lowQualScore                  :             1  111                                        1111111                                           111             
lowQualScore                  :             2  777          0       4         77    1     9999999   555 2           44444                   666   333       
lowQualScore                  :             .  ...          .       .         ..    .     .......   ... .           .....                   ...   ...       
lowQualScore                  :             3  222          2       4         33    9     0000000   777 4           88888                   777   777       
consensus                     :          TATGTTNT-ATCGGTGCACCGTTAAAA-CAAAAATAT--CGGTGCACCGCTAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTA---CACCATA
Reference ( gi|1 )            :          TATATTAT-ATCGGTGCACCGTTAAAA-CAAAAATAT--CGGTGCACCGATAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGAACGTA---CACCATA
gi|2                          :          TATATTTTTATCGGTGCAACGTTAATA-TAATAATA-------------ATAT-A-ATA--AC-GGTGCACCGGT-----GCCGGTGCTTTTGA-CCTGATCTTA---
gi|15                         :         gTAT-TTA--ATCGGTGCGCAGTTAAAA-CAAAAATAT--CGATCCACTGctat
gi|3                          : gtacaccgcttTGTTAT-TCCTATACACTGTTAAAA-CAAAAATGT--AGGTACACC------------------TTCA----T-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGCTGGCA---CACCATA
gi|4                          :              TTTT-ATCGGTACACCGTTAAAA-CAAAAAAAT--CGGTGGACCAA------------------CACCGGT-----ACCGATGC---TGA---TG---GTA---CACCATA
gi|5                          :                           ttcGTCAAAAGCACCGGTAC--CGGTGCACCGCTAT-T-GTG--AC-GGTGGACTGAT-----A
gi|10                         :                        aacataaaTAAAA-CATAAATAT--CTTTGCAC-------A-ACA--A--GAT---CCGGT-----ACCAGTGCTTTTGACACTTTTTGTA---CACCATAcctgatcgtacacaat
gi|9                          :                                  AAA-CAAAAGTAT--CGGTGCACCGTCAC-C-ATA--GC-TATACACCAGT-----ATCGGTACTTTTGACCCTAATTGTA---c
gi|5                          :                                   AA-CATAAATAT--CAGTCCACCGTCAC-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTA---CACAAT
gi|7                          :                                    A-CAAAAATAT--CGGT---CCGCTGTCA-ATA--GC-GATGTACTGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATGGTA---CACCAT
gi|6                          :                                       AGAAATATAGCGGTTCATCGTTAA-A-ATATAGC-GGTGTA---GT--------GGTGCCTTTGACCCTGATCGTA---CACCATA
gi|8                          :                                       tAAAGTAT--TGGTCCGCCGTCAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACTGGTACTTTTCACCCTGAATGTA---CACCAT
gi|13                         :                                         AAATATAGCGGTGCATCG-T-T-A-AT------GGTGCTCCGGT-----ACCGACGCTTTTGACCCTGATCGTA---CGCCA
gi|8                          :                                          AGTAC--CGGTGCACCGCTAT-T-ATG--AC-GGCGGACCAAT-----AC
gi|9                          :                                        aaaATAC--TGGTGTATAGCTAT-G-GTG--AC-GGTGCACCGAT-----ACggtacttttcaccctgaatgtacaccat
gi|12                         :                                    aaacaaaaTGT--CGATGCATCGCCAT-A-GTA--AC-TGCGCATCAGT-----ACCGCTGCTTTTGACCCTGTTCGTA---CACCATAcggtacttttgaccctaattgtac
gi|11                         :                                                  GGTGCAACAGTAT-ATATA--ACCGATGCACCGCT-----ACTGGTGTTTTTGACCCAGTTTGCT---CACCATAt
gi|16                         :                                                             at-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGA---TATTTCACCATAc
gi|14                         :                                                                 -ATA--CC-TGTGCACCGGTACGGTACCGGTGCTTTTGATCCTGATTGTA---CACC
gi|20                         :                                                                  attaataatgtagtCCGGT-----ACCGATGCTTTTGACCCTAAACGTA---CACCAT
gi|17                         :                                                                                CCGAT-----ACCGGTGCATTTAACCCTGATCGTA---CATCATA
gi|18                         :                                                                                  GGT-----ACCGGTGCTTTTGACCATGAGTGTA---CACCAct
gi|19                         :                                                                             atacatGT-----AACGGTGCTTTTGACCCTGTTAGCA---CACCATA
gi|21                         :                                                                                           CCGGAGCTTTTGACCCTGATCGTA---CACCATAgata





Alignments
lowQualScore                  :                1                                          111111                                                          
lowQualScore                  :                0  1                            88    3    555555 2   55555           55555                     1          
lowQualScore                  :                .  .                            ..    .    ...... .   .....           .....                     .          
lowQualScore                  :                5  0                            55    6    999999 7   66666           33333                     1          
consensus                     :             TATATTTTATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTTAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
Reference ( family-1030 )     :             TATGTTNTATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGCTAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|1                          :             TATATTATATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGATAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGAACGTACACCATA
gi|10                         :                                  TAAAACATAAATAT--CTTTGCAC-------A-ACA--A--GAT---CCGGT-----ACCAGTGCTTTTGACACTTTTTGTACACCATA
gi|11                         :                                                   GGTGCAACAGTAT-ATATA--ACCGATGCACCGCT-----ACTGGTGTTTTTGACCCAGTTTGCTCACCATAc
gi|12                         :                                           atTGT--CGATGCATCGCCAT-A-GTA--AC-TGCGCATCAGT-----ACCGCTGCTTTTGACCCTGTTCGTACACCATAc
gi|13                         :                                          AAATATAGCGGTGCATCGTTA----AT------GGTGCTCCGGT-----ACCGACGCTTTTGACCCTGATCGTACGCCAt
gi|14                         :                                                                  -ATA--CC-TGTGCACCGGTACGGTACCGGTGCTTTTGATCCTGATTGTACACC
gi|15                         : attaataatgtagtTATTTAATCGGTGCGCAGTTAAAACAAAAATAT--CGATCCACTG
gi|16                         :                                                     gtacaccgctt-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATATTTCACCATA
gi|17                         :                                                                                 CCGAT-----ACCGGTGCATTTAACCCTGATCGTACATCATA
gi|18                         :                                                                                   GGT-----ACCGGTGCTTTTGACCATGAGTGTACACCAct
gi|19                         :                                                                              atacatGT-----AACGGTGCTTTTGACCCTGTTAGCACACCATA
gi|2                          :             TAT-TTTTATCGGTGCAACGTTAATATAATAATA---------A----TAT-A-ATA--AC-GGTGCACCGGT-----GCCGGTGCTTTTGA-CCTGATCTTACgata
gi|20                         :                                                                              gtaCCGGT-----ACCGATGCTTTTGACCCTAAACGTACACCATctat
gi|21                         :                                                                                            CCGGAGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|3                          :               TGTTATTCCTATACACTGTTAAAACAAAAATGT--AGGTACACC------------------TTCA----T-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGCTGGCACACCATAc
gi|4                          :                 TTTTATCGGTACACCGTTAAAACAAAAAAAT--CGGTGGACC------A-A-----------CACCGGT-----ACCGATG---------CTGATGGTACACCATA
gi|5                          :                                  ttcAACATAAATAT--CAGTCCACCGTCAC-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACAAT
gi|6                          :                                        AGAAATATAGCGGTTCATCGTTAA-A-ATATAGC-GGTGTA---GT--------GGTGCCTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|7                          :                                     tACAAAAATAT--CGGT---CCGCTGTCA-ATA--GC-GATGTACTGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATGGTACACCAT
gi|8                          :                                         AAAGTAT--TGGTCCGCCGTCAT-A-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACTGGTACTTTTCACCCTGAATGTACACCAT
gi|9                          :                                    AAACAAAAGTAT--CGGTGCACCGTCAC-C-ATA--GC-TATACACCAGT-----ATCGGTACTTTTGACCCTAATTGTAC





Alignments
lowQualScore                  :                     1                                                                                                     
lowQualScore                  :                     0                           88    1    333 6 2   55555           55555                     1          
lowQualScore                  :                     .                           ..    .    ... . .   .....           .....                     .          
lowQualScore                  :                     0                           55    9    222 5 7   66666           33333                     1          
consensus                     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
Reference ( family-1030 )     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTTATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|1                          :             TATATTAT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGATATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGAACGTACACCATA
gi|10                         :                                   TAAAACATAAATAT--CTTTGCAC------A-ACA--A--GAT---CCGGT-----ACCAGTGCTTTTGACACTTTTTGTACACCATA
gi|11                         :                                                    GGTGCAACAGTATATATA--ACCGATGCACCGCT-----ACTGGTGTTTTTGACCCAGTTTGCTCACCATAc
gi|12                         :                                            atTGT--CGATGCATCGCCATA-GTA--AC-TGCGCATCAGT-----ACCGCTGCTTTTGACCCTGTTCGTACACCATAc
gi|13                         :                                           AAATATAGCGGTGCATCGTTA---AT------GGTGCTCCGGT-----ACCGACGCTTTTGACCCTGATCGTACGCCAt
gi|14                         :                                                                  -ATA--CC-TGTGCACCGGTACGGTACCGGTGCTTTTGATCCTGATTGTACACC
gi|15                         : attaataatgtagtTATTTA-ATCGGTGCGCAGTTAAAACAAAAATAT--CGATCCACTG
gi|16                         :                                                      gtacaccgcttA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATATTTCACCATA
gi|17                         :                                                                                 CCGAT-----ACCGGTGCATTTAACCCTGATCGTACATCATA
gi|18                         :                                                                                   GGT-----ACCGGTGCTTTTGACCATGAGTGTACACCAct
gi|19                         :                                                                              atacatGT-----AACGGTGCTTTTGACCCTGTTAGCACACCATA
gi|2                          :             TATATTTTTATCGGTGCAACGTTAATATAATAATA---------A----TATA-ATA--AC-GGTGCACCGGT-----GCCGGTGCTTTTGA-CCTGATCTTACgata
gi|20                         :                                                                                gCCGGT-----ACCGATGCTTTTGACCCTAAACGTACACCATctat
gi|21                         :                                                                                            CCGGAGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|3                          :                           TACACTGTTAAAACAAAAATGT--AGGTACACCTTCATA--------------------------CCGGTGCTTTTGACCCTGCTGGCACACCATAc
gi|4                          :      tgttattcctaTTTT-ATCGGTACACCGTTAAAACAAAAAAAT--CGGTGGACC-----A-A-----------CACCGGT-----ACCGATG---------CTGATGGTACACCATA
gi|5                          :                                   ttcAACATAAATAT--CAGTCCACCGTCACA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACAAT
gi|6                          :                                         AGAAATATAGCGGTTCATCGTTAAA-ATATAGC-GGTGTA---GT--------GGTGCCTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|7                          :                                      tACAAAAATAT--CGGTCCGCTGTCA---ATA--GC-GATGTACTGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATGGTACACCAT
gi|8                          :                                          AAAGTAT--TGGTCCGCCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACTGGTACTTTTCACCCTGAATGTACACCAT
gi|9                          :                                     AAACAAAAGTAT--CGGTGCACCGTCACC-ATA--GC-TATACACCAGT-----ATCGGTACTTTTGACCCTAATTGTAC





Alignments
lowQualScore                  :                     1                                                                                                     
lowQualScore                  :                     0                           88    1      5 2 2   55555           55555                     1          
lowQualScore                  :                     .                           ..    .      . . .   .....           .....                     .          
lowQualScore                  :                     0                           55    9      2 8 7   66666           33333                     1          
consensus                     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
Reference ( family-1030 )     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|1                          :             TATATTAT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGATATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGAACGTACACCATA
gi|10                         :                                   TAAAACATAAATAT--CTTTGCAC------A-ACA--A--GAT---CCGGT-----ACCAGTGCTTTTGACACTTTTTGTACACCATA
gi|11                         :                                                    GGTGCAACAGTATATATA--ACCGATGCACCGCT-----ACTGGTGTTTTTGACCCAGTTTGCTCACCATAc
gi|12                         :                                            atTGT--CGATGCATCGCCATA-GTA--AC-TGCGCATCAGT-----ACCGCTGCTTTTGACCCTGTTCGTACACCATAc
gi|13                         :                                           AAATATAGCGGTGCATCGT--TA-AT------GGTGCTCCGGT-----ACCGACGCTTTTGACCCTGATCGTACGCCAt
gi|14                         :                                                                  -ATA--CC-TGTGCACCGGTACGGTACCGGTGCTTTTGATCCTGATTGTACACC
gi|15                         : attaataatgtagtTATTTA-ATCGGTGCGCAGTTAAAACAAAAATAT--CGATCCACTG
gi|16                         :                                                      gtacaccgcttA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATATTTCACCATA
gi|17                         :                                                                                 CCGAT-----ACCGGTGCATTTAACCCTGATCGTACATCATA
gi|18                         :                                                                                   GGT-----ACCGGTGCTTTTGACCATGAGTGTACACCAct
gi|19                         :                                                                              atacatGT-----AACGGTGCTTTTGACCCTGTTAGCACACCATA
gi|2                          :             TATATTTTTATCGGTGCAACGTTAATATAATAATA------------AT-ATA-ATA--AC-GGTGCACCGGT-----GCCGGTGCTTTTGA-CCTGATCTTACgata
gi|20                         :                                                                                gCCGGT-----ACCGATGCTTTTGACCCTAAACGTACACCATctat
gi|21                         :                                                                                            CCGGAGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|3                          :                           TACACTGTTAAAACAAAAATGT--AGGTACACCTTCATA--------------------------CCGGTGCTTTTGACCCTGCTGGCACACCATAc
gi|4                          :      tgttattcctaTTTT-ATCGGTACACCGTTAAAACAAAAAAAT--CGGTGGACC-----A-A-----------CACCGGT-----ACCGATG---------CTGATGGTACACCATA
gi|5                          :                                   ttcAACATAAATAT--CAGTCCACCGTCACA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACAAT
gi|6                          :                                         AGAAATATAGCGGTTCATCGTTAAA-ATATAGC-GGTGTA---GT--------GGTGCCTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|7                          :                                      tACAAAAATAT--CGGTCCGCTGTCA---ATA--GC-GATGTACTGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATGGTACACCAT
gi|8                          :                                          AAAGTAT--TGGTCCGCCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACTGGTACTTTTCACCCTGAATGTACACCAT
gi|9                          :                                     AAACAAAAGTAT--CGGTGCACCGTCACC-ATA--GC-TATACACCAGT-----ATCGGTACTTTTGACCCTAATTGTAC


blockSeqs                     :                     T                           AG    G      T T T   TAGC            ACGGT                     T
blockSeqs                     :                     .                           AG    G      C T .   ACC             .                         T
blockSeqs                     :                     .                           .     G      C T .   AC              .                         C
blockSeqs                     :                                                 .     G      C T .   CC              .                         C
blockSeqs                     :                                                 .     C      T T .   GC              .                         T
blockSeqs                     :                                                 .     A      C C .   AC              .                         A
blockSeqs                     :                                                 .     G      C A .   GC              .                         C
blockSeqs                     :                                                 .     C      C T .   GC              .                         T
blockSeqs                     :                                                 .     T      . C .   GC              .                         A
blockSeqs                     :                                                 .     C      . . .   GC              .                         C
blockSeqs                     :                                                 .     C      . . .   A               .                         C
blockSeqs                     :                                                 .     G      . . .   .               .                         C
blockSeqs                     :                                                       .          .   .               .                         G
blockSeqs                     :                                                                  .   .               .                         G
blockSeqs                     :                                                                                      .                         C
blockSeqs                     :                                                                                      .                         C
blockSeqs                     :                                                                                      .                         G
blockSeqs                     :                                                                                      .                         T
blockSeqs                     :                                                                                                                T


blockSeqCons                  :             
originalCons                  :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
finalCons                     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA





Alignments
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lowQualScore                  :                     0                           88    1      5 2 2   55555           55555                     1          
lowQualScore                  :                     .                           ..    .      . . .   .....           .....                     .          
lowQualScore                  :                     0                           55    9      2 8 7   66666           33333                     1          
consensus                     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
Reference ( family-1030 )     :             TATATTTT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|1                          :             TATATTAT-ATCGGTGCACCGTTAAAACAAAAATAT--CGGTGCACCGATATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGAACGTACACCATA
gi|10                         :                                   TAAAACATAAATAT--CTTTGCAC------A-ACA--A--GAT---CCGGT-----ACCAGTGCTTTTGACACTTTTTGTACACCATA
gi|11                         :                                                    GGTGCAACAGTATATATA--ACCGATGCACCGCT-----ACTGGTGTTTTTGACCCAGTTTGCTCACCATAc
gi|12                         :                                            atTGT--CGATGCATCGCCATA-GTA--AC-TGCGCATCAGT-----ACCGCTGCTTTTGACCCTGTTCGTACACCATAc
gi|13                         :                                           AAATATAGCGGTGCATCGT--TA-AT------GGTGCTCCGGT-----ACCGACGCTTTTGACCCTGATCGTACGCCAt
gi|14                         :                                                                  -ATA--CC-TGTGCACCGGTACGGTACCGGTGCTTTTGATCCTGATTGTACACC
gi|15                         : attaataatgtagtTATTTA-ATCGGTGCGCAGTTAAAACAAAAATAT--CGATCCACTG
gi|16                         :                                                      gtacaccgcttA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATATTTCACCATA
gi|17                         :                                                                                 CCGAT-----ACCGGTGCATTTAACCCTGATCGTACATCATA
gi|18                         :                                                                                   GGT-----ACCGGTGCTTTTGACCATGAGTGTACACCAct
gi|19                         :                                                                              atacatGT-----AACGGTGCTTTTGACCCTGTTAGCACACCATA
gi|2                          :             TATATTTTTATCGGTGCAACGTTAATATAATAATA------------AT-ATA-ATA--AC-GGTGCACCGGT-----GCCGGTGCTTTTGA-CCTGATCTTACgata
gi|20                         :                                                                                gCCGGT-----ACCGATGCTTTTGACCCTAAACGTACACCATctat
gi|21                         :                                                                                            CCGGAGCTTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|3                          :                           TACACTGTTAAAACAAAAATGT--AGGTACACCTTCATA--------------------------CCGGTGCTTTTGACCCTGCTGGCACACCATAc
gi|4                          :      tgttattcctaTTTT-ATCGGTACACCGTTAAAACAAAAAAAT--CGGTGGACC-----A-A-----------CACCGGT-----ACCGATG---------CTGATGGTACACCATA
gi|5                          :                                   ttcAACATAAATAT--CAGTCCACCGTCACA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATCGTACACAAT
gi|6                          :                                         AGAAATATAGCGGTTCATCGTTAAA-ATATAGC-GGTGTA---GT--------GGTGCCTTTGACCCTGATCGTACACCATA
gi|7                          :                                      tACAAAAATAT--CGGTCCGCTGTCA---ATA--GC-GATGTACTGGT-----ACCGGTGCTTTTGACCCTGATGGTACACCAT
gi|8                          :                                          AAAGTAT--TGGTCCGCCGTCATA-ATA--GC-GGTGCACCGGT-----ACTGGTACTTTTCACCCTGAATGTACACCAT
gi|9                          :                                     AAACAAAAGTAT--CGGTGCACCGTCACC-ATA--GC-TATACACCAGT-----ATCGGTACTTTTGACCCTAATTGTAC