lowQualScore                  :                        2222222                            222                          222222222222        555555        11                              1111111111                                                                                                                           
lowQualScore                  :                 8      0000000        7        2  1 333 2 555                     3  1 444444444444        111111 3      22    0 2  0  33    55555 2  2  4444444444   9999999999  9999999999   4444 9999999999 2   9999999999  2         0   33  2    2  2           55 4   2                 
lowQualScore                  :                 .      .......        .        .  . ... . ...                     .  . ............        ...... .      ..    . .  .  ..    ..... .  .  ..........   ..........  ..........   .... .......... .   ..........  .         .   ..  .    .  .           .. .   .                 
lowQualScore                  :                 6      5555555        5        1  9 999 2 666                     1  9 888888888888        777777 0      77    4 5  7  11    66666 2  2  5555555555   2222222222  2222222222   5555 2222222222 1   2222222222  2         3   11  2    1  1           22 8   2                 
consensus                     :             TGACCTGACGC-----G-GGCTGTCAATCAAACAA-GTCG---A-T-AATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCC---TANGC-C--GCCATTTTCCT-TTAGACAAGC-TAACGGTCTCTAA--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
Reference ( gi|7 )            :             TGACATGACGC-----C-GGCTGTCAGTCAAACAA-GTCG---A-T-A-TCCAATCAGCGATCGATATTGTTTCC---TGGGC-C--GCCATTTTGC--A-AAACAAGC-GAACGATCTCTAA--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTAGACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-AACAGTTGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|6                          :             TGACCTGACACACTGTCAGGCTGTCAATCAAATAA-GTCG---A-T-AATTTAATCAGCGATCGATATTGATTGC---TATAC-T--GTCATTTTCC--TTAGACAAAC-AAACAATGTCTAA--GTAA-----A-CA-CT----------ATG----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGACAAACAATGCC--AC-ATGACCA-G-GGGCGGAGC-AATAGTCGATCTCAAGTTA
gi|3                          :             TGACCTAACGC-----A-GGCTGTCAAACAAACAA-GTCG---A-T-AATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTCC----AGGCAC--GCCATTTACCT-C-AGACAAGC-TAGTGGTCTCCAA--GTAA-----A-CA-CTACACTGTATCACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGACATACATTGCCAAAC-ATTGCCATGTGGGCAGAGC-GGTAGTTGCTCTCACGTCAGCTC
gi|11                         :           acTGACCTGATGT-----G-GGCTGTCAATCAAGCAA-GCCG---A-T-AATAAAATCAGTGATCAATATTGTTTCC---AGGGT----GCTGTTTTCC--TTAGACAAGC-TAACAGTCTCTAA--GAAACCATTA-CA-CTGTATA-----ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTAGACAAACAATGCC--AC-ATGGCCA-GTGGGTGGAGC-AATA
gi|10                         :            tTGACCTACTGC-----A-GGCTGTCA----AGCAA-GTAG---A-T-AATCCAATCAGCAATCGATATTGTTTTC---AGTAC-T--ACCATTTTCC--TTAGCCAAGC-TTACGGTCTATAT--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTT----T----------T-AAC----------TTGGACAAACTACTCC--AC-GTGGCCA-GTGAGCTGAGC-AATAGTTGCTCTCATGTCA
gi|8                          :            tTGACCTGCCGC-----G-GGCTTTCAGTCAAA-----------------TTCAATCTACGATCGTTATTTGTTGC---TACTC-T--GATATTTTCCT-A-AGACAAGC-GAACCGTCTCCAA--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TTATATTTCATTGTA----T----------T-TAC----------TTGAATAAACAACGCT--AC-GTGGCCA-GTTGCCGGAGC-GATAGTTGCTCCCGCGTCAGG
gi|4                          :           atTGACCTGATGT-----G-GGCTGTCATTAAAAAAAAGTTG---A-T-AATCCAATTGGCGATCAATATTGCTTTC---TGCAA-T--TCTATTTTCC--TTAGACAAGC-TGACGGTCACTAA--GTAA-----A-CA-CC----------ACA----------AT----------ATA----T----------T-TACATTGGTTAACTTAGACAAACAGTGCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAG---GCAGTCATTCTTGCTTCAGGTCA
gi|13                         :           acTGACCTGACGC-----A-GGCTGTCAATCAAACAA-GCCG---ATT-G-TCCAATCACCGATCGGTATTGACTAC---TACAT-C--ATCAATTTCCT-T-AGACAAATAAAACAATGTT--A--GTCA-----A-C---------------------------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TCGGACTAACATTGCC--AC-GTGGT--------CGGAGC-GATGGTCGCTCTCGCGTCAGGTC
gi|1                          :             TGACATG-----------GGCTGTCAATCAAACAA-CTCA---A-C-AGTCCAATCAGCAATCAATATTGCTTTC---TATTT-C--ACTTTTTTTCTTA-GAA-AAGC-TGATGATATATAA--ATTA-----A-CT-CT----------ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGACAA----TGAT--TT-GTGGTCA-GTGCGATGAGC-GGTAGTCATTCTCGTATCAGGTCA
gi|12                         :            cTGACCTGATGT-----G-GGCTGTCAATCAAATAA-GTTATTAA-T-A-T----TCAGTGATCAATTTTGGTTGC---TACTG-T--GCCATTTTCC--TTAGATAAAC-AAACGAT--------GTAA-----AACAGTT----------ACA----------TT----------GTG----T----------A-TAC----------TTGGATAAACAATGCC--CCTTTGGCCA-GTGGGCGGAGC-ACTAGTTattactctcaaatttgttttcctgggtagaaccagtactgagtgttgtgttttaaaggtcatgccatggaaagacatcagcagggattgaactcacaacttctgtcgtgagtatcaaacacttaaaccaattcactaatataccgtcccgcttaaagcgctggaaccatagccttaagatagcattacaagcaagacgttgggctaaaataagctctgcaaatatgaatgtaggtatatattattaatgcattttgtgcaataaaagagct
gi|18                         :             TGACCCGATGC-----A-GGCTGTCAGTCAAACAC-GTCG---A-T-AATCAAATCAGCGATCGATATTGTTTCC---AAGGC-C--GCAATTTTtacactcatc
gi|19                         :           atTGACCTGACAC-----G-GGCTGTCAATCAAACAA-GTTG---A-TGA-TCCAATCAGCAGTCAATATTGGTTCCATTT---C-T--ACCATTTTG
gi|22                         :             TGACATGACGC-----G-TGTTGTCATTAAAACA------------------AATCAGGAATCAATATTGTATCC---
gi|26                         : cagtaatacaatTGACCTGACAA-----G-GGCTGCCACTCAAACAA-GTaagg
gi|5                          :          caaaGACATGACGC-----G-GGCTGCCAATCAAACAA-GCCG---A-CGA-TCCAATCAGCAATAGATATCGGTTGC---TAGAC-T--GCCAGCTTCCT-A-AAACAAGC-GAACCGTCTCCAT--GTTA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTA----TGACATATTGTT-TAC----------TTAAACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-TAAAGTATCTCTCGCGTCATGTataat
gi|2                          :                CATGACGC-----C-GGCAGTCAACCAAAGAA-GCGG---A-T-AGTCCAATCAACGATCTATATTGTTTC----TAGGC-CT-ACCATTTTCC--TTAGACAAGC-TAACAGTCTCTAACTGTAA-----A-CA-CT----------ACATTGAATTACATT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGACAAACAATGCC--AT-GTGGCCA-GGGGGTGGAGC-GATAGTCGTTCTCGCATCATGTt
gi|9                          :         aattgacctTGACGC-----G-GGCTGTCAATCAAACAA-GTCG---A-T-AATCCAATCAGCAATCGATATTGGTTGC---T--AC-CATACCATTTCTCT-T-AGACAGGC-T-ACAGTGTCTAA--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGGCAAACTATGCC--AC-TTGGCAA-GTGGGCGGAGC-TATAGCTGTTCTCGCATCAGGTC
gi|15                         :                              -GGCTGTCAATCAAACAA-GTAA---A-TAA-TCCAATCAGCGAc
gi|14                         :                              tgGCTGGCAATCAAACAA-GTTG---A-T-AATCCAATGAGCAATTGATATTACTTCC---AGAGT-G--ATCATTTTCCT-T-ACTCAAGC-TGGCGGTCACAAA--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------AT----------G---------------------------------------------GCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAGC-GATAGTAATTCTCACATCATGTCAgctaacgatgtctaggtaaacactacattgtatttacttggaaaaacaataccacgaggccagtgggcagagccatattcgttctcgcgtcaggtcc
gi|25                         :                                  TGTCAATCAAAC------G---A-TGA-TCCAATCAGCAATCAATATTGTTTTC---TACGC-C--a
gi|23                         :                                                                     AGCGATTTACATGGTTCCC---AGGTC-T--GCCATTTTTCT-G-AGACAAG
gi|17                         :                                                                                                -C--GCCATTTTCC--T-TAACAAGC-TGACGATGTCTTT--GTAA-----A-CA-CT----------ATG----------TT----------TTA----T----------T-TCC----------TTACACAGGCAACGCC--AC-ATGGCCA-ATGGGTGGAGC-AATTGTCGTTCTCGTGTCAAGTCAatacacgtctcca
gi|16                         :                                                                                                                 -AGACAATC-TAACAGTCTCTAA--GTAA-----T-TG-AT----------ACA----------CT----------GTAAGCAT----------TGTAC----------T--AACAAACACCACC--AC-ATAGTCA-GTGGGCGGAGT-GACAGTCACTCTCGCATCAGGTCA
gi|15                         :                                                                                                        cacttgtccttAGCGAGC-TAACGATGTCTAG--GTAA-----A-CA-CT----------ACA----------TT----------GTA----T----------T-TAC----------TTGGAAAAACAATACC--AC-GAGGCCA-GTGGGCAGAGC-CATATTCGTTCTCGCGTCAGGTC
gi|6                          :                                                                                                 tgggctgtcaatcaaacaagtaaataatccaatcTCCAA--GTAA-----A-TA-CA----------ACA----------TA----------GTG----T----------T-TAC----------TTAGACAc
gi|9                          :                               tgacctgacacactgtcaggctgtcaatcaaataagtcgataatttaatcagcgatcgatattgattgctatactgtcattttccttagacaaacaaacaaCCAA--GTAA-----A-TA-CA----------ATG----------TA----------GTG----T----------T-TAC----------TTAGACAcaaacaatgccacatgaccaggggcggagcaatagtcgatctcaagtta
gi|20                         :                                                                tgacgcgggctgtcaatcaaacaagtcgataatccaatcagcaatcgatattggttgctaccataccatttctcttagacaggctacagT----------ACA----------TT----------GCA----T----------T-TAC----------TTGGACAAACAACGCT--AC-GTGACAA-TTGGACGGAGCAAATATCCCCGCTCGCGTCAGGTCgcaaactatgccacttggcaagtgggcggagctatagctgttctcgcatcaggtcc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                    tAACAACGTC--AC-GTGACAA-GCGAGTGGAG---ATTGTTGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                       TTA-GCGGGCGGGGC-AATAGTCGCTCTCGTGTTAGGTCAat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATTGACCTGATGCGGGCTATCAATCAAGTTTATAATCTGAACAACGATCAACATTATTTCCGGGTCTACCATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                              222                                          1111111111                            1111111111                                                                                 
lowQualScore                  :         333      666666                 1  3                          1  0 66666666          888         33 2  0  1     33  2  55555   2  5555555555   9999999999  9999999999   4444444444  2 9999999999                  22  2       2           22                       
lowQualScore                  :         ...      ......                 .  .                          .  . ........          ...         .. .  .  .     ..  .  .....   .  ..........   ..........  ..........   ..........  . ..........                  ..  .       .           ..                       
lowQualScore                  :         999      111111                 9  3                          0  7 88888888          333         11 2  9  1     22  4  99999   4  3333333333   7777777777  7777777777   4444444444  2 7777777777                  99  1       0           11                       
consensus                     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTTTCCTT-AGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
Reference ( family-1157 )     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTTTCCTTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|1                          :       CT---GACATG------GGCTGTCAATCAAACAA-CTCAACAGTCCAATCAGCAATCAATATTGCTTTCTATTT-C-ACTTTTTTTCTT-AGAAAAGCT--G-ATGATATATAA--AT-TA-----ACT-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAA----TGAT--TT-GTGGTCA-GTGCGATGAGC-GGTAGTCATTCTCGTATCAGGTCA
gi|10                         :   TGACCT---ACTGCA------GGCTGTCAA----GCAA-GTAGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGTTTTCAGTAC-T-ACCATTTTCCTT-AGCCAAGCT--T-ACGGTCTATAT--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTT----------TT-A----------ACTTGGACAAACTACTCC--AC-GTGGCCA-GTGAGCTGAGC-AATAGTTGCTCTCATGTCAattactctcaaatttgttttcctgggtagaaccagtactgagtgttgtgttttaaaggtcatgccatggaaagacatcagcagggattgaactcacaacttctgtcgtgagtatcaaacacttaaaccaattcactaatataccgtcccgcttaaagcgctggaaccatagccttaagatagcattacaagcaagacgttgggctaaaataagctctgcaaatatgaatgtaggtatatattattaatgcattttgtgcaataaaagagct
gi|11                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAGCAA-GCCGATAATAAAATCAGTGATCAATATTGTTTCC-AGGG-T-GCTGTTTTCC-TTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAA--GA-AACCATTACA-CTGTATA-----ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAATGCC--AC-ATGGCCA-GTGGGTGGAGC-AATA
gi|12                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAATAA-GTTATTAAT--ATTCAGTGATCAATTTTGGTTGCTACTG-T-GCCATTTTCC-TTAGATAAACA--A-ACGAT--------GTAAA-----ACAGTT----------ACA----------TT----------GTG----------TA-T----------ACTTGGATAAACAATGCC--CCTTTGGCCA-GTGGGCGGAGC-ACTAGTTG
gi|13                         :   TGACCT---GACGCA------GGCTGTCAATCAAACAA-GCCGATTGTCCAATCACCGATCGGTATTGACTACTACAT-C-ATCAATTTCC-TTAGACAAA-TAAA-ACAATGTT--A--GT-CA-----AC---------------------------TT----------GTA----------TT-T----------ACTCGGACTAACATTGCC--AC-GTGGT--------CGGAGC-GATGGTCGCTCTCGCGTCAGGTCtacactcatc
gi|14                         :                         GCTGGCAATCAAACAA-GTTGATAATCCAATGAGCAATTGATATTACTTCCAGAGT-G-ATCATTTTCC-TTACTCAAGCT--G-GCGGTCACAAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------AT----------G-----------------------------------------GCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAGC-GATAGTAATTCTCACATCATGTCA
gi|15                         :                 G------GGCTGTCAATCAAACAA-GTAAATAATCCAATCAGCGAa
gi|15                         :                                                                                                   tCGAGCT--A-ACGATGTCTAG--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGAAAAACAATACC--AC-GAGGCCA-GTGGGCAGAGC-CATATTCGTTCTCGCGTCAGGTCgctaacgatgtctaggtaaacactacattgtatttacttggaaaaacaataccacgaggccagtgggcagagccatattcgttctcgcgtcaggtcc
gi|16                         :                                                  tgggctgtcaatcaaacaagtaaataatccaatcagCACTTGTCCTTAGACAATCT--A-ACAGTCTCTAA--GT-AA-----TTG-AT----------ACA----------CT----------GTAAGCA------TTGT----------ACT--AACAAACACCACC--AC-ATAGTCA-GTGGGCGGAGT-GACAGTCACTCTCGCATCAGGTCAc
gi|17                         :                                                                                 -C-GCCATTTTCCTT--AACAAGCT--G-ACGATGTCTTT--GT-AA-----ACA-CT----------ATG----------TT----------TTA----------TT-T----------CCTTACACAGGCAACGCC--AC-ATGGCCA-ATGGGTGGAGC-AATTGTCGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|18                         :   TGACCC---GATGCA------GGCTGTCAGTCAAACAC-GTCGATAATCAAATCAGCGATCGATATTGTTTCCAAGGC-C-GCAATTTT
gi|19                         : atTGACCT---GACACG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTTGATGATCCAATCAGCAGTCAATATTGGTTCCATTTC-T-ACCATTTT
gi|2                          :   TGACCTCATGACGCC------GGCAGTCAACCAAAGAA-GCGGATAGTCCAATCAACGATCTATATTGTTTC-TAGGC-CTACCATTTTCCTT-AGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAACTGT-AA-----ACA-CT----------ACATTGAATTACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AT-GTGGCCA-GGGGGTGGAGC-GATAGTCGTTCTCGCATCATGTg
gi|20                         :                                                                                                                                       aatT----------ACA----------TT----------GCA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCT--AC-GTGACAA-TTGGACGGAGCAAATATCCCCGCTCGCGTCAGGTC
gi|21                         :  tTGACCT---GATGCG------GGCTATCAAT----CAA-GTTTATAATCTGAACAACGATCAACATTATTTCCGGGTC-T-ACCATT
gi|22                         : atTGACAT---GACGCG------TGTTGTCATTAAAACA-------------AATCAGGAATCAATATTGTATCCAAGG
gi|23                         :                                             cagtaatacaatAGCGATTTACAT-GGTTCCCAGGT-CTGCCATTTTTC-TGAGACAAGAT--ACAC-GTCTCCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                  AACAACGTC--AC-GTGACAA-GCGAGTGGA---GATTGTTGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|25                         :                           TGTCAATCAAAC------GATGATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTTCTACGC-C-at
gi|26                         :   TGACCT---GACAAG------GGCTGCCACTCAAACAA-GT--ATAAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                  caaaA-GCGGGCGGGGC-AATAGTCGCTCTCGTGTTAGGTCA
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gi|6                          :   TGACCT---GACACACTGTCAGGCTGTCAATCAAATAA-GTCGATAATTTAATCAGCGATCGATATTGATTGCTATAC-T-GTCATTTTCCTT-AGACAAACA--A-ACAATGTCTAA--GT-AA-----ACA-CT----------ATG----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AC-ATGACCA-G-GGGCGGAGC-AATAGTCGATCTCAAGTTAt
gi|7                          :   TGACAT---GACGCC------GGCTGTCAGTCAAACAA-GTCGATA-TCCAATCAGCGATCGATATTGTTTCCTGGGC-C-GCCATTTTGCA--AAACAAGCG--A-ACGATCTCTAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-AACAGTTGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|8                          :   TGACCT---GCCGCG------GGCTTTCAGTCAAA------------TTCAATCTACGATCGTTATTTGTTGCTACTC-T-GATATTTTCCTA-AGACAAGCG--A-ACCGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TTATATTTCATTGTA----------TT-T----------ACTTGAATAAACAACGCT--AC-GTGGCCA-GTTGCCGGAGC-GATAGTTGCTCCCGCGTCAGG
gi|9                          :      atT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGGTTGCTACCA-T-ACCATTTCTCTT-AGACAGGCT--A--CAGTGTCTAA--GT-AA-----ACA-CT----------ACA----------TT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGGCAAACTATGCC--AC-TTGGCAA-GTGGGCGGAGC-TATAGCTGTTCTCGCATCAGGTC





Alignments
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lowQualScore                  :         ...      ......                 .  .                          .  . ........       .              .. .  .  .     ..  .  .....   . .....................     ..........   ..........  . ..........                  ..  .       .           ..                       
lowQualScore                  :         999      111111                 9  3                          0  7 88888888       1              11 2  9  1     22  4  99999   4 222222222222222222222     7777777777   4444444444  2 7777777777                  99  1       0           11                       
consensus                     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
Reference ( family-1157 )     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|1                          :       CT---GACATG------GGCTGTCAATCAAACAA-CTCAACAGTCCAATCAGCAATCAATATTGCTTTCTATTT-C-ACTTTTT-TTCTTAGAAAAGCT--G-ATGATATATAA--AT-TA-----ACT-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAA----TGAT--TT-GTGGTCA-GTGCGATGAGC-GGTAGTCATTCTCGTATCAGGTCA
gi|10                         :   TGACCT---ACTGCA------GGCTGTCAA----GCAA-GTAGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGTTTTCAGTAC-T-ACCATTT-TCCTTAGCCAAGCT--T-ACGGTCTATAT--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTT----------TT-A----------ACTTGGACAAACTACTCC--AC-GTGGCCA-GTGAGCTGAGC-AATAGTTGCTCTCATGTCAattactctcaaatttgttttcctgggtagaaccagtactgagtgttgtgttttaaaggtcatgccatggaaagacatcagcagggattgaactcacaacttctgtcgtgagtatcaaacacttaaaccaattcactaatataccgtcccgcttaaagcgctggaaccatagccttaagatagcattacaagcaagacgttgggctaaaataagctctgcaaatatgaatgtaggtatatattattaatgcattttgtgcaataaaagagct
gi|11                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAGCAA-GCCGATAATAAAATCAGTGATCAATATTGTTTCC-AGGG-T-GCTGTTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAA--GA-AACCATTACA-C----------TGTATA-----ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAATGCC--AC-ATGGCCA-GTGGGTGGAGC-AATA
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gi|13                         :   TGACCT---GACGCA------GGCTGTCAATCAAACAA-GCCGATTGTCCAATCACCGATCGGTATTGACTACTACAT-C-ATCAATT-TCCTTAGACAAA-TAAA-ACAATGTT--A--GT-CA-----AC---------------------------TT----------GTA----------TT-T----------ACTCGGACTAACATTGCC--AC-GTGGT--------CGGAGC-GATGGTCGCTCTCGCGTCAGGTCtacactcatc
gi|14                         :                         GCTGGCAATCAAACAA-GTTGATAATCCAATGAGCAATTGATATTACTTCCAGAGT-G-ATCATTT-TCCTTACTCAAGCT--G-GCGGTCACAAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACAAT----------G-----------------------------------------GCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAGC-GATAGTAATTCTCACATCATGTCA
gi|15                         :                 G------GGCTGTCAATCAAACAA-GTAAATAATCCAATCAGCGAa
gi|15                         :                                                                                                   tCGAGCT--A-ACGATGTCTAG--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGAAAAACAATACC--AC-GAGGCCA-GTGGGCAGAGC-CATATTCGTTCTCGCGTCAGGTCgctaacgatgtctaggtaaacactacattgtatttacttggaaaaacaataccacgaggccagtgggcagagccatattcgttctcgcgtcaggtcc
gi|16                         :                                                  tgggctgtcaatcaaacaagtaaataatccaatcagCACTTGTCCTTAGACAATCT--A-ACAGTCTCTAA--GT-AA-----TTG-A----------T----------ACACT----------GTAAGCA------TTGT----------ACT--AACAAACACCACC--AC-ATAGTCA-GTGGGCGGAGT-GACAGTCACTCTCGCATCAGGTCAc
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gi|18                         :   TGACCC---GATGCA------GGCTGTCAGTCAAACAC-GTCGATAATCAAATCAGCGATCGATATTGTTTCCAAGGC-C-GCAATTT-T
gi|19                         : atTGACCT---GACACG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTTGATGATCCAATCAGCAGTCAATATTGGTTCCATTTC-T-ACCATTT-T
gi|2                          :   TGACCTCATGACGCC------GGCAGTCAACCAAAGAA-GCGGATAGTCCAATCAACGATCTATATTGTTTC-TAGGC-CTACCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAACTGT-AA-----ACA-CTACATTGAATT----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AT-GTGGCCA-GGGGGTGGAGC-GATAGTCGTTCTCGCATCATGTg
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gi|22                         : atTGACAT---GACGCG------TGTTGTCATTAAAACA-------------AATCAGGAATCAATATTGTATCCAAGG
gi|23                         :                                             cagtaatacaatAGCGATTTACAT-GGTTCCCAGGT-CTGCCATTT-TTCTGAGACAAGAT--ACAC-GTCTCCA
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gi|25                         :                           TGTCAATCAAAC------GATGATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTTCTACGC-C-at
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gi|3                          : ttTGACCT---AACGCA------GGCTGTCAAACAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTCC-AGGCAC-GCCATTT-ACCTCAGACAAGCT--A-GTGGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------TACACTGTATCACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACATACATTGCCAAAC-ATTGCCATGTGGGCAGAGC-GGTAGTTGCTCTCACGTCAGCTCa
gi|4                          : acTGACCT---GATGTG------GGCTGTCATTAAAAAAAAGTTGATAATCCAATTGGCGATCAATATTGCTTTCTGCAA-T-TCTATTT-TCCTTAGACAAGCT--G-ACGGTCACTAA--GT-AA-----ACA-C----------C----------ACAAT----------ATA----------TT-TACATTGGTTAACTTAGACAAACAGTGCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGA---GGCAGTCATTCTTGCTTCAGGTCA
gi|5                          :  acGACAT---GACGCG------GGCTGCCAATCAAACAA-GCCGACGATCCAATCAGCAATAGATATCGGTTGCTAGAC-T-GCCAGCT-TCCTAAAACAAGCG--A-ACCGTCTCCAT--GT-TA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTATGACATATTGTT-T----------ACTTAAACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-TAAAGTATCTCTCGCGTCATGT
gi|6                          :   TGACCT---GACACACTGTCAGGCTGTCAATCAAATAA-GTCGATAATTTAATCAGCGATCGATATTGATTGCTATAC-T-GTCATTT-TCCTTAGACAAACA--A-ACAATGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ATGTT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AC-ATGACCA-G-GGGCGGAGC-AATAGTCGATCTCAAGTTAt
gi|7                          :   TGACAT---GACGCC------GGCTGTCAGTCAAACAA-GTCGATA-TCCAATCAGCGATCGATATTGTTTCCTGGGC-C-GCCATTT-TGCA-AAACAAGCG--A-ACGATCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-AACAGTTGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|8                          :   TGACCT---GCCGCG------GGCTTTCAGTCAAA------------TTCAATCTACGATCGTTATTTGTTGCTACTC-T-GATATTT-TCCTAAGACAAGCG--A-ACCGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATTATATTTCATTGTA----------TT-T----------ACTTGAATAAACAACGCT--AC-GTGGCCA-GTTGCCGGAGC-GATAGTTGCTCCCGCGTCAGG
gi|9                          :      atT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGGTTGCTACCA-T-ACCATTT-CTCTTAGACAGGCT--A--CAGTGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGGCAAACTATGCC--AC-TTGGCAA-GTGGGCGGAGC-TATAGCTGTTCTCGCATCAGGTC





Alignments
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lowQualScore                  :         333      666666                 1  3                          1  0 66666666       2              33 2  0  1     33  2  55555   2 888888888888888888888     9999999999   4444444444  2 9999999999                  22  2       2           22                       
lowQualScore                  :         ...      ......                 .  .                          .  . ........       .              .. .  .  .     ..  .  .....   . .....................     ..........   ..........  . ..........                  ..  .       .           ..                       
lowQualScore                  :         999      111111                 9  3                          0  7 88888888       1              11 2  9  1     22  4  99999   4 222222222222222222222     7777777777   4444444444  2 7777777777                  99  1       0           11                       
consensus                     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
Reference ( family-1157 )     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|1                          :       CT---GACATG------GGCTGTCAATCAAACAA-CTCAACAGTCCAATCAGCAATCAATATTGCTTTCTATTT-C-ACTTTTT-TTCTTAGAAAAGCT--G-ATGATATATAA--AT-TA-----ACT-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAA----TGAT--TT-GTGGTCA-GTGCGATGAGC-GGTAGTCATTCTCGTATCAGGTCA
gi|10                         :   TGACCT---ACTGCA------GGCTGTCAA----GCAA-GTAGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGTTTTCAGTAC-T-ACCATTT-TCCTTAGCCAAGCT--T-ACGGTCTATAT--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTT----------TT-A----------ACTTGGACAAACTACTCC--AC-GTGGCCA-GTGAGCTGAGC-AATAGTTGCTCTCATGTCAattactctcaaatttgttttcctgggtagaaccagtactgagtgttgtgttttaaaggtcatgccatggaaagacatcagcagggattgaactcacaacttctgtcgtgagtatcaaacacttaaaccaattcactaatataccgtcccgcttaaagcgctggaaccatagccttaagatagcattacaagcaagacgttgggctaaaataagctctgcaaatatgaatgtaggtatatattattaatgcattttgtgcaataaaagagct
gi|11                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAGCAA-GCCGATAATAAAATCAGTGATCAATATTGTTTCC-AGGG-T-GCTGTTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAA--GA-AACCATTACA-C----------TGTATA-----ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAATGCC--AC-ATGGCCA-GTGGGTGGAGC-AATA
gi|12                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAATAA-GTTATTAAT--ATTCAGTGATCAATTTTGGTTGCTACTG-T-GCCATTT-TCCTTAGATAAACA--A-ACGAT--------GTAAA-----ACAGT----------T----------ACATT----------GTG----------TA-T----------ACTTGGATAAACAATGCC--CCTTTGGCCA-GTGGGCGGAGC-ACTAGTTG
gi|13                         :   TGACCT---GACGCA------GGCTGTCAATCAAACAA-GCCGATTGTCCAATCACCGATCGGTATTGACTACTACAT-C-ATCAATT-TCCTTAGACAAA-TAAA-ACAATGTT--A--GT-CA-----AC---------------------------TT----------GTA----------TT-T----------ACTCGGACTAACATTGCC--AC-GTGGT--------CGGAGC-GATGGTCGCTCTCGCGTCAGGTCtacactcatc
gi|14                         :                         GCTGGCAATCAAACAA-GTTGATAATCCAATGAGCAATTGATATTACTTCCAGAGT-G-ATCATTT-TCCTTACTCAAGCT--G-GCGGTCACAAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACAAT----------G-----------------------------------------GCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAGC-GATAGTAATTCTCACATCATGTCA
gi|15                         :                 G------GGCTGTCAATCAAACAA-GTAAATAATCCAATCAGCGAa
gi|15                         :                                                                                                   tCGAGCT--A-ACGATGTCTAG--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGAAAAACAATACC--AC-GAGGCCA-GTGGGCAGAGC-CATATTCGTTCTCGCGTCAGGTCgctaacgatgtctaggtaaacactacattgtatttacttggaaaaacaataccacgaggccagtgggcagagccatattcgttctcgcgtcaggtcc
gi|16                         :                                                  tgggctgtcaatcaaacaagtaaataatccaatcagCACTTGTCCTTAGACAATCT--A-ACAGTCTCTAA--GT-AA-----TTG-A----------T----------ACACT----------GTAAGCA------TTGT----------ACT--AACAAACACCACC--AC-ATAGTCA-GTGGGCGGAGT-GACAGTCACTCTCGCATCAGGTCAc
gi|17                         :                                                                                 -C-GCCATTT-TCCTTA-ACAAGCT--G-ACGATGTCTTT--GT-AA-----ACA-C----------T----------ATGTT----------TTA----------TT-T----------CCTTACACAGGCAACGCC--AC-ATGGCCA-ATGGGTGGAGC-AATTGTCGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|18                         :   TGACCC---GATGCA------GGCTGTCAGTCAAACAC-GTCGATAATCAAATCAGCGATCGATATTGTTTCCAAGGC-C-GCAATTT-T
gi|19                         : atTGACCT---GACACG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTTGATGATCCAATCAGCAGTCAATATTGGTTCCATTTC-T-ACCATTT-T
gi|2                          :   TGACCTCATGACGCC------GGCAGTCAACCAAAGAA-GCGGATAGTCCAATCAACGATCTATATTGTTTC-TAGGC-CTACCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAACTGT-AA-----ACA-CTACATTGAATT----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AT-GTGGCCA-GGGGGTGGAGC-GATAGTCGTTCTCGCATCATGTg
gi|20                         :                                                                                                                                       aat----------T----------ACATT----------GCA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCT--AC-GTGACAA-TTGGACGGAGCAAATATCCCCGCTCGCGTCAGGTC
gi|21                         :  tTGACCT---GATGCG------GGCTATCAAT----CAA-GTTTATAATCTGAACAACGATCAACATTATTTCCGGGTC-T-ACCATT
gi|22                         : atTGACAT---GACGCG------TGTTGTCATTAAAACA-------------AATCAGGAATCAATATTGTATCCAAGG
gi|23                         :                                             cagtaatacaatAGCGATTTACAT-GGTTCCCAGGT-CTGCCATTT-TTCTGAGACAAGAT--ACAC-GTCTCCA
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gi|25                         :                           TGTCAATCAAAC------GATGATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTTCTACGC-C-at
gi|26                         :   TGACCT---GACAAG------GGCTGCCACTCAAACAA-GT--ATAAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                  caaaA-GCGGGCGGGGC-AATAGTCGCTCTCGTGTTAGGTCA
gi|3                          : ttTGACCT---AACGCA------GGCTGTCAAACAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTCC-AGGCAC-GCCATTT-ACCTCAGACAAGCT--A-GTGGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------TACACTGTATCACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACATACATTGCCAAAC-ATTGCCATGTGGGCAGAGC-GGTAGTTGCTCTCACGTCAGCTCa
gi|4                          : acTGACCT---GATGTG------GGCTGTCATTAAAAAAAAGTTGATAATCCAATTGGCGATCAATATTGCTTTCTGCAA-T-TCTATTT-TCCTTAGACAAGCT--G-ACGGTCACTAA--GT-AA-----ACA-C----------C----------ACAAT----------ATA----------TT-TACATTGGTTAACTTAGACAAACAGTGCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGA---GGCAGTCATTCTTGCTTCAGGTCA
gi|5                          :  acGACAT---GACGCG------GGCTGCCAATCAAACAA-GCCGACGATCCAATCAGCAATAGATATCGGTTGCTAGAC-T-GCCAGCT-TCCTAAAACAAGCG--A-ACCGTCTCCAT--GT-TA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTATGACATATTGTT-T----------ACTTAAACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-TAAAGTATCTCTCGCGTCATGT
gi|6                          :   TGACCT---GACACACTGTCAGGCTGTCAATCAAATAA-GTCGATAATTTAATCAGCGATCGATATTGATTGCTATAC-T-GTCATTT-TCCTTAGACAAACA--A-ACAATGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ATGTT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AC-ATGACCA-G-GGGCGGAGC-AATAGTCGATCTCAAGTTAt
gi|7                          :   TGACAT---GACGCC------GGCTGTCAGTCAAACAA-GTCGATA-TCCAATCAGCGATCGATATTGTTTCCTGGGC-C-GCCATTT-TGCA-AAACAAGCG--A-ACGATCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-AACAGTTGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|8                          :   TGACCT---GCCGCG------GGCTTTCAGTCAAA------------TTCAATCTACGATCGTTATTTGTTGCTACTC-T-GATATTT-TCCTAAGACAAGCG--A-ACCGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATTATATTTCATTGTA----------TT-T----------ACTTGAATAAACAACGCT--AC-GTGGCCA-GTTGCCGGAGC-GATAGTTGCTCCCGCGTCAGG
gi|9                          :      atT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGGTTGCTACCA-T-ACCATTT-CTCTTAGACAGGCT--A--CAGTGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGGCAAACTATGCC--AC-TTGGCAA-GTGGGCGGAGC-TATAGCTGTTCTCGCATCAGGTC


blockSeqs                     :         CAT      CTGTCA                 A  A                          T    TAGGCCT        G              AA C     C     CT  A  CCATT   G TACATTGAATT               ATATTTCATT   TGACATATTG  G ACATTGGTTA                  AA  T       T           AA
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          T    CAGGTCT        .              .  .     C     .   .  .       . TACACTGTATC               .            AGCA        . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  T                          G    AGTACT         .              .  .     G     .   .  .       . TGTATA                    .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          A    TACTGT         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  T                          C    TACATC         .              .  .     G     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  A                          T    AGAGTG         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          G    AAGGCC         .              .  .     G     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           C 
blockSeqs                     :         .        .                      .  T                          T    ATTTCT         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  G                          T    GGGTCT         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  T                          T    TACGCC         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          G    AGGCAC         .              .  .     C     .   .  .       . C                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  T                          T    TGCAAT         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          T    TAGACT         .              .  .     G     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          C    TATACT         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           G 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          G    TGGGCC         .              .  .     C     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           T 
blockSeqs                     :         .        .                      .  C                          A    TACTCT         .              .  .     G     .   .  .       . T                         .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :         .        .                      .  .                          T    TACCAT         .              .  .     .                      .                         .            .           . .                           .   .       .           A 
blockSeqs                     :                  .                      .  .                          G    AGGGT          .                                                                                                                               .   .       .           G 
blockSeqs                     :                                         .  .                          G                                                                                                                                                               .           T 
blockSeqs                     :                                         .  .                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :   
originalCons                  :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
finalCons                     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA





Alignments
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lowQualScore                  :         333      666666                 1  3                          1  0 66666666       2              33 2  0  1     33  2  55555   2 888888888888888888888     9999999999   4444444444  2 9999999999                  22  2       2           22                       
lowQualScore                  :         ...      ......                 .  .                          .  . ........       .              .. .  .  .     ..  .  .....   . .....................     ..........   ..........  . ..........                  ..  .       .           ..                       
lowQualScore                  :         999      111111                 9  3                          0  7 88888888       1              11 2  9  1     22  4  99999   4 222222222222222222222     7777777777   4444444444  2 7777777777                  99  1       0           11                       
consensus                     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
Reference ( family-1157 )     :   TGACCT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCGATCGATATTGNTTCCTANGC-C-GCCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACGGTCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCC--AC-GTGGCCA-GTGGGCGGAGC-GATAGTCGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|1                          :       CT---GACATG------GGCTGTCAATCAAACAA-CTCAACAGTCCAATCAGCAATCAATATTGCTTTCTATTT-C-ACTTTTT-TTCTTAGAAAAGCT--G-ATGATATATAA--AT-TA-----ACT-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAA----TGAT--TT-GTGGTCA-GTGCGATGAGC-GGTAGTCATTCTCGTATCAGGTCA
gi|10                         :   TGACCT---ACTGCA------GGCTGTCAA----GCAA-GTAGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGTTTTCAGTAC-T-ACCATTT-TCCTTAGCCAAGCT--T-ACGGTCTATAT--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTT----------TT-A----------ACTTGGACAAACTACTCC--AC-GTGGCCA-GTGAGCTGAGC-AATAGTTGCTCTCATGTCAattactctcaaatttgttttcctgggtagaaccagtactgagtgttgtgttttaaaggtcatgccatggaaagacatcagcagggattgaactcacaacttctgtcgtgagtatcaaacacttaaaccaattcactaatataccgtcccgcttaaagcgctggaaccatagccttaagatagcattacaagcaagacgttgggctaaaataagctctgcaaatatgaatgtaggtatatattattaatgcattttgtgcaataaaagagct
gi|11                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAGCAA-GCCGATAATAAAATCAGTGATCAATATTGTTTCC-AGGG-T-GCTGTTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAA--GA-AACCATTACA-C----------TGTATA-----ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAATGCC--AC-ATGGCCA-GTGGGTGGAGC-AATA
gi|12                         :  tTGACCT---GATGTG------GGCTGTCAATCAAATAA-GTTATTAAT--ATTCAGTGATCAATTTTGGTTGCTACTG-T-GCCATTT-TCCTTAGATAAACA--A-ACGAT--------GTAAA-----ACAGT----------T----------ACATT----------GTG----------TA-T----------ACTTGGATAAACAATGCC--CCTTTGGCCA-GTGGGCGGAGC-ACTAGTTG
gi|13                         :   TGACCT---GACGCA------GGCTGTCAATCAAACAA-GCCGATTGTCCAATCACCGATCGGTATTGACTACTACAT-C-ATCAATT-TCCTTAGACAAA-TAAA-ACAATGTT--A--GT-CA-----AC---------------------------TT----------GTA----------TT-T----------ACTCGGACTAACATTGCC--AC-GTGGT--------CGGAGC-GATGGTCGCTCTCGCGTCAGGTCtacactcatc
gi|14                         :                         GCTGGCAATCAAACAA-GTTGATAATCCAATGAGCAATTGATATTACTTCCAGAGT-G-ATCATTT-TCCTTACTCAAGCT--G-GCGGTCACAAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACAAT----------G-----------------------------------------GCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGAGC-GATAGTAATTCTCACATCATGTCA
gi|15                         :                 G------GGCTGTCAATCAAACAA-GTAAATAATCCAATCAGCGAa
gi|15                         :                                                                                                   tCGAGCT--A-ACGATGTCTAG--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGAAAAACAATACC--AC-GAGGCCA-GTGGGCAGAGC-CATATTCGTTCTCGCGTCAGGTCgctaacgatgtctaggtaaacactacattgtatttacttggaaaaacaataccacgaggccagtgggcagagccatattcgttctcgcgtcaggtcc
gi|16                         :                                                  tgggctgtcaatcaaacaagtaaataatccaatcagCACTTGTCCTTAGACAATCT--A-ACAGTCTCTAA--GT-AA-----TTG-A----------T----------ACACT----------GTAAGCA------TTGT----------ACT--AACAAACACCACC--AC-ATAGTCA-GTGGGCGGAGT-GACAGTCACTCTCGCATCAGGTCAc
gi|17                         :                                                                                 -C-GCCATTT-TCCTTA-ACAAGCT--G-ACGATGTCTTT--GT-AA-----ACA-C----------T----------ATGTT----------TTA----------TT-T----------CCTTACACAGGCAACGCC--AC-ATGGCCA-ATGGGTGGAGC-AATTGTCGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|18                         :   TGACCC---GATGCA------GGCTGTCAGTCAAACAC-GTCGATAATCAAATCAGCGATCGATATTGTTTCCAAGGC-C-GCAATTT-T
gi|19                         : atTGACCT---GACACG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTTGATGATCCAATCAGCAGTCAATATTGGTTCCATTTC-T-ACCATTT-T
gi|2                          :   TGACCTCATGACGCC------GGCAGTCAACCAAAGAA-GCGGATAGTCCAATCAACGATCTATATTGTTTC-TAGGC-CTACCATTT-TCCTTAGACAAGCT--A-ACAGTCTCTAACTGT-AA-----ACA-CTACATTGAATT----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AT-GTGGCCA-GGGGGTGGAGC-GATAGTCGTTCTCGCATCATGTg
gi|20                         :                                                                                                                                       aat----------T----------ACATT----------GCA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAACGCT--AC-GTGACAA-TTGGACGGAGCAAATATCCCCGCTCGCGTCAGGTC
gi|21                         :  tTGACCT---GATGCG------GGCTATCAAT----CAA-GTTTATAATCTGAACAACGATCAACATTATTTCCGGGTC-T-ACCATT
gi|22                         : atTGACAT---GACGCG------TGTTGTCATTAAAACA-------------AATCAGGAATCAATATTGTATCCAAGG
gi|23                         :                                             cagtaatacaatAGCGATTTACAT-GGTTCCCAGGT-CTGCCATTT-TTCTGAGACAAGAT--ACAC-GTCTCCA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                  AACAACGTC--AC-GTGACAA-GCGAGTGGA---GATTGTTGTTCTCGTGTCAAGTCA
gi|25                         :                           TGTCAATCAAAC------GATGATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTTCTACGC-C-at
gi|26                         :   TGACCT---GACAAG------GGCTGCCACTCAAACAA-GT--ATAAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                  caaaA-GCGGGCGGGGC-AATAGTCGCTCTCGTGTTAGGTCA
gi|3                          : ttTGACCT---AACGCA------GGCTGTCAAACAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCAATATTGTTTCC-AGGCAC-GCCATTT-ACCTCAGACAAGCT--A-GTGGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------TACACTGTATCACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACATACATTGCCAAAC-ATTGCCATGTGGGCAGAGC-GGTAGTTGCTCTCACGTCAGCTCa
gi|4                          : acTGACCT---GATGTG------GGCTGTCATTAAAAAAAAGTTGATAATCCAATTGGCGATCAATATTGCTTTCTGCAA-T-TCTATTT-TCCTTAGACAAGCT--G-ACGGTCACTAA--GT-AA-----ACA-C----------C----------ACAAT----------ATA----------TT-TACATTGGTTAACTTAGACAAACAGTGCC--AT-GTGGCCA-GTGGGCAGA---GGCAGTCATTCTTGCTTCAGGTCA
gi|5                          :  acGACAT---GACGCG------GGCTGCCAATCAAACAA-GCCGACGATCCAATCAGCAATAGATATCGGTTGCTAGAC-T-GCCAGCT-TCCTAAAACAAGCG--A-ACCGTCTCCAT--GT-TA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTATGACATATTGTT-T----------ACTTAAACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-TAAAGTATCTCTCGCGTCATGT
gi|6                          :   TGACCT---GACACACTGTCAGGCTGTCAATCAAATAA-GTCGATAATTTAATCAGCGATCGATATTGATTGCTATAC-T-GTCATTT-TCCTTAGACAAACA--A-ACAATGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ATGTT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGACAAACAATGCC--AC-ATGACCA-G-GGGCGGAGC-AATAGTCGATCTCAAGTTAt
gi|7                          :   TGACAT---GACGCC------GGCTGTCAGTCAAACAA-GTCGATA-TCCAATCAGCGATCGATATTGTTTCCTGGGC-C-GCCATTT-TGCA-AAACAAGCG--A-ACGATCTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTAGACAAACAACGCC--AC-GTGGTCA-GTGGGCGGAGC-AACAGTTGCTCTCGCGTCAGGTCA
gi|8                          :   TGACCT---GCCGCG------GGCTTTCAGTCAAA------------TTCAATCTACGATCGTTATTTGTTGCTACTC-T-GATATTT-TCCTAAGACAAGCG--A-ACCGTCTCCAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATTATATTTCATTGTA----------TT-T----------ACTTGAATAAACAACGCT--AC-GTGGCCA-GTTGCCGGAGC-GATAGTTGCTCCCGCGTCAGG
gi|9                          :      atT---GACGCG------GGCTGTCAATCAAACAA-GTCGATAATCCAATCAGCAATCGATATTGGTTGCTACCA-T-ACCATTT-CTCTTAGACAGGCT--A--CAGTGTCTAA--GT-AA-----ACA-C----------T----------ACATT----------GTA----------TT-T----------ACTTGGGCAAACTATGCC--AC-TTGGCAA-GTGGGCGGAGC-TATAGCTGTTCTCGCATCAGGTC