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lowQualScore                  :                     .   .    ..  .............  . .       ....  ....    ......    ..    .                                      .  ......            .    .     ..           ..           . .....    ..     
lowQualScore                  :                     0   0    00  0000000000000  7 7       2222  5555    222222    22    4                                      1  999999            1    9     55           22           5 22222    11     
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Reference ( gi|3 )            : AGTCAATAAAGTTGACTGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAATAT-GTCAA-TTGATATA-----AGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTG-ATA-GATATATCTCAGATAT-CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAG
gi|7                          :                  GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTGTATAT-G--AACTTTATCTT-----CGTGTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGG-TGTATACGATGTA------AT-C-CTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCT
gi|1                          :                             agtacaggtaTAACCA--AATATTGAATTTTATTTA-TTGATATATAAATAGTT--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGCT-------ATTTACCT-AGGTATCCTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|6                          :                            catgtagatagaatttctAAATACAGAATAT-ATAAA-T-AATATA-----AGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTG-AT---ACATATCTCAGATAT-CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                   aacatTAT--TTAA-TGGATATC-----AGTG--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTG-ATA-G--ATATCTGAGATAT-CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--ttcgtttccttatttattgctg
gi|12                         :                                                           aagatatatattATT-----AGTG--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTG-AT---ATATATTTCAGATAT-TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|2                          :                                                                     taaggcagtgtaTA--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGC
gi|9                          :                                                      agataagtaattggcacatacagtctcaG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTG-ATA---TATATCTCAGATAT-CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAggaggactgtagtggtaattaaatgtaaatgtaaattaaaagtaatccttaggtcactggttcgaatccggttcgcgggaatttttttgcttatggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|8                          :                                                                                  G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTG-AT----TAAATCTCAGATAT-CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTTaggttgcttaattttgttattgtcaatactccta
gi|14                         :                                                                                  G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTG-GTA---TTTATCTCAGATAT-CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa
gi|16                         :                                                                                  G--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTG-ATA-CA---ATCTCAGATAT-CTGAAGGTCGACTGTTCG
gi|18                         :                                                                                  G--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|4                          :                                              taagtaatatatttatggaaatgaaattagctgtcag--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTG-AT---CTGTTTTTCAAAAAT-CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTA
gi|10                         :                                                                                   --CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT--AT------TATCCTAGAAAT-CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|13                         :                                                                                     cCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTG-ACA---TATATCTCAGACAT-CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|15                         :                                                                                            TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTcggtgattccttct
gi|19                         :                                                                                             tcacgtgaCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTG-AT---ATATATCTCACATAT-CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGCgtagtggttacataggaatcctttggttgctggttcgaatccggctcgcgagattgtttgtttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AATACGTAGTTAGTAGCTATTATCAAATTCCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGAAATCTCGGAATCCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCGCGGGATTGTTTGTTTTTACACACATTTCTCATGAAAGGTAAAACATATTAATTATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTATCGTAGTTGTATACCTCGGAATCCGTATGTCGTTGGTTCGACTCCGGCCTGCGGGATTGTTTCCTTT






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lowQualScore                  :                                0            77     444444       888   1 1  6 999999     555555   999999 33    2                                        888           1  7777    5     55           44           0 77777    55     
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Reference ( family-1111 )     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGAC-AAATATATCTAC--AAACAACCA--AATATTGAA-TATATTAA-T-----TGATAT-----NAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGATA-ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
gi|1                          :                                                   AACCA--AATATTGAATTTTATTTA-T-----TGATATATAAATAGT------T--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGCT-----ATTTACCT-AGGTATC---CTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|10                         :                                                                                      catgtagatagaatttctt--CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT-AT-----TATCCTAGAAAT----CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                          cATATT----TAT-TTAA-T-----GGATAT-----CAGT------G--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTGATA-G-ATATCTGAGATAT----CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|12                         :                                                                                aagatatAT-----TAGT------G--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ATATATTTCAGATAT----TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|13                         :                                                                                                taaggcagtgtaCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGACA--TATATCTCAGACAT----CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--
gi|14                         :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTGGTA-TT-TATCTCAGATAT----CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTcggtgattccttct
gi|15                         :                                                                                                                  TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTGTAGTGGTT-----ACATA----GGA-AT----CCTTTGGTTGCTGGTTCGAATCCGGCTCG
gi|16                         :                                                                                          tcacgtga------G--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ACA-ATCTCAGATAT----CTGAAGGTCGACTGTTCGcgagattgtttgtttt
gi|18                         :                                                                 AA-TATATTTA-TGGAAATGAAAT-----TAGCTGTCAGG--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|19                         :                                                                                                                      taagtCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTGAT--ATATATCTCACATAT----CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGC
gi|2                          :                                                                                                 T------A--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGC
gi|3                          : agataagtaattggcacatacagtctcaGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAA-TATGTCAA-T-----TGATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGATAGATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAggaggactgtagtggtaattaaatgtaaatgtaaattaaaagtaatccttaggtcactggttcgaatccggttcgcgggaatttttttgcttatggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|4                          :                                                                                        agtcaataaagttgact--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTGAT--CTGTTTTTCAAAAAT----CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTAg
gi|5                          :                                                                                                         --CCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGA-A-----ATCTCGGA-AT----CCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCG-CGGG---ATTGT-TTGT--TTTTAcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|6                          :                   aatacgtagttagtagctattatcaaattAACA--TA--AATACAGAA-TATATAAA-T------AATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTGAT--ACATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcacacatttctcatgaaaggtaaaacatattaattataaa
gi|7                          :                             GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTG---TATATGAACT-----TTATCT-----TCGT------GTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGG-TG-----TATAC----GATGTAATCCTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCTttcgtttccttatttattgctg
gi|8                          :                                                                                        agtacaggta------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT---TAAATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTT
gi|9                          :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGATA--TATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTATCGTAGTTGTATACCTCGGAATCCGTATGTCGTTGGTTCGACTCCGGCCTGCGGGATTGTTTCCTTT






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lowQualScore                  :                                5            55     1111111      888   7 0  7 888888     999999   666666 77    5                       7               666666 1 22    2   222222222  4444    5     66           22          66 22222    66     
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Reference ( family-1111 )     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATAT-----TAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--A-ATAT--ATCTCAGAT--------AT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
gi|1                          :                                                   AACCA--AATATTGAATTTTATTTA-T-----TGATATATAAATAGT------T--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGCT-------ATTT--ACCT-AGGT--------ATC---CTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|10                         :                                                                                      catgtagatagaatttctt--CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT-------AT-T--ATCCTAGAA--------AT----CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                     cTA--TATATT----TAT-TTAA-T-----GGATAT-----CAGT------G--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--A-G-AT--ATCTGAGAT--------AT----CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|12                         :                                                                                   aagaAT-----TAGT------G--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTGAT----ATAT--ATTTCAGAT--------AT----TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|13                         :                                                                                                taaggcagtgtaCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAC--A--TAT--ATCTCAGAC--------AT----CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--
gi|14                         :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTGGT----ATTT--ATCTCAGAT--------AT----CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTcggtgattccttct
gi|15                         :                                                                                                                  TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTGTAGTGGTT-------ACAT--A----GGA---------AT----CCTTTGGTTGCTGGTTCGAATCCGGCTCG
gi|16                         :                                                                                          tcacgtga------G--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT----ACA---ATCTCAGAT--------AT----CTGAAGGTCGACTGTTCGcgagattgtttgtttt
gi|18                         :                                                                 AA-TATATTTA-TGGAAATGAAAT-----TAGCTGTCAGG--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|19                         :                                                                                                                      taagtCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTGAT----ATAT--ATCTCACAT--------AT----CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGC
gi|2                          :                                                                                                 T------A--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGG-TAATTAA-ATGTAAATGT-AAATTAAAAGTAAT----CCTTAGGTCACTGGTTCGAATCCGGTTCGCGGGA---ATT-T-TTTT--GCTTA
gi|3                          : agataagtaattggcacatacagtctcaGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAA-TATGTCAA-T-----TGATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--AGATAT--ATCTCAGAT--------AT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAtggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|4                          :                                                                                        agtcaataaagttgact--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTGAT----CTGT--TTTTCAAAA--------AT----CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTAg
gi|5                          :                                                                                                         --CCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGA---A-------ATCTCGGA---------AT----CCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCG-CGGG---ATTGT-TTGT--TTTTAcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|6                          :                   aatacgtagttagtagctattatcaaattAACA--TA--AATACAGAA-TATATAAA-T------AATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTGAT----ACAT--ATCTCAGAT--------AT----CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcacacatttctcatgaaaggtaaaacatattaattataaa
gi|7                          :                             GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTG---TATATGAACT-----TTATCT-----TCGT------GTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGG-TG-------TAT--AC----GAT--------GTAATCCTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCTttcgtttccttatttattgctg
gi|8                          :                                                                                        agtacaggta------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT-----TAA--ATCTCAGAT--------AT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTT
gi|9                          :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--A--TAT--ATCTCAGAT--------AT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTATCGTAGTTGTATACCTCGGAATCCGTATGTCGTTGGTTCGACTCCGGCCTGCGGGATTGTTTCCTTT






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Reference ( family-1111 )     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATAT-----TAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
gi|1                          :                                                   AACCA--AATATTGAATTTTATTTA-T-----TGATATATAAATAGT------T--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGC---T--ATTTACCT-AGGTATC---CTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|10                         :                                                                                      catgtagatagaatttctt--CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT-AT-----TATCCTAGAAAT----CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                     cTA--TATATT----TAT-TTAA-T-----GGATAT-----CAGT------G--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--AGATATCTGAGATAT----CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|12                         :                                                                                   aagaAT-----TAGT------G--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ATATATTTCAGATAT----TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|13                         :                                                                                                taaggcagtgtaCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAC--ATATATCTCAGACAT----CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--
gi|14                         :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTGGT--ATTTATCTCAGATAT----CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTcggtgattccttct
gi|15                         :                                                                                                                  TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTGTAGTGGTT-AC--ATA------GGA-AT----CCTTTGGTTGCTGGTTCGAATCCGGCTCG
gi|16                         :                                                                                          tcacgtga------G--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ACA-ATCTCAGATAT----CTGAAGGTCGACTGTTCGcgagattgtttgtttt
gi|18                         :                                                                 AA-TATATTTA-TGGAAATGAAAT-----TAGCTGTCAGG--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|19                         :                                                                                                                      taagtCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTGAT--ATATATCTCACATAT----CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGC
gi|2                          :                                                                                                 T------A--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACT
gi|3                          : agataagtaattggcacatacagtctcaGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAA-TATGTCAA-T-----TGATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGATAGATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAgtagtggtaattaaatgtaaatgtaaattaaaagtaatccttaggtcactggttcgaatccggttcgcgggaatttttttgcttatggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|4                          :                                                                                        agtcaataaagttgact--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTGAT--CTGTTTTTCAAAAAT----CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTAg
gi|5                          :                                                                                                         --CCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGA---A---ATCTCGGA-AT----CCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCG-CGGG---ATTGT-TTGT--TTTTAcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|6                          :                   aatacgtagttagtagctattatcaaattAACA--TA--AATACAGAA-TATATAAA-T------AATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTGAT--ACATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcacacatttctcatgaaaggtaaaacatattaattataaa
gi|7                          :                             GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTG---TATATGAACT-----TTATCT-----TCGT------GTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGT---AG-TGGT--GTATAC----GATGTAATCCTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCTttcgtttccttatttattgctg
gi|8                          :                                                                                        agtacaggta------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT---TAAATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTT
gi|9                          :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTATCGTAGTTGTATACCTCGGAATCCGTATGTCGTTGGTTCGACTCCGGCCTGCGGGATTGTTTCCTTT






Alignments
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consensus                     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATAT-----TAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
Reference ( family-1111 )     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATAT-----TAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
gi|1                          :                                                   AACCA--AATATTGAATTTTATTTA-T-----TGATATATAAATAGT------T--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGC---T--ATTTACCT-AGGTATC---CTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|10                         :                                                                                      catgtagatagaatttctt--CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT-AT-----TATCCTAGAAAT----CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                     cTA--TATATT----TAT-TTAA-T-----GGATAT-----CAGT------G--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--AGATATCTGAGATAT----CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|12                         :                                                                                   aagaAT-----TAGT------G--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ATATATTTCAGATAT----TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|13                         :                                                                                                taaggcagtgtaCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAC--ATATATCTCAGACAT----CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--
gi|14                         :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTGGT--ATTTATCTCAGATAT----CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTcggtgattccttct
gi|15                         :                                                                                                                  TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTGTAGTGGTT-AC--ATA------GGA-AT----CCTTTGGTTGCTGGTTCGAATCCGGCTCG
gi|16                         :                                                                                          tcacgtga------G--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ACA-ATCTCAGATAT----CTGAAGGTCGACTGTTCGcgagattgtttgtttt
gi|18                         :                                                                 AA-TATATTTA-TGGAAATGAAAT-----TAGCTGTCAGG--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|19                         :                                                                                                                      taagtCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTGAT--ATATATCTCACATAT----CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGC
gi|2                          :                                                                                                 T------A--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACT
gi|3                          : agataagtaattggcacatacagtctcaGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAA-TATGTCAA-T-----TGATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGATAGATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAgtagtggtaattaaatgtaaatgtaaattaaaagtaatccttaggtcactggttcgaatccggttcgcgggaatttttttgcttatggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|4                          :                                                                                        agtcaataaagttgact--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTGAT--CTGTTTTTCAAAAAT----CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTAg
gi|5                          :                                                                                                         --CCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGA---A---ATCTCGGA-AT----CCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCG-CGGG---ATTGT-TTGT--TTTTAcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|6                          :                   aatacgtagttagtagctattatcaaattAACA--TA--AATACAGAA-TATATAAA-T------AATAT-----AAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTGAT--ACATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcacacatttctcatgaaaggtaaaacatattaattataaa
gi|7                          :                             GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTG---TATATGAACT-----TTATCT-----TCGT------GTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGT---AG-TGGT--GTATAC----GATGTAATCCTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCTttcgtttccttatttattgctg
gi|8                          :                                                                                        agtacaggta------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT---TAAATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTT
gi|9                          :                                                                                                  ------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa


blockSeqs                     :                                .            .      ACTAGAA      AA    A T  C GGAAAT     C        TGTCAG TT    T                                        AG            A  AATC    A     CT           GG             ATAT     GA
blockSeqs                     :                                                    TAA          AA    G T  . G          T        .      .     T                                        .             T  .       C     AG           GG             TTAC     . 
blockSeqs                     :                                                    AT           AA    A C  . T          T        .      .     T                                        .             T  .       G     TG           GG             AACA     . 
blockSeqs                     :                                                                 .     A A  . T          A        .      .     T                                        .             C  .       G     AT           GG             TTGT     . 
blockSeqs                     :                                                                 .     . G  . .          A        .      .     .                                        .             T  .       G     AG           .              TTCT     . 
blockSeqs                     :                                                                                         T        .      .     .                                        .             T  .       T     CT           .              TAC      . 
blockSeqs                     :                                                                                                  .      .     .                                        .             T  .       A     AC           .              AAC      . 
blockSeqs                     :                                                                                                  .      .     .                                        .             T  .       G     GG           .              TAA      . 
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blockSeqs                     :                                                                                                         .     .                                        .             .  .       .     GG           .                         
blockSeqs                     :                                                                                                               .                                        .             .  .       .     .                                      


blockSeqCons                  :                                                                 AA*                     N*****                                                                          ****
originalCons                  :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATAT-----TAGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
finalCons                     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-T-----TGATATN-----AGT------G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTATCGTAGTTGTATACCTCGGAATCCGTATGTCGTTGGTTCGACTCCGGCCTGCGGGATTGTTTCCTTT






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consensus                     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-TT-GATAT-----NAGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
Reference ( family-1111 )     :            NNNNNNNNNNNNNNNNNGACTAAACATATCCACTAAAACAACTA--AATATTGAA-TATATNAA-TT-GATAT-----NAGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCGGACTTTTACGGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGNNGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTA
gi|1                          :                                                   AACCA--AATATTGAATTTTATTTA-TT-GATATATAAATAGTT--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAATACGGAGGACTGTAGTGGC---T--ATTTACCT-AGGTATC---CTGA-GGTCGCTGATTCGAATCC--ATC-TTG
gi|10                         :                                                                            catgtagatagaatttctt--CCCGTGATAGCTCAGTTGTTAGAGCAGAGGACTGTAGTGGTT-AT-----TATCCTAGAAAT----CCTTAGGTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGCAGG----ATTAT-TTGT--TTTcaagattgtttgttttgtacacagagatgaaaatatacaagaaatcgctatttt
gi|11                         :                                                     cTA--TATATT----TAT-TTAA-TG-GATAT-----CAGTG--TCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGTGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--AGATATCTGAGATAT----CTGACGGTCGAGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCTCATT---TTTT--gtacacagagctgataccatacaagcaatcactatttt
gi|12                         :                                                                               aagaAT-----TAGTG--CCTG-GCTAGCTCAGTCGGTAGGGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ATATATTTCAGATAT----TTGAGGTTTGTGCGTTCGAGTCC--CATGTTGGGCGCA-TAC-ATTT--
gi|13                         :                                                                                      taaggcagtgtaCCG-GCTGGTTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAC--ATATATCTCAGACAT----CTGAGGGTCGATGGTTCGAGTCC--CTCGTTTGGCGCAATAT-TTTT--
gi|14                         :                                                                                              G--CCCG-GCTAGCTCATTCGGTAAAGCATCAGACTTTTACGGCTGGT--ATTTATCTCAGATAT----CTGGGGATCGAGGGTTTGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA-AAC-TTTcggtgattccttct
gi|15                         :                                                                                                        TAGCTCAGTTGGTAGAGCGTAGGACTGTAGTGGTT-AC--ATA------GGA-AT----CCTTTGGTTGCTGGTTCGAATCCGGCTCG
gi|16                         :                                                                                      tcacgtgaG--CCCG-GCTAGCTATGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT--ACA-ATCTCAGATAT----CTGAAGGTCGACTGTTCGcgagattgtttgtttt
gi|18                         :                                                            TATGGAA--ATG-AAA-TTAGCTGT-----CAG-G--TCTG-GCTAGCTCAGTTGTTAATGCATCAGACTTTTg
gi|19                         :                                                                                                    taagtaatatattCGGTAGAGTATCAGATCTTTACGGCTGAT--ATATATCTCACATAT----CTGA---------GTTCGATTCC--CACGTTGGTCGC
gi|2                          :                                                                                             TA--CCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACT
gi|3                          : agataagtaattggcacatacagtctcaGACTAAACATATTCACTAAGATAACTAGAAACACTGAA-TATGTCAA-TT-GATAT-----AAGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGATAGATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCATTAC-TTTT--TCTTAgtagtggtaattaaatgtaaatgtaaattaaaagtaatccttaggtcactggttcgaatccggttcgcgggaatttttttgcttatggtaaacggagtttagactgatgtacaaaatccctgtctt
gi|4                          :                                                                              agtcaataaagttgact--CCCA-GCTAGCTCAGTCAGTAAACCATCAGACTTTTACGGCTGAT--CTGTTTTTCAAAAAT----CTGAGGGTCGAATGTCCAAGTCC--CTCATTGGGCGCA-AACATTTT--TATTAg
gi|5                          :                                                                                               --CCCGTGTTAGCTCAGTTGAAAGAGCGGAGGACAGTAGTGGTTGA---A---ATCTCGGA-AT----CCTTAGGTCTCTGGTTCGAATCCGGCTCG-CGGG---ATTGT-TTGT--TTTTAcctaatactttacttaaactaaatgtatatatgactgcttctaatatttccttatacatgtagaa
gi|6                          :                   aatacgtagttagtagctattatcaaattAACA--TA--AATACAGAA-TATATAAA-T--AATAT-----AAGTG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGACTGAT--ACATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGTGTTCGAGTCC--CTCATTGGGCG---TAA-TTTTGATCTTcacacatttctcatgaaaggtaaaacatattaattataaa
gi|7                          :                             GAC-AAATATATCTAC--AAACAAT-----ACATTG---TATATGAACTT-TATCT-----TCGTGTTCCCGTGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGT---AG-TGGT--GTATAC----GATGTAATCCTTA-GGTCGCTGGTTCAAATCCGGCTCGCGGGAC---TTCT-TTTT--TCTttcgtttccttatttattgctg
gi|8                          :                                                                                    agtacaggtaG--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACGGCTGAT---TAAATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CCCGTTGGGCGTAT--C-TTTT--TTTT
gi|9                          :                                                                                              G--CCCG-GCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTACAGCTGAT--ATATATCTCAGATAT----CTGAGGGTCGGGGGTTCGAGTCC--CTCGTTGGGCGCA--AT-TTTT--CCCTAtttaatttcttttttcttgtgtttttaatactttcttacaacaatgaagaa
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