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Reference ( gi|2 )            :  TTGTTGCGAGCCGGCTACTTCTCAGGTGGTTGAAGATC-AAGTTAGTGATTTAAACTATTAAATAACTGTTTCAAGTATAAACTAAGGCAGACTCCGCTTTAGATATCCCAATTA----AAT----------AA--------------------------AAT-------------AGGAAAGCAAAAGAGTAAACAAGATTATGCTCGATTTTCTATACTTT-AATTGTCAATCAGATAATCATTAAAAATCTACAAG-------TGTGAGTAACATGAATAATAATAATAATACAAAATGCCAACTTAATTCACTTAAAATAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCAAAAATGCCTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTATATTTATTACACTATGCTTAGAGCTAATTCATAAAATGTGTAAAATTATAAGCTTTAGAAATTTAAA-----TTA--T-TT---AATACT---A------ACTAAAACTTCCAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGCATTCATAAAGAAAATGTGCGGAG---TCCAGAATTCAGTTTGCACTGACTATTTATACATAAACTGATCCCGGAAATAAATGTGCTGGAATCCCACAACATA-ATAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATTAAAAACTACGGGAACGTCATCCAGCAAATAACCGG-AACTCGGAATAA--------ATT---CTA------------------------C--T--TTAA-----------AC-----CA--------------GTG--ATT-----AAACACTATA----------AAT--------GTATTAAAG------TA-TTACAATAGACTTTATGAAT--AAAAAGAACAAATATTAAACTACAATTTCATACTTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAATATTTATTTTAACAA-AGA-A-AAACTTAGTCAATAATAAACTCTG-GAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TAGCTTCCTCATCAATGACAGGTGCTCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAA-GAATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGTAA--A--AATGCTATGAGTGAAATAATGATAATACAGATTTAACTTTTTTAAGTAGACTTAGCTTATAGAAATAG-TTATAA-CC-TTCACCACTTGCGTAA-ACAAA-AATTTA--CACAATAGCACATTTTA
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gi|1                          :  TTGTTGCGAGCCGGTGGCTCCTCAGGCGTTTCAAGATCGAAGTT-GTGTTTTAAACACTTAAATCACCGGTTATAGTATA----------GACTTCGCTTTAAATATTTCAATTAAATAAATCTCTTCAACCAA--------------------------AATGATCAACCGAAGTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACAAGATAACGCTCAATTTTCTATACTTTTAATGGTCTATCATGTAATCGTTAATAATCTACAAGACTTTAGTGTTTTTAACATGAATAATAACA-T--TACAAAATGTCAACTTAATTCATTTAAAATAAACCGAAATAAATCAGTTTCC-AAAAATAT-TAT--GTCTGCTTCGTTGTTCTATAT-----AAAATATACTCAGATCTAATTGATAACATGTGTTAAATTA--AGTTTTCGAAATT-AAA-----TTT--T-TTTTTAATACTTATATCTTTTACTAAGACTTATAA-GAAAGAGACACGAAACTTCAAGTGTTTTTACAAAGAAAATGTGCAGAG---TCAAGAATTCAGTTTGCACTGAC---------AGAAACTGATCCCGCAAATAAATGTGCTGGACTCTCACAACATA-TTTGTAAGGACTTCCGGAAAAGGACGTCGTGAACGTCGCCCCGAATAATATATATGGGAATTACTGTGTTAA----TA--------TCTTCCAGCAAATACCGGG-AACTCGCAATAA--------ATT---ATA------------------------C--TACTCAAAAATGCACAGTAC-----CATCGCCTTTTAAACCGTG--ACT-----TAACAATAT-----------AAT--------GGATTAAAG------TA-TTACAATAAAGGTTATAAATTAAAAAAAAACAAGTATAAAACTACGATGTCATACCTTTGTATTTATTTTGAATACATTATAAAGTTTTTGTTTTATC----GATA-AAACTTTATCAGTAATGAATTTTT-GTGATGTTATGTTTCTATCAAACTAGT-----TA-CAAGCTCCCACAGTGCTTTACTACAACAACAACAACACCG-TGGCCGCCTCAACAACAACCGGTGCTCTTTTGAAAGTAATAAGTCGA--TTTAAA-CAAAATACATGTAGTTATGCCAATTATATAAGATGTTTACTGACTATTTATTGTGAATA--AAT--CATGGTTGAAAAGATAATAGTAAAGATTTAAATTATTTGAGTATAACTAGCTTGTAGAAATGG-TTATAATTC-TGCACCAAGTATTTAA-ACAAA-AATGCA--AACATCAGGACATCTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|6                          : aTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATC-GAGGTAGAGATT-----------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTAAATATCTCAATTA----AAT----------AA--------------------------AGT-------------AGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTATGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTGTCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATATTTATTGCACTATGCTTAGATCTAATTTATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT---AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTATACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATA-TTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggagaaatacaggcataaccatatcac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTATATTTATTACACTATGCtacagtgcgnnnnnnnnnntcgtcccgaataaaatatgtggtacagtgcgaggataccacttatattgtaatgcactttaccggaagaagaagaagc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATTAAAA-----GTA--T-TT---AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGCGGAG---TCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTaaataaaagtgctggaatcccacaacatattaataaggattcccgacaaatgacgtcgtggacgtcgttccgaataaaatatttgggaaatcccgcataaaaaactatgggaacgtcttcaagcaaataacgggaactcgcaatcaactttactattaaaaaatgcacagtaccatcacctttaaaccagttattaaacattataaattataaaatgtattaaagtattacaataaactttatgtattaaaagaacaaatattgaactacaatatcatacctttgtattaattttgcatacattgtaaagtatttattttagcgactaaactttatcagtaatgaattctttagatgttatgtatctggtaacctagtacatgtaccaggctcccataatgctctactacaataacaacaacatggcttcctcaacaatgacaggtgctttgaaagtgatcaatcgatttaaacaaaaatacatgtagttataactatgacataagatgattactgactagataagttaataaactatgaatgaaatgatgatagtaaagatttaacttaagtagacttggcttgtagaaatggttataacctgcatcacttgcgtatacaaaaatgtaaacaacagcacattttaccggaatatccgtgcataacaata
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTT---CTACTATTCCAAAAA--------------TGCACGGTACCATCACC-TTTAAAC-----CAGTG--ATT-----AAACACT--------ATA----------AA-TGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATA--AAAACGATAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAAAGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACT---TTACTATTAA-AAAA--------------TGCACAGTACCATCACC-TTTAAAC-----CAGTT--ATT-----AAACA-TTATAAATTATA----------AAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATT--AAAAGAACAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGC--GACTAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-----------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA-----TCTCAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATT-A-TGCTCAATTTTCTATACTTC-AATT-G-TCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT--AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-----AAAC------------TA----------AA-TTT-TAAAAG------AAATTACAACAATTCTTATAAATT--AAAATAACAAGTATTAAACTATAATTCTATACCATTGCACTAATTTTCCATACATTATAATGAATTGATTCTAGC--GATAGAACTTTATCATTAATGCATATGTGAGATGATATATGTCTGGTAACCTGGT-----TA--------------TGATTTACTACAACATGATCAA-A-CA-CGGCTGCTAAAACAATGACAGGTGCTCTTTTGAGAGTG--AGAATGAGTTTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGTAATAAGATAATAACTGACTAGATAAAGT--AATTA--AA--CTATGGTTGAAATGATGATAGCAAAGACTTAACATATTCAAGTAGAATTTACTTGTAAACTCGATTATGA-TTATGCATATCTTGCTAATACAAAGAATGTAATCACAAT--CACATTtacagtgcgnnnnnnnnnntcgtcccgaataaaatatgtggtacagtgcgaggataccacttatattgtaatgcactttaccggaagaagaagaagc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TGGCTTCCTCATCAATGA-AAATACTCTTTTGAAAGTAATAGATCGG--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AAG-CTATGAGTGAAATAATGATAGTAAAGATTTAACTTATTCAAGTAGATTTAGCTTATAGAAATGGTTATAA-CC-TGTACCACTTGTGTATACACA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAacccagaactccgaacataacagtattgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATT-AAAAGTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGC---GGAGTCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt
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Unaligned ( gi|18 ): CTACCACTTATATGGTGATGCACTTTACCGGAAGAA






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gi|3                          :     TTGTTGCGAGTCGGCTACTTCTT--GTGGTTGAAGATCGA-AT-AGTTATTTAA----T--TAAATCATTGGTTAAACTATAAACTAAAGCTGACTCCGTTTTATATGTTCCTACTAAATAAATCTCTTCAGTT-------------------AAATGA--------ACAACTGAAGTAAGAAAGCAAATGAGTAAACAA--------CTTG-----CTATACTTT--------CAATCATGTAGTCTTTGATAATCTACAAG-------TGTGTGTAACATGAATAATAATA-C--TACAAAATGTCAACTTAACCTACTTAAAAAATATCTAAATAAATCAGTTTCCCGAAA-TGCTTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTTAAT--------CTATAA-CA---T--GATTAGATGTA-ATTT--------ATAAAATGTGTTGAATTAC--GCTTTAAAAATTAAAA-GTGCTT--AA-------AACT---T------ATTAAGACATACAAATAAAGAAACATGAAACTTCAGGTGTATTTATGAAGAAAATGTGCGGAG---TCCAGAAAACAGTTTACATTGCCTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCGCCAATAAACGTGCTGGAATCCCACAACATATGTGTAAGAAATCCCGAAAAATAACGCCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTGTTGGAACTTCTTCCAGCAAATACTGGAAACTCGCAATGAATTCTACTATT---CAAA--CATGTACAG-TACCATCACC--T-AAAACATATAA-TAAATA-T---------TTAA-TATATTAAAGTGGTTATA-TTAAAATAAACTTTATTAATTAAAAGAA--CAAATATTAAAATACAATTGTATACATTTGTACAAATTTTGCATACATTATAATTTATTTATTTAAGCGA--T--AAAACTTTATCAGTAAAGAATTCTTGAAGTGTTATGTTTTTAGTAACCTAGT-----AA-CAGGCTCCCATAATGCTGTACTACAACAAC----A-A-CA-TGGCTGCCTCAACAATGATAGGTGCTATTTTGAAAGTGATAAATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTTTGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGGT--AA--ATTAA--CTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTTCTACTATTCCAAAAA--T--GCAC-GGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTGATTAAACACT--------ATAAA-TGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATAAAAACGA--TAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAA--AGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACTTTACTATT---AAAAAAT--GCACAG-TACCATCACCTTT-AAACCA-GTTATTAAACA-TTATAAATTATAAAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATTAAAAGAA--CAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGCGA--C--TAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-------------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA----TCT-CAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTA-TGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTG-TCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTT--AAATATTAATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAAC------------TAAA-TTT-TAAAAG------AAATTACAACAATTCTTATAAATTAAAATAA--CAAGTATTAAACTATAATTCTATACCATTGCACTAATTTTCCATACATTATAATGAATTGATTCTAGCGA--T--AGAACTTTATCATTAATGCATATGTGAGATGATATATGTCTGGTAACCTGGT-----TA--------------TGATTTACTACAACATGATCAA-A-CA-CGGCTGCTAAAACAATGACAGGTGCTCTTTTGAGAGTG--AGAATGAGTTTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGTAATAAGATAATAACTGACTAGATAAAGT--AATTA--AA--CTATGGTTGAAATGATGATAGCAAAGACTTAACATATTCAAGTAGAATTTACTTGTAAACTCGATTATGA-TTATGCATATCTTGCTAATACAAAGAATGTAATCACAAT--CACATTtacagtgcgnnnnnnnnnntcgtcccgaataaaatatgtggtacagtgcgaggataccacttatattgtaatgcactttaccggaagaagaagaagc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TGGCTTCCTCATCAATGA-AAATACTCTTTTGAAAGTAATAGATCGG--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AAG-CTATGAGTGAAATAATGATAGTAAAGATTTAACTTATTCAAGTAGATTTAGCTTATAGAAATGGTTATAA-CC-TGTACCACTTGTGTATACACA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAacccagaactccgaacataacagtattgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATTAAAA-GTATTT--AA-------TACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGCGGAG---TCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt
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Unaligned ( gi|18 ): CTACCACTTATATGGTGATGCACTTTACCGGAAGAA






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gi|3                          :     TTGTTGCGAGTCGGCTACTTCTT--GTGGTTGAAGATCGA-AT-AGTTATTTAA----T--TAAATCATTGGTTAAACTATAAACTAAAGCTGACTCCGTTTTATATGTTCCTACTAAATAAATCTCTTCAGTT-------------------AAATGA--------ACAACTGAAGTAAGAAAGCAAATGAGTAAACAA-------CTTG-----CTATACTTT-------CAATCATGTAGTCTTTGATAATCTACAAG-------TGTGTGTAACATGAATAATAATA-C--TACAAAATGTCAACTTAACCTACTTAAAAAATATCTAAATAAATCAGTTTCCCGAAA-TGCTTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTTAAT--------CTATAA-CA---T--GATTAGATGTA-ATTT--------ATAAAATGTGTTGAATTAC--GCTTTAAAAATT-AAAAGTGC-------TT--AAAACT---T------ATTAAGACATACAAATAAAGAAACATGAAACTTCAGGTGTATTTATGAAGAAAATGTGC---GGAGTCCAGAAAACAGTTTACATTGCCTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCGCCAATAAACGTGCTGGAATCCCACAACATATGTGTAAGAAATCCCGAAAAATAACGCCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTGTTGGAACTTCTTCCAGCAAATACTGGAAACTCGCAATGAATTCTACTATTC--AAACA-TGTACAGTACCATCACC--T-AAAACATATAA-TAAATA-T---------TTAA-TATATTAAAGTGGTTATA-TTAAAATAAACTTTATTAATTAAAAGAA--CAAATATTAAAATACAATTGTATACATTTGTACAAATTTTGCATACATTATAATTTATTTATTTAAGCGA--T--AAAACTTTATCAGTAAAGAATTCTTGAAGTGTTATGTTTTTAGTAACCTAGT-----AA-CAGGCTCCCATAATGCTGTACTACAACAAC----A-A-CA-TGGCTGCCTCAACAATGATAGGTGCTATTTTGAAAGTGATAAATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTTTGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGGT--AA--ATTAA--CTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTTCTACTATTCCAAAA-A-TGCACGGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTGATTAAACACT--------ATAAA-TGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATAAAAACGA--TAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAA--AGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACTTTACTATTA--AAA-AATGCACAGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTTATTAAACA-TTATAAATTATAAAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATTAAAAGAA--CAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGCGA--C--TAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-------------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA----TCT-CAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTATGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTGTCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT--AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TGGCTTCCTCATCAATGA-AAATACTCTTTTGAAAGTAATAGATCGG--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AAG-CTATGAGTGAAATAATGATAGTAAAGATTTAACTTATTCAAGTAGATTTAGCTTATAGAAATGGTTATAA-CC-TGTACCACTTGTGTATACACA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAacccagaactccgaacataacagtattgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATT-AAAAGTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGC---GGAGTCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt
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Unaligned ( gi|18 ): CTACCACTTATATGGTGATGCACTTTACCGGAAGAA






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gi|3                          :     TTGTTGCGAGTCGGCTACTTCTT--GTGGTTGAAGATCGA-AT-AGTTATTTAA----T--TAAATCATTGGTTAAACTATAAACTAAAGCTGACTCCGTTTTATATGTTCCTACTAAATAAATCTCTTCAGTT-------------------AAATGA--------ACAACTGAAGTAAGAAAGCAAATGAGTAAACAA-------CTTG-----CTATACTTT-------CAATCATGTAGTCTTTGATAATCTACAAG-------TGTGTGTAACATGAATAATAATA-C--TACAAAATGTCAACTTAACCTACTTAAAAAATATCTAAATAAATCAGTTTCCCGAAA-TGCTTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTTAAT--------CTATAA-CA---T--GATTAGATGTA-ATTT--------ATAAAATGTGTTGAATTAC--GCTTTAAAAATT-AAAAGTGC-------TT--AAAACT---T------ATTAAGACATACAAATAAAGAAACATGAAACTTCAGGTGTATTTATGAAGAAAATGTGC---GGAGTCCAGAAAACAGTTTACATTGCCTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCGCCAATAAACGTGCTGGAATCCCACAACATATGTGTAAGAAATCCCGAAAAATAACGCCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTGTTGGAACTTCTTCCAGCAAATACTGGAAACTCGCAATGAATTCTACTATTC-AAACATGTACAGTACCATCACC--T-AAAACATATAA-TAAATA-T-T--------TAATATATTAAAGTGGTTATA-TTAAAATAAACTTTATTAATTAAAAGAA--CAAATATTAAAATACAATTGTATACATTTGTACAAATTTTGCATACATTATAATTTATTTATTTAAGCGA--T--AAAACTTTATCAGTAAAGAATTCTTGAAGTGTTATGTTTTTAGTAACCTAGT-----AA-CAGGCTCCCATAATGCTGTACTACAACAAC----A-A-CA-TGGCTGCCTCAACAATGATAGGTGCTATTTTGAAAGTGATAAATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTTTGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGGT--AA--ATTAA--CTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTTCTACTATTCCAAAAATGCACGGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTGATTAAACACTAT--------AAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATAAAAACGA--TAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAA--AGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACTTTACTATTA-AAAAATGCACAGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTTATTAAACATTATAAATTATAAAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATTAAAAGAA--CAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGCGA--C--TAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-------------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA----TCT-CAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTATGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTGTCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT--AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TGGCTTCCTCATCAATGA-AAATACTCTTTTGAAAGTAATAGATCGG--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AAG-CTATGAGTGAAATAATGATAGTAAAGATTTAACTTATTCAAGTAGATTTAGCTTATAGAAATGGTTATAA-CC-TGTACCACTTGTGTATACACA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAacccagaactccgaacataacagtattgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATT-AAAAGTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGC---GGAGTCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt
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Unaligned ( gi|18 ): CTACCACTTATATGGTGATGCACTTTACCGGAAGAA






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gi|2                          : acttTTGTTGCGAGCCGGCTACTTCTCAGGTGGTTGAAGATCAA-GTTAGTGATTTAAAC--TATTAAATAACTGTTTCAAGTATAAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------GATA----TCC-CAATT-------------------AAATAA--------A--------ATAGGAAAGCAAAAGAGTAAACAAGATTATGCTCGATTTTCTATACTTT-AATTGTCAATCAGATAATCATTAAAAATCTACAAG-------TGTGAGTAACATGAATAATAATAATAATACAAAATGCCAACTTAATTCACTTAAAATAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCAAAAATGCCTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTATAT--------TTATTA-CACTAT--GCTTAGAGCTA-ATTC--------ATAAAATGTGTAAAATTATAAGCTTTAGAAATT-TAAATTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAAACTTCCAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGCATTCATAAAGAAAATGTGC---GGAGTCCAGAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACATAAACTGATCCCGGAAATAAATGTGCTGGAATCCCACAACATAATAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATTAAAAACTACGGGAACGTCATCCAGCAAATAACCGGAACTCGGAATAAATTCTAC--TTT-AAA--------------------------CCA-GTGATTAAACACTAT--------AAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAGACTTTATGAATAAAAAGAA--CAAATATTAAACTACAATTTCATACTTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAATATTTATTTTAACAAAGA--AAAACTTAGTCAATAATAAACTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TAGCTTCCTCATCAATGACAGGTGCTCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AATGCTATGAGTGAAATAATGATAATACAGATTTAACTTTTTTAAGTAGACTTAGCTTATAGAAATAGTTATAA-CC-TTCACCACTTGCGTAAACAAA-AATTTAC--ACAATAGCACATTTTA
gi|3                          :     TTGTTGCGAGTCGGCTACTTCTT--GTGGTTGAAGATCGA-AT-AGTTATTTAA----T--TAAATCATTGGTTAAACTATAAACTAAAGCTGACTCCGTTTTATATGTTCCTACTAAATAAATCTCTTCAGTT-------------------AAATGA--------ACAACTGAAGTAAGAAAGCAAATGAGTAAACAA-------CTTG-----CTATACTTT-------CAATCATGTAGTCTTTGATAATCTACAAG-------TGTGTGTAACATGAATAATAATA-C--TACAAAATGTCAACTTAACCTACTTAAAAAATATCTAAATAAATCAGTTTCCCGAAA-TGCTTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTTAAT--------CTATAA-CA---T--GATTAGATGTA-ATTT--------ATAAAATGTGTTGAATTAC--GCTTTAAAAATT-AAAAGTGC-------TT--AAAACT---T------ATTAAGACATACAAATAAAGAAACATGAAACTTCAGGTGTATTTATGAAGAAAATGTGC---GGAGTCCAGAAAACAGTTTACATTGCCTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCGCCAATAAACGTGCTGGAATCCCACAACATATGTGTAAGAAATCCCGAAAAATAACGCCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTGTTGGAACTTCTTCCAGCAAATACTGGAAACTCGCAATGAATTCTACTATTC-AAACATGTACAGTACCATCACC--T-AAAACATATAA-TAAATATT-T---------AATATATTAAAGTGGTTATA-TTAAAATAAACTTTATTAATTAAAAGAA--CAAATATTAAAATACAATTGTATACATTTGTACAAATTTTGCATACATTATAATTTATTTATTTAAGCGA--T--AAAACTTTATCAGTAAAGAATTCTTGAAGTGTTATGTTTTTAGTAACCTAGT-----AA-CAGGCTCCCATAATGCTGTACTACAACAAC----A-A-CA-TGGCTGCCTCAACAATGATAGGTGCTATTTTGAAAGTGATAAATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTTTGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGGT--AA--ATTAA--CTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTTCTACTATTCCAAAAATGCACGGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTGATTAAACACTAT--------AAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATAAAAACGA--TAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAA--AGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACTTTACTATTA-AAAAATGCACAGTACCATCACCTTT-AAACCA-GTTATTAAACATTATAAATTATAAAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATTAAAAGAA--CAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGCGA--C--TAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-------------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA----TCT-CAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTATGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTGTCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT--AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TAAAC----T--------AAATTT-TAAAAG------AAATTACAACAATTCTTATAAATTAAAATAA--CAAGTATTAAACTATAATTCTATACCATTGCACTAATTTTCCATACATTATAATGAATTGATTCTAGCGA--T--AGAACTTTATCATTAATGCATATGTGAGATGATATATGTCTGGTAACCTGGT-----TA--------------TGATTTACTACAACATGATCAA-A-CA-CGGCTGCTAAAACAATGACAGGTGCTCTTTTGAGAGTG--AGAATGAGTTTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGTAATAAGATAATAACTGACTAGATAAAGT--AATTA--AA--CTATGGTTGAAATGATGATAGCAAAGACTTAACATATTCAAGTAGAATTTACTTGTAAACTCGATTATGA-TTATGCATATCTTGCTAATACAAAGAATGTAATCACAAT--CACATTtacagtgcgnnnnnnnnnntcgtcccgaataaaatatgtggtacagtgcgaggataccacttatattgtaatgcactttaccggaagaagaagaagc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-CA-TGGCTTCCTCATCAATGA-AAATACTCTTTTGAAAGTAATAGATCGG--TTTAAAG-AATATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAGATAAGGT--AA--A--AAG-CTATGAGTGAAATAATGATAGTAAAGATTTAACTTATTCAAGTAGATTTAGCTTATAGAAATGGTTATAA-CC-TGTACCACTTGTGTATACACA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAacccagaactccgaacataacagtattgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATT-AAAAGTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGC---GGAGTCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt


blockSeqs                     :                            A                .  TA      T  ACTAT       A CT            A        A            TATGTTCCTACTA    AATC   T     AAATGAACAACTGAA                                                   G  TAT     A             A   T               A               .          AG             A   ATAA                             T                      CA   A   C   A                      ATGCCACAT   T A  C   TA C         C    CTTNNNNN            A     TA             A        TTAAATA  .       A                                                                    GGA                                  T   T                    T                                                                                          T                  A                                        C   C                  TTT      AT    T      C A AAATTATA             TGGTTA  A          C              G  .                                                  T                    AGA                              C        A              ACATG  C                                   . .  C     G     G      C                            GT       A                                                     TA  TT TT  TG      G                          T            C                       .  A                     G       TC
blockSeqs                     :                            A                .  TA      T  T           C TT            A        T            .                .      .     AAATAAA                                                           A  TAT     A             A   T               T               .          TG             A   TAC                              A                      CG   A   T   A                      T           A .  C   .  A         .    .                   G     TA             .        .        .       T                                                                    .                                    .   G                    C                                                                                          A                  T                                        .   A                  TTT      A     T      T A .                    .       .          C              G  .                                                  A                    AGA                              G        T              .      .                                   . .  .     T     T      T                            .        .                                                     .   T  .   G       G                          G            C                       .  .                     .       . 
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): TTACAGTGTGAAGATGTCACTTATATAATTATGCATTTTGTCGGAAGAAGAAGAGA
Unaligned ( gi|14 ): TACAGTGTGAGGATGTCAAATATATGGTGATCAATGCACTTTACCTGAATAAGAA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGTGCGAGGATACCACTTATATGGTCATGCACTTTACCGGAAGAAGAAGAA
Unaligned ( gi|16 ): TGCGAGGATACCATTTATATAGTGATGCACCTTACCGGAAGAAGAAGAA
Unaligned ( gi|17 ): GTACCACTTATATGGTGATGCACTTTATTGGAAGGAAAAGAAGA
Unaligned ( gi|18 ): CTACCACTTATATGGTGATGCACTTTACCGGAAGAA






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gi|3                          :     TTGTTGCGAGTCGGCTACTTCTT--GTGGTTGAAGATCGA-AT-AGTTATTTAA----T--TAAATCATTGGTTAAACTATAAACTAAAGCTGACTCCGTTTTATATGTTCCTACTAAATAAATCTCTTCAGTT-------------------AAATGA--------ACAACTGAAGTAAGAAAGCAAATGAGTAAACAA-------CTTG-----CTATACTTT-------CAATCATGTAGTCTTTGATAATCTACAAG-------TGTGTGTAACATGAATAATAATA-C--TACAAAATGTCAACTTAACCTACTTAAAAAATATCTAAATAAATCAGTTTCCCGAAA-TGCTTATAAGTCTGCTTTATTGTTCTTAAT--------CTATAA-CA---T--GATTAGATGTA-ATTT--------ATAAAATGTGTTGAATTAC--GCTTTAAAAATT-AAAAGTGC-------TT--AAAACT---T------ATTAAGACATACAAATAAAGAAACATGAAACTTCAGGTGTATTTATGAAGAAAATGTGC---GGAGTCCAGAAAACAGTTTACATTGCCTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCGCCAATAAACGTGCTGGAATCCCACAACATATGTGTAAGAAATCCCGAAAAATAACGCCGTGAACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTGTTGGAACTTCTTCCAGCAAATACTGGAAACTCGCAATGAATTCTACTATTC-AAACATGTACAGTACCATCACC--T---AAAACATATAA-TAAATATT-T---------AATATATTAAAGTGGTTATA-TTAAAATAAACTTTATTAATTAAAAGAA--CAAATATTAAAATACAATTGTATACATTTGTACAAATTTTGCATACATTATAATTTATTTATTTAAGCGA--T--AAAACTTTATCAGTAAAGAATTCTTGAAGTGTTATGTTTTTAGTAACCTAGT-----AA-CAGGCTCCCATAATGCTGTACTACAACAAC----A-A-CA-TGGCTGCCTCAACAATGATAGGTGCTATTTTGAAAGTGATAAATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTTTGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGGT--AA--ATTAA--CTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTAT-ACATAAACTGATCCCACAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGAACGTCGTCCCGAA-AAAATATGTGGGAAATCCCGCATAAAAAACGGTGGGAACGTCGTCCAGCAAATAATGGAAGCTCGGAATAAGTTCTACTATTCCAAAAATGCACGGTACCATCACC--TTT-AAACCA-GTGATTAAACACTAT--------AAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAGAGTTTATGAATAAAAACGA--TAAATACAAAACTACAATTTCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTTTAAAGTATTTATTTTAACAA--AGAAAAACTTAGTCAATGATAAATTCTGGAACTGTTATGTATCTGGTAACCTAGT-----TA-CAGGCTCCCATAATGCTTTACTACAACAACAACAA-A-TA-TGGCTTCCTCATCAATGACAGGTGATCTTTTGAAAGTGATAGATCGA--TTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGACATAAGATGATAACTGACTAAATAAGGTTAAA--A--AG--CTATGAGTGAAATAATGATAGTAATAATTTAACGTATTTAAGTAGACTTAGCTTATAAAAATGGTTATAA-CC-TGCACCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAATAGCACATTTTAgcataacagtagcttagacattggtcattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTATTACA----CT-AT---GCAAATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAATAAGGATTCCCGACAAATGACGTCGTGGACGTCGTTCCGAATAAAATATTTGGGAAATCCCGCATAAAAAACTATGGGAACGTCTTCAAGCAAATAACGGGAACTCGCAATCAACTTTACTATTA-AAAAATGCACAGTACCATCACCTTT---AAACCA-GTTATTAAACATTATAAATTATAAAATGTATTAAAG------TA-TTACAATAAACTTTATGTATTAAAAGAA--CAAATATTGAACTACAATATCATACCTTTGTATTAATTTTGCATACATTGTAAAGTATTTATTTTAGCGA--C--TAAACTTTATCAGTAATGAATTCTTTAGATGTTATGTATCTGGTAACCTAGTACATGTACCAGGCTCCCATAATGCTCTACTACAATAACAAC-A-A-CA-TGGCTTCCTCAACAATGACAGGTGC---TTTGAAAGTGATCAATCGA--TTTAAACAAAAATACATGTAGTTATAACTATGACATAAGATGATTACTGACTAGATAAGTT--AAT-A--AA--CTATGAATGAAATGATGATAGTAAAGATTTAAC----TTAAGTAGACTTGGCTTGTAGAAATGGTTATAA-CC-TGCATCACTTGCGTATACAAA-AATGTAA--ACAACAGCACATTTTAccggaatatccgagcataacattaac
gi|6                          : tctaTTGTTGCGAGCCGGCTATTTCTCAGGTGGTTGAAGATCGA-GGTAGAGATT-------------------GGTTAAAATATCAACTAAGGCAGACTCCGCTTTA-------------AATA----TCT-CAATT-------------------AAATAA--------A--------GTAGGAAAGCAAAAGAGTAAACACAATTATGCTCAATTTTCTATACTTC-AATTGTCAATCATGTAAACATTGATAATCTACAAC-------TGTGCATAACATGAAGAAT--TA-TACTACAAAATGCCAACTTATTTCACTTAAAACAGACCTAAATAAATCAGTTTCCCTAGAATGCCTATAAATCTGCTTTATTGCTCTATAT--------TTATTG-CACTAT--GCTTAGATCTA-ATTT--------ATAAAATGTGTT---TTATAAGCTTTAGAAATTAAAAAGTATTTAAATATT--AATACT---G------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGAAA-TTCATGTGTATTTATAAAGCAAATGTGCGGAGGAGTCCAAAATTCAGTTTGCACTGACTATTTAT-ACAGAAACTGATCCCTTAGATAAAAGTGCTGGAATCCCACAACATATTAGTAAGGACTCCCGAAAAATGACGTCGTGTACGTCGTCCCGAATAAAATATGTGGccggaatatccgtgcataacaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAAC----T--------AAATTT-TAAAAG------AAATTACAACAATTCTTATAAATTAAAATAA--CAAGTATTAAACTATAATTCTATACCATTGCACTAATTTTCCATACATTATAATGAATTGATTCTAGCGA--T--AGAACTTTATCATTAATGCATATGTGAGATGATATATGTCTGGTAACCTGGT-----TA--------------TGATTTACTACAACATGATCAA-A-CA-CGGCTGCTAAAACAATGACAGGTGCTCTTTTGAGAGTG--AGAATGAGTTTTAAAC-AAAATACATGTAGTTATGACTATGTAATAAGATAATAACTGACTAGATAAAGT--AATTA--AA--CTATGGTTGAAATGATGATAGCAAAGACTTAACATATTCAAGTAGAATTTACTTGTAAACTCGATTATGA-TTATGCATATCTTGCTAATACAAAGAATGTAATCACAAT--CACATTtacagtgcgnnnnnnnnnntcgtcccgaataaaatatgtggtacagtgcgaggataccacttatattgtaatgcactttaccggaagaagaagaagc
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgacttgtataaatgtataatattcaatttgtgtcactctatatgatgtatttacatgttgtattttgggccggaggcctatattacttaataaagtatgtatatgtTATTGT-CTATGTATGCCACATTATTAACACTATTAG-TTACCTCTACATTTCTTNNNNNNNNNNATGTGTTTAATTATAAACTTTAGAAATT-AAAAGTAT-------TT--AATACT---A------ACTAAGACTTACAAAGAAAGAGACACGGAACTTCAGGTGTATTTATAAA-AAAATGTGC---GGAGTCCTGAATTTAGTTTGCACTGACTATTctagaatatccgagcataacatt
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