lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222222222222222222222222222222222222222 333 444444 5555555555555555555555555555555 33333 1 11111 77777777777777777 3333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333 1 7777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 1 333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 11 11 1 00000000000000000000
lowQualScore : 7 6 6 6666666666666666666666666666666666666666666 1 000 0 5 666666 1111111111111111111111111111111 33333 8 1 7 11111 66666666666666666 7777 2 0 2 6 6 4444444444444444444444444444444 9 4 66 66 555555555555555555555555555555555 3 99 2 5 44 7 3 44 0000000000000000000000000000000000000000 5 0 66 66 7 1 5 111111111111 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3333333 55 5 33 0 4 8 99999999999999999999 3
lowQualScore : . . . ........................................... . ... . . ...... ............................... ..... . . . ..... ................. .... . . . . . ............................... . . .. .. ................................. . .. . . .. . . .. ........................................ . . .. .. . . . ............ . . .................................................. . ....... .. . .. . . . .................... .
lowQualScore : 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000 4 444 6 0 000000 9999999999999999999999999999999 22222 4 8 8 88888 77777777777777777 9999 4 7 5 9 2 3333333333333333333333333333333 0 4 11 11 777777777777777777777777777777777 6 88 7 4 66 5 3 66 6666666666666666666666666666666666666666 2 8 99 11 0 6 0 999999999999 0 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7777777 77 0 88 0 2 2 22222222222222222222 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTGAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCG-ATATCTTTGTATCATATGACAATACTT----A--AA-A-TCTT--NAAA--TTCAT-AAAAAANG-TCATATTTGATGCATACATATCCAA-A-AAAAGTT--A--AT------TATAT---GTTCAACGCTTATAATATTAGACGAAATATTATTTATTTATGAAC--------AT-CGAT-------ATA-----TGAT-AT--TGA--T---------------AC-A-T----TAC-----TCTTTCGTGCTAT-TTG-CTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTCATTCATACAC--A---CTATAT-----ATA--T-------AAA---CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTA--TATACTTTG-TGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTCACTCATGGG-CC----GATA-CCCATTGG-CCGGGCGCTATTTATTTTTC-TTTTTTGTATTATGCTTCTT--TG-TCGTGTATGTCATGCACAT----GTCACTATA--ATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( gi|1 ) : GATCTCATCAAAGTATCTAACAAAAGCTGATAACTTATGAATTTTACTTAATATGTTTCATCATATAATGAATATTGAAAAATGTGAAAGATCAATACTGGGTCGATTCAGATGTGGTATACTACCGTTCAGAATTGATATAGGCAGTATGATACATCTGAGAAAAACCGGACCAAATGCTCTGTAGATTCTGCGTAATGCAGTCTGTTAAGGATGAAATACACGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATT-AAA----G-------AGGAAATACATTTGGAT-ATATCTTTG------ATGACAATACTT----A--AA-A-TCTT--AAAA--CTCATTAAAAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAA-A-AGAAGT------AT------TGTAT---GTTCAACGCTTATAATATTAGACGAAATATTACTTATTCATGAAC--------AT-TGAT-------TTA-----TGGT-AT--TGA--T---------------AC-A-T----TAC-----TCTTTCGTGCTAT-TTT-CTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTCATACAC--A--TCTATAT----CATA--T-------AAA---CA-ATACGAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATATA--ACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTA--CACATTTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCTTAAGTTACCCCGTTGGACCGGTTGCTGTTTAATTATC-TTTTATGTATTATGTTTCTT--TA-TCATGTATGCCGTGCA-A-----GTCAC---A--AAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : GAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATT-AAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCA-ATATATTTG------ATGACAATACTT----AT-AA-A-ACTTTCAAAAATTTCA-TGAAAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGA-AAAGGTTAAA--AA------TATAT---ATTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAATGT---TTATTTATGATC--------AT-
gi|2 : ATTGAAA----A-------AAAAAATACATTTGGTA-ATAT-TTGG------ATTACAATACTTTTAAA--AA-ACTCTT--CAAG--TTCAT-AAAAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAA-G-AAAAGT-------TGCAAGATATAT---TTTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAATATTATTTATTTATGAACCCCTGCATATATGATATTATAATTA-----TGATCATAGTGAAAT---------------AC-AAT----TA------TCTCTCTAGCTAT-TTG-CTAAATGATCTT--T-AAA-TTAATTTCATTCATACAT--A----AATAT----AATA--T-----------------------------------GTCAGCTATGACCATATGC--TACATA--ATTATTACCACTCAACCAATTCACCTGT-------------------------TACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCAC-TA-AGG------------CCCAT--------TTGCTATTTATTTTTC-TTGTTTGTATTATGCTTTTT--TAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACT--ATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|14 : ttaATATATTTAGTG-ATCTCTTTTTATCATATGACAATACTG----A--------CTC--AAG---TTCAT--AAAAAA--TCATATTTGATGCATATAGAT-CAA-AGAAAAG--------T------TGTAac
gi|6 : TATATTTAGTG-ATCTCTTTTTATCATATGACAATACTT----A--------CTC--AAG---TTCAT----AAAAATTCATATTTGATGGAT-CA-----AA-G-AAAAGT----------------------------CGC----AAAATTG---------TTATTTATTAATGAA-------------------------A-----T-----T--TGA--A---------------AC---T----TGA-----TCTTTCGTGATAT-TTG-CTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTCA---------------AT----CACA--A-------AAA---TA--TAAAGATAGTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATA--TATAATTTGATGTGTTATAACTACTATTaaatatacgatgcactcaatacttg
gi|5 : TTTGATGATATCTTTG------ATGTCAATACTT----ATAAATA-TCTT--TAAA--CTCATGACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAA-A-AAAAAT------AT---------AT---GTTAAACGTTTATAATATAAGACGAAATATTATTTATTTATGAAT--------AT-TGAT-------ATA-----TGAT-AT--TGA--T---------------AC-A-T----TAT-----TCTTTCGTGCTAT-TTT-CTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATCATACAA--A--ACTATAT-----A------------AAA---CATATAAGAACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|4 : TT----T--AA-A-TATT--CAAA--TGCA---AAAAATGCC-ATATTTGATGCATACATATCCAA-G-AAAAGTTGCAAAAT------AG-AT---GTTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAATATTATATATATATGAAC--------AT-CGAT-------ATA-----TGAT-AT--TGA--T---------------AC-A-T----TAC-----TCTGTCGTGCTTA-TTG-CTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTCATACAC--A--ACTATATGGAAGATC--T--------AA---C-------AATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTA--TATACTTTGATGTGTAACA
gi|3 : a-TCTT--CAAG--ATCATGAAAAAATGCA-ATATTTGATGTATGCATATCCAA-G-AAAAGT------AGCAAAA-TATAT---GTTCAACGCTTACAATATTAGACTAAATATTATTTATTTATGGA----------T-TGAT-------ATA-----TGAT-AT--TGA--T---------------AT-G-T----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTGATACAC--A--GCTATAT----CATG--TGTATATAAAA---TATATAAGAATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTA--TATCCTTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAgtt
gi|9 : gTCATATGTGATGCATGAATAT-CAA-AGAAAAGTTGCAA-AT------TATATCATGTTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAATGTTATTCATTTATGAAT--------CT-GAAT-------ATA-----TATT-AT--TAA--TCTGTTAGTTATATCAAC-A-TAAAATACAATTATCTTTCAAGCTAT-TCT-TTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGT-------------TCTATAT----AATAAGT-------AAA---TA-AT
gi|7 : ATGCATAAATATCCAA-A-CAAAGTTACAA-AA------TATAT---CTTCAACACTAATGATATTAGACGAAATATTATTTATTCATGAAC--------AT-CGA---------TAGCAGCTGTT-AT--TGC--T---------------ACAA-G----TA------TATTTGGTGCTAT-TTG-CTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCCATACAC--AACTCTATAA----AAGA--T-------AGAAGTCA-A----AATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATATA--ACTATTACCACTTAACCCATTCATGtaat
gi|8 : catgtatTACAA-A-A-------------------TATAT---GTTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAATATTATTTATTGATGAAC--------AT-TGGT-------GTG-----TGAT-AT--TAA--T---------------AC-A-TA---TA------TCGTTCGTGCTAT-TTA-CTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTCATAAAC--A-----A-AT-----ATA--T-------AAA---GATATAAGAATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAAA--ACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTA--TATACATTGGTATGT
gi|11 : gtATATTAGACGAAATATTATTTATTTATGAAC--------AT-TAAT---------A-----TGAT-AT--TGA--T---------------AC-A-T----TAC-----TCTTTCGTGCTTT-TTG-CTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTTAAACAC--A--TCTATAT----AAAA----------AAA---CA--TAAGAATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATACA--ACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|18 : ttac-----TCTTTAATGCTAT-TTG-CCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTTATACACTTA--TACATAT-----ATA--T-------AAAG--CT-ATATGAA
gi|17 : aagtaTAT-TTT----ATT-AACTTGATTAAT-TTGATTGTATTCATACAC--A-----A-AT----T-TA--T-------AAA---GATATAAAAATGATTTAATGAAGTCAGTg
gi|16 : tgtta-CTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTCATACAC--A-------A------ATA--T-------AGA---GACATAAGAATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCACataat
gi|13 : ttagATACA--ACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTA--cactattgccac
gi|12 : ACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATACACT-------GTTACAGCTACT--------ATA------TCATGGG-CC----GATA------TGG-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTTTA-GTATCATGTTTCTT--TG-TTGTGTTTGCCAAACATAT----GTCACTATG--ACATAATA-TTACTTACTtgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|13 : ataCCGGGTGCTATATATCAATA-TTTTTTGTATTATGCCTCTT--TG-TCATGTAGGTCATGCACAT----GTCACTATA--GTAAAATGTTTACTTA
gi|19 : atacaactattactacccaacccattcatgtgtacattgtatgTATGATTCTTGTTA-TCATGTATAGCATGCACAT----GTCAC---T--ATGAAATATTTACT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTATCCTGGTGACATATAGGCCCAATGGGCTGGGTGCCAAATAATTTTTTTCAATTGTATATATGTATAACTTAATGAATGTATGTACATGTCACAATAATA
Alignments
lowQualScore : 4 444444 22222222222222222 5555555555 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444 2 777777777777777777777777 11 11111
lowQualScore : 0 4 2 444444 88888888888888888 1 888 777 5 888 6 0 4 7777777777 333333333 0 1 2 99 4 4 55 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 44 3 3 3 666666666666666666666666666666 0 55 55 5 2 3 1 66 5 3 1 88 777777777777777777777777 2 1 1 1 5 99 6 99 44 3 1 55555 7777 0
lowQualScore : . . . ...... ................. . ... ... . ... . . . .......... ......... . . . .. . . .. . ...................................................... .. .. . . . .............................. . .. .. . . . . .. . . . .. ........................ . . . . . .. . .. .. . . ..... .... .
lowQualScore : 0 8 5 888888 77777777777777777 0 888 111 0 333 6 7 0 7777777777 777777777 4 4 0 55 0 0 55 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 22 1 7 1 222222222222222222222222222222 8 55 00 7 9 0 0 88 0 2 4 88 444444444444444444444444 8 4 4 4 0 22 7 22 00 3 0 22222 5555 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAACGCATTTTAAGAGAACATACATT-AAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG-ATCA-ATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCA-T-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAA-GAAAAGTTGCAA---AATATAT---G-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAATATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATAT--AACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATAC-TTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTNACTCAT-GGGCC----G-TA-CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( family-180 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAACGCATTTTAAGAGAACATACATTGAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCGATATCTTTGTATCATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTNAAA---TTCA-T-AA-AAAANG-TCATATTTGATGCATACATATCCAA-AAAAAGTT---A---ATTATAT---G-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAATATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATAT--AACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATAC-TTTG-TGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTCACTCAT-GGGCC----GATA-CCCATTG---G-CCGGGCGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCGTGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
gi|1 : GGAAATACATTTGGATATATCTTTG------ATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTAAAA---CTCATT-AA-AAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAA-AAGAAGT--------ATTGTAT---G-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAATATTACTTATTCATGAACATT-G-ATT-TA--TGGTATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTCATAC-AC----ATCTATATC------ATATAAA-CA-ATACGAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATAT--AACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTACACAT-TTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCTTAAGTTACCCCGTTG---GACCGGTTGCTGTTTAATTATCTTTT--ATGTAT-TATGTTT--CTTT-ATCATGTATGCCGTGCA-----A-GTCAC---AAAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : gatctcatcaaagtatctaacaaaagctgataacttatgaattttacttaatatgtttcatcatataatgaatattgaaaaatgtgaaagatcaatactgggtcgattcagatgtggtatactaccgttcagaattgatataggcagtatgatacatctgagaaaaaccggaccaaatgctctgtagattctgcgtaatgcagtctgttaaggatgaaatacacgttttatttactgggaactgtatatgcattaaagaGAAAAACGCATTTTAAGAGAACATACATT-AAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCAATATATTTG------ATGACAATACTTAT----A--AA-A-CTTTCAAAAATTTCA-T-GA-AAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGAAAAGGTTAA-A---AATATAT---A-----TTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAA---TGTTTATTTATGATCAT
gi|11 : ATATTAGACGAAATATTATTTATTTATGAACATT-A-ATA-T----GATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTTT--TTGCTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTTAAAC-AC----ATCTATAT-------AAAAAAA-C--ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATAC--AACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|12 : ttacATAACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATAC-ACTG-T----TACAGCTACTAT-------------A-TCAT-GGGCC----GATA------TG---G-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTT--TAGTAT-CATGTTT--CTTT-GTTGTGTTTGCCAAACAT----ATGTCACTATGACATAATA-TTACTTACT
gi|13 : ATAC--AACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTAT
gi|13 : CATTCAT-GTG--------TA-C--ATTGTATG-CCGGGTGCTATATATCAATATTTT--TTGTAT-TATGCCT--CTTT-GTCATGTAGGTCATGCAC----ATGTCACTATAGTAAAATGTTTACTTAgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|14 : atacaactattactacccaaccATATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--G----A---------CTCAAG---TTCA-T-AA-AAAA---TCATATTTGATGCATATAGATCAAA-GAAAAGTTGTAA---AATATAC---GATGCACTCAATACTT
gi|15 : GGTGACATAT-AGGCC----------CAATGG---G-CTGGGTGCCAAATAATTTT-TTTCAATTGTATATATGTATAACTT----AATGAATGT-ATGTAC----ATGTCACAATAATAg
gi|16 : attatcctT--TAGCTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTCATAC-AC----A---A-AT-------ATAGAGA-CA--TAAGAATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCAC-------------CACTATTGCCAC
gi|17 : ATTAACTTGATTAAT-TTGATTGTATTCATAC-AC----A---A-AT-------TTATAAA-GATATAAAAATGATTTAATGAAGTCAG-TATA
gi|18 : tgttatatttt-----TCTTTAATGCTAT--TTGCCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTTATAC-ACTTATA-C-ATAT-------ATATAAAGCT-ATATGAAat
gi|19 : aagtaTTGT--TTGTAT-GATTCTT--GTT--ATCATGTATAGCATGCAC----ATGTCACT---ATGAAATATTTACTg
gi|2 : atcaatAAAATACATTTGGTAATAT--TTGGATTA-----CAATACT--TTTAAA--AA-ACTCTTCAAG---TTCA-T-AA-AAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAA-GAAAAGTTGCAA---GATATAT---T-----TTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAATATTATTTATTTATGAACCCCTGCATA-TA--TGATATTATAATTATGATCATAGTGAAAT---------------ACAAT----TA------TCTCTCTAGCTAT--TTGCTAAA-TGATCT--TTAAA-TTAATTTCATTCATAC-----------ATAA-------ATATAA------------------TAT---GTCAGCTATGACCATATGC--TACAT--AATTATTACCACTCAACCAATTCAC-----C-------------------TGTTACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCACTAA--GG------------CCCATT-----------TGCTATTTATTTTTCTTGT--TTGTAT-TATGCTT--TTTTAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACTATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|3 : ttaattgaaaaaa-TCTTCAAG---ATCA-TGAA-AAAATG-CAATATTTGATGTATGCATATCCAA-GAAAAGTAGCAA---AATATAT---G-----TTCAACGCTTACAATATTAGACTAAATATTATTTATTTATGGA--TT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AT-GT----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTGATAC-AC----AGCTATATCATGTGTATATAAAATATATAAGAATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATAT--AACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTATATCC-TTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAac
gi|4 : gT--T----T--AA-A-TATTCAAA---TGCA----A-AAAATG-CCATATTTGATGCATACATATCCAA-GAAAAGTTGCAA---AATAGAT---G-----TTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAATATTATATATATATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTGTCGTGCTTA--TTGCTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTCATAC-ACA---A-CTATAT-------GGAAGAT-C---TAACAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATAT--AACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTATATAC-TTTGATGTGTAACAGTT
gi|5 : aTTTGATGATATCTTTG------ATGTCAATACT--T----ATAAATA-TCTTTAAA---CTCA-T-GACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAA-AAAAAAT-----------ATAT---G-----TTAAACGTTTATAATATAAGACGAAATATTATTTATTTATGAATATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAT-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATCATACAAA----A-CTATAT-------A---AAA-CATATAAGAACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATAT--AACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|6 : TATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--T----A---------CTCAAG---TTCA-T-AA-AAA--T-TCATATTTGATGGAT-CA-----AA-GAAAAGT-----------------------------CGC----AAAATT---------GTTATTTATTAATGAA-AT-----------------TT-------------------GAA---------------AC--T----TGA-----TCTTTCGTGATAT--TTGCTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTCAATC-AC----A------------------AAA-AT-ATAAAGATAGTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATATATAA-TTTGATGTGTTATAACTACTATT
gi|7 : ATGCATAAATATCCAA-ACAAAGTT---ACAAAATATAT---C-----TTCAACACTAATGATATTAGACGAAATATTATTTATTCATGAACATC-G-ATAGCAGCTGTTATT-------------------GCT---------------ACAAG----TA------TATTTGGTGCTAT--TTGCTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCCATAC-ACA---A-CTCTATAAA----AGATAGA--A-GTCAAAATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATAT--AACTATTACCACTTAACCCATTCATG
gi|8 : catgtat---A---AATATAT---G-----TTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAATATTATTTATTGATGAACATT-G-GTG-TG--TGATATT-------------------AAT---------------AC-ATA---TA------TCGTTCGTGCTAT--TTACTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTCATAA-AC----A---A-AT-------ATATAAA-GATATAAGAATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAA--AACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTATATACATTGG-TATGT
gi|9 : gttaca-TCATATGTGATGCATGAATATCAAA-GAAAAGTTGCAA---ATTATATCATG-----TTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAATGTTATTCATTTATGAATCTG-A-ATA-TA--TATTATT-------------------AATCTGTTAGTTATATCAAC-ATAAAATACAATTATCTTTCAAGCTAT--TCTTTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGTTC-TAT-AT----A-----AT-------AAGTAAA-TA-AT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555 444444444444 555555 22222222222222222 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777 11 11111
lowQualScore : 4 44444444444444444 777777777777 2 333333 88888888888888888 888 0 5 66 6 0 1 55 3 99999 0 3 2 77 4 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 44 3 3 666666666666666666666666666666 0 55 55 33 0 3 1 66 4 3 1 33333333333333333333333333333 1 1 1 5 99 6 99 44 1 55555 7777 0
lowQualScore : . ................. ............ . ...... ................. ... . . .. . . . .. . ..... . . . .. . . .. ...................................................... .. .. . . .............................. . .. .. .. . . . .. . . . ............................. . . . . .. . .. .. . ..... .... .
lowQualScore : 0 00000000000000000 555555555555 5 555555 77777777777777777 888 0 0 99 6 7 4 00 6 11111 7 6 0 00 0 0 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 22 1 1 222222222222222222222222222222 8 55 00 11 3 0 0 88 5 2 4 00000000000000000000000000000 4 4 4 0 22 7 22 00 0 22222 5555 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG-AT---ATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( family-180 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG-ATCA-ATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTNACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
gi|1 : GAAATACACGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAA----G-------AGGAAATACATTTGGATATATCTTTG-AT-----GACAATACT--T----A--AA-A-TCTTAAAA---CTCATTAA-AAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAAAAGAAGT-----A--TTGT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTACTTATTCATGAACATT-G-ATT-TA--TGGTATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTCATAC-AC----ATCTATATC------ATATAAA-CA-ATACGAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATATA--ACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTACACATTTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCT-TAAGTTACCCCGTTG---GACCGGTTGCTGTTTAATTATCTTTT--ATGTAT-TATGTTT--CTTT-ATCATGTATGCCGTGCA-----A-GTCAC---AAAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : gatctcatcaaagtatctaacaaaagctgataacttatgaattttacttaatatgtttcatcatataatgaatattgaaaaatgtgaaagatcaatactgggtcgattcagatgtggtatactaccgttcagaattgatataggcagtatgatacatctgagaaaaaccggaccaaatgctctgtagattctgcgtaatgcagtctgttaaggatGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCAATATATTTG------ATGACAATACTTAT----A--AA-A-CTTTCAAAAATTTCAT-GA-AAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGAAAAGGTTAAAA--ATAT-ATA-----TTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAA----TGTTTATTTATGATCAT
gi|11 : ATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATT-A-ATA-T----GATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTTT--TTGCTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTTAAAC-AC----ATCTATAT-------AAAAAAA-C--ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATACA--ACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|12 : ttacATAACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATAC----AC-TGTTACAGCTACTAT-------------A-TCAT-GGGCCGATA-----------TG---G-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTT--TAGTAT-CATGTTT--CTTT-GTTGTGTTTGCCAAACAT----ATGTCACTATGACATAATA-TTACTTACT
gi|13 : ATACA--ACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTAT
gi|13 : ATTCAT-G---TG-TA------C--ATTGTATG-CCGGGTGCTATATATCAATATTTT--TTGTAT-TATGCCT--CTTT-GTCATGTAGGTCATGCAC----ATGTCACTATAGTAAAATGTTTACTTAgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|14 : atacaactattactacccaacccATATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--G----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAAAT---CATATTTGATGCATATAGATCAAAGAAAAGTTGTAAA--ATAT-ACGATGCACTCAATACTT
gi|15 : GGTGACATAT-AGGCC-----------CAATGG---G-CTGGGTGCCAAATAATTTT-TTTCAATTGTATATATGTATAACTT----AATGAATGT-ATGTAC----ATGTCACAATAATAg
gi|16 : attatcctT--TAGCTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTCATAC-AC----A---A-AT-------ATAGAGA-CA--TAAGAATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCAC-----------C--ACTATTGCCAC
gi|17 : ATTAACTTGATTAAT-TTGATTGTATTCATAC-AC----A---A-AT-------TTATAAA-GATATAAAAATGATTTAATGAAGTCAG-TATA
gi|18 : tgttatatttt-----TCTTTAATGCTAT--TTGCCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTTATAC-ACTTATA-C-ATAT-------ATATAAAGCT-ATATGAAat
gi|19 : aagtaTTGT--TTGTAT-GATTCTT--GTT--ATCATGTATAGCATGCAC----ATGTCACT---ATGAAATATTTACTg
gi|2 : atcaatAAAATACATTTGGTAATAT--TTG-G----ATTACAATACT--TTTAAA--AA-ACTCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAAGAAAAGTTGCAAG--ATAT-ATT-----TTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTTATTTATGAACCCCTGCATA-TA--TGATATTATAATTATGATCATAGTGAAAT---------------ACAAT----TA------TCTCTCTAGCTAT--TTGCTAAA-TGATCT--TTAAA-TTAATTTCATTCATAC-----------ATAA-------ATATAA------------------TAT---GTCAGCTATGACCATATGC--TACATA--ATTATTACCACTCAACCAATTCAC----------------CT-------GTTACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCACTAA--GG-------------CCCATT-----------TGCTATTTATTTTTCTTGT--TTGTAT-TATGCTT--TTTTAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACTATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|3 : ttaattgaaaaaa-TCTTCAAG---ATCATGAA-AAAATG-CAATATTTGATGTATGCATATCCAAGAAAAGTAGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTACAATATTAGACTAAAT-ATTATTTATTTATGGA--TT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AT-GT----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTGATAC-AC----AGCTATATCATGTGTATATAAAATATATAAGAATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTATATCCTTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAac
gi|4 : gT--T----T--AA-A-TATTCAAA---TGCA---A-AAAATG-CCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAG-ATG-----TTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAAT-ATTATATATATATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTGTCGTGCTTA--TTGCTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTCATAC-ACA---A-CTATAT-------GGAAGAT-C---TAACAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTAACAGTT
gi|5 : aTTTGATGATATCTTTG-AT-----GTCAATACT--T----ATAAATA-TCTTTAAA---CTCAT-GACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAAAAAA----------ATAT-ATG-----TTAAACGTTTATAATATAAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAATATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAT-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATCATACAAA----A-CTATAT-------A---AAA-CATATAAGAACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|6 : TATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--T----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAA-T--TCATATTTGATGGAT-CA-----AAGAAAAGTCGCAAA--AT----TG-----TT
gi|6 : CAAAATTGTTATTTATTAATGAA-----------------AT-TT-------------------GAA---------------AC--T----TGA-----TCTTTCGTGATAT--TTGCTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTCAATC-AC----A------------------AAA-AT-ATAAAGATAGTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATATATAATTTGATGTGTTATAACTACTATTatttattaatgaaatttgaaacttgatctttcgtgatatttgcttaattaacttttaaattgattttattcaatcacaaaaatataaagatagttttatgaagtcaatttcagcaacaagttatatacaactattaccactcaaccgattcatgtgtacattatatataatttgatgtgttataactactatt
gi|7 : tatatttagtgatctctttttatcatatgacaatacttactcaagttcataaaaattcatatttgatggatcaaagaaaagtcgATGCATAAATATCCAAACAAAGTTACAAA--ATAT-ATC-----TTCAACACTAATGATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTCATGAACATC-G-ATAGCAGCTGTTATT-------------------GCT---------------ACAAG----TA------TATTTGGTGCTAT--TTGCTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCCATAC-ACA---A-CTCTATAAA----AGATAGA--A-GTCAAAATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATATA--ACTATTACCACTTAACCCATTCATG
gi|8 : catgtatGTTACAAA--ATAT-ATG-----TTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAAT-ATTATTTATTGATGAACATT-G-GTG-TG--TGATATT-------------------AAT---------------AC-ATA---TA------TCGTTCGTGCTAT--TTACTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTCATAA-AC----A---A-AT-------ATATAAA-GATATAAGAATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAAA--ACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTATATACATTGGTATGT
gi|9 : -TCATATGTGATGCATGAATATCAAAGAAAAGTTGCAAATTATATCATG-----TTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAAT-GTTATTCATTTATGAATCTG-A-ATA-TA--TATTATT-------------------AATCTGTTAGTTATATCAAC-ATAAAATACAATTATCTTTCAAGCTAT--TCTTTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGTTC-TAT-AT----A-----AT-------AAGTAAA-TA-AT
Alignments
lowQualScore : 333333 22222 444444444444 3333333 22222222222222222 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777 11 11111
lowQualScore : 1 000000 77777 777777777777 2 4444444 2 88888888888888888 888 0 5 66 6 0 1 55 3 99999 0 3 2 77 4 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 44 3 3 666666666666666666666666666666 0 55 55 33 0 3 1 66 2 3 1 33333333333333333333333333333 1 1 1 5 99 6 99 44 1 55555 7777 0
lowQualScore : . ...... ..... ............ . ....... . ................. ... . . .. . . . .. . ..... . . . .. . . .. ...................................................... .. .. . . .............................. . .. .. .. . . . .. . . . ............................. . . . . .. . .. .. . ..... .... .
lowQualScore : 0 555555 00000 555555555555 5 8888888 5 77777777777777777 888 0 0 99 6 7 4 00 6 11111 7 6 0 00 0 0 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 22 1 1 222222222222222222222222222222 8 55 00 11 3 0 0 88 5 2 4 00000000000000000000000000000 4 4 4 0 22 7 22 00 0 22222 5555 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( family-180 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
gi|1 : GAAATACACGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAA----G-------AGGAAATACATTTGGATATATCTTTG----AT--GACAATACT--T----A--AA-A-TCTTAAAA---CTCATTAA-AAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAAAAGAAGT-----A--TTGT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTACTTATTCATGAACATT-G-ATT-TA--TGGTATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTCATAC-AC----ATCTATATC------ATATAAA-CA-ATACGAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATATA--ACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTACACATTTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCT-TAAGTTACCCCGTTG---GACCGGTTGCTGTTTAATTATCTTTT--ATGTAT-TATGTTT--CTTT-ATCATGTATGCCGTGCA-----A-GTCAC---AAAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : gatctcatcaaagtatctaacaaaagctgataacttatgaattttacttaatatgtttcatcatataatgaatattgaaaaatgtgaaagatcaatactgggtcgattcagatgtggtatactaccgttcagaattgatataggcagtatgatacatctgagaaaaaccggaccaaatgctctgtagattctgcgtaatgcagtctgttaaggatGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCAATATATTTG------ATGACAATACTTAT----A--AA-A-CTTTCAAAAATTTCAT-GA-AAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGAAAAGGTTAAAA--ATAT-ATA-----TTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAA----TGTTTATTTATGATCAT
gi|11 : ATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATT-A-ATA-T----GATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTTT--TTGCTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTTAAAC-AC----ATCTATAT-------AAAAAAA-C--ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATACA--ACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|12 : ttacATAACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATAC----AC-TGTTACAGCTACTAT-------------A-TCAT-GGGCCGATA-----------TG---G-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTT--TAGTAT-CATGTTT--CTTT-GTTGTGTTTGCCAAACAT----ATGTCACTATGACATAATA-TTACTTACT
gi|13 : ATACA--ACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTAT
gi|13 : ATTCAT-G---TG-TA------C--ATTGTATG-CCGGGTGCTATATATCAATATTTT--TTGTAT-TATGCCT--CTTT-GTCATGTAGGTCATGCAC----ATGTCACTATAGTAAAATGTTTACTTAgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|14 : atacaactattactacccaacccATATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--G----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAAAT---CATATTTGATGCATATAGATCAAAGAAAAGTTGTAAA--ATAT-ACGATGCACTCAATACTT
gi|15 : GGTGACATAT-AGGCC-----------CAATGG---G-CTGGGTGCCAAATAATTTT-TTTCAATTGTATATATGTATAACTT----AATGAATGT-ATGTAC----ATGTCACAATAATAg
gi|16 : attatcctT--TAGCTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTCATAC-AC----A---A-AT-------ATAGAGA-CA--TAAGAATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCAC-----------C--ACTATTGCCAC
gi|17 : ATTAACTTGATTAAT-TTGATTGTATTCATAC-AC----A---A-AT-------TTATAAA-GATATAAAAATGATTTAATGAAGTCAG-TATA
gi|18 : tgttatatttt-----TCTTTAATGCTAT--TTGCCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTTATAC-ACTTATA-C-ATAT-------ATATAAAGCT-ATATGAAat
gi|19 : aagtaTTGT--TTGTAT-GATTCTT--GTT--ATCATGTATAGCATGCAC----ATGTCACT---ATGAAATATTTACTg
gi|2 : atcaatAAAATACATTTGGTAATAT--TTG----G-ATTACAATACT--TTTAAA--AA-ACTCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAAGAAAAGTTGCAAG--ATAT-ATT-----TTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTTATTTATGAACCCCTGCATA-TA--TGATATTATAATTATGATCATAGTGAAAT---------------ACAAT----TA------TCTCTCTAGCTAT--TTGCTAAA-TGATCT--TTAAA-TTAATTTCATTCATAC-----------ATAA-------ATATAA------------------TAT---GTCAGCTATGACCATATGC--TACATA--ATTATTACCACTCAACCAATTCAC----------------CT-------GTTACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCACTAA--GG-------------CCCATT-----------TGCTATTTATTTTTCTTGT--TTGTAT-TATGCTT--TTTTAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACTATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|3 : ttaattgaaaaaa-TCTTCAAG---ATCATGAA-AAAATG-CAATATTTGATGTATGCATATCCAAGAAAAGTAGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTACAATATTAGACTAAAT-ATTATTTATTTATGGA--TT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AT-GT----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTGATAC-AC----AGCTATATCATGTGTATATAAAATATATAAGAATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTATATCCTTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAac
gi|4 : gT--T----T--AA-A-TATTCAAA---TGCA---A-AAAATG-CCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAG-ATG-----TTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAAT-ATTATATATATATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTGTCGTGCTTA--TTGCTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTCATAC-ACA---A-CTATAT-------GGAAGAT-C---TAACAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTAACAGTT
gi|5 : aTTTGATGATATCTTTG----ATGT--CAATACT--T----ATAAATA-TCTTTAAA---CTCAT-GACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAAAAAA----------ATAT-ATG-----TTAAACGTTTATAATATAAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAATATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAT-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATCATACAAA----A-CTATAT-------A---AAA-CATATAAGAACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|6 : TATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--T----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAA-T--TCATATTTGATGGAT-CA-----AAGAAAAGTCGCAAA--AT----TG-----TT
gi|6 : CAAAATTGTTATTTATTAATGAA-----------------AT-TT-------------------GAA---------------AC--T----TGA-----TCTTTCGTGATAT--TTGCTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTCAATC-AC----A------------------AAA-AT-ATAAAGATAGTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATATATAATTTGATGTGTTATAACTACTATTatttattaatgaaatttgaaacttgatctttcgtgatatttgcttaattaacttttaaattgattttattcaatcacaaaaatataaagatagttttatgaagtcaatttcagcaacaagttatatacaactattaccactcaaccgattcatgtgtacattatatataatttgatgtgttataactactatt
gi|7 : tatatttagtgatctctttttatcatatgacaatacttactcaagttcataaaaattcatatttgatggatcaaagaaaagtcgATGCATAAATATCCAAACAAAGTTACAAA--ATAT-ATC-----TTCAACACTAATGATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTCATGAACATC-G-ATAGCAGCTGTTATT-------------------GCT---------------ACAAG----TA------TATTTGGTGCTAT--TTGCTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCCATAC-ACA---A-CTCTATAAA----AGATAGA--A-GTCAAAATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATATA--ACTATTACCACTTAACCCATTCATG
gi|8 : catgtatGTTACAAA--ATAT-ATG-----TTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAAT-ATTATTTATTGATGAACATT-G-GTG-TG--TGATATT-------------------AAT---------------AC-ATA---TA------TCGTTCGTGCTAT--TTACTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTCATAA-AC----A---A-AT-------ATATAAA-GATATAAGAATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAAA--ACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTATATACATTGGTATGT
gi|9 : -TCATATGTGATGCATGAATATCAAAGAAAAGTTGCAAATTATATCATG-----TTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAAT-GTTATTCATTTATGAATCTG-A-ATA-TA--TATTATT-------------------AATCTGTTAGTTATATCAAC-ATAAAATACAATTATCTTTCAAGCTAT--TCTTTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGTTC-TAT-AT----A-----AT-------AAGTAAA-TA-AT
Alignments
lowQualScore : 333333 22222 444444444444 3333333 22222222222222222 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777 11 11111
lowQualScore : 1 000000 77777 777777777777 2 4444444 2 88888888888888888 888 0 5 66 6 0 1 55 3 99999 0 3 2 77 4 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 44 3 3 666666666666666666666666666666 0 55 55 33 0 3 1 66 2 3 1 33333333333333333333333333333 1 1 1 5 99 6 99 44 1 55555 7777 0
lowQualScore : . ...... ..... ............ . ....... . ................. ... . . .. . . . .. . ..... . . . .. . . .. ...................................................... .. .. . . .............................. . .. .. .. . . . .. . . . ............................. . . . . .. . .. .. . ..... .... .
lowQualScore : 0 555555 00000 555555555555 5 8888888 5 77777777777777777 888 0 0 99 6 7 4 00 6 11111 7 6 0 00 0 0 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 22 1 1 222222222222222222222222222222 8 55 00 11 3 0 0 88 5 2 4 00000000000000000000000000000 4 4 4 0 22 7 22 00 0 22222 5555 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( family-180 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
gi|1 : GAAATACACGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAA----G-------AGGAAATACATTTGGATATATCTTTG----AT--GACAATACT--T----A--AA-A-TCTTAAAA---CTCATTAA-AAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAAAAGAAGT-----A--TTGT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTACTTATTCATGAACATT-G-ATT-TA--TGGTATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTCATAC-AC----ATCTATATC------ATATAAA-CA-ATACGAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATATA--ACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTACACATTTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCT-TAAGTTACCCCGTTG---GACCGGTTGCTGTTTAATTATCTTTT--ATGTAT-TATGTTT--CTTT-ATCATGTATGCCGTGCA-----A-GTCAC---AAAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : gatctcatcaaagtatctaacaaaagctgataacttatgaattttacttaatatgtttcatcatataatgaatattgaaaaatgtgaaagatcaatactgggtcgattcagatgtggtatactaccgttcagaattgatataggcagtatgatacatctgagaaaaaccggaccaaatgctctgtagattctgcgtaatgcagtctgttaaggatGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCAATATATTTG------ATGACAATACTTAT----A--AA-A-CTTTCAAAAATTTCAT-GA-AAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGAAAAGGTTAAAA--ATAT-ATA-----TTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAA----TGTTTATTTATGATCAT
gi|11 : ATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATT-A-ATA-T----GATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTTT--TTGCTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTTAAAC-AC----ATCTATAT-------AAAAAAA-C--ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATACA--ACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|12 : ttacATAACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATAC----AC-TGTTACAGCTACTAT-------------A-TCAT-GGGCCGATA-----------TG---G-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTT--TAGTAT-CATGTTT--CTTT-GTTGTGTTTGCCAAACAT----ATGTCACTATGACATAATA-TTACTTACT
gi|13 : ATACA--ACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTAT
gi|13 : ATTCAT-G---TG-TA------C--ATTGTATG-CCGGGTGCTATATATCAATATTTT--TTGTAT-TATGCCT--CTTT-GTCATGTAGGTCATGCAC----ATGTCACTATAGTAAAATGTTTACTTAgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|14 : atacaactattactacccaacccATATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--G----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAAAT---CATATTTGATGCATATAGATCAAAGAAAAGTTGTAAA--ATAT-ACGATGCACTCAATACTT
gi|15 : GGTGACATAT-AGGCC-----------CAATGG---G-CTGGGTGCCAAATAATTTT-TTTCAATTGTATATATGTATAACTT----AATGAATGT-ATGTAC----ATGTCACAATAATAg
gi|16 : attatcctT--TAGCTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTCATAC-AC----A---A-AT-------ATAGAGA-CA--TAAGAATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCAC-----------C--ACTATTGCCAC
gi|17 : ATTAACTTGATTAAT-TTGATTGTATTCATAC-AC----A---A-AT-------TTATAAA-GATATAAAAATGATTTAATGAAGTCAG-TATA
gi|18 : tgttatatttt-----TCTTTAATGCTAT--TTGCCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTTATAC-ACTTATA-C-ATAT-------ATATAAAGCT-ATATGAAat
gi|19 : aagtaTTGT--TTGTAT-GATTCTT--GTT--ATCATGTATAGCATGCAC----ATGTCACT---ATGAAATATTTACTg
gi|2 : atcaatAAAATACATTTGGTAATAT--TTG----G-ATTACAATACT--TTTAAA--AA-ACTCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAAGAAAAGTTGCAAG--ATAT-ATT-----TTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTTATTTATGAACCCCTGCATA-TA--TGATATTATAATTATGATCATAGTGAAAT---------------ACAAT----TA------TCTCTCTAGCTAT--TTGCTAAA-TGATCT--TTAAA-TTAATTTCATTCATAC-----------ATAA-------ATATAA------------------TAT---GTCAGCTATGACCATATGC--TACATA--ATTATTACCACTCAACCAATTCAC----------------CT-------GTTACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCACTAA--GG-------------CCCATT-----------TGCTATTTATTTTTCTTGT--TTGTAT-TATGCTT--TTTTAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACTATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|3 : ttaattgaaaaaa-TCTTCAAG---ATCATGAA-AAAATG-CAATATTTGATGTATGCATATCCAAGAAAAGTAGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTACAATATTAGACTAAAT-ATTATTTATTTATGGA--TT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AT-GT----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTGATAC-AC----AGCTATATCATGTGTATATAAAATATATAAGAATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTATATCCTTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAac
gi|4 : gT--T----T--AA-A-TATTCAAA---TGCA---A-AAAATG-CCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAG-ATG-----TTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAAT-ATTATATATATATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTGTCGTGCTTA--TTGCTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTCATAC-ACA---A-CTATAT-------GGAAGAT-C---TAACAATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTAACAGTT
gi|5 : aTTTGATGATATCTTTG----ATGT--CAATACT--T----ATAAATA-TCTTTAAA---CTCAT-GACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAAAAAA----------ATAT-ATG-----TTAAACGTTTATAATATAAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAATATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAT-----TCTTTCGTGCTAT--TTTCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATCATACAAA----A-CTATAT-------A---AAA-CATATAAGAACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|6 : TATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT--T----A---------CTCAAG---TTCAT-AA-AAA-T--TCATATTTGATGGAT-CA-----AAGAAAAGTCGCAAA--AT----TG-----TT
gi|6 : CAAAATTGTTATTTATTAATGAA-----------------AT-TT-------------------GAA---------------AC--T----TGA-----TCTTTCGTGATAT--TTGCTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTCAATC-AC----A------------------AAA-AT-ATAAAGATAGTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATATATAATTTGATGTGTTATAACTACTATTatttattaatgaaatttgaaacttgatctttcgtgatatttgcttaattaacttttaaattgattttattcaatcacaaaaatataaagatagttttatgaagtcaatttcagcaacaagttatatacaactattaccactcaaccgattcatgtgtacattatatataatttgatgtgttataactactatt
gi|7 : tatatttagtgatctctttttatcatatgacaatacttactcaagttcataaaaattcatatttgatggatcaaagaaaagtcgATGCATAAATATCCAAACAAAGTTACAAA--ATAT-ATC-----TTCAACACTAATGATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTCATGAACATC-G-ATAGCAGCTGTTATT-------------------GCT---------------ACAAG----TA------TATTTGGTGCTAT--TTGCTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCCATAC-ACA---A-CTCTATAAA----AGATAGA--A-GTCAAAATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATATA--ACTATTACCACTTAACCCATTCATG
gi|8 : catgtatGTTACAAA--ATAT-ATG-----TTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAAT-ATTATTTATTGATGAACATT-G-GTG-TG--TGATATT-------------------AAT---------------AC-ATA---TA------TCGTTCGTGCTAT--TTACTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTCATAA-AC----A---A-AT-------ATATAAA-GATATAAGAATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAAA--ACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTATATACATTGGTATGT
gi|9 : -TCATATGTGATGCATGAATATCAAAGAAAAGTTGCAAATTATATCATG-----TTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAAT-GTTATTCATTTATGAATCTG-A-ATA-TA--TATTATT-------------------AATCTGTTAGTTATATCAAC-ATAAAATACAATTATCTTTCAAGCTAT--TCTTTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGTTC-TAT-AT----A-----AT-------AAGTAAA-TA-AT
blockSeqs : A A . TTTTGTACTTTT A TATCATA G TTTAAAAAACTC AAT G C G T T TT C ATGCA T C CT C G GC AATCTGTTAGTTATATCAACATAAAATACAATTA AT GA A A AGCTATATCATGTGTATATAAAATAT TA CA TT G A AT G T C TGTGTACATTGTATG T T T C AA A AA TA C CAAGT TATG
blockSeqs : C TATCATA G TATAAATATC . . . G C T . . . . C T . . . ATAATTATGATCATAGTGAAATACAATTA . . . . TTATACATATATATAAAGCT . . TT G C TT C C C TGGGCCGATATGG A T A A . . . T C T TATA
blockSeqs : C ATG T TATAAAACT . . . G C T . . . . C T . . . GATACATTAC . . . . AACTCTATAAAAGATAGAA . . TT G A . . C T TAGGCCCAATGGG A A T C . . . T C C AATA
blockSeqs : C GA G TTAAATA . . . G C A . . . . C C . . . GATATGTTTA . . . . ATCTATATAAAAAAAC . . AT A A . A GGCCCATT T T T . . . . . T C TATT
blockSeqs : . A . GA . . . G C T . . . . T T . . . GATACATTAC . . . . AACTATATGGAAGATC . . T . . . . . . C T
blockSeqs : TA . . . . A C . . . . C C . . . GATACATTAT . . . . AAATTTATAAAGAT . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . C T . . . GCTACAAGTA . . . . ACTATATAAAACAT . .
blockSeqs : . T . . . . T G . . . AATACATATA . . . . AAATATATAAAGAT . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . GAAACTTGA . . . . AAATATAGAGACA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AATAAGTAAATA .
blockSeqs : . . . . ATAAATATAA
blockSeqs : . . . AAAAAT
blockSeqCons : ATA**** TATAAAA********** G* AAATATATAAAGAT**************** TGGGCCCATTGG***************** C**** TATA
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACT--T----A--AA-A-TCTTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-AC----A-CTATAT-------ATATAAA-CA-ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCAT-GGGCCG-TA------CCCATTG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTGATA----TGACAATACTTATAAAA----------TTCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGCTAT--TTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTCATAC-ACAAATATATAAAGAT----------------ATAAGAATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCATGGGCCCATTGG-----------------CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Alignments
lowQualScore : 333333 22222 444444444444 3333333 33333333333 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 222222222222 444444444444 22222222 11 11111
lowQualScore : 1 000000 77777 777777777777 2 4444444 2 11 11111111111 888 0 5 66 6 0 1 55 3 99999 0 3 77 4 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 44 3 3 111111 666666 3 111111111111 3 44 7777 0 55 55 33 0 3 1 66 2 3 1 22 111111111111 8 00000000 1 1 1 5 99 6 99 44 1 55555 7777 0
lowQualScore : . ...... ..... ............ . ....... . .. ........... ... . . .. . . . .. . ..... . . .. . . .. ...................................................... .. .. . . ...... ...... . ............ . .. .... . .. .. .. . . . .. . . . .. ............ . ........ . . . . .. . .. .. . ..... .... .
lowQualScore : 0 555555 00000 555555555555 5 8888888 5 77 77777777777 888 0 0 99 6 7 4 00 6 11111 7 6 00 0 0 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 22 1 1 999999 000000 1 999999999999 3 66 1111 8 55 00 11 3 0 0 88 5 2 4 22 000000000000 0 88888888 4 4 4 0 22 7 22 00 0 22222 5555 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACTTATAAA-A-----T--TCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGC--TATTTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTC-ATAC------ACA---A-AT-ATAT------------AAAG-A--TATAAG----AATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCATGGG------------CCCA-T-TG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
Reference ( family-180 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAANACGCGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGTGATATCTTTG----ATATGACAATACTTATAAA-A-----T--TCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGC--TATTTGCTCAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTCATTC-ATAC------ACA---A-AT-ATAT------------AAAG-A--TATAAG----AATGATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAACCCATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTTACAGCTACTATTTAATTGTAGGTGACTCATGGG------------CCCA-T-TG---G-CCGGGTGCTATTTATTTTTCTTTT--TTGTAT-TATGCTT--CTTT-GTCATGTATGTCATGCAC----ATGTCACTATAATAAAATATTTACTTACTT
gi|1 : GAAATACACGTTTTATTTACTGGGAACTGTATATGCATTAAA----G-------AGGAAATACATTTGGATATATCTTTG----AT--GACAATACTTAAAAT-C-----T--TAAAA---CTCATTAA-AAAAAGCTTATATTTGATGCATACATATACAAAAGAAGT-----A--TTGT-ATG-----TTCAACGCTTATAATATTAGACGAAAT-ATTACTTATTCATGAACATT-G-ATT-TA--TGGTATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGC--TATTTTCTCATTTAGCTT--TTAGA-TTGATTTCATTC-ATAC------ACATCTATATCATAT------------AAAC-A---ATACG----AATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACACGT--TATATA--ACTTTTACCACTCAACCGATTCATGTGTACAGTGTACACATTTTGATGTGTTACAACTACTTTTCAATTGTAGGTGACTTATAGGACCTTAAGTTACCCCG-T-TG---GACCGGTTGCTGTTTAATTATCTTTT--ATGTAT-TATGTTT--CTTT-ATCATGTATGCCGTGCA-----A-GTCAC---AAAAAAATATTTACTTACTT
gi|10 : gatctcatcaaagtatctaacaaaagctgataacttatgaattttacttaatatgtttcatcatataatgaatattgaaaaatgtgaaagatcaatactgggtcgattcagatgtggtatactaccgttcagaattgatataggcagtatgatacatctgagaaaaaccggaccaaatgctctgtagattctgcgtaatgcagtctgttaaggatGAAAAACGCATTTTA---A--GAGAAC-----ATACATTAAATTTTGTACTTTTGGAAAATACATTTGGCAATATATTTG------ATGACAATACTTATAAA-ACT---T--TCAAAAATTTCAT-GA-AAAAAG-TCATATTTCATCCATA-ATATTCAAGAAAAGGTTAAAA--ATAT-ATA-----TTCAACGCTTTTCATATTAAAAGAAA----TGTTTATTTATGATCAT
gi|11 : ATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAACATT-A-ATA-T----GATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTTTCGTGC--TTTTTGCTCAAATAACTT--TTACA-TATATTTCATTT-AAAC------ACA---T-CT-ATAT------------AAAA-AAACATAAG----AATGATTTCATGAAGTCAGTTATAGCAACAAGT--TATACA--ACTATTACCACTCAACTCATTCATATGTA
gi|12 : ttacATAACTACTCCACTCATTCATATTTACATTGTAAATAC----AC-TGTTACAGCTACTAT-------------A-TCATGGG------------CCGA-TATG---G-CCGGGCGCTGTTTATTTTTCGTTT--TAGTAT-CATGTTT--CTTT-GTTGTGTTTGCCAAACAT----ATGTCACTATGACATAATA-TTACTTACT
gi|13 : ATACA--ACTATTACTACCCAACCCATTCATGTGTACATTGTAT
gi|13 : ATTCATGTG------------TACA-T-TGTATG-CCGGGTGCTATATATCAATATTTT--TTGTAT-TATGCCT--CTTT-GTCATGTAGGTCATGCAC----ATGTCACTATAGTAAAATGTTTACTTAgccgggtgctatatatcaatattttttgtattatgcctctttgtcatgtaggtcatgcacatgtcactatagtaaaatgtttactta
gi|14 : atacaactattactacccaacccATATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACT-----G-A-----C--TCAAG---TTCAT-AA-AAAAT---CATATTTGATGCATATAGATCAAAGAAAAGTTGTAAA--ATAT-ACGATGCACTCAATACTT
gi|15 : GGTGACATATAGG------------CCCAAT-GG---G-CTGGGTGCCAAATAATTTT-TTTCAATTGTATATATGTATAACTT----AATGAATGT-ATGTAC----ATGTCACAATAATAg
gi|16 : attatcctTTAGCTCAATTAACTT--TTAAAATTGATTTCATTC-ATAC------ACA---A-AT-ATA--------------GAG-A--CATAAG----AATGATTTTATGAAGTCAATTATAACCAC-----------C--ACTATTGCCAC
gi|17 : ATTAACTTGATTAAT-TTGATTGTATTC-ATAC------ACA---A-AT-TTAT------------AAAG-A--TATAAA----AATGATTTAATGAAGTCAG-TATA
gi|18 : tgttatatttt-----TCTTTAATGC--TATTTGCCCAATTAACTT--TTAAA-TTTGTTACATTT-ATACACTTATACA---T-AT-ATAT------------AAAG-C--TATATG----AAat
gi|19 : aagtaTTGT--TTGTAT-GATTCTT--GTT--ATCATGTATAGCATGCAC----ATGTCACT---ATGAAATATTTACTg
gi|2 : atcaatAAAATACATTTGGTAATAT--TTG----G-ATTACAATACTTTTAAA-AAACTCT--TCAAG---TTCAT-AA-AAAATG-TCGTATTTGATGCATA----TCCAAGAAAAGTTGCAAG--ATAT-ATT-----TTCAATGAGTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTTATTTATGAACCCCTGCATA-TA--TGATATTATAATTATGATCATAGTGAAAT---------------ACAAT----TA------TCTCTCTAGC--TATTTGCTAAA-TGATCT--TTAAA-TTAATTTCATTC-ATAC------ATA---A-AT-ATA------------------A--TAT---------------------GTCAGCTATGACCATATGC--TACATA--ATTATTACCACTCAACCAATTCAC----------------CT-------GTTACAGCTCCCCTATAATTGTAGGTCACTAA--GG------------CCCA-T-T-----------TGCTATTTATTTTTCTTGT--TTGTAT-TATGCTT--TTTTAGTCATGTATATTTTACACAAGTATGTCACTATTATAAAATATTTACTTACTT
gi|3 : ttaattgaaaaaa-----T--TCAAG---ATCATGAA-AAAATG-CAATATTTGATGTATGCATATCCAAGAAAAGTAGCAAA--ATAT-ATG-----TTCAACGCTTACAATATTAGACTAAAT-ATTATTTATTTATGG--ATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AT-GT----TTA-----TGTTTCGTGCTATATTTGCTCGATTAACTG--TTAAA-TCGATTCCTTTG-ATAC------ACA---G-CT-ATATCATGTGTATATAAAAT-A--TATAAG----AATAATTGCATGAAGACAATTATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCCATTCATGTGTACATTGTATATCCTTTATTGTGTAACAACTACTATTTAAac
gi|4 : gtcTAAATA-----T--TCAAA---TGCA---A-AAAATG-CCATATTTGATGCATACATATCCAAGAAAAGTTGCAAA--ATAG-ATG-----TTCAACGCTTATAATAGTAGACGAAAT-ATTATATATATATGAACATC-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAC-----TCTGTCGTGC--TTATTGCTCGATTAACTT--TTAAA-TAGGTTTCATTC-ATAC------ACA---A-CT-ATATG-----------GAAG-A--TCTAAC----AATGATTTCATGAAGTCAATTGTAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACAAAACCTATTCATGTGTACATTGTATATACTTTGATGTGTAACAGTT
gi|5 : attTTTGATGATATCTTTG----ATGT--CAATACTTATAAATA-----TCTTTAAA---CTCAT-GACAAAATG-TCATATTTGATGCATACATATCCAAAAAAA----------ATAT-ATG-----TTAAACGTTTATAATATAAGACGAAAT-ATTATTTATTTATGAATATT-G-ATA-TA--TGATATT-------------------GAT---------------AC-AT----TAT-----TCTTTCGTGC--TATTTTCTCAATTAACTT--TTAAA-TCGATTTAAATC-ATAC------AAA---A-CT-ATAT------------AAAACA--TATAAG----AACGATTTCATGTAGTCAAATATAGCCACAAGT--TATATA--ACTATTACCACTCAATCTATTCATGTGTA
gi|6 : TATATTTAGTGATCTCTTTTTATCATATGACAATACTTAC-------------TCAAG---TTCAT-AA-AAA-T--TCATATTTGATGGAT-CA-----AAGAAAAGTCGCAAA--AT----TG-----TT
gi|6 : CAAAATTGTTATTTATTAATGAA-----------------AT-TT-------------------GAA---------------AC--T----TGA-----TCTTTCGTGA--TATTTGCTTAATTAACTT--TTAAA-TTGATTTTATTC-AATC------ACA---A-AA-ATAT------------AAAG-A--TA------------GTTTTATGAAGTCAATTTCAGCAACAAGT--TATATACAACTATTACCACTCAACCGATTCATGTGTACATTATATATAATTTGATGTGTTATAACTACTATTatttattaatgaaatttgaaacttgatctttcgtgatatttgcttaattaacttttaaattgattttattcaatcacaaaaatataaagatagttttatgaagtcaatttcagcaacaagttatatacaactattaccactcaaccgattcatgtgtacattatatataatttgatgtgttataactactatt
gi|7 : tatatttagtgatctctttttatcatatgacaatacttactcaagttcataaaaattcatatttgatggatcaaagaaaagtcgATGCATAAATATCCAAACAAAGTTACAAA--ATAT-ATC-----TTCAACACTAATGATATTAGACGAAAT-ATTATTTATTCATGAACATC-G-ATAGCAGCTGTTATT-------------------GCT---------------ACAAG----TA------TATTTGGTGC--TATTTGCTCAATTGGCTC--TTAAA-TCGATTGCATCC-ATAC------ACA---A-CT-CTATA-----------AAAG-A--TAGAAGTCAAAATTATTTCATGAAGTCAATTATAGCCACAAGTTATATATA--ACTATTACCACTTAACCCATTCATG
gi|8 : catgtatGTTACAAA--ATAT-ATG-----TTCAAAGCCTTTCATATTGTAATAAAT-ATTATTTATTGATGAACATT-G-GTG-TG--TGATATT-------------------AAT---------------AC-ATA---TA------TCGTTCGTGC--TATTTACTCTTTTAACTT--TTATA-TTGATTTTAGTC-ATAA------ACA---A-AT-ATAT------------AAAG-A--TATAAG----AATAATTTTATGAAGTCAGTTATAGTAACACGT--CGTAAA--ACTATTACCAATCAACTCATTTATATGTATATTGTATATACATTGGTATGT
gi|9 : -TCATATGTGATGCATGAATATCAAAGAAAAGTTGCAAATTATATCATG-----TTCAATGCCTATAATATTAGAAGAAAT-GTTATTCATTTATGAATCTG-A-ATA-TA--TATTATT-------------------AATCTGTTAGTTATATCAAC-ATAAAATACAATTATCTTTCAAGC--TATTCTTTCAATTAACTT--TTAAA-TTAATTTTGTTCTATATA-----ATA---A-GT-AAAT------------AA