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gi|18 : tt-T-T---AT-T---CTA------T------T-----CATGTCAT-------------TATTTGCA-C-GTTTTA----TC-TA-TTT--TTA----T------TTTAA----A---AGAatgagtcttggcttattctattcatgtcattatttgcacgttttatctatttttattttaaaagacaaagactgattt
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gi|23 : tatc-T-T-CTA------G------T--TGTGACGCCAT-------------TATTTGAG-T--TTTTA------------T--TTA----T------TTGGA----ATACAAAA-GCAACAACccattatttgagtttttatttatttggaatacaaaagcaacaactgattc
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gi|37 : aTAGAGAATACCA-TAA--TA----------GCGCCT----GAT---GGTCT-----A--AAT---TTA-----T-CAGTTGAGGCAC------A-GA-AAA-Attgcagataaaacatatt
gi|38 : agacaTAGAGGATACCA-TGT--TT----------GTGTCA----AAA---AGTC---------ACT---TTA-----T-CAGGTGAGGAAG------A-GA-AAA-AA--
gi|39 : aTCGCG-T-GTTTTAC---TT--A-TTT--TTA----T------T--AA----A---AAAA-GAAACCACta
gi|4 : GAAAACCA-TGT--TA----------ATGCCT----AAT---AGCATA----A--CGT---TTA-----T-TAGGTGGCGAAG------A-GA-GAA-AAT-A-C-T-T-A----GC----A----------C-----------G---A-----AC-----T--TT----GT--TT--TGAGTGCTTTTATTC---GAGCCG-A--ACC-----TGATATATTTT--AG-T----------CT--A-AT----A-GG-CA--CT----GAC-T-----------------------------------------T------T--TATCATGTAAT-------------AATTC----T-TTTTTGT---TT-TGTTTT--TTA----T------TT--A----A---AAAA-GCAACAGCtgatttgagtaccaaaaat
gi|41 : tAATACCAATAC--TA----------GTGACT----GAT---AGTCTA----A--ACT---TTA-----C-CAGGTGAGATAG------
gi|42 : atacagtaTAGAGAATACCA-TGT--CA----------GTGCCT----AGT---AATCTAT---A--AATTAGTTAT----T-TAGGTGAGGTA
gi|43 : AGAGAATACTG-TAG--TA----------GTGCCT----GAT---AGACTA----A--ATT---TTA-----T-CAGGTGAG
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gi|6 : tATATCA-TAT--AA----------GTGCCC----GA----AATCTA----C--ATT---TTT-----TTCAAGGGAGTTAA------A-CA-AAA-AA------T-A-A----AC----A----------C-----------G---T-----GTGTGCTT--AT----TT--TT--T-----------TTT---------------------------ATTTT-----------------T----TC----A-AG-CAAACTTTTAGATAT-GG-----T--A-----T-TCT---AT-T-GATTA------T------TCTTAT--TGTCAT-------------TATTTGCG-T-G-TTTGT---TT-TA-TTT--CTA----T------TC-------A---AACA-TCAACAAC
gi|7 : TAGAGAATACCA-TGT--GA----------CTGCCT----GCT---AGTCTA----T--CAT---TTA-----T-TGGGTGAGGTAG------A-GG-AAA-AA--A---T-A-A----GT----A----------T-----------G---A-----G-----------------------T-----------CTC---GG--TG-AGTGCC-----TAAT---TTTTTCCG-A--------------A-CC----A-AA-C---CTG---AAC----------T--A-----T-T-T---AT---------------------------CATGTCAT-------------TAATTGCA-T-GTTTTA----TT-CA-TTT--TTATTTTT------TTAAA----A---AAAA-GCAACAACtcatt
gi|8 : AGTATACCA-TCT--TG----------GCACCT----GAT---AGTCTA----C--ATT---TTA---------GACGAGGTGG------A-GT-AAA-AA--A-A-T-A-A----AT----A----------G-----------G-----------------------------------------------T----A--CG-A--GTC-----TTATACGTTTT--AA-T----------CT--A-TA----A-GA-CT--CT----AACAT-GG-----T--A-----T-T------------CTA------T------T--TATTGCGTCTT-------------TATTTGTG-T-GTTTGA----TT-TA-TTT--TTA----T------TTAAATATCA---AAAA-t
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gi|9 : tt-GA-AAA-AA--A-T-G-A-A----AC----A----------CTCCCCCAA---G---ACTAATGC-----TT-AT----TT--TT--T-----------ATT-------CT-A--ACT-----TGATAAATTTT--AG-A----------CT--A-TCACTTA-GG-CA--CT----Ataaaaaagcaacaactgacc
gi|9 : ttgagaacaacatgttaagcttaac------T------T--TATCATGTCAT-------------TATTTTCG-T-ATCTTA----TT-TA-TTT--T-----------------A----A---AAAA-GCAACAACgaaccgaaccattttatcatgtcattattttcgtatcttatttattttaaaaaagcaacaactgacc
blockSeqs : A GG AGCTTAACTA AAGT TGT CACA CC TAG TTTAT T ATCTAC T T G TTAT A G AATT TTCA TTAGTCTTGGGGGAGTGTTTCATTTTTTTCGAAC T GT AAATAT GGACTTGGTAGAT TT G ACTT T G AA TTTA T AAAAA AAATGTAACATTATCTGTCTGGCA CT GATGGGAGTGTTT T T TCTA A T CA TTTT ATTTTA A TATC TAC T
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . TGTGCTTCATTTTTTTTT . . T AAA . . . . . . . . . ATTTATTT . . . . C . . . . . T . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): GCAGTTTGCATGTTTTCACTCGTAGTCATTTAACCTGTATTTGTCCACATTATCAAT
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Reference ( family-1041 ) : TAGAGAATACCA-TGT--TA----------GTGCCT----GA---TAGTCT----A-A--AAT---TTA-T-C-----AGGTGAGGTAG------A-GA-AA-----A-AA--A-T-T-A-A----GC----A----------C----G---A---G--C-----T--AT-TT--TT--T-----------TT-T---GA--CG-A--ACC-----TGATAAATTTT--AG-A----------CT--A-TCAGG-CA--CT----AACAT-G-G-----TA-------------TTC---TA------TTTATCAT-------GTCATTATTTGCG-T-GTTTTAT---TT-----TATTT--TT-A----T------TTAAA----A---AAAA-GCAACAAC
gi|1 : TAAATAAAACCA-TGT--TA----------GTACCT----GA---TAGTCT----A-A--AAT---TCG-T-C-----AGGTGAGATAG------A-GA-AA-----A-AT--A-T-T-A-G----GC----T----------T----G---T---G--C-----T--AT-TT--TT--T-----------TT-TGGAGA--GG-A--ACC-----TGATAAATGTT--AG-A----------CT--A-TCGGG-CA--TT----AACCT-G-A-----TAAAATGTTTAGATGTTG---TA------TTTATCAT-------CTAAGTATCAGCA-T-GTTTAAT---TT-----TGTTT--TT-A----T------TTAAA----A---AAAA-GCAGCAAC
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gi|16 : ataAAAGTTA--AGCA----------CA--A-TC----CA--CT----TACAC-G-G-----TA-------------TTT---TA------TTTATAAT-------ATCATTATTTGTG-T-GTTTTA----TT-----TATTT--TT-A----T------TT-------A---AAAT-GCAACAACacacggtattttatttataatatcattatttgtgtgttttatttatttttatttaaaatgcaacaactcatttta
gi|17 : atatagagaataacatgtagtgcttaatattccaaaatttatcgggaaaggtaaagaaaaTAGAGAATACCA-TGTGGTG----------GTGTCT----GA---AAGACT----A-A--A-T---TTA-T-C-----AGGTCAGGCAG------A-GA-AA-----A-AG--A-T-T-A-A----GC----A----------C----G---A---G--C--------AT-Ttcatttta
gi|17 : aa--A-TTAAG-CA--CG----AGCATTG-G-----TA-------------GTC---TA------TTTATCAT-------GTCATTATTTGCG-T-GTTTTA----TT-----TATTT--TT-A----TA-----TTAAA----A---AAggtagtctatttatcatgtcattatttgcgtgttttatttatttttatattaaaaaagctaaactgattttagt
gi|18 : aatagagaataccatgtggtggtgtctgaaagactaaatttatcaggtcaggcagagaaaaagTAGGAAATACCA-TGC--TA----------GTGTCT----GA---TAGTCT----A-A--AAA---TCA-T-C-----AGGTGAAGTAG------A-GA-AA-----A-AA--C-T-T-T-A----GG----A----------T----G---A---G--gctaaactgattttagt
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gi|21 : atatagaaaagaccatgtaagtA-----A-AA--A-T---A-A----GC----A----------T----G---A---G--C-----C----------T--T-----------AG-T---GAG-TGTA--ACC-----TGATAAATGAT--AG-A----------TA--A-ACAGG-CT--CT----AACTT-G-G-----TA-------------TTCTT-TT------TTTATCAT-------GTCTTTATTTGCG-T-GTTTGGTCTATT-----TATTtgattttagt
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gi|25 : taaatagaacaccatgttagtgGAGAAAACCA-TGA--TA----------GTGCCA----GA---CAGTCT----A-A--AAA---ATT-T-C-----AGGTGAGGTAG------A-GATAA-----A-AA--A-T-CAA-A----AC----A----------C----A---A---G--C-----tgatttag
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gi|27 : aggt---TA------TTGATCGT-------GTCATTAATTTAG-T-GTTTTAT---TCA----TATTT--T--A----T------TT--A----A---AAAA-GCAACGACc
gi|28 : tttttttccgatccgatcctgaagtcgaatgT-G-G-----TA-------------TT----TA------TTTATCAC-------GTCACAATTTGCG-T-GATTGA----TT-----TATTT--TT-A----TATTTTATTAAA----A---ACAA-ATAATAGCtgatttt
gi|29 : gcatctg--TA----------GTGCCT----GA---CAGTCT----A-ACCGTT---TTA-T-C-----AGGCGAGGCAG------A-GA-AA-----A-AC--A---C-A-A----GC----A----------C----G---A---G--C-----taatttagtcca
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