lowQualScore : 1 1111111111111 111 333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 1111 222222222 111 1 111 33333
lowQualScore : 4444 1 2 55555 4 1 22 55 1111111111111 5 888888 444 333 22 1 2 2 222222222222 555 555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 9999 8888 0 444444444 333 000 3 6 777 6 99 3 0 2 3 44444 7 3 2
lowQualScore : .... . . ..... . . .. .. ............. . ...... ... ... .. . . . ............ ... ... ............................................................................... .. .... .... . ......... ... ... . . ... . .. . . . . ..... . . .
lowQualScore : 2222 9 8 00000 0 8 66 55 0000000000000 6 111111 111 333 88 9 7 7 111111111111 000 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 6666 0000 6 555555555 000 222 3 7 333 7 22 6 8 0 2 00000 3 7 5
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-TA-------A---ATAT---GG---T----------A--------T----A-----NAT--ATATATACATATATA-AAGT---C--AAGTT------ACCAT--AT-NTATAT---ATAT-T-TATTT------ATNTACCGGT--GTG-CATA-AT-TATAT-A--TATATNTTGTTTGTATA--ACATATATATTTTGTTTGCATCTAGATCNATAT
Reference ( gi|3 ) : AAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TGTATATA------C--TTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-T--------A---ATAT---GG---T----------A--------T----A-----TAT--ATATACACACGTATA-AAGT---C--AAGTT------ACCAT--AT-TTATAT---ATAT-T-TATTT------ATTTACCGGT--GTG-CATA-ATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|13 : AAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATA-------------TATATATA------C--CTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACCCTCAAC-AAA-TA-------A---ATAT---GG---T----------A--------
gi|15 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GAT---TAAG--TATAAA-ATATACAACCCCGAC-AAA-TA-------A---ATAT---GA---T----------aa
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GTT---TAAA--TAAAAA-ATATACACTTTCGAC-AAA-T--------A---A-AT---GGTTTT----------A--------T----A-----TAT--ATAT
gi|9 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--A-------------TATATATA------TAAGTT---TAAA--TAACAA-ATATACACTCTCGAC-AAA-TA-------A---ACAT---GG---T----------AAACTGTT-T----A-----TAT--ATATcgg
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--A---------------TATATA------C--GTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACACTCGAC-AAA-T--------A---Accgt
gi|19 : tgAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--T-------------TATATATA------C--GTT---TAAG--TAAAAC-ATATACACCC
gi|12 : gAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--T-------------TATAAATA------C--GTT---TATG--TAAAAA-TTATACACCTTCGACAAAA-C--------A---A-AT---GG---T----------A--------
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--A-------------TATATAAA------C--GTT---AAAA--T-AAAA-ATATACGCTGTCGAT-AAA-TAGGCCCTAA---ATAT---GG---TAAACTGACTAA--------T----A-----CAT--ATATATATATATATA-aacgga
gi|16 : tgAGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--A-------------TATATATATA----C--GTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-tatatactggtatatggcatatgtattaattagaataaactttat
gi|5 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATAGA------C--GTT---TAAG--CAACAA-GTTTACATTCTCTAC-AAA-T--------AG--ATAT---GG---T----------AAAC-----T----G-----AAT--ATATATCTAT-TAT--ATGT---CTGCACTT------AC------T-CTAGA----AAAA-A-TATTC------ATCTAGCAAT--TTG-CCTT-ATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GTT---TAAA--TAAACA-ATATACAgccaaatttagatgttcta
gi|14 : gAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATATATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTT---TAAG--TAAAAA-ATATACACTCac
gi|1 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATAAA------C--GTT---TAAG--TTATTA-ATATACACGATCGAC-AAATT--------ATACATATTCAAG---T----------A--------A----A-----AAT--AAATAT-CATCCACA-AA--------AAG-----------AT--ATGTCGTAGAGAATAT-G-TATGTAAAGAAATATAC-------TG-CATT-ATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Aaaacggataatatcttcatataatatgc
gi|24 : atatgAAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTGccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|26 : atatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|4 : gtatgGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--A-------------TATATA-A------T--TTTATATACGTTTAAAAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-TA-------A---ATAA---AG---T----------G--------TAAAAA-----TATCGATCTAGATGCAAACA-AAATATAT--ACGTTATGCAAACAAA--AT-ATATAT---ATAGAT-TATGC------A--CACCGGTAAATA-AATA-A---ATAT-A--TATA
gi|10 : GGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GTT---TAAG--T--AAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-TA-------A---ATAT---GG---T----------A--------aatatggtaacttgacttta
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--A-------------TATATATG------C--TTT---aactgactacatgaatat
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--ATT---AAAG--TAAAAA-TTATACA
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATA-------------TATATATA------C--CTA---TAAG--TAAAAA-AAATA
gi|25 : T-ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATATATA------C--GTT---TAAG--TAAAAAGAAAT-TACCCTCttcac
gi|2 : -ATGTTG--TTTGTAA--A-------------TATACATA------C--CTT---GAAG--TAAGAA-ATATACACCCTCGAC-AAA-TA-------A---ATAT---GT---T----------A--------A----A-----CTG--ATA---ACATATATA-GA------------T------AACATAAAT-ATATAT---ATAT-TAAATTT------A
gi|22 : A------C--GTT---TAAG--TAAAAT-ATAAACACCCTCGAC-AAA-TG-------A---ATAT---GG---T----------A--------A----ACTGACTAT--ATATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|8 : AA-ATATACACCCTCGAC-AAA-T--------AG--ATAT---GG---T----------AAAATGACTT----A-----TAT--ATGTaagcggaaccagt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatTAT---TG---T----------A--------TTCC-A-----AAT--ATATACACACATATATAAGT---C--ATTTT------ACCAT--AT-CTATgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|4 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacataaatatacaccctcgacaaTA-AAGT---C--AAGTT------ACCAT--AT-TTATAT---ATAT-T-TATTT------ATTTACCGGT--GTG-CATA-ATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaccaataaaattagctgtatt
gi|10 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaa--GTGACATACATATATAT-A--TATATGTTGTTTGTA-A--ATATATATA
gi|14 : ggcgccaaacgtgacttaattca--GTGACATA-A-----AT-A--TATATGTTGTTTGTATA-----TATATATGTTGTTTGTATATATATcgtttaagtaaaatatacaccctcgacaaataaatatggtaaactgactacatgaatat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 33333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 111 111 11 111 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 444 44444444444444444444444 1 55 1 4 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 99999999 1 444 5 1 888 11 444 1 1 88 77 7 1
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ....................... . .. . . . ..................................................... .. ........ . ... . . ... .. ... . . .. .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 777 11111111111111111111111 0 00 2 4 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 33333333 0 222 6 0 000 00 000 0 0 33 77 3 0
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---NT-AT-----------AT---ATATT-TATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAATCT-ATATA--TATA---TTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---NT-AT-----------AT---ATATT-TATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAAT-T-ATATA--TATA---TNTTGTTTGTATA--ACATATATATTTTGTTTGCATCTAGATCNATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGT----------A--------A---AAATAAAT--AT-CA-TCCACA-AA-----AA---------G------AT--AT---GTCGT-----------AGAGAATATG-TATG-TAAAGAAATATAC-------TGC---AT-T-ATATA--TATAATGTATCTTTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT-------------------T---TTATATAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGT----------A--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT----------
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTT----------A--------A---ACTGATA-----ACA-TATATA-GA------------------TAA-CATAAAT---AT-AT-----------AT---ATATTAAATT-T------A
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGT----------AAAC-----T---GACTATAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------T-AATAT---GGT----------A--------T---ATATATAT--ACACA-CGTATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---TT-AT-----------AT---ATATT-TATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCT-ATATA--TATA---TTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGT----------G--------T---AAAAATATCGATCTA-GATGCA-AA--C--AAAATATATACGTTATGCAA--ACAAAAT-AT-----------AT---ATATA-GATTAT------GCACACCGGTAAATAAATAAA-T-ATATA--TAAA---TATGGT
gi|4 : TA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---TT-AT-----------AT---ATATT-TATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCT-ATATA--TATA---TTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAC-----T---GAATATAT--ATCTATTATAT----GTCTGCA---------CTTAC-------T---CT-AG-----------A----AAAAA-TATT-C------ATCTAGCAAT--TTGCCTTAT-CAATATAGGCATA---TTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTAAACTGACTAA--------T---ACATATAT--ATATA-TATATA-gccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atatatactggtatatggcatatgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgTAT---TGT----------A--------TTCCAAATATAT--ACACA-CATATATAAGTC--AT---------TTTAC-CAT--AT---CT-ATTTGTCGAGGGTGT---ATATT-TATccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAATGACTT---ATATATGT--GTGTA-TATATaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGT----------A------------AACTGTTT--ATATA-TATttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 33333333333333333333333 333333333333333333 1111 1111 11 11111111 111 11 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 444 44444444444444444444444 1 55 1 4 5 888888888888888888 66 77 1111 5 4444 00 99999999 1 444 1 111 8 11 3 88 6 7
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ....................... . .. . . . .................. .. .. .... . .... .. ........ . ... . ... . .. . .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 777 11111111111111111111111 0 00 2 4 0 777777777777777777 44 99 0000 7 8888 33 33333333 0 222 4 888 0 00 2 33 7 3
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---NT-ATAT---ATATN-TATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---NT-ATAT---ATATT-TATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGT----------A--------A---AAATAAAT--AT-CA-TCCACA-AA-----AA---------G------AT--AT---GTCGTAGAGAATATG-TATG-TAAAGAAATATAC-------TGCATTATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT-------------------T---TTATATAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGT----------A--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT----------
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTT----------A--------A---ACTGATA-----ACA-TATATA-GA------------------TAA-CATAAAT---AT-ATAT---ATATTAAATT-T------A
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGT----------AAAC-----T---GACTATAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAA-TAT---GGT----------A--------T---ATATATAT--ACACA-CGTATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---TT-ATAT---ATATT-TATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGT----------G--------T---AAAAATATCGATCTA-GATGCA-AA--C--AAAATATATACGTTATGCAA--ACAAAAT-ATAT---ATATA-GATTAT------GCACACCGGTAAATAAATAA---ATAT-A--TATA
gi|4 : TA-AAGTC--AA---------GTTAC-CAT--AT---TT-ATAT---ATATT-TATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaatatggtaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAC-----T---GAATATAT--ATCTATTATAT----GTCTGCA---------CTTAC-------T---CT-AGA----AAAAA-TATT-C------ATCTAGCAAT--TTGCCTTATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTAAACTGACTAA--------T---ACATATAT--ATATA-TATATA-gccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atatatactggtatatggcatatgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAATGACTT---ATATATGT--GTGTA-TATATccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatTAT---TGT----------A--------TTCCAAATATAT--ACACA-CATATATAAGTC--AT---------TTTAC-CAT--AT---CT-ATttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacataaatatacaccctcgacaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGT----------A------------AACTGTTT--ATATA-TATaccaataaaattagctgtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 33333333333333333333333 333333333333333333 1111 33333333 111 111111 111 11 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 444 44444444444444444444444 1 55 1 4 5 888888888888888888 66 1111 5 00000000 1 000 5 666666 1 444 1 111 8 11 3 88 6 7
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ....................... . .. . . . .................. .. .... . ........ . ... . ...... . ... . ... . .. . .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 777 11111111111111111111111 0 00 2 4 0 777777777777777777 44 0000 7 00000000 0 000 7 444444 0 222 4 888 0 00 2 33 7 3
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CATAT---NT-ATAT-------ATATAT---ATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------T---ANATATAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CATAT---NT-ATAT-------ATATNT---ATT-T------ATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGT----------A--------A---AAATAAAT--AT-CA-TCCACA-AA-----AA---------G------ATAT---GTCGTAGAGA----ATATGT---ATG-TAAAGAAATATAC-------TGCATTATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT-------------------T---TTATATAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGT----------A--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGT----------A--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT----------
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTT----------A--------A---ACTGATA-----ACA-TATATA-GA------------------TAA-CATAA---AT-ATAT-------ATATATTAAATT-T------A
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGT----------AAAC-----T---GACTATAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAA-TAT---GGT----------A--------T---ATATATAT--ACACA-CGTATA-AAGTC--AA---------GTTAC-CATAT---TT-ATAT-------ATATTT---ATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGT----------G--------T---AAAAATATCGATCTA-GATGCA-AA--C--AAAATATATACGTTATGCAAACAAAAT-ATAT-------ATATAG---ATTAT------GCACACCGGTAAATAAATAA---ATAT-A--TATA
gi|4 : TA-AAGTC--AA---------GTTAC-CATAT---TT-ATAT-------ATATTT---ATT-T------ATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaatatggtaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAC-----T---GAATATAT--ATCTATTATAT----GTCTGCA---------CTTAC-----T---CT-AGA--------AAAAAT---ATT-C------ATCTAGCAAT--TTGCCTTATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTAAACTGACTAA--------T---ACATATAT--ATATA-TATATA-gccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atatatactggtatatggcatatgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgTAT---TGT----------A--------TTCCAAATATAT--ACACA-CATATATAAGTC--AT---------TTTAC-CATAT---CT-ATTTGTCGAGGGTGTAT---ATT-T------ATGTccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGT----------AAAATGACTT---ATATATGT--GTGTA-TATATaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGT----------A------------AACTGTTT--ATATA-TATttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 222222222222 5555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 11 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 444 999999999999 11 3 55 1 4 2222222222222222222222222222222222222 6666666 888 5 1 22222222 111 8 11 3 88 6 7
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ............ .. . .. . . ..................................... ....... ... . . ........ ... . .. . .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 777 333333333333 11 6 00 2 4 5555555555555555555555555555555555555 2222222 888 0 0 22222222 888 0 00 2 33 7 3
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---NTATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---NTATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGTA--------A---AAATA-AAT--AT-CA-TCCACA-AA-----AA---------GATATGT-CGTAGAGAATATGT-------ATGTAA---AGA-AATATAC-------TGCATTATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT---------T---TTATA-TAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGTA--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTTA--------A---ACTGA-TA-----ACA-TATATA-GA------------------TA--A-CATAA---ATATAT-------ATATATTAAATT-TA
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGTAAAC-----T---GACTA-TAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAA-TAT---GGTA--------T---ATATA-TAT--ACACA-CGTATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---TTATAT-------ATATTT---ATT-TATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGTG--------T---AAAAA-TATCGATCTA-GATGCA-AA--C--AAAATATATACGTTA--TGCAAACAAAATATAT-------ATATAG---ATTATGCACACCGGTAAATAAATAA---ATAT-A--TATA
gi|4 : TA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---TTATAT-------ATATTT---ATT-TATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaatatggtaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAC-----T---GAATA-TAT--ATCTATTATAT----GTCTGCA---------CTTA--C-----T---CTAGA--------AAAAAT---ATT-CATCTAGCAAT--TTGCCTTATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTA--------A---ACTGACTA---ATACA-TATAT-----------------------------ATAT---ATATAT-------ATATAT---ACT-GGTATA----T--G-GCATAgccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgTAT---TGTA--------TTCCAAATA-TAT--ACACA-CATATATAAGTC--AT---------TTTA--C-CATAT---CTATTTGTCGAGGGTGTAT---ATT-TATGTccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAATGACTT---ATATA-TGT--GTGTA-TATATaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGTA------------AACTG-TTT--ATATA-TATttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 222222222222 5555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 11 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 444 999999999999 11 3 55 1 4 2222222222222222222222222222222222222 6666666 888 5 1 22222222 111 8 11 3 88 6 7
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ............ .. . .. . . ..................................... ....... ... . . ........ ... . .. . .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 777 333333333333 11 6 00 2 4 5555555555555555555555555555555555555 2222222 888 0 0 22222222 888 0 00 2 33 7 3
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---NTATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---NTATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGTA--------A---AAATA-AAT--AT-CA-TCCACA-AA-----AA---------GATATGT-CGTAGAGAATATGT-------ATGTAA---AGA-AATATAC-------TGCATTATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT---------T---TTATA-TAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGTA--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTTA--------A---ACTGA-TA-----ACA-TATATA-GA------------------TA--A-CATAA---ATATAT-------ATATATTAAATT-TA
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGTAAAC-----T---GACTA-TAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAA-TAT---GGTA--------T---ATATA-TAT--ACACA-CGTATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---TTATAT-------ATATTT---ATT-TATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGTG--------T---AAAAA-TATCGATCTA-GATGCA-AA--C--AAAATATATACGTTA--TGCAAACAAAATATAT-------ATATAG---ATTATGCACACCGGTAAATAAATAA---ATAT-A--TATA
gi|4 : TA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---TTATAT-------ATATTT---ATT-TATTTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaatatggtaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAC-----T---GAATA-TAT--ATCTATTATAT----GTCTGCA---------CTTA--C-----T---CTAGA--------AAAAAT---ATT-CATCTAGCAAT--TTGCCTTATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTA--------A---ACTGACTA---ATACA-TATAT-----------------------------ATAT---ATATAT-------ATATAT---ACT-GGTATA----T--G-GCATAgccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgTAT---TGTA--------TTCCAAATA-TAT--ACACA-CATATATAAGTC--AT---------TTTA--C-CATAT---CTATTTGTCGAGGGTGTAT---ATT-TATGTccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|8 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAATGACTT---ATATA-TGT--GTGTA-TATATaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGTA------------AACTG-TTT--ATATA-TATttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
blockSeqs : CTTT A CATAT T T GA AT TATAATTT AT ATGTTGTTTGTATATATAT AA G . TAGGCCC . AAATGACTT TA C CG A T AAACAAAATATATACGTTATGCAAACAAAA GTCGAGG TAA A T CCGGTAAA TCT . GG T . C T
blockSeqs : . . . C . . AT . . . . . . . . AACT CT . . A . ATAAGTCATTTTACCATATC . . . A CCGGTG TCT . . T . C T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AACT AC . . A . AAAGTCAAGTTACCATATT . . . T CCGGTG TCA . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TTCC TA . . A . AAAGTCAAGTTACCATATT . . . C GCAATT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AA . . C . GTCTGCACTTACTC . . . A TG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . C . AGATAACATAAA . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T CT . . A . ATATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AA . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A TA . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** *** AAAGTCAATTACCATATN******************* CCGGTG**
originalCons : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATA-AAGTC--AA---------GTTA--C-CATAT---NTATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
finalCons : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------T---ANATA-TAT--ATACA-TATATAAAGTCAATTACCATATN-------------------TATAT-------ATATAT---ATT-TATNTACCGGTG--TGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 222222222 55555555555555555555555555555 222222222 111 111 111 11111111 11 11
lowQualScore : 4444 1 44444 3 1 22 55 66666666 22 4444444444444444444 22 1 444 8888888 555 555555555 22 4 666 2 7777 66666666666666666666666666666 222222222 000 000 0 000 22222222 111 8 11 3 88 6 7
lowQualScore : .... . ..... . . .. .. ........ .. ................... .. . ... ....... ... ......... .. . ... . .... ............................. ......... ... ... . ... ........ ... . .. . .. . .
lowQualScore : 0000 8 88888 8 7 55 22 99999999 66 8888888888888888888 55 8 444 1111111 000 666666666 00 0 333 2 8888 99999999999999999999999999999 999999999 000 000 3 222 22222222 888 0 00 2 33 7 3
consensus : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------TANATA-TAT--ATACA-T--ATAT---AAAG----CAA-T-TACCATAT---NTAT---------ATATATAT---AT---TTAT--NTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
Reference ( family-1244 ) : NAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------TANATA-TAT--ATACA-T--ATAT---AAAGT---CAA-T-TACCATAT---NTAT---------ATATATAT---AT---TTAT--NTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|1 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTTAAGTTATTA-ATATACACGATCGACAAATTA-------TACATATTCAAGTA--------AAAATA-AAT--AT-CA-TCCACAA---AAAG------A-TATGTCGTAGAGAATAT---------GTATGTAA---AG---AAAT--ATAC-------TGCATTATATATATAA--TGTATCT--TTTGTATATTA-ATATAGATTCTA-------CTAGATCTATAT
gi|10 : tgGGCGCCA----AA-CGTGACTTAATTCAGTGACATACATATATATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGT--AAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aaacggataatatcttcatataatatgc
gi|11 : AGGCGCCACTTTAA-TGTGACTATATTCAGTGACATT-----A-ATATAT--TGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAAAA-ATATACACTTTCGACAA---A-------TAA--AT---GGT---------TTTATA-TAT--ATAaactgactacatgaatat
gi|12 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTAAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGCTG--TTTGTAA--TTA--------T--AA-------------------ATAC--GTTTATGTAAAAA-TTATACACCTTCGACAA---A--------ACAAAT---GGTA--------tcgg
gi|13 : tgAAGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCAACAA---A-------TAAATAT---GGTA--------aacgga
gi|14 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTGAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAT--ATA--------T--ATATGTTGTTTGTATATATATATGC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACTCaa
gi|15 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GATTAAGTATAAA-ATATACAACCCCGACAA---A-------TAAATAT---GAT
gi|16 : AGGCGCCA----AAACGTGACAATTTTCAGCAACATA-----A-ATATAA-ATGTTG--TATATAA--ATA--------TATAT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------
gi|17 : tgAGGCGCCT----AA-CGTGACCATGTTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA----A--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAA-ATATACACACTCGACAA---A-------TAA
gi|18 : tgAAGCACCA----AA-CTTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATACATTATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAATAAACA-ATATACA
gi|19 : gAGGTGCCA----AA-TGTGACTTTATTCGGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--TTA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAC-ATATACACCCac
gi|2 : g-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AC-------------------ATAC--CTTGAAGTAAGAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAT---GTTA--------AACTGA-TA-----ACA-T--ATAT---AGA-----------TAACATAA---ATAT---------ATATATATTAAAT---TTA
gi|20 : A-CGTGACTATTTTCGATGACATA-----ACATGTAT-ACTTTG--TTTGTAAATATA--------T--AT-------------------ATAC--CTATAAGTAAAAA-AAATAagaataaatattatccgcaaaaaatatgtcgtggagaatatgtatgtgaaaaaaatattgcattatgtataattatgtgccttaatcgtatatttaaatagattttactagaagtatataaacagaaattatcttcatataa
gi|21 : CCA----AA-TGTGACTCTATTCAGTGTCATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--ATTAAAGTAAAAA-TTATACAttcac
gi|22 : AC--GTTTAAGTAAAAT-ATAAACACCCTCGACAA---A-------TGAATAT---GGTAAAC-----TGACTA-TAT--ATA
gi|23 : GCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACTTA-----A-ATATAC-A--TTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATGC--TTTaagcggaaccagt
gi|24 : AAGCCCCA----AA-CGTGACTATATTCAATAACATA-----A-ATATAT-ATAATGGATTTG
gi|25 : atatT-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATAC--GTTTAAGTAAAAAGAAAT-TACCCTC
gi|26 : AGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTAACAT
gi|3 : gtatgAGGCGCCA----AA-CGTGACTTTATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTTG--TTTGTAA--ATG--------T--AT-------------------ATAC--TTTTAAGTAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------T-AATAT---GGTA--------TATATA-TAT--ACACA-C--GTAT---AAAGT---CAAGT-TACCATAT---TTAT---------ATATATTT---AT---TTAT--TTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATAT
gi|4 : aGGCGCAA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----T-ATATAT-ATGTTG--TTTATAA--ATATATAATTTT--AT-------------------ATAC--GTT----TAAAAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAAATAA---AGTG--------TAAAAA-TATCGATCTA-G--ATGC---AAA-----CAA----AATATATACGTTATGCAAACAAAATATATAT---ATAGATTATGCACACCGGTAAATAAATAA---ATAT-A--TATA
gi|4 : T---AAAGT---CAAGT-TACCATAT---TTAT---------ATATATTT---AT---TTAT--TTACCGGT--GTGCATAATCTATAT-A--TATATTTTGTTTGCATA--ACGTATATATTTTGTTTGCATCTAGATCGATATaatatggtaacttgacttta
gi|5 : ggcgcaaaacgtgactatattcagtgacatatatatatatgttgtttataaatatataattttatatacgtttaaaaaatatacaccctcgacaaataaataaagtgtaaaaAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACGTA-----A-ATACAC-ATGTTG--TTTGTAA--ATA--------T--AT-------------------AGAC--GTTTAAGCAACAA-GTTTACATTCTCTACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAC-----TGAATA-TAT--ATCTATT--ATAT------GTCTGCAC-T-TAC----T---CTAG---------A-AAAAAT---AT---TCAT--CTAGCAAT--TTGCCTTATCAATAT-AGGCATATTTTG
gi|6 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAT-ATGTAG--TTTGCAA--ATA--------T--AT-------------------AAAC--GTTAAAAT-AAAA-ATATACGCTGTCGATAA---ATAGGCCCTAAATAT---GGTA--------AACTGACTA---ATACA-T--ATAT---------------------ATAT---ATAT---------ATATATAT---AC---TGGT--ATA----T--G-GCATAgccaaatttagatgttcta
gi|8 : tgAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGACATA-----A-ATATAC-Atgtattaattagaataaactttat
gi|8 : atatgAA-ATATACACCCTCGACAA---A-------TAGATAT---GGTAAAATGACTTATATA-TGT--GTGTA-T--ATATTTGGAATA---CAA-T-AACCAccctcgacaaatagatatggtaaaatgacttatatatgtgtgtatatatttggaatacaataaccaataaaattagctgtatt
gi|9 : atatgaggcgccaaacgtgactatattcagtgacatAGGCGCCA----AA-CGTGACTATATTCAGTGGCATA-----A-ATGTAT-ATGTTG--TTCGTAA--ATA--------T--AT-------------------ATATAAGTTTAAATAACAA-ATATACACTCTCGACAA---A-------TAAACAT---GGTA---------AACTG-TTT--ATATA-T--ATataaaattagctgtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATATATTTAAGTAAAAAATAAAAAGTATCAACAACAAATATGTTGTAGAGAATATGTATGTAAACAATATATTGCATTTTACATATAGTGTCTTTATTTTATATGTATACAGATTCTACTTGATCTATATAAACGGATACTATTTTCATATCATTT