lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111 1111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111111111 777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 111 1 22 33333333 11 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 22 2 111 1 1 1 1 2222 1 1 1 1 1 1 55555555555555 1 1 111 4 222 1 111111111111111111111111111111 44444 3333333 22 1
lowQualScore : 5 6666 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 555555 333 22 333 777777777777777777777777777 3333 3 66666666666666666666666666666666666666666 5555 0 2 6666666666666 2 4 7 0 4 0 2 33 000000000000000000000000000000000000000000 0 222222222222222222 3 77 66 0 000 0 77 2 33333333 1 33 2 6666 999 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 6 6 6 88 00 6 0 3 444 2 3 0 3 8 5 5 6 2 1111 1 5 8 5 5 7 0 6 9 99999999999999 5 5 555 0 6 0 6 2 111 7 2 333333333333333333333333333333 66666 0000000 6 2 77 4 5
lowQualScore : . .... . ........................................................... .. ...... ... .. ... ........................... .... . ......................................... .... . . ............. . . . . . . . .. .......................................... . .................. . .. .. . ... . .. . ........ . .. . .... ... .................................................................................................... . . . . .. .. . . . ... . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .............. . . ... . . . . . ... . . .............................. ..... ....... . . .. . .
lowQualScore : 0 1111 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 444444 999 33 222 555555555555555555555555555 9999 6 44444444444444444444444444444444444444444 0000 6 2 8888888888888 2 4 9 7 3 1 2 22 000000000000000000000000000000000000000000 5 111111111111111111 2 55 11 3 000 8 55 5 55555555 2 88 5 5555 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 7 77 33 7 7 2 000 5 2 0 3 3 0 0 0 5 2222 2 0 8 0 0 0 0 5 0 00000000000000 2 0 000 2 0 0 0 5 000 0 5 555555555555555555555555555555 00000 0000000 0 5 55 0 0
consensus : CATGGAAATAGTACCACGCACGT----TTA-ACATA-----------CGTT--TG-A------G---T----AC-----GCGT--GN--------TTCTCATGNA----AA---TAG-TACC---ACGC----------------------A--CGT----TTA-ACATAC-----------G-T---T-TA-A-ATA-CG-----------TACGTTT----TTCG-T--GNA--------AA-TAGTACCACGCATGTT-TA--ACATA-------G-----TTT--------------------CTAAC-GTACGTTTTA---A---------ANATATGTTA-AACAT--ACGA---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAGTCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-ATATGAAAAANGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TNAAAAATATTA---CAAATGTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTATTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATGATTCATTATTTT-GTAACATACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATATTACGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCANATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCGCTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATAT-GTAGCAAAT-------AA-----TCTGTAAACTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTNACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGNATACAACTCTACCATCTATTTCCAGGTTTACTTTTCTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCNCTTCTCAGCAATGTTCCATACNAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCNTGTATACACATTAC
Reference ( gi|1 ) : CATGAAAATAGTACCACGCACGT----TTA-ACATA-----------CGTT--TG-A------G---T----AC-----ATGT--GA--------TTCTCCTGGA----AA---TAG-TACC---ACGC----------------------A--CGT----TTA-ACATAC-----------G-T---T-TA-A-ATA-TG-----------TATGTTT----TTCA-T--GAA--------AA-TATTACTATGTATGTT-TA--ACATA-------G-----TTT--------------------CTAAT-GTACGCTTTA---A---------AAATATGTTA-AACAT--ATGA---AAACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT--TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTT-TTAA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATAT-GAAGAAAAT-------AT-----TCTGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTTCAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTAC
gi|6 : CATGGAAATAGTACCACGCA
gi|10 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCATAGAAATAGTACCATGCATGT----TAA-ACATAGTATACATGTACATT--T--A------G---TTTA-AC-----ATAT--GAATATGTGTTTTTCATGGA----AA---TAG-TACC---ATGC----------------------A--TGT----TTA-ACATACATGTACATTTAG-T---T-TA-ACATT-TGAA---------TGTGTTT----TTCA-T--GGA--------AA-TAGTACCATGTATGTT-TA--ACATACATGTATG-----TTG--------------------CAAAT-GCATGTTTTA---A---------AAATATGTTaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattCATGTAAATAGTACCACGTGCAT----TTA-ACATA-----------TGTT--TC-T------GCCAT----AC-----GTAT--G---------TTCAC--AGA----AA---TAA-TACC---ATGT----------------------A--TGT----TTA-ACATAC-----------A-TACGT-TAGA-ATA-CAT----------TTTTTTT----TTCA-T--GAA--------AA-TAGTACCACCAATGTT-AA--CCAAA-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAAT-GTATGTTTTATCCA---------ACATATGTTT-AACAttta
gi|8 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctCATAGAAATAGTACCACGCATAT----TAA-ACATA-----------TGTA--TA-A------A----------------------G--------TTTTCATGGA----AA---TAG-AACC---ACGC----------------------G--CGT----TAA-ACATAT-----------G-T---T-TA-----A-CG------------ATGTTT----TTCA-T--CGA--------AA-TAGTACCACGCGT-TC-TA--A
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCATGTCAATAGAACAACGCGCGT----TTA-ACA--------------G--------------------------------GT--GT--------TTCTGTTGTA----------AG-TTTT---ACGT----------------------A--AG-----TTA-ACGAAC-----------G-----G-TA-A-AAA-CG-----------TACGGCA----TTCA-TAGGAA--------AAGTATCAC---GCATGTT-AA--ACATAT------A-----TTT-----------------------AC-GTATGTTT-----A---------ATATACGTTtca
gi|15 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctCATAGGAATAGTACCACGCATGT----Tcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|3 : atataaatagtaccatgcgcgtttaacatacgtttctgccgtacgttttacgtattttaaatttatgcttaacgtatggttataacctacgttattATGAAAATAGTACTATGAATGT----TTATGTATG-----------C-TT--TA-A------A---A----GT-----ATGT------------------TAAA----CA---TAT-GAAC---ACTC----------------------A--TGT----TTA-ACa
gi|16 : TGAAAATG---CCACGCATGT----TAA-ATGTA-----------TGTT--AA-ATATACGG---TCAAAAC-----ATAC--AT--------TTCTGATGTA----AA---TAG-TACC---ACGC----------------------G--CAT----TTA-ACATAT-----------G-T---T-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|15 : AAATAGTACCATGCGCGT----TTA-ACATA-----------CGTTTCTGCC------G---T----ACGTTTTACGT---A--------TTTT-----A----AA---T-----TT---ATGC--------------------------------TTA-ACGTAT-----------G-G---T-TA-T-A-A-CC-----------TACGTTA----TTCA-T--AGG--------AA-TAGTACCACGCATGTT-ctaccataagt
gi|14 : atatAATATTACCACGCACGT----TT--AC----------------------------------------C-----ACGT--AA--------TTCTGCGGTACGTTAA---AAG-TA------------------------------------T----TTA-ACATAC-----------G-T---C-TG-A-a
gi|9 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaacgcacataaatttaacatacgtgacaaaacgtccgcttctcgtgttACGTATGT----TTA-ATATA-----------CGTT--CG-A------A---T----AT-----CTAT--GT--------TTTTCATGGT----AA---TAG-TACA---ATGC----------------------A--TAT----TAA-ACACAT-----------G-T---T-------TA-CG-----------TATGTTTAACATACA-TTCGAATATGTTTGAA-TAGTACCACTCATGTT-TA--AC
gi|13 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcgtttaacaggtgtttctgttgtaagttttacgtaagttaacgaacggtaaaaacgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttACGTAAAT----TTA-ACATA-----------AGAG--CC-A------A---A----AC-----GTAC--GT--------TTCTCATGTA----AA---TAG-TACC---ACGC----------------------G--CTT----TTA-ACATAC--------------------------A-TG-----------TATGTTT----TCTGCC--GTA--------GG-TTTT--CACATATGTTCTA--ACATA-------
gi|14 : acatacatttaACGCACATAAATTTA-ACATA-----------CG----TG-A------C---A----AA-----ACGTCCGC--------TTCTCGTGTT----AA---TAT-TACC---ACGC----------------------A--CGT----TTA-CCAcatggaattgttacatgtgtacatac
gi|8 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaCGT----TAA-ACATA-----------TGTT--TA-A----------C----GC-----GCGT--GG--------TTCT-----------A---T---TTCC---ATGA----------------------AAAC-T----TTATACATAT-----------G-T---T-TA-A--TA-TG-----------CGTGGT------------------------AC-TATTTCTATGTAA-----A--ACCTA-------C-----TTT--------------------TTAACCGTACG--TTA---A---------ACATATGTCA-AACAT--ACGcgtaattctgcggtacgttaaaagtatttaacatacgtctga
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagGT----TTA-ATATG-----------CATT------------G---T----AC--------T---A--------TTACCATGAA----AAACATAGATATTCGAACGT----------------------A--TAT----TAA-ACATAC-----------G-------TA-A-ATA--------------TATGTTTAACATGCG-T--GAT--------AC-TTTTCCTATGAATGC-------CGTAC------G-----TTT--------------------TTACC-GTTCGTT------A---------ACTTACGTAA-AACTT--ACAACAGAAACACCTGTTAAACatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|6 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcTCATGGA----AA---TAG-TACC---ACGCAAATTAAACATATGTTTCAAATA--CAT----TTA-GCATAC-----------G-T---T-TG-A-TTA-CG-----------TACGTTT----TTCA-T--GAA--------AA-TAATACCACGTATGTT-TA--CCATA-------T-----GCT--------------------CTTAT-AAATGCTTTT---A---------AAATATGTTA-AACAT--ATGA---AAACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|20 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGGT----AA---AAA-TGCA---ATGC----------------------A--TGT----TAC-ACATAC-----------G-T---T-TA-A-
gi|3 : acaTGAA----AA---TAG-TACT---ATGA----------------------A--TGT----TTATGTATGC-------------T---T-TA-A-A-A--G-----------TATGT-----------T--AAA--------CA-TATGAACACTCATGTT-TA--ACc
gi|16 : aTGAA----AA---TG----CC---ACGC----------------------A--TGT----TAA-ATGTAT-----------G-T---T--A-A-ATA-TACGGTCAAAACATACATTT----CTGA-T--GTA--------AA-TAGTACCACGCGCATT-TA--ACATAT------G-----TTT--------------------CTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|15 : A----AA---TAG-TACC---ATGC----------------------G--CGT----TTA-ACATAC-----------G-T---T-T----CTGCCG-----------TACGTTT----TACG-T--------------A-TTTTAA-ATTTATGCT-TA--ACGTAT------G-----GTT--------------------ATAAC-CTACGTTccataagt
gi|9 : atat---ACGT----------------------A--TGT----TTA-ATATAC-----------G-T---T-CG-A-ATA-TC-----------TATGTTT----TTCA-T--GGT--------AA-TAGTACAATGCATATT-AA--ACACAT------G-----TTT-----------------------AC-GTATG-TTTA---ACATACATTCGAATATGTTT-GA-AT--AGTA---CCACTCATGTTTAACattcataggaatagtaccacgcatgtta
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcgtttaacaggtgtttctgttgtaagttttacgtaagttaacgaacggtaaaaacgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatattt---ATGT----------------------A--TGT----TAA-ACATAC-----------G-------TA-A-ACA-TG-------------TGTTTAATATGCA-T--TGT--------AC-TATTACCATGAA-----AA--ACATA-------G-------------------------------AT-ATTCG--------A---------ACGTATATTA-AACAT--ACGT---AAATATATGTTTAACAT
gi|13 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcgtttaacaggtgtttctgttgtaagttttacgtaagttaacgaacggtaaaaacgtacggcattcataggaaaagtatcacgc---ACGT----------------------A--AAT----TTA-ACATAA-----------GAG---C-CA-A-A-A-CG-----------TACGTTT----CTCA-T--GTA--------AA-TAGTACCACGCGCTTT-TA--ACATACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCC-GTAGGTTTT----C---------ACATATGTTCTAACATACATGG---AAtcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|14 : acatacattta---ACGC----------------------A--CATAAATTTA-ACATAC-----------G-T---GACA-A-A-A-CG-----------TCCGCTT----CTCG-T--GTT--------AA-TATTACCACGCACGTT-TACCACGTA-------A------TT--------------------CTGCG-GTACG--TTA---A---------AAGTAT-TT--AACAT--ACGttgttacatgtgtacatac
gi|3 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaA-T--GAA--------AA-TAGTACTATGAATGTT-TA-----------------------------------------------T-GTATGCTTTA---A---------AAGTATGTTA-AACAT--ATGA---ACACTCATGTTTAACtctga
gi|2 : -GTATGCTTTA---G---------AAATATGTTA-AACAT--ATGA---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT--TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTATTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTT-GTAA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATAT-GTAGCAAAT-------AA-----TCTGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT--TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAAT
gi|7 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCATATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|12 : GCATAAAAAGCCCTACATGCAAATAATATGAAAAACGTATGACA--AAT----AATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAttatttataatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|4 : CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATAT-GTAGCAAAT-------AA-----TCTGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA--------TAC-------------------TTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATTaccactgcacatcggatgtattcatttttttactttcctccacaatccttttaagatgtgtttagaactatcaaataactctgtttatcatggtgctgaatgggacagacataattattgtgtaacatactgtgtttttcttgaaaatgcaagataaatacctatag
gi|12 : CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGT-GTAACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|3 : gcataaaaagccctacatgcaaataatatgaaaaacgtatgacaaataatttttaaaaaatattactaatgtatacaaaccactgcacatcggatgtattcatttttttactttcctccacaatccttttaagatgtgtttagaactatcaaataactCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCAC
gi|7 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATATAGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGAC
gi|5 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcTCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATAT-GTAGCAAAT-------AA-----TCTGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCCAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CCGTGCATGAAACATATTTTACAATAATTAACATATGGTAAAAATGTACATTATTCATAGAAATACTTCCACACACATAAATTTATGTATAG
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Alignments
lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888 1111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 111 2222222 333 2222222 11 111 1 111111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 1 111 1 11111 11 55555
lowQualScore : 5 3 77777 33333333333333333333333333333333333333333333333 0000 5 4444 44 00000000000 777777777777777777777777777777777777777777777 0 88888888 77777 333 33 2 77777777777777777777777777777777777777777 4 11111111111111111 33 444 1111111 0 0 666 1 1111111 11 1 444 0 5 6 0 3 999999 555 88 0 2 66666666 222222222 0 2 44 0 5 0 11 0 8 0 4 2 1 7777 2 3 1 000000000000000 0 555 0 0 1 7 1 00000 33 0 11111 88888 1 1 1
lowQualScore : . . ..... ............................................... .... . .... .. ........... ............................................. . ........ ..... ... .. . ......................................... . ................. .. ... ....... . . ... . ....... .. . ... . . . . . ...... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . . . .... . . . ............... . ... . . . . . ..... .. . ..... ..... . . .
lowQualScore : 7 6 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333 1111 4 7777 55 66666666666 999999999999999999999999999999999999999999999 4 55555555 99999 999 11 5 11111111111111111111111111111111111111111 9 00000000000000000 99 111 3333333 8 7 444 0 4444444 00 0 000 8 0 0 7 0 000000 333 33 3 3 77777777 444444444 2 5 00 0 0 8 00 8 0 0 0 0 0 0000 8 6 0 000000000000000 0 666 0 7 0 3 0 33333 33 7 77777 77777 0 0 0
consensus : CATGTAAATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACGTTT--NA-G---TACG-----TGT---------GTTTCT-CATGGAAATAGTACCACGCACGT----T-TAACA-----------TAC-----------G-T-------T-T---A-A-ATACG---------TACGTTT--------TTCA----TG--NAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACGTT---------T--TA---AAN-ATATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGATACAACT-TACCATCTATTTC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGGAAATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACGTTT--GA-G---TACG-----CGT---------GNTTCT-CATGNAAATAGTACCACGCACGT----T-TAACA-----------TAC-----------G-T-------T-T---A-A-ATACG---------TACGTTT--------TTCG----TG--NAAATAGTACCACGCATGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACGTT---------T--TA---AAN-ATATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAGTCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAANGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TNAAAAATATTA---CAAATGTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATGATTCATTATTTTGT-AACATACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATATTACGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCANATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCGCTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTNACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGNATACAACTCTACCATCTATTTCCAGGTTTACTTTTCTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCNCTTCTCAGCAATGTTCCATACNAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCNTGTATACACATTAC
gi|1 : CATGAAAATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACGTTT--GA-G---TACA-----TGT---------GATTCT-CCTGGAAATAGTACCACGCACGT----T-TAACA-----------TAC-----------G-T-------T-T---A-A-ATATG---------TATGTTT--------TTCA----TG--AAAATATTACTATGTATGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAATGTACGCT---------T--TA---AAA-ATATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTTCAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGTAAATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--GTTT--CT-GCCATACATTTAACGT---------ATT----CATAGAAATAGTACCATGCATGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTA------G-T-------T-T---A-ACATATGAATA-----TGTGTTT--------TTCA----TG--GAAATAGTACCATGCATGTTTA--ACAT-A------------------------------------C--ATGTACATT---------T--
gi|10 : taaataaacgtatgtttctATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATA----T--GA-A---TATG-------T---------GTTTTT-CATGGAAATAGTACCATGCATGT----T-TAACA-----------TACATGTACATTTAG-T-------T-T---A-ACATTTGAA-------TGTGTTT--------TTCA----TG--GAAATAGTACCATGTATGTTTA--ACAT-ACATGTATG-----TTG--------------------CAAATGCATGTT---------T--TA---AAA-ATATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatgcatgttaaacAATGTATGTT---------T--TG---GACCACATGTA-A-AACATACC---CT--AAACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatacGTAT-----GTTTTACATGTGGTC--CA-A---AACA-----TAC---------ATTTCT-CATGTAAATAGTACCACGTGCAT----T-TAACA-----------TAT-----------G-T-------T-TCTGC-C-ATACG---------TATG-----------TTCA----CA--GAAATAATACCATGTATGTTTA--ACAT-A-------tctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttaggCATGTAAATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATGTTT--CT-GCCATACG-----TAT---------GT---T-CACAGAAATAATACCATGTATGT----T-TAACA-----------TAC-----------A-TACG----T-T---AGA-ATACAT--------TTTTTTT--------TTCA----TG--AAAATAGTACCACCAATGTTAA--CCAA-A-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAATGTATGTT---------T--TATCCAAC-ATATGTT-T-AACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ACGTAAAT----T-TAACA-----------TAA-----------GAG-------C-C---A-A-A-ACG---------TACGTTT--------CTCA----TG--TAAATAGTACCACGCGCTTTTA--ACAT-ACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCCGTAGGTT---------T--T----CAC-ATATGTT-CTAACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGTAAATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATACAT-------G---TATG-----T------------TTTCT-GCCGTAGGT--TTTCACATATGT----TCTAACA-----------TAC-----------A-TGGAATTGT-T---A-C-ATGTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttctACGCACATAAATT-TAACA-----------TAC-----------G-T-------GAC---A-A-A-ACG---------TCCGCTT--------CTCG----TG--TTAATATTACCACGCACGTTTACCACGT-A-------A------TT--------------------CTGCGGTACG-----------T--TA---AAA-GTAT-TT---AACATACG---ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaAAATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACGTTTCTGCCG---TACGTTTTACGT---------ATTT-------TAAAT----TTATGC--------T-TAACG-----------TAT-----------G-G-------T-T---A-T-A-ACC---------TACGTTA--------TTCA----TA--GGAATAGTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : atatTGAAAATG---CCACGCATGT----T-AAATG-----------TAT-----------G-T-------T-A---A-ATATACGGTCAAAACATACATTT--------CTGA----TG--TAAATAGTACCACGCGCATTTA--ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTACCATAAGTa
gi|2 : GTATGCT---------T--TA---GAA-ATATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TG--AAAATAGTACTATGAATGTTTA------------------------------------------------TGTATGCT---------T--TA---AAA-GTATGTT-A-AACATATG---A---ACACTCATGTTTAAC
gi|3 : aTAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGATAC--------------TTT-------------TTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCCAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : G--TAAA-AATGCCACGCATGTAAA--ACGTAA-------G-----TT----------------------TAACGTAAATT---------T--AA---GGT-ACACGCCAA-AACGTACG---
gi|6 : acagCATGGAAATAGTAC-CACGCAA-----ATTAAACATA-------------------------T---------GTTTC-------AAATA----------CAT----T-TAGCA-----------TAC-----------G-T-------T-T---G-A-TTACG---------TACGTTT--------TTCA----TG--AAAATAATACCACGTATGTTTA--CCAT-A-------T-----GCT--------------------CTTATAAATGCT---------T--TT---AAA-ATATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAAAAATGC-CACGCAT-----GTTAGACGTACGTTT--AA--------------CGT---------------------AAAT------------------T-TAACA-----------AAC-----------G-T-------G-C---C-A-AAACG---------TACGATC--------CTCG----TG--TAAATAGTATTAGGCTCGTTT---ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTGCCGTGCGTTAAGCGTATGT--TT---GAC-ATATGTT-T-AACGTACGGTTA---AAAAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGTAAATAGTAT-TAGGCTC-----GTTT-ACATATGTTT--CT-G---C-CG-----TGC---------GTT-----AAGCGTAT-GTTTGACATATGT----T-TAACG-----------TAC-----------G-G-------T-T---A-A-A-AAG---------TAGGTTT--------TACA----TA--GAAATAGTACCACGCATATTAA--ACAT-A-------------TGT--------------------ATAAAGT---TT---------TCATG---GAA-ATA-G---A-ACCACGCG---CGTTAAACATATGTTTAACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctCGTAT-----GTTTGACATATGTTT--AACG---TACG------GTTAAAAAGTAGGTTTTACATAGAAATAGTACCACGCATAT----T-AAACA-----------TAT-----------G-T-------A-T---A-A-A----------------GTTT--------T-CA----TG--GAAATAGAACCACGCGCGTTAA--ACAT-AT------G-----TT----------------------TAACG-ATGTT---------T--Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagCATAGAAATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATGTAT--AA--------------------------AGTTTT-CATGGAAATAGAACCACGCGCGT----T-AAACA-----------TAT-----------G-T-------T-T---A-----ACG----------ATGTTT--------TTCA----TC--GAAATAGTACCACGCGT-TCTA--Atcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggtttta-CAGGTAAA-AATGCCACGCA-------------------------TACT----------G-T-------C-C---A-A-A-ACG---------TAAGTTT--------CTCA----TG--TCAATAGAACAACGCGCGTTTA--ACAG-GT------G-----TTT--------------------CTGTTGTAAGTT---------T--T-----AC-GTAAGTT---AACGAACGGTAA---AAACtca
gi|9 : aCATGTCAATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACA-------------------G------GT---------GTTTCT-GTTGTAA---GTTTTACGTAAGT----T--AACG-----------AAC-----------G-G-------T-A---A-A-A-ACG---------TACGGCA--------TTCA----TA--GGAAAAGTATCACGCATGTTAA--ACAT-AT------A-----TTT-----------------------ACGTATGTT---------T-------AAT-ATACGTT---------CG---A---ATATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACGTAT-----GTTTAATATACGTTC--GA-A---TATC-----TAT---------GTTTTT-CATGGTAATAGTACAATGCATAT----T-AAACA-----------CAT-----------G-T-------T----------TACG---------TATGTTTAACATACATTCGAATATGTTTGAATAGTACCACTCATGTTTA--ACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CCGTGCATGAAACATATTTTACAATAATTAACATATGGTAAAAATGTACATTATTCATAGAAATACTTCCACACACATAAATTTATGTATAG
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 111 2222222 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 3 3 3 2 77777 44 0000000000000000000000000000000000 5 0 22 22 1 4444 33 44444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 77777777 3333 333 0 22 4 99999999999999999999999999999999999999999 4 333 55555555555555555 33 99999999 222 1111111 0 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 88888888888888888888888 77777 99999 1
lowQualScore : . . . . ..... .. .................................. . . .. .. . .... .. ..... .................................................................. . ........ .... ... . .. . ......................................... . ... ................. .. ........ ... ....... . ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 3 3 3 9 11111 66 3333333333333333333333333333333333 3 1 88 66 7 5555 99 88888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 22222222 9999 555 3 99 4 88888888888888888888888888888888888888888 1 999 55555555555555555 77 77777777 555 1111111 9 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 00000000000000000000000 77777 77777 0
consensus : CATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTNAG---T-----------ACGTAC---GTTTCTCATGGAAATAGTACCACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--NAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTNAG---T-----------ACGTGT---GTTTCTCATGGAAATAGTACCACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--NAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGATACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA-AAATA-GTACC-ACGCACGTTTAACA-----TAC-GT-----TTGAG---T-----------ACATGT---GATTCTCCTGGAAATAGTACCACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTT--------TTC----ATG--AAAATATTACTATGTATGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAATGTACG---CT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTGAACA-----T---GT-----TTCTGCCAT-----------ACATTTAACGTAT-TCATAGAAATAGTACCATGCATGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTT--------TTC----ATG--GAAATAGTACCATGCATGTTTA--ACAT-A------------------------------------C--ATGTACA---TT---------T--
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATAG-AAATA-GTACC-ATGCATGTTAAACATAGTATAC-ATGTACATTTAG---TTTAACATATGAATATGT---GTTTTTCATGGAAATAGTACCATGCATGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTT--------TTC----ATG--GAAATAGTACCATGTATGTTTA--ACAT-ACATGTATG-----TTG--------------------CAAATGCATG---TT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattAAC-----ATAC-----------G-T-------A-----TGGCA-G-AA-----------------ACA---------TATGTTA----------A----ATG--CACGTGGTACTA------TTTA---CATGA-------G-----A------------------------AATGTATG---TT---------T--TG---GACCA--------CATGTA-A-AACATACC---CT--AAACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatacGTTTTACA-----TGT-GG-----TCCAA---A-----------ACATAC---ATTTCTCATGTAAATAGTACCACGTGCAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG-----------TTC----ACA--GAAATAATACCATGTATGTTTA--ACAT-A-------cacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT-AAATA-GTACC-ACGTGCATTTAACA-----TAT-GT-----TTCTGCCAT-----------ACGTAT---GT---TCACAGAAATAATACCATGTATGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTT--------TTC----ATG--AAAATAGTACCACCAATGTTAA--CCAA-A-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAATGTATG---TT---------T--TATCCAAC-A--------TATGTT-T-AACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ACGTAAAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTT--------CTC----ATG--TAAATAGTACCACGCGCTTTTA--ACAT-ACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCCGTAGG---TT---------T--T----CAC-A--------TATGTT-CTAACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCTTTTAACA-----TAC-AT---------G---T-----------ATGT------TTTCTGCCGTAGGT--TTTCACATATGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttctACGCACATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTT--------CTC----GTG--TTAATATTACCACGCACGTTTACCACGT-A-------A------TT--------------------CTGCGGTACG--------------T--TA---AAA-G--------TAT-TT---AACATACG---ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT-AAATA-GTACC-ATGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTCTG---C------------CGTAC---GTTTTACGT----ATTTTA-AATTTATGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTA--------TTC----ATA--GGAATAGTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : TGAAAATG---CCACGCATGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTT--------CTG----ATG--TAAATAGTACCACGCGCATTTA--ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTACCATAAG---Ta
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTA--------TTC----ATA--GAAATACTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTATG---CT---------T--TA---GAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----ATG--AAAATAGTACTATGAATGTTTA------------------------------------------------TGTATG---CT---------T--TA---AAA-G--------TATGTT-A-AACATATG---A---ACACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : C----AGG--TAAA-AATGCCACGCATGTAAA--ACGTAA-------G-----TT----------------------TAACGTAAA---TT---------T--AA---GGT-A--------CACGCCAA-AACGTACG---
gi|6 : aCATGG-AAATA-GTACC-ACGCAAATTAAACA-----TA----------------------------------T---GTTTC------AAATA----------CAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--AAAATAATACCACGTATGTTTA--CCAT-A-------T-----GCT--------------------CTTATAAATG---CT---------T--TT---AAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAAAAATGCCACGCATGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATC--------CTC----GTG--TAAATAGTATTAGGCTCGTTT---ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTGCCGTGCG---TTAAGCGTATGT--TT---GAC-A--------TATGTT-T-AACGTACGGTTA---AAAAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT-AAATA-GTATT-AGGCTCGTTTA-CA-----TAT-GT-----TTCTG---C------------CGTGC---GTTAAGCGT----AT-GTTTGACATATGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTT--------TAC----ATA--GAAATAGTACCACGCATATTAA--ACAT-A-------------TGT--------------------ATAAAGT------TT---------TCATG---GAA-A--------TA-G---A-ACCACGCG---CGTTAAACATATGTTTAACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctGTTTAACG-----TAC-GG-----TTAAA---------------AAGTAG---GTTTTACATAGAAATAGTACCACGCATAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A--------------------G--------------TT--------TTC----ATG--GAAATAGAACCACGCGCGTTAA--ACAT-AT------G-----TT----------------------TAACG-ATG---TT---------T--Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG-AAATA-GTACC-ACGCATATTAAACA-----TAT-GT-----ATAAA------------------------GTTT-TCATGGAAATAGAACCACGCGCGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTT--------TTC----ATC--GAAATAGTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT-AAA-A-ATGCC-ACGC---------A-----TACTGT-----CCAAA---------------ACGTAA---GTTTCTCATGTCAATAGAACAACGCGCGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTT--------T------ACG--TAAGT--TA--ACGAACGGTAA--A-------------------------------------------AACGTACGGCATT---------CA-TAGG-AAA-AGTATCACGCATGTT-A-AACATATA---T---TTACGTATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTT--------CTC----ATG--TCAATAGAACAACGCGCGTTTA--ACAG-GT------G-----TTT--------------------CTGTTGTAAG---TT---------T--T-----AC-G--------TAAGTT---AACGAACGGTAA---AAACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT-CAATA-GAACA-ACGCGCGTTTAACA--------------------------------------G-GT---GTTTCTGTTGTAA---GTTTTACGTAAGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCA--------TTC----ATA--GGAAAAGTATCACGCATGTTAA--ACAT-AT------A-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAT-A--------TACGTT---------CG---A---ATATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctCATGTTAAACATATATTTACGTATGTTTAATA-----TAC-GT-----TCGAA---T-----------ATCTAT---GTTTTTCATGGTAATAGTACAATGCATAT----T-AAAC-----ACAT-----------G-T-------T--------------T-----------------ACG---------TATGTTTAACATACATTCGAATATGTTTGAATAGTACCACTCATGTTTA--ACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 11111111 1111111 22222222222222222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 111 2222222 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 3 3 3 2 77777 3 999999999999999999 4 11111111 3333333 11 1 11111111111111111111111 4444 33 44444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 77777777 3333 333 0 22 4 99999999999999999999999999999999999999999 4 333 55555555555555555 33 99999999 222 1111111 0 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : . . . . ..... . .................. . ........ ....... .. . ....................... .... .. ..... .................................................................. . ........ .... ... . .. . ......................................... . ... ................. .. ........ ... ....... . ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 6 6 6 6 77777 1 555555555555555555 5 22222222 9999999 22 2 44444444444444444444444 5555 99 88888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 22222222 9999 555 3 99 4 88888888888888888888888888888888888888888 1 999 55555555555555555 77 77777777 555 1111111 9 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTCAG---T---ACGTACG--------TTT------TTCATGGAAATAGTACCACGCA----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--NAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTNAG---T---ACGTACG--------TTT------CTCATGGAAATAGTACCACGCA----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--NAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATACG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA-AAATA-GTACC-ACGCACGTTTAACA-----TAC-GT-----TTGAG---T---ACATGTG--------ATT------CTCCTGGAAATAGTACCACGCA----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTT--------TTC----ATG--AAAATATTACTATGTATGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAATGTACG---CT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCGTTGAACA-----T---GT-----TTCTG---C----CATACA--------TTTAACGTATTCATAGAAATAGTACCATGCA----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTT--------TTC----ATG--GAAATAGTACCATGCATGTTTA--ACAT-A------------------------------------C--ATGTACA---TT---------T--
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATAG-AAATA-GTACC-ATGCATGTTAAACATAGTATAC-ATGTACATTTAG---TTTAACATATGAATATGTGTTT------TTCATGGAAATAGTACCATGCA----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTT--------TTC----ATG--GAAATAGTACCATGTATGTTTA--ACAT-ACATGTATG-----TTG--------------------CAAATGCATG---TT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattAAC-----ATAC-----------G-T-------A-----TGGCA-G-AA-----------------ACA---------TATGTTA----------A----ATG--CACGTGGTACTA------TTTA---CATGA-------G-----A------------------------AATGTATG---TT---------T--TG---GACCA--------CATGTA-A-AACATACC---CT--AAACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatacGTTTTACA-----TGT-GG-----TCCAA---A---ACATACA--------TTT------CTCATGTAAATAGTACCACGTG----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG-----------TTC----ACA--GAAATAATACCATGTATGTTTA--ACAT-A-------cacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT-AAATA-GTACC-ACGTGCATTTAACA-----TAT-GT-----TTCTGCCAT---ACGTATG--------T---------TCACAGAAATAATACCATGTA----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTT--------TTC----ATG--AAAATAGTACCACCAATGTTAA--CCAA-A-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAATGTATG---TT---------T--TATCCAAC-A--------TATGTT-T-AACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ACGTA----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTT--------CTC----ATG--TAAATAGTACCACGCGCTTTTA--ACAT-ACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCCGTAGG---TT---------T--T----CAC-A--------TATGTT-CTAACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGT-AAATA-GTACC-ACGCGCTTTTAACA-----TAC-AT---------G---T---ATGT-----------TTT------CTGCCGTAGGT--TTTCACATA----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttctACGCA----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTT--------CTC----GTG--TTAATATTACCACGCACGTTTACCACGT-A-------A------TT--------------------CTGCGGTACG--------------T--TA---AAA-G--------TAT-TT---AACATACG---ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT-AAATA-GTACC-ATGCGCGTTTAACA-----TAC-GT-----TTCTG---C----CGTACG--------TTT------TACGT----ATTTTA-AATTTA----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTA--------TTC----ATA--GGAATAGTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : TGAAAATG---CCACGCA----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTT--------CTG----ATG--TAAATAGTACCACGCGCATTTA--ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTACCATAAG---Ta
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTA--------TTC----ATA--GAAATACTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTATG---CT---------T--TA---GAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----ATG--AAAATAGTACTATGAATGTTTA------------------------------------------------TGTATG---CT---------T--TA---AAA-G--------TATGTT-A-AACATATG---A---ACACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : C----AGG--TAAA-AATGCCACGCATGTAAA--ACGTAA-------G-----TT----------------------TAACGTAAA---TT---------T--AA---GGT-A--------CACGCCAA-AACGTACG---
gi|6 : aTCATGGAAATAGTACCACGCAAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTT--------TTC----ATG--AAAATAATACCACGTATGTTTA--CCAT-A-------T-----GCT--------------------CTTATAAATG---CT---------T--TT---AAA-A--------TATGTT-A-AACATATG---A---AAACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAAAAATGCCACGCA----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATC--------CTC----GTG--TAAATAGTATTAGGCTCGTTT---ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTGCCGTGCG---TTAAGCGTATGT--TT---GAC-A--------TATGTT-T-AACGTACGGTTA---AAAAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT-AAATA-GTATT-AGGCTCGTTTA-CA-----TAT-GT-----TTCTG---C----CGTGCG--------TTA------AGCGT----AT-GTTTGACATA----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTT--------TAC----ATA--GAAATAGTACCACGCATATTAA--ACAT-A-------------TGT--------------------ATAAAGT------TT---------TCATG---GAA-A--------TA-G---A-ACCACGCG---CGTTAAACATATGTTTAACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctGTTTAACG-----TAC-GG-----TTAAA-------AAGTAGG--------TTT------TACATAGAAATAGTACCACGCA----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A--------------------G--------------TT--------TTC----ATG--GAAATAGAACCACGCGCGTTAA--ACAT-AT------G-----TT----------------------TAACG-ATG---TT---------T--Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG-AAATA-GTACC-ACGCATATTAAACA-----TAT-GT-----ATAAA-------------G--------TTT-------TCATGGAAATAGAACCACGCG----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTT--------TTC----ATC--GAAATAGTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT-AAA-A-ATGCC-ACGC---------A-----TACTGT-----CCAAA-------ACGTAAG--------TTT------CTCATGTCAATAGAACAACGCG----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTT--------T------ACG--TAAGT--TA--ACGAACGGTAA--A-------------------------------------------AACGTACGGCATT---------CA-TAGG-AAA-AGTATCACGCATGTT-A-AACATATA---T---TTACGTATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTT--------CTC----ATG--TCAATAGAACAACGCGCGTTTA--ACAG-GT------G-----TTT--------------------CTGTTGTAAG---TT---------T--T-----AC-G--------TAAGTT---AACGAACGGTAA---AAACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT-CAATA-GAACA-ACGCGCGTTTAACA-----GGT-GT-----TTCTG---T----TGTAAG--------TTT------T----------------ACGTA----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCA--------TTC----ATA--GGAAAAGTATCACGCATGTTAA--ACAT-AT------A-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAT-A--------TACGTT---------CG---A---ATATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctCATGTTAAACATATATTTACGTATGTTTAATA-----TAC-GT-----TCGAA---T---ATCTATG--------TTT------TTCATGGTAATAGTACAATGCA----------------------TAT----T-AAAC-----ACAT-----------G-T-------T--------------T-----------------ACG---------TATGTTTAACATACATTCGAATATGTTTGAATAGTACCACTCATGTTTA--ACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 22222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111 222222222222222 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 55 4 4 2 88888 0 88888888888 3 0 888888 1 3 1 33 333333333333333333333333333333333333333333333 4444 22 44444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 1 0 0 22 4 000000000000000000000000000000000000000 4 333 77777777777777777 33 99999999 444 33 222222222222222 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : .. . . . ..... . ........... . . ...... . . . .. ............................................. .... .. ..... .................................................................. . . . . .. . ....................................... . ... ................. .. ........ ... .. ............... ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 55 0 0 3 33333 1 33333333333 3 5 888888 0 4 0 44 888888888888888888888888888888888888888888888 5555 55 88888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 0 3 6 99 2 444444444444444444444444444444444444444 2 777 44444444444444444 55 11111111 555 99 555555555555555 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACGTTTCNG---CACGTACGTTT------TTCATGGAAATAG--TACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGGAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATA--CG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACGTTTCAG---TACGTACGTTT------TTCATGGAAATAG--TACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGNAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATA--CG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA--AA-ATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACGTTTGAG---TACATGTGATT------CTCCTGGAAATAG--TACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTTCATGAAAATATTACTATGTATGTTTA--ACAT-A-------G-----TTT--------------------CTAATGTACG---CT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--GTTTCTG---C-CATACATTTAACGTATTCATAGAAATAG--TACCATGC---------------------A----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTTCATGGAAATAGTACCATGCATGTTTA--ACAT-A------------------------------------C--ATGTACA---TT---------T--
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATGTTAAACATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATATG----AA---TATGT--GTTT------TTCATGGAAATAG--TACCATGC---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTTCATGGAAATAGTACCATGTATGTTTA--ACAT-ACATGTATG-----TTG--------------------CAAATGCATG---TT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatgAAC-----ATAC-----------G-T-------A-----TGGCA-G-AA-----------------ACA---------TATGTTA--AATGCACGTGGTACTA------TTTA---CATGA-------G-----A------------------------AATGTATG---TT---------T--TG---GACCA--------CATGTA-A-AACATA--CC---CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatac-----GTTTTACATGTGGTCCAA---AACATACATTT------CTCATGTAAATAG--TACCACGT---------------------G----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TTCACAGAAATAATACCATGTATGTTTA--ACAT-A-------cacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT--AA-ATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATGTTTCTGCCATACGTATG---------TTCACAGAAATAA--TACCATGT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTTTTCATGAAAATAGTACCACCAATGTTAA--CCAA-A-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAATGTATG---TT---------T--TATCCAAC-A--------TATGTT-T-AACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ACGT---------------------A----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCTCATGTAAATAGTACCACGCGCTTTTA--ACAT-ACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCCGTAGG---TT---------T--T----CAC-A--------TATGTT-CTAACATA--C
gi|13 : acatacatttaCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATAC-----------ATGTATGTTT------TCTGCCG---TAGGTTTTCACAT---------------------A----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttctACGC---------------------A----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCTCGTGTTAATATTACCACGCACGTTTACCACGT-A-------A------TT--------------------CTGCGGTACG--------------T--TA---AAA-G--------TAT-TT---AACATA--CG---ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT--AA-ATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACGTTTCTG---C-CGTACGTTT------TACGT----ATTT--TA-AATTT---------------------A----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATTCATAGGAATAGTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : TGAAAATG-----CCACGC---------------------A----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCTGATGTAAATAGTACCACGCGCATTTA--ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTACCATAAG---Ta
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATTCATAGAAATACTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTATG---CT---------T--TA---GAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAAAATAGTACTATGAATGTTTA------------------------------------------------TGTATG---CT---------T--TA---AAA-G--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : CAGGTAAA-AATGCCACGCATGTAAA--ACGTAA-------G-----TT----------------------TAACGTAAA---TT---------T--AA---GGT-A--------CACGCCAA-AACGTA--CG---
gi|6 : aTCATGGAAATAG--TACCACGC---------------------AAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGAAAATAATACCACGTATGTTTA--CCAT-A-------T-----GCT--------------------CTTATAAATG---CT---------T--TT---AAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAAAAA--TGCCACGC---------------------A----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCTCGTGTAAATAGTATTAGGCTCGTTT---ACAT-AT------G-----TTT--------------------CTGCCGTGCG---TTAAGCGTATGT--TT---GAC-A--------TATGTT-T-AACGTA--CGGTTA---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT--AA-ATAGTAT-TAGGCTC-----GTTTA-CATATGTTTCTG---C-CGTGCGTTA------AGCGT----AT-G--TTTGACAT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTACATAGAAATAGTACCACGCATATTAA--ACAT-A-------------TGT--------------------ATAAAGT------TT---------TCATG---GAA-A--------TA-G---A-ACCACG--CG---CGTTA-A-----ACATATGTTTAACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcct-----GTTTAACGTACGGTTAAA----AAGTAGGTTT------TACATAGAAATAG--TACCACGC---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A--------------------G--------------TTTTCATGGAAATAGAACCACGCGCGTTAA--ACAT-AT------G-----TT----------------------TAACG-ATG---TT---------T--Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG--AA-ATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATGT-----------ATAAAGTT------TTCATGGAAATAG--AACCACGC---------------------G----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTTTTCATCGAAATAGTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT--AA-A-AATGC-CACGC--------------ATACTGTCCAA---AACGTAAGTTT------CTCATGTCAATAG--AACAACGC---------------------G----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT--ACGTAAGT--TA--ACGAACGGTAA--A-------------------------------------------AACGTACGGCATT---------CA-TAGG-AAA-AGTATCACGCATGTT-A-AACATA--TA---T---T-T-----ACGTATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCTCATGTCAATAGAACAACGCGCGTTTA--ACAG-GT------G-----TTT--------------------CTGTTGTAAG---TT---------T--T-----AC-G--------TAAGTT---AACGAA--CGGTAA---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT--CA-ATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACAGGTGTTTCTG---T-TGTAAGTTT------T------------------ACGT---------------------A----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATTCATAGGAAAAGTATCACGCATGTTAA--ACAT-AT------A-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAT-A--------TACGTT-----------CG---A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACGTACGGCA------TTCATAGGAAAAG--TATCACGCATGTTAAACATATATTTACGTA----------------------TGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTTCATGGTAATAGTACAATGCATATTAA--ACAC-AT------G-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAC-A--------TACATTCG-AATATGTTTG---A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111 222222222222222 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 55 4 4 2 88888 0 222222222222222 2 3 888888 3 33 333333333333333333333333333333333333333333333 4444 22 55555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 0 33 11111111111111111111111111111111111111111 3 333 88888888888888888 33 99999999 333 44 333333333333333 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : .. . . . ..... . ............... . . ...... . .. ............................................. .... .. ..... .................................................................. . . . .. ......................................... . ... ................. .. ........ ... .. ............... ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 55 0 0 3 33333 1 222222222222222 8 1 888888 4 88 888888888888888888888888888888888888888888888 5555 55 00000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 7 2 22 44444444444444444444444444444444444444444 6 999 55555555555555555 77 77777777 555 22 444444444444444 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAATAGTACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGGAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACATAT------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATA--CG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAATAGTACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGGAAATAGTACCACGCACGTTTA--ACATA-------G-----TTT--------------------CTAACGTACG---TT---------T--TA---AAN-A--------TATGTT-A-AACATA--CG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA--AA-ATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACG-------TTTGAGTACATGTGA-TT------CTCCTGGAAATAGTACCACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTTCATGAAAATATTACTATGTATGTTTA--ACATA-------G-----TTT--------------------CTAATGTACG---CT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--G-------TTTCTGC-CATACAT-TTAACGTATTCATAGAAATAGTACCATGC---------------------A----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTTCATGGAAATAGTACCATGCATGTTTA--ACATA------------------------------------C--ATGTACA---TT---------T--
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATGTTAAACATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATATG-----------AATATGT--GT-TT------TTCATGGAAATAGTACCATGC---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTTCATGGAAATAGTACCATGTATGTTTA--ACATACATGTATG-----TTG--------------------CAAATGCATG---TT---------T--TA---AAA-A--------TATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatgAATGTATG---TT---------T--TG---GACCA--------CATGTA-A-AACATA--CC---CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatac-----GTTTTACATGTG-------GTCCAAAACATACAT-TT------CTCATGTAAATAGTACCACGT---------------------G----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TTCACAGAAATAATACCATGTATGTTTA--ACATA-------tctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT--AA-ATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATG-------TTTCTGC-CATACGTATG------TTCACAGAAATAATACCATGT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTTTTCATGAAAATAGTACCACCAATGTTAA--CCAAA-------A-----TTTTTTTTATGACAAAACACATGTTAATGTATG---TT---------T--TATCCAAC-A--------TATGTT-T-AACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ACGT---------------------A----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCTCATGTAAATAGTACCACGCGCTTTTA--ACATACAT----GTATGTTTT--------------------CTGCCGTAGG---TT---------T--T----CAC-A--------TATGTT-CTAACATA--C
gi|13 : acatacatttaCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATACATGTATGTTTTCTGC-CGTAGGT-TT------T---------------CACAT---------------------A----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttctACGC---------------------A----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCTCGTGTTAATATTACCACGCACGTTTACCACGTA-------A------TT--------------------CTGCGGTACG--------------T--TA---AAA-G--------TAT-TT---AACATA--CG---ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT--AA-ATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCTGC-CGTACGT-TT------TACGT----ATTTTA-AATTT---------------------A----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATTCATAGGAATAGTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : TGAAAATG---CCACGC---------------------A----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCTGATGTAAATAGTACCACGCGCATTTA--ACATAT------G-----TTT--------------------CTACCATAAG---Ta
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATTCATAGAAATACTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTATG---CT---------T--TA---GAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAAAATAGTACTATGAATGTTTA-----------------------------------------------TGTATG---CT---------T--TA---AAA-G--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : TCATGGAAATAGTACCACGC---------------------AAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATGAAAATAATACCACGTATGTTTA--CCATA-------T-----GCT--------------------CTTATAAATG---CT---------T--TT---AAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG---A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAG
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAAAAATGCCACGC---------------------A----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCTCGTGTAAATAGTATTAGGCTCGTTT---ACATAT------G-----TTT--------------------CTGCCGTGCG---TTAAGCGTATGT--TT---GAC-A--------TATGTT-T-AACGTA--CGGTTA---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT--AA-ATAGTAT-TAGGCTC-----GTTTA-CATATG-------TTTCTGC-CGTGCGT-TA------AGCGT----AT-GTTTGACAT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTACATAGAAATAGTACCACGCATATTAA--ACATA-------------TGT--------------------ATAAAGT------TT---------TCATG---GAA-A--------TA-G---A-ACCACG--CG---CGTTA-A-----ACATATGTTTAACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcct-----GTTTAACGTACG-------GTTAAAAA-GTAGGT-TT------TACATAGAAATAGTACCACGC---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A--------------------G--------------TTTTCATGGAAATAGAACCACGCGCGTTAA--ACATAT------G-----TT----------------------TAACG-ATG---TT---------T--Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG--AA-ATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATG-------T--------ATAAAG-TT------TTCATGGAAATAGAACCACGC---------------------G----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTTTTCATCGAAATAGTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT--AA-A-AATGC-CACGC--------------ATACT-------GTCCAAAACGTAAGT-TT------CTCATGTCAATAGAACAACGC---------------------G----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT--ACGTAAGT--TA--ACGAACGGTAA--A------------------------------------------AACGTACGGCATT---------CA-TAGG-AAA-AGTATCACGCATGTT-A-AACATA--TA---T---T-T-----ACGTATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCTCATGTCAATAGAACAACGCGCGTTTA--ACAGGT------G-----TTT--------------------CTGTTGTAAG---TT---------T--T-----AC-G--------TAAGTT---AACGAA--CGGTAA---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT--CA-ATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACAGGTG-------TTTCTGT-TGTAAGT-TT------T----------------ACGT---------------------A----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATTCATAGGAAAAGTATCACGCATGTTAA--ACATAT------A-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAT-A--------TACGTT-----------CG---A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACGTACGG-CA------TTCATAGGAAAAGTATCACGCATGTTAAACATATATTTACGTA----------------------TGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTTCATGGTAATAGTACAATGCATATTAA--ACACAT------G-----TTT-----------------------ACGTATG---TT---------T-------AAC-A--------TACATTCG-AATATGTTTG---A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222222222222222222 111111111111111 111 2222222222222222 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 55 4 4 1 77777 888888888888888 1 2 99999999 33 444 2 333 111111111111111111111111111111111111111111111 4444 33 44444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 1 333 3 22 88888888888888888888888888888888888888 0 4444 333333333333333 99999999999 333 33 9999999999999999 1 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : .. . . . ..... ............... . . ........ .. ... . ... ............................................. .... .. ..... .................................................................. . . . ... . .. ...................................... . .... ............... ........... ... .. ................ . ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 55 0 0 2 77777 000000000000000 9 9 77777777 33 111 4 777 888888888888888888888888888888888888888888888 2222 22 88888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 0 8 222 1 99 00000000000000000000000000000000000000 6 1111 444444444444444 44444444444 111 77 2222222222222222 5 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTT-CATG-GAAATA---GTACCACGCACGTTTAAC--A------T--ATG--------TTTC-------TA-----ACGTACG---TT---------T-TA--AAC-A--------TATGTT-A-AACGTA--CG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTT-CATG-GAAATA---GTACCACGCACGTTTAAC--A------T--ATG--------TTTC-------TA-----ACGTACG---TT---------T-TA--AAN-A--------TATGTT-A-AACATA--CG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA--AA-ATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACG-------TTTGAGTACATGTGA-TT------CTCCTGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTT-CATG-AAAATA---TTACTATGTATGTTTAAC--A------T--A-G--------TTTC-------TA-----ATGTACG---CT---------T-TA--AAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG----A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--G-------TTTCTGC-CATACAT-TTAACGTATTCATAGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTT-CATG-GAAATA---GTACCATGCATGTTTAAC--A------T--AC---------------------------ATGTACA---TT---------T-
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATGTTAAACATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATATG-----------AATATGT--GT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTT-CATG-GAAATA---GTACCATGTATGTTTAAC--ATACATGT--ATG--------TTGC-------AA-----ATGCATG---TT---------T-TA--AAA-A--------TATGTT-agtttaacatttgaatgtgtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatgA-----ATGTATG---TT---------T-TG--GACCA--------CATGTA-A-AACATA--CC----CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatac-----GTTTTACATGTG-------GTCCAAAACATACAT-TT------CTCATGTAAA---TAG-TACC---ACGT---------------------G----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TT-CACA-GAAATA---ATACCATGTATGTTTAAC--A------T--Atctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT--AA-ATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATG-------TTTCTGC-CATACGTATG------TTCACAGAAA---TAA-TACC---ATGT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACA---------TTTTTTTTTTCATG-AAAATA---GTACCACCAATGTT-AACCAA------A--ATT--------TTTT-------TT-----ATG-ACA-----------------A--AAC-A--------CATGTT-A-A-TGTA--TGTTTTATC-C-A-----ACATATGTTTAACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ---ACGT---------------------A----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCT-CATG-TAAATA---GTACCACGCGCTTTTAAC--A------TACATGTATGT---TTTC-------TG-----CCGTAGG---TT---------T-T---CAC-A--------TATGTT-CTAACATA--C
gi|13 : acatacatttaCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATACATGTATGTTTTCTGC-CGTAGGT-TT------T-------------------C---ACAT---------------------A----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttct---ACGC---------------------A----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCT-CGTG-TTAATA---TTACCACGCACGTTTACC--A------C--GTA--------ATTC-------TG-----CGGTACG--------------T-TA--AAA-G--------TAT-TT---AACATA--CG----ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT--AA-ATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCTGC-CGTACGT-TT------TACGT----A---TTT-TA-A---ATTT---------------------A----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATT-CATA-GGAATA---GTACCACGCATGTTtctga
gi|16 : TGAAAA---TG----CC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCT-GATG-TAAATA---GTACCACGCGCATTTAAC--A------T--ATG--------TTTC-------TA-----CCATAAG---Ta
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATT-CATA-GAAATA---CTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTATG---CT---------T-TA--GAA-A--------TATGTT-A-AACATA--TG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG-AAAATA---GTACTATGAATGTTTA--------------------------------------------TGTATG---CT---------T-TA--AAA-G--------TATGTT-A-AACATA--TG----A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : G-GTAAAA---ATGCCACGCATGTAAAAC--G------T--AAG--------TT---------TA-----ACGTAAA---TT---------T-AA--GGT-A--------CACGCCAA-AACGTA--CG----
gi|6 : acaTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------AAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTT-CATG-AAAATA---ATACCACGTATGTTTACC--A------T--ATG--------CTCT-------TAT----AAATGC----TT---------T-TA--AA--A--------TATGTT-A-AACATA--TG----A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAA---AAA-TGCC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCT-CGTG-TAAATA---GTATTAGGCTCGTTT-AC--A------T--ATG--------TTTC-------TG-----CCGTGCG---TTAAGCGTATGT-TT--GAC-A--------TATGTT-T-AACGTA--CGGTT-A---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT--AA-ATAGTAT-TAGGCTC-----GTTTA-CATATG-------TTTCTGC-CGTGCGT-TA------AGCGT----A---T-G-TTTG---ACAT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTA-CATA-GAAATA---GTACCACGCATATTAAAC--A------T--ATGTATAAAGTTTTCATGGAAATAGAACCACGCGCG--------------T-TA--AAC-A--------TATGTT-T-AACaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcct-----GTTTAACGTACG-------GTTAAAAA-GTAGGT-TT------TACATAGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A---------------------------------GTTTT--CATG-GAAATA---GAACCACGCGCGTTAAAC--A------T--ATG--------TT---------TA-----ACG-ATG---TT---------T-Tgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG--AA-ATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATG-------T--------ATAAAG-TT------TTCATGGAAA---TAG-AACC---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTTTT-CATC-GAAATA---GTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT--AA-A-AATGC-CACGC--------------ATACT-------GTCCAAAACGTAAGT-TT------CTCATGTCAA---TAG-AACA---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT---ACG-TAAGT-----TA--ACGAACGGTAAA------------------------------------A-----ACGTACGGCATT---------CATAGGAAA-AGTATCACGCATGTT-A-AACATA--TA----T---T-T-----ACGTATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCT-CATG-TCAATA---GAACAACGCGCGTTTAAC--A------G--GTG--------TTTC-------TG-----TTGTAAG---TT---------T-T----AC-G--------TAAGTT---AACGAA--CGGTA-A---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT--CA-ATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACAGGTG-------TTTCTGT-TGTAAGT-TT------T-----------------------ACGT---------------------A----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATT-CATA-GGAAAA---GTATCACGCATGTTAAAC--A------T--ATA--------TTT---------------ACGTATG---TT---------T-----AAT-A--------TACGTT-----------CG----A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACATGT-----GTTTAATATGCA-------TT-------GTACTA-TT------ACCATGAAAAACATAGATATTCGAACGT---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAC-----------G---------------T---A-A-AT-----------------A-----------TATGTTTAA-CATGCGTGATACTTTTCCTATGAATGC----C--G------T--ACG--------TTTT-------TA-----CCGTTCG---TT---------------AAC-T--------TACGTA-A-AACTTA--CA----ACAGA-A-----ACACCTGTTAAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcACGTACGG-CA------TTCATAGGAA---AAG-TATC---ACGCATGTTAAACATATATTTACGTA----------------------TGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTT-CATG-GTAATA---GTACAATGCATATTAAAC--A------C--ATG--------TTT---------------ACGTATG---TT---------T-----AAC-A--------TACATTCG-AATATGTTTG----A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 111111111 1111 3333333333333333 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 55 4 4 1 77777 888888888888888 1 2 99999999 33 444 2 333 111111111111111111111111111111111111111111111 4444 33 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 1 333 333 22 666666 22 111111111111111111111111111111 555555 0 222222222 44 33 8888 2 1 0000000000000000 1 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : .. . . . ..... ............... . . ........ .. ... . ... ............................................. .... .. ..... .................................................................. . . ... ... .. ...... .. .............................. ...... . ......... .. .. .... . . ................ . ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 55 0 0 2 77777 000000000000000 9 9 77777777 33 111 4 777 888888888888888888888888888888888888888888888 2222 22 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 8 222 222 99 111111 99 888888888888888888888888888888 666666 6 111111111 22 77 4444 4 0 7777777777777777 5 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA--AA-ATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACG-------TTTGAGTACATGTGA-TT------CTCCTGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTTCATG-AAAATA---TTACTATGTATGTT--TAAC--A------T--A-G--------TTTC-------T----A-----ATGTA-----CGCT---------TTAAAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--G-------TTTCTGC-CATACAT-TTAACGTATTCATAGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGCATGTT--TAAC--A------T--AC-------------------------------ATGTA-----CATTTAG------TTTAAC-AT---TT--G-A-ATGT
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATGTTAAACATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATATG-----------AATATGT--GT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGTATGTT--TAAC--ATACATGT--ATG--------TTGC-------A----A-----ATGCA-----TGTT---------TTAAAA-ATATGTT--gtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatg----A-----ATGTA-----TGTT---------TTGGACCACATGTA--A-A-ACATACC----CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatac-----GTTTTACATGTG-------GTCCAAAACATACAT-TT------CTCATGTAAA---TAG-TACC---ACGT---------------------G----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TTCACA-GAAATA---ATACCATGTATGTT--TAAC--A------T--Atctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT--AA-ATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATG-------TTTCTGC-CATACGTATG------TTCACAGAAA---TAA-TACC---ATGT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTTTTCATG-AAAATA---GTACCACCAATG-T--TAACCAA------A--ATT--------TTTT-------T----T-----ATG-A-----CA-------------AAAC-ACATGTT----A-ATGTATGTTTTATC-C-A-----ACATATGTTTAACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ---ACGT---------------------A----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCTCATG-TAAATA---GTACCACGCGCTTT--TAAC--A------TACATGTATGT---TTTC-------T----G-----CCGTA-----GGTT---------TT-CAC-ATATGTT--CTA-ACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATACATGTATGTTTTCTGC-CGTAGGT-TT------T-------------------C---ACAT---------------------A----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttct---ACGC---------------------A----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCTCGTG-TTAATA---TTACCACGCACGTT--TACC--A------C--GTA--------ATTC-------T----G-----CGGTA-----CG-----------TTAAAA-GTAT-TT----A-ACATACG----ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT--AA-ATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCTGC-CGTACGT-TT------TACGT----A---TTT-TA-A---ATTT---------------------A----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATTCATA-GGAATA---GTACCACGCATGTT--tctga
gi|16 : TGAAAA---TG----CC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCTGATG-TAAATA---GTACCACGCGCATT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----CCATA-----AGTa
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATTCATA-GAAATA---CTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTA-----TGCT---------TTAGAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG-AAAATA---GTACTATGAATGTT--TA------------------------------------------------TGTA-----TGCT---------TTAAAA-GTATGTT--A-A-ACATATG----A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : G-GTAAAA---ATGCCACGCATGTA--AAAC--G------T--AAG--------TT---------T----A-----ACGTA-----AATT---------TAAGGT-ACACGCCA-A-A-ACGTACG----
gi|6 : acaTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------AAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-AAAATA---ATACCACGTATGTT--TACC--A------T--ATG--------CTCT-------T----AT----AAATG-----C-TT---------TTAAA--ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAA---AAA-TGCC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCTCGTG-TAAATA---GTATTAGGCTCGTT--T-AC--A------T--ATG--------TTTC-------T----G-----CCGTG-----CGTTAAGCGTATGTTTGAC-ATATGTT--T-A-ACGTACGGTT-A---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT--AA-ATAGTAT-TAGGCTC-----GTTTA-CATATG-------TTTCTGC-CGTGCGT-TA------AGCGT----A---T-G-TTTG---ACAT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTACATA-GAAATA---GTACCACGCATATT--AAAC--A------T--ATGTATAAAGTTTTCATGGAAAT----AGAACCACGCG-----CG-----------TTAAAC-ATATGTT--T-A-ACGaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcct-----GTTTAACGTACG-------GTTAAAAA-GTAGGT-TT------TACATAGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A---------------------------------GTTTT-CATG-GAAATA---GAACCACGCGCGTT--AAAC--A------T--ATG--------TT---------T----A-----ACG-A-----TGTT---------TTatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG--AA-ATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATG-------T--------ATAAAG-TT------TTCATGGAAA---TAG-AACC---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTTTTCATC-GAAATA---GTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT--AA-A-AATGC-CACGC--------------ATACT-------GTCCAAAACGTAAGT-TT------CTCATGTCAA---TAG-AACA---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT--ACG-TAAGT-----TA--ACGAACGGTAAAAAC--G------T--ACGGCA-----TTCA-------TAGGAA-----AAGTATCACGCATG---------TTAAAC-ATATATT---------TACG-------------------TATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCTCATG-TCAATA---GAACAACGCGCGTT--TAAC--A------G--GTG--------TTTC-------T----G-----TTGTA-----AGTT---------TT--AC-GTAAGTT----A-ACGAACGGTA-A---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT--CA-ATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACAGGTG-------TTTCTGT-TGTAAGT-TT------T-----------------------ACGT---------------------A----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATTCATA-GGAAAA---GTATCACGCATGTT--AAAC--A------T--ATA--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAT-ATACGTT-----------CG----A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACATGT-----GTTTAATATGCA-------TT-------GTACTA-TT------ACCATGAAAAACATAGATATTCGAACGT---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAC-----------G---------------T---A-A-AT-----------------A-----------TATGTTTAACATGCGTGATACTTTTCCTATGAATGC------C--G------T--ACG--------TTTT-------T----A-----CCGTT-----CGTT------------AAC-TTACGTA--A-A-ACTTACA----ACAGA-A-----ACACCTGTTAAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcACGTACGG-CA------TTCATAGGAA---AAG-TATC---ACGCATGTTAAACATATATTTACGTA----------------------TGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTTCATG-GTAATA---GTACAATGCATATT--AAAC--A------C--ATG--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAC-ATACATTCGA-ATATGTTTG----A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 111111111 1111 3333333333333333 333 2222222 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 55 4 4 1 77777 888888888888888 1 2 99999999 33 444 2 333 111111111111111111111111111111111111111111111 4444 33 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 1 333 333 22 666666 22 111111111111111111111111111111 555555 0 222222222 44 33 8888 2 1 0000000000000000 1 666 1111111 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : .. . . . ..... ............... . . ........ .. ... . ... ............................................. .... .. ..... .................................................................. . . ... ... .. ...... .. .............................. ...... . ......... .. .. .... . . ................ . ... ....... .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 55 0 0 2 77777 000000000000000 9 9 77777777 33 111 4 777 888888888888888888888888888888888888888888888 2222 22 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 8 222 222 99 111111 99 888888888888888888888888888888 666666 6 111111111 22 77 4444 4 0 7777777777777777 5 444 4444444 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGA--AA-ATAGTAC-CACGCAC-----GTTTAACATACG-------TTTGAGTACATGTGA-TT------CTCCTGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTTCATG-AAAATA---TTACTATGTATGTT--TAAC--A------T--A-G--------TTTC-------T----A-----ATGTA-----CGCT---------TTAAAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAAT--TTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTGAACAT--G-------TTTCTGC-CATACAT-TTAACGTATTCATAGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGCATGTT--TAAC--A------T--AC-------------------------------ATGTA-----CATTTAG------TTTAAC-AT---TT--G-A-ATGT
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATGTTAAACATAGTATACATGTACATTTAGTTTAACATATG-----------AATATGT--GT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ATGC---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGTATGTT--TAAC--ATACATGT--ATG--------TTGC-------A----A-----ATGCA-----TGTT---------TTAAAA-ATATGTT--gtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtattcatagaaatagtaccatg----A-----ATGTA-----TGTT---------TTGGACCACATGTA--A-A-ACATACC----CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatac-----GTTTTACATGTG-------GTCCAAAACATACAT-TT------CTCATGTAAA---TAG-TACC---ACGT---------------------G----------------------CAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TTCACA-GAAATA---ATACCATGTATGTT--TAAC--A------T--Atctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGT--AA-ATAGTAC-CACGTGC-----ATTTAACATATG-------TTTCTGC-CATACGTATG------TTCACAGAAA---TAA-TACC---ATGT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTTTTCATG-AAAATA---GTACCACCAATG-T--TAACCAA------A--ATT--------TTTT-------T----T-----ATG-A-----CA-------------AAAC-ACATGTT----A-ATGTATGTTTTATC-C-A-----ACATATGTTTAACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA----TAATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ---ACGT---------------------A----------------------AAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCTCATG-TAAATA---GTACCACGCGCTTT--TAAC--A------TACATGTATGT---TTTC-------T----G-----CCGTA-----GGTT---------TT-CAC-ATATGTT--CTA-ACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----TTTTAACATACATGTATGTTTTCTGC-CGTAGGT-TT------T-------------------C---ACAT---------------------A----------------------TGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttct---ACGC---------------------A----------------------CATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCTCGTG-TTAATA---TTACCACGCACGTT--TACC--A------C--GTA--------ATTC-------T----G-----CGGTA-----CG-----------TTAAAA-GTAT-TT----A-ACATACG----ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATAT--AA-ATAGTAC-CATGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCTGC-CGTACGT-TT------TACGT----A---TTT-TA-A---ATTT---------------------A----------------------TGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATTCATA-GGAATA---GTACCACGCATGTT--tctga
gi|16 : TGAAAA---TG----CC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCTGATG-TAAATA---GTACCACGCGCATT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----CCATA-----AGTa
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATTCATA-GAAATA---CTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTA-----TGCT---------TTAGAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TTAATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG-AAAATA---GTACTATGAATGTT--TA------------------------------------------------TGTA-----TGCT---------TTAAAA-GTATGTT--A-A-ACATATG----A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTTAATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : G-GTAAAA---ATGCCACGCATGTA--AAAC--G------T--AAG--------TT---------T----A-----ACGTA-----AATT---------TAAGGT-ACACGCCA-A-A-ACGTACG----
gi|6 : acaTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------AAATTAAACATATGTTTCAAATACAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-AAAATA---ATACCACGTATGTT--TACC--A------T--ATG--------CTCT-------T----AT----AAATG-----C-TT---------TTAAA--ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGACAG------TTAATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAA---AAA-TGCC---ACGC---------------------A----------------------TGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCTCGTG-TAAATA---GTATTAGGCTCGTT--T-AC--A------T--ATG--------TTTC-------T----G-----CCGTG-----CGTTAAGCGTATGTTTGAC-ATATGTT--T-A-ACGTACGGTT-A---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGT--AA-ATAGTAT-TAGGCTC-----GTTTA-CATATG-------TTTCTGC-CGTGCGT-TA------AGCGT----A---T-G-TTTG---ACAT---------------------A----------------------TGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTACATA-GAAATA---GTACCACGCATATT--AAAC--A------T--ATGTATAAAGTTTTCATGGAAAT----AGAACCACGCG-----CG-----------TTAAAC-ATATGTT--T-A-ACGaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcct-----GTTTAACGTACG-------GTTAAAAA-GTAGGT-TT------TACATAGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------A-----T---A-A-A---------------------------------GTTTT-CATG-GAAATA---GAACCACGCGCGTT--AAAC--A------T--ATG--------TT---------T----A-----ACG-A-----TGTT---------TTatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatCATAG--AA-ATAGTAC-CACGCAT-----ATTAAACATATG-------T--------ATAAAG-TT------TTCATGGAAA---TAG-AACC---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A----------------------ACG----------ATGTTTTTCATC-GAAATA---GTACCACGCtcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGT--AA-A-AATGC-CACGC--------------ATACT-------GTCCAAAACGTAAGT-TT------CTCATGTCAA---TAG-AACA---ACGC---------------------G----------------------CGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT--ACG-TAAGT-----TA--ACGAACGGTAAAAAC--G------T--ACGGCA-----TTCA-------TAGGAA-----AAGTATCACGCATG---------TTAAAC-ATATATT---------TACG-------------------TATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCTCATG-TCAATA---GAACAACGCGCGTT--TAAC--A------G--GTG--------TTTC-------T----G-----TTGTA-----AGTT---------TT--AC-GTAAGTT----A-ACGAACGGTA-A---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGT--CA-ATAGAAC-AACGCGC-----GTTTAACAGGTG-------TTTCTGT-TGTAAGT-TT------T-----------------------ACGT---------------------A----------------------AGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATTCATA-GGAAAA---GTATCACGCATGTT--AAAC--A------T--ATA--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAT-ATACGTT-----------CG----A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACATGT-----GTTTAATATGCA-------TT-------GTACTA-TT------ACCATGAAAAACATAGATATTCGAACGT---------------------A----------------------TAT----T-AAAC-----ATAC-----------G---------------T---A-A-AT-----------------A-----------TATGTTTAACATGCGTGATACTTTTCCTATGAATGC------C--G------T--ACG--------TTTT-------T----A-----CCGTT-----CGTT------------AAC-TTACGTA--A-A-ACTTACA----ACAGA-A-----ACACCTGTTAAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgcACGTACGG-CA------TTCATAGGAA---AAG-TATC---ACGCATGTTAAACATATATTTACGTA----------------------TGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTTCATG-GTAATA---GTACAATGCATATT--AAAC--A------C--ATG--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAC-ATACATTCGA-ATATGTTTG----A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
blockSeqs : TA C A G ATTTA TGTATGTTTTCTGC C A AACGTATT AG ACA A CGA AAATTAAACATATGTTTCAAATAC AAAT CT ATAGT GTTTAACGTAAATTTAACAAACGTGCCAAAACG C CTT AAA CA TACATG AC TATAAAGTTTTCATGGAAATAGAACC TCACGC AAGCGTATG TT CC CGA T G TTTTATCCA T AA GTAACTG CA AAG G C T A G TCTT ATT CT G G GTTAAAAA ATCG C TA T C AA T C A AAAT T T AGATAGATGGGTATT A AA . T TACAACTCTACCATCTATTTCC GTTAG TCTCT C
blockSeqs : . . . A . GTCCAAAA C . TT GG . . . ATGTTAAACATATATTTACGTAT . A . ATGTACATTTAGTTTAACATATGAATA . . T . . . GCATTCATAGGAA C TAG TA C CT . A AATAGTACC A CA CTAAC . . C A . T T . . . . T . CTC C TG . C . . . T . T T . C . . . . T TCTCA G
blockSeqs : . . . G . GTTAAAAA C . CT GT . . . AT . T . ATGTACATTTAGTTTAACATTTGAA . . T . . . TATGTTTTCTG T . TG A AA . G GTTAAA T . AA . . G T . . . . . . . T . G T . C . .
blockSeqs : . . . G . GTCCAAAA G . TT AG . . . AT . T . GTTAAATATACGGTCAAAACA . . T . . . CTCTTAT T . TA C G . A GTAAAA T . G . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . G . TTTCTGC C . TA GA . . . GC . T . ATGGAATTGTTACATGTG . . T . . . TTGCAA C . TA C A . A ACAGAA T
blockSeqs : . . . T . TTTCTGC C . AG GG . . . AT . T . ATACGTTAGAATACAT . . T . . . TTTTTT G . TA A A . A CTAA G
blockSeqs : . . . A . TTTCTGC G . TA GG . . . AA . T . GTTTCTGCCATACG . . T . . . ATTCTG C . AA A A . A AAA C
blockSeqs : . . . G . TTTCTGC A . TT AG . . . AT . T . GAGCCAAAACG . . T . . . TTTCTA A . TA A A . G AAC A
blockSeqs : . . . G . TTTCTGT A . CT GG . . . AC . A . GTGACAAAACG . . T . . . TTTCTG T . TT T T . A AAA T
blockSeqs : . . AATA A . AC GT . . . AT . T . GTTTGATTACG . . A . . . TTTCTG T . TA C T . G AAT .
blockSeqs : . TT C . TT GA . . . AT . T . TGTCCAAAACG . . T . . . TTTTTA A . TA C A . G .
blockSeqs : . T C . T AG . . . AT . A . GTTCGAATATC . . T . . . TTTA C . A C . . G
blockSeqs : . . T . . . . AT . T . GGTTATAACC . . A . . . TTTA C . T C . . T
blockSeqs : . . . . AT . A . GGTAAAAATG . . A . . . TTT C . T T . . G
blockSeqs : . . . . GC . A . GGTTAAAAAG . . T . . . TTT T . . C . . .
blockSeqs : . . . . GC . T . GTTTCTGTTG . . A . . . . A . . C . . .
blockSeqs : . AA . A . GGTAAAAACG . . A . . . . T . . .
blockSeqs : . AT . T . GTTTAACG . . . . . . C .
blockSeqs : . . . GTATAAA . . T
blockSeqs : . GTAAATA . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TTTCTGN******** A** AA*****
originalCons : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACG-------TTTCNGCACGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
finalCons : CATGT--AA-ATAGTAC-CACGCGC-----GTTTAACATACGTTTCTGN--------CGTACGT-TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGC---------------------A----------------------CGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAATA--TATGAAAAAGGTATGACAAA-----TTAATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333333333333 111111111 1111 3333333333333333 333 44444444 11 111 1 1111 111 11 1 22222222 333333333 11 1 1 11 1 1111 555555555555555 11 1 44444444444444444444444 22222 22222
lowQualScore : 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4444 22 55555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 22 333 0 22 33 666666 33 33333333333333333333333333333333 555555 1 222222222 44 33 8888 2 1 0000000000000000 1 666 00000000 88 11 444 0 3 1 0 1 1 7777 555 88 0 1 66666666 111111111 0 2 00 0 5 0 11 0 8 0 1 7777 1 1 000000000000000 8 11 0 0 7 77777777777777777777777 77777 99999 1
lowQualScore : . . .................................................................................... . .... .. ..... .................................................................. . .. ... . .. .. ...... .. ................................ ...... . ......... .. .. .... . . ................ . ... ........ .. .. ... . . . . . . .... ... .. . . ........ ......... . . .. . . . .. . . . . .... . . ............... . .. . . . ....................... ..... ..... .
lowQualScore : 6 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 5555 55 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 11 333 4 99 11 444444 11 33333333333333333333333333333333 666666 1 888888888 77 77 4444 4 0 7777777777777777 5 444 88888888 88 00 000 8 8 0 7 0 0 3333 333 33 3 0 77777777 444444444 2 5 55 0 0 8 00 8 0 0 0 0000 0 0 000000000000000 8 00 0 7 3 77777777777777777777777 77777 77777 0
consensus : CATGTAAATAGTACCACGCGCGTTTAACAT-----------ACG-------TTT---CTGC--CGTACG--------T----TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACAGTAAC--TT-AATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
Reference ( family-1038 ) : CATGTAAATAGTACCACGCGCGTTTAACAT-----------ACG-------TTT---CTGN--CGTACG--------T----TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCACGCACGTT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----ACGTA-----CGTT---------TTAAAC-ATATGTT--A-A-ACGTACG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT-A-TATGAAAAAGGTATGACA--AA---TT-AATATT--TCAAAAATATTA---CAAATNTATACAATNTATTTGCNCATCNGTCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCACGAATCCTTTTAAGATNTGTTTAGAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCN----CTGTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AACACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATANTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAANTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCNTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGACACAACT-TACCATCTATTT-C-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTC-CTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATNTATGCATGTATACACATTAC
gi|1 : CATGAAAATAGTACCACGCACGTTTAACAT-----------ACG-------TTT-----GA---GTACA--------TGTGATT------CTCCTGGAAA---TAG-TACC---ACGCACGT----T-TAAC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---A-A-AT-----------------ATG---------TATGTTTTTCATG-AAAATA---TTACTATGTATGTT--TAAC--A------T--A-G--------TTTC-------T----A-----ATGTA-----CGCT---------TTAAAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCCTGTTTAACATTAGATCAATCGG
gi|1 : TATAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAAGGTATGACAGTAA---TTTAATATT--TCAAAAATATTA---AAAATCTATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTATCATTGTACTTAATGGAACAAACATCAAAATTCATTATTTTTT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGATTGAAAGACAA-ATAAAATAATATGACTGACACAAGGTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTAATGAGAGCAAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCCGTCACAGTAAGTGTTGTATTCCAACAGGAGCGTCACACTGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAATTCTTCCTTCTCATAACATATGAAGAAAATATTC---------------TGTAAACTCCATTTAATTTCTGCATTATCATAGCAATATC--AGTCGGGACAACGGCACATATTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATTTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTAAAGGGACATAACTGTACCATCTATTT-CAAGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATG-------TTTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATAATTATGCATGTATAGACATTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaaggtatgacagtaatttaatatttcaaaaatattaaaaatctatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttatcattgtacttaatggaacaaacatcaaaattcattattttttaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagattgaaagacaaataaaataatatgactgacacaaggtgatcacataataactcaagagcttttggctaatgagagcaaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatttctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatccgtcacagtaagtgttgtattccaacaggagcgtcacactgttgttagtctgcattttcctttttgtaaattcttccttctcataacatatgaagaaaatattctgtaaactccatttaatttctgcattatcatagcaatatcagtcgggacaacggcacatatttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgacatttcatcagcatgtaattttgaacttcagtgtatgattttgtcacttgttgtcttcaggttaaagggacataactgtaccatctatttcaaggtttacttttcttccaactgagctatattattccatgtttcagcaatgttccataccagtttgtcactggaaaataaataattatgcatgtatagacattac
gi|10 : catgaaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttgagtacatgtgattctcctggaaatagtaccacgcacgtttaacatacgtttaaatatgtatgtttttcatgaaaatattactatgtatgtttaacatagtttctaatgtacgctttaaaaatatgttaaacatatgaaaactcctgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATGTAAATAGTACCACGCGCGTTGAACAT-------------G-------TTT---CTGC--CATACA--------T----TTAACGTATTCATAGAAA---TAG-TACC---ATGCATGT----T-AAACATAGTATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------ATGAATA-----TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGCATGTT--TAAC--A------T--AC-------------------------------ATGTA-----CATTTAG------TTTAAC-AT---TT--G-A-ATGT
gi|10 : taaataaacgtatgtttctCATAGAAATAGTACCATGCATGTTAAACATAGTATACATGTACA-------TTTAGTTTAA--CATATGAATATGTGT----TT------TTCATGGAAA---TAG-TACC---ATGCATGT----T-TAAC-----ATACATGTACATTTAG-T-------T-----T---A-ACAT-----------------TTGAA-------TGTGTTTTTCATG-GAAATA---GTACCATGTATGTT--TAAC--ATACATGT--ATG--------TTGC-------A----A-----ATGCA-----TGTT---------TTAAAA-ATATGTT--gtttttcatggaaatagtaccatgtatgtttaacatacatgtatgttgcaaatgcatgttttaaaaatatgttttta
gi|11 : taaataaacgtatgtttctcatgtaaatagtaccacgcgcgttgaacatgtttctgccatacatttaacgtatt----A-----ATGTA-----TGTT---------TTGGACCACATGTA--A-A-ACATACC----CT--A-A-----ACTTACATTTAACATttta
gi|11 : acaggtaaaaataccatacGTTTTACAT-----------GTG-------GTC---CAAAA-CATACA--------T----TT------CTCATGTAAA---TAG-TACC---ACGTGCAT----T-TAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----TCTGC-C-AT-----------------ACG---------TATG---TTCACA-GAAATA---ATACCATGTATGTT--TAAC--A------T--Atctcatgtaaatagtaccacgtgcatttaacatatgtttctgccatacgtatgttcacagaaataataccatgtatgtttaacatacatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|11 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatCATGTAAATAGTACCACGTGCATTTAACAT-----------ATG-------TTT---CTGC--CATACG--------TA---TG------TTCACAGAAA---TAA-TACC---ATGTATGT----T-TAAC-----ATAC-----------A-TACG----T-----T---AGA-AT-----------------ACAT--------TTTTTTTTTCATG-AAAATA---GTACCACCAATG-T--TAACCAA------A--ATT--------TTTT-------T----T-----ATG-A-----CA-------------AAAC-ACATGTT----A-ATGTATGTTTTATC-C-A-----ACATATGTTTAACAcatacgttagaatacattttttttttcatgaaaatagtaccaccaatgttaaccaaaattttttttatgacaaaacacatgttaatgtatgttttatccaacatatgtttaaca
gi|12 : acaggtaaaaataccatacatgttaaatgtaagtttagggtatgttttacatgtggtccaaaacatacatttctGCATAAAAAGCCCTACATGCAAAT-AATATGAAAAACGTATGACA--AA---T--AATTTT--TAAAAAATATTA---CTAATGTATACAAACCACT-GCACATCGG----ATGTATTCATTT---TTTTACTTTCCTCCAC-AATCCTTTTAAGATGTGTTTAGAA--------CTATCAAATAA--CT----CTGTTTATCATGGTGCTGAATGGGACAGACAT-A------ATTATTGTGT-AACATACTGTGTTTTTC-TTGAAAATG--CAAGATAAA---TACCTATAG
gi|13 : ---ACGTAAAT----T-TAAC-----ATAA-----------GAG-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TACGTTTCTCATG-TAAATA---GTACCACGCGCTTT--TAAC--A------TACATGTATGT---TTTC-------T----G-----CCGTA-----GGTT---------TT-CAC-ATATGTT--CTA-ACATAC
gi|13 : acatacatttaCATGTAAATAGTACCACGCGCTTTTAACAT-----------ACATGTATGTTTT---CTGC--CGTAGG--------T----TT------T-------------------C---ACATATGT----TCTAAC-----ATAC-----------A-TGGAATTGT-----T---A-C-AT-----------------GTG---------TACATatggaattgttacatgtgtacatac
gi|14 : acatacatttaacgtaaatttaacataagagccaaaacgtacgtttct---ACGCACATAAATT-TAAC-----ATAC-----------G-T-------GA----C---A-A-A------------------ACG---------TCCGCTTCTCGTG-TTAATA---TTACCACGCACGTT--TACC--A------C--GTA--------ATTC-------T----G-----CGGTA-----CG-----------TTAAAA-GTAT-TT----A-ACATACG----ac
gi|15 : atacgcattctgttaaaaatgccacacatactaaATATAAATAGTACCATGCGCGTTTAACAT-----------ACG-------TTT---CTGC--CGTACG--------T----TT------TACGT----A---TTT-TA-A---ATTTATGC----T-TAAC-----GTAT-----------G-G-------T-----T---A-T-A------------------ACC---------TACGTTATTCATA-GGAATA---GTACCACGCATGTT--tctga
gi|16 : TGAAAA---TG----CC---ACGCATGT----T-AAAT-----GTAT-----------G-T-------T-----A---A-ATAT-----------------ACGGTCAAAACATACATTTCTGATG-TAAATA---GTACCACGCGCATT--TAAC--A------T--ATG--------TTTC-------T----A-----CCATA-----AGTa
gi|17 : ----T-TAAC-----ATAT-----------G---------G-----T---A-A-AA-----------------ATG---------TACATTATTCATA-GAAATA---CTTCCACACACAT
gi|2 : ccgtgcatgaaacatattttacaataaGTA-----TGCT---------TTAGAA-ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCATGTTTAACATTAGATCAATCGGaaatttatgtatag
gi|2 : TATAAGGCATAAAATGACATACAAACTCAT---TATGAAAAAGGTACGACACTAAC--TT-AATATA--TCAACAATATTA---CAAATCTATACAATATATTTGTTCATCTATCTTATGTATTCATTTATTTTTTA--TTCCTCCATGAATCCTTTTAAAATTTGTTTAAAAGTTAAAAACTATCAAATAAATCG------GTTTATCATTGTACTCAATGGGACAGACATCATAATTCATTATTTTGT-AA-ACACTGTGTCTTTCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGAGAACGATTGAAAGGCAACATAAAATGATATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGAGAATAATAATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATAT----CAATCATGATGAGAAAGCAGATCTCTTTCATTGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTCACAGTAATTGTTGTCTTCCAACAGAAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTTTCCTTTTTGTAAATACTTCCTTCTCATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCATTTAAGTTCTCGATTATCATAGCAATATC--TGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataaggcataaaatgacatacaaactcattatgaaaaaggtacgacactaacttaatatatcaacaatattacaaatctatacaatatatttgttcatctatcttatgtattcatttattttttattcctccatgaatccttttaaaatttgtttaaaagttaaaaactatcaaataaatcggtttatcattgtactcaatgggacagacatcataattcattattttgtaaacactgtgtctttcattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggagaacgattgaaaggcaacataaaatgatatgactgacacaagctgatcacataataactcaagagcttttggctcatgagagagaataataatgaacaatgaaataaatctaagcacatttatatcaatcatgatgagaaagcagatctctttcattgatggttcacttttacatactagattcttaaatcagtcacagtaattgttgtcttccaacagaagcgtcacaatgttgttagtctgtattttcctttttgtaaatacttccttctcataacatatgtagcaaataatctgtaaactccatttaagttctcgattatcatagcaatatctgtcgggacaacagcacattttccgaaaaaaagttcatgtgtataactgac
gi|3 : gtatgctttagaaatatgttaaacatatgaaaactcatgtttaacattagatcaatcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG-AAAATA---GTACTATGAATGTT--TA------------------------------------------------TGTA-----TGCT---------TTAAAA-GTATGTT--A-A-ACATATG----A---A-C-----ACTCATGTTTAAC
gi|3 : TAAGGCATAAAATGCCATACAAACAAAT---TATGAAAAATGTATGACAGTAACTGTT-AATATT--TCAAAAATATTA---CAA----ATACAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|3 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTG--CATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGATAGCAAAGGTGAAAGACTGAAAGACAA-ATAAAATATTATGACTGACACAAGCTGATCACATAATAACTCAACAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAATAATAATAAACAATGAAATAAATCTAAGCAAATTTATAT----CAGTCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATCGATGGTTCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATTAGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccattgcatgctctagacaaaaactaccatagatagcaaaggtgaaagactgaaagacaaataaaatattatgactgacacaagctgatcacataataactcaacagcttttggctcatgagagcgaataataataaacaatgaaataaatctaagcaaatttatatcagtcatgatgagaaagcagatttctttcatcgatggttcacttttacatactagattcttaaattagtcac
gi|4 : atgaaaatagtactatgaatgtttatgtatgctttaaaagtatgttaaacatatgaacactcatgtttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaggcataaaatgccatacaaacaaattatgaaaaatgtatgacagtaactgttaatatttcaaaaatattacaaatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----CTGTTTATCATTGTATTCAATGAGACAGACATCATGATTCATTATTTTGTTAGCATACTGTGTCTTTCATTT--TATGCTCTAGACAAAAACTACC-ATAGAAAGCAAAGGTTAAAGATTGAAAAACAA-ATAAAATATTACGACTCACACAAGCTGATCACATATTAACTCAAGAGCTTTTGGCTCATGAGAGCGAACAATTATGAACAATGAAATAAATCTAAGCACATTTATATAAATCAATCATGATGAGAAAGCAGATTTCTTTCATTGATGGTGCACTTTTACATACTAGATTCTTAAATCAGTAACAGTACTTGTTGTCTTCCAACAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGTATTATCCTTTTTGTAAATACTTTCTTCACATAACATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAAACTCCCTGTAATTTCTCCATTATCATAGCAATATT--AGTCAGGACAACAACACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAACTGACATCTTATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAATGTACGATTTTGTCACTTGTTGTCTTCAGGTTTAAGGGA----------------------------TACTTTTTTCCCAACTGAGCTATATTAGTTAGTCCATGTCTCTCTTCTCAGCAATGTTCCATACCAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATCTATGCTTGTATACACATT
gi|5 : TCACAGTAAGTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGTCACAATGTTGTTAGTCTGCATTTTCCTTTTTGTAAAAACTTCGTTCTCATATCATATGTAGCAAATAATC---------------TGTAATCTCCCTTTAATTTCTCCATTATCATAGCAAAATC--GGTCGGGACAACAGCACAT-TTTCCGAAAAAAAGTTCATGTGTATAAGTGACATCTCATCAGCATGTAATTTTGAACTTCAGTGTATGATTTTGTAAC---TTGTCTTCAGGTTTAAGGTATACAACTCTACCATCTATTTCC-AGGTTTACTTTTCTTCCAACTGAGCTATATTA-T---TCCATGTCTCACTTCTCAGCAATGTTCCATACAAGTTTGTCACTGGAAAATAAATATGTATGCATGTATACACATTAC
gi|6 : G-GTAAAA---ATGCCACGCATGTA--AAAC--G------T--AAG--------TT---------T----A-----ACGTA-----AATT---------TAAGGT-ACACGCCA-A-A-ACGTACG----
gi|6 : acaCATGGAAATAGTACCACGCAAATTAAACAT-----------ATG-------TTT---C---------------------------------------AAA---TA--------------CAT----T-TAGC-----ATAC-----------G-T-------T-----T---G-A-TT-----------------ACG---------TACGTTTTTCATG-AAAATA---ATACCACGTATGTT--TACC--A------T--ATG--------CTCT-------T----AT----AAATG-----C-TT---------TTAAA--ATATGTT--A-A-ACATATG----A---A-A-----ACTCGTGTTTAACATTAGATCAGTCAGctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatggaaatagtaccacgcaaattaaacatatgtttcaaatacatttagcatacgtttgattacgtacgtttttcatgaaaataataccacgtatgtttaccatatgctcttataaatgcttttaaaatatgttaaacatatgaaaactcgtgtttaacattagatcagtcag
gi|7 : acaggtaaaaatgccacgcatgtaaaacgtaagtttaacgtaaatttaaggtacacgccaaaacgtacgctattcatagcaatagttaaacatattaacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGGCAAAAAATGCCATAGAAACAAATCA-TATGAAAAAGGTATGAC---AG---TT-AATGTTCATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATATTATTTAT
gi|7 : ATGAAAAAAATCAAAGAAAATGTATAT----TATTTATAATGAGAAAGCAGATTTATTTCATTTTTGGTTTGTTTTTACACACTAGATTCTTGTATCATTCACAGTAACTGTTGTCTTCCAATAGGAGCGCTACAATGTTGTTAGTATGCCTTTCCATTTTTATAAATACCACCTTGTCATAACATAT--AGCAGATAATCAGATAGATGGGTATTTGTAAACTCC-TTTAATATCTTCATTATCATAGCAATATCAAAGTCTGGACaatgagaaagcagatttatttcatttttggtttgtttttacacactagattcttgtatcattcacagtaactgttgtcttccaataggagcgctacaatgttgttagtatgcctttccatttttataaataccaccttgtcataacatatagcagataatcagatagatgggtatttgtaaactcctttaatatcttcattatcatagcaatatcaaagtctggac
gi|8 : ggcaaaaaatgccatagaaacaaatcatatgaaaaaggtatgacagttaatgttcGGAAA---AAA-TGCC---ACGCATGT----T-AGAC-----GTAC-----------G-T-------TTAACGT---A-A-ATTTAACAAACGTGCCAAAACG---------TACGATCCTCGTG-TAAATA---GTATTAGGCTCGTT--T-AC--A------T--ATG--------TTTC-------T----G-----CCGTG-----CGTTAAGCGTATGTTTGAC-ATATGTT--T-A-ACGTACGGTT-A---A-A-----AAGTAGGTTTTACA-TAGA
gi|8 : cacaCGTGTAAATAGTATTAGGCTCGTTTA-CAT-----------ATG-------TTT---CTGC--CGTGCG--------T----TA------AGCGT----A---T-G-TTTG---ACATATGT----T-TAAC-----GTAC-----------G-G-------T-----T---A-A-A------------------AAG---------TAGGTTTTACATA-GAAATA---GTACCACGCATATT--AAAC--A------T--ATGTATAAAGTTTTCATGGAAAT----AGAACCACGCG-----CG-----------TTAAAC-ATATGTT--T-A-ACGaatagtaccacgcatattaaacatatgtataaagttttcatggaaatagaaccacgcgcgttaaacatatgtttaacgatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|8 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctCATAGAAATAGTACCACGCATATTAAACAT-----------ATG-------T------------ATAAA--------G----TT------TTCATGGAAA---TAG-AACC---ACGCGCGT----T-AAAC-----ATAT-----------G-T-------T-----T---A-A---------------------CG----------ATGTTTTTCATC-GAAATA---GTACCACGCatgtttttcatcgaaatagtaccacgcgttctaatca
gi|9 : cacaggaaaaaatgccacgcatgttagacgtacgtttaacgtaaatttaacaaacgtgccaaaacgtacgatcctcgtgtaaatagtattaggctcgtttacatatgtttctgccgtgcgttaagcgtatgtttgacatatgtttaacgtacggttaaaaagtaggttttaCAGGTAAA-AATGCCACGC---------AT-----------AC--------TGT---CCAAAACGTAAG--------T----TT------CTCATGTCAA---TAG-AACA---ACGCGCGT----T-TAAC-----AGGT-----------G-T-------T-----T---C-T-GT------------------TG---------TAAGTTTT--ACG-TAAGT-----TA--ACGAACGGTAAAAAC--G------T--ACGGCA-----TTCA-------TAGGAA-----AAGTATCACGCATG---------TTAAAC-ATATATT---------TACG-------------------TATGTTTAATATgttctaatca
gi|9 : aC-----ATACT----------G-T-------C-----C---A-A-A------------------ACG---------TAAGTTTCTCATG-TCAATA---GAACAACGCGCGTT--TAAC--A------G--GTG--------TTTC-------T----G-----TTGTA-----AGTT---------TT--AC-GTAAGTT----A-ACGAACGGTA-A---A-A-----ACacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgCATGTCAATAGAACAACGCGCGTTTAACAG-----------GTG-------TTT---CTGT--TGTAAG--------T----TT------T-----------------------ACGTAAGT----T--AAC-----GAAC-----------G-G-------T-----A---A-A-A------------------ACG---------TACGGCATTCATA-GGAAAA---GTATCACGCATGTT--AAAC--A------T--ATA--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAT-ATACGTT-----------CG----A---A-T-----ATCTATGTTTgtacggcattcataggaaaagtatcacgcatgttaaacatatatttacgtatgtttaatatacgttcgaatatctatgtttttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctACATGTGTTTAATAT-----------GCA-------TT-----------GTACT--------A----TT------ACCATGAAAAACATAGATATTCGAACGTATAT----T-AAAC-----ATAC-----------G---------------T---A-A-AT-----------------A-----------TATGTTTAACATGCGTGATACTTTTCCTATGAATGC------C--G------T--ACG--------TTTT-------T----A-----CCGTT-----CGTT------------AAC-TTACGTA--A-A-ACTTACA----ACAGA-A-----ACACCTGTTAAACttcatggtaatagtacaatgcatattaaacacatgtttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
gi|9 : acaggtaaaaatgccacgcatactgtccaaaacgtaagtttctcatgtcaatagaacaacgcgc---ACGTATGT----T-TAAT-----ATAC-----------G-T-------T-----C---G-A-AT-----------------ATC---------TATGTTTTTCATG-GTAATA---GTACAATGCATATT--AAAC--A------C--ATG--------TTT-------------------ACGTA-----TGTT---------T--AAC-ATACATTCGA-ATATGTTTG----A---ATAGTACCACTCATGTTTAACttacgtatgtttaacatacattcgaatatgtttgaatagtaccactcatgtttaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTACACAGGTAAAATGTCACGCATATTAGCCGTACGTTTAAACGTATCTTAACATACTTGCCAA
Unaligned ( gi|19 ): ACATAAATTTAACATACGTGCCAAAACATAAGTTTCTCTGACATGTAGATA
Unaligned ( gi|20 ): ACACTGGTAAAAATGCAATGCATGTTACACATACGTTTAAC