lowQualScore : 1 222222222222 333333333333333333 1 11111111 55555555555555555555 1111111111 888888888888 1 1 11111111 11 1 1 33
lowQualScore : 2 5 111 6 3 666666666666 999999999999999999 4 66 3 3 77777777 44444444444444444444 77 777 4 4 55 2 3333333333 888888888888 5 3 4 2 8888 4 44444444 5 4 1 66 1 6 22
lowQualScore : . . ... . . ............ .................. . .. . . ........ .................... .. ... . . .. . .......... ............ . . . . .... . ........ . . . .. . . ..
lowQualScore : 2 3 777 2 9 000000000000 333333333333333333 3 11 1 6 77777777 11111111111111111111 00 888 2 0 55 5 5555555555 000000000000 1 3 7 6 5555 0 55555555 5 4 4 55 9 8 00
consensus : NNGCGGATGATGCTGTATGGGACGAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCA-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GC---TC---AGCAC--G---C------A------TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTC-TGTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTA----------CTACCCATTCC-C-GACCATCTTG-TGACAGAGCTCG----AG-GATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
Reference ( gi|3 ) : GTGCAGATGATGCTGTATGTGACGAGCTTTGCTAGAAAGCGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCAAAC--CTTCGAAGACTAGAACA-GC---AC---AGCAC------C------A------TCGCAGGA---ACGTCTCGGCTGACTC-TGTCTCC--GTGTACTGGAAGCATGTTCTGTA----------CT----------T-GACCATATTG-TGGCAGATCTCG----AG-GATCGTC--------TACTCATATCACATGGCCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGATGGTCCCTAGAAGAT-TATACGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTTTAACCGTGACAAACATCGCCC
gi|2 : GCGGATGATGCTGTATGACACGAGCTTTACCAGAAAGCGGTGCCGATTGCTGAAGTATACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGGAG--TCAAACA-GC---TC---AGCACATG---C------AACC---TCTTGGGA---ACATTCCAGCTGACTT-TGTCTCC--GTGTAGTGGAAGCGTGTTCTGTA----------CTACACATTCCTC-GACCATCTTG-TGACAGAGCTCA----AG-GATCGTC--------TACTCATA--GCATGGCCGCTTC
gi|10 : agGCGGATGATGCTGTATGGAACAAGCTTTACTAAAAAA-GGTGTCA-TTGCTGAAGTGTACGA--------------G---GTTGAAC--TTTCGAAGCCTAGAACATGC---TC---TGTAC------T------A------CCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggttagatgatagataaacttcctgacttaatgagcactatagccgtgacaaacaaggacctttatcc
gi|11 : agagaGCGGATGGTGGTGTATGGGAGGAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCATTAGCT--AGTGTACGA--------------G---GTCGAACTTTTTCCAAGCCTTGAACA-GC---AC---AGCAtattcctcatatatcttggctcagagcttgtctactcatagcacataactgcttcttgcccagtacctgatcc
gi|6 : gagaGCAGATGATGCTATATGGGACGATCTTTACCAGtgctctgtactacccattcctcgaccaccttgtgagagagctcgagggtcgtctacttatagcacatgaccgcttc
gi|7 : gagaGATGATGCTGT-TTTGAAGG--------AGAAAGTGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACAAGGTCAAACAAGGTACAAGGTCAAAC--CTCCGCAGACTAGAACA-GCTCAACGCCAGCAA------C------A------TTGTGGGA---ACGTCTCGTCTCACTC-CGTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGTTCTGTA----------CT----------T-GAACGTCTTG-TGGCAGAGCTCG----TG-GATCGTC--------TACTCGTATCACATGACCGCTTtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|8 : agtgGATGATGTTGTATGGGTTAAGCTTTACCAGAAAGC------------TGAAGTGTACTA--------------T---GTCGAGC--CTTCGAATCCTAGAACA-GC---TC---AGCACGAGCTAC------A------TCGCGAGA---TCGTCTGAGCTGTCTC-TGTCTCC--GTGTACTGGATGCGTTTTATTTA----------CT----------C-GACCATCTTG-TGACAGAGCTCG----AG-GATCGTC--------TACTCATATCGCAGGACCGTTTCt
gi|1 : gGATGATGCTGTATG-----AGTTCTACTAGAA-----TGTCAATGGCTGAAGTATACGA--------------G---GTCGAAC--CTCCGAAGTCTAAAACA-GC---TC---AGCAC------CGGCAACA------TCGTAGGA---ACGTCCAAGCTGACT---GTCTGC--GTGTGGTGGAAGCGTGCTCTGTA----------CTACCCGTTCC-TAGACTATCTTG-TGACAGAGCCCG----AG-GATACTCATAGAGAGTACTCATATCACATGACCGCTTCcat
gi|12 : agagcggatgatgctgtatgagacGATGATGCTGTATTGGTCAAGCTTTCCCAGAAA------------GCTGAACTGTGCGA--------------T---GCCGGAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GC---TC---AGCACGAGCAAC------A------TCGCGGGA---ACGTCTAAGCTGA--C-TGTCTCT--GTGTACCAGAATCGTGTTCTTCA----------CT----------C-GACCATCTTG-TGACAGActtgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgctttttagaagatgataagccatctgacttgaagagcaatataatactgacgaacaaggccctctatc
gi|14 : GATGATGTTGTATGGGTCAAGCTTTACCAAA--------------GCTGAAGTGTACGC--------------T---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GC---TC---AGCACGAGCTAC------A------TCGCGGGAACGACGTCTCAGCTGACTC-TGTCTCCGTGTGTACTGGAAGg
gi|9 : agGATGGTGTATGGGACTAGTCTTGCCAGAAAGCGATGTCAGTGACTGAAGTGTACGA--------------T---GTCGGA-----------AC---AACA-GC---TT---AGCAC------C------A-----------GGA---ACGTCTCAGCTGACTCTTGTCTGT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTA----------CT----------C-GACCAT-CTG-TGACAGAGCTCG----AA-GATCGTC--------TTCTTACATCACATGATCGCTtg
gi|6 : gcgAGTCTAGAACA-GC---TC---AGCAC------C------AACAACATCGTGGGA---ATGTCTCAGCTGGCTC-AGTCACC--GTATACTGGAAAGGTGTTCTGTA----------CT----------acctt
gi|4 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccCA-GC---ACC--AGCAA------C------A------TTGTGGGA---ACATCTCAGCTGGCTC-TGTCACT--GTATACTGGAAATGTGCTCTATA----------CTACCTATTCCAT-AACCATCTTG-TGACAG--CTTG----AG-GATCGTC--------TACTAATATCACATGACCACTTCacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|6 : tgacagctTGGCTC-TGTCACT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTA----------CTACCCATTCCAC-GACCATCTAG-TGACAGcttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgaaaagccttctgactttaagagcaccgtgacaaacaaggacctctttc
gi|10 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccagtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnnCTAGAA-CATGCTCTGTA----------CT-------------ACC-TATTCCTCATATATCTTGGCTCAGAGCTTGTC--------TACTCATAGCACATAACTGCTTC
gi|5 : agagagcggatgatgctgtatggaacaagctttactaaaaaaggtgtcattgctgaagtgtacgaggttgaactttcgaagcGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCT----------C-GGCTATCTTG-TGACA------G----AG-GATCGTT--------TATTTATAGCAC--GACAGCTTCttgcccagtacctgatcc
gi|11 : AGCATGCTCTGTA----------CTACCCATTCCTC-GACCACCTTG-TGAGAGAGCTCG----AG-GGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcagacagtcagtagatgataatccttctgacttgaaaagcactatgaccgtgataaacaaggccctct
gi|13 : gagagcggatggtggtgtatgggaggagctttaccagaaagcggtgtcattagctagtgtacgaggtcgaactttttccaagccttgaacagcacAGCATGCTCTGTA----------CTACCCATTCCTC-GACCACCTTG-TGAGAGAGCTCG----AG-GGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTC
gi|17 : GACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGGAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcttccgatgtgaagc
gi|16 : cttgatggaaggccaGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCACTATAATCGTGACAAACAAGGCCCtctatcc
gi|18 : tcttgatggaaatccaGGTGGTCGCTAGAAGAT-GATAATACTTCTGACTTGAAGAGCATTATAACCGTGACAAACAtttatcct
gi|19 : ctcggtggaaggtcaGGTGGTCCCTAGAAGAT-GGTGTGCCTT-------GAAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCagcccctctat
gi|5 : cttgatggaaggtcgGACAGTC---AGTAGAT-GATAATCCTTCTGACTTGAAAAGCACTATGACCGTGATAAACAAGGCCCtctatact
gi|21 : ggaagcgtgctctgtactacccattcctcggctatcttgtgacagaggatcgtttatttatagcacgacagcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcaGACGGTCTCTAGATGAT-GATAAACCTTCTGACTTGGAtct
gi|22 : tcttgatagaaggccaATGGTCCCTAGAATAT-TATACATCTTTTGACTTGAAGAGtgataaacaagaccc
gi|20 : tcgatgaaagattacATTGTTCCTAGAAGAT-GACAAGTCTTCCGACC------GCATTATAACCGTGACAAA
gi|2 : ctcgacggaaggtcaaTAGATGATAGATAAACTTCCTGACTTAATGAGCACTATAGCCGTGACAAACAtgaacccctctatcc
gi|1 : aggcggatgatgctgtatgacacgagctttaccagaaagcggtgccgattgctgaagtatacgacgtcgaaccttcggagtcaaacagctcagcacatgcaacctcttgggaacattccagctgactttgtctccgtgtagtggaagcgtgttctgtactacacattcctcgaccatcttgtgacagagctcaaggatcgtctactcatagcatggccgcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggtTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCAATATAATACTGACGAACAAGGCCCaggacctttatcc
gi|4 : agagcggatgatgctgtatgagacgatgatgctgtatgagttctactagaatgtcaatggctgaagtatacgaggtcgaacctccgaagtctaaaacagctcagcaccggcaacatcgtaggaacgtccaagctgactgtctgcgtgtggtggaagcgtgctctgtactacccgttcctagactatcttgtgacagagcccgaggatactcatagagagtactcatatcacatgaccgcttccttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgcttttGAAGAT-GAAAAGCCTTCTGACTTTAAGAGC------ACCGTGACAAACAtctatc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCAATGGAAGGTTACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 222222222222 333333333333333333 66666666666 2222222222 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0000000000000 555555555555 444444444444444444 55 1 3 44444444444 666 666 3 55 7777777777 2 2 33333333 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : ............. ............ .................. .. . . ........... ... ... . .. .......... . . ........ . .............................................................................................................................................. . . .
lowQualScore : 0000000000000 666666666666 444444444444444444 55 2 1 66666666666 444 444 6 00 0000000000 9 9 22222222 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 2
consensus : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-A-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCC-C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
Reference ( family-1203 ) : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-A-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCC-C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
gi|1 : GCGGATGATGCTGTATGAGACGATGATGCTGTATGAGTTCTACTAGAA-----TGTCAA-TGGCTGAAGTATACGA--------------G---GTCGAAC--CTCCGAAGTCTAAAACA-GCTCAGCACCGGCAA-----CA---TCGTAGGA---ACGTCCAAGCTGA--CT-GTCTGC--GTGTGGTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCGTTCC-TAGAC-TATCTTGTGACAGAGCCCGAGGATACTCATAGAGAGTACTCATATCACATGACCGCTTC
gi|1 : agaTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCAATATAATACTGACGAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgctttttagaagatgataagccatctgacttgaagagcaatataatactgacgaacaaggccctctatc
gi|10 : agagcggatgatgctgtatgagacgatgatgctgtatgagttctactagaatgtcaatggctgaagtatacgaggtcgaacctccgaagtctaaaacagctcagcaccggcaacatcgtaggaacgtccaagctgactgtctgcgtgtggtggaagcgtgctctgtactacccgttcctagactatcttgtgacagagcccgaggatactcatagagagtactcatatcacatgaccgcttccttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgcttttGCGGATGATGCTGTATGGAAC-------------AAGCTTTACTAAAAAA-GGTGTC-A-TTGCTGAAGTGTACGA--------------G---GTTGAAC--TTTCGAAGCCTAGAACATGCTCTGTAC-----tctatc
gi|10 : agagaCTAGAA-CATGCTCTGTACTACCTATTCC-T-CATATATCTTG-------GCTCAGAGCTTGTC--------TACTCATAGCACATAACTGCTTCtacctattcctcatatatcttggctcagagcttgtctactcatagcacataactgcttcttgcccagtacctgatcc
gi|11 : agagagcggatgatgctgtatggaacaagctttactaaaaaaggtgtcattgctgaagtgtacgaggttgaactttcgaagcGCGGATGGTGGTGTATGGGAG-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-ATTAGCT--AGTGTACGA--------------G---GTCGAACTTTTTCCAAGCCTTGAACA-GCACAGCAT-----G-----Cttgcccagtacctgatcc
gi|11 : gagaAGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GAC-CACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTCtctgtactacccattcctcgaccaccttgtgagagagctcgagggtcgtctacttatagcacatgaccgcttc
gi|12 : gagagcggatggtggtgtatgggaggagctttaccagaaagcggtgtcattagctagtgtacgaggtcgaactttttccaagccttgaacagcacGATGATGCTGTATTGGTC-------------AAGCTTTCCCAGAAAGC-------------TGAACTGTGCGA--------------T---GCCGGAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCAACA---TCGCGGGA---ACGTCTAAGCTGA--CT-GTCTCT--GTGTACCAGAATCGTGTTCTTCACT----------C-GAC-CATCTTGTGACAGAG
gi|13 : AGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GAC-CACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTC
gi|14 : GGATGATGTTGTATGGGTC-------------AAGCTTTACCAAA---------------GCTGAAGTGTACGC--------------T---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGGGAACGACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCCGTGTGTACTGGAAGTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcttccgatgtgaagc
gi|16 : aGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCACTATAATCGTGACAAACAAGGCCC
gi|17 : tcttgatggaaatccaGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGGAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtttatcct
gi|18 : cttgatggaaggccaGGTCGCTAGAAGAT-GATAATACTTCTGACTTGAAGAGCATTATAACCGTGACAAACAAGCCCCtctatcc
gi|19 : ctcggtggaaggtcaggtGGTCCCTAGAAGAT-GGTG-------TGCCTTGAAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtctat
gi|2 : cttgatggaaggtcgggtGCGGATGATGCTGTATGACAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGCCGA-TTGCTGAAGTATACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGGAGTC--AAACA-GCTCAGCACAT---G-----CAACCTCTTGGGA---ACATTCCAGCTGACTTT-GTCTCC--GTGTAGTGGAAGCGTGTTCTGTACTACACATTCCTC-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCAAGGATCGTC--------TACTCATA--GCATGGCCGCTTCtctatact
gi|2 : agTAGATGATAGATAAACTTCCTGACTTAATGAGCACTATAGCCGTGACAAACAAGGACCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggttagatgatagataaacttcctgacttaatgagcactatagccgtgacaaacaaggacctttatcc
gi|20 : aggcggatgatgctgtatgacacgagctttaccagaaagcggtgccgattgctgaagtatacgacgtcgaaccttcggagtcaaacagctcagcacatgcaacctcttgggaacattccagctgactttgtctccgtgtagtggaagcgtgttctgtactacacattcctcgaccatcttgtgacagagctcaaggatcgtctactcatagcatggccgcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggtGTTCCTAGAAGAT-GACAAGTCTTCCGACC------GCATTATAACCGTGACAAATGAACCCCtttatcc
gi|21 : ctcgacggaaggtcaaattGACGGTCTCTAGATGAT-GATAAACCTTCTGACTTGGA--------------TGATAAACAAGACCCtctatcc
gi|22 : tcttgatagaaggccaATGGTCCCTAGAATAT-TATACATCTTTTGACTTGAAGAG
gi|3 : tcgatgaaagattacGCAGATGATGCTGTATGTGAC-------------GAGCTTTGCTAGAAAGCGGTGTC-AATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCAAAC--CTTCGAAGACTAGAACA-GCACAGCAC-----------CA---TCGCAGGA---ACGTCTCGGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCATGTTCTGTACT----------T-GAC-CATATTGTGGCAGATCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGGCCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGATGGTCCCTAGAAGAT-TATACGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTTTAACCGTGACAAACATCGCCC
gi|4 : gtACA-GCTCAGCACCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACATCTCAGCTGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAATGTGCTCTATACTACCTATTCCAT-AAC-CATCTTGTGAC--AGCTTGAGGATCGTC--------TACTAATATCACATGACCACTTC
gi|4 : tgGAAGAT-GAAAAGCCTTCTGACTTTAAGAGC------ACCGTGACAAACAAGGACCcttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgaaaagccttctgactttaagagcaccgtgacaaacaaggacctctttc
gi|5 : tgacagctcagcaccagcaacattgtgggaacatctcagctggctctgtcactgtatactggaaatgtgctctatactacctattccataaccatcttgtgacagcttgaggatcgtctactaatatcacatgaccacttccttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GGC-TATCTTGTGACA------GAGGATCGTT--------TATTTATAGCAC--GACAGCTTCtctttc
gi|5 : GACAGTC---AGTAGAT-GATAATCCTTCTGACTTGAAAAGCACTATGACCGTGATAAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcagacagtcagtagatgataatccttctgacttgaaaagcactatgaccgtgataaacaaggccctct
gi|6 : ggaagcgtgctctgtactacccattcctcggctatcttgtgacagaggatcgtttatttatagcacgacagcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcaGCAGATGATGCTATATGGGAC-------------GATCTTTACCAGtct
gi|6 : gagaAGTCTAGAACA-GCTCAGCACCAACAA-----CA---TCGTGGGA---ATGTCTCAGCTGGCTCA-GTCACC--GTATACTGGAAAGGTGTTCTGTACTACCCATTCCTT-GAC-CATCTAAT--CACAGCTCAAtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|6 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccACA-GCTCAACAC-----N-----NN---NNNNNNN--------------TGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACTACCCATTCCAC-GAC-CATCTAGTGACAGcacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|7 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccagtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcGTGGATGATGCTGTTTTGAAG-------------GAG---------AAAGTGGTGTC-AATGGCTGAAGTGTACAAGGTCAAACAAGGTACAAGGTCAAAC--CTCCGCAGACTAGAACA-GCTCAACGCCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACGTCTCGTCTCACTCC-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGTTCTGTACT----------T-GAA-CGTCTTGTGGCAGAGCTCGTGGATCGTC--------TACTCGTATCACATGACCGCTT
gi|8 : aGGATGATGTTGTATGGGTT-------------AAGCTTTACCAGAAAGC-------------TGAAGTGTACTA--------------T---GTCGAGC--CTTCGAATCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGAGA---TCGTCTGAGCTGTCTCT-GTCTCC--GTGTACTGGATGCGTTTTATTTACT----------C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCGCAGGACCGTTTCt
gi|9 : GCGGATGGTG---TATGGGAC-------------TAGTCTTGCCAGAAAGCGATGTC-AGTGACTGAAGTGTACGA--------------T---GTCGGAA--C------------AACA-GCTTAGCAC-------------------CAGGA---ACGTCTCAGCTGACTCTTGTCTGT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACT----------C-GAC-CATCT-GTGACAGAGCTCGAAGATCGTC--------TTCTTACATCACATGATCGCTcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCAATGGAAGGTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 222222222222 333333333333333333 66666666666 2222222222 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0000000000000 555555555555 444444444444444444 55 1 3 44444444444 666 666 3 55 7777777777 2 2 33333333 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3 0
lowQualScore : ............. ............ .................. .. . . ........... ... ... . .. .......... . . ........ . ........................................................................................... . . .
lowQualScore : 0000000000000 666666666666 444444444444444444 55 2 1 66666666666 444 444 6 00 0000000000 9 9 22222222 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 2
consensus : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-A-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCC-C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
Reference ( family-1203 ) : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-A-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCC-C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
gi|1 : GCGGATGATGCTGTATGAGACGATGATGCTGTATGAGTTCTACTAGAA-----TGTCAA-TGGCTGAAGTATACGA--------------G---GTCGAAC--CTCCGAAGTCTAAAACA-GCTCAGCACCGGCAA-----CA---TCGTAGGA---ACGTCCAAGCTGA--CT-GTCTGC--GTGTGGTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCGTTCC-TAGAC-TATCTTGTGACAGAGCCCGAGGATACTCATAGAGAGTACTCATATCACATGACCGCTTC
gi|1 : agaTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCAATATAATACTGACGAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgctttttagaagatgataagccatctgacttgaagagcaatataatactgacgaacaaggccctctatc
gi|10 : agagcggatgatgctgtatgagacgatgatgctgtatgagttctactagaatgtcaatggctgaagtatacgaggtcgaacctccgaagtctaaaacagctcagcaccggcaacatcgtaggaacgtccaagctgactgtctgcgtgtggtggaagcgtgctctgtactacccgttcctagactatcttgtgacagagcccgaggatactcatagagagtactcatatcacatgaccgcttccttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgcttttGCGGATGATGCTGTATGGAAC-------------AAGCTTTACTAAAAAA-GGTGTC-A-TTGCTGAAGTGTACGA--------------G---GTTGAAC--TTTCGAAGCCTAGAACATGCTCTGTAC-----tctatc
gi|10 : agagaCTAGAA-CATGCTCTGTACTACCTATTCC-T-CATATATCTTG-------GCTCAGAGCTTGTC--------TACTCATAGCACATAACTGCTTCtacctattcctcatatatcttggctcagagcttgtctactcatagcacataactgcttcttgcccagtacctgatcc
gi|11 : agagagcggatgatgctgtatggaacaagctttactaaaaaaggtgtcattgctgaagtgtacgaggttgaactttcgaagcGCGGATGGTGGTGTATGGGAG-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-ATTAGCT--AGTGTACGA--------------G---GTCGAACTTTTTCCAAGCCTTGAACA-GCACAGCAT-----G-----Cttgcccagtacctgatcc
gi|11 : gagaAGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GAC-CACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTCtctgtactacccattcctcgaccaccttgtgagagagctcgagggtcgtctacttatagcacatgaccgcttc
gi|12 : gagagcggatggtggtgtatgggaggagctttaccagaaagcggtgtcattagctagtgtacgaggtcgaactttttccaagccttgaacagcacGATGATGCTGTATTGGTC-------------AAGCTTTCCCAGAAAGC-------------TGAACTGTGCGA--------------T---GCCGGAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCAACA---TCGCGGGA---ACGTCTAAGCTGA--CT-GTCTCT--GTGTACCAGAATCGTGTTCTTCACT----------C-GAC-CATCTTGTGACAGAG
gi|13 : AGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GAC-CACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTC
gi|14 : GGATGATGTTGTATGGGTC-------------AAGCTTTACCAAA---------------GCTGAAGTGTACGC--------------T---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGGGAACGACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCCGTGTGTACTGGAAGTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcttccgatgtgaagc
gi|16 : aGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCACTATAATCGTGACAAACAAGGCCC
gi|17 : tcttgatggaaatccaGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGGAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtttatcct
gi|18 : cttgatggaaggccaGGTCGCTAGAAGAT-GATAATACTTCTGACTTGAAGAGCATTATAACCGTGACAAACAAGCCCCtctatcc
gi|19 : ctcggtggaaggtcaggtGGTCCCTAGAAGAT-GGTG-------TGCCTTGAAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtctat
gi|2 : cttgatggaaggtcgggtGCGGATGATGCTGTATGACAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGCCGA-TTGCTGAAGTATACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGGAGTC--AAACA-GCTCAGCACAT---G-----CAACCTCTTGGGA---ACATTCCAGCTGACTTT-GTCTCC--GTGTAGTGGAAGCGTGTTCTGTACTACACATTCCTC-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCAAGGATCGTC--------TACTCATA--GCATGGCCGCTTCtctatact
gi|2 : agTAGATGATAGATAAACTTCCTGACTTAATGAGCACTATAGCCGTGACAAACAAGGACCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggttagatgatagataaacttcctgacttaatgagcactatagccgtgacaaacaaggacctttatcc
gi|20 : aggcggatgatgctgtatgacacgagctttaccagaaagcggtgccgattgctgaagtatacgacgtcgaaccttcggagtcaaacagctcagcacatgcaacctcttgggaacattccagctgactttgtctccgtgtagtggaagcgtgttctgtactacacattcctcgaccatcttgtgacagagctcaaggatcgtctactcatagcatggccgcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggtGTTCCTAGAAGAT-GACAAGTCTTCCGACC------GCATTATAACCGTGACAAATGAACCCCtttatcc
gi|21 : ctcgacggaaggtcaaattGACGGTCTCTAGATGAT-GATAAACCTTCTGACTTGGA--------------TGATAAACAAGACCCtctatcc
gi|22 : tcttgatagaaggccaATGGTCCCTAGAATAT-TATACATCTTTTGACTTGAAGAG
gi|3 : tcgatgaaagattacGCAGATGATGCTGTATGTGAC-------------GAGCTTTGCTAGAAAGCGGTGTC-AATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCAAAC--CTTCGAAGACTAGAACA-GCACAGCAC-----------CA---TCGCAGGA---ACGTCTCGGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCATGTTCTGTACT----------T-GAC-CATATTGTGGCAGATCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGGCCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGATGGTCCCTAGAAGAT-TATACGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTTTAACCGTGACAAACATCGCCC
gi|4 : gtACA-GCTCAGCACCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACATCTCAGCTGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAATGTGCTCTATACTACCTATTCCAT-AAC-CATCTTGTGAC--AGCTTGAGGATCGTC--------TACTAATATCACATGACCACTTC
gi|4 : tgGAAGAT-GAAAAGCCTTCTGACTTTAAGAGC------ACCGTGACAAACAAGGACCcttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgaaaagccttctgactttaagagcaccgtgacaaacaaggacctctttc
gi|5 : tgacagctcagcaccagcaacattgtgggaacatctcagctggctctgtcactgtatactggaaatgtgctctatactacctattccataaccatcttgtgacagcttgaggatcgtctactaatatcacatgaccacttccttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GGC-TATCTTGTGACA------GAGGATCGTT--------TATTTATAGCAC--GACAGCTTCtctttc
gi|5 : GACAGTC---AGTAGAT-GATAATCCTTCTGACTTGAAAAGCACTATGACCGTGATAAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcagacagtcagtagatgataatccttctgacttgaaaagcactatgaccgtgataaacaaggccctct
gi|6 : ggaagcgtgctctgtactacccattcctcggctatcttgtgacagaggatcgtttatttatagcacgacagcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcaGCAGATGATGCTATATGGGAC-------------GATCTTTACCAGtct
gi|6 : gagaAGTCTAGAACA-GCTCAGCACCAACAA-----CA---TCGTGGGA---ATGTCTCAGCTGGCTCA-GTCACC--GTATACTGGAAAGGTGTTCTGTACTACCCATTCCTT-GAC-CATCTAAT--CACAGCTCAAtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|6 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccACA-GCTCAACAC-----N-----NN---NNNNNNN--------------TGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACTACCCATTCCAC-GAC-CATCTAGTGACAGcacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|7 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccagtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcGTGGATGATGCTGTTTTGAAG-------------GAG---------AAAGTGGTGTC-AATGGCTGAAGTGTACAAGGTCAAACAAGGTACAAGGTCAAAC--CTCCGCAGACTAGAACA-GCTCAACGCCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACGTCTCGTCTCACTCC-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGTTCTGTACT----------T-GAA-CGTCTTGTGGCAGAGCTCGTGGATCGTC--------TACTCGTATCACATGACCGCTT
gi|8 : aGGATGATGTTGTATGGGTT-------------AAGCTTTACCAGAAAGC-------------TGAAGTGTACTA--------------T---GTCGAGC--CTTCGAATCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGAGA---TCGTCTGAGCTGTCTCT-GTCTCC--GTGTACTGGATGCGTTTTATTTACT----------C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCGCAGGACCGTTTCt
gi|9 : GCGGATGGTG---TATGGGAC-------------TAGTCTTGCCAGAAAGCGATGTC-AGTGACTGAAGTGTACGA--------------T---GTCGGAA--C------------AACA-GCTTAGCAC-------------------CAGGA---ACGTCTCAGCTGACTCTTGTCTGT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACT----------C-GAC-CATCT-GTGACAGAGCTCGAAGATCGTC--------TTCTTACATCACATGATCGCTcat
blockSeqs : . CGGTGTCATTA GGTCAAACAAGGTACAAG TT C T GAGCAA ACC ACG T GT ACCCATTCCT . A . G A
blockSeqs : . CGGTGCCGATT G . C . GAGCTA . . . . ACCCATTCCT . . . G .
blockSeqs : . CGGTGTCAATG G . C . CAGCAA . . . . ACACATTCCT . . . G .
blockSeqs : . TGGTGTCAATG T . C . CAACAA . . . . ACCTATTCCA . . . T .
blockSeqs : . CGATGTCAGTG T . T . CAGCAA . . . . ACCCATTCCT . . . T .
blockSeqs : . GGTGTCATT C . A . GAGCTA . . . . ACCCATTCCT . . . G .
blockSeqs : . C C . T . ATG . . . . ACCCATTCCA . . . T .
blockSeqs : . C T . A . G . . . . ACCTATTCC . . . T .
blockSeqs : . . T . C . N . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ************* CGGTGTCAATG* ACCCATTCCT ********
originalCons : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTC-A-TGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCC-C-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
finalCons : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCAATG-GCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTC-GAC-CATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCAATGGAAGGTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 111111111111 333333333333333333 66666666666 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0000000000000 111111111111 444444444444444444 55 1 3 44444444444 666 666 3 55 4 0 33333333 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3 0
lowQualScore : ............. ............ .................. .. . . ........... ... ... . .. . . ........ . ........................................................................................... . . .
lowQualScore : 0000000000000 999999999999 444444444444444444 55 2 1 66666666666 444 444 6 00 9 1 22222222 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 2
consensus : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTCGACCATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
Reference ( family-1203 ) : NNGCGGATGATGCTGTATGGGAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----G-----CA---TCGCGGGA---ACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTCGACCATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGACCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCC
gi|1 : GCGGATGATGCTGTATGAGACGATGATGCTGTATGAGTTCTACTAGAA-----TGTCAATGGCTGAAGTATACGA--------------G---GTCGAAC--CTCCGAAGTCTAAAACA-GCTCAGCACCGGCAA-----CA---TCGTAGGA---ACGTCCAAGCTGA--CT-GTCTGC--GTGTGGTGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCGTTCCTAGACTATCTTGTGACAGAGCCCGAGGATACTCATAGAGAGTACTCATATCACATGACCGCTTC
gi|1 : agaTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCAATATAATACTGACGAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgctttttagaagatgataagccatctgacttgaagagcaatataatactgacgaacaaggccctctatc
gi|10 : agagcggatgatgctgtatgagacgatgatgctgtatgagttctactagaatgtcaatggctgaagtatacgaggtcgaacctccgaagtctaaaacagctcagcaccggcaacatcgtaggaacgtccaagctgactgtctgcgtgtggtggaagcgtgctctgtactacccgttcctagactatcttgtgacagagcccgaggatactcatagagagtactcatatcacatgaccgcttccttgcccagtacctgatccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttgatagaagatcaggtgcttttGCGGATGATGCTGTATGGAAC-------------AAGCTTTACTAAAAAA-GGTGTCA-TTGCTGAAGTGTACGA--------------G---GTTGAAC--TTTCGAAGCCTAGAACATGCTCTGTAC-----tctatc
gi|10 : agagaCTAGAA-CATGCTCTGTACTACCTATTCCTCATATATCTTG-------GCTCAGAGCTTGTC--------TACTCATAGCACATAACTGCTTCtacctattcctcatatatcttggctcagagcttgtctactcatagcacataactgcttcttgcccagtacctgatcc
gi|11 : agagagcggatgatgctgtatggaacaagctttactaaaaaaggtgtcattgctgaagtgtacgaggttgaactttcgaagcGCGGATGGTGGTGTATGGGAG-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGTCATTAGCT--AGTGTACGA--------------G---GTCGAACTTTTTCCAAGCCTTGAACA-GCACAGCAT-----G-----Cttgcccagtacctgatcc
gi|11 : gagaAGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTCGACCACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTCtctgtactacccattcctcgaccaccttgtgagagagctcgagggtcgtctacttatagcacatgaccgcttc
gi|12 : gagagcggatggtggtgtatgggaggagctttaccagaaagcggtgtcattagctagtgtacgaggtcgaactttttccaagccttgaacagcacGATGATGCTGTATTGGTC-------------AAGCTTTCCCAGAAA------------GCTGAACTGTGCGA--------------T---GCCGGAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCAACA---TCGCGGGA---ACGTCTAAGCTGA--CT-GTCTCT--GTGTACCAGAATCGTGTTCT-------TCA---CTCGACCATCTTGTGACAGAG
gi|13 : AGCATGCTCTGTACTACCCATTCCTCGACCACCTTGTGAGAGAGCTCGAGGGTCGTC--------TACTTATAGCACATGACCGCTTC
gi|14 : GGATGATGTTGTATGGGTC-------------AAGCTTTACCAAA--------------GCTGAAGTGTACGC--------------T---GTCGAAC--CTTCGAAGCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGGGAACGACGTCTCAGCTGACTCT-GTCTCCGTGTGTACTGGAAGTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcttccgatgtgaagc
gi|16 : aGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCATCTGACTTGAAGAGCACTATAATCGTGACAAACAAGGCCC
gi|17 : tcttgatggaaatccaGACGGTCCCTAGAAGAT-GATAAGCCTTCTGACTTGGAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtttatcct
gi|18 : cttgatggaaggccaGGTCGCTAGAAGAT-GATAATACTTCTGACTTGAAGAGCATTATAACCGTGACAAACAAGCCCCtctatcc
gi|19 : ctcggtggaaggtcaggtGGTCCCTAGAAGAT-GGTG-------TGCCTTGAAGGGCACTATAACCGTGACAAACAAGGCCCtctat
gi|2 : cttgatggaaggtcgggtGCGGATGATGCTGTATGACAC-------------GAGCTTTACCAGAAAGCGGTGCCGATTGCTGAAGTATACGA--------------C---GTCGAAC--CTTCGGAGTC--AAACA-GCTCAGCACAT---G-----CAACCTCTTGGGA---ACATTCCAGCTGACTTT-GTCTCC--GTGTAGTGGAAGCGTGTTCTGTACTACACATTCCTCGACCATCTTGTGACAGAGCTCAAGGATCGTC--------TACTCATA--GCATGGCCGCTTCtctatact
gi|2 : agTAGATGATAGATAAACTTCCTGACTTAATGAGCACTATAGCCGTGACAAACAAGGACCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggttagatgatagataaacttcctgacttaatgagcactatagccgtgacaaacaaggacctttatcc
gi|20 : aggcggatgatgctgtatgacacgagctttaccagaaagcggtgccgattgctgaagtatacgacgtcgaaccttcggagtcaaacagctcagcacatgcaacctcttgggaacattccagctgactttgtctccgtgtagtggaagcgtgttctgtactacacattcctcgaccatcttgtgacagagctcaaggatcgtctactcatagcatggccgcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcgttggaaggtGTTCCTAGAAGAT-GACAAGTCTTCCGACC------GCATTATAACCGTGACAAATGAACCCCtttatcc
gi|21 : ctcgacggaaggtcaaattGACGGTCTCTAGATGAT-GATAAACCTTCTGACTTGGA--------------TGATAAACAAGACCCtctatcc
gi|22 : tcttgatagaaggccaATGGTCCCTAGAATAT-TATACATCTTTTGACTTGAAGAG
gi|3 : tcgatgaaagattacGCAGATGATGCTGTATGTGAC-------------GAGCTTTGCTAGAAAGCGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACGA--------------C---GTCAAAC--CTTCGAAGACTAGAACA-GCACAGCAC-----------CA---TCGCAGGA---ACGTCTCGGCTGACTCT-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCATGTTCTGTACT----------TGACCATATTGTGGCAGATCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCACATGGCCGCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTCGATGGAAGGTTACAAAGTCCCAAGGACTTCTCTGTATAATTCCTTGATGGTCCCTAGAAGAT-TATACGCCTTCTGACTTGAAGAGCACTTTAACCGTGACAAACATCGCCC
gi|4 : gtACA-GCTCAGCACCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACATCTCAGCTGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAATGTGCTCTATACTACCTATTCCATAACCATCTTGTGAC--AGCTTGAGGATCGTC--------TACTAATATCACATGACCACTTC
gi|4 : tgGAAGAT-GAAAAGCCTTCTGACTTTAAGAGC------ACCGTGACAAACAAGGACCcttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgaaaagccttctgactttaagagcaccgtgacaaacaaggacctctttc
gi|5 : tgacagctcagcaccagcaacattgtgggaacatctcagctggctctgtcactgtatactggaaatgtgctctatactacctattccataaccatcttgtgacagcttgaggatcgtctactaatatcacatgaccacttccttgctcagtatctgactctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAAGCGTGCTCTGTACTACCCATTCCTCGGCTATCTTGTGACA------GAGGATCGTT--------TATTTATAGCAC--GACAGCTTCtctttc
gi|5 : GACAGTC---AGTAGAT-GATAATCCTTCTGACTTGAAAAGCACTATGACCGTGATAAACAAGGCCCcttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcagacagtcagtagatgataatccttctgacttgaaaagcactatgaccgtgataaacaaggccctct
gi|6 : ggaagcgtgctctgtactacccattcctcggctatcttgtgacagaggatcgtttatttatagcacgacagcttccttgcccagtacctgatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgatggaaggtcaGCAGATGATGCTATATGGGAC-------------GATCTTTACCAGtct
gi|6 : gagaAGTCTAGAACA-GCTCAGCACCAACAA-----CA---TCGTGGGA---ATGTCTCAGCTGGCTCA-GTCACC--GTATACTGGAAAGGTGTTCTGTACTACCCATTCCTTGACCATCTAAT--CACAGCTCAAtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcacagctcaacacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|6 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccACA-GCTCAACAC-----N-----NN---NNNNNNN--------------TGGCTCT-GTCACT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACTACCCATTCCACGACCATCTAGTGACAGcacnnnnnnnnnntggctctgtcactgtatactggaaacgtgttctgtactacccattccacgaccatctagtgacag
gi|7 : gagagcagatgatgctatatgggacgatctttaccagtctagaacagctcagcaccaacaacatcgtgggaatgtctcagctggctcagtcaccgtatactggaaaggtgttctgtactacccattccttgaccatctaatcGTGGATGATGCTGTTTTGAAG-------------GAG---------AAAGTGGTGTCAATGGCTGAAGTGTACAAGGTCAAACAAGGTACAAGGTCAAAC--CTCCGCAGACTAGAACA-GCTCAACGCCAGCAA-----CA---TTGTGGGA---ACGTCTCGTCTCACTCC-GTCTCC--GTGTACTGGAAGCGTGTTCTGTACT----------TGAACGTCTTGTGGCAGAGCTCGTGGATCGTC--------TACTCGTATCACATGACCGCTT
gi|8 : aGGATGATGTTGTATGGGTT-------------AAGCTTTACCAGAAAGC------------TGAAGTGTACTA--------------T---GTCGAGC--CTTCGAATCCTAGAACA-GCTCAGCAC-----GAGCTACA---TCGCGAGA---TCGTCTGAGCTGTCTCT-GTCTCC--GTGTACTGGATGCGT--TTTAT--------TTACTCGACCATCTTGTGACAGAGCTCGAGGATCGTC--------TACTCATATCGCAGGACCGTTTCt
gi|9 : GCGGATGGTG---TATGGGAC-------------TAGTCTTGCCAGAAAGCGATGTCAGTGACTGAAGTGTACGA--------------T---GTCGGAA--C------------AACA-GCTTAGCAC-------------------CAGGA---ACGTCTCAGCTGACTCTTGTCTGT--GTATACTGGAAACGTGTTCTGTACT----------CGACCATCT-GTGACAGAGCTCGAAGATCGTC--------TTCTTACATCACATGATCGCTcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCAATGGAAGGTTACA