lowQualScore : 222222222 11111 222 1 1 1111111 1111111111 11 222222 222222 11111 22222222222222 222222 22222222 11111
lowQualScore : 7777 555555555 11111 4 66 999999 555 4 3 44 33 2 444 2 444 2 666 888 3 7 1 2 5555 1111111 2 2 2 2 0 444 444 2 2 1 33 0000000000 2 5 9 77 33 777777 33 33 555555 444 000000 2 99999999 5 6 2 444 33333 55 5555 00000000000000 2 8 000000 44444444 2 3 2 2 2 33333 2 9999 66666 2 7 55 0 22 2 33 2 99999999 2
lowQualScore : .... ......... ..... . .. ...... ... . . .. .. . ... . ... . ... ... . . . . .... ....... . . . . . ... ... . . . .. .......... . . . .. .. ...... .. .. ...... ... ...... . ........ . . . ... ..... .. .... .............. . . ...... ........ . . . . . ..... . .... ..... . . .. . .. . .. . ........ .
lowQualScore : 7777 333333333 11111 3 11 666666 888 7 3 66 99 7 777 7 777 7 888 999 3 1 5 7 7777 3333333 7 7 5 5 2 111 666 0 4 4 22 3333333333 5 5 0 11 44 222222 44 44 222222 444 888888 5 11111111 6 6 5 444 11111 88 3333 77777777777777 9 6 888888 11111111 9 1 5 5 5 88888 5 9999 22222 5 1 33 1 88 5 44 5 11111111 5
consensus : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCT---CTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTA---TTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCATCGNGGGCGAAT-A--GTTG------ACA--T--A-TAT--TACT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTATCACAAAACC-A---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTTA-TAATTGCANATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--A-AT-TTG-ATTT-----TT-CACTNTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
Reference ( gi|4 ) : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGATAGAAATAA--AACTTT------AGTTCT---CCTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTA---CTGCAATTTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCGTCGAGGGCGAAA-A--GTTG------ACA--T--A--AT--TACT---CT---T--G-AAATTGA--------TAGGTCTCACAAAAGC-A---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--A-AT-TTA-ATTT-----TT-CACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|2 : GAACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTTTTCCAG----ACCTACA----GACG-----AAGCAGGTAGAAATGA--AACTTT------AGTTCT---CTTT-T--TCTTCTTT--C-TTCAGGA---C-TTTGTA---CTGCAATGTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAAT-A--GTTG------ACA--T--ATTAT--TACT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTCTCACAAAAAC-A---TTGAA-----TT-TTAAA----AAAA-------A--CCGTCC-TGGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-ATACACATGCTGCAG--A-AT-TTA-ATTT-----TC-CACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|1 : GGACTCACACCACTATTATCTCTCTTGAGTACTCCAG----ACCTAAA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------GGTTCT---CTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGA---C-TTTGTT---CTGCAATGGTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATGGTG----AG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGACAATTATGTG-TATT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCATCTAGGGCGAGT-A--GTTG------ACC--T--ATTAT--TACT---CC---G--G-AAATTGA--------TAGGTCTCACACAAGC-A---TTGGA-----TT-TAAAA----AAAAAAAAACCA--A---CC-TGGTCAAGGC-AT---GC-TTTTTTCAA-----TTTA-TAATTTCATATCTTGAACCAGTGAACAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--A-AT-TTG-ATTT-----TT-CACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GAAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|3 : GACTCACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCT---CTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTA---CTGCAATGTTTTGGTTTTTTTGCTAGCATGAGCT-AAATGGTC----AG-------TATTTTAGAAAT-CAACACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TCGGTTCGAACGGCATCTAGGGCGAAT-A--GTTG------ACA--T--ATTAT--TACT---CT---G--G-AAACTGA--------TAGGTCTCACAAAAGC-A---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAGC------A--A---CC-TCGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAAAT-TGA-GCCC-AGGCACATGCTGCAG--A-AT-TTA-AATT-----TT-CACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACATTGGAGC--CCTA-TGGGAATT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGt
gi|6 : GACTAACATCACTATTATCTCCCTTGAATAC---------------A----GATG-----CAAGAGGTAGTAATAA--ACCTTT------AGTTCT---CTTT-T--TCTTATTT--T----AGGGGGAT-TTTGTA---TATCAGTGACTTA--TTTTTC-CTACCATGTGCT-AAATATTTTTTTAGAATATTTTATTTTAGAAAT-AATCACTGAATATT-TA-ATGC-TGATACCA---GATGTTTTGG-CAATTCTGTG-AGAT--TTAAG----------AATTA-TTGGTTCGGACCCCATCGTGAGCGGAT-A--GTTG------GCA--T--A---T--TACT---G-------G-AAGTTGA--------TA------AC-----C-G---TTGAA-----T---AAAA----AATC-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-ATG--A--TTTTTTC-C-----TTAA-TGATTGCAGATCTTGAACCAGTGAAGAACT-TGA-GCCC-AAATACATGCTGT-G--A-ATATTG-TTTT-----TT-CACTGTG-CTGTGCACAT-AAATGT-TGCAATGGAAC--CCGA-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-ATGTGAGACG
gi|8 : ACTCGCACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----ATACAGATG-----AATGAGGTAGAAATAA--CCATTT------AGTT-T---CTTT-T--TCTTCTAT--T-TTCAGTG---C-TTTGTA---CTGCAGTGATTTA--TTTTTC-CTAGCATGAGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTTAGAAAT-CGCCACTGAAAATT-TGGATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAATCGCATCGTCGGCGAAT-A--TTTG------ACA--T--A--TTGATACT---CC---G--G-AAATTGA--------TAGGTCTCTCAAAAGC-ATTTTTGAAT----TT-TTAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT------TTT-----------TTTA-TAATGGCATATCTTGAACCAG---ATCATT-TGC-GCCG-AGA------CTGCAG-----T-T----TTT-----TT-AACCTTG-T---------------T-TACAATGGAGC--CCTT-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-GTGTGAGACGT
gi|7 : ACTCATACCACTTTTATCTCCCTACAGTACTCCCG----ACCTACA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--TACGTT------AATTCT---CTTT-T--TCTTCATT--T-CTCAAAC---C-TTTGTA---TTATAGTATTTT------TTTCCTATAATGTGTT-ATAAAGTC----AG-------TATTTTAGAACT-CACCAATTAACATT-TG-A-------------------------GCAATTCTGTG-TC----TTCAG----------AAAAG-TAGGTTTGAATCGCATCGTGGGTGAAT-A--GTTG------AGA--TTTC--AT--TACT---CT---CTGG-AAATTGA--------GAGGTATCACTAAAGC-A---TT-AA-----TT-----A----AATA-------A--A---CA-TGGTCAATGT-ATGCCA--TTTATTC-C-----TCTA-TAATTGCGTATCTTGAACCTGTGAAGAATT-TGA-GCCC-GGACACATGCTGCAG--A-TT-TTG-TTTT-----TT-CACTGAG-TTTTTTTCAT-AAATGT-AACAATGAATC--CCTA-TGGGAAAT--------GTTATGGTT-GTGCCAGACGt
gi|10 : cACTCACGCCAGTAGTATAT---TTAA-TACTCTGA----AC----T----GATA-----TTGGGGATAGAAGTAA--AACTTT------AGTTCT---TTTT-TCTTCTTCTTT--TTTTCAGGG---C-TTTATA---TTGCAGTGAATTA--TTTTTTCCTTTCATGTGTT-ATATGGTC----AG-------TACTTTAGAAAT-CACAAATGAAAATTGTG--TGC-TCATACCA---GAG-TTCTAGACAAGTGTGTGCTCAT--ACCAGAGTGCTAGACAATTG-TGTGCTCATACCA----GAGTTCTAGACA--ATTGTGTGCTCNN--N--N--NN--NNNN---CT---G--G-AAAGTGATAGCCTGATAGGTATCACAAA--CTG---TTGAA-----TT-TAATA----AAAA-------A----------GGTAAAGGTAAG---A--TTGTTTC-C-----TGTA-TAATTGCAGGTCTTGAACTAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGCCACATGCTGCAG--A-
gi|18 : ACTTACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GAT
gi|20 : CAAACCGCTATTATATCCCTTGGTTACTCCGGACCTAC----A----GATGAAACAAAAGAGGTAGAAATAACCAGCTTTCTGGACAATTCTGTGTCTT-T--TCttttcagggttttgtatcgttgtgatttattatttcctaccatgtgttaaacggacagtttttttagaaatcaccactgaaaatttcatgccaaaacc
gi|24 : ACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----agaattgttggttcgaactgca
gi|11 : tACCACTATTATCTCTCTTGAATATTACGG----AC----A----GATG-----ACAGAGGTAGAAGTAA--AGCTTA------AGTTCA---ATAT-T--CCTTCTTT--T-TT-ATGG---A-TTTACA---CTGCAGTGATTTA--TTTTCCCCTACCATGTGTT-AAATG-TC----GC-------TATTTTAAAAATTCAACACTTAAAGTT-TG-ATGC-TGATA-----------TCTTGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTA-ATGGTTCGAACCGCATCGCGGGCGAAT-A--GTTG------ACA--T--ATTAT--TACT---CT---G--G-AAATTGA--------AAAGTATCCCAAAACC-A---TTGAA-----TT-TGGAA----A
gi|9 : gaaaCTTT------AGTTCC---CTTTAT--GGTTCTTT--T-ATCCGGG---CATTTGTA---CTGCATTGATTAA--TTATTTCCTAACATGCTTT-A--TGATC----AG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCT-TTCTGAACAATTCTGTG-TAAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGGCGAAT-A--GTTA------ACA--T--A--TTAATAAT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTCTCACAAAAGC-A---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAACA-----A--A---CC-TGGTCAATAT-AT---G--CTTTTTTTC-----CTTAATAATTTCATATCTTGAACCCGTGAAGAATT-TGA-GCCC-ATAAACATGCTGCAG--G-TT-TTG-TTAA-----TT-CACTGTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGAACC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGTcgtttttcttgaaccagtgaagaatttgaaccaagacaaatgctgcaggttttgtatttttgcactgtgtgttacaatggagccctatggataaaagcgttgtgagacgt
gi|13 : T------AGTTCT---CTTT-T--TCT-CTTT--A-TTCAGGG---C-TTTGTA---TTGCAGTGATTTA--TATTTTCCTATCATGTGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTTATAAAT-CAACTCTGAAAATG-TT-ATGC-TAATTCCA---GAT-TTCTTGGCAATTCTGTG-TAAT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTTGAACTGCACTATGGGCGA----------------ACA--T--ATTAT--TACT---TT---G--A-AAATTGA--------TAGGTGTCACAAAACC-A---TTGAATTT--TT-TAAAA----AAAA-------A---------TG--C--------------TTTTTTCT------TTTA-TTATTGCAGTTGTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACTT-AGACACATGCTGCAG--G-TT-TTG-CTTT-----TT-CACTTAA-ATTTGGACAT-AAATGT-CA------------CTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GCGTGAGACGT
gi|19 : cgT------GGTTCT---CTGT-T--T-TTCTTTATT-TTCAGAA---C-TTTATA---TTGAAGTGATTTA--TTTATTCCTATCATATGTG-GAGTAGTC----AT-------TGTGATAG----------CTGAAAATG-CA-ATGC-TAA-A----------TTCTAGCCAG--CTGTG-TCACAATTTAG----------At
gi|17 : ttgCTTCCTT--T-TCCATGG---C-TTTATA---TCGCAGTGAGTT---TTTTCTGC-AACGTT--TT-ATATAGTC----AG-------TATTATAATGGT-T-----TTATAATT--G-ATAC-TGATATCA---GAA-TTCTAGGCAATTCCGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG---------------G-CAGGGGCGAAT-A--GTT---------A--T--C--AT--CTCT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTATCACAAAACC-A---TTGAA------T-TAAAA----AA
gi|12 : CTTT--T-TTCAGCG---C-TT-GTA---TTGCAGT-----G--ATTTTTCCTTCCATGTGCTCAAATGCTC----AG-------TATTTTAAAAGT-CACCTTTGAAAATG-TG-ATGC-TGATACCA---GAT-TTCTAGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG-TTGGTTCGAACCGCATCGTGGACT-AT-A--GTTG------ACA--T--A--TC--TTCT---TTTTCT--GCAGATTGA--------TAGGTATCACAAACCA-A---TCGAA-----TT-----A----AAAA-------A--A---CC-TGATCAAGGTCAC---C--TGTTTTTCC-----TGTA-TAATTACAGATCTTGAATCAGTGAAGAAAT-TGA-GCCG-AGACACATGCTGCAA--A-AT-TGG-GTTT-----TT-CGCTGTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAAATGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATATTACTTGTGAGACGT
gi|18 : TT--T-TTCAGGG---T-TTTGTATCGTTGTGATTTATTA--TTTC---CTACCATGTGTT-AAACGGAC----AGT------TTTTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TC-ATGC-CAAAACC
gi|5 : acttacaccactattatctcccttgagtactccggacaga-TTCAGGG---C-TTTGTA---TTGCAGT-----G--ATATTC-CTACC-TGTGTT-AAATGGTC----AG-------TATTTAGGAAGT-CACCACTGAATGTT-TG-ATGCATAA-ACCA---GAT-CTTTGGGAAATTCTGTG-TAAT--TTTAT----------AATTG-TTGGTTCGGGCCGCATCGTGGGCGAAT-A--GTTG------ACA--T--ACTAT--TATT---CT---G--G-AAATTGA--------AAGGTCTCACAAAACC-A---TTGAATTTTTTT-TAAAA----AAAAC------AACA---CC-TTGTTATAGTAAT---A--TTTTCTTTCTGAAGTTTA-TAACTGAAGATCTTCAACCAGTAAAGAATT-GGA-GCCC-AGACACAGCCTGCAGGTG-TT-TTG-GTTT-----TT-TAA-CCG----TGGACAA-AAATGT-TACAATGGGGA--CATATTGGGAAAT--------GTAATAATG-ATTAGAGACG
gi|15 : gactcgcaacaaaatatatagaatctcccttcaataacccggtcctatagaatgttctttttttttaaaaaaataaG-ATGC-TAATGCAGATTGCC-TTC----CAGTACCGTG-TC-T--TTAAG----------AGTTGACTGCTGAAAATCGCATCG--TGCGAGG-TTTGTTT------GCA--T--A---T--CGCTGATCT---G--A-AAATTAA--------TATGTATCACA----C-A---TT---------T-TAGAATGCTAGAA-------G--G---CTATGG-CAATGT-AT---G--ATTATTTTG-----TGTA-TAATTGCCAATCTCGGACAAATGAA--ATTCTGA-GCCC-TGATTCATGCTGCTG--A-AT-TAG-ATGC-----TT-CCCTTTG-TTGTGGCTGT-TGACTT-TGCAATG
gi|20 : ACCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACTGCtaatac
gi|14 : caaaccgctattatatcccttggttactccggacctacagatgaaacaaaagaggtagaaataCA---GCT-TTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACTGCATCTATGGCGAAT-A--GTTG------ACATTT--T--AT--AACT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTATCACAAAACC-G---TTGAA-----TTAAAAAA----AAAA-------A--A---AC-TGATCAAGGT-TT---G--CTTTTTTTCCCT--TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACCA-AGACATATGCTGCAG----AT-TTG-ATTT-----TC-CACTGTGTTTTTGGA--------GTCCACAATGGAGT--CCTG-TGGGAAAT--------GTAATAATG-GTATGAGACGa
gi|16 : GAAT-A--GTTA------ACA--T--A--TC--T-CT---CT---G--G-AAATTGA--------TAGGTATCACAAAACC-A---TTGAA-----TT----------AAAA-------A--A---CC-TGACCAAGGT-AT---A--ATTTTTA-A-----TTTA-CAATAGCAGAT------------AATACTT-TGA-ACTA-AGACAGATGCTGCAG-----C-T----TTT-----TT-CA--CTG-TGTCGAAC------TGT-TACAATGGAGA--CTAA-T-GGNNNN--------NNNNNNGTG-GTGTGAGACAT
gi|11 : TCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACCA-AGACAAATGCTGCAG--G-TT-TTGTATTT-----TTGCACTGTG---------------TGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGG-------------ATAAAAGCG-TTGTGAGACGTaaatgtcacaatggagccctatgggaaatgtaatgtggtgtgagacata
gi|21 : gaaaaccactattatctctcttgaatattacggacagatgacagaggtagaagtaaagcttaagttcaatattccttcttttttatggatttacactgcagtgatttattttcccctaccatgtgttaaatgtcgctattttaaaaattcaacacttaaagtttgatgctgatatcttggcaattctgtgtcattttagaattaatggttcgaaccgcatcgcgggcgaatagttgacatattattactctggaaattgaaaagtatcccaaaaccattgaatttggaaacgttttTTGAACCGATGCAGAAGT-TGAAGCTTTAGACA--TGCTGTAA--ACAC-TGA-A-----------CATT--A-ATTTAGACATTAAAAGT--GCAAT---------TA-T------T--------GTA-TAGTG-GTGTGAGACGT
gi|22 : TGCTG--------T-TTA-ATATGGGGCTT-CACTGTC-GTATGGGCAT-TAAGAC-TACTATGGAGTAACCTA-CAGGAAATCAGTTAATGTTATAGTG-GTGTGAGATGTtca
gi|25 : C--CCTA-TGAGAAAT--------GCAACAGTG-TTATGAGAC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTGAACATGAATGTAACAATCGAGCCCCATAGGAAATTTAATATTTGTGTGAAACGC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111 1111 11111 11111111111111 111111 22222222 1111
lowQualScore : 7777 222222222 00000 55 888888 3 44 33 2 444 2 555 1 0 2 5555 0000000 2 2 2 2 333 2 0 0 2 0 33 9999999999 2 2 11 2 2 2 6666 33 5555 33 88888888 3 1 444 22222 33 5555 88888888888888 2 8 888888 00000000 2 1 2 2 2 0000 2 0 44 2 2 1 55 2 2 33 2 88888888 2
lowQualScore : .... ......... ..... .. ...... . .. .. . ... . ... . . . .... ....... . . . . ... . . . . . .. .......... . . .. . . . .... .. .... .. ........ . . ... ..... .. .... .............. . . ...... ........ . . . . . .... . . .. . . . .. . . .. . ........ .
lowQualScore : 1111 333333333 00000 55 888888 1 22 77 5 444 5 222 0 1 5 3333 6666666 5 5 4 4 999 5 5 8 2 8 11 7777777777 4 4 44 4 4 4 7777 22 0000 22 55555555 2 8 111 44444 55 0000 11111111111111 7 0 888888 55555555 7 0 4 4 4 0000 5 2 88 4 4 0 99 2 2 11 2 11111111 2
consensus : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTTA-TAATTGCANATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--ANT-TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
Reference ( family-1155 ) : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGNGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTTA-TAATTGCANATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--AAT-TTG-ATTTTT-C-ACTNTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|1 : GGACTCACACCACTATTATCTCTCTTGAGTACTCCAG----ACCTAAA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------GGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGA---C-TTTGTTCTGCAATGGTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTGAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTATGTG-TATT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAGTAGT-TGA-CC-TATT-AT--TACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACACAAGCA---TTGGA-----TT-TAAAA----AAAAAAAAACCA--A---CC-TGGTCAAGGC-AT---GC-TTTTTTCAA-----TTTA-TAATTTCATATCTTGAACCAGTGAACAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--AAT-TTG-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GAAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|10 : ACTCACGCCAGTAGTATAT---TTAA-TACTCTGA----AC----T----GATA-----TTGGGGATAGAAGTAA--AACTTT------AGTTCTTTTT-TCTTCTTCTTT--TTTTCAGGG---C-TTTATATTGCAGTGAATTA--TTTTTTCCTTTCATGTGTT-ATATG----GTCAG-------TACTTTAGAAAT-CACAAATGAAAATTGTG--TGC-TCATACCA---GAGTTCTAGACAAGTGTGTGCTCAT--ACCAGAGTGCTAGACAATTG-TGTGCTCATACCAGAGTTCTAGAC-AATTGTGTGCTCN-NN-N-NN--NNNN----CT--GGAAAGTGATAGCCTGATAGGTATCAC-AAACTG---TTGAA-----TT-TAATA----AAAA-------A----------GGTAAAGGTAAG---A--TTGTTTC-C-----TGTA-TAATTGCAGGTCTTGAACTAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGCCACATGCTGCAG--At
gi|11 : ACCACTATTATCTCTCTTGAATATTACGG----AC----A----GATG-----ACAGAGGTAGAAGTAA--AGCTTA------AGTTCAATAT-T--CCTTCTTT--T-TT-ATGG---A-TTTACACTGCAGTGATTTA--TTTTCCCCTACCATGTGTT-AAATG-----TCGC-------TATTTTAAAAATTCAACACTTAAAGTT-TG-ATGC-TGATA----------TCTTGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTA-ATGGTTCGAACC-GCATCGCGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGAAAAGTATCCCAAAACCA---TTGAA-----TT-TGGAA----A
gi|11 : gaaaTCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACCA-AGACAAATGCTGCAG--GTT-TTGTATTTTTGC-ACTGTG---------------TGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGG-------------ATAAAAGCG-TTGTGAGACGTcgtttttcttgaaccagtgaagaatttgaaccaagacaaatgctgcaggttttgtatttttgcactgtgtgttacaatggagccctatggataaaagcgttgtgagacgt
gi|12 : gaaaaccactattatctctcttgaatattacggacagatgacagaggtagaagtaaagcttaagttcaatattccttcttttttatggatttacactgcagtgatttattttcccctaccatgtgttaaatgtcgctattttaaaaattcaacacttaaagtttgatgctgatatcttggcaattctgtgtcattttagaattaatggttcgaaccgcatcgcgggcgaatagttgacatattattactctggaaattgaaaagtatcccaaaaccattgaatttggaaacgttttCTTT--T-TTCAGCG---C-TT-GTATTGCAGTGATTT-------TTCCTTCCATGTGCTCAAATG----CTCAG-------TATTTTAAAAGT-CACCTTTGAAAATG-TG-ATGC-TGATACCA---GATTTCTAGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGACTA-TAGT-TGA-CA-TA-T-CT--T-CTTTTTCT--GCAGA--------TTGATAGGTATCACAAACCAA---TCGAA-----TT-----A----AAAA-------A--A---CC-TGATCAAGGTCAC---C--TGTTTTTCC-----TGTA-TAATTACAGATCTTGAATCAGTGAAGAAAT-TGA-GCCG-AGACACATGCTGCAA--AAT-TGG-GTTTTT-C-GCTGTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAAATGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATATTACTTGTGAGACGT
gi|13 : T------AGTTCTCTTT-T--TCT-CTTT--A-TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGATTTA--TATTTTCCTATCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTATAAAT-CAACTCTGAAAATG-TT-ATGC-TAATTCCA---GATTTCTTGGCAATTCTGTG-TAAT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTTGAACT-GCACTATGGGCGA--------A-CA-TATT-AT--TACT----TT--GAAAA--------TTGATAGGTGTCACAAAACCA---TTGAATTT--TT-TAAAA----AAAA-------A---------TG--C--------------TTTTTTCT------TTTA-TTATTGCAGTTGTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACTT-AGACACATGCTGCAG--GTT-TTG-CTTTTT-C-ACTTAA-ATTTGGACAT-AAATGT-CA------------CTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GCGTGAGACGT
gi|14 : cgCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCATCTATGGCGAATAGT-TGA-CATTT-T-AT--AACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCG---TTGAA-----TTAAAAAA----AAAA-------A--A---AC-TGATCAAGGT-TT---G--CTTTTTTTCCCT--TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-ACCA-AGACATATGCTGCAG---AT-TTG-ATTTTC-C-ACTGTGTTTTTGGA--------GTCCACAATGGAGT--CCTG-TGGGAAAT--------GTAATAATG-GTATGAGACGt
gi|15 : G-ATGC-TAATGCAGATTGCCTTC----CAGTACCGTG-TC-T--TTAAG----------AGTTGACTGCTGAAAATC-GCATCGTGCGAGGTTTGT-TTG-CA-TA-TCGC--TGAT----CT--GAAAA--------TTAATATGTATCACA----CA---TT---------T-TAGAATGCTAGAA-------G--G---CTATGG-CAATGT-AT---G--ATTATTTTG-----TGTA-TAATTGCCAATCTCGGACAAATGAA--ATTCTGA-GCCC-TGATTCATGCTGCTG--AAT-TAG-ATGCTT-C-CCTTTG-TTGTGGCTGT-TGACTT-TGCAATG
gi|16 : GAATAGT-TAA-CA-TA-T-CT----CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA-----TT----------AAAA-------A--A---CC-TGACCAAGGT-AT---A--ATTTTTA-A-----TTTA-CAATAGCAGAT------------AATACTT-TGA-ACTA-AGACAGATGCTGCAG----C-T----TTTTT-C-ACTGTG---TCGAAC------TGT-TACAATGGAGA--CTAA-T-GGNNNN--------NNNNNNGTG-GTGTGAGACATtaatac
gi|16 : GACAT-AAATGT-CACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAAT-GTG-GTGTGAGACATaaatgtcacaatggagccctatgggaaatgtaatgtggtgtgagacata
gi|17 : gaatagttaacatatctctctggaaattgataggtatcacaaaaccattgaattaaaaaacctgaccaaggtataatttttaatttacaatagcagataatactttgaactaagacagatgctgcagcttttttcactgtgtcgaactgttacaatggagactaatggnnnnnnnnnngtggtgtgaCTTCCTT--T-TCCATGG---C-TTTATATCGCAGTGA---G--TTTTTTC-TGCAACGTTTT-ATATA----GTCAG-------TATTATAATGGT-T-----TTATAATT--G-ATAC-TGATATCA---GAATTCTAGGCAATTCCGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG--------------GCA---GGGGCGAATAGT-TAT-CA-TC-T-------CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA------T-TAAAA----AAa
gi|18 : ACTTACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GAT
gi|18 : TT--T-TTCAGGG---T-TTTGTATCGTTGTGATTTA--TTATTTCCTACCATGTGTT-AAACG----GACAGT------TTTTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TC-ATGC-CAAAACCttttcagggttttgtatcgttgtgatttattatttcctaccatgtgttaaacggacagtttttttagaaatcaccactgaaaatttcatgccaaaacc
gi|19 : acttacaccactattatctcccttgagtactccggacagaT------GGTTCTCTGT-T--T-TTCTTTATT-TTCAGAA---C-TTTATATTGAAGTGATTTA--TTTATTCCTATCATATGTG-GAGTA----GTCAT-------TGTGATAG----------CTGAAAATG-CA-ATGC-TAA-A---------TTCTAGCCAG--CTGTG-TCACAATTTAG----------A
gi|2 : ttgGAACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTTTTCCAG----ACCTACA----GACG-----AAGCAGGTAGAAATGA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--C-TTCAGGA---C-TTTGTACTGCAATGTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAACA---TTGAA-----TT-TTAAA----AAAA-------A--CCGTCC-TGGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-ATACACATGCTGCAG--AAT-TTA-ATTTTC-C-ACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|20 : CAAACCGCTATTATATCCCTTGGTTACTCCGGACCTAC----A----GATGAAACAAAAGAGGTAGAAATAACCAGCTTTCTGGACAATTCTGTGT-C--TTTTC
gi|20 : ACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCAagaattgttggttcgaactgca
gi|21 : caaaccgctattatatcccttggttactccggacctacagatgaaacaaaagaggtagaaataTTGAACCGATGCAGAAGT-TGAAGCTTTAGACA--TGCTGTAA--ACA-CTG-A--------ACATTA-ATTTAGACATTAAAAGT--GCAAT---------TA-T------T--------GTA-TAGTG-GTGTGAGACGT
gi|22 : TT-C-ACTGTC-GTATGGGCAT-TAAGAC-TACTATGGAGTAACCTA-CAGGAAATCAGTTAATGTTATAGTG-GTGTGAGATGTtca
gi|24 : tgctgtttaatatggggcACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----
gi|25 : tC--CCTA-TGAGAAAT--------GCAACAGTG-TTATGAGAC
gi|3 : GACTCACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATGTTTTGGTTTTTTTGCTAGCATGAGCT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CAACACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TCGGTTCGAACG-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-TTAT--TACT----CT--GGAAA--------CTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAGC------A--A---CC-TCGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAAAT-TGA-GCCC-AGGCACATGCTGCAG--AAT-TTA-AATTTT-C-ACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACATTGGAGC--CCTA-TGGGAATT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACG
gi|4 : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGATAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCCTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATTTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCGTCGAGGGCGAAAAGT-TGA-CA-TA---AT--TACT----CT--TGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTTA-TAATTGCATATCTTGAACCAGTGAAGAATT-TGA-GCCC-AGACACATGCTGCAG--AAT-TTA-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|5 : -TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGAT--A--TT----CCTACC-TGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTAGGAAGT-CACCACTGAATGTT-TG-ATGCATAA-ACCA---GATCTTTGGGAAATTCTGTG-TAAT--TTTAT----------AATTG-TTGGTTCGGGCC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TACT-AT--TATT----CT--GGAAA--------TTGAAAGGTCTCACAAAACCA---TTGAATTTTTTT-TAAAA----AAAAC------AACA---CC-TTGTTATAGTAAT---A--TTTTCTTTCTGAAGTTTA-TAACTGAAGATCTTCAACCAGTAAAGAATT-GGA-GCCC-AGACACAGCCTGCAGGTGTT-TTG-GTTTTT-TAACCG------TGGACAA-AAATGT-TACAATGGGGA--CATATTGGGAAAT--------GTAATAATG-ATTAGAGACG
gi|6 : gactcgcaacaaaatatatagaatctcccttcaataacccggtcctatagaatgttctttttttttaaaaaaataaGACTAACATCACTATTATCTCCCTTGAATAC---------------A----GATG-----CAAGAGGTAGTAATAA--ACCTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTATTT--T----AGGGGGAT-TTTGTATATCAGTGACTTA---TTTTTCCTACCATGTGCT-AAATATTTTTTTAGAATATTTTATTTTAGAAAT-AATCACTGAATATT-TA-ATGC-TGATACCA---GATGTTTTGGCAATTCTGTG-AGAT--TTAAG----------AATTA-TTGGTTCGGACC-CCATCGTGAGCGGATAGT-TGG-C---A-T-AT--TA------CT--GGAAG--------TTGAT-----------AACCG---TTGAA--------TAAAA----AATC-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-ATG--A--TTTTTTC-C-----TTAA-TGATTGCAGATCTTGAACCAGTGAAGAACT-TGA-GCCC-AAATACATGCTGT-G--AATATTG-TTTTTT-C-ACTGTG-CTGTGCACAT-AAATGT-TGCAATGGAAC--CCGA-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-ATGTGAGACG
gi|7 : ACTCATACCACTTTTATCTCCCTACAGTACTCCCG----ACCTACA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--TACGTT------AATTCTCTTT-T--TCTTCATT--T-CTCAAAC---C-TTTGTATTATAGT-ATTT-----TTTTCCTATAATGTGTT-ATAAA----GTCAG-------TATTTTAGAACT-CACCAATTAACATT-TG-A------------------------GCAATTCTGTG-TC----TTCAG----------AAAAG-TAGGTTTGAATC-GCATCGTGGGTGAATAGT-TGA-GA-TT-TCAT--TACT----CTCTGGAAA--------TTGAGAGGTATCACTAAAGCA---TT-AA-----TT-----A----AATA-------A--A---CA-TGGTCAATGT-ATGCCA--TTTATTC-C-----TCTA-TAATTGCGTATCTTGAACCTGTGAAGAATT-TGA-GCCC-GGACACATGCTGCAG--ATT-TTG-TTTTTT-C-ACTGAG-TTTTTTTCAT-AAATGT-AACAATGAATC--CCTA-TGGGAAAT--------GTTATGGTT-GTGCCAGACG
gi|8 : cACTCGCACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----ATACAGATG-----AATGAGGTAGAAATAA--CCATTT------AGTT-TCTTT-T--TCTTCTAT--T-TTCAGTG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTT-CCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CGCCACTGAAAATT-TGGATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAATC-GCATCGTCGGCGAATATT-TGA-CA-TA-T--TGATACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCTCAAAAGCATTTTTGAAT----TT-TTAAA----AAAA-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT------TTT-----------TTTA-TAATGGCATATCTTGAACCAG---ATCATT-TGC-GCCG-AGA------CTGCAG----T-T----TTTTT-A-ACCTTG-T---------------T-TACAATGGAGC--CCTT-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-GTGTGAGACGT
gi|9 : CTTT------AGTTCCCTTTAT--GGTTCTTT--T-ATCCGGG---CATTTGTACTGCATTGATTAA--TTATTTCCTAACATGCTTT-A--TG----ATCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGAACAATTCTGTG-TAAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TAA-CA-TA-TTAA--TAAT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAACA-----A--A---CC-TGGTCAATAT-AT---G--CTTTTTTTC-----CTTAATAATTTCATATCTTGAACCCGTGAAGAATT-TGA-GCCC-ATAAACATGCTGCAG--GTT-TTG-TTAATT-C-ACTGTG-TTTTGGACAT-AAATGT-TACAATGAACC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGTt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTGAACATGAATGTAACAATCGAGCCCCATAGGAAATTTAATATTTGTGTGAAACGC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111 1111 11111 11111111111111 111111 22222222
lowQualScore : 7777 222222222 00000 55 888888 3 44 33 2 444 2 555 1 0 2 5555 0000000 2 2 2 2 333 2 0 0 2 0 33 9999999999 2 2 3 2 2 2 6666 33 5555 33 88888888 1 1 444 22222 33 5555 33 55555555555555 2 7 888888 00000000 2 1 66666 2 2 2 2 55555 2 7777777 0 55555 5555 33 33 2 2 1 44 1 2 2 2 33 2 88888888 2
lowQualScore : .... ......... ..... .. ...... . .. .. . ... . ... . . . .... ....... . . . . ... . . . . . .. .......... . . . . . . .... .. .... .. ........ . . ... ..... .. .... .. .............. . . ...... ........ . . ..... . . . . ..... . ....... . ..... .... .. .. . . . .. . . . . .. . ........ .
lowQualScore : 1111 333333333 00000 55 888888 1 22 77 5 444 5 222 0 1 5 3333 6666666 5 5 4 4 999 5 5 8 2 8 11 7777777777 4 4 1 4 4 4 7777 22 0000 22 55555555 8 8 111 44444 55 0000 44 44444444444444 5 5 666666 66666666 5 0 22222 4 4 4 4 99999 4 6666666 2 99999 0000 44 99 4 4 8 44 0 4 4 4 22 4 55555555 4
consensus : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
Reference ( family-1155 ) : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|1 : GGACTCACACCACTATTATCTCTCTTGAGTACTCCAG----ACCTAAA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------GGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGA---C-TTTGTTCTGCAATGGTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTGAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTATGTG-TATT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAGTAGT-TGA-CC-TATT-AT--TACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACACAAGCA---TTGGA-----TT-TAAAA----AAA--AAAAAACCA--A---CC-TGGTCAAGGC-AT---GC-TTTTTTCAA-----TTT-ATAATTTCATAT-----CTTGAACCAGTGA-ACAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTG-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GAAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|10 : ACTCACGCCAGTAGTATAT---TTAA-TACTCTGA----AC----T----GATA-----TTGGGGATAGAAGTAA--AACTTT------AGTTCTTTTT-TCTTCTTCTTT--TTTTCAGGG---C-TTTATATTGCAGTGAATTA--TTTTTTCCTTTCATGTGTT-ATATG----GTCAG-------TACTTTAGAAAT-CACAAATGAAAATTGTG--TGC-TCATACCA---GAGTTCTAGACAAGTGTGTGCTCAT--ACCAGAGTGCTAGACAATTG-TGTGCTCATACCAGAGTTCTAGAC-AATTGTGTGCTCN-NN-N-NN--NNNN----CT--GGAAAGTGATAGCCTGATAGGTATCAC-AAACTG---TTGAA-----TT-TAATA----AAA--A-------A----------GGTAAAGGTAAG---A--TTGTTTC-C-----TGT-ATAATTGCAGGT-----CTTGAACTAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GCCACATGCTGCA-----G--At
gi|11 : ACCACTATTATCTCTCTTGAATATTACGG----AC----A----GATG-----ACAGAGGTAGAAGTAA--AGCTTA------AGTTCAATAT-T--CCTTCTTT--T-TT-ATGG---A-TTTACACTGCAGTGATTTA--TTTTCCCCTACCATGTGTT-AAATG-----TCGC-------TATTTTAAAAATTCAACACTTAAAGTT-TG-ATGC-TGATA----------TCTTGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTA-ATGGTTCGAACC-GCATCGCGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGAAAAGTATCCCAAAACCA---TTGAA-----TT-TGGAA----A----------------------CG------------------TTTTTCT------TGA-ACCAGTGAAGAA-----TTTGAACC----A-AGA-----------------C-A-------AATGC-TGC---A-----G--GTT--TTGTATTTTTGC-ACTGTG----------------TGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGG-------------ATAAAAGCG-TTGTGAGACGT
gi|12 : gaaaCTTT--T-TTCAGCG---C-TT-GTATTGCAGTGATTT-------TTCCTTCCATGTGCTCAAATG----CTCAG-------TATTTTAAAAGT-CACCTTTGAAAATG-TG-ATGC-TGATACCA---GATTTCTAGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGACTA-TAGT-TGA-CA-TA-T-CT--T-CTTTTTCT--GCAGA--------TTGATAGGTATCACAAACCAA---TCGAA-----TT-----A----AAA--A-------A--A---CC-TGATCAAGGTCAC---C--TGTTTTTCC-----TGT-ATAATTACAGAT-----CTTGAATCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----G-A-------GACACATGCTGCA-----A--AAT--TGG-GTTTTT-C-GCTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAAATGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATATTACTTGTGAGACGT
gi|13 : T------AGTTCTCTTT-T--TCT-CTTT--A-TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGATTTA--TATTTTCCTATCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTATAAAT-CAACTCTGAAAATG-TT-ATGC-TAATTCCA---GATTTCTTGGCAATTCTGTG-TAAT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTTGAACT-GCACTATGGGCGA--------A-CA-TATT-AT--TACT----TT--GAAAA--------TTGATAGGTGTCACAAAACCA---TTGAATTT--TT-TAAAA----AAA--A-------A---------TG--C--------------TTTTTTCT------TTT-ATTATTGCAGTT-----GTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACT-----T-A-------GACACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-CTTTTT-C-ACTTAA-ATTTG-GACAT-AAATGT-CA------------CTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GCGTGAGACGT
gi|14 : cgCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCATCTATGGCGAATAGT-TGA-CATTT-T-AT--AACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCG---TTGAA-----TTAAAAAA----AAA--A-------A--A---AC-TGATCAAGGT-TT---G--CTTTTTTTCCCT--TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACC-----A-A-------GACATATGCTGCA-----G--A-T--TTG-ATTTTC-C-ACTGTGTTTTTG-GA--------GTCCACAATGGAGT--CCTG-TGGGAAAT--------GTAATAATG-GTATGAGACGt
gi|15 : G-ATGC-TAATGCAGATTGCCTTC----CAGTACCGTG-TC-T--TTAAG----------AGTTGACTGCTGAAAATC-GCATCGTGCGAGGTTTGT-TTG-CA-TA-TCGC--TGAT----CT--GAAAA--------TTAATATGTATCACA----CA---TT---------T-TAGAATGCTAGA--A-------G--G---CTATGG-CAATGT-AT---G--ATTATTTTG-----TGT-ATAATTGCCAAT-----CTCGGACAAATGA-A--ATTCTG-A-GCC-----C-T-------GATTCATGCTGCT-----G--AAT--TAG-ATGCTT-C-CCTTTG-TTGTG-GCTGT-TGACTT-TGCAATG
gi|16 : GAATAGT-TAA-CA-TA-T-CT----CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA-----TT----------AAA--A-------A--A---CC-TGACCAAGGT-AT---A--ATTTTTA-A-----TTT-ACAATAGCAGATAATACTTTGAACTAA-GACAGATGC-TGCA-GCTTTTTTC-ACTGTGTCGA-AC-TGTTACAATGGAG--ACTAATGG-NNNNNN-N-NNNGTG-GTGTGAGACAT-AAATGT-CACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAAT-GTG-GTGTGAGACATtaatac
gi|17 : CTTCCTT--T-TCCATGG---C-TTTATATCGCAGTGA---G--TTTTTTC-TGCAACGTTTT-ATATA----GTCAG-------TATTATAATGGT-T-----TTATAATT--G-ATAC-TGATATCA---GAATTCTAGGCAATTCCGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG--------------GCA--G-GGGCGAATAGT-TAT-CA-TC-T-------CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA------T-TAAAA----AAa
gi|18 : ACTTACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GAT
gi|18 : TT--T-TTCAGGG---T-TTTGTATCGTTGTGATTTA--TTATTTCCTACCATGTGTT-AAACG----GACAGT------TTTTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TC-ATGC-CAAAACCttttcagggttttgtatcgttgtgatttattatttcctaccatgtgttaaacggacagtttttttagaaatcaccactgaaaatttcatgccaaaacc
gi|19 : acttacaccactattatctcccttgagtactccggacagaT------GGTTCTCTGT-T--T-TTCTTTATT-TTCAGAA---C-TTTATATTGAAGTGATTTA--TTTATTCCTATCATATGTG-GAGTA----GTCAT-------TGTGATAG----------CTGAAAATG-CA-ATGC-TAA-A---------TTCTAGCCAG--CTGTG-TCACAATTTAG----------A
gi|2 : ttgGAACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTTTTCCAG----ACCTACA----GACG-----AAGCAGGTAGAAATGA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--C-TTCAGGA---C-TTTGTACTGCAATGTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAACA---TTGAA-----TT-TTAAA----AAA--A-------A--CCGTCC-TGGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTC-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|20 : CAAACCGCTATTATATCCCTTGGTTACTCCGGACCTAC----A----GATGAAACAAAAGAGGTAGAAATAACCAGCTTTCTGGACAATTCTGTGT-C--TTTTC
gi|20 : ACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCAagaattgttggttcgaactgca
gi|21 : caaaccgctattatatcccttggttactccggacctacagatgaaacaaaagaggtagaaataTTGAACCGATGC-AGAAGT-TG-AAGCT-----TTA-------GACA--TGCTGTA-----A--ACA--CTG-A--------ACATTA-ATTTA-GACATTAAAAGT--GCAAT---------TA-T------T--------GTA-TAGTG-GTGTGAGACGT
gi|22 : TT-C-ACTGTC-GTATG-GGCAT-TAAGAC-TACTATGGAGTAACCTA-CAGGAAATCAGTTAATGTTATAGTG-GTGTGAGATGTtca
gi|24 : tgctgtttaatatggggcACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----
gi|25 : tC--CCTA-TGAGAAAT--------GCAACAGTG-TTATGAGAC
gi|3 : GACTCACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATGTTTTGGTTTTTTTGCTAGCATGAGCT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CAACACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TCGGTTCGAACG-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-TTAT--TACT----CT--GGAAA--------CTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--GC------A--A---CC-TCGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----C-A-------GGCACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-AATTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACATTGGAGC--CCTA-TGGGAATT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACG
gi|4 : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGATAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCCTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATTTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCGTCGAGGGCGAAAAGT-TGA-CA-TA---AT--TACT----CT--TGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|5 : -TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGAT--A--TT----CCTACC-TGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTAGGAAGT-CACCACTGAATGTT-TG-ATGCATAA-ACCA---GATCTTTGGGAAATTCTGTG-TAAT--TTTAT----------AATTG-TTGGTTCGGGCC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TACT-AT--TATT----CT--GGAAA--------TTGAAAGGTCTCACAAAACCA---TTGAATTTTTTT-TAAAA----AAA--AC------AACA---CC-TTGTTATAGTAAT---A--TTTTCTTTCTGAAGTTT-ATAACTGAAGAT-----CTTCAACCAGTAA-AGAATT-GG-A-GCC-----C-A-------GACACAGCCTGCA-----GGTGTT--TTG-GTTTTT-TAACCG------TG-GACAA-AAATGT-TACAATGGGGA--CATATTGGGAAAT--------GTAATAATG-ATTAGAGACG
gi|6 : gactcgcaacaaaatatatagaatctcccttcaataacccggtcctatagaatgttctttttttttaaaaaaataaGACTAACATCACTATTATCTCCCTTGAATAC---------------A----GATG-----CAAGAGGTAGTAATAA--ACCTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTATTT--T----AGGGGGAT-TTTGTATATCAGTGACTTA---TTTTTCCTACCATGTGCT-AAATATTTTTTTAGAATATTTTATTTTAGAAAT-AATCACTGAATATT-TA-ATGC-TGATACCA---GATGTTTTGGCAATTCTGTG-AGAT--TTAAG----------AATTA-TTGGTTCGGACC-CCATCGTGAGCGGATAGT-TGG-C---A-T-AT--TA------CT--GGAAG--------TTGAT-----------AACCG---TTGAA--------TAAAA----AAT--C-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-ATG--A--TTTTTTC-C-----TTA-ATGATTGCAGAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAACT-TG-A-GCC-----C-A-------AATACATGCTGTG-----A--ATA--TTG-TTTTTT-C-ACTGTG-CTGTG-CACAT-AAATGT-TGCAATGGAAC--CCGA-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-ATGTGAGACG
gi|7 : ACTCATACCACTTTTATCTCCCTACAGTACTCCCG----ACCTACA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--TACGTT------AATTCTCTTT-T--TCTTCATT--T-CTCAAAC---C-TTTGTATTATAGT-ATTT-----TTTTCCTATAATGTGTT-ATAAA----GTCAG-------TATTTTAGAACT-CACCAATTAACATT-TG-A------------------------GCAATTCTGTG-TC----TTCAG----------AAAAG-TAGGTTTGAATC-GCATCGTGGGTGAATAGT-TGA-GA-TT-TCAT--TACT----CTCTGGAAA--------TTGAGAGGTATCACTAAAGCA---TT-AA-----TT-----A----AAT--A-------A--A---CA-TGGTCAATGT-ATGCCA--TTTATTC-C-----TCT-ATAATTGCGTAT-----CTTGAACCTGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-G-------GACACATGCTGCA-----G--ATT--TTG-TTTTTT-C-ACTGAG-TTTTT-TTCAT-AAATGT-AACAATGAATC--CCTA-TGGGAAAT--------GTTATGGTT-GTGCCAGACG
gi|8 : cACTCGCACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----ATACAGATG-----AATGAGGTAGAAATAA--CCATTT------AGTT-TCTTT-T--TCTTCTAT--T-TTCAGTG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTT-CCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CGCCACTGAAAATT-TGGATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAATC-GCATCGTCGGCGAATATT-TGA-CA-TA-T--TGATACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCTCAAAAGCATTTTTGAAT----TT-TTAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT------TTT-----------TTT-ATAATGGCATAT-----CTTGAACCAG----ATCATT-TG-C-GCC-----G-A-------GA------CTGCA-----G----T--T----TTTTT-A-ACCTTG-T----------------T-TACAATGGAGC--CCTT-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-GTGTGAGACGT
gi|9 : CTTT------AGTTCCCTTTAT--GGTTCTTT--T-ATCCGGG---CATTTGTACTGCATTGATTAA--TTATTTCCTAACATGCTTT-A--TG----ATCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGAACAATTCTGTG-TAAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TAA-CA-TATT-AA--TAAT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAACA-------A--A---CC-TGGTCAATAT-AT---G--CTTTTTTTC-----CTTAATAATTTCATAT-----CTTGAACCCGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TAAACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-TTAATT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGAACC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGTt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTGAACATGAATGTAACAATCGAGCCCCATAGGAAATTTAATATTTGTGTGAAACGC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111 1111 11111 11111111111111 111111 22222222
lowQualScore : 7777 222222222 00000 55 888888 3 44 33 2 444 2 555 1 0 2 5555 0000000 2 2 2 2 333 2 0 0 2 0 33 9999999999 2 2 3 2 2 2 6666 33 5555 33 88888888 1 1 444 22222 33 5555 33 55555555555555 2 7 888888 00000000 2 1 66666 2 2 2 2 55555 2 7777777 0 55555 5555 33 33 2 2 1 44 1 2 2 2 33 2 88888888 2
lowQualScore : .... ......... ..... .. ...... . .. .. . ... . ... . . . .... ....... . . . . ... . . . . . .. .......... . . . . . . .... .. .... .. ........ . . ... ..... .. .... .. .............. . . ...... ........ . . ..... . . . . ..... . ....... . ..... .... .. .. . . . .. . . . . .. . ........ .
lowQualScore : 1111 333333333 00000 55 888888 1 22 77 5 444 5 222 0 1 5 3333 6666666 5 5 4 4 999 5 5 8 2 8 11 7777777777 4 4 1 4 4 4 7777 22 0000 22 55555555 8 8 111 44444 55 0000 44 44444444444444 5 5 666666 66666666 5 0 22222 4 4 4 4 99999 4 6666666 2 99999 0000 44 99 4 4 8 44 0 4 4 4 22 4 55555555 4
consensus : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
Reference ( family-1155 ) : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|1 : GGACTCACACCACTATTATCTCTCTTGAGTACTCCAG----ACCTAAA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------GGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGA---C-TTTGTTCTGCAATGGTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTGAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTATGTG-TATT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAGTAGT-TGA-CC-TATT-AT--TACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACACAAGCA---TTGGA-----TT-TAAAA----AAA--AAAAAACCA--A---CC-TGGTCAAGGC-AT---GC-TTTTTTCAA-----TTT-ATAATTTCATAT-----CTTGAACCAGTGA-ACAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTG-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GAAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|10 : ACTCACGCCAGTAGTATAT---TTAA-TACTCTGA----AC----T----GATA-----TTGGGGATAGAAGTAA--AACTTT------AGTTCTTTTT-TCTTCTTCTTT--TTTTCAGGG---C-TTTATATTGCAGTGAATTA--TTTTTTCCTTTCATGTGTT-ATATG----GTCAG-------TACTTTAGAAAT-CACAAATGAAAATTGTG--TGC-TCATACCA---GAGTTCTAGACAAGTGTGTGCTCAT--ACCAGAGTGCTAGACAATTG-TGTGCTCATACCAGAGTTCTAGAC-AATTGTGTGCTCN-NN-N-NN--NNNN----CT--GGAAAGTGATAGCCTGATAGGTATCAC-AAACTG---TTGAA-----TT-TAATA----AAA--A-------A----------GGTAAAGGTAAG---A--TTGTTTC-C-----TGT-ATAATTGCAGGT-----CTTGAACTAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GCCACATGCTGCA-----G--At
gi|11 : ACCACTATTATCTCTCTTGAATATTACGG----AC----A----GATG-----ACAGAGGTAGAAGTAA--AGCTTA------AGTTCAATAT-T--CCTTCTTT--T-TT-ATGG---A-TTTACACTGCAGTGATTTA--TTTTCCCCTACCATGTGTT-AAATG-----TCGC-------TATTTTAAAAATTCAACACTTAAAGTT-TG-ATGC-TGATA----------TCTTGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTA-ATGGTTCGAACC-GCATCGCGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGAAAAGTATCCCAAAACCA---TTGAA-----TT-TGGAA----A----------------------CG------------------TTTTTCT------TGA-ACCAGTGAAGAA-----TTTGAACC----A-AGA-----------------C-A-------AATGC-TGC---A-----G--GTT--TTGTATTTTTGC-ACTGTG----------------TGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGG-------------ATAAAAGCG-TTGTGAGACGT
gi|12 : gaaaCTTT--T-TTCAGCG---C-TT-GTATTGCAGTGATTT-------TTCCTTCCATGTGCTCAAATG----CTCAG-------TATTTTAAAAGT-CACCTTTGAAAATG-TG-ATGC-TGATACCA---GATTTCTAGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGACTA-TAGT-TGA-CA-TA-T-CT--T-CTTTTTCT--GCAGA--------TTGATAGGTATCACAAACCAA---TCGAA-----TT-----A----AAA--A-------A--A---CC-TGATCAAGGTCAC---C--TGTTTTTCC-----TGT-ATAATTACAGAT-----CTTGAATCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----G-A-------GACACATGCTGCA-----A--AAT--TGG-GTTTTT-C-GCTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAAATGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATATTACTTGTGAGACGT
gi|13 : T------AGTTCTCTTT-T--TCT-CTTT--A-TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGATTTA--TATTTTCCTATCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTATAAAT-CAACTCTGAAAATG-TT-ATGC-TAATTCCA---GATTTCTTGGCAATTCTGTG-TAAT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTTGAACT-GCACTATGGGCGA--------A-CA-TATT-AT--TACT----TT--GAAAA--------TTGATAGGTGTCACAAAACCA---TTGAATTT--TT-TAAAA----AAA--A-------A---------TG--C--------------TTTTTTCT------TTT-ATTATTGCAGTT-----GTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACT-----T-A-------GACACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-CTTTTT-C-ACTTAA-ATTTG-GACAT-AAATGT-CA------------CTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GCGTGAGACGT
gi|14 : cgCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCATCTATGGCGAATAGT-TGA-CATTT-T-AT--AACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCG---TTGAA-----TTAAAAAA----AAA--A-------A--A---AC-TGATCAAGGT-TT---G--CTTTTTTTCCCT--TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACC-----A-A-------GACATATGCTGCA-----G--A-T--TTG-ATTTTC-C-ACTGTGTTTTTG-GA--------GTCCACAATGGAGT--CCTG-TGGGAAAT--------GTAATAATG-GTATGAGACGt
gi|15 : G-ATGC-TAATGCAGATTGCCTTC----CAGTACCGTG-TC-T--TTAAG----------AGTTGACTGCTGAAAATC-GCATCGTGCGAGGTTTGT-TTG-CA-TA-TCGC--TGAT----CT--GAAAA--------TTAATATGTATCACA----CA---TT---------T-TAGAATGCTAGA--A-------G--G---CTATGG-CAATGT-AT---G--ATTATTTTG-----TGT-ATAATTGCCAAT-----CTCGGACAAATGA-A--ATTCTG-A-GCC-----C-T-------GATTCATGCTGCT-----G--AAT--TAG-ATGCTT-C-CCTTTG-TTGTG-GCTGT-TGACTT-TGCAATG
gi|16 : GAATAGT-TAA-CA-TA-T-CT----CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA-----TT----------AAA--A-------A--A---CC-TGACCAAGGT-AT---A--ATTTTTA-A-----TTT-ACAATAGCAGATAATACTTTGAACTAA-GACAGATGC-TGCA-GCTTTTTTC-ACTGTGTCGA-AC-TGTTACAATGGAG--ACTAATGG-NNNNNN-N-NNNGTG-GTGTGAGACAT-AAATGT-CACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAAT-GTG-GTGTGAGACATtaatac
gi|17 : CTTCCTT--T-TCCATGG---C-TTTATATCGCAGTGA---G--TTTTTTC-TGCAACGTTTT-ATATA----GTCAG-------TATTATAATGGT-T-----TTATAATT--G-ATAC-TGATATCA---GAATTCTAGGCAATTCCGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG--------------GCA--G-GGGCGAATAGT-TAT-CA-TC-T-------CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA------T-TAAAA----AAa
gi|18 : ACTTACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GAT
gi|18 : TT--T-TTCAGGG---T-TTTGTATCGTTGTGATTTA--TTATTTCCTACCATGTGTT-AAACG----GACAGT------TTTTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TC-ATGC-CAAAACCttttcagggttttgtatcgttgtgatttattatttcctaccatgtgttaaacggacagtttttttagaaatcaccactgaaaatttcatgccaaaacc
gi|19 : acttacaccactattatctcccttgagtactccggacagaT------GGTTCTCTGT-T--T-TTCTTTATT-TTCAGAA---C-TTTATATTGAAGTGATTTA--TTTATTCCTATCATATGTG-GAGTA----GTCAT-------TGTGATAG----------CTGAAAATG-CA-ATGC-TAA-A---------TTCTAGCCAG--CTGTG-TCACAATTTAG----------A
gi|2 : ttgGAACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTTTTCCAG----ACCTACA----GACG-----AAGCAGGTAGAAATGA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--C-TTCAGGA---C-TTTGTACTGCAATGTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAACA---TTGAA-----TT-TTAAA----AAA--A-------A--CCGTCC-TGGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTC-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|20 : CAAACCGCTATTATATCCCTTGGTTACTCCGGACCTAC----A----GATGAAACAAAAGAGGTAGAAATAACCAGCTTTCTGGACAATTCTGTGT-C--TTTTC
gi|20 : ACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCAagaattgttggttcgaactgca
gi|21 : caaaccgctattatatcccttggttactccggacctacagatgaaacaaaagaggtagaaataTTGAACCGATGC-AGAAGT-TG-AAGCT-----TTA-------GACA--TGCTGTA-----A--ACA--CTG-A--------ACATTA-ATTTA-GACATTAAAAGT--GCAAT---------TA-T------T--------GTA-TAGTG-GTGTGAGACGT
gi|22 : TT-C-ACTGTC-GTATG-GGCAT-TAAGAC-TACTATGGAGTAACCTA-CAGGAAATCAGTTAATGTTATAGTG-GTGTGAGATGTtca
gi|24 : tgctgtttaatatggggcACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----
gi|25 : tC--CCTA-TGAGAAAT--------GCAACAGTG-TTATGAGAC
gi|3 : GACTCACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATGTTTTGGTTTTTTTGCTAGCATGAGCT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CAACACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TCGGTTCGAACG-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-TTAT--TACT----CT--GGAAA--------CTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--GC------A--A---CC-TCGTCAAGGT-AT---ACTTTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----C-A-------GGCACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-AATTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACATTGGAGC--CCTA-TGGGAATT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACG
gi|4 : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGATAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCCTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATTTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCGTCGAGGGCGAAAAGT-TGA-CA-TA---AT--TACT----CT--TGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|5 : -TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGAT--A--TT----CCTACC-TGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTAGGAAGT-CACCACTGAATGTT-TG-ATGCATAA-ACCA---GATCTTTGGGAAATTCTGTG-TAAT--TTTAT----------AATTG-TTGGTTCGGGCC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TACT-AT--TATT----CT--GGAAA--------TTGAAAGGTCTCACAAAACCA---TTGAATTTTTTT-TAAAA----AAA--AC------AACA---CC-TTGTTATAGTAAT---A--TTTTCTTTCTGAAGTTT-ATAACTGAAGAT-----CTTCAACCAGTAA-AGAATT-GG-A-GCC-----C-A-------GACACAGCCTGCA-----GGTGTT--TTG-GTTTTT-TAACCG------TG-GACAA-AAATGT-TACAATGGGGA--CATATTGGGAAAT--------GTAATAATG-ATTAGAGACG
gi|6 : gactcgcaacaaaatatatagaatctcccttcaataacccggtcctatagaatgttctttttttttaaaaaaataaGACTAACATCACTATTATCTCCCTTGAATAC---------------A----GATG-----CAAGAGGTAGTAATAA--ACCTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTATTT--T----AGGGGGAT-TTTGTATATCAGTGACTTA---TTTTTCCTACCATGTGCT-AAATATTTTTTTAGAATATTTTATTTTAGAAAT-AATCACTGAATATT-TA-ATGC-TGATACCA---GATGTTTTGGCAATTCTGTG-AGAT--TTAAG----------AATTA-TTGGTTCGGACC-CCATCGTGAGCGGATAGT-TGG-C---A-T-AT--TA------CT--GGAAG--------TTGAT-----------AACCG---TTGAA--------TAAAA----AAT--C-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-ATG--A--TTTTTTC-C-----TTA-ATGATTGCAGAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAACT-TG-A-GCC-----C-A-------AATACATGCTGTG-----A--ATA--TTG-TTTTTT-C-ACTGTG-CTGTG-CACAT-AAATGT-TGCAATGGAAC--CCGA-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-ATGTGAGACG
gi|7 : ACTCATACCACTTTTATCTCCCTACAGTACTCCCG----ACCTACA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--TACGTT------AATTCTCTTT-T--TCTTCATT--T-CTCAAAC---C-TTTGTATTATAGT-ATTT-----TTTTCCTATAATGTGTT-ATAAA----GTCAG-------TATTTTAGAACT-CACCAATTAACATT-TG-A------------------------GCAATTCTGTG-TC----TTCAG----------AAAAG-TAGGTTTGAATC-GCATCGTGGGTGAATAGT-TGA-GA-TT-TCAT--TACT----CTCTGGAAA--------TTGAGAGGTATCACTAAAGCA---TT-AA-----TT-----A----AAT--A-------A--A---CA-TGGTCAATGT-ATGCCA--TTTATTC-C-----TCT-ATAATTGCGTAT-----CTTGAACCTGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-G-------GACACATGCTGCA-----G--ATT--TTG-TTTTTT-C-ACTGAG-TTTTT-TTCAT-AAATGT-AACAATGAATC--CCTA-TGGGAAAT--------GTTATGGTT-GTGCCAGACG
gi|8 : cACTCGCACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----ATACAGATG-----AATGAGGTAGAAATAA--CCATTT------AGTT-TCTTT-T--TCTTCTAT--T-TTCAGTG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTT-CCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CGCCACTGAAAATT-TGGATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAATC-GCATCGTCGGCGAATATT-TGA-CA-TA-T--TGATACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCTCAAAAGCATTTTTGAAT----TT-TTAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT------TTT-----------TTT-ATAATGGCATAT-----CTTGAACCAG----ATCATT-TG-C-GCC-----G-A-------GA------CTGCA-----G----T--T----TTTTT-A-ACCTTG-T----------------T-TACAATGGAGC--CCTT-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-GTGTGAGACGT
gi|9 : CTTT------AGTTCCCTTTAT--GGTTCTTT--T-ATCCGGG---CATTTGTACTGCATTGATTAA--TTATTTCCTAACATGCTTT-A--TG----ATCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGAACAATTCTGTG-TAAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TAA-CA-TATT-AA--TAAT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAAACA-------A--A---CC-TGGTCAATAT-AT---G--CTTTTTTTC-----CTTAATAATTTCATAT-----CTTGAACCCGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TAAACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-TTAATT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGAACC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGTt
blockSeqs : ACCT CTACA AAACA CC CTGGAC A CT AT T GGA A GGT T C TTTT AATATTT T G G A ATT A C AA AGTGCTAGAC A A T G T T TTA GA TTTT CT GTGATAGC A C TTT TTTTT AA TGCT AC ACCGT A A GCCA TTCTGAAG A G AATAC C C C A TTTTT T CTGTGTC ATGGA GTGT AA TA G A G TT T A T C AA T CAGTTAAT C
blockSeqs : . CTACA . . . . . . . . . A C . . T . . . . . A . . . . . C . . . TTA . . . . A C . TTT T . . CAACA . C ACT TTCCCT . G . . . . . . . . . GT . G . . G T T . . . . . . .
blockSeqs : . ATACA . . . . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . T . . . TCG . . . . A C . T T . . CAA . A ACT TCC . G . . . . . . . . . AA . C . . T A T . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A T . . . . . . . . C . . . . . T . . . TTA . . . . G C . . T . . AA . . GA TTG . G . . . . . . . . . GT . A . . G T G . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . G C . . . . . . . . C . . . . . A . . . TTA . . . . A C . . T . . AA . . A TTC . T . . . . . . . . . AA . A . . T G G . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . T . . . CTA . . . . A C . . T . . GG . . C TTC . A . . . . . . . . . AC . N . . G T T . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A T . . . . . . . . C . . . . . A . . . TCA . . . . A C . . T . . AA . . G CTC . G . . . . . . . . . AA . A . . C A T . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . G G . . . . . . . . C . . . . . A . . . TTA . . . . A A . . T . . AA . . G TTC . T . . . . . . . . . AC . A . . T G A . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . G G . . . . . . . . C . . . . . A . . . NN . . . . C G . . T . . AA . . A CC . T . . . . . . . . . AA . A . . G T T . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . A G . . . . . . . . C . . . . . T . . . TC . . . . C G . . T . . AA . . A CT . T . . . . . . . . . AA . A . . C T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . T . . . TA . . . . C C . . T . . AA . . A CT . G . . . . . . . . . AT . G . . C C G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . T . . . TC . . . . C C . . T . . AA . . G AA . G . . . . . . . . . AT . T . . G T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . . C . . . . . T . . . TA . . . . A G . . T . . A . . . CC . T . . . . . . . . . GT . T . . G T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . C . . . . . T . . . T . . . . C G . . . . . A . . . CC . T . . . . . . . . . A . T . . G T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A******** AA************ G***** CTC*****
originalCons : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-AT---A--TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
finalCons : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----ACA--------GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TAAAA----AAA--AAA------------CC-TGGTCAAGGT-ATG-----TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTGAACATGAATGTAACAATCGAGCCCCATAGGAAATTTAATATTTGTGTGAAACGC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111111 1111 11111111111111 111 11111111
lowQualScore : 7777 222222222 00000 55 888888 3 44 33 2 444 2 555 1 0 2 5555 0000000 2 2 2 2 333 2 0 0 2 0 33 9999999999 2 2 3 2 2 2 6666 33 5555 33 88888888 1 1 444 88888 77777 5555 33 55555555555555 2 5 33 666 66666666 5 1 66666 2 2 2 2 888888888888888 55555 5555 33 33 2 2 1 44 1 2 2 2 33 2 88888888 2
lowQualScore : .... ......... ..... .. ...... . .. .. . ... . ... . . . .... ....... . . . . ... . . . . . .. .......... . . . . . . .... .. .... .. ........ . . ... ..... ..... .... .. .............. . . .. ... ........ . . ..... . . . . ............... ..... .... .. .. . . . .. . . . . .. . ........ .
lowQualScore : 1111 333333333 00000 55 888888 1 22 77 5 444 5 222 0 1 5 3333 6666666 5 5 4 4 999 5 5 8 2 8 11 7777777777 4 4 1 4 4 4 7777 22 0000 22 55555555 8 8 111 22222 66666 0000 44 44444444444444 5 0 44 222 44444444 0 0 22222 4 4 4 4 555555555555555 99999 0000 44 99 4 4 8 44 0 4 4 4 22 4 55555555 4
consensus : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-T---AAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-A--TG---TTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
Reference ( family-1155 ) : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTTTCCTANCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGGCAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-T-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTNTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-T---AAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-A--TG---TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCANAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--ANT--TTG-ATTTTT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|1 : GGACTCACACCACTATTATCTCTCTTGAGTACTCCAG----ACCTAAA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------GGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGA---C-TTTGTTCTGCAATGGTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTGAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTATGTG-TATT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAGTAGT-TGA-CC-TATT-AT--TACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACACAAGCA---TTGGA-----TT-T---AAAA----AAA--AAAAAACCA--A---CC-TGGTCAAGGC-A--TGC--TTTTTTCAA-----TTT-ATAATTTCATAT-----CTTGAACCAGTGA-ACAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTG-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GAAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|10 : ACTCACGCCAGTAGTATAT---TTAA-TACTCTGA----AC----T----GATA-----TTGGGGATAGAAGTAA--AACTTT------AGTTCTTTTT-TCTTCTTCTTT--TTTTCAGGG---C-TTTATATTGCAGTGAATTA--TTTTTTCCTTTCATGTGTT-ATATG----GTCAG-------TACTTTAGAAAT-CACAAATGAAAATTGTG--TGC-TCATACCA---GAGTTCTAGACAAGTGTGTGCTCAT--ACCAGAGTGCTAGACAATTG-TGTGCTCATACCAGAGTTCTAGAC-AATTGTGTGCTCN-NN-N-NN--NNNN----CT--GGAAAGTGATAGCCTGATAGGTATCAC-AAACTG---TTGAA-----TT-T---AATA----AAA--A-------A----------GGTAAAGGT-A--AG---ATTGTTTCC-----TGT-ATAATTGCAGGT-----CTTGAACTAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GCCACATGCTGCA-----G--At
gi|11 : ACCACTATTATCTCTCTTGAATATTACGG----AC----A----GATG-----ACAGAGGTAGAAGTAA--AGCTTA------AGTTCAATAT-T--CCTTCTTT--T-TT-ATGG---A-TTTACACTGCAGTGATTTA--TTTTCCCCTACCATGTGTT-AAATG-----TCGC-------TATTTTAAAAATTCAACACTTAAAGTT-TG-ATGC-TGATA----------TCTTGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTA-ATGGTTCGAACC-GCATCGCGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGAAAAGTATCCCAAAACCA---TTGAA-----TT-T---GGAA--------------------------------------A--CG---TTTT---TC-----TTGAACCAGTGAAGAA-----TTTGAACC----A-AGA-----------------------------CAAATGCTGCA-----G--GTT--TTGTATTTTTGC-ACTGTG----------------TGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGG-------------ATAAAAGCG-TTGTGAGACGT
gi|12 : gaaaCTTT--T-TTCAGCG---C-TT-GTATTGCAGTGATTT-------TTCCTTCCATGTGCTCAAATG----CTCAG-------TATTTTAAAAGT-CACCTTTGAAAATG-TG-ATGC-TGATACCA---GATTTCTAGGCAATTCTGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGACTA-TAGT-TGA-CA-TA-T-CT--T-CTTTTTCT--GCAGA--------TTGATAGGTATCACAAACCAA---TCGAA-----TT--------A----AAA--A-------A--A---CC-TGATCAAGGTCACCTG---TTTTTCCTG-----T---ATAATTACAGAT-----CTTGAATCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----G-A-------GACACATGCTGCA-----A--AAT--TGG-GTTTTT-C-GCTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAAATGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATATTACTTGTGAGACGT
gi|13 : T------AGTTCTCTTT-T--TCT-CTTT--A-TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGATTTA--TATTTTCCTATCATGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTATAAAT-CAACTCTGAAAATG-TT-ATGC-TAATTCCA---GATTTCTTGGCAATTCTGTG-TAAT--TTCGG----------AATTG-TTGGTTTGAACT-GCACTATGGGCGAA---------CA-TA-TTAT--TACT----TT--GAAAA--------TTGATAGGTGTCACAAAACCA---TTGAA-----TT-TTTTAAAA----AAA--A-------A-----------------------TGC--TTTTTTCT------TTT-ATTATTGCAGTT-----GTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACT-----T-A-------GACACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-CTTTTT-C-ACTTAA-ATTTG-GACAT-AAATGT-CA------------CTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GCGTGAGACGT
gi|14 : cgCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCATCTATGGCGAATAGT-TGA-CATTT-T-AT--AACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCG---TTGAA-----TTAA---AAAA----AAA--A-------A--A---AC-TGATCAAGGT-T--TG---CTTTTTTTCCCT--TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-ACC-----A-A-------GACATATGCTGCA-----G--A-T--TTG-ATTTTC-C-ACTGTGTTTTTG-GA--------GTCCACAATGGAGT--CCTG-TGGGAAAT--------GTAATAATG-GTATGAGACGt
gi|15 : G-ATGC-TAATGCAGATTGCCTTC----CAGTACCGTG-TC-T--TTAAG----------AGTTGACTGCTGAAAATC-GCATCGTGCGAGGTTTGT-TTG-CA-TA-TCGC--TGAT----CT--GAAAA--------TTAATATGTATCACA----CA---TT---------T-T---AGAATGCTAGA--A-------G--G---CTATGG-CAATGT-A--TG---ATTATTTTG-----TGT-ATAATTGCCAAT-----CTCGGACAAATGA-A--ATTCTG-A-GCC-----C-T-------GATTCATGCTGCT-----G--AAT--TAG-ATGCTT-C-CCTTTG-TTGTG-GCTGT-TGACTT-TGCAATG
gi|16 : GAATAGT-TAA-CA-TA-T-CT----CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA-----TT-------------AAA--A-------A--A---CC-TGACCAAGGT-A--TA---ATTTTTA-A-----TTT-ACAATAGCAGATAATACTTTGAACTAA-GACAGATGC-TGCA-GCTTTTTTC-ACTGTGTCGA-AC-TGTTACAATGGAG--ACTAATGG-NNNNNN-N-NNNGTG-GTGTGAGACAT-AAATGT-CACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAAT-GTG-GTGTGAGACATtaatac
gi|17 : CTTCCTT--T-TCCATGG---C-TTTATATCGCAGTGA---G--TTTTTTC-TGCAACGTTTT-ATATA----GTCAG-------TATTATAATGGT-T-----TTATAATT--G-ATAC-TGATATCA---GAATTCTAGGCAATTCCGTG-TCAT--TTTAG----------AATTG--------------GCA--G-GGGCGAATAGT-TAT-CA-TC-T-------CT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTATCACAAAACCA---TTGAA------T-T---AAAA----AAa
gi|18 : ACTTACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GAT
gi|18 : TT--T-TTCAGGG---T-TTTGTATCGTTGTGATTTA--TTATTTCCTACCATGTGTT-AAACG----GACAGT------TTTTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TC-ATGC-CAAAACCttttcagggttttgtatcgttgtgatttattatttcctaccatgtgttaaacggacagtttttttagaaatcaccactgaaaatttcatgccaaaacc
gi|19 : acttacaccactattatctcccttgagtactccggacagaT------GGTTCTCTGT-T--T-TTCTTTATT-TTCAGAA---C-TTTATATTGAAGTGATTTA--TTTATTCCTATCATATGTG-GAGTA----GTCAT-------TGTGATAG----------CTGAAAATG-CA-ATGC-TAA-A---------TTCTAGCCAG--CTGTG-TCACAATTTAG----------A
gi|2 : ttgGAACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTTTTCCAG----ACCTACA----GACG-----AAGCAGGTAGAAATGA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--C-TTCAGGA---C-TTTGTACTGCAATGTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TATT-AT--TACT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAACA---TTGAA-----TT-T---TAAA----AAA--A-------A--CCGTCC-TGGTCAAGGT-A--TACT-TTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTC-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|20 : CAAACCGCTATTATATCCCTTGGTTACTCCGGACCTAC----A----GATGAAACAAAAGAGGTAGAAATAACCAGCTTTCTGGACAATTCTGTGT-C--TTTTC
gi|20 : ACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCTT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACT-GCAagaattgttggttcgaactgca
gi|21 : caaaccgctattatatcccttggttactccggacctacagatgaaacaaaagaggtagaaataTTGAACCGATGC-AGAAGT-TG-AAGCT-----TTA-------GACA--TGCTGTA-----A--ACA--CTG-A--------ACATTA-ATTTA-GACATTAAAAGT--GCAAT---------TA-T------T--------GTA-TAGTG-GTGTGAGACGT
gi|22 : TT-C-ACTGTC-GTATG-GGCAT-TAAGAC-TACTATGGAGTAACCTA-CAGGAAATCAGTTAATGTTATAGTG-GTGTGAGATGTtca
gi|24 : tgctgtttaatatggggcACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----
gi|25 : tC--CCTA-TGAGAAAT--------GCAACAGTG-TTATGAGAC
gi|3 : GACTCACACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATGTTTTGGTTTTTTTGCTAGCATGAGCT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CAACACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TCGGTTCGAACG-GCATCTAGGGCGAATAGT-TGA-CA-TA-TTAT--TACT----CT--GGAAA--------CTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-T---AAAA----AAA--GC------A--A---CC-TCGTCAAGGT-A--TACT-TTTTTTTTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAAAT-TG-A-GCC-----C-A-------GGCACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-AATTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACATTGGAGC--CCTA-TGGGAATT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACG
gi|4 : GGACTCACACCACTATTATCTCCCTTGAGTACTCCGG----AC----A----GATG-----AAGGAGATAGAAATAA--AACTTT------AGTTCTCCTT-T--TCTTCTTT--T-TTCAGGG---C-TTTGTACTGCAATTTTTTG--TTTTTTGCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCGTCGAGGGCGAAAAGT-TGA-CA-TA---AT--TACT----CT--TGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-T---AAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-A--TA---TTTTTTCTC-----TTT-ATAATTGCATAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------GACACATGCTGCA-----G--AAT--TTA-ATTTTT-C-ACTCTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGGAGC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGT
gi|5 : -TTCAGGG---C-TTTGTATTGCAGTGAT--A--TT----CCTACC-TGTGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTAGGAAGT-CACCACTGAATGTT-TG-ATGCATAA-ACCA---GATCTTTGGGAAATTCTGTG-TAAT--TTTAT----------AATTG-TTGGTTCGGGCC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TGA-CA-TACT-AT--TATT----CT--GGAAA--------TTGAAAGGTCTCACAAAACCA---TTGAATTTTTTT-T---AAAA----AAA--AC------AACA---CC-TTGTTATAGTAA--TA---TTTTCTTTCTGAAGTTT-ATAACTGAAGAT-----CTTCAACCAGTAA-AGAATT-GG-A-GCC-----C-A-------GACACAGCCTGCA-----GGTGTT--TTG-GTTTTT-TAACCG------TG-GACAA-AAATGT-TACAATGGGGA--CATATTGGGAAAT--------GTAATAATG-ATTAGAGACG
gi|6 : gactcgcaacaaaatatatagaatctcccttcaataacccggtcctatagaatgttctttttttttaaaaaaataaGACTAACATCACTATTATCTCCCTTGAATAC---------------A----GATG-----CAAGAGGTAGTAATAA--ACCTTT------AGTTCTCTTT-T--TCTTATTT--T----AGGGGGAT-TTTGTATATCAGTGACTTA---TTTTTCCTACCATGTGCT-AAATATTTTTTTAGAATATTTTATTTTAGAAAT-AATCACTGAATATT-TA-ATGC-TGATACCA---GATGTTTTGGCAATTCTGTG-AGAT--TTAAG----------AATTA-TTGGTTCGGACC-CCATCGTGAGCGGATAGT-TGG-C---A-T-AT--TA------CT--GGAAG--------TTGAT-----------AACCG---TTGAA--------T---AAAA----AAT--C-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-A--TG---ATTTTTTCC-----TTA-ATGATTGCAGAT-----CTTGAACCAGTGA-AGAACT-TG-A-GCC-----C-A-------AATACATGCTGTG-----A--ATA--TTG-TTTTTT-C-ACTGTG-CTGTG-CACAT-AAATGT-TGCAATGGAAC--CCGA-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-ATGTGAGACG
gi|7 : ACTCATACCACTTTTATCTCCCTACAGTACTCCCG----ACCTACA----GATG-----AAGGAGGTAGAAATAA--TACGTT------AATTCTCTTT-T--TCTTCATT--T-CTCAAAC---C-TTTGTATTATAGT-ATTT-----TTTTCCTATAATGTGTT-ATAAA----GTCAG-------TATTTTAGAACT-CACCAATTAACATT-TG-A------------------------GCAATTCTGTG-TC----TTCAG----------AAAAG-TAGGTTTGAATC-GCATCGTGGGTGAATAGT-TGA-GA-TT-TCAT--TACT----CTCTGGAAA--------TTGAGAGGTATCACTAAAGCA---TT-AA-----TT--------A----AAT--A-------A--A---CA-TGGTCAATGT-A--TGCCATTTATTC-C-----TCT-ATAATTGCGTAT-----CTTGAACCTGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-G-------GACACATGCTGCA-----G--ATT--TTG-TTTTTT-C-ACTGAG-TTTTT-TTCAT-AAATGT-AACAATGAATC--CCTA-TGGGAAAT--------GTTATGGTT-GTGCCAGACG
gi|8 : cACTCGCACCACTATTATCTCCCTTAAGTACTCCGG----AC----ATACAGATG-----AATGAGGTAGAAATAA--CCATTT------AGTT-TCTTT-T--TCTTCTAT--T-TTCAGTG---C-TTTGTACTGCAGTGATTTA--TTTTT-CCTAGCATGAGTT-AAATG----GTCAG-------TATTTTAGAAAT-CGCCACTGAAAATT-TGGATGC-TGATACCA---GCTTTCTGGACAATTCTGTG-TCAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAATC-GCATCGTCGGCGAATATT-TGA-CA-TA-T--TGATACT----CC--GGAAA--------TTGATAGGTCTCTCAAAAGCATTTTTGAAT----TT-T---TAAA----AAA--A-------A--A---CC-TGGTCAAGGT-A--T----TTT-----------TTT-ATAATGGCATAT-----CTTGAACCAG----ATCATT-TG-C-GCC-----G-A-------GA------CTGCA-----G----T--T----TTTTT-A-ACCTTG-T----------------T-TACAATGGAGC--CCTT-TGGGAAAT--------GTAACAGTG-GTGTGAGACGT
gi|9 : CTTT------AGTTCCCTTTAT--GGTTCTTT--T-ATCCGGG---CATTTGTACTGCATTGATTAA--TTATTTCCTAACATGCTTT-A--TG----ATCAG-------TATTTTAGAAAT-CACCACTGAAAATT-TG-ATGC-TGATACCA---GCTTTCTGAACAATTCTGTG-TAAT--TTCAG----------AATTG-TTGGTTCGAACC-GCATCGTGGGCGAATAGT-TAA-CA-TATT-AA--TAAT----CT--GGAAA--------TTGATAGGTCTCACAAAAGCA---TTGAA-----TT-T---AAAA----AAAACA-------A--A---CC-TGGTCAATAT-A--TG---CTTTTTTTC-----CTTAATAATTTCATAT-----CTTGAACCCGTGA-AGAATT-TG-A-GCC-----C-A-------TAAACATGCTGCA-----G--GTT--TTG-TTAATT-C-ACTGTG-TTTTG-GACAT-AAATGT-TACAATGAACC--CCTA-TGGGAAAT--------GTAATAGTG-GTGTGAGACGTt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTGAACATGAATGTAACAATCGAGCCCCATAGGAAATTTAATATTTGTGTGAAACGC