lowQualScore : 1 11111111 22222222222222222 33333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666 1111 1111 111
lowQualScore : 6 4 4 1 6 2 999999 6 1 1 0 3 1 11111111 88888888888888888 5 1 77777777777777777777777 3 3 5555 111111111111111111111111111111111111 666 3 666 0000 3 3 2222 3 77 3 1 999 3
lowQualScore : . . . . . . ...... . . . . . . ........ ................. . . ....................... . . .... .................................... ... . ... .... . . .... . .. . . ... .
lowQualScore : 0 6 4 4 0 6 666666 9 4 4 5 7 4 22222222 44444444444444444 5 0 77777777777777777777777 8 3 8888 555555555555555555555555555555555555 444 6 555 6666 6 6 4444 3 88 3 6 333 3
consensus : CGAAATGAAACNA-GCGAAATGTAATTTAAAT------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTAT-G--CT--T--------ATCTTGGTGGGATAGAT-TA-N--TA---------TATGTTCATA-TTTA--GA----CCAGTT-TATT-GTTT--TG-----T-AT-ATCTCTGATTAA---TATAAT-AA--TATGN---T-T-TG--CCCGTT-AT-TTAGGT-GACACCTATTTCATATTA
Reference ( gi|7 ) : CAAAATGAAACAA-GAGGAATGTAATTTAAAT------AACAAAATGGATTCCCAAAATTGCTAT--------TTTAT-A--TT--T--------ACCTTGGTGGGAAAAAT-TA-A--TA---------TATGTTCATA-TTTA--GC----CCATTT-TATT-TTTT--TG-----T-AT-GTCTCTGATTAA---TATAAT-AA--TATGC---T-T-TA--CCCATT-AT-TTAGAG-GACACCTGTTTCATATTAA
gi|6 : CGAAGCAAAACAA-GGGAGAAGTAATTTAAAT------AGCGAAATATTTTCCCAAAATCG----------------------------------ATCTTAGGGGGACAGAT-------CA---------TATGTTCATA-TTTG--GA----CCAGTT-GACT-TT-------------------TCTAATTTA---TACAAT-AC--TATGT---T-T-TG---CCGTT-AT-TTCAAT-GACACCTACTTCATATT
gi|5 : ttgagactaatttacaaaatcaatttcgatcctaagatgAAATGAAACAA-GAGAAATGTAATTTGAAT------AGCGAAATGGATTCCGAATACTGCTAT--------TTTGT-G---T--T--------ATCTTGGCGGGATAGAT-T------------------TGTTCATA-TTAA--GG----TCAGTT-TATT-GTTT--TC-----TGAT-ATCTCTGATTAA---TAATAT-AA--TATAG---T-------CATATT-CT-TT------GCATCGATTTCATATT
gi|2 : ccaatttaccgaaatgggacgtatgtaaagcgccAAATGAAACCA-GCAAAATGTAATTAAAATGCCTTAAGTAAAATGGTTTACCAAGACCAATAT--------TTCAT-A--CT--T--------ATCTTGGTG-----AAT-TATAT-TA---------CATGTTTACA-TTAA--G-----CCAGTG-TATT-GTTTCCTGA----T-AT-ATATCTTATTCA---TATAATGAA--AATGA---TAT-TATTCCCATT-AT-TGGGGC-GACACTAGTTTCATATT
gi|15 : acaaaaaggcacctaaagttttAAGTGAAACCA-GAGAAATGTCATTTAAAT------ATCGAAATGGATTCCTTAAATCGAAAT--------TTTAT-G--CT--G--------ATCTTG
gi|11 : tgaaacaaagttatttaaatgggacgtagaattcAAATGAGACCA-TCGAAATGCAACTTAACT------AGCAAAATGAATTCCCCAAATCGCTCT--------TTTAT-G--CT--TAAAATATAATCTTGGTGGGACAGAT-TA-T--TAAAAGACACCTAT-TTCATA-Tt
gi|14 : tgaaaccaatttactgaaattggtcgtaatgtgagAAATGAAACTA-GCGAACTGAAATTTACAT------AGTGAAATTAATTCCCCAAACCACTAT--------TTTAT-G--CT--T--------ATATTGATGAAATAGAT-TA-acagt
gi|3 : gatcaatgtaccaaaatgggacgtaaagtgtgAATGAATCCA-GCGAAATG-GATTTAAGT------AGCAAAACCAATTCCCAGGATCGTTAT--------TTTAT-G--TT--T--------ATCTTAGTTGAATAGAG-AA-G--TA---------TATATTCATA-TTTT--GG----CAATTT-TATT-ATTTACTGATACAT-GT-ATCTCGGATTAA---TATAAT-TG--TACGC---T-T-TG--CC--TTAAA-CTAGGT-GACACTTATTTCATt
gi|4 : ccgaaatgggacgtaaagagcTGAAGTAA-C-GAAATAAAATTTAAAT------AGTGAAATAGATTCCCCAAATCTCTTT--------TTTAT-G-----------------CTTG---------AC-TA-T--TA---------TATGTTTACA-TTTA--GA----CAAGTT-TATT-ATAT--TC-----T-ATCATCTTTGATTAA---TGTACT-AGACTAAGCAGGT-TGTA--ACCGTT-CTGTTCG-T-GACACCTATTTCAT
gi|1 : accactttgttgaaatgggacataaacttggaattACAATGCGAAATGTAATTTAAAT------AGCGCAACGGAGTCATAAAA-TGCTAT--------TTTAT-T--CTTAT--------ATCTTTGTGGGGTAGTT-TA-CGTTA---------TATTCGCATA-TGTAATGCGTAAGCATTTGTATT-ATTTACTGAAA--C-AC-A-CTCTGA-GAA---AATGAG-AA--AATGG---T-T-TG--CCCATT-GT-TTGGAT-GACACTTATTT
gi|8 : aatgggacataaaatgtaaactggaacgcAACATAATTTGAAT------AGCGAAATGGATACTCTAAATCATTAT--------TTTAT-G--CT--T--------ATCTTGGCTGGATAGAT-TA-T--CA---------TATTTTCATA-TT-----------------------------------------TCTCTGAATAA---TATAAT-AA--TACAC---T-T-TA--CCCGTT-AT-TTACGT-GACACTTATTTCAaaatt
gi|12 : accaatttacggaaataggatgtaaattgcaaTAAAT------AGAGAAATTTATAACCAAATTCATTAT--------TTTATCA--TTG-T--------AC---GATTG-----AT-TA-C--GA---------TAGGTCTACAGTTTG--GA----CAAGAT-TATT-GTTTA-TG-------AT-ATCTCTGATTGA---TATAAT-AA--TATAG---T-T-TT--CCC-TT-AA-TTAGGA-GGCACCTATTCCAAATTggttgcagcatat
gi|10 : ------AGCGAAATATGTTTCCAAAATCACAAT--------GTTAT-G--TT--T--------ATCGTAATGGGATATGT-TA-T--AA---------TACGTTCATA-TCTT--GA----CCAGTT-GATT-GTTT--TC-----TGAT-ATCTCTGATTGA---TA-AAT-AA--TATGG---T-T-TG--AACGTT--T-TTAAGGTGGCATCTATTTCATATTA
gi|9 : CAGAATGTAGTCATAAAGTCGCTATATATATACTGTAT-ACCTT--T--------ATCTTTGTGGGAAAGAT-TA---------------------------TTA--AA----CC-TTT-GATT-TTTT--TG-----T-A--GACTTCGATTAAATTTATAAA-AA-----GC---T-T-TG--TCCATT--T-TTAGAT-GACACCTGATCCATAT
gi|13 : aaactggaacgtcaagcgcaacatgtaacggaaagttcggAATCTA-A--TT---------CATTTTCATA-TTTA--GG----ACTGTT-TATTGTTTT--CT-----T-AA-ATCTCTGATTAA---TATAAT-AA--CATGT---T-T-T---CCCGTT-AT-TAAGGT-AACATTTATTT--TATTA
gi|11 : ATT-AT-T-AAAA-GACACCTATTTCATATtaaaattgtattaaccaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACATTATGCTCACATTTTTAACGTAGATTTATCGTTTTCTAATATAAACTCTTAAAATGAGAAAACTTGCTTTGCCCGTTATATGTGTGACACATATT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 11111111111111 1111111111111111 444444444444444 111111
lowQualScore : 1 3 3 3 0 555 888888 0 0 00000000 444 33 00000000 0 99999999999999 1 2 0000000000000000 3 3 3 000000000000000 555 555 111111 3 44 1 3 666 1 44 2
lowQualScore : . . . . . ... ...... . . ........ ... .. ........ . .............. . . ................ . . . ............... ... ... ...... . .. . . ... . .. .
lowQualScore : 0 3 3 3 7 444 222222 6 6 44444444 555 99 44444444 6 00000000000000 9 9 4444444444444444 1 1 3 666666666666666 444 444 999999 1 22 0 1 888 9 77 1
consensus : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTTA------GACC--AG-TT-T-ATTGTTT--TG-----T-A-T-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
Reference ( family-1395 ) : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--NTA---------TATGTTCATA-TTTA------GACC--AG-TT-T-ATTGTTT--TG-----T-A-T-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
gi|1 : ACAATGCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGCAACGGAGTCATAAAAT-GCTAT--------TTTATTC--TTAT--------ATCTTTGTGGGGTAGTTTACGTTA---------TATTCGCATA-TGTAATGCGTAAGC--AT-TTGT-ATTATTTACTGAAA--C-A-C-A----CTCTGA-GAA---AATGAG------AAAA--TGGT-TTG--CCCATT-GTTTGGATGACACTTATTT
gi|10 : aatgggacataaaatgtaaactggaacgc------AGCGAAATATGTTTCCAAAATCACAAT--------GTTATGT--T--T--------ATCGTAATGGGATATGTTA--TAA---------TACGTTCATA-TCTT------GACC--AG-TT-G-ATTGTTT--TC-----TGA-T-AT---CTCTGATTGA---TA-AAT------AATA--TGGT-TTG--AACGTT-TTTAAGGTGGCATCTATTTCATATTAaaatt
gi|11 : GAAATGAGACCA-TCG-AA-ATGCAACTTAAC---T------AGCAAAATGAATTCCCCAAATCGCTCT--------TTTATGC--T--TAAAATATAATCTTGGTGGGACAGATTA--TTAAAAGACACCTAT-TTCATA-T
gi|12 : tgaaaccaatttactgaaattggtcgtaatgtgaTAAA---T------AGAGAAATTTATAACCAAATTCATTAT--------TTTATCA--T--T--------------GTACGATTGATTA--CGA---------TAGGTCTACAGTTTG------GACA--AG-AT-T-ATTGTTTA-TG-------A-T-AT---CTCTGATTGA---TATAAT------AATA--TAGT-TTT--CCC-TT-AATTAGGAGGCACCTATTCCAAATTacagt
gi|13 : TA--ATT---------CATTTTCATA-TTTA------GGAC--TG-TT-T-ATTGTTT--TC-----TTA-A-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AACA--TGTT-TT---CCCGTT-ATTAAGGTAACATTTATTT--TATTA
gi|14 : aatcGAAATGAAACTA-GCG-AA-CTGAAATTTACA---T------AGTGAAATTAATTCCCCAAACCACTAT--------TTTATGC--T--T--------ATATTGATGAAATAGATTA--taaaattgtattaaccaa
gi|15 : gatcaatgtaccaaaatgggacgtaaagtgtAAGTGAAACCA-GAG-AA-ATGTCATTTAAA---T------ATCGAAATGGATTCCTTAAATCGAAAT--------TTTATGC--T--G--------ATCTTGt
gi|16 : tgaaacaaagttatttaaatgggacgtagaattc---------TATGCTCACA-TTTT------TAACGTAGATT-T-ATCGTTT--TC-----T-AAT-ATAAACTCT---TAA---AATGAG------AAAACTTGCT-TTG--CCCGTT-ATATGTGTGACACATATTt
gi|2 : tacatAAATGAAACCA-GCA-AA-ATGTAATTAAAA---TGCCTTAAGTAAAATGGTTTACCAAGACCAATAT--------TTCATAC--T--T--------ATCTTGGTGAATTA---TA--TTA---------CATGTTTACA-TTAA------G-CC--AG-TG-T-ATTGTTTCCTGA----T-A-T-AT---ATCTTATTCA---TATAATG-----AAAA--TGATATTATTCCCATT-ATTGGGGCGACACTAGTTTCATATT
gi|3 : acaaaaaggcacctaaagttttAATGAATCCA-GCG-AA-ATG-GATTTAAG---T------AGCAAAACCAATTCCCAGGATCGTTAT--------TTTATGT--T--T--------ATCTTAGTTGAATAGAGAA--GTA---------TATATTCATA-TTTT------GGCA--AT-TT-T-ATTATTTACTGATACAT-G-T-AT---CTCGGATTAA---TATAAT------TGTA--CGCT-TTG--CC--TTAAACTAGGTGACACTTATTTCAT
gi|4 : ccgaaatgggacgtaaagagcTGAAGTAA--CG-AA-ATAAAATTTAAA---T------AGTGAAATAGATTCCCCAAATCTCTTT--------TTTATGC--T--T----------------------GACTA--TTA---------TATGTTTACA-TTTA------GACA--AG-TT-T-ATTATAT--TC-----T-A-TCAT---CTTTGATTAA---TGTACTAGACTAAGCA--GGTT-GTA--ACCGTT-CTGTTCGTGACACCTATTTCAT
gi|5 : accactttgttgaaatgggacataaacttggaattAAATGAAACAA-GAG-AA-ATGTAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATTCCGAATACTGCTAT--------TTTGTG---T--T--------ATCTTGGCGGGATAGATT-----------------TGTTCATA-TTAA------GGTC--AG-TT-T-ATTGTTT--TC-----TGA-T-AT---CTCTGATTAA---TAATAT------AATA--TAGT------CATATT-CTTT-----GCATCGATTTCATATT
gi|6 : ccaatttaccgaaatgggacgtatgtaaagcgccCGAAGCAAAACAA-GGG-AG-AAGTAATTTAAA---T------AGCGAAATATTTTCCCAAAATCG---------------------------------ATCTTAGGGGGACAGAT-----CA---------TATGTTCATA-TTTG------GACC--AG-TT-G-ACT--------------------T---TTCTAATTTA---TACAAT------ACTA--TGTT-TTG---CCGTT-ATTTCAATGACACCTACTTCATATT
gi|7 : ttgagactaatttacaaaatcaatttcgatcctaagatgCAAAATGAAACAA-GAG-GA-ATGTAATTTAAA---T------AACAAAATGGATTCCCAAAATTGCTAT--------TTTATAT--T--T--------ACCTTGGTGGGAAAAATTA--ATA---------TATGTTCATA-TTTA------GCCC--AT-TT-T-ATTTTTT--TG-----T-A-T-GT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGCT-TTA--CCCATT-ATTTAGAGGACACCTGTTTCATATTA
gi|8 : -GCA-AA-ACATAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATACTCTAAATCATTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGCTGGATAGATTA--TCA---------TATTTTCATA-TT---------------------------------------------T---CTCTGAATAA---TATAAT------AATA--CACT-TTA--CCCGTT-ATTTACGTGACACTTATTTCAa
gi|9 : accaatttacggaaataggatgtaaattCAA-GCGCAACATGTAACGGAAAGTTC------GGCAGAATGTAGTCATAAAGTCGCTATATATATACTGTATACCTT--T--------ATCTTTGTGGGAAAGATTA--------------------------TTA------AACC-----TT-TGATTTTTT--TG-----T-A-G-AC---TTC-GATTAAATTTATAAA------AA-----GCT-TTG--TCCATT--TTTAGATGACACCTGATCCATATggttgcagcatat
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 111111111 11111111111111111 444444444444444 111111
lowQualScore : 1 3 3 3 0 555 888888 0 0 00000000 444 33 00000000 0 44 222222222 1 2 22222222222222222 3 3 3 000000000000000 555 555 111111 3 44 1 3 666 1 44 2
lowQualScore : . . . . . ... ...... . . ........ ... .. ........ . .. ......... . . ................. . . . ............... ... ... ...... . .. . . ... . .. .
lowQualScore : 0 3 3 3 7 444 222222 6 6 44444444 555 99 44444444 6 22 333333333 9 9 88888888888888888 1 1 3 666666666666666 444 444 999999 1 22 0 1 888 9 77 1
consensus : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTTA------GACC--AG-TT-T-ATTGTTT--TG-----T-A-T-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
Reference ( family-1395 ) : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTTA------GACC--AG-TT-T-ATTGTTT--TG-----T-A-T-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
gi|1 : ACAATGCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGCAACGGAGTCATAAAAT-GCTAT--------TTTATTC--TTAT--------ATCTTTGTGGGGTAGTTTACGTTA---------TATTCGCATA-TGTAATGCGTAAGC--AT-TTGT-ATTATTTACTGAAA--C-A-C-A----CTCTGA-GAA---AATGAG------AAAA--TGGT-TTG--CCCATT-GTTTGGATGACACTTATTT
gi|10 : aatgggacataaaatgtaaactggaacgc------AGCGAAATATGTTTCCAAAATCACAAT--------GTTATGT--T--T--------ATCGTAATGGGATATGTTA--TAA---------TACGTTCATA-TCTT------GACC--AG-TT-G-ATTGTTT--TC-----TGA-T-AT---CTCTGATTGA---TA-AAT------AATA--TGGT-TTG--AACGTT-TTTAAGGTGGCATCTATTTCATATTAaaatt
gi|11 : GAAATGAGACCA-TCG-AA-ATGCAACTTAAC---T------AGCAAAATGAATTCCCCAAATCGCTCT--------TTTATGC--T--TAAAATATAATCTTGGTGGGACAGATTA--TTAAAAGACACCTAT-TTCATA-T
gi|12 : tgaaaccaatttactgaaattggtcgtaatgtgaTAAA---T------AGAGAAATTTATAACCAAATTCATTAT--------TTTATCA--T--T--------------GTACGATTGATTA--CGA---------TAGGTCTACAGTTTG------GACA--AG-AT-T-ATTGTTTA-TG-------A-T-AT---CTCTGATTGA---TATAAT------AATA--TAGT-TTT--CCC-TT-AATTAGGAGGCACCTATTCCAAATTacagt
gi|13 : ATTTTCATA-TTTA------GGAC--TG-TT-T-ATTGTTT--TC-----TTA-A-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AACA--TGTT-TT---CCCGTT-ATTAAGGTAACATTTATTT--TATTA
gi|14 : aatctaattcGAAATGAAACTA-GCG-AA-CTGAAATTTACA---T------AGTGAAATTAATTCCCCAAACCACTAT--------TTTATGC--T--T--------ATATTGATGAAATAGATTA--Ttaaaattgtattaaccaa
gi|15 : gatcaatgtaccaaaatgggacgtaaagtgtAAGTGAAACCA-GAG-AA-ATGTCATTTAAA---T------ATCGAAATGGATTCCTTAAATCGAAAT--------TTTATGC--T--G--------ATCTTG
gi|16 : tgaaacaaagttatttaaatgggacgtagaattc---------TATGCTCACA-TTTT------TAACGTAGATT-T-ATCGTTT--TC-----T-AAT-ATAAACTCT---TAA---AATGAG------AAAACTTGCT-TTG--CCCGTT-ATATGTGTGACACATATTt
gi|2 : tacatAAATGAAACCA-GCA-AA-ATGTAATTAAAA---TGCCTTAAGTAAAATGGTTTACCAAGACCAATAT--------TTCATAC--T--T--------ATCTTGGTGAATTA---TA--TTA---------CATGTTTACA-TTAA------G-CC--AG-TG-T-ATTGTTTCCTGA----T-A-T-AT---ATCTTATTCA---TATAATG-----AAAA--TGATATTATTCCCATT-ATTGGGGCGACACTAGTTTCATATT
gi|3 : acaaaaaggcacctaaagttttAATGAATCCA-GCG-AA-ATG-GATTTAAG---T------AGCAAAACCAATTCCCAGGATCGTTAT--------TTTATGT--T--T--------ATCTTAGTTGAATAGAGAA--GTA---------TATATTCATA-TTTT------GGCA--AT-TT-T-ATTATTTACTGATACAT-G-T-AT---CTCGGATTAA---TATAAT------TGTA--CGCT-TTG--CC--TTAAACTAGGTGACACTTATTTCAT
gi|4 : ccgaaatgggacgtaaagagcTGAAGTAA--CG-AA-ATAAAATTTAAA---T------AGTGAAATAGATTCCCCAAATCTCTTT--------TTTATGC--T--T----------------------GACTA--TTA---------TATGTTTACA-TTTA------GACA--AG-TT-T-ATTATAT--TC-----T-A-TCAT---CTTTGATTAA---TGTACTAGACTAAGCA--GGTT-GTA--ACCGTT-CTGTTCGTGACACCTATTTCAT
gi|5 : accactttgttgaaatgggacataaacttggaattAAATGAAACAA-GAG-AA-ATGTAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATTCCGAATACTGCTAT--------TTTGTG---T--T--------ATCTTGGCGGGATAGATT-----------------TGTTCATA-TTAA------GGTC--AG-TT-T-ATTGTTT--TC-----TGA-T-AT---CTCTGATTAA---TAATAT------AATA--TAGT------CATATT-CTTT-----GCATCGATTTCATATT
gi|6 : ccaatttaccgaaatgggacgtatgtaaagcgccCGAAGCAAAACAA-GGG-AG-AAGTAATTTAAA---T------AGCGAAATATTTTCCCAAAATCG---------------------------------ATCTTAGGGGGACAG---A--TCA---------TATGTTCATA-TTTG------GACC--AG-TT-G-ACT--------------------T---TTCTAATTTA---TACAAT------ACTA--TGTT-TTG---CCGTT-ATTTCAATGACACCTACTTCATATT
gi|7 : ttgagactaatttacaaaatcaatttcgatcctaagatgCAAAATGAAACAA-GAG-GA-ATGTAATTTAAA---T------AACAAAATGGATTCCCAAAATTGCTAT--------TTTATAT--T--T--------ACCTTGGTGGGAAAAATTA--ATA---------TATGTTCATA-TTTA------GCCC--AT-TT-T-ATTTTTT--TG-----T-A-T-GT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGCT-TTA--CCCATT-ATTTAGAGGACACCTGTTTCATATTA
gi|8 : -GCA-AA-ACATAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATACTCTAAATCATTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGCTGGATAGATTA--TCA---------TATTTTCATA-TT---------------------------------------------T---CTCTGAATAA---TATAAT------AATA--CACT-TTA--CCCGTT-ATTTACGTGACACTTATTTCAa
gi|9 : accaatttacggaaataggatgtaaattCAA-GCGCAACATGTAACGGAAAGTTC------GGCAGAATGTAGTCATAAAGTCGCTATATATATACTGTATACCTT--T--------ATCTTTGTGGGAAAGATTA--TTA------------------------------AACC-----TT-TGATTTTTT--TG-----T-A-G-AC---TTC-GATTAAATTTATAAA------AA-----GCT-TTG--TCCATT--TTTAGATGACACCTGATCCATATggttgcagcatat
blockSeqs : C . C C GTT GCCTTA ATATATAC CCT . AAAATATA . AAAGACACC G G TTTAACGTAGA . G G ACTGATACATGT AAA ATT AGACTA T CT G A ATT G AA A
blockSeqs : T . . . . . . T . . . . G . TTGACCAG . . G CCTGATAT . . G T . G . G G T A
blockSeqs : C . . . . . . C . . . . T . TGGACAAG . . G TCTGAT . . . C . T . T G A A
blockSeqs : C . . . . . . A . . . . G . TAGGACTG . . G TCTTAA . . . A . C . G A A G
blockSeqs : C . . . . . . C . . . . G . TTGGCAAT . . G TCTAAT . . . A . A . G G A G
blockSeqs : A . . . . . . C . . . . A . TAGACAAG . . A TCTATC . . . T . C . A A A A
blockSeqs : A . . . . . . C . . . . G . AAGGTCAG . . A TCTGAT . . . C . T . G G C T
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . G . TGGACCAG . . G ATGAT . . . T . G . A A C C
blockSeqs : A . . . . . . C . . . . G . TAGCCCAT . . T TGTAT . . . T . T . A G A A
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . G . AAGCCAG . . T TGTAG . . . T . C . G A A A
blockSeqs : . . . . . . C . . . . T . AACC . . . . . . . T . C . . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** TAGGCCAG********* TCTGAT*********
originalCons : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTTA------GACC--AG-TT-T-ATTGTTT--TG-----T-A-T-AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
finalCons : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTTAGGCCAG---------TT-T-ATTGTTTTCTGAT---------AT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 111111111 1111111111111111 22222222222222222 111111
lowQualScore : 1 3 3 3 0 555 888888 0 0 00000000 444 33 00000000 0 44 222222222 1 2 2222222222222222 3 3 1 1 00000000000000000 555 111111 3 44 1 3 666 1 44 2
lowQualScore : . . . . . ... ...... . . ........ ... .. ........ . .. ......... . . ................ . . . . ................. ... ...... . .. . . ... . .. .
lowQualScore : 0 3 3 3 7 444 222222 6 6 44444444 555 99 44444444 6 22 333333333 9 9 6666666666666666 1 1 4 8 44444444444444444 444 999999 1 22 0 1 888 9 77 1
consensus : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTT---AG-GC-----CAGTT-T-ATTGTTTTCT-G--A------TAT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
Reference ( family-1395 ) : CGAAATGAAACNA-GCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGAAATGGATTCCCAAAATCGCTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGTGGGATAGATTA--TTA---------TATGTTCATA-TTT---AG-GC-----CAGTT-T-ATTGTTTTCT-G--A------TAT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGNT-TTG--CCCGTT-ATTTAGGTGACACCTATTTCATATTA
gi|1 : ACAATGCG-AA-ATGTAATTTAAA---T------AGCGCAACGGAGTCATAAAAT-GCTAT--------TTTATTC--TTAT--------ATCTTTGTGGGGTAGTTTACGTTA---------TATTCGCATA-TGT---AATGCGTAAGCATTTGT-ATTATTTACT-G--A------AACACACTCTGA-GAA---AATGAG------AAAA--TGGT-TTG--CCCATT-GTTTGGATGACACTTATTT
gi|10 : aatgggacataaaatgtaaactggaacgc------AGCGAAATATGTTTCCAAAATCACAAT--------GTTATGT--T--T--------ATCGTAATGGGATATGTTA--TAA---------TACGTTCATA-TCT---TG-AC-----CAGTT-G-ATTGTTTTCT-G--A------TAT---CTCTGATTGA---TA-AAT------AATA--TGGT-TTG--AACGTT-TTTAAGGTGGCATCTATTTCATATTAaaatt
gi|11 : GAAATGAGACCA-TCG-AA-ATGCAACTTAAC---T------AGCAAAATGAATTCCCCAAATCGCTCT--------TTTATGC--T--TAAAATATAATCTTGGTGGGACAGATTA--TTAAAAGACACCTAT-TTCATA-T
gi|12 : tgaaaccaatttactgaaattggtcgtaatgtgaTAAA---T------AGAGAAATTTATAACCAAATTCATTAT--------TTTATCA--T--T--------------GTACGATTGATTA--CGA---------TAGGTCTACAGTTT---GG-AC-----AAGAT-T-ATTGTTT-AT-G--A------TAT---CTCTGATTGA---TATAAT------AATA--TAGT-TTT--CCC-TT-AATTAGGAGGCACCTATTCCAAATTacagt
gi|13 : ATTTTCATA-TTT---AG-GA-----CTGTT-T-ATTGTTTTCT-T--A------AAT---CTCTGATTAA---TATAAT------AACA--TGTT-TT---CCCGTT-ATTAAGGTAACATTTATTT--TATTA
gi|14 : aatctaattcGAAATGAAACTA-GCG-AA-CTGAAATTTACA---T------AGTGAAATTAATTCCCCAAACCACTAT--------TTTATGC--T--T--------ATATTGATGAAATAGATTA--Ttaaaattgtattaaccaa
gi|15 : gatcaatgtaccaaaatgggacgtaaagtgtAAGTGAAACCA-GAG-AA-ATGTCATTTAAA---T------ATCGAAATGGATTCCTTAAATCGAAAT--------TTTATGC--T--G--------ATCTTG
gi|16 : tgaaacaaagttatttaaatgggacgtagaattc---------TATGCTCACA-TTTTTAAC-GT-----AGATT-T-ATCGTTTTCT-A--A------TATAAACTCT---TAA---AATGAG------AAAACTTGCT-TTG--CCCGTT-ATATGTGTGACACATATTt
gi|2 : tacatAAATGAAACCA-GCA-AA-ATGTAATTAAAA---TGCCTTAAGTAAAATGGTTTACCAAGACCAATAT--------TTCATAC--T--T--------ATCTTGGTGAATTA---TA--TTA---------CATGTTTACA--TT---AA-GC-----CAGTG-T-ATTGTTTCCT-GATA------TAT---ATCTTATTCA---TATAATG-----AAAA--TGATATTATTCCCATT-ATTGGGGCGACACTAGTTTCATATT
gi|3 : acaaaaaggcacctaaagttttAATGAATCCA-GCG-AA-ATG-GATTTAAG---T------AGCAAAACCAATTCCCAGGATCGTTAT--------TTTATGT--T--T--------ATCTTAGTTGAATAGAGAA--GTA---------TATATTCATA-TTT---TG-GC-----AATTT-T-ATTATTTACT-G--ATACATGTAT---CTCGGATTAA---TATAAT------TGTA--CGCT-TTG--CC--TTAAACTAGGTGACACTTATTTCAT
gi|4 : ccgaaatgggacgtaaagagcTGAAGTAA--CG-AA-ATAAAATTTAAA---T------AGTGAAATAGATTCCCCAAATCTCTTT--------TTTATGC--T--T----------------------GACTA--TTA---------TATGTTTACA-TTT---AG-AC-----AAGTT-T-ATTATATTCT-A--T------CAT---CTTTGATTAA---TGTACTAGACTAAGCA--GGTT-GTA--ACCGTT-CTGTTCGTGACACCTATTTCAT
gi|5 : accactttgttgaaatgggacataaacttggaattAAATGAAACAA-GAG-AA-ATGTAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATTCCGAATACTGCTAT--------TTTGTG---T--T--------ATCTTGGCGGGATAGATT-----------------TGTTCATA-TTA---AG-GT-----CAGTT-T-ATTGTTTTCT-G--A------TAT---CTCTGATTAA---TAATAT------AATA--TAGT------CATATT-CTTT-----GCATCGATTTCATATT
gi|6 : ccaatttaccgaaatgggacgtatgtaaagcgccCGAAGCAAAACAA-GGG-AG-AAGTAATTTAAA---T------AGCGAAATATTTTCCCAAAATCG---------------------------------ATCTTAGGGGGACAG---A--TCA---------TATGTTCATA-TTT---GG-AC-----CAGTT-G-AC--TTTTCT-A--A------T-----------TT-A---TACAAT------ACTA--TGTT-TTG---CCGTT-ATTTCAATGACACCTACTTCATATT
gi|7 : ttgagactaatttacaaaatcaatttcgatcctaagatgCAAAATGAAACAA-GAG-GA-ATGTAATTTAAA---T------AACAAAATGGATTCCCAAAATTGCTAT--------TTTATAT--T--T--------ACCTTGGTGGGAAAAATTA--ATA---------TATGTTCATA-TTT---AG-CC-----CATTT-T-ATTTTTTTGT----A------TGT---CTCTGATTAA---TATAAT------AATA--TGCT-TTA--CCCATT-ATTTAGAGGACACCTGTTTCATATTA
gi|8 : -GCA-AA-ACATAATTTGAA---T------AGCGAAATGGATACTCTAAATCATTAT--------TTTATGC--T--T--------ATCTTGGCTGGATAGATTA--TCA---------TATTTTCATA-TT---------------------------------------------T---CTCTGAATAA---TATAAT------AATA--CACT-TTA--CCCGTT-ATTTACGTGACACTTATTTCAa
gi|9 : accaatttacggaaataggatgtaaattCAA-GCGCAACATGTAACGGAAAGTTC------GGCAGAATGTAGTCATAAAGTCGCTATATATATACTGTATACCTT--T--------ATCTTTGTGGGAAAGATTA--TTA---------AA-------------------C-----C--TT-TGATTTTTTTGTAG--A------------CTTCGATTAAATTTATAAA------AA-----GCT-TTG--TCCATT--TTTAGATGACACCTGATCCATATggttgcagcatat