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lowQualScore : . . ...... . . . .. . . . ......... .. . . .. . . . . ... . . . ..... . .. ........ . . . . . . ... ...................... .. ......... ..................................... .... ..... .... .. . . ... . . ... .. . . .. . . . ..... . . . .. . . . . .. ........ .. ..... .. . . ... .. ... ............. .. . ...... . . ...... . .... .. . ...... .. ..
lowQualScore : 0 0 666666 3 7 2 88 2 1 0 999999999 22 3 8 00 0 8 9 5 111 8 5 4 55555 8 11 22222222 6 2 0 4 2 4 111 2222222222222222222222 22 777777777 3333333333333333333333333333333333333 7777 11111 7777 66 3 3 000 6 3 111 66 3 3 00 3 0 9 77777 1 4 9 33 5 0 0 7 11 66666666 66 77777 55 0 9 444 88 555 8888888888888 00 3 222222 7 3 444444 8 7777 00 8 555555 11 11
consensus : AGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCGCCCNGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAANTCCATA-GTATATAAGTCA-TGGTCGACACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---TTGTGTC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCGCTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----A-TA--TAT--AT-----AT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAACG--AGCATCTG--A-A-A-G-AT-CCCAAA-AATCGT--AAATTC--CGTTG-T-TGTGAATTT--AATTATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATATAT-GATTTCACTGTATCTNT-A-TGAT-CCAACGGGTTTATNA-AN-CTG-TCCTTTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-GAATCCTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--TCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTCC-----GTCCAGTCCAGATGTGT--TGCATGTAANT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-GTT
Reference ( gi|3 ) : AACTATCTGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTCCGTCCAATCAAGAGGTTTTGCAT-------TAAAATCCATA-GCATATAAGTCT-TGGTCGACACCAAATGTATTTG-TTTGGCAGAGGCCTTTATA---TTATGTC-TATA----GTTCGCATTGTAGCTTTGCGCACTCGCCGT--------AATCTGGTCTGTACATTT-ATGGC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-G--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----A-TA--TAT--AT-----AT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAATG--AGCATCTG--A-A-A-T-AT-CCCAAA-AATCGT--AAATTC--CGTTG-T-TGTGAATTT--AATAACCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATATAT-GATTTCACAGTATTTCT-A-TGAT-CCATCGGGTTTATTA-AG-CTG-TCCTTTAT----TTAGCATGTGAGTAGTC--AT-GAATCTTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--TNNNNNNNNNNTAACTGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTCC-----GTCCAGTTGAAATGTGT--TGCATGTAAAT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-TTTA
gi|2 : AGCTATCACTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCACCCTGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAATTCCATA-GTATATAAGTCA-TGGTCGACACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---TTGTATC-AATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCACTAGCCGT--------AGTCTAGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-CAT-------------------------------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAATG--AGCATCTGA-A-A-A-G-AT-CCCAAA-AATCGT--AAATTC--CGTTG-T-TCTGAATTT--AATTATCTCCC
gi|1 : tgattatatctgatttttaaccttgattttaggttagacaaatgacttgtttattgtgtaacatcaataataatccgttcataagtgatctgattcactaataaagactgcaattaacatatatgttgttaatttactgtgttatgaaatgtgtactattcttatatatcatgcattgtgaatgagcatccgaaaagatcctaaaaatcgtaaattacgttgttgggaatttaattatctccctttatgaaattaaatatataggaattcactgtatctatatgatctaacgggtttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaacaggatcctactcatataaAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTCAGTCGAGTCCAGAAGTGTTACAT-------GTAAACCCATA-GCATATAAGTCA-TGGTCGGCACCAAGTTTATTGG-TTTGGCAGAGGCTTTGATA---TTGTATC-TATG----ATTTGCATTGTAGCT------AGGCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TTT-------C-CAT-----C-TA---A------------------------ATATGTAGCAT----ATATT-----GTGAATT--AACATCTGA-A-A-A-G-AT-TCCTAA-AATTGT--TAATTC--CGTTG-T-TATGAATTT--AATTA-CTCCCTTTATGAAAT------ATATATAA-GA
gi|9 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttcaatgcaaacatctaaaaagatcccaaataatcgtaaattccgttgttgtgaattgaattacctccctttatgaaataaataaataaatatatatatttatatatttatttatttatttattgatataaatttattgtatctctatgatccaacgggtttataaatctgtctttatatagcatctgagtagtcatgcattcttgactgaatcctactcatataAGCTATCACTTCGTG------TATGTAAAT-TTGTCCACCCCGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAATTCCATA-ATATATAAGTCA-TGGTCGACACCAAATTTATTGG-TTTGGTAGAGGCCTTGATA---TTGTATC-TATG----GTTTATATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-GAT-----A-TA--TAT--AT-----AT------------ATATAaagtatct
gi|10 : tatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTATGTCCAGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAAATCCATA-GAATATAAGTCA-TGGTCAACACCTAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---TTGTGTC-TATA----GATTGCATTGTAGCTAGGCGCGCTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATT-G--------------------TGAATTGT-------G-CATTGTGAA-TA--GGC--AA-----AT------------ATATATATTAT----G
gi|6 : tagtcatgaatccttaactgggtcctactcatataaAGCTATCAGATCATACAAGTATATGTATAA-T-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATG------TAAAA-CCATA-GCATATAAGTCA-TAGTTGACACCAAATCTATTGA-TTTGGTAGATGCCTTGATA---TTGTGTC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGTGCACTCACCAT--------AGCGTGGTCTGTACATTT-ATGTC--T-GGTTGTTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----A-TAATTAT--AT-----A-------------ACATAATTCAT----GCATaa
gi|8 : ccttaactggatcctactcatataaAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCACCCTGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAATTTTATA-GTACATAAGTCA-TGGTTGACACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGACA---TTGTGTC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGAACTTGCTGT--------AGTCTGGTCTGTACA-TT-ATGTC-TT-GGTTATTCATA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------CTCTT-----ATTA--T-T--ATAAGAGAT------------A-ATAAATTAA----TTATT-----ATAAATT--A--ATT------A-A-T-ACACCCAAACAATACT--GAATTCAAAGTTG-T-TATTAAgctattcaaatacattctctgcatattcatttgtttgttgtttcttcaatt
gi|7 : aaAGCTATCAGTTAATG------TATGTAAAT-T-GTCCGTTCAGTCA---TGTGTTGCATG------TAAAA-CCATA-GTATATAAGATA-AGGTTGACACTAAATTTATTTGGTTTGACAGAGACTTTGGTA---CTATGTC-TATG----GTTTGAATTGTAGCTAAGCGCGCTCGACGT--------AGTCTGGTCTGTa
gi|22 : tatataataaataaagggaaaggaaatgtgtattttcatatgcttttctttatatatttatcatgatccaacgggtttctaaattggtcctctatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactgaatcttattcctataaAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-
gi|22 : acaAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAATCT-GTttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaagctatcagttcatgtatgtaaatctgtgtagaatttaa
gi|12 : acaaatttacatacatgaactgatagctttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCACCCTGTCCAGATGTGTTGCAT-------GTAATTCCATA-ATATATAACTCA-TGGTCGACACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---TTGTATC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----A-TA--TAT--AT-----AT------------TTATATATgtagaatttaa
gi|4 : gTATCAATTCATG------TATGTATAT-T-GTCCATACAGTCAAGATGTGTTGCATGTAAATGTAAAA-CCATA-GTATATAAGTCA-TGGTTTACACCAGTTCTATGCG-GTTCGTAGATGCTTTGCTA---TTGTGCC-TATG----TTTTGCATTGTATCTAGGCGCGCTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-TTGTC--T-GGTTGTTCACA-A---ATA-A--------------------TTG--TCT-------C-CAT-----A-TA--TATGAAT-----ATGTAGTTGTTAAAATATATAGCTTTAGCACATTAAACAATGAACG--AGTATCTG--A-A-G-T-ata
gi|14 : atcatagattgtgaatgtacatttgaaaggatccaaaatatcggatattccgttgttgtgatttcaaattagctccctttatgaaataaatacatatgatttcaacgtattttcatgatccaacggatttctatatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcattaatccttaactgaatactactcacataaaggTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCACACTGTCCAGATGTGTTGAAT-------GTAATTCCATA-GTATATAAGTCA-TGGTCGACACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---ATGTATC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTTTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----tagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
gi|5 : atcacGCAT-------TAGA--TCATT-GTATATAA-TCTATGAATAAAACTATTTCTATTTG-GT-GGTTGATTCTATTGTC---TTGTGTC-CTTG----GTTTGCACTGTAGCTGGGCGGGCTTGCCGT--------AGTTT----TATACATAT-AT-----------ATTCATA-A---ATAAG-------------------------------------CAT-----A-T-----T--A------AG------------ATAT-TATCAT----ACCTT-----GTTAACG--TGCATCTA--ACA-A-G-AT-CCTGAA-A-TCGA--AAGTAC--CGCTG-T-TACGATTTA--AATAATCTCCCTTTATGGAAA---TAGCTCTATTTTGATTTCACTATATCTAT-A-TGAC-CCAATGGGTTT-CCA-TGTCTT-CCCCTTAA----ATAGCGTTTTTGTAGTT--AT-GCATTTCTAACTGGAATTTAC---TCATATAAAG-TATCA
gi|20 : catacaagctatcagaacaattatgggatttgtctctacggttcagacgtggaacCATATACATATATACCT-------ATACCAAATTTATTGG-TTTGGCAGAGGCCTTGATA---TTATATC-TATG----GTTTTCATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TCT-------C-acacaacctacatgcatacaagctatttttgaagccatctgcattgaggtggttgattgtatggtcttgtgtagtt
gi|13 : gaaaTTG-TTTGGCAGAGGTCTTGATA---TTGTATC-TATG----GTTTGCATTGAAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------TATCTGGTCTGTACAATT-ATGTC-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-A--------------------TTA--TC--------------------------T--AC-----AT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTAAATG--AGCATCTGA-A-A-A-G-AT-CCAAAA-AATCGT--AAATTC--CGTTG-T-TGTGAATTT--TATTATCTC
gi|33 : aaccatagatgcaataG-TTTGGTAGATGACTTGATA---TTGTGTC-TATG----GT
gi|27 : cctaattaatcaaCTTTTATA---ATCT-TC-TATACTTTGCTTGCATTGCGGATAGGCGCAATTGCCGT--------TATTTGGTCTG-ACAT
gi|19 : TCTATAGCCTTGTGTCATTTT----GTT-GCATTGTAGCCAGACGTTCTCGCCGTAACACCGTAATCTGGTCTGTAGATTCAATAGCGTT-G
gi|16 : tatgtagatTA---TTGCATC-TATG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTCTGATCTGTACATTT-ATGTT-TT-GGTTATTCACA-A---ATA-G--------------------TTA--TCT-------C-CAT-----A-TA--TAT--AT-----AT------------ACATGTAtgtccattgattgtattgcaattggacgtgttttctttagtctgttctgtaaattctatagccttg
gi|18 : TG----GTTTGCATTGTAGCTAGGCGCACTCGCCGT--------AGTCTGGTCTGTACATTT-ATGTC-TT-GGTTATTCACACACACACA-GACACACACACAAAATTTTTTTTA--TCT-------C-CATTC---A-TA--TAT--AT-----AT------------ATATATATGAT----agggtatgcaaaattcaacaaatgaaagtgaacttggttataatttatcgaagtttaatt
gi|11 : tTG----GTTTGCATTGTAGTAAGGCGC-------------------TCTGGTCTGTAGATTT-A-AAT-CT-AGCTGTTTACA-A---ATA-A--------------------TTA--CCTGAACACACACAC-----A-TA--TAT--AT-----TT------------ATATATAACAT----GCCTT-----GTGAACG--TGTATCTA--A-AGA-G-AT-CCCACA-GATTGA--ATATAC--CGTTGATGTGTGTGTTTTCAATTATCTCCC-TTAT---AT---TAAATAagggagaatcatacgtctaacaaaatacct
gi|32 : tataatTA----GGTTGCATTGTTGCCAGACGTTCTCACCGT--------AGTCTTGTCTGTAgaacaatcataagtgacccggtcagtggtattgttgc
gi|29 : ttcctTGTAG----GCGCGCTCGTCGT--------AGTCTGGTCTCTACCTTT-ATga
gi|24 : atatgtatgctcatgcgtatatataACCTGGTCTGAATATTT-ATGTC-TCAGGTTGCTCACA-A---AT----------------------------TCA-------C-CAT-----T-TA--TTT--AT-----A-------------AT-TATAACAT----
gi|30 : tatcatT-GGTTGTTCACA-A---AAG-A--------------------TTA--CCT-------T-CAT-----A-CA--T-T--AT-----AT------------GTATGCATCAT----ACATT-----GCGAATG--TGCtaattaacataatt
gi|17 : A--CAT--AT-----AT------------ATATATATCAA----CCATT-----GTGAACG--TTTATCTGGAA-A-A-T-AT-CCCAAA-TATCGGAAAAATT----GTTG-T-TGTGATTTC--ATTAATCTCCCTTTATA-------TATATATATTT-GTTTTCTCTG-GTTTCT-A-TAA
gi|2 : gttgtatagtcagacatttaaaacaatttttaacaaTATATATCAT----GCATT-----GTGAATG--AGCATCCG--A-A-AAG-AT-CCTAAA-AATCGT--AAATTA--CGTTG-T-TGGGAATTT--AATTATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATATAG-GAATTCACTGTATCTAT-A-TGAT-CTAACGGGTTTATAA-AT-CTG-TCCTTTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-GAATCCTTAACAGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCACTTCAT---GTATGTAAAT--T
gi|4 : tgattatatctgatttttaaccttgattttaggttagacaaatgacttgtttattgtgtaacatcaataataatccgttcataagtgatctgattcactaataaagactgcaattaacatatatgttgttaatttactgtgttatgaaatgtgtactattctATCAT----AGATT-----GTGAATG--TACATTTG--A-A-A-GGAT-CCAAAA-TATCGG--ATATTC--CGTTG-T-TGTG-ATTTCAAATTAGCTCCCTTTATGAAA----TAAATACATAT-GATTTCAACGTATTTTC-A-TGAT-CCAACGGATTT-CTATAT-CTG-TCCTTTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-TAATCCTTAACTGAATACTAC---TCACATAAAGGTATCAATTCAT---GTATGTATAT--Ttgtccaccctgtccagatgtgttgcatgtaattccatagtatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagaggccttgatattgtatcaatggtttgcattgtagctaggcgcactagccgtagtctagtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttctgaatttaattatctccc
gi|1 : AATGCAAACATCTA--A-A-AAG-AT-CCCAAATAATCGT--AAATTC--CGTTG-T-TGTGAATTG--AATTACCTCCCTTTATGAAATAAATAAATAAATAT-------ATA-TATTTAT-A-T-AT-TTAT-----TTATTT-A---------TTTAT----T--G-ATATAAAT--TT--ATTGTATCTCTA--TG-ATCCAACGGGTT-TATAAATCTGTC--TTTATATAGCATCTGAGTAGTCATGCATTCTTGACTGAATCCTAC--T-CATATAA-GCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTCA-----GTCGAGTCCAGAAGTGT--TACATGTAAAC------CCATAGCATATAAGTCATGGTCGGCACCAAGTTTATT--G-GTTgtccatacagtcaagatgtgttgcatgtaaatgtaaaaccatagtatataagtcatggtttacaccagttctatgcggttcgtagatgctttgctattgtgcctatgttttgcattgtatctaggcgcgctcgccgtagtctggtctgtacatttttgtctggttgttcacaaataattgtctccatatatatgaatatgtagttgttaaaatatatagctttagcacattaaacaatgaacgagtatctgaagttagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
gi|25 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttc--A-A-A-G-AT-CCTAAA-AATCGT--AAATAC--CATTG-T-TGCGAATTT--AATTATCTACCTATAT-ATATA--TATATATATAT-tggcagaggctttgatattgtatctatgatttgcattgtagctaggcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatttccatctaaatatgtagcatatattgtgaattaacatctgaaaagattcctaaaattgttaattccgttgttatgaatttaattactccctttatgaaatatatataagaaagtatct
gi|15 : aC--CGTTG-T-TGTGAAATT--AATTACCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATATAT-AAATTCACAGTATCTCT-A-TGATCCCAT-GGGTTTATAA-AT-CTA-TCCTTTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-GATTCCTTAACAGGATCCTACGT-TTATATAAAataa
gi|28 : AAAT----AAATGTAAAT-GATTTCACTTTATCTTC-ACTGAT-CCAACAAGTTTCT----GTCTG-TCCTTTAaagtctaggtgaaaatgtgactgtccaatttacatata
gi|7 : atgttTATTTATCA-TGAT-CCAACGGGTTT-CTA-AA-TTGGTCCTCTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-GAATCCTTAACTGAATCTTAT---TCCTATAAAGCTATCAGTTAAT---GTATGTAAAT--T
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gi|9 : tatataataaataaagggaaaggaaatgtgtattttcaTAT----ATAGCATGTGAGTAGTC--AT-GAATCCTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCACTTCGT---GTATGTAAAT--Tgacagagactttggtactatgtctatggtttgaattgtagctaagcgcgctcgacgtagtctggtctgt
gi|10 : TAGTC--AT-GAATCCTTAACTGGGTCCTAC---TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--TGTATGTCCAGT--CCAGAT-GTGT--TGCATGTAAATCCATtgtccaccccgtccagatgtgttgcatgtaattccataatatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggtagaggccttgatattgtatctatggtttatattgtagctaggcgcactcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctcgatatatatatatatata
gi|6 : CCTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAGATCAT---ACAAGTATAT--agaatataagtcatggtcaacacctaatttattggtttggcagaggccttgatattgtgtctatagattgcattgtagctaggcgcgctcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaattgtgaattgtgcattgtgaataggcaaatatatatattatgaa
gi|2 : TATAAATCTGTCC-TTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACAGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCACTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCC-----ACCCTGTCCAGATGTGT--TGCATGTAATT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-GTTgtataatgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatagcatataagtcatagttgacaccaaatctattgatttggtagatgccttgatattgtgtctatggtttgcattgtagctaggtgcactcaccatagcgtggtctgtacatttatgtctggttgttcacaaataattatctccatataattatataacataattcatgcatgctattcaaatacattctctgcatattcatttgtttgttgtttcttcaatt
gi|15 : tgattatatctgatttttaaccttgattttaggttagacaaatgacttgtttattgtgtaacatcaataataatccgttcataagtgatctgattcactaataaagactgcaattaacatatatgttgttaatttactgtgttatgaaatgtgtactattcttatatatcatgcattgtgaatgagcatccgaaaagatcctaaaaatcgtaaattacgttgttgggaatttaattatctccctttatgaaattaaatatataggaattcactgtatctatatgatctaacgggttTATAAATCTATCC-TTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGATTCCTTAACAGGATCCTACGTT-TATATAAAA-----AGTCTAGG--------TGAAAATGT-GACT-----GTCCAATTtggcagaggccttgatattgtatcaatggtttgcattgtagctaggcgcactagccgtagtctagtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttctgaatttaattatctccc
gi|22 : ccgttgttgtgaaattaattacctccctttatgaaattaaatatatataaattcacagtatctctatgatcccatgggttTATAAATCTGTCC-TTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAATCT-GTtacatata
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gi|12 : GCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--Ttgtccaccctgtccagatgtgttgcatgtaattttatagtacataagtcatggttgacaccaaatttattggtttggcagaggccttgacattgtgtctatggtttgcattgtagctaggcgaacttgctgtagtctggtctgtacattatgtcttggttattcataaataattatctctcttattattataagagataataaattaattattataaattaattaatacacccaaacaatactgaattcaaagttgttattaaa
gi|9 : ---GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCACTTCGTG------TATGTAAAT-TTGTCC-----ACCCCGTCCAGATGTGT--TGCATGTAATT------CCATAATATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-GTTtgtccaccctgtccagatgtgttgcatgtaattccataatatataactcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcattgtagctaggcgcactcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatatttatatatata
gi|4 : tatata---GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGAATACTAC--T-CACATAAAGGTATCAATTCATG------TATGTATAT-T-GTCC-----ATACAGTCAAGATGTGT--TGCATGTAAATGTAAAACCATAGTATATAAGTCATGGTTTACACCAGTTCTATtggtagaggccttgatattgtatctatggtttatattgtagctaggcgcactcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctcgatatatatatatatata
gi|10 : atcatagattgtgaatgtacatttgaaaggatccaaaatatcggatattccgttgttgtgatttcaaattagctccctttatgaaataaatacatatgatttcaacgtattttcatgatccaacggatttctatatctgtcctttatataTAACTGGGTCCTAC--T-CATATAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-GTAT-----GTCCAGTCCAGATGTGT--TGCATGTAAAT------CCATAGAATATAAGTCATGGTCAACACCTAATTTATT--G-GTTgcggttcgtagatgctttgctattgtgcctatgttttgcattgtatctaggcgcgctcgccgtagtctggtctgtacatttttgtctggttgttcacaaataattgtctccatatatatgaatatgtagttgttaaaatatatagctttagcacattaaacaatgaacgagtatctgaagttagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
gi|6 : tagtcatgaatcctTAACTGGATCCTAC--T-CATATAAAGCTATCAGATCATACAAGTATATGTATAA-T-GTCC-----ATCCAGTCCAGATGTGT--TGCATGTAAAA------CCATAGCATATAAGTCATAGTTGACACCAAATCTATT--GATTTtggcagaggccttgatattgtgtctatagattgcattgtagctaggcgcgctcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaattgtgaattgtgcattgtgaataggcaaatatatatattatgaa
gi|5 : cctTAACTGGAATTTAC--T-CATATAAAG-TATCAggtagatgccttgatattgtgtctatggtttgcattgtagctaggtgcactcaccatagcgtggtctgtacatttatgtctggttgttcacaaataattatctccatataattatataacataattcatgcatgctattcaaatacattctctgcatattcatttgtttgttgtttcttcaatt
gi|5 : catacaagctatcagaacaattatgggatttgtctctacggttcagacgtggaacgcattagatcattgtatataatctatgaataaaactatttctatttggtggttgattctattgtcttgtgtccttggtttgcactgtagctgggcgggcttgccgtagttttatacatatatattcataaataagcatattaagatattatcataccttgttaacgtgcatctaacaagatcctgaaatcgaaagtaccgctgttacgatttaaataatctccctttatggaaatagctctattttgatttcactatatctatatgacccaatgggtttccatgtcttccccttaaatagcgtttttgtagttatgcatttc-CATACAA-GCTATCAGAACAAT------TATGGGATT-T-GTCT-----CTACGGTTCAGACGTGGAACGCAT-TAGAT-------CATTGTATATAATCTATGacacaacctacatgcatacaagctatttttgaagccatctgcattgaggtggttgattgtatggtcttgtgtagtt
gi|22 : TATAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-T-aataaaactatttctatttggtggttgattctattgtcttgtgtccttggtttgcactgtagctgggcgggcttgccgtagttttatacatatatattcataaataagcatattaagatattatcataccttgttaacgtgcatctaacaagatcctgaaatcgaaagtaccgctgttacgatttaaataatctccctttatggaaatagctctattttgatttcactatatctatatgacccaatgggtttccatgtcttccccttaaatagcgtttttgtagttatgcatttctaactggaatttactcatataaagtatcaacacaacctacatgcatacaagctatttttgaagccatctgcattgaggtggttgattgtatggtcttgtgtagtt
gi|8 : acaAAAGCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCC-----ACCCTGTCCAGATGTGT--TGCATGTAATT------TTATAGTACATAAGTCATGGTTGACACCAAATTTATT--G-GTTaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaagctatcagttcatgtatgtaaatctgtgtagaatttaa
gi|12 : GCTATCAGTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCC-----ACCCTGTCCAGATGTGT--TGCATGTAATT------CCATAATATATAACTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-GTTtggcagaggccttgacattgtgtctatggtttgcattgtagctaggcgaacttgctgtagtctggtctgtacattatgtcttggttattcataaataattatctctcttattattataagagataataaattaattattataaattaattaatacacccaaacaatactgaattcaaagttgttattaaa
gi|14 : ATCACTTCATG------TATGTAAAT-TTGTCCACACTGTCCAG-----ATGTGT--TGAATGTAATT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATT--G-GTTtggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcattgtagctaggcgcactcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatatttatatatata
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATACGACTCAAGACGTGTTTCGTTTAAATATTGATAATAATATAACCATACGGTTGAAACAGTTACTACTGAGATTGGTTCTCTGGTCTTGTGTTCTTGTTTGCATTGTATCTATTTAGTTGTGTTCGCCGTAGAC
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Alignments
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lowQualScore : ...... . . . . .. . ...... .. . .. .. . . . . . . .. .... . ........ . . . . ............... .... ........ ....... . ..... ....... ............ .... ..... . .. . . . . . ... . . . .. . . . ... . . . . . . ... . . .. .. . .. ... . . . . .. .. ... .. .. . . . . ...... . .
lowQualScore : 666666 3 4 4 0 22 0 888888 22 1 22 44 5 5 5 0 5 5 88 4444 7 88888888 8 0 1 1 222222222222222 5555 66666666 8888888 2 66666 6666666 111111111111 7777 11111 8 55 1 1 7 3 3 999 1 1 3 22 3 8 6 000 6 9 4 4 0 0 888 0 0 55 99 0 11 888 8 3 5 1 55 77 555 66 99 0 0 5 0 444444 7 7
consensus : AGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCGTCCNGTCCAGATGTGT--TGCATGTAAAT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GTTTGGCAGAGGCC-T-TGATATTGTGTC--TATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCGCTCG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-CAT-----ATA--TAT--ATAT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAACGAGCATCTG--A-A-A-G-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--AATT-ATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATA-TATGATTT-CACT-GTATCTNTA-T---GATCCAACGG-GTT-T--ATAAATCTGTCCTTTATATAGCATGTGA--GTAGTC---ATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGGTT
Reference ( family-1781 ) : AGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCGCCCNGTCCAGATGTGT--TGCATGTAANT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GTTTGGCAGAGGCC-T-TGATATTGTGTC--TATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCGCTCG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-CAT-----ATA--TAT--ATAT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAACGAGCATCTG--A-A-A-G-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--AATT-ATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATA-TATGATTT-CACT-GTATCTNTA-T---GATCCAACGG-GTT-T--ATNAANCTGTCCTTTATATAGCATGTGA--GTAGTC---ATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--TCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAANT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGGTT
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gi|1 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtCAAACATCTA--A-A-AAG-ATCCCAAATAATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTG--AATT-ACCTCCCTTTATGAAATAAATAAATAAA-TATA--------T-ATATTTATA-T----ATTTA------TT-T--ATTTATTTAT---TGATATAA-ATTT-ATTGTA-TCTCTATGA-TCC--AACGGGTT----------TATAAATCTGTC--TTTATATAGCATCTGAGTAGTCATGCATTCTTGACTGAATCCTAC--TCATATAA-GCTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCAGTCGAGTCCAGAAGTGTTACATGTAAAC------CCATAGCATATAAGTCATGGTCGGCACCAAGTTTA-T-TGGTTatctaaaaagatcccaaataatcgtaaattccgttgttgtgaattgaattacctccctttatgaaataaataaataaatatatatatttatatatttatttatttatttattgatataaatttattgtatctctatgatccaacgggtttataaatctgtctttatatagcatctgagtagtcatgcattcttgactgaatcctactcatataagctatcagttcatgtatgtaaattgtcagtcgagtccagaagtgttacatgtaaacccatagcatataagtcatggtcggcaccaagtttattggtttggcagaggctttgatattgtatctatgatttgcattgtagctaggcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatttccatctaaatatgtagcatatattgtgaattaacatctgaaaagattcctaaaattgttaattccgttgttatgaatttaattactccctttatgaaatatatataagaaagtatct
gi|1 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttcaatgAGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATT-GTCAGTCGAGTCCAGAAGTGT--TACATGTAAAC------CC--ATAGCA-TATAAGTCAT--GGTCGGCACCAAGTT--TA-T-T-G-GTTTGGCAGAGGCT-T-TGATATTGTATC--TATGATTTGCATTGTAGC----TAGG------CG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATTT-------C-CAT-----CTA---A-------------------ATATGTAGCAT----ATATT-----GTGAATTAACATCTGA-A-A-A-G-ATTCCTAA-AATTGT--TAATTCCGTTG-T-TATGAATTT--AATT-A-CTCCCTTTATGAAAT------ATATA-TAAGAtggcagaggctttgatattgtatctatgatttgcattgtagctaggcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatttccatctaaatatgtagcatatattgtgaattaacatctgaaaagattcctaaaattgttaattccgttgttatgaatttaattactccctttatgaaatatatataagaaagtatct
gi|10 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttcaatgcaaacatctaaaaagatcccaaataatcgtaaattccgttgttgtgaattgaattacctccctttatgaaataaataaataaatatatatatttatatatttatttatttatttattgatataaatttattgtatctctatgatccaacgggtttataaatctgtctttatatagcatctgagtagtcatgcattcttgactgaatcctactcatata--TCATGAATCCTTAACTGGGTCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTATGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGAATATAAGTCATGGTCAACACCTAATTTA-T-TGGTTaagtatct
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gi|2 : tgattatatctgatttttaaccttgattttaggttagacaaatgacttgtttattgtgtaacatcaataataatccgttcataagtgatctgattcactaataaagactgcaattaacatatatgttgttaatttactgtgttatgaaatgtgtactattctTATAAATCTGTCC-TTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACAGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCACTTCATGTATGTAAAT-TTGTCCACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAATT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGGTTtgtccaccctgtccagatgtgttgcatgtaattccatagtatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagaggccttgatattgtatcaatggtttgcattgtagctaggcgcactagccgtagtctagtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttctgaatttaattatctccc
gi|2 : tgattatatctgatttttaaccttgattttaggttagacaaatgacttgtttattgtgtaacatcaataataatccgttcataagtgatctgattcactaataaagactgcaattaacatatatgttgttaatttactgtgttatgaaatgtgtactattcttatatatcatgcattgtgaatgagcatccgaaaagatcctaaaaatcgtaaattacgttgttgggaatttaattatctccctttatgaaattaaatatataggaattcactgtatctatatgatctaacgggttAGCTATCACTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCACCCTGTCCAGATGTGT--TGCATGTAATT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GTTTGGCAGAGGCC-T-TGATATTGTATC--AATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCACTAG--------CCGTAGTCTAGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-C-------------------AT------------ATATATATCAT----GCATT-----GTGAATGAGCATCTGA-A-A-A-G-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TCTGAATTT--AATT-ATCTCCCtggcagaggccttgatattgtatcaatggtttgcattgtagctaggcgcactagccgtagtctagtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttctgaatttaattatctccc
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gi|22 : acaTACA-T---GAACTGATAG-CTT-T--ATAAATCTGTCCTTTATATAGCATGTGA--GTAGTC---ATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCAT---GTATGTAAAT--CTGTGaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaagctatcagttcatgtatgtaaatctgtgtagaatttaa
gi|24 : acaaatttacaCTGGTCTGAATATT-TAT-GTCTCAGGTTGCTCACA-A---------------AT-----------------TCA-------C-CAT-----TTA--TTT--ATA-------------AT-TATAACAT----tagaatttaa
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gi|5 : atcatagattgtgaatgtacatttgaaaggatccaaaatatcggatattccgttgttgtgatttcaaattagctccctttatgaaataaatacatatgatttcaacgtattttcatgatccaacggatttctatatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcattaatccttaactgaatactactcacataaAGCTATCAGAACAAT------TATG-G-GATTTGTCTCTACGGTTCAGACGTGGAACGCAT-TAGAT------C---ATTGTA-TATAATCTAT--GAATAAAACTATTTC--TATT-T-G-G-------TGGTTGATTCTAT-TG-TCT---TGTGTC--CTTGGTTTGCACTGTAGC----TGGGCGGGCTTG--------CCGTAGT----TTTATACATA-TA-----------TATTCATA-A---------------AT----AA---------------------G-CAT-----AT---TA---AGAT------------AT---TATCAT----ACCTTG-----TTAACGTGCATCTA--ACA-A-G-ATCCT-GA-AATCGA--AAGTACCGCTG-T-TACGATTTA--AATA-ATCTCCCTTTATGGAAA---TAGCTCTATTTTGATTT-CACT-ATATCTATA-T---GACCCAATGG-GTT-TCCATGTCTTCCCCTTAAATAGCGTTTTTGTAGTTAT-GCATTTCTAACTGGAATTTAC---TCATATAAAG-TATCAACACAACCTACAT---GCATACAAGCTATTTTTGAAGCCgttagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
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Alignments
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Reference ( family-1781 ) : AGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCGTCCNGTCCAGATGTGT--TGCATGTAAAT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GT-----TTGGCAGAGGCC-T-TGATAT---TGTGTC--TATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCGCTCG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-CAT-----ATA--TAT--ATAT------------ATATATATCAT----GCATTG-----TGAACGAGCATCTG--A-A-A-G-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--AATT-ATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATA-TATGATTT-CACT-GTATCTNTA-T---GATCCAACGG-GTT-TATAAATCTGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCAT-GAATCCTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAG-------TTCAT---GCATGTGAG-TAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGGTT
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gi|1 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttcaatgAGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATT-GTCAGTCGAGTCCAGAAGTGT--TACATGTAAAC------CC--ATAGCA-TATAAGTCAT--GGTCGGCACCAAGTT--TA-T-T-G-GT-----TTGGCAGAGGCT-T-TGATAT---TGTATC--TATGATTTGCATTGTAGC----TAGG------CG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATTT-------C-CAT-----CTA---A-------------------ATATGTAGCAT----ATATTG-----TGAATTAACATCTGA-A-A-A-G-ATTCCTAA-AATTGT--TAATTCCGTTG-T-TATGAATTT--AATT-A-CTCCCTTTATGAAAT------ATATA-TAAGAtggcagaggctttgatattgtatctatgatttgcattgtagctaggcgccgtagtctggtctgtacatttatgtcttggttattcacaaataattatttccatctaaatatgtagcatatattgtgaattaacatctgaaaagattcctaaaattgttaattccgttgttatgaatttaattactccctttatgaaatatatataagaaagtatct
gi|10 : gattgtctgtttgttaatagctcgatttcaagttagttcacgaagttaatgaagtgatatcccaaatatccttaataatttgaacttaaattcacctagcataaacaattgtctggacacactttctcattactgctattatcaagttttcgtaaaagtacttcggcaagcgtgcctagcttcaatgcaaacatctaaaaagatcccaaataatcgtaaattccgttgttgtgaattgaattacctccctttatgaaataaataaataaatatatatatttatatatttatttatttatttattgatataaatttattgtatctctatgatccaacgggtttataaatctgtctttatatagcatctgagtagtcatgcattcttgactgaatcctactcatata-TAGTCATGAATCCTTAACTGGGTCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T-GTATGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGAATATAAGTCATGGTCAACACCTAATTTA-T-TGGTTaagtatct
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gi|25 : tatcatac--A-A-A-G-ATCCTAAA-AATCGT--AAATACCATTG-T-TGCGAATTT--AATT-ATCTACCTATAT-ATATA--TATATATA-TATtaattaacataatt
gi|26 : aT---TGTGTC--CTTGGACTGCATTGTAGC----CAGACGTTCTCG--------CCGAAAATTTGTCTATAGATTCTAT-ataa
gi|27 : attctattgccGCTTGCATTGCGGA----TAGGCGCAATTG--------CCGTTATTTGGTCTG-ACATaa
gi|28 : cttttataatcttctatactttAAAT----AAATGTA-AATGATTT-CACT-TTATCTTCACT---GATCCAACAA-GTT-TCT--GTCTGTCCTTTA
gi|29 : atgtt----TAGGCGCGCTCG--------TCGTAGTCTGGTCTCTACCTT-TAT-
gi|3 : atatgtatgctcatgcgtatatatatgAACTATCTGTTCATG------TATGTA-AATT-GTCCGTCCAATCAAGAGGTTT--TGCATTAAAAT------CC--ATAGCA-TATAAGTCTT--GGTCGACACCAAATG--TA-T-T-T-GT-----TTGGCAGAGGCC-T-TTATAT---TATGTC--TATAGTTCGCATTGTAGC----TTTGCGCACTCG--------CCGTAATCTGGTCTGTACATT-TAT-GGCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AG--------TTATCT-------C-CAT-----ATA--TAT--ATAT------------ATATATATCAT----GCATTG-----TGAATGAGCATCTG--A-A-A-T-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--AATA-ACCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATA-TATGATTT-CACA-GTATTTCTA-T---GATCCATCGG-GTT-TATTAAGCTGTCCTTTATTTAGCATGTGAGTAGTCAT-GAATCTTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAG-------TTCAT---GTATGTAAA-T--TNNNNNNNNNNTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T-GTCCGTCCAGTTGAAATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGTTT
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gi|32 : tatatTTGCATTGTTGC----CAGACGTTCTCA--------CCGTAGTCTTGTCTGTAcatttctcagttctc
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gi|4 : atcatagattgtgaatgtacatttgaaaggatccaaaatatcggatattccgttgttgtgatttcaaattagctccctttatgaaataaatacatatgatttcaacgtatttAGGTATCAATTCATG------TATGTA-TATT-GTCCATACAGTCAAGATGTGT--TGCATGTAAATGTAAAACC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTTTACACCAGTTC--TA-TGC-G-GT-----TCG-TAGATGCT-T-TGCTAT---TGTGCC--TATGTTTTGCATTGTATC----TAGGCGCGCTCG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TTT-GTCT--GGTTGTTCACA-A---------------AT----AA--------TTGTCT-------C-CAT-----ATA--TATGAATATGTAGTTGTTAAAATATATAGCTTTAGCACATTAAACAATGAACGAGTATCTG--A-A-cgtagatgctttgctattgtgcctatgttttgcattgtatctaggcgcgctcgccgtagtctggtctgtacatttttgtctggttgttcacaaataattgtctccatatatatgaatatgtagttgttaaaatatatagctttagcacattaaacaatgaacgagtatctgaagttagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
gi|5 : atcatagattgtgaatgtacatttgaaaggatccaaaatatcggatattccgttgttgtgatttcaaattagctccctttatgaaataaatacatatgatttcaacgtattttcatgatccaacggatttctatatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcattaatccttaactgaatactactcacataaAGCTATCAGAACAAT------TATG-G-GATTTGTCTCTACGGTTCAGACGTGGAACGCAT-TAGAT------C---ATTGTA-TATAATCTAT--GAATAAAACTATTTC--TATT-T-G-G-------TGGTTGATTCTAT-TG-TCT---TGTGTC--CTTGGTTTGCACTGTAGC----TGGGCGGGCTTG--------CCGTAGT----TTTATACATA-TA-----------TATTCATA-A---------------AT----AA---------------------G-CAT-----AT---TA---AGAT------------AT---TATCAT----ACCTTG-----TTAACGTGCATCTA--ACA-A-G-ATCCT-GA-AATCGA--AAGTACCGCTG-T-TACGATTTA--AATA-ATCTCCCTTTATGGAAA---TAGCTCTATTTTGATTT-CACT-ATATCTATA-T---GACCCAATGG-GTT-TCCATGTCTTCCCCTTAAATAGCGTTTTTGTAGTTAT-GCATTTCTAACTGGAATTTAC---TCATATAAAG-TATCAACACAACCTACAT---GCATACAAGCTATTTTTGAAGCCgttagtaacatcagtagatttgattatagatatatatttcaatacttcataaaggggcattcaagaagtaaccgattgctgtttcgattgttgc
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gi|7 : ccttaactggatcctactcatataaA-TATGCTTTTCTTT-ATATATTTA-TCATGATCCAACGG-GTT-TCTAAATTGGTCCTCTATATAGCATGTGAGTAGTCAT-GAATCCTTAACTGAATCTTAT---TCCTATAAAGCTATCAG-------TTAAT---GTATGTAAA-TTGTCgctattcaaatacattctctgcatattcatttgtttgttgtttcttcaatt
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blockSeqs : . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . CAT . . . A . . . . . . T . . A . . G . . . . T . . . . AA . T . AG . . . . . . .
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Reference ( family-1781 ) : AGCTATCAGTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCGTCCNGTCCAGATGTGT--TGCATGTAAAT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GT-----TTGGCAGAGGCC-T-TGATAT---TGTGTC--TATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCGCTCG--------CCGTAGTCTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-CAT-----ATA--TAT--ATAT------------ATATATATCAT----GCATTG-----TGAACGAGCATCTG--A-A-A-G-ATCCCAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--AATT-ATCTCCCTTTATGAAAT---TAAATATA-TATGATTT-CACT-GTATCTNTA-T---GATCCAACGG-GTT-TATAAATCTGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCAT-GAATCCTTAACTGGATCCTAC---TCATATAAAGCTATCAG-------TTCAT---GCATGTGAG-TAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC--TCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAT------CCATAGTATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTA-T-TGGTT
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gi|13 : --TA-T-T-G--T-----TTGGCAGAGGTC-T-TGATAT---TGTATC--TATGGTTTGCATTGAAGC----TAGGCGCACTCG--------CCGTTATCTGGTCTGTACAAT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATC-------------------------T--ACAT------------ATATATATCAT----GCATTG-----TAAATGAGCATCTGA-A-A-A-G-ATCCAAAA-AATCGT--AAATTCCGTTG-T-TGTGAATTT--TATT-ATCTCata
gi|14 : aaccatagatgcaaATCACTTCATG------TATGTA-AATTTGTCCACACTGTCCAGATGTGT--TGAATGTAATT------CC--ATAGTA-TATAAGTCAT--GGTCGACACCAAATT--TA-T-T-G-GT-----TTGGCAGAGGCC-T-TGATAA---TGTATC--TATGGTTTGCATTGTAGC----TAGGCGCACTCG--------CCGTAGTTTGGTCTGTACATT-TAT-GTCTT-GGTTATTCACA-A---------------AT----AA--------TTATCT-------C-CAT-----
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