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lowQualScore : 7 33 22 00000000 5 666666666666 0 0 55555 555555555555555 55 0 4444 77 7 8 0000000 6 222222222222222 11 3 7 000 44444 0 00000 000 66 88 0 1 99999999999999999999999999999999999999999999 0 44 2 00000000 7 3 999999999999999999999999 9 00 0000000 000 0 8 3 888 2 0 11111111111111111 4 4 7 4 4 9 4 0 6 3333 00000 22 888 6 6 00 5 00000000 3 4 3 6 1111 3 5 888 8888888 3 22 2 1111 3 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 3
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Reference ( gi|2 ) : TTATCTCTTCA-AATTAGGGCTC----CT-GCTCTAATAGT--C--G---CA-C-CC-C-----ATCCCTGGGCAAGGGGC-A-------TG--GGTATTATATTTTGCTGAAAA-TTAT--GGTCACGGAATGCAAATGATTAGGCCAGTGCA-------GAAATACAAAGATC--------------AACACCTACCTG---AGCA-TA-CTCTTCGTT-A-----AA---ACCAATTCATATAATT-GATTGTTTTGA------C-----AATT-----A--------C-----C-CTG---CATA-ACAAGAAGAAGTCGAATCGTGGCTATATA-CACTGCTTA--------TTAGTGTGTGTACATTATTGATTTGTGCTTTGAACAGGACA--GATAAATATTG---AGTGACAAT---T---G---GTG---CA-A-ACTGATGTTT-T-TATCCAAATAAGT-ATC--ATTGAA-----TGACAATTGCCTCTGCA-A-ACTGATGT--ATGTAT-------CCATATAAATATCATTG----ATT-TTAATGTAAT---TTTGATGATTTTAT-------ACCAAT-TTGGTACATTTTTCT-T--A-A--AATT----------AAAT----AAAATTGCA---CA----TTTTTGG-----TGTAA--AAATATGTA
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gi|21 : ATTAGGCAAGTACA-------GCAATGCAATGATC--------------GACACTTACCTG---AGCA-AA-TTCTTCGTT-A-----AA---ACCAATTCATAT--TT-GAatattttgggctcaaatagacacactccatctgtaaaatgcgacatacctggttaagttaattagaagaattacgccatcatcacctttt
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gi|11 : TGATTTGTGCTTCAATTGGGACC--AGTAAAGACTG---AATGACAAT---T---G---CTG---CA-A-ACTGATGTTT-T-TATCCACATAAAT-ATC--GTTGA-----------------TTT-CA-A-TGTTATTT--AT---T-------TTATACCAAT----TTGAAACATT-TTACTACAAA---AT--ATGATGTTGT-------ATCTAT----GT-CTTTTTTTT-G--A-A--AATT----------AAAA----AAAAATGCT---TA----TTTTGGG-----ttttaaggtcattttgatgattttatacaaatgtggtcattttttctagaaattgatttttcaaaaatataaaaaactgcatattttgggctcaattttacagacgcttcccttctgtaaatttctacgcacctgggtgcattaatttagtattgatgccatacat
gi|10 : cCAGATAAGT-AG-----TGAG-----TGGTGATCGCTGCTGCA-A-ACTTATAT--ATTTAT-------CCACATAAATATTATTG----ATT-TTAAGGTCAT---TTTGATGATTTTAT-------ACAAAT-GTGGT-CATTTTTTC-T--AGA--AATTGATTTTTCAAAAATATAAAAAACTGCA---TA----TTTTGGG-----ctctaatgtgacacgcccttgcacattaattaggagaaatacggtacatat
gi|1 : ttactgatttacactttgaacgtaaTAAGT-AG-----TGAA-----CAACGATTGCTGCTACA-A-ACTGATGT--ATCTAT-------TCACATAAATATCATTG----ATT-TTAATGTTAT---TTTGATGATTTTAT-------AACAAT-CTGACACATTT---T-C--A-A--AA------------AAA-----AAAA--GAG---TA----TTTTT---------TGA--AAATGTctcaattttacagacgcttcccttctgtaaatttctacgcacctgggtgcattaatttagtattgatgccatacat
gi|5 : gtgatttacctgtaccttttcctcttaattaacgctgcaatcctagttgttgcacatccattgcttggagagggtcgccccgactgacggtattatattttgctgaaaattatgttcacggaatgcaaatgattatgcaaatgcagaaatacaaagatcaatgcttacttgaggaaattctttgttaagaccaatttgattggtttggcaactcaattaccttgtgtaataagtggatgtcatatcctgtctatacactgcttagtttattgtccagatattattgatttgggtatcaaatggaaccggC--AGTGAA-----CGAAGATCGC---TAAA-A-ACTGATGT--ATTTAT-------CCACAAAAATGTCATTG----ATT-ATAATGTTTT---TTTGATGATTTTAT-------ACCAAC-TTTGCA-ATTTTTTC-TAAA-A--AAAC----------AAAT----AATGTTGTG---AATGTTTTTTTGAAAAT-TTTAA--AAATA-GTAtaaaacttgcatattttgagctcaaatagccacaccctgtctcagacgcatttattaggagaagtatggtaa
gi|11 : gtaattaacgcttttgttctaatagtagcgcccccatcccagggcgaggggcatgttcatgaaacagaaatgattaggctagtgccgaaatgcaaaggtcaatgcttacttagcaatttttgttaattccaattcatattcaattgtttaccatgcataataagtgtaagtgagatcctgtctatacatcacttattttattgtgcagatattactgatgtgatgggtgaa--ACTGAA-----TGACAATTGC---TGCA-A-ACTGATGT--TTTTAT-------CCACATAAATATCGTTG----ATT-TCAATGTTAT---TT-----ATTTTAT-------ACCAAT-TTGAAACATTTTACTAC--A-A--AATtatcttggactcaaatagatgcgccccaactgtaaaaagcaacat
gi|6 : ctgatttgtgcttcaattgggaccagtaaagTGAA-----TGATGATCACCTTTGCA-A-ACCGATGTGTATATAT-------ACACATAAATATCAGTG----ATT-TTAATATTATTAATTTGATGACTTTAT-------ACCAAT-TTAACACGATTTTCT-A--A-AACAATT----------Aatgatgttgtatctatgtcttttttttgaaaattaaaaaaaaatgcttattttgggctctaatgtgacacgcccttgcacattaattaggagaaatacggtacatat
gi|9 : ctcataattaatgctgccgtgctaataatcatgcccccatctctgggcaaaggcattatattttgcgaaattaaactattaggcaagtgtaaaaatacaaagaccaatgcttacctgagcaaattctttatcaaaattaattcatattcaatttttttaaacatttcaattagcccatgtacaggcagaagtaaaatcctgcctatacatcgcttagtttattgttcagatattgatttgcgcttccaatggaaccagtaaattgGAA-----TGACGATTGCCGATGCACATATTGATGT--ATTTAC-------CGACATAATTATCATTG----ATT-TTAATGTTAT---TTTGACGGTTTTAT-------ACCAAT-TAGATACATTTTTTT-T--T-A--A-------------AAAG----AATATT-------A----TTTTTccgtatattcacttattaacacccccactctaataaacg
gi|4 : tattagattgttttgacagttcaatcaccgcacatgtcaagtgtgagtcaaatcctgtatatgcccagtttagcttattgtgcagagtctattgatttatgcttcaaacgggactgataaaagaGTA-A-ACTGCTGT--ATTGCT-------TCACATAA-TATTATTG----ATT-TCAAAGGTAT---TTTGATGGTTTTAT-------ACCAAC-TTGACACATTTTTC--T--A-A--AACT-----------AAT----AATGTTGTA---AG----TGTTT-------TGTGA--AAATATtttaacattttaaaaattgcata
gi|15 : ccatattccttttattatagcctagccctaataattgtgtccccgtccctcaaggagttgtgcagatattacattttgtggacaattatattcacggaatgccaatgatatggtaagtgcagaaatacgaagatatcgcttacctaagcaaattcttctttaaaaccaattcaatttttttgacagttgaattacggtagcctgtataacatgcagaagacaaaccctgtctatattattgtgcagacccgtaaataGTA-A-ACTGATGT--ATTTATTATTTAGCCACATTAATGTAACTG----ATT-TTAATGTTAT---TTTAATGATTTTAT-------ACCAAT-TTTACACAATTTTGT-T--A-A--A-------------AAAT----AAGACTaaaaataaagatgcaccctgtccgtaaactgcagacgccctgcttctttcattaggagaaatacggtataaa
gi|14 : ATATTAT-G----ATT-TTAATGTTAT---TTTGATTATTTTAT-------ACAAAA-TTG--ACATGTTTCTCT--A-A--CA------------AAGT----AATGTTGTGTGTCT----TTTTTGAAATTTTGTAA--AAATttttttataacatcaaaaagagctgtcaggtctgtaaaatgcaatgtgcccaggtaacctaattagaggagatatacag
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGCAGAAAGATGTAGTTTGTAAGAGTTGGTCAGTGTTGGATTTATGTCGATATTTGGTAATTTGACAAGTTTTTCTAAAAAAATAATGTTGTAAGTCATATTATTGACCCAAATAACGGGCCCCTTCTGTAAAATGCAACACGCCCAGGTGCTTTAATTAGGAGAAATACGGTGTCCACAAAAGTATAATGCCTAC
Unaligned ( gi|19 ): AAATTTCAAAACTTACATATTTTGGGCTCAAATAAACACATTCTGTCAGTAAAATGCGACACCCCCAGGTACATTTATTAGAACAAATATGGTATA
Alignments
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Reference ( family-1659 ) : NTATTTCTCCTAATTAACGCTC----CCGC-CCTAATAGTCGCG--C-CC-C-----ATCCCTGGGCGAGGGGCGC-------G--GGTATTATATTTTGCGGAAAATTATGTT----CACGGAATGCAAATGATTAGGCAAGTGCA-------GAAATGCAAAGATC--------------AACGCTTACCTGAGCA-A-ATTCTTCGTTA-----AA---A-CCAATTCA-TAT--TCGATTGTTTTG--A--A---TTCA-A-TTA--C-----C-CTG---CGTAACAAGCGGAAGTCAAATCCTGTCTATATACACTGCTTAGC------TTATTGTGCAGATATTATTGATTTGCGCTTCGAACGGGACCGG---TAAGT----AGTGAACGACGAT---CGC---TG---C---A-A-ACTGA--TGTATTTATCCACATAAATATCATTGAACGACGATCGCCGCTGCA-A-ACTGATGT--A-TTTAT-------CCACAT---AAATATCATTGATT-TTAATGTTAT---TTTGATGATTTTATACCAATTTGACACATTTT-TTTT--A-A--AATT----------AAAT----AA-NATTG------C--GTATTTT-TG---G----TNTAAAAATATGTA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|4 : ccatattccttttattatagcctagccctaataattgtgtccccgtccctcaaggagttgtgcagatattacattttgtggacaattatattcacggaatgccaatgatatggtaagtgcagaaatacgaagatatcgcttacctaagcaaattcttctttaaaaccaattcaatttttttgacagttgaattacggtagcctgtataacatgcagaagacaaaccctgtctatattattgtgcaGTA-A-ACTGCTG-T--A-TTGCT-------TCACAT---AA-TATTATTGATT-TCAAAGGTAT---TTTGATGGTTTTAT-------ACCAAC-TTGACACA-TTT-TTCT--A-A--AACT-----------AAT----AA-TGTTG------TAAGTGTTTTGTGAAAA----TATAA--AAATAtttcaaaggtattttgatggttttataccaacttgacacatttttctaaaactaataatgttgtaagtgttttgtgaaaatataaaaataaagatgcaccctgtccgtaaactgcagacgccctgcttctttcattaggagaaatacggtataaa
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gi|9 : ttataaaaaaaaaaaaacacaaaatgaaaactgtggatagcaaattctttgttaaaatcaattcaaatttggttgttttgataattcaattaccccccataagaaggggaagtcaaatcctgtctatacacctcttagttaattgtgtggataacattgatatgtacttcaagtggaactaagactaagtgaa-TAT--TAGATTGTTTTG--ACAG---TTCA-A-TCAC-----CG-----CACATGTCAAGTGTGAGTCAAATCCTGT--ATATGCCCAGTTTAGC------TTATTGTGCAGAGTCTATTGATTTATGCTTCAAACGGGACT-------GATAAA-AGAGAATGACGAT---TGCCGATG---C---ACATATTGA--TGTATTTACCGACATAATTATCATTGAcggtaaattgcaattcgtttttttcccgaaaatttcaaaaattgcatattttcagcttaaaaaggcaccctaagtaattaggagaaatatgttaaat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1659 ) : NTATTTCTCCTAATTAACGCTC----CCGC-CCTAATAGTCGCG-CCCC----C-ATCCCTGGGCGAGGGGCGC-------G--GGTATTATATTTTGCGGAAAATTATGTT----CACGGAATGCAAATGATTAGGCAAGTGCA-------GAAATGCAAAGATC--------------AACGCTTACCTGAGCA-A-ATTCTTCGTTA-----AA---A-CCAATTCA-TAT--TCGATTGTTTTG--A--A---TTCA-A-TTAC-----CC-----CGCGTAACAAGCGGAAGTCAAATCCTGTCTATA--CACCGCTTAGC------TTATTGTGCGGATATTATTGATTTGCGCTTCGAACGGGACC-------GGTAAATAGTGAACGACGAT---CGC---TG---C---A-A-ACTGA--TGTATTTATCCACATAAATATCATTGAACGACGATCGCCGCTGCA-A-ACTGATG-T--A-TTTAT-------CCACAT---AAATATCATTGATT-TTAATGTTAT---TTTGATGATTTTAT-------ACCAAT-TTGACACGTTTT-TTTT--A-A--AATT----------AAAT----AA-NATTG------C--GTATTTT-TG---G----TTTAA--AAATATGTA
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gi|8 : ggcaaggagcgtgggtattatattttgtggtaaattatgttcacagaatacaaatgattaggcaagtgctgaaatgcaaatattgacgcttgactgagcagtctttttcattatgattaatgtacaaactcatatttcattatgttgacgattcatactcaccccctatctcgtaacaagtggaagtcaaatcctgtcaaaacactgcttagcttattgtgcaatgatttgtgtttcggaaccggtaagtattgaacaacgataaccactgcaaacAGCA-A-ATTCTTTGTTA-----AA---A-TCAATTCA-AAT--TTGGTTGTTTTG--ATAA---TTCA-A-TTAC-----CC-----CCCATAAGAAGGGGAAGTCAAATCCTGTCTATA--CACCTCTTAGT------TAATTGTGTGGATAACATTGATATGTACTTCAAGTGGAACTAAGACTAAGTGAACAGTGAACAATGATCACCGC---TG---C---A-A-ACTCA--TGTATTTGTCTACATTATTATGATtagacacactccatctgtaaaatgcgacatacctggttaagttaattagaagaattacgccatcatcacctttt
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gi|9 : ttataaaaaaaaaaaaacacaaaatgaaaactgtggatagcaaattctttgttaaaatcaattcaaatttggttgttttgataattcaattaccccccataagaaggggaagtcaaatcctgtctatacacctcttagttaattgtgtggataacattgatatgtacttcaagtggaactaagactaagtgaa-TAT--TAGATTGTTTTG--ACAG---TTCA-A-TCAC-----CG-----CACATGTCAAGTGTGAGTCAAATCCTGTATATG--CCCAGTTTAGC------TTATTGTGCAGAGTCTATTGATTTATGCTTCAAACGGGACT-------GATAAA-AGAGAATGACGAT---TGCCGATG---C---ACATATTGA--TGTATTTACCGACATAATTATCATTGAcggtaaattgcaattcgtttttttcccgaaaatttcaaaaattgcatattttcagcttaaaaaggcaccctaagtaattaggagaaatatgttaaat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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