA-TAG-AAATGATA--TGCTATCCA-CG--ATA---TA--AATA---GTCATCC-AGACA-TA-TA-----GAAA--A--CTT--T--TCA-AAATCACTTTGAT---C--------------TA--------------T-T--------GAACTTTAGAAAGTAATC---GAAC-AGT--AC-----CATAACAT---T-TCAT--CG-AA-ATTATAT--AAGTTCATTTTTG---TG-TT-TGGATAAA-GTA--CCAA----------AT--A--T--A---------CCTG-----------TAAATG---------GTAGGA---ATTTTTCAGGAGC-A----T-CTGTA-T-TTTG-----TTGT-GTCAAA---AT---TCA--T---AGTGAATTA------AATAAGA-----A--AG-------TT-T-TAAGCAAAATATT-ACCT
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