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originalCons : AATTTACTGCTGCGTGGTGA-TATCAGCTATA--CGAACGTCCAAAACGAATATGTGTT-----T---CGAGCTGTTC-AAA-----------------------AATTTATTAATGACACCAATATATTTTCATAA--T-TAT---G--------TATA----GA-TTG-TGTATAAC------------G-----------T-TAT---------AGCACTTGGCGAAC--G-TGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTATAAC--CTTA-----CC--TTT-----------CT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-NGT------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCGTTCTTATTA-AA--A--TTATT-------GTT----TC-GTT------CT-A--TTCTTGTGTAAN-GCGTGAAAAGA--ACTGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACCATTTATGCCATGTTTTATTTCTGTATCAAT
finalCons : AATTTACTGCTGCGTGGTGA-TATCAGCTATA--CGAACGTCCAAAACGAATATGTGTT-----T---CGAGCTGTTC-AAA-----------------------AATTTATTAATGACACCAATATATTTTCATAA--T-TATATATAATGT---------------TG-TGTATAACTA----------------------T-TAT---------AGCACTTGGCGAAC--G-TGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTATAAC--CTTA-----CC--TTT-----------CT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-NGT------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCGTTCTTATTA-AA--A--TTATT-------GTT----TC-GTT------CT-A--TTCTTGTGTAAN-GCGTGAAAAGA--ACTGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACCATTTATGCCATGTTTTATTTCTGTATCAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): NNNNNNNNNNNNNNAAACATATTCACAGAACAACGAATTACTTTATTTACTACTACCAGGCAAATTCATCCACTTA
Alignments
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consensus : AATTTACTGCTGCGTGGTGA-TATCAGCTATA--CGAACGTCCAAAACGAATATGTGTT-----T---CGAGCTGTTC-AAA-----------------------AATTTATTAATGACACCAATATATTTTCATAA--TTGT---A-------T--A-TA--A--TG-T---TGTGTA---TAAC-----------T----------AT-TA-TAGCACTTGGCGAAC--G-TGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTATAAC--CTTA-----CC--TTT-----------CT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-NGT------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCGTTCTTATTA-AA--A--TTATT-------GTT----TC-GTT------CT-A--TTCTTGTGTAAN-GCGTGAAAAGA--ACTGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACCATTTATGCCATGTTTTATTTCTGTATCAAT
Reference ( family-1113 ) : AATTTACTGCTGCGTGGTGA-TATCAGCTATA--CGAACGTCCAAAACGAATATGTGTT-----T---CGAGCTGTTC-AAA-----------------------AATTTATTAATGACACCAATATATTTTCATAA--TTAT---A-------T--A-TA--A--TG-T---TGTGTA---TAAC-----------T----------AT-TA-TAGCACTTGGCGAAC--G-TGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTATAAC--CTTA-----CC--TTT-----------CT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-NGT------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCGTTCTTATTA-AA--A--TTATT-------GTT----TC-GTT------CT-A--TTCTTGTGTAAN-GCGTGAAAAGA--ACTGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACCATTTATGCCATGTTTTATTTCTGTATCAAT
gi|1 : AATTTACTGTTGCGTGACGA-TATCAGCTATT--CGAACGCGCAAAACGAATATGCATT-----T---CGAGCTGTAC-AAA-----------------------AAATTATTAATGACACCAATATATTTTCATAA--TTAT---G-------T--A-TA------G-A---TTTGCA---TAAC-----------T-------------TG-TAGCACTTGGCAAAC--G-TGTCTTGACTACGTGTAAAATCCTTTTTATAAC--CTCA-----CC--TTT-----------CT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-AAC------------------CT--TTTCCTTTTACCTATCCGTTCTTACTA-AA--A--GTATT-------GTT----TC-GTT------CT-A--TTCTTGTGTAAA-GCGTGAAAAGA--AATGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACCATGTATGCCATGTTTTATCTCTGTATCAAT
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gi|13 : ataaT---G-------T--A-TA--A--CG-TGAGTGTG-A---TAA------------------------T-TA-TAGCACTTGGCGACC--G-TGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTACAACTTCTTAGTTATCC--TTT-----------AT---TC-----TAT-CTC----CATT--T-CGT------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCTTTCTTATTA-AC--C--TTATtatatatgggaagatccgtaa
gi|14 : tatatgttTTTCTTTTACCTAACCGTTCTGATTAGAA--A--TTATT-------ATT----CC-GTT------CT-A--TTTACGTATAAA-GCGTGAAAAGA--AATGATTACAATGAAACTTTTATAATGTACTATTTATGCTATG-TTTATAGCTGTATCAAT
gi|15 : AATTTACTGCTGTGTGTTAAATATCAGCTATA--CGAACG-CTAAAACCAATATTTAT---------------TGTTC-AAA-----------------------Atactcatgggaacagctgtgac
gi|16 : acattttttatttctatgtaaccgattcacagtacaacggattactttatttaatactacctgccaattttacacacttagtgttTTC-----CT--TTT-----------CTTTCTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-TGT------------------CT--TTCCCTTTTATCAAAAAGTTCTTATCA-AA--A--TTATT-------TTTGC--TC-GTTTCTGAACT-A--GTCTTATGTTAT-GAATGAAAAGT--ACTGATTACATTGAAA-TTTTATAACGTGCC
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gi|18 : TT-----------CT--CTC-----TAT-CCC--T-CTCTCCT-TAT------------------CT--TTTCTTTCTATCTAACTGTTATTATTC-AC--ACTTTTTT-------GTT----T--GTT------TT-A--GTCTTGTGTATT-GAGTGGAAGGA--ACCGATTACAATGACACTTTTACAACGacatag
gi|19 : ttaAATGTATTGCTGCGTGATGA-TATCAGCTATA--CGAATGTCTAAAaa
gi|2 : atttttttccaatgtaacagattcgcagaataacgaattattacattcaatactaccaggcaatttgatccacttaatgttAATTTACTGCTTCGTGGTGA-AATCAGCTATAAACGAA-GACCAAAACGAATATGTGTT-----T---CAAGCTGTTC-AAA-----------------------AATTAATTAATGACACAAATAGATTTTCATAA--TTTT---A-------T--G-TA--A--T--T---TTTGTA---TAACA----------TGGTTGTGATAAT-TA-AAGCACTTGACGAAC--GTTGTCTTGACTACGTGTAGAATCATCTTTATAGC--TTTA-----GC--TTG-----------TT--CTC-----TAT-CTC--T-CCTT--T-AA-------------------CT--TTTCCTTTTACCTAACCGATCTTATTA-AA--A--CTATT-------GTT-------------------------TTGTGTAAA-GCGTGAAGAGA--ACTGATTACA
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gi|21 : tt-GTT------TT-A--TTCTTGTGTGATTGCGTGAAAGGA--ACTGATTGCATTGCAAC-TTTATAGT
gi|22 : ctatctcggtctcatgtttactcaatccagtcacattgtctacttatTTTACAGCTGCGTGATTA-TATCAGCTATA--CAACTACCCAAAACGAATATGTGTT-----T---CGAGCTGTTTAAAA-----------------------AATGAATTAATGCAACCAATATA
gi|23 : ttgatgttacTTTACTGCTGCGTGGTGA-TATCAGCTACA--AGAAC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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