lowQualScore : 11 11111111 111 3333333333333333333333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : 00 0 3 4 66666666 55 9 7 1 2 333 6666666666666666666666 44 4 3 2 8 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 3 33 2 33 2 2 6 2 33 33 5 4444 2 4 2
lowQualScore : .. . . . ........ .. . . . . ... ...................... .. . . . . . ....................................................... .. . .. . .. . . . . .. .. . .... . . .
lowQualScore : 66 5 9 4 22222222 00 9 0 2 5 999 7777777777777777777777 66 2 3 9 4 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 1 99 7 44 5 5 2 5 44 22 4 7777 2 5 5
consensus : TTTCAATA-ATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTT-----GA--TATAATGAAGTCTATTTATAAATACTGT--AA-------------NA---A-N-TGT--TATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGTGTGGTGTGCGAGGGAGNTGTGTGC-G--TG------------------------AA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGC-GTGAAGTGTGTGGT-GTGGGTGTGTG--A-GTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGA--TAGCCA--TACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Reference ( gi|3 ) : TTTCAATA-TTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGCT-----TA--TATAAAGAAATCTACTTATAAATACTGT--AA-------------CA---A-T-TGT--TATATCATGTTT-TTCCACAAAGTATTGTGTGGGGTGCGAGGTAGCTGTGTGC-G--TG------------------------AA-GTGTGTGGTGTCCGAGGTAGC-TGTGTGC-GTGAAGTGTGTGGT-GTGGGTGTGTG--A-GTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGA--TAGCCA--TACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAATAAAAATTTTGACTT
gi|4 : TTTCAATA-TTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGTT-----TA--TATAAAGAAGTCTACTTATAATTACTGT--AA-------------CA---A-T-TTT--TATATCATGTTT-TTCCACAAAGTACTGTGTGGGGTGCGAGGTAGTTGTGTGC-G--TG------------------------AA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGC-GTGAAGTGTGTGGT-GTGGGTGTGTG--A-GTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGA--TAGCCA--TACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAA-AAAAATTTTGAC
gi|5 : TTTCAATA-ATGATTGTAAGATATTAATCAGATTTTCTTTATGGAAATGTT-----GG--TATAATGAAGTCTATTTATAAATACTGTGAAA-------------AA---A-A-TGT--TATACCATGCGT-TTCCATAAAGTATTTTGTGGTGTGTGAGGTAGCTGTGTGT----------------------------------TGTGTG-----CGCG--AAA-TGTTTG-------GTGTG--------GATGTGTT--A-GTTTAAAGCTTTGTTTTT--ATATTT-ATT-ATTGTGCTAT-CATGA--TAGCCA--TACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTTAT-AAAACTTTGACT
gi|6 : TTTCAATA-ATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGG-------------A--TATAATGAAGTTTATTTATAAATACTGTG-AA-------------AA---A-A-TGT--TATATC--------------AAGTATTGTGAAGTGTGCGAGGGAGGTGTGTGC----------------------------------TGTG-------------AGCATGTGTGC-GTAAAGTGTGTGGC-GTGGGTGTGTG--A-GTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGA--GAGCCA--TACA-ACGGCGATGAACA----TGT-TTATTGTCATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|1 : TTTCAATA-ATGATTGTAAGATAAGATATAGACGTTCTTTATGGAAATGgac
gi|7 : TTTCAGTAATT--TTTTAAGTTATGAATTAGATTTTCTT-ATGGAAATGTT-----GA--TGTAATGAAGTCTATTTATAATTACTGA--AA-------------AA---A-G-TATGGTATATGGTGCTT-TTTCACTTAGTATTGTGTGGTGTGTGAGGGAGGTGTGTGT-GGTTA------------------------GA-GTGTGatgataagaattataatgaagtctatggaaatgatgataataattataatgaagtatatttataaatacagtaaataatgttatattatgcttttccacaaagtagtgtcaggtgtgtgagaaagctgtgagctgtgagcatgtgtgcgtgaagtgtgtggtgtgggcgcatgagtttatggctttgtagttatatttgttattgtactatgcatgatagccatacatatggcgatgaacatgtaatatgtttatgctaataaaatcttgacttg
gi|15 : TTTTGATA-ATTATTATAAGTTATGAATTAGATTTTCTTCATGGAAATGTT-----GG--TATAATAAAGTATATTTATGAATACTGA--AA-------------GAAGTA-T-T-T--TATAT-ATACTT-TCCCATAAAGTAGTGTGTGTTGTGCGAGTGAGGTGTGTGCAG--TG------------------------Aagtttatgccatattttggctttgttgttatatttattattttactatcacgatagccatacagatggcgatgaacatgcatatgtacatgctaataaaatcttcatt
gi|2 : TTCAATA-TCGATTGTGAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTT-----TA--TATAATGAAGTCTACACATTATTACTGT--AA-------------CT---A-A-TGT--TATCTCATGCTT-TTCCACAAAGAATTGT-TGGTGTGCGAGGTAGCTGTGTGC-G--TNNNNNNNNNNGTAGCTGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGC-GTAAAGTGTGTGGT-GTGGGTGTGTG--A-TTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATAA--TAGCCA--TACATATGGCGATGAAC-----------ATGTTTATGCTAAT-AAAATTTTTACTT
gi|14 : TCAATA-ATGATTGTAAGATATGAATTACATTTTCTTTTTGGAAATGTT-----GA--TATAAAGAATGTTATTTATAAATTCTATGAAA-------------AA---A-A-TGT--TATTTCATGCTTATTCTACAAAGTATTGTGTGGTGTGCGAGGGAGCTGTGTGCTG--TG-------------------------A-GCATGTc
gi|10 : TCAATA-ATTATTGTAAGTAACGA----GATTTT-TTTATTGAAATGTT-----GA--TATAATGAGGTTTAATTATAAGTACTGA--AAAAAGTATGTTATTCA---AGTGTGT--TATATCATGCTT-TTCCACTAAATATTGTGTGGTATGTGTTGGAGGTGTATGC-T--CT------------------------GA-GCAT---GTGTTCGTGA-AG--TGTGCG--GTGAAG-GTGTGG------------G--A-GTTTACGGCTTTCTTGTT--A
gi|19 : A-TTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATGGAAATGTT-----TA--TATAAAGAAGTCTACTTATAAATACTGT--AA-------------CA---A-A-TGT--TATATCATGCTT-TTCCACAAATTATTGTGT
gi|8 : TGTATGTTATAAATTAGATTTTCTTTATAGAAATGTT-----GA--TATAATGAGGTATATCTATAAATACTGG--AA-------------GA---G-TATGC--TAAATCCTGTTT-TTCCACAAAGTATTGTATGGTGTGCGAGGGAGGCGTGTGCTG--TG------------------------AGCGTGTGTG
gi|1 : TCTATGGAAATGATGATAATAATTATAATGAAGTATATTTATAAATACAGT--AAA------------TA---A-T--GT--TATATTATGCTT-TTCCACAAAGTAGTGTCAGGTGTGTGAGAAAGCTGTGAGC------------------------------------TGTG-----------AGCATGTGTGC-GTGAAGTGTGTGGT-GTGGGCGCATG--A-GTTTATGGCTTTGTAGTT--ATATTT-GTT-ATTGTACTATGCATGA--TAGCCA--TACATATGGCGATGAACA----TGTAATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTTtttatgcttataaaatcttgccttgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
gi|11 : tttcaataatgattgtaagataagatatagacgttctttatggaaatgatgataagaattataatgaagGT--TATATCATGCTT-TTCCAGATAGTATTGTTTGGTGTATGAGAGAGTTGTGTGCTG--TG------------------------AGCGCGTGTGGT----------------------TGAAGTGTGTGGT-GTGTGTGTGCA--A-GTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGA--TTGCCA--TACATATGGCAATGAACA----TGT-ATATATTTATGCTAAT-AATATCTTGAg
gi|9 : GTGTGTTGTGCG---CA--TGTGTGA-G--TG------------------------AA-ATGTACGATG--CGGGA------GTGTAA-GTGAAGTGTGCGGT-CCGGGTGGGTG--A-ATTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-TATGT--CAGC------CATATGACGATGAACA----TGT-TTATGTTTATGGTGATAAAA
gi|13 : aaatttatataataatacattttgaaattggagtactccagtaaAGGTGTGCGA-G--GG------------------------AG-GTGTGTGCTGT----GAT--CATGTGTGC-GTGAAGTGTGTGCT-ATGGGTGTGTG--A-GTTTATGACTTTGTTGTTGTATATTT-ATG-ATTGTACTAT-CATGA--TAGCCA--TACAGATGGCGATGAACA----TCT-ATATGTTTATGCTCAT-AAAATCTTGACTTtatggactgg
gi|12 : TGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGC-GTGAAGTGTGTGGT-GTGGGTGTGTG--A-GTTTATGGTTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGA--CAGCCA--TACATATGGTGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAT-AAAATTTTGACTgac
gi|14 : acatgtttttccacaaagtatTGTGTGGTGTGCGAGGGAGC-TGTGTGCTGTG-AGCATGT
gi|7 : tcaataatgattgtaagatatgaattacattttctttttggaaatgttgatataaagaatgttatttataaattctatgaaaaaaatgttatttcatgcttattctacaaagtatTGTGTGGTGTGTGAGGGAG---GTGTGT-GTG--GT-TAGAGT-GTGAGTTTATGCCATATTT-TGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTTTACTAT-CACGA--TAGCCA--TACAGATGGCGATGAACA----TGC-ATATGTACATGCTAATAAAA
gi|17 : tttcagtaattttttaagttatgaattagattttcttatggaaatgttgatgtaatgaagtctatttataattactgaaaaaagtatggtatatggtgctttttcacttagtatC-TGTGTGT-ACGAA-TGTGTGTTTGTGAACGATTG--T-TTTTCTTGCTTTGTTGTT--AT---T-ATT-A----A--AA-CA-GACATAGTAAAGTATAGATGGCGATGCACA----TGA-ATACGTTT-TACAAAT-AAAATCTTAACTtcttcatt
gi|16 : -TGTCCGG-GTGAAGTGTACGGT-GTGGGTGTGTC--A-ATTTACGGATTT-TTGTC--ATATTT-ATG-ATTGTATTAT-CATGA--TACACA--TACAGCTGACGATGAACA----TGT-A-A-GCTGATACTAA-GAAAATCGTAACTTagctt
gi|20 : aTGTA--A-GTTTATGGCTGTGTTGTT--ATATTTTATT-ATCATACTAT-AATGA--CAGCCA--TACATATGGCGATAAACATAATTGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGGCaa
gi|18 : -GTTGATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGA--TAGTCA--TACAGATGGCGATTGGCA----TGT-TTATGTCTATGCTAATAAA
gi|21 : gcgctgttggtaatgcgtctgtttgtcagtccaataatcTATGGCTTTGTTGTA--ATATTT-ATTTAGCGTACTAT-CATGA--TAGCCA--TCCAGAAGGCGATGAACA----TG---------TATCCCAAT-GAAATATTGACTT
gi|22 : TTG-ATT-ATTGTACTAT-CACGA--TAGCCT--AACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTGTGCTAATAAAAc
gi|23 : gttt--TACATATGGCGATGGACA----TAT-ATATGTTTATACTAAT-AAAATCTTGACT
gi|24 : ATGGCAATGACCA----TGT-ATACGTTTGTGCTAAT-AAAATCTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 111111111111111 1111111111 111111111 66666666666666666666666666666
lowQualScore : 555 0 0 0000000 3 3 22 1 44 999999999999999 44 44 3 6666 3333333333 222222222 0 1 99999999999999999999999999999 2 2 33 2 2 2 3 4444 2 2
lowQualScore : ... . . ....... . . .. . .. ............... .. .. . .... .......... ......... . . ............................. . . .. . . . . .... . .
lowQualScore : 000 8 4 8888888 3 1 55 0 33 222222222222222 22 22 1 1111 5555555555 333333333 8 0 44444444444444444444444444444 9 7 22 4 4 4 9 2222 0 0
consensus : TTTCAATAATGATTGTAAGA--TATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGATA-------TAATGAA-GTCTATTTATAAATACTGT--AAAAA-AT---------------G--T--TATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Reference ( family-1260 ) : TTTCAATAATGATTGTAAGA--TATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGATA-------TAATGAA-GTCTATTTATAAATACTGT--AANAA-NT---------------G--T--TATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|1 : TTTCAATAATGATTGTAAGA--TAAGATATAGACGTTCTTTATGGAAATG
gi|1 : AATGATGATAAGAATTAT-AATGAAGTCT-----ATGGAAATGATGATAATAATTATAATGAA-GTATATTTATAAATACAGT--AAATA-AT---------------G--T--TATATTATGCTT-TTCCACAAAGTAGTGT----CAG----------GTGTGTG---------AGAAAGCTGTGAGC---------------TGTG------AGCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGCGCA-TGAGTTTATGGCTTTGTAGT--TATATTT-GTT-ATTGTACTATGCATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGTAATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTTatgataagaattataatgaagtctatggaaatgatgataataattataatgaagtatatttataaatacagtaaataatgttatattatgcttttccacaaagtagtgtcaggtgtgtgagaaagctgtgagctgtgagcatgtgtgcgtgaagtgtgtggtgtgggcgcatgagtttatggctttgtagttatatttgttattgtactatgcatgatagccatacatatggcgatgaacatgtaatatgtttatgctaataaaatcttgacttg
gi|10 : tttcaataatgattgtaagataagatatagacgttctttatggaTCAATAATTATTGTAAG-----T-AACGAGATTTT-TTTATTGAAATGTTGATA-------TAATGAG-GTTTAATTATAAGTACTGA--AAAAA-GTATGTTATTCAAGTGTG--T--TATATCATGCTT-TTCCACTAAATATTGT----GTG----------GTATGTG---------TTGGAGGTGTATGC--------TCT------------G-AGCATGTGTTCGTGAA-GTGTGCGGTGAAGGTGTG-GGAGTTTACGGCTTTCTTGT--TAg
gi|11 : ---------------G--T--TATATCATGCTT-TTCCAGATAGTATTGT----TTG----------GTGTATG---------AGAGAGTTGTGTGCTGTGAGCGCGTGTGGT---------------------TGAA-GTGTGTGGTGTGTGTGTG-CAAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATTGCCATACATATGGCAATGAACA----TGT-ATATATTTATGCTAAT-AATATCTTGA
gi|12 : TGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGTTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGACAGCCATACATATGGTGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAT-AAAATTTTGACT
gi|13 : acatgtttttccacaaagtatAGGTGTGCGA-GGGAG-GTGTGTGCTGT-----G-ATCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGCTATGGGTGTG-TGAGTTTATGACTTTGTTGTTGTATATTT-ATG-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TCT-ATATGTTTATGCTCAT-AAAATCTTGACTT
gi|14 : TCAATAATGATTGTAAGA--TATGAATTACATTTTCTTTTTGGAAATGTTGATA-------TAAAGAATGT-TATTTATAAATTCTATGAAAAAA-AT---------------G--T--TATTTCATGCTTATTCTACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGCTGTGTGCTGTG-A-GCATGTgac
gi|15 : TTTTGATAATTATTATAAGT--TATGAATTAGATTTTCTTCATGGAAATGTTGGTA-------TAATAAA-GTATATTTATGAATACTGA--AAGAA-GT---------------ATTT--TATAT-ATACTT-TCCCATAAAGTAGTGT----GTG----------TTGTGCG---------AGTGAGGTGTGTGCAGTGA
gi|16 : -TGTCCGGGTGAA-GTGTACGGTGTGGGTGTG-TCAATTTACGGATTT-TTGT--CATATTT-ATG-ATTGTATTAT-CATGATACACATACAGCTGACGATGAACA----TGT-A-A-GCTGATACTAAG-AAAATCGTAACTT
gi|17 : aC-TGTGTGTACGAATGTGTGTT-TGTGAACGAT-TGTTTTTCTTGCTTTGTTGT--TAT---T-ATT-A--AAACAGA-CATAGTAAA-GTATAGATGGCGATGCACA----TGA-ATACGTTT-TACAAAT-AAAATCTTAACTaa
gi|18 : GTTGATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGTCATACAGATGGCGATTGGCA----TGT-TTATGTCTATGCTAAT-AAAagctt
gi|19 : gcgctgttggtaatgcgtctgtttgtcagtccaataatcTGATTGTAAGA--TATGAATTGGATTTTCTTTATGGAAATGTTTATA-------TAAAGAA-GTCTACTTATAAATACTGT--AACAA-AT---------------G--T--TATATCATGCTT-TTCCACAAATTATTGT----GT
gi|2 : atTTCAATATCGATTGTGAGA--TATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTTATA-------TAATGAA-GTCTACACATTATTACTGT--AACTA-AT---------------G--T--TATCTCATGCTT-TTCCACAAAGAATTGTTGGTGTGCGAGGTAGCTGTGTGCGTNNNNNNNNNNGTAGCTGTGTGC-GTAAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGATTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATAATAGCCATACATATGGCGATGAAC-----------ATGTTTATGCTAAT-AAAATTTTTACTT
gi|20 : TG-TAAGTTTATGGCTGTGTTGT--TATATTTTATT-ATCATACTAT-AATGACAGCCATACATATGGCGATAAACATAATTGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGGCc
gi|21 : TATGGCTTTGTTGT--AATATTT-ATTTAGCGTACTAT-CATGATAGCCATCCAGAAGGCGATGAACA----TG---------TATCCCAAT-GAAATATTGACTT
gi|22 : TTG-ATT-ATTGTACTAT-CACGATAGCCTAACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTGTGCTAAT-AAAAc
gi|23 : gtttTACATATGGCGATGGACA----TAT-ATATGTTTATACTAAT-AAAATCTTGACT
gi|24 : ATGGCAATGACCA----TGT-ATACGTTTGTGCTAAT-AAAATCTTG
gi|3 : TTTCAATATTGATTGTAAGA--TATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGCTTATA-------TAAAGAA-ATCTACTTATAAATACTGT--AACAA-TT---------------G--T--TATATCATGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGCTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTCCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAATAAAAATTTTGACTTc
gi|4 : TTTCAATATTGATTGTAAGA--TATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGTTTATA-------TAAAGAA-GTCTACTTATAATTACTGT--AACAA-TT---------------T--T--TATATCATGTTT-TTCCACAAAGTACTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGTTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAA-AAAATTTTGAC
gi|5 : TTTCAATAATGATTGTAAGA--TATTAATCAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGGTA-------TAATGAA-GTCTATTTATAAATACTGTGAAAAAA-AT---------------G--T--TATACCATGCGT-TTCCATAAAGTATTTT----GTG----------GTGTGTG---------AGGTAGCTGTGTGT--------TGT---------------------GTGCGCGAA-ATGTTTGGTGTGGATGTG-TTAGTTTAAAGCTTTGTTTT--TATATTT-ATT-ATTGTGCTAT-CATGATAGCCATACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTTAT-AAAACTTTGACT
gi|6 : TTTCAATAATGATTGTAAGA--TATGAATTAGATTTTCTTTATGGA--------TA-------TAATGAA-GTTTATTTATAAATACTGTG-AAAAA-AT---------------G--T--TATATCA--------------AGTATTGT----GAA----------GTGTGCG---------AGGGAGGTGTGTGC---------------TGTG------AGCATGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGCGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGAGAGCCATACA-ACGGCGATGAACA----TGT-TTATTGTCATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|7 : TTTCAGTAATT-TTTTAAGT--TATGAATTAGATTTTCTT-ATGGAAATGTTGATG-------TAATGAA-GTCTATTTATAATTACTGA--AAAAA-GT---------------A--TGGTATATGGTGCTT-TTTCACTTAGTATTGT----GTG----------GTGTGTG---------AGGGAGGTGTGTGT-G-----GT---TAGAGTGTGAG------TTTATGC-------CATAT--TTTGGCTTTGTTG---TTATA--TTTATTAT------TTT-ACT-AT---------CACGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TGC-ATATGTACATGCTAAT-AAAATCTTgac
gi|8 : TGTATGT--TATAAATTAGATTTTCTTTATAGAAATGTTGATA-------TAATGAG-GTATATCTATAAATACTGG--AAGAGTAT---------------G--C--TAAATCCTGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----ATG----------GTGTGCG---------AGGGAGGCGTGTGCTGTGAGCGTGTGTGcatt
gi|8 : TGAGCG----TGT-GT--GTTTATGCTTAT-AAAATCTTGCCTTtttatgcttataaaatcttgccttgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
gi|9 : tgtatgttataaattagattttctttatagaaatgttgatataatgaggtatatctataaatactggaagagtatgctaaatcctgtttttccacaaagtattgtatggtgtgcgagggaggcgtgtgctgGT----GTG----------TTGTGCG---------C-----ATGTGTGA-GTGAA-ATGTACGATGCG---GG-AG----TGTAAGTGAA-GTGTGCGGTCCGGGTGGG-TGAATTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-TATGTCAGCCAT----ATGACGATGAACA----TGT-TTATGTTTATGGTGAT-AAAATATGGACTgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
Alignments
lowQualScore : 1111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222222222222 1111111111 111111111 77777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 0 0000000 3 1 33333333333333333 999999 99999999999999 1 9999999999999999999 3 6666 3333333333 222222222 0 1 00000000000000000000000000000 2 2 33 2 2 2 3 4444 2 2
lowQualScore : . . ....... . . ................. ...... .............. . ................... . .... .......... ......... . . ............................. . . .. . . . . .... . .
lowQualScore : 6 4 8888888 3 0 33333333333333333 666666 88888888888888 5 9999999999999999999 1 1111 5555555555 333333333 8 0 66666666666666666666666666666 9 7 22 4 4 4 9 2222 0 0
consensus : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Reference ( family-1260 ) : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|1 : TTTCAATAATGATTGTAAGATAAGATATAGACGTTCTTTATGGAAATGATGATAAGAATTATAATGAA-GTCTATGGAAATGATGATAATAATTATAATGAAGTATATTTATAAATACAGT--AAATA--A----------------TGTTATATTATGCTT-TTCCACAAAGTAGTGT----CAG----------GTGTGTG---------AGAAAGCTGTGAGC--------TGT------------G-AGCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGCGCA-TGAGTTTATGGCTTTGTAGT--TATATTT-GTT-ATTGTACTATGCATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGTAATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|10 : TCAATAATTATTGTAAG---T-AACGAGATTTT-TTTATTGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTTTAA-----------------TTATAA------GTACT----------G---AAAAA--AGTATGTTATTCAAGTGTGTTATATCATGCTT-TTCCACTAAATATTGT----GTG----------GTATGTG---------TTGGAGGTGTATGC--------TCT------------G-AGCATGTGTTCGTGAA-GTGTGCGGTGAAGGTGTG-GGAGTTTACGGCTTTCTTGT--TAg
gi|11 : GTTATATCATGCTT-TTCCAGATAGTATTGT----TTG----------GTGTATG---------AGAGAGTTGTGTGCTGTGAGCGCGTGTGGT---------------------TGAA-GTGTGTGGTGTGTGTGTG-CAAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATTGCCATACATATGGCAATGAACA----TGT-ATATATTTATGCTAAT-AATATCTTGA
gi|12 : TGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGTTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGACAGCCATACATATGGTGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAT-AAAATTTTGACT
gi|13 : acatgtttttccacaaagtatAGGTGTGCGA-GGGAG-GTGTGTGCTGT-----G-ATCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGCTATGGGTGTG-TGAGTTTATGACTTTGTTGTTGTATATTT-ATG-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TCT-ATATGTTTATGCTCAT-AAAATCTTGACTT
gi|14 : TCAATAATGATTGTAAGATATGAATTACATTTTCTTTTTGGAAATGTTGA-------TATAAAGAATGT-TAT-----------------TTATAA------ATTCT----------ATGAAAAAA--A----------------TGTTATTTCATGCTTATTCTACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGCTGTGTGCTGTG-A-GCATGTgac
gi|15 : TTTTGATAATTATTATAAGTTATGAATTAGATTTTCTTCATGGAAATGTTGG-------TATAATAAA-GTATAT-----------------TTATGA------ATACT----------GA--AAGAAGTA----------------TTTTATAT-ATACTT-TCCCATAAAGTAGTGT----GTG----------TTGTGCG---------AGTGAGGTGTGTGCAGTGA
gi|16 : -TGTCCGGGTGAA-GTGTACGGTGTGGGTGTG-TCAATTTACGGATTT-TTGT--CATATTT-ATG-ATTGTATTAT-CATGATACACATACAGCTGACGATGAACA----TGT-A-A-GCTGATACTAAG-AAAATCGTAACTT
gi|17 : aC-TGTGTGTACGAATGTGTGTT-TGTGAACGAT-TGTTTTTCTTGCTTTGTTGT--TAT---T-ATT-A--AAACAGA-CATAGTAAA-GTATAGATGGCGATGCACA----TGA-ATACGTTT-TACAAAT-AAAATCTTAACTaa
gi|18 : GTTGATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGTCATACAGATGGCGATTGGCA----TGT-TTATGTCTATGCTAAT-AAAagctt
gi|19 : gcgctgttggtaatgcgtctgtttgtcagtccaataatcTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAATTATTGT----GT
gi|2 : atTTCAATATCGATTGTGAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAATGAA-GTCTAC-----------------ACATTA------TTACT----------GT--AACTA--A----------------TGTTATCTCATGCTT-TTCCACAAAGAATTGTTGGTGTGCGAGGTAGCTGTGTGCGTNNNNNNNNNNGTAGCTGTGTGC-GTAAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGATTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATAATAGCCATACATATGGCGATGAAC-----------ATGTTTATGCTAAT-AAAATTTTTACTT
gi|20 : TG-TAAGTTTATGGCTGTGTTGT--TATATTTTATT-ATCATACTAT-AATGACAGCCATACATATGGCGATAAACATAATTGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGGCc
gi|21 : TATGGCTTTGTTGT--AATATTT-ATTTAGCGTACTAT-CATGATAGCCATCCAGAAGGCGATGAACA----TG---------TATCCCAAT-GAAATATTGACTT
gi|22 : TTG-ATT-ATTGTACTAT-CACGATAGCCTAACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTGTGCTAAT-AAAAc
gi|23 : gtttTACATATGGCGATGGACA----TAT-ATATGTTTATACTAAT-AAAATCTTGACT
gi|24 : ATGGCAATGACCA----TGT-ATACGTTTGTGCTAAT-AAAATCTTG
gi|3 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGCTTA-------TATAAAGAA-ATCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--T----------------TGTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGCTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTCCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAATAAAAATTTTGACTTc
gi|4 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------TTACT----------GT--AACAA--T----------------TTTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTACTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGTTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAA-AAAATTTTGAC
gi|5 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATTAATCAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGG-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTGAAAAAA--A----------------TGTTATACCATGCGT-TTCCATAAAGTATTTT----GTG----------GTGTGTG---------AGGTAGCTGTGTGT--------TGT---------------------GTGCGCGAA-ATGTTTGGTGTGGATGTG-TTAGTTTAAAGCTTTGTTTT--TATATTT-ATT-ATTGTGCTAT-CATGATAGCCATACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTTAT-AAAACTTTGACT
gi|6 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGA---------------TATAATGAA-GTTTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTG-AAAAA--A----------------TGTTATATCA--------------AGTATTGT----GAA----------GTGTGCG---------AGGGAGGTGTGTGC--------TGT------------G-AGCATGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGCGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGAGAGCCATACA-ACGGCGATGAACA----TGT-TTATTGTCATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|7 : TTTCAGTAATT-TTTTAAGTTATGAATTAGATTTTCTT-ATGGAAATGTTGA-------TGTAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------TTACT----------GA--AAAAAGTA----------------TGGTATATGGTGCTT-TTTCACTTAGTATTGT----GTG----------GTGTGTG---------AGGGAGGTGTGTGT-G-----GT---TAGAGTGTGAG------TTTATGC-------CATAT--TTTGGCTTTGTTG---TTATA--TTTATTAT------TTT-ACT-AT---------CACGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TGC-ATATGTACATGCTAAT-AAAATCTTgac
gi|8 : TGTATGTTATAAATTAGATTTTCTTTATAGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTATAT-----------------CTATAA------ATACT----------GG--AAGAGT-A----------------TGCTAAATCCTGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----ATG----------GTGTGCG---------AGGGAGGCGTGTGCTGTGAGCGTGTGTGcatt
gi|8 : TGAGCG----TGT-GT--GTTTATGCTTAT-AAAATCTTGCCTTtttatgcttataaaatcttgccttgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
gi|9 : tgtatgttataaattagattttctttatagaaatgttgatataatgaggtatatctataaatactggaagagtatgctaaatcctgtttttccacaaagtattgtatggtgtgcgagggaggcgtgtgctgGT----GTG----------TTGTGCG---------C-----ATGTGTGA-GTGAA-ATGTACGATGCG---GG-AG----TGTAAGTGAA-GTGTGCGGTCCGGGTGGG-TGAATTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-TATGTCAGCCAT----ATGACGATGAACA----TGT-TTATGTTTATGGTGAT-AAAATATGGACTgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
Alignments
lowQualScore : 1111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222222222222 1111111111 111111111 77777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 0 0000000 3 1 33333333333333333 999999 99999999999999 1 9999999999999999999 3 6666 3333333333 222222222 0 1 00000000000000000000000000000 2 2 33 2 2 2 3 4444 2 2
lowQualScore : . . ....... . . ................. ...... .............. . ................... . .... .......... ......... . . ............................. . . .. . . . . .... . .
lowQualScore : 6 4 8888888 3 0 33333333333333333 666666 88888888888888 5 9999999999999999999 1 1111 5555555555 333333333 8 0 66666666666666666666666666666 9 7 22 4 4 4 9 2222 0 0
consensus : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Reference ( family-1260 ) : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|1 : TTTCAATAATGATTGTAAGATAAGATATAGACGTTCTTTATGGAAATGATGATAAGAATTATAATGAA-GTCTATGGAAATGATGATAATAATTATAATGAAGTATATTTATAAATACAGT--AAATA--A----------------TGTTATATTATGCTT-TTCCACAAAGTAGTGT----CAG----------GTGTGTG---------AGAAAGCTGTGAGC--------TGT------------G-AGCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGCGCA-TGAGTTTATGGCTTTGTAGT--TATATTT-GTT-ATTGTACTATGCATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGTAATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|10 : TCAATAATTATTGTAAG---T-AACGAGATTTT-TTTATTGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTTTAA-----------------TTATAA------GTACT----------G---AAAAA--AGTATGTTATTCAAGTGTGTTATATCATGCTT-TTCCACTAAATATTGT----GTG----------GTATGTG---------TTGGAGGTGTATGC--------TCT------------G-AGCATGTGTTCGTGAA-GTGTGCGGTGAAGGTGTG-GGAGTTTACGGCTTTCTTGT--TAg
gi|11 : GTTATATCATGCTT-TTCCAGATAGTATTGT----TTG----------GTGTATG---------AGAGAGTTGTGTGCTGTGAGCGCGTGTGGT---------------------TGAA-GTGTGTGGTGTGTGTGTG-CAAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATTGCCATACATATGGCAATGAACA----TGT-ATATATTTATGCTAAT-AATATCTTGA
gi|12 : TGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGTTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGACAGCCATACATATGGTGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAT-AAAATTTTGACT
gi|13 : acatgtttttccacaaagtatAGGTGTGCGA-GGGAG-GTGTGTGCTGT-----G-ATCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGCTATGGGTGTG-TGAGTTTATGACTTTGTTGTTGTATATTT-ATG-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TCT-ATATGTTTATGCTCAT-AAAATCTTGACTT
gi|14 : TCAATAATGATTGTAAGATATGAATTACATTTTCTTTTTGGAAATGTTGA-------TATAAAGAATGT-TAT-----------------TTATAA------ATTCT----------ATGAAAAAA--A----------------TGTTATTTCATGCTTATTCTACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGCTGTGTGCTGTG-A-GCATGTgac
gi|15 : TTTTGATAATTATTATAAGTTATGAATTAGATTTTCTTCATGGAAATGTTGG-------TATAATAAA-GTATAT-----------------TTATGA------ATACT----------GA--AAGAAGTA----------------TTTTATAT-ATACTT-TCCCATAAAGTAGTGT----GTG----------TTGTGCG---------AGTGAGGTGTGTGCAGTGA
gi|16 : -TGTCCGGGTGAA-GTGTACGGTGTGGGTGTG-TCAATTTACGGATTT-TTGT--CATATTT-ATG-ATTGTATTAT-CATGATACACATACAGCTGACGATGAACA----TGT-A-A-GCTGATACTAAG-AAAATCGTAACTT
gi|17 : aC-TGTGTGTACGAATGTGTGTT-TGTGAACGAT-TGTTTTTCTTGCTTTGTTGT--TAT---T-ATT-A--AAACAGA-CATAGTAAA-GTATAGATGGCGATGCACA----TGA-ATACGTTT-TACAAAT-AAAATCTTAACTaa
gi|18 : GTTGATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGTCATACAGATGGCGATTGGCA----TGT-TTATGTCTATGCTAAT-AAAagctt
gi|19 : gcgctgttggtaatgcgtctgtttgtcagtccaataatcTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAATTATTGT----GT
gi|2 : atTTCAATATCGATTGTGAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAATGAA-GTCTAC-----------------ACATTA------TTACT----------GT--AACTA--A----------------TGTTATCTCATGCTT-TTCCACAAAGAATTGTTGGTGTGCGAGGTAGCTGTGTGCGTNNNNNNNNNNGTAGCTGTGTGC-GTAAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGATTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATAATAGCCATACATATGGCGATGAAC-----------ATGTTTATGCTAAT-AAAATTTTTACTT
gi|20 : TG-TAAGTTTATGGCTGTGTTGT--TATATTTTATT-ATCATACTAT-AATGACAGCCATACATATGGCGATAAACATAATTGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGGCc
gi|21 : TATGGCTTTGTTGT--AATATTT-ATTTAGCGTACTAT-CATGATAGCCATCCAGAAGGCGATGAACA----TG---------TATCCCAAT-GAAATATTGACTT
gi|22 : TTG-ATT-ATTGTACTAT-CACGATAGCCTAACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTGTGCTAAT-AAAAc
gi|23 : gtttTACATATGGCGATGGACA----TAT-ATATGTTTATACTAAT-AAAATCTTGACT
gi|24 : ATGGCAATGACCA----TGT-ATACGTTTGTGCTAAT-AAAATCTTG
gi|3 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGCTTA-------TATAAAGAA-ATCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--T----------------TGTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGCTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTCCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAATAAAAATTTTGACTTc
gi|4 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------TTACT----------GT--AACAA--T----------------TTTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTACTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGTTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAA-AAAATTTTGAC
gi|5 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATTAATCAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGG-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTGAAAAAA--A----------------TGTTATACCATGCGT-TTCCATAAAGTATTTT----GTG----------GTGTGTG---------AGGTAGCTGTGTGT--------TGT---------------------GTGCGCGAA-ATGTTTGGTGTGGATGTG-TTAGTTTAAAGCTTTGTTTT--TATATTT-ATT-ATTGTGCTAT-CATGATAGCCATACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTTAT-AAAACTTTGACT
gi|6 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGA---------------TATAATGAA-GTTTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTG-AAAAA--A----------------TGTTATATCA--------------AGTATTGT----GAA----------GTGTGCG---------AGGGAGGTGTGTGC--------TGT------------G-AGCATGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGCGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGAGAGCCATACA-ACGGCGATGAACA----TGT-TTATTGTCATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|7 : TTTCAGTAATT-TTTTAAGTTATGAATTAGATTTTCTT-ATGGAAATGTTGA-------TGTAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------TTACT----------GA--AAAAAGTA----------------TGGTATATGGTGCTT-TTTCACTTAGTATTGT----GTG----------GTGTGTG---------AGGGAGGTGTGTGT-G-----GT---TAGAGTGTGAG------TTTATGC-------CATAT--TTTGGCTTTGTTG---TTATA--TTTATTAT------TTT-ACT-AT---------CACGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TGC-ATATGTACATGCTAAT-AAAATCTTgac
gi|8 : TGTATGTTATAAATTAGATTTTCTTTATAGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTATAT-----------------CTATAA------ATACT----------GG--AAGAGT-A----------------TGCTAAATCCTGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----ATG----------GTGTGCG---------AGGGAGGCGTGTGCTGTGAGCGTGTGTGcatt
gi|8 : TGAGCG----TGT-GT--GTTTATGCTTAT-AAAATCTTGCCTTtttatgcttataaaatcttgccttgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
gi|9 : tgtatgttataaattagattttctttatagaaatgttgatataatgaggtatatctataaatactggaagagtatgctaaatcctgtttttccacaaagtattgtatggtgtgcgagggaggcgtgtgctgGT----GTG----------TTGTGCG---------C-----ATGTGTGA-GTGAA-ATGTACGATGCG---GG-AG----TGTAAGTGAA-GTGTGCGGTCCGGGTGGG-TGAATTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-TATGTCAGCCAT----ATGACGATGAACA----TGT-TTATGTTTATGGTGAT-AAAATATGGACTgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
blockSeqs : A . T T . . ATGA A AGTATGTTATTCAAGTG A TGGT CGAGGTAGCT TNNNNNNNN G GTAAAGTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC T T TG T T . T TAAT . A
blockSeqs : T . . A . . GTGA A GTA . . . . T GTGAAGTGTGTGGTGTCCGAGGTAGC . . . . . . T . . .
blockSeqs : A . . C . . GTG G GTA . . . . G GTGAAGTGTGTGGTGTGCGAGGTAGC . . . . . . G . . .
blockSeqs : A . . C . . GA C TA . . . . C GGGAGGTGTGTGCTGTGATCA . . . . . . G . . .
blockSeqs : A . . C . . GT C A . . . . G GTGAAATGTACGATGCGGGAG . . . . . . G . . .
blockSeqs : A . . C . . GT C A . . . . C TGTGAGCGCGTGTGGT . . . . . . G . . .
blockSeqs : A . . C . . GT C A . . . . C GGTTAGAGTGTGAG . . . . . . T . . .
blockSeqs : A . . T . . GT A T . . . . T TCTGAGCA . . . . . . T . . .
blockSeqs : T . . C . . GA A T . . . . C TGTGAGCA . . . . . . G . . .
blockSeqs : T . . A . . GG A A . . . . G TGT . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . G G A . . . . G . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . T . . .
blockSeqs : . A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ******* ***************** ****** GT************ GTGAAGTGTGTGGTGTGGAGAGC******
originalCons : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-GTGAA-GTGTGTGGTGTGCGAGG-AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
finalCons : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACTGT------------AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGCGTGAAGTGTGTGGTGTGGAGAGC------TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGT--TATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222222222 11111111111111 2222222222222222222 1111111111 111111111 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 0 0000000 3 1 33333333333333333 999999 99999999999999 1 9999999999999999999 2 5555 1111111111 000000000 1 1 66666666666666666666666666666666 2 2 33 2 2 2 3 4444 2 2
lowQualScore : . . ....... . . ................. ...... .............. . ................... . .... .......... ......... . . ................................ . . .. . . . . .... . .
lowQualScore : 6 4 8888888 3 0 33333333333333333 666666 88888888888888 5 9999999999999999999 9 7777 7777777777 777777777 1 9 22222222222222222222222222222222 9 7 22 4 4 4 9 2222 0 0
consensus : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-G--TGAA-GTGTGTGGT-------G--AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
Reference ( family-1260 ) : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGA-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AAAAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGNTGTGTGC-G--TGAA-GTGTGTGGTGT-G-GAG--AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACANATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|1 : TTTCAATAATGATTGTAAGATAAGATATAGACGTTCTTTATGGAAATGATGATAAGAATTATAATGAA-GTCTATGGAAATGATGATAATAATTATAATGAAGTATATTTATAAATACAGT--AAATA--A----------------TGTTATATTATGCTT-TTCCACAAAGTAGTGT----CAG----------GTGTGTG---------AGAAAGCTGTGAGC----------TGT------------G--AGCATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGCGCA-TGAGTTTATGGCTTTGTAGTT--ATATTT-GTT-ATTGTACTATGCATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGTAATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|10 : TCAATAATTATTGTAAG---T-AACGAGATTTT-TTTATTGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTTTAA-----------------TTATAA------GTACT----------G---AAAAA--AGTATGTTATTCAAGTGTGTTATATCATGCTT-TTCCACTAAATATTGT----GTG----------GTATGTG---------TTGGAGGTGTATGC----------TCT------------G--AGCATGTGTTCGTGAA-GTGTGCGGTGAAGGTGTG-GGAGTTTACGGCTTTCTTGTT--Ag
gi|11 : GTTATATCATGCTT-TTCCAGATAGTATTGT----TTG----------GTGTATG---------AGAGAGTTGTGTGCTG--TGAGCGCGTGTGGT----------------------TGAA-GTGTGTGGTGTGTGTGTG-CAAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATTGCCATACATATGGCAATGAACA----TGT-ATATATTTATGCTAAT-AATATCTTGA
gi|12 : CATGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GTG------------------------TGC-G----AG-GT-----------------AGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGTTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGACAGCCATACATATGGTGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAT-AAAATTTTGACT
gi|13 : aG----------GTGTGCG---------AGGGAGGTGTGTGC------------TGTGAT------------CATGTGTGCGTGAA-GTGTGTGCTATGGGTGTG-TGAGTTTATGACTTTGTTGTTGTATATTT-ATG-ATTGTACTAT-CATGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TCT-ATATGTTTATGCTCAT-AAAATCTTGACTT
gi|14 : aTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTACATTTTCTTTTTGGAAATGTTGA-------TATAAAGAATGT-TAT-----------------TTATAA------ATTCT----------ATGAAAAAA--A----------------TGTTATTTCATGCTTATTCTACAAAGTATTGT----GTG----------GTGTGCG---------AGGGAGCTGTGTGCTG--TG-A-GCATGTgac
gi|15 : TTTTGATAATTATTATAAGTTATGAATTAGATTTTCTTCATGGAAATGTTGG-------TATAATAAA-GTATAT-----------------TTATGA------ATACT----------GA--AAGAAGTA----------------TTTTATAT-ATACTT-TCCCATAAAGTAGTGT----GTG----------TTGTGCG---------AGTGAGGTGTGTGCAG--TGA
gi|16 : -TGTCCGGGTGAA-GTGTACGGTGTGGGTGTG-TCAATTTACGGATTT-TTGTC--ATATTT-ATG-ATTGTATTAT-CATGATACACATACAGCTGACGATGAACA----TGT-A-A-GCTGATACTAAG-AAAATCGTAACTT
gi|17 : aC-TGTGTGTACGAATGTGTGTT-TGTGAACGAT-TGTTTTTCTTGCTTTGTTGTT--AT---T-ATT-A--AAACAGA-CATAGTAAA-GTATAGATGGCGATGCACA----TGA-ATACGTTT-TACAAAT-AAAATCTTAACTaa
gi|18 : GTTGATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGATAGTCATACAGATGGCGATTGGCA----TGT-TTATGTCTATGCTAAT-AAAagctt
gi|19 : gcgctgttggtaatgcgtctgtttgtcagtccaataatcTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--A----------------TGTTATATCATGCTT-TTCCACAAATTATTGT----GT
gi|2 : atTTCAATATCGATTGTGAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGAAATGTTTA-------TATAATGAA-GTCTAC-----------------ACATTA------TTACT----------GT--AACTA--A----------------TGTTATCTCATGCTT-TTCCACAAAGAATTGTTGGTGTGCGAGGTAGCTGTGTGCGTNNNNNNNNNNGTAGCTGTGTGC-G--TAAA-GTGTGTGGTGT-GCGAGGTAGC-TGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGATTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATAATAGCCATACATATGGCGATGAAC-----------ATGTTTATGCTAAT-AAAATTTTTACTT
gi|20 : TG-TAAGTTTATGGCTGTGTTGTT--ATATTTTATT-ATCATACTAT-AATGACAGCCATACATATGGCGATAAACATAATTGT-ATATGTTTATGCTAAT-AAAATCTTGGCc
gi|21 : TATGGCTTTGTTGTA--ATATTT-ATTTAGCGTACTAT-CATGATAGCCATCCAGAAGGCGATGAACA----TG---------TATCCCAAT-GAAATATTGACTT
gi|22 : TTG-ATT-ATTGTACTAT-CACGATAGCCTAACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTGTGCTAAT-AAAAc
gi|23 : gtttTACATATGGCGATGGACA----TAT-ATATGTTTATACTAAT-AAAATCTTGACT
gi|24 : ATGGCAATGACCA----TGT-ATACGTTTGTGCTAAT-AAAATCTTG
gi|3 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGCTTA-------TATAAAGAA-ATCTAC-----------------TTATAA------ATACT----------GT--AACAA--T----------------TGTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGCTGTGTGC-G--TGAA-GTGTGTGGTGTCC-GAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTAATAAAAATTTTGACTTc
gi|4 : TTTCAATATTGATTGTAAGATATGAATTGGATTTTCTTTATAGAAATGTTTA-------TATAAAGAA-GTCTAC-----------------TTATAA------TTACT----------GT--AACAA--T----------------TTTTATATCATGTTT-TTCCACAAAGTACTGT----GTG----------GGGTGCG---------AGGTAGTTGTGTGC-G--TGAA-GTGTGTGGTGT-GCGAGGTAGC-TGTGTGCGTGAA-GTGTGTGGTGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTATTAT-CATGATAGCCATACATATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTTTGCTAAA-AAAATTTTGAC
gi|5 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATTAATCAGATTTTCTTTATGGAAATGTTGG-------TATAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTGAAAAAA--A----------------TGTTATACCATGCGT-TTCCATAAAGTATTTT----GTG----------GTGTGTG---------AGGTAGCTGTGT-------------------------------GT-TGTGTGCGCGAA-ATGTTTGGTGTGGATGTG-TTAGTTTAAAGCTTTGTTTTT--ATATTT-ATT-ATTGTGCTAT-CATGATAGCCATACAAATGGCGATGAACA----TGT-ATATGTTTATGCTTAT-AAAACTTTGACT
gi|6 : TTTCAATAATGATTGTAAGATATGAATTAGATTTTCTTTATGGA---------------TATAATGAA-GTTTAT-----------------TTATAA------ATACT----------GTG-AAAAA--A----------------TGTTATATCA--------------AGTATTGT----GAA----------GTGTGCG---------AGGGAGGTGTGTGC----------TGT------------G--AGCATGTGTGCGTAAA-GTGTGTGGCGTGGGTGTG-TGAGTTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-CATGAGAGCCATACA-ACGGCGATGAACA----TGT-TTATTGTCATGCTAAT-AAAATCTTGACTT
gi|7 : TTTCAGTAATT-TTTTAAGTTATGAATTAGATTTTCTT-ATGGAAATGTTGA-------TGTAATGAA-GTCTAT-----------------TTATAA------TTACT----------GA--AAAAAGTA----------------TGGTATATGGTGCTT-TTTCACTTAGTATTGT----GTG----------GTGTGTG---------AGGGAGGTGTGTGT-GGTTAGA-GTGT------------G--AGT-T-TATGC-------CATAT--TTTGGCTTTGTTG---TTATA--TTTATTAT------TTT-ACT-AT---------CACGATAGCCATACAGATGGCGATGAACA----TGC-ATATGTACATGCTAAT-AAAATCTTgac
gi|8 : TGTATGTTATAAATTAGATTTTCTTTATAGAAATGTTGA-------TATAATGAG-GTATAT-----------------CTATAA------ATACT----------GG--AAGAGT-A----------------TGCTAAATCCTGTTT-TTCCACAAAGTATTGT----ATG----------GTGTGCG---------AGGGAGGCGTGTGCTG--TGAGCGTGTGTGcatt
gi|8 : TGAGCG----TGT-GT--GTTTATGCTTAT-AAAATCTTGCCTTtttatgcttataaaatcttgccttgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat
gi|9 : tgtatgttataaattagattttctttatagaaatgttgatataatgaggtatatctataaatactggaagagtatgctaaatcctgtttttccacaaagtattgtatggtgtgcgagggaggcgtgtgctgGT----GTG----------TTGTGCG---------C-----ATGTGTGA-G--TGAA-ATGTACGATGC-G-G-G--AG----TGTAAGTGAA-GTGTGCGGTCCGGGTGGG-TGAATTTATGGCTTTGTTGTT--ATATTT-ATT-ATTGTACTAT-TATGTCAGCCAT----ATGACGATGAACA----TGT-TTATGTTTATGGTGAT-AAAATATGGACTgatatttttacataaaatgcgatgtctgtatgtaaagtattgagtattttaagatttttctgtatattgattat