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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtttAAATACTGTCGAAGATGAAGAACATGTAC--TA---------------AATAAAGGGTGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGACTACTGA-TTTAGAA-TTCAACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTTTTAAAATTAAAAACTGATAAGATTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTT-TAAAACGTATA-CAAACTTTTTTATATAATT-GATTTA-AATTTATAAT-AATT-AATTG----TTT---AC--CGTTA--TTTTATATATATTAGAATG--AAATCTT--------ACTTTTT-TTTTATTTGT------A--AATATGA--TAAGGTC--TAAG--------GTCA-TACTTCAATTGTATATAATTTTA----ATAGTCA-TCTGGATGATATTTTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC--------TT---CTCTTTTAA-T-TTTTAGTCA---AAATGAATGAAG--AA-AATGCTG----C-TGTT-----T--T-AGTTTTT-----AAAAA---------------------T-TA------------TGT---T----------GTTGTTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tAAATACTATCAAAGATGAAGAGCATGTACACTACTTGATATTTTGTCCAACAAATGATGGTATTCGAAAGAATTGTTTTGATAAAAAT-------ACGTATGGAGAACAGTTATGTTAGAAGTTGAACAATTTAGAAACAATAACACTGATATGTGGAGTTGTAAAAACGAAAGACTA-TAAAA---------AATATCTGCTTTGAGGTTT-TAAAATGTAGAAAAGATATATTTATATAATT-GTTTTA-A--TTAAAAA-AACA-A-TTAAACGTTT---AC--C-TTAGTTTT-ATTTAT-TTAGAACG--GTACCTTATTTATTAACTTTTTGTTT-ATTTATTTCTCCATTAGTCTGA--TATTGTG--CAAG--------GAAA-T-CCCAAAAT-TATACAA----A----ATGGTAAATTTAAATGGTGTTTT--AGTATG-CTcttctcttttcttttttagtcaaaatgaatgaagaaaatgctgctgttcaagtttttttaaaaaatatattgttgttttaaatgtatacttgtagaaaaaaacaaccagtctctcatagctctgtaagtagcttctcttaacttcactatttatatttgtaaatgttttatatatttataattgttatgttaggtgaaacttaaataaaatagttgttatgtta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                         acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtggTAATAAGATGATCTGTCAAAAGATGCTTCGAAGGTT-TAAAACGTAG-ACAAA-TATTTTGTATAATT-GATTTA-AATGTATAAT-AATT-A--------------A---AAT----TTT-ATATATTTCAGAATG--AAATCTT--------AC--TTT-TTT-ATTTTT------A--AATTTGA--TAAAGTG--TAAGGGAAACCTGATA-T-TTTAG--TGTATAT-ATTTTA----aagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaactttatcctttatcgtctaaatgaatgttgagagtatgttttatcttctaaatatgttgttgatttttaaatatata
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                               taaatactgtcgaagatgaagaacatgtactaaataaagggtgatattagaaatagctatttagataaaataagcatggagactactgatttagaattcaacaattcaagaacaattacattatatgttaagcttttaaaattaaaaactgataagattatctgctaaaatctgcttcgacgttttaaaacgtatacaaacttttttatataattgatttaaatttataataattaattgtttaccgttattttatatatattagaatgaaatcttactttttttttatttgtaaatatgataaggtctaaggtcatacttcATAATCAATT---TG-----TTT---AA--TGTTA--TTTTATATATATTAGAAAATTAAATCTT--------A--TTTT-TTT-ATTTGT------A--AATCTGA--TGAAGTG--TAAG--------AACA-TAC---------ATACA-TTGTA----ATGGTCAATCTAGAGGATGTGTT--ATCATG-TTGTTGTTTTTT---------------CTT---G-T-TTTAA-TCT---AG-TTAACG--------AATGT-----------------------------------AAAAGA-----------------------------------TGT---T----------GCTGG--------GT-T-ATT-TTT-T--AAAAATATGTTGTCAGTCTCTCATAGCTCTGTTAA-GAGCCCCTC----TTAGAATTTCAGAATTTATATTTGTAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C--CGTTA--TTT-ATATATATTAGAATA--AAATATT--------ACTTTT------ATTTGT------A--AATCCGA--TAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTGAAATTGTATATAATTTTA----AAAGCCAATCTAAACGATGTTTT--ATTATG-TTGTTGTTTTTC--------TT---CTTTTTTCT-T-TTTA-GTTT---AAATGAATGTAG--AA-AATGTTG----C-TATT-----T--T-A---TTT-----TTAAAAAA-----AA--ATA--T-------------------T-T---T----------GATGCTTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAATA-AAAATCAGTCTCTCATAGCTCCGTAAA-GAGCCTCTC----TT--AACTTTACTATTTATATTTGTCAATG-TTTTA-T-ACATGTATGAT-TGTAATGTGACAGAGGTGAGAC-T---ATAATGAA-ATA-----TATGTTtttat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTA--TTT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCT--------ACTTTTT-T---ATTTGT------A--AATCTGA--TAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAGCTGTATATAATTTGA----ATAGTCAATCTAAATGATGTTTT--ATTATG-TTTTTGTTTTTTT-------CTG--CTCTTTTCT-T-TTTTAGTCT---AAATGAATGTAG--AA-AATGTTT----C-TGTT-----T--T-A---TTT-----ATATATAT-----AT--ATA--T-A-TATA------------TGT---T----------GTGGATTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAATA-ACAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTC----TT--AACTTCACTATTTATATTTGTCAATG-TTTTA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-ATtgtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTA--TTT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCT--------ACTTTTT-T---ATTTGT------A--AATCTGA--TAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATGTTTT--ATTATG-TTTTTGTTTTTT--------TTCTGCTCTTTTCT-T-TTTTAGTCT---AAATGAATGTAA--AA-CATGTTT----C-TGTT-----T--T-A---TTT-------ATATAT-----AT--ATA--T-A-TATA------------TGT---T----------GTGGATTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAATA-ACAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTC----TT--AACTTCACTATTTATATTTGTCAAAG-TTTTA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-ATA-----TATGTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTA--TTG-ATATTTTTTAGAATA--GAATTCT--------ACTTTTT-TT--ATTTGT------A--AATCTGA--TAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATGTTTT--ATTATG-TTTTTGTTTTTTC-------TG---CTCTTTTCT-T-TTTTAGCCT---AAATGAATGTAG--AA-GATGCTT----C-TGTT-----T--T-A---TTT-----TTATA-------------TA--T-A-TATA------------T-T---T----------GTGGATTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAGTA-ACACTTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTC----TT--AACTTCACTATTTATATTTGTCAATG-TTTTA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-Atgttatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -ACATATATTAGAATA--AAATCTT--------GCTCTTT-TT--ATTTGT------A--ATTCTGA--TAAAGTG--TAAA--------GATA-TGCTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGCCAATATAAATGATGTTTT--ATTATG-TTGTTGTTTTTTC-------TT---CTCTTTTCA-T-TTTTAGCCT---AG-T---TGTAG--AA-AATGTGG----C-TGTT-----T--T-A---TTA-----AAAAAAAA-----AAAAATA--T-A-TATA------------TGT---T----------GTTGATTATAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAATA-ACAATCAGTCTCCCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTC----TT--AACTTAACTATTTTTATTAGTCAATG-CTTTA-T-ACATTTCTGAT-TGTAATTTGATAGAGGTGAGAC-T---ACAATAAA-ATA-----TATGTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATATTTTAGAATA--AAATCCT--------ACTTTTT-TT--ATTTGT------A--AATCTGA--TAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----AAAGTCAATCTAAATGATGTTTT--ATTATT-TTTTTGTTTTTTC-------TG---CTCTTTTCT-T-TTTTAGCCT---AAATGAATGTAG--AA-AATGTTT----C-TGTT-----T--T-A---TTTTNNNNNNNNNNNN-----NN--NNN--N-N-NNNN------------NNT---T----------GTGGATTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAGTA-ACAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTC----TT--AACTTCACTATTTATATTTGTCAATG-TTATA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-Atg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaatagcttatggcatcacacatgaaaacaaatgcataattaacaaaaactagaacaataattccaattggcaagtacaaatatcggtatattaaccgaacgatatttaacgagaatttgaaataagctaatttgcgtattgcataacattaaagacatttcaaaactgttacgcatttagtttaatctgttgAA--------GACAATACTTTAATT---TG-AATTTTATACAATGGTTAATCTCGATGATGTTTT--ATTATGCTTATTTTTCCTTACAAATCTTT---CTCTTTTTA-T-AATAAAACTTGAAAAGAAAAGTAATTAACAGTATTATCAAC-T-TT-----T--T-A---TT------AAGATGAATGAAGGA--ATGGTT-A-TATGCGGGTTTTTTAATGT---TCAAATATGATGTTGATTTTAA-TGTAT-ACT-TGTAA--AAAAATAGACAA-CTGACTGTCCTAGCTCTGTAAA-GAGTTTCAC----TT--AGCATTACTATTTATATTTGTAAATG-----------ATTGATG------GAGGTGATAAAGGTGAGAC-TTGAATAAGAAA-AAA-----TGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctGTTTTTT----------------TCTTCA-T-ATAAAAC------AATGAATGCTG--AA-ATTATTA----T-TTTT-----C--C-A---TTT-----TAAG--------------TT--T-A-AATA------------TGT---T----------GTTGATTAAAAATATAC-ACT-GGTAG--AAAAA------A--AGTCTCTCATAGCTTTTTAAG-CAGCCTATG----TT--AGCATCACTATTTATATTTGTAAATA-TTTTA-T-ATGTTGATCAA-TGTAATCT--TAGG----AGA--------AATAAATATA-----TATtatg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-TCTTTA--TTT---AAGTGG-TATCT--AA-AATCCTA----CCTTTT-----T--T-A---TTT-----GTAAA-------------TC--TGA-TA-A------------TGT---T----------GTGGATTTTAAATGTAT-ACT-TGTAG--AAAAATA-ACAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-AAGCCTCTC----TT--AACTTCACTGTTTATATTTGTCAATG-TTTTA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-ATA-----TATGTTttaatgttacgtta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGACTGCTG--AA-A---TTA------TGTT-----T--TGA---TTT-----GAA-------------------T-A-TA-A------------TGT---T----------GCTGATTCCAATTGCATCATTATG-----GAAAATA-GCAATCAGTTTATCATAGCTCTGTAAA-GAGCATCTCTTTTTT--A--TTCACTATTTATGTTTGTAAATG-TATTA-T-ATATTTAT-ATATGTAATGTGATAAAAGGAAGAT-TAC-ATAAT-----TA-----TATGtatatgatataattatcatgtacatagacattcaaatatatgaatttaaagagactatcacatattgcaaactacaattaactatttacataacaacactatgtaaacaaatagtatgtgttcacaattaagagaaattacaattaattgatgtaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtttagtcatatA--ATA--T-A-TATT------------TTT---TTTAATAT---GTTGGTCTAAAATGCAC--TC-T-TAT--AAAAATA-GCAACCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAACCCCTC----CT--AGCTTCACTATTTATATTTGTGAATG-TTTTA-T-ACATTTATAAT-TGTAATTTGATGGATATGGGAC-T---AAAATAAA-ACA-----TATGcgttatagtatgttatatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taaatctagaacttatatgtttcagataatcATA------------TGT---T----------GTTGA------ATGTAT-ACA-TGTAT--AAAAACA-GAAATCAGTCTCTCATAGCTCTCTA--------------------AGCTTCATTATCTATAATTGT-AATG-TGATAGTGAGATTTA-GAT-ctatgtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aGGTTTTAAATCTGT-TAC-TGTTCTTAACATTA-GTAATTCGTTTCTCATAGCTCTTTAAAGGAA---CTC----TT--AATTTCACAATACGTTTTTGTAAATG-TTTAA-T-ATACTTATAAC-TGTAAaaaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttg--AGAAATA-GCAATCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAGCCTCTC----TT--AGCTTCACTATTTATATTTGTAAATACTG-TA-T-ATATGTGTAAT-TGTAATGTTATAGAGGTGTGAC---------TGAA-ACA-----TATGTTatattgcataatatacttaatataaatacagtatatatagatata
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 g--AGAAATA-GCAAACAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGAACCTC----TT--CATTTCACTAT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atggTTTTATTTGTCAATG-TTTTA-T-ACATTTATGAT-TGTAATGTTATAGAGGTGAGAC-T---ATAATAAA-ATA-----TATGTTgtatgtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATTGCTAATTACTCAACCGTGGACACATAACTTATTTAAAAGACATAATGTTTATATTTCAATCTGAAAAATTAAAAAAATGGTTGGAACAATGACATTAATAGGGACAATGCACGTCAAGGCAATGGTAGAAATAAGTTAAACCTGTATAAATGTTTTAAAACTGAATATAAAGTTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTTTCATATGCACACAATCTGTAAATGCTGCATAAAAATACTTAATACAAAAATGCAGTGCATGTCAATATAT






Alignments
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtgg---CTTTATC-CTTTATCGTCTAA-A----TGA-ATGTTGAGAGTA---------TGTT----TT-A-T-CT----------------------T--CT--A-AATATG---------T---T---------GTTGATTTTTAAA--TATATAaagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaactttatcctttatcgtctaaatgaatgttgagagtatgttttatcttctaaatatgttgttgatttttaaatatata
gi|10                         : acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtggaaatactatcaaagatgaagagcatgtacactacttgatattttgtccaacaaatgatggtattcgaaagaattgttttgataaaaatacgtatggagaacagttatgttagaagttgaacaatttagaaacaataacactgatatgtggagttgtaaaaacgaaagactataaaaaatatctgctttgaggttttaaaatgtagaaaagatatatttatataattgttttaattaaaaaaacaattaaacgtttaccttagttttatttatttagaacggtaccttatttattaactttttgtttatttatttctccattagtctgatattgtgcaaggaaatcccaaaattatacaaaatggtaaatttaaatggtgttttagtatgctaagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaaCCGTTA---T-TT-ATATATATTAGAATA--AAATATTA--------C--TTTT-----A-TTTGT------A--AATCCGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTGAAATTGTATATAATTTTA----AAAGCCAATCTAAACGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---TTTT-TC--TTTTTAGTTTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----GC-TATT----TT-A-T-TTTTA----AA------A---A-AA--A------ATATT---------T---T---------GATGC-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-AAATCAGTCTCTCATAGCTCCGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTTACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATGTATGAT-TGTAATGTGACAGAGGTGAGAC-TATAATGA-AATA-----TATGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -ACATATATTAGAATA--AAATCTTG--------C--TCTTT--TTA-TTTGT------A--ATTCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TGCTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGCCAATATAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTTCTT--C---T---CTTT-TC-ATTTTTAGCCTAG------T----TGTAGAAAATGTG----GC-TGTT----TT-A-T-TAA-A----AAAAAAAAA---A-AT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTTGA-TTATAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCCCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTAACTATTTTTATTAGTCAATGCTTTATACATTTCTGAT-TGTAATTTGATAGAGGTGAGAC-TACAATAA-AATA-----TATGTTAtgtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTA---T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAGCTGTATATAATTTGA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TCTGC---T---CTTT-TC-TTTTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA-T----AT------ATATATAT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATtg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTTA---T-TG-ATATTTTTTAGAATA--GAATTCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TTTTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAGATGCT----TC-TGTT----TT-A-T-TTT-T----AT------A------T--AT--A-TATAT----------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CACTTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--------GACAATACTTTAATT---TG-AATTTTATACAATGGTTAATCTCGATGATG--TTTTATTATGCTTATT-TTTCCT-TA--CAAAT---CTTT-CT-CTTTTTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cctTTTTTA--TTAAGA----TGA-ATGAAGGAATGGTTATATGC-GGGT----TT---T-TT-------------------A-AT--GTTCA-AATATG---------A---T---------GTTGA-TTTTAA---TGTATAC--TTGTAAAAAAATAGACAA-CTGACTGTCCTAGCTCTGTAAA-GAGTTTCACTT----AGCATTACTATTTATATTTGTAAATG--------ATTGATG------GAGGTGATAAAGGTGAGAC-TTGAATAAGAAAA-----AATGTTAtaataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaactttttattaagatgaatgaaggaatggttatatgcgggttttttaatgttcaaatatgatgttgattttaatgtatacttgtaaaaaaatagacaactgactgtcctagctctgtaaagagtttcacttagcattactatttatatttgtaaatgattgatggaggtgataaaggtgagacttgaataagaaaaaatgttatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctaagacaatactttaatttgaattttatacaatggttaatctcgatgatgttttattatgcttatttttccttacaaatctttctctttttataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaacATAATC-AATT----TGTTT--AATGTTA---T-TTTATATATATTAGAAAATTAAATCTTA-----------TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATGAAGTG--TAAG--------AACA-TAC---------ATACA-TTGTA----ATGGTCAATCTAGAGGATG--TGTTATCATG-TTGTTGTTTTTT-------------CTTG-T-----TTTAATCTAG------TTA-ACG-----AATGT---------------------------A----AA------A---G-AT--GT--T-GCTGGG---------T---T---------ATT---TTTTAAA--AATATG---TTGT---------------CAGTCTCTCATAGCTCTGTTAA-GAGCCCCTCTTAG--AATTTCAGAATTTATATTTGTAAA--TTTTATtg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTATCAATACTATCGAAGATAAAGAACTTGTAC--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCCATTTAGCTGCAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGATTTTAGAAGATTAATAAATCAAGAACAATTACACT-ATATGTTGAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAACTCTGCCTT----TTTATAAAACACAG---AAACTAC-TTTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtttTTTAGTCATA-T----TGA-CTGCTGAAA---TT----A--TGTT----TTGA-T-TTG-A----A------------------T--A-TA-ATG---------T---T---------GCTGA-TTCCAAT--TGCATCA--TTATGGAAAA-TAG-CAATCAGTTTATCATAGCTCTGTAAA-GAGCATCTCTTTTTTA--TTCACTATTTATGTTTGTAAATGTATTATATATTTAT-ATATGTAATGTGATAAAAGGAAGAT-TAC-ATAATTATA-----TGCGTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gTT-TT-TTTCTTCATATAA-AACAATGA-ATGCTGAAATTATT----AT-TTTT----CC-A-T-TTT-A----AG-------------T--TT--A-AATATG---------T---T---------GTTGA-TTAAAAA--TATACAC--TGGTAGAAAAA------A--AGTCTCTCATAGCTTTTTAAG-CAGCCTATGTT----AGCATCACTATTTATATTTGTAAATATTTTATATGTTGATCAA-TGTAATCT--TAG----GAGA-----AAT-A-AATA-----TATATTtagtatgttatatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gT-G-T-TTC-A----GA------T---A-ATCAAT--A-TATATT---------T---TTTTTAATATGTTGG-TCTAAAA--TGCACTC--TTATA--AAAATAG-CAACCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAACCCCTCCT----AGCTTCACTATTTATATTTGTGAATGTTTTATACATTTATAAT-TGTAATTTGATGGATATGGGAC-TAAAATAA-AACA-----TATGCTAtaatgttacgtta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaatctagaacttataTGTATAAATACTATCGAAGATGAAGAACATGTAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGAGTTTAGAAGTTTAACAATTAAAGAACAATTACATT-ATATGCTAAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAAATCTG---CAACGTTG-TAAAACATAGAA-AAACTAT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----T-TTTA-ACCATTA---T-TT-ATATCTATTAGAATA--AAATC----------------TTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TTATTTTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGTT----GC-TGTT----TT-A-T-TTA-A----AAT-----A---T-AT--AT--A-TATATA---------C---T---------Gtgtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttaattaccaagtactcaaccgtggacacataacttatttaaaagacataatgtttatatttaaatctgaaaaattaaaaagtgattggattaatgacattaatagggaaaatgcacgtcaaggccatggtagaaataaataacctcaatataaatgttttaaaactgaatataaagttgaaggttatgttaattgtttgatgcctcgatctcatcacagtgcttattcaaaatttcaatgcggagtagctccatgtcgtaaagaaactggccattttgaacgattacctgctgaagagaaaaaatgtttccacTAATAAGATGATCTGTCAAAAGATGCTTCGAAGGTT-TAAAACGTAGAC-AAA-TAT-TTTGTATAATT-GATTTAA-ATGTAT---AATAATT-A--------------------AAATT-TT-ATATATTTCAGAATG--AAATCTTA--------C---TTTT--TTA-TTTTT------A--AATTTGATAAAGTG--TAAGGGAAACCTGATA-T-TTTAG--TGTATAT-ATTTTA----acaagtgggctgttaagtg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GG-TTTTAAATCTGT-TACTGTTCT-TAACATTAG-TAATTCGTTTCTCATAGCTCTTTAAAGGAA---CTCTT----AATTTCACAATACGTTTTTGTAAATGTTTAATATACTTATAAC-TGTAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttgGAGAAATAG-CAATCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AGCTTCACTATTTATATTTGTAAATACTGTATATATGTGTAAT-TGTAATGTTATAGAGGTGTGAC------TGA-AACA-----TATGTTAatattgcataatatacttaatataaatacagtatatatagatata
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATG---------T---T---------GTTGA-------A--TGTATAC--ATGTATAAAAACAG-AAATCAGTCTCTCATAGCTCTCTA------------------AGCTTCATTATCTATAATTGT-AATGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTTT-TATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTTATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAgatagtgagatttagataaaat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGGAGAAATAG-CAAACAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGAACCTCTT----CATTTCACTATGTATGTTtgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTATAAATACTGTCAAAGATGAAGACCATATAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATGTTAGAAATAGCTATTTGGATAAAA-TGTAAAATAAGCATGCAGAATACTGATTTTAGAAGATTTACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTGTAATGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGTCATAAGCTGCTTCGACGTTT-TAAAGCGTAGAA-AAACTAT-CTTATATAATT-GATTTAA-ATTTGT---AATAATT-A-TT----T-TTTTAACCGTTA---T-TTCATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT----A-TTTGT------A--AATCTGGTAAAGTG--TAAG--------GAT-----TTAAATTGTATATGATTTTA----ATAGTGAATCTA---GATG---------ATG-TT-TTATTAT------------------------------GTCGAA-AA---TGA-ATGTAGAAAATGTT----GT-TGTT----TA-A-TGTTT-T----AA------A---A-GT--AT---------------------------------GTTGA-TTTTAAA--TGTATA-------------ATAG-CAATCAGTCTTTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTTAATATTTTATATATTTATAAT-TGGAATGTGATAGAGGTGAGAC-TTAAATAA-AATATAAT-TATGTTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatataataaatattaattatatgaaaattaaacatgtccgtgttcgcctgttcagtctgggaaagcaagtgctttgcggagtaggtccaatttgtatagaaactagacgttatgagcgattacctgctgaatagagaaacaaattccacTAAATACTGTCGAAGATGAAGAACATGTAC--TA---------------AATAAAGGGTGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGACTACTGATTT-AGAA-TTCAACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTTTTAAAATTAAAAACTGATAAGATTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTT-TAAAACGTATAC-AAACTTT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----G-TTT--ACCGTTAT--T-TT-ATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------CTTTTTTT--TTA-TTTGT------A--AATATGATAAGGTC--TAAG--------GTCA-TACTTCAATTGTATATAATTTTA----ATAGTC-ATCTGGATGATATTTTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TA-ATTTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTT----TT-AGT-TTT-T----AA------A---A-AT----------TATG---------T---T---------GTTGT-TTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT-TGTATATAATT----TTAATAGTCATCTGGATGAT--A-TT----T-TTT--A---TTA---TGTT-GT-TGTTTT-----------TCTT---------C--TCTTT--TAA-TTTTT------A--G-TC----AAAATGAATGAA--------GAAAATGCT---GCTGTTT-TAGTTTT---------------TAAA--A--------ATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TC-TTTTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTTCAAGTT-T-T-TTT-A----AA------A---A-AT--AT--A-T------------------T---------GTTG--TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAA-AA-CAACCAGTCTCTCATAGCTCTGTAAG-TAGCTTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTTTATATATTTATAAT-TGTTATGT--T--AGGTGAAAC-TTAAATAA-AATAGTTGTTATGTTActtctcttttcttttttagtcaaaatgaatgaagaaaatgctgctgttcaagtttttttaaaaaatatattgttgttttaaatgtatacttgtagaaaaaaacaaccagtctctcatagctctgtaagtagcttctcttaacttcactatttatatttgtaaatgttttatatatttataattgttatgttaggtgaaacttaaataaaatagttgttatgtta
gi|5                          :                                                                                                             taaatactgtcgaagatgaagaacatgtactaaataaagggtgatattagaaatagctatttagataaaataagcatggagactactgatttagaattcaacaattcaagaacaattacattatatgttaagcttttaaaattaaaaactgataagattatctgctaaaatctgcttcgacgttttaaaacgtatacaaacttttttatataattgatttaaatttataataattaattgtttaccgttattttatatatattagaatgaaatcttactttttttttatttgtaaatatgataaggtctaaggtcatacttcaTGTATAACTACTGTCGAAGATGAAGAATGTTCAT--TATT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTCGACAAAGCTATCAGGATAATA-T-------AAGCATGGGTAAAACTGATTTTAGAAGTTTAACAATTTAAGAACAAGTACAAT-ATATGTTAAGCTGTAAATACGTAAAAGTAATAAGGTTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTC-TGAAACGTAGAA-AAACTAT-TTTATATGATTTGAATTAA-ATTTAT---AATAATT-A-TT----T-TTTT-ACCGTTA---T-TTCATATATTTTGGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT--TTAATTTGT------T--AATCTGATAAAGTG--TAAG----------------------TGTATATACTTTTAGTA-ATAGTGAATATA---GATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTCT-T---C---T---CTTT-TC-TTTTTTAATCTAA-A----TGA-ATGTATAAAATGCT----AC-TGTT----TT-A-T-TT---------------------AT--TT--ATTTTTTG---------TTGAT---------GTTGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCTCATAGCTTTG-AAA-G------TGTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTGTATATATTTATCAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGACTTAAAATGA-AATA-----TATATTA
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tagATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----AAAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATT-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TTTTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTT-N----NN------N---N-NN--NN--N-NNNNNNNNNNNNNNNT---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTATATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AAc
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTA---T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TT--C---TGCTCTTT-TC-TTTTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAAAACATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA-T----AT------AT--ATAT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAAAGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAtatatgatataattatcatgtacatagacattcaaatatatgaatttaaagagactatcacatattgcaaactacaattaactatttacataacaacactatgtaaacaaatagtatgtgttcacaattaagagaaattacaattaattgatgtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATTGCTAATTACTCAACCGTGGACACATAACTTATTTAAAAGACATAATGTTTATATTTCAATCTGAAAAATTAAAAAAATGGTTGGAACAATGACATTAATAGGGACAATGCACGTCAAGGCAATGGTAGAAATAAGTTAAACCTGTATAAATGTTTTAAAACTGAATATAAAGTTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTTTCATATGCACACAATCTGTAAATGCTGCATAAAAATACTTAATACAAAAATGCAGTGCATGTCAATATAT






Alignments
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gi|10                         : acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtggaaatactatcaaagatgaagagcatgtacactacttgatattttgtccaacaaatgatggtattcgaaagaattgttttgataaaaatacgtatggagaacagttatgttagaagttgaacaatttagaaacaataacactgatatgtggagttgtaaaaacgaaagactataaaaaatatctgctttgaggttttaaaatgtagaaaagatatatttatataattgttttaattaaaaaaacaattaaacgtttaccttagttttatttatttagaacggtaccttatttattaactttttgtttatttatttctccattagtctgatattgtgcaaggaaatcccaaaattatacaaaatggtaaatttaaatggtgttttagtatgctaagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaaCCGTTA---T-TT-ATATATATTAGAATA--AAATATTA--------C--TTTT-----A-TTTGT------A--AATCCGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTGAAATTGTATATAATTTTA----AAAGCCAATCTAAACGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---TTTT-TC-TT-TTT-AGTTTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----GC-TATT----TT-A-T-TTTTA----AA------A---A-AA--A------ATATT---------T---T---------GATGC-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-AAATCAGTCTCTCATAGCTCCGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTTACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATGTATGAT-TGTAATGTGACAGAGGTGAGAC-TATAATGA-AATA-----TATGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -ACATATATTAGAATA--AAATCTTG--------C--TCTTT--TTA-TTTGT------A--ATTCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TGCTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGCCAATATAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTTCTT--C---T---CTTT-TC-AT-TTTTAGCCTAG------T----TGTAGAAAATGTG----GC-TGTT----TT-A-T-TAA-A----AAAAAAAAA---A-AT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTTGA-TTATAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCCCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTAACTATTTTTATTAGTCAATGCTTTATACATTTCTGAT-TGTAATTTGATAGAGGTGAGAC-TACAATAA-AATA-----TATGTTAtgtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTA---T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAGCTGTATATAATTTGA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TCTGC---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA-T----AT------ATATATAT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATtg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTTA---T-TG-ATATTTTTTAGAATA--GAATTCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAGATGCT----TC-TGTT----TT-A-T-TTT-T----AT------A------T--AT--A-TATAT----------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CACTTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--------GACAATACTTTAATT---TG-AATTTTATACAATGGTTAATCTCGATGATG--TTTTATTATGCTTATT-TTTCCT-TA--CAAAT---CTTTCTC-TT-TTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cctT-TTTTA--TTAAGA----TGA-ATGAAGGAATGGTTATATGC-GGGT----TT---T-TT-------------------A-AT--GTTCA-AATATG---------A---T---------GTTGA-TTTTAA---TGTATAC--TTGTAAAAAAATAGACAA-CTGACTGTCCTAGCTCTGTAAA-GAGTTTCACTT----AGCATTACTATTTATATTTGTAAATG--------ATTGATG------GAGGTGATAAAGGTGAGAC-TTGAATAAGAAAA-----AATGTTAataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaactttttattaagatgaatgaaggaatggttatatgcgggttttttaatgttcaaatatgatgttgattttaatgtatacttgtaaaaaaatagacaactgactgtcctagctctgtaaagagtttcacttagcattactatttatatttgtaaatgattgatggaggtgataaaggtgagacttgaataagaaaaaatgttatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctaagacaatactttaatttgaattttatacaatggttaatctcgatgatgttttattatgcttatttttccttacaaatctttctctttttataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaacATAATC-AATT----TGTTT--AATGTTA---T-TTTATATATATTAGAAAATTAAATCTTA-----------TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATGAAGTG--TAAG--------AACA-TAC---------ATACA-TTGTA----ATGGTCAATCTAGAGGATG--TGTTATCATG-TTGTTGTTTTTT-------------------C-TTGTTTTAATCTAG------TTA-ACG-----AATGT---------------------------A----AA------A---G-AT--GT--T-GCTGGG---------T---T---------ATT---TTTTAAA--AATATG---TTGT---------------CAGTCTCTCATAGCTCTGTTAA-GAGCCCCTCTTAG--AATTTCAGAATTTATATTTGTAAA--TTTTATtg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTATCAATACTATCGAAGATAAAGAACTTGTAC--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCCATTTAGCTGCAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGATTTTAGAAGATTAATAAATCAAGAACAATTACACT-ATATGTTGAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAACTCTGCCTT----TTTATAAAACACAG---AAACTAC-TTTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtttTTTAGTCATA-T----TGA-CTGCTGAAA---TT----A--TGTT----TTGA-T-TTG-A----A------------------T--A-TA-ATG---------T---T---------GCTGA-TTCCAAT--TGCATCA--TTATGGAAAA-TAG-CAATCAGTTTATCATAGCTCTGTAAA-GAGCATCTCTTTTTTA--TTCACTATTTATGTTTGTAAATGTATTATATATTTAT-ATATGTAATGTGATAAAAGGAAGAT-TAC-ATAATTATA-----TGCGTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gTT-TT-TT-TCTTCATATAA-AACAATGA-ATGCTGAAATTATT----AT-TTTT----CC-A-T-TTT-A----AG-------------T--TT--A-AATATG---------T---T---------GTTGA-TTAAAAA--TATACAC--TGGTAGAAAAA------A--AGTCTCTCATAGCTTTTTAAG-CAGCCTATGTT----AGCATCACTATTTATATTTGTAAATATTTTATATGTTGATCAA-TGTAATCT--TAG----GAGA-----AAT-A-AATA-----TATATTtagtatgttatatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gT-G-T-TTC-A----GA------T---A-ATCAAT--A-TATATT---------T---TTTTTAATATGTTGG-TCTAAAA--TGCACTC--TTATA--AAAATAG-CAACCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAACCCCTCCT----AGCTTCACTATTTATATTTGTGAATGTTTTATACATTTATAAT-TGTAATTTGATGGATATGGGAC-TAAAATAA-AACA-----TATGCTAtaatgttacgtta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaatctagaacttataTGTATAAATACTATCGAAGATGAAGAACATGTAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGAGTTTAGAAGTTTAACAATTAAAGAACAATTACATT-ATATGCTAAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAAATCTG---CAACGTTG-TAAAACATAGAA-AAACTAT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----T-TTTA-ACCATTA---T-TT-ATATCTATTAGAATA--AAATC----------------TTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TTATT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGTT----GC-TGTT----TT-A-T-TTA-A----AAT-----A---T-AT--AT--A-TATATA---------C---T---------Gtgtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttaattaccaagtactcaaccgtggacacataacttatttaaaagacataatgtttatatttaaatctgaaaaattaaaaagtgattggattaatgacattaatagggaaaatgcacgtcaaggccatggtagaaataaataacctcaatataaatgttttaaaactgaatataaagttgaaggttatgttaattgtttgatgcctcgatctcatcacagtgcttattcaaaatttcaatgcggagtagctccatgtcgtaaagaaactggccattttgaacgattacctgctgaagagaaaaaatgtttccacTAATAAGATGATCTGTCAAAAGATGCTTCGAAGGTT-TAAAACGTAGAC-AAA-TAT-TTTGTATAATT-GATTTAA-ATGTAT---AATAATT-A--------------------AAATT-TT-ATATATTTCAGAATG--AAATCTTA--------C---TTTT--TTA-TTTTT------A--AATTTGATAAAGTG--TAAGGGAAACCTGATA-T-TTTAG--TGTATAT-ATTTTA----acaagtgggctgttaagtg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GG-TTTTAAATCTGT-TACTGTTCT-TAACATTAG-TAATTCGTTTCTCATAGCTCTTTAAAGGAA---CTCTT----AATTTCACAATACGTTTTTGTAAATGTTTAATATACTTATAAC-TGTAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttgGAGAAATAG-CAATCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AGCTTCACTATTTATATTTGTAAATACTGTATATATGTGTAAT-TGTAATGTTATAGAGGTGTGAC------TGA-AACA-----TATGTTAatattgcataatatacttaatataaatacagtatatatagatata
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATG---------T---T---------GTTGA-------A--TGTATAC--ATGTATAAAAACAG-AAATCAGTCTCTCATAGCTCTCTA------------------AGCTTCATTATCTATAATTGT-AATGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTT-TATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTTATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAgatagtgagatttagataaaat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGGAGAAATAG-CAAACAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGAACCTCTT----CATTTCACTATGTATGTTtgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTATAAATACTGTCAAAGATGAAGACCATATAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATGTTAGAAATAGCTATTTGGATAAAA-TGTAAAATAAGCATGCAGAATACTGATTTTAGAAGATTTACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTGTAATGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGTCATAAGCTGCTTCGACGTTT-TAAAGCGTAGAA-AAACTAT-CTTATATAATT-GATTTAA-ATTTGT---AATAATT-A-TT----T-TTTTAACCGTTA---T-TTCATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT----A-TTTGT------A--AATCTGGTAAAGTG--TAAG--------GAT-----TTAAATTGTATATGATTTTA----ATAGTGAATCTA---GATG---------ATG-TT-TTATTAT-------------------------------GTCGAA-AA---TGA-ATGTAGAAAATGTT----GT-TGTT----TA-A-TGTTT-T----AA------A---A-GT--AT---------------------------------GTTGA-TTTTAAA--TGTATA-------------ATAG-CAATCAGTCTTTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTTAATATTTTATATATTTATAAT-TGGAATGTGATAGAGGTGAGAC-TTAAATAA-AATATAAT-TATGTTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatataataaatattaattatatgaaaattaaacatgtccgtgttcgcctgttcagtctgggaaagcaagtgctttgcggagtaggtccaatttgtatagaaactagacgttatgagcgattacctgctgaatagagaaacaaattccacTAAATACTGTCGAAGATGAAGAACATGTAC--TA---------------AATAAAGGGTGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGACTACTGATTT-AGAA-TTCAACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTTTTAAAATTAAAAACTGATAAGATTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTT-TAAAACGTATAC-AAACTTT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----G-TTT--ACCGTTAT--T-TT-ATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------CTTTTTTT--TTA-TTTGT------A--AATATGATAAGGTC--TAAG--------GTCA-TACTTCAATTGTATATAATTTTA----ATAGTC-ATCTGGATGATATTTTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TA-AT-TTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTT----TT-AGT-TTT-T----AA------A---A-AT----------TATG---------T---T---------GTTGT-TTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT-TGTATATAATT----TTAATAGTCATCTGGATGAT--A-TT----T-TTT--A---TTA---TGTT-GT-TGTTTT-----------TCTT---------C--TCTTT--TAA-TTTTT------A--G-TC----AAAATGAATGAA--------GAAAATGCT---GCTGTTT-TAGTTTT---------------TAAA--A--------ATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTTCAAGTT-T-T-TTT-A----AA------A---A-AT--AT--A-T------------------T---------GTTG--TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAA-AA-CAACCAGTCTCTCATAGCTCTGTAAG-TAGCTTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTTTATATATTTATAAT-TGTTATGT--T--AGGTGAAAC-TTAAATAA-AATAGTTGTTATGTTActtctcttttcttttttagtcaaaatgaatgaagaaaatgctgctgttcaagtttttttaaaaaatatattgttgttttaaatgtatacttgtagaaaaaaacaaccagtctctcatagctctgtaagtagcttctcttaacttcactatttatatttgtaaatgttttatatatttataattgttatgttaggtgaaacttaaataaaatagttgttatgtta
gi|5                          :                                                                                                             taaatactgtcgaagatgaagaacatgtactaaataaagggtgatattagaaatagctatttagataaaataagcatggagactactgatttagaattcaacaattcaagaacaattacattatatgttaagcttttaaaattaaaaactgataagattatctgctaaaatctgcttcgacgttttaaaacgtatacaaacttttttatataattgatttaaatttataataattaattgtttaccgttattttatatatattagaatgaaatcttactttttttttatttgtaaatatgataaggtctaaggtcatacttcaTGTATAACTACTGTCGAAGATGAAGAATGTTCAT--TATT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTCGACAAAGCTATCAGGATAATA-T-------AAGCATGGGTAAAACTGATTTTAGAAGTTTAACAATTTAAGAACAAGTACAAT-ATATGTTAAGCTGTAAATACGTAAAAGTAATAAGGTTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTC-TGAAACGTAGAA-AAACTAT-TTTATATGATTTGAATTAA-ATTTAT---AATAATT-A-TT----T-TTTT-ACCGTTA---T-TTCATATATTTTGGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT--TTAATTTGT------T--AATCTGATAAAGTG--TAAG----------------------TGTATATACTTTTAGTA-ATAGTGAATATA---GATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTCT-T---C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAATCTAA-A----TGA-ATGTATAAAATGCT----AC-TGTT----TT-A-T-TT---------------------AT--TT--ATTTTTTG---------TTGAT---------GTTGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCTCATAGCTTTG-AAA-G------TGTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTGTATATATTTATCAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGACTTAAAATGA-AATA-----TATATTA
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tagATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----AAAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATT-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTT-N----NN------N---N-NN--NN--N-NNNNNNNNNNNNNNNT---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTATATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AAc
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttaTTA---T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TT--C---TGCTCTTT-TC-TT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAAAACATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA-T----AT------AT--ATAT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAAAGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAtatatgatataattatcatgtacatagacattcaaatatatgaatttaaagagactatcacatattgcaaactacaattaactatttacataacaacactatgtaaacaaatagtatgtgttcacaattaagagaaattacaattaattgatgtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATTGCTAATTACTCAACCGTGGACACATAACTTATTTAAAAGACATAATGTTTATATTTCAATCTGAAAAATTAAAAAAATGGTTGGAACAATGACATTAATAGGGACAATGCACGTCAAGGCAATGGTAGAAATAAGTTAAACCTGTATAAATGTTTTAAAACTGAATATAAAGTTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTTTCATATGCACACAATCTGTAAATGCTGCATAAAAATACTTAATACAAAAATGCAGTGCATGTCAATATAT






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gi|10                         : acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtggaaatactatcaaagatgaagagcatgtacactacttgatattttgtccaacaaatgatggtattcgaaagaattgttttgataaaaatacgtatggagaacagttatgttagaagttgaacaatttagaaacaataacactgatatgtggagttgtaaaaacgaaagactataaaaaatatctgctttgaggttttaaaatgtagaaaagatatatttatataattgttttaattaaaaaaacaattaaacgtttaccttagttttatttatttagaacggtaccttatttattaactttttgtttatttatttctccattagtctgatattgtgcaaggaaatcccaaaattatacaaaatggtaaatttaaatggtgttttagtatgctaagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaaCCGTTA---T-TT-ATATATATTAGAATA--AAATATTA--------C--TTTT-----A-TTTGT------A--AATCCGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTGAAATTGTATATAATTTTA----AAAGCCAATCTAAACGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---TTTT-TC-TT-TTT-AGTTTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----GC-TATT----TT-A-T-TTTTA----AA------A---A-AA--A------ATATT---------T---T---------GATGC-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-AAATCAGTCTCTCATAGCTCCGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTTACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATGTATGAT-TGTAATGTGACAGAGGTGAGAC-TATAATGA-AATA-----TATGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -ACATATATTAGAATA--AAATCTTG--------C--TCTTT--TTA-TTTGT------A--ATTCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TGCTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGCCAATATAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTTCTT--C---T---CTTT-TC-AT-TTTTAGCCTAG------T----TGTAGAAAATGTG----GC-TGTT----TT-A-T-TAA-A----AAAAAAAAA---A-AT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTTGA-TTATAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCCCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTAACTATTTTTATTAGTCAATGCTTTATACATTTCTGAT-TGTAATTTGATAGAGGTGAGAC-TACAATAA-AATA-----TATGTTAtgtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTA---T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAGCTGTATATAATTTGA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TCTGC---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA-T----AT------ATATATAT--AT--A-TATATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATtg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTTA---T-TG-ATATTTTTTAGAATA--GAATTCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAGATGCT----TC-TGTT----TT-A-T-TTT-T----AT------A------T--AT--A-TATAT----------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CACTTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--------GACAATACTTTAATT---TG-AATTTTATACAATGGTTAATCTCGATGATG--TTTTATTATGCTTATT-TTTCCT-TA--CAAAT---CTTTCTC-TT-TTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cctT-TTTTA--TTAAGA----TGA-ATGAAGGAATGGTTATATGC-GGGT----TT---T-TT-------------------A-AT--GTTCA-AATATG---------A---T---------GTTGA-TTTTAA---TGTATAC--TTGTAAAAAAATAGACAA-CTGACTGTCCTAGCTCTGTAAA-GAGTTTCACTT----AGCATTACTATTTATATTTGTAAATG--------ATTGATG------GAGGTGATAAAGGTGAGAC-TTGAATAAGAAAA-----AATGTTAataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaactttttattaagatgaatgaaggaatggttatatgcgggttttttaatgttcaaatatgatgttgattttaatgtatacttgtaaaaaaatagacaactgactgtcctagctctgtaaagagtttcacttagcattactatttatatttgtaaatgattgatggaggtgataaaggtgagacttgaataagaaaaaatgttatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctaagacaatactttaatttgaattttatacaatggttaatctcgatgatgttttattatgcttatttttccttacaaatctttctctttttataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaacATAATC-AATT----TGTTT--AATGTTA---T-TTTATATATATTAGAAAATTAAATCTTA-----------TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATGAAGTG--TAAG--------AACA-TAC---------ATACA-TTGTA----ATGGTCAATCTAGAGGATG--TGTTATCATG-TTGTTGTTTTTT-------------------C-TTGTTTTAATCTAG------TTA-ACG-----AATGT---------------------------A----AA------A---G-AT--GT--T-GCTGGG---------T---T---------ATT---TTTTAAA--AATATG---TTGT---------------CAGTCTCTCATAGCTCTGTTAA-GAGCCCCTCTTAG--AATTTCAGAATTTATATTTGTAAA--TTTTATtg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTATCAATACTATCGAAGATAAAGAACTTGTAC--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCCATTTAGCTGCAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGATTTTAGAAGATTAATAAATCAAGAACAATTACACT-ATATGTTGAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAACTCTGCCTT----TTTATAAAACACAG---AAACTAC-TTTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtttTTTAGTCATA-T----TGA-CTGCTGAAA---TT----A--TGTT----TTGA-T-TTG-A----A------------------T--A-TA-ATG---------T---T---------GCTGA-TTCCAAT--TGCATCA--TTATGGAAAA-TAG-CAATCAGTTTATCATAGCTCTGTAAA-GAGCATCTCTTTTTTA--TTCACTATTTATGTTTGTAAATGTATTATATATTTAT-ATATGTAATGTGATAAAAGGAAGAT-TAC-ATAATTATA-----TGCGTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gTT-TT-TT-TCTTCATATAA-AACAATGA-ATGCTGAAATTATT----AT-TTTT----CC-A-T-TTT-A----AG-------------T--TT--A-AATATG---------T---T---------GTTGA-TTAAAAA--TATACAC--TGGTAGAAAAA------A--AGTCTCTCATAGCTTTTTAAG-CAGCCTATGTT----AGCATCACTATTTATATTTGTAAATATTTTATATGTTGATCAA-TGTAATCT--TAG----GAGA-----AAT-A-AATA-----TATATTtagtatgttatatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gT-G-T-TTC-A----GA------T---A-ATCAAT--A-TATATT---------T---TTTTTAATATGTTGG-TCTAAAA--TGCACTC--TTATA--AAAATAG-CAACCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAACCCCTCCT----AGCTTCACTATTTATATTTGTGAATGTTTTATACATTTATAAT-TGTAATTTGATGGATATGGGAC-TAAAATAA-AACA-----TATGCTAtaatgttacgtta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaatctagaacttataTGTATAAATACTATCGAAGATGAAGAACATGTAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGAGTTTAGAAGTTTAACAATTAAAGAACAATTACATT-ATATGCTAAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAAATCTG---CAACGTTG-TAAAACATAGAA-AAACTAT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----T-TTTA-ACCATTA---T-TT-ATATCTATTAGAATA--AAATC----------------TTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TTATT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGTT----GC-TGTT----TT-A-T-TTA-A----AAT-----A---T-AT--AT--A-TATATA---------C---T---------Gtgtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttaattaccaagtactcaaccgtggacacataacttatttaaaagacataatgtttatatttaaatctgaaaaattaaaaagtgattggattaatgacattaatagggaaaatgcacgtcaaggccatggtagaaataaataacctcaatataaatgttttaaaactgaatataaagttgaaggttatgttaattgtttgatgcctcgatctcatcacagtgcttattcaaaatttcaatgcggagtagctccatgtcgtaaagaaactggccattttgaacgattacctgctgaagagaaaaaatgtttccacTAATAAGATGATCTGTCAAAAGATGCTTCGAAGGTT-TAAAACGTAGAC-AAA-TAT-TTTGTATAATT-GATTTAA-ATGTAT---AATAATT-A--------------------AAATT-TT-ATATATTTCAGAATG--AAATCTTA--------C---TTTT--TTA-TTTTT------A--AATTTGATAAAGTG--TAAGGGAAACCTGATA-T-TTTAG--TGTATAT-ATTTTA----acaagtgggctgttaagtg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GG-TTTTAAATCTGT-TACTGTTCT-TAACATTAG-TAATTCGTTTCTCATAGCTCTTTAAAGGAA---CTCTT----AATTTCACAATACGTTTTTGTAAATGTTTAATATACTTATAAC-TGTAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttgGAGAAATAG-CAATCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AGCTTCACTATTTATATTTGTAAATACTGTATATATGTGTAAT-TGTAATGTTATAGAGGTGTGAC------TGA-AACA-----TATGTTAatattgcataatatacttaatataaatacagtatatatagatata
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATG---------T---T---------GTTGA-------A--TGTATAC--ATGTATAAAAACAG-AAATCAGTCTCTCATAGCTCTCTA------------------AGCTTCATTATCTATAATTGT-AATGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTT-TATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTTATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAgatagtgagatttagataaaat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGGAGAAATAG-CAAACAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGAACCTCTT----CATTTCACTATGTATGTTtgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTATAAATACTGTCAAAGATGAAGACCATATAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATGTTAGAAATAGCTATTTGGATAAAA-TGTAAAATAAGCATGCAGAATACTGATTTTAGAAGATTTACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTGTAATGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGTCATAAGCTGCTTCGACGTTT-TAAAGCGTAGAA-AAACTAT-CTTATATAATT-GATTTAA-ATTTGT---AATAATT-A-TT----T-TTTTAACCGTTA---T-TTCATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT----A-TTTGT------A--AATCTGGTAAAGTG--TAAG--------GAT-----TTAAATTGTATATGATTTTA----ATAGTGAATCTA---GATG---------ATG-TT-TTATTAT-------------------------------GTCGAA-AA---TGA-ATGTAGAAAATGTT----GT-TGTT----TA-A-TGTTT-T----AA------A---A-GT--AT---------------------------------GTTGA-TTTTAAA--TGTATA-------------ATAG-CAATCAGTCTTTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTTAATATTTTATATATTTATAAT-TGGAATGTGATAGAGGTGAGAC-TTAAATAA-AATATAAT-TATGTTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatataataaatattaattatatgaaaattaaacatgtccgtgttcgcctgttcagtctgggaaagcaagtgctttgcggagtaggtccaatttgtatagaaactagacgttatgagcgattacctgctgaatagagaaacaaattccacTAAATACTGTCGAAGATGAAGAACATGTAC--TA---------------AATAAAGGGTGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGACTACTGATTT-AGAA-TTCAACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTTTTAAAATTAAAAACTGATAAGATTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTT-TAAAACGTATAC-AAACTTT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AATAATTAA-TT----G-TTT--ACCGTTAT--T-TT-ATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------CTTTTTTT--TTA-TTTGT------A--AATATGATAAGGTC--TAAG--------GTCA-TACTTCAATTGTATATAATTTTA----ATAGTC-ATCTGGATGATATTTTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TA-AT-TTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTT----TT-AGT-TTT-T----AA------A---A-AT----------TATG---------T---T---------GTTGT-TTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT-TGTATATAATT----TTAATAGTCATCTGGATGAT--A-TT----T-TTT--A---TTA---TGTT-GT-TGTTTT-----------TCTT---------C--TCTTT--TAA-TTTTT------A--G-TC----AAAATGAATGAA--------GAAAATGCT---GCTGTTT-TAGTTTT---------------TAAA--A--------ATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTTCAAGTT-T-T-TTT-A----AA------A---A-AT--AT--A-T------------------T---------GTTG--TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAA-AA-CAACCAGTCTCTCATAGCTCTGTAAG-TAGCTTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTTTATATATTTATAAT-TGTTATGT--T--AGGTGAAAC-TTAAATAA-AATAGTTGTTATGTTActtctcttttcttttttagtcaaaatgaatgaagaaaatgctgctgttcaagtttttttaaaaaatatattgttgttttaaatgtatacttgtagaaaaaaacaaccagtctctcatagctctgtaagtagcttctcttaacttcactatttatatttgtaaatgttttatatatttataattgttatgttaggtgaaacttaaataaaatagttgttatgtta
gi|5                          :                                                                                                             taaatactgtcgaagatgaagaacatgtactaaataaagggtgatattagaaatagctatttagataaaataagcatggagactactgatttagaattcaacaattcaagaacaattacattatatgttaagcttttaaaattaaaaactgataagattatctgctaaaatctgcttcgacgttttaaaacgtatacaaacttttttatataattgatttaaatttataataattaattgtttaccgttattttatatatattagaatgaaatcttactttttttttatttgtaaatatgataaggtctaaggtcatacttcaTGTATAACTACTGTCGAAGATGAAGAATGTTCAT--TATT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTCGACAAAGCTATCAGGATAATA-T-------AAGCATGGGTAAAACTGATTTTAGAAGTTTAACAATTTAAGAACAAGTACAAT-ATATGTTAAGCTGTAAATACGTAAAAGTAATAAGGTTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTC-TGAAACGTAGAA-AAACTAT-TTTATATGATTTGAATTAA-ATTTAT---AATAATT-A-TT----T-TTTT-ACCGTTA---T-TTCATATATTTTGGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT--TTAATTTGT------T--AATCTGATAAAGTG--TAAG----------------------TGTATATACTTTTAGTA-ATAGTGAATATA---GATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTCT-T---C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAATCTAA-A----TGA-ATGTATAAAATGCT----AC-TGTT----TT-A-T-TT---------------------AT--TT--ATTTTTTG---------TTGAT---------GTTGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCTCATAGCTTTG-AAA-G------TGTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTGTATATATTTATCAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGACTTAAAATGA-AATA-----TATATTA
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aaatagcttatggcatcacacatgaaaacaaatgcataattaacaaaaactagaacaataattccaattggcaagtacaaatatcggtatattaaccgaacgatatttaacgagaatttgaaataagctaatttgcgtattgcataacattaaagacatttcaaaactgttacgcatttagtttaatctgttgT-CTTTA-TTTAA-G----TGGTATCTA--AAATCCT----ACCTTTT----TT-A-T-TTG-T----AA------A------T--CTG-A-TA-ATG---------T---T---------GTGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-AAGCCTCTCTT----AACTTCACTGTTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|26 ): GTTTCATATGCACACAATCTGTAAATGCTGCATAAAAATACTTAATACAAAAATGCAGTGCATGTCAATATAT






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gi|10                         : acataatctgtatagttaaataagaacaattaaaacatgattggctcaatgtcatttttaggtactatgcacgtcaaagcaatagtagaaataaacacagattacataaataaatagttgaagattatgttaaatgttcaatgtcttgatctcagcgcagtgcttattcaaaaatagctccaatttgtatagaaacttaacgtgatagacaattacccgttgaagagagaaactgtttccacggtggaaatactatcaaagatgaagagcatgtacactacttgatattttgtccaacaaatgatggtattcgaaagaattgttttgataaaaatacgtatggagaacagttatgttagaagttgaacaatttagaaacaataacactgatatgtggagttgtaaaaacgaaagactataaaaaatatctgctttgaggttttaaaatgtagaaaagatatatttatataattgttttaattaaaaaaacaattaaacgtttaccttagttttatttatttagaacggtaccttatttattaactttttgtttatttatttctccattagtctgatattgtgcaaggaaatcccaaaattatacaaaatggtaaatttaaatggtgttttagtatgctaagatgcttatacagtacttgtattcattgcattgtttgtttcacattttcaaatgtatcttaaatgcatatattatcaataaaa-CCGTTA--T-TT-ATATATATTAGAATA--AAATATTA--------C--TTTT-----A-TTTGT------A--AATCCGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTGAAATTGTATATAATTTTA----AAAGCCAATCTAAACGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---TTTT-TC-TT-TTT-AGTTTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----GC-TATT----TT-A-T-TT---TTA----AAA------A-AA--A-----ATAT-T---------TT---------G---ATGC-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-AAATCAGTCTCTCATAGCTCCGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTTACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATGTATGAT-TGTAATGTGACAGAGGTGAGAC-TATAATGA-AATA-----TATGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -ACATATATTAGAATA--AAATCTTG--------C--TCTTT--TTA-TTTGT------A--ATTCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TGCTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGCCAATATAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTTCTT--C---T---CTTT-TC-AT-TTTTAGCCTAG------T----TGTAGAAAATGTG----GC-TGTT----TT-A-T-TA---A-A----AAAAAAAAAA-AT--AT--ATATAT-G---------TT---------G---TTGA-TTATAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCCCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTAACTATTTTTATTAGTCAATGCTTTATACATTTCTGAT-TGTAATTTGATAGAGGTGAGAC-TACAATAA-AATA-----TATGTTAtgtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTA--T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAGCTGTATATAATTTGA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TCTGC---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAGAAAATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTATAT-A----TAT------ATAT--AT--ATATAT-G---------TT---------G---TGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATtg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aTTA--T-TG-ATATTTTTTAGAATA--GAATTCTA--------C--TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAATG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-CTG-C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGCCTAA-A----TGA-ATGTAGAAGATGCT----TC-TGTT----TT-A-T-TT---T-T----ATA---------T--AT--ATATAT-----------TT---------G---TGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAGTAA-CACTTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCACTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--------GACAATACTTTAATT---TG-AATTTTATACAATGGTTAATCTCGATGATG--TTTTATTATGCTTATT-TTTCCT-TA--CAAAT---CTTTCTC-TT-TTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cctT-TTTTA--TTAAGA----TGA-ATGAAGGAATGGTTATATGC-GGGT----TT-----TT---T-A----A-----------T--GTTCAAATAT-G---------AT---------G---TTGA-TTTTAA---TGTATAC--TTGTAAAAAAATAGACAA-CTGACTGTCCTAGCTCTGTAAA-GAGTTTCACTT----AGCATTACTATTTATATTTGTAAATG--------ATTGATG------GAGGTGATAAAGGTGAGAC-TTGAATAAGAAAA-----AATGTTAataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaactttttattaagatgaatgaaggaatggttatatgcgggttttttaatgttcaaatatgatgttgattttaatgtatacttgtaaaaaaatagacaactgactgtcctagctctgtaaagagtttcacttagcattactatttatatttgtaaatgattgatggaggtgataaaggtgagacttgaataagaaaaaatgttatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cctaagacaatactttaatttgaattttatacaatggttaatctcgatgatgttttattatgcttatttttccttacaaatctttctctttttataataaaacttgaaaagaaaagtaattaacagtattatcaacA---TAATCAATTTGTTT-A-ATGTTA--T-TTTATATATATTAGAAAATTAAATCTTA-----------TTTTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATGAAGTG--TAAG--------AACA-TAC---------ATACA-TTGTA----ATGGTCAATCTAGAGGATG--TGTTATCATG-TTGTTGTTTTTT-------------------C-TTGTTTTAATCTAG------TTA-ACG-----AATGT------------------------------A----AAA------G-AT--GT--TGCTGG-G---------TT---------A---TT---TTTTAAA--AATATG---TTGT---------------CAGTCTCTCATAGCTCTGTTAA-GAGCCCCTCTTAG--AATTTCAGAATTTATATTTGTAAA--TTTTATtg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTATCAATACTATCGAAGATAAAGAACTTGTAC--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCCATTTAGCTGCAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGATTTTAGAAGATTAATAAATCAAGAACAATTACACT-ATATGTTGAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAACTCTGCCTT----TTTATAAAACACAG---AAACTAC-TTTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtttTTTAGTCATA-T----TGA-CTGCTGAAA---TT----A--TGTT----TTGA-T-TT------------G------A-AT--AT--A---AT-G---------TT---------G---CTGA-TTCCAAT--TGCATCA--TTATGGAAAA-TAG-CAATCAGTTTATCATAGCTCTGTAAA-GAGCATCTCTTTTTTA--TTCACTATTTATGTTTGTAAATGTATTATATATTTAT-ATATGTAATGTGATAAAAGGAAGAT-TAC-ATAATTATA-----TGCGTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gTT-TT-TT-TCTTCATATAA-AACAATGA-ATGCTGAAATTATT----AT-TTTT----CC-A-T-TT---T-A----AG----------T--TT--AAATAT-G---------TT---------G---TTGA-TTAAAAA--TATACAC--TGGTAGAAAAA------A--AGTCTCTCATAGCTTTTTAAG-CAGCCTATGTT----AGCATCACTATTTATATTTGTAAATATTTTATATGTTGATCAA-TGTAATCT--TAG----GAGA-----AAT-A-AATA-----TATATTtagtatgttatatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gT-G-T-TT---C-A----GAT------A-ATCAAT--ATATAT-T---------TTTTTTAATATG---TTGG-TCTAAAA--TGCACTC--TTATA--AAAATAG-CAACCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAACCCCTCCT----AGCTTCACTATTTATATTTGTGAATGTTTTATACATTTATAAT-TGTAATTTGATGGATATGGGAC-TAAAATAA-AACA-----TATGCTAtaatgttacgtta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taaatctagaacttataTGTATAAATACTATCGAAGATGAAGAACATGTAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTAGAAATAGCTATTTAGATAAAA-T-------AAGCATGGAGAATACTGAGTTTAGAAGTTTAACAATTAAAGAACAATTACATT-ATATGCTAAGCTGTAAAGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGCCAAAATCTG---CAACGTTG-TAAAACATAGAA-AAACTAT-TTTATATAATT-GATTTAA-ATTTAT---AA---TAATTAATTT-TTTAA-CCATTA--T-TT-ATATCTATTAGAATA--AAATC----------------TTT--TTA-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTGTATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TTATT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGTT----GC-TGTT----TT-A---TT---T-A----AAA------T-AT--AT--ATATAT-A---------Ttgtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttaattaccaagtactcaaccgtggacacataacttatttaaaagacataatgtttatatttaaatctgaaaaattaaaaagtgattggattaatgacattaatagggaaaatgcacgtcaaggccatggtagaaataaataacctcaatataaatgttttaaaactgaatataaagttgaaggttatgttaattgtttgatgcctcgatctcatcacagtgcttattcaaaatttcaatgcggagtagctccatgtcgtaaagaaactggccattttgaacgattacctgctgaagagaaaaaatgtttccacTAATAAGATGATCTGTCAAAAGATGCTTCGAAGGTT-TAAAACGTAGAC-AAA-TAT-TTTGTATAATT-GATTTAA-ATGTAT---AA---TAATTAAAAT---------------T-TT-ATATATTTCAGAATG--AAATCTTA--------C---TTTT--TTA-TTTTT------A--AATTTGATAAAGTG--TAAGGGAAACCTGATA-T-TTTAG--TGTATAT-ATTTTA----actgacaagtgggctgttaagtg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GG-TTTTAAATCTGT-TACTGTTCT-TAACATTAG-TAATTCGTTTCTCATAGCTCTTTAAAGGAA---CTCTT----AATTTCACAATACGTTTTTGTAAATGTTTAATATACTTATAAC-TGTAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttgGAGAAATAG-CAATCAGTCTCTCATAACTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AGCTTCACTATTTATATTTGTAAATACTGTATATATGTGTAAT-TGTAATGTTATAGAGGTGTGAC------TGA-AACA-----TATGTTAatattgcataatatacttaatataaatacagtatatatagatata
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATAT-G---------TT---------G---TTGA-------A--TGTATAC--ATGTATAAAAACAG-AAATCAGTCTCTCATAGCTCTCTA------------------AGCTTCATTATCTATAATTGT-AATGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTT-TATTTGTCAATGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTTATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAgatagtgagatttagataaaat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGGAGAAATAG-CAAACAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGAACCTCTT----CATTTCACTATGTATGTTtgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aTGTATAAATACTGTCAAAGATGAAGACCATATAT--TACT----ATCCTGTCCAATATATGATGATGTTAGAAATAGCTATTTGGATAAAA-TGTAAAATAAGCATGCAGAATACTGATTTTAGAAGATTTACAATTCAAGAACAATTACATT-ATATGTTAAGCTGTAATGATGAAAAAGTAATAAGATTATCTGTCATAAGCTGCTTCGACGTTT-TAAAGCGTAGAA-AAACTAT-CTTATATAATT-GATTTAA-ATTTGT---AA---TAATTATTTT-TTT-AACCGTTA--T-TTCATATATATTAGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT----A-TTTGT------A--AATCTGGTAAAGTG--TAAG--------GAT-----TTAAATTGTATATGATTTTA----ATAGTGAATCTA---GATG---------ATG-TT-TTATTAT-------------------------------GTCGAA-AA---TGA-ATGTAGAAAATGTT----GT-TGTT----TA-A-TGTT---T-T----AAA------A-GT--AT------------------------------G---TTGA-TTTTAAA--TGTATA-------------ATAG-CAATCAGTCTTTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTTAATATTTTATATATTTATAAT-TGGAATGTGATAGAGGTGAGAC-TTAAATAA-AATATAAT-TATGTTA
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AT-TGTATATAATT----TTAATAGTCATCTGGA---TGAT--ATTT-TTT-A----TTA--TGTT-GT-TGTTTT-----------TCTT---------C--TCTTT--TAA-TTTTT------A--G-TC----AAAATGAATGAA--------GAAAATGCT---GCTGTTT-TAGTTTT---------------TAAA--A--------ATTATG-TTGTTGTTTTTC-TT--C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAGTCAAA-A----TGA-ATGAAGAAAATGCT----GC-TGTTCAAGTT-T-T-TT---T-A----AAA------A-AT--AT--AT----------------T---------G---TTG--TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAA-AA-CAACCAGTCTCTCATAGCTCTGTAAG-TAGCTTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTTTATATATTTATAAT-TGTTATGT--T--AGGTGAAAC-TTAAATAA-AATAGTTGTTATGTTActtctcttttcttttttagtcaaaatgaatgaagaaaatgctgctgttcaagtttttttaaaaaatatattgttgttttaaatgtatacttgtagaaaaaaacaaccagtctctcatagctctgtaagtagcttctcttaacttcactatttatatttgtaaatgttttatatatttataattgttatgttaggtgaaacttaaataaaatagttgttatgtta
gi|5                          :                                                                                                                taaatactgtcgaagatgaagaacatgtactaaataaagggtgatattagaaatagctatttagataaaataagcatggagactactgatttagaattcaacaattcaagaacaattacattatatgttaagcttttaaaattaaaaactgataagattatctgctaaaatctgcttcgacgttttaaaacgtatacaaacttttttatataattgatttaaatttataataattaattgtttaccgttattttatatatattagaatgaaatcttactttttttttatttgtaaatatgataaggtctaaggtcatacttcaTGTATAACTACTGTCGAAGATGAAGAATGTTCAT--TATT----ATCCTGTCCAATATATGATGATATTCGACAAAGCTATCAGGATAATA-T-------AAGCATGGGTAAAACTGATTTTAGAAGTTTAACAATTTAAGAACAAGTACAAT-ATATGTTAAGCTGTAAATACGTAAAAGTAATAAGGTTATCTGCTAAAATCTGCTTCGACGTTC-TGAAACGTAGAA-AAACTAT-TTTATATGATTTGAATTAA-ATTTAT---AA---TAATTATTTT-TTT-A-CCGTTA--T-TTCATATATTTTGGAATG--AAATCTTA--------C--TTTTT--TTAATTTGT------T--AATCTGATAAAGTG--TAAG----------------------TGTATATACTTTTAGTA-ATAGTGAATATA---GATG--TTTTATTATG-TTGTTGTTTTCT-T---C---T---CTTT-TC-TT-TTTTAATCTAA-A----TGA-ATGTATAAAATGCT----AC-TGTT----TT-A-T-TT---------------------AT--TT--ATTTTTTG---------TT---------GATGTTGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATCAGTCTCTCATAGCTTTG-AAA-G------TGTT----AACTTCACTATTTATATTTGTAAATGTTGTATATATTTATCAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGACTTAAAATGA-AATA-----TATATTA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaTTA--T-TT-ATATATTTTAGAATA--AAATCCTA--------C--TTTTT--T-A-TTTGT------A--AATCTGATAAAGTG--TAAA--------GATA-TACTTAAACTATATATAATTTTA----ATAGTCAATCTAAATGATG--TTTTATTATG-TTTTTGTTTTTT-TT--C---TGCTCTTT-TC-TT-TTTTAGTCTAA-A----TGA-ATGTAAAACATGTT----TC-TGTT----TT-A-T-TTA--T-A----TAT------ATAT--AT--ATATAT-G---------TT---------G---TGGA-TTTTAAA--TGTATAC--TTGTAGAAAAATAA-CAATTAGTCTCTCATAGCTCTGTAAA-GAGCCTCTCTT----AACTTCACTATTTATATTTGTCAAAGTTTTATACATTTATGAT-TGTAATGTGATAGAGGTGAGAC-TATAATAA-AATA-----TATGTTAtatatgatataattatcatgtacatagacattcaaatatatgaatttaaagagactatcacatattgcaaactacaattaactatttacataacaacactatgtaaacaaatagtatgtgttcacaattaagagaaattacaattaattgatgtaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|26 ): GTTTCATATGCACACAATCTGTAAATGCTGCATAAAAATACTTAATACAAAAATGCAGTGCATGTCAATATAT