lowQualScore : 1 55555555555555555555555555555 22222222222 111 5555555555555555555555555 3333333 111111 11111111 11111
lowQualScore : 5 2 0 00000000000000000000000000000 2 444 22222222222 2 000 6 1 1111111111111111111111111 3333 1 5555 3 666 9999999 55 111111 4 66 66666666 4 11111 6
lowQualScore : . . . ............................. . ... ........... . ... . . ......................... .... . .... . ... ....... .. ...... . .. ........ . ..... .
lowQualScore : 0 9 2 11111111111111111111111111111 7 777 99999999999 7 222 6 1 1111111111111111111111111 0000 4 3333 6 444 2222222 00 555555 0 00 00000000 2 22222 0
consensus : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGAT-GC-CC----C-----C------A---N-TT-T---T-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG------AAGTCAGT--G--------TT-TG-AGTCCTTGACA----TTTTATTATCCA-T---AAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGTC--ANAAGCATT
Reference ( gi|6 ) : ATGTGGCCATGGGAC-ATGGAT-TC-CC----C-----C------A---A-TT-T---T-------G---CT-TAGATTTTGGAAACAG------AATTAAGTCTG--------TT-TG-AGTCCTTGACA----TTTTATTATCCA-T---AAATGATGCATGCA--AAGCAG------TCAATATATGCCTGTAA-C----AAGTC--ATGAGTATTCT
gi|1 : ATATGTCAATTAGAC-ATGGAT-AC-CC----CTGCTTC------A---G-CT-T---T-------G---CT-TGGTATTCAAAAACAG------AAGTCAGT-----------TT-TG-AGTCCATGATAGATATTTTATTATCCA-T---AAACAA-GAATGCA--AAGCAC------TCAATATATACCTAT---C-----AGTC--AAAAGCATT
gi|4 : aaatgatatcatcttaaacaattattttggtctgcaaatactaaatacttaaatatcaactagaaATGTGTCATTGGAAC-ACAAAT-AC-CC----C-----CGCTTC-A---A-TT-TATTT-------C---TT-TATACTTTGAAAACAGTCAGTGAAAAAAGTCTAAAAAATAATT-TG-AATCCTTGACA----CTTTATTATCCA-T---AAATAAGGAGTACA--AGGCAG------TCA----ATGTCTGTGA-CAATTAAGCC--AGAAGCATTa
gi|13 : ataaactaaaaATGTGTCCATGGGGC-ATGAAT-TC-CT----C-----CACTTCAA---A-TTAT---T-------G---CT-TAGACTTTGAAAATAG----------AAGTCAG--------TTACA-AGTCCTTGGCA----TTTTAT
gi|9 : aactaaaATGTGCCCACCTGAC-ATGGAT-GC-CC----C-----C------A---CCTT-T---T-------G---CT-TAGACTT------CAG--------------TTG--------T---G-AGTCCATGACA----TTTTATTATCAA-T---AAATAA-GAGTGCACTAAGATG------TCAATA----CCAATGA-C----AAG----ATGA
gi|3 : aATGTGTCCATGGAAC-ACAGATGTC-CCAACTT-----C------A---G-TT-T---T-------G---CTGTAGATTTTAAAAACTG------AAATCAGTACA--------TT--------------A----TTTTATTAACCA-T---GAACGAGGATTGCA--AAGCAGCGGATATGTATATATACCCATGATT----AAGTCATATAAGCATTaagcatc
gi|16 : ttgttctgttcctaatcaaatacataaacacaagaacgagttcATGTGTCAATGGTATTATAGAT-GA-AC----C-----C------AT--G-TT-T---T-------G---TT-TAGACTTTGAAAACTG------ATGTCAGT-----------TT-TG-AGTCCTTGATA----TTTTAataa
gi|10 : aaaaATGT--TCATGAGAC-ACGTA---CACC----C-----C------A---C-GT-T---T-------A---CT-CA--CCCTGAAAACAG------AAGTCAG---G--------TT-TG-CATCCATGACA----TTTTGTTTACCA-C---A-------CA---G--AAGAGG------GCAATATATACACGTAA-C----AGGTC--AAAAGCAT
gi|17 : cATGTTTCCATGGGAC-ACAGAT-GC-TC----CAA---CTAA---A---G-TT-T---T-------G---CT-TAGACTTAGAAAGCAG------AGGTCAGTTT
gi|7 : aactacaaATGTGTCT-TTGGAC-AGAGAT--A-CC----C-----C------ACTTA-TT-T---TTTTCTT-G---CT-TCGACTTTGAAAACTG------AAGTCAGT-----------TT-TG-AGCCCTTGACC----TT
gi|14 : tatatttatttaaatggttgtcactggtttaaaatattacacactagaagaaTGTGTCCATGGGAT-ATGGAT-GC-CG----T-----CTTTA--A---A-TT-T---TT------G---CT-TA--CTTTGAAAACAG------GAGCAGGT-----------TT-TC-AGTCCTTGACA----ATTT
gi|5 : aactaaaatCCATAGGAC-ACGGATATCACT----T-----C------------TT-T---C-------AAGACT-CAAGATTTGAAAACCA------AAGTCAGTTT----------C-TG-AGCTTCTGATA----GACTATTTCCCA-T---AAAATAGGAGTGCA--GATCAT------ACAGTATACGCCCAT-A-C----AAGCC--AGAAACATT
gi|2 : gaaatatatCATTGGAC-ATAGAT-GT-AC----C-----C------A---C-TT-T---TAAATATTG---CT-TAG---TTGAAAACAG------ATCTATGTCAG--------TT-TGGAGTT-TTGACA----TTTCAGTAACCA-T---AAACAAGGAGTGTA--AAGCAA------TCAATGTATat
gi|15 : aaatcaaaccacattaacaattaaattaactacagtctgcaaattttcctaggagtcaacatctgatcaatgatttaaactaaaaaaaATGAGAC-ACAGAC-GC-CC----C-----C------T-----TT-T---T-------T---CT-TAGACTTTAAAAACAA------AAGTCAGT-----------TT-TC-AGTCCCAGACA----TTT
gi|12 : aactagattgtgtttttGGAC-ACAGAT-GC-CC----A-----C------A---C-TT-T---TC------A---CT-TAGAATTTGAAAAT----------TTGAGTCTG--------------------TGATG----TTTTATTTTCCA-TGAAAAAGGAT---TGCA--AA-CAG------TCAATAT
gi|8 : tatgtctttatT-T---T-------G---CT-TAATCTTTGAAAACAA------AGGTCAAT-----------TT-TG-AGTCCTTGACA----ATCCATTATCCA-T---AAACAA---GTGCA--AAGCAG------CCAATATATTCCCCTAA-C----AA
gi|19 : gtagaaatgtattgtcactgctctaatttaTTGACA----ATTTATTATCTAAT---AAATGAAGAGTGCA--AGGCAG------TCactggaagca
gi|20 : tgattagatttGACA----TTTTATTGTCCA-T---AAACAAGAAGTGCA--AA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AATACTAAATGTTACTGAATATTCAAAGCAACTAGAAATATGTCAAATAGAAACAGATGCCCGTATTTCTTGCTCAGACATTAAAAATATACATGTAGCTCAGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCCATATTTACAAACTTGACAAGCAGAAAATTGATCAACAATGAGTGGCCCGTAACAAGCCAGAAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTTCAAAAGTTCTCAATTTTAAAAAATATGGACAGAAATG
Unaligned ( gi|22 ): TAAACTACAAATGTTTCCATGGGACACAGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222 1111111 1111111111 3333 11 111111 1111
lowQualScore : 2 2 999999999999999999999999 5555555 444 2 0000000000 444 2 55555 0000 0 5555 3 00 44 000000 1 1 8 5 0000 66 1
lowQualScore : . . ........................ ....... ... . .......... ... . ..... .... . .... . .. .. ...... . . . . .... .. .
lowQualScore : 4 5 555555555555555555555555 9999999 111 4 9999999999 444 5 99999 5555 2 0000 3 88 66 555555 0 1 5 0 6666 99 0
consensus : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCC-----C-----AC-TT--------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A---A-GTC-----AGT----TTTGAGTCCTTGACA----TTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
Reference ( family-1220 ) : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCC-----C-----AN-TT--------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A---A-GTC-----AGT--G-TTTGAGTCCTTGACA----TTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGTC--ANAAGCATT
gi|1 : ATATGTCAATTAGAC-ATGGATAC-CCCTGCTTC-----AG-CT--------TT-------G---CT-TGGTATTCAAAAACAG----------A---A-GTC-----AGT----TTTGAGTCCATGATAGATATTTTATTATCCA-TAAACAAGAA-TGCA--AAGCAC------TCAATATATACCTAT---C-----AGTC--AAAAGCATT
gi|10 : aaatgatatcatcttaaacaattattttggtctgcaaatactaaatacttaaatatcaactagaaTGTTCATGAGAC-ACG--TACACCC-----C-----AC-GT--------TT-------A---CT-CA--CCCTGAAAACAG----------A---A-GTC-----AG---G-TTTGCATCCATGACA----TTTTGTTTACCA-CACA-GAAGAGGGCA--A---------------TATATACACGTAA-C----AGGTC--AAAAGCATa
gi|11 : caATATGTCAAATAGAA-ACAGATGC-CCG-----T-----AT-TTC-------TT-------G---CT-CAGACATTAAAAATA
gi|12 : aatactaaatgttactgaatattcaaagcaactagaaATGTCTTTATGG-AC-ACAGATGC-CCA-----C-----AC-TT--------TTC------A---CT-TAGAATTTGAAAA----------------------------------TTTGAGTCTGTGATG----TTTTATTTTCCA-TGAAAAAGGATTGCA--AA-CAG------TCAATATtacatgtagctcagttt
gi|13 : tATGTGTCCATGGGGC-ATGAATTC-CTC-----C-----AC-TTCAAATTA-TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAATAG----------A---A-GTC-----AGT----TACAAGTCCTTGGCA----TTTTAT
gi|14 : aactaaaTGTGTCCATGGGAT-ATGGATGC-CGT-----CTTTAAAT-TT--------TT-------G---CT-T--ACTTTGAAAACAG----------G---A-G-C-----AGG--T-TTTCAGTCCTTGACA----ATTT
gi|15 : aactaaaatTGTTTTTATGAGAC-ACAGACGC-CCC-----C------T-TT--------TT-------T---CT-TAGACTTTAAAAACAA----------A---A-GTC-----AGT----TTTCAGTCCCAGACA----TTT
gi|16 : aactagattgATGTGTCAATGGTATTATAGATGA-ACC-----C-----ATGTT--------TT-------G---TT-TAGACTTTGAAAACTG----------A---T-GTC-----AGT----TTTGAGTCCTTGATA----TTTTA
gi|17 : aaaaATGTTTCCATGGGAC-ACAGATGC-TCCAA---CTAA--AG-TT--------TT-------G---CT-TAGACTTAGAAAGCAG----------A---G-GTC-----AGT--
gi|19 : aactacaaTTGACA----ATTTATTATCTAATAAATGAAGAGTGCA--AGGCAG------TCtt
gi|2 : tgattagatttCATTGGAC-ATAGATGT-ACC-----C-----AC-TT--------TTAAATATTG---CT-TAG---TTGAAAACAG----------ATCTATGTC-----AGT----TTGGAGTT-TTGACA----TTTCAGTAACCA-TAAACAAGGAGTGTA--AAGCAA------TCAATGTAT
gi|20 : aaatcaaaccacattaacaattaaattaactacagtctgcaaattttcctaggagtcaacatctgatcaatgatttaaactaaaaaaaC-----AGT----TTTGTGTCAG-GACA----TTTTATTGTCCA-TAAACAAGAAGTGCA--AA
gi|22 : ATGTTTCCATGGGAC-ACAGATagc
gi|3 : taaactacaaATGTGTCCATGGAAC-ACAGATGT-CCCAACTTC-----AG-TT--------TT-------G---CTGTAGATTTTAAAAACTG----------A---A-ATC-----AGT--A--------CATT---A----TTTTATTAACCA-TGAACGAGGATTGCA--AAGCAGCGGATATGTATATATACCCATGATT----AAGTCATATAAGCATT
gi|4 : ttgttctgttcctaatcaaatacataaacacaagaacgagttcATGTGTCATTGGAAC-ACAAATAC-CCC-----C-----GC-TTCAATTTATTT-------C---TT-TATACTTTGAAAACAGTCAGTGAAAAA---A-GTCTAAAAAAT--AATTTGAATCCTTGACA----CTTTATTATCCA-TAAATAAGGAGTACA--AGGCAG------TCAATGT----CTGTGA-CAATTAAGCC--AGAAGCATTataa
gi|5 : ataaactaaaaATATATCCATAGGAC-ACGGATAT-CAC-----T-----TC-TT--------TC-------AAGACT-CAAGATTTGAAAACCA----------A---A-GTC-----AGT--T-TCTGAGCTTCTGATA----GACTATTTCCCA-TAAAATAGGAGTGCA--GATCAT------ACAGTATACGCCCAT-A-C----AAGCC--AGAAACATT
gi|6 : gaaATGTGGCCATGGGAC-ATGGATTC-CCC-----C-----AA-TT--------TT-------G---CT-TAGATTTTGGAAACAG----------A---A-TTA-----AGTCTG-TTTGAGTCCTTGACA----TTTTATTATCCA-TAAATGATGCATGCA--AAGCAG------TCAATATATGCCTGTAA-C----AAGTC--ATGAGTATTat
gi|7 : ATGTGTCT-TTGGAC-AGAGATAC-CCCACT--T-----AT-TT--------TTTTCTT--G---CT-TCGACTTTGAAAACTG----------A---A-GTC-----AGT----TTTGAGCCCTTGACC----TTct
gi|8 : tatatttatttaaatggttgtcactggtttaaaatattacacactagaagaaT--------TT-------G---CT-TAATCTTTGAAAACAA----------A---G-GTC-----AAT----TTTGAGTCCTTGACA----ATCCATTATCCA-TAAAC---AAGTGCA--AAGCAG------CCAATATATTCCCCTAA-C----AAACT--GGAAGCA
gi|9 : gtagaaatgtattgtcactgctctaatttaATGTGCCCACCTGAC-ATGGATGC-CCC-----C-----ACCTT--------TT-------G---CT-TAGACTT---------------------------C-----AGT----TGTGAGTCCATGACA----TTTTATTATCAA-TAAAT-AAGAGTGCACTAAGATG------TCA----ATACCAATGA-C----AAGAT--GAAAGCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCCATATTTACAAACTTGACAAGCAGAAAATTGATCAACAATGAGTGGCCCGTAACAAGCCAGAAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTTCAAAAGTTCTCAATTTTAAAAAATATGGACAGAAATG
Alignments
lowQualScore : 333333333 1111111 1111111111111111 11 111111 1111 1111
lowQualScore : 2 2 66666 5 55555 999999999 0000000 444 2 0 5555555555555555 2 2 55555 666 2 5555 3 33 44 000000 1 1 8 5 0000 1 1111
lowQualScore : . . ..... . ..... ......... ....... ... . . ................ . . ..... ... . .... . .. .. ...... . . . . .... . ....
lowQualScore : 4 5 22222 0 99999 777777777 0000000 111 4 6 0000000000000000 4 4 66666 999 2 0000 3 66 66 555555 0 1 5 0 6666 1 1111
consensus : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
Reference ( family-1220 ) : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
gi|1 : ATATGTCAATTAGAC-ATGGATAC-CCCT-----GC-T-----TCAGCT----TT-------G---CT-TGGTATTCAAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCCATGATAGATATTTTATTATCCA-TAAAC-AAGAATGCA--AAGCAC------TCAATATATACCTAT---C-----AGTC--AAAAGCATT
gi|10 : aaatgatatcatcttaaacaattattttggtctgcaaatactaaatacttaaatatcaactagaaTGTTCATGAGAC-ACG--TACACCCC-----AC-G-----T---------TT-------A---CT-CA--CCCTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGG---TT-TGCATCC----ATGACATTTTGTTTACCA-CACA-GAAGAG-----------G------GCAATATATACACGTAA-C----AGGTC--AAAAGCATa
gi|11 : caATATGTCAAATAGAA-ACAGATGC-CCGT-----AT-T-----TC--------TT-------G---CT-CAGACATTAAAAATAT----------ACATGTA-GCTC-----AGT---TT-
gi|12 : aatactaaatgttactgaatattcaaagcaactagaaATGTCTTTATGG-AC-ACAGATGC-CCAC-----AC-T-----T---------TTC------A---CT-TAGAATTTGAAAA------------------------------------TT-TGAGTCT----GTGATGTTTTATTTTCCA-TGAAAAAGGATTGCA--AA-CAG------TCAATAT
gi|13 : tATGTGTCCATGGGGC-ATGAATTC-CTCC-----AC-T-----TCAAATTA--TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAATAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TA-CAAGTCC----TTGGCATTTTAT
gi|14 : aactaaaTGTGTCCATGGGAT-ATGGATGC-CGTCTTTAAAT-T-----T---------TT-------G---CT-TA--CTTTGAAAACAG----------G-----A-G-CA-----GGT---TT-TCAGTCC----TTGACAATTT
gi|15 : aactaaaatTGTTTTTATGAGAC-ACAGACGC-CCCC------T-T-----T---------TT-------T---CT-TAGACTTTAAAAACAA----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TCAGTCC----CAGACATTT
gi|16 : aactagattgATGTGTCAATGGTATTATAGATGA-ACCC-----ATGT-----T---------TT-------G---TT-TAGACTTTGAAAACTG----------A-----T-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGATATTTTA
gi|17 : aaaaATGTTTCCATGGGAC-ACAGATGC-TCCA-----AC-TAAAGTT---------TT-------G---CT-TAGACTTAGAAAGCAG----------A-----G-G-TC-----AGT---TT-
gi|19 : aactacaa----TTGACAATTTATTATCTAATAAATGAAGAGTGCA--AGGCAG------TC
gi|2 : tgattagatttCATTGGAC-ATAGATGT-ACCC-----AC-T-----T---------TTAAATATTG---CT-TAG---TTGAAAACAG----------ATCT--ATG-TC-----AGT---TT-GGAGTT-----TTGACATTTCAGTAACCA-TAAACAAGGAGTGTA--AAGCAA------TCAATGTAT
gi|20 : aaatcaaaccacattaacaattaaattaactacagtctgcaaattttcctaggagtcaacatctgatcaatgatttaaactaaaaaaaC-----AGT---TT-TGTGTCA----G-GACATTTTATTGTCCA-TAAACAAGAAGTGCA--AA
gi|22 : ATGTTTCCATGGGAC-ACAGATagc
gi|3 : taaactacaaATGTGTCCATGGAAC-ACAGATGT-CCCA-----AC-T-----TCAGTT----TT-------G---CTGTAGATTTTAAAAACTG----------A-----A-A-TC-----AGT--------A--CA----TT---ATTTTATTAACCA-TGAACGAGGATTGCA--AAGCAGCGGATATGTATATATACCCATGATT----AAGTCATATAAGCATT
gi|4 : ttgttctgttcctaatcaaatacataaacacaagaacgagttcATGTGTCATTGGAAC-ACAAATAC-CCCC-----GC-T-----TCAATTTAT-TT-------C---TT-TATACTTTGAAAACAGTCAGTGAAAAA-----A-G-TCTAAAAAATAA-TT-TGAATCC----TTGACACTTTATTATCCA-TAAATAAGGAGTACA--AGGCAG------TCAATGT----CTGTGA-CAATTAAGCC--AGAAGCATTataa
gi|5 : ataaactaaaaATATATCCATAGGAC-ACGGATAT-CACT-----TC-T-----T---------TC-------AAGACT-CAAGATTTGAAAACCA----------A-----A-G-TC-----AGT---TTCTGAGCTT----CTGATAGACTATTTCCCA-TAAAATAGGAGTGCA--GATCAT------ACAGTATACGCCCAT-A-C----AAGCC--AGAAACATT
gi|6 : gaaATGTGGCCATGGGAC-ATGGATTC-CCCC-----AA-T-----T---------TT-------G---CT-TAGATTTTGGAAACAG----------A-----A-T-TA-----AGTCTGTT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAATGATGCATGCA--AAGCAG------TCAATATATGCCTGTAA-C----AAGTC--ATGAGTATTat
gi|7 : ATGTGTCT-TTGGAC-AGAGATAC-CCC------AC-T-----TATTTTTTTCTT-------G---CT-TCGACTTTGAAAACTG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGCCC----TTGACCTTct
gi|8 : tatatttatttaaatggttgtcactggtttaaaatattacacactagaagaa-----T---------TT-------G---CT-TAATCTTTGAAAACAA----------A-----G-G-TC-----AAT---TT-TGAGTCC----TTGACAATCCATTATCCA-TAAAC---AAGTGCA--AAGCAG------CCAATATATTCCCCTAA-C----AAACT--GGAAGCA
gi|9 : gtagaaatgtattgtcactgctctaatttaATGTGCCCACCTGAC-ATGGATGC-CCCC-----ACCT-----T---------TT-------G---CT-TAGACTT------------------------------C-----AGT---TG-TGAGTCC----ATGACATTTTATTATCAA-TAAAT-AAGAGTGCACTAAGATG------TCA----ATACCAATGA-C----AAGAT--GAAAGCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCCATATTTACAAACTTGACAAGCAGAAAATTGATCAACAATGAGTGGCCCGTAACAAGCCAGAAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTTCAAAAGTTCTCAATTTTAAAAAATATGGACAGAAATG
Alignments
lowQualScore : 333333333 1111111 1111111111111111 11 111111 1111 1111
lowQualScore : 2 2 66666 5 55555 999999999 0000000 444 2 0 5555555555555555 2 2 55555 666 2 5555 3 33 44 000000 1 1 8 5 0000 1 1111
lowQualScore : . . ..... . ..... ......... ....... ... . . ................ . . ..... ... . .... . .. .. ...... . . . . .... . ....
lowQualScore : 4 5 22222 0 99999 777777777 0000000 111 4 6 0000000000000000 4 4 66666 999 2 0000 3 66 66 555555 0 1 5 0 6666 1 1111
consensus : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
Reference ( family-1220 ) : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
gi|1 : ATATGTCAATTAGAC-ATGGATAC-CCCT-----GC-T-----TCAGCT----TT-------G---CT-TGGTATTCAAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCCATGATAGATATTTTATTATCCA-TAAAC-AAGAATGCA--AAGCAC------TCAATATATACCTAT---C-----AGTC--AAAAGCATT
gi|10 : aaatgatatcatcttaaacaattattttggtctgcaaatactaaatacttaaatatcaactagaaTGTTCATGAGAC-ACG--TACACCCC-----AC-G-----T---------TT-------A---CT-CA--CCCTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGG---TT-TGCATCC----ATGACATTTTGTTTACCA-CACA-GAAGAG-----------G------GCAATATATACACGTAA-C----AGGTC--AAAAGCATa
gi|11 : caATATGTCAAATAGAA-ACAGATGC-CCGT-----AT-T-----TC--------TT-------G---CT-CAGACATTAAAAATAT----------ACATGTA-GCTC-----AGT---TT-
gi|12 : aatactaaatgttactgaatattcaaagcaactagaaATGTCTTTATGG-AC-ACAGATGC-CCAC-----AC-T-----T---------TTC------A---CT-TAGAATTTGAAAA------------------------------------TT-TGAGTCT----GTGATGTTTTATTTTCCA-TGAAAAAGGATTGCA--AA-CAG------TCAATAT
gi|13 : tATGTGTCCATGGGGC-ATGAATTC-CTCC-----AC-T-----TCAAATTA--TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAATAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TA-CAAGTCC----TTGGCATTTTAT
gi|14 : aactaaaTGTGTCCATGGGAT-ATGGATGC-CGTCTTTAAAT-T-----T---------TT-------G---CT-TA--CTTTGAAAACAG----------G-----A-G-CA-----GGT---TT-TCAGTCC----TTGACAATTT
gi|15 : aactaaaatTGTTTTTATGAGAC-ACAGACGC-CCCC------T-T-----T---------TT-------T---CT-TAGACTTTAAAAACAA----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TCAGTCC----CAGACATTT
gi|16 : aactagattgATGTGTCAATGGTATTATAGATGA-ACCC-----ATGT-----T---------TT-------G---TT-TAGACTTTGAAAACTG----------A-----T-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGATATTTTA
gi|17 : aaaaATGTTTCCATGGGAC-ACAGATGC-TCCA-----AC-TAAAGTT---------TT-------G---CT-TAGACTTAGAAAGCAG----------A-----G-G-TC-----AGT---TT-
gi|19 : aactacaa----TTGACAATTTATTATCTAATAAATGAAGAGTGCA--AGGCAG------TC
gi|2 : tgattagatttCATTGGAC-ATAGATGT-ACCC-----AC-T-----T---------TTAAATATTG---CT-TAG---TTGAAAACAG----------ATCT--ATG-TC-----AGT---TT-GGAGTT-----TTGACATTTCAGTAACCA-TAAACAAGGAGTGTA--AAGCAA------TCAATGTAT
gi|20 : aaatcaaaccacattaacaattaaattaactacagtctgcaaattttcctaggagtcaacatctgatcaatgatttaaactaaaaaaaC-----AGT---TT-TGTGTCA----G-GACATTTTATTGTCCA-TAAACAAGAAGTGCA--AA
gi|22 : ATGTTTCCATGGGAC-ACAGATagc
gi|3 : taaactacaaATGTGTCCATGGAAC-ACAGATGT-CCCA-----AC-T-----TCAGTT----TT-------G---CTGTAGATTTTAAAAACTG----------A-----A-A-TC-----AGT--------A--CA----TT---ATTTTATTAACCA-TGAACGAGGATTGCA--AAGCAGCGGATATGTATATATACCCATGATT----AAGTCATATAAGCATT
gi|4 : ttgttctgttcctaatcaaatacataaacacaagaacgagttcATGTGTCATTGGAAC-ACAAATAC-CCCC-----GC-T-----TCAATTTAT-TT-------C---TT-TATACTTTGAAAACAGTCAGTGAAAAA-----A-G-TCTAAAAAATAA-TT-TGAATCC----TTGACACTTTATTATCCA-TAAATAAGGAGTACA--AGGCAG------TCAATGT----CTGTGA-CAATTAAGCC--AGAAGCATTataa
gi|5 : ataaactaaaaATATATCCATAGGAC-ACGGATAT-CACT-----TC-T-----T---------TC-------AAGACT-CAAGATTTGAAAACCA----------A-----A-G-TC-----AGT---TTCTGAGCTT----CTGATAGACTATTTCCCA-TAAAATAGGAGTGCA--GATCAT------ACAGTATACGCCCAT-A-C----AAGCC--AGAAACATT
gi|6 : gaaATGTGGCCATGGGAC-ATGGATTC-CCCC-----AA-T-----T---------TT-------G---CT-TAGATTTTGGAAACAG----------A-----A-T-TA-----AGTCTGTT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAATGATGCATGCA--AAGCAG------TCAATATATGCCTGTAA-C----AAGTC--ATGAGTATTat
gi|7 : ATGTGTCT-TTGGAC-AGAGATAC-CCC------AC-T-----TATTTTTTTCTT-------G---CT-TCGACTTTGAAAACTG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGCCC----TTGACCTTct
gi|8 : tatatttatttaaatggttgtcactggtttaaaatattacacactagaagaa-----T---------TT-------G---CT-TAATCTTTGAAAACAA----------A-----G-G-TC-----AAT---TT-TGAGTCC----TTGACAATCCATTATCCA-TAAAC---AAGTGCA--AAGCAG------CCAATATATTCCCCTAA-C----AAACT--GGAAGCA
gi|9 : gtagaaatgtattgtcactgctctaatttaATGTGCCCACCTGAC-ATGGATGC-CCCC-----ACCT-----T---------TT-------G---CT-TAGACTT------------------------------C-----AGT---TG-TGAGTCC----ATGACATTTTATTATCAA-TAAAT-AAGAGTGCACTAAGATG------TCA----ATACCAATGA-C----AAGAT--GAAAGCAT
blockSeqs : T A TTTAA G AAAGT ATTTTTTTC AAATATT AGA G TCAGTGAAAAA T C TAAAA CTG C . A AA CT CGGATA A G A T AATT T ATAT
blockSeqs : . . . C . CAATTTAT C . . ACATGT . . . AA . . . TG . . A A G . . T AA
blockSeqs : . . . . . CAAATTA . . . ATCT . . . . . . . CA . . G G G . . C AG
blockSeqs : . . . . . CAGTT . . . A . . . . . . . CA . . G A A . . C AG
blockSeqs : . . . . . C . . . A . . . . . . . CG . . T G A . . T AT
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . TA . . A C G . . C GG
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . AT . . . A . . . A GA
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ********* **** CG
originalCons : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
finalCons : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCCATATTTACAAACTTGACAAGCAGAAAATTGATCAACAATGAGTGGCCCGTAACAAGCCAGAAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTTCAAAAGTTCTCAATTTTAAAAAATATGGACAGAAATG
Alignments
lowQualScore : 333333333 1111111 1111111111111111 11 111111 1111 1111
lowQualScore : 2 2 66666 5 55555 999999999 0000000 444 2 0 5555555555555555 2 2 55555 666 2 5555 3 33 44 000000 1 1 8 5 0000 1 1111
lowQualScore : . . ..... . ..... ......... ....... ... . . ................ . . ..... ... . .... . .. .. ...... . . . . .... . ....
lowQualScore : 4 5 22222 0 99999 777777777 0000000 111 4 6 0000000000000000 4 4 66666 999 2 0000 3 66 66 555555 0 1 5 0 6666 1 1111
consensus : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
Reference ( family-1220 ) : ATGTGTCCATGGGAC-ACGGATGC-CCCC-----AC-T-----T---------TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAACGAGGAGTGCA--AAGCAG------TCAATATATACCCGTGA-C----AAGCC--GGAAGCATT
gi|1 : ATATGTCAATTAGAC-ATGGATAC-CCCT-----GC-T-----TCAGCT----TT-------G---CT-TGGTATTCAAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCCATGATAGATATTTTATTATCCA-TAAAC-AAGAATGCA--AAGCAC------TCAATATATACCTAT---C-----AGTC--AAAAGCATT
gi|10 : aaatgatatcatcttaaacaattattttggtctgcaaatactaaatacttaaatatcaactagaaTGTTCATGAGAC-ACG--TACACCCC-----AC-G-----T---------TT-------A---CT-CA--CCCTGAAAACAG----------A-----A-G-TC-----AGG---TT-TGCATCC----ATGACATTTTGTTTACCA-CACA-GAAGAG-----------G------GCAATATATACACGTAA-C----AGGTC--AAAAGCATa
gi|11 : caATATGTCAAATAGAA-ACAGATGC-CCGT-----AT-T-----TC--------TT-------G---CT-CAGACATTAAAAATAT----------ACATGTA-GCTC-----AGT---TT-
gi|12 : aatactaaatgttactgaatattcaaagcaactagaaATGTCTTTATGG-AC-ACAGATGC-CCAC-----AC-T-----T---------TTC------A---CT-TAGAATTTGAAAA------------------------------------TT-TGAGTCT----GTGATGTTTTATTTTCCA-TGAAAAAGGATTGCA--AA-CAG------TCAATAT
gi|13 : tATGTGTCCATGGGGC-ATGAATTC-CTCC-----AC-T-----TCAAATTA--TT-------G---CT-TAGACTTTGAAAATAG----------A-----A-G-TC-----AGT---TA-CAAGTCC----TTGGCATTTTAT
gi|14 : aactaaaTGTGTCCATGGGAT-ATGGATGC-CGTCTTTAAAT-T-----T---------TT-------G---CT-TA--CTTTGAAAACAG----------G-----A-G-CA-----GGT---TT-TCAGTCC----TTGACAATTT
gi|15 : aactaaaatTGTTTTTATGAGAC-ACAGACGC-CCCC------T-T-----T---------TT-------T---CT-TAGACTTTAAAAACAA----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TCAGTCC----CAGACATTT
gi|16 : aactagattgATGTGTCAATGGTATTATAGATGA-ACCC-----ATGT-----T---------TT-------G---TT-TAGACTTTGAAAACTG----------A-----T-G-TC-----AGT---TT-TGAGTCC----TTGATATTTTA
gi|17 : aaaaATGTTTCCATGGGAC-ACAGATGC-TCCA-----AC-TAAAGTT---------TT-------G---CT-TAGACTTAGAAAGCAG----------A-----G-G-TC-----AGT---TT-
gi|19 : aactacaa----TTGACAATTTATTATCTAATAAATGAAGAGTGCA--AGGCAG------TC
gi|2 : tgattagatttCATTGGAC-ATAGATGT-ACCC-----AC-T-----T---------TTAAATATTG---CT-TAG---TTGAAAACAG----------ATCT--ATG-TC-----AGT---TT-GGAGTT-----TTGACATTTCAGTAACCA-TAAACAAGGAGTGTA--AAGCAA------TCAATGTAT
gi|20 : aaatcaaaccacattaacaattaaattaactacagtctgcaaattttcctaggagtcaacatctgatcaatgatttaaactaaaaaaaC-----AGT---TT-TGTGTCA----G-GACATTTTATTGTCCA-TAAACAAGAAGTGCA--AA
gi|22 : ATGTTTCCATGGGAC-ACAGATagc
gi|3 : taaactacaaATGTGTCCATGGAAC-ACAGATGT-CCCA-----AC-T-----TCAGTT----TT-------G---CTGTAGATTTTAAAAACTG----------A-----A-A-TC-----AGT--------A--CA----TT---ATTTTATTAACCA-TGAACGAGGATTGCA--AAGCAGCGGATATGTATATATACCCATGATT----AAGTCATATAAGCATT
gi|4 : ttgttctgttcctaatcaaatacataaacacaagaacgagttcATGTGTCATTGGAAC-ACAAATAC-CCCC-----GC-T-----TCAATTTAT-TT-------C---TT-TATACTTTGAAAACAGTCAGTGAAAAA-----A-G-TCTAAAAAATAA-TT-TGAATCC----TTGACACTTTATTATCCA-TAAATAAGGAGTACA--AGGCAG------TCAATGT----CTGTGA-CAATTAAGCC--AGAAGCATTataa
gi|5 : ataaactaaaaATATATCCATAGGAC-ACGGATAT-CACT-----TC-T-----T---------TC-------AAGACT-CAAGATTTGAAAACCA----------A-----A-G-TC-----AGT---TTCTGAGCTT----CTGATAGACTATTTCCCA-TAAAATAGGAGTGCA--GATCAT------ACAGTATACGCCCAT-A-C----AAGCC--AGAAACATT
gi|6 : gaaATGTGGCCATGGGAC-ATGGATTC-CCCC-----AA-T-----T---------TT-------G---CT-TAGATTTTGGAAACAG----------A-----A-T-TA-----AGTCTGTT-TGAGTCC----TTGACATTTTATTATCCA-TAAATGATGCATGCA--AAGCAG------TCAATATATGCCTGTAA-C----AAGTC--ATGAGTATTat
gi|7 : ATGTGTCT-TTGGAC-AGAGATAC-CCC------AC-T-----TATTTTTTTCTT-------G---CT-TCGACTTTGAAAACTG----------A-----A-G-TC-----AGT---TT-TGAGCCC----TTGACCTTct
gi|8 : tatatttatttaaatggttgtcactggtttaaaatattacacactagaagaa-----T---------TT-------G---CT-TAATCTTTGAAAACAA----------A-----G-G-TC-----AAT---TT-TGAGTCC----TTGACAATCCATTATCCA-TAAAC---AAGTGCA--AAGCAG------CCAATATATTCCCCTAA-C----AAACT--GGAAGCA
gi|9 : gtagaaatgtattgtcactgctctaatttaATGTGCCCACCTGAC-ATGGATGC-CCCC-----ACCT-----T---------TT-------G---CT-TAGACTT------------------------------C-----AGT---TG-TGAGTCC----ATGACATTTTATTATCAA-TAAAT-AAGAGTGCACTAAGATG------TCA----ATACCAATGA-C----AAGAT--GAAAGCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCCATATTTACAAACTTGACAAGCAGAAAATTGATCAACAATGAGTGGCCCGTAACAAGCCAGAAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTTCAAAAGTTCTCAATTTTAAAAAATATGGACAGAAATG