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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                    aagatactgaaataaaaatcccccatatccgattcgccgctgtgccttctgatttcgaattgcatcTTCTGAGTATTGAAGTTGTATATGT----TATCAAGAT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTATTAGTTTT-ATTCTATCACTAGTACAGACTGAAATAATTTCACAAA-----AAGTAAAGCTAATAA-AGTGTA-ATATTACCTGTCTGTCATTT---------------AAA-C--------T-TC---AA-AGGAAAT---------AA-GCTCAATACG--CATT-ATGCCTCCGTTCCAATTCTAATTTGTGTG----GTCA--TTGTTTAT-------AAATTCAT-ATGTTGTATATATTATGAATA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cttatctttctcgctacgatgttttatatcctaaaTTAAA-CCAGTTA-TGTATA--CATTGTACGTC----ATTCCAAT----GTT-A--AAA-AAGA----CT-AC---AA-AGGAAAG---------GA-CCTCAATAAG--CGTT-ATGCTTTCGTTCTTATCCTTATATcgtgtatgaataaagcagtgtgcgtttaaattagtttatattttactatttcgattaaaacagcatttattttataattttggattgattgaattgaaaaaaaaagagacaaaatcgatttttagtaataaatgataacaaaataccttataat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATACACTGT--GTCTGAAAT--CA-------TA-A--AAA-TAGACTGCTT-TC---AATATGTAAGTTTTTATCTGACACTCACTTAGAACATTTATGCTTTCGTGCTAATCCTAATGTGTGTT----GTCA--TTGTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtattaataaaatatgaaaacattctatttatgaatggtattcgtgtaaataagtaCATTTCAATTGATGTT-TTTAAA-TA-A----TTATCTATGA-AGGAAAT---------CA-ACTTAATAAG--C--C-ATGCTTTTGTTCCAATC------TCTTT------TCACTTTGTATTT-------ATATAAACAATGTTGTAat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaagA-AGGAAAG---------GG-AGTCAATAAG--CATT-ACGCTTCCGTCGCAATCTTAATA-ATT------GTCA--ATGTTTAC-------ACATATAT-ACGTTGTGAATATTGTGAAT--AAATCATGT--AAAAACTtaagttatgaaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gaaataaactatcataggAAG---------GA-GCTCAATAAG--CATT-ATGCTTTTGTTCCAATCCTAATAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttctgttgttgctgttttctgctacgttgttccataaatccttatttacttttttattctattaacagtaaagacagatatttttccatgataaagtaacagtaatgtatacgttgtA-ACTTAATAAG--C-TT--TGCTTTTGCTCCGATCCT------TTT------TCACTTTGTATTTTGTATAAACATAAAA-AAGTTGTAAGTTTTAT--ATGAAAttg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       a-ATCCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCTAATATGTTTT----GTCA--TTGTATAT-------ACATGCAA-ACGTTGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaatagtCAGTAAG--CATT-GTGCTTTTGTTCTAATCCTGATGTGTGTT----GTCA--TTGTATAA-------GCATGCGT-ACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAAT-ATGT--TTAAAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acagcatttcaatgttA--TTGTAGAT-------ACATGCAT-ATGTTGTAAATATTATGAAT-AAAAT-ATAT--TTAAACTAcaacaacagttata
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -------ACATCCAT-ACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAAT-TTGT--TTAAattaaaaccacgcgctactattttggatgaccttgacccccttctggatgaccttgactcctaggaataaataacatatgaattataatgttttgtatttatctctgtttgtcggatactgtatttcttaaaccaatt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aCATGCAT-TCGTTGTAAATATCACGAAT-AAAAT-ATGT--TTCAGCTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTCCTGAAATATATGACTGAATCTCCATTATGCAACTGTGGTAGTATCGAGGACACACGATACTGTACGTTCTTTACCTGTCCAGCTTATCACACCATACGATTAGAATTTTAAATACACTTTCTTCCTTATGTACCGTTTATGTAGAAATTCTTTTATATGAGACACCAGTTACGAAATCGCTTTATCGAATTTTATAGCTGTACACGTACTATATATCTGACTTAACAATTAGCAGCAGTGAGCAATCCGAAGCAAATTTGACATTTCTTCGTGCCATATGTTACCGCCTTGTCATTGGTTTCTAATTACACCTACTG
Unaligned ( gi|9 ): ATAAGATTGGAATTTTTAAATACACTCACGTTCTTATGAATTGTTTCTACAGACATTATCCAGACTAATTTATTAATTGAACTCGTCGATTTTTAAAGCTGTGCACGAATTTATCTTAAAAACAAATGATTCTTATTAGCAGCCAGGAGCAATTTATGTCAAATAATTCAAATTGAATTTCAAGATACTGAAATAAAAATCCCCCATATCCGATTCGCCGCTGTGCCTTCTGATTTCGAATTGCATCTTCTGAGTATTGAATATGTTATTAAGATA
Unaligned ( gi|14 ): TTCCTTAAAATGACTGAATTCCTCTTATGCCTTAGTTCCACTTCCAGTATCGAAGACACGGCACTGTTTCTTCACGTGTATTGTCTATTACACCGTACCGTGGGAATTTTCAAATACACTTTCGTTCTTATGTACTGTTTCTGACGAAATTCTTTTAAATATCGAGATACCAGTCTAAGTTACAAAAT






Alignments
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Reference ( family-119 )      :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCTAGATACA-------------TCATACATGCCTGTANTTTGTTG------TTGTTTTTNT-TT--CTTGNTGTTTCATTTTT--GCTACGTTGTTC--TAAATN-TT-ATTT-TTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTATCAGCACNGACTAAAATATTTCCACAA--TT---TANTTAAA-CCAGT-AT-GTGTATACATTGTNCGTCTGTCATTTCAAT----GTT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACTCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCTAATATGT----TTTGTCA--TT--GTA--TATA--CATGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAACTA
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaatagtatcTA--TATAGTCATGCATTCGTTGTAAATATCACGAAT-AAAATATGTTTCAGCTA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|16                         :                                                                                                            gtattaataaaatatgaaaacattctatttatgaatggtattcgtgT-T--CT-GTTGTTGCTGTTTTCTGCTACGTTGTTCCATAAA-TCCTTATTT-ACTTTT-------TT-ATTCTATTAACAGTAAAGACAGATATTTTTCCATGAT---A----AAGTAA----CAGT-A-A-TGTATACGTTGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAG---------GA-GCTCAATAAG--CATT-ATGCTTTTGTTCCAATCCT-----AATATaggagctcaataagcattatgcttttgttccaatcctaatatttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 ttctgttgttgctgttttctgctacgttgttccataaatccttatttacttttttattctattaacagtaaagacagatatttttccatgataaagtaacagtaatgtatacgttgtTCAGTAAG--CATT-GTGCTTTTGTTCTAATCCT-----GATGTGT----GTTGTCA--TTGTA--TAAG--CATGCGTACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAAATAttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acagcatttcaatgtCATTTCAATTGATGTT-TTTAAA-TA-ATTA---TCTATG----A-AGGAAAT---------CA-ACTTAATAAG--C--C-ATGCTTTTGTTCCAATC-------------T----CTTTTCACTTTGTATTTATA--TAAACA-ATGTTGTATAAGTTATGAAcaacaacagttata
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gi|2                          :                                                                     gTTCTGAA-ATCGAAGTCGTATAT--GTTATCTAGATACATCAAACATACCTGTACTTTGT---GGT-T------AT-T-ATT-TT-T--CTTGGTGTTTCT-TTTTC-GCTACGTTGTTC--GAAA-TC------T-GTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AGATAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTGTTCGTCTGTCATTTCAAT----AAT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AAGAAA--------------------------------------GTTCTAATCCT-----ATTATGT----GTT---A--TTGTT--TGTA--CATGCAAACGTTGTACACATCATGAAT-AAAACGTATTTAAACTA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             cTTAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTGTACGTC----ATTCCAAT----GTT-A--AAA-AAGACT----AC---A----A-AGGAAAG---------GA-CCTCAATAAG--CGTT-ATGCTTTCGTTCTTATCCT-----TATATaaaataacttgcatacttcctcacataaagtatttgaatcaagcgggactcgaatctacgaatttagtaaaaaaacgttagcaatggtaaaaaaatatacttgttgtggaaatttctatatgaaattga
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCAAACGTTGT
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A--CATCCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATTTGTTTAAtccaaca
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-119 )      :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCNAGATACATCATACATGCCTGTACTTTGT---TGT-T------GT-T-TTT-TT-T--CTTGNTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--TAAA-TC-TTATTT-TTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTATCAGTACNGACTAAAATATTTCCACAAT---T----ANTTAA--ACCAGT-ATA-TGTATACATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACTCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----NTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAACTA
gi|1                          :                                                                                         ATAT--GTTATCTAGATACATCATACATGCCTGTACTTTGT---TGT-T------GC-T-TTT-CT-T--CTTCTTGATTCT-TTTTC--GCTACGTTGCTC--TAAA-TC-TTA----TTTTTTATCA-TTTT-ATTCTGTTATCAGCACTGACTAAAATAGTTCAACAAT---T----ACTTAA--ACCAG--ATT-TGTATACATTGTACGTCTGTCATTCCAAT----GTT-A--AAAGCAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-GCTCAGCATG--CATT-ATGCTTTCTTTCTAATCCC-----AATATGTTTAATTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGAATTTGTTGTAAATATCATGCAT-AAAATGTTATTAAACTA
gi|10                         :                                                                         TGCGTACTGAAGTTGTTTAC--GTTATGTAGGTA---CAT-CATAC------------------T------GT-----------------CTGTACTT-TTGTCCAACTACGTTGTTC--TAAA-TCCTTATTT-------ATTA-TTTT-ATTCTATCAACAGAACAGACTGAAATATTTTCACAAT---T----AGATAGTTGTCATT-GTA---TATACAataaaacagtttctttaaggctgatgtcttaatcactgaattgtttagtttgtggaattgttaaaaattgtaaataaaacttctttttatcgaattaataacggtaataaaactaatttagaa
gi|11                         : taaaaatctaagccaaataatccaaattgtcgcctccttgccttctgatttctaaatacataattatgtTTCTGAGTATTGAA------TAT--GTTATTAAGATACATCATACATGCCTGTCATTTGT---TGT-T------GT-TGTTT-TT-TGCCTTGATGTTTCA-TTTTT--GGTACGTTTTTC--TAAA----TTA--T-TTTTTTATCA-TTTT-ATTTTGTTATCAGCACTGACTAAAATATTCGCAC
gi|12                         :      aagatactgaaataaaaatcccccatatccgattcgccgctgtgccttctgatttcgaattgcatcCTGAGTA---AATATATATATCTGTTATCTAGATACAACATACATGCCTG----TTATACATGCCT------GT-A-CTT-TGAT--CTTGTTGTTATT-TTTCC--GCTACGTTGTTC--CAAATTC-TAATTTATTATTTA-AA-TTTTAATTCTATTAACAGCACAGACT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                TAA--ATAAGT-A------ATACACTGT--GTCTGAAAT--CA-------TA-A--AAA-TAGACTGCTTTC---A----ATATGTAAGTTTTTATCTGACACTCACTTAGAACATTTATGCTTTCGTGCTAATCCT-----AATGTGT----GTTGTCA--TTGTA--TATattaaaaccacgcgctactattttggatgaccttgacccccttctggatgaccttgactcctaggaataaataacatatgaattataatgttttgtatttatctctgtttgtcggatactgtatttcttaaaccaatt
gi|16                         :                                                                                                            gtattaataaaatatgaaaacattctatttatgaatggtattcgtgT-T--CT-GTTGTTGCTGTTTTCT-GCTACGTTGTTCCATAAA-TCCTTATTT-ACTTTT-------TT-ATTCTATTAACAGTAAAGACAGATATTTTTCCATGAT---A----AAGTAA----CAGT-A-A-TGTATACGTTGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAG---------GA-GCTCAATAAG--CATT-ATGCTTTTGTTCCAATCCT-----AATATaggagctcaataagcattatgcttttgttccaatcctaatatttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  ttctgttgttgctgttttctgctacgttgttccataaatccttatttacttttttattctattaacagtaaagacagatatttttccatgataaagtaacagtaatgtatacgttgtTCAGTAAG--CATT-GTGCTTTTGTTCTAATCCT-----GATGTGT----GTTGTCA--TTGTA--TAAG--CATGCGTACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAAATAttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acagcatttcaatgtCATTTCAATTGATGTT-TTTAAA-TA-ATTA---TCTATG----A-AGGAAAT---------CA-ACTTAATAAG--C--C-ATGCTTTTGTTCCAATC-------------T----CTTTTCACTTTGTATTTATA--TAAACA-ATGTTGTATAAGTTATGAAcaacaacagttata
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gi|2                          :                                                                     gTTCTGAA-ATCGAAGTCGTATAT--GTTATCTAGATACATCAAACATACCTGTACTTTGT---GGT-T------AT-T-ATT-TT-T--CTTGGTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--GAAA-TC------T-GTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AGATAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTGTTCGTCTGTCATTTCAAT----AAT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AAGAAA--------------------------------------GTTCTAATCCT-----ATTATGT----GTT---A--TTGTT--TGTA--CATGCAAACGTTGTACACATCATGAAT-AAAACGTATTTAAACTA
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-ACTTAATAAG--C-TT--TGCTTTTGCTCCGATCCTTTTTCACTTTGT----ATT------TTGTA--TAAA--CATAAAAAAGTTGTAAGTTTTAT--AT-GAAA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCAAACGTTGT
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A--CATCCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATTTGTTTAAtccaaca
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acagcatttcaatgtCATTTCAATTGATGTT-TTTAAA-TA-ATTA---TCTATG----A-AGGAAAT---------CA-ACTTAATAAG--C--C-ATGCTTTTGTTCCAATC-------------T----CTTTTCACTTTGTATTTATA--TAAACA-ATGTTGTATAAGTTATGAAcaacaacagttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaag--AAA-TAAACTA---TC---ATAGGA-AGGAAAG---------GG-AGTCAATAAG--CATT-ACGCTTCCGTCGCAATCTT-----AATA-------ATTGTCA--ATGTT--TACA--CATATATACGTTGTGAATATTGTGAAT-AAATCATGTAAAAACTa
gi|2                          :                                                                     gTTCTGAA-ATCGAAGTCGTATAT--GTTATCTAGATACATCAAACATACCTGTACTTTGTGGTT------AT-T-ATT-TT-T--CTTGGTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--GAAA-TC------T-GTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AGATAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTGTTCGTCTGTCATTTCAAT----AAT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AAGAAA--------------------------------------GTTCTAATCCT-----ATTATGT----GTT---A--TTGTT--TGTA--CATGCAAACGTTGTACACATCATGAAT-AAAACGTATTTAAACTA
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gaatagtatcTA--TATAGTCATGCATTCGTTGTAAATATCACGAAT-AAAATATGTTTCAGCTA
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gi|4                          :                                                                  cttaTTCTGAGTATTGAAGTTGTATA-----------GAAACATTATACATGCCTGTACTTTGATGTT------AT-T-TTT-TT----CTTGCTGTTTCT-TTTTC--GCTAAA---------AAA------A----------ATCA-TTTT-----TATTGTCAGTACCGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AATTAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTTTTCGTTTGCCATTTCAAT----GTTAA--AAA-TAAACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-GCCCAA----------------TTTGTTCTAATCCT-----AATATTT----GTTGTCA--TTGTA--TATG--CCTGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATATTTAAACTAcgtgtatgaataaagcagtgtgcgtttaaattagtttatattttactatttcgattaaaacagcatttattttataattttggattgattgaattgaaaaaaaaagagacaaaatcgatttttagtaataaatgataacaaaataccttataat
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-119 )      :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCNAGATACATCATACATGCCTGTAATTTGTTGTT------GT-T-TTT-TT-T--CTTGNTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--TAAA-TC-TTATTT-TTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTATCAGTACNGACTAAAATATTTCCACAAT---T----ANTTAA--ACCAGT-ATA-TGTATACATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACTCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----NTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAACTA
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gi|11                         : taaaaatctaagccaaataatccaaattgtcgcctccttgccttctgatttctaaatacataattatgtTTCTGAGTATTGAA------TAT--GTTATTAAGATACATCATACATGCCTGTCATTTGTTGTT------GT-TGTTT-TT-TGCCTTGATGTTTCA-TTTTT--GGTACGTTTTTC--TAAA----TTA--T-TTTTTTATCA-TTTT-ATTTTGTTATCAGCACTGACTAAAATATTCGCAC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TAA--ATAAGT-A------ATACACTGT--GTCTGAAAT--CA-------TA-A--AAA-TAGACTGCTTTC---A----ATATGTAAGTTTTTATCTGACACTCACTTAGAACATTTATGCTTTCGTGCTAATCCT-----AATGTGT----GTTGTCA--TTGTA--TATattaaaaccacgcgctactattttggatgaccttgacccccttctggatgaccttgactcctaggaataaataacatatgaattataatgttttgtatttatctctgtttgtcggatactgtatttcttaaaccaatt
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ttctgttgttgctgttttctgctacgttgttccataaatccttatttacttttttattctattaacagtaaagacagatatttttccatgataaagtaacagtaatgtatacgttgtTCAGTAAG--CATT-GTGCTTTTGTTCTAATCCT-----GATGTGT----GTTGTCA--TTGTA--TAAG--CATGCGTACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAAATAttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acagcatttcaatgtCATTTCAATTGATGTT-TTTAAA-TA-ATTA---TCTATG----A-AGGAAAT---------CA-ACTTAATAAG--C--C-ATGCTTTTGTTCCAATC-------------T----CTTTTCACTTTGTATTTATA--TAAACA-ATGTTGTATAAGTTATGAAcaacaacagttata
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gi|2                          :                                                                     gTTCTGAA-ATCGAAGTCGTATAT--GTTATCTAGATACATCAAACATACCTGTACTTTGTGGTT------AT-T-ATT-TT-T--CTTGGTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--GAAA-TC------T-GTTTTTATCA-TTTT-ATTCTATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AGATAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTGTTCGTCTGTCATTTCAAT----AAT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AAGAAA--------------------------------------GTTCTAATCCT-----ATTATGT----GTT---A--TTGTT--TGTA--CATGCAAACGTTGTACACATCATGAAT-AAAACGTATTTAAACTA
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCAAACGTTGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gaatagtatcTA--TATAGTCATGCATTCGTTGTAAATATCACGAAT-AAAATATGTTTCAGCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A--CATCCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATTTGTTTAAtccaaca
gi|3                          :                                                                                                                                                                   aTCT-TTCTC--GCTACGATGTTT--TATA-TC-CTAAAT-T-----ATTAGTTTT-ATTCTATCACTAGTACAGACTGAAATAATTTCACAAA---A----AGTAAA--GCTAAT-AAAGTGTA-ATATTACCTGTCTGTCATTT--------------------AAACT----TC---A----A-AGGAAAT---------AA-GCTCAATACG--CATT-ATGCCTCCGTTCCAATTCT-----AATTTGT----GTGGTCA--TTGTT--TATA--AATTCATATGTTGTATATATTATGAAT-
gi|4                          :                                                                  cttaTTCTGAGTATTGAAGTTGTATA-----------GAAACATTATACATGCCTGTACTTTGATGTT------AT-T-TTT-TT----CTTGCTGTTTCT-TTTTC--GCTAAA---------AAA------A----------ATCA-TTTT-----TATTGTCAGTACCGACTAAAATATTTCCACAAT---T----AATTAA--ACCAGT--TA-TGTATACATTTTTCGTTTGCCATTTCAAT----GTTAA--AAA-TAAACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-GCCCAA----------------TTTGTTCTAATCCT-----AATATTT----GTTGTCA--TTGTA--TATG--CCTGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATATTTAAACTAcgtgtatgaataaagcagtgtgcgtttaaattagtttatattttactatttcgattaaaacagcatttattttataattttggattgattgaattgaaaaaaaaagagacaaaatcgatttttagtaataaatgataacaaaataccttataat
gi|5                          :                                                                    tcTTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--ATTATCAAGATACATCATCCATGCCTGTAATTTATTAAT------GT-T-TTTGTT-T--CTTGATGCTTCA-TTTT---GCTACGTTTTTC--TAAA-TAATTATTT-TTTTTTATCA-TTTT-ATTATATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAAT---TGTTTATTTAA--ACCAGTTATA-TATATACATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-CAGATT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACCCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTAGTCA--TTGTA--TTTA--CATGCACACGTTGTAAATATCATCAATAAAAATATGTTTAAACTAaacattttattcatattttcaatacaaggttgacttctaagattttacaaaaacg
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gi|8                          :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCAAGAT


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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-119 )      :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCNAGATACATCATACATGCCTGTAATTTGTTGTT------GT-T-TTT-TT-T--CTTGNTGTTTCT-TTTTC--GCTACGTTGTTC--TAAATCCTTATTTTTTT--ATC---A-TTTT-ATTCTATTATCAGTACNGACTAAAATATTTCCACAA---TT----ANTTAA--ACCAGTTA--TGTATA--CATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACTCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----GTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATGTTTAAACTA
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTTGTCA--TTGTA--TATA--CATGCAAACGTTGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaatagtatcTA--TATAGTCATGCATTCGTTGTAAATATCACGAAT-AAAATATGTTTCAGCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A--CATCCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATTTGTTTAAtccaaca
gi|3                          :                                                                                                                                                                   aTCT-TTCTC--GCTACGATGTTT--TATATCCTAAATT------ATT---AGTTTT-ATTCTATCACTAGTACAGACTGAAATAATTTCACAA---AA----AGTAAA--GCTAATAAAGTGTA-A--TATTACCTGTCTGTCATTT--------------------AAACT----TC---A----A-AGGAAAT---------AA-GCTCAATACG--CATT-ATGCCTCCGTTCCAATTCT-----AATTTGT----GTGGTCA--TTGTT--TATA--AATTCATATGTTGTATATATTATGAAT-
gi|4                          :                                                                  cttaTTCTGAGTATTGAAGTTGTATA-----------GAAACATTATACATGCCTGTACTTTGATGTT------AT-T-TTT-TT----CTTGCTGTTTCT-TTTTC--GCTAAA---------AAA-----A---------ATC---A-TTTT-----TATTGTCAGTACCGACTAAAATATTTCCACAA---TT----AATTAA--ACCAGTTA--TGTATA--CATTTTTCGTTTGCCATTTCAAT----GTTAA--AAA-TAAACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-GCCCAA----------------TTTGTTCTAATCCT-----AATATTT----GTTGTCA--TTGTA--TATG--CCTGCATACGTTGTAAATATCATGAAT-AAAATATATTTAAACTAcgtgtatgaataaagcagtgtgcgtttaaattagtttatattttactatttcgattaaaacagcatttattttataattttggattgattgaattgaaaaaaaaagagacaaaatcgatttttagtaataaatgataacaaaataccttataat
gi|5                          :                                                                    tcTTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--ATTATCAAGATACATCATCCATGCCTGTAATTTATTAAT------GT-T-TTTGTT-T--CTTGATGCTTCA-TTTT---GCTACGTTTTTC--TAAATAATTATTTTTTTTTATC---A-TTTT-ATTATATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAA---TTGTTTATTTAA--ACCAGTTA--TATATATACATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-CAGATT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACCCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTAGTCA--TTGTA--TTTA--CATGCACACGTTGTAAATATCATCAATAAAAATATGTTTAAACTAaacattttattcatattttcaatacaaggttgacttctaagattttacaaaaacg
gi|7                          :                                                                                                      AGATACATCATACATGCCTGTAACTTGTTGTTTTTTTTGTGT-TTT-TT-T--CTTGATGTTTCA-TTTTT--GCTACGTTTTTC--TAAATATTT---TTTTT--ATC---T-TTTT-ATTATATTGTCAGTACTGACTAAAATATTTCCACAATGTTT----ATTTAA--ACCAGTTA--TAT-----CATTGTACGTCTGCCATTTCAAT----GTT-A--AAA-TAGACT----TC---A----A-AGGAAAG---------GA-ACCCAATAAG--CATT-ATGCTTTCGTTCCAATCCT-----AATATGT----TTTGTCA--CTGTA--TATA--CATGCAAACGTTGTAAATATCATGAATAAAAATATGTTTGAACT
gi|8                          :                                                                      TTCTGAGTATTGAAGTTGTATAT--GTTATCAAGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTCCTGAAATATATGACTGAATCTCCATTATGCAACTGTGGTAGTATCGAGGACACACGATACTGTACGTTCTTTACCTGTCCAGCTTATCACACCATACGATTAGAATTTTAAATACACTTTCTTCCTTATGTACCGTTTATGTAGAAATTCTTTTATATGAGACACCAGTTACGAAATCGCTTTATCGAATTTTATAGCTGTACACGTACTATATATCTGACTTAACAATTAGCAGCAGTGAGCAATCCGAAGCAAATTTGACATTTCTTCGTGCCATATGTTACCGCCTTGTCATTGGTTTCTAATTACACCTACTG
Unaligned ( gi|9 ): ATAAGATTGGAATTTTTAAATACACTCACGTTCTTATGAATTGTTTCTACAGACATTATCCAGACTAATTTATTAATTGAACTCGTCGATTTTTAAAGCTGTGCACGAATTTATCTTAAAAACAAATGATTCTTATTAGCAGCCAGGAGCAATTTATGTCAAATAATTCAAATTGAATTTCAAGATACTGAAATAAAAATCCCCCATATCCGATTCGCCGCTGTGCCTTCTGATTTCGAATTGCATCTTCTGAGTATTGAATATGTTATTAAGATA
Unaligned ( gi|14 ): TTCCTTAAAATGACTGAATTCCTCTTATGCCTTAGTTCCACTTCCAGTATCGAAGACACGGCACTGTTTCTTCACGTGTATTGTCTATTACACCGTACCGTGGGAATTTTCAAATACACTTTCGTTCTTATGTACTGTTTCTGACGAAATTCTTTTAAATATCGAGATACCAGTCTAAGTTACAAAAT