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finalCons : ATTCAAGTGCCATAACCGTAANAATAATGTTACCTNATCCGATTTNGCNAGCTCNAGAACTGTGTCTGNANACATT-ATGGTTATANANCTACTGTGTAAG-TTTGGTAAAGTTCAAA--TAA-GATAACTGCGAGTGCTAGAGTTCACACAAAAT-AAAG-GCACAAGTTTTGATGATTCANGGGCCACAACTCCGACANTAATTATNCGATTTNGCCAGTT----CAAA-TCGTT--C---GAGAT--GTT-TG-TTATATAACAACTGTGTAAGTTTGACGAGGNT-CAA-ATGANAACTGCGGGTGC-TAGAGTGCACACAAGGTCAAATAGTGC-AATTTTCGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACATTAATTATCCGATTTNGCCAGTTCAAG----AAAACGTCCAAAATATTATNGTTATATA-ACT-ACG---ACTGTGTAAGTTTGGTGAGGATCAAATGAACAGTGCG--GGTGCTAGAGTGCACACAAGATCAAA------------TT--G--A--ATTNAAGGGCAATAACTCCGGCAT---TNATTATNC-GA--------TTTGGCCAG--TTTATG--A-AACTCGTGCTTAGAGCGCACACAAGGTCAAATAGTGCANTTTTTAATNTTTCAAGGGCCATAACTCCGACATTAATAATCCGATTTGGCCAGTTCAAGAACTCGTCGGAGATATTATGGTTATATAACTACTGTGCAAGTTTGGTGTCTGAGAGGAGCCAATGAAAAATGCAGATGCTAGAGTGCATGTTACATTGATCAATGCAATTT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTGAATTAATGTGTATGGTTGCTGTTGTAAACACACTTAAAACGACTGAACTCGTGATTTCTATTTTATCTATATGCATGTGAAATTGTATCCATAGTTATGTTACAATACCACCAACTGAAATATGTGCACATATAAGAGTTGTTGTTTAGCATCACTTTCAACAACTGTTCAGTTATATTGCCACCTTGTCTACTTTATAAAGTATTCTAAGATGTGCAAAACTGGAATATCATGTCACAAACATATGGTACATGATATCCCAGCCTGTCACATTATACTGACACCGGGCTGACTACACTTGCACTATCCTCTCAGTGCTGAGTACAAGCGAGAAAGCTTCTAGTACCATTTTTAAAGTCTTTAAAATGACCCAGCTGGGATCCAACCTACCACATT
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Unaligned ( gi|12 ): GACCTTCAGCATGTGATGCTGACACACTACGCCTAGACCACCGCAGCGATGATCTAAAATGAACCAATCATAAAAATGTTTACATT
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Unaligned ( gi|14 ): GTAAGTTGTTTAACGTCGATTTCATAATAGTTCAGTCATTTATGATGTCTTCTTAAGACAA
Unaligned ( gi|15 ): TTTAATGAAGTGTTTTAATATGACGGTGTCTACTCGAGTACTCTAAATGCTGCCACTCTG
Unaligned ( gi|17 ): GGATTGAAACCACAACCCACTGCATGTGAGGTGGATGCTTTG
Alignments
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lowQualScore : . ....... . . . . . . ... . . ... . .. . . . ....... .... ......... . . . . .. . ............................... .... .. .. . . . . .. . . .. . . .. . . .. . . . ... .. . .. . .............. . . ........... . . . ..... .. ...................... . . ... . . . ........ . .. . .... . . . . . . . .
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consensus : ATTCAAGTGCCATAACCGTAANAATAATGTTACCTNATCCGATTTNGCNAGCTCNAGAACTGTGTCTGNANACATT-ATGGTTATANANCTACTGTGTAAG-TTTGGTAAAGTTCAAA--TAA-GATAACTGCGAGTGCTAGAGTTCACACAAAAT-AAAG-GCACAAGTTTTGATGATTCANGGGCCACAACTCCGACANTAATTATNCGATTTNGCCAGTT----CAAA-TCGTT--C---GAGAT--GTT-TG-TTATATAACAACTGTGTAAGTTTGACGAGGNT-CAA-ATGANAACTGCGGGTGC-TAGAGTGCACACAAGGTCAAATAGTGC-AATTTTCGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACATTAATTATCCGATTTNGCCAGTTCAAG----AAAACGTCCAAAATATTATNGTTATATA-ACT-ACG---ACTGTGTAAGTTTGGTGAGGATCAAATGAACAGTGCG--GGTGCTAGAGTGCACACAAGATCAAA------------TT--G--A--ATTNAAGGGCAATAACTCCGGCAT---TNATTATNC-GA--------TTTGGCCAG--TTTATG--A-AACTCGTGCTTAGAGCGCACACAAGGTCAAATAGTGCANTTTTTAATNTTTCAAGGGCCATAACTCCGACATTAATAATCCGATTTGGCCAGTTCAAGAACTCGTCGGAGATATTATGGTTATATAACTACTGTGCAAGTTTGGTGTCTGAGAGGAGCCAATGAAAAATGCAGATGCTAGAGTGCATGTTACATTGATCAATGCAATTT
Reference ( family-1327 ) : ATTCAAGTGCCATAACCGTAANAATAATGTTACCTNATCCGATTTNGCNAGCTCNAGAACTGTGTCTGNANACATT-ATGGTTATANANCTACTGTGTAAG-TTTGGTAAAGTTCAAA--TAA-GATAACTGCGAGTGCTAGAGTTCACACAAAAT-AAAG-GCACAAGTTTTGATGATTCANGGGCCACAACTCCGACANTAATTATNCGATTTNGCCAGTT----CAAA-TCGTT--C---GAGAT--GTT-TG-TTATATAACAACTGTGTAAGTTTGACGAGGNT-CAA-ATGANAACTGCGGGTGC-TAGAGTGCACACAAGGTCAAATAGTGC-AATTTTCGACGATTCAAGGGCCATAACT-CNGACATTAATTATCCGATTTNGCCAGTTCAAG----AAAACGTCCAAAATATTATNGTTATATA-ACT-ACG---ACTGTGTAAGTTTGGTGAGGATCAAATGAACAGTGCG--GGTGCTAGAGTGCACACAAGATCAAA------------TT--G--A--ATTNAAGGGCAATAACTCCGGCAT---TNATTATNC-GA--------TTTGGCCAG--TTTATG--A-AACTCGTGCTTAGAGCGCACACAAGGTCAAATAGTGCANTTTTTAATNTTTCAAGGGCCATAACTCCGACATTAATAATCCGATTTGGCCAGTTCAAGAACTCGTCGGAGATATTATGGTTATATAACTACTGTGCAAGTTTGGTGTCTGAGAGGAGCCAATGAAAAATGCAGATGCTAGAGTGCATGTTACATTGATCAATGCAATTT
gi|1 : G-TTACTTAAAAACTGTGCAAGTCTAACAAAGTT-TAA-ATGAAAACTGCAAATGC-TAGA-TGCACACAAGGTCAAATAATGC-AATTTTTGATGATTCAAGCACAATAACT-CAGATATTAATTACCTGATTTGGCCAGTTCAAGAACTAAAATGTCCAAGATATTATGGTTATATA-----ACA---ACTGTGTAAGTTTGGTGAGAATC-AATGAA-AATG-GATGGTGCTAGAGTGCACACAAGGTCAAATAGTACAGTTTTTT--GACA--ATTCAAGGGCAATTACTCTGACATTAATAATTATTCTGATTTATAAGTTTGGTGAGAATTAATGAAA-AATACGGGCGTAAAGTGCACACAAGGTCAAATAGTGTAATTTTTAATGTTTCAAGGGCCATAACTCTGACATTTATAATCTGATTTGGCCAGTTCTAGAAC
gi|10 : tgtcataaatacatttatttaaatactatcataatattatgttattcataaatcatataaaaaagttgtggcaaaagtctacgaactttctgatcccccctcgtataggtaaaacatatagttgttgttgtttagcgtcgctttcaataatttttcagtcatgacggtgtctacttgagacagtattctaagtgctgtcacactggagtatcatgccgcagacacatggtatgataccccacccagtcacattatactgacaccggggcgaccagacctagaactctcctctaaatgctgagcatcaaacgaggaagcttctagtaccatttttgaagtctttggtatgacctggccggggactgaacccacgaccttctgcatgtgaggcggacgctctaccactagaccacgccgcggtctatgATAACAAATGTGT--GTTTAATGAGATT-CAA--TGACAACTGTGGGTGT-T--GGTGTACACAAGACAAAACAGTAA-CATTTTCcaatctcattaaaatcagatcaacattagtttcaa
gi|16 : TCTTAATGATTCATGGGCCACAACTCGAACAATAGTTATACAATTTctagagtcgtgggcaat
gi|2 : ATTCAAGTGCCATAACTGTAACAATA-------TTTATCTGATTTGGCCAGCTCTAAAATT-TGTCTAAAGATATA-ATGGTTATAATGCTACTGTGAAAG-ATTAGTAAATTTCAAAATTAATGATAACTGCAAATGCTAGAGTTCACATAAGATCAAAGAGCAAAAGTTTTGATGATTCATGGGCCACAACTCCAACAAAACTTATTCGATTTAGCCAGTT----CAAA-CCCTT--CTCTGAGATATGTT-TG-TTATATAACTACTGTGTAAGTTTGGCAAAGAT-CAA-ATGATAACTGCTGGTGC-TAGAGTGCACACAATGTCAAATAACGC-AATAGTTGACAATTCAAAAGTCATACCT-CCGACATTTATCATTCAATTTAGCCAGTTCAAG----AAAATGTCCAAAATATTATGGTTATATA-ATTGATG---ACTGTGGGAGTTTGGTGAGGATCAAATTCACAATGAG--GGTACTAGAGTGCACACAAGATCAAA------------TT--G-----ATTAAAGGGCCATAGCTCCAGCAT---TGATTGGGC-AA--------TTTGACCAG--TTTATG----AACTTGTGCTTGGAGCACACACAAGGTCAAATAGTGCAGTTTTTTATTTTCTAAGGGCCATAACTCCGACTTTAAT-TTTCAACTTGGCCAGTTCATGAACTTGTCAGAGATATTATGGTTATATAACTACTGTGCAAGTTTGGTGTCTGAGAGGAGCCAATGAAAAATGCAGATGCTAGAGTGCATGTTACATTGATCAATGCAATTTa
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gi|6 : ttgaggttaGTG-TTAGAGTGCACACAAGGTCAAACATTGCATTTTTTAATATATCAAGGGCTACAACTCTGACATTAATAATCCAATTTGGCCAGTTCAAGAATTCATTGAAGATATTATGc
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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