lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333 444444 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 1 11111 33333333333 1 1 1 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 111 22 00000000000000000000000000000000000000000000000 2
lowQualScore : 7 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 2222222222 7 333333 5 00 99 1 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 000000000000000000 3 6 1 8888 55555 1 11111111111 5 1 5 6 5 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 0 555 22 777 44 33 88 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 7 3 6 6
lowQualScore : . . ................................................................................................................................................................................... . . .......... . ...... . .. .. . . . .................................................................................................................. . .................. . . . .... ..... . ........... . . . . . . ................................................................................................................................................... . . ... .. ... .. .. .. ............................................... . . . . .
lowQualScore : 0 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 2222222222 1 999999 3 00 22 4 0 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 333333333333333333 6 4 6 5555 22222 1 66666666666 0 0 0 0 0 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 222 88 555 55 88 55 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 3 0 0 0
consensus : CCTTTTGGGGGAGACGT-A----------TTT---TTGG-------ATGTCT---CCGT--NTGTCCG---T-CCGTCACAAA-CGT-GTCCGCTNCGTAA-NTTTTGAATGCA---NG---G-GA---TT--T-TAAATAACT-TTGCACAAAT-GTTTNCCATATTGAG----A---T-ATG--CAG-AGCAC-AACTTCCAGTCAT-G--TN---G--GTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGA-GTCGGAGG-TCAA--ACAGGNAGA----------CC---TNTTTCGTGTCCGCTC--A-ACAT-TTTTTA-A-T---------AACTTG--G-------AAN-------AAC-TG-----------T----------TTGCCATATCGAGA-CGATGTGCA-GAGCG--CAAC-TTCNAGTCAT----GTTGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGAGGT-AAAGGTCAAACAGGCAGTATTTCGTGT---CC--GC-TC---AC----TTTTTAACCGCTTGAGGGAT-T----TTGCA-A--TGCTTTGCACAACTAATATCCATATCAAGNCGATGTGCAATGCGATCTGATCCATNTATGNCCGNNTCGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAA-TGTATTCGNTCCATAAA---ATCTCTAAAGNTTTTGACTTGG---------AT---AG--G--TG---GGANGAA-TGGGNGA--GACATATATGTTTTTGTGACAAAAACAAC
Reference ( gi|1 ) : CCTATTGGGGGAGACAT-A----------TTT---TTGG-------GTATCT---CCAT--ATGTCTG---G-CCGTCACAAAACAG-GTCAGCTGCATAA-CATTTGGATGCA---GG---G-GA---TT--T-TAAATAACT-TGGGATAAAT-GTCTACCGGAATGAG----A---T-ATG--CAG-GGCAG-AACTTCCAGCCAT-G--CA---G--GTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGACATGACAAAAG-CCAA--ACAAGCAG-----------CC---TTTTTTTTGTCGGCTC-GAGACAT-TTTTTA-A-T---------AACTTG--G-------AAA-------AAC-TG-----------T----------TTGCCATATTGAGA-TGGTATGCA-AAGCT--CAAC-TTCAAGTGAT----GTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAAAAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGT---CT--GC-T----A-----TTTTTAACCGTTTGAGAAAT-T----TTGCAAA--TATTTTGCACAA----TGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTG-TT--TCT---TTCATTTAACTGTTC----------CTAT--ATCCATTTGTCACAAAA-TGTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG--G--TG---GGGAAAA-GGGGAGACTGGCATATATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|11 : CCTTTTGGGAGAGACAT---------------------------------------CAT--GTTTTTA---G-CTGTGAT----TGGTGTCAGT--CATAA-AGTATGTATACA---GTAT-G-GA---TTGTT-TAAATTAC--------AAAT-ATTTACCATGTTGAG----AAAAT-AAG--CTG-ATTAT-AACTTTCAGTCAT-G--TT---A--GTTCAAGGTCATGGTCATACTGA
gi|2 : CTTTTGGGGGATAT-T-G----------TTG---TTAGCTTGTCTGTCTGT---CCGT--ATGTCTGTC-T-CTTTCACAAATCAT-GT---CTGC---A-CAT---AATG-A---AA---G-GA----T--T-TAAATAATG-TGACATAAAT-ATTTGCTATTTTGAGGCTTA---T-ATG--CAGAAGC---AACATCCAGTCAT-G--TT---G--GTTTAAGTTCAAGGTCATACTG-------GGAGG-TCAA--ACAGGCAA-----------CA-----TTTCATGTCCACTC----ACATCTTTTT----T---------AACTGGTTG-------AGATATATGTAGT-TGCACAGGTGT--T----------TTGTCATATTGAGA-CAGT-TGGG-CAGCTTGCAGT-TTCCAGCAAT----GTTGGT------TTAAGATTGT
gi|17 : CTTTTAGGGGAGACGTCA----------TTT---CTAGCTGCG--ATGTCTGATCC-T--CTGTCTA---G-CCATCACAAATCAT-GTCCATTTTGTAA-TTTTTGAATGTA---
gi|7 : actTTGGAGGAGATAT-ACGGTATTGTTTTTAACTTGG-------ATGTCT-----GT--CTGTCCA---T-CCATCACAA--CTGTGTCCACTCCATCA-GTTTTAAATGCATAAAG---G-GA---TT--TATAACTAACT-AAGCACAAAT-GTTTTCCATATTGTG----A---T-ATGTGCAG-AGGAT-AACTTTCAGCCAT-G--TT---G--GTTTACGGTCAAGGTTGTAtga
gi|3 : cctgt----------TTT---TTAG----------TTT---GCATGCATGTCTGTCAGTCCGTCACAAAGCGT-GTCCGCTG-GTAATCTTTTGAATGAA---TG---A-TATTTTT--T-TAGAT-ACTGTTGCACAAAT-ATTAACCGTAA--AG----A--------------------AACTTC---CCAC-G--AATTCG--CTTCAAGGCCAAGATCATACTGAGATGTCAGAGG-CAAAGTAGAAGAAGA----------CC---ATGATCT------CTC---CATAT-CGTTTA-A-T------------TTT--T-------AA-------------------------T----------TTTCCATAATAAGA-CAATGTTTA-AAGAA--CACT-TTTAAGTCAT----GCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGA
gi|12 : g---TTGG-------ATGTCT-----------GTCAG---T-CCGTCACCAACCAT-GTCCACCACATCA-TTTTTGAATGCA---TGTAAG-GA---TT--T-TAAATCATT-TTGGTCCAATCGTTTTCCCTATTGAG----A---CAATG--T----GCTC-AACTTTCAA--AT-GTTTA------ATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|10 : taac---TTGG-------ATGTCT-----------GTCCG---T-TCGTCATAAA------TCTGTTTCG--A-TTTTTTAATGCA---TG---GTGAAACTT--A-TAAAAAACT-TTACACAAAT-TATTGCCATATTGAG----A---C-G-----------AT-AATTGCCAGTCAT-G--AT---G--GTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAGAGGTCAATGG-TCAA--A
gi|5 : tagc---CCAT--CCATCCG---T-CCGTCACAAAACGT-ATTAGCTCCATAA-AATTt
gi|19 : tcaaggtcgtgctgagggccaattgtcaaataggcagaatttcgtgtttcaggttttttttattgctttagggattttgtaaatactttccacaactaatatccatatcaaaacgatgtgcaatgcgatctgatctgtatgtccgtatggctgtccgtccgtctgcTGAAT-GTTAACCACAGTGAG----A---CGATGGTCAA-ATCAC-AATTTCCAGCCAT-G--TC---G--GTTCAAGGTCAatttctaaggcttttgacttttggcaaagac
gi|6 : atcttttttatccttgttG----A---T-ATG--CAG-ACCAC-AATTTCAAGCCACCG--CA---GTTATTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAGA-GATAAAAGGTCAA--ACAGGTGG----------------TATTTCATGTTTGCTCCG---CAT-TTTA-A-A-C---------CACATG--A-------AGG-------ATT-TC-----------T----------TTGCTATATTAAGT-CGATATGCA-GAGTG--CAGC-TTCAAG
gi|4 : gatttttcaataacttaaatatattatttatattgtgct----A---T-GTG--CAA-AA-AGCAACTGCCAGTCAT-A--TATC-A--GTTTAAGGTCAAGGTCGTACAG-TA-GTCGGAGA-TCAA--ATAGGAAA----------------TATTTTGTGTCTGTTC-CATA-AC-TTTTTA-C-T---------TACTTG--GTGATTTCAAA-------TAA-TGGGGCACCAGGCT----------TTGCCATGTTGAGA-T-GTATA---------------TTC-----AT----CTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTACT--------AAAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCACT--CCAT----ATC---TTTTTAACc
gi|8 : ttatcatattaataca----A---T-TTG--CAG-AGTGC-AACTGCAAGTCAT-G--TC---G--GTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGA
gi|16 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattctaactgtgcacaactgttcgccatatcaagtca---T-GTA--CAG-AG-AGCAACTTCCAGTCAT-G--TT---G--GTTCAAgaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|5 : ctatatcagttgaactgcttgagtgttttttagatagtcacacatgcttgccatatcaggactgTCAAGGTCGTGCTGAGG-GCCAATTG-TCAA--ATAGGCAGAATTTCGTGTTTCAGGTTTTTTTTATT-GCTT-TAGGGAT-TTTGTA-A-A---------TACTTT--C-------CAC-------AAC-TA-----------A----------TATCCATATCAAAA-CGATGTGCA-ATGCa
gi|16 : GCTT-GAG-TGT-TTTTTAGA-T---------AGTC--------------A-------CACATG-----------C----------TTGCCATATCAGGA-CTGTGTACA-GAGAG--CAAC-TTCCAGTCAT----GTTGGTTCAAgatctgatctgtatgtccgtatggctgtccgtccgtctgcccatccatccgtccgtcacaaaacgtattagctccataaaattatttctaaggcttttgacttttggcaaagac
gi|6 : ctatatcagttgaactAT-TTTTCA-A-T---------AACTTA--A-------ATA-------TAT-TA-----------T----------TT---ATATTGTGC-TGATATGCA-GACCA--CAAT-TTCAAGCCACCGCAGTT-ATTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAGAGATAAAAGGTCAAACAGGTGGTATTTCATGT---TT--GC-TCCGCA-----TTTTAAACCACATGAAGGAT-T----T----------CTTTGC----------T--ATATTAAGTCGATATGCAa
gi|10 : gAT-TTTTTA-A-TGCATGGTGAAACTTAT-A-------AAA-------AAC-TT-----------TACACAAATTATTGCCATATTGAGA-CGATA--------------AT-TGCCAGTCAT----GATGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAGAGGTCAATGGTCAAAgagtgcagcttcaagc
gi|7 : tagcttggatgtctgtccgttcgtcataaatctgtttcg-TTTATA-ACT---------AACTAA--G-------CAC-------AAA-TG-----------T----------TTTCCATATTGTGA-TA-TGTGCA-GAGGA--TAAC-TTTCAGCCAT----GTTGGTTTACGGTCAAGGTTGTAt
gi|2 : cctgtttggaggagatatacggtattgtttttaacttggatgtctgtctgtccatccatcacaactgtgtccactccatcagttttaaatgcataaagggaTTTAA-A-T---------AATGTG--A-------CAT-------AAA-TA-----------T----------TTGCTATTTTGAGGCTTATATGCAGAAGC----AAC-ATCCAGTCAT----GTTGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---GG----AGGTCAAACAGGCAACATTTCATGT---CC--AC-TC---ACATCTTTTTTAACTGGTTGAGATATATGTAGTTGCACAGGTGTTTTG
gi|8 : cttttgggggatattgttgttagcttgtctgtctgtccgtatgtctgtctctttcacaaatcatgtctgcacataatgaaagga-T---------AACTGT--G-------CAC-------AAC-TG-----------T----------TCGCCATATCAAGT-CAATTTGCA-GAGTG--CAAC-TGCAAGTCAT----GTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGTACGATGTTAAAACGGCAGTATtcatattgagacagttgggcagcttgcagtttccagcaatgttggtttaagattgt
gi|12 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattc-------AAT-CG-----------T----------TTTCCCTATTGAGA-CAATGT------GCT--CAACTTTCAAATG-T-----TTAATTCAAGGCTAAGGTCGtccatttccgttccttatattttttga
gi|5 : taacttggatgtctgtcagtccgtcaccaaccatgtccaccacatcatttttgaatgcatgtaaggattttaaatcattttggtccTCAAGGTCGTGCTGA-GGGCCAATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGT---TTCAGG-T----T-----TTTTTTATTGCTTTAGGGAT-T----TTGTAAA--TACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC--TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAA-CGTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|9 : -ATCTG-TTCATCT---GTCAATTCACT--------------------ATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAG--TGTGTGGGGGGA-GGGGGGA---ACATATGTGTTT-TGTGACAAAAACAAttggcaaagac
gi|13 : TGTCACAAAA-TGTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG--GACTG---GGACAAT-TGGGTGA--GACATATATGTTtgatctagtttttatttactttt
gi|14 : TCACAAAA-TGTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAA-GTTTTACC--------------T---AG--G--TG---GCAAGAACTAGGAAAGTGGTAT-TATGCTTTTGTAACAAAAACAACatgtatcaacaactgtctagttttatattatgt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AGACAATATTCCTGTTCACTCCATATTTTTTTAACTGCTTCAGACATTTTTCAAATGTTCATCATATTGAAAAGTCATGCAGAGTGCACTTTCCAGACAT
Unaligned ( gi|18 ): TATCGAGACGATGTGAGTTTGCACTGATCCGTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAA
Unaligned ( gi|20 ): CACACATTTTGACATTATGGGACGACGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCCAATTGTCAAATAG
Unaligned ( gi|21 ): GTGTCTGTCCGTGCGTCCTTCACATATTGTGTCGCTCCTTAACTTTTAGATGCATGAAGGG
Unaligned ( gi|22 ): GCAAGGACTGGGAGAGGTGTGGAGACATTGTGTTTTTGTAACAAAAACAATCATCTGG
Unaligned ( gi|23 ): ATATATTGTTTTTAGCTTGGATGTCTGTCCATTCATCCATCTGTCCA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222 11 222222222222222 111111 3333333333333333333333 1111111 22222 11 444444 222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 777777777777 1 33333333 44444444444444444 111 111 111 6666666666666666666666666 111 11 1
lowQualScore : 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111 33333 66 4 9999 2 0 00 4 444444444444444 55 4 3 888888 3 1 555 3333333333333333333333 4 3 2222222 55 0 22222 0 11 1 888888 4 1 999 8 88 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 0 5 0 55 0 1 0 1 22222222 9 6 0 777 444444444444 8 0 3 3 0 55555555 7 999 1 0 2 3 6 88888888888888888 111 333 0 0 6 777 8 0 1 444 1 1 0 11 6666666666666666666666666 1 777 8 11 88 3
lowQualScore : . ................................................. ..... .. . .... . . .. . ............... .. . . ...... . . ... ...................... . . ....... .. . ..... . .. . ...... . . ... . .. . ...................................................... . . . . .. . . . . ........ . . . ... ............ . . . . . ........ . ... . . . . . ................. ... ... . . . ... . . . ... . . . .. ......................... . ... . .. .. .
lowQualScore : 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11 4 6666 4 5 33 0 333333333333333 55 0 2 555555 6 0 888 2222222222222222222222 2 3 1111111 00 1 55555 7 00 0 000000 6 4 222 0 33 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 0 2 66 8 0 4 8 66666666 6 5 2 000 000000000000 0 7 7 3 7 33333333 3 777 0 2 5 7 7 00000000000000000 000 000 8 2 5 555 0 8 0 000 8 0 8 00 0000000000000000000000000 0 666 8 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGAC-----GTC--ATT--------T---TTGG-----ATGTCT---CCG-TCTGTCC----GTCCGT--CACA-AA-C-GTGTCCGCTNCGTAA-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-TAAATAACT-TTGCACAAAT-GTTTACCATATTGA---G----A---T-ATG--CAGAGCGCAACTTCCAGCCA-TG---TT--G--GTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGAC-TATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGTCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTCCGCT-C-----A-GTTTTTTTA-ACCGNTTGAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCC-TNTATGTCCGTNTGNCTGTCCGTCCGTCCGCCCATCCA---TCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGGGAGAAA-TGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGAC-----GT---ATT--------T---TTGG-----ATGTCT---CCG-TNTGTCC----GTCCGT--CACA-AA-C-GTGTCCGCTNCGTAA-NTTTTGAA-TGCAN---G---G-GA---TT--T-TAAATAACT-TTGCACAAAT-GTTTNCCATATTGA---G----A---T-ATG--CAGAGCACAACTTCCAGTCA-TG---TN--G--GTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACCTNTTTCGTGTCCGCTC--AAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATCGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGTCATGTTGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGAGGT-A-AAGGTCAAACAGGCAGTATTTCGTGTCCGCT-C-----A---CTTTTTA-ACCGCTTGAG-GGATTTTGC-AA-TGCTTTGCACAACTAATATCCATATCAAGNCGATGTGCAATGCGATCTGATCCATNTATGNCCGNNTCGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCA---TCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGNTCCATAAA---ATCTCTAAAGNTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGGGANGAA-TGGGNGA--GACATA-TATGTTTTTGTGACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGAC-----AT---ATT--------T---TTGG-----GTATCT---CCA-TATGTCT----GGCCGT--CACA-AAAC-AGGTCAGCTGCATAA-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-TAAATAACT-TGGGATAAAT-GTCTACCGGAATGA---G----A---T-ATG--CAGGGCAGAACTTCCAGCCA-TG---CA--G--GTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAA--GCAG-CCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AAAA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTGCT-------A----TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCTTTCAT------TTAACTGTT----------CCTAT--A---TCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGGGGAAAA-GGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : ---TTGG-----ATGTCT----------GTCC----GTTCGT--CATA-AA------TCTGTTTCG--A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-TAAAAAACT-TTACACAAAT-TATTGCCATATTGA---G----A---C-G----------ATAATTGCCAGTCA-TG---AT--G--GTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGAC-----ATCATGTT--------T---TTAG-----CTGT-------GATTGGT------GTCAGT--CATA-AA--------------GTA------TGTA-TACAG---TAT-G-GA---TTGTT-TAAAT--------TACAAAT-ATTTACCATGTTGA---G----AAAAT-AAG--CTGATTATAACTTTCAGTCA-TG---TT--A--GTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : ---TTGG-----ATGTCT----------GTCA----GTCCGT--CACC-AA-CCATGTCCACCACATCA-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-TAAATCATT-TTGGTCCAATCGTTTTCCCTATTGA---G----A---CAATG--T---GCTCAACTTTCAA--A-TGT--TT--A--ATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGGGACAAT-TGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tTGTTCACTCCATAT-TTTTTTAACTGC-----------------T--T-CAGACATTT-TT---CAAAT-GTTCATCATATTGA---A----AAGTC-ATG--CAGAGTGCACTTTCCAGACA-Tcgtctagtttatatttaatgtt
gi|16 : agacaatattcc---TT--T-TAGATAGT-----CACACAT-GCTTGCCATATCAG---G----ACTGT-GTA--CAGAGAGCAACTTCCAGTCA-TG---TT--G--GTTCAA
gi|16 : ctatatcagttgaactgcttgagtgtt---TG-----------CTTGCCATATCAGGAC-TGTGTACAGAGAGCAACTTCCAGTCATGTTGGTTCAAa
gi|17 : ctatatcagttgaactgcttgagtgttttttagatagtcacacaCT-TTTAGGGGAGAC-----GTC--ATT--------T---CTAGCTGCGATGTCTGATCC--TCTGTCT----AGCCAT--CACA-AATC-ATGTCCATTTTGTAA-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCCGTCT--GTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCA---TCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---TTGTTTG--------AA------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|19 : atcAAT-GTTAACCACAGTGA---G----A---CGATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCA-TG---TC--G--GTTCAAGGTCA
gi|2 : atcttttttatccttgtttgCT-TTTGGGGGATATT----GT---TGT--------TAGCTTGT-----CTGTCTGT-CCG-TATGTCT----GTCTCTTTCACA-AATC-ATGTCTGC-ACATAA-----TGAA---------A---G-GA---TT--T--AAATAATG-TGACATAAAT-ATTTGCTATTTTGA---GGCTTA---T-ATG--CAGAA-GCAACATCCAGTCA-TG---TT--G--GTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAG--GCA-AC--ATTTCATGTCCACTC---AC-ATCTTTTT--TAACTGGTTG---A--------GATATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaG-TCTGTCCGTGCGTCCTT--CACATAT-T-GTGT-CGCTCCTTAA-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : gt--TGGGAGAGG-TGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|3 : gcaaggac--------T---TTGC-----ATGCAT-----G-TCTGTCA----GTCCGT--CACA-AAGC-GTGTCCGCTG-GTAATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TATTTTT--T-TAGAT-ACTGTTGCACAAAT-ATTAACCGTA--AA---G----A------------------AACTTCC---CA-CGAATTC--G--CTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGGCAAAGTAGAAGAAGAC------CATGATCTCTC--CAT-AT-CGTTTAAT--T---TT---------------TA-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGAtcatctgg
gi|4 : gtttttagTTATCATATTAATACA----A---T-GTG--CAAAAAGCAACTGCCAGTCA-TA---TATCA--GTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAG--GAAA---TATTTTGTGTCTGTTC--CATAAC-TTTTTACTTAC---TTG---GTGATTTCAAATA-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTA--------------TATTCATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTAC-------T-A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCACTCC-----ATATCTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTT---T-C-----AGGTTTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC--TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCA---TCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-TCAATAACT-T---AAATAT-ATTATTTATATTGT---GCTG-A---T-ATG--CAGACCACAATTTCAAGCCACCG---CA--GTTATTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAG--GTGG---TATTTCATGTTTGCTC--CGC-A--TTTTAAACCAC---ATG---A--------AGGA-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGT---ATTGTTTTTAAC---TTGG-----ATGTCT-----G-TCTGTCC----ATCCAT--CACA-AC-T-GTGTCCACTCCATCA-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TATAACTAACT-AAGCACAAAT-GTTTTCCATATTGT---G----A---T-ATGTGCAGAGGATAACTTTCAGCCA-TG---TT--G--GTTTACGGTCAAGGTTGTAc
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCT---AA---CTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAGTCAATTTGCA
gi|8 : ctacaacaaTAAC---TGT---G--------CACA-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGT-ACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTT-CCTTATA---TTTTTTG-Agagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcTCTGTTCATCTGTCAATTCACTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGGGGGGA---GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATATATTGTTTTTAGCTTGGATGTCTGTCCATTCATCCATCTGTCCA
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 11111111111 44444444 333 11111111111111 11111111 3333333333333333333333 111111 22222 11 33333 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555 1 222222 22222 111 111 6666666666666666666666666 11 11 1
lowQualScore : 8 888888888 6 11111 99999999999 22222222 33 3 66 111 3 2 0 4 888 7 88888888888888 55 4 777 99999999 4 3 3 666 3333333333333333333333 6 7777 111111 0 22222 0 11 1 00000 4 1 5555 6 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 0 55 0 1 1 888 8 22 1 3 1 44 77777777777 6 2 1 2 0 0 000000 7 1 6 0 0 6 1 6 11111 0 1 1 555 6 66 666 8 0 444 1 0 11 6666666666666666666666666 8 44 9 11 88 3
lowQualScore : . ......... . ..... ........... ........ .. . .. ... . . . . ... . .............. .. . ... ........ . . . ... ...................... . .... ...... . ..... . .. . ..... . . .... . . ...................................................... . . . .. . . . ... . .. . . . .. ........... . . . . . . ...... . . . . . . . . ..... . . . ... . .. ... . . ... . . .. ......................... . .. . .. .. .
lowQualScore : 0 666666666 4 22222 00000000000 11111111 66 7 11 333 2 4 5 0 888 3 99999999999999 55 0 000 88888888 0 6 6 444 1111111111111111111111 4 7777 666666 1 55555 7 00 0 22222 6 4 4444 7 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 2 66 8 0 4 888 0 44 4 8 0 66 00000000000 7 0 0 5 0 8 888888 3 0 7 7 7 7 0 7 33333 7 0 0 000 5 88 000 0 8 000 4 8 00 0000000000000000000000000 0 44 0 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TCGT--T--TTT-----G-----GATGTC---T--G-TCTGTCCG--TCCGTCACAAA-C-GTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-ATG--CAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTCCA--C-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGTCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCGCT-C-ATA-T---TTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGA----CG---TCAT--T--TTT-----G-----GATGTC---TCCG-TCTGTCCG--TCCGTCACAAA-C-GTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-ATG--CAGAGCGCAACTTCCAGCCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTCCA--C-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGTCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTCCGCT-C-A-G-T---TTTTTTA-ACCGNTTGAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTNTATGTCCGTNTGNCTGTCCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAAATGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGA----CA---T-AT--T--TTT-----G-----GGTATC---TCCA-TATGTCTG--GCCGTCACAAAAC-AGGTCAGCTGCATA-A-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TGGGATAAAT-GT-CTACC-GGAATGA---G----A---T-ATG--CAGGGCAGAACTTCCAGCCAT----G---C--AGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAA--GCAGCCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AAAA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTGCT---A--------TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCTTT-----CATTTAACTGTT----------CCTAT--ATCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGG-GGAAAAGGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : TT-----G-----GATGTC---T-------GTCCG--TTCGTCATAAA------TCTGTTTCG---A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-T---AAAAAACT-TTACACAAAT-TA-TTGCC-ATATTGA---G----A---C--------GA---TAATTGCCAGTCAT----G---A--TGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGA----CA---TCATGTT--TTT-----A-----GCTGT-------GATTGGT--G--TCAGTCATAAA---GTAT-------GTATA-C------A--GTAT---G---G--A---TTGTT-T---AAAT--------TACAAAT-AT-TTACC-ATGTTGA---G----AAAAT-AAG--CTGATTATAACTTTCAGTCAT----G---T--TAGTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : TT-----G-----GATGTC---T-------GTCAG--TCCGTCACCAA-CCATGTCCACCACATC-A-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-T---AAATCATT-TTGGTCCAATCGT-TTTCC-CTATTGA---G----A---CAATG--T---GCTCAACTTTCAA--AT----GT--T--TAATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGG-GACAATTGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tAGACAATATT-CCTGTTCACT-CCATA-T---TTTTTTA-ACTGCTTCAG-ACATTTTTC-AA-cgtctagtttatatttaatgtt
gi|15 : TGTTCACTCCATA-T-TTTTTTAACTGC-----------------T--T-C---AGACATTT-TT---CAAAT-GT-TCATC-ATATTGA---A----AAGTC-ATG--CAGAGTGCACTTTCCAGACAT----atgttcatcatattgaaaagtcatgcagagtgcactttccagacat
gi|16 : agacaatattccTTGAACTGCTT---G---A-GTGTTTT--T-T---AGATAGT-----CACACAT-GC-TTGCC-ATATCAG---G----ACTGT-GTA--CAGAGAGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAA
gi|16 : ctatatcag---TG-----------CTTGCCATATCAGGAC-TGTGTACAGAGAGCAACTTCCAGTCATGTTGGTTCAAa
gi|17 : ctatatcagttgaactgcttgagtgttttttagatagtcacacaCT-TTTAGGGGAGA----CG---TCAT--T--TCT-----AGCTGCGATGTCTGATCC--TCTGTCTA--GCCATCACAAATC-ATGTCCATTTTGTA-A-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCC-GTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---TTGTTTG--------AA------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|2 : atcCT-TTTGGGGGATAT---TG---TTGT--TAGCTT-----G-----TCTGTCTG-TCCG-TATGTCTGTCTCTTTCACAAATC-ATGTCTGC-ACATA-A-----TGAA---------A---G-GA----T--T-T---AAATAATG-TGACATAAAT-AT-TTGCT-ATTTTGA---GGCTTA---T-ATG--CAGAA-GCAACATCCAGTCAT----G---T--TGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAG--GCA-AC-ATTTCATGTCCACT-CA--C-ATCTTTTT--TAACTGGTTG---A--------GATATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaTGTC---T--G-TCCGTGCG--TCCTTCACATA-TTGTGTC-GCTCCTTA-A-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : g--TGG-GAGAGGTGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|3 : gcaaggac--TTT-----G-----CATGCA---T--G-TCTGTCAG--TCCGTCACAAAGC-GTGTCCGCTG-GTA-ATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TA---TT--T-TTTTAGATA-CTGTTGCACAAAT-AT-TAACC-GTA--AA---G----A------------------AACTTCC---CAC----GAATT--CGCTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGGCAAAGTAGAAGAAGAC-----CATGATCTCTCCA--T-AT-CGTTTAAT--T---TT---------------TA-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGAtcatctgg
gi|4 : gtttttag-TTATC-ATATTAATACA----A---T-GTG--CAAAAAGCAACTGCCAGTCAT----A---TATCAGTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAG--GAAA--TATTTTGTGTCTGTTCCA--TAAC-TTTTTACTTAC---TTG---GTGATTTCAAATA-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTA--------------TATTCATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTAC-------T-A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCACTCC-ATA-T---CTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTT---T-C-A-GGT---TTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC-TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-T---CAATAACT-T-----AAAT-ATATTATTTATATTGT---GCTG-A---T-ATG--CAGACCACAATTTCAAGCCACCGCAG---T--TA-TTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAG--GTGG--TATTTCATGTTTGCTCCG--C-AT-TTTA-AACCAC---ATG---A--------AGGA-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGTATTGT--T--TTTAACTTG-----GATGTC---T--G-TCTGTCCA--TCCATCACAAC-T-GTGTCCACTCCATC-A-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TAT---AACTAACT-AAGCACAAAT-GT-TTTCC-ATATTGT---G----A---T-ATGTGCAGAGGATAACTTTCAGCCAT----G---T--TGGTTTACGGTCAAGGTTGTAc
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCTA------ACTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAG
gi|8 : ctacaacaaTAAC---TGT---G--------CACA-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGT-ACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTT-C-C-T-TATATTTTTTG-Atcaatttgcagagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcCTGTTCATCTGTCAATTCA-CTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGG-GGGGA--GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATATATTGTTTTTAGCTTGGATGTCTGTCCATTCATCCATCTGTCCA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444 111111111111 111111 22 11111111111111 11111111 3333333333333333333333 111111 22222 11 33333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1 222222 44444 111 111 6666666666666666666666666 11 1
lowQualScore : 8 6666666666666 99 555555555555 66 66 9999 2 77 222222 4 4 22 1 2 0 4 888 7 88888888888888 55 88888 99999999 4 3 3 666 3333333333333333333333 4 7777 111111 0 22222 0 11 1 00000 4 1 11 8 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5 0 666 22 1 0 1 888 8 22 1 3 1 3333333333 5 8 0 1 0 0 000000 7 1 6 0 0 6 1 6 66666 0 1 1 111 6 66 666 8 0 444 1 0 11 6666666666666666666666666 8 99 9 11 88 3
lowQualScore : . ............. .. ............ .. .. .... . .. ...... . . .. . . . . ... . .............. .. ..... ........ . . . ... ...................... . .... ...... . ..... . .. . ..... . . .. . . . ...................................................... . . . ... .. . . . ... . .. . . . .......... . . . . . . ...... . . . . . . . . ..... . . . ... . .. ... . . ... . . .. ......................... . .. . .. .. .
lowQualScore : 0 4444444444444 22 222222222222 11 11 4444 4 66 888888 4 4 44 6 4 5 0 888 3 99999999999999 55 44444 88888888 0 6 6 444 1111111111111111111111 1 7777 666666 1 55555 7 00 0 22222 6 4 00 0 7 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 7 4 444 66 0 4 4 888 0 44 4 8 0 8888888888 6 0 2 0 0 8 888888 3 0 7 7 7 7 0 7 33333 7 0 0 555 5 88 000 0 8 000 4 8 00 0000000000000000000000000 0 44 0 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTCCGTC------A-CA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCTGTCCGTCCGTC------A-CA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGTCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGA----CA---T---ATT--TTT-----GG-----GTAT--CTCCA----TATGTCTGGCCGTC------A-CA-AAACAGGTCAGCTGCATA-A-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TGGGATAAAT-GT-CTACC-GGAATGA---G----A---T-A--TGCAGGGCAGAACTTCCAGCCAT----G---C--AGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAA--GCAGCCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AAAA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTG---CT---A----TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCT-----TTCATTTAACTGTT----------CCTAT--ATCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGG-GGAAAAGGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : TT-----GG-----ATGT--CT--G----TC----CGTTCGTC------A-TA-AA-----TCTGTTTCG---A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-T---AAAAAACT-TTACACAAAT-TA-TTGCC-ATATTGA---G----A---C--------GA---TAATTGCCAGTCAT----G---A--TGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGA----CA---TCATGTT--TTT-----AG-----CTGTGATT--G-------GT--GTCAGTC------A-TA-AA--GTAT-------GTATA-C------A--GTAT---G---G--A---TTGTT-T---AAAT--------TACAAAT-AT-TTACC-ATGTTGA---G----AAAAT-A--AGCTGATTATAACTTTCAGTCAT----G---T--TAGTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : TT-----GG-----A------T--G----TCTGTCAGTCCGTC------ACCA-AC-CATGTCCACCACATC-A-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-T---AAATCATT-TTGGTCCAATCGT-TTTCC-CTATTGA---G----A---CAA--TGT---GCTCAACTTTCAA--AT----GT--T--TAATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGG-GACAATTGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tAGACAATATT-CCTGTTCA---CT-CCATATTTTTTTA-ACTGCTTCAG-ACATTTTTC-AA-cgtctagtttatatttaatgtt
gi|15 : TGTTCACTCCATA-T-TTTTTTAACTGC-----------------T--T-C---AGACATTT-TT---CAAAT-GT-TCATC-ATATTGA---A----AAGTC-A--TGCAGAGTGCACTTTCCAGACAT----atgttcatcatattgaaaagtcatgcagagtgcactttccagacat
gi|16 : agacaatattccTTGAACTGCTT---G---A-GTGTTTT--T-T---AGATAGT-----CACACAT-GC-TTGCC-ATATCAG---G----ACTGT-G--TACAGAGAGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAA
gi|17 : ctatatcagCT-TTTAGGGGAGA----CG---TC--ATT--TCT-----AGCTGCGATGT--CT--GATCCTCTGTCTAGCCATC------A-CA-AATCATGTCCATTTTGTA-A-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCC-GTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---TTGTTTG--------AA------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|2 : atcCT-TTTGGGGGATAT---TG---TT--GTTAGCTT-----GT-----CTGT--CT--G----TCCGTATGTCTGTCTCTTTCA-CA-AATCATGTCTGC-ACATA-A-----TGAA---------A---G-GA---TT--T-----AAATAATG-TGACATAAAT-AT-TTGCT-ATTTTGA---GGCTTA---T-A--TGCAGAA-GCAACATCCAGTCAT----G---T--TGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAG--GCA-AC-ATTTCATGTCCACT---CAC-ATCTTTTT--TAACTGGTTG---A--------GATATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaTGT--CT--G----TCCGTGCGTCCTTC------A-CATAT-TGTGT-CGCTCCTTA-A-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : g--TGG-GAGAGGTGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|3 : gcaaggac--TTT-----GC-----ATGC--AT--G----TCTGTCAGTCCGTC------A-CA-AAGCGTGTCCGCTG-GTA-ATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TA---TT--T-TTTTAGATA-CTGTTGCACAAAT-AT-TAACC-GTA--AA---G----A------------------AACTTCC---CAC----GAATT--CGCTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGGCAAAGTAGAAGAAGAC-----CATGATCTCTC--CAT-AT-CGTTTAAT--T---TT---------------TA-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGAtcatctgg
gi|4 : gtttttag-TTATC-ATATTAATACA----A---T-G--TGCAAAAAGCAACTGCCAGTCAT----A---TATCAGTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAG--GAAA--TATTTTGTGTCTGTTC--CATAAC-TTTTTACTTAC---TTG---GTGATTTCAAATA-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTA--------------TATTCATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTAC-------T-A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCA---CTCC-ATATCTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTT------T-C-AGGTTTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC-TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-T---CAATAACT-T-----AAAT-ATATTATTTATATTGT---GCTG-A---T-A--TGCAGACCACAATTTCAAGCCACCGCAG---T--TA-TTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAG--GTGG--TATTTCATGTTTGCTC--CGC-AT-TTTA-AACCAC---ATG---A--------AGGA-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGTATT--GTT--TTTAACTTGG-----ATGT--CT--G----TCTGTCCATCCATC------A-CA-AC-TGTGTCCACTCCATC-A-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TAT---AACTAACT-AAGCACAAAT-GT-TTTCC-ATATTGT---G----A---T-ATGTGCAGAGGATAACTTTCAGCCAT----G---T--TGGTTTACGGTCAAGGTTGTAc
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCTA------ACTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAG
gi|8 : ctacaacaaTAAC---TGT---G--------CACA-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGT-ACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTTCCT-T-ATATTTTTTtcaatttgcagagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcCTGTTCATCTGTCAATTCA-CTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGG-GGGGA--GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAAga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATATATTGTTTTTAGCTTGGATGTCTGTCCATTCATCCATCTGTCCA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444 111111111111 111111 22 11111111111111 11111111 3333333333333333333333 111111 22222 11 33333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1 222222 44444 111 111 6666666666666666666666666 11 1
lowQualScore : 8 6666666666666 99 111111111111 55 55 8888 1 3 777 111111 4 22 1 2 0 4 888 7 88888888888888 55 88888 99999999 4 3 3 666 3333333333333333333333 4 7777 111111 0 22222 0 11 1 00000 4 1 11 8 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5 88888 22 2 0 1 888 8 22 1 3 1 3333333333 5 8 0 1 0 0 000000 7 1 6 0 0 6 1 6 66666 0 1 1 111 6 66 666 8 0 444 1 0 11 6666666666666666666666666 8 99 9 11 88 3
lowQualScore : . ............. .. ............ .. .. .... . . ... ...... . .. . . . . ... . .............. .. ..... ........ . . . ... ...................... . .... ...... . ..... . .. . ..... . . .. . . . ...................................................... . . ..... .. . . . ... . .. . . . .......... . . . . . . ...... . . . . . . . . ..... . . . ... . .. ... . . ... . . .. ......................... . .. . .. .. .
lowQualScore : 0 4444444444444 22 333333333333 55 55 5555 4 2 999 555555 4 44 6 4 5 0 888 3 99999999999999 55 44444 88888888 0 6 6 444 1111111111111111111111 1 7777 666666 1 55555 7 00 0 22222 6 4 00 0 7 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 7 33333 66 8 4 4 888 0 44 4 8 0 8888888888 6 0 2 0 0 8 888888 3 0 7 7 7 7 0 7 33333 7 0 0 555 5 88 000 0 8 000 4 8 00 0000000000000000000000000 0 44 0 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCNAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGA----CA---T---ATT--TTT-----GG-----GTAT--CTCCA----TATGTCTGGC-CGTC------ACA-AAACAGGTCAGCTGCATA-A-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TGGGATAAAT-GT-CTACC-GGAATGA---G----A---T-A--TGCAGGGCAGAACTTCCAGCCAT----G---C--AGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAA--GCAGCCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AAAA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTG---CT---A----TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCT-----TTCATTTAACTGTT----------CCTAT--ATCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGG-GGAAAAGGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : TT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTTCGTC-----------ATA-AA-----TCTGTTTCG---A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-T---AAAAAACT-TTACACAAAT-TA-TTGCC-ATATTGA---G----A---C--------GA---TAATTGCCAGTCAT----G---A--TGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGA----CA---TCATGTT--TTT-----AG-----CTGTGATT--G-------GT--GTC-AGTC------ATA-AA--GTAT-------GTATA-C------A--GTAT---G---G--A---TTGTT-T---AAAT--------TACAAAT-AT-TTACC-ATGTTGA---G----AAAAT-A--AGCTGATTATAACTTTCAGTCAT----G---T--TAGTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : TT-----GG-----ATGT--CT--G----TCAGTCCGTCAC----------CA-AC-CATGTCCACCACATC-A-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-T---AAATCATT-TTGGTCCAATCGT-TTTCC-CTATTGA---G----A---CAA--TGT---GCTCAACTTTCAA--AT----GT--T--TAATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGG-GACAATTGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tAGACAATATT-CCTGTTCA---CT-CCATATTTTTTTA-ACTGCTTCAG-ACATTTTTC-AA-cgtctagtttatatttaatgtt
gi|15 : TGTTCACTCCATA-T-TTTTTTAACTGC-----------------T--T-C---AGACATTT-TT---CAAAT-GT-TCATC-ATATTGA---A----AAGTC-A--TGCAGAGTGCACTTTCCAGACAT----atgttcatcatattgaaaagtcatgcagagtgcactttccagacat
gi|16 : agacaatattccTTGAACTGCTT---G---A-GTGTTTT--T-T---AGATAGT-----CACACAT-GC-TTGCC-ATATCAG---G----ACTGT-G--TACAGAGAGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAA
gi|17 : ctatatcagCT-TTTAGGGGAGA----CG---TC--ATT--TCT-----AGCTGCGATGT--CT--GATCCTCTGTCTAGC-CATC------ACA-AATCATGTCCATTTTGTA-A-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCC-GTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---TTGTTTG--------AA------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|2 : atcCT-TTTGGGGGATAT---TG---TT--GTTAGCTT-----GT-----CTGT--CT--G----TCCGTATGTC-TGTCTCTTTCACA-AATCATGTCTGC-ACATA-A-----TGAA---------A---G-GA---TT--T-----AAATAATG-TGACATAAAT-AT-TTGCT-ATTTTGA---GGCTTA---T-A--TGCAGAA-GCAACATCCAGTCAT----G---T--TGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAG--GCA-AC-ATTTCATGTCCACT---CAC-ATCTTTTT--TAACTGGTTG---A--------GATATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaTGT--CT--G----TCCGTGCGTC-CTTC------ACATAT-TGTGT-CGCTCCTTA-A-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : g--TGG-GAGAGGTGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|23 : gcaaggacTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCATTCATC-CATC------tcatctgg
gi|3 : atatattgtttttagc--TTT-----GC-----ATGC--AT--G----TCTGTCAGTC-CGTC------ACA-AAGCGTGTCCGCTG-GTA-ATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TA---TT--T-TTTTAGATA-CTGTTGCACAAAT-AT-TAACC-GTA--AA---G----A------------------AACTTCC---CAC----GAATT--CGCTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGGCAAAGTAGAAGAAGAC-----CATGATCTCTC--CAT-AT-CGTTTAAT--T---TT---------------TA-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGAtgtcca
gi|4 : gtttttag-TTATC-ATATTAATACA----A---T-G--TGCAAAAAGCAACTGCCAGTCAT----A---TATCAGTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAG--GAAA--TATTTTGTGTCTGTTC--CATAAC-TTTTTACTTAC---TTG---GTGATTTCAAATA-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTATA---------TT-----CATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTAC-------T-A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCA---CTCC-ATATCTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTT------T-C-AGGTTTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC-TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-T---CAATAACT-T-----AAAT-ATATTATTTATATTGT---GCTG-A---T-A--TGCAGACCACAATTTCAAGCCACCGCAG---T--TA-TTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAG--GTGG--TATTTCATGTTTGCTC--CGC-AT-TTTA-AACCAC---ATG---A--------AGGA-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGCttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGTATT--GTT--TTTAACTTGG-----ATGT--CT--G----TCTGTCCATC-CATC------ACA-AC-TGTGTCCACTCCATC-A-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TAT---AACTAACT-AAGCACAAAT-GT-TTTCC-ATATTGT---G----A---T-ATGTGCAGAGGATAACTTTCAGCCAT----G---T--TGGTTTACGGTCAAGGTTGTA
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCTA------ACTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAG
gi|8 : ctacaacaaTAAC---TGT---G--------CACA-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGT-ACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTTCCT-T-ATATTTTTTtcaatttgcagagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcCTGTTCATCTGTCAATTCA-CTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGG-GGGGA--GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAAga
Alignments
lowQualScore : 4444444444444 111111111111 111111 22 11111111111111 11111111 3333333333333333333333 111111 22222 11 33333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1 222222 44444 111 111 6666666666666666666666666 11 1
lowQualScore : 8 6666666666666 99 111111111111 55 55 8888 1 3 777 111111 4 22 1 2 0 4 888 7 88888888888888 55 88888 99999999 4 3 3 666 3333333333333333333333 4 7777 111111 0 22222 0 11 1 00000 4 1 11 8 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5 88888 22 1 0 1 888 8 22 1 3 1 3333333333 5 8 0 1 0 0 000000 7 1 6 0 0 6 1 6 66666 0 1 1 111 6 66 666 8 0 444 1 0 11 6666666666666666666666666 8 99 9 11 88 3
lowQualScore : . ............. .. ............ .. .. .... . . ... ...... . .. . . . . ... . .............. .. ..... ........ . . . ... ...................... . .... ...... . ..... . .. . ..... . . .. . . . ...................................................... . . ..... .. . . . ... . .. . . . .......... . . . . . . ...... . . . . . . . . ..... . . . ... . .. ... . . ... . . .. ......................... . .. . .. .. .
lowQualScore : 0 4444444444444 22 333333333333 55 55 5555 4 2 999 555555 4 44 6 4 5 0 888 3 99999999999999 55 44444 88888888 0 6 6 444 1111111111111111111111 1 7777 666666 1 55555 7 00 0 22222 6 4 00 0 7 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 7 33333 66 9 4 4 888 0 44 4 8 0 8888888888 6 0 2 0 0 8 888888 3 0 7 7 7 7 0 7 33333 7 0 0 555 5 88 000 0 8 000 4 8 00 0000000000000000000000000 0 44 0 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGA----CA---T---ATT--TTT-----GG-----GTAT--CTCCA----TATGTCTGGC-CGTC------ACA-AAACAGGTCAGCTGCATA-A-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TGGGATAAAT-GT-CTACC-GGAATGA---G----A---T-A--TGCAGGGCAGAACTTCCAGCCAT----G---C--AGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAA--GCAGCCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AAAA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTG---CT---A----TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCT-----TTCATTTAACTGTT----------CCTAT--ATCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGG-GGAAAAGGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : TT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTTCGTC-----------ATA-AA-----TCTGTTTCG---A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-T---AAAAAACT-TTACACAAAT-TA-TTGCC-ATATTGA---G----A---C--------GA---TAATTGCCAGTCAT----G---A--TGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGA----CA---TCATGTT--TTT-----AG-----CTGTGATT--G-------GT--GTC-AGTC------ATA-AA--GTAT-------GTATA-C------A--GTAT---G---G--A---TTGTT-T---AAAT--------TACAAAT-AT-TTACC-ATGTTGA---G----AAAAT-A--AGCTGATTATAACTTTCAGTCAT----G---T--TAGTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : TT-----GG-----ATGT--CT--G----TCAGTCCGTCAC----------CA-AC-CATGTCCACCACATC-A-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-T---AAATCATT-TTGGTCCAATCGT-TTTCC-CTATTGA---G----A---CAA--TGT---GCTCAACTTTCAA--AT----GT--T--TAATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGG-GACAATTGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tAGACAATATT-CCTGTTCA---CT-CCATATTTTTTTA-ACTGCTTCAG-ACATTTTTC-AA-cgtctagtttatatttaatgtt
gi|15 : TGTTCACTCCATA-T-TTTTTTAACTGC-----------------T--T-C---AGACATTT-TT---CAAAT-GT-TCATC-ATATTGA---A----AAGTC-A--TGCAGAGTGCACTTTCCAGACAT----atgttcatcatattgaaaagtcatgcagagtgcactttccagacat
gi|16 : agacaatattccTTGAACTGCTT---G---A-GTGTTTT--T-T---AGATAGT-----CACACAT-GC-TTGCC-ATATCAG---G----ACTGT-G--TACAGAGAGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAA
gi|17 : ctatatcagCT-TTTAGGGGAGA----CG---TC--ATT--TCT-----AGCTGCGATGT--CT--GATCCTCTGTCTAGC-CATC------ACA-AATCATGTCCATTTTGTA-A-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCC-GTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---TTGTTTG--------AA------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|2 : atcCT-TTTGGGGGATAT---TG---TT--GTTAGCTT-----GT-----CTGT--CT--G----TCCGTATGTC-TGTCTCTTTCACA-AATCATGTCTGC-ACATA-A-----TGAA---------A---G-GA---TT--T-----AAATAATG-TGACATAAAT-AT-TTGCT-ATTTTGA---GGCTTA---T-A--TGCAGAA-GCAACATCCAGTCAT----G---T--TGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAG--GCA-AC-ATTTCATGTCCACT---CAC-ATCTTTTT--TAACTGGTTG---A--------GATATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaTGT--CT--G----TCCGTGCGTC-CTTC------ACATAT-TGTGT-CGCTCCTTA-A-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : g--TGG-GAGAGGTGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|23 : gcaaggacTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCATTCATC-CATC------tcatctgg
gi|3 : atatattgtttttagc--TTT-----GC-----ATGC--AT--G----TCTGTCAGTC-CGTC------ACA-AAGCGTGTCCGCTG-GTA-ATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TA---TT--T-TTTTAGATA-CTGTTGCACAAAT-AT-TAACC-GTA--AA---G----A------------------AACTTCC---CAC----GAATT--CGCTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGGCAAAGTAGAAGAAGAC-----CATGATCTCTC--CAT-AT-CGTTTAAT--T---TT---------------TA-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGAtgtcca
gi|4 : gtttttag-TTATC-ATATTAATACA----A---T-G--TGCAAAAAGCAACTGCCAGTCAT----A---TATCAGTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAG--GAAA--TATTTTGTGTCTGTTC--CATAAC-TTTTTACTTAC---TTG---GTGATTTCAAATA-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTATA---------TT-----CATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTAC-------T-A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCA---CTCC-ATATCTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGAGGGCC-A-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTT------T-C-AGGTTTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC-TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-T---CAATAACT-T-----AAAT-ATATTATTTATATTGT---GCTG-A---T-A--TGCAGACCACAATTTCAAGCCACCGCAG---T--TA-TTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAG--GTGG--TATTTCATGTTTGCTC--CGC-AT-TTTA-AACCAC---ATG---A--------AGGA-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGCttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGTATT--GTT--TTTAACTTGG-----ATGT--CT--G----TCTGTCCATC-CATC------ACA-AC-TGTGTCCACTCCATC-A-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TAT---AACTAACT-AAGCACAAAT-GT-TTTCC-ATATTGT---G----A---T-ATGTGCAGAGGATAACTTTCAGCCAT----G---T--TGGTTTACGGTCAAGGTTGTA
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCTA------ACTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAG
gi|8 : ctacaacaaTAAC---TGT---G--------CACA-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGAGAGGT-ACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTTCCT-T-ATATTTTTTtcaatttgcagagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcCTGTTCATCTGTCAATTCA-CTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGG-GGGGA--GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAAga
blockSeqs : G TATACGGTATT AG AGCTGCG GA . ATCC C T AG TCTTTC T TC C T T TCT C GGTGAAAC GT TTTT ACTTTAC C A T TAC AAAATAAGCTGATTA T CGCA AATT AGG AA C ACA A C . A C T AACTGGTTGAGATATATGTAGTTGCACAGGTGT A A AATCA AT C G CC C TT T T C CGTTCCTT T T C T GTAAA A A C C T G CGTC C T GTA G CG TCC T ATT G TG GGCAATTTAATGGGAGTGTG C TT T . AT C
blockSeqs : . CATCAT . AACTTGG . . . A C AC . . TC C A . TT C GTAAGGA . AT ATTTTGG . . . . AAGTCATGCAGAGTG T . TAT ATG . A GAC A C . . . A TACTTGGTGATTTCAAATAATGGGGCACCAGGC A . GCTTG GT C G CC . AG T T T CACTCC T . T . TCAA A C C . G G TGTA A G CCG C TG TCC . . T TA AGGCAAGGAC . CT A . A T
blockSeqs : . TTGTT . GG . . . T C CA . . GC T C . TT . GAGTGTT . T ATGTGAC . . . . ACTGTGTACAGAGAG A . TT TAG . A ATA G T . . . C CACATGAAGGATTTC A . AAGAA CT G A GT . TT T C G CACTCC G . G . A TCA T AA CT . . T . TAGG . GT G . A .
blockSeqs : . CGTC . AG . . . C A TG . . C C T . TT . AAAGGGA . T CTGTTGC . . . . GCTTATATGCAGAAG T . A AGA . T GTA A T . . . A AACTGTGCACAACTG T . GAGTG GC A . T . AT A . A TC T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . GG . . . C G CT . . T C A . TT . AGGA . T ACTAAGC . . . . CTGATATGCAGACCA T . T . . . CTTGTTTGAATG T . GAGTG AC A
blockSeqs : GT . . . C T CA . . T C C . CT . GATA . C TTTTT . . . . ATATGTGCAGAGGA T . T TTTTAA . . . . A
blockSeqs : GG . . . T C CG . . . C G . GT . GGA . T ACTT . . . . ATGTGCAAAAAG C . T .
blockSeqs : GC . . . T C CA . . . . C . C . . . T GTC . . . . ACAATGTGCT C . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . ACGA . . T
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqCons : CATNTT******* ** GGGA********** ATATGTGCAGANG********* GTA** ** CC* CGCTCC**** **
originalCons : CCT-TTTGGGGGAGAT---CG---TC--GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---G----A---T-A--TGCAGAGCGCAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGACTATTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGNT-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCG---CT-C-ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
finalCons : CCT-TTTGGGGGAGACATNTT-------GTT--TTT-----GG-----ATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCATGGGA----------TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGA---GATATGTGCAGANG---------CAACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAG--GNAGTA--TTTCGTGTCCGCTC--CAC-AT-TTTTTAATAAC---TTG---G--------AANA-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAGGGCC-A-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCGCTCC----ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 22222 111111 22 111 111 111111 444444444444444444 11111111111 22222 1 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 1 222222 44444 111 111 6666666666666666666666666 11 1
lowQualScore : 8 1 777777 2 77 66 22222 4 55 55 8888 1 3 777 111111 4 22 1 333 4 000 44 777 777 5 555 66 88888 0 777777 4 4 0 4 0 000000000000000000 55 2 11111111111 0 22222 0 1 1 99 0 3333 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 5 2 44 44 3 0 0 6 66 8 22 1 3 1 1111111 5 8 0 1 0 0 000000 7 1 6 0 0 6 1 6 66666 0 1 1 111 6 66 666 8 0 444 1 0 11 6666666666666666666666666 8 99 9 11 88 3
lowQualScore : . . ...... . .. .. ..... . .. .. .... . . ... ...... . .. . ... . ... .. ... ... . ... .. ..... . ...... . . . . . .................. .. . ........... . ..... . . . .. . .... .. ................................................................... . . . .. .. . . . . .. . .. . . . ....... . . . . . . ...... . . . . . . . . ..... . . . ... . .. ... . . ... . . .. ......................... . .. . .. .. .
lowQualScore : 0 7 777777 5 99 11 22222 4 55 55 5555 4 2 999 555555 4 44 1 444 4 111 88 000 000 0 666 11 77777 8 444444 4 0 7 0 1 111111111111111111 55 8 77777777777 1 55555 7 7 0 22 5 8888 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 2 55 99 3 9 4 7 44 0 44 4 8 0 4444444 6 0 2 0 0 8 888888 3 0 7 7 7 7 0 7 33333 7 0 0 555 5 88 000 0 8 000 4 8 00 0000000000000000000000000 0 44 0 00 88 6
consensus : CCT-TTTGGGGGAGACATA-----TTGTT--T--TT-----G-GATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-T-GCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGAGA--T-A-TGTGCAGAN-G-CA--ACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAGGCAG--TATTTCGTGTCCGCTCCA--C-AT-TTTTTAATAAC---T----TG---G--------A-AT-----A-----------AC---TG-----------TTCGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCANCTTCNAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGA-GGGCCA-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCGCTCC--ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
Reference ( family-1262 ) : CCT-TTTGGGGGAGACATN-----TTGTT--T--TT-----G-GATGT--CT--G----TCCGTCCGTC-CGTC------ACA-AA-CGTGTCCGCTNCGTA-A-CTTTTGAA-TGCAT---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TTGCACAAAT-GT-TTACC-ATATTGAGA--T-A-TGTGCAGAN-G-CA--ACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGAG-A-G-TCGGAGGTCAAACAGGNAG--TATTTCGTGTCCGCTCCA--C-AT-TTTTTAATAAC---T----TG---G--------A-AN-----A-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAC-GATGTGCAGAGCGCAACTTCAAGCCATGTCGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACTGA-GGGCCA-AATGTCAAATAGGCAGTATTTCNTGTTCGCTCC--ATATTTTTTTA-ACTGCTTNAG-GAATTTTGC-AA-TACTTTGCACAACTAATNTCCATATCAAGACGACGCGCAATNCGATCTGATCCTGT-TGTCCGTNTGNCTGTTCGTCCGTCCGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AT---AG------G--TGG-GAGAANTGGGAGA--GACATA-TATGTTTTTGTAACAAAAACAAC
gi|1 : CCT-ATTGGGGGAGACATA-----TT-----T--TT-----G-GGTAT--CTCCA----TATGTCTGGC-CGTC------ACA-AAACAGGTCAGCTGCATA-A-CATTTGGA-TGCAG---G---G-GA---TT--T-T---AAATAACT-TGGGATAAAT-GT-CTACC-GGAATGAGA--T-A-TG--CAG-G-G-CAGAACTTCCAGCCAT----G---C--AGGTTCAAGGTCAAGGTCGTACCGAC-ATG-ACAAAAGCCAAACAAGCAGCCTTTTTTTTGTCGGCTCGAGAC-AT-TTTTTAATAAC---T----TG---G--------A-AA-----A-----------AC---TG-----------TTTGCCATATTGAGAT-GGTATGCAAAGCTCAACTTCAAGTGATGTTGGTCCAATGTCAAGGTTGTACTGACAGGTAA-AAAGTGAAAAAGCCAGTGTGTCTTGTCTGCT----A----TTTTTA-ACCGTTTGAG-AAATTTTGCAAA-TATTTTGCAC----AATGT--ATACTAAGACGACACACAAGAC-ATTTGTTTCT-----TTCATTTAACTGTT----------CCTAT--ATCCATTTGTCACAAAAT-GTATTCGCTCCATAAA---ATCCCTAAATCTTTTGGCTTGG---------AT---AG------G--TGG-GGAAAAGGGGAGACTGGCATA-TATGTTTCTGTGACAAGAGCAAC
gi|10 : --TT-----G-GATGT--CT--G----TCCGTTCGTC-----------ATA-AA-----TCTGTTTCG---A-TTTTTTAA-TGCAT---G---GTGAAACTT--A-T---AAAAAACT-TTACACAAAT-TA-TTGCC-ATATTGAGA--C---------GAT----A--ATTGCCAGTCAT----G---A--TGGTTCAAGTTCAAGGTCGTACTGAG-AGG-TCAATGGTCAAA
gi|11 : tagcCCT-TTTGGGAGAGACATC-----ATGTT--T--TT-----A-GCTGTGATT--G-------GT--GTC-AGTC------ATA-AA--GTAT-------GTATA-C------A--GTAT---G---G--A---TTGTT-T---AAAT--------TACAAAT-AT-TTACC-ATGTTGAGA--A-AATAAGCTGATTA-TA--ACTTTCAGTCAT----G---T--TAGTTCAAGGTCATGGTCATACTGAt
gi|12 : --TT-----G-GATGT--CT--G----TCAGTCCGTCAC----------CA-AC-CATGTCCACCACATC-A-TTTTTGAA-TGCAT---GTAAG-GA---TT--T-T---AAATCATT-TTGGTCCAATCGT-TTTCC-CTATTGAGA--CAA-TGTGC-----T-CA--ACTTTCAA--AT----GT--T--TAATTCAAGGCTAAGGTCG
gi|13 : taacGTCACAAAAT-GTTTTCGCTTCTTAAA---ATGGCTAAAGCTTTTGACTTGG---------AGGCAAG------GACTGG-GACAATTGGGTGA--GACATA-TATG-TTATGTATCAACAAC
gi|14 : tTCACAAAAT-GTGTCCTGTCCATAAA---ATCTCTAAAGTTTT--ACC-------------T---AG------G--TGGCAAGAACTAGGAAA--GTGGTATTATGCTTTTGTAACAAAAACAACtgtctagttttatattatgt
gi|15 : tAGACAATATT-CCTGTTCACTCC--ATATTTTTTTA-ACTGCTTCAG-ACATTTTTC-AA-cgtctagtttatatttaatgtt
gi|15 : AGACAA--TATTCC-TGTTCACTCCA--T-AT-TTTTT--TAAC---TGCTTCA---G--------ACATTTTTCA-----------AA---TG-----------TTCATCATATTGAAAA-GTCATGCAGAGTGCACTTTCCAGACATatgttcatcatattgaaaagtcatgcagagtgcactttccagacat
gi|16 : TTGAACTGCTT---G---A-GTGTTTT--T-T---AGATAGT-----CACACAT-GC-TTGCC-ATATCAGGAC-T-G-TGTACAGAGAG-CA--ACTTCCAGTCAT----G---T--TGGTTCAA
gi|17 : ctatatcagCT-TTTAGGGGAGACGTC-----ATTTC--TAGCT-----GCGATGT--CT--GATCCTCTGTCTAGC-CATC------ACA-AATCATGTCCATTTTGTA-A-TTTTTGAA-TGTAT---G---a
gi|18 : actTATCGAGACGATGTG-AGTTTGCACTGATCC-GTCTGTCTATCTGTCTGTGTATCGGTCCGTTCGTCCATCAGTCCGTCACGAAAa
gi|19 : T-TTTTTATC--C---T----TGTTTG--------A-A-----------------------TG-----------TTAACCACAGTGAGAC-GATGGTCAAATCACAATTTCCAGCCATGTCGGTTCAAGGTCA
gi|2 : atcCT-TTTGGGGGATAT-TG-----TTGTTAGC--TT-----G-TCTGT--CT--G----TCCGTATGTC-TGTCTCTTTCACA-AATCATGTCTGC-ACATA-A-----TGAA---------A---G-GA---TT--T-----AAATAATG-TGACATAAAT-AT-TTGCT-ATTTTGAGGCTT-A-TATGCAGAA-G-CA--ACATCCAGTCAT----G---T--TGGTTTAAGTTCAAGGTCATACTG---------GGAGGTCAAACAGGCAA--CATTTCATGTCCACT-CA--C-ATCTTTTT--TAACTGGT----TG---A--------G-AT-----ATATGTAGTTGCACAGGTGT----------TTTGTCATATTGAGACAGTTGGGCAGCTTGCAGTTTCCAGCAATGTTGGTTTAAGAT
gi|20 : CGAGCTACATCGGTTGCTGATCAAGGTCGTGCTGA-GGGCCA-ATTGTCAAATAGtgt
gi|21 : cacacattttgacattatgggacgaTGT--CT--G----TCCGTGCGTC-CTTC------ACATAT-TGTGT-CGCTCCTTA-A-CTTTTAGA-TGCAT---G---
gi|22 : g--TGG-GAGAGGTGTG-GA--GACAT--TGTGTTTTTGTAACAAAAACAAaaggg
gi|23 : gcaaggacATATA-----TTGTT--T--TTAGCTTG-GATGT--CT--G----TCCATTCATC-CATC------tcatctgg
gi|3 : --T--TT-----G-CATGC--AT--G----TCTGTCAGTC-CGTC------ACA-AAGCGTGTCCGCTG-GTA-ATCTTTTGAA-TGAAT---G---A-TA---TT--T-TTTTAGATA-CTGTTGCACAAAT-AT-TAACC-GTA-------------------AA-G-AA--ACTTCC---CAC----GAATT--CGCTTCAAGGCCAAGATCATACTGAG-ATG-TCAGAGG-CAAAGTAGAAG--AAGACCATGATCTCTCCA--T-AT-CGTTTAAT--T---T----T----------------T-----A-----------A-----------------TTTTCCATAATAAGAC-AATGTTTAAAGAACACTTTTAAGTCATGCCGGTTCAAGGTCAATTTTATACTGA-tgtcca
gi|4 : gtttttag-TTATC-ATATTAATA--C-AATGTGCAAAAAG-CA--ACTGCCAGTCAT----A---TATCAGTTTAAGGTCAAGGTCGTAC--AGTA-G-TCGGAGATCAAATAGGAAA--TATTTTGTGTCTGTTCCA--TAAC-TTTTTACTTAC---T----TG---GTGATTTCAA-AT-----A-----------A----TGGGGCACCAGGCTTTGCCATGTTGA----GATGTATA---------TT-----CATCTCGGTTTAAGGTCAAGGTTGTACT--------A-AAGGTCAATTAGGCAGTATTTCTTATTCACTCC--ATATCTTTTTA-AC
gi|5 : TCAAGGTCGTGCTGA-GGGCCA-ATTGTCAAATAGGCAGAATTTCGTGTTT----C--AGGTTTTTTTT-ATTGCTTTAG-GGATTTTGT-AAATACTTTCCACAACTAATATCCATATCAAAACGATGTGCAATGCGATCTGATC-TGTATGTCCGTATGGCTGTCCGTCCGTCTGCCCATCCATCCGTCCGTCACAAAAC-GTATTAGCTCCATAAAATTATTTCTAAGGCTTTTGACTT
gi|6 : ---TT--T-T---CAATAACT-T-----AAAT-ATATTATTTATATTGTGC--TGA-TATGCAGACCA-CA--ATTTCAAGCCACCGCAG---T--TA-TTAAAGGTCAAGGTAGTACTGAG-A-GATAAAAGGTCAAACAGGTGG--TATTTCATGTTTGCTCCG--C-A--TTTTAAACCAC---A----TG---A--------A-GG-----A-----------TT---TC-----------TTTGCTATATTAAGTC-GATATGCAGAGTGCAGCTTCAAGCttggcaaagac
gi|7 : gatCCTGTTTGGAGGAGATATACGGTATTGTT--T--TTAACTTG-GATGT--CT--G----TCTGTCCATC-CATC------ACA-AC-TGTGTCCACTCCATC-A-GTTTTAAA-TGCATAAAG---G-GA---TT--TAT---AACTAACT-AAGCACAAAT-GT-TTTCC-ATATTGTGA--T-A-TGTGCAGAG-GATA--ACTTTCAGCCAT----G---T--TGGTTTACGGTCAAGGTTGTA
gi|8 : TTTCATACTGGTTGATTGAATTCTA------ACTGTGCACAACTGTTCGCCATATCAAG
gi|8 : ctacaacaaTAAC---T----GT---G--------C-AC-----A-----------AC---TG-----------TTCGCCATATCAAGTC-AATTTGCAGAGTGCAACTGCAAGTCATGTCGGTTTAAAGTGAAGGTCGAACTGA-GAGGTACGATGTTAAAACGGCAGTATTCCATTTCCGTTCCTTATATTTTTTtcaatttgcagagtgcaactgcaagtcatgtcggtttaaagtgaaggtcgaactgagaggtacgatgttaaaacggcagtattccatttccgttccttatattttttga
gi|9 : ctacaacaatttcatactggttgattgaattcCTGTTCATCTGTCAATTCA-CTATCCATCTGTCACAAAATTGTA--CAAGTCATAAA---ATCCTGAAAGATTTTTACTTAGGGCAATTTAAT---GGGAGTGTG--TGG-GGGGA--GGGGGG--AACATA-TGTG-TTTTGTGACAAAAACAAga