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Reference ( gi|1 ) : ACGAA--CATCAAACATTATTTCGATTCATTTATCACAGTGGATATA--------CCAATAGTGCGATTTATGTTTT-CGACCGAGGCGGT---AATCGCTCTCGGGTT--TTCGATCGAGTAATATA--GAATTCGACCGAGA-GCTAC-TG-TCTTCGACAGACGTATTTTACCAGGCGTGTC-ACCTGTTTGTATGTATAAAGATGATGTGTCA--TG-CTTTTTGGAAGTAAATATGCATATTTGCAAATAGTACATAGTTATATAAAAATG-------TT-CTTCAAA--T-TA--AAGGATAGGT---T--T-----GCA----TACAGATAGGTAAAATAACAAAATATTAGTTTTACATGTAAATAACCATG---AAATGACAT--TAAA-CATATTTTATTGCTATTTTGT--G--GTGTATAGGATGTATAATAAGTTAACT-TTG-----TTTGTTTCCGCTAACACT--AACGCATGTCATTGA-T--AT-TAAAAC-GTTTGCGTTATACCTTAAAATTTATAGTTACA-A---TTTAGTGATACG-GTTTTCTTCACAAGTTGATAAGGTTTTCGTTC--GTTTG--TCATTTGTCC--TTGATACGGTTTTC-GG-GACAAAC-GATCAATCTAGTTTTTTGTTT---TT--A-AATGAT-GTTTAACGATAAGAAATCAATTTTGATTCAGATGAGTA-T-G-TTAA-----ACA--TG-T-AAAATTATA--TATATCTAATGATTTTAAGCTTAATTACAGGTAAATTACACTTAAATTTGATAT-AAGTGACAAA-GGGGACTGTTTACAAT-----GCCGTGTGGTTATACTATGTGTGTACTTC--AGTTTTAAAAGCGAAACACAA-AATGAAATATTGAAATATG---CATG-------C--A-A--ACA---T---ACAA--AACATACCGTTCAATACAGAAAGCTCAATATGAGTGCTGAAATTGGAAATTTTGGTTTTACGAAATTGACATTTTCATAATTTATACCACTT-TGATTTAAACAAAAGATAAAAAGTA-ATT-AAACAATGCACAGT--G--AAT----TTACGCCACACTGAAAGAA---ACGAATAAAAACAGCTACTCCTGATAAAGGAAATGACTATATCTATATGATCCAGC----GA--ATATACGTAC--CAGTGAAA-----------AA-------------C----ATTAT-CTA-TA--TT-----TGCTTCACG-TT---A-T-ATCTCAGAT-------AAGTCTAAAATAGACCATTCTTTTGGTACAGTTCT-GATCCATCAAGACATGTAGTATC------AGATGCAATTTGAAAATTCATTTTATG-ATTAAGATGGATGAATTATAGGGAATTCAC-AC----T-T-ATTT-T----TT-TT---CACAATTCTACAGTTTAAACATGAAATGATATTTTCTTGTTTTCAATCATAAATCTATG-GAAATA--A-AT--ATGTCCAAGGTCTACAACGTCAAGCCCGTCAGTACAGATATAACAT
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gi|22 : cacagtggataaaccgaaattgcgatttatgttttcgaccgagacagtactcgctttctgggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacggtacatgttcnnnnnnnnnnacatgttctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacagtactcgctTT-CGGCCGAGACGGT---ACTTGTACTCAGGTT--TTTGACCTAGT--TATA--G---------GAGA-TATAC-TG-CCTTCGACAGAAACATTTTATAAGGGGTGTC-ATCTCTTTAAATGTACAAGGgggggggggggggggggggggggggggggggttcaggtgaatatacatattaccaaatagtatatagttttataaacttgttaaaattatacatgttattgggtcaagtcaaacagtttgctttgtgccctaaaattaataatcaaaatttggtgacacagttttcgtcgcatgttgatacggttttcgttctaattcatctgattggtagggttttcggcgaaaaattatcaatcaagtttttgtttttgttaaattaaacaataggaaatc
gi|19 : T--TTCGGACAAGTTATATACGGTATTCGACAGAGA-GGTAC-TG-TCTTCGACAGACGTATTTTATCAGTGGTGTT-ACCTGTTTTGATGTATAAAGGCGACTTGTCA--TA-TTTTTTAG
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gi|12 : tt--TA-CTTTTTTCAGATAAATATACATATTACCAAATAGTAAGTAGTTTTATAAACATG-------TT-GTTTAAAAGTATACGAAAAATAA-----T--T-----GTA----TACGGATAGGTGAATTGACAATATTTCAGTTTTACATGTGAATTACCAGG---AACAAACAT--TAAA-CACATTCTATTGATATTATAT--G--GTGTATGTGGCGTATAAGAAATGGACT-ATG-----TTTATTTCCGCTTACGCT--AATACATGTTATTGA-T--TT-AAAAAT-GTTTTCTTTGTGGCCTAAAACAAATAATCAAA-A---TTAAGTAATACG-GTTTTCGTCGTATGTTGATACATTTTTCGTTCTAAT-----TCATCTGCGC--TTGGTACGGTTTAG-GA-GA-AAAT-TGTCAAT-TAAGTTTTTGTTT---TTAAA-AATAATAG---GACAATAGGAAATCAGTTTTGTTTCCGATGATTACT-G-TT
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Reference ( family-1090 ) : ACGAAATTATTAACCTTTATATC-------TTATCACAGTGGATATA--------CCAATA-TCGCGATTTATGTTTT-CGACCGAGACGGT---AC----TC--------------GCTCTCAGGTT--TTCGACCGAGTTATA--CGGTATTCGACCGAGA-GGTAC-T---------G-TCTTCGAC--AGA-CGTATT--TTATCAGGGGTGTCACCTGTTTTGATGTATAAAGGTGATTTGTCATAT-TTTTTTNAAGTAAATATGCATATTAGCAAATAGTACATNGTTCTATAAAAATGTTGTT-AAAATTATACGATAGGTA-ATT-----GCAT-ACAGATAGGTAAAATA--ACAATATTT-CAGTTTTACA-------TGT--GAATTACCATGAAAAGGCATTAAA-CATATTTTATTGCTATTATGTG--GTGTATATGACGTATAAGAAATGGACT-TTGTT-----TGTTTCCGCTNACGCTAACACATGTTATTGATT----TCAAAACGTTTGCNTTATGCCCTAAAATTAATAGTTAA-AATTTAGTGATACG-GTTTTCTTCGCATGTTGATACG-GTTTTCGTTC---TAACTCATCTGTGCTTGATACGGTTTTC-GG-GAAAAATGAT--CAATCTAG-TTTTTGT-TT---TT--AAATGGTATTTAACGATAGGAAATC------AGTT-TTGTTT--CCGATGAT---TACTGTTN-----A----TACATGTTGAAATTACATATATCTAATGATTTTAAGCTAAATTACAGGTAAATTACAGGTAAATTTGATA-AAAGTGACAAA-GGGGACTGTTAACA-----ATGCCGTTCGGTTATA-TATGTGTG--CACTGCAGTTTTAAATGCGAAACACATAATGAAATATTGAAGTATG---CATG-------C--A--A--ACA---T---ACA--GAACATACCCTTCAATACAGAAAGCTAAATTTGAGTGCTGAAACGGGAAAGTTTGGTTATACGAAATTGACATTTTCATAATTAATACCACTT-TGATTTAAACAAAAGATG--AA--A--T-A--T--T-AAA-CAATGTACAGTGAAANTACGNCACACTCAAAGAAACGAATAAGAACAGCTACTCCTGATAAAGGAAATGACGATGTCGATATGATCCAGCG----A--ATATACGTTCCGGTGACAAACTCCGCTCTCT-TCATTATCT-AAAATTNCTTCACGCT---AAATCTCAGATAAGTCTNAAATGGACCATTCTTCGGATATAGTTCT-GA--TCCATCAAGAAATGTAGTATC------AGATGCAATTTGAAAATTCATTTTATGT--TTTGGATGGATGAATTATAGAGAATTCAC-AC----T-T-ATTT-T----TT-TT---CATAATTTTACAGTTAAAACATGAAATGGTATTTTCTTGTTTTCAATCATAAATTTATGAAAAAA--A-AT--A--TGCCCAAGGGCTACAACGTCGAGCCCGCCAGTACAGAT-ATGAGAT
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gi|4 : TAGATGTATCTAATAAATTTAAGCTAATTTACCGGTAAATTACAGTTAAATTTGATA-AAAGTGACAAA-GGGGACTGtgtttatagatgtatctaataaatttaagctaatttaccggtaaattacagttaaatttgataaaagtgacaaaggggactgcaaaacacataatgaagcattgaagtatgcatgccaacaaagcacaaggaatatacccttcaatacagaaagctaactttgagtgcagaaacgagaaagtttggttatatgaaactgacattttcataattaataccactttatttaaacaaaagatgtcagatatttaaacaatgtacagtgcagctacgccacactcaaagaaatgaataagaacagctacttctgatgaaggaaatgtcgatatcgataagatccagcgattatatacgttccgttgacaaactcagctctctatcattacctaaaacttcttcacgctagatctcagataagtctaaaatggaccgttcttcggatatagttctgatccattaagaattgtagtatcagatgcaatttgaaaattcatttcatgttttggatcgatgaattattgagaatttacacttaattctttattcataattttataattgaatcttgaaatggtattttcttattttcattcatcaatatataaaataatagattccaagggctacaacgtcgagtccatcagtataaataatgaga
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gi|40 : agttatacggtattcgaccgagagatactgtcttcgacagacgtatttcatcaagggtgtcatctgttttgatgtataaggttgatttgtcatatatttttaaagtaaatatgcatattagcaaaaagtacacagttctataaaattgttgttaaaatcatacgatatataattgcctacagataggtaaaataacaatatttcagttttacatgtgaattaccatgaaaagacattaaacatgttttattgctattatgtgatgtatatgatgtattagaattgaaatttctttgtttccgctaacacttacacgtgtaattgatttcaaaaacttgcgttatacctttaaattactagttgaatttagtgatatgtttttttcacgtgctgatacggttttggttctaactcatctgtactttgtttatagatgtatctaataaatttaagctaatttaccggtaaattacagttaaatttgataaaagtgacaaaggggac--A--TGCCCAATGGCTACAATGTTGAGCCTGCCAGTACAAA
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Reference ( family-1090 ) : ACGAAATCATCAANCNTTATNTCGATTCATTTATCACAGTGGATATA--------CCAATA-TCGCGATTTATGTTTT-CGACCGAGACGGT---AC----TC--------------GCTCTCAGGTT--TTCGACCGAGTTATA--CGGTATTCGACCGAGA-GGTAC-T---------G-TCTTCGAC--AGA-CGTATT--TTATCAGGGGTGTCACCTGTTTTGATGTATAAAGGTGATTTGTCATAT-TTTTTTNAAGTAAATATGCATATTAGCAAATAGTACATAGTTCTATAAAAATGTTGTT-AAAATTATACGATAGGTA-ATT-----GCAT-ACAGATAGGTAAAATA--ACAATATTT-CAGTTTTACA-------TGT--GAATTACCATGAAAAGGCATTAAA-CATATTTTATTGCTATTATGTG--GTGTATATGACGTATAAGAAGTGGACT-TTGTT-----TGTTTCCGCTAACACTAACACATGTTATTGATT----TCAAAAAGTTTGCNTTATGCCCTAAAATTAATAGTTAA-AATTTAGTGATACG-GTTTTCTTCGCATGTTGATACG-GTTTTCGTTC---TAACTCATCTGTGCTTGATACGGTTTTC-GG-GAAAAATGAT--CAATCTAG-TTTTTGT-TT---TT--AAATGGTATTTAACGATAGGAAATC------AGTT-TTGTTT--CCGATGGT---TACTGTTN-----A----TACATGTTGAAATTACATATATCTAATGATTTTAAGCTAAATTACAGGTAAATTACAGGTAAATTTGATA-AAAGTGACAAA-GGGGACTGTTAACA-----ATGCCGTTCGGTTATA-TATGTGTG--CACTGCAGTTTTAAATGCGAAACACATAATGAAATATTGAAGTATG---CATG-------C--A--A--ACA---T---ACA--GAACATACCNTTCAATACAGAAAGCTNAATTTGAGTGCTGAAACGGGAAAGTTTGGTTATACGAAATTGACATTTTCATAATTAATACCACTT-TGATTTAAACAAAAGATG--AAA--T-A--T--T--AAA-CAATGTACAGTGAAAATACGNCACACTCAAAGAAACGAATAAGAACAGCTACTCCTGATAAAGGAAATGACGATGTCGATATGATCCAGCG----A--ATATACGTTCCGGTGACAAACTCCGCTCTCTGTCATTATCTAAAATTTCTTCACGCT---AAATCTCAGATAAGTCTAAAATGGACCATTCTTCGGATATAGTTCT-GA--TCCATCAAGAAATGTAGTATC------AGATGCAATTTGAAAATTCATTTTATGT--TTTGGATGGATGAATTATAGAGAATTCAC-AC----T-T-ATTT-T----TT-TT---CATAATTTTACAGTTAAAACATGAAATGGTATTTTCTTGTTTTCAATCATAAATTTATGAAAAAAA----A--GATGCCCAAGGGCTACAACGTCGAGCCCGCCAGTACAGAT-ATGAGAT
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gi|6 : GGTAAATTTTATA-AAAGTGACAAAAGGGGACTATTAACA-----ATACCGTTCAGTTATA-TATGTGTGTGCACCGAAGTTATAAATGCGAAATACATAATGAAATATGGGAGTATGAAACAT------------------CA---T---ACA--GAATATACCATCAAATACAAAAAGCTAAATTTGAGTGTTGAAACGGGAAAGTTTGGTTATATGAAATTGACATTTTTATTATTAATACCACTT--GATTTAAAAAAAAGATA--AAA--T-A--TATT--AAAACAATGTACAGTGAAAATACGCCACACTCAAAGAAATGAATAAGAATAGATTCTCCTGATAAAAGAAATAACGATGTCGATATGATCCAGCGCCAGA--ATTCAAGTTCCGATGACAAAGTCCGCTCTCTGTCACTATCTAAAATTTCTTCAAGAT---GAATCTCAGACAGGTCTAAAATTGATCATTTTTCGGATAAAGTTGT-GA--TCTTTCAAGAAAAGTAGTATC------AAATGCAATTTGAAAATTCATTTTATGT--TTTGGATGGATGAATTATAGAAAATTCAT-ATTGAAT-C-ATTT-T----TT-TT---T-TAA-TTTAGAGTTAAAACATATAATGTTTTTTCCTTATTTTCAAGCATAAATTTATG-TTAAAC----A--GATGTCCACGTGCTACAACACCGAGCCCGTCAGGATATAT-ATGActa
gi|7 : tatatctaatggtgttaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGTATTTAATGACAGGAAATC------AGTT-TTGTTT--CCGATTAT---TATTGTTT-----A----TACATGTTGAAATTGCATATATTTAATGATTTTAAGC--------A---AAATTACAGGTAAATTTGATA-AAAGGGACAAA-GGGGACTGTTAACA-----ATTATGTTCGGTTATT-TATGTGTG--CACTGCAGTTTTAAATACAAAACACATTATGAAATATTGAAGTAAA---CATG-------C--C--A--ACA---TTAAACA--GAGCATACCT---AATACAGAAAGCTAGATTT-AGTGCTGAAACAGGAAAGTTTGGTTATTCGAAATTGACATTTTCATAATAAATACCAC-T-TGATTTAAACAAAAGATG--AAA--T-A--TA-TTGAAA-CAATGTACAGTGAAAA
gi|7 : GATAAAGGAAATGACGATATCAATATGATCCAGAG----A--ATATACGTTC-----------TCCACTCTCT--CATTATCGAAAATTTCTTCACGCTGCTAAATCTCAGATTAGTCTAAAATGAGCCATTCTTCAGATAT-----T-GAAATC-ATCAAGAAATATAGTATC------AGATGCAATTTGAAAATTCA--TTATGTAATTTGGATGGATGAACAATAGAGAATTCAC-AC----A-T-ATTC-T----GT-TT---CATACTT------TTAAAACATGAAATGTCTTTTCCTTGTTTTCAATCATAAAGTTATGAAAACAAT---A--GATGTCTAACGGCTACAACGTCGAACCCGCCAGTATAGAT-ATGAgataaaggaaatgacgatatcaatatgatccagagaatatacgttctccactctctcattatcgaaaatttcttcacgctgctaaatctcagattagtctaaaatgagccattcttcagatattgaaatcatcaagaaatatagtatcagatgcaatttgaaaattcattatgtaatttggatggatgaacaatagagaattcacacatattctgtttcatacttttaaaacatgaaatgtcttttccttgttttcaatcataaagttatgaaaacaatagatgtctaacggctacaacgtcgaacccgccagtatagatatga
gi|8 : tggtatttaatgacaggaaatcagttttgtttccgattattattgtttatacatgttgaaattgcatatatttaatgattttaagcaaaattacaggtaaatttgataaaagggacaaaggggactgttaacaattatgttcggttatttatgtgtgcactgcagttttaaatacaaaacacattatgaaatattgaagtaaacatgccaacattaaacagagcatacctaatacagaaagctagatttagtgctgaaacaggaaagtttggttattcgaaattgacattttcataataaataccacttgatttaaacaaaagatgaaatatattgaaacaatgtacagtgaaaaCACAGTGGATAAA--------CCGAAA-TTGCGATTTATGTTTT-CGACCGAGACAGT---AC----TC--------------GCTTTCTGGGT--TTCGACCGAGTAATA--CGGTATTCGACCGAGACGGTACAT---------GTTCNNNNNN--NNN-NACATG--TTCTCAGGG
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gi|8 : cacagtggataaaccgaaattgcgatttatgttttcgaccgagacagtactcgctttctgggtttcgaccgagtaatacgCAGTACTCGCT-TTCAGGGTTT-CGACCGAGACCGT---AC----TC--------------GCTCTCAGGGT--TTCGACCGAGTAATA--CGGTATTCGTTCGAGG-GGAACTT---------G-TTTTCGAC--AAA-CTAATT--TTATCAGGGGCGTCATCTGTTTTGAAGTACAGATGTGATATTTCATtttcgaccgagtaatacggtattcgttcgaggggaacttgttttcgacaaactaattttatcaggggcgtcatctgttttgaagtacagatgtgatatttcatggggggggggggggggggggggggggggggggttcaggtgaatatacatattaccaaatagtatatagttttataaacttgttaaaattatacatgttattgggtcaagtcaaacagtttgctttgtgccctaaaattaataatcaaaatttggtgacacagttttcgtcgcatgttgatacggttttcgttctaattcatctgattggtagggttttcggcgaaaaattatcaatcaagtttttgtttttgttaaattaaacaataggaaatc
gi|8 : cacagtggataaaccgaaattgcgatttatgttttcgaccgagacagtactcgctttctgggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacggtacatgttcnnnnnnnnnnacatgttctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagaTTCAGGTGAATATACATATTACCAAATAGTATATAGTTTTATAAA---CTTGTT-AAAATTATAC-AT--GTT-ATT-----Gggggggggggggggggggggggggggggggggttcaggtgaatatacatattaccaaatagtatatagttttataaacttgttaaaattatacatgttattgggtcaagtcaaacagtttgctttgtgccctaaaattaataatcaaaatttggtgacacagttttcgtcgcatgttgatacggttttcgttctaattcatctgattggtagggttttcggcgaaaaattatcaatcaagtttttgtttttgttaaattaaacaataggaaatc
gi|8 : cacagtggataaaccgaaattgcgatttatgttttcgaccgagacagtactcgctttctgggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacggtacatgttcnnnnnnnnnnacatgttctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacagtactcgctttcagggtttcgaccgagaccgtactcgctctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgttcgaggggaacttgttttcgacaaactaattttatcaggggcgtcatctgttttgaagtacagatgtgatatttcatggggggggggggggggggggggggggggggggGTTAAAATTA-TACATGTTATTGGGTCAAGTCAAACAGTTTGCTTTGTGCCCTAAAATTAATAATCAA-AATTTGGTGACACA-GTTTTCGTCGCATGTTGATACG-GTTTTCGTTC---TAATTCATC--TGATTGGTAGGGTTTTC-GGCGAAAAATTAT--CAATCAAG-TTTTTGT-TTTTGTT--AAAT--TA---AACAATAGGAAATC------ggtcaagtcaaacagtttgctttgtgccctaaaattaataatcaaaatttggtgacacagttttcgtcgcatgttgatacggttttcgttctaattcatctgattggtagggttttcggcgaaaaattatcaatcaagtttttgtttttgttaaattaaacaataggaaatc
gi|9 : cacagtggataaaccgaaattgcgatttatgttttcgaccgagacagtactcgctttctgggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacggtacatgttcnnnnnnnnnnacatgttctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgaccgagacagtactcgctttcagggtttcgaccgagaccgtactcgctctcagggtttcgaccgagtaatacggtattcgttcgaggggaacttgttttcgacaaactaattttatcaggggcgtcatctgttttgaagtacagatgtgatatttcatggggggggggggggggggggggggggggggggttcaggtgaatatacatattaccaaatagtatatagttttataaacttAAAGGCGACTTGTCATAT-TTTTT
gi|9 : TGCAGTTTTAAATGCCAAACACATAATGAAATATTGAAGAATG---CATG-------CTAAC-A--ACA---T---ACA--GAACATACTGTTCGATACAGAAATCTAAATTT-AGTGTTGAAACGGAAAAGTTTGGATATACGAAATTTACATTTTTATAATAAATACCACTTCTG--TTAAACAAAAGATG--AAAC-T-T--T--T--AAA-AAA--AAC----AAGATACAGCACGCTCAAAGAAACGAATAACAACAGCTAATCCTGATAAA-AAAATGACGATGTTGATATGATCCAGGG----A--ATATAAGT-----TGACAAACTTCGCTCTCTGTTAATATACAAAAT---------------------------GTCTAAAACTTACCATTCTTCGGACATAGTTGT-GA--TCCATCAAGAAAAGAAGTATC------AGATGCAATTTGAAAATTCATTTTATGT--TTTGGATGGTTGAATTACAAAGAATTCAC-AC----T-G-ATTTAT----TT-TT---CATAATTTTACAGTTAAAGCATGAAATGGAACTTCCTTATTTTCAATCATAAATTGATGAAAAAAAT---A--GATGGCCAAGGTCTATAACGTCGAGCCCGCCAGTAAAGAT-ATGAGagtttggatgcagttttaaatgccaaacacataatgaaatattgaagaatgcatgctaacaacatacagaacatactgttcgatacagaaatctaaatttagtgttgaaacggaaaagtttggatatacgaaatttacatttttataataaataccacttctgttaaacaaaagatgaaacttttaaaaaaaacaagatacagcacgctcaaagaaacgaataacaacagctaatcctgataaaaaaatgacgatgttgatatgatccagggaatataagttgacaaacttcgctctctgttaatatacaaaatgtctaaaacttaccattcttcggacatagttgtgatccatcaagaaaagaagtatcagatgcaatttgaaaattcattttatgttttggatggttgaattacaaagaattcacactgatttatttttcataattttacagttaaagcatgaaatggaacttccttattttcaatcataaattgatgaaaaaaatagatggccaaggtctataacgtcgagcccgccagtaaagatatgag
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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