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Reference ( gi|6 ) : CCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATAT---TGCGACCACCGAAGCAAGAACGAAACT-CTGCATTTACGCAACTGACCTGTTA-TTTTTATCATTAGTGTATAATCGGATTAT-TCCACGACCATGCAAGTACTGTAAA-TA-TATCTTCAAGTAGTTAAGCTTTCCATTTGCCATGTTTTTTGTCTGATACTAAATTCGTAGATGTA---------AATCTAAAGTAAAAAAATAGTCATGTGGTCGTGTCATT-----TG----A-----T-----G-----TT---AAACTGTTTATTTTATTTTTC--GTTTATTTTAG-AAAATCTACGTGTACTTGTCATATCGGTAAAGACAGTCTATGATAAAATATTCATGATAAACACTTTA-----TTTTTACCGAATTATCGTTTAAAAGTGATATAATAAGCGGCAATATGAAATG-TTCGATGTACGGGTTATTGCTTAGACTTG----GGGAA-T-TCGTG-T----ACAGAT---TATTGCA--ATTTT-GTGTACG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|5 : ACGCAACTGGCCTGTTATT-TTT-A-TTATTAGTGTATACTCGGAT-TATTCCACGGACATGCAGGTACTGTAAATATATTTTCAAGTAGTTAAGCTTTCCATTTGCCATGTTTTTTGTCTGATACTAAATTCGTAGACGTA---------AATCTAAAGT-AAAAAATAATCATGTGGTCGTGTCATT-----TGATTTGTT-----G-----T-----CAAACTGTTTATTTCATTTTTC-GTTTATTTTAGACAATCTATGTGCACTTGCCATATCGGTAAAGTCAGTCTATGATAAACTATTCATGATAAACACTTTA-----CTTTTACCGAATTGTCGTTTAAAAGTGATATAATAAGCGGCAATATGAAATGACCGATGTACGGGGTATTGTGTGAA-TTGTGAACGTCGTATTGGAACTGATACATAAATT-TA-GTGT----ACGG--ATTATTGC---AAgggtattgcatataataaataacattaatttgcgatatttaagaaactatttatattttttgaacattcaagagatgtgattttatttttttcatgtccaaagtaagtggacacttaatgaacgttttacaaaaaaaactcatttcatattttatgtcatttatgcactgtctataaaacatatcccgattatgaattgactg
gi|6 : CCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATAT---TGCGACCACCGAAGCAAGAACGAAACT-CTGCATTTACGCAACTGACCTGTTATT-TTT-A-TCATTAGTGTATAATCGGAT-TATTCCACGACCATGCAAGTACTGTAAATATATCTTCAAGTAGTTAAGCTTTCCATTTGCCATGTTTTTTGTCTGATACTAAATTCGTAGATGTA---------AATCTAAAGTAAAAAAATAGTCATGTGGTCGTGTCATT-----TG-----AT-----G-----T-----TAAACTGTTTATTTTATTTTTC-GTTTATTTTAGAAAATCTACGTGTACTTGTCATATCGGTAAAGACAGTCTATGATAAAATATTCATGATAAACACTTTA-----TTTTTACCGAATTATCGTTTAAAAGTGATATAATAAGCGGCAATATGAAATGTTCGATGTACGGGTTATTGCTTAGACTTG--------G----GGAA-------------T-TC-GTGT----ACAG--ATTATTGC---AATTTTGTGTACGgtaacataacgttcattttattggactttaatgacttaacacgttcaacttgtcattagagtatgtgattccgtatgtatatatatat
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gi|9 : ttCCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATCT---AGTGACACCCGAAGCGAAG--------------------CAACTGTCCTGTTATT-TTT-A-TAGTTAGTGTATCGTCTGCT-TATTCCACGGACATGCAGGTACTGTAAATTTTATCTCATGTAGCTAAGAATACCATTTGCCTTATATTTTGGCTGATACTTAATGTGTAGACGTA---------AATCTAA
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originalCons : CCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATAT---TGCGACCCCCGAAGCGAGGACGAAACT-CTGCATTTACGCAACTGCCCTGTTATT-TTT-A-TTATTAGTGTATAATCTGNT-TATTCCACGGACATGCAGGTACTGTAAATATNTTTTCAAGTAGCTAAGCTTTCCATTTGCCATATNTTTTGTCTGATACTNAATTCGTAGACGTA---------AATCTAAAGT-AAAAAATAGTGATGTGGTCGTGTCATT-----TG-----TT-----G-----T-----CAAACTGTTTATTTCNTTTTTC-GTTGATTTGAGACGATCTACGTACACTTTTCATATCGGTAAAGACAGGCTATGGTCAAATATTCATGATGAACACTTTA-----TTTTTACCGAATTGTCGTTTAAAAGTGATACAATNACCGGCAATATGAACTGACCGGTGTACGGGGTATTGCGTGNA-TTG--------G----GGAA-------------T-TC-GTGT----ACGG--ATTATTGC---AATTTAGTGTACG
finalCons : CCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATAT---TGCGACCCCCGAAGCGAGGACGAAACTC-TGCATTTACGCAACTGCCCTGTTATT-TTT-A-TTATTAGTGTATAATCTGNT-TATTCCACGGACATGCAGGTACTGTAAATATNTTTTCAAGTAGCTAAGCTTTCCATTTGCCATATNTTTTGTCTGATACTNAATTCGTAGACGTA---------AATCTAAAGT-AAAAAATAGTGATGTGGTCGTGTCATTTGTTGTGTTGT--------------------CAAACTGTTTATTTCNTTTTTC-GTTGATTTGAGACGATCTACGTACACTTTTCATATCGGTAAAGACAGGCTATGGTCAAATATTCATGATGAACACTTTA-----TTTTTACCGAATTGTCGTTTAAAAGTGATACAATNACCGGCAATATGAACTGACCGGTGTACGGGGTATTGCGTGNACTTGTGAAGGGAATTT-----------------------GTGT----ACGG--ATTATTGC---AATTTAGTGTACG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATTGACAAATTGTTTGTCTGTGTACTTGCATCGTGTTGAGATTATTTGTGCGCATCTTTGTTAATCGGTCACGAGGATGTGGTGAAAATATC
Unaligned ( gi|14 ): TTAATACACGAACGTATAACAAGAGTTAATTCTGTATTTTATATCATTTATGCACTGCAAAACCATATTCCGATGATAAAATGCCT
Alignments
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lowQualScore : .. ....... ... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ......... . .. . . . . . . .. . . . . . ..... . . .. . ............................... . . . . .. . .
lowQualScore : 11 4444444 000 6 66 9 9 4 0 0 7 7 0 4 66 0 4 0 6 888888888 0 11 6 4 5 0 8 4 99 9 4 7 4 2 55555 0 0 22 3 0000000000000000000000000000000 7 7 7 7 33 7 3
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Reference ( family-1202 ) : CCGTGTAT--A-------ATCGTACACCGGATAT---TGCGACCCCCGAAGCGAGGACGAAACT-CTGCATTTACGCAACTGCCCTGTTATT-TTT-A-TTATTAGTGTATAATCTGNT-TATTCCACGGACATGCAGGTACTGTAAATATNTTTTCAAGTAGCTAAGCTTTCCATTTGCCATATNTTTTGTCTGATACTNAATTCGTAGACGTA---------AATCTAAAGT-AAAAAATAGTGATGTGGTCGTGTCATTTGTTGTGTTGTCAAACTGTTTATTTCNTTTTTC-GTTGATTTGAGACGATCTACGTACACTTTTCATATCGGTAAAGACAGGCTATGGTCAAATATTCATGATGAACACTTTA-----TTTTTACCGAATTGTCGTTTAAAAGTGATACAATNACCGGCAATATGAACTGACCGGTGTACGGGGTATTGCGTGNACTTG-TGAA---------GG-----------GAA-T-TT-GTGT-ACGGATTATTGCAATTTAGTGTACG
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gi|11 : aCCGTGTAT--ATAATATGATCGTACACCGGATAT---TGCGAGTCCCGAAGCGAGGACG-AACTAATACATTAACGGAACTGCTCTGTTGCTGGCT-ATTTGTTAATGTA
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gi|3 : caAAATAC---TTCAAGTAGCTAAGCTTTCCATTTGCCATACATTTTGGCTGATACTTAATTCCTAGATGTA---------AATCTCA-----------AGTGATATGGTCGTGCCATTTATTCTGTTGCCAAACTCTTTATTTCTTTTTTG-GTTGAATTGAGACAATCCACGTACGTTTTTCATATCGGTAAAGACTGGCTATGGTTAAATATTTATGATGAACACTACA-----TTTTTACCGAATCATGGTTAGAAAGTGATACAATTACCGACAATACGAACTGATCGGTGTACGGAGTATTGAGTGCA--TGATGAA---------CG-----------GCG-T-AT-G-GCAACTGA-TACAGAAGTTTAGTGTACtataattaatagttattacgttgcgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcaaaattaatgaactttcaacaaaaaaagttaaatcagtcttctatattatttatgcactgtctataaa
gi|4 : GCCATATGTTTTGTCTGATACCTAAGTCATAGATGTA---------AATCTAAAGC-CAAACACAGTAATGCGGTCGTTTCGTTTGTTGTATTGTCAAACTGTTTGTTTTATCTTTC-GTCGATTTGAGACGATTTATTCACATCTTTCATATCGGTAAAGACAGGATATGGTCAAATATCGATGATTAACACTTTG------TTTTACCGAATTGTCGTTTAAAAGTGATAAAATCACCGGCAATAAGAATTGACCGGTGTACGGGGTATTGCCTAGACTTG-TGAA---------GG-----------GAA-T-TT-GTGT-ACAGGTAATTGCAATTTAATGTACGaacgcaatgcaagtaaagtaacacattttattggactttaacttttaacttgtcgttagagtatatgattcattatctatacaaatctatattgtttttaaatgtacttcaggaaagatgggattgtggtatttctattacgatgtggaggcgaacgctttcaggatgtacacctactaatcgatatgcacaaatacaaggaaattaggtttagaaactttgtaaatggggaaagggagttatgatagcctacgaatccg
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