lowQualScore                  :                    3333333                   111111111111   111            11                                     1                   222222222222222222222222222          11111                       
lowQualScore                  :               555  4444444                   444444444444   000  33 22   0 55   9999999     3 9    44        2    1  555   11         333333333333333333333333333          77777              0        
lowQualScore                  :               ...  .......                   ............   ...  .. ..   . ..   .......     . .    ..        .    .  ...   ..         ...........................          .....              .        
lowQualScore                  :               444  6666666                   666666666666   777  99 11   5 11   3333333     0 0    22        2    2  444   33         444444444444444444444444444          44444              9        
consensus                     :   AATGAACTGACC---TAT------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATN--TA--TGGGATATGGCTT-------ATTTTNGAACAT--ATTTTAATTGTCAAAG---CTACTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATGN--ATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
Reference ( gi|6 )            :   AATGAACTGACC---TA-------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATT--TA--TGGGATGTGTCTT-------ATTTTTGTACAT--ATTTTAATTGTCACAG---CTACTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATTT--GTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|7                          :   AATGAACTGACC---TA-------AATAGTTTGGCTGCAATGG------------AATT--CA--TGGGATGT--CTT-------ATTTTTGTACAT--ATTTTAATTGTCACAG---CTATTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATTT--GTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|8                          :   AATGAACTGACC---TA-------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATT--TA--TGGGATGTGTCTT-------ATTTTTGAACAT--ATTTTAATTGTCAAAG---CTACTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATTT--ATAGAATCAGCTGAAGAGGGa
gi|5                          :   AATGAACTGACC---TA-------AATAGTTTGGCTGCAATGG------------AATT--CA--TGGGATGT--CTT-------ATTTTTGTACAT--ATTTTAATTGTCACAG---CTTTTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATTT--GTAGTATCAGATGAAGAGGGTATT
gi|13                         :   AATGAACTGACC---TAT------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATA--TA--TGGGATGTGTCTT-------ATTTTTGAACAT--ATTTTAATTGTCAAAG---CTACat
gi|3                          :   AATGAACTGACT---TAT------GATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATA--TA--TTAGATATAGATT-------ATTTTAGAACAT--ATTTTGATGGTTAAAG---ATTC-TATCATGCTATACGGGGGA---------T-------TTGTATATATGA--ACAGTATCAGCTGAATAAGGTATT
gi|1                          :    ATGAACTGACC---TAT------GATGGTTTGGCTGCAATGG------------GATA--TA--TAAAATATAGCTT-------ATTTTAGAACAT--ATTTTGATAGTTAAAG---CTA-TTATCATGCT---------ATACGGAGGCT-------TTGTATATATGA--ACAGTAACAGCTGAATAAGGTATT
gi|9                          :   gATGAACTGACCTTTTA-------CA---TTTGGTTGTAATGG------------AATA--TA--TAAAATATGGCTT-------ATTTTAGAACAT--ATTTTGATGGTTAAAA---CTAC-TATCATGCT---------A-----------------TAGTATATATa
gi|18                         :    ATGAACTGACC---TAT------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATga
gi|16                         :    ATGAACTGATC---TAT------GACGGTTTGATTGTAATGG------------AATA--TA--TCAAATATGGCTT-------ATTTTac
gi|2                          : gagATAAGTTGACC---TACATGTATAGTGATTTGGCTCTAATGGTGTTCCTTTATTAATT---A--TG--ATGT-TCTTTGATTCTACTTTTATG-ATTAAGTTTA-TTATCA-AG---TTA--TACCA-G-T---------G---------T-------TTGTATATATGC--CTAGTATCAGCTGAAag
gi|15                         :    gTAAACTGACC---TAT------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------TATT--TA--Tca
gi|11                         :    gTAAACTGACC---TAT------AATAGTTTGGCTGCAGTAG------------AAT----------------TCCT-------ATATTAAT-TAT--ATTTTA-----C-CAGATCCTACTT-T-------------------------T-------TTGTATATAAGC--CTAGTATCAGCTGtatattttactagatccttctttttt
gi|4                          :      aggCTGACC---TAT------AATGGTTTGGCTGCAATGG------------AATTCCTATCTTAAATATAGCTT-------A-CTTAGAACAT--ATTTCGAAGGTTAAAG---CTGCTC-TCATGCT---------A---------TACGGGGATTTTGTATATTTGAGCAGTATCGGCTGAA
gi|10                         :                                             G------------AATA--TA--TGGGATACGACTT-------ATTTTTGAACAT--ATTTTAATTGCTAAAG---CTACTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATGA--ATAGTATAAGCTGAAAAGGGTATTtaag
gi|12                         :                                                              --TA--TGGGATATGACTT-------ATATTTGAACGT--ATTTTAATTGTTAAAG---CTACTTATCATGCT---------A---------T-------TTGTATATATGA--ATAGTATCAGCTGAAAAGGGTATTat
gi|14                         :                                                                             aCTT-------ATTTTAGAACGT--ATTTTGATGGTTAAAG---CTACT-ATCATGCT---------A---------T-------ACATATACATGA--ACAGTACCAGCTGAAAAAGGTATTat
gi|17                         :                                                                                                                                    GCT---------A---------T-------TTGTATATATTT--ATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATTa





Alignments
lowQualScore                  :                1111111                      1111111                                                            3333333333333333333333333333                                    
lowQualScore                  :                3333333                      0000000  33 3      88        1              3      2               1111111111111111111111111111           1                        
lowQualScore                  :                .......                      .......  .. .      ..        .              .      .               ............................           .                        
lowQualScore                  :                2222222                      3333333  77 0      33        9              1      9               9999999999999999999999999999           0                        
consensus                     :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNGTCAAA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
Reference ( family-155 )      :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATTGTCAAA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|1                          :   ATGAACTGACCTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGGAT--A----TA--TAAAATATAGCTTATTTTAGAACATATTTTGATAGTTAAA-GCTA-TTATCATGCT---------ATACGGAGGCT--------TTGTATATATGAACAGTAACAGCTGAATAAGGTATT
gi|10                         :                                        gGAAT--A----TA--TGGGATACGACTTATTTTTGAACATATTTTAATTGCTAAA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATAAGCTGAAAAGGGTATTa
gi|11                         :    TAAACTGACCTA------TAATAGTTTGGCTGCAGTAGAAT--T----CC--T---ATAT---TAATT-------ATATTTTA----CCAGATCCTACTT-T-------------------------T--------TTGTATATAAGCCTAGTATCAGCTGat
gi|12                         :                                             agg----TA--TGGGATATGACTTATATTTGAACGTATTTTAATTGTTAAA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATCAGCTGAAAAGGGTATT
gi|13                         : aAATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTGTCAAA-GCTACat
gi|14                         :                                                                  CTTATTTTAGAACGTATTTTGATGGTTAAA-GCTACT-ATCATGCT---------A---------T--------ACATATACATGAACAGTACCAGCTGAAAAAGGTATT
gi|15                         :    TAAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGTAT--T----TA--Ta
gi|16                         :  gATGAACTGATCTA------TGACGGTTTGATTGTAATGGAAT--A----TA--TCAAATATGGCTTATTTTAGtatattttactagatccttctttttt
gi|17                         :                                                                                                          gagGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|18                         :   ATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--at
gi|2                          :   ATAAGTTGACCTACATGTATAGTGATTTGGCTCTAATGGTGT--TCCTTTA--TTAATTATGATGT-TCTTTGATTCTACTTTTATGATTAAG-TTTA-TTATCAAGTT---------A---------TACCAGTGTTTGTATATATGCCTAGTATCAGCTGAAac
gi|3                          : gAATGAACTGACTTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TTAGATATAGATTATTTTAGAACATATTTTGATGGTTAAA-GATTC-TATCATGCTATACGGGGGA---------T--------TTGTATATATGAACAGTATCAGCTGAATAAGGTATTca
gi|4                          :        CTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAATTCC----TATCTTAAATATAGCTTA-CTTAGAACATATTTCGAAGGTTAAA-GCTGCTC-TCATGCT---------ATACGGGGATT--------TTGTATATTTGAGCAGTATCGGCTGAA
gi|5                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTGTCACA-GCTTTTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGATGAAGAGGGTATTtaag
gi|6                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGTACATATTTTAATTGTCACA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATTat
gi|7                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTGTCACA-GCTATTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|8                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTGTCAAA-GCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGAATCAGCTGAAGAGGGa
gi|9                          :   ATGAACTGACCTT------TTACA-TTTGGTTGTAATGGAAT--A----TA--TAAAATATGGCTTATTTTAGAACATATTTTGATGGTTAAA-ACTAC-TATCATGCT---------A------------------TAGTATATATG





Alignments
lowQualScore                  :                1111111                      1111111                                                            3333333333333333333333333333                                    
lowQualScore                  :                3333333                      0000000  33 3      88        1              1 2                    1111111111111111111111111111           1                        
lowQualScore                  :                .......                      .......  .. .      ..        .              . .                    ............................           .                        
lowQualScore                  :                2222222                      3333333  77 0      33        9              0 9                    9999999999999999999999999999           0                        
consensus                     :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
Reference ( family-155 )      :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|1                          :   ATGAACTGACCTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGGAT--A----TA--TAAAATATAGCTTATTTTAGAACATATTTTGATAG-TTAAAGCTA-TTATCATGCT---------ATACGGAGGCT--------TTGTATATATGAACAGTAACAGCTGAATAAGGTATT
gi|10                         :                                        gGAAT--A----TA--TGGGATACGACTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-CTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATAAGCTGAAAAGGGTATTa
gi|11                         :    TAAACTGACCTA------TAATAGTTTGGCTGCAGTAGAAT--T----CC--T---ATAT---TAATT-------ATATTTTACCAGATC----CTACTT-T-------------------------T--------TTGTATATAAGCCTAGTATCAGCTGat
gi|12                         :                                             agg----TA--TGGGATATGACTTATATTTGAACGTATTTTAATTG-TTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATCAGCTGAAAAGGGTATT
gi|13                         : aAATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACat
gi|14                         :                                                                  CTTATTTTAGAACGTATTTTGATGG-TTAAAGCTACT-ATCATGCT---------A---------T--------ACATATACATGAACAGTACCAGCTGAAAAAGGTATT
gi|15                         :    TAAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGTAT--T----TA--Ta
gi|16                         :  gATGAACTGATCTA------TGACGGTTTGATTGTAATGGAAT--A----TA--TCAAATATGGCTTATTTTAGtatattttactagatccttctttttt
gi|17                         :                                                                                                          gagGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|18                         :   ATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--at
gi|2                          :   ATAAGTTGACCTACATGTATAGTGATTTGGCTCTAATGGTGT--TCCTTTA--TTAATTATGATGT-TCTTTGATTCTACTTTTATGA-TTAAGTTTA-TTATCAAGTT---------A---------TACCAGTGTTTGTATATATGCCTAGTATCAGCTGAAac
gi|3                          : gAATGAACTGACTTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TTAGATATAGATTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAGATTC-TATCATGCTATACGGGGGA---------T--------TTGTATATATGAACAGTATCAGCTGAATAAGGTATTca
gi|4                          :        CTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAATTCC----TATCTTAAATATAGCTTA-CTTAGAACATATTTCGAAGG-TTAAAGCTGCTC-TCATGCT---------ATACGGGGATT--------TTGTATATTTGAGCAGTATCGGCTGAA
gi|5                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTTTTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGATGAAGAGGGTATTtaag
gi|6                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATTat
gi|7                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTATTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|8                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGAATCAGCTGAAGAGGGa
gi|9                          :   ATGAACTGACCTT------TTACA-TTTGGTTGTAATGGAAT--A----TA--TAAAATATGGCTTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAACTAC-TATCATGCT---------A------------------TAGTATATATG





Alignments
lowQualScore                  :                1111111                      1111111                                                            3333333333333333333333333333                                    
lowQualScore                  :                3333333                      0000000  33 3      88        1              1 2                    1111111111111111111111111111           1                        
lowQualScore                  :                .......                      .......  .. .      ..        .              . .                    ............................           .                        
lowQualScore                  :                2222222                      3333333  77 0      33        9              0 9                    9999999999999999999999999999           0                        
consensus                     :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
Reference ( family-155 )      :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|1                          :   ATGAACTGACCTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGGAT--A----TA--TAAAATATAGCTTATTTTAGAACATATTTTGATAG-TTAAAGCTA-TTATCATGCT---------ATACGGAGGCT--------TTGTATATATGAACAGTAACAGCTGAATAAGGTATT
gi|10                         :                                        gGAAT--A----TA--TGGGATACGACTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-CTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATAAGCTGAAAAGGGTATTa
gi|11                         :    TAAACTGACCTA------TAATAGTTTGGCTGCAGTAGAAT--T----CC--T---ATAT---TAATT-------ATATTTTACCAGATC----CTACTT-T-------------------------T--------TTGTATATAAGCCTAGTATCAGCTGat
gi|12                         :                                             agg----TA--TGGGATATGACTTATATTTGAACGTATTTTAATTG-TTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATCAGCTGAAAAGGGTATT
gi|13                         : aAATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACat
gi|14                         :                                                                  CTTATTTTAGAACGTATTTTGATGG-TTAAAGCTACT-ATCATGCT---------A---------T--------ACATATACATGAACAGTACCAGCTGAAAAAGGTATT
gi|15                         :    TAAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGTAT--T----TA--Ta
gi|16                         :  gATGAACTGATCTA------TGACGGTTTGATTGTAATGGAAT--A----TA--TCAAATATGGCTTATTTTAGtatattttactagatccttctttttt
gi|17                         :                                                                                                          gagGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|18                         :   ATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--at
gi|2                          :   ATAAGTTGACCTACATGTATAGTGATTTGGCTCTAATGGTGT--TCCTTTA--TTAATTATGATGT-TCTTTGATTCTACTTTTATGA-TTAAGTTTA-TTATCAAGTT---------A---------TACCAGTGTTTGTATATATGCCTAGTATCAGCTGAAac
gi|3                          : gAATGAACTGACTTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TTAGATATAGATTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAGATTC-TATCATGCTATACGGGGGA---------T--------TTGTATATATGAACAGTATCAGCTGAATAAGGTATTca
gi|4                          :        CTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAATTCC----TATCTTAAATATAGCTTA-CTTAGAACATATTTCGAAGG-TTAAAGCTGCTC-TCATGCT---------ATACGGGGATT--------TTGTATATTTGAGCAGTATCGGCTGAA
gi|5                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTTTTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGATGAAGAGGGTATTtaag
gi|6                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATTat
gi|7                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTATTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|8                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGAATCAGCTGAAGAGGGa
gi|9                          :   ATGAACTGACCTT------TTACA-TTTGGTTGTAATGGAAT--A----TA--TAAAATATGGCTTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAACTAC-TATCATGCT---------A------------------TAGTATATATG


blockSeqs                     :                CATGTAT                      TCCTT    TC G      GA        T              T A                    ATACGGGGGAT                            A
blockSeqs                     :                T                            TCC      .  G      GA        T              A .                    ATACGGGGATT                            C
blockSeqs                     :                T                            A        .  G      GT        T              T .                    ATACCAGTGT                             A
blockSeqs                     :                T                            T        .  C      GG        A              T .                    AT                                     A
blockSeqs                     :                T                            A        .  T      GA        A              G .                    AT                                     T
blockSeqs                     :                T                            T        .  T      AG        T              G .                    AT                                     C
blockSeqs                     :                T                            A        .  T      AG        A              G .                    AT                                     A
blockSeqs                     :                T                            A        .  G      GT        A              G .                    AT                                     A
blockSeqs                     :                T                            T        .  G      GT        T              T .                    AT                                     T
blockSeqs                     :                .                            T        .  G      GG        T              T .                    AT                                     T
blockSeqs                     :                .                            T        .  G      .         T              T .                    AT                                     T
blockSeqs                     :                .                            T        .  A      .         T              T .                    T                                      T
blockSeqs                     :                .                            A        .  .      .         A              G .                    A                                       
blockSeqs                     :                                                      .                   .                                                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                                AT**************************
originalCons                  :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
finalCons                     :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCTAT--------------------------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT





Alignments
lowQualScore                  :                1111111                      1111111                                                            3333333333333333333333333333                                    
lowQualScore                  :                3333333                      0000000  33 3      88        1              1 2                    1111111111111111111111111111           1                        
lowQualScore                  :                .......                      .......  .. .      ..        .              . .                    ............................           .                        
lowQualScore                  :                2222222                      3333333  77 0      33        9              0 9                    9999999999999999999999999999           0                        
consensus                     :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
Reference ( family-155 )      :  AATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--N----TA--TGGGATATGGCTTATTTTNGAACATATTTTAATNG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGNATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|1                          :   ATGAACTGACCTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGGAT--A----TA--TAAAATATAGCTTATTTTAGAACATATTTTGATAG-TTAAAGCTA-TTATCATGCT---------ATACGGAGGCT--------TTGTATATATGAACAGTAACAGCTGAATAAGGTATT
gi|10                         :                                        gGAAT--A----TA--TGGGATACGACTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-CTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATAAGCTGAAAAGGGTATTa
gi|11                         :    TAAACTGACCTA------TAATAGTTTGGCTGCAGTAGAAT--T----CC--T---ATAT---TAATT-------ATATTTTACCAGATC----CTACTT-T-------------------------T--------TTGTATATAAGCCTAGTATCAGCTGat
gi|12                         :                                             agg----TA--TGGGATATGACTTATATTTGAACGTATTTTAATTG-TTAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATGAATAGTATCAGCTGAAAAGGGTATT
gi|13                         : aAATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACat
gi|14                         :                                                                  CTTATTTTAGAACGTATTTTGATGG-TTAAAGCTACT-ATCATGCT---------A---------T--------ACATATACATGAACAGTACCAGCTGAAAAAGGTATT
gi|15                         :    TAAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGTAT--T----TA--Ta
gi|16                         :  gATGAACTGATCTA------TGACGGTTTGATTGTAATGGAAT--A----TA--TCAAATATGGCTTATTTTAGtatattttactagatccttctttttt
gi|17                         :                                                                                                          gagGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|18                         :   ATGAACTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--at
gi|2                          :   ATAAGTTGACCTACATGTATAGTGATTTGGCTCTAATGGTGT--TCCTTTA--TTAATTATGATGT-TCTTTGATTCTACTTTTATGA-TTAAGTTTA-TTATCAAGTT---------A---------TACCAGTGTTTGTATATATGCCTAGTATCAGCTGAAac
gi|3                          : gAATGAACTGACTTA------TGATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--A----TA--TTAGATATAGATTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAGATTC-TATCATGCTATACGGGGGA---------T--------TTGTATATATGAACAGTATCAGCTGAATAAGGTATTca
gi|4                          :        CTGACCTA------TAATGGTTTGGCTGCAATGGAATTCC----TATCTTAAATATAGCTTA-CTTAGAACATATTTCGAAGG-TTAAAGCTGCTC-TCATGCT---------ATACGGGGATT--------TTGTATATTTGAGCAGTATCGGCTGAA
gi|5                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTTTTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGATGAAGAGGGTATTtaag
gi|6                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATTat
gi|7                          :  AATGAACTGACCTA-------AATAGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----CA--TGGGATGT--CTTATTTTTGTACATATTTTAATTG-TCACAGCTATTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTGTAGTATCAGCTGAAGAGGGTATT
gi|8                          :  AATGAACTGACCTA-------AATGGTTTGGCTGCAATGGAAT--T----TA--TGGGATGTGTCTTATTTTTGAACATATTTTAATTG-TCAAAGCTACTTATCATGCT---------A---------T--------TTGTATATATTTATAGAATCAGCTGAAGAGGGa
gi|9                          :   ATGAACTGACCTT------TTACA-TTTGGTTGTAATGGAAT--A----TA--TAAAATATGGCTTATTTTAGAACATATTTTGATGG-TTAAAACTAC-TATCATGCT---------A------------------TAGTATATATG