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10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): ATATTTAATGATATTGATTCCAAAATACATCCTATTAAACACCATAAGATGAAACAGTTTGAAATAGTACGAAA
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Unaligned ( gi|16 ): ATTACTTAAATTTTCACACTGGTCACTTCAAAGTTGGTTGCTGTCATTT






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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttgattccaatttacatAACATACTAGCTAAGGTTTAT--T--TGCCG--GTGCACCTTGGCATTTCAAAGCGATTCTCT-GGgtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACG--ACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCAT-TTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTACCATATTATATACCCAAATATATAACAGTTTGGAGAAATATATAAAA-TAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATCA-TATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
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gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGA-AGAA-TTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCAT-TTTTAATGC-CATTGATT-----CCAAAA---GACATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTTTGAAATGATACGAAAAA-CAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1258 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAGTTAATAGTGAACNTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--TTGCTCCTCGGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-AGT-GCATTCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTNGA-CCTTTATTGCTCGTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAA-CCAAAATGTACCATATTATATACCCAAANATGTAACAGTTTGGAGNAATACGNAAAACAANANGAGAATGAAGTTGCTTTT---AAAGATCACAAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTANCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACNGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAA-CCAAAATGTACCATATTATATACCCAAATATATAACAGTTATGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGAACACAAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTATCAGAAAAAGATCAAAAGTTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACTGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCAT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATGATATTGATTCCAAAATACATCCTATTAAACACCATAAGATGAAACAGTTTGAAATAGTACGAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atatttAACATACTAGCTAAGGTTTAT--T--TGCCG--GTGCACCTTGGCATTTCAAAGCGATTCTCT-GG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAA-CCAAAATGTACCATATTATATACCCAAATATATAACAGTTTGGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATGAACTTGCCAGCAAA---TCAC--T--TGTCAATTCACACCTTTGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-GGGAGCATTACCA
gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGAAGAATTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCATTTTTAATGC-CATTGATT------CCAAAAGA---CATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTTTGAAATGATACGAAAAACAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|9 ): TTACTCAAATTTTCACACTGGTCACTACAAAGTTCAATGCTCGCATTTTGTTAAATGGTTATTTTTTGCTTCACTTTGGTCACTATTTTAGGAGGAGACAGCAAAAGTGTTGAATAGGGACATTTTAAGTAGATTTAAATTTTCCCAAAGA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgattccATATTTAATG-ATATTGATT-----CCAAAATACAT--CCTATTAAACACCATAAGATGAAACAGTTTGAAATAGTACGAAAacaatataaagcgaaatgtt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACATACTAGCTAAGGTTTAT--T--TGCCG--GTGCACCTTGGCATTTCAAAGCGATTCTCT-GG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAATATATAACAGTTTGGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATGAACTTGCCAGCAAA---TCAC--T--TGTCAATTCACACCTTTGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-GGGAGCATTACCA
gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGAAGAATTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCATTTTTAATGC-CATTGATT-----CCAAAAGA-----CATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTTTGAAATGATACGAAAAACAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATAATTAGTTGTTGTTGGTTTCATTTTGATAGCCATGTTATTAGGAGACAGCAATGGGGTTGAGTGGGGGCATACGTACATTAAATTTTCACAAAGAAAACAGGCCACTTTAATAGCAAAGTCAAAATAAAATATATAAAAAAAAAAAATCTATCAGACAGGTCTTAAAAATTGTCATAAATTAGCTAAGCATAATTTTCAGAATTCAATATTAAAATATTTGTACTCAGAAATATTAATTTCACTAAAGCCTTTATAACAAATAATGAATTCCATTTTTAATGAGGTTG
Unaligned ( gi|7 ): GCTTAAATTTTCAAACTGGTCACTTCATAGGTATATTGATCTCAATGTTGTTAAATGATTCATTGTTACTTTTTTGACCAATTTCACTTTGATCGCTATAATATTAGGAAACAGCAAATGTGATGAGTAGGGACATACGTACATTTAATTTTTCTAAAAGAAAACTGGCCACCTTAATGGGGTATTATAACAGAACCAAAATAAAATACTTTTTATCTATCCGGACAACTCTTGAAAATAATCTTACATTTGATAACATA
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Unaligned ( gi|11 ): TTTTTTACACTTATCACTTTATAGCTCACTGCTCTCATTTTTTAAATGGTTAATTGTCCATAATGATTTCACTTTTATCACTGTGTATAAGGAGAGAGCAAATGTGTTGCGTAGGG
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAATATATAACAGTT-TGGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
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gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGAAGAATTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCATTTTTAATGC-CATTGATT-----CCAAAAGA-----CATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTT-TGAAATGATACGAAAAACAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta
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Reference ( family-1258 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAGTTAATAGTGAACNTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--TTGCTCCTCGGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-AGT-GCATTCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTNGA-CCTTTATTGCTCGTAATGATCTCCATCTCCATTTTNAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAAGATGTAACAGTT-TGAAATAATACGAAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACAAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTANCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACNGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAATATATAACAGTTATGAGA-AATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGAACACAAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTATCAGAAAAAGATCAAAAGTTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACTGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCAT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgattccATATTTAATG-ATATTGATT-----CCAAAATACAT--CCTATTAAACACCATAAGATGAAACAGTT-TGAAATAGTACGAAAacaatataaagcgaaatgtt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACATACTAGCTAAGGTTTAT--T--TGCCG--GTGCACCTTGGCATTTCAAAGCGATTCTCT-GG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAATATATAACAGTT-TGGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATGAACTTGCCAGCAAA---TCAC--T--TGTCAATTCACACCTTTGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-GGGAGCATTACCA
gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGAAGAATTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCATTTTTAATGC-CATTGATT-----CCAAAAGA-----CATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTT-TGAAATGATACGAAAAACAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G     TTAATA  G   A   T      GGT    TAT       AT        TG            G       TAGT                  AC  C   T   C   TC  TCTT                                   G A  G           GG      AT     C        C    TG  A     TTCAA       TT  AT                             .     T      A                    T       TGA            A             T    A    C                     AG                                                   G                                                                                                                                            A
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blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
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finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAGTTAATAGTGAACNTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--TTGCTCCTCGGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-AGT-GCATTCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTNGA-CCTTTATTGCTCGTAATGATCTCCATCTCCATTTTNAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAAGATGTAACAGTT-TGAAATAATACGAAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACAAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTANCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACNGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATAATTAGTTGTTGTTGGTTTCATTTTGATAGCCATGTTATTAGGAGACAGCAATGGGGTTGAGTGGGGGCATACGTACATTAAATTTTCACAAAGAAAACAGGCCACTTTAATAGCAAAGTCAAAATAAAATATATAAAAAAAAAAAATCTATCAGACAGGTCTTAAAAATTGTCATAAATTAGCTAAGCATAATTTTCAGAATTCAATATTAAAATATTTGTACTCAGAAATATTAATTTCACTAAAGCCTTTATAACAAATAATGAATTCCATTTTTAATGAGGTTG
Unaligned ( gi|7 ): GCTTAAATTTTCAAACTGGTCACTTCATAGGTATATTGATCTCAATGTTGTTAAATGATTCATTGTTACTTTTTTGACCAATTTCACTTTGATCGCTATAATATTAGGAAACAGCAAATGTGATGAGTAGGGACATACGTACATTTAATTTTTCTAAAAGAAAACTGGCCACCTTAATGGGGTATTATAACAGAACCAAAATAAAATACTTTTTATCTATCCGGACAACTCTTGAAAATAATCTTACATTTGATAACATA
Unaligned ( gi|8 ): AAATAAATAATTGTTACTTTATTGATTGATTTCACTCTGTTCACAGCAACGGTTTTGCGTAGGGGCATAAGTACATTTTCATGAAGAAAAACAGGCCATTTAGCAAAATCAAAATAAAAGACAATAAAGCAATGGACAATAAATAAGTTTTTTAAAACAAACAAATTATAATGAAATATTGCGAAAGTATCAGAAAAAAAGAAACATTTCAGCCAGCACATTTTTCTATTTCTATGACTTAATTTGATTATTTTTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTACTCAAATTTTCACACTGGTCACTACAAAGTTCAATGCTCGCATTTTGTTAAATGGTTATTTTTTGCTTCACTTTGGTCACTATTTTAGGAGGAGACAGCAAAAGTGTTGAATAGGGACATTTTAAGTAGATTTAAATTTTCCCAAAGA
Unaligned ( gi|11 ): TTTTTTACACTTATCACTTTATAGCTCACTGCTCTCATTTTTTAAATGGTTAATTGTCCATAATGATTTCACTTTTATCACTGTGTATAAGGAGAGAGCAAATGTGTTGCGTAGGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGGGACAAAAGTACATTTTCACAAAGAAAACAGGTAACTTAGCAAAATCAAAATAATAAAAAAAAATTAATAAAACACTAA
Unaligned ( gi|16 ): ATTACTTAAATTTTCACACTGGTCACTTCAAAGTTGGTTGCTGTCATTT






Alignments
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATTTACATCATATCATATATCCAAAGATGTAATAATT-TGAAATAATACGAAAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgattccATATTTAATG-ATATTGATT-----CCAAAATACAT--CCTATTAAACACCATAAGATGAAACAGTT-TGAAATAGTACGAAAacaatataaagcgaaatgtt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACATACTAGCTAAGGTTTAT--T--TGCCG--GTGCACCTTGGCATTTCAAAGCGATTCTCT-GG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGAAGTAAAG------GT-AACTTACCAGCAAA---TCAG--T--TGTCA--CTGTTCCACGGCAGTCGAAACCGATTCTCTTAGT-GCATCCCCACCGGATAGACGACTTATTCT-GACTTTT----CTTAGTGTAAGCATAACCTTCATAAAGAAGTTTGCGTTGA-CCTTTATTGCTCTTAATGATCTCCATCTCCATTTTGAATGTGCAATGATTTTCAACCAAAATGTAC--CATATTATATACCCAAATATATAACAGTT-TGGAGAAATATATAAAATAAGAGGAGAATAAAGTTGCTTTT---AAAGATCACCAAACTGTACATTAATATCATC-ATATCCGAAAGGGATAATTGATTTAA--TAATAATCAATTAAATGATTAACTAATTGACAGTGACAAACAAAGTAATTAGCAGAAAAAGATCAAAAGCTTCAAATTAATTGATATACTTAATTACCCACTTTACTCCAATTTAACATTTAATTTACCCTTTTTATAAGAAGATAAAGTAATTATTAGAAAAGATCATAAGCTTAAAATTAAATGATTGACAGAATTACCCACCTTATTCCAATTCTTCAAAGGAAAGTTGCAATAAATAGTTTTTTGTAGTGATTGATATGGAAAATAGTGTAGACCTGGTATCCATgagca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATGAACTTGCCAGCAAA---TCAC--T--TGTCAATTCACACCTTTGCAGTTCAAAGCGATTCTCT-GGGAGCATTACCA
gi|4                          : tcaagttttaacactagtcacttcatagttgattgttctcattcggtaaaatgattaattgttactttattgattgatttcacttaggtcattaatatattaggagactgcaaaggtgttgagtagggacatatgtatatttaatttttcacaaagaaagcaggcctatttaataggctgttatagcatatttaaaataaaatatttaaaaagatttgttttctattcagacaaatcttaaaaataatcttgaattagataacttagaaaaaaacataattttcttaattcagtatcaaaacatttattctcggaaaaattaatcttcaatttgattatattgcttatacgagtatgtattccgagttttatataagaattgataAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAGTAT--TGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC-ATTCTCa
gi|5                          :                                                                                taatattttctcactggtagcgtcaaagttgattgctcctattttgtaaaacaattaactattgttttattgattgatttcatgttgttcactatgctataaggagagagcaaagaagtcgagtagggaatacgtacattgaattttgcacaaagaaaacaggccactgtattattttttagagaaatcaaaatacaatatttagaaagttttttttctattcagactagttttgaaaattatttagagaatatagataagcatacttttctaaattcggttatattgtgtatctgtatatatatcAGAA-TAAAGTTAATAGTGAACGTATAAGCAAA---TCAG--TATTGTCA--TTGCTCCTTTGAAGTTCAAAGC---------------ATTCTCAATGGATAGAAGAATTA--CA-GGC------------GTGTAATCATAACCATCATGAAGAAGTTTGCGCGAG-CCTTTATAACGTGTACGGA-----AT-TCCATTTTTAATGC-CATTGATT-----CCAAAAGA-----CATATTATATATTAAAAGATGTAACAGTT-TGAAATGATACGAAAAACAATATGAAAATGAAG-TGTTTTTTGAAAAAATTACAAA--TTTATATAAATA-CATTAATAT--------AACAATTTAATTAAAGTAATTATCAGTaatggatagaagaatta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATAATTAGTTGTTGTTGGTTTCATTTTGATAGCCATGTTATTAGGAGACAGCAATGGGGTTGAGTGGGGGCATACGTACATTAAATTTTCACAAAGAAAACAGGCCACTTTAATAGCAAAGTCAAAATAAAATATATAAAAAAAAAAAATCTATCAGACAGGTCTTAAAAATTGTCATAAATTAGCTAAGCATAATTTTCAGAATTCAATATTAAAATATTTGTACTCAGAAATATTAATTTCACTAAAGCCTTTATAACAAATAATGAATTCCATTTTTAATGAGGTTG
Unaligned ( gi|7 ): GCTTAAATTTTCAAACTGGTCACTTCATAGGTATATTGATCTCAATGTTGTTAAATGATTCATTGTTACTTTTTTGACCAATTTCACTTTGATCGCTATAATATTAGGAAACAGCAAATGTGATGAGTAGGGACATACGTACATTTAATTTTTCTAAAAGAAAACTGGCCACCTTAATGGGGTATTATAACAGAACCAAAATAAAATACTTTTTATCTATCCGGACAACTCTTGAAAATAATCTTACATTTGATAACATA
Unaligned ( gi|8 ): AAATAAATAATTGTTACTTTATTGATTGATTTCACTCTGTTCACAGCAACGGTTTTGCGTAGGGGCATAAGTACATTTTCATGAAGAAAAACAGGCCATTTAGCAAAATCAAAATAAAAGACAATAAAGCAATGGACAATAAATAAGTTTTTTAAAACAAACAAATTATAATGAAATATTGCGAAAGTATCAGAAAAAAAGAAACATTTCAGCCAGCACATTTTTCTATTTCTATGACTTAATTTGATTATTTTTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTACTCAAATTTTCACACTGGTCACTACAAAGTTCAATGCTCGCATTTTGTTAAATGGTTATTTTTTGCTTCACTTTGGTCACTATTTTAGGAGGAGACAGCAAAAGTGTTGAATAGGGACATTTTAAGTAGATTTAAATTTTCCCAAAGA
Unaligned ( gi|11 ): TTTTTTACACTTATCACTTTATAGCTCACTGCTCTCATTTTTTAAATGGTTAATTGTCCATAATGATTTCACTTTTATCACTGTGTATAAGGAGAGAGCAAATGTGTTGCGTAGGG
Unaligned ( gi|13 ): TAGGGACAAAAGTACATTTTCACAAAGAAAACAGGTAACTTAGCAAAATCAAAATAATAAAAAAAAATTAATAAAACACTAA
Unaligned ( gi|16 ): ATTACTTAAATTTTCACACTGGTCACTTCAAAGTTGGTTGCTGTCATTT