lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111 222222 1 8888888888888888888888888888 111 6666666666666666 22222222 11 1 1111 1 33333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 777777777777777777777777777777777777777777 22222 111111 11
lowQualScore : 999 2 5555 777777 33 33 33 111 5555 3333333333333 33 8888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 33 6666666666666666 88 222222 2 2 9 5 5555555555555555555555555555 111 99999999 3 5555555555555555 7 66 55555555 4 2 88 0 4 3 1 0000 5 5 4 6 1 0 3 00000 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 1 11111 777 4 2 0 444444444444444444444444444444444444444444 5 8888 1 0 4 5 77 33333 1 3 999999 2 22 4 1
lowQualScore : ... . .... ...... .. .. .. ... .... ............. .. ....... ..................................................................................................................................... . .. ................ .. ...... . . . . ............................ ... ........ . ................ . .. ........ . . .. . . . . .... . . . . . . . ..... .. ........................................................................ ......... . ..... ... . . . .......................................... . .... . . . . .. ..... . . ...... . .. . .
lowQualScore : 000 9 7777 777777 77 77 77 222 7777 4444444444444 77 7777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 44 0000000000000000 66 999999 5 5 7 3 5555555555555555555555555555 222 00000000 3 2222222222222222 6 77 33333333 4 5 22 7 1 6 4 1111 0 0 1 0 0 9 6 11111 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888888 1 22222 888 4 2 7 999999999999999999999999999999999999999999 0 9999 4 1 4 1 99 11111 4 7 222222 5 00 8 0
consensus : AGGACCC-CNA-AATGTGAAA----A------TGG--TCAC--A--AATG-TGAAA----A---TGG------TCA--CAAATGTGAA-------ATA-TAT------TACCA----TTTTA-C--ACAT------A----TGTAAAAACT----------------------A----------A--------------------TT----------AA---TG-------TAAA-A--A----T--------G--ACGATGGT-CACATA-T---GTCAT-AA-A-AA-CGTCACAAA-TGTAAAAA-A--AACA--A-CATTTTTG--GTCACA----TAT-GT-AAAA--CA-AA-ATATTCCTACAAATG-TGAAACCGATTT---TTCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTGTTGTACATTC-AGTAT-GTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAAAACATANATCAGAAA-T-TG--TTC-ATTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AANT-GTA-CGAAAAGAAN-----ATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCG----ATG---TA-TTTTTGACATNA--TTTAT--T-TT---TA-GTGG-TT--NA-AAA--NGTG-ACATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTT--TGTAGGTAAACACATTATTCNTGC------AGNTCGTACATTATCTGAGCT
Reference ( gi|3 ) : AGGACCC-CAA-AATGTGAAA----A------TGG--TCAC--A--AATG-TTAAA----A---TGA------TCA--CAAATGTGAA-------ATACTAT------TACCA----TTTTGCCT-ATAT------A----TGTAAAAACT----------------------G----------A--------------------TT----------AA---TC-------TAAA-A--A----T--------G--ACGATGGC-CACATG-C---GTCAT-AA-ACAA-CGTCACTAG-TGTAAAAA-A--AACA-AA-CGCTTTTA--GTCACA----TAT-GT-AAAA--TAGAA-ATATTATTACGAATG-CGAAACCGATGT---TTACCTCCAGAAATTTGAAACCGAATTTTGGTTG-AAAGTGTTTGTTGTACATTC-GGCAT-GTTGAACTGTTCAATCAAACTAGAAAATATATATCAGATA-T-T---TTC-ATTTT---TGTT----TCCTATCTT---AAAT-GTA-CGAAAATAAC-----ATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCA----ATG---TA-TTTTTGACATGG--TGTAT--T-TT---TAAGTGG-TT--TA-AAA-GGGTG-ACATTGAAATATTCAGTATTTAAGTT--TGTATGTTAACACATTATTTCTGC------AGGTCATACGTTATTTGAGCT
gi|1 : AGGATCC-CTA-AATATGAGA----A------TAG--TCAC--A--AATG-TGAAC----A---TCA------TCA--CATATGTAAA-------ATA--------------A----GTTTACC--ACAT------A----TGTATAAACT----------------------G----------A--------------------T------------------------------A--A----T--------G--A---TGGT-CCCATG-T---GTCAT-AA--CAA----CA-------TA--------------------TTTG--GTCGTA----TAT-GT-AAA---CA-AA-ATATTCATACAAACG-TAAAGCCGATTTCTTTTTTGTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGCTGGAAAGTGCTGGTTGTACATTC-GGTAT-ATCAAAATGCTTAATCAAACTAG-----ATTTTTTAGA-G-T----------TTTT---TGTT----TGCAATCTC---AATT-GTATTGAACGAAACT----GT-----ATA-----TTT--ATTTATACCACCT----ATG---TA-TGTTTAACATCA--TTCAT--TATT---TATTTAACTT--TA-AAA----TA-AAAATAAA--ATTAATTATTTAAGTT--TGTAGATAAACACATTATCTCTGT------TGGTCGAACATAATC
gi|6 : aaatatcataattaatacgcaattgtAGGACCT-CCA-AATGTGAAA----A------TGG--TCAT--A--TATG-TGAAA----A---TGAAAATGGTCA--T--ATGTGAAAATGGTCATA-TATGTGAAATA--A----TTTTACCTCATAC------ATGGTTGTAAAAACT----------------------T----------A--------------------TCAAAAATGAGAAA---TCTAAATTGTAAA-A--A----T--------G--TCGATGTTACATATGTT---GTCAT-AA-AACA-CGTCAGAAA-TGTAAATA-T--A--------GTTTTTT--GTCACA----TGT-GTAAAAA--TTG-A-GTATTCTCACAAATG-CGAAACCGATTT---TTCCTTTTA-AAATATGAAACTGAATATTATTTG-AAGG-------TGTACATTC-AGTAC-GTTAAACTGCTTAATCAAACTAG--AACATAGATCAGAAA-C-TG--TTCAATTTTGCATGTTGAAATAC-ATTTA---AAAT-ACA-TTAAAATAACTGATTATAG---ATA-----T--AAGTTTATTttgctgcactgtcgggtgatgtatgtgttggggtgtggtgaggggaagggaagcgacacgccatcgacaagacattttgattattcattacccttccatatacttgtttgatgttcattagtaactaacatcgcacgttctgtgctgttaaacctcttgttttgtgtttaatctcaaacgaaacttcgatcccatcaaaggaaacaatactcaac
gi|8 : ttgcAGGAACC-CCA-AATGTGAAA----A------TGG--TCAA--A--AATG-TGCAA----A---TTG------TCA--AAAATGTTAA-------ATAGTTT------TAC-A-------------ACAT------A----TGGAAAAACTTTCCA-----------------G----------AAATATGAAACATACAAAAATTT----------AA---TG-------TAAA-ACTG----T--------G--GCGATGTT-CACATA-T---GCCAT-AA-AAAA-CGTCA-TAGATGTAAAAA-AACAACA-A--------------CACA-----------ACAA--CA-----------TACACATG-TGAAACTGATTT---TTCCCTCTGGAAAT-----AC-------TAGTTG-AAAGTGTTTGTTGaaatgattt
gi|14 : tgtAGGACCC-CAA-A-TGTGAAA----A------TGG--TCGC--A--AATG-TTGAA----AATGTGA------AAA--AAAATGTGAA-------Agtcaacaaacgtacgatgcaatttaatcagtgaa
gi|18 : gtctgcAGGACTTTCGA-AATGTGAAA----A------TGC--TCAC--A--AATGATTAA---------TGAGTTTA-CCA--CATACGTACA-------A-------------ACCA----T-----CA-AAAA------A----TGTAAATCCT----------------------A----------A--------------------A-----------AA---TG-------TAAA-A--A----T--------A--ACGATGGG-CACATA-T---GTCAC-AA-Aacaaaatcgcagatgcaaaaatggacacacatttgaaatattgttcccatatatctttcaaaccaaatgaaagaagttgttacaatggtcacatattaggtcataaaaacgtcaccaatatcaaaccattctttgtcacat
gi|2 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgtGGACCCATAA-AA-GTGAAA----A------TAG--TCAC--A--GATG--TAAA----A---T-------------CAAAT-TG-----------------------ACCA-------------A-AT------A----CGTAAAAACT----------------------GTGATACCTGCA--------------------TA----------AA---CG-------TAAA-A--A----T--------G--ACAATGGT-CGTCGA-T---GTCAT-CA-AC-A-CGTCAC-------AAAAA-T--AA-A-TA-CATTTTTG--GTCACATAACTAC-GT-AAAA--TAAAT-ATATTCCTACAAACA-TGAAACTTAT-T---TTGCCTCTAGAAAAATTAAAGTGAATATAGGATT-AAAGTGTATGTTGTACATTC-AGTAT-GTCGAAATGCTTAATCTAGCTTG--AACATAGATCAGAAACT-T---TTT-ATTTT---TGTT----TCC-ATC-A---AAATAGTA-TTGAATGAAT-----AT-----ATA-----TT----TTCATTCTTTCAATTGATG---TA-TTTTTGAAATGACTTTTAT--T-TT------GTGG-TT--AACAAA-----G-AC-------TATTCAGTGTTTA--TTCCTGCATGTC-GTACATTATCTataaatttttggtca
gi|19 : atttgaacttcaaccttgttatatcgggtacgggGACCC-CCA-A-TGTGAAA----A------TAG--TCAC-----AATG-TATAA----A---TGG------TCA--TCAATGTAAA-------ATA--------------------TTTGACC-ACAT------A----TTTAAGAACTTTCCAAAAATATGAA-------A----------A--------------------TT----------AAAAGTA-------TCAT-A--A----T--------G--ACAATGTT-CACATA-T---GTCAT-AA-A-AA-CGTCACAAA-TTCAAAAA-tagttgctccgtggtatggagcttcatcgacctgatttttttatttact
gi|23 : tacACCC-CAATGATATGAAA----A------TTG--TCAC--A--AAGG-TGAAA----A---TGA------TCA--TGACAGTAAA-------ATAGTAT------TGCAA----CATAG----AAAC------A----CATAAAAACT----------------------catttttgttata
gi|15 : tgtaaACCC---A-CATGTGAGA----A------TGG--TCACAAA--AATG-CGAAA----A---TAG------TCACGCGAATGTGGA-------Attccacatatgttaaacccac
gi|12 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatcCCC-CCA-AATATGAAG----A------TGG--TCAC--A--AATA-TTAAA----A------------------AAGTCTGAT-------ATATCA-------AATCA----TTTTATC--ACAT------A----TATAAAAAATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAA----------A--------------------TTA---------AA---CC-------TACA-A--A----TGTAAAAATG--ACGATGTT-TATAT------GTCAT-AA-A-AT-CGTCACAAA-TGT---AT-A--AACA-A------TTTG--GTCAAA----TAA-GT-AAA------AA-ATATatggttacaaaagcggaataattataccacataagtgaaacatgcaaatgtaaaaagttttagtagtgacacatgtcataaaaatatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|14 : AA-AATGTGAAA----A------CAAAATCGC--A--GATG-CAAAA----A---TGG------ACA--CACATTTGAA-------ATATTGT------TCCCA----T--------ATAT------C----TTTCAAACCA----------------------A----------A--------------------TG----------AA-------------AGA-A--G----TT-------GTTACAATGGT-CACATA-TTAGGTCAT-AA-A-AA-CGTCACCAA-TAT-----------CA-AACCATTCTTT--GTCACA----Tgctaaaatgcttactgaaact
gi|15 : gtctgcaggaccccaaatgtgaaaatggtcgcaaatgttgaaaatgtgaaaaAA-AATGCGAAA----A------TAG--TCAC--GCGAATG-TGGAA----A---TGG------TTA--CAAAAGCGGA-------ATA--AT------TA----------TACC--ACAT------A----AGTGAAACAT----------------------GC---------A--------------------------------AA---TG-------TAAA-A--AGTTTT--------A--GTAGTGAC--ACATG------TCAT-AA-A
gi|9 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatcacccacatgtgagaatggtcacaA-AATGTGAAA----ACATTTTTGG--TCAC--A--AATG-T---A----A--------------A--CAAATGTGAA-------aatatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|5 : aaaacgtcac-AATGTGAAA----A------TGG--TCAC--A--AATG-AGAAC----A---TTG------TTA--CAAGTACGAT-------TTA-TGT------AAACA----CTTT--CC-ACAA------A----TGTGAAAACT----------------------A----------G--------------------CTGTTACA----AA---TG-------TAAA-A--A----T--------T--ACGATGGT-CACAT--T---GTCGT-AA-A-AG-CATCATAAA-TGT---AA-A--AAC-------CTTTTT--GTTCCA----TGT-GT-AAAACTTAG------TT-CTGCAAATG-TAAAACCGATTT---ATGCCCCTATAAATGCGAAACC--------GTTG-CAAATGTTTCTTGTACATTCAAATAT-GTTGCAATGCTTAATCAAACTAGAGATTAGAT----GATA-T-TGTCTTC-ATTAT---GTTT----TACTATCTC---AATT-GTT-TCAAAATGAA-----ATAT---ATATTTGTTTTACATTTGTAACGTCA----AGGTTTTA-TATTTGAGA-AA--TTTAT--T-TTAGATATGTGG-----TA-AAA-TTATATACATCGAAcccgatttccccgctataaagtgagaccacatattggttgaaagagtgtgctgtacattcagtatgttgaaatgtttaagcgaacttgaacatatatatcagaaacgttttacttttgttttctgtctccaaaaatgtatcgaaagaaaatatattctgatttattctatcggtgtgtttttggtttgcttattaaaatttacataaaaat
gi|7 : aaaatatacgaaccattataatatgtaaaggATGTGAAAGCAAA------AGA--TCAC--A--CATG-TGAAAGAAAA---TAG------TCA--CATATGTGAA-------ATATTCT------TACCACATATTTTAAC--ATTTTTCACAA----TGTTAAACCT---------------------------------A--------------------CC----------AA---TG-------TAAA-A--G----T--------G--GCGATGAT-CACATA-T---GTCCT-TT-A-AA-CGTCACAAA-TGTATTACTA--AACA----CATTTCTG--GTCACA----TAT-GT-GAAA-----AA-ATACTCCTTCAAATG-TGTAGCCGAT-T---TTCTCTCTATATAT--AAAACAGAATATTGGTTA-AAAGCGTT-GTTGTACGTCC-AGAATAGTTAAA-TGCTTAATCAAACT---GAATATATTTCAGAAA-T-TG--TTC-AATTT---TGTT----T----TTTT---A-----TG-GGAAAAGAA---------------A-----TCCTAATTTATTCTATAT----ATG---CG-TTTTT
gi|22 : A----TTTTACC--ACAT------G----TGTAAA---T---------------------------------A--------------------TT---------------TC-------CACA-A--A----TTT------A--ACAATGTG-TACCTA-T---GTCAT-AA-A-AA--GTCACAAT-TGTAAAAA------CA-------TTTTA--GTAGCA----TAT-GT-AAAA-----AATATATTCCTATGAATG-TGAAATCG--GT---TT
gi|4 : a------A----TGTAAAACCT------------------------------------------------------TC----------AA---AC-------GAAAGA--A----A--------A--ACGATGGT-TACATA-C---GTCAT-AAGAAAA-CGTCACAAA-TGTAAAAA-A--A-CA-AA-CA-TTTTACGGTCACA----CAC-GT-AAAA------A-ATAT-GCTAC-AATGGCGAACACGATTT---TCCTTTCTAGAAATATGGAAGCGACTGATCGCTG-TAAGTGTTTGCTGTACATTC-AATAC-GTTGAAATGCGTAATCCA--TAGAA--CATAGATCAGAAA-CAT---TTC-ATTTT---TATT----TTTAATCTC---CGTT-GTA-CCGAAAGAAA-----ATCT---AT------TTTTAATTAATTCTTTCG----AAG---TA-ATTTCAACAACA--CGTATTAT-TT---TA--TGA-TTAGTA-AA---GGAG-GCGTTAGAATATTCAGCGTTCAAGTC--AGCAGGTACACACATTATTCTTTC------AGCCTGTACGTTACCGGAGCTt
gi|24 : ttttaccacatgtaaattcctccacaa------A----TGTGAAACCT----------------------A----------A--------------------A-----------AA---TT-------TAAA-A--AA---T--------G--ACAATGGT-CACATT-T---GTAAT-AA-GTAATCGTCACAAA-TGGAAAAA-A--AATACAA-Cgctcggtgggagtggggtgacaa
gi|21 : ----------AA---TA-------TAAA-A--G----T--------T--ATGAAAGT-CACATA-G---TTCAT-AA-AAAAACGTCACAAA-TGTGAAAA------CA-TA----TTTTG--GTCACA----TTTTGT-AAAA--TAAAG-ATATTCTTACAAATG-TGAAATC------------CTCTAGAAATTTGAAACCGAATATTGGTTA-AAAGTGTTTGTTGTattgtaag
gi|17 : ttctca-------TAAA-C--G----T--------G--ACGATGGT-CACATA-T---ACCATGAA-ACA--CGTCAAAAA-TGTAAAAT------CA-TA----TTTTG--GTCA-----------T-AAAA--C------TATTCCTTCAAATA-TGAAAC-GATCT---CAATCCCCAGAACAGTGAAACCGCATATCTTTTG-ACA--GTTTATTGTAt
gi|9 : tataaaggAA-CGTCACAAA-TGTGAAAA------------CATTTTTG--GTCACA----AAT-GT-AAA------------------CAAATG-TGAACCCGAT-T---TCCCCGCTATAAAGT-GAGACCACATATTGGTTG-AAAGAGTGTGCTGTACATTC-AGTAT-GTTGAAATGTTTAAGCGAACTTGAACATATATATCAGAAA-CGT---TTT-ACTTT---TGTT----TTCTGTCTCCAAAAAT-GTATCGAAAG-AAA-----AT-----ATA-----TTCTGATTTATTCTATCG----GTG---TG-TTTTTGatgcttaatctatcgagaacttagatcgggcacttctcat
gi|10 : aaGAAATTTGTTT---AATTGTTTGTC-------C-AGTAT-GTTGAAATGCTTAGTTGAGCTAGAA--CATAGATTAGAAA-T-T---T------------GTT----TTA-ATCTC---AACT-GTA-CAATAAGAAC-----ATACGATATG-----TTCAAATTTATTCTCTCA----ATG---TA--TTTTGACATgtttgcttattaaaatttacataaaaat
gi|11 : gagca-----TTTAAATT-ATTATATTA----ATG---CAATTTTT---ATGG--T--------------AAAC----------AAA-GCGTG-ACAATAAAATGTTT-GTATTTATATT--TGTGGGTAAACAC-TTATTTATTT------AGTTAGTACATTATCTGGGCTcaaaaaaacccccccccccccccccccccccccccggtgacattaaaacatacagttttaagtttgtaaacaaacctattattcttgctctttaaggtcgtacatcgtt
gi|13 : AAATATATTCTATCG----GTG---TA-TTAT-AACATCA--TATAT--T-AT---TTCGTGG-TT--AA-CAACGAAAG-CCATCAAAATATTAGGAGTTTACGTT--TGTGGGTAAACACATTATTCATGC------AGCTCG-----TATCTGAGCTactccggtaggataggggatggtaagacatcatcgacaagatgttattgattattcattaactcttgcatatatttgttttttcaatattggctagcatttcatgttc
gi|16 : GTGG-TT--AACAAA-TAGTG-ACTTAAAAATATTCATTATTTAAG------------AA-----TAATCCTGC------TGGCCGCACACTGTTTGAGCTgatctgccatcgatcagatagttcgctcgattatttaatcttacacatatttgttctattctcattagtggttagcattacatgc
gi|10 : atttcGGTG-ACATTAAAACATACAGT-TTTAAGTT--TGTAAACAAACCTATTATTCTTGCTCTTTAAGGTCGTACATCGTTcatccattggggcgagggtttggcaacacgtcaccaaccaactattttatttattcgttaactcttccaattttatttttcattttcattagtgactactattgcttgttcatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATTGTTTTTCAACACCAGAAGAAACTTCAGATCCCATCAAAGGAAATAATATCCGACATTCAAATGTGCCAAACTGTCGTCTAAATGTAATTTGTTAATGAATGTTGAATTGATTTCCAACTCTCATTATCTGTTAAAGGAATTATTTAATAAACCGATA
Unaligned ( gi|25 ): TGAGAAAATGGTCACACATGTAAAAAAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444 33333333 22 11111 2 11 444444444444444444444 22222222 2222222 111 111111
lowQualScore : 3 4 3 5555 33 33 66 2 5555 77 1111 33 1 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 55 77 33 2 333 333 55 2 5555 2 44444444444444 4 2 8888888888 00000000 0 4 77777 0 666666 0 1 44 3 3 3 44 44 3 5 3 3 55 1 3 99999 4 777 9999 1 2 7777 1 00 111111111111111111111 8 0 777 11 66 1 66 8 44444444 33 4444444 111 0 66 22 0 4 0 0 0 222 0 3 1 444444 1 2
lowQualScore : . . . .... .. .. .. . .... .. .... .. . . ....................................................................................................................................... .. .. .. .. . ... ... .. . .... . .............. . . .......... ........ . . ..... . ...... . . .. . . . .. .. . . . . .. . . ..... . ... .... . . .... . .. ..................... . . ... .. .. . .. . ........ .. ....... ... . .. .. . . . . . ... . . . ...... . .
lowQualScore : 6 5 1 7777 77 77 33 1 7777 55 1111 99 9 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33 55 11 0 999 999 88 1 5555 4 11111111111111 7 5 5555555555 66666666 7 1 11111 4 888888 5 4 44 6 3 3 66 00 6 5 8 5 44 0 5 66666 0 888 4444 0 2 9999 0 11 000000000000000000000 6 9 888 44 99 6 99 9 66666666 11 5555555 000 5 99 88 1 2 2 1 2 444 1 1 0 444444 0 2
consensus : AGGACCC-CCA-AATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG--TGAAA----ATG-GT----CA--CAAATGTGAAATA-T-NTT--AC------------C------AT----------TTTA---------C--ACATA--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T-T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATAT---GT---CATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AGTAC-GTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAACTN--TTC-ATTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGAAAGAA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TTTAT--T-TT---T-A-GTGGTTAA--A----AA-N-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
Reference ( family-1236 ) : AGGACCC-CNA-AATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG--TGAAA----ATG-GT----CA--CAAATGTGAAATA-T-ATT--AC------------C------AT----------TTTA---------C--ACATA--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T-T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATAT---GT---CATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AGTAT-GTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAAAACATANATCAGAAATTG--TTC-ATTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AANTGTACGAAAAGAA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATNA--TTTAT--T-TT---T-A-GTGGTTNA--A----AA-N-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCNTGC------AGNTCGTACATTATCTGAGCT
gi|1 : AGGATCC-CTA-AATATGAGA----ATAG--TCAC--AAATG--TGAAC----ATC-AT----CA--CATATGTAAAATA-----------------------------AG----------TTTA---------CC-ACATA--TGTATAA---ACT----------------------G----------A---T----------------------------A--A--TG--A---TGGTCCCATGT---GT---CATAA-----------------------------------CAA-CAT-ATT-TGGTCGTA----TAT---GTAAA-CA--AA-ATATTCATACAAACG-----TAAAGCCGATTTCTTT--TTTGTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGCTGGAAAGTGCTGG-TT-GT--ACATTC-GGTAT-ATCAAAATGCTTAATCAAACTAG-----ATTTTTTAGA----G--T----TTTT---TGTT----TGCAATCTC---AATTGTATTGAACGAA-----ACTGT---ATA-----TTT--ATTTATACCACCTATG---TATGTTTAACATCA--TTCAT--TATT---T-A-----TTTA--ACTTTAA-A-ATAA--AAATAAA--ATTAATTATTTAAGTTTGTAGATAAACACATTATCTCTGT------TGGTCGAACATAATCT
gi|10 : aaatatcataattaatacgcaattgtTGTTTAATT-GT--TTGTCC-AGTAT-GTTGAAATGCTTAGTTGAGCTAG--AACATAGATTAGAAA------------TT---TGTT----TTA-ATCTC---AACTGTACAATAAGAA-----CATACGATATG-----TTCAAATTTATTCTCTCAATG---TA-TTTTGACATCA--ttgctgcactgtcgggtgatgtatgtgttggggtgtggtgaggggaagggaagcgacacgccatcgacaagacattttgattattcattacccttccatatacttgtttgatgttcattagtaactaacatcgcacgttctgtgctgttaaacctcttgttttgtgtttaatctcaaacgaaacttcgatcccatcaaaggaaacaatactcaac
gi|10 : gagcagaaatt-GTGA--CATTAAAACATACAGT-TTTAAGTTTGTAAACAAACCTATTATTCTTGCTCTTTAAGGTCGTACATaaaaaacccccccccccccccccccccccccccggtgacattaaaacatacagttttaagtttgtaaacaaacctattattcttgctctttaaggtcgtacatcgtt
gi|11 : gagcagaaatttgtttaattgtttgtccagtatgttgaaatgcttagttgagctagaacatagattagaaatttgttttaatctcaactgtacaataagaacatacgatatgttcaaatttattctctcaatgtattttgacatcaaaaaaacccccccccccccccccccccccccccgAT--T-TT---T-A--TGGTAAACAA----AG-C-GTGA--CAATAAAATGTTT-GTATTTATATTTGTGGGTAAACAC-TTATTTATTT------AGTTAGTACATTATCTGGGCTcgtt
gi|12 : tttaaattattatattaatgcaCCC-CCA-AATATGAAG----ATGG--TCAC--AAATA--TTAAA----AAA-GT----C-------TG----ATA-T-ATCAAAT------------C------AT----------TTTAT--------C--ACATA--TATAAAA---AATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAA----------A---T-T------A-AACCTACAAATGTA--AAA--A--TG--ACGATGTT--TATAT---GT---CATAA--A-A-T--CGTCACAAATGT----ATAA-----ACAA------TT-TGGTCAAA----TAA---GTAA---A--AA-ATA-TGCTA-AAATGCTTACTGAAACactccggtaggataggggatggtaagacatcatcgacaagatgttattgattattcattaactcttgcatatatttgttttttcaatattggctagcatttcatgttc
gi|13 : AAATATATTCTATCGGTG---TATTAT-AACATCA--TATAT--TATT---T-C-GTGGTTAA--C----AA-C-GAAAGCCATCAAAATATTAGGAGTTTACGTTTGTGGGTAAACACATTATTCATGC------AGCTCG-----TATCTGAGCTt
gi|14 : AGGACCC-C-A-AATGTGAAA----ATGG--TCGC--AAATGT-TGAAA----AT--GTGAA-AA--AAAATGTGAAA----------AC------------A------AA----------AT-----------C--GCAGA--TGCAAAA---ATG----------------------G----------A---CAC------ACA---------TTTG--AAAT-A--T-------TGTTCCCATAT---AT---CTTTC--A-A-A--C----CAAATG-A-AAGAAGTTGTTACAA---------TGGTCACA----TATTAGGTCATA-A--AA-ACGT---CACCAATA-----TCAAACC-ATTC---T--Tgatctgccatcgatcagatagttcgctcgattatttaatcttacacatatttgttctattctcattagtggttagcattacatgc
gi|14 : gtctgcA-AATGTGAAA----ACAAAATCGC--AGATG--CAAAA----ATG-GA----CA--CACATTTGAAATATT-GTT--CC------------C------AT--------------------------ATATC--TTT-CAA---ACC----------------------A-----------------------A-A---------TGAA--AGA--AGTTGTTACAATGGTCACATATTAGGT---CATAA--A-A-A--CGTCACCAATAT-----CAA-----AC---CAT-TCT-TTGTCACA----Ttgtcacat
gi|15 : gtctgcaggaccccaaatgtgaaaatggtcgcaaatgttgaaaatgtgaaaaaC-CCA-CATGTGAGA----ATGG--TCACAAAAATG--CGAAA----ATA-GT----CACGCGAATGTGGAA-A-TGGTT--ACAAAAG-------CGGAATAAT----------TATAC--------C--ACATA--AGT-GAA---AC----------------------------------A---T-GCA----A-A---------TGTA--AAA--AG-TT--TTAGTAGTGACACAT---GT---CATAA--A-A-A--
gi|16 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatca-TT---T-C-GTGGTTAAC-A----AA-TAGTGA--CTTAAAAATATTCATTATTTAAG---------AA------TAATCCTGC------TGGCCGCACACTGTTTGAGCTtatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|17 : a----------A---T-A------A-A---------GGTA--AAC--G--TG--ACGATGGTCACATAT---AC---CATGA--A-ACA--CGTCAAAAATGTA-AA-----------AT-CATATTT-TGGTCA-------------TAAAAC-------TATTCCTTCAAATA-----TGAAA-CGATCT---CAATCC--CCAGAACAGTGAAACCGCATATCTTTTG-ACA--GTTTA-TT-GT--------------------AATGCTTAATCTA--TCGAGAACTTAGATCGGGCACTT--CTC-ATcatccattggggcgagggtttggcaacacgtcaccaaccaactattttatttattcgttaactcttccaattttatttttcattttcattagtgactactattgcttgttcatt
gi|18 : tAGGACTTTCGA-AATGTGAAA----ATGC--TCAC--AAATGATT---A----ATGAGTTTACCA--CATACGTACAA----------AC------------C------AT----------C--A---------A--AAA-A--TGTAAAT---CCT----------------------A----------A---A--------A-A---------TGTA--AAA--A--TA--ACGATGGGCACATAT---GT---CACAA--A-A-
gi|19 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgtGACCC-CCA-A-TGTGAAA----ATAG--TCAC--AA-TG--TATAA----ATG-GT----CA--TCAATGTAAAATA-T-TTG--AC------------C------ACATA-------TTTAAGAACTTTCC--AAAAA--TATGAAA---ATT----------------------A----------A------------A-A----------GTATCATA--A--TG--ACAATGTTCACATAT---GT---CATAA--A-A-A--CGTCACAAATTCA-AA-----------AA-CAT-TTT-TGtaaatttttggtca
gi|2 : tacGGACCC-ATA-AAAGTGAAA----ATAG--TCAC--AGATG--T-AAA----AT------------CAAAT-TG-------------AC------------C------A--------------A--------------ATA--CGTAAAA---ACT----------------------GTGATACCTGCA---T-A------A-A---------CGTA--AAA--A--TG--ACAATGGTCGTCGAT---GT---CATCA--A-C-A--CGTCACA-----A-AAATAA-----AT-A-CAT-TTT-TGGTCACATAACTAC---GTAAAATA--AATATATTCCTACAAACA-----TGAAACTTA-TT---T--TGCCTCTAGAAAAATTAAAGTGAATATAGGATT-AAAGTGTATG-TT-GT--ACATTC-AGTAT-GTCGAAATGCTTAATCTAGCTTG--AACATAGATCAGAAACTT--TTT-ATTTT---TGTT----TCC-ATCAA---AATAGTATTGAATGAA-----TATAT---ATT-----TTC--ATTCTTTCAATTGATG---TATTTTTGAAATGACTTTTAT--T-TT-------GTGGTTAA--C----AA-A---GA--C-------TATTCAGTGT---------------------TTATTCCTGC------ATGTCGTACATTATCTTAGTTttata
gi|21 : atttgaacttcaaccttgttatatcgggtacggg------A-A---------TATA--AAA--G--TT--ATGAAAGTCACATAG---TT---CATAA--A-A-AAACGTCACAAATGTG-AAAA------------CATATTT-TGGTCACA----TTTT--GTAAAATA--AAGATATTCTTACAAATG-----TGAAATC--------------CTCTAGAAATTTGAAACCGAATATTGGTTA-AAAGTGTTTG-TT-GT--gctccgtggtatggagcttcatcgacctgatttttttatttact
gi|22 : ttctca------AT----------TTTA---------CC-ACATG--TGTAAA------T----------------------A----------T---T-TCCACA-A-A---------TTTA--ACA--A--TG------TG--TACCTAT---GT---CATAA--A-A-A---GTCACAATTGTA-AAAA------------CAT-TTT--AGTAGCA----TAT---GTAAAA-A--AT-ATATTCCTATGAATG-----TGAAATCGGTTT---T--t
gi|23 : aACCC-CAATGATATGAAA----ATTG--TCAC--AAAGG--TGAAA----ATG-AT----CA--TGACAGTAAAATAGT-ATT--GCAACATAGAAACAC------ATAAAAAC----TTTC---------C--ACATA--TGTTAAA---
gi|24 : tgtaaA--TGTGAAA---CCT----------------------A----------A---A--------A-A---------TTTA--AAA--AA-TG--ACAATGGTCACATTT---GT---AATAAGTA-A-T--CGTCACAAATGGA-AAAAAAAT---ACAA-CAT-Tcccac
gi|3 : AGGACCC-CAA-AATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG--TTAAA----ATG-AT----CA--CAAATGTGAAATACT-ATT--AC------------C------AT----------TTTG---------CCTATATA--TGTAAAA---ACT----------------------G----------A---T-T------A-A---------TCTA--AAA--A--TG--ACGATGGCCACATGC---GT---CATAA--ACA-A--CGTCACTAGTGTA-AAAAAA-----ACAAACGC-TTT-TAGTCACA----TAT---GTAAAATAG-AA-ATATTATTACGAATG-----CGAAACCGATGT---T--TACCTCCAGAAATTTGAAACCGAATTTTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-GGCAT-GTTGAACTGTTCAATCAAACTAGAAAATATATATCAGATATT---TTC-ATTTT---TGTT----TCCTATCTT---AAATGTACGAAAATAA-----CATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCAATG---TATTTTTGACATGG--TGTAT--T-TT---TAA-GTGGTTTA--A----AAGG-GTGA--CATTGAAATATTCAGTATTTAAGTTTGTATGTTAACACATTATTTCTGC------AGGTCATACGTTATTTGAGCTgtaag
gi|4 : ---------C--ACAAA--TGTAAAA---CCT-------------------------------------T-C------A-AA--------CGAA--AGA--A--AA--ACGATGGTTACATAC---GT---CATAAGAA-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----CAAA-CAT-TTTACGGTCACA----CAC---GTAAAA-----A-ATATGC-TACAATGG-----CGAACACGATTT---T--CCTTTCTAGAAATATGGAAGCGACTGATCGCTG-TAAGTGTTTG-CT-GT--ACATTC-AATAC-GTTGAAATGCGTAATCCA--TAG--AACATAGATCAGAAACAT--TTC-ATTTT---TATT----TTTAATCTC---CGTTGTACCGAAAGAA-----AAT-----CTAT----TTTTAATTAATTCTTTCGAAG---TAATTTCAACAACA--CGTATTAT-TT---T-A--TGATTAGT-A----AA-G-GAGG--CGTTAGAATATTCAGCGTTCAAGTCAGCAGGTACACACATTATTCTTTC------AGCCTGTACGTTACCGGAGCT
gi|5 : ttttaccacatgtaaattcctc-AATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG--AGAAC----ATT-GT----TA--CAAGTACGATTTA-T-GTA--AA------------C------AC----------TTTC---------C--ACAAA--TGTGAAA---ACT----------------------A----------G---C-TGTTACAA-A---------TGTA--AAA--A--TT--ACGATGGTCACAT-T---GT---CGTAA--A-A-G--CATCATAAATGTA-AA-----------AA-CCT-TTT-TGTTC-CA----TGT---GTAAAAC------TTAGTTCTGCAAATG-----TAAAACCGATTT---A--TGCCCCTATAAATGCGAAACC--------GTTG-CAAATGTTTC-TT-GT--ACATTCAAATAT-GTTGCAATGCTTAATCAAACTAGAGA--TTAGAT--GATATTGTCTTC-ATTAT---GTTT----TACTATCTC---AATTGTTTCAAAATGA-----AATAT---ATATTTGTTTTACATTTGTAACGTCAAGGTTTTATATTTGAGA-AA--TTTAT--T-TTAGAT-ATGTGGT--A--A----AA-gctcggtgggagtggggtgacaa
gi|6 : aaaatatacgaaccattataatatgtaaaggAGGACCT-CCA-AATGTGAAA----ATGG--TCAT--ATATG--TGAAA----ATG-ttatatacatcgaa
gi|6 : ttgcTGAAA----ATGG--TCAT--A--TG--TGAAA----ATG-GT----CA--TATATGTGAAATAAT-TTT--AC------------C-------------------TCA---------T--ACATGGTTGTAAAA---ACTTATCAAAAATGAGA--------A----------A---TCT------A-AAT-------TGTA--AAA--A--TG--TCGATG-TTACATAT---GTTGTCATAA--A-ACA--CGTCAGAAATGTA-AATATA-----G------T-TTT-TTGTCACA----TGT---GTAAAA-ATTGA-GTATTCTCACAAATG-----CGAAACCGATTT---T--TCCTTTTA-AAATATGAAACTGAATATTATTTG-AAGGTGT-----------ACATTC-AGTAC-GTTAAACTGCTTAATCAAACTAG--AACATAGATCAGAAACTG--TTCAATTTTGCATGTTGAAATAC-ATTTA---AAATACATTAAAATAACTGATTATAG---ATA-----T--AAGTTTATTaaaatggtcatatgtgaaaatggtcatatatgtgaaataattttacctcatacatggttgtaaaaacttatcaaaaatgagaaatctaaattgtaaaaatgtcgatgttacatatgttgtcataaaacacgtcagaaatgtaaatatagttttttgtcacatgtgtaaaaattgagtattctcacaaatgcgaaaccgatttttccttttaaaatatgaaactgaatattatttgaaggtgtacattcagtacgttaaactgcttaatcaaactagaacatagatcagaaactgttcaattttgcatgttgaaatacatttaaaatacattaaaataactgattatagatataagtttattaaatgattt
gi|7 : ttgcaggacctccaaatgtgaaaatggtcatatatgtgaaaaATGTGAAAGCAAAAGA--TCAC--ACATG--TGAAAGAAAATA-GT----CA--CATATGTGAAATATT-CTT--AC------------CACAT--AT----------TTTAACATTTTT-C--ACA-A--TGTTAAA---CCT---------------------------------A---C-C------A-A---------TGTA--AAA--G--TG--GCGATGATCACATAT---GT---CCTTT--A-A-A--CGTCACAAATGTATTACTAA-----AC-A-CAT-TTC-TGGTCACA----TAT---GTGAA--A--AA-ATACTCCTTCAAATG-----TGTAGCCGA-TT---T--TCTCTCTAT--ATATAAAACAGAATATTGGTTA-AAAGCG-TTG-TT-GT--ACGTCC-AGAATAGTT-AAATGCTTAATCAAACT---GAATATATTTCAGAAATTG--TTC-AATTT---TGTT----TTT-----------TTATGGGAAAAGAA---------------A-----TCCTAATTTATTCTATATATG---CGTTTTTaaatgattt
gi|8 : AGGAACC-CCA-AATGTGAAA----ATGG--TCAA--AAATG--TGCAA----ATT-GT----CA--AAAATGTTAAATAGT-TTT--ACAA----------C------ATATGGAAAAACTTTC---------C--AGAAA--TATGAAACATACA----------------------A----------AAATT-T------A-A---------TGTA--AAACTG--TG--GCGATGTTCACATAT---GC---CATAA--A-A-AA-CGTCATAGATGTA-AAAAAA------CAA-CA-----------ACA----C---------AACA--A-------CATACACATG-----TGAAACTGATTT---T--TCCCTCTGGA------------AATACTAGTTG-AAAGTGTTTG-TTGGTCAACAAAC--GTAC-GATGCAAT--TTAATC
gi|9 : tgtA--A-A-A--CGTCACAAATGTG-AAAA------------CAT-TTT-TGGTCACA----AAT---GTAAA-----------------CAAATG-----TGAACCCGATTT---C---CCCGCTATAAA-GTGAGACCACATATTGGTTG-AAAGAGTGTG-CT-GT--ACATTC-AGTAT-GTTGAAATGTTTAAGCGAACTTGAACATATATATCAGAAACGT--TTT-ACTTT---TGTT----TTCTGTCTCCAAAAATGTATCGAAAGAA-----AAT-----ATA-----TTCTGATTTATTCTATCGGTG---TGTTTTTGGT-TTG--CTTAT--T-agtgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATTGTTTTTCAACACCAGAAGAAACTTCAGATCCCATCAAAGGAAATAATATCCGACATTCAAATGTGCCAAACTGTCGTCTAAATGTAATTTGTTAATGAATGTTGAATTGATTTCCAACTCTCATTATCTGTTAAAGGAATTATTTAATAAACCGATA
Unaligned ( gi|25 ): TGAGAAAATGGTCACACATGTAAAAAAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444 33333333 111 11111 22222222 111111 3333333333333 1 22222222 111 11 111 111111
lowQualScore : 3 33 6666 33 33 000000 6666 666666 33 77777777777777777 2 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 55 77 33 333 333 55 2 5555 2 44444444444444 4 2 8888888888 00000000 0 4 77777 0 666666 0 1 44 3 0 3 3 44 44 55 5 5 1 999 1 11111 4 8888 777 55555555 7777 1 3 4 4 222222 2222222222222 8 0 777 22 77 3 77 0 11111111 333 66 000 0 66 22 0 4 0 0 0 222 0 3 0 444444 2 3
lowQualScore : . .. .... .. .. ...... .... ...... .. ................. . .. ............................................................................................................................................................. .. .. .. .. ... ... .. . .... . .............. . . .......... ........ . . ..... . ...... . . .. . . . . .. .. .. . . . ... . ..... . .... ... ........ .... . . . . ...... ............. . . ... .. .. . .. . ........ ... .. ... . .. .. . . . . . ... . . . ...... . .
lowQualScore : 3 99 1111 99 77 333333 1111 666666 99 11111111111111111 9 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33 55 11 999 999 88 1 5555 4 66666666666666 7 5 5555555555 66666666 7 1 11111 4 888888 5 4 44 6 5 3 3 66 00 00 5 5 3 000 0 11111 0 5555 888 33333333 9999 3 6 4 4 111111 0000000000000 6 9 888 44 99 3 99 0 55555555 888 99 333 5 99 88 1 2 2 1 2 444 1 1 2 444444 2 1
consensus : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
Reference ( family-1236 ) : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TNTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TTTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
gi|1 : AGGATCCCT-AA--ATATGAGA----ATAG--TCAC--AAATG------TGAAC----ATCAT---CA--CA----T------------ATG-TAAAAT-A----------------------------A----G----------TT---TA---------CC-A---CAT------A--TGTATAA---ACT----------------------G----------A---T-----------------------------------A--A--TG--A---TGGTCCCATG---T---GTCATAA-----------------------------------CAA-CAT-ATT-TGGTCGTA----TAT---GTAAA-CA--AA-ATATTCATACAAACG-----TAAAGCCGATTTCTTT--TTTGTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGCTGGAAAGTGCTGG-TT-GT--ACATTC-GG--TATATCAAAATGCTTAATCAAACTAG----------------AT--TTTTT-AGAGTTTTT---TGTT----TGCAATCTC---AATTGTATTGA-ACG-AA-----ACTGT---ATA-----TTT--ATTTATACCACCTATG---TATGTTTAACATCA--TTCAT--TATT---T-A-TTTAACTTTAA--AA----TAA--AAATAAA--ATTAATTATTTAAGTTTGTAGATAAACACATTATCTCTGT------TGGTCGAACATAATCT
gi|10 : aaatatcataattaatacgcaattgtTGTTTAATT-GT--TTGTCC-AG--TATGTTGAAATGCTTAGTTGAGCT--AGAACATAGATTAGAAA----------------TT---TGTT----TTA-ATCTC---AACTGTA-CAATAAG-AA-----CATACGATATG-----TTCAAATTTATTCTCTCAATG---TA-TTTTGACATCA--ttgctgcactgtcgggtgatgtatgtgttggggtgtggtgaggggaagggaagcgacacgccatcgacaagacattttgattattcattacccttccatatacttgtttgatgttcattagtaactaacatcgcacgttctgtgctgttaaacctcttgttttgtgtttaatctcaaacgaaacttcgatcccatcaaaggaaacaatactcaac
gi|10 : gagcagaaatt-GTGA--CATTAAAACATACAGT-TTTAAGTTTGTAAACAAACCTATTATTCTTGCTCTTTAAGGTCGTACAaaaaaacccccccccccccccccccccccccccggtgacattaaaacatacagttttaagtttgtaaacaaacctattattcttgctctttaaggtcgtacatcgtt
gi|11 : gagcagaaatttgtttaattgtttgtccagtatgttgaaatgcttagttgagctagaacatagattagaaatttgttttaatctcaactgtacaataagaacatacgatatgttcaaatttattctctcaatgtattttgacatcaaaaaaacccccccccccccccccccccccccccgAT--T-TT---T-A--TGG---TAAACAAAGC-GTGA--CAATAAAATGTTT-GTATTTATATTTGTGGGTAAACAC-TTATTTATTT------AGTTAGTACATTATCTGGGCTcgtt
gi|12 : tttaaattattatattaatgcaCCCCC-AA--ATATGAAG----ATGG--TCAC--AAATA------TTAAA----A------------A----A------------GTC-TGATAT-A-T-C-AAAT------------C------A----T----------TT---TAT--------C--A---CAT------A--TATAAAA---AATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAA----------A---T--------T------A-AACCTACAAATGTA--AAA--A--TG--ACGATGTT--TATA---T---GTCATAA--A-A-T--CGTCACAAATGT----ATAA-----ACAA------TT-TGGTCAAA----TAA---GTAA---A--AA-ATA-TGCTA-AAATGCTTACTGAAACactccggtaggataggggatggtaagacatcatcgacaagatgttattgattattcattaactcttgcatatatttgttttttcaatattggctagcatttcatgttc
gi|13 : AAATATATTCTATCGGTG---TATTAT-AACATCA--TATAT--TATT---T-C-GTGG---TTAA--CAAC-GAAAGCCATCAAAATATTAGGAGTTTACGTTTGTGGGTAAACACATTATTCATGC------AGCTCG-----TATCTGAGCTt
gi|14 : AGGACCCC--AA--ATGTGAAA----ATGG--TCGC--AAATGT-----TGAAA----AT-GTGAAAA--AA----A------------ATG-TGAAA----------AC------------A------A----A----------AT--------------C--G---CAG------A--TGCAAAA---ATG----------------------G----------A---CA-------C------ACA---------TTTG--AAAT-A--T-------TGTTCCCATA---T---ATCTTTC--A-A-A--C----CAAATG-A-AAGAAGTTGTTACAA---------TGGTCACA----TATTAGGTCATA-A--AA-ACGT---CACCAATA-----TCAAACC-ATTC---T--Tgatctgccatcgatcagatagttcgctcgattatttaatcttacacatatttgttctattctcattagtggttagcattacatgc
gi|14 : gtctgc-AA--ATGTGAAA----ACAAAATCGC--AGATG------CAAAA----ATGGA---CA--CA----C------------ATT-TGAAAT-ATT-G-TTCC------------C------A----T-----------------------------A---TAT------C--TTT-CAA---ACC----------------------A------------------------------A-A---------TGAA--AGA--AGTTGTTACAATGGTCACATA---TTAGGTCATAA--A-A-A--CGTCACCAATAT-----CAA-----AC---CAT-TCT-TTGTCACA----Ttgtcacat
gi|15 : gtctgcaggaccccaaatgtgaaaatggtcgcaaatgttgaaaatgtgaaaaaCCC-AC--ATGTGAGA----ATGG--TCACAAAAATG------CGAAA----ATAGT---CACGCG----A------------ATG-TGGAA--A-TGG-TTACAAAAG-------CGGAATAA----T----------TA---TAC--------C--A---CAT------A--AGT-GAA---AC----------------------------------A---T--------GCA----A-A---------TGTA--AAA--AG-TT--TTAGTAGTGACACA---T---GTCATAA--A-A-A--
gi|16 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatca-TT---T-C-GTGG---TTAAC-AAATAGTGA--CTTAAAAATATTCATTATTTAAG---------AA------TAATCCTGC------TGGCCGCACACTGTTTGAGCTtatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|17 : a----------A---T--------A------A-A---------GGTA--AAC--G--TG--ACGATGGTCACATA---T---ACCATGA--A-ACA--CGTCAAAAATGTA-AA-----------AT-CATATTT-TGGTCA-------------TAAAAC-------TATTCCTTCAAATA-----TGAAA-CGATCT---CAATCC--CCAGAACAGTGAAACCGCATATCTTTTG-ACA--GTTTA-TT-GT---------------------AATGCTTAATCTA--TCGAGAACTTAGATCGGGCAC--TTCTC-A----Tcatccattggggcgagggtttggcaacacgtcaccaaccaactattttatttattcgttaactcttccaattttatttttcattttcattagtgactactattgcttgttcatt
gi|18 : tAGGACTTTCGAA--ATGTGAAA----ATGC--TCAC--AAATG------
gi|18 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgt--AAATG------TGAAA----ATGCT---CA--CA----A------------ATGATTAATG-A-G-T-TTAC------------C------A----C----------ATACGTA---------C--AAACCATCAAAAAA--TGTAAAT---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TGTA--AAA--A--TA--ACGATGGGCACATA---T---GTCACAA--A-A-attaatgagtttaccacatacgtacaaaccatcaaaaaatgtaaatcctaaaaatgtaaaaataacgatgggcacatatgtcacaaaataaatttttggtca
gi|19 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgtaggactttcgGACCCCC-AA---TGTGAAA----ATAG--TCAC--AA-TG------TATAA----ATGGT---CA--TC----A------------ATG-TAAAAT-A-T-T-TGAC------------C------A----CATA-------TT---TAAGAACTTTCC--A---AAA------A--TATGAAA---ATT----------------------A----------A-------------------A-A----------GTATCATA--A--TG--ACAATGTTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATTCA-AA-----------AA-CAT-TTT-TGtaaatttttggtca
gi|2 : tacGGACCCAT-AA--AAGTGAAA----ATAG--TCAC--AGATG------T-AAA----AT----------CA----A------------AT--TG-------------AC------------C------A---------------------A-----------------AT------A--CGTAAAA---ACT----------------------GTGATACCTGCA---T--------A------A-A---------CGTA--AAA--A--TG--ACAATGGTCGTCGA---T---GTCATCA--A-C-A--CGTCACA-----A-AAATAA-----AT-A-CAT-TTT-TGGTCACATAACTAC---GTAAAATA--AATATATTCCTACAAACA-----TGAAACTTA-TT---T--TGCCTCTAGAAAAATTAAAGTGAATATAGGATT-AAAGTGTATG-TT-GT--ACATTC-AG--TATGTCGAAATGCTTAATCTAGCT--TGAACATAGATCAGAAAC--TTTTT-A----TTTT---TGTT----TCC-ATCAA---AATAGTATTGA-ATG-AA-----TATAT---ATT-----TTC--ATTCTTTCAATTGATG---TATTTTTGAAATGACTTTTAT--T-TT-------GTGG---TTAA--CAAA---GA--C-------TATTCAGTGT---------------------TTATTCCTGC------ATGTCGTACATTATCTTAGTTttata
gi|21 : atttgaacttcaaccttgttatatcgggtacggg------A-A---------TATA--AAA--G--TT--ATGAAAGTCACATA---G---TTCATAA--A-A-AAACGTCACAAATGTG-AAAA------------CATATTT-TGGTCACA----TTTT--GTAAAATA--AAGATATTCTTACAAATG-----TGAAATC--------------CTCTAGAAATTTGAAACCGAATATTGGTTA-AAAGTGTTTG-TT-GT--gctccgtggtatggagcttcatcgacctgatttttttatttact
gi|22 : ttctca------A----T----------TT---TA---------CC-A---CAT------G--TGTAAA------T----------------------A----------T---T--------TCCACA-A-A---------TTTA--ACA--A--TG------TG--TACCTA---T---GTCATAA--A-A-A---GTCACAATTGTA-AAAA------------CAT-TTT--AGTAGCA----TAT---GTAAAA-A--AT-ATATTCCTATGAATG-----TGAAATCGGTTT---T--t
gi|23 : aCCCC-AATGATATGAAA----ATTG--TCAC--AAAGG------TGAAA----ATGAT---CA--TG----A------------CAG-TAAAAT-AGT-A-TTGCAACATAGAAACAC------A----TAAAAAC----TT---TC---------C--A---CAT------A--TGTTAAA---
gi|24 : tgtaaa------A--TGTGAAA---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TTTA--AAA--AA-TG--ACAATGGTCACATT---T---GTAATAAGTA-A-T--CGTCACAAATGGA-AAAAAAAT---ACAA-CAT-Tcccac
gi|3 : AGGACCCCA-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TTAAA----ATGAT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-ACT-A-TTAC------------C------A----T----------TT---TG---------CCTA---TAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------G----------A---T--------T------A-A---------TCTA--AAA--A--TG--ACGATGGCCACATG---C---GTCATAA--ACA-A--CGTCACTAGTGTA-AAAAAA-----ACAAACGC-TTT-TAGTCACA----TAT---GTAAAATAG-AA-ATATTATTACGAATG-----CGAAACCGATGT---T--TACCTCCAGAAATTTGAAACCGAATTTTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-GG--CATGTTGAACTGTTCAATCAAACTAGAAAATATATATCAGATA---TTTTC-A----TTTT---TGTT----TCCTATCTT---AAATGTA-CGA-AAATAA-----CATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCAATG---TATTTTTGACATGG--TGTAT--T-TT---TAA-GTGGT--TTAA--AAGG-GTGA--CATTGAAATATTCAGTATTTAAGTTTGTATGTTAACACATTATTTCTGC------AGGTCATACGTTATTTGAGCTgtaag
gi|4 : ---------C--A---CAA------A--TGTAAAA---CCT-------------------------------------T--------C------A-AA--------CGAA--AGA--A--AA--ACGATGGTTACATA---C---GTCATAAGAA-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----CAAA-CAT-TTTACGGTCACA----CAC---GTAAAA-----A-ATATGC-TACAATGG-----CGAACACGATTT---T--CCTTTCTAGAAATATGGAAGCGACTGATCGCTG-TAAGTGTTTG-CT-GT--ACATTC-AA--TACGTTGAAATGCGTAAT----CCATAGAACATAGATCAGAAAC--ATTTC-A----TTTT---TATT----TTTAATCTC---CGTTGTACCGA-AAG-AA-----AAT-----CTAT----TTTTAATTAATTCTTTCGAAG---TAATTTCAACAACA--CGTATTAT-TT---T-A--TGA---TTAGT-AAAG-GAGG--CGTTAGAATATTCAGCGTTCAAGTCAGCAGGTACACACATTATTCTTTC------AGCCTGTACGTTACCGGAGCT
gi|5 : ttttaccacatgtaaattcctcA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------AGAAC----ATTGT---TA--CA----A------------GTA-CGATTT-A-T-G-TAAA------------C------A----C----------TT---TC---------C--A---CAA------A--TGTGAAA---ACT----------------------A----------G---C--------TGTTACAA-A---------TGTA--AAA--A--TT--ACGATGGTCACAT----T---GTCGTAA--A-A-G--CATCATAAATGTA-AA-----------AA-CCT-TTT-TGTTC-CA----TGT---GTAAAAC------TTAGTTCTGCAAATG-----TAAAACCGATTT---A--TGCCCCTATAAATGCGAAACC--------GTTG-CAAATGTTTC-TT-GT--ACATTCAAA--TATGTTGCAATGCTTAATCAAACTAGAGA--TTAGAT--GATATTGTCTTC-A----TTAT---GTTT----TACTATCTC---AATTGTTTCAA-AAT-GA-----AATAT---ATATTTGTTTTACATTTGTAACGTCAAGGTTTTATATTTGAGA-AA--TTTAT--T-TTAGAT-ATGTGG----TAA--AAgctcggtgggagtggggtgacaa
gi|6 : aaaatatacgaaccattataatatgtaaaggAGGACCTCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAT--ATATGTGAAAATGAAA----ATGGT---CA--TATGTGAAAATGGTCATATATG-TGAAATAA-T-T-TTAC------------C-----------------------T---CA---------T--A---CAT------GGTTGTAAAA---ACTTATCAAA---------------A----------A---TGAGAAATCT------A-AAT-------TGTA--AAA--A--TG--TCGAT-GTTACATATGTT---GTCATAA--A-ACA--CGTCAGAAATGTA-AATATA-----------GT-TTT-TTGTCACA----TGT---GTAAAA-ATTGA-GTATTCTCACAAATG-----CGAAACCGATTT---T--TCCTTTTA-AAATATGAAACTGAATATTATTTG-AAGG--------T-GT--ACATTC-AG--TACGTTAAACTGCTTAATCAAACT--AGAACATAGATCAGAAAC--TGTTCAA----TTTTGCATGTTGAAATAC-ATTTA---AAATACATTAA-AAT-AACTGATTATAG---ATA-----T--AAGTTTATTttatatacatcgaa
gi|7 : ttgc--ATGTGAAAGCAAAAGA--TCAC--ACATG------TGAAAGAAAATAGT---CA--CA----T------------ATG-TGAAAT-A-T-TCTTAC------------C------ACATAT----------TT---TAACATTTTT-C--A---CA-------A--TGTTAAA---CCT----------------------A--------------C--------C------A-A---------TGTA--AAA--G--TG--GCGATGATCACATA---T---GTCCTTT--A-A-A--CGTCACAAATGTATTACTAA-----AC-A-CAT-TTC-TGGTCACA----TAT---GTGAA--A--AA-ATACTCCTTCAAATG-----TGTAGCCGA-TT---T--TCTCTCTAT--ATATAAAACAGAATATTGGTTA-AAAGCG-TTG-TT-GT--ACGTCC-AGAATA-GTT-AAATGCTTAATCAAACT---GAATATATTTCAGAAAT--TGTTC-A----ATTT---TGTT----T-------------TTTTATGG----G-AA-----AAGA----A-A-----TCCTAATTTATTCTATATATG---CGTTTTTaaatgattt
gi|8 : AGGAACCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAA--AAATG------TGCAA----ATTGT---CA--AA----A------------ATG-TTAAAT-AGT-T-TTACAA----------C------A----TATGGAAAAACTT---TC---------C--A---GAA------A--TATGAAACATACA----------------------A----------AAATT--------T------A-A---------TGTA--AAACTG--TG--GCGATGTTCACATA---T---GCCATAA--A-A-AA-CGTCATAGATGTA-AAAAAA------CAA-CA-----------ACA----C---------AACA--A-------CATACACATG-----TGAAACTGATTT---T--TCCCTCTGGA------------AATACTAGTTG-AAAGTGTTTG-TTGGTCAACAAAC--G--TACGATGCAAT--TTAATC
gi|9 : tgtA--A-A-A--CGTCACAAATGTG-AAAA------------CAT-TTT-TGGTCACA----AAT---GTAAA-----------------CAAATG-----TGAACCCGATTT---C---CCCGCTATAAA-GTGAGACCACATATTGGTTG-AAAGAGTGTG-CT-GT--ACATTC-AG--TATGTTGAAATGTTTAAGCGAACTTGAACATATATATCAGAAAC--GTTTT-A----CTTT---TGTT----TTCTGTCTCCAAAAATGTATCGA-AAG-AA-----AAT-----ATA-----TTCTGATTTATTCTATCGGTG---TGTTTTTGagtgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATTGTTTTTCAACACCAGAAGAAACTTCAGATCCCATCAAAGGAAATAATATCCGACATTCAAATGTGCCAAACTGTCGTCTAAATGTAATTTGTTAATGAATGTTGAATTGATTTCCAACTCTCATTATCTGTTAAAGGAATTATTTAATAAACCGATA
Unaligned ( gi|25 ): TGAGAAAATGGTCACACATGTAAAAAAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444 33333333 111 111 22222222 111111 3333333333333 1 22222222 111 11 111 111111
lowQualScore : 3 33 6666 33 33 000000 6666 666666 33 77777777777777777 2 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 55 77 33 333 333 55 2 5555 2 44444444444444 4 2 8888888888 00000000 0 4 77777 0 666666 0 1 44 3 0 3 3 44 44 55 5 5 1 999 1 000 4 8888 777 55555555 7777 1 3 4 4 222222 2222222222222 8 0 777 22 77 1 77 0 11111111 333 66 000 0 66 22 0 4 0 0 0 222 0 3 0 444444 2 3
lowQualScore : . .. .... .. .. ...... .... ...... .. ................. . .. ............................................................................................................................................................. .. .. .. .. ... ... .. . .... . .............. . . .......... ........ . . ..... . ...... . . .. . . . . .. .. .. . . . ... . ... . .... ... ........ .... . . . . ...... ............. . . ... .. .. . .. . ........ ... .. ... . .. .. . . . . . ... . . . ...... . .
lowQualScore : 3 99 1111 99 77 333333 1111 666666 99 11111111111111111 9 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33 55 11 999 999 88 1 5555 4 66666666666666 7 5 5555555555 66666666 7 1 11111 4 888888 5 4 44 6 5 3 3 66 00 00 5 5 3 000 0 333 0 5555 888 33333333 9999 3 6 4 4 111111 0000000000000 6 9 888 44 99 0 99 0 55555555 888 99 333 5 99 88 1 2 2 1 2 444 1 1 2 444444 2 1
consensus : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
Reference ( family-1236 ) : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
gi|1 : AGGATCCCT-AA--ATATGAGA----ATAG--TCAC--AAATG------TGAAC----ATCAT---CA--CA----T------------ATG-TAAAAT-A----------------------------A----G----------TT---TA---------CC-A---CAT------A--TGTATAA---ACT----------------------G----------A---T-----------------------------------A--A--TG--A---TGGTCCCATG---T---GTCATAA-----------------------------------CAA-CAT-ATT-TGGTCGTA----TAT---GTAAA-CA--AA-ATATTCATACAAACG-----TAAAGCCGATTTCTTT--TTTGTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGCTGGAAAGTGCTGG-TT-GT--ACATTC-GG--TATATCAAAATGCTTAATCAAACTAG----------------AT--TTTTT-AGAGTTTTT---TGTT----TGCAATCTC---AATTGTATTGA-ACG-AA-----ACTGT---ATA-----TTT--ATTTATACCACCTATG---TATGTTTAACATCA--TTCAT--TATT---T-A-TTTAACTTTAA--AA----TAA--AAATAAA--ATTAATTATTTAAGTTTGTAGATAAACACATTATCTCTGT------TGGTCGAACATAATCT
gi|10 : aaatatcataattaatacgcaattgtTGTTTAATT-GT--TTGTCC-AG--TATGTTGAAATGCTTAGTTGAGCT--AGAACATAGATTAGAAA----------------TT---TGTT----TTA-ATCTC---AACTGTA-CAATAAG-AA-----CATACGATATG-----TTCAAATTTATTCTCTCAATG---TA-TTTTGACATCA--ttgctgcactgtcgggtgatgtatgtgttggggtgtggtgaggggaagggaagcgacacgccatcgacaagacattttgattattcattacccttccatatacttgtttgatgttcattagtaactaacatcgcacgttctgtgctgttaaacctcttgttttgtgtttaatctcaaacgaaacttcgatcccatcaaaggaaacaatactcaac
gi|10 : gagcagaaatt-GTGA--CATTAAAACATACAGT-TTTAAGTTTGTAAACAAACCTATTATTCTTGCTCTTTAAGGTCGTACAaaaaaacccccccccccccccccccccccccccggtgacattaaaacatacagttttaagtttgtaaacaaacctattattcttgctctttaaggtcgtacatcgtt
gi|11 : gagcagaaatttgtttaattgtttgtccagtatgttgaaatgcttagttgagctagaacatagattagaaatttgttttaatctcaactgtacaataagaacatacgatatgttcaaatttattctctcaatgtattttgacatcaaaaaaacccccccccccccccccccccccccccgAT--T-TT---T-A--TGG---TAAACAAAGC-GTGA--CAATAAAATGTTT-GTATTTATATTTGTGGGTAAACAC-TTATTTATTT------AGTTAGTACATTATCTGGGCTcgtt
gi|12 : tttaaattattatattaatgcaCCCCC-AA--ATATGAAG----ATGG--TCAC--AAATA------TTAAA----A------------A----A------------GTC-TGATAT-A-T-C-AAAT------------C------A----T----------TT---TAT--------C--A---CAT------A--TATAAAA---AATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAA----------A---T--------T------A-AACCTACAAATGTA--AAA--A--TG--ACGATGTT--TATA---T---GTCATAA--A-A-T--CGTCACAAATGT----ATAA-----ACAA------TT-TGGTCAAA----TAA---GTAA---A--AA-ATA-TGCTA-AAATGCTTACTGAAACactccggtaggataggggatggtaagacatcatcgacaagatgttattgattattcattaactcttgcatatatttgttttttcaatattggctagcatttcatgttc
gi|13 : AAATATATTCTATCGGTG---TATTAT-AACATCA--TATAT--TATT---T-C-GTGG---TTAA--CAAC-GAAAGCCATCAAAATATTAGGAGTTTACGTTTGTGGGTAAACACATTATTCATGC------AGCTCG-----TATCTGAGCTt
gi|14 : AGGACCCC--AA--ATGTGAAA----ATGG--TCGC--AAATGT-----TGAAA----AT-GTGAAAA--AA----A------------ATG-TGAAA----------AC------------A------A----A----------AT--------------C--G---CAG------A--TGCAAAA---ATG----------------------G----------A---CA-------C------ACA---------TTTG--AAAT-A--T-------TGTTCCCATA---T---ATCTTTC--A-A-A--C----CAAATG-A-AAGAAGTTGTTACAA---------TGGTCACA----TATTAGGTCATA-A--AA-ACGT---CACCAATA-----TCAAACC-ATTC---T--Tgatctgccatcgatcagatagttcgctcgattatttaatcttacacatatttgttctattctcattagtggttagcattacatgc
gi|14 : gtctgc-AA--ATGTGAAA----ACAAAATCGC--AGATG------CAAAA----ATGGA---CA--CA----C------------ATT-TGAAAT-ATT-G-TTCC------------C------A----T-----------------------------A---TAT------C--TTT-CAA---ACC----------------------A------------------------------A-A---------TGAA--AGA--AGTTGTTACAATGGTCACATA---TTAGGTCATAA--A-A-A--CGTCACCAATAT-----CAA-----AC---CAT-TCT-TTGTCACA----Ttgtcacat
gi|15 : gtctgcaggaccccaaatgtgaaaatggtcgcaaatgttgaaaatgtgaaaaaCCC-AC--ATGTGAGA----ATGG--TCACAAAAATG------CGAAA----ATAGT---CACGCG----A------------ATG-TGGAA--A-TGG-TTACAAAAG-------CGGAATAA----T----------TA---TAC--------C--A---CAT------A--AGT-GAA---AC----------------------------------A---T--------GCA----A-A---------TGTA--AAA--AG-TT--TTAGTAGTGACACA---T---GTCATAA--A-A-A--
gi|16 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatca-TT---T-C-GTGG---TTAAC-AAATAGTGA--CTTAAAAATATTCATTATTTAAG---------AA------TAATCCTGC------TGGCCGCACACTGTTTGAGCTtatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|17 : a----------A---T--------A------A-A---------GGTA--AAC--G--TG--ACGATGGTCACATA---T---ACCATGA--A-ACA--CGTCAAAAATGTA-AA-----------AT-CATATTT-TGGTCA-------------TAAAAC-------TATTCCTTCAAATA-----TGAAA-CGATCT---CAATCC--CCAGAACAGTGAAACCGCATATCTTTTG-ACA--GTTTA-TT-GT---------------------AATGCTTAATCTA--TCGAGAACTTAGATCGGGCAC--TTCTC-A----Tcatccattggggcgagggtttggcaacacgtcaccaaccaactattttatttattcgttaactcttccaattttatttttcattttcattagtgactactattgcttgttcatt
gi|18 : tAGGACTTTCGAA--ATGTGAAA----ATGC--TCAC--AAATG------
gi|18 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgt--AAATG------TGAAA----ATGCT---CA--CA----A------------ATGATTAATG-A-G-T-TTAC------------C------A----C----------ATACGTA---------C--AAACCATCAAAAAA--TGTAAAT---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TGTA--AAA--A--TA--ACGATGGGCACATA---T---GTCACAA--A-A-attaatgagtttaccacatacgtacaaaccatcaaaaaatgtaaatcctaaaaatgtaaaaataacgatgggcacatatgtcacaaaataaatttttggtca
gi|19 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgtaggactttcgGACCCCC-AA---TGTGAAA----ATAG--TCAC--AA-TG------TATAA----ATGGT---CA--TC----A------------ATG-TAAAAT-A-T-T-TGAC------------C------A----CATA-------TT---TAAGAACTTTCC--A---AAA------A--TATGAAA---ATT----------------------A----------A-------------------A-A----------GTATCATA--A--TG--ACAATGTTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATTCA-AA-----------AA-CAT-TTT-TGtaaatttttggtca
gi|2 : tacGGACCCAT-AA--AAGTGAAA----ATAG--TCAC--AGATG------T-AAA----AT----------CA----A------------AT--TG-------------AC------------C------A---------------------A-----------------AT------A--CGTAAAA---ACT----------------------GTGATACCTGCA---T--------A------A-A---------CGTA--AAA--A--TG--ACAATGGTCGTCGA---T---GTCATCA--A-C-A--CGTCACA-----A-AAATAA-----AT-A-CAT-TTT-TGGTCACATAACTAC---GTAAAATA--AATATATTCCTACAAACA-----TGAAACTTA-TT---T--TGCCTCTAGAAAAATTAAAGTGAATATAGGATT-AAAGTGTATG-TT-GT--ACATTC-AG--TATGTCGAAATGCTTAATCTAGCT--TGAACATAGATCAGAAAC--TTTTT-A----TTTT---TGTT----TCC-ATCAA---AATAGTATTGA-ATG-AA-----TATAT---ATT-----TTC--ATTCTTTCAATTGATG---TATTTTTGAAATGACTTTTAT--T-TT-------GTGG---TTAA--CAAA---GA--C-------TATTCAGTGT---------------------TTATTCCTGC------ATGTCGTACATTATCTTAGTTttata
gi|21 : atttgaacttcaaccttgttatatcgggtacggg------A-A---------TATA--AAA--G--TT--ATGAAAGTCACATA---G---TTCATAA--A-A-AAACGTCACAAATGTG-AAAA------------CATATTT-TGGTCACA----TTTT--GTAAAATA--AAGATATTCTTACAAATG-----TGAAATC--------------CTCTAGAAATTTGAAACCGAATATTGGTTA-AAAGTGTTTG-TT-GT--gctccgtggtatggagcttcatcgacctgatttttttatttact
gi|22 : ttctca------A----T----------TT---TA---------CC-A---CAT------G--TGTAAA------T----------------------A----------T---T--------TCCACA-A-A---------TTTA--ACA--A--TG------TG--TACCTA---T---GTCATAA--A-A-A---GTCACAATTGTA-AAAA------------CAT-TTT--AGTAGCA----TAT---GTAAAA-A--AT-ATATTCCTATGAATG-----TGAAATCGGTTT---T--t
gi|23 : aCCCC-AATGATATGAAA----ATTG--TCAC--AAAGG------TGAAA----ATGAT---CA--TG----A------------CAG-TAAAAT-AGT-A-TTGCAACATAGAAACAC------A----TAAAAAC----TT---TC---------C--A---CAT------A--TGTTAAA---
gi|24 : tgtaaa------A--TGTGAAA---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TTTA--AAA--AA-TG--ACAATGGTCACATT---T---GTAATAAGTA-A-T--CGTCACAAATGGA-AAAAAAAT---ACAA-CAT-Tcccac
gi|3 : AGGACCCCA-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TTAAA----ATGAT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-ACT-A-TTAC------------C------A----T----------TT---TG---------CCTA---TAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------G----------A---T--------T------A-A---------TCTA--AAA--A--TG--ACGATGGCCACATG---C---GTCATAA--ACA-A--CGTCACTAGTGTA-AAAAAA-----ACAAACGC-TTT-TAGTCACA----TAT---GTAAAATAG-AA-ATATTATTACGAATG-----CGAAACCGATGT---T--TACCTCCAGAAATTTGAAACCGAATTTTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-GG--CATGTTGAACTGTTCAATCAAACTAGAAAATATATATCAGATA---TTTTC-A----TTTT---TGTT----TCCTATCTT---AAATGTA-CGA-AAATAA-----CATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCAATG---TATTTTTGACATGG--TGTAT--T-TT---TAA-GTGGT--TTAA--AAGG-GTGA--CATTGAAATATTCAGTATTTAAGTTTGTATGTTAACACATTATTTCTGC------AGGTCATACGTTATTTGAGCTgtaag
gi|4 : ---------C--A---CAA------A--TGTAAAA---CCT-------------------------------------T--------C------A-AA--------CGAA--AGA--A--AA--ACGATGGTTACATA---C---GTCATAAGAA-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----CAAA-CAT-TTTACGGTCACA----CAC---GTAAAA-----A-ATATGC-TACAATGG-----CGAACACGATTT---T--CCTTTCTAGAAATATGGAAGCGACTGATCGCTG-TAAGTGTTTG-CT-GT--ACATTC-AA--TACGTTGAAATGCGTAAT----CCATAGAACATAGATCAGAAAC--ATTTC-A----TTTT---TATT----TTTAATCTC---CGTTGTACCGA-AAG-AA-----AAT-----CTAT----TTTTAATTAATTCTTTCGAAG---TAATTTCAACAACA--CGTATTAT-TT---T-A--TGA---TTAGT-AAAG-GAGG--CGTTAGAATATTCAGCGTTCAAGTCAGCAGGTACACACATTATTCTTTC------AGCCTGTACGTTACCGGAGCT
gi|5 : ttttaccacatgtaaattcctcA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------AGAAC----ATTGT---TA--CA----A------------GTA-CGATTT-A-T-G-TAAA------------C------A----C----------TT---TC---------C--A---CAA------A--TGTGAAA---ACT----------------------A----------G---C--------TGTTACAA-A---------TGTA--AAA--A--TT--ACGATGGTCACAT----T---GTCGTAA--A-A-G--CATCATAAATGTA-AA-----------AA-CCT-TTT-TGTTC-CA----TGT---GTAAAAC------TTAGTTCTGCAAATG-----TAAAACCGATTT---A--TGCCCCTATAAATGCGAAACC--------GTTG-CAAATGTTTC-TT-GT--ACATTCAAA--TATGTTGCAATGCTTAATCAAACTAGAGA--TTAGAT--GATATTGTCTTC-A----TTAT---GTTT----TACTATCTC---AATTGTTTCAA-AAT-GA-----AATAT---ATATTTGTTTTACATTTGTAACGTCAAGGTTTTATATTTGAGA-AA--TTTAT--T-TTAGAT-ATGTGG----TAA--AAgctcggtgggagtggggtgacaa
gi|6 : aaaatatacgaaccattataatatgtaaaggAGGACCTCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAT--ATATGTGAAAATGAAA----ATGGT---CA--TATGTGAAAATGGTCATATATG-TGAAATAA-T-T-TTAC------------C-----------------------T---CA---------T--A---CAT------GGTTGTAAAA---ACTTATCAAA---------------A----------A---TGAGAAATCT------A-AAT-------TGTA--AAA--A--TG--TCGAT-GTTACATATGTT---GTCATAA--A-ACA--CGTCAGAAATGTA-AATATA-----------GT-TTT-TTGTCACA----TGT---GTAAAA-ATTGA-GTATTCTCACAAATG-----CGAAACCGATTT---T--TCCTTTTA-AAATATGAAACTGAATATTATTTG-AAGG--------T-GT--ACATTC-AG--TACGTTAAACTGCTTAATCAAACT--AGAACATAGATCAGAAAC--TGTTCAA----TTTTGCATGTTGAAATAC-ATTTA---AAATACATTAA-AAT-AACTGATTATAG---ATA-----T--AAGTTTATTttatatacatcgaa
gi|7 : ttgc--ATGTGAAAGCAAAAGA--TCAC--ACATG------TGAAAGAAAATAGT---CA--CA----T------------ATG-TGAAAT-A-T-TCTTAC------------C------ACATAT----------TT---TAACATTTTT-C--A---CA-------A--TGTTAAA---CCT----------------------A--------------C--------C------A-A---------TGTA--AAA--G--TG--GCGATGATCACATA---T---GTCCTTT--A-A-A--CGTCACAAATGTATTACTAA-----AC-A-CAT-TTC-TGGTCACA----TAT---GTGAA--A--AA-ATACTCCTTCAAATG-----TGTAGCCGA-TT---T--TCTCTCTAT--ATATAAAACAGAATATTGGTTA-AAAGCG-TTG-TT-GT--ACGTCC-AGAATA-GTT-AAATGCTTAATCAAACT---GAATATATTTCAGAAAT--TGTTC-A----ATTT---TGTT----T-------------TTTTATGG----G-AA-----AAGA----A-A-----TCCTAATTTATTCTATATATG---CGTTTTTaaatgattt
gi|8 : AGGAACCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAA--AAATG------TGCAA----ATTGT---CA--AA----A------------ATG-TTAAAT-AGT-T-TTACAA----------C------A----TATGGAAAAACTT---TC---------C--A---GAA------A--TATGAAACATACA----------------------A----------AAATT--------T------A-A---------TGTA--AAACTG--TG--GCGATGTTCACATA---T---GCCATAA--A-A-AA-CGTCATAGATGTA-AAAAAA------CAA-CA-----------ACA----C---------AACA--A-------CATACACATG-----TGAAACTGATTT---T--TCCCTCTGGA------------AATACTAGTTG-AAAGTGTTTG-TTGGTCAACAAAC--G--TACGATGCAAT--TTAATC
gi|9 : tgtA--A-A-A--CGTCACAAATGTG-AAAA------------CAT-TTT-TGGTCACA----AAT---GTAAA-----------------CAAATG-----TGAACCCGATTT---C---CCCGCTATAAA-GTGAGACCACATATTGGTTG-AAAGAGTGTG-CT-GT--ACATTC-AG--TATGTTGAAATGTTTAAGCGAACTTGAACATATATATCAGAAAC--GTTTT-A----CTTT---TGTT----TTCTGTCTCCAAAAATGTATCGA-AAG-AA-----AAT-----ATA-----TTCTGATTTATTCTATCGGTG---TGTTTTTGagtgaa
blockSeqs : G TG GCAA AA AA TGAAAA GAAA GTGAA CG TGTGAAAATGGTCATAT A TA TCAAATCATTTTATCACATATATAAAAAATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAAATTAAACCTACAAA TC CT GT TT TGT TAG GT C AAA T GAAGTTGTTACAA A A TAACTAC ATAAAT C CTTAC CAA G AG . A G CA AA AA T G G CGA A TTG A . GCA GAAATAC CCAA C T T T CTGATT ATATATTTGT A TTT TC CT A TA A AGATATG T CA ATA GC AT A AAA A TCTTTA T A
blockSeqs : . . . . . T . GGA . A . T GTTTTACAACATATGGAAAAACTTTCCAGAAATATGAAACATACAAAAATTTAA . T G . . . GA . CA . AAAAATACAA A . TATTAG ATAAAG C . T G AA . . . . A . T T G AGA C C . . . TCCT C T C . . C ACGATATG A . TC . T . . TAAG . C GC . AA G GGG A . T A
blockSeqs : . . . . . . . AGT . A . T TTTTACCTCATACATGGTTGTAAAAACTTATCAAAAATGAGAAATCTAAAT . . A . . . . . CA . AAAAACAAA . . TTTT ATAGAA C . T G TT . . . . A . T T A ATA A C . . . TTTA A A T . . T ATATT A . TG . G . . TCG . T AC . AT A GGG A . C A
blockSeqs : . . . . . . . GCT . C . G TGGTTACAAAAGCGGAATAATTATACCACATAAGTGAAACATGCAAA . . . . . . . . AA . ATAAACAA . . TAA AATTGA T . T G TT . . . . G . C A A AGA T C . . . TACT T T T . . C AGATA T . TG . G . . TCG . . AA . TT G ATG A . T A
blockSeqs : . . . . . . . GGT . A . T GTTTACCACATACGTACAAACCATCAAAAAATGTAAATCCTAAAAA . . . . . . . . T . AAAACAAA . . TAT AAAA C . T G TA . . . . A . T A A TGA A C . . . TTCT C T T . . A AATA A . AC . T . . TA . . GG . AT A AGG . . T G
blockSeqs : . . . . . . . GAT . A . T TTCTTACCACATATTTTAACATTTTTCACAATGTTAAACCTACCAA . . . . . . . . A . ATAAATA . . TAT AAAT T . T T TG . . . . A . C A A A T T . . . TTA C A T . . A CTAT A . A . . . TA . . AG . GT G . . . T G
blockSeqs : . . . . . . . GAT . A . T TTTGACCACATATTTAAGAACTTTCCAAAAATATGAAAATTAAAA . . . . . . . . A . CTAAACA . . CAC ACAA C . A T TA . . . . A . C A A T A C . . . TCC A T . . . A AAA T . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TGT . A . T TGTAAACACTTTCCACAAATGTGAAAACTAGCTGTTACAAA . . . . . . . . A . AAAACAA . . TGT AAA T . T G TA . . . . A . T G . A A . . . . T . A . . . A ATA T .
blockSeqs : . . . . . . . GGT . A . T CTATTACCATTTTGCCTATATATGTAAAAACTGATTAA . . . . . . . . A . CAAAC . . TGT AAA C . T T G . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AGT . A . T ACCAAATACGTAAAAACTGTGATACCTGCATAAA . . . . . . . . A . TATA . . TAT AC A . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TGT . A . . ACAAAATCGCAGATGCAAAAATGGACACACA . . . . . . . . A . AT . . AAT AA . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . TTGTTCCCATATATCTTTCAAACCAAA . . . . . . . . T . AA . . C AC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . A
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A*** AAAACA******** AAA***** T***** AGA **** ATATN******** *** AN*
originalCons : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA-AAAAAA-----ACAA-CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAACA--AA-ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATA----ATA-----TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
finalCons : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-N-TTAC------------C------A----T----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-AA---CGTCACAAATGTA-AAAAAACA--------CAT-TTT-TGGTCACA----TAT---GTAAAAAA-----ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTTT-----TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AAG-AA-----NATATATN--------TTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATTGTTTTTCAACACCAGAAGAAACTTCAGATCCCATCAAAGGAAATAATATCCGACATTCAAATGTGCCAAACTGTCGTCTAAATGTAATTTGTTAATGAATGTTGAATTGATTTCCAACTCTCATTATCTGTTAAAGGAATTATTTAATAAACCGATA
Unaligned ( gi|25 ): TGAGAAAATGGTCACACATGTAAAAAAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222 11111111111 1111 111 22222222 111111 1111 11 1 22222222 111 11 111 111111
lowQualScore : 3 33 6666 33 33 000000 6666 666666 33 77777777777777777 2 44 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 55 77 33 333 333 55 2 5555 55 7777777 7777 5555 777 2 2 2 88888888888 0 4 77777 0 666666 0 1 44 3 0 3 3 44 44 55 5 5 1 2222 1 000 4 8888 777 55555555 7777 1 3 4 8888 222222 9999 0000 44 0 777 22 77 1 77 0 11111111 333 66 000 0 66 22 0 4 0 0 0 222 0 3 0 444444 2 3
lowQualScore : . .. .... .. .. ...... .... ...... .. ................. . .. ........................................................................................................................................................ .. .. .. .. ... ... .. . .... .. ....... .... .... ... . . . ........... . . ..... . ...... . . .. . . . . .. .. .. . . . .... . ... . .... ... ........ .... . . . .... ...... .... .... .. . ... .. .. . .. . ........ ... .. ... . .. .. . . . . . ... . . . ...... . .
lowQualScore : 3 99 1111 99 77 333333 1111 666666 99 11111111111111111 9 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 33 55 11 999 999 88 1 5555 66 2222222 8888 7777 999 5 9 9 99999999999 7 1 11111 4 888888 5 4 44 6 5 3 3 66 00 00 5 5 3 3333 0 333 0 5555 888 33333333 9999 3 6 4 7777 111111 6666 3333 44 9 888 44 99 0 99 0 55555555 888 99 333 5 99 88 1 2 2 1 2 444 1 1 2 444444 2 1
consensus : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-NTTAC------------C------AT----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA--AAAAAA-CA--CATTTT----TGGTCACA----TAT---GTAA-A-A---A---A--ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AA--G-AA-----NATA---TAT---NTTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
Reference ( family-1236 ) : AGGACCCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TGAAA----ATGGT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-A-T-NTTAC------------C------AT----------TT---TA---------C--A---CAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------A----------A---T--------T------A-A---------TGTA--AAA--A--TG--ACGATGGTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATGTA--AAAAAA-CA--CATTTT----TGGTCACA----TAT---GTAA-A-A---A---A--ATATTCCTACAAATG-----TGAAACCGATTT---T--TCCCTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-AG--TACGTTGAAATGCTTAATCGAACTAGAGAACATAGATCAGAAAC--TTTTC-A----TTTT---TGTT----TNC-ATCTC---AATTGTATCGA-AA--G-AA-----NATA---TAT---NTTCAAATTTATTCTATCGATG---TATTTTTGACATCA--TNTAT--T-TT---T-A-GTGG---TTAA--AAAN-GTGA--CATTAAAATATTCAGTGTTTAAGTTTGTAGGTAAACACATTATTCCTGC------AGGTCGTACGTTATCTGAGCT
gi|1 : AGGATCCCT-AA--ATATGAGA----ATAG--TCAC--AAATG------TGAAC----ATCAT---CA--CA----T------------ATG-TAAAAT-A---------------------------AG----------TT---TA---------CC-A---CAT------A--TGTATAA---ACT----------------------G----------A---T-----------------------------------A--A--TG--A---TGGTCCCATG---T---GTCATAA--------------CAA------------------CATATT----TGGTCGTA----TAT---GTAA-ACA---A---A--ATATTCATACAAACG-----TAAAGCCGATTTCTTT--TTTGTCTAGAAATATGAAACCGAATATTGGCTGGAAAGTGCTGG-TT-GT--ACATTC-GG--TATATCAAAATGCTTAATCAAACTAG----------------AT--TTTTT-AGAGTTTTT---TGTT----TGCAATCTC---AATTGTATTGA-AC--G-AA-----ACTG---TAT---ATTT--ATTTATACCACCTATG---TATGTTTAACATCA--TTCAT--TATT---T-A-TTTAACTTTAA--AA----TAA--AAATAAA--ATTAATTATTTAAGTTTGTAGATAAACACATTATCTCTGT------TGGTCGAACATAATCT
gi|10 : aaatatcataattaatacgcaattgtTGTTTAATT-GT--TTGTCC-AG--TATGTTGAAATGCTTAGTTGAGCTAGA--ACATAGATTAGAAA----------------TT---TGTT----TTA-ATCTC---AACTGTA-CAATAA--G-AA-----CATACGATAT---GTTCAAATTTATTCTCTCAATG---TA-TTTTGACATCA--ttgctgcactgtcgggtgatgtatgtgttggggtgtggtgaggggaagggaagcgacacgccatcgacaagacattttgattattcattacccttccatatacttgtttgatgttcattagtaactaacatcgcacgttctgtgctgttaaacctcttgttttgtgtttaatctcaaacgaaacttcgatcccatcaaaggaaacaatactcaac
gi|10 : gagcagaaatt-GTGA--CATTAAAACATACAGT-TTTAAGTTTGTAAACAAACCTATTATTCTTGCTCTTTAAGGTCGTACAaaaaaacccccccccccccccccccccccccccggtgacattaaaacatacagttttaagtttgtaaacaaacctattattcttgctctttaaggtcgtacatcgtt
gi|11 : gagcagaaatttgtttaattgtttgtccagtatgttgaaatgcttagttgagctagaacatagattagaaatttgttttaatctcaactgtacaataagaacatacgatatgttcaaatttattctctcaatgtattttgacatcaaaaaaacccccccccccccccccccccccccccgAT--T-TT---T-A--TGG---TAAACAAAGC-GTGA--CAATAAAATGTTT-GTATTTATATTTGTGGGTAAACAC-TTATTTATTT------AGTTAGTACATTATCTGGGCTcgtt
gi|12 : tttaaattattatattaatgcaCCCCC-AA--ATATGAAG----ATGG--TCAC--AAATA------TTAAA----A------------A----A------------GTC-TGATAT-A-T-CAAAT------------C------AT----------TT---TAT--------C--A---CAT------A--TATAAAA---AATCAACAAACAAAAAAAGAAAAGAA----------A---T--------T------A-AACCTACAAATGTA--AAA--A--TG--ACGATGTT--TATA---T---GTCATAA--A-A-T--CGTCACAAATGTAT-AAACAA---------TT----TGGTCAAA----TAA---GT-A-A-A---A---A--ATA-TGCTA-AAATGCTTACTGAAACactccggtaggataggggatggtaagacatcatcgacaagatgttattgattattcattaactcttgcatatatttgttttttcaatattggctagcatttcatgttc
gi|13 : AAATATATTCTATCGGTG---TATTAT-AACATCA--TATAT--TATT---T-C-GTGG---TTAA--CAAC-GAAAGCCATCAAAATATTAGGAGTTTACGTTTGTGGGTAAACACATTATTCATGC------AGCTCG-----TATCTGAGCTt
gi|14 : AGGACCCC--AA--ATGTGAAA----ATGG--TCGC--AAATGT-----TGAAA----AT-GTGAAAA--AA----A------------ATG-TGAAA---------AC------------A------AA----------AT--------------C--G---CAG------A--TGCAAAA---ATG----------------------G----------A---CA-------C------ACA---------TTTG--AAAT-A--T-------TGTTCCCATA---T---ATCTTTC--A-A-A--C----CAAATG-A--AAGAAG-T-----TGTTACAATGGTCACA----TATTAGGTCATA-A---A---A--ACGT---CACCAATA-----TCAAACC-ATTC---T--Tgatctgccatcgatcagatagttcgctcgattatttaatcttacacatatttgttctattctcattagtggttagcattacatgc
gi|14 : gtctgc-AA--ATGTGAAA----ACAAAATCGC--AGATG------CAAAA----ATGGA---CA--CA----C------------ATT-TGAAAT-ATT-GTTCC------------C------AT-----------------------------A---TAT------C--TTT-CAA---ACC----------------------A------------------------------A-A---------TGAA--AGA--AGTTGTTACAATGGTCACATA---TTAGGTCATAA--A-A-A--CGTCACCAATAT-----CAAA-C---CATTCT----TTGTCACA----Ttgtcacat
gi|15 : gtctgcaggaccccaaatgtgaaaatggtcgcaaatgttgaaaatgtgaaaaaCCC-AC--ATGTGAGA----ATGG--TCACAAAAATG------CGAAA----ATAGT---CACGCG----A------------ATG-TGGAA--A-TGGTTACAAAAG-------CGGAATAAT----------TA---TAC--------C--A---CAT------A--AGT-GAA---AC----------------------------------A---T--------GCA----A-A---------TGTA--AAA--AG-TT--TTAGTAGTGACACA---T---GTCATAA--A-A-A--
gi|16 : ttatgacacgttattcaaataccattgtagatca-TT---T-C-GTGG---TTAAC-AAATAGTGA--CTTAAAAATATTCATTATTTAAG---------AA------TAATCCTGC------TGGCCGCACACTGTTTGAGCTtatagatcatatcgagtgattgttagcataaa
gi|17 : a----------A---T--------A------A-A---------GGTA--AAC--G--TG--ACGATGGTCACATA---T---ACCATGA--A-ACA--CGTCAAAAATGT----AAAAT-CA--TA-TTT----TGGTCAT----------------A-A---A---A--CTATTCCTTCAAATA-----TGAAA-CGATCT---CAATCC--CCAGAACAGTGAAACCGCATATCTTTTG-ACA--GTTTA-TT-GT---------------------AATGCTTAATCTA--TCGAGAACTTAGATCGGGCAC--TTCTC-A----Tcatccattggggcgagggtttggcaacacgtcaccaaccaactattttatttattcgttaactcttccaattttatttttcattttcattagtgactactattgcttgttcatt
gi|18 : tAGGACTTTCGAA--ATGTGAAA----ATGC--TCAC--AAATG------
gi|18 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgt--AAATG------TGAAA----ATGCT---CA--CA----A------------ATGATTAATG-A-G-TTTAC------------C------AC----------ATACGTA---------C--AAACCATCAAAAAA--TGTAAAT---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TGTA--AAA--A--TA--ACGATGGGCACATA---T---GTCACAA--A-A-attaatgagtttaccacatacgtacaaaccatcaaaaaatgtaaatcctaaaaatgtaaaaataacgatgggcacatatgtcacaaaataaatttttggtca
gi|19 : tgacatttgaccacaccctgtatctcaaatttacgtgtaggactttcgGACCCCC-AA---TGTGAAA----ATAG--TCAC--AA-TG------TATAA----ATGGT---CA--TC----A------------ATG-TAAAAT-A-T-TTGAC------------C------ACATA-------TT---TAAGAACTTTCC--A---AAA------A--TATGAAA---ATT----------------------A----------A-------------------A-A----------GTATCATA--A--TG--ACAATGTTCACATA---T---GTCATAA--A-A-A--CGTCACAAATTCA--AAA-----A--CATTTT----TGtaaatttttggtca
gi|2 : tacGGACCCAT-AA--AAGTGAAA----ATAG--TCAC--AGATG------T-AAA----AT----------CA----A------------AT--TG------------AC------------C------A-----------------A-----------------AT------A--CGTAAAA---ACT----------------------GTGATACCTGCA---T--------A------A-A---------CGTA--AAA--A--TG--ACAATGGTCGTCGA---T---GTCATCA--A-C-A--CGTCACAA----A--AATAAA-TA--CATTTT----TGGTCACATAACTAC---GTAA-A-AT--A---AATATATTCCTACAAACA-----TGAAACTTA-TT---T--TGCCTCTAGAAAAATTAAAGTGAATATAGGATT-AAAGTGTATG-TT-GT--ACATTC-AG--TATGTCGAAATGCTTAATCTAGCT--TGAACATAGATCAGAAAC--TTTTT-A----TTTT---TGTT----TCC-ATCAA---AATAGTATTGA-AT--G-AA-----TATA---TAT---TTTC--ATTCTTTCAATTGATG---TATTTTTGAAATGACTTTTAT--T-TT-------GTGG---TTAA--CAAA---GA--C-------TATTCAGTGT---------------------TTATTCCTGC------ATGTCGTACATTATCTTAGTTttata
gi|21 : atttgaacttcaaccttgttatatcgggtacggg------A-A---------TATA--AAA--G--TT--ATGAAAGTCACATA---G---TTCATAA--A-A-AAACGTCACAAATGTG--AAAA---CA--TATTTT-----GGTCACA----TTTT--GTAA-A-ATAAA---G--ATATTCTTACAAATG-----TGAAATC--------------CTCTAGAAATTTGAAACCGAATATTGGTTA-AAAGTGTTTG-TT-GT--gctccgtggtatggagcttcatcgacctgatttttttatttact
gi|22 : ttctca------AT----------TT---TA---------CC-A---CAT------G--TGTAAA------T----------------------A----------T---T--------TCCACA-A-A---------TTTA--ACA--A--TG------TG--TACCTA---T---GTCATAA--A-A-A---GTCACAATTGTA--AAAA-------CATTTT-----AGTAGCA----TAT---GTAA-A-A---A---AT-ATATTCCTATGAATG-----TGAAATCGGTTT---T--t
gi|23 : aCCCC-AATGATATGAAA----ATTG--TCAC--AAAGG------TGAAA----ATGAT---CA--TG----A------------CAG-TAAAAT-AGT-ATTGCAACATAGAAACAC------ATAAAAAC----TT---TC---------C--A---CAT------A--TGTTAAA---
gi|24 : tgtaaa------A--TGTGAAA---CCT----------------------A----------A---A---------------A-A---------TTTA--AAA--AA-TG--ACAATGGTCACATT---T---GTAATAAGTA-A-T--CGTCACAAATGGA--AAAAAA-cccac
gi|3 : AGGACCCCA-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------TTAAA----ATGAT---CA--CA----A------------ATG-TGAAAT-ACT-ATTAC------------C------AT----------TT---TG---------CCTA---TAT------A--TGTAAAA---ACT----------------------G----------A---T--------T------A-A---------TCTA--AAA--A--TG--ACGATGGCCACATG---C---GTCATAA--ACA-A--CGTCACTAGTGTA--AAAAAAACAAACGCTTT----TAGTCACA----TAT---GTAA-A-ATAGA---A--ATATTATTACGAATG-----CGAAACCGATGT---T--TACCTCCAGAAATTTGAAACCGAATTTTGGTTG-AAAGTGTTTG-TT-GT--ACATTC-GG--CATGTTGAACTGTTCAATCAAACTAGAAAATATATATCAGATA---TTTTC-A----TTTT---TGTT----TCCTATCTT---AAATGTA-CGA-AA--ATAA-----CATA----AT---ATTCAAATTTATTCTATCAATG---TATTTTTGACATGG--TGTAT--T-TT---TAA-GTGGT--TTAA--AAGG-GTGA--CATTGAAATATTCAGTATTTAAGTTTGTATGTTAACACATTATTTCTGC------AGGTCATACGTTATTTGAGCTatacaacattgtaag
gi|4 : ---------C--A---CAA------A--TGTAAAA---CCT-------------------------------------T--------C------A-AA--------CGAA--AGA--A--AA--ACGATGGTTACATA---C---GTCATAAGAA-A-A--CGTCACAAATGTA--AAAAAA-CAAACATTTTA---CGGTCACA----CAC---GTAA-A-A---A---A---TATGC-TACAATGG-----CGAACACGATTT---T--CCTTTCTAGAAATATGGAAGCGACTGATCGCTG-TAAGTGTTTG-CT-GT--ACATTC-AA--TACGTTGAAATGCGTAAT----CCATAGAACATAGATCAGAAAC--ATTTC-A----TTTT---TATT----TTTAATCTC---CGTTGTACCGA-AA--G-AA-----AATC---TAT---TTTT-AATTAATTCTTTCGAAG---TAATTTCAACAACA--CGTATTAT-TT---T-A--TGA---TTAGT-AAAG-GAGG--CGTTAGAATATTCAGCGTTCAAGTCAGCAGGTACACACATTATTCTTTC------AGCCTGTACGTTACCGGAGCT
gi|5 : ttttaccacatgtaaattcctcA--ATGTGAAA----ATGG--TCAC--AAATG------AGAAC----ATTGT---TA--CA----A------------GTA-CGATTT-A-T-GTAAA------------C------AC----------TT---TC---------C--A---CAA------A--TGTGAAA---ACT----------------------A----------G---C--------TGTTACAA-A---------TGTA--AAA--A--TT--ACGATGGTCACAT----T---GTCGTAA--A-A-G--CATCATAAATGTA--AAA-----A--CCTTTT----TGTTC-CA----TGT---GT-A-A-A---A---C--TTAGTTCTGCAAATG-----TAAAACCGATTT---A--TGCCCCTATAAATGCGAAACC--------GTTG-CAAATGTTTC-TT-GT--ACATTCAAA--TATGTTGCAATGCTTAATCAAACTAGAGA--TTAGAT--GATATTGTCTTC-A----TTAT---GTTT----TACTATCTC---AATTGTTTCAA-AATGA-AA-----TATA---TATTTGTTTTACATTTGTAACGTCAAGGTTTTATATTTGAGA-AA--TTTAT--T-TTAGAT-ATGTGG----TAA--AAgctcggtgggagtggggtgacaa
gi|6 : aaaatatacgaaccattataatatgtaaaggAGGACCTCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAT--ATATGTGAAAATGAAA----ATGGT---CA--TATGTGAAAATGGTCATATATG-TGAAATAA-T-TTTAC------------C-------------------T---CA---------T--A---CAT------GGTTGTAAAA---ACTTATCAAA---------------A----------A---TGAGAAATCT------A-AAT-------TGTA--AAA--A--TG--TCGAT-GTTACATATGTT---GTCATAA--A-ACA--CGTCAGAAATGTA--AATATA------GTTTT----TTGTCACA----TGT---GTAA-A-A---ATTGA--GTATTCTCACAAATG-----CGAAACCGATTT---T--TCCTTTTA-AAATATGAAACTGAATATTATTTG-AAGG--------T-GT--ACATTC-AG--TACGTTAAACTGCTTAATCAAACT--AGAACATAGATCAGAAAC--TGTTCAA----TTTTGCATGTTGAAATAC-ATTTA---AAATACATTAA-AA--T-AACTGATTATA---GAT---AT--AAGTTTATTttatatacatcgaa
gi|7 : ttgc--ATGTGAAAGCAAAAGA--TCAC--ACATG------TGAAAGAAAATAGT---CA--CA----T------------ATG-TGAAAT-ATT-CTTAC------------CACAT--AT----------TT---TAACATTTTT-C--A---CA-------A--TGTTAAA---CCT---------------------------------A---C--------C------A-A---------TGTA--AAA--G--TG--GCGATGATCACATA---T---GTCCTTT--A-A-A--CGTCACAAATGTATTACTAAA-CA--CATTTC----TGGTCACA----TAT---GTGA-A-A---A---A--ATACTCCTTCAAATG-----TGTAGCCGA-TT---T--TCTCTCTAT--ATATAAAACAGAATATTGGTTA-AAAGCG-TTG-TT-GT--ACGTCC-AGAATA-GTT-AAATGCTTAATCAAACT---GAATATATTTCAGAAAT--TGTTC-A----ATTT---TGTT----T-------------TTTTATGGG-AA--A-AG-----AA------AT---CCT--AATTTATTCTATATATG---CGTTTTTaaatgattt
gi|8 : AGGAACCCC-AA--ATGTGAAA----ATGG--TCAA--AAATG------TGCAA----ATTGT---CA--AA----A------------ATG-TTAAAT-AGT-TTTACAA----------C------ATATGGAAAAACTT---TC---------C--A---GAA------A--TATGAAACATACA----------------------A----------AAATT--------T------A-A---------TGTA--AAACTG--TG--GCGATGTTCACATA---T---GCCATAA--A-A-AA-CGTCATAGATGTA--AAAAAA-CA-----------------ACA-----AC---ACAA-C-A---A-----------CATACACATG-----TGAAACTGATTT---T--TCCCTCTGGA------------AATACTAGTTG-AAAGTGTTTG-TTGGTCAACAAAC--G--TACGATGCAAT--TTAATC
gi|9 : tgtA--A-A-A--CGTCACAAATGTG--AAAA-------CATTTT----TGGTCACA----AAT---GTAA-A---------------------CAAATG-----TGAACCCGATTT---C---CCCGCTATAAA-GTGAGACCACATATTGGTTG-AAAGAGTGTG-CT-GT--ACATTC-AG--TATGTTGAAATGTTTAAGCGAACTTGAACATATATATCAGAAAC--GTTTT-A----CTTT---TGTT----TTCTGTCTCCAAAAATGTATCGA-AA--G-AA-----AATA---TA-----TTCTGATTTATTCTATCGGTG---TGTTTTTGagtgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTGTATTGTTTTTCAACACCAGAAGAAACTTCAGATCCCATCAAAGGAAATAATATCCGACATTCAAATGTGCCAAACTGTCGTCTAAATGTAATTTGTTAATGAATGTTGAATTGATTTCCAACTCTCATTATCTGTTAAAGGAATTATTTAATAAACCGATA
Unaligned ( gi|25 ): TGAGAAAATGGTCACACATGTAAAAAAAAATGG