lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 33333333
lowQualScore : 2 3 11 5 4 4 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 11111111
lowQualScore : . . .. . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . ........
lowQualScore : 2 2 11 0 0 1 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 00000000
consensus : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAA-----------AA--A-GT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGAA----C---AGTAATTAT-TAC----NCT---N-T----T------GTT--GT-TGTTTTCA-A-ANC-AATCA-TT--ATTCA-----GT--AA-A---TAT---TCTATAATTAA-TTTG--GAAGA------CAT--------CA---AC-CCT----ATGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTN-ACTC----TGTGT----CATGTGCATGTT--A-TTTAT---CA--ACAACA---------C-G-CG---TACTGTGT-----ATTTACTA-AAG-GAAACTACT-----C-CAA-AA-TGTCC-GT-CAATCTANAGT-TTG-TTTC-AATACGTGTT-ATATA-ATAC--GN--CATGCC--A-TA-TG-GNC---AAAAGAATA----AAT-ATGTCAGCTGCTC
Reference ( gi|1 ) : CTATGCACTTAAGCTTTAAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAA-----------AA--A-GT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CGATA-T-AT-T---TTGAA----C---AGTAATTAT-TAC----ACT---A-T----T------GTT--GT-TGTTTTCT-A-GCT-AATCA-TT--ATTTA-----AT--AA-A---TAT---TTTATAATTAA-TTTG--GAAGA------CAT--------CT---AC-TCT----ATGGTT---TCCA-GATTCCACAATTGTTCAGCTAATTCCGTGCACATGTTGGTAAA---ATTT-ACTCACAGCATGT----CATTTGCATATT--A-TTTGT---CA--ATAACA---------T-G-TG---TACTGGGT-----ATTTACTG-AAG-GAAACTACT-----C-CAA-AA-TACCC-GT-AAATCTGAAGT-TTG-TTTA-AATACATGTTAATATAAATAC--AC--CCTGCC--ACTA-TGGGGC---AACAGAATA----GAT-GTGTCAGTTGCTC
gi|8 : CTGTATACCTAAAGGTTCAAGCCCAAATTA-AATAA-TTAAA-----------AATGA-ATTGA-TTA----A-AAAA------AA-------AAATA-T-AT-------------------ATA--TATATAC----CCT-----T----T------GTT-----TGTTTTCA-A-AGT-GATTA-AT--AATCG-----AT--AA-A---CAT---TCTATGGTTAA-TTCA--GAAGA------TGT--------CA---GT-CCT----ATG-TT---TGAA-GAT-CTACAATTGTTCAA-TAA--------AC----TGGTTAA---ATTA-ACTC----TGTAT----CATTTGCATATT--A-TTTATTGACA--A-AACA---------C--------TACTGTGC-----ATTTACTA-AAG-GAAACTATT-----C-GAA-GGTTATT---T-CAAGCTAAAGTCTTG-TTTC-AAAAC
gi|6 : aattCTGTG-ACCTGGGCTACCAAGACCAAATTC-ACTTC-TTAAA-----------AT----GT--ACTTACCGTA-ACAA------TG--------AATG-T-AT-C---AT--A----C---AG-----AT-TTC----AGC---A------------------GT-TATTTT-------------A-TTTAATTTA-----AT--AT-A----AT---TTAAT--TTAACTTTG--GAA----------C--------CT---A---------ATGTTT---TCCA-TATC-------TGCTTGGCTTGTTTTACTTGCATGTTAGTAGA---ATTT-ACT------GTGT----CACATGCTTGTT----TTT-T---TA--ACAGCA---------C-A-C----TACTGTGT-----GTTT-CGGAAAA-GAAAATACT-----A-TAA-AA-AATCT-GT-CAATCTATAGT-TT---------TATG-GTTGATA-AAATACTTGG--CATGCCCAACCAGTGCACC---AAAACAATATTTCAAT-ATGTCAATAGCTCg
gi|2 : attCTGTGC-CCCAAACCTTCAATACGATATGC-A-TTA-CTTAA-----------AG--A-AT--A-TAA----A-CCAA------TAAATT---TAACA-T-GT-T---T--AATTTTC---GGTACTTCT---------CT---T-T----C------GTT--GTGTGTTTTCA-A-AAC-AATCA-AT--AGCCT-----GT--AA-G---GAG---TTTATATTTCA-TTTG--GAAGA------TAT--------TA---AG-TCT----A-GGTT---------------------TTCGGCT--TTCCGGACACATGTCGGTAAAAATATTT-TCT------GTGG----CATATGTATGCC--A-TGTGT---CACCACAGCACCAC-----C-A-TA----ACTGTGA-----ATTTACCA-AAG-G----T-------------------CCT-GT-CAGCCTATAGT-TTG-GTCC-AATAGATGTT-ATATACAGTC--AG--CATGCC-----------GA---AATAGTGTG----AGT-ATGTCAGCTG
gi|10 : attATGCAGT---GCTTTCAAGACCAAAGTA-ACTTAATTAAA-----------AAG-A-GT--A-TTA----A-ACAGGGAATGTA---T---CAAAT-T-GA-T---TCAAA----C---AGTAATTAA--AT----ACT---A-T----TTTGTTTGTT--AT-TGTTTTC--A-GT------A-TT--TTTT-------C--AA-A---TAT---TTTATAATTAA-TTTT--GAAGA------CATGATGTCATCA---AC-TCT----ATGATT---TCCA-GATTA-ACAATTGTTCAGCTAATTAAGCGAACATGTATGTAAA---ATTT-ACTgtgtggcataatgtgcacagaatagg
gi|16 : CACCTAAGCTTTCAAGACCAAGTTG-ATTTT-TTAAA-----------CA--C-AT--A-TTA----A-ACAA------AA---TAACCCATAAC-AC-CGACTCAAA----A---AGTAATAAT-TACTTTTAGT---T-T----T------GT---GT-TGTTTTCA-A-ACC-AATCA-CT--TTTCA-----GT--AA-A---AAA---TC-----TTAA-TTTGTAAAAAA------CAC--------AA---AC-TCT----ATGTTT---CCCA-AA-TCTGTAATTGTTCttgttgtcat
gi|4 : ACTTTAGCATTCAAAACCAAATTA-TCATA-TTAAA-----------------TT--A-TTA----ACGCAG------GA---T---CCATA-C-AAAT---TCGAA----CTCAAATA-TTAA-TAT----CCG---T-T----T------GTT--GT-TGTGCTCA-A-ACC-AATCA-TT--ATTTA-----GCA-AA-A---TAT---TGCATAAATAA-TTTG--AAAAAAAAAAGCA----------A---AC-CC-------GTTT---TTCA-GA-TCTGCAAATTTTCGGGTAATCCTGTGC--------GTAAA---A--------ACAA-ATATTTGGCGTTTG--TATTACA-TTTAG---TA--AAAACACCC------T-A-CACACTACTATGT-----TTTTAATT-AAG-TTAAATAAT-----C-CAA-A---AGCC-GT---ATC---AGT-TTA-TATATAAT
gi|15 : gagaTAAGCTTTCAAGACCAACTTAGAATTA-TTAAAAAGTAGCAAATAA--A-GG--A-ATA----A-ACGA------TA---C---CGA--------T---TTGTA----C---AGTCAT--------------------------------TT--GT-TATTTTTTAA-AAT-AACCT-TT--ATTCA-----GT--AA-G---TA----TCAATAATTAA-TTTG--AAAGC------TAT--------TA---AT-GCTAAGCATGGTTATCTCCA-GA-TACGCAATTGTTAAGTTAAttatatcttcccattttccctgtcagtatgtcagttactc
gi|3 : tttgacgcggcAATCTTTCAAGACAAAATTA-ACTTA-ATAGT-----------AC--ATGT--A-TT-----------------TA---T------TA-T--T-C---TTG----------------TGT-T--------T---G-T----T------GTTCAGT-TGTTTTC--A-GATCAATCAATT--AACTA-----TC--AA-AAATTAT---TCTATAATTAA-TTTT--GAAGA------CAT--------CA---GC-CCT-------GTT---T-----------------TTCA--TA--TCTGTGCACATGTCTGAAAA---ATTG-TCTC----TGTGA----CTTTTGCATGCT--A-TT-AT---CA--ACAACACACTGCCGCT-G-TG---TAT---GT-----ACTTACTA-CAG-ATTACTACT-----C-TAA-CA-TGTTT-GT-CAATGTAATGT-TTG-TTGC-ATTACATGTT-------ATAC--ACAGCCTG------TA-T--GCC---AAAAGAATA----CAT-ATGTCAG
gi|5 : AGACTAAATTG-AATAA-TTAAG-----------AT--A-TT--A-CTA----A-ATAGGGAG--TA---T---AAATG-C-CTGT---TTGAA----C---AGTTATTAT-TAC----TCT---T-TCACAT------GCT--AT-TGTTGCCA-A-AAG-AATCA-TT--GTTTAGTTCAAT--AA-A---AACAACTCTGCTATTAA-TATG--AAAGA------CAC--------CTCGTACATGT----ATG--------------TCCACAATTGTTTGGCTTATTCTGTGCACCTTTCGGAAAT---CTTT-ATTT-CGG--TTT----CATGAGCTTATT--A-TTTAT---AA--ACAATT---------T-A-T----TACTA--------------TA-AAGTAAAATTGTT-----T-CAA-AA-T-CC--------TCTACAGC-CTG-TTTG-AATTCATGTC-ATAT-------------CTGGC-------TGGTACACTAAAAGAATA--------GTGTTGGCTGCTCcaactcttagtaatatttttacgtgacataatttgcacaaaatag
gi|9 : ATTA-ACTGA-TTAAA-----------AA--A-GT--A-ACA----A-AC--------TA---T---CAATT-TGAT-T---TTGAA----C---AGTTATTAT-TAC----TCTTTCATT----T------GTA--AT-TCTTTTCA-ATGC--AATCA-GT--TTTCG-----GTTCGA-C---TAT---TTTGGAA-TA---CTG--G--TA------CAT--------CA---AC-CCT----ATGTTT---TCCA-GA-CCTGCAATTGTTCAGCCAATCC--TTCACAC-T--GTAAA---ATTG-ACT------ATGT----CATATGCCTGTT--A-TTCAC---CA--ACAATA---------TAG-CA---TACTGAAT-----ATTTAATC-GAG-GAATCTACT-----C-TAA-AA-t
gi|14 : tT--GTTTA-----AT--AATC---TAT---ATCA-AATTAA-GATA--AAAAAG-----CGT--------CC-------CT----ATACTT---TCCA-GAC-CTACAATTGTTCCTCTAATTATGCACACGTGTTTGTAAA---TTGA-ACTT----TGTGT----CAAATGTAATTT--A-TTTAT---CA--ACAACA---------C-A-CT---T--TATGC-----ATTTACT--AAG-AAATCTACT-----C-CAA-AA-GTTCT-GT-CAATCTATAAC-CTG-TTTattatgtcggtccatatgtaatcaatacatgtt
gi|12 : c--AA-A---AAT---TGTATTATTAA-TTTG--ATAGA------CAT--------ATCA-GC-CAT----ATGTTT---TCCA-G-CTC--TAGTTGTTCAAAGAATTCTGTGC---TCTTG----A---GTTTGAGTC----TATGG----CATGGGCATATT--A-TTTGT---CA--CTAGCG---------C-A-TT---T-CTGTGTATCAAATTTACTA-AAG-GAAACTACT-----C-TAGTCC-TGCCCAGTCAAAT-----GT-CTGTTTTA-ATTACATGca
gi|13 : TAATTAG-TTTT--GATGA------CAT--------CA---AC-CCT----TTGTTT---TTTAAGATTC-GCAATTGCTCAACTAATTTTGCACACATATCAGTAAA---ATTG-AATC----TGTGC----CATGAGCGTGTT--GTTTTAC---CA--A----A---------T-GTTGC--TTCTGTAT-----ACTT-CTT-AAA-GAAAAAACT-----C-AAA-AA-
gi|7 : tttcatttcttttgaatacgactgaaagatacgacACCTGTCGGTAAA---GTA--ACTC----TGTGA----TATGTGTATGTT--A-TTCAT----A--ACAAC----------C-A-AA---TACTG----------TT--TG-AA---ATACTATTACATGCACAA-AA-TTTCT-GTCAAATT--AAAT-TTG-TTTC-AATCCATGTT-------ATAC---C--CAT-CC--AGTA-T--GTC---AAAATGATA----GATAGT-TTAGTTGCTCgttata
gi|11 : gtgtatcgtttatacgttgtcatattaaaactatattataacaattttatatgcgcgttattattttgataaatacaattgaaagtcgaaatgttttatcagcca---TACTGTGT-----ATTTACTA-CAG-GAAACTACT-----C-T------TGTCC-GT-CAGTAT--AGT-TTG-TTTC-AATATGTGTttagttaaattgtatggcaattaggtaatattacgtgacgtaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGTCAGTTACTCTTACTAAAGTCGTATGATTGTTACGTAATATAAAGTGACGCAATGTTCGCCGAA
Alignments
lowQualScore : 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111111111111 4444444444444444444 11111 22222222222222222222 1 999999999999999999999999999999999 22222
lowQualScore : 3 3 2 3 33333 55 3 7777 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 9999 3 444 3 55 3 0 4444444 2 88 3 11 2 444 8888888888888888 444 77777 777777 0 555 3333 66 2 0 1 6 0 55 5555 1 44 6666 2 0 4 0 3 3 44 2222222222222222222 44444 44 3 3 3 3 66666666666666666666 55 3 0 1 3 4 1 0 555555555555555555555555555555555 5 11111
lowQualScore : . . . . ..... .. . .... . ............................................................................ . .... . ... . .. . . ....... . .. . .. . ... ................ ... ..... ...... . ... .... .. . . . . . .. .... . .. .... . . . . . . .. ................... ..... .. . . . . .................... .. . . . . . . . ................................. . .....
lowQualScore : 2 6 8 6 55555 00 6 7777 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 9999 6 222 6 00 6 5 2222222 8 55 5 11 9 000 9999999999999999 111 11111 000000 9 000 0000 22 5 8 2 1 1 22 9999 0 77 1111 9 9 5 7 1 3 22 8888888888888888888 22222 22 1 1 1 1 77777777777777777777 55 3 5 0 3 0 2 0 666666666666666666666666666666666 7 66666
consensus : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--A-GT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----T-GTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TTA--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATTAA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNA-CTC----TG-TGTCATNTGCATGTTA-TTTATCA--ACAAC--A-C--GC------NT-ACTGTGTAT-----TTAC--TAAAG-GAA-A-CTACT-C-----CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGTT-ATAT-A-A-AC--GGCATGCC--A-T--AT---GCCAAA-AGAATA----NATATGTCAGCTGCTC
Reference ( family-1122 ) : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--A-GT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--N----T----T-GTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TTA--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATTAA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNA-CTC----TG-TGTCATGTGCATGTTA-TTTATCA--ACAAC--A-C--GC------GT-ACTGTGTAT-----TTAC--TAAAG-GAA-A-CTACT-C-----CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGTT-ATAT-A-ATAC--GNCATGCC--A-T--AT-G-GNCAAA-AGAATA----AATATGTCAGCTGCTC
gi|1 : CTATGCACTTAAGCTTTAAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--A-GT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CGATA-T-AT-T---TTGA-A----C---AGTAATTA----T-TACACT--A----T----T-GTT--GT-TGTTTTCTAGCTAATCA-TTA--T-TTAAT-------AAATA-TTTTATAATTAA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CTA-----CTCT----A-TGGTT---TCCA-GATTCCACAATTGTTCAGCTAATTCCGTGCACATGTTGGTAAA---ATTTA-CTCACAGCA-TGTCATTTGCATATTA-TTTGTCA--ATAAC--A-T--GT------GT-ACTGGGTAT-----TTAC--TGAAG-GAA-A-CTACT-C-----CAAA----A----TACCC-G-TAAATCTGAAGT-TTGTTTAAA-TACATGTTAATATAA-ATAC--ACCCTGCC--ACT--ATGG-GGCAAC-AGAATA----GATGTGTCAGTTGCTC
gi|10 : GCTTTCAAGACCAAAGTA-ACTTAATTAAAAAG-A-GT--A-TTA----A-ACAGGGAATGTA---T---CAAAT-T-GA-T---TCAA-A----C---AGTAATTAAATAC-TATTTT--G----T----TTGTT--AT-TGTTTTCAG------TA-TTT--T-TT--C-------AAATA-TTTTATAATTAA-TTTT--GAA-----G-ACATGATGTCAT--CAA-----CTCT----A-TGATT---TCCA-GA-TTAACAATTGTTCAGCTAATTAAGCGAACATGTATGTAAA---ATTTA-CTT----TGTTGTCAT
gi|11 : atgcagtTTCTATAGACATGTCATTAAA----TTGA-CTC----TG-TGT--------------TCTAT-A--GCAGCTAA-C---C------TT-ACTGTGTAT-----TTAC--TACAG-GAA-A-CTACT-C-----T------------TGTCC-G-TCAG--TATAGT-TTGTTTCAA-TATGTG----TGT-G-A------CTAAGCC----T--AT-A-GTCAAG-AGAATA----TATACATC
gi|12 : at-------AAAAA-TTGTATTATTAA-TTTG--ATA-----G-A--------CATATCAG-----CCAT----A-TGTTT---TCCA-GC-TCT--AGTTGTTCAAAGAATTCTGTGCTCTTG--AGT-------TTGA-GTC----TA-TGGCATGGGCATATTA-TTTGTCA--CTAGC--G-C--AT------TT--CTGTGTATCAAATTTAC--TAAAG-GAA-A-CTACT-C-----TA------------GTCCTGCCCAGTCAAATGT-CTGTTTTAATTACATGcgtctctgttagtaaaatcgtatgatttttacatataatacgtgatataatgttcgcagaa
gi|13 : TAATTAG-TTTT--GAT-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----T-TGTTT---TTTAAGA-TTCGCAATTGCTCAACTAATTTTGCACACATATCAGTAAA---ATTGA-ATC----TG-TGCCATGAGCGTGTTGTTTTACCA----AAT--GTT--GC------TT--CTGTATAC-----TTCT--TAAAG-AAA-A-A-ACT-C-----AAAA----A----
gi|14 : tttcatttcttttgaatacgactgaaagatacgacAATA-ATCTATA-TCAA-ATT----AA-----G-A--------TAA--AAAAGCGTCCCT----A-TACTT---TCCA-GA-CCTACAATTGTTCCTCTAATTATGCACACGTGTTTGTAAA---TTGAA-CTT----TG-TGTCAAATGTAATTTA-TTTATCA--ACAAC--A-C--AC------TT---TATGCAT-----TTAC--TAA---GAA-ATCTACT-C-----CAAA----A----GTTCT-G-TCAATCTATAAC-CTGTTTCAgttata
gi|15 : ctgtttCTAAGCTTTCAAGACCAACTTAGAATTA-TT-AAAA--A-GT--A-GCA----A-ATAA-------A---G---GAATA-A-A-------CGATA----C---CG--ATTT----G-TACAGTCAT----T----T-GTT--AT---TTTTTAAAATAACCT-TTA--T-TCAGT-------AAGTA--TCAATAATTAA-TTTG--AAA-----G-C--------TAT--TAA-----TGCTAAGCA-TGGTTATCTCCA-GA-TACGCAATTGTTAAGTTAA
gi|16 : tttgacgcggCACCTAAGCTTTCAAGACCAAGTTG-ATTTT-TTAAACA--C-AT--A-TTA----A-ACAA------AA---TAACCCATAAC-AC-CGACTCAA-A----A---AGTAATAA----T-TACTTT--TAGTTT----T-GT---GT-TGTTTTCAAACCAATCA-CTT--T-TCAGT-------AAAAA-ATC-----TTAA-TTTGTAAAA-----A-A--------CAC--AAA-----CTCT----A-TGTTT---CCCA-AA-TCTGTAATTGTTC
gi|2 : CTGTGC-CCCAAACCTTCAATACGATATGC-A-TTA-CTTAAAG--A-AT--A-TAA----A-CCAA------TAAATT---TAACA-T-GT-T---T--A-ATTTTC---GGTACTT---------CTCT--T----T----C-GTT--GTGTGTTTTCAAAACAATCA-ATA--G-CCTGT-------AAGGA-GTTTATATTTCA-TTTG--GAA-----G-A--------TAT--TAA-----GTCT----A-GGTTT---TC-------------------GGCT--TTCCGGACACATGTCGGTAAAAATATTT---TC----TG-TGGCATATGTATGCCA-TGTGTCACCACAGC--A-CCACC------ATAACTGTGAAT-----TTAC--CAAAG-G---------T-C---------------------CT-G-TCAGCCTATAGT-TTGGTCCAA-TAGATGTT-ATAT-ACAGTC--AGCATGCC--G------------AAATAGTGTG----AGTATGTCAGCTG
gi|3 : attAATCTTTCAAGACAAAATTA-ACTTA-ATAGTAC--ATGT--A-TT-----------------TA---T------TA-T--T-C---TTG-----------------TG----T-T----T--G----T----T-GTTCAGT-TGTTTTCAGATCAATCAATTAACTATCAAA-------AATTA-TTCTATAATTAA-TTTT--GAA-----G-A--------CAT--CAG-----CCCT-------GTTT---TTCA--------------------TA--TCTGTGCACATGTCTGAAAA---ATTGT-CTC----TG-TGACTTTTGCATGCTA-TT-ATCA--ACAAC--A-C--ACT-----GCCGCTGTGTATGTAC-TTAC--TACAG-ATT-A-CTACT-C-----TAAC----A----TGTTT-G-TCAATGTAATGT-TTGTTGCAT-TACATGTT-AT-----ACAC--AGCCTG------T--AT---GCCAAA-AGAATA----CATATGTCAGCAACTCgtgtggcataatgtgcacagaatagg
gi|4 : ACTTTAGCATTCAAAACCAAATTA-TCATA-TTAAA------TT--A-TTA----ACGCAG------GA---T---CCATA-C-AAAT---TCGA-A----CTCAAATA-TTA----A-TATCCG--T----T----T-GTT--GT-TGTGCTCAAACCAATCA-TTA--T-TTAGCA------AAATA-TTGCATAAATAA-TTTG--AAA-----A-AAAAAAG--CA----AA-----CCC--------GTTT---TTCA-GA-TCTGCAAATTTTCGGGTAATCCTGTGC--------GTAAA---AACAA-ATA----TT-TGGCGTTTGTATTACA-TTTAGTA--AAAAC--A-C--CCTACACACT-ACTATGTTT-----TTAA--TTAAG-TTA-A-ATAAT-C-----CAAA----AGCCGTATCA-G-TTTATATATAAT-TTATATCttagtaatatttttacgtgacataatttgcacaaaatag
gi|5 : gagaAGACTAAATTG-AATAA-TTAAGAT--A-TT--A-CTA----A-ATAGGGAG--TA---T---AAATG-C-CTGT---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCACAT-GCT--AT-TGTTGCCAAAAGAATCA-TTG--T-TTAGTTCAATAAAAACAACTCTGCTATTAA-TATG--AAA-----G-A--------CAC--C-------TCGT----A-CATGT------A-TG-TCCACAATTGTTTGGCTTATTCTGTGCACCTTTCGGAAAT---CTTTATTTC----GG-TTTCATGAGCTTATTA-TTTATAA--ACAA-----------------------TTTA------TTACTATAAAGTAAA-A-TTGTT-T-----CAAA----A------TCC-------TCTACAGC-CTGTTTGAA-TTCATGTC-ATAT------CT-GGC-TGGT--A-C--A-----CTAAA-AGAATA-------GTGTTGGCTGCTCttcccattttccctgtcagtatgtcagttactc
gi|6 : CTGTG-ACCTGGGCTACCAAGACCAAATTC-ACTTC-TTAAAAT----GT--ACTTACCGTA-ACAA------TG--------AATG-T-AT------CAT-A----C---AG--ATT-----T-CA-GCA--G----T----T-ATT---T-TATTT--AATTTAAT-A-TAA--T-TTAAT---------------------TTAACTTTG--GAA------------------------------CCT----AATGTTT---TCCA-TA-TCTGC------TTGGCTTGTTTTACTTGCATGTTAGTAGA---ATTTA-CT------G-TGTCACATGCTTGTT--TTT-TTA--ACAGC--A-C--AC-------T-ACTGTGTGT-----TTCG--GAAAA-GAA-A-ATACT-A-----TAAA----A----AATCT-G-TCAATCTATAGT-TT--------TATG-GTTGATAA-A-ATACTTGGCATGCCCAA-CCAGT-GCACCAAA-ACAATATTTCAATATGTCAATAGCTCt
gi|7 : attACCTGTCGGTAAA---GT-AA-CTC----TG-TGATATGTGTATGTTA-TTCAT-A--ACAAC----C--AA------AT-ACTGT---T-----T---------G-AAATA-CTATTACATGCACAAA----A----TTTCT-G-TCAAATTAAA-T-TTGTTTCAA-TCCATGTT-ATAC----------CCAT-CC--AGT--AT---GTCAAA-ATGATA----GATAGTTTAGTTGCTC
gi|8 : gtgtatcgtttatacgttgtcatattaaaactatattataacaattttatatgcgcgttattattttgataaatacaattgaaagtcgaaatgttttatcagccaCTGTATACCTAAAGGTTCAAGCCCAAATTA-AATAA-TTAAAAATGA-ATTGA-TTA----A-AAAA-------A---A---AAATA-T-AT----------A----T---A-----TA----TATACCCT-------T----T-GT----T-TGTTTTCAAAGTGATTA-ATA--A-TCGAT-------AAACA-TTCTATGGTTAA-TTCA--GAA-----G-A--------TGT--CAG-----TCCT----A-TG-TT---TGAA-GA-TCTACAATTGTTCAA-TAA--------AC----TGGTTAA---ATTAA-CTC----TG-TATCATTTGCATATTA-TTTATTG--ACAAA--A-C--AC-------T-ACTGTGCAT-----TTAC--TAAAG-GAA-A-CTATT-C-----GAAG----G----T-TAT-T-TCAAGCTAAAGTCTTGTTTCAA-AACGttagttaaattgtatggcaattaggtaatattacgtgacgtaat
gi|9 : aattATTA-ACTGA-TTAAAAA--A-GT--A-ACA----A-AC--------TA---T---CAATT-TGAT-T---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCATTT-GTA--AT-TCTTTTCAATGCAATCA-GTT--T-TCGGT--------------TC---GACTAT-TTTG--GAATACTGGTA--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-CCTGCAATTGTTCAGCCAATCCTTCACAC-T----GTAAA---ATTGA---C----TA-TGTCATATGCCTGTTA-TTCACCA--ACAAT--A-TA-GC------AT-ACTGAATAT-----TTAA--TCGAG-GAA-T-CTACT-C-----TAAAAATTA----TGTCG-G-TCCATATGTAA-------TCAA-TACATGTT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGTCAGTTACTCTTACTAAAGTCGTATGATTGTTACGTAATATAAAGTGACGCAATGTTCGCCGAA
Alignments
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111111111111 3333333333333333 11111 2222222222222222222222 1 9999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 3 3 2 3 6666 55 3 0 7777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999 3 666 3 99999 3 0 4444444 4 66 44 2 2 444 8888888888888888 444 77777 777777 0 555 3333 66 2 0 1 6 0 55 5555 1 1 666666 2 0 1 3 3 0 1 44 0 3 4444444444444444 44444 44 3 3 3 0000000000000000000000 55 3 0 1 3 4 1 5 0 1111111111111111111111111111111 1 5 333333
lowQualScore : . . . . .... .. . . .... . ............................................................................ ... . ... . ..... . . ....... . .. .. . . ... ................ ... ..... ...... . ... .... .. . . . . . .. .... . . ...... . . . . . . . .. . . ................ ..... .. . . . ...................... .. . . . . . . . . ............................... . . ......
lowQualScore : 2 6 8 6 5555 00 6 5 7777 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 6 111 6 55555 6 5 2222222 8 77 99 9 9 000 9999999999999999 111 11111 000000 9 000 0000 22 5 8 2 1 1 22 9999 0 9 666666 9 9 0 1 1 1 4 22 2 1 2222222222222222 22222 22 1 1 1 9999999999999999999999 55 3 5 0 3 0 2 0 0 1111111111111111111111111111111 7 7 333333
consensus : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-C--GC------N--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATAA--A--C--GGCATGCC------G-TAC--GCCAAA-AGAATA----GATATGTCAGCTGCTC
Reference ( family-1122 ) : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-C--GC------N--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATAA--A--C--GGCATGCC------A-TAT--GCCAAA-AGAATA----NATATGTCAGCTGCTC
gi|1 : CTATGCACTTAAGCTTTAAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CGATA-T-AT-T---TTGA-A----C---AGTAATTA----T-TACACT--A----T----TGTT--GT-TGTTTTCTAGCTAATCA-TT--A--T-TTAAT-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CTA-----CTCT----A-TGGTT---TCCA-GATTCCACAATTGTTCAGCTAATTCCGTGCACATGTTGGTAAA---ATTTACT-CACAGCA-TGTCATTT-GCATATTA-TTTGTCA--ATAACA-T--GT------G--T-ACTGGGTAT-----TTACTG--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TACCC-G-TAAATCTGAAGT-TTGTTTAAA-TACATGT-TAATATAAATA--C--ACCCTGCC------ACTATGGGGCAAC-AGAATA----GATGTGTCAGTTGCTC
gi|10 : GCTTTCAAGACCAAAGTA-ACTTAATTAAAAAG-AGT--A-TTA----A-ACAGGGAATGTA---T---CAAAT-T-GA-T---TCAA-A----C---AGTAATTAAATAC-TATTTTG-T----T----TGTT--AT-TGTTTTCAG------TA-TT--T--T-TT--C-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-ACATGATGTCAT--CAA-----CTCT----A-TGATT---TCCA-GA-TTAACAATTGTTCAGCTAATTAAGCGAACATGTATGTAAA---ATTTACT-T----TGTTGTCAT
gi|11 : atgcagtTTCTATAGACATGTCATTAAA----TTGACT-C----TG-TGTTCTATAGCA-GCTA---------------A-C---C------T--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--CAG-GAA-A-CTACT-----C-T------------TGTCC-G-TCAG--TATAGT-TTGTTTCAA-TATGTGTGT-GACTAA--G--C--------CT------A-TA---GTCAAG-AGAATA----TATACATC
gi|12 : at-------AAAAA-TTGTATTATT-AA-TTTG--ATA-----G-A--------CATATCAG-----CCAT----A-TGTTT---TCCA-GC-TCT--AGTTGTTCAAAGAATTCTGTGCTCTTG--AGT-------TTGAGT-C----TA-TGGCATGG-GCATATTA-TTTGTCA--CTAGCG-C--AT------T--T--CTGTGTATCAAATTTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-TA------------GTCCTGCCCAGTCAAATGT-CTGTTTTAATTACATGcgtctctgttagtaaaatcgtatgatttttacatataatacgtgatataatgttcgcagaa
gi|13 : TAATT-AG-TTTT--GAT-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----T-TGTTT---TTTAAGA-TTCGCAATTGCTCAACTAATTTTGCACACATATCAGTAAA---ATTGAAT-C----TG-TGCCATGA-GCGTGTTGTTTTACCA----AATGTT--GC------T--T--CTGTATAC-----TTCTTA--AAG-AAA-A-A-ACT-----C-AAAA----A----
gi|14 : tttcatttcttttgaatacgactgaaagatacgacAATA-ATCTATA-TC-AA-ATT----AA-----G-A--------TAA--AAAAGCGTCCCT----A-TACTT---TCCA-GA-CCTACAATTGTTCCTCTAATTATGCACACGTGTTTGTAAA---TTGAACT-T----TG-TGTCAAAT-GTAATTTA-TTTATCA--ACAACA-C--AC------T--T---TATGCAT-----TTACTA--A---GAA-ATCTACT-----C-CAAA----A----GTTCT-G-TCAATCTATAAC-CTGTTTCAgttata
gi|15 : ctgtttCTAAGCTTTCAAGACCAACTTAGAATTA-TTAAAAA---GT--A-GCA----A-ATAA-------A---G---GAATA-A-A-------CGATA----C---CG--ATTT----G-TACAGTCAT----T----TGTT--AT-T--TTTTAAAATAACCT-TT--A--T-TCAGT-------AAGTA--TCAATAATT-AA-TTTG--AAA-----G-C--------TAT--TAA-----TGCTAAGCA-TGGTTATCTCCA-GA-TACGCAATTGTTAAGTTAA
gi|16 : tttgacgcggCACCTAAGCTTTCAAGACCAAGTTG-ATTTT-TTAAACA--CAT--A-TTA----A-ACAA------AA---TAACCCATAAC-AC-CGACTCAA-A----A---AGTAATAA----T-TACTTT--TAGTTT----TGT---GT-TGTTTTCAAACCAATCA-CT--T--T-TCAGT-------AAAAA-ATC-----TT-AA-TTTGTAAAA-----A-A--------CAC--AAA-----CTCT----A-TGTTT---CCCA-AA-TCTGTAATTGTTC
gi|2 : CTGTGC-CCCAAACCTTCAATACGATATGC-A-TTA-CTTAAAG--AAT--A-TAA----A-CCAA------TAAATT---TAACA-T-GT-T---T--A-ATTTTC---GGTACTT---------CTCT--T----T----CGTT--GTGTGTTTTCAAAACAATCA-AT--A--G-CCTGT-------AAGGA-GTTTATATTT-CA-TTTG--GAA-----G-A--------TAT--TAA-----GTCT----A-GGTTT---TC-------------------GGCT--TTCCGGACACATGTCGGTAAAAATATTT--T-C----TG-TGGCATAT-GTATGCCA-TGTGTCACCACAGCA-CCACC------A--TAACTGTGAAT-----TTACCA--AAG-G---------T-----C-----------------CT-G-TCAGCCTATAGT-TTGGTCCAA-TAGATGT-T-ATATAC--AGTC--AGCATGCC------G---------AAATAGTGTG----AGTATGTCAGCTG
gi|3 : attAATCTTTCAAGACAAAATTA-ACTTA-ATA-------GT--A-C-----------------------------ATG-T-AT-T---T--------------ATTATTC----T-TGTGTT--TG---T----TGTTCAGT-TGTTTTCAGATCAATCAATT--AACTATCAAA-------AATTA-TTCTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-A--------CAT--CAG-----CCCT-------GTTT---TTCA--------------------TA--TCTGTGCACATGTCTGAAAA---ATTGTCT-C----TG-TGACTTTT-GCATGCTA-TT-ATCA--ACAACA-C--AC------TGCC-GCTGTGTATGTAC-TTACTA--CAG-ATT-A-CTACT-----C-TAAC----A----TGTTT-G-TCAATGTAATGT-TTGTTGCAT-TACATGT-T-ATAC----A--C--AGCCTG----------TAT--GCCAAA-AGAATA----CATATGTCAGCAACTCgtgtggcataatgtgcacagaatagg
gi|4 : ACTTTAGCATTCAAAACCAAATTA-TCATA-TTAAA-----TT--A-TTA----ACGCAG------GA---T---CCATA-C-AAAT---TCGA-A----CTCAAATA-TTA----A-TATCCG--T----T----TGTT--GT-TGTGCTCAAACCAATCA-TT--A--T-TTAGCA------AAATA-TTGCATAAAT-AA-TTTG--AAA-----A-AAAAAAG--CA----AA-----CCC--------GTTT---TTCA-GA-TCTGCAAATTTTCGGGTAATCCTGTGC--------GTAAA---AACAAAT-A----TT-TGGCGTTT-GTATTACA-TTTAGTA--AAAACA-C--CCTACACAC--T-ACTATGTTT-----TTAATT--AAG-TTA-A-ATAAT-----C-CAAA----AGCCGTATCA-G-TTTATATATAAT-TTATATCttagtaatatttttacgtgacataatttgcacaaaatag
gi|5 : gagaAGACTAAATTG-AATAA-TTAAGAT--ATT--A-CTA----A-ATAGGGAG--TA---T---AAATG-C-CTGT---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCACATGCT--AT-TGTTGCCAAAAGAATCA-TT--G--T-TTAGTTCAATAAAAACAACTCTGCTATT-AA-TATG--AAA-----G-A--------CAC--C-------TCGT----A-CATGT------A-TG-TCCACAATTGTTTGGCTTATTCTGTGCACCTTTCGGAAAT---CTTTATTTC----GG-TTTCATGA-GCTTATTA-TTTATAA--ACAA-----------------------TTTAT-----T-ACTATAAAGTAAA-A-TTGTT-----T-CAAA----A----T--CC-------TCTACAGC-CTGTTTGAA-TTCATGT-C-ATAT-------CT-GGC-TG--------G-TAC--ACTAAA-AGAATA----G---TGTTGGCTGCTCttcccattttccctgtcagtatgtcagttactc
gi|6 : CTGTG-ACCTGGGCTACCAAGACCAAATTC-ACTTC-TTAAAAT---GT--ACTTACCGTA-ACAA------TG--------AATG-T-AT------CAT-A----C---AG-----A----T-TTCA---------------GCA--GT-TATTTT----------A-TTTAA--T-TTAAT-------ATA-A-TT---TAATTTAACTTTG--GAA------------------------------CCT----AATGTTT---TCCA-TA-TCTGC------TTGGCTTGTTTTACTTGCATGTTAGTAGA---ATTTACT-------G-TGTCACAT-GCTTGTT--TTT-TTA--ACAGCA-C--AC---------T-ACTGTGTGT-----TTCGGA--AAA-GAA-A-ATACT-----A-TAAA----A----AATCT-G-TCAATCTATAGT-TT--------TATG-GT-TGATAAAAT-A--CTTGGCATGCCCAACCAG-TGC--ACCAAA-ACAATATTTCAATATGTCAATAGCTCt
gi|7 : attACCTGTCGGTAAA---GT-AACT-C----TG-TGATATGT-GTATGTTA-TTCAT-A--ACAAC--C--AA------A--T-ACTGT---------TT--------G-AAATA-CTATTACATGCACAAA----A----TTTCT-G-TCAAATTAAA-T-TTGTTTCAA-TCCATGT-T-ATAC-------C----CAT-CC------AGTAT--GTCAAA-ATGATA----GATAGTTTAGTTGCTC
gi|8 : gtgtatcgtttatacgttgtcatattaaaactatattataacaattttatatgcgcgttattattttgataaatacaattgaaagtcgaaatgttttatcagccaCTGTATACCTAAAGGTTCAAGCCCAAATTA-AATAA-TTAAAAATGAATTGA-TTA----A-AAAA-------A---A---AAATA-T-AT----------A----T---A-----TA----TATACCC---T----T----TGT----T-TGTTTTCAAAGTGATTA-AT--A--A-TCGAT-------AAACA-TTCTATGGTT-AA-TTCA--GAA-----G-A--------TGT--CAG-----TCCT----A-TG-TT---TGAA-GA-TCTACAATTGTTCAA-TAA--------AC----TGGTTAA---ATTAACT-C----TG-TATCATTT-GCATATTA-TTTATTG--ACAAAA-C--AC---------T-ACTGTGCAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTATT-----C-GAAG----G----T-TAT-T-TCAAGCTAAAGTCTTGTTTCAA-AACGttagttaaattgtatggcaattaggtaatattacgtgacgtaat
gi|9 : aattATTA-ACTGA-TTAAAAA--AGT--A-ACA----A-AC--------TA---T---CAATT-TGAT-T---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCATTTGTA--AT-TCTTTTCAATGCAATCA-GT--T--T-TCGGT--------------TC---GACT-AT-TTTG--GAATACTGGTA--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-CCTGCAATTGTTCAGCCAATCCTTCACAC-T----GTAAA---ATTGA---C----TA-TGTCATAT-GCCTGTTA-TTCACCA--ACAATA-TA-GC------A--T-ACTGAATAT-----TTAATC--GAG-GAA-T-CTACT-----C-TAAAAATTA----TGTCG-G-TCCATATGTAA-------TCAA-TACATGT-T-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGTCAGTTACTCTTACTAAAGTCGTATGATTGTTACGTAATATAAAGTGACGCAATGTTCGCCGAA
Alignments
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111111111111 3333333333333333 11111 2222222222222222222222 1 8888888888888888888888888888888 111111
lowQualScore : 3 3 2 3 6666 55 3 0 7777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999 3 666 3 99999 3 0 4444444 4 66 44 2 2 444 8888888888888888 444 77777 777777 0 555 3333 66 2 0 1 6 0 55 5555 1 1 666666 2 0 1 3 3 0 1 44 0 3 4444444444444444 44444 44 3 3 3 0000000000000000000000 55 3 0 1 3 4 1 5 0 3333333333333333333333333333333 1 5 444444
lowQualScore : . . . . .... .. . . .... . ............................................................................ ... . ... . ..... . . ....... . .. .. . . ... ................ ... ..... ...... . ... .... .. . . . . . .. .... . . ...... . . . . . . . .. . . ................ ..... .. . . . ...................... .. . . . . . . . . ............................... . . ......
lowQualScore : 2 6 8 6 5555 00 6 5 7777 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 6 111 6 55555 6 5 2222222 8 77 99 9 9 000 9999999999999999 111 11111 000000 9 000 0000 22 5 8 2 1 1 22 9999 0 9 666666 9 9 0 1 1 1 4 22 2 1 2222222222222222 22222 22 1 1 1 9999999999999999999999 55 3 5 0 3 0 2 0 0 1111111111111111111111111111111 7 7 000000
consensus : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-C--GC------N--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATAA--A--C--GGCATGCC------G-TAC--GCCAAA-AGAATA----GATATGTCAGCTGCTC
Reference ( family-1122 ) : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-C--GC------N--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATAA--A--C--GGCATGCC------G-TAC--GCCAAA-AGAATA----GATATGTCAGCTGCTC
gi|1 : CTATGCACTTAAGCTTTAAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CGATA-T-AT-T---TTGA-A----C---AGTAATTA----T-TACACT--A----T----TGTT--GT-TGTTTTCTAGCTAATCA-TT--A--T-TTAAT-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CTA-----CTCT----A-TGGTT---TCCA-GATTCCACAATTGTTCAGCTAATTCCGTGCACATGTTGGTAAA---ATTTACT-CACAGCA-TGTCATTT-GCATATTA-TTTGTCA--ATAACA-T--GT------G--T-ACTGGGTAT-----TTACTG--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TACCC-G-TAAATCTGAAGT-TTGTTTAAA-TACATGT-TAATATAAATA--C--ACCCTGCC------ACTATGGGGCAAC-AGAATA----GATGTGTCAGTTGCTC
gi|10 : GCTTTCAAGACCAAAGTA-ACTTAATTAAAAAG-AGT--A-TTA----A-ACAGGGAATGTA---T---CAAAT-T-GA-T---TCAA-A----C---AGTAATTAAATAC-TATTTTG-T----T----TGTT--AT-TGTTTTCAG------TA-TT--T--T-TT--C-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-ACATGATGTCAT--CAA-----CTCT----A-TGATT---TCCA-GA-TTAACAATTGTTCAGCTAATTAAGCGAACATGTATGTAAA---ATTTACT-T----TGTTGTCAT
gi|11 : atgcagtTTCTATAGACATGTCATTAAA----TTGACT-C----TG-TGTTCTATAGCA-GCTA---------------A-C---C------T--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--CAG-GAA-A-CTACT-----C-T------------TGTCC-G-TCAG--TATAGT-TTGTTTCAA-TATGTGTGT-GACTAA--G--C--------CT------A-TA---GTCAAG-AGAATA----TATACATC
gi|12 : at-------AAAAA-TTGTATTATT-AA-TTTG--ATA-----G-A--------CATATCAG-----CCAT----A-TGTTT---TCCA-GC-TCT--AGTTGTTCAAAGAATTCTGTGCTCTTG--AGT-------TTGAGT-C----TA-TGGCATGG-GCATATTA-TTTGTCA--CTAGCG-C--AT------T--T--CTGTGTATCAAATTTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-TA------------GTCCTGCCCAGTCAAATGT-CTGTTTTAATTACATGcgtctctgttagtaaaatcgtatgatttttacatataatacgtgatataatgttcgcagaa
gi|13 : TAATT-AG-TTTT--GAT-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----T-TGTTT---TTTAAGA-TTCGCAATTGCTCAACTAATTTTGCACACATATCAGTAAA---ATTGAAT-C----TG-TGCCATGA-GCGTGTTGTTTTACCA----AATGTT--GC------T--T--CTGTATAC-----TTCTTA--AAG-AAA-A-A-ACT-----C-AAAA----A----
gi|14 : tttcatttcttttgaatacgactgaaagatacgacAATA-ATCTATA-TC-AA-ATT----AA-----G-A--------TAA--AAAAGCGTCCCT----A-TACTT---TCCA-GA-CCTACAATTGTTCCTCTAATTATGCACACGTGTTTGTAAA---TTGAACT-T----TG-TGTCAAAT-GTAATTTA-TTTATCA--ACAACA-C--AC------T--T---TATGCAT-----TTACTA--A---GAA-ATCTACT-----C-CAAA----A----GTTCT-G-TCAATCTATAAC-CTGTTTCAgttata
gi|15 : ctgtttCTAAGCTTTCAAGACCAACTTAGAATTA-TTAAAAA---GT--A-GCA----A-ATAA-------A---G---GAATA-A-A-------CGATA----C---CG--ATTT----G-TACAGTCAT----T----TGTT--AT-T--TTTTAAAATAACCT-TT--A--T-TCAGT-------AAGTA--TCAATAATT-AA-TTTG--AAA-----G-C--------TAT--TAA-----TGCTAAGCA-TGGTTATCTCCA-GA-TACGCAATTGTTAAGTTAA
gi|16 : tttgacgcggCACCTAAGCTTTCAAGACCAAGTTG-ATTTT-TTAAACA--CAT--A-TTA----A-ACAA------AA---TAACCCATAAC-AC-CGACTCAA-A----A---AGTAATAA----T-TACTTT--TAGTTT----TGT---GT-TGTTTTCAAACCAATCA-CT--T--T-TCAGT-------AAAAA-ATC-----TT-AA-TTTGTAAAA-----A-A--------CAC--AAA-----CTCT----A-TGTTT---CCCA-AA-TCTGTAATTGTTC
gi|2 : CTGTGC-CCCAAACCTTCAATACGATATGC-A-TTA-CTTAAAG--AAT--A-TAA----A-CCAA------TAAATT---TAACA-T-GT-T---T--A-ATTTTC---GGTACTT---------CTCT--T----T----CGTT--GTGTGTTTTCAAAACAATCA-AT--A--G-CCTGT-------AAGGA-GTTTATATTT-CA-TTTG--GAA-----G-A--------TAT--TAA-----GTCT----A-GGTTT---TC-------------------GGCT--TTCCGGACACATGTCGGTAAAAATATTT--T-C----TG-TGGCATAT-GTATGCCA-TGTGTCACCACAGCA-CCACC------A--TAACTGTGAAT-----TTACCA--AAG-G---------T-----C-----------------CT-G-TCAGCCTATAGT-TTGGTCCAA-TAGATGT-T-ATATAC--AGTC--AGCATGCC------G---------AAATAGTGTG----AGTATGTCAGCTG
gi|3 : attAATCTTTCAAGACAAAATTA-ACTTA-ATA-------GT--A-C-----------------------------ATG-T-AT-T---T--------------ATTATTC----T-TGTGTT--TG---T----TGTTCAGT-TGTTTTCAGATCAATCAATT--AACTATCAAA-------AATTA-TTCTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-A--------CAT--CAG-----CCCT-------GTTT---TTCA--------------------TA--TCTGTGCACATGTCTGAAAA---ATTGTCT-C----TG-TGACTTTT-GCATGCTA-TT-ATCA--ACAACA-C--AC------TGCC-GCTGTGTATGTAC-TTACTA--CAG-ATT-A-CTACT-----C-TAAC----A----TGTTT-G-TCAATGTAATGT-TTGTTGCAT-TACATGT-T-ATAC----A--C--AGC---CT------G-TAT--GCCAAA-AGAATA----CATATGTCAGCAACTCgtgtggcataatgtgcacagaatagg
gi|4 : ACTTTAGCATTCAAAACCAAATTA-TCATA-TTAAA-----TT--A-TTA----ACGCAG------GA---T---CCATA-C-AAAT---TCGA-A----CTCAAATA-TTA----A-TATCCG--T----T----TGTT--GT-TGTGCTCAAACCAATCA-TT--A--T-TTAGCA------AAATA-TTGCATAAAT-AA-TTTG--AAA-----A-AAAAAAG--CA----AA-----CCC--------GTTT---TTCA-GA-TCTGCAAATTTTCGGGTAATCCTGTGC--------GTAAA---AACAAAT-A----TT-TGGCGTTT-GTATTACA-TTTAGTA--AAAACA-C--CCTACACAC--T-ACTATGTTT-----TTAATT--AAG-TTA-A-ATAAT-----C-CAAA----AGCCGTATCA-G-TTTATATATAAT-TTATATCttagtaatatttttacgtgacataatttgcacaaaatag
gi|5 : gagaAGACTAAATTG-AATAA-TTAAGAT--ATT--A-CTA----A-ATAGGGAG--TA---T---AAATG-C-CTGT---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCACATGCT--AT-TGTTGCCAAAAGAATCA-TT--G--T-TTAGTTCAATAAAAACAACTCTGCTATT-AA-TATG--AAA-----G-A--------CAC--C-------TCGT----A-CATGT------A-TG-TCCACAATTGTTTGGCTTATTCTGTGCACCTTTCGGAAAT---CTTTATTTC----GG-TTTCATGA-GCTTATTA-TTTATAA--ACAA-----------------------TTTAT-----T-ACTATAAAGTAAA-A-TTGTT-----T-CAAA----A----T--CC-------TCTACAGC-CTGTTTGAA-TTCATGT-C-ATAT-------CT-GGC-TG--------G-TAC--ACTAAA-AGAATA----G---TGTTGGCTGCTCttcccattttccctgtcagtatgtcagttactc
gi|6 : CTGTG-ACCTGGGCTACCAAGACCAAATTC-ACTTC-TTAAAAT---GT--ACTTACCGTA-ACAA------TG--------AATG-T-AT------CAT-A----C---AG-----A----T-TTCA---------------GCA--GT-TATTTT----------A-TTTAA--T-TTAAT-------ATA-A-TT---TAATTTAACTTTG--GAA------------------------------CCT----AATGTTT---TCCA-TA-TCTGC------TTGGCTTGTTTTACTTGCATGTTAGTAGA---ATTTACT-------G-TGTCACAT-GCTTGTT--TTT-TTA--ACAGCA-C--AC---------T-ACTGTGTGT-----TTCGGA--AAA-GAA-A-ATACT-----A-TAAA----A----AATCT-G-TCAATCTATAGT-TT--------TATG-GT-TGATAAAAT-A--CTTGGCATGCCCAACCAG-TGC--ACCAAA-ACAATATTTCAATATGTCAATAGCTCt
gi|7 : attACCTGTCGGTAAA---GT-AACT-C----TG-TGATATGT-GTATGTTA-TTCAT-A--ACAAC--C--AA------A--T-ACTGT---------TT--------G-AAATA-CTATTACATGCACAAA----A----TTTCT-G-TCAAATTAAA-T-TTGTTTCAA-TCCATGT-T-ATAC-------C----CATCCA------G-TAT--GTCAAA-ATGATA----GATAGTTTAGTTGCTC
gi|8 : gtgtatcgtttatacgttgtcatattaaaactatattataacaattttatatgcgcgttattattttgataaatacaattgaaagtcgaaatgttttatcagccaCTGTATACCTAAAGGTTCAAGCCCAAATTA-AATAA-TTAAAAATGAATTGA-TTA----A-AAAA-------A---A---AAATA-T-AT----------A----T---A-----TA----TATACCC---T----T----TGT----T-TGTTTTCAAAGTGATTA-AT--A--A-TCGAT-------AAACA-TTCTATGGTT-AA-TTCA--GAA-----G-A--------TGT--CAG-----TCCT----A-TG-TT---TGAA-GA-TCTACAATTGTTCAA-TAA--------AC----TGGTTAA---ATTAACT-C----TG-TATCATTT-GCATATTA-TTTATTG--ACAAAA-C--AC---------T-ACTGTGCAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTATT-----C-GAAG----G----T-TAT-T-TCAAGCTAAAGTCTTGTTTCAA-AACGttagttaaattgtatggcaattaggtaatattacgtgacgtaat
gi|9 : aattATTA-ACTGA-TTAAAAA--AGT--A-ACA----A-AC--------TA---T---CAATT-TGAT-T---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCATTTGTA--AT-TCTTTTCAATGCAATCA-GT--T--T-TCGGT--------------TC---GACT-AT-TTTG--GAATACTGGTA--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-CCTGCAATTGTTCAGCCAATCCTTCACAC-T----GTAAA---ATTGA---C----TA-TGTCATAT-GCCTGTTA-TTCACCA--ACAATA-TA-GC------A--T-ACTGAATAT-----TTAATC--GAG-GAA-T-CTACT-----C-TAAAAATTA----TGTCG-G-TCCATATGTAA-------TCAA-TACATGT-T-
blockSeqs : C G C A ATGA TG C CCGT C GGAATGTATCAAATTGATTCAAACAGTAATTAAATACTATTTTGTT TCA G AAT A AAC A TCAATAA T AC TT T C GTA GACATGATGT TAT AGCGT AAGCA ATC AGA AA A C A AT AATA T C TC T A A T C CC T CCTACACACTA CAAAT TA T T T ACATGCACAAAATT CT C T C T G G G AATACTTGGCATGCCCAACCAGTGC T T TTTCAA
blockSeqs : C . A . AGA . . . . AATAACCCATAACACCGACTCAAAAAGTAATAATTACTTTTAGTTT T . ACC . TAA . A A T GT . . T AAAAAAAG T . AA . GA CG A T A CA A G C T . G . . C . . CACCATAA GTAC . . . . CCAAAAGCCGTA C . A . . A . . ACAGTCAGCATGCCG C . TA
blockSeqs : T . T . AC . . . . GGAGTATAAATGCCTGTTTGAACAGTTATTATTACTCTTTCACA T . AAC . T . . T T CT . . G TACTGGTA T . A . GC TA A T T CA A G G C . G . . C . . ACTGCCG . . . . . CTAAAAATTATG T . T . . A . . ACAGCCTGTAT C . AG
blockSeqs : . . C . GA . . . . TATCAATTTGATTTTGAACAGTTATTATTACTCTTTCATT T . ATC . A . . T A CA . . T GA A . A . GA CG C C A TT T G A C . A . . C . . AGCATA . . . . . CCAAAAGT T . T . . A . . CTGGCTGGTAC C . CA
blockSeqs : . C . TA . . . . GATCCATACAAATTCGAACTCAAATATTAATATCCGTT T . ACC . T . . A A TT . . G GA T . T . GA TG A C G CG A A C C . A . . C . . AAATA . . . . . CTAACATG T . A . . A . . CCATCCAGTAT T . GA
blockSeqs : . A . AA . . . . TAAATTTAACATGTTTAATTTTCGGTACTTCTCTTT T . AAG . A . . G G CT . . G GA C . A . AA TG G G A CT A T C T . T . . T . . CTTA . . . . . ATAAAAAA A . T . . G . . AAGCCTATA . . G
blockSeqs : . C . A . . . . AGGAATAAACGATACCGATTTGTACAGTCATT A . AGT . A . . T T GC . . T GC T . A . GA CA G T A CG C G A C . T . . A . . ATTT . . . . . TCAAAAT C . C . . A . .
blockSeqs : . A . T . . . . ATGTATTTATTATTCTTGTGTTTGT A . TGC . G . . T T CT . . G AA T . A . TG TG G T C TA A A T C . G . . T . . GCTT . . . . . CGAAGGT T . T . . G
blockSeqs : . C . . . . . . AAAAATATATATATATATACCCTT . . . . A . . C T CT . . G GA C . A . TA TA G T A CG G T C A . A . . T . . ACTT . . . . . CTTG T . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . TGAATGTATCATACAGATTTCA . . . . T . . C T C . . G GA T . A . GA TG A C C TG A T C C . G . . C . . ACTA . . . . . CTAG T . A .
blockSeqs : . . . C . . A GA T . A . GA T A C . A A A C C . T . . . . . ACTA . . . . . C G . T .
blockSeqs : . . . . . G GA . . . . . . . . . . . A . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqCons : GA** C***** ACTA************ ACAGCCGGTAC********************
originalCons : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-C--GC------N--T-ACTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATAA--A--C--GGCATGCC------G-TAC--GCCAAA-AGAATA----GATATGTCAGCTGCTC
finalCons : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCAGA--TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACTC-----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATCA--ACAACA-CACTA------------CTGTGTAT-----TTACTA--AAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TTGTTTCAA-TACGTGT-T-ATATACAGCCGGTAC--------------------GCCAAA-AGAATA----GATATGTCAGCTGCTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGTCAGTTACTCTTACTAAAGTCGTATGATTGTTACGTAATATAAAGTGACGCAATGTTCGCCGAA
Alignments
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111111111111 2222222222222222222222 1111 1111 111 2222222
lowQualScore : 3 3 2 3 6666 55 3 0 7777 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 3 666 3 99999 3 0 4444444 4 66 44 2 2 444 8888888888888888 444 77777 777777 555 0 3333 66 2 0 1 6 0 55 5555 1 1 666666 2 0 1 3 3 0 6666 44 6666 6 3 6 555 555 0 77777777777 11 3 3 3 0000000000000000000000 55 3 0 1 3 7777 44 3 4 3 5 5 2222 1 2222 6 444 0 1111111
lowQualScore : . . . . .... .. . . .... . ............................................................................ .... . ... . ..... . . ....... . .. .. . . ... ................ ... ..... ...... ... . .... .. . . . . . .. .... . . ...... . . . . . . .... .. .... . . . ... ... . ........... .. . . . ...................... .. . . . . .... .. . . . . . .... . .... . ... . .......
lowQualScore : 2 6 8 6 5555 00 6 5 7777 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 6 111 6 55555 6 5 2222222 8 77 99 9 9 000 9999999999999999 111 11111 000000 000 1 0000 22 5 8 2 1 1 22 9999 0 9 666666 9 9 0 1 1 1 8888 22 5555 2 1 2 444 444 2 99999999999 22 1 1 1 9999999999999999999999 55 3 5 0 3 1111 66 3 0 7 0 0 1111 3 1111 3 111 7 0000000
consensus : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATC---A--ACA----ACA-CA-C-T---AC---TGTGT-----AT----TTACTAAAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TT----GTT--T-CAA-TACATGT-T-AT----ACACA----GCCAGTAC--GCCAAAAGAATA----GA-TATGTCAGCTGCTC
Reference ( family-1122 ) : CTGTGCACCTAAGCTTTCAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CAATA-T-AT-T---TCGA-A----C---AGTAATTA----T-TACNCT--T----T----TGTT--GT-TGTTTTCAAANCAATCA-TT--A--T-TCAGT-------AAATA-TTCTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-TCCGCAATTGTTCGGCTAATTCTGCGCACATGTCGGTAAA---ATTNACT-C----TG-TGTCATNT-GCATGTTA-TTTATC---A--ACA----ACA-CA-C-T---AC---TGTGT-----AT----TTACTAAAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TGTCC-G-TCAATCTANAGT-TT----GTT--T-CAA-TACGTGT-T-AT----ATACA----GCCGGTAC--GCCAAAAGAATA----GA-TATGTCAGCTGCTC
gi|1 : CTATGCACTTAAGCTTTAAAGACCAAATTA-ACTTA-TTAAAAA--AGT--A-TTA----A-ACAA------TA---T---CGATA-T-AT-T---TTGA-A----C---AGTAATTA----T-TACACT--A----T----TGTT--GT-TGTTTTCTAGCTAATCA-TT--A--T-TTAAT-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTG--GAA-----G-A--------CAT--CTA-----CTCT----A-TGGTT---TCCA-GATTCCACAATTGTTCAGCTAATTCCGTGCACATGTTGGTAAA---ATTTACT-CACAGCA-TGTCATTT-GCATATTA-TTTGTC---A--ATA----ACA-TG-TGT---AC---TGGGT-----AT----TTACTGAAG-GAA-A-CTACT-----C-CAAA----A----TACCC-G-TAAATCTGAAGT-TT----GTT--T-AAA-TACATGT-TAATATAAATACACCCTGCCACTATGGGGCAACAGAATA----GA-TGTGTCAGTTGCTC
gi|10 : GCTTTCAAGACCAAAGTA-ACTTAATTAAAAAG-AGT--A-TTA----A-ACAGGGAATGTA---T---CAAAT-T-GA-T---TCAA-A----C---AGTAATTAAATAC-TATTTTG-T----T----TGTT--AT-TGTTTTCAG------TA-TT--T--T-TT--C-------AAATA-TTTTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-ACATGATGTCAT--CAA-----CTCT----A-TGATT---TCCA-GA-TTAACAATTGTTCAGCTAATTAAGCGAACATGTATGTAAA---ATTTACT-T----TGTTGTCAT
gi|11 : atgcagtTTCTATAGACATGTCATTAAA----TTGACT-C----TG-TGTTCTATAGCA-GCTA----------------------A-CC-T-T---AC---TGTGT-----AT----TTACTACAG-GAA-A-CTACT-----C-T------------TGTCC-G-TCAG--TATAGT-TT----GTT--T-CAA-TATGTGTGT-GA----CTA-A----GCCTATA---GTCAAGAGAATA----TA-TACATC
gi|12 : at-------AAAAA-TTGTATTATT-AA-TTTG--ATA-----G-A--------CATATCAG-----CCAT----A-TGTTT---TCCA-GC-TCT--AGTTGTTCAAAGAATTCTGTGCTCTTG--AGT-------TTGAGT-C----TA-TGGCATGG-GCATATTA-TTTGTC---A--CTA----GCG-CA-T-T---TC---TGTGTATCAAAT----TTACTAAAG-GAA-A-CTACT-----C-TA------------GTCCTGCCCAGTCAAATGT-CT----GTT--T-TAATTACATGcgtctctgttagtaaaatcgtatgatttttacatataatacgtgatataatgttcgcagaa
gi|13 : TAATT-AG-TTTT--GAT-----G-A--------CAT--CAA-----CCCT----T-TGTTT---TTTAAGA-TTCGCAATTGCTCAACTAATTTTGCACACATATCAGTAAA---ATTGAAT-C----TG-TGCCATGA-GCGTGTTGTTTTACC---A----A----ATGTTG-C-T---TC---TGTAT-----AC----TTCTTAAAG-AAA-A-A-ACT-----C-AAAA----A----
gi|14 : tttcatttcttttgaatacgactgaaagatacgacAATA-ATCTATA-TC-AA-ATT----AA-----G-A--------TAA--AAAAGCGTCCCT----A-TACTT---TCCA-GA-CCTACAATTGTTCCTCTAATTATGCACACGTGTTTGTAAA---TTGAACT-T----TG-TGTCAAAT-GTAATTTA-TTTATC---A--ACA----ACA-CA-C-T----T---TATGC-----AT----TTACTAA---GAA-ATCTACT-----C-CAAA----A----GTTCT-G-TCAATCTATAAC-CT----GTT--T-CAgttata
gi|15 : ctgtttCTAAGCTTTCAAGACCAACTTAGAATTA-TTAAAAA---GT--A-GCA----A-ATAA-------A---G---GAATA-A-A-------CGATA----C---CG--ATTT----G-TACAGTCAT----T----TGTT--AT-T--TTTTAAAATAACCT-TT--A--T-TCAGT-------AAGTA--TCAATAATT-AA-TTTG--AAA-----G-C--------TAT--TAA-----TGCTAAGCA-TGGTTATCTCCA-GA-TACGCAATTGTTAAGTTAA
gi|16 : tttgacgcggCACCTAAGCTTTCAAGACCAAGTTG-ATTTT-TTAAACA--CAT--A-TTA----A-ACAA------AA---TAACCCATAAC-AC-CGACTCAA-A----A---AGTAATAA----T-TACTTT--TAGTTT----TGT---GT-TGTTTTCAAACCAATCA-CT--T--T-TCAGT-------AAAAA-ATC-----TT-AA-TTTGTAAAA-----A-A--------CAC--AAA-----CTCT----A-TGTTT---CCCA-AA-TCTGTAATTGTTC
gi|2 : CTGTGC-CCCAAACCTTCAATACGATATGC-A-TTA-CTTAAAG--AAT--A-TAA----A-CCAA------TAAATT---TAACA-T-GT-T---T--A-ATTTTC---GGTACTT---------CTCT--T----T----CGTT--GTGTGTTTTCAAAACAATCA-AT--A--G-CCTGT-------AAGGA-GTTTATATTT-CA-TTTG--GAA-----G-A--------TAT--TAA-----GTCT----A-GGTTT---TC-------------------GGCT--TTCCGGACACATGTCGGTAAAAATATTT--T-C----TG-TGGCATAT-GTATGCCA-TGTGTC---ACCACA----GCACCA-C-CATAAC---TGTGA-----AT----TTACCAAAG-G---------T-----C-----------------CT-G-TCAGCCTATAGT-TT----GGT--C-CAA-TAGATGT-T-AT----ATACA----GTCAGCAT--GCCGAAATAGTGT---GAGTATGTCAGCTG
gi|3 : attAATCTTTCAAGACAAAATTA-ACTTA-ATA-------GT--A-C-----------------------------ATG-T-AT-T---T--------------ATTATTC----T-TGTGTT--TG---T----TGTTCAGT-TGTTTTCAGATCAATCAATT--AACTATCAAA-------AATTA-TTCTATAATT-AA-TTTT--GAA-----G-A--------CAT--CAG-----CCCT-------GTTT---TTCA--------------------TA--TCTGTGCACATGTCTGAAAA---ATTGTCT-C----TG-TGACTTTT-GCATGCTA-TT-ATC---A--ACA----ACA-CA-C-T---GCCGCTGTGT-----ATGTACTTACTACAG-ATT-A-CTACT-----C-TAAC----A----TGTTT-G-TCAATGTAATGT-TT----GTT--G-CAT-TACATGT-T-AT----ACACA----GCCTGTAT--GCCAAAAGAATA----CA-TATGTCAGCAACTCgtgtggcataatgtgcacagaatagg
gi|4 : ACTTTAGCATTCAAAACCAAATTA-TCATA-TTAAA-----TT--A-TTA----ACGCAG------GA---T---CCATA-C-AAAT---TCGA-A----CTCAAATA-TTA----A-TATCCG--T----T----TGTT--GT-TGTGCTCAAACCAATCA-TT--A--T-TTAGCA------AAATA-TTGCATAAAT-AA-TTTG--AAA-----A-AAAAAAG--CA----AA-----CCC--------GTTT---TTCA-GA-TCTGCAAATTTTCGGGTAATCCTGTGC--------GTAAA---AACAAAT-A----TT-TGGCGTTT-GTATTACA-TTTAGTAAAA--ACACCCTACA-CA-C-T---AC---TATGT-----TT----TTAATTAAG-TTA-A-ATAAT-----C-CAAA----AGCCGTATCA-G-TTTATATATAAT-TT----ATA--T-Cttagtaatatttttacgtgacataatttgcacaaaatag
gi|5 : gagaAGACTAAATTG-AATAA-TTAAGAT--ATT--A-CTA----A-ATAGGGAG--TA---T---AAATG-C-CTGT---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCACATGCT--AT-TGTTGCCAAAAGAATCA-TT--G--T-TTAGTTCAATAAAAACAACTCTGCTATT-AA-TATG--AAA-----G-A--------CAC--C-------TCGT----A-CATGT------A-TG-TCCACAATTGTTTGGCTTATTCTGTGCACCTTTCGGAAAT---CTTTATTTC----GG-TTTCATGA-GCTTATTA-TTTATA---A--ACA----ATT-TA-T-T---AC---TAT------------------AAAGTAAA-A-TTGTT-----T-CAAA----A----T--CC-------TCTACAGC-CT----GTT--T-GAA-TTCATGT-C-AT----ATCTG----GCTGGTAC--ACTAAAAGAATA----G----TGTTGGCTGCTCttcccattttccctgtcagtatgtcagttactc
gi|6 : CTGTG-ACCTGGGCTACCAAGACCAAATTC-ACTTC-TTAAAAT---GT--ACTTACCGTA-ACAA------TG--------AATG-T-AT------CAT-A----C---AG-----A----T-TTCA---------------GCA--GT-TATTTT----------A-TTTAA--T-TTAAT-------ATA-A-TT---TAATTTAACTTTG--GAA------------------------------CCT----AATGTTT---TCCA-TA-TCTGC------TTGGCTTGTTTTACTTGCATGTTAGTAGA---ATTTACT-------G-TGTCACAT-GCTTGTT--TTT-TT---A--ACA----GCA-CA-C-T---AC---TGTGT-----GT----TTCGGAAAA-GAA-A-ATACT-----A-TAAA----A----AATCT-G-TCAATCTATAGT-TTTATGGTTGATAAAA-TACTTGG-C-AT----GCCCA----ACCAGTGC--ACCAAAACAATATTTCAA-TATGTCAATAGCTCt
gi|7 : attACCTGTCGGTAAA---GT-AACT-C----TG-TGATATGT-GTATGTTA-TTCAT----A--ACA----ACC-AA-A-T---AC---TGT-------------TT------G-AAATA-CTATTACATGCACAAA----A----TTTCT-G-TCAAATTAAA-T-TT----GTT--T-CAA-TCCATGT-T-AT----ACCCA----TCCAGTAT--GTCAAAATGATA----GA-TAGTTTAGTTGCTC
gi|8 : gtgtatcgtttatacgttgtcatattaaaactatattataacaattttatatgcgcgttattattttgataaatacaattgaaagtcgaaatgttttatcagccaCTGTATACCTAAAGGTTCAAGCCCAAATTA-AATAA-TTAAAAATGAATTGA-TTA----A-AAAA------AA-------AAATA-T-AT--------------------ATA--TA----TATACCCT--T----T-----GTT-----TGTTTTCAAAGTGATTA-AT--A--A-TCGAT-------AAACA-TTCTATGGTT-AA-TTCA--GAA-----G-A--------TGT--CAG-----TCCT----A-TGTTT---GA-A-GA-TCTACAATTGTTCAA-TAA--------AC----TGGTTAA---ATTAACT-C----TG-TATCATTT-GCATATTA-TTTATT---G--ACA----AAA-CA-C-T---AC---TGTGC-----AT----TTACTAAAG-GAA-A-CTATT-----C-GAAG----G----T-TAT-T-TCAAGCTAAAGTCTT----GTT--T-CAA-AACGttagttaaattgtatggcaattaggtaatattacgtgacgtaat
gi|9 : aattATTA-ACTGA-TTAAAAA--AGT--A-ACA----A-AC--------TA---T---CAATT-TGAT-T---TTGA-A----C---AGTTATTA----T-TACTCT--T----TCATTTGTA--AT-TCTTTTCAATGCAATCA-GT--T--T-TCGGT--------------TC---GACT-AT-TTTG--GAATACTGGTA--------CAT--CAA-----CCCT----A-TGTTT---TCCA-GA-CCTGCAATTGTTCAGCCAATCCTTCACAC-T----GTAAA---ATTGA---C----TA-TGTCATAT-GCCTGTTA-TTCACC---A--ACA----ATA-TAGCAT---AC---TGAAT-----AT----TTAATCGAG-GAA-T-CTACT-----C-TAAAAATTA----TGTCG-G-TCCATATGTAA-------------T-CAA-TACATGT-T-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGTCAGTTACTCTTACTAAAGTCGTATGATTGTTACGTAATATAAAGTGACGCAATGTTCGCCGAA